Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399015.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2295.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8157
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 641 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:504 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--2377 Score: 1259
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 167
** ** ** * *
1 TATGAGATTAT--AACTATTTAAAGTAAGTAATAAATCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAGT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
63 -AGACTTTTTATG-CTAATAAATGACTTTTGTTTCACGTTTTTCTAGGTAGATATTCAATTATAA
65 GAG-CTTTTT-TGTC-AATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * * * *
126 TATATTTTAATTATAAATGTAATAAAATTCAACCTCAAATCAAT
126 TCTGTTTTAA-CAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * **
170 TATGAGGTTATAAAA-TCCTTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
* *
234 -AGACTTTTGTTG-CTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAAACATTCAATTATAA
65 GAG-CTTTT-TTGTC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
297 TCTGTTTTAACCGACAATGTAAAAACATTCTACTTAAAATCAAT
126 TCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * **
341 TATGAGATTATAAAACCATTGAAATTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGCCACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
*
406 AGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
66 AGCTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* *
471 TTTTAACAAAAATTGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAAT
130 TTTTAACAAAAA-TATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * *
511 TATGAAATTATAAAGGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TGGGTGACAATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
575 GGGGTTTTTCTAG-AAATGAATAAG-TTTTTTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAGTCAATTACAAT
65 GAGCTTTTT-T-GTCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * *
638 ATATTTTAACTAAAAATAAAAAACAATTC-AGTCTAAAATCAAT
127 CTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA-AATTCAACT-TAAAATCAAT
* * * * * *
681 TATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATCAATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * *
746 GGCTTTCCTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGGTATATAGTCAATTATAATC-
66 AGCTTT-TTTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * *
810 GATTTAATTATAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAAT
129 GTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *** *
851 TATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTAT-AATT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
915 AGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGGCAGATA-GCTAATTATAAT
66 A-GCTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTC-AATTATAAT
* * *
979 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCATCTTAAAATCGAT
127 CTGTTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1022 TATAAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT
* *
1086 GAGCTTTTTT-TGCAAATGAATGTG-TTTGTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATTGTAA
65 GAGCTTTTTTGT-C-AATGAATG-GCTTT-TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
** * *
1149 TCTGTTTTATGAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAGT
126 TCTGTTTTAACAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1192 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGTCTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
1257 GGCTTTCTTTGTCAATGAAT-GCCTTTCTTCACT-TTTTTCAAGACAGACATTCAATTTTAATCT
66 AGCTTT-TTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * ** *
1320 GTTCTGACTAAAAATATAAAAAAAAATT-ATTTTAACCAA-AAAT
129 GTTTTAAC-AAAAATAT---AAAAAATTCAACTTAA--AATCAAT
** * * * * * * * * * **
1363 ATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATTA--GA-TTATAAAGCCATTTAAAGCGAAT-AATAA
1 -T-ATGAGATT--A-TAAAACT-ATTTA-AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAG-GTATGGGT--
* * * ** * * *
1424 GATTTTCGAA-G-G--TTTGGGTAGCTATAAACAGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTGCTT
55 GACTAT-AAATGAGCTTTTTTGT--CAATGAA-TGGCTTTTCTT-C--ATG--T---TTTT-C--
* *
1485 TATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-T
105 -A---------AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAATTCAACT
1549 CTAAAATCAAT
158 -TAAAATCAAT
* *
1560 TATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * ** **
1625 GGCTTTTCTTATCAATCAATGGTTTTTTCTTTACGTTTTCTCAAGATAGGCAATT-AATTATAAT
66 AGCTTTT-TTGTCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAAT
* * * * *
1689 TTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACGTACAA-CTAAT
127 CTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC-AAT
* * **
1731 TATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTAAGTGAC
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT----GAA-G-GT-A-TGGGTGAC
* * * * * *
1796 TATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTGTTCACT-TTTTCCAAGACAGACATTCA
58 TATAAATGAG-CTTTT-TTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* * *
1859 ATTATAACCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAT
119 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
1910 TATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTC-TTTCAA-ATACTTGAGTGACTATAAT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA--TGGGTGACTATAAA
* * *
1973 TCG-GCTTTTTATG-CTAAT-AGATGACTTCTGT-TTCATGTTTTCTC-AGGTAGACATTCAATT
64 T-GAGCTTTTT-TGTC-AATGA-ATGGCTT-T-TCTTCATGTTTT-TCAAGGCAAACATTCAATT
* * * *
2033 ATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAATCATTCAAGTTAAAATCAAT
122 ATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * **
2081 TATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAAGTGACTATAAA
1 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAA
* * * *
2145 T-AGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATA
64 TGAG-CTTTT-TTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * *
2208 ATCTGTTTTAATTAAAAAAAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATTAGT
125 ATCTGTTTTAA-CAAAAATA-TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** * *
2254 TATGATAATATAAAACCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCA--AGTGACTATAAA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-T-ATGGGTGACTATAAA
* * * * *
2317 TGGGCTTTTCTTG-CTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
64 TGAGCTTTT-TTGTC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTA
2378 CAATTAAGTG
Statistics
Matches: 1725, Mismatches: 333, Indels: 297
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 37 0.02
169 39 0.02
170 511 0.30
171 531 0.31
172 221 0.13
173 54 0.03
174 7 0.00
175 10 0.01
176 26 0.02
177 12 0.01
178 48 0.03
179 97 0.06
180 2 0.00
181 2 0.00
183 1 0.00
184 4 0.00
185 1 0.00
186 4 0.00
187 2 0.00
189 4 0.00
190 7 0.00
191 10 0.01
192 31 0.02
193 7 0.00
194 1 0.00
195 4 0.00
196 3 0.00
197 13 0.01
198 4 0.00
199 31 0.02
200 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
AGCTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Found at i:976 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 116--2377 Score: 1260
Period size: 511 Copynumber: 4.3 Consensus size: 509
106 AGGTAGATAT
* * * *
116 TCAATTATAATATATTTTAATTATAAATGTAATAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGG-TTA
1 TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAT-AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-GGATTA
* * * * * * * **
180 TAAAA-TCCTTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGT
63 TAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCTTTCCT
* * * * * * *
244 TGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
127 TTC-AATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTATAATCTGATTTAACC
* * * * **
309 GACAATGTAAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATTGAATAAT
191 GAAAATATAAAAAAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAAT
*** * * * *
374 AAGGCTTTCGAAGGTATGGGCCACTATAAATGAGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTTCTTCAT
256 AAGGCTTTCGAAAACATGGGCCACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGGATTTTCTTCAA
* * * * * *
439 GTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATTGTAAAACAATTTAACTTA
321 GTTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TATAAAAAAAGTCAACTTA
*** * *
503 AAATCAATTATGAA-ATTATAAAGGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGA
385 AAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * * *
567 CAATAAATGGGGTTTTTCTAG-AAATGAATAAGTTT-TTTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAG
449 CAATAAATGAGCTTTTT-TAGCAAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAG
* **
627 TCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATAAAAAACAATTCAGTCTAAAATCAATTATGGGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTAT
*
692 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATCAATGGGCTTTCCTTA
64 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCTTTCCTT-
* ** * * **
757 TCAATCAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGGTATATAGTCAATTATAATC-GATTTAA-TTA
128 TCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTATAATCTGATTTAACCGA
* * * *
820 TAAATATAAAAAAATTC-AGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
193 -AAATATAAAAAAATTCTA-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAAT
* ** * *
884 AAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTAT-AATTAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTC
256 AAGGCTTTCGAAAACATGGGCCACTATAAATGA-GCTTTTCTTATCAATCAATGGATTT-TCTTC
* * *
948 AAGTTTCTCAAGGCAGATAGCT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCATCT
319 AAGTTTCTCAAGGCAAACA-CTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACT
* * * * *
1012 TAAAATCGATTATAAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
383 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTG
* * ** * *
1077 ACTATAAATGAGCTTTTTTTGCAAATGAATGTGTTTGTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACAT
448 ACAATAAATGAGCTTTTTTAGCAAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAG
* * * * * *
1139 TCAATTGTAATCTGTTTT-ATGAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTAT
* * * * * *
1203 AAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGTCTATAAATGGGCTTTCTTT
64 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGGCTTTCCTT
* ** * * * *
1267 GTCAATGAAT-GCCTT-TCTTCACTTTTTTCAAGACAGACATTCAATTTTAATCTGTTCTGACTA
128 -TCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTATAA-----TCTG----
* * *
1330 AAAATATAAAAAAAAATTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTAAAAATCAATTATTA
183 ------------------A-TTTAACCGAAAATATAAAAAAATTCTACCT-AAAATCAATTATGA
* * ** **** * *
1394 GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATAAGATTTTCGAAGGTTTGGG-TAGCTATAAA-CAGGC
228 GATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAACATGGGCCA-CTATAAATGA-GC
* * * * * * * *
1457 TTTTCTT-GCAAATGAATGGGTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
291 TTTTCTTATC-AATCAATGGATTTT-CTTCAAGTTTCTC-AAGGCAAACACTCAATTATAATCTG
* * * * * *
1520 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAA
353 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * * * *
1584 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATCAAT-GG
417 GCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACAATAAATGAGCTTTT-TTAGCAAATGAATAAG
* * * * ** ** *
1647 TTTTTTCTTTACGTTTTCTCAAGATAGGCAA
481 -TTTGTCTTCATG-TTTCTCGAGGCAAACAG
* * * * ** * * * *
1678 TTAATTATAATTTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACGTACAA-CTAATTATGAGATTAA
1 TCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGGGATTAT
* * * * * *
1742 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTAAGTGACTATAAATGGAC
64 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT--G-G----A-TGACTATAAATGGGC
* * * * * * * * * * *
1807 TTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTGTTC-ACTTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAACCCGT
121 TTTCCTT-TCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCT-CAAGACAAACAGTCAATTATAATCTGA
* * * * * * * *
1871 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGT
184 TTTAACCGAAAATATAAAAAAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGC
* * * * ** *
1936 GAGTAATAAGTCTTTC-AAATACTTGAGTGACTATAATTCG-GC-TTT-TTATGCTAAT-AGAT-
249 GAATAATAAGGCTTTCGAAA-ACATGGGCCACTATAAAT-GAGCTTTTCTTAT-C-AATCA-ATG
* * * * * *
1995 GACTTCTGT-TTCATGTTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATAT
309 GA-TT-T-TCTTCAAG-TTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT
** * * * ** *
2057 AAAATCATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
369 AAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTT
** ** * * *
2122 TTGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT-GTC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGT
433 TCAAAGGCTTGGGTGACAATAAATGAG-CTTTT-TTAG-CAAATGAATAAG-TTTGTCTTCATGT
* *
2183 TTC-CTAGGGCAGACA-
494 TTCTCGA-GGCAAACAG
* * * * * * ** *
2198 TCCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA-AAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATTAGTTATGATAA
1 T-CAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAA--AA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGAT
* * * * * ** *
2262 TATAAAACCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAAGTGACTATAAATGGGCTTTT
61 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGGCTTTC
* * * * * ** *
2326 CTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
125 CTTTC-AATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTA
2378 CAATTAAGTG
Statistics
Matches: 1378, Mismatches: 276, Indels: 190
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
509 32 0.02
510 116 0.08
511 368 0.27
512 47 0.03
514 3 0.00
515 55 0.04
516 4 0.00
519 2 0.00
520 10 0.01
521 187 0.14
522 87 0.06
523 56 0.04
537 10 0.01
538 237 0.17
539 91 0.07
540 8 0.01
543 1 0.00
544 2 0.00
547 29 0.02
548 8 0.01
549 25 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TCAATTATAATATATTTTAATAAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTATAA
AACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCTTTCCTTTCA
ATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTATAATCTGATTTAACCGAAAA
TATAAAAAAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATAATAAGGC
TTTCGAAAACATGGGCCACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGGATTTTCTTCAAGTTTC
TCAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACAATAAA
TGAGCTTTTTTAGCAAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAG
Found at i:1345 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 16--2377 Score: 1264
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 336
6 GATTATAACT
** ** * * *
16 ATTTAAAGTAAGTAATAAATCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGT-AGACTTTTTATGCTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTTATGC-AAT
* * * * * * * * *
80 AAAT-GACTTTTGT-TTCACGTTTTTCTAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATTATAAA
64 GAATGGA--TTTGTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAA
* * * * *
143 TGTAATAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TCCTTTAAAGCGAGTAATAAGT
126 TATAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
207 CTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
189 CTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTT
* ** * * *
272 TTTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCGACAATGTAAAAACATTC-TACTTAAAA
252 TCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAT-CTTAAAA
*
336 TCAATTATGAGATTATAAAACC
316 TCAATTAT-AGGTTATAAAACC
* ** * **
358 ATTGAAATTGAATAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGCCACTATAAATGAGCTTTTGT-TGTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAGCTTTT-TATG-CAA
**
421 TGAATGGATTT-TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATT
63 TGAATGGATTTGTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAA-T
* * * * ** *
485 GTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAGGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
127 ATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * *
550 TTTAAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGGTTTTTCTAGAAATGAATAAG-TTTTTTTCATGTTTC
191 TTTAAAGACATGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
614 TCTAGGCAAACAGTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATA-AAAAACAATTCAGTC-TAAAAT
254 TCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCA-TCTTAAAAT
* *
677 CAATTATGGGATTATAAAACT
317 CAATTATAGG-TTATAAAACC
* * * * * * *
698 ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATCAATGGGCTTTCCTTAT-CAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTT--TTATGCAAT
* * * * * * * * * *
762 CAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGGTATATAGTCAATTATAATC-GATTTAATTATAAATA
64 GAATGGATTTGTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTATTAAAAATA
* *
826 TAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
128 T-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
891 TTGAAA-ACATGGGTGACTATAATTAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTC
192 TT-AAAGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC
* * * * *
955 TCAAGGCAGATA-GCTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCATCTTAAAATC
254 TCAAGACAAACATTC-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATC
* *
1019 GATTATAAGGTTGTAAAACC
318 AATTAT-AGGTTATAAAACC
* *
1039 ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTTTTGCAAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTTATGC-AATG
* * *
1104 AATGTG-TTTGTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTATGAAAAATAT
65 AATG-GATTTGTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAATAT
* *
1168 AAAATAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTT
129 AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * *
1233 TAAAGGTATGAGTGTCTATAAATGGGC-TTTCTTTGTCAATGAAT-GCCTTTCTTCACT-TTTTT
193 TAAAGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTC-TTG-CAATGAATGGCTTTTCTTCA-TGTTTCT
* * * * *
1295 CAAGACAGACATTCAATTTTAATCTGTTCTGACTAAAAATATAAAAAAAAATT-ATTTTAACCAA
255 CAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT--AAAAAAATTCATCTTAA--AA
* * ** *
1359 -AAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATC
316 TCAAT-T--ATAGGTT--A-T-AAAACC
* * * * ** ** ***
1386 AATTATTA--GA-TTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATAAGATTTTCGAAGGTTTGGGTAGCTA
1 ATTTA-AAGCGAGTAAT-AAGGC-TTT----CG------AAG-GCTT-G--GG--TGACTATAAA
* * *** * * * * * *
1448 TAAACAGGCTT-TTCTTGCAAATGAATGGGTTT-TGCTTTATG-TTTCCTGAGGCAAACATTCAA
47 TGAGC-TTTTTATGC-A----ATGAATGGATTTGT-CTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAA
* ** * * *
1510 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAA
104 TTATAATCTGTTTT-ATTAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
1575 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAA
167 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTT-GCAA
* * * * * ** * *
1640 TCAATGGTTTTTTCTTTACGTTTTCTCAAGATAGGCAATT-AATTATAATTTGTTTCAA-TCAAA
231 TGAATGG-CTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGACAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAA
* * * * * *
1703 AATGT-AAAAAATTCAACGTACAA-CTAATTATGAGATTAAAAAACC
292 AATATAAAAAAATTCATCTTAAAATC-AATTAT-AGGTTATAAAACC
* * * *
1748 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTAAGTGACTATAAATG-GACTTTTC
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CT---TG----GGTGACTATAAATGAG-C-TTT-
** * * * * * * *
1812 TTAT-CAATGAATGCCTTTTTGTTCACT-TTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAACCCGTTTTA
55 TTATGCAATGAATGGATTTGTCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-
** * * * *
1875 ACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGT
118 ATTAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
1940 AATAAGTCTTTCAAATACTTGAGTGACTATAATTCGGCTTTT-TATGCTAAT-AGATGACTTCTG
182 AATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCT-TGC-AATGA-ATGGCTT-T-
** * * * **
2003 T-TTCATGTTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAATCAT
242 TCTTCATG-TTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAAT
** * **
2065 TCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATA
305 TCATCTTAAAATCAATTAT-AGGTTAT-AAAACC
* * **
2099 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCT-TGTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTT-TATG-CAA
* * * * * *
2162 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA
63 TGAATGGATTTGTCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAA
* * * * * * * * * **
2226 AAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATTAGTTATGATAATATAAAACCATTAAAAGTAAGTAATAAGG
126 TA-TAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * ** * *
2291 CTTTCGAAGGC-TCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGT
189 CTTTTAAAGACAT-GGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCATGT
* **
2355 TTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
251 TTCTCAAGACAAACATTCAATTA
2378 CAATTAAGTG
Statistics
Matches: 1563, Mismatches: 329, Indels: 254
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
339 62 0.04
340 236 0.15
341 427 0.27
342 80 0.05
343 86 0.06
344 108 0.07
345 7 0.00
346 7 0.00
347 13 0.01
348 4 0.00
349 35 0.02
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354 8 0.01
355 4 0.00
356 3 0.00
357 3 0.00
358 3 0.00
359 1 0.00
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365 1 0.00
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369 12 0.01
370 8 0.01
371 32 0.02
372 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTTATGCAATGA
ATGGATTTGTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAATATAA
AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGACATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAC
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATAG
GTTATAAAACC
Found at i:2086 original size:350 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1347--2377 Score: 952
Period size: 350 Copynumber: 3.0 Consensus size: 342
1337 AAAAAAAAAT
* * * * * *
1347 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAAATCAATTATTAGATTAT-AAAGCCATTT
1 TATTTCAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACGTAAAACT-AATTATGAGATTATAAAAACAATTT
* * ** * * *
1410 AAAGCGAA-TAATAA-GATTTTCGAAGGTTTGGGT-AGCTATAAACAGGCTTTTCTT-GCAAATG
64 AAAGC-AAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTAAGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATG
** * * * * * * *
1471 AATGGGTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT
125 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* *
1536 AAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
190 AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1600 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT-C-AATCA-ATGGTTTTTTCTTTACGTT
254 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGC-TTT-TTATGCTAAT-AGATGG-TTTTTCTTCATGTT
* * *
1662 TTCTCAAGATAGGCAATT-AATTATAATT
315 TTCTCAAGGTAGAC-ATTCAATTATAATA
* * * *
1690 TGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACGTACAACTAATTATGAGATTA-AAAAACCATTTAA
1 TATTTCAATCAAAAATATAAAAAATTCAACGTAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAA
* *
1754 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAG-TGACTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
66 AGCAAGTAATAAGGCTTTT----GAA-G-GCT---TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * * *
1818 ATGAATGCCTTTTTGTTCACTTTTTCC-AAGACAGACATTCAATTATAACCCGTTTTAACCAAAA
122 ATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * *
1882 ATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGT
186 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* ** * * * *
1947 CTTTCAAATACTTGAGTGACTATAATTCGGCTTTTTATGCTAATAGATGACTTCTGT-TTCATGT
251 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTATGCTAATAGATG-GTT-TTTCTTCATGT
2011 TTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATA
314 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
2039 TATTTTAATCAAAAATATAAAATCATTCAA-GTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAATAATT
1 TATTTCAATCAAAAATATAAAA-AATTCAACG-TAAAACT-AATTATGAGATTATAAAAACAATT
*
2102 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT
63 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * * ** *
2167 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAAAAGTAA
128 GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAA
* * * * * * * * *
2232 CAAAATTCAGCTTAAAATTAGTTATGATAATATAAAACCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCG
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
**
2297 AAGGCTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCTAAT-GAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCT
257 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TATGCTAATAG-AT-GGTTTTTCTTCATGTTTTCT
* *
2359 CGAGGTAAACATTCAATTA
319 CAAGGTAGACATTCAATTA
2378 CAATTAAGTG
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 93, Indels: 67
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 50 0.09
343 110 0.20
344 111 0.20
345 3 0.01
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348 8 0.01
349 41 0.07
350 187 0.33
351 40 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TATTTCAATCAAAAATATAAAAAATTCAACGTAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAA
AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCC
TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTATGCTAATAGATGGTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTA
GACATTCAATTATAATA
Found at i:2440 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 2317--2446 Score: 181
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
2307 TGACTATAAA
* ** * *
2317 TGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAAT
1 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTACAAT
2382 TAAG
66 TAAG
* *
2386 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCACTTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA
1 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
2447 TAATCCGTTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 2
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
69 48 0.91
70 5 0.09
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (69 bp):
TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTACAAT
TAAG
Found at i:2595 original size:242 final size:241
Alignment explanation
Indices: 2149--2619 Score: 567
Period size: 242 Copynumber: 2.0 Consensus size: 241
2139 TATAAATAGA
* *
2149 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATCCAATTATAATCCGT
* * * * * * * *
2214 TTTAATTAAAAAAAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATTAGTTATGATAATATAAAACCATTAAAAG
66 TTTAACTAAAAAAAGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTAAAAG
* ** **
2279 TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTT
131 TAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGACTT
* *
2344 TTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGG
196 CTGCTTCATGTTTTCTC-AGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGG
* *
2390 CTTTTCTTG-CAAATGAAT-GCATTTTTCTTCACTTTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATC
1 CTTTTCTTGTC-AATGAATGGC-TTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAGACATCCAATTATAATC
* *
2452 CGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
63 CGTTTTAACTAAAAA-A-AGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
* * * ** * * *
2516 TAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAATTTGGCTTTT-TATGCTAATGGA
126 AAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCTAATGAA
*
2580 TGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAGACATTCAATTA
190 TGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAAACATTCAATTA
2620 TAATATATTT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 30, Indels: 13
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
240 3 0.02
241 61 0.32
242 122 0.63
243 7 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (241 bp):
CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATCCAATTATAATCCGT
TTTAACTAAAAAAAGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTAAAAG
TAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGACTT
CTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGG
Found at i:2751 original size:414 final size:413
Alignment explanation
Indices: 2021--2768 Score: 902
Period size: 414 Copynumber: 1.8 Consensus size: 413
2011 TTTCTCAGGT
* ** * *
2021 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAATCATTCAAGTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATACATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
** **
2086 GATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACT
66 GATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTTAAGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
2151 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATCTGTTT
131 TTTCTTGTCAATGAATGACTTCTGCTTCATGTTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATATATTT
* * * * *
2216 TAATTAAAAAAAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATTAGTTATGATAATATAAAACCATTAAAAGTA
196 TAATTAAAAAAAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAAGAGAATATAAAACAATTAAAAGTA
* * * *
2281 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTT
261 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTT
*
2346 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCA
326 GCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCA
2411 TTTTTCTTCACTTTTTCCAAGGC
391 TTTTTCTTCACTTTTTCCAAGGC
* *
2434 AGACATTCAATTATAATCCGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA
1 AGACATTCAATTATAATACATTTTAATC-AAAAATAT--AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA
* ** * * * *
2498 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAATTTG
63 TGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTTAAGTGACTATAAATAG
* * * * *
2562 GCTTTT-TATG-CTAATGGATGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCA-GGTAGACATTCAATTATAAT
128 ACTTTTCT-TGTC-AATGAATGACTTCTGCTTCATGTTTCCT-AGGGCAGACATCCAATTATAAT
** * * * *
2624 ATATTTTAA-TCCAAAATGTAA-AAGCATTCAAG-TTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAAATAA
190 ATATTTTAATTAAAAAAAGTAACAA-AATTC-AGCTTAAAATCAATTAAGAGAATAT-AAAACAA
* * * * *
2686 TTTAAAGTGAGTAATGAA-TCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGTTAATG
252 TTAAAAGTAAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTCAAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
2750 AATAGCTTTTGCTTCATGT
316 AATAGCTTTTGCTTCATGT
2769 CTCCCATGGC
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 49, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
412 3 0.01
413 63 0.23
414 171 0.62
415 39 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (413 bp):
AGACATTCAATTATAATACATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAACACTTAAGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGTCAATGAATGACTTCTGCTTCATGTTTCCTAGGGCAGACATCCAATTATAATATATTT
TAATTAAAAAAAGTAACAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAAGAGAATATAAAACAATTAAAAGTA
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTT
GCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATTAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGCA
TTTTTCTTCACTTTTTCCAAGGC
Found at i:2765 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2386--3187 Score: 753
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 172
2376 TACAATTAAG
** * * * * *
2386 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAAT-GCATTTTTCTTCACTTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATA
1 TGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGC-TTTTGCTTCA-TGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATA
*** ** * * *
2449 ATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACT
64 ATTTATTTTAAC-AAAAA-ATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACC
* * ** * * *
2513 ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAAT
127 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* * * * * *
2559 TTGGCTTTT-TATGCTAATGGATGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCA-GGTAGACATTCAATTATA
1 TGGGCTTTTCT-TGTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCATGGTAGACAATCAATTATA
* * * * * **
2622 ATATATTTTAATC-CAAAATGTAA-AAGCATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAAATA
64 ATTTATTTTAA-CAAAAAATGTAACAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACC
* * *
2685 ATTTAAAGTGAGTAATGAA-TCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAA
127 ATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
2731 TGGACTTTTCTTGTTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTCTCCCATGGCAGACATTTAATTACAAT
1 TGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
* * * *
2796 TTGTTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTAT-AAAACCATTA
66 TTATTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACCATTT
*
2860 AAAATGAGTAATAAGGCGTTT-GAAGGCATAAGTGACTATAAA
131 AAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* * * *
2902 TGGGCTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAAT
1 TGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
* * ** * * * *
2967 TTGTTTTAACCAAAAATGTAACAAAGGTCAACTTATAATCAATTATGATATCA-CAAAACCATTT
66 TTATTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACCATTT
* * * **
3031 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGTGTGACTATAAA
131 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* * * * *
3073 TGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
1 TGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
* *
3138 TTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATGTCAACTTACAATCAATTATGAG
66 TTATTTTAACAAAAAATGTAACAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
3188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 89, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 298 0.57
172 155 0.30
173 59 0.11
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
TTATTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACCATTT
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA
Found at i:3172 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2386--3187 Score: 839
Period size: 343 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
2376 TACAATTAAG
* *
2386 TGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATGCATTTTTCTTCAC-TTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
1 TGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCT-CATGGCAGACATTCAATTATA
** ** * *
2449 ATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
63 ATTTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
2514 TTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAATTTGGCTTTTTATGCTAATGG
126 TTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAACAC-TAAGTGACTATAAATGGGCTTTTTAT-CTAATGA
*
2579 ATGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCCAAAATGTA
189 ATGACTTCTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATCCAAAATGTA
* * * * * *
2644 AAAGCATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAAATAATTTAAAGTGAGTAATGAATCTTT
254 AAAG-AGTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATCATAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAAGCTTT
* *
2709 CGAAGGCTTAAGTGACTAGAAA
318 CGAAAGCATAAGTGACTAGAAA
* * * * * * * *
2731 TGGACTTTTCTTGTTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTCTCCCATGGCAGACATTTAATTACAAT
1 TGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAAT
* * *
2796 TTGTTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAACCATTAA
65 TTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAA
* *
2861 AAATGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGCA-TAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT-TAATGAAT
130 AAATGAGTAATAAGGC-TTTCAA-ACACTAAGTGACTATAAATGGGC-TTT-TTATCTAATGAAT
* * * * * *
2924 GGCTTTTTCTTTATG-TTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAA-CCAAAAATGTA
191 GACTTCTGCTTCATGTTTTCTC-AGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATCC-AAAATGTA
* * * * *
2987 ACAA-AGGTCAACTTATAATCAATTATGATATCA-CAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCT
254 A-AAGA-GTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATCATAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAA-GCT
* ** *
3049 TTTGAAAGCATGTGTGACTATAAA
316 TTCGAAAGCATAAGTGACTAGAAA
* * * *
3073 TGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTATAAT
1 TGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAAT
* *
3138 TTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATGTCAACTTACAATCAATTATGAG
65 TTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
3188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 70, Indels: 28
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.01
342 125 0.33
343 166 0.44
344 15 0.04
345 62 0.17
346 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAATT
TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
AATGAGTAATAAGGCTTTCAAACACTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTTATCTAATGAATGACTT
CTGCTTCATGTTTTCTCAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATCCAAAATGTAAAAGAGT
CAACTTAAAATCAATTAAGAGATCATAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAAGCTTTCGAAAGCA
TAAGTGACTAGAAA
Found at i:3905 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3426--4271 Score: 806
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 172
3416 ATGTTTCTCG
* * * ** *
3426 AGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAAGTTCAACCCAAAATCAG
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* * * *
3490 TTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
** * * * *
3555 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-TT-TCATGTTTCTCG
129 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCT-A
* * * * * *
3598 AGGTAGACAATAAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTACAAA-CAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAAT
* * * * *
3662 TATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTG-AGGAAATGAGTGACTATTAGT
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAAT
* *
3726 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTTCTA
129 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCTA
* * *
3769 AGGTAGACATTCAATTATAATCCATTCTAACTAAAACTATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
3834 TATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAATCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAGT
65 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * *
3898 AGACTTTT-TATACTAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTT-AA
129 GGACTTTTCT-TACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCTA
* * * * *
3941 AGGTAGACATTCAATTGTAATATATTTTAA-TAACAAATGTAACAAAATTCAACCTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
4005 TATGAAATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGTCTGTTGAAGACATGGGTGACTCTAAAT
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
*
4069 GGACTTTTGTTACCAATGAATGGC-TTTT-TTCACATTTTTC-A
129 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCTA
* * * ** *
4110 AGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAGAATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * *
4175 ATGAGATCATAAGACCATTGAAA-TAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGGGGCTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * ** * *
4239 GGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCA
130 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
4272 TGTATCTCAA
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 96, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 131 0.24
170 13 0.02
171 222 0.40
172 182 0.33
173 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCTA
Found at i:4074 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3426--4271 Score: 852
Period size: 343 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
3416 ATGTTTCTCG
* * * ** *
3426 AGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAAGTTCAACCCAAAATCAG
1 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT--AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
3490 TTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAAT
64 TTATGAGATCATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAAT
* * ** * ** *
3555 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATAAATTATAATT
128 AGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACAATAAATTATAATA
* * *
3620 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTACAAACAATTATAAGATTACAAAACTATTTAA
193 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTACAAACAATTATAAGATTACAAAACTATTTAA
* * * * *
3685 AGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGAAATGAGTGACTATTAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
258 AGTGAGTAATAAGTCTGTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
3750 TTTTTCTTCAC-TTTTTCTA
323 -TTTT-TTCACATTTTTC-A
* * *
3769 AGGTAGACATTCAATTATAATCCATTCTAACTAAAACTATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-TATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
3834 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAATCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAGTA
65 TATGAGATCATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATA
* * * * *
3899 GACTTTT-TATACT-AAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTGTAA
129 GACTTTTCT-T-CTCAATGA-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACAATAAATTATAA
* * * *
3961 TATATTTTAA-TAACAAATGTAACAAAATTCAACCTA-AAATCAATTATGAA-ATTATAAAACTA
191 TATATTTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACCTACAAA-CAATTAT-AAGATTACAAAACTA
* * * *
4023 TTTAAA-TCGAGTAATAAGTCTGTTGAAGACATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTGTTACCAATG
253 TTTAAAGT-GAGTAATAAGTCTGTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
*
4087 AATGGCTTTTTTCACATTTTTCA
317 AATGCCTTTTTTCACATTTTTCA
* ** *
4110 AGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAGAAT-GCAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA-AATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * **
4174 TATGAGATCATAAGACCATTGAAA-TAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGGGGCTATAAAT
65 TATGAGATCATAA-AACATTTAAAGT-GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAAT
* * * *
4238 GGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGA-TTTTGCTTCA
128 AGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GACTTTTGCTTCA
4272 TGTATCTCAA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 72, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 92 0.22
341 41 0.10
342 24 0.06
343 249 0.60
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATCATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGA
CTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACAATAAATTATAATATAT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTACAAACAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGTCTGTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
TTTCACATTTTTCA
Found at i:4775 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4465--5505 Score: 937
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
4455 AGGCAAACAG
* * * *
4465 TCAATTACAATATA-TTTTAATAACAACTATAAAAAAATT-CAGTGTAAAAAT-AATTATGAGAT
1 TCAATTATAATA-AGTTTTAATAA-AAATATAAAAAAATTAAACT-T-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
4527 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACCATAAATGGGCTTTCC
62 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTC
* * * * * * * * *
4592 TTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCAGGTTTCTGAAGGTATATAG
127 TTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACAT
* * * * * *
4636 TCAATTGTAATAAGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATAAGATTGT
1 TCAATTATAATAAGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
4701 AAAACAATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
65 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
* * * *
4766 TCGATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACAA
130 TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACAT
* * *
4807 TCAATTATAATTTA-TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAA-TAAGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
4871 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGCGTGACTATAAAT-GGACTTTTTT
64 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCT
* * *
4935 TACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCAC-TTTTTCCAAAGAAGACAT
128 TATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAAGTAGACAT
* * ** * *
4978 TCAATTCTAATACGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGT
1 TCAATTATAATAAGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * * *
5042 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGT-GAAC-TTT-TT
65 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTT
* ** * *
5104 ATGCTAATGGATGACTTTTGGTTCACGTTTTTCAAAGTAGATAT
129 AT-C-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACAT
* * * *
5148 TCAATTATAATATA-TTTTAATTAGAAATATAAAAATATTAAAGTTAAAATCAAATATGAGATTA
1 TCAATTATAATA-AGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
5212 TCAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
64 T-AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCT
* * * *
5277 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACAT
128 TATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAAGTAGACAT
** * * * * *
5320 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTAT
1 TCAATTATAATAAGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
5385 AAATC-ATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTT
65 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTT
** *** *
5448 GCCAATGAATGGGGTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTCA-ACAT
129 ATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAAGT-AGACAT
5490 TCAATTATAATTAAGT
1 TCAATTATAA-TAAGT
5506 GAGTTTTTCT
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 123, Indels: 60
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 5 0.01
170 232 0.32
171 337 0.47
172 132 0.18
173 5 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAATAAGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAT
CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACAT
Found at i:5473 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 4465--5500 Score: 1050
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 336
4455 AGGCAAACAG
* * * *
4465 TCAATTACAATATATTTTAATAACAACTATAAAAAAATT-CAGTGTAAAAATAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAGT-T-AAAATAATTATGAGATTA
* * * * *
4529 T-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACCATAAATGGGCTTTCCT
64 TCAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
4593 TATCAATCAATGGCTTTGTCTTCAGGTTT-CTGAAGGTATATAGTCAATTGTAATAAGTTTTAAC
128 TATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGAAGACATTCAATTATAAT-CGTTTTAA-
* * *
4657 TAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACAATTTAAAGCTAGTAA
190 TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA
* * ** * *
4722 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTATCGATCAATGG-CTTTTTCTT
253 TAAGGCTTTCGAAGGC-TAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGAC-TTTTCTT
* *
4786 CACGTTTCTCAAAGTAGACAA
316 CACGTTTTTCAAAGTAGACAT
* * * *
4807 TCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTA-
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAGTTAAAA-TAATTATGAGATTAT
* * * *
4871 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
65 CAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
4936 ACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACTTTTTCC-AAAGAAGACATTCAATTCTAATACGTTTTAAC
129 ATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAAT-CGTTTTAA-
** * * *
4999 CCAAAATATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
190 TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAA-CATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * *
5064 AAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGT-GAACTTTT-TATGCTAATGGAT-GACTTTTGGT
254 AAGGCTTTCGAAGGCTAG-GTGACTATAAATAG-GCTTTTCT-TGCCAATGAATGGACTTTT-CT
*
5126 TCACGTTTTTCAAAGTAGATAT
315 TCACGTTTTTCAAAGTAGACAT
* * * *
5148 TCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATATAAAAATATTAAAGTTAAAATCAAATATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAGTTAAAAT-AATTATGAGATTAT
* * *
5213 CAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
65 CAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
5278 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
129 ATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAAT-A
* * * * * * * *
5343 AAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAATCATTAAAAGCGAGTAATAA
192 AAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACATTTAAAGCAAGTAATAA
**
5408 GGCTTTCGAAGGCTCAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCACG
256 GGCTTTCGAAGGCT-AGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGACTTTTCTTCACG
* *
5473 TTTTCCAAGGTCA-ACAT
320 TTTTTCAAAGT-AGACAT
5490 TCAATTATAAT
1 TCAATTATAAT
5501 TAAGTGAGTT
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 99, Indels: 52
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.02
341 169 0.30
342 344 0.60
343 45 0.08
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAGTTAAAATAATTATGAGATTATC
AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCGTTTTAATAAAAA
TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGACTTTTCTTCACGTTTTTC
AAAGTAGACAT
Found at i:6080 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5524--6313 Score: 696
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
5514 CTTGCAAATT
* * * * * * *
5524 AATGCCTTTTTGTTCACTTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATAT
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
5589 AAAAGAAATCCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTT
66 -AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
5654 TCAAACGCTTGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTTATGCTAATG
129 TCGAA-GGTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTTATACTAATG
* * * ** * * * * * *
5696 GATGACTTTTGCTTCATTTTTTCTC-AGGTCGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAGAAATG
1 AATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* **
5760 TAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAA-CGAGTAATGAA-G
65 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCA-TTAAAAGCGAGTAAT-AAGG
* * * * *
5823 CTTACGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTATTAATG
126 CTTTCGAAGG-TTGAGAGACTATAAATGGACTTTTT-ATACTAATG
* * * * * *
5868 AGTGGCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CAAAAACTG
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TG
* *
5932 TAACAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * **
5997 TCGAAGGTATGCGAGACTATAGATGGGCTTTTCT-TGTTAATG
129 TCGAAGGT-TGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TATACTAATG
* * * *
6039 AATGGCTTTTTCTTTACGTTGCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
6104 AAAAAAATCAACTTACAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
6169 GACGGAATGAGTA-ACTATAAATGGACTTTTTCTACCAATG
131 GAAGG-TTGAG-AGACTATAAATGGACTTTTTATACTAATG
* * * * * * * * *
6209 AATGCCTTCTTCTTCAC-TTTTTCCAAAGTAGAGATTCAATTATAATCCGTTCTAACTAAAAATA
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
*
6273 TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
6314 TNNNNNNNNN
Statistics
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AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTTATACTAATG
Found at i:7066 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
6405 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
6584 CACTTTAAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTA
1 CGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * * **
6649 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTTGA-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTATA-A
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* * ** * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
6820 CGAACGGATTATAATTGAATGTCTGTCTT-AGGAAA-AGTAAAAAAAAAGACATTCATTGACAAG
65 -AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
*
6883 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCACTCAAAAGCCTTATTACT
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* * * * * * * *
6928 CGCTGTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTTATTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * *
6993 AACAAATTATAATTGATTGTCTAG-CTTGAGAAAGC-TGATGAAAAAGCCATTTATTAATAAGAA
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* *
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* * * * * * * * *
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1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * ** ** *
7164 AATAGATTACAATTGAATGTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGACAAATTCATTCATTTGCAGGAAA
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* * ** * *
7228 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCTTTATTACT
130 AGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTCA-AAAGCCTTATTACT
* * * * *
7270 TGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACTGATTTT-AGATTGAAATTTTTTACATTTTT-AGTT
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TT
* * * * * * * *
7333 AAAACAGATTATAATTGACTATTTGCCTTGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTGATTGATAATAA
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* * *
7398 AAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACT
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* * *
7441 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * ** * **
7506 AACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTCGAGAAATGTAAAG-AAAAGCCCATTCATTTTCAAGAAA
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*********** * * * ** * *
7570 TNNNNNNNNNNAATTACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACT
130 AGCCCATTTATAGTCACTCATTCC-TCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
7612 CGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTAATAGTTTTTG-T
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* *
7676 TAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAAAGTGAAGAAAA
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7723 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 208, Indels: 63
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 58 0.06
171 554 0.62
172 232 0.26
173 37 0.04
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAA
GCCCATTTATAGTCACTCATTCCTCAAAAGCCTTATTACT
Done.