Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397428.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2739.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 646 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:834 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 418--5083 Score: 3827
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408 NNNNNNNNNN
* * * * * *
418 AAAACCCTTATTACTCTCTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTCT
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* *
483 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTACCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGATA
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGTTA
*
547 TTTATTGG-AATGAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC
130 TTCATTGGTAA-GA-AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * * * *
590 AAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGCTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-ATTCTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * *** * * **
654 TTTTATTTTTGACCCAAACAGATTATAATAGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * *
719 TTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAACCATACCTTT
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATACCTTC
* * * * * * ** * * * * *
761 GAAAGCTTTATTGCTTGTTTTAATTATTTTTATAATTTTATAATTAATTTTCAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
826 TATATTTTTTATTAAAATC-GATTATAATTGAACGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
66 TATATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* *
890 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * *
932 AAACGCCTTATTAC-CAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGTGA-TTGAATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAA-TTT
* * ** * * * * *
995 TTTTACAGTTTCAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGT
63 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGT
* * * * *
1060 TATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATACCTTT
128 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTC
* * ** * * *
1104 AAAACCCTTATTACTCGCTTTAAGTGACTTTCTAATCTCATAATTGACTTCAAGTT--ATTCTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * *
1167 TTCTCA-TTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGTAAAAAATGTGAAGAAAAAGT
65 TTAT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGT
* * * * * *
1231 CATTCATTGCTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTC
128 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* * * * * * * *
1275 GAAAGGCATATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTGAAGTT-AAATTTT
1 AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ** * *
1338 TTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAAGTCTATCTCAAGAAACGTGCAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * * * * * *
1403 TTCTTTGGCAAGAAAACTCCATTTATTGTGAGCTATGCCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
** * *
1445 GGAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
1509 TATA-TTTTTATTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTATCTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGTTAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTAT
* * * *
1573 TCACTGGT-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTG
131 TCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
** * *
1614 AAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT---TTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
1676 T-CA-TTTTTAGTCAAAACAGATTATACTTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCA
66 TATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * * * *
1739 TTCATTGCTAAGAAAAGTTCATTTATACTCTCTCATGCCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTC
* * * * * *
1781 GAAAGCCTTATTACTTGCTGTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTT
* * * ** * * *
1846 TTACATTTTTTACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAATCGTGCAA-AAAATGAT
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGTT
* * *
1910 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TATATGCCTTC
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA--CCTTC
** * * * *
1953 GGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTG-ATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * *
2017 TTATATAGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGT
65 TTATAT--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGT
* * *
2082 TATTAATTGGCAACAAAAGATCCATTTATAGTCACCTATACCTTC
128 TATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * * * *
2127 AAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTCTAATAATCTCATACTTGACTTTAGGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
2192 TATCATTATTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTATATCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCTA
66 TAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * * *
2257 TTCATTGGTGAGAAAAGTCCATGTATACTCACTCATGCCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTC
* ** * ** * *
2299 AAAAGCTTTATTACTTACTTTAATTATTTTTATAATCTCGTACTTGATTTTATA-TTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTT
* * * *
2363 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAA-AAAAAGAT
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGTT
* * *
2427 ATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTC
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATACCTTC
* * * *
2470 AAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCTCATAATTG-TCTTTAAGTTG-ATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTT
** * * * * **
2533 TT-TCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
65 TTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTT
* * * ** *
2597 ATTAATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACGCCCTC
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* * * * * *
2640 AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATTGAAGTGAGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTT
* * *
2705 TTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTA-CATGAGGAAACATGAAGAAAAAGTT
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTT
* * * * * **
2769 ATTTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTC
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTC
* * * *
2812 AAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCT-AATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * * **
2876 TTTCAATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAACAAGCCA
66 TAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * * *
2941 TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* ** * * *
2983 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
3048 TATATTTTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTA-CTATAAGAGACATAAAG-AAAATTAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-T
* * * * * ** *
3111 ATTCATTCGCAGGAAAAGTCCATCTATGGTCACCAATAATTTT
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * **
3154 GAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTCCAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * *
3219 T-TACTTTTTGTTCAAACAAATTATGATTGAATGTTTATC-TCATGAAACGTTAAGAAAAAGTCA
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * * * *
3282 TTCATTGGCAAGCAAAGTCTC-TTTATAGTCGTCTATAGCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTC-ACCATACCTTC
* * * * *
3324 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTTACTTTACGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * **
3388 TT-TATTTCTAATTGAAACAGATAATAATTAAATATCTACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* * *
3452 TTTATTGGTAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCA-CTTAAGCCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCAT-A-CCTTC
* * * * * *
3494 GAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
3559 TATCATTTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACC-TCATGAAACGTGAAGAAAACA-A
66 TAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAA-AGT
* * *
3622 TATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCTTTC
128 TATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * *
3666 AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
3731 TTTA-TTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAATA-CC
66 TATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AGTT
* * ** * *
3794 ATTCATTGTTGAGAAAAGTTTATTTATACTCACCTATACCTTT
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * * * *
3837 GAAAG-CTCTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAGTTTTT
1 AAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
3901 TTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATATTCT-CCTAGAGAAAC-TGGCAG-AAAAGA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACGT-GAAGAAAAAGT
* *
3963 TATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CATATGCTTTC
128 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA--CCTTC
** * * ** * *
4007 GGAAGCCTTTTTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
4072 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT-AGGAAACGTGAATAAAAAGATC
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTTA
** * ** * * * *
4136 TTCATTGACACGAAAAAGTTAACTTATAGTCATCTATGCCTTT
130 TTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* ** * *
4179 AAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGCCTTATAATCTCATAATTGAGTTGAAGTT--ATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * *
4242 T-TCATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAGTCA
66 TAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTA
* ** * * *
4305 TTCATTGGTGAGAAAAGTATATTTATATTCACCCATGCCGTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* * * **
4347 TAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ACATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
* * *
4411 TTATATTTTTTTATGAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGCAA-AAAAAG
65 TTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTG-AAGAAAAAG
* * * * *
4474 ATATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTC
127 TTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * * * *
4519 TAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTATTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
4584 TACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCG-GAAACGTGAAGAAAAAGTTAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTAT
* * ** * * *
4648 TCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGCCACTTATACCTTT
131 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTC
* ** * *
4689 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
4754 T-TATTTTTTGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAAGGCTA
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GTTA
* * *
4817 TTCATCGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTC
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
** * * * * ***********
4859 GGAAGCCTTATTACTTGCTCTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATNNNNNNNNNNTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * * * *
4924 TCCATTTTCTTATTACAACAGGTTATAATTCAATGTCCAGCTCGAGAAATGTGTAGAAAAA-TAT
66 TATATTTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-T
* * * * *
4988 ATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAATCGCCTATGCCTTC
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTC
* * * * * * *
5031 AAAAGTCGTGTTTCTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3587, Mismatches: 779, Indels: 256
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.00
167 118 0.03
168 83 0.02
169 197 0.05
170 931 0.26
171 1009 0.28
172 1011 0.28
173 148 0.04
174 76 0.02
175 4 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTAT
TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTC
Found at i:1443 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 423--5077 Score: 3862
Period size: 171 Copynumber: 27.2 Consensus size: 170
413 NNNNNAAAAC
* * * * * *
423 CCTTATTACTCTCTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTCTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * *
488 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTACCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTTAT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* *
552 TGG-AATGAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAG
129 TGGCAA-GA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * * * * *
595 CCTTATTGCTTGCTTTAAATAGCTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTATTCTTTTTTTTAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAT-TTTTTTATAT
* *** * * ** **
660 TTTTGACCCAAACAGATTATAATAGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
** * * *
725 GGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAACC-ATACCTTTGAAAG
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * ** * * * **
766 CTTTATTGCTTGTTTTAATTATTTTTATAATTTTATAATTAATTTTCAGTTAAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATAT
* *
831 TTTTTATTAAAATC-GATTATAATTGAACGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
65 TTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* *
895 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAACG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA-G
937 CCTTATTAC-CAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGTG-A-TTGAATTTTTTTT
1 CCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT--TGAAGTT-AA-TTTTTTT
* * ** * * * * * *
999 ACAGTTTCAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGTTATT
61 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
* * * * ** *
1064 CATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATACCTTTAAAAC
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* ** * * * *
1109 CCTTATTACTCGCTTTAAGTGACTTTCTAATCTCATAATTGACTTCAAGTT-ATTCTTTTTCTCA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATT-TTTTTAT-A
* * *
1173 -TTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGT-AAAAAATGTGAAGAAAAAG-TCATT
64 TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATT
* * * *
1235 CATT-GCTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAG
126 CATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * * *
1280 GCATATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTGAAGTTAAATTTTTTACAT
1 CCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTATAT
* * * * *
1344 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAAGTCTATCTCAAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCTTT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * * * *
1409 GGCAAGAAAACTCCATTTATTGTGAGCTATGCCTTCGGAAG
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
*
1450 CCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATA-
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * * * * * * * *
1513 TTTTTATTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTATCTTGAA-AAATGTAAAGAAAAAGTTATTCAC
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* *
1577 TGG-TAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTT-GAAAAG
129 TGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG-AAAG
** * *
1619 ATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT--TTTTTTT-CA-
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAATTTTTTTATAT
* * * *
1679 TTTTTAGTCAAAACAGATTATACTTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCA
65 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCA
* * *
1743 TT-GCTAAGAAAAGTTCATTTATACTC-TCTCATGCCTTCGAAAG
128 TTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAG
* * * * * * *
1786 CCTTATTACTTGCTGTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * *
1851 TTTTTTACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAATCGTGCAA-AAAATGATATTCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATTCA
* ** *
1915 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATATATGCCTTCGGAAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * *
1958 CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGATGTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAT-TTTTTTATAT
* ** * * * * *
2023 AGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGTTATTAA
65 --TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCA
* * *
2088 TTGGCAACAAAAGATCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAG
128 TTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
2132 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTCTAATAATCTCATACTTGACTTT-AGGTTGAATTTTTTTATC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTAT-
* * * * * * *
2196 ATTATTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTATA--TCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
63 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
** * * *
2259 CATTGGTGAGAAAAGTCCATGTATACTCA-CTCATGCCTTCAAAAG
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAG
* ** * ** * * *
2304 CTTTATTACTTACTTTAATTATTTTTATAATCTCGTACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-AGTT-AATTTTTTTATA
* * ** *
2368 TTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAA-AAAAAGATATTCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATTCA
* * * *
2432 TTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
2475 CCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCTCATAATTG-TCTTTAAGTTGATTTTTTT-TCA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTGAAGTTAATTTTTTTAT-A
** * * * * ** *
2538 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * * *
2603 GGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACGCCCTCAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * *
2645 CCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATTGAAGTGAGAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT--TAATTTTTTTATA
* * * * * * *
2710 TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACATGAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTTAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * *
2775 TAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * *
2817 TCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGCTAATTTTTTTTTCA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAATTTTTTTAT-A
* * * * * * ** *
2881 ATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAACAAGCCATTTAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* **
2946 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* ** * *
2988 CCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT-TAATTTTTTTATAT
* * * * * **
3053 TTTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTA-CTATAAGAGACATAAAGAAAATTATATTCAT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * *** *
3117 TCGCAGGAAAAGTCCATCTATGGTCACCAATAATTTTGAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * ** *
3159 ACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTCCAGTTGAATTTTTTT-TAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * * * * * * *
3223 TTTTTGTTCAAACAAATTATGATTGAATGTTTATCTCATGAAACGTTAAGAAAAAG-TCATTCAT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCAT
* ** *
3287 TGGCAAGCAAAGTCTC-TTTATAGTCGTCTATAG-CTTCAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCTAT-GCCTTCGAAAG
* * *
3329 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTTACTTT-ACGTTAAATTTTTTT-T
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTAT
* * * * * * * ** *
3391 ATTTCTAATTGAAACAGATAATAATTAAATATCTACCGT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTT
63 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
* * * *
3455 ATTGGTAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAG
127 ATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * *
3499 GCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATCA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTAT-A
* * *
3564 TTTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCATGAAACGTGAAGAAAACA-ATATTCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AGATATTCA
* * *
3628 TTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCTTTCAAAAG
128 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * *
3671 CCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTATA
* * ** * * **
3735 -TTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAATA-CCATTC
64 TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AGATATTC
*** ** * * *
3798 ATTGTTGAGAAAAGTTTATTTATACTCACCTATACCTTTGAAAG
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
3842 -CTCTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAGTTTTTTTATA
1 CCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * *
3906 TTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATATTCT-CCT-AGAGAAAC-TGGCAG-AAAAGATATT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCA-AGAAACGT-GAAGAAAAAGATATT
* * * * *
3967 CATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCTTTCGGAAG
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * ** * *
4012 CCTTTTTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * * * *
4077 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTAGGAAACGTGAATAAAAAGATCTTCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * ** * * **
4142 GACACGAAAAAGTTAACTTATAGTCATCTATGCCTTTAAAAG
130 GGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* ** *
4184 CCTAATTACTCGCTTTAAATGGCCTTATAATCTCATAATTGAGTTGAAGTT-ATTTTTTT-TCAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTAT-AT
** * * * ** *
4247 TTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAG-TCATTCAT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCAT
** ** * * * *
4310 TGGTGAGAAAAGTATATTTATATTCACCCATGCCGTCTAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * ** *
4352 CCTTATTACTTGCTTTAATTTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTACATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTA-ATTTTTTTATA-
* * * *
4417 TTTTTTATGAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCTAGAAACGTGCAA-AAAAAGATATTCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATTCA
* * *
4481 TTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCTAAAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * *
4524 CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTATTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TTAATTTTTTTATAT
* * * * *
4589 TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTC-GGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* ** * * * **
4653 GGCAACAAAAGTTTATTTATAGCCACTTATACCTTTAAAAG
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* ** *
4694 CCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * * *
4757 TTTTTTGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAAGGCTATTCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GATATTCA
* ** * * * *
4821 TCGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGGAAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * ********** **
4864 CCTTATTACTTGCTCTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATNNNNNNNNNNTTTCCAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-AGTTAATTTTTTTATAT
* * * * * * * * *
4929 TTTCTTATTACAACAGGTTATAATTCAATGTCCAGCTCGAGAAATGTGTAGAAAAATATATTCAT
65 TTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * *
4994 TGGCAACAAAAGTCCATTTATAATCGCCTATGCCTTCAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
5036 TCGTGTTTCTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
5078 CTTTAANNNN
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTATATT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
Found at i:5700 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5250--6682 Score: 1084
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
5240 CTGTATTTTG
* * * *
5250 TATAGTCACCTATACATTCGAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCACAAT
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
5313 TGATTTGAAGTTGAAGTTTTT-CATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
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** * * *
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* * * * * *********
5419 TATAGTGACCTATACATTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
5483 GATTTGAAGTTCAAGTTCTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTC-GGA
64 GATTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGA
* * *
5547 AAATGTAAAGAGAAAGTTATTCATTGCCAA-ACAAGTCTATC
128 AAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATT
* ** * * * *
5588 TATACTCA-CTCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATATTCTCATTAT
1 TATAGTCACCT-ATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * *
5651 TGATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATC
63 TGA-TTT-AAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTC
* * * * ** * *
5716 AAAAAAAT-TGCAA-AAAATGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAAT
124 AAGAAAATGT-AAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATT
* ** * *
5761 AATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** **
5826 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTT-TTAAAGCAGATCATAATCGAATGTCTACCT-TGGAA
65 ATTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAA
* *
5889 AATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTAG-CAAAACAAAGTCCATT
129 AATGTAAAGAAAAAGTTATTCATT-GCCAAGA-AAAGTCTATT
* * *
5931 TATAGTCACCTGTGGCTTCTAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
5996 ACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTTGAG
65 A-TTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * ** *
6061 -AAACGTAAAAAAAAAGCTCATTCATTGCTGAGAAAAGT-TCATG
127 AAAATGTAAAGAAAAAG-TTATTCATTGCCAAGAAAAGTCT-ATT
* * * * * **
6104 TATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-GATAGTTTTTATAATCTCGTGCTT
1 TATAGTCACCTATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* *
6168 GATTTTA-TGTGAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAA
64 GATTTAAGT-TG-AA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAA
* * * * * *
6232 GAAATATG--CAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAATTCCATT
126 GAAA-ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATT
* *
6275 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
6339 GACTTTGAGTTGAATATTTTTTTTATTCTTGATTGAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTCAA
64 GA-TTTAAGTTG-A-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAA
** *
6404 GAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
126 GAAA-ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
6447 TATAGTTACCCATACCTTTAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 TATAGTCACCTATGCCTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-
* * * * ** *
6512 ATTGAACTGGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCT-CCT-TTGG
65 ATTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGT-CTACCTCAAGA
* * * **
6575 AAACGTGAAGAAAAAGTTATTGATTGGTAAGAAAAGT-TCATT
128 AAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCT-ATT
* * * *
6617 TATAGTCACCTCTGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
6682 A
65 A
6683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 211, Indels: 97
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.01
169 165 0.16
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172 240 0.24
173 161 0.16
174 19 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TATAGTCACCTATGCCTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAAA
TGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATT
Found at i:5969 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5250--6682 Score: 1132
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
5240 CTGTATTTTG
* * * * *
5250 TATAGTCACCTATACATTCGAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCACAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
5314 GATTTGAAGTTGAAGTTTTTCAT-T-TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
64 GATTTGAAGTTGAAGTTTTT-ATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-G
** *
5377 AAACA--TAAAGAAAAAGTTATTTGTTGGCAAAAAAAGTCCATT
127 AAA-ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * **********
5419 TATAGTGACCTATACATTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
5484 ATTTGAAGTTCAAGTTCTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCGGAAA
65 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAA
* * * * *
5549 ATGTAAAGAGAAAGTTATTCATTGCCAA-ACAAGTCTATC
130 ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * * *
5588 TATACTCA-CTCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATTATT
1 TATAGTCACCT-ATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
5652 GATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCA
64 GA-TTTGAAGTTGAA-GTTTTTATA-TATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-A
** * * * * *
5717 AAAAAAT-TGCAA-AAAATGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAAT
125 GGAAAATGT-AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** *
5761 AATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
5826 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTT-TTAAAGCAGATCATAATCGAATGTCTACCTTGGAAA
65 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAA
* *
5890 ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAAAACAAAGTCCATT
130 ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATT
* * * *
5931 TATAGTCACCTGTGGCTTCTAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
5996 ACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCT-TG
65 A-TTTGAAGTTGAAGTTTTTATATA-TTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGG
* * * * * *
6059 AGAAACGTAAAAAAAAAGCTCATTCATT-GCTGAGAAAAGTTCATG
127 A-AAATGTAAAGAAAAAG-TTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATT
* * * * * * **
6104 TATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-GATAGTTTTTATAATCTCGTGCTT
1 TATAGTCACCTATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
6168 GATTTTATG-TGAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAA
64 GATTTGAAGTTG-AA-GTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * *
6232 GAAATATG--CAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAATTCCATT
126 GAAA-ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
6275 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
6339 GACTTTG-AGTTGAA-TATTTTTTTTATTCTTGATTGAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTC
64 GA-TTTGAAGTTGAAGT-TTTTATATATT-TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-
* ** *
6402 AAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
124 AGGAAA-ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
6447 TATAGTTACCCATACCTTTAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 TATAGTCACCTATGCCTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
6512 ATTGAACTGGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCT-CCTTTGG-
66 TTTGAAGTTGAAGT-TTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTACC-TAGGA
* * * * *
6575 AAACGTGAAGAAAAAGTTATTGATTGGTAAGAAAAGTTCATT
128 AAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
6617 TATAGTCACCTCTGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
6682 A
65 A
6683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 213, Indels: 98
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.01
169 166 0.17
170 234 0.23
171 188 0.19
172 205 0.20
173 171 0.17
174 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TATAGTCACCTATGCCTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAA
TGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:6007 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 5250--6682 Score: 1254
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 343
5240 CTGTATTTTG
* * * *
5250 TATAGTCACCTATACATTCGAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAA-TGCTTTTATAATCTCACAAT
1 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
5313 TGA-TTTGAAGTTGAA-GTTTTTCA-T-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTC
64 TGACTTTAAAGTTGAATGTTTTTTATTATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTC
* * * ** * * * * *
5374 GAGAAACAT-AAAGAAAAAGTTATTTGTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTGACCTATACATTT
129 -AAAAAAATGAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTT
* * ********** * *
5438 GGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTGAAGTTCAAGTTCTT
193 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTT
* * * *
5503 ACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTC-AATGTCTACCTCGGAAAATGTAAAGAGAAAGTTAT
258 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA-TCGAATGTCTACCTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTTAT
* * * *
5567 TCATT-GCCAAACAAGTCTATC
322 TCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
* ** ** * * *
5588 TATACTCA-CTCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATATTCTCATTAT
1 TATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * *
5651 TGATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACAT
64 TGACTTTAAAGTTGAATGTTTTT-TATTATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* * * * * * *
5715 CAAAAAAATTGCAA-AAAATGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATAATAGTCACCTATGCCTT
128 CAAAAAAA-TGAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTT
* * *
5779 CGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTGAAGTTGAAGTTTT
192 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTT
* * *
5844 TATATATTTT-TTAAAGCAGATCATAATCGAATGTCTACCTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTTAT
257 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTTAT
*
5908 TCATTAGCAAAACAAAGTCCATT
322 TCATTGGCAAAA-AAAGTCCATT
* * * * *
5931 TATAGTCACCTGTGGCTTCTAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
5996 ACTTT-AAGTTGAAT-TTTTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCT-T
66 ACTTTAAAGTTGAATGTTTTTTATTATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA
* * * * * * * *
6058 GAGAAACGTAAAAAAAAAGCTCATTCATT-GCTGAGAAAAGTTC-ATGTATACTCACCCATGCCT
130 AAAAAATG-AAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCAAT-TATAGTCACCCATACCT
* * * * * ** * * *
6121 TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-GATAGTTTTTATAATCTCGTGCTTGATTTTATG-TGAAATT
191 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-AA-G
* ** *
6184 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA-CTAAATGTCTACCTCAAGAAATATG--CAGAAA
253 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATC-GAATGTCTACCT-TGGAAA-ATGTAAAGAAA
* * * *
6246 ACGATATTCATTGGCAAGAAAATTCCATT
315 AAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
6275 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
6339 GACTTT-GAGTTGAATATTTTTT-TTATTCTTGATTGAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTC
65 GACTTTAAAGTTGAATGTTTTTTATTATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTC
* * * * *
6402 AAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTT
129 AA-AAAAATGAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTT
* * * * * * *
6466 -AAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAACTGGAATTGTTT
193 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGT-TTT
* * *
6530 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCT-CCTTTGG-AAACGTGAAGAAAAAGTT
257 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGT-CTACC-TTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTT
* * * *
6593 ATTGATTGGTAAGAAAAGTTCATT
320 ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
* * *
6617 TATAGTCACCTCTGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
6682 A
66 A
6683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 163, Indels: 84
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 48 0.05
339 13 0.01
340 14 0.02
341 77 0.09
342 353 0.40
343 171 0.19
344 144 0.16
345 53 0.06
346 8 0.01
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
ACTTTAAAGTTGAATGTTTTTTATTATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAA
AAAAATGAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTTGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATA
TTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTTATTCAT
TGGCAAAAAAAGTCCATT
Found at i:6284 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 5250--6682 Score: 1484
Period size: 514 Copynumber: 2.8 Consensus size: 508
5240 CTGTATTTTG
* * * *
5250 TATAGTCACCTATACATTCGAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCACAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
5314 GATTTGAAGTTGAAGTTTTTCATT-TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGA
65 GATTTGAAGTTGAAGTTTTT-ATTATTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GA
** * *
5378 AACA--TAAAGAAAAAGTTATTTGTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTGACCTATACATTTGGA
127 AACATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAC-TTT-AA
* ********* * * *
5441 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTGAAGTTCAA-GTTCTTA
190 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
5504 CATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCGGAAAATGTAAAGAGAAAGTTATTC
253 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTTGG-AAACGTAAAGAAAAAGTTATTC
* * * ** * *
5569 ATTGCCAA-ACAAG-TCTATCTATACTCACTCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATT
317 ATTGCTAAGAAAAGTTC-ATCTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-ATA
* *
5632 GTTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATT
380 GTTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATT
* * * * *
5697 ATAATTGAATGTTTACATCAAAAAAATTGCAAAAAATGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAAT
445 ATAACTAAATGTCTACATCAAAAAAATTGCAAAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
* * *
5761 AATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTG
1 TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
5826 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATATTTT-TTAAAGCAGATCATAATCGAATGTCTACCTTGGAAA
66 ATTTGAAGTTGAAGTTTTTAT-TATTTTATTAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAA
* * *
5890 -ATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGGCTTCTAAA
129 CATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-ACTT-TAAA
* *
5954 GCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTT
191 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT
* * * *
6019 ATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGCTCATTC
254 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTTG-GAAACGTAAAGAAAAAG-TTATTC
* *
6084 ATTGCTGAGAAAAGTTCATGTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTGATAG
317 ATTGCTAAGAAAAGTTCATCTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-ATAG
* * * *
6149 TTTTTATAATCTCGTGCTTGATTTT-ATG-TGAAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATT
381 TTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAAGTTG-AATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATT
* * * * *
6211 ATAACTAAATGTCTACCTC-AAGAAATATGCAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAATTCCATT
445 ATAACTAAATGTCTACATCAAAAAAAT-TGCAAAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
* *
6275 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
6339 GACTTTG-AGTTGAATATTTTTTTTATTCTTGATTGAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTCA
65 GA-TTTGAAGTTGAA-GTTTTTATTATT-TT-ATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-A
* ** * * * *
6403 AGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTT
124 GGAAACATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA-CTTT
* * * * * *
6466 AAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAACTGGAATTGTTTT
188 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
6531 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCT-CCTTTGGAAACGTGAAGAAAAAGTTAT
252 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATG-CCTACC-TTGGAAACGTAAAGAAAAAGTTAT
* * * * * * * *
6595 TGATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTC-TGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAA
315 TCATTGCTAAGAAAAGTTCATCTATACTCACC-CATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAT
* *
6659 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
379 A-GTTTTTATAATCTCATGATTGA
6683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 120, Indels: 66
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 9 0.01
511 122 0.16
512 70 0.09
513 86 0.11
514 242 0.32
515 94 0.12
516 89 0.12
517 45 0.06
518 7 0.01
519 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTGAAGTTGAAGTTTTTATTATTTTATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACA
TGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACTTTAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTTGGAAACGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGCTAAG
AAAAGTTCATCTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTATAGTTTTTATAAT
CTCATGATTGATTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATG
TCTACATCAAAAAAATTGCAAAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
Found at i:7240 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6850--9616 Score: 2386
Period size: 171 Copynumber: 16.2 Consensus size: 170
6840 TTCAAATTAG
* * * * * * * *
6850 TTATAAGATTATAAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GCATGAGTATAAG
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAA
* ** *** * * *
6914 TGCACTTTTCTCACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAAT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* ** * * *
6979 TTG-TTTACCCAGAAAATAAAAAAAATTCAACATAAAGTTAA
130 CTGTTTTA-ATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* * ***
7020 TTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGACAACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * *
7085 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTGTCAAGGTAGACATTCAATTATAATT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* *
7150 TATTTT-ATCAGAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
131 TGTTTTAAT-AAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* * * **
7191 TTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGACGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * *
7256 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTTCACATTT-TCCAAGGTAGATATTCAGTTATAA
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
7320 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACATAAAATCAA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* ** * * * *
7363 ATATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGAGTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAA
** * ** * *
7427 TGGACTTTTCTCACTAATGAATGGCTTTTTCTGT-ATGTTT-TCCGAGGTAGACATGT-AATTAT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT-TCACGTTTCT-CAAGGTAGACAT-TCAATTAT
* ** **
7489 AATCTATTTTAACT-AAAAATGATAAAGTAATTCAACTTAAAGAAAA
127 AATCTGTTTTAA-TAAAAAAT-A-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* ** * *
7535 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTTACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * *
7600 GAACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTCTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTGGACATTCAATTATAAT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
7664 TTATTTTAATAAAAATTATAAAACAATTCCACTTCAATTCAA
130 CTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* ** * * * * * *
7706 TTATGAGACTATAAAATTACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-AATTGCATGGGTCACTTTAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATAGGTGACTATAAA
* * ** * * *
7770 TGAACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAAGGTAGACATTTAATTATAA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAA
* ** *
7835 TCCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAGTTCAACTTAAAGCCAA
129 TCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAA-TTCAACTTAAAGTCAA
* * * *
7879 TTATTATATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * **
7944 GAAATTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTACACGTTTCTCGAGATAGATGTTCAATTATAAT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* ** * *
8008 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACATTTGACATAAAATCAA
130 CTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* * * * * * * *
8050 GTATGAGATTATAAAAAC-TATTAAAGCAAGTAATCAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTATACA
1 TTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
8114 TGAACTTCTCTCAG-CAATGAATGA-CTTTTTTTTTACATTTTTCAAGGTAGACATTTAATTATA
65 TGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
**
8177 ATCTGTTTT-ACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
128 ATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* * * * * *
8220 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTAGAAGCCATAGGTGACTAGAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * **
8285 GGACTTGTT-TTACCAATGAATAACTTTTTCTTTACATTTCTCTAA-GTCGACATTTGATTATAA
66 GGACTT-TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
8348 TTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACTTCAACTTCAAA-TCAA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* ** * * * *** *
8390 TTATAAGATTATAAAATGATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTCCAAAGGCATAGGTGATTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
8455 AGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTCTCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAGAATC
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * *
8520 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAATCGA
131 TGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * * * * * * * *
8561 TAATGAGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGCGAGTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * ** ** * *
8626 GGATTTTTTTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTAAATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATT
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* *
8691 TGTTTTAATAAAAAATCTAAAAACA-TCAACTTCAAA-TCAA
131 TGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * ** * * *
8731 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAGGGCTTCCGAATGTATAGGTGACTTTAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * *
8796 GGACTTTTTTTGCCAATGAATAACTTTTT-TT-ATGTTTCCCAATGTAGACATTCAATTATAATC
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
** * *
8859 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACTTCGACTTCAAA-TCAA
131 TGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * * *
8899 TTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCGTAAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * *
8964 GGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTCTACACGTTT-TCGGAA-GTAGACATTCAATTATAA
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC--AAGGTAGACATTCAATTATAA
9027 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAACA-TCAACTTCAAA-TCAA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAA-ATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * **
9070 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAACTAATAAGGCTTCCGAAGAG-ATAGGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATAGGTGACTATAAA
* * *
9134 TAGACTTTTCTT-CTCAATGAGTATCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
65 TGGACTTTTCTTGC-CAATGAATATCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
9197 ATTTTTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTTAAAATCAA
128 ATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAAC-TTAAAGTCAA
* * ** * * ** * * * *
9242 TTATAAGACTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAATCTTTTGAAGGCATGGGTAAGTATAAGT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
** **
9307 GGACTTTTCTCACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAGA-TATAA
66 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAA
* * ** * *
9370 TATGTTTTGACCAAAAATAAAAAAAAAT-AACTTAAAGCCAA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
* * * ** * *
9411 TTATGAGAATATGAAGCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATAAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * *
9476 GGAATTTTTCATT-CCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTGGACATTCAGTTATA
66 GG-ACTTTTC-TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
9539 ATATGTTTTAATATAAAATGTAATAAAATTCAACTTCAAA-TCAA
128 ATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
*
9583 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
9617 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2111, Mismatches: 415, Indels: 140
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 133 0.06
169 68 0.03
170 587 0.28
171 696 0.33
172 514 0.24
173 107 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
Found at i:9414 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6835--9616 Score: 2344
Period size: 341 Copynumber: 8.1 Consensus size: 338
6825 AGTTGCTTGA
* * * * * ** *
6835 TCAACTTCAAATTAGTTATAAGATTAT-AAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * ** * *
6899 AT-GCATGAGTATAAGTGCACTTTTCTCACCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
65 ATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--ACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGT
* ** * * * *
6962 AGATATTCAATTATAATTTG-TTTACCCAGAAAATA-AAAAAAATTCAACATAAAGTTAATTATA
127 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATG
* * ***
7025 AGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGACAACTATAAATGGACT
190 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
7090 TTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTGTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTT
255 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
7155 T-ATCAGAAAATGAAAAAAAAT
319 TAAT-AAAAAAT-ATAAAAAAT
* * ** *
7176 TCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * *
7240 ATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTTCACATTT-TCCAAGGT
65 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-C-TTTTTCTTCATATTTCT-CAAGGT
* * * * * * *
7304 AGATATTCAGTTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACATAAAATCAAATATGA
127 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTATGA
** * * *
7369 GATTATAAAAATAATTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGAGTATAAATGGACT
191 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACT
** * ** * * *
7433 TTTCTCACTAATGAATGGCTTTTTCTGTATGTTT-TCCGAGGTAGACATGT-AATTATAATCTAT
255 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT-TACGTTTCT-CAAGGTAGACAT-TCAATTATAATCTGT
*
7496 TTTAACT-AAAAATGATAAAGTAAT
317 TTTAA-TAAAAAAT-ATAAA-AAAT
* * *** *
7520 TCAACTTAAAGA-AAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
7584 ATAGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTCTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTG
65 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATATTTCTCA-AGGTA
* * * * *
7648 GACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAATTATAAAACAATTCCACTTCAATTCAATTATGAG
128 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAG
* ** * * * * * * * *
7713 ACTATAAAATTACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT-TAATTGCATGGGTCACTTTAAATGAACTT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
7777 TTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAAGGTAGACATTTAATTATAATCCGTTT
256 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-ACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
** *
7842 TAACCAAAAATGAAAAAAAAGT
319 TAATAAAAAAT-ATAAAAAA-T
** * * **
7864 TCAACTTAAAGCCAATTATTATATTAT-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** * *
7928 ATAGGTGACTATAAATGAAATTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTACACGTTTCTCGAGATA
65 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTT-CATATTTCTCAAGGTA
** * * ** * *
7992 GATGTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACATTTGACATAAAATCAAGTATGAG
128 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
8057 ATTATAAAAAC-TATTAAAGCAAGTAATCAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTATACATGAACTT
192 ATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
8121 CTCTCAG-CAATGAATGA-CTTTTTTTTTACATTTTTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTT
256 TTCT-TGCCAATGAAT-ATC-TTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** *
8184 TT-ACCAAAAATAAAAAAAAAT
318 TTAATAAAAAAT-ATAAAAAAT
* * * * *
8205 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTAGAAGCCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
8270 TAGGTGACTAGAAATGGACTTGTT-TTACCAATGAATAACTTTTTCTTTACATTTCTCTAA-GTC
66 TAGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTA
** * *
8333 GACATTTGATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAACTTCAACTTCAAATCAATTATAAG
128 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAG
** * * * * * * *
8397 ATTATAAAATGATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTCCAAAGGCATAGGTGATTATAAATAGACTTT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
8462 TCTTACCAATAAATATCTTTCTCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTA
257 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT-TACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
8527 ATAAAAAATATAAAAAAT
321 ATAAAAAATATAAAAAAT
* * * * * * *
8545 TCAACTTAAAAATCGATAATGAGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
1 TCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * ** *
8610 ATGGGCGAGTATAAATGGATTTTTTTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTAAATTTCTTGAGGTAA
65 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAG
* * *
8675 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATCTAAAAACA-TCAACTTCAAATCAATTATAAGA
129 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGA
* * * * * *
8739 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAGGGCTTCCGAATGTATAGGTGACTTTAAATGGACTTTT
193 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
8804 TTTGCCAATGAATAACTTTTT-TTATGTTTCCCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
258 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* *
8868 AAAAAATGTAAAAACT
323 AAAAAATATAAAAAAT
* * *** ** * *
8884 TCGACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * **
8949 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTCTACACGT-TTTCGGAA-GTA
66 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCA--TATTTCTCAAGGTA
*
9012 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAACA-TCAACTTCAAATCAATTATGA
128 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTT-AAATCAATTATGA
* * * * *
9076 GATTATAAAACCATTTAAAACAACTAATAAGGCTTCCGAAGAG-ATAGGTGACTATAAATAGACT
191 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
9140 TTTCTT-CTCAATGAGTATCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTT
255 TTTCTTGC-CAATGAATATCTTTTTCT-TACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
9204 TTAATAAAAAATATTAAAAAAT
318 TTAATAAAAAATA-TAAAAAAT
* * * * **
9226 TTAACTTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAATCTTTTGAAGGC
1 TCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * **
9291 ATGGGTAAGTATAAGTGGACTTTTCTCACCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAG
65 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAG
* * ** * *
9356 ACATTCAGA-TATAATATGTTTTGACCAAAAATA-AAAAAAAAT-AACTTAAAGCCAATTATGAG
129 ACATTCA-ATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAG
* * * ** * * * *
9418 AATATGAAGCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATAAGTGACTATAAATGGAATTT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGG-ACTT
* * * *
9483 TTCATT-CCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTGGACATTCAGTTATAATATGTT
256 TTC-TTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-ACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
9546 TTAATATAAAATGTAATAAAAT
318 TTAATAAAAAATATAA-AAAAT
* *
9568 TCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAAT
9617 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 375, Indels: 158
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 125 0.06
339 163 0.08
340 139 0.07
341 576 0.29
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345 13 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC
ATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATATCTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
AAATATAAAAAAT
Found at i:10044 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9742--17754 Score: 3760
Period size: 170 Copynumber: 47.4 Consensus size: 168
9732 ACACTCATCC
* * * * * * * * ** *
9742 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGGTTTAAAAGTTTTTATAATCTCGTTCTTGATTTTATGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
** * * * * *
9807 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAACTGAATGTCTACCACAAGAAACATGCAGAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGAA
* * *
9872 AAAGATATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * *
9913 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAACCTCATAAATGTCTTTAAGTTGA
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGT-TTTAAGTTGA
* * * *
9978 ATTTTTTTTTATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAA
65 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAGAAA
*
10043 AA-ACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGATA-TT
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* * * * * * *
10082 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGAATTGAAGTG
1 -ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* ** * * *
10147 GAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGA
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAAGA
* * * * *
10212 AAAAGTTATTCATTGGTAAAAAAAGTTC-TATTATAGCTACTT
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGATACTT
* *
10254 ATGCCTTCAAAAG-TCGTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * * *
10318 GTATTTTTGTTTTAGTTTTGGTTAAAACAGA-T-T-A-T-AA----T---T---AAACGTGAGGA
63 GAATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACGTGAAGA
* * ** * **
10368 AAAAGCTATTCATTTGTGAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACCC
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * **
10410 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATTCTTGATTTTATA-TT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTA-AGTT
* * * * * *
10474 AAATTTTTTTATAGTTTTT-ATTAAAAAAGATTATAACTGAATGTCTACCTCGACAAACGTAAAG
63 GAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAG
* * *
10538 AAAAAGATATTCATTGGTAACAAAAGTCAATTTATAG-T-CGTCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATAC-T-T
* * *
10581 ATGTCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-TACTTTAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGT--TTTAAGTT
* * * * * *
10645 GAATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTTCCTCGAGAAATGTGAAGA
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGA
** * **
10709 AAAAG-TCATTCATTGGTGAG-AAAGTCCATTTATA-CTCACCC
127 AAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * * * * *
10750 ATACCTTCTAAAG-TCGTATTATTTGTTTTAATTGGTTCTATAATCTCATACTTGATTTTATGCT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * ** * ** * * * *
10814 GAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAACCGAATATCTACCCCAAGAAACATGCAGA
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGA
* ** *
10879 AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCT
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * * *
10921 ATACCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTATATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
10986 AATTTCTTTATCATTTTTTGTCAAAACATATTATAATTAAATGTCTACATGGAGAAACATGAAGA
64 AATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACGTGAAGA
* ** *
11051 AAAAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCA---CT-GATAC-T
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * * * * * ** * *
11088 -CG-CTTTAAATGATTT-TATAATCTC-ATAATTAATTTGA-AGT-T-AAAATT-TTTTACA-TT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGTTTTA-AGTT
* ** * * * ** * * * * * ****
11144 ---TTTTATTA-A-AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT-GAAAAAAAAAATTC
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG-AT-TATA-AT--TG-AATGTCTACCTCAAAAA--C
* * *** *** * * * **
11203 ATCGAAATGAAAAAG-TCCATTTATAATC-ATCTATG-CC-TTCA-AAAGCCTT
120 GT-G-AA-GAAAAAGAT--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
** * * * * * *
11252 ATTAC-TC----GCTTTA--AATAGCTTCATAAT--CTCATAAT-TGGCTTTAA--G-TTT---T
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTATAATCT--C-ATAATTGTTTTAAGT
* * * * * * * * * * *
11301 T--CTTTTTTTCTTTTTTGGTG-AAAACATATTATAATTGAA-TG--TCGAC--CTC-GAGAAAC
62 TGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAA-ACA-GATTA-T-AATTGAAT-GTCTAC-CTCAAAAAC
* ** *** * * **
11357 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGTTGAGAAAAGTTCATTTATA-CTCACCC
120 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * *
11406 ATACCTTCAAAAGCCTTCTTACTTGTTTTAATTAT-TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAAGT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAATTG-TTTT-AAGT
* * * * * *
11470 TAAATTTTTTAATATTTCTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAA-GTGT
62 TGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A-AAAACGTGA
* * *
11533 AGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACATT
124 AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-AC-TT
* * *
11579 -TTCCTTCAAAAG-TCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * ** * ** * *
11642 AAGTTTTTTACATTTTT-ACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGGGAAATGTGCAGAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGAA
* **
11706 AAAGATATTTATTGATAA-AAAAGTCCATTTATAG-TCACTT
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * *** * * *
11746 ATGCCTTCATAAGCCTTATTACTTAATTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* ** * * * ** * *
11811 AA-GTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTATCTCGGGAAACGTAAATAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGAA
* * * * **
11875 AAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAG-TCACCA
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * *
11916 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
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* * * * *
11981 AA---TTTT-T-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAAATAAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGAA
** ** * * * **
12040 AAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATGTATA-CTCACCC
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * ** * * * * *
12081 ATACCTTTAAAAGCCTTATCGCTTGCTTT-AATAGTTTTTATAATCTCGTACTTGATTTTATGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-G-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
** * * * *
12145 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACGTGCAA-
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTG-AAG
* * ** * * *
12209 AAAAATATATTTATTGATAAAAAAATTCCATTTATAG-TCACCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* ** * *
12252 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGACTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * *
12317 AATTTATTTT-TCATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAG
64 AATTT-TTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAG
*** ** * * **
12381 AAAAAGCCGTTCATTAGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
126 AAAAAGATATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * * * * *
12425 ATGCCTTTAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATGAA-ATCATAATTGAATTAAAGTA
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTAT-AATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* ** * * * * * *
12489 GAATTTTTTTACATTTTTTATAAAAATAAATTATAATTGAATGTCCACCTCCGAAAACATGAAG-
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACGTGAAGA
* * *
12553 --AAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG-TCACCT
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * **
12593 ATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCACTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT-GTTTTAAGTTG
* * * * *
12658 AATTACTTTTT-CATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACAT-ACA
64 AATT--TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGA-A
* ** * ** * ** * **
12721 AAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAATGTTTATTTATA-TTCACCC
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * ** *
12765 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTATA-T
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTA-AGT
* ** * * * * *
12829 TGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAACTGAATGTCTACCTCGACAAACGTAAAG
62 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAG
* * ** * *
12894 GAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTTGCCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * * *
12937 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTACATGATTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTT-
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * *
13001 AA-TTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGAA
* * * * *
13064 AAAGCTATTCATT-GAAGAGAAAAGTCCACTTATA-CT-CATGC
128 AAAGATATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGATAC-T-T
* * * * * *
13105 ATACCATCAAAAGCTTTATTACCCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* ** * * *
13170 AATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAATAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAAGAA
*
13235 AAAGATATTCATTGG-AATGAAAAGTCTATTTATAG-TCACTT
128 AAAGATATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * *
13276 GTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGCTTCATAATCTCATAATTGACTTTGAA-TT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG--TTTTAAGTT
* ** * * *
13340 --ATTCTTTCTTTTATTTTTCATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-TGAA
63 GAATT-TTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAA
** ** * * * *
13402 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAATGTCCATTTATA-CTCGCTC
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * *
13446 ATGCCATCGAAAGCTTTATTACAT-GCTTTAATTAT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGT
* ** * * * * *
13509 TAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAA
62 TGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAA
* *
13574 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCT
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * *
13618 ATAACCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGT-GGT
1 AT-GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTG-TTT-TAAGT
* * * * * * * *
13682 AGAATTGTTTTAGATTTTCT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACATGAA
62 TGAATTTTTTTATATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAA
* * * * *
13746 GAAAAAGTTATTCATTAGCAGGAAAAGTCTATTTATAG-TCACAT
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * *
13790 ATGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGG--CATCAATCTCATATTTGACTTTAAATT-
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAT-AATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * * * * *
13852 ATTCTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTATACTTGAATGTTTACCATGAGAAACGTGAAGA
64 AAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAGA
** ** ** **
13917 AAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTTACCC
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * ** * * * * *
13959 ATGCATTCGAAAGCCATATTATTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * ** * * ** * *
14024 AAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTATCTCGTGAAACATGCAGAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGAA
* ** * * * *
14089 AAAAATATTTTTTGACAAGAAAACTCCATTTATTG-CACTT
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* ** * * *
14129 CTATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-G-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* ** * * * * * *
14193 -AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTTAATGTTTACTTCAAAAAACGTAAAGC
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGA
* * * *
14257 AAAAGTTATTCACT-G-ATAGAAAAAGTCCATTTAT-CATCACCT
127 AAAAGATATTCATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * *
14299 ATGCCTTCAAAAGCTTCATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT-
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * * *
14363 --TTTTTTT-CATTTTTGGTCAAAAGAGATTAT-ATCTGAATGTCTACCTCGAAAAAAGTGAAAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGA
* * * * ** *
14424 AAAAAACATTCATT-GCTGAGAAAAGTCCATTTATA-CTTGTCC
127 AAAAGATATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGATACT-T
* * * * * * * *
14466 ATGCCTTCGAAAG-TCTTATTAGTTGCTGTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAACT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTT-AAGT
** * * * * *
14530 TG-ATTTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAATCGTGTA
62 TGAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAA
* * * * * *
14594 GAAAATGATATTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATA-ACCACCT
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGA-TACTT
* *
14638 ATGCCTTCGAAAGCCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-TATTTGAAGT
1 ATGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGT-TTT-AAGT
* * ** * *
14702 TG-ATGCTTTTTT-TAGTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACGTA
62 TGAAT--TTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTG
* * * ** *
14764 AAGAAAAAGTTATTCATTGGCAATAAAAAGTCCATGTATAGCCACCT
123 AAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * *
14811 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGTTAATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * *
14876 AA-TTTTTTATCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAGCATGAAG
64 AATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-A-AAACGTGAAG
* ** * **
14939 AAAAA-ACCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACCC
126 AAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
** *
14982 ATGCCTTCAAAAG-TCTTATTACTTACTTTAATTAT-TTTTATAATCTCA-AACTTGATTTTATA
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAA-TTG-TTTTA-A
* * * * *
15044 -TTGAA---TTTT-T-TTTTT-ATTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACTTTAAGAAACGT--
60 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGA
*
15100 -G-AAAA-A-A---A----C------AGTCCATTTATAG-TCACCT
124 AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * *
15128 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTCTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT-GTTTTAAGTTG
* * ** * * ** * ** *
15193 AA-GTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAACATTTACCTCGGGAAACGTAAAGAA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGAA
* * * * *
15257 AAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTAT-CATCACCT
128 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * *
15298 ATACTTTCGAAAATC-CTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
1 ATGCCTTC-AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * ** * * * * * *
15362 G-ATGTTTTTACATTTTTTATGAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAAA
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAAGA
** * * * * *
15426 AAAATCTATTCATTGGCTAAAAAAATTCTATTTAAAG-TCACCT
127 AAAAGATATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * *
15469 ATACATTCGAAAG-TCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTGAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* ** * * ** *
15533 GAA-GTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGT-AA-A
63 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGA
* * * *
15595 AAGAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG-TCACAT
127 AA-AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * ** ** * *
15638 ATACATTCGGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * ** * *
15703 AA-CTTTTTACATTTTTTATT-AAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGA
64 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGAAGA
* * *
15766 AAAAGTTATTCATTGGCAA-AACAAGTCTATTTATA-CT-CGTT
127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGATAC-TT
* * * * * * * * *
15807 CATACCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAAGT
1 -ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTT-AAGT
** * * * * *
15872 TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGCAG
62 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAG
* * * *
15937 AAAAAGATATTTATTGTCAAGAAAAATCCATTTATAG-TCACCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * ** *
15980 ATACCTTCAGAAG-TCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * *** * *
16044 GAAGTTTTTTTAT-TTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTAAAG
63 GAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAG
* * *
16107 AAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTATAG-TCACTT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * *
16150 ATAG-CTTC-AAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
1 AT-GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * * * * *
16213 GAATCTTTTTTA-ATTTTTGGTTAATACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGT-AAA
63 GAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAG
* * * * * *
16276 ACAAAAG-TCATTAATT-ACTGATAAAAGAAGTTCATGTATA-ATCACTC
126 A-AAAAGAT-ATTCATTGGC--A-AGAA-AAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * *
16323 ATG-CTTCAAAAAGCCTTATTAGTTGCTTT-AATAGTTTTTAAAATCTCGTACTTGATTTTACA-
1 ATGCCTTC-AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-G-GTTTATAATCTCATAATTG-TTTTA-AG
* * * * * *
16385 TTGAATTTTTTTATACTTTTT-ATT-AAACTAGATTATAACTAAATATTTACCTCAAGAAATGTG
61 TTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTG
* * *
16448 TAA-AAAAAGATATTCAATGGCACA-AAAATTCCATTTATAG-TCACCT
123 -AAGAAAAAGATATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * *
16494 ATGCCTTCAAAA-ATCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* * * *
16558 -AATTTTTTT-TAATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
63 GAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAG
** * * *
16621 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTC
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * *
16664 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTG--TTTTAAGTT
* * * * * * * * *
16728 GATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTAAATGTCTATCATGAGAAACATGAAG
63 GAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAAAACGTGAAG
*** * * **
16793 AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCC
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
* * * * * * *
16836 ATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGAATTGAAGTGG
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * * ** *
16901 AATTATTTTATATTTTT--TATAAGACAGATTACAATTGAATGT-TCACCCCCGGAAACATGAAG
64 AATTTTTTTATATTTTTGGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-A-CCTCAAAAACGTGAAG
* * * * * *
16963 AAAAAGTTATTCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAG-TCACCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * *
17006 AGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTG
* * * * * * *
17070 AATTTTTTGT-TATTTTTGGTTACAACAGAATATAATTAAATGTTTAGCTCGATAAACAT-ATAG
64 AATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGA-AG
** ** *
17133 AAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACG-CAC-T
126 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GATACTT
* * * * *
17175 AGTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTAT-TTTTATAATCTCATATTTGATTTTATA-
1 A-TGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAATTG-TTTTA-AG
** *
17238 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGCAAACGT-AA
61 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAA
* * *
17302 AAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CTCCT
125 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACT--T
* * * * *
17346 ATGCCTTCAAATGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC-CTATAATTGACTTTAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTC-ATAATTG-TTTTAAGTT
* * *
17410 GAATTATTTTT-TAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAACGTCTTCCT-AGAGAAACGTGA
63 GAATT-TTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-A-AAACGTGA
** * *** * * * *
17473 AGAAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCAACTTAT-GCTCACCT
124 AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * *
17518 ATGCCCTCGAAAGCCTTT-TTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
* ** * * *
17582 GAATATTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTACCTTAGAAAACCTGAAG
63 GAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGAAG
* * *
17647 AAAAAGATATTCATT-GAAATGAAAAAGTCTATTTATAG-TCACCT
126 AAAAAGATATTCATTGGCAA-G-AAAAGTCCATTTATAGAT-ACTT
* * * * * * *
17691 ATACCTTTAAAAGCCTTATAAATCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTT
17755 ATTCTTTTTT
Statistics
Matches: 6135, Mismatches: 1266, Indels: 880
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
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TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACGTGAAGAAAAA
GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACTT
Found at i:10214 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9744--11079 Score: 1042
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
9734 ACTCATCCAT
* * * * * * * ** * *
9744 GCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGGTTTAAAAGTTTTTATAATCTCGTTCTTGATTTTATGTTGAA
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* * * * * *
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* * * *
9874 AGA-TATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTAT
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* * * * *
9915 GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAACCTCATAAATGTCTTTAAGTTGAA
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* ** * * *
9979 TTTTTTTTTATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAA
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** * *
10044 AACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGATATTCAA
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* * * * *
10085 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGAATTGAAGTGGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * *
10150 TTTTTTTACATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTC-AGGAAACGTGAAGAAA
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** * * * *
10214 AAGTTATTCATTGGTAAAAAAAGTTC-TATTATAGCTACTTAT
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* * * * *
10256 GCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTA
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* ** *
10321 TTTTTGTTTTAGTTTTGGTTAAAACAGA-T-T-A-T-AA----T---T----AAACGTGAGGAAA
66 TTTTT-TTATA-TTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
* * *
10370 AAGCTATTCATTTGTGAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACCCATA
129 AAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-A-CCA-A
* * * * ** * *
10413 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATTCTTGATTTTATA-TTAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGA
* * * * *
10476 ATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAAAAGATTATAACTGAATGTCTACCTCGACAAACGTAAAGAAA
65 ATTTTTTTATA-TTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
10541 AAGA-TATTCATTGGTAACAAAAGTCAATTTATAGTCGT-CTAT
129 AA-ACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-TACCAA
* * *
10583 GTCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * *
10648 TTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTTCCTCGAGAAATGTGAAG-AAA
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* *
10711 AAGTCATTCATTGGTGAG-AAAGTCCATTTATA-CTCACCCATA
130 AACT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-A-CCA-A
* * * * * * * * * * * *
10753 -CCTTCTAAAGTCGTATTATTTGTTTTAATTGGTTCTATAATCTCATACTTGATTTTATGCTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * ** * * * * *
10817 GTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAACCGAATATCTACCCCAAGAAACATGCAGAAAA
66 TTTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAA
** * *
10882 AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATA
130 AACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACC-A-A
* * * *
10924 -CCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTATATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
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* * * * * * *
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* *
11053 AAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCA
129 AAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
11080 CTGATACTCG
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 194, Indels: 101
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* * *
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* * *
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** * * * *
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*
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** * * * *
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** * * * * *** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *** * * * * * *
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* * *
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** * * **
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* * ** * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * *
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1 TACTCGCTTTAAA-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTTATATTTTT
* ** * * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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**
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
15956 AGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAGAAGTCTTAT
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** * * *
15999 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTT-TATTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAA-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
16063 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAA
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* *
16128 AAAAGTCAATTTATAGTCACTTATAG-CTTC-AAAGCCTTAT
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* * * *
16168 TCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATCTTTTTTA-ATTTTTG
1 TACTCGCTTTAAA-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTT
* * * * * * *
16232 GTTAATACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAACAAAAGTCATTAATT-ACTG
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAA-AAAAG--A-T-ATTCATTG
* * * * *
16296 ATAAAAGAAGTTCATGTATAATCA-CTCATG-CTTCAAAAAGCCTTAT
124 GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTC-AAAAGCCTTAT
* * * * * *
16342 TAGTTGCTTTAATAGTTTTTAAAATCTCGTACTTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTATACTTTTT
1 TACTCGCTTTAA-AGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * * * *
16406 ATT-AAACTAGATTATAACTAAATATTTACCTCAAGAAATGTGTAAAAAAAGATATTCAATGGCA
64 ATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAAGATATTCATTGGTA
* * ** *
16470 CAAAAATTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAATCATAT
127 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
16513 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTT-TAATTTTTG
1 TACTCGCTTTAAA-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTT
* * * ** * **
16576 GTTGAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA-AAAAAGATATTCATTGGTAA
* * *
16641 GAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
128 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
16683 TACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGATTTTTTTTTTCATTTT
1 TACTCGCTTTAAAGT--TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTT
** * * * * * ***
16746 TGGTTGAAATAGATTATAATTAAATGTCTATCAT-GAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGG
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* * * * * *
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* * * * *
16855 TACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAAATGAATTGAAGTGGAATTATTTTATATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAAGT--TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * * *
16919 A-TAAGACAGATTACAATTGAATGT-TCACCCCCG-GAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTAGC
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-A-CCTCGAGAAACGTGAA-AAAAAGATATTCATTGGT
* * *
16981 AAAAAAAGTTCATTTACAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTAT
126 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
17025 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTGT-TATTTTTG
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17152 AGAAAAGTCCATTTATACG-CA-CTAGTGCCTTCGAAAGCCTTAT
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* *
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* *
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506 T
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* * ** * * * * *
16940 TGT-TCACCCCCG-GAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAGTCA
255 TGTCT-A-CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
17003 CCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AA
318 CCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAA
** * * * *
17067 GTT-AATTTTTTGT-TATTTTTGGTTACAACAGAA-TATAATTAAATGTTTAGCTCGATAAACAT
382 GTTGAATTTTTT-TATATTTTTTATTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAC--
* ** ** * *
17129 ATAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACG-CA-CTAGTGCCTTCGAAAGCCT
442 AT-GAAGAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCTA-TACCTTCAAAAGCCT
17192 TAT
504 TAT
* * ** * * *
17195 TACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATATTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-AGTTGAATTTTTTT-CATTTTTT
**
17259 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGCAAACGTAAAAAAAAGAAATTCATTGGTAA
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACGTAAAAAAAAGTTATTCATTGGTAA
* * * * *
17323 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATGCCTTCAAATGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACA
128 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
17388 ATC-CTATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAA
193 ATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
17452 CGTCTTCCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCAACTTAT-GCTCAC
255 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCAC
* * * * *
17516 CTATGCCCTCGAAAGCCTTT-TTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG
319 CCATGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAG
* * * * *
17580 TTGAATATTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTACCTTAGAAAACCTGA
383 TTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAAAACATGA
* * *
17645 AGAAAAAGATATTCATT-GAAATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTA
446 AG---AAGATATTCATTGGCAA-G-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTA
17709 T
506 T
* * * *
17710 AAATCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTT
17755 ATTCTTTTTT
Statistics
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0.79 0.14 0.08
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (506 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAAAAAAGTTATTCATTGGTAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTT
TTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAACATGAAGAAGATATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:18849 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17932--19523 Score: 1362
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 339
17922 AAACTTGAAG
* * * * ** * * * *
17932 AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGTCATATTAC
1 AAAAGTTATTCTTTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * *
17997 CCGCATTAAATAATTTTAT-ATTTCCATAATTGATTT-AAGGTTGAATTTTTTTATATTTTCTAT
65 TTGC-TTTAATTATTTTATAATCT-CATAATTGATTTGAA-GTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * *
18060 TAAAATAGATTATAATTAAATTTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTACAGGA
127 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGA
** * * ** * * * * ****
18125 AAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTCATATTTCTTACTTTAATTATTTTTATAAT
192 AAAG-TTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGGCTTATAAT
** * * * *
18190 CTCATTCTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTT
256 CTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTC
* *
18255 TACC-TGAGAAACGTGCAA-A
320 TACCTTGAGAAACAT-AAAGA
* * * * ** * * * *
18274 AAAAGATATTCTTTGGCAAGAAAACTCCTTTTATTGTCACCTATGCCTTCGGAAGCTTTATTACT
1 AAAAGTTATTCTTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * **********
18339 CGCTTTAAATTATTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TNNNNNNNNNNTTTTATTAA
66 TGCTTT-AATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
* * * * * * *
18403 AACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCACTGACAAGAAAA
130 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAA
** * * *
18468 GTTTATTTATAGTCATATATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGCTAATAATCTC
195 G-TTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGGCTTATAATCTC
* ** * * *
18533 ATACTTGACTTT-AAGTTGAAGTTTTTATCATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATCTCTA
259 ATAATTGA-TTTAAAGTTGAAGTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA
*
18597 CCTTGAGAAACATGAAGA
322 CCTTGAGAAACATAAAGA
** ** * * * *
18615 AAAAGCCATTCTTTGGTGAGAAAAGTCCATGTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTTATTCTTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
18680 TGCTTTAATTATTCTTATAATCTCA-AACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTA
66 TGCTTTAATTATT-TTATAATCTCATAA-TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
** * * * * * * *
18744 AAATAGATTATAGCTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAA-AACAAGATATTCATTCATAACAA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAA
* * *
18808 AAGTTAATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGCTTTATAAT
193 AAGTT-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGGC-TTATAAT
* *
18872 CTCGTAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
256 CTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
* *
18937 ACCTCGAGAAAGATAAAGA
321 ACCTTGAGAAACATAAAGA
* ** * * ** * **
18956 AAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCTATATATTCGAAAGCCCTACCACT
1 AAAAGTTATTCTTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
19021 AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-GTTTTTACT-TTTTATATTA
66 TGCTTTAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTA
* * *
19084 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGTTATTGATTGAC-AGCAA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAG--A
* * * * * * * * **
19148 AAAGTCCTA-CTACTAGTCACATATACATTCGGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
192 AAAGT--TATTTA-TAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGGCTTATA
* * *
19212 ATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTATTTATATGTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
254 ATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGT
* *
19277 CTACCTTGGGAAACGTAAAGA
319 CTACCTTGAGAAACATAAAGA
* * * * *
19298 AAAAGTTATTCATTT-GCAAAACAAGTCTATTTATACTCGCTCATACCTTCGAAAGTCTTATTAC
1 AAAAGTTATTC-TTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
19362 TTGCTTTAACTCT-TTTTATATTCTCATTATTAATTTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTAT
65 TTGCTTTAA-T-TATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * * * * *
19426 TAACATAGATTAGAGTTGAATGTTTATCTTGAAAAATGTGCAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAG
127 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGTTATTCATTGACAAG
19490 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
191 AAAAGT-TATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
19524 GC
Statistics
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0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTTATTCTTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
TGCTTTAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAG
TTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGGCTTATAATCTCAT
AATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
GAGAAACATAAAGA
Found at i:19028 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17932--19525 Score: 1259
Period size: 170 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
17922 AAACTTGAAG
* * * * * * * *
17932 AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGTCATATTAC
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * * *
17997 CCGCATTAAATAATTTTAT-ATTTCCATAATTGATTT-AAGGTTGAATTTTTTTATATTTTCTAT
65 TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTGAA-GTTGAA-GTTTTTATATTTTTTAT
* * *
18060 TAAAATAGATTATAATTAAATTTTTACCTCGAGAAACGTGAAGA
127 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
** * * * * * * * * *
18104 AAAAGTTATTCATTTACAGGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTCATATTTCT
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC-
* * ** * *
18169 TA-CTTTAATTATTTTTATAATCTCATTCTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
65 TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTTATTA
* * *
18233 AAATAGATTATAATTAAAAGTTTACCT-GAGAAACGTGCAA-A
129 AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGT-AAAGA
* * * * * * *
18274 AAAAGATATTCTTTGGCAAGAAAACTCCT-TTTATTGTCACCTATGCCTTCGGAAGCTTTATTAC
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *********
18338 TCGCTTTAAATTA-TTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TNNNNNNNNNNTTTTATT
65 TAGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGT-TTTTATATTTTTTATT
* * * * * * *
18401 AAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACATGAAGA
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
* * * ** * *
18444 AAAAGTTATTCACTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCATATATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ** * * **
18509 CA-CTTTAAATGGGCTAATAATCTCATACTTGACTTT-AAGTTGAAGTTTTTATCATTTTTGGTT
66 -AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAAGTTTTTAT-ATTTTTTATT
* * * * * * * *
18572 GAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
** * ** * * * * * *
18615 AAAAGCCATTCTTTGGTGAGAAAAGTCCATGTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
18680 TGCTTTAATTA-TTCTTATAATCTCA-AACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATT
66 AGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAA-TTGATTTGAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTTATT
** * * *
18743 AAAATAGATTATAGCTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAA-A
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGT-AAAGA
* * *** * * * *
18786 ACAAGATATTCATTCATAACAAAAGT-TAATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACTTTATTAC
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
18850 TCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAA
65 TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAA
* *
18915 AATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAA-GATAAAGA
130 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG-TAAAGA
* * ** * **
18956 AAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCTATATATTCGAAAGCCCTACCACT
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
*
19021 AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACT-TTTTATATTAA
66 AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTA-TATTTTTTATTAA
*
19085 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGA
130 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
* * * * * * *
19126 AAAAGTTATTGATTGAC-AGCAAAAAGTCCTA-CTACTAGTCACATATACATTCGGAAGCCCTAT
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAG--AAAAGT-CTATTTA-TAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
19189 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTATTTATATGTTTTAT
62 TACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTAT
* * *
19254 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGA
127 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
* * * *
19298 AAAAGTTATTCATTTGCAA-AACAAGTCTATTTATACTC-GCTCATACCTTCGAAAGTCTTATTA
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTA
* * ** * * * * * *
19361 CTTGCTTTAACTCTTTTTATATTCTCATTATTAATTTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTAT
64 CTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * * * *
19426 TAACATAGATTAGAGTTGAATGTTTATCTTGAAAAATGTGCAA-A
127 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGT-AAAGA
* *
19470 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
1 AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGC
Statistics
Matches: 1135, Mismatches: 243, Indels: 88
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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169 39 0.03
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGA
Found at i:19153 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 18002--19513 Score: 1445
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 503
17992 ATTACCCGCA
* * *
18002 TTAAATAATTTTAT-ATTTCCATAATTGATTTAAGGTTGAATTTTTTTA-TATTTTCTATTAAAA
1 TTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTAA-GTTGAA-GTTTTTACT-TTTT-TATTAAAA
* * * * *
18065 TAGATTATAATTAAATTTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTACAGGAAAAGC
61 TAGATTATAATTAAATCTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAGAAAAAGT
* * * * *
18130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTCATATTTCTTACTTTAATTATTTTTATAATCTCAT
126 CCATCTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGCTTTAATTA-TTTTATAATCTCAA
* * *
18195 TCTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTTTACC-
190 ACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * *
18259 TGAGAAACGTGCAAAAAAAGATATTCTTTGGCAAGAAAACTCCT-TTTATTGTCACCTATGCCTT
255 TGAGAAACGTGCAAAAAAAGATATTCATT--CAAAAAAAGT--TATTTATAGTCACCTATGCCTT
* * ***
18323 CGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTGAATNNNN
316 C-GAAACTTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTT
****** * * * * *
18388 NNNNNNTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTTAT
378 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAAGATAAAGAAAAAGTTAT
* * * * * **
18453 TCACTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA--TATATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACT
443 TCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATAT-CATTCCAAAGCCCTACCACTCACT
* ** * * ** * *
18513 TTAAATGGGCTAATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAAGTTTTTATCATTTTTGGTTGAAACA
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAGTTTTTA-C-TTTTTTATTAAAATA
* * ** * **
18578 GATTATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTG-GTGAGAAAAGTC
63 GATTATAATTAAATCTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAGA-AAAAGTC
* * *
18642 CATGTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTCTTATAATCTCAAA
127 CATCTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGCTTTAATTATT-TTATAATCTCAAA
* * **
18707 CTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGATTATAGCTGAATGTTTACCTT
191 CTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* *
18772 GAGAAACATGCAAAACAAGATATTCATTCATAACAAAAGTTAATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
256 GAGAAACGTGCAAAAAAAGATATTCATTCA-AA-AAAAGTT-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
* *
18837 AAAACTTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTA
318 -AAACTTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTA
* * * *
18902 TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAAGATAAAGAAAAAGTTATTC
380 TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAAGATAAAGAAAAAGTTATTC
* *
18967 ATTGGCAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCTATAT-ATTCGAAAGCCCTACCACT-AGCT
445 ATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATATCATTCCAAAGCCCTACCACTCA-CT
19025 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACTTTTTATATTAAAATAG
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAGTTTTTACTTTTT-TATTAAAATAG
* * * *
19090 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGTTATTGATTGACAGCAAAAAGTCC
64 ATTATAATTAAATCTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAG-AAAAAGTCC
* ** * * * * * **
19155 -TACTACTAGTCACATATACATTCGGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
128 AT-CTA-TACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGCTTT-AATTATTTTATAATCTCA-
* * * * *
19219 AA-TTGATTTAAAGTTGAA-GTATTTATATGTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
189 AACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * *
19282 TTGGGAAACGT-AAAGAAAAAGTTATTCATTTGCAAAACAAGTCTATTTATACTC-GCTCATACC
254 TTGAGAAACGTGCAA-AAAAAGATATTCA-TT-CAAAAAAAGT-TATTTATAGTCACCT-ATGCC
* * * * * * * * *
19345 TTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAACTCTTTTTATATTCTCATTATTAATTTTAAAGTTTAATT
314 TTCGAAACT-TTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA--
* * * * *
19410 TTTTTATATTTTTTATTAACATAGATTAGAGTTGAATGTTTATCTTGAAAAATG-TGCAA-AAAA
374 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAA-GAT-AAAGAAAA
* *
19473 AGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
437 AGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTAT
19514 GCCTTCGAAA
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 149, Indels: 71
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 17 0.02
511 257 0.32
512 365 0.45
513 72 0.09
514 101 0.12
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (503 bp):
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAAGTTTTTACTTTTTTATTAAAATAGAT
TATAATTAAATCTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAGAAAAAGTCCATC
TATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTTGCTTTAATTATTTTATAATCTCAAACTTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
ACGTGCAAAAAAAGATATTCATTCAAAAAAAGTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAACTTTA
TTACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTATATTTTTTATT
AAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAAGATAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAA
AAGTATATTTATAGTCACCTATATCATTCCAAAGCCCTACCACTCACT
Done.