Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399004.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2283.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7598
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1353 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1072 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17--1322 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
7 ATTCATTGGC
* * * * * *
17 AAGAAAAACGCATTCATTGGGATGAAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTT-
1 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAG-CCTTA
** *********
81 TTACTCATTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTGAATTTTTTTACATTTTT-
* * * *
146 GA-TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAGAAACATG
128 GATTAAAATAGACTATAATAGAATGTC-TACCTCGAGAAACATG
* * *********** * * *
188 AAGCAAAAC-CAATTCATTGTCAAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCCCATTCCTTCAGAAGCCTTG
1 AAGAAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
*********
252 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTGTTTTACATTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTGAATTT-TTTTACATTTTT
*
317 GATT-AAATCAGACTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATG
128 GATTAAAAT-AGACTATAATAGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG
** *********
360 AAGAAAAACACATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CNNNNNNNNNNAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-AATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * * * **
424 TTACTTACTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTGAACATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTG
* * ** * *
489 CTTAAAATA-AATAATAATTCAATGTGTACCTCAAGAAA-AGTG
129 ATTAAAATAGACT-ATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACA-TG
* * * * * * **********
531 AAGAAAAATATATTCATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCNNNNNNNNNNTTAT
1 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
596 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG-TTAGTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTT
66 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAG-TGAATTTTTTTACA-TTTTT
* * * * * *
660 TATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATG
128 GATTAAAATAGACTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * *
703 AAGAAAAA-ATTATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAT-ACATTCTTTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCA-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
766 ATTACTCGCTCTAAA-TATTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGATGAATGTTTTTACATTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTT
* * ******
830 T-AGTTAAAATAGACTATAATTA-AATGTCTACTTAGAGANNNNNN
127 TGA-TTAAAATAGACTATAA-TAGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
**** * * *
874 NNNNAAAACACATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ** * *
939 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCAAATAATTTATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTG-AATTTTTTTACATTTTTGA
*
1004 TTAAAATAGACTATAATAGAATGTTTACCTCGAGAAACATG
130 TTAAAATAGACTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * *
1045 AAGAGAAAA-GCATTCATCGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGA-AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** * *
1109 TTACTCGCTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAACAGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATATTTG
65 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
1174 CTTAAAACAGAGTATAATTA-AATGTCAACCTCAAGAAACATG
129 ATTAAAATAGACTATAA-TAGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
** * * ********** *
1216 -AGAAAAA-ACGAATTCATTATCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCTTT
1 AAGAAAAACAC--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTT
*
1279 ATTACTCGCTTTAAATTATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAA
64 ATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 217, Indels: 74
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 19 0.02
171 593 0.67
172 256 0.29
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
TAAAATAGACTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
Found at i:3597 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2647--4729 Score: 1141
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
2637 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2647 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACGTCGATAACCA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* * * * *
2712 TAAAGAAAAAAGTATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*************** *
2777 ATTACTNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAACTGATTT
130 ATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * **
2818 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAACACAATAATTGAATATCTATATCAAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* * * * * *
2883 TGAAGAAAAACGCATTTATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCAATTTCTTCAAAAGCCC
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
2947 TATTACTCTCTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTTATTT
129 TATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * *
2989 TAAGTTGAATTTTTTTACTTTTCTTGCTTAAAACAGACTACAATT-AACT-GCTTACCTCATGAA
1 TAAGTTGAATTTTTTTAC-ATT-TTAATTAAAACAGACTATAATTGAA-TATC-TACCTCAAGAA
* ** * * *
3052 ACGTGTA-AAAAAAGCTATTCATAT-TTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAA
62 ACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* ********** *
3115 GCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAAACTCATAATTGATTT
125 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** * * *
3161 TAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGAAAATTATTGAATATCTACCTCGAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* * * * *
3226 TGTA-AAAAAAGCCATTCATATAG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
65 TGAAGAAAAAAG-CATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
********** * *
3289 TTATTACNNNNNNNNNNTTGTTCTATAATCTCATAATTGATTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
3332 TAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTGATTGAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAACA
1 TAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* ********** * * *
3396 TGAAGAAAAAGGCATNNNNNNNNNNGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCGAAAGCCAT
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
3461 ATTAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTT
130 ATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
3502 TAGGTTGAATTTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* * * * * *
3566 TGAAGAAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGACACTCGTTCCTTCAACAGCCT
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
********** * *
3630 TATTACTCGCTTTAAATTNNNNNNNNNNCTTATAATTAATTT
129 TATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ** *
3672 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAACTTAAAACAAACTATAATTGAAT-GCGCACCTTGAGAAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAA-TTAAAACAGACTATAATTGAATATC-TACCTCAAGAAAC
* * * * *
3736 GTGTAGAAAAAA-CTATTTATATAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGC
64 GTGAAGAAAAAAGC-ATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
***********
3799 CTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
3843 TAAGTTTG-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATTTTAAGAAAC
1 TAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAAC
* ** * **********
3907 GTGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCT
64 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
3972 TATCACTCGCTTTAAATTTTTTTCTAATCTCATAGTTTATTT
129 TATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
4014 TAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-TTCAAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
* * *
4078 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTT
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
********** * *
4143 ATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTTATAATTGGTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * ** *
4184 TAAGTTGCATTCTTTTACATTTTAGCTTAAAACAGATTACAATTGAAT-GCGCACCTTGAGTAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTA-ATTAAAACAGACTATAATTGAATATC-TACCTCAAGAAAC
* * * * * *
4248 ATGTAG-AAAAAGTCATTCATATAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACACATTCCTTCAAAAGC
64 GTGAAGAAAAAAG-CATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ********** *
4311 CTTATTACTCGTTTTAAATTGTNNNNNNNNNNCATAATTGGTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
4355 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAA-TAAAATAGACTATAATTAAATATCTACCAT-GAGAAA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-AATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACC-TCAAGAAA
* ********** ** **
4418 CATGAAGAANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAATC
63 CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
4483 TTATTATTTGCTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAACTGATTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * * *
4526 TAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGACTGTAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACG
********** * * * * * *
4589 TGAAGNNNNNNNNNNTGATTGGCAAGAAAAGCCTATTTGTACTCACCCGTTCCTTCAACAGCCTT
65 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
4654 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTAGAATTGGTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
4695 TAAGTTGAATTTCTTTACATTTTAGCTTAAAACAG
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTA-ATTAAAACAG
4730 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1447, Mismatches: 419, Indels: 93
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 121 0.08
170 427 0.30
171 757 0.52
172 139 0.10
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGT
GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Found at i:4096 original size:512 final size:499
Alignment explanation
Indices: 2798--4728 Score: 1399
Period size: 512 Copynumber: 3.8 Consensus size: 499
2788 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2798 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAACACAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* * * *** * *
2862 GAATATCTATATCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTTATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGT
64 GAATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCT-ATTTATAGT
* * * * * * * * *
2926 CACCAATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCTCTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTTATTTTA
128 CACCCATTACTTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
* * * ** * *
2991 AGTTGAATTTTTTTACTTTTCTTGCTTAAAACAGACTACAATT-AACTG-CTTACCTCATGAAAC
193 GGTTGAATTTTCTTAC-ATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTC-TA-CTCAAGAAAC
* * * ** * * * * * *
3054 GTGTA-AAAAAAGCTATTCATAT-TTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGC
254 ATGAAGAAAAAAAC-ATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGC
* **** * *
3117 CTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATG
317 CTTATTACTCGCTTTA------AATTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-
* * * * * * *
3182 TTT-AGTTAAAACAGAAAATTATTGAATATC-TACCTCGAGAAATGTGTA-AAAAAAGCCATTCA
375 TTTAACTTAAAACA-AATATAATTGAAT-GCGCACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAA-CTATTCA
* * *****
3244 TATAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTTG
437 TATAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-----TCGCTTTG
3309 TTC
497 TTC
*
3312 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTGATTGAAACAGACTATAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGA
********** *
3377 ATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATNNNNNNNNNNGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 ATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCAC
*
3442 CCATTACTTCGAAAGCCATATTAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGT
131 CCATTACTTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGT
3507 TGAATTTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACATGAAGA
196 TGAATTTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACATGAAGA
* *
3572 AAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGACACTCGTTCCTTCAACAGCCTTATTAC
261 AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTTATTAC
**** *
3636 TCGCTTTAAATTNNNNNNNNNNCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAACTTA
325 TCGCTTTAAATT------TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAACTTA
*
3701 AAACAAACTATAATTGAATGCGCACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAACTATTTATATAGAAGAAA
384 AAACAAA-TATAATTGAATGCGCACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAACTATTCATATAGAAGAAA
* ******
3766 AGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNN
448 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-----TTGTTC
*
3823 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
3888 AATATTTATTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCA
65 AATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCA
********** * * * *
3953 CCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTTTTTTCTAATCTCATAGTTTATTTTAGG
130 CCCATTACTTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGG
* * *
4018 TTGAATGTTT-TTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTCAAGAAACATGAA
195 TTGAAT-TTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACATGAA
*
4082 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTTATTA
259 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTTATTA
**** * ** * *
4147 CTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTTATAATTGGTTTTAAGTTGCATTCTTTTACATTTTAGCTT
324 CTCGCTTTA------AATTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAACTT
* * * ** *
4212 AAAACAGATTACAATTGAATGCGCACCTTGAGTAACATGTAG-AAAAAGTCATTCATATAGAAGA
383 AAAACA-AATATAATTGAATGCGCACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAACT-ATTCATATAGAAGA
* * * * *
4276 AAAGTCCATTTATTGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTG
446 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT--GTTC
******* * * * * *
4332 TNNNNNNNNNNCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAATAAAATAGACTATAA
1 T---ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGACTATAA
* ************ *
4397 TTAAATATCTA-C-CATGAGAAACATGAAGAANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
62 TTGAATATCTATCTCA--AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTAT
** * * ** * * * * * * * *
4460 AGTCACTTATTCCTTCAAAAATCTTATTATTTGCTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAACTGATT
125 AGTCACCCATTACTTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATT
* * * ** * * *
4525 TTAAGTTTAATTTT-TTACATTTTTAGCTAAAATAGACTGTAATTGAATGTCTACTCGAGAAACA
190 TTAGGTTGAATTTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACA
********** * * * **
4589 TGAAGNNNNNNNNNNTGATTGGCAAGAAAAGCCTATTTGTACTCACCCGTTCCTTCAACAGCCTT
255 TGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTT
* * * *
4654 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTAGAATTGGTTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTA
320 ATTACTCGCTTTAAA-----TT-TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTA
*
4719 GCTTAAAACA
379 ACTTAAAACA
4729 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1137, Mismatches: 234, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 8 0.01
511 386 0.34
512 558 0.49
513 147 0.13
514 36 0.03
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (499 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGA
ATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGCTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCAC
CCATTACTTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGT
TGAATTTTCTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACATGAAGA
AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACCCGTTCCTTCAACAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAACTTAAAACAAA
TATAATTGAATGCGCACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAACTATTCATATAGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGTTC
Found at i:5571 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4830--6720 Score: 1111
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
4820 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4830 TTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGAGTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAAT
* ** * * ** * * *
4895 AGG-CTTTTCTTGCCA-ATGAATGTATTTTCCT-TCATGTTTCTCAAAGTAAACATTTAATTATA
66 -GGACTTTTCTT-CTATATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATA
* * *
4957 GTCTATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATGAAACAATTT
128 GTCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
* * * * ** * ***********
5022 AAAGTGAGTAATAAG-GTTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTNNNNNNNNNNGAAT
192 AAAGCGAGTAAT-AGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATAAAT
*** * * * * *
5086 GTGTTTTTCTTCACGTTTCTTGTGGTAGATATTCAATTAT-GATCTGTTTTAACCAATAATGTAA
256 ACCTCTTTCTTCATGTTTCTTG-AGTAGATATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* *
5150 AAAAAATTTACTTAAAATCAA
319 AACAAATTAACTTAAAATCAA
* * * **********
5171 TTATTAGATTACAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAAT
* *
5236 GGACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGT-
66 GGACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTC
* * * *****
5300 TTTTTTAAGCTAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACANNNNN
131 TATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACAATTTA
***** * * *
5364 NNNNNAGTAATAAG-GCTGTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTT-ATTGCCAATGAAT
193 AAGCGAGTAAT-AGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TACCAATAAAT
* * * *
5427 GCCTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAA
256 ACCTCTTTCTTCATGTTTCTTGAGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
5492 CAAATTCAACTTCAAATAAA
321 CAAATT-AACTTAAAATCAA
* * *
5512 TTAGGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATCAAT
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAAT
* ** * * * **********
5577 -GAATTTCTCACACCA-ATGAAT-GCATTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGATNNNNNNNNNNTTAT
66 GGACTTT-TC-TTCTATATGAATGGC-TTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTAT
* *
5638 AGTCTATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAACA-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAT
127 AGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAT
* * *
5702 TTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGATTTTTCATACCAATAAA
190 TTAAAGCGAGTAATAGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATAAA
* *
5767 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCTG-TTTAAATCAAAAATGT-
255 TACCTCTTTCTTCATGTTTCTTGAG-TAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTA
5830 AAACAAATATAACTTAAAATCAA
318 AAACAAAT-TAACTTAAAATCAA
* * * *
5853 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAA
* * * * *
5917 TGGACTTTTCTTCTATATGATTGG-TTATTTTTACACATTTCTTGAGGTACATATTCAATTATAG
65 TGGACTTTTCTTCTATATGAATGGCTT-TTTCTATACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAG
* **********
5981 TCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACAATTT
129 TCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
* * * * * * * * *
6046 AAAACGAGAAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAGTGGACTTTT-TTTCTATATGAA
192 AAAGCGAGTAAT-AGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCA-ATAAA
** * ** * * * *
6109 TGGCT-TTGT-TTACACGTTTCACGAGGTAAGCA-GTT-AATTGTAGCCTATTTTAAGC-AAAAA
255 TACCTCTT-TCTT-CATGTTTCTTGA-GT-AG-ATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAA
* * *
6169 TATAAAAAAAATTTAACTTAAAATAAA
314 TGTAAAACAAA-TTAACTTAAAATCAA
* * *
6196 TTATGACATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAAT-AGAGCTTTTG-AAGAAATAAGTGACTATAA
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAAG-AATAGGTGACTATAA
* * ** ** *
6259 ATGAACTTTTCTTGT-TAATGAATGTATTTTTC-ATCACGTTT-TTCGATATAGACATTCAATTA
64 ATGGACTTTTCTTCTAT-ATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTT-GAGGTACACATTCAATTA
* * * *
6321 TTA-TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACA
126 -TAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * ********** *
6385 ATTTAAAGCGAGTAGTAAG-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTACCAAT
188 ATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAAT
* * * * ** * * *
6449 GAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG
252 AAATACCTCTTTCTTCATGTTTCTTGA-GTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG
**********
6514 TANNNNNNNNNNACTTAAAATCAA
316 TAAAACAAATTAACTTAAAATCAA
* * * *
6538 TTATGAGATTATAGAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAAT-GAGT-AGCTATAA
1 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGA-CTATAA
* * * * * * * * *
6601 ATGGACTTTTCTTGCCA-ATTAAT-ACGTTTTTGT-TCATGGTTCTCGATGTAAACATTCAATTA
64 ATGGACTTTTCTT-CTATATGAATGGC-TTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTA
* * * * *
6663 TTGTCTGTTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAATATCAATTATGAGATTAT
126 TAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
6721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 298, Indels: 127
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 70 0.06
341 525 0.44
342 321 0.27
343 258 0.22
344 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTC
TATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
CGAGTAATAGTGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATAAATACCTC
TTTCTTCATGTTTCTTGAGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAAT
TAACTTAAAATCAA
Found at i:5595 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4830--6720 Score: 1085
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 169
4820 NNNNNNNNNN
* * * *
4830 TTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGGGAGTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
** * * ** * * * * * *
4894 TAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTCCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTTAATTATAGT
65 T-GAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT
4959 CTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
129 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
* * * * * *
5000 TTATGAGATAATGAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* ********** ** * * *
5064 TAGACTTTNNNNNNNNNNGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTTGTGGTAGATATTCAATTAT-GA
65 T-GAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG-
* * * *
5128 TCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTTACTTAAAATCAA
128 TCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAA
* * * * **********
5171 TTATTAGATTACAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * * * * *
5235 TGGACTTTTC-TTCTATATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTA
65 T-GAATTTTCATACCA-ATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* *
5298 GT-TTTTTTAAGCT-AAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAA-CTAA
127 GTCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATC-AA
********** * * *
5341 TTATGAGATTATAAAACANNNNNNNNNNAGTAATAAG-GCTGTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * * *
5405 TGGACTTTT-ATTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATTATAG
65 T-GAATTTTCA-TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
5468 TCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAACAAATTCAACTTCAAATAAA
128 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATT-AACTTAAAATCAA
* * * * *
5512 TTAGGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATCAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * * * * **********
5576 TGAATTTCTCACACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATNNNNNNNNNNTTATAGT
65 TGAATTT-TCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT
*
5641 CTATTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAACA-TAACTTAAAATCAA
129 CTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-ATTAACTTAAAATCAA
* *
5682 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAAT
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
5747 GGATTTTTCATACCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTC
66 -GAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
5812 T-GTTTAAATCAAAAATGTAAACAAATATAACTTAAAATCAA
130 TATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAA
* *
5853 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
5918 GGACTTTTC-TTCTATATGATTG-GTTATTT-TTACACATTTCTTGAGGTACATATTCAATTATA
66 -GAATTTTCATACCA-ATGAATGCCTT-TTTCTT-CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
5980 GTCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAN
127 GTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
********* * *
6024 NNNNNNNNNTATAAAACAATTTAAAACGAGAAATAAG-GCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAA
* * * * * * * *
6087 GTGGACTTTT-TTTCTATATGAATGGCTTTGTT-TACACGTTTCACGAGGTA-AGCAGTT-AATT
64 AT-GAATTTTCATACCA-ATGAATGCCTTT-TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CA-TTCAATT
* * * *
6148 GTAGCCTATTTTAAGC-AAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATAAA
124 ATAGTCTATTTTAA-CTAAAAATGT-AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
* * * * * *
6196 TTATGACATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAGAGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* *** ** * * **
6261 GAACTTTTCTTGTTAATGAATGTATTTTTCATCACGTTTTTCGATATAGACATTCAATTATTA-T
66 GAA-TTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAGT
* * * *
6325 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAG
129 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
* ****
6367 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAG-GCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACNNNNN
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAG-GTGAC-TATA
****** * * * * * *
6430 NNNNNCTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAG
63 AATGAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
* *********
6495 TCTGTTTTAACTAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAA
128 TCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTAACTTAAAATCAA
* *
6538 TTATGAGATTATAGAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GGTTTTGAAGGAAT-GAGT-AGCTATA
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGAATAG-GTGA-CTATA
* * * * * * * * * * * *
6600 AATGGACTTTTCTTGCCAATTAATACGTTTTTGTTCATGGTTCTCGATGTAAACATTCAATTATT
63 AAT-GAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
6665 GTCTGTTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAATATCAA
127 GTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
6709 TTATGAGATTAT
1 TTATGAGATTAT
6721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 330, Indels: 115
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.03
170 360 0.27
171 756 0.57
172 170 0.13
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
GAATTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAA
Found at i:5725 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5432--5918 Score: 561
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
5422 TGAATGCCTC
* * * * **
5432 TTTCTTCATGTTTCTCGAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATCTAAAACAA
1 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCT-ATTTAAATAAAAAAAGT-AAACAA
* * * * *
5495 A-TTCAACTTCAAATAAATTAGGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAA
64 ACAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTTGAA
* * * * * *
5558 AGCATAGGTGACTATCAATGAATTTCTCACACCAATGAATGCATT
127 GGAATGGGTGACTATAAATGAATTTCTCACACCAATAAATACATT
********** *
5603 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATNNNNNNNNNNTTATAGTCTATTTTAATAAAAAAAGTAAA-AAAC
1 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCTATTTAAATAAAAAAAGTAAACAAAC
5667 ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAA
66 ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
5732 TGGGTGACTATGAATGGATTTTTCATACCAATAAATACCTT
131 TGGGTGACTATAAATGAATTTCTCACACCAATAAATACATT
* * * *
5773 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCTGTTTAAATCAAAAATGTAAACAAAT
1 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCTATTTAAATAAAAAAAGTAAACAAAC
*
5838 ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTACTTTTGAAGGAA
66 ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAA
5903 TGGGTGACTATAAATG
131 TGGGTGACTATAAATG
5919 GACTTTTCTT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 48, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 136 0.52
171 109 0.41
172 16 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGATATTCAATTATAGTCTATTTAAATAAAAAAAGTAAACAAAC
ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGAATTTCTCACACCAATAAATACATT
Done.