Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399020.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2299.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5611
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.10, T:0.32
Warning! 891 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2469 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2429--2500 Score: 117
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
2419 GAAAAATATA
*
2429 AAAATAATAAACTCAAAATCAATTATCAGATTAT
1 AAAATAATAAACCCAAAATCAATTATCAGATTAT
* *
2463 AAAATAATAAACCCTAAATCAATTATGAGATTAT
1 AAAATAATAAACCCAAAATCAATTATCAGATTAT
2497 AAAA
1 AAAA
2501 CTATTTAAAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 35 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.11, G:0.04, T:0.28
Consensus pattern (34 bp):
AAAATAATAAACCCAAAATCAATTATCAGATTAT
Found at i:3384 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2972--5090 Score: 1875
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
2962 NNNNNNNNNN
* * * * *
2972 ACATTCAATTATTGTATGTGTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGC
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * **
3037 TTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3102 -TCTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGAAA
130 CT-TACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * ** *
3143 ACATTCATTTATAGTTTGTTTTAATGGAAAATACAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
3208 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTAAAAAT-GATCTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTT
* * *
3272 TCTT-CTCAAGGAATGGCTTTTT-TTACACGTTT-TCCAAGGTA-
129 TCTTAC-CAATGAATGTCTTTTTCTT-CATGTTTCT-CAAGGTAG
* * ** * * *
3313 AAATTTTAATTATAAACTGTTCTAGCTAAAAATG-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **
3377 ATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
3442 TCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAG
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * *
3484 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA-TCAACTTAAAATTAATTATTAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
3548 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTGTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
3613 TCTTACCAGTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AG
* * * * * * * *
3655 ACATTCAATTATAAAT-TATTTTAATATAAAATATAAAGAAATTAAACGTAAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
3719 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAAT-AGGCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
3783 TTTTGCTAGTGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTATTAAGGTAG
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
3825 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTATCCTAAAATCAGTTATTAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
3890 TTATAAAACTATTCGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTAACTACAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** *
3955 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCCAGGTAG
130 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
3996 ACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
4061 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGACTTTTGAATGAATGGGAGACTATAAATGGAATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * ** * *
4126 TCTTACCAACAAAT-TCTTTTTTTCTCACATTTCTCGATGTAG
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAG
* ** * **
4168 ACATTCAATTATAGTCTGTTTGACCAAAACTAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
4232 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
4297 TTTAACAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
130 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
4338 ACGTTCAATTATAATCTATTTTAATTAGAAATG-AAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
4402 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATATACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** *
4467 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTC-TGTTTCTTAAGGTAG
130 CTTACCAATGAATGTCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
4508 GCATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAATAATGCAAAAAAAGTAAAGTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * *
4573 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATTTGACAATAAATAGATTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
4638 TTTGCTAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAG
130 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
4679 ACATTTAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAATTAA-TCAAATTAAAATAAATTATCAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ****
4743 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAATGATAAGG-TTTTGGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNN
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
******* * * *
4807 NNNNNNTCAATGAATG-CGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAA
128 TTCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* ** *
4850 ACGTTCAATTATTA-TCTGTCATAATGAAAAATGTAAAAATAA-TAAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *********************
4913 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGACTT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
4978 TACTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGGAAG
128 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
5021 ATATTCATTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
5086 TTATA
65 TTATA
5091 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1575, Mismatches: 331, Indels: 84
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 535 0.34
171 893 0.57
172 134 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
Found at i:3667 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2992--4945 Score: 1931
Period size: 341 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
2982 ATTGTATGTG
* *
2992 TTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAGCG
1 TTAAT-AAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** * *
3057 AATAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACTTTT-TCTGCTAATGAATGTCTTT
64 AATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * **
3121 TTCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACATTCATTTATAGTTTGTTTTAATGGAAAATACAAAAA-AAT
128 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA-
* *
3185 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAA
192 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-A
* * *
3249 ATGGGTGACTAAAAAT-GATCTTTTCTT-CTCAAGGAATGGCTTTTT-TTACACGTTT-TCCAAG
256 ATGGGTGACTATAAATAGAT-TTTTCTTAC-CAATGAATGTCTTTTTCTT-CACGTTTCT-CAAG
* * * *
3310 GTA-AAATTTTAATTATAAACTGTT
317 GTAGACA-TTCAATTATAATCTATT
* * * *
3334 CTAGCTAAAAATGAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-A
1 TTA-ATAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** *
3398 ACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
65 A-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * *
3463 TCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAATC
129 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAATA
* * * * *
3528 AACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTGTGAAAGAATG
194 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* * * *
3593 GGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAGTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-AC
259 GGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AGAC
3657 ATTCAATTATAAAT-TATT
323 ATTCAATTAT-AATCTATT
* * * *
3675 TTAATATAAAAT-ATAAAGAAATTAAACGTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTAATA-AAAATGA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
3739 GAGA-AAT-AGGCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTT
63 GA-ATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * *
3802 TTTGTTCATGTTTATTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAATA
127 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAATA
* * * * * * * ** *
3866 TTTATCCTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAACTATTCGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGT
191 ATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-
* * * * *
3930 AATGGGTAACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCCAGGTA
255 AATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
*
3995 GACATTCAATTATAATCTCTT
320 GACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
4016 TTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTAA-TAAAAATG--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * * ** *
4081 GAGCAATAAGACTTTTGAATGAATGGGAGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAACAAAT-TCTTT
63 GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * ** * ** *
4145 TTTTCTCACATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTGACCAAAACTAAAAAAAAAA
128 TTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA
* * * * *
4209 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCCTTTGAAGGAA
192 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * * *
4274 TGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTAACAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
257 TGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
*
4339 CGTTCAATTATAATCTATT
322 CATTCAATTATAATCTATT
* * * *
4358 TTAATTAGAAATGAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
1 TTAA-TAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** *
4423 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
65 ATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * *
4488 CTTTC-TGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAATAATGCAAAAA-AAGT
130 C-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA-T
* * *
4551 AAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
193 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
*** * * * * * *
4616 ATTTGACAATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAC
258 GGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
* ** *
4681 ATTTAATTATTGTCTGTT
323 ATTCAATTATAATCTATT
* * * *
4699 TTAATGAAAAAT-ATAAAATTAA-TCAAATTAAAATAAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTAAT-AAAAATGA-AAAA--AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *********** *
4762 CGAATGATAAGG-TTTTGGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNTCAATGAATGCGT
62 CGAATAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * **
4826 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACGTTCAATTATTA-TCTGTCATAATGAAAAATGTAAAAAT
126 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAT
*
4890 AATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
190 AATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
4946 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 238, Indels: 82
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 136 0.10
341 665 0.50
342 448 0.34
343 82 0.06
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTAATAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAATAAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGG
TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTATAATCTATT
Found at i:3954 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 2972--4945 Score: 1973
Period size: 512 Copynumber: 3.9 Consensus size: 504
2962 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2972 ACATTCAATTATTGTATGTGTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGC
1 ACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
* * *
3037 TTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGA-TTTT
* * * * * * * *
3102 TC-TGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACATTCATTTATAGTTTGTTTTA
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * *
3166 ATGGAAAATACAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
194 AT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
3231 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTAAAAAT-GATCTTTTCTTCTCAAG-GAATGGCTTTTT
258 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTT-TT-TC-AGTGAATGCCTTTTT
* * * * * * *
3294 TTACACGTTTTCCAAGGTA-AAATTTTAATTATAAACTGTTCTAGCTAAAAATGAAAAAAATTCA
319 TT-CATGTTTT-CAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAATTTA
* * *
3358 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAA
380 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * *
3423 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAG
444 GTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* * *
3484 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA-TCAACTTAAAATTAATTATTAG
1 ACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAG
* * * *
3548 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTGTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTTT
* * * * *
3613 TCTTACCAGTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-ACATTCAATTATAAAT-TATTT
129 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTAT-AGTCTGTTT
* * * *
3676 TAATATAAAATATAAAGAAATTAAACGTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
192 TAATA-AAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
3741 GAAAT-AGGCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT-C-AGTGAATGCCTTTTT
* *
3805 GTTCATGTTTATTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTA
319 -TTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAA-ATTTA
* * * ** * *
3870 TCCTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAACTATTCGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGG
380 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
3935 GTAACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCCAGGTAG
444 GTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* ** * * *
3996 ACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATT-TTGA
1 ACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-A
* * * * * *
4060 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGACTTTTGAATGAATGGGAGACTATAAATGGAATT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTT
** * * * *
4125 TTCTTACCAACAAAT-TCTTTTTTTCTCACATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
128 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* ** * * * *
4189 GACCAAAACTAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
192 TAATAAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
4253 GTAATAATGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTAACAATGAATGTCTTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT--CAGTGAATGCCTTTTT
* * * *
4318 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAATTAGAAATGAAAACAATTTAA
319 -TTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAA-AATTTAA
* * *
4383 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
381 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * *
4448 -AGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTC-TGTTTCTTAAGGTAG
445 TA-ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
4508 GCATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAATAATGCAAAAAAAGTAAAGTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
** *
4573 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATTTGACAATAAATAGATTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTTTT
* * * * * * *
4638 TTTGCTAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATTGTCTGTTTTAA
130 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * * * *
4703 TGAAAAATATAAAATTAATCAAA-TTAAAATAAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAAT
195 T-AAAAATATAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * ******** * *
4767 GATAAGG-TTTTGGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNTCAATGAATGCGTTTTTC
258 AATAAGGCTTTT-GAAGAAATGGGTGACTATAAATGG--ACTTTTTTTCAGTGAATGCCTTTTT-
* * * * * ** * *
4831 TTCACGTTTCTCGAGGTAAACGTTCAATTATTATCTGTCATAA-TGAAAAATGTAAAAATAATAA
319 TTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG-AAAAA-ATTTA
* *
4895 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
380 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGC
4946 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1221, Mismatches: 202, Indels: 77
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 5 0.00
511 228 0.19
512 695 0.57
513 290 0.24
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (504 bp):
ACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTC
TTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCAGTGAATGCCTTTTTTTCATGT
TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAATTTAACCTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAAT
AGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
Done.