Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398977.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2259.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11528
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.31
Warning! 1920 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2574 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1443--2916 Score: 1297
Period size: 513 Copynumber: 2.9 Consensus size: 506
1433 GAAAGCATAT
* * ** * * *
1443 AGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTTTCTCCCATTCGTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGGCATTCA-T-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* **
1508 ACTCACTTTAAATGCTTTTATAA--TCTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTATTTTTGGTT
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTAAATTTTTGGTT
* * * * *
1571 AAAACAAATAATAATTGAACATCTACCTTA-AGAAACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGA
128 AAAACAGATTATAATTGAACGTCTACC-TAGAGAAACAAAAAGAAAAAGGCATTCATT-GGTAAA
* * **
1635 AAATTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAT
191 AAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAAT
********** * ** *
1700 CTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGCC
255 CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACAGAGTATAATTGAACGCC
** *
1765 TACCTTGAGAAGCATGTAGAAAAAGCAATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTACCATT
320 TACCTTGAGAA-CATGTAGAAAAAGCAATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATT
* * * * * * * *
1830 CTTTCAAAAGCCTTATTACTGAGTTTAAATCCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT
384 CTATCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
1895 TTGTTTTCATTTTTGGTTGAAACAGATAATAATTGAACATCTACCTTAAGAAGCATGA
449 TTGTTTACATTTTCGATTGAAACAAATAATAATTGAACATCTACCTAAAGAAACATGA
* * *
1953 AGAAAAAGGCATTCATTGACAGAAAATGTCCATTTATAGTCACCGATTCCATCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGGCATTCATGGA-AGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********* * *
2018 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGT
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAAATTTTTGGT
* * * * *
2083 TAGAACAGATTATAATTGAACGTCTACCAAGAGAAACACAAAGAAAAAGGTATTCACTGGTGAAA
127 TAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTAGAGAAACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGT-AAA
* * * * * * *
2148 AAAGTCCATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAGCTTTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAT
191 AAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAAT
* *
2213 GTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAATTTTAATTAAAACAGA-TAATAATTGAACGC
255 CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACAGAGT-ATAATTGAACGC
*
2277 CTACCTTGAGAA-ATGTAAAGAAAAAG-ACATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACC
319 CTACCTTGAGAACATGT--AGAAAAAGCA-ATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC
* * *
2339 GATT-TCATCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGT
381 -ATTCT-ATCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* **
2403 TGAATATT-TTTACATTTTCGATT-AGAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CTAAAAGAAACATG
444 TGAAT-TTGTTTACATTTTCGATTGA-AACAAATAATAATTGAACATCTACCT-AAAGAAACATG
2465 A
506 A
* * *
2466 AGAAAAAGGCATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCAATTCTTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGGCATTCA-TGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *****
2531 ACTCGCTTTAAAAGGGTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTNNNNN
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAAATTTTTGGT
***** * * **
2596 NNNNNCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAA
127 TAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTAGAGAAACA-AAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAA
***
2660 AAAATCCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTANNN
191 AAAATCC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
******** * * * * * * *
2725 NNNNNNNNTT-GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGACTATAATTGAAAG
254 TCTCATAATTAG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACAGAGTATAATTGAACG
* * * * ** * *
2789 CTTTCCTT-AGGAAGAATGTAGAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTGTCT-CT
318 CCTACCTTGA-GAA-CATGTAGAAAAAGCAATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTAC-
* * * ** *
2852 CATTCCT-TCAAACGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
380 CATT-CTATCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
2916 T
444 T
2917 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 160, Indels: 63
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 7 0.01
510 67 0.09
511 4 0.01
512 26 0.03
513 644 0.84
514 15 0.02
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
AGAAAAAGGCATTCATGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAACGTCTACCTAGAGAAACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAT
CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATA
ATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACAGAGTATAATTGAACGCCTACCTT
GAGAACATGTAGAAAAAGCAATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCTATCAA
AAGCCTTAGTACTCACTGTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTA
CATTTTCGATTGAAACAAATAATAATTGAACATCTACCTAAAGAAACATGA
Found at i:2917 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1173--2918 Score: 1116
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 169
1163 NNNNNNNNNN
* * *
1173 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTACACTTTTTG-TTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAC
* * * *
1237 ATATTATAATTGAATG-TCTACCTTAAGAA-AAGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAGAA-TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGGAAGAAAAG
* * *
1300 -CCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACTTTATTACTCACT
127 TCC-ATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
****************** * * * *
1344 TTAAATGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * *
1409 GACTATAATTGAATGCCTGCCTT-GGAAAGCAT-ATAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGT
66 GATTATAATTGAATGCTTACCTTAGG-AAGAATGA-AGAAAAAG-CATTCATTGGGAAGAAAAGT
* ** * *
1472 CTATTTATTTTCTCCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
128 CCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
1515 TTAAATGCTTTTATAA--TC-TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTT-TATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ** * **
1576 AAATAATAATTGAA--CATCTACCTTAAGAA-ACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGAAAA
65 AGATTATAATTGAATGC-T-TACCTTAGGAAGA-ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGGAAGAAAA
* * * *
1638 TTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTTACT
126 GTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* ********** *
1683 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAC
* * * *
1747 AGAGTATAATTGAATGCCTACCTT-GAGAAGCATGTAGAAAAAGCAATTCATTGGGAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGCTTACCTTAG-GAAGAATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGGAAGAAAAGT
* * * *
1811 CCATTTATTGTCTACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTGAGT
128 CCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * * * *
1854 TTAAATCCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTGGTTGAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * *
1918 AGATAATAATTGAA--CATCTACCTTAAGAAGCATGAAGAAAAAGGCATTCATT--GACAGAAAA
65 AGATTATAATTGAATGC-T-TACCTTAGGAAGAATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGGA-AGAAAA
*
1979 TGTCCATTTATAGTCACCGATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACT
126 -GTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** * *
2025 TTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTG-TTAGAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAC
* * ** * *
2089 AGATTATAATTGAACG-TCTACC-AAGAGAA-ACACAAAGAAAAAGGTATTCACTGGTGAA-AAA
65 AGATTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAGA-ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-GAAGAAA
* * * **
2150 AGTCCATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAGCTTTACTACTCGTT
125 AGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
2196 TTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAATTTTAATTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ***
2260 AGATAATAATTGAACGCCTACCTT--G-AGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTAATAAGAAAA
65 AGATTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAG-AATG--AAGAAAAAG-CATTCATTGGGAAGAAAA
* * *
2322 GTCCATTTATAGTCACCGATTTCATCAAAAGCCTTAGTACTCACT
126 GTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * *
2367 GTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCGATTAGAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * * *
2432 AATTATAATTGAATG-TCTA-CTAAAAGAA-ACATGAAGAAAAAGGCATCCACTGGTAAGAAAAG
66 GATTATAATTGAATGCT-TACCT-TAGGAAGA-ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGGAAGAAAAG
* * *
2494 TCCATTTATAGTCAGCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
127 TCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * **********
2538 TTAAAAGGGTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTNNNNNNNNNNCA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* *
2603 GATTATAATTGAATG-TCTACCTT-GAGAA-AAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-AAAAA
66 GATTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAGAA-TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGGAAGAAAAG
* *
2664 TCCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
127 TCC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
*********** * * *
2709 TTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * *
2774 GACTATAATTGAAAGCTTTCCTTAGGAAGAATGTAGAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCT
66 GATTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAGAATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* * *
2839 ATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTCACT
130 ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
*
2880 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 304, Indels: 152
0.72 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 1 0.00
168 116 0.10
169 13 0.01
170 59 0.05
171 953 0.80
172 43 0.04
173 6 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
GATTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAGAATGAAGAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
Found at i:2917 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1181--2918 Score: 1338
Period size: 342 Copynumber: 5.1 Consensus size: 338
1171 NNTTAAAAGG
* * * *
1181 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTACACTTTTT-GTTAAAATATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-A-TTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * ** * *
1245 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAAAGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATA
64 ATTGAACGTCTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAATCC-ATTTATA
* * ******************
1310 GTCACCCATTCTTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT
128 GTCA-CCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * * * *
1375 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACTGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-GGAAAGC
192 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGG-AAGA
* * * *
1439 ATATAGAAAAAG-TCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTTTCTCCCATTCGTTCAAAAGCC
256 ATGTAGAAAAAGCT-ATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCC
1503 TTATTACTCACTTTAAATGC
319 TTATTACTCACTTTAAATGC
* *
1523 TTTTATAA--TC-TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* ** * * *
1585 TTGAACATCTACCTTAAGAAACA-AAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGAAAATTCCATTTATA
65 TTGAACGTCTACCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GATAAAAAAATCCATTTATA
* * * * *****
1649 GTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTNNNNN
128 GTCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
***** * * * *
1714 NNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGCCTACCTT-GAGAAGC
192 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG-GAAGA
* *
1778 ATGTAGAAAAAGCAATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTACCATTCTTTCAAAAGCCT
256 ATGTAGAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
1843 TATTACTGAGTTTAAATCC
320 TATTACTCACTTTAAATGC
* * * *
1862 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTGAAACAGATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * * **
1927 TTGAACATCTACCTTAAGAAGCA-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAGAAAATGTCCATTTATA
65 TTGAACGTCTACCTTAAGAA-AAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATA-AAAAAATCCATTTATA
* * **********
1991 GTCACCGATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNT
128 GTCACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * * * * *
2056 TAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAACG-TCTACC-AAGAGAA-
192 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAG
*** * * * * *
2118 ACACAAAGAAAAAGGTATTCACTGGTGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAG
255 A-ATGTAGAAAAAGCTATTCATTGG-GAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTC-CATTCCTTCAAAAG
* * **
2182 CTTTACTACTCGTTTTAAATAG-
317 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GC
* * **
2204 TTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAA-TTTTAATTAAAACAGATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AAATTTTTTT-AATTTTTGGTTAAAACAGATAAT
* * * * * * *
2267 AATTGAACGCCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTGAACGTCTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA-AAAAATCCATTTAT
* * * * * * * *
2332 AGTCACCGATTTCATCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTTATT
127 AGTCACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* ** * * * * *
2397 TTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCGATTAGAACAAATTATAATTGAATG-TCTA-CTAAAAGAA
191 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCT-TAGGAA
* * * * * * * *
2460 -ACATGAAGAAAAAGGC-ATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCAATTCTTTCAAAA
254 GA-ATGTAGAAAAA-GCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTC-TCCATTCCTTCAAAA
* * *
2523 GCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
316 GCCTTATTACTCACTTTAAATGC
* * ********** *
2546 GTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTNNNNNNNNNNCAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-AATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * *
2611 TTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAATCCTATTTATAG
65 TTGAACGTCTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAATCC-ATTTATAG
* ***********
2676 TCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNNTTGATTTT
129 TCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * *
2741 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGACTATAATTGAAAGCTTTCCTTAGGAAGAAT
193 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAGAAT
* *
2806 GTAGAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAACGCCTTA
258 GTAGAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
2871 TTACTCACTTTAAATGT
322 TTACTCACTTTAAATGC
2888 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1122, Mismatches: 234, Indels: 80
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 254 0.23
340 16 0.01
341 34 0.03
342 794 0.71
343 18 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
TGAACGTCTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAATCCATTTATAGTC
ACCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAGAATGTA
GAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGC
Found at i:3817 original size:334 final size:325
Alignment explanation
Indices: 3294--3958 Score: 757
Period size: 334 Copynumber: 2.0 Consensus size: 325
3284 CTTATTGCTC
* *
3294 ACTT-TAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTGTTTTTCATTTTTAGTTA
1 ACTTATAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTT-AAGTTGAA-----TTT--TTTTTAGTTA
* ** * *
3357 AAACAGATAATAGTTGAACATCTACCTTAAGATGCATAAAGAAAAAGGCGTTCATTAGTAGGAAA
58 AAACAGATAATAATTGAACATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAA
**********
3422 AGTCCATTTATAATCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCT
123 AGTCCATTTATAATCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
3487 CAAAATTGATAT-TAAGTTGAATATTTTTATATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTAAACGTCT
188 CAAAATTGAT-TGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTAAACGTCT
* ** *
3551 A-CCATAAGAAACATGAAGAAAAAGGTGTTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
252 ACCCA-AAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
3615 CCTTCAAAAG
316 CCTTCAAAAG
3625 ACTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-T
1 ACTTAT----------AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGT
* *
3689 TAAAACAGATAATAATTGAACATCTACCTTAGGAAACATAAAGATAAAGGCATTCATT-GATAAG
56 TAAAACAGATAATAATTGAACATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-TAAG
* * * *
3753 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCCTTCCATCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
120 AAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
3818 TCTCAAAATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGT
185 TCTCAAAATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTAAACGT
* * * * **
3883 CTACCCAGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAT
250 CTACCCAAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
3948 TCCTTCAAAAG
315 TCCTTCAAAAG
3959 CCTCATTACT
Statistics
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0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
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332 1 0.00
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335 9 0.03
337 3 0.01
341 2 0.01
342 33 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (325 bp):
ACTTATAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGTTAAAACAGAT
AATAATTGAACATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATT
TATAATCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTAAACGTCTACCCAAAGA
AACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:4094 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3159--4128 Score: 458
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 169
3149 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
3159 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAG-GAAGCAT
1 AGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-CAGAAAAACAT
** * * ** * * ** * *
3223 GTAGTAAAGGAGATTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTATTA-TCTGTCATTGCTTCAAAAGCCTT
65 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTC
* * * *
3287 ATTGCTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
129 ATTACTCACTTTAAA-G-TTTTATAATCTCAAAACTGATTGT-A
* * ** * * *** * * **
3331 A-TTGAAT-TGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAGTTGAACATCTACCTTA-AGATGC
1 AGTTCAATAT-TTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACT-ATAATTGAATGCCTACC-CAGAAAAAC
* * * * * *
3392 ATAAAGAAAAAGGCGTTCATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCATCAAAAGCCT
63 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ******** *
3457 TATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATAT-TA
128 CATTACTCAC--TTTAAAGTTTTATAATCTCAAAACTGAT-TGTA
* * * * * * * *
3501 AGTTGAATATTTTTATATTTTCAGTTAGAACAGATTATAATTAAACGTCTA-CCATAAGAAACAT
1 AGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACCCAGAA-AAACAT
* *** * * * * * *
3565 GAAGAAAAAGGTGTTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTA
65 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCA
********** ** * *
3630 TNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTA
130 TTACTCACTTTAAA--GTTTTATAATCTCAAAACTGATTGTA
* * * *** * *
3672 AGTT-GA-A-TTTT---TTTT--ATTAAAACAGA-TAATAATTGAACATCTACCTTAG-GAAACA
1 AGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACT-ATAATTGAATGCCTACC-CAGAAAAACA
* * * * * * * *
3727 TAAAGATAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCTTCCATCAAAAGTCTT
64 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTC
*
3792 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGTA
129 ATTACTCACTTTAAA--GTTTTATAATCTCAAAACTGATTGTA
* * * * * *
3835 AGTTGAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCAGAGAAACGTA
1 AGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACCCAGAAAAACATA
* *
3900 AAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
66 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
* * *** *
3965 TACTCGCTTT-AA-TTTTATAATTTTGTAACTGATTTTA
131 TACTCACTTTAAAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTGTA
** *
4002 AGTTCAAT-TCTTTTACATTTTTTGTTCA-AACAGACTATAATTGAATGCCTTCCTCA-AAAAAC
1 AGTTCAATAT-TTTTACATTTTCGGTT-AGAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-CAGAAAAAC
** * * * *
4064 ATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTGCATTTATAGACTCTCATTCCTTTAAAAGCC
63 ATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
4128 T
127 T
4129 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 142, Indels: 69
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
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172 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACCCAGAAAAACATA
AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
TACTCACTTTAAAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTGTA
Found at i:4870 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4554--6130 Score: 1339
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
4544 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4554 TTTATAGTCACCTTTTTCATCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAT
1 TTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * *
4619 TGATTTTATGTTGAATATTTTAACATTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CTAGA
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* * * *
4683 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTTCG
129 A-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
* * * * *
4725 TTTATTGTTAGCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAA
1 TTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * * * *
4790 TAATTTTAAATTGAACTTTTTTACATTTTTTTTTCAAACAGATTATAATTGAGTGCCTGCCTCGA
65 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
4855 AAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTTGG-AAGAAAAGTGCA
129 AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTTCA
* * * * * * *
4896 TTTATAGACTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATACTCTCATAAT
1 TTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * * *
4961 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATATCTACCTTGA
65 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
** * *
5026 GAAAGGA-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
129 -AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
* * ** *
5067 TTTATA-TCCACCCATT-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAATTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGT-CA-CCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * *
5130 ATTGATCTTAATTTGAACTTTTTTTGCATTTTTGGCTT-AAACAGATTGTAATTGAATGTCTACC
63 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * *
5194 TTAAAAAACATGAAGGAAAAAAGTATTCGTTGGCAAGAAAAG-TCTA
125 TCGAAAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-A
* * * *
5240 TTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAAGC-TACTAA
1 TTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-TAA
* * * *
5303 TTGATTGTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTCG
64 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * ** **
5368 AAAAATGTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGGCCA
128 AAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
* * * * * *
5410 TTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTATCATAAT
1 TTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * * * *
5475 TGATTTTATGGTGAATGTTTTATA-ATTTCTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC-
65 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
5538 AAGAAACGT-AAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAG-TCTA
128 AA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-A
* * * * * *
5580 TTTATAGTCACTGATTCCATCAAAAGCTTTATTACACACTTTAAATGG-TTTATAATCTTAAAAT
1 TTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * ***
5644 TAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACGAAGA
65 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* ** *
5709 GAAATGTGAAG-AAAAGGCATTC-TCTGGTAAGAAAAGTTCA
129 AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTTCA
* *
5749 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * * *** *
5814 TGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTA-AATTTTTGTTAAACCAGACTACAATTGAATG-CTTGGGTTG
65 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCG
** * * * *
5877 GGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGCCTT--
128 AAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG--TTCA
* * * * *
5919 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* * * * * *
5984 TGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATG-CTTACCTTG
65 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCG
* * *
6048 AGGAAAGA-GAAGAAAAAGGCATTAATT-GCGAAGAAAAG-TCTA
128 A-AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTTC-A
*
6090 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTT
1 TTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
6131 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 214, Indels: 102
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 165 0.14
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171 547 0.48
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173 42 0.04
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAA
AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
Found at i:6776 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6237--7961 Score: 1009
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
6227 NNNNTTTAAC
* * * * * * * **
6237 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAAGTTTTTGATGGAATTA-G
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAA-TAGG
* *
6301 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATG-TCTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGTAGACA
65 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCT-TTTTTCT-TCACGTTTCTTGAGGTAGACA
* * * **
6364 TTCAATTATAGTCTGTTTCAACTTAAAATGTAAAAAAATT-AAA
128 TTCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* * * * * * * ** *
6407 CATAAAATTAATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTCTGAGGGTATAG
1 -TTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAG
** * * * *
6471 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATTTTTTTTTTTTCACATTTCTCGATGTAGACAT
64 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACA-
* * * *
6536 TTC-ATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
128 TTCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* * * **********
6579 TTACAATCAATTATTAGCTTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGT
* * * *
6644 GACTATAAATCGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT
66 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTT-CTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
**
6709 CAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATACAAAAAAATTCAAA
130 CAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
*
6751 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-CTTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAC-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGG
* * * * *
6815 TGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATT
65 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * *
6880 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAAC
130 CAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
********** *
6922 TTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAG-
* * * * * * * * *
6985 G-AATCTATAAATGGACTTTT-TTTCTAAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAGG
64 GTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * *
7047 CACTCAATTATAATCTGTTTGAAA-AAAAAATAT-AAAAAATTCAAC
126 CATTCAATTATAATCTATTT-AAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* * * * * ** * * *
7092 TGAAAATCCATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTTAAGGAAT-GGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGG-
* * * * * * * *
7156 TGACAATAAACAGACTTTTCTTGCTAGTGAACGCTTTTTTCTTTACATTTCTCCT-A-GTAGACA
65 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT--TGAGGTAGACA
* * * *
7219 TTCAATTATAATCTGTTCT-AACCGAAAATGTAAAAATATTCAAC
128 TTCAATTATAATCTATT-TAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* * * * * **
7263 TTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGATGGAA-AGG
1 TTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATA-G
* ** * * * * *
7326 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTT-TT-ACATTTCTTAAGGTAGACGT
64 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * * * * *
7389 TTAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAA--TAAAAAAATTTAAC
129 TCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
********** * * * *
7430 TTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGT
* * * * * * * *
7495 AACTATAAATAGATTTTTTTTGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-TGGTAGACATT
66 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATT
* * *
7559 CAATTATAATCTGTTCT-AATCAAAAATGTAAAAATATTCAACA
130 CAATTATAATCTATT-TAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-A
* * * * * * ** * ** *
7602 -TAAAATTACTTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGT
* * * * * * * * * * **
7666 TATTATAAATGGACTTTT-TCTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTACGCTTCTTAAGGTAGATGTT
66 GACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * *
7730 CAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAA---AAAAAAATTCAAC
130 CAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* * * * * *********
7768 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNN
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGT
*** * * * * * * *
7833 NNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGTTC
66 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
** * * * *
7898 AATTATTCTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAA-T-AAC
131 AATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
*
7936 TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
7962 GCGTTTAAAG
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 277, Indels: 101
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 219 0.18
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169 80 0.07
170 137 0.11
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172 154 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGT
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
AATTATAATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
Found at i:7223 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 6646--7272 Score: 702
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
6636 NNNNNNGTGA
* * * *
6646 CTATAAATCGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
1 CTATAAATCGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCCTACATGTTTCTTAAGGCAGACACTCA
* * *
6711 ATTATAATCTATTTAAACCAAAAATACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTATTTAAACAAAAAATACAAAAAAATTCAAATGAAAATCAATTATAAGATTATAAA
* * * *
6776 ACTCTTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCA
131 ACTCTTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGAATATAAACAGACTTTTCTTGCCA
* * *
6841 ATGAATGCCTTTTTCTTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
196 ATGAACGCCTTTTTCTTCTCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAA
*
6906 TGTAAAACA-ATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
261 TGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAA----------ATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
6970 CTTTTAAAAGAATGAGAAT
315 CTTTTAAAAGAATGAGAAT
* * * *
6989 CTATAAATGGACTTTT-TTTCTAAATGAATGGC-TTTTT-CTACATGTTTCTTGAGGCAGGCACT
1 CTATAAATCGACTTTTCTTGC-AAATGAAT-GCTTTTTTCCTACATGTTTCTTAAGGCAGACACT
* * * *
7051 CAATTATAATCTGTTTGAAA-AAAAAATA-TAAAAAATTCAACTGAAAATCCATTATAAGATTAT
64 CAATTATAATCTATTT-AAACAAAAAATACAAAAAAATTCAAATGAAAATCAATTATAAGATTAT
* * *
7114 AAAAC-CATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTTAAGGAAT-GGCTGACA-ATAAACAGACTTTTC
128 AAAACTC-TTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGG-TGA-ATATAAACAGACTTTTC
* * * * *
7176 TTGCTAGTGAACGCTTTTTTCTT-TACATTTCTCCT-A-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTCT
190 TTGCCAATGAACGCCTTTTTCTTCT-CATTTCT--TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCT
*
7238 AACCGAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
252 AACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
7273 GTTTGAGATT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 32, Indels: 22
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 157 0.65
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343 31 0.13
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
CTATAAATCGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCCTACATGTTTCTTAAGGCAGACACTCA
ATTATAATCTATTTAAACAAAAAATACAAAAAAATTCAAATGAAAATCAATTATAAGATTATAAA
ACTCTTTAAAACGAATAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGAATATAAACAGACTTTTCTTGCCA
ATGAACGCCTTTTTCTTCTCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAA
TGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAAATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGA
ATGAGAAT
Found at i:7592 original size:338 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6234--8110 Score: 1433
Period size: 338 Copynumber: 5.5 Consensus size: 338
6224 NNNNNNNTTT
* * * * **
6234 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAAGTTTTTGATGGAATT
1 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAAG
* * * * *
6299 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTT-T-TACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * *
6364 TTCAATTA-TAGTCTGTTTCAACTTAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTATG-GTAT
129 TTCAATTATTA-TCTGTTTTAA-TCAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-AT
* * * *
6427 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTCTGAGGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
190 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTC
* *** * * *
6492 TTGCCAATAAATTTTTTTTTTTTCACATTTCTCGAT-GTAGACATTTC-ATTATAGTCTGTT-TG
255 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC-TTGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTCT-
*
6554 AACCAAAAATGTAAAAAAATTC
317 AACCAAAAATGTAAAAATATTC
* * * * * ********
6576 AACTTACAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNN
1 AACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAA
** * *
6640 NNGTGACTATAAATCGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTT--TACA--TTTCTTAAGGTA
* * * * *
6703 GACATTCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
125 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
6768 ATTATAAAACTC-TTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGAA-TATAAATAGACT
188 ATTATAAAAC-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT-AACTATAAATAGACT
* * * * *
6831 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTCCTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
251 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCT-TGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
6895 TTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTT
315 CTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTC
********** * * * ** *
6919 AACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAAG
* * * * * * * *
6984 AG-AATCTATAAATGGACTTTTTTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAGGC
66 AGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTTTACA--TTTCTTAAGGTAGAC
* * * ** * * *
7048 ACTCAATTATAATCTGTTTGAAAAAAAAATATAAAAAATTCAACTGAAAATCCATTATAAGATTA
128 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
7113 TAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTTAAGGAAT-GGCTGACAATAAACAGACTTTTCT
192 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TAACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
7177 TGCTAGTGAACGCTTTTTTCTTTACATTTCTCCTAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
256 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
*
7242 GAAAATGTAAAAATATTC
321 AAAAATGTAAAAATATTC
* *
7260 AACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGATGGAAAG
1 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAAG
* * *
7325 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTTTACATTTCTTAAGGTAGACGTT
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTTTACATTTCTTAAGGTAGACATT
* * *****
7390 TAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNN
131 CAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
***** * * * * *
7455 NNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGATTTTTTTTGCCA
196 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* ** *
7520 GTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAATCAAAAA
261 ATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA
7585 TGTAAAAATATTC
326 TGTAAAAATATTC
* * * * *
7598 AACATAAAATTACTTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATA
1 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAA-A
* * * * **
7663 -AGTTATTATAAATGGACTTTTTCTGCT-AATGAATACCTTTTTCTTTACGCTTCTTAAGGTAGA
65 GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATGCC-TTTT-TTTACATTTCTTAAGGTAGA
** *
7726 TGTTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAA-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
127 CATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** ** ************ *
7789 TAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTT
192 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTT
* * ** * * ** * *
7854 GCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCT-TAAGGTAGACGTTCAATTATTCTCTGTTTTAACT
257 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCT-TGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
*
7918 AAAAAT-TAAAAA-AAT-
321 AAAAATGTAAAAATATTC
* * * * * * *
7933 AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAAGCGTTTAAAGTCAGTAAT----CTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAAG
* * * * * *** *
7994 -GCAGACAATAAATGAACTTTTCATTC-CAATGAATGGCC-TTTTCTATATGCTTCCCGAGGCA-
66 AG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAAT-GCCTTTTTTTACAT--TTCTTAAGGTAG
*
8055 AGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
126 A-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
8111 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 276, Indels: 100
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAAG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTTTACATTTCTTAAGGTAGACATT
CAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA
TGTAAAAATATTC
Found at i:9631 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8952--9901 Score: 1172
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 338
8942 NNNNNNNNNN
* * **
8952 TGAACTTTTCTTATCAATGAATG-TTTTTTTTTTACATTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
1 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
*
9016 CTGTTTTAA-TCAAAAATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
66 CTGTTTTAACT-AAAAAT--AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATT
** * * * * * * *
9080 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTGTTTTGCTAGTGAAT
128 TAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGATTT-TCTT-CTAATGAAT
* * * * * * * * **
9145 GACTTTTTCT-TCATGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATTATAATCTCTTCTAGCCGGAAATGTA
191 GGCTTTTTCTAT-ATGCTTCTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTATA-ACAAAAATGTA
* * * * * **
9208 AAAATATTCGACTTAAAATTACTTTTGAGCATGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
253 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGCATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT
9273 AAATGAATGAGTGACTATAAA
318 AAATGAATGAGTGACTATAAA
* ** * * *
9294 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTGGACATTCAATTATTCT
1 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
* * * * *
9359 CTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAAGCGTTT
66 CTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTT
* * *
9424 AAAGTGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACAGGCAATAAATGGACTTTTCATTCTAATGAATG
129 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGA-TTTTC-TTCTAATGAATG
* *
9489 GTTTTTTCTATATGCTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTATAACAAAAATGTAAAAA
192 GCTTTTTCTATATGCTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTATAACAAAAATGTAAAAA
* *
9554 AATTTAACTTAAAATTAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA
257 AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGCA-TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAA
*
9618 TGAATGGGTGACTATAAA
321 TGAATGAGTGACTATAAA
* *
9636 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTATGGTAGACGTTCAATTATTAT
1 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
9701 CTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAA
66 CTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAA
* * *
9766 AGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATGTGAGACAATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGGC
131 AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATG-GATTTTCTTCT-AATGAATGGC
* * * * * *
9831 TTGTTCTACATGCTTCCCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGA
194 TTTTTCTATATGCTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTATAAC-AAAAATGTAAAAAA
9896 ATTCAA
258 ATTCAA
9902 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 78, Indels: 23
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
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342 184 0.35
343 165 0.32
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
CTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAA
AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGATTTTCTTCTAATGAATGGCTT
TTTCTATATGCTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTATAACAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATTAATTATGAGCATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAAT
GAGTGACTATAAA
Found at i:9657 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8952--9898 Score: 863
Period size: 170 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
8942 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
8952 TGAACTTTTCTTATCAATGAATG-TTTTTTTTTTACATTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTAT
1 TGAACTTTTCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAT
* * *
9016 CTGTTTTAA-TCAAAAATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
64 CTATTTTAACT-AAAAAT-GAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** *
9080 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
127 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * *
9123 T-AGA-TTTGT-TTTGCTAGTGAATGACTTTTTCT-TCATGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATT
1 TGA-ACTTT-TCTTT-C-AATGAATGCCTTTTTCTAT-ATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * *** * * ** * * * *
9183 ATAATCTCTTCTAGCCGGAAATGTAAAAATATTCGACTTAAAATTACTTTTGAGCA-TGTAAAAC
60 AT-ATCTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAC
* *
9247 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATGAGTGACTATAAA
123 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * * * * *
9294 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTGGACATTCAATTATTCT
1 TGAACTTTTCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAT
* * * * *
9359 CTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAAGCGTTT
64 CTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * *
9424 AAAGTGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACAGGCAATAAA
128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * ** * * *
9466 TGGACTTTTCATTCTAATGAATGGTTTTTTCTATATGCTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAGT
1 TGAACTTTTCTTTC-AATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-T
* * *
9531 CTATTATAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
64 CTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * *
9595 AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAA
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * *
9636 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTATGGTAGACGTTCAATTATTAT
1 TGAACTTTTCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAT
* *
9701 CTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTA
64 CTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * *
9765 AAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATGTGAGACAATAAA
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * * * *
9806 TGAAATTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTCTACATGCTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTATAG
1 TGAACTTTTCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATA-
* * *
9870 TCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATT
63 TCTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATT
9899 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 129, Indels: 54
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 269 0.43
171 177 0.29
172 169 0.27
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TGAACTTTTCTTTCAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCT
ATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
Found at i:10892 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10159--11247 Score: 641
Period size: 172 Copynumber: 6.4 Consensus size: 172
10149 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
10159 AGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAATGAAAGTCTTTTTCTTTAT
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTAC
* * * *
10224 GTTTCTTAAGGTAGACGTTCAATTATTATCTTTTTTAACCAAAAAT--TAAAAAAAATCAACTTA
66 GTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTA
* *
10287 AAATCAATTATGAGATTATAAAAGA-ATTTAAAGTGGGTAATA
131 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
10329 AAGCTTTTGAAGGTATGAGAGACAATAAATGAACTTTGT-TT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTAT
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTT-TCTTGC-CAATGAAAGCCTTTTTCTTT
* * * * * * * * * * *
10392 ATGCTT-CTCGAGGTA-AGCATTTAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAGAATTCA
64 ACGTTTCCT-AAGGCAGA-CGTTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCA
* *******************
10453 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
126 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
***** * * * *
10500 NNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAACA-CCTTTTTCTTTA
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA-AGCCTTTTTCTTTA
* * * * * * * * * ****
10564 TGTTTCTCT-TGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATG--TAAAAATATNNNNN
65 CGTTTC-CTAAGGCAGACGTTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAAT-CAAC
***** * * *
10626 NNNNNATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
128 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
10671 AAGCCTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTAC
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTAC
* *
10736 GTTTCCTAAGGTAGACGTTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTA
66 GTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTA
* ** *
10801 AAATCTATTATGAGATTATAAAAATTTTTAAAGTGAGTAATA
131 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * **
10843 AGGCTTTTGAAAGAAAGGGAGACGATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTCTAC
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAA-AGCCTTTTTCTTT
* * * * ** ********** *
10906 ATGTTTCCAAAGGCA-AGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATAAAAAANNNNNNNNNNATTCAA
64 ACGTTTCCTAAGGCAGA-CGTTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAA
* * * *
10969 CTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATGTAAAGCAAGTAATA
127 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * **
11015 ACGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATTAGT-AGATTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGATTTA
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTA
* * *
11079 CGTTTCTTAAGGCAGATGTTCAATTATTATCTGTTTTGACCAAAAATGAAAAAAAAAATTCAACT
65 CGTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAA-TCAACT
* * * * *
11144 AAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCAATTAAAGTGAGTAATA
129 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
11188 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGACTTTT-TTCCCAATGAATGGCTTTTTCT
1 AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCT
11248 ATATGCTTCA
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 223, Indels: 60
0.70 0.24 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 90 0.14
171 228 0.34
172 256 0.38
173 86 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTAC
GTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
Found at i:11409 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 10631--11334 Score: 892
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
10621 NNNNNNNNNN
* * *
10631 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAAGCCTTTGAAGGAATGTGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAATCA-TTAAAGC-AAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGTGTGACT
* ** *
10695 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACGTTCAATT
64 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTGATTTACGTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATT
* * *
10760 ATTATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAA
129 ATTATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
*** * * *
10825 TTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGAGACGATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
194 CAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGAGAGACAATAAATGAACTTTTCTTCCCAAT
* * * **
10890 GAATAGCTTTTTCTACATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAANN
259 GAATAGCTTTTTCTACATGCTTCCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAAAAT
********
10955 NNNNNNNNATTCAACTTAAA
324 GTAAAAGAATTCAACTTAAA
* *
10975 ATCAATTATGATATTATAAAATCATGTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAATCAT-TAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTA
* * * * * *
11040 TTAGTAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGATTTACGTTTCTTAAGGCAGATGTTCAATTA
65 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTGATTTACGTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTA
* * *
11105 TTATCTGTTTTGACCAAAAATGAAAAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAG
130 TTATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAA-TCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
* * *
11170 CAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGACTTTT-TTCCCAAT
194 CAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGAGAGACAATAAATGAACTTTTCTTCCCAAT
* * * *
11234 GAATGGCTTTTTCTATATGCTT-CATTAGACAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAAA
259 GAATAGCTTTTTCTACATGCTTCCA-AAGACAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAAT-AAAAAA
* *
11298 ATGTAAAAGAATTTAATTTAAA
322 ATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
11320 ATCAATTATGAGATT
1 ATCAATTATGAGATT
11335 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 50, Indels: 9
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
343 5 0.02
344 194 0.64
345 106 0.35
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTGATTTACGTTTCCTAAGGCAGACGTTCAATTAT
TATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACA
ATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGAGAGACAATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGA
ATAGCTTTTTCTACATGCTTCCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAAAATGT
AAAAGAATTCAACTTAAA
Done.