Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397426.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_942.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20329
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 1694 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:342 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 167--537 Score: 423
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
157 NNNNNNTAGT
* * ** *
167 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAATTTGAATTTT-TT-TATT-TTTGGTTAAAATTGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTGTTT-GTTAAAACAGACTACAA
* * * *
229 TTAAATGTCTAC-TACGAGAAATATGAAGAAAAAG-ATATTCATTAGCAAGAAATGTCAATTTAT
65 TTAAATGTCTACATA-AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTAGCAAGAAAAGCCAATTTAT
* * *
292 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGAA
128 AGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-A
* * * * * *
336 TTTATAATTTCATATTTGACTTCAAGTGGAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAACAGATTACAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAACAGACTACAAT
* * * * *
401 TGAATGTCTGCATAAAGAAACCTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
66 TAAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCAATTTATAGT
* *
466 CACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
131 CACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
506 TTTATAATCTCATAA-TGA-TTTGAAGTTGAATT
1 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATT
538 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 29, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 42 0.25
170 15 0.09
171 102 0.61
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAACAGACTACAAT
TAAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCAATTTATAGT
CACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:1218 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 688--2825 Score: 1847
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
678 NNNNNNNNNN
* * * **
688 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTTTATTTTTTA
* * * * * * *
753 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA-C--ATGAACAAGCCATTCCTTAGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
815 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCTTTATT
129 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* **
857 ACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGCAGTT-AA-ATTTTTTTAGATTTTTT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTT--ATTTTTT
* * * ** **
920 ATGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA--TGTAAGAAAAAAGATATTCATTCCC
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAACCTG-AAG-AAAAAGCCATTCATTGGC
**
983 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCAACGCCTTCTCAAGCCTTATT
126 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
1028 ACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTGGAATATTTTTTTATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTAT
* * * * *
1093 TAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAGAAAACCTTAAGAAAAAG-CATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* *
1157 GAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATT
130 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
1198 AATCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATACTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTA
* * ** *
1262 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** *
1326 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCACCCCTTCGAAAGCCTTATT
129 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * * * *
1368 TCTCGCTTAAAAT-AGTTTCACATTCTCATAATTGACTTTAATTTGAATCTTTTTATATTTTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTA
* * * * * * *
1432 TTAAAATAGATAATAATT-AGATGTCTGCTTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCT-AGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * *
1496 GAAAAGTCC-ATTTAGAGTGACCTATGCCTTCAAAAGCGTCT-TT
128 GAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT-TATT
* **
1539 ACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTACA-TTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTA-
* * * * ** *
1601 TTAAAACAGATTACAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACCT-AATGAAAAAGGTATTCGTTGGCAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAACCTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* ** * * * *
1665 GAGAAGTGTATTTATAGCCACCCGAGCCTTCAAAAACCCTATT
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
1708 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTAATTTAAGTTGAATGTTTTTTCATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTAT
* ** * ** * *
1773 TAAAAAAGATTATAATCAAATGTCTACCTCAGGAAACAC-GAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAG
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAAC-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
1837 AAAAG-TTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATT
129 AAAAGCCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
1879 ACTCATTTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTTTATTTTTTA
* * * * **
1943 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATGATTAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
2008 AAAAGTCC-ATTTATACTTAGCCATA-CCTTCGAAAGCCCTATT
129 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
2050 ACTTGCTTTAATTGCTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTTTAATTTTTTC
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTT-ATTTTTT-
* * * * * ** *
2113 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACATGAAGAAAACGATATTCATTGCCAA
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* *
2177 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2220 CCTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-A-GTTTTTACATTTATA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTA-TTTTTTA
* * * * *
2283 GTTAAAACAGATTACAGTTGAATGTTTGA-CTAAGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
65 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT-AGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
*** * * **
2347 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACTTGAGCATTCCAAAGCCCCATT
127 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
2391 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTGAAGTT-AA-ATTTTTTCATATTTTT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATATTTTTT--TATTTTT
* * * * * **
2453 TATTAAAACAGATTATAATTGAA-GTTCAACTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
63 TATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTAC-CTAGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * *
2517 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTCATT
126 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
2562 ACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTAT
* * * * * * * *
2627 TCAAACAGATTACAGTTGAATGTCTGCTTAGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-GAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
*
2692 AAAGCTTA-TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** *
2732 ACTCACCTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGACATTAAGTAGAAT-TTTTTTATATTTTTT
1 ACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT-TATTTTTT
* *
2795 ATTTAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCT
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
2826 CGAGAANNNN
Statistics
Matches: 1584, Mismatches: 318, Indels: 133
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.00
168 49 0.03
169 180 0.11
170 525 0.33
171 773 0.49
172 33 0.02
173 17 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:1489 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 688--2815 Score: 2051
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 338
678 NNNNNNNNNN
* * * **
688 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
753 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACAT---GAACAAGCCATTCCTTAGCAA
65 TTAAAACAGATTATAATT-GATGTCTA-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * *
814 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
** * * * * * *
879 ATCTCATAATTGATTTGCAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTTATGAAAACATATTATAATTGAATG
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG
** ** ** *
944 TCTACCTTGAGAAATGTAAGAAAAAAGATATTCATTCCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA
258 TCTACC-TGAGAAACCTAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** *
1009 CGCCTTCTCAAGCCTTATT
321 -GCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * *
1028 ACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTGGAATATTTTTT-TATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * * *
1092 TTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAGAAAACCTTAAGAAAAAG-CATTCATTGGTAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * *
1156 AGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTAATCGCTTTAAAT-AGTTTTATA
129 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * *
1220 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATA
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG
** *
1285 TCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
258 TCTACCT-GAGAAACCT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
1349 CCCCTTCGAAAGCCTTATT
321 -GCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * * * * * * *
1368 TCTCGCTTAAAATAGTTTCACATTCTCATAATTGACTTTAATTTGAATCTTTTTATATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * *
1433 TAAAATAGATAATAATTAGATGTCTGCTTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGATTATAATT-GATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * *
1498 AAAGTCC-ATTTAGAGTGACCTATGCCTTCAAAAGCGTCT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTCTA
130 AAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* *
1561 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTACAGTTGAAT
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTACAATTGAAT
* * ** * * ** *
1623 GTCTGCCTAAGGAAACCTAATGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAGAAGTGTATTTATAGCCACCC
257 GTCTACCTGA-GAAACCTAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
1688 GAGCCTTCAAAAACCCTATT
320 -AGCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * *
1708 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTAATTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTA
* ** * * * * *
1772 TTAAAAAAGATTATAATCAAATGTCTACCTCAGGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAG
65 TTAAAACAGATTATAAT-TGATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * * ** *
1837 AAAAG-TTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATGATTTGATA
129 AAAAGCCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* *
1901 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAAT
* * * ** * * *
1965 GTTTACCTCGAGAAGCATGATTAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTAGCC
257 GTCTACCT-GAGAAACCT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
2030 ATACCTTCGAAAGCCCTATT
320 A-GCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * * * * *
2050 ACTTGCTTTAATTGCTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA-ATTTTTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-A
* * * * *
2114 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TC-GAGAAACATGAAGAAAACGATATTCATTGCCAA
65 TTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTACTTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * * *
2177 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGATTTTTTA
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
2242 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-AGTTTTTACA-TTTATAGTTAAAACAGATTACAGTTGAA
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTACAATTGAA
* * *
2305 TGTTTGA-CTAAGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA
256 TGTCT-ACCTGAG-AAACCT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA
** * * *
2368 CTTGAGCATTCCAAAGCCCCATT
317 C-CCAGCCTTCAAAAGCCCTATT
* * *
2391 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTGAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * ** *
2455 TTAAAACAGATTATAATTGAAGTTCAACTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGATG-TCTACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * *
2520 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTA
129 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *
2584 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTTCAAACAGATTACAGTTGAATG
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG
* * * * *
2649 TCTGCTTAGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG--CTTATTATAGTCACCC
258 TCTACCT-GAGAAACCT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCC
*
2712 AAGCCTTCAAAAGCCTTATT
320 -AGCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * * *
2732 ACTCACCTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACATTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
*
2797 TTAAACAGATTATAATTGA
66 TAAAACAGATTATAATTGA
2816 ATCTCTACCT
Statistics
Matches: 1477, Mismatches: 254, Indels: 113
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 12 0.01
339 84 0.06
340 416 0.28
341 598 0.40
342 351 0.24
343 16 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
AAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCT
ACCTGAGAAACCTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGCCTT
CAAAAGCCCTATT
Found at i:4363 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 4148--4611 Score: 310
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 160
4138 ATAAAAGCAA
* * *
4148 TTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATGGTTGAGTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATGGTTCACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAA
* * * * * * *
4213 TGGCTTTTTAATCACGCTTCTTGAGGCAGACATTCAACTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTGG
66 TAGCTTTTTAATCACGCTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT--
4278 AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNAT
129 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA----------AT
* * * * *
4319 TTAAAGCGAGTAAT-GAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TCACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATT
1 TTAAAGCAAGTAATAG-GGCTTTCGAAGGCAT-GGTTCACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATG
** * * * * *
4382 AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATAT
64 AATAGCTTTTTAATCACGCTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT
*
4447 AAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATAGTGAAACCGT
129 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTAT--G--A--G-AA---T
* * * * * * *
4489 TTTAAGCAAGAAATTA-AGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATG
1 TTAAAGCAAGTAA-TAGGGCTTTCGAAGGCATGGTTCACTATAAA-TGCACTTTTCTTACCAATG
** * * * * *
4552 AAT-GACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAA
64 AATAG-CTTTTTAATCACGCTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAA
4612 CGTGTAAAAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 35, Indels: 37
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
169 6 0.03
170 123 0.51
171 104 0.43
172 3 0.01
174 1 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATGGTTCACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAA
TAGCTTTTTAATCACGCTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAA
ACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
Found at i:4737 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4050--5137 Score: 980
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
4040 NNNNNNNNNN
* * *
4050 TTTCTTCACGTTT-CTCAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA-A
1 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAATA
* * * * * *
4113 TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCAATTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCA
65 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * *
4178 TGGTTGAGTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
130 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
** * * * * * * *
4219 TTTAATCACGCTTCTTGAGGCAGACATTCAACTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTGGAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAAT
********** *
4284 -TTAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGC
64 ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
4348 ATAGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATTAATAGCTT
129 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * *
4390 TTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATATAAACAAT-
1 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAATA
* * * * * *
4454 TTAGCTTAAAATCAATTATGAGA-TAGTGAAACCGTTTTAAGCAAGAAATTAA-G-TTTTCGAAG
65 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTT-GAAG
* * *
4516 GCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
127 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * *
4560 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAACGTGTAAAAAATA
1 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA-ATGTAAAAAATA
* * * * *
4625 TTCAACTTCAAATCACTTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGC
65 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
4690 TTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTAACCAATGAATGGCTT
129 ATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * * * * * *
4732 TTTCTTAAGGTTTTCCT-AAGCAAACATTGAATTGTCATCTATTTTAATAAAAAATG-AAAAAAC
1 TTTCTTCACG-TTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAT
* * * * **
4795 ATTCCACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTAAAAGG
64 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * **
4860 CGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTT
128 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TT
* * *
4904 TTTCCTT-ACATTTCCTGAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTTTAATAAAAACTGTAAAAAA-
1 TTT-CTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-TGTAAAAAAT
* * * *
4967 ATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-GAAGTGATAAGGCTTTTAAAG
64 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** *
5031 GCATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTGTCAAGGAATGGCTT
127 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * *
5075 GTTCTTCACATTT-CTCGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATTTAAAAAA
1 TTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA
5138 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 151, Indels: 52
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.02
170 174 0.23
171 290 0.39
172 234 0.32
173 25 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATAT
TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
Found at i:5122 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4050--5129 Score: 1014
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 337
4040 NNNNNNNNNN
* * *
4050 TTTCTTCACGTTTCTC-AAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA-A
1 TTTCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG-AAAAAACA
* * * * *
4113 TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCAATTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCA
65 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * * *
4178 TGGTTGAGTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTAATCACGCTTCTTGAGGCAGA
129 TGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTT-CTTACGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * ** *
4243 CATTCAACTGTAATTTGTTTTAACCAAAAA-TGTGGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
191 CATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
********** * * *
4307 NNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATAGGTCACTATAAATGGACTTTT
255 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
4372 TTTACCAATTAATAGCTT
320 CTTACCAATGAATGGCTT
* * * *
4390 TTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAACAA
1 TTTCTTCACGTTTCTC-GAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGA-AAA-AA
* * * * * *
4453 -TTTAGCTTAAAATCAATTATGAGA-TAGTGAAACCGTTTTAAGCAAGAAATTAA-GTTTTCGAA
63 CATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-T-AAACCATTTAAAGCAAGTAA-TAAGGCTTTCGAA
* *
4515 GGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
125 GGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTT-ACGTTTCTTGAGG
* * * * *
4580 CAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAT-AAAACGTGTAAAAAATATTCAACTTCAAATCACTTA
187 CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAC-TGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
4644 TGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG
250 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GG
*
4709 -CTTTTCTAACCAATGAATGGCTT
314 ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * * * *
4732 TTTCTTAAGGTTT-TCCTAAGCAAACATTGAATTGTCATCTATTTTAATAAAAAATGAAAAAACA
1 TTTCTTCACGTTTCT-CGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGAAAAAACA
* * * * **
4796 TTCCACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTAAAAGGC
65 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
4861 GTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTTCCTTACATTTCCTGAGGTA
128 -TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-C-TTTTT-CTTACGTTTCTTGAGGCA
* *
4926 GACATTGAATTATAATATGTTTTAATAAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAG
189 GACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
4991 ATTATAAAACTATTTAAAG-GAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAACTGGACTT
254 ATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
** *
5055 TTCTTGTCAAGGAATGGCTT
318 TTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
5075 GTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT
5130 TTAAAAAANN
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 116, Indels: 51
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 19 0.03
341 161 0.27
342 144 0.24
343 208 0.35
344 51 0.09
345 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGAAAAAACAT
TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTC
AATTATAATATGTTTTAATAAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGGCTT
Found at i:5637 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5371--5776 Score: 545
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 172
5361 AAACTATAAC
* * *
5371 AAAATTCTACTTGAAGTCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGA
1 AAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGA
* ** * **
5436 AGGCGTATTTGACAATAAATTAACATTTCTTA-CTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
66 AGGCATAGGTAACAATAAATTAACATTTCTTATC-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGA
**
5500 GGTAGACATTTAATTATGGTCGGTTTTAACT-AAAAA-TG-AAA
130 GGTAGACATTTAATTATAATCGGTTTTAA-TAAAAAATTGTAAA
* * * *
5541 AAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAGGGTTTTTGA
1 AAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGA
* *
5606 AGGCATAGGTAACTATAAA-TAGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGA
66 AGGCATAGGTAACAATAAATTA-ACATTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGA
* *
5670 GGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTGTAAA
130 GGTAGACATTTAATTATAATCGGTTTTAATAAAAAATTGTAAA
* *
5713 AAAATTCTACTTAATGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTG
5777 CATGCTTGAG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 25, Indels: 10
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 139 0.68
171 7 0.03
172 56 0.27
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGA
AGGCATAGGTAACAATAAATTAACATTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAG
GTAGACATTTAATTATAATCGGTTTTAATAAAAAATTGTAAA
Found at i:7311 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5968--8486 Score: 1569
Period size: 170 Copynumber: 14.7 Consensus size: 170
5958 NNNNNNNNNN
* * * *
5968 AAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAAT
* * ** ** * *
6032 ATCTTCTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGAGC-TTCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAAATATAA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA
* * * *
6096 AAAAATTTAACTTTAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
6139 AAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTGGAAGGC-TCGGGTGACTATAAATAAGCTTTTATTGCTGATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAA
* * * * * * ** *
6202 T-G-TTTTTTTCTCAGGTTTCCTTACGCAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATA
64 TAGCTTTTTCT-TCACGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * *
6265 AAAAATTTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTAGAAAATCATTT
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
********** * * * * * * * *
6309 NNNNNNNNNNATGAGCCTTTTGAAGGCATAGGTCACTATAACT-GGACCTTTCTTGCCAATGAGT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * * * * * * *
6373 GGCTTTTTCCTCATGTTT-TTAAAGGCAAACATGCAATTGTTACCTATTTTAATGAAAAATGTAA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTTCTT--AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA
* * * * *
6437 AAAAATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTGTAAAATCGTTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
6480 AAAGTGAGAAATAAGGCTTATAAAGGTATGGTTGACTATAAATAGACTTTTTTTG-TCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCT-AATGAAT
* * * * * * *
6544 ATCTTTTTCTTCACATTTC-TCGAGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTTAA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
* * * *
6608 AAAATT-AATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGCAATT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*** * ** * * *
6649 AAAATAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCATGGCTGAGTATAAAT-GGACTTTTTTTG-TCAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCT-AATGAA
** * * *
6712 T-GACTTTTTAATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATG-A
64 TAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * * **
6775 AAAGAATACAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATNN
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
******** * * * *
6819 NNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGATGACTATAAAT-GGACTTTTCTTTCTAATAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * *
6883 ATCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAATGTAAA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
* * * * * *
6947 AAAATTGAACTTCAAATAAATTATGAGATTATCAGACCTTTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * ********
6989 AAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTNNNNNNNNNN
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTT--GCTAATGA
* * ** * *
7053 ATA--TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTTTATTATAATCT-TTTATAACAAAAAAAG-
63 ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAATAAAAAATGT
* * *
7114 AAAAAACATTAAACTTAAATTCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
126 AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
7160 AAAGCGAGTAAT-AGGGTTTTAAAGGC-TCGGGTGACTATTAATAGGCTTTTCTTGCTAATAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * **
7223 AGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTTAGGCATACATTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AA
* * * * *
7288 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGATATTAGAAAATCATAT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * * *
7331 AAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAATGCATAGATCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * *
7396 GCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATGTATCGTATTTATAATTGACAAAATG
66 GCTTTTTCTTCAC-GTTTCTTAGGTAGACATTCAATTAT-AATC-TGTTT-TAA-T-AAAAAATG
* * * * *
7461 TAAACAAGACATTGGGTGAGAGAGACTCT-CAAT-AATTATGAGATTGTGAAACCGTTT
125 TAAA-AA-A-A-T---T----CA-ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** ** * * *
7518 TAAGCGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGGGTCATTATAAAT-GGACTTTTCTT-ATCAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCT-AATGAA
* * * * * * *
7581 TGGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTCAATAAAAAGTGTAA
64 TAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA
* *
7646 AAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
7689 AAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTG-TCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCT-AATGAAT
* * * * * * *
7753 GGCTTTTTCTTAAGGTTTCCCTAGGTAAACATTCAA-CAGTAATCTGTTTTAA-CAAAAATG-AA
65 AGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA
* * * * *
7815 AAAACATTCCACTGAAAGTCATTTATGATATTAT-AAACCTATTT
128 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTT
* * * * * * *
7859 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTTGGTAACTATAAGT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * *
7923 ATCGTTTTTCTT-ACATTTCTCGAGGTAGACATTCAAATAGAACCTGTTTTAATAAAAAAATGTA
65 AGC-TTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTA
* * * * *
7987 AAAACAATTGAACTTCAAATTAATTATGAGGTTATAAAATCATTT
127 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
8032 AAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGGTGAC-AGTAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTA-TAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGA
* * * * * * * * *
8094 ATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTATTTCAGTAAAAAGTGTA
63 ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * *
8159 AAAAATTTC-ACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
8202 AAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG-TCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCT-AATGAAT
* * * * ** * * * *
8266 GGCTTTTTCTTAAAGTTTTCCTAGACAAACATTCAACTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATG-AAA
65 AGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
* * * *
8330 AAACATTCCACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAACCCATTT
129 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * ** * *
8373 AAAGTGAGCAATAAGCCTTTGGAAGGCGTTTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * *
8438 TCTTTTTGCTTTTA--TTTCCTGAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTT
66 GCTTTTT-C-TTCACGTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
8487 GCTTTTATTT
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 445, Indels: 194
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 142 0.08
170 734 0.41
171 529 0.29
172 121 0.07
173 118 0.07
174 9 0.00
175 4 0.00
176 3 0.00
177 9 0.00
178 2 0.00
179 2 0.00
180 1 0.00
181 2 0.00
182 10 0.01
183 2 0.00
184 2 0.00
185 3 0.00
186 9 0.00
187 93 0.05
188 6 0.00
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAATA
GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:8505 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 8437--8570 Score: 252
Period size: 42 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
8427 GCCAATGAAT
8437 ATCT-TTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
1 ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
*
8478 ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTAAGGTATACATTCAATTATA
1 ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
8520 ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
1 ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
8562 ATCTGTTTT
1 ATCTGTTTT
8571 AATAAAAAAT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.04
42 86 0.96
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.10, T:0.51
Consensus pattern (42 bp):
ATCTGTTTTGCTTTTATTTCCTGAGGTATACATTCAATTATA
Found at i:9253 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8953--9291 Score: 362
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
8943 NNNNNNAAAA
* * *
8953 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCTTAGGTCACTATAAATAGGATTTTCTTGTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATAGGTCACTATAAATAGGAATTTCTTCTCAAT
* * * * *
9018 GAATGGCTTGTTCTTCAGGTTTCCTTATGCAGACATTGAACTGCAATCTGTTTTAACAAAAAATG
66 GAATAGCTTGTTCTTCACGTTTCCTTAGGCAGACATTGAACTACAATCAGTTTTAACAAAAAATG
** ** *
9083 TATCAAAATTTTACTTGAAGTCAAATATGAGACTATAAATT
131 -AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAATATGAGACTATAAATT
* * *
9124 CATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTT-GAAGGCATAGGTGACTATAAGT-GGACATTTCTTACT-
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGCATAGGTCACTATAAATAGGA-ATTTCTT-CTC
* * * * * * * * *
9186 AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAGGTAGACATTTAATTATACTCAGTTTTTACCAAA
63 AATGAATAGCTTGTTCTTCACGTTTCCTT-AGGCAGACATTGAACTACAATCAGTTTTAACAAAA
* *
9250 AATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
127 AATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAATATGAGACTATAAA
9292 ACTANNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 27, Indels: 9
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.27
171 95 0.69
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATAGGTCACTATAAATAGGAATTTCTTCTCAAT
GAATAGCTTGTTCTTCACGTTTCCTTAGGCAGACATTGAACTACAATCAGTTTTAACAAAAAATG
AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAATATGAGACTATAAATT
Found at i:10083 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9544--10091 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
9534 NNNNNNTAGG
* * * * * * * *
9544 CTTTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTTTCTTTAGGTTTCCCTAGGAAAACACTCAACTGTAATCTA
1 CTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTTC-TCATGTTTCCTTAGGAAAACATTCAACTGTAATCTG
* * *
9608 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAATATTAAAGTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAA
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT-TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAA
* * * *
9672 GCGAATAATGAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGA
129 GCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAATTGGA
* * * * * *
9715 CTTTTGTTGCAAATGAATATCTTCTTCTTCT--TGTTTCCTAAGGTAAAAC-TTCAATTATAAAC
1 CTTTTCTTGCAAATGAATAGCTT-TT-TTCTCATGTTTCCTTAGG-AAAACATTCAACTGTAATC
* * * *
9777 TG-TTTAAATATAAAATATAAAAAA-TTCAAC-TACAAATTAATTCTGAGATTATAAAATCATTT
63 TGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAATTTCAACTTA-AAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTT
* *
9839 AAAGCGAGTAAT-AGAGC-TTTGAAAGG-GTCAGGTGACTATAAATAGG-
126 AAAGCGAGTAATGAG-GCTTTTG-AAGGCATC-GGTGACTAT-AATTGGA
** ** *
9885 CTTTTCTTGCTGATGAATATTTTTTTTCTCAAGTTTCCTTA-GACAAACATTCAACTGTAATCTG
1 CTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTTCTCATGTTTCCTTAGGA-AAACATTCAACTGTAATCTG
*
9949 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAG
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAG
* * *
10014 TGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGCATCGGTCACTATAATTGGA
130 CGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAATTGGA
* *
10056 CCTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTTCTCATGTTT
1 CTTTTCTTG-CAAATGAATAGCTTTTTTCTCATGTTT
10092 TCCAAGGTAG
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 51, Indels: 46
0.76 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.02
169 16 0.05
170 118 0.39
171 136 0.45
172 22 0.07
173 3 0.01
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTTCTCATGTTTCCTTAGGAAAACATTCAACTGTAATCTGT
TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGC
GAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAATTGGA
Found at i:10164 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10129--10230 Score: 80
Period size: 31 Copynumber: 3.2 Consensus size: 31
10119 ATTTTAAGGC
10129 ATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
1 ATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * *** ** *
10160 ATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGTGGC-
1 ATGAATGACTATAAATGGAC-TTT-TCT--TGCCA
10194 ATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
1 ATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
10225 ATGAAT
1 ATGAAT
10231 ATCTTTTTCT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 18, Indels: 10
0.63 0.24 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.06
31 18 0.38
32 6 0.12
33 6 0.12
34 12 0.25
35 3 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
ATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
Found at i:10195 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 10126--10251 Score: 227
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
10116 TTTATTTTAA
*
10126 GGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTCACGTTTCTCTAG
1 GGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCACGTTTCTCTAG
10190 T
65 T
10191 GGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
1 GGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
10252 GAGTAGACAT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 1, Indels: 2
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 58 0.98
66 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (65 bp):
GGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGT
Found at i:10686 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10199--19834 Score: 6776
Period size: 171 Copynumber: 56.9 Consensus size: 170
10189 GTGGCATGAA
* * *
10199 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * *
10263 CAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGATATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
10327 AAAGC-AATTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAAGCA-TGG
130 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * **** * *
10367 CTGAGTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTAAAAATGCTTCTTGAGTTAGACAT
1 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * *
10431 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-ATAAAAAT-GAAAAGAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* *
10494 TAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATTGG
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * *
10537 TGACTACAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGATAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * *
10602 CACTTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATTAATCATGAGATTATC
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
** * * * *
10667 AAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGATTTCGAAGGTATGGG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * *
10708 TGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATA--TTTTTTTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * *
10771 TAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATA-GAAAACATTCAACTTAAATTCAATTACGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *
10835 AAA-TCATTTAAAGCGAGCAAT-AGTG-TTTTGGAAGGC-TCGGG
130 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTT-GAAGGCAT-TGG
* * * * * *
10876 TGACTATGAATAGG-CTCTTCTTGCTAACGAATAGCTTTTTCCTCAAT-TTTCCTT-AGGCAGAC
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTC-ATGTTT-CTTGAGGTAGAC
* * ** * * * *
10938 ATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTAAAATCTATTATGAGATTA
63 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
11003 -GAAATTCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATAGG
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * * *
11046 TCACTATAAATGAACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCCTGTGGCAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * *
11110 TCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* *
11175 AAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGTG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-G
* * * * * *
11217 TGACTATAAATAG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAAGGTTTCCCT-AGGTAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACAT
* ** * * * * * *
11280 TCAACTGCAATATGTTTTAAGAGAAAAT-TGAAAAACATTCCACTTAAAGTCAATTATAAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* *
11344 TAAAA-TCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTTGG
128 TAAAACT-ATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * **
11387 TGACTATAAACGGACTTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCCTTACAT-TTTC-CAAGGTAGAC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATAGCTTTTT-CTT-CATGTTTCTTGAGGTAGAC
*
11449 ATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
63 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATT
* * * *
11514 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGG
127 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * *
11558 TGCCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAGGAATGGCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* *
11623 TAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * * *
11687 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGA
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * *
11729 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGA-TTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGGTAGACAT
* *
11792 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATC-ATTATGAGATTAC
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
*
11856 AAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGC--TT----G----GG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * *
11887 TGACTATAAATAGG-CATTTT-TGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTC-CGTATGCAAAC
1 TGACTATAAAT-GGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGGTAGAC
* * * * * * *
11949 ATTCAACTGTAATTTGTTTAAACT-AAAAATATAACAAAATTCCACTTAAAGTCAAATATGAGAT
63 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGAT
* * *
12013 TAT-AAATTCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATTGG
126 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * * * *
12058 CGACTGTAAATGGACATTTCTTGCTAATCAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * ** * *
12123 CAATTATAGTCAGTTGTAACCAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *
12187 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAT-G
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCAT-TGG
* * * * * ** * * *
12228 TGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCGAAGTAAAAATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * ** * *
12293 CAATTATAATATGTTTTGATAAAAAATAAAAAAAAATTCTGCTTAACGTCAATTGTGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATA
** * *
12358 AGTCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GG
* * * * * * * * *
12399 TGACTGTAAATAGG-CTTTTCTGGCCAATGAATTGCCTTCTCTTCAAGTTTCTTTAGGCAAACAT
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * ** * * * * *
12463 TCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAATTTAAAATCAATTATGAGTTTAA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
12528 AAAATTATATAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATAGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * * * *
12570 TCACTATAACTGAACCTTTCTTACCAATGAA-AGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * ** * * *
12634 TCAATTCTTATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTGT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
12699 AAAA-TCGTTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
129 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * *
12741 TTACTATAAATGGATTTTTCTTGCAAATGAATATCTTTTT-TCTCACGTTTCTCT-A-GTAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT-TCATGTTTCT-TGAGGTAGACA
* * * * * * *
12803 TTCATTTGTAATATG-TTTATTGAAATATATAATAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* * *
12866 TAAAAGCTA-TTAAAGCAAGT--TATGGCACTTTCGAAGGCA-TGG
128 TAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGG--CTTTTGAAGGCATTGG
* * ** * * * *
12908 TTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAT-GACTTTTTAATGACGCTTCTTGATGTAGACA
1 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
* * * * *
12972 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAACT-GAAAAGAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* *
13036 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** * *
13079 TGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGT-GAATAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAG-ACAT
* *
13143 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAACAT-AATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AA-ATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
13207 TCAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATGGG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** * ** * *
13250 AGACTATAAATGAACGTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGATGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * ** ** *
13315 TAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGA-GGAAGCATTGAACTTAATATCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
13379 AAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AGTATTTTGGAAGG-GTCGGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCAT-TGG
* * * *
13421 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTT-AGGGAGACA
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* * ** * *
13484 TTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
13549 GAAAA-TCATTTAAAACAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATAGG
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** * * *** * ** *
13592 TAACTATAAATGAACAACTTT-TT--C--TTCAT-G--TTTTC-TGAGGCAAACATTCAATTATT
1 TGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATG-TTTC-TTGAGGTA-G
* * ** * * *
13648 ATCTATTTTAA-TAAAAAATG---T-A-AAAAAATTTAACTTAAAA-TCAA-TT--ATGAGATTA
61 A-C-A-TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA--AAAAATTCAACTTAAATCA-ATTA
* * * *
13703 T--G-----AAACCGT-TTT-AAGCGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCA-CGAG
120 TGAGATTATAAAAC-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-G
* * * * * *
13746 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTTTTGAAGTAGACTTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * * *
13811 CAATTATAATTCT-TTTCAGTAAAAAGTGTAAGAAAATTAAATTTCAAATCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAA-TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
13875 AAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGCAGGC-TTGTG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-G
* * * * * * *
13917 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCCTAAGGTTTCCCT-AGGCAAACA
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* * * * ** *
13980 TTCAACTGTAATTTGTTTTAACT-GAAAAT-TGAAAAACGTTCCACTTAAAGTCAATTATGAGAT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGAT
* * *
14043 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTGGAAGGCATTGG
126 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** ** *
14088 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTGATTACA--TTTCCAGAGGTAGACTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTT-CATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* *
14151 TCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
14216 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTTAAAAGAATGGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * ** ** * *
14258 TAGA-TATAAATGGACTTTTCTTCCCAAAGAATGGATTGTTCTTCATGCTTCTCAATATAAACGT
1 T-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * * * *
14322 TTAATTATAATCTATTTAAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGGTTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * *
14387 AAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATAGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* ** * *
14428 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA--TCTTTCTTCACCTTTCCTGATGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* *
14491 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTCAAATC-ATTATGAGATTGTA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* *
14555 AAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TTGGG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GG
* * *
14595 TCATTACAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCA-GATTTCTT-A--TACGG
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGTA--G
* * ** * *
14654 ACATTCAACTGTAATCTGTTTTAGCAAGAAAATGTAACAAAATTTC-ACTTAAAGTCAGA-TATG
61 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA-AAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAA-TCA-ATTATG
* * * **
14717 AGATTAT-AAATTCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCACAGG
122 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * *
14766 TGACTACAAATGGAC-ATTCTTGCTAATGAATATCTTTTTATTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * ** ** *
14830 TAATTATAGTCAATTTTAA-CCAAAA-ATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *
14893 AAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-ATTGAAAGGCATAGG
130 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATTGG
* * * * ** *
14934 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCATTTCTT-TACAT-TTT-TCAAGATAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTT-TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
* * *
14996 TTCAATTATAATATGTTTTAAGAAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATT
* * * ** * *
15061 ATCAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TCCGATGGCATGGG
127 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** * * *
15104 TGACAATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGAGATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * ** * *
15169 TAATTATAATCTATTTTAGGAAAAAATGA-AAAAACATACAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * * * *
15233 GAAACCATTTAAAAG-GAATAATAAGG-TTTTGAAAGGTATAGG
129 AAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATTGG
* ** *
15275 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACCTTTCCTGATGG-AGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGACAT
*
15339 TTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATC-ATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* *
15403 AAAAC-ATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GG
* * * * * * * * * **
15444 TGACTATAAATATG-CTTTTCTGGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTAAGTTTCCTT-ATGCAAATG
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* * * *** * * * *
15506 TTCAACTGTGATCTGTTTTACCCAAAAATGTAATAAAATTTC-ACTTGAAGTCAAATATGAGATT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA-AAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATT
* * * * *
15570 AT-AAATTCATTTAAAACGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAGA
127 ATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * * *
15614 TGACTATAAATGCAC-ATTCTTTCGTAATGAATATCTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * ** *
15678 TTAATTATAGTCAGTTTTAAGCAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* ** *
15742 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATTGG
* * *
15784 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTGTCTAG-GGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTT-TCTTGAGGTAGACAT
*
15848 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
15913 TCAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* ***
15956 TGACTATAAAT-GACCATTTT-TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACA
1 TGACTATAAATGGA-C-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
* * * * * *
16019 ATCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATGATATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
*
16084 TAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGAC-TTTGAACGGC-TCTGA
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAA-GGCAT-TGG
* * * *
16127 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCAGGTTTCCTT-AGGCAGACA
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* * ** * * * *
16189 TTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTGTGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* * * *
16254 GAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATAGG
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * ** * *
16297 TCATTATAACTGGACCTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * * *
16362 CAATTGTTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * * *
16427 AAA-TGGTTTGAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
130 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * *
16468 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCGTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* *
16532 CAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
16596 AAAGC-AATTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGATGGCA-TGAT
130 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-G
** ** ** *** * *
16637 TGAGAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GACTTTTTAATCACACTGCTTAAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * *
16701 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT-GAAAAGAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
*
16764 TAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
128 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** *
16807 TGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATA-TTTTCTTCTTCAAAT-TTTC-CAAGGTAAAC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT-TTCTTC--ATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * *
16869 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATT
63 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATT
* ** * * * ** *
16934 ATCAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGTACAGA
127 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* ** * * * *
16978 CGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * * *
17043 TAATTATAGTTTTTTTTAACAAAAAATGA-AAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * * **
17107 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAGGGC-TTTGAAAGGC-TCAAG
129 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCAT-TGG
* * * * * * * **
17149 TGACTATAAATAGCCTTTTCTTACTAATGAATAACTTTTTCTTTAGGTCCCCTT-AGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT-TTCTTGAGGTAGACAT
* * ** * *
17213 TCAATTGTAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAG
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * *
17278 AAAA-TCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGG
129 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * *
17320 TCACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTCCTGAAGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* ** * * ** * * * *
17385 CAATTATTATCTACTTAAATAAAAAATGTAAAAATGTTCAACTTAAAATCCATTTTGAGATTGTG
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
17450 AAACCATTTTAA--GAGAAATAAAGCTTTCGAAGTCA-TGAG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-G
* * *
17489 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGGA-AA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-GACAT
* * * * * * * *
17553 TCAATTGTAATTTGTTTTCATTAAATATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTATGAGATTA-
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * **
17617 AAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAAG
129 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * * * *
17660 TGATTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTAACGTTTCTTGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* *
17725 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTCAAA-CCATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
** *
17788 AAAC-ATTTAAAATGAGTAAT-AGGACTGTTGAAGGC-TTGAG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATTG-G
* * * * * *
17828 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAAAGTTTCCTT-AGGAAAATA
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* * * *
17891 TTCAACTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAACATTCAACTTAAAGACAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATT
* * * *
17955 ATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTTGG
127 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
*
17999 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCCTTACA--TTTCTTGAGGTAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTT-CATGTTTCTTGAGGTAGACA
* * * *
18062 TTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTCAAATC-ATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* *
18126 TAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAACATA-GCTTTTGAAGG-TTTGGG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATT-GG
* * *
18168 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTT-ATGTAGACA
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACA
* ** * * * *
18231 TTCAACTATAATCTG-TTTAACGAAAAATATGACAAAATTCCACTTGAAGTCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
********** * **
18295 NNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * ** * * *
18338 TAACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * * **
18403 TAATTATAGTCAGTTTAAACCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *************************
18467 AAACCA--T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* *** * * * *
18501 TGAGTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGATAGATAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACAT
* *
18565 TCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18630 CAAA-TCATTTAAAGCAAGCAATAAGGC-TTTCAACGGCATGGG
129 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATTGG
** * * * * *
18672 CAACTATAAATGGACTTGTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTAGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
** * * ** * * *
18737 CAATTATAATCTAATTTCATAAAGAATGCATAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATCAGATTA-A
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
18801 AAATCTCTTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGCATAGG
130 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * **
18843 TGACTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAGTATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* *****************
18908 TAATTATAATCTGTTTTAACNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *
18973 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTGAAAGGCATAGG
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATTGG
* ** * * * * *
19014 TGGCTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCCTCTTGTTT-TCTGAGGTTGACAA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGAC-A
* * *
19078 TT-AATTATAAT-TGGTTT--T----AA-CTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATAA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* ** * * *
19134 AAAAAC-ATTTAAAGCGAGTGGTAAGACTTTGGAAGGCATAGG
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* ** * * * * * * * *
19176 AGACTATAAATAAAATTTTTTTTCCAATCAATA--TTTTT-TTCACGTTTTTTAAGGTAGATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* ********************
19238 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-T----TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAA
***** *
19298 NNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGC-TTAGG
131 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GG
* * * *
19338 TGACTATAAATAGG-CTTTACTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATAT
1 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * * * *
19402 TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAATATTTAACTTCAAATTAATTATGATATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* ********
19466 TAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNN
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
** * * * * * * *** * *
19509 NNACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTGTCATCACGTTTCCAAATGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
* ** * * ** *
19574 TAATTATAATCTAATTTAGTAAAAACTAT-AAAAAATTTGACTTCAAATCAATTATGAGATGA-A
66 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
19637 AAATCCATCTCAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCATAGG
130 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
* * * * *
19679 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATAAATATG-TTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAGATAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
* * * *
19743 TTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAACACTCAATTTAAAGTCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
*
19807 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
128 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
19835 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7425, Mismatches: 1629, Indels: 824
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.00
153 3 0.00
154 36 0.00
155 10 0.00
156 4 0.00
157 8 0.00
158 45 0.01
159 84 0.01
160 31 0.00
161 37 0.00
162 115 0.02
163 114 0.02
164 54 0.01
165 72 0.01
166 46 0.01
167 90 0.01
168 602 0.08
169 786 0.11
170 1916 0.26
171 3088 0.42
172 262 0.04
173 19 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGG
Found at i:11186 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 9542--18469 Score: 6439
Period size: 341 Copynumber: 26.4 Consensus size: 338
9532 NNNNNNNNTA
* * * * * * * * * * *
9542 GGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTCCCTAGGAAAACACTCAACTGTAATCT
1 GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * *
9607 ATTTTAACT-AAAAATGTAAAAATATTAAAGTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAA
65 GTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * * * *
9671 AGCGAATAATGAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCAAATGAATATC
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC
* ** * * * *
9736 TTCTTCTTCTTGTTTCCTAAGGTA-AAACTTCAATTATAAACTGTTTAAATATAAAATAT-AAAA
194 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAATATAAAAA
* * * *
9799 AATTCAAC-TACAAATTAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTGAA
257 AATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTG-A
*
9862 AGG-GTCAGGTGACTATAAAT
319 AGGCAT-AGGTGACTATAAAT
** * * * ** * * *
9882 AGGCTTTTCTTGCTGATGAATA-TTTTTTTTCTCAAGTTTCCTTAGACAAACATTCAACTGTAAT
1 -GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT-TCAA-TTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAAT
** * * *
9946 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAATCATTTA
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * * * * * *
10011 AAGTGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGCATCGGTCACTATAATTGGACCTTTCTTGTCAATGAATGG
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG
* * * * * * * **
10076 CTTTTT-TCTCATGTTTTCC-AAGGTAGACATGCAATTGCT-ATTTATTTTAAGGCATGAATGAC
193 CTTTTTCT-TCACG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAA--TAAAAAT-A-
* ** **** * **** * **
10138 T--ATAAA-TGGACTTTTCTTGCCA--ATGA-ATTAGT-TTTTC--TT-CA-C--GT--T--TCT
251 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT
* * * *
10186 CTAG-TGGCAT-GAATGACTATAAAT
314 TTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAAT
* ** * *
10210 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGTAGACATTCAATTATAATA
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCTTAG-GTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
10274 TGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGATATTATAAAAGCAATTAA
64 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * *
10338 AGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAAGCAT-GGCTGAGTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGG
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG
**** * * * * * * *
10401 CTTTTTAAAAATGCTTCTTGAGTTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAATAAAAAT-GAAAAG
193 CTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAA
* * * * *
10465 AATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
257 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAG
* *
10530 GCATTGGTGACTACAAAT
321 GCATAGGTGACTATAAAT
* * * * *
10548 GGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTC-ATATTTCTTGAGATAAACATTCACTTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
10612 CTATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATTAATCATGAGATTATCAAA-CTATTT
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT
** * * * * * *
10676 AAAATGAGTAATAAGGATTTCGAAGGTATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * *
10741 --TTTTTTTTTATGTTT-CTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACAAAAA-ATAGAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA-AA
* * * * *
10802 AACATTCAACTTAAATTCAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT-AGTGTTTTGG
255 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTT-G
* *
10866 AAGGC-TCGGGTGACTATGAAT
318 AAGGCAT-AGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
10887 AGGCTCTTCTTGCTAACGAATAGCTTTTTCCTCAATTTTCCTTAGGCAGACATTCAACTGTAATC
1 -GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
** * * * *
10952 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-GTAAAATCTATTATGAGATTAGAAATTCATTTAA
64 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * *
11016 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATAGGTCACTATAAATGAACTTCTCTTGCCAACGAATGGC
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC
* * * * *
11081 TTTTTCTTCACTTTTCCTGTGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAGTGTAAAAAA
194 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAA
* *
11146 ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGG
258 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
*
11211 C-TTGTGTGACTATAAAT
322 CATAG-GTGACTATAAAT
* * * * * * ** *
11228 AGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-AAGGTTTCCCTAGGTAAACATTCAACTGCAATA
1 GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAA--TTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
11292 TGTTTTAAGAGAAAAT-TGAAAAACATTCCACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAATCATTTA
64 TGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-
* * * * *
11356 AAAG-GAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTTGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTAG-CAATGAAT
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCCAATGAAT
* * * *
11419 ACCTTTTTCCTT-ACATTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATA
191 AGCTTTTT-CTTCAC-GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATA
* *
11482 AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
253 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTT
* * *
11547 AAAGGCATGGGTGCCTATAAAT
317 GAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * ** *
11569 AGACTTTTCTTGTCAAGGAATGGCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATC
1 -GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAATC
** * *
11634 TGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
64 TGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * * *
11698 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATAT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG
* *
11763 CTTTTTCTTCAC-TTTTCTCGA-TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
193 CTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA
* * * * * *
11826 AAATTTAACTTCAAATC-ATTATGAGATTACAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTT----
256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAG
11884 G----GGTGACTATAAAT
321 GCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * * *
11898 AGGCATTTT-TGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCGTATGCAAACATTCAACTGTAAT
1 -GGC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
11962 TTGTTTAAACT-AAAAATATAACAAAATTCCACTTAAAGTCAAATATGAGATTATAAATTCATTT
63 CTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* * * * * * * * *
12026 AAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATTGGCGACTGTAAATGGACATTTCTTGCTAATCAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * * *
12091 ACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACATATTCAATTATAGTCAGTTGTAACCAAAAAT-GAAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAA
* * * *
12155 AAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAA
256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTG-AA
*
12220 GGCATATGTGACTATAAAT
320 GGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * ** * * * *
12239 GAACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCGAAGTAAAAATTCAATTATAATA
1 G-GCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
* ** ** ** * *
12304 TGTTTTGATAAAAAATAAAAAAAAATTCTGCTTAACGTCAATTGTGAGATTAT-AAGTCCATTTA
64 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTA
* * * * * *
12368 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTGTAAAT-AGGCTTTTCTGGCCAATGAATT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * * * * *
12432 GCCTTCTCTTCAAGTTTCTTTAGGCAAACATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAA
* * * * ** * * * *
12497 AATTTCAATTTAAAATCAATTATGAGTTTAAAAAATTATATAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTAAA
256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAA
* *
12562 GGCATAGGTCACTATAACT
320 GGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
12581 GAACCTTTCTTACCAATGAA-AGGTTTTTTCTTC-ATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTCTTA
1 G-GCTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTTCTTCAAT-TTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAA
* ** * * *
12644 TCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTGTAAAATCGTTT
62 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* * * * * * * *
12709 AAAGGGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGATTTTTCTTGCAAATGAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * *
12774 TCTTTTT-TCTCACGTTTCTCT-A-GTAGACATTCATTTGTAATATG-TTTATTGAAATATATAA
192 GCTTTTTCT-TCACGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAA
* * * *
12835 TAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-TATTAAAGCAAGT--TATGGCACTT
254 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGG---TT
* *
12896 TCGAAGGCAT-GGTTGAGTATAAAT
315 TTGAAGGCATAGG-TGACTATAAAT
* ** * *** *
12920 GGACTTTTCTTGCAAATGAAT-GACTTTTTAATGACGCTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCAATTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
12984 CTGTTTTAATCAAAACTG-AAAAGAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * *
13048 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATAT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG
* * *
13113 CTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGT-GAATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
193 CTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA
* * * * * *
13177 AAATTTAACTTCAACAT-AATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGATTTCGA
256 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGA
* *
13241 AGGCATGGGAGACTATAAAT
319 AGGCATAGGTGACTATAAAT
* * ** * * * *
13261 GAACGTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCACA-TTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAAT
1 G-GCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * ** * *
13325 CTTTTTTAATAAAAAATG-AGGAAGCATTGAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATT
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATT
* ** * * * *
13388 TAAAGTGAGTAAT-AGTATTTTGGAAGG-GTCGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCTAATG
126 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
13450 AATAGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTTAGGGAGACATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
188 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATAT
** * * * *
13515 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGGAAAATCATTTAAAACAAGTAATGAGGCTTT
252 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
*
13580 TGAAGGCATAGGTAACTATAAA-
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * *
13602 ---------TG--AA--CA-A-CTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCT
1 GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
13652 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCGTTTTAA
65 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * * *
13717 GCGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCA-CGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGT
130 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC
** * * * * * *
13781 TTTTTCTTCACGTTTTTTGAAGTAGACTTTCAATTATAATTCT-TTTCAGTAAAAAGTGTAAGAA
194 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAA
* * * * * *
13845 AATTAAATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGCAG
257 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAG
*
13910 GC-TTGTGTGACTATAAAT
321 GCATAG-GTGACTATAAAT
* * * * * * * *
13928 AGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCCT-AAGGTTTCCCTAGGCAAACATTCAACTGTAAT
1 -GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAA--TTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * ** * * *
13992 TTGTTTTAACTGAAAATTG-AAAAACGTTCCACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
63 CTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* * * *
14056 AAAGCGAGTAATAAGGCGTTGGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* ** * * * *
14121 TCTTTTGATT-ACATTTCCAGAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATATAAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA
* * ** *
14185 AAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTTAAA
256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGTTTTGAA
* * *
14250 AGAATGGGTAGA-TATAAAT
320 GGCATAGGT-GACTATAAAT
* * * * * * * ** * * *
14269 GGACTTTTCTTCCCAAAGAATGGATTGTTCTTC-ATGCTTCTCAATATAAACGTTTAATTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * ** * * *
14333 CTATTTAAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGGTTATAAAA-CTTTTT
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT
* *
14397 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * *
14461 --TCTTTCTTCACCTTTCCTGATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA
* * * * *
14524 AAATTGAACTTCAAATC-ATTATGAGATTGTAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAA
* * * * *
14587 GGCTTGGGTCATTACAAAT
320 GGCATAGGTGACTATAAAT
* *
14606 AGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCAGA-TTTCTTA--TACGGACATTCAACTGTA
1 -GGCTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTA--GACATTCAATTATA
** * * *
14667 ATCTGTTTTAGCAAGAAAATGTAACAAAATTTC-ACTTAAAGTCAGA-TATGAGATTATAAATTC
61 ATCTGTTTTAATAA-AAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAATC
* * * * * * *
14730 ATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCACAGGTGACTACAAATGGAC-ATTCTTGCTAATG
123 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * ** ** *
14794 AATATCTTTTTATTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCAATTTTAACCAAAA-ATG
188 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA
* * **
14858 AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTG
253 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTG
14923 AAAGGCATAGGTGACTATAAAT
318 -AAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
14945 GGACTTTTCTTACCAATAAATATC-ATTTCTTTACATTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
15008 ATGTTTTAAGAAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTT
63 CTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* ** * * * *
15073 AAAGCGAGCAATAAGGC-TCCGATGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
** * * * * * **
15137 TTTTTTTCTTTATGTTT-CTCGAGGTAGAGATTTAATTATAATCTATTTTAGGAAAAA-ATGAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAT-AAA
* * * *
15200 AAACATACAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAAG-GAATAATAAGGTTTTG
255 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGTTTTG
*
15264 AAAGGTATAGGTGACTATAAAT
318 -AAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * *
15286 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACCTTTCCTGATGG-AGACATTTAATTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTA-GGTAGACATTCAATTATAAT
* *
15350 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATC-ATTATGAGATTATAAAA-CATTTA
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * * *
15413 AAACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT-ATGCTTTTCTGGTCAATGAATG
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * ** * * * ** *
15477 GC-TTTTCTTTAAGTTTCCTTATGCAAATGTTCAACTGTGATCTGTTTTACCCAAAAATGTAATA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAA-A
* * * * ** * *
15541 AAATTTC-ACTTGAAGTCAAATATGAGATTATAAATTCATTTAAAACGAGTAATAGGGCTTTTGA
255 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGA
*
15605 AGGCATAGATGACTATAAAT
319 AGGCATAGGTGACTATAAAT
** * * * * * * * *
15625 -GCACATTCTTTCGTAATGAATATCTTTTGCTT-TATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAG
1 GGC-TTTTCTTGC-CAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAA
* ** * *
15688 TCAGTTTTAAGCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
62 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
** * *
15752 AAAATGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
15816 ATCTTTTTCTTCATGTTGT-CT-AGGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
191 AGCTTTTTCTTCACGTT-TCCTGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATAT-
* * * *
15879 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTT
252 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
*
15944 CGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * ** *
15967 GACCATTTT-TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-ATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTATAA
1 G-GC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
16030 TCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTT
62 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* * * *
16095 AAAGCGAGTAAT-AGGAC-TTTGAACGGC-TCTGATGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCTAATG
127 AAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAA-GGCAT-AGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
16156 AATGGCTTTTT-TTCAGGTTTCCTTAGGCAGACATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
188 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATAT
* * * * * * *
16220 AAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTGTGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTT
252 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
* * *
16285 TGAAGGCATAGGTCATTATAACT
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
16308 GGACCTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTGTTATC
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * ** *
16373 TATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATGGTTTGA
64 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
** * * * * *
16438 AGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC
* * * *
16503 GTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAA
194 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAA
* * * * * *
16567 A-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCAATTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGATGG
258 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
* **
16631 CAT-GATTGAGAATAAAT
322 CATAG-GTGACTATAAAT
** ** * *
16648 GGACTTTTCTTATCAATGAAT-GACTTTTTAATCACA-CTGCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCA-ATTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
16711 TCTGTTTTAACT-AAAAATG-AAAAGAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAATCATT
62 TCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
* * *
16774 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTTCCAATGAA
126 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * *
16838 TA-TTTTCTTCTTCAAATTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAGAAAATAT
190 TAGCTTT-TTCTTC-ACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAATAT
* * * * **
16901 AAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATCAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTT
252 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
* * * **
16966 TAAAGGTACAGACGACTATAAAT
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
** * * * *
16989 GGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATATTTCTTAAGGTAGATATTTAATTATAGT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
17053 TTTTTTTAACAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA-CAATT
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATT
* * * * * *
17116 TAAAGTGAGTAATAGGGC-TTTGAAAGGC-TCAAGTGACTATAAAT-AGCCTTTTCTTACTAATG
126 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCAT-AGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * * * *
17178 AATAACTTTTTCTTTAGGTCCCCTTAGGTAGACATTCAATTGTAATCCGTTTTAACCAAAAATAT
188 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATAT
* * * *
17243 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTT
252 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
* *
17308 TGAAGGTATAGGTCACTATAAAT
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
17331 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTATTC-ATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATTAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTT-CTTAGGTAGACATTCAATTATAAT
** * ** * * * * * *
17395 CTACTTAAATAAAAAATGTAAAAATGTTCAACTTAAAATCCATTTTGAGATTGTGAAACCATTTT
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * *
17460 AA--GAGAAATAAAGCTTTCGAAGTCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * * * *
17522 TCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGGA-AATCAATTGTAATTTGTTTTCATTAAATATGTAAA
192 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAA
* * * * * * *
17586 AAAATTGAACTTAAAATGAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
255 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGA
* * * *
17651 AGGTATAAGTGATTGTAAAT
319 AGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * *
17671 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTT-AACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAA-TTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
17735 CTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTCAAA-CCATTATGAGATTATAAAA-CATTTA
63 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
** * * *
17797 AAATGAGTAAT-AGGACTGTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCCAATGAA
128 AAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * * * *
17859 TGGCTTTTTCTTAAAGTTTCCTTAGGAAAATATTCAACTGTAATCTGTTTTAACAAAAA-ATAAA
190 TAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAT-AA
*
17923 AAAACATTCAACTTAAAGA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
254 AAAA-ATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
* * *
17987 GGAAGGCGTTGGTGACTATAAAT
316 TGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
*
18010 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCCTT-ACA-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
1 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTTCA-ATTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
18073 TCTGTTGTAATAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTCAAATC-ATTATGAGATTATAAAA-CATTT
62 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* ** * *
18136 AAAGCGAGTAACATA-GCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCCAATGAA
127 AAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * *
18199 TAGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTTATGTAGACATTCAACTATAATCTG-TTTAACGAAAAATATGA
190 TAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAA
* * * * ********** *
18263 CAAAATTCCACTTGAAGTCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
254 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTG
* *
18328 AAGGCATAAGTAACTATAAAT
318 AAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * ** ** * * * *
18349 GCACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTTAATTATAGTC
1 G-GCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * ** * *
18414 AGTTTAAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
64 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
18470 CCATNNNNNN
Statistics
Matches: 6834, Mismatches: 1419, Indels: 670
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
323 4 0.00
324 22 0.00
325 283 0.04
326 97 0.01
327 37 0.01
328 35 0.01
329 202 0.03
330 58 0.01
331 19 0.00
332 5 0.00
333 1 0.00
334 5 0.00
336 26 0.00
337 174 0.03
338 465 0.07
339 1311 0.19
340 988 0.14
341 1663 0.24
342 1293 0.19
343 141 0.02
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT
TTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGCATA
GGTGACTATAAAT
Done.