Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399021.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_23.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15134
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Warning! 1483 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:340 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20--342 Score: 381
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
10 TTCACATTTC
*
20 TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATT
1 TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGAAAA-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *********
85 AATTATGAGATTATAAAATCTTTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAA
65 AATTATGAGATTATAAAACCTTT-AAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAA
150 ATAGACTTGTCTTCTTAATGAATGGCCTTTTCTACATGTTTT
129 ATAGACTTGTCTTCTTAATGAATGGCCTTTTCTACATGTTTT
192 TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AACAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
1 TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGAA-AAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
255 AATGT-TTAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAATAATAAGAG-TTTTGAAGGAATGGTTA-ACTA
65 AAT-TATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGTGAATAATAAG-GCTTTTGAAGGAATAG-AAGACTA
* *
316 TAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAATG
126 TAAATAGACTTGTCTT-CTTAATGAATG
343 TCTTTNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 15
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.35
170 41 0.32
171 6 0.05
172 37 0.28
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAAT
AGACTTGTCTTCTTAATGAATGGCCTTTTCTACATGTTTT
Found at i:882 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 692--1023 Score: 321
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
682 TTTACTAATA
* * * **
692 AATGCCTTTTTATACATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAATGAAAAATGT
1 AATGCCTTTTTATACATGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
756 -AAAAAAATTCAACTTAAAATT-AATTTTGCGATTATAAAACCATTTTAAGCGAATAATAAGGCT
66 AAAAAAAATTCAACTT-AAATTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAGAACG-T
819 T-TTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
129 TGTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
* * * ** *
852 NNNNNNNNNNAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
1 ----------AATGCCTTTTTATACATGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
917 CCAAGAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAATTCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGT
56 CCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAT
* * *
982 AAGAACGTTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATATACTTTT
121 AAGAACGTTGTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
1024 CTTGCCAATG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 40 0.30
171 19 0.14
172 76 0.56
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
AATGCCTTTTTATACATGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAGAACGTTG
TTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
Found at i:1045 original size:172 final size:166
Alignment explanation
Indices: 466--1073 Score: 538
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 166
456 NNNNNNNNNN
* * * * *
466 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCTGAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAA-G-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AACTTTTTTAC-CAATGAATGCCTTTT
* * * *
531 TATTTATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTC
62 TATTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
596 ACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAATA
127 AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTG
* * * * *
637 AGTAATAAGTCTTTTGAAGGGAT-AGGTGACCATAGATGAACATTTTTTACTAATAAATGCCTTT
1 AGTAATAAG--TTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAAT-AAC-TTTTTTACCAATGAATGCCTTT
* ** * * * **
701 TTATACATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATT
61 TTATTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
765 CAACTTAAAATTAATTTTGCGATTATAAAACCATTTTAAGCG
126 CAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTG
* * ********* *
807 AATAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTNNNNNNNNNNAATGTCTTTT
1 AGTAATAA-G-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTT
* * * *
872 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAAATT
62 TATTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT
*
937 TAACTT-AAATTCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGTG
126 CAACTTAAAATT-AATTTTGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTG
* * *
979 AGTAAGAACGTTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAA-GTT-TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATA-ACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTT
* *
1044 TCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
62 TATTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
1074 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 76, Indels: 25
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 125 0.36
171 101 0.29
172 118 0.34
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
AGTAATAAGTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTATT
CATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATTAATTTTGAGATTATAAACCATTTAAAGTG
Found at i:1913 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1327--2590 Score: 682
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
1317 NNNNNNNNNN
* **** *
1327 CAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACACGAGTAATAAAG-TTTTGAAGGAAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-
* * * * * * ** *
1391 TG-GAGACTATAAA-AGGACTTTT-TTTCCAATAAATGGCTTTT-TTTACGTGTTT-CTTGAGAT
65 TGAAAGACTATAAATA-GACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACTT-CATGTTTCCTAAAG-C
* * *
1451 AAACATTCAATTATAG-TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACAA-ATT
127 AAACATTCAATTATAGCT-TTTTTTAATGAAAAAT-CAAAAAACATT
* * * * **********
1496 TAACTTACAATCAATTTTCAGATTATAAAATCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
** * * ** * * * *
1561 GGGTA-ACAATAAA-AGCACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-CTCCAAGTA
66 -GAAAGACTATAAATAG-ACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCT-AAAGCA
* * ** * *
1623 GACATTCAATTAT--TTTTTGTTTAAACCAAGAATGTAAAAAA-ATT
128 AACATTCAATTATAGCTTTT-TTT-AATGAAAAAT-CAAAAAACATT
* * * * **
1667 CAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTGAA-GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
1731 TGAGAGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTCCCTAAAGCAGA
65 TGAAAGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAGCAAA
*
1796 CATTCAATTACAGCTTTTTTTAATGAAAAATACAAAAAACATT
130 CATTCAATTATAGCTTTTTTTAATGAAAAAT-CAAAAAACATT
*** * ** * *
1839 TTCCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * * *
1904 AAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGACTTTTTCTATACA--TTTCATGAGGCAG
66 GAAAGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACT-T-CATGTTTCCTAAAGCAA
* * * *
1967 ACATTCAATTATAGGTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATT
129 ACATTCAATTATAGCTTTTTTTAATGAAAAAT-CAAAAAACATT
********* * *
2010 CAACTNNNNNNNNNNTT-TGAGATTATAAAACCATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 CAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *** * * ** * * * *
2074 CGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAAA
65 TGAAAGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAGCAAA
* ** * ** *
2139 CATTCAATTATAG-TTTGTTTAAACCAATAATGTAAAAATATT
130 CATTCAATTATAGCTTT-TTTTAATGAAAAATCAAAAAACATT
* * * * * * * * *
2181 GAACTTAAAAATTAATTATTA-ATTTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAGGGC
1 CAACTT-AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
2245 TTGAATGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCA
64 ATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGA-ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAGCA
* *
2309 AACATTTAATTATAGGC-TTTTTTAATGAAAAATTCAAAAATCATT
128 AACATTCAATTATA-GCTTTTTTTAATGAAAAA-TCAAAAAACATT
* *
2354 CTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
** * ** * *
2419 GGGAGAGC-ATAAAT-GAACTTTTC-TTCTCAATGAATGGCTTCTT-CTAT-ACCTTTCCCAAGG
66 GAAAGA-CTATAAATAG-ACTTTTCATGC-CAATGAATGGCTT-TTACT-TCATGTTTCCTAAAG
* * * **
2479 TAGACATTCAATTATAG-TTTGTTTT-ATCTAAAAATGTGAAAAA-ATT
126 CAAACATTCAATTATAGCTTT-TTTTAAT-GAAAAAT-CAAAAAACATT
* * * ** * * * *
2525 CATCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAGTAACGCTTTTGAAGTAAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
2590 G
66 G
2591 GGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 218, Indels: 84
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 42 0.05
170 40 0.05
171 358 0.43
172 366 0.44
173 26 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
GAAAGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAGCAAAC
ATTCAATTATAGCTTTTTTTAATGAAAAATCAAAAAACATT
Found at i:2548 original size:515 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1329--2562 Score: 1447
Period size: 515 Copynumber: 2.4 Consensus size: 509
1319 NNNNNNNNCA
* * * *
1329 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACACGAGTAATAAAGTTTTGAAGGAATTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATAGG
* * * * * * * * *
1394 AGACTATAAAAGGACTTTTTTTCCAATAAATGGCTTTT-TTTACGTGTTTCTTGAGATAAACATT
66 AGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTCTATAC--ATTTCATGAGGTAGACATT
* * * * *
1458 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTACAATCAATTTTCAGATTATA
129 CAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATA
* ********** *
1523 AAATCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACAATAAAAGCACTTTTCTTGC
192 AAACCATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTAACAATAAAAGCACTTTTCTTGC
* * **
1588 CAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATTTTTTGTTTAAACCAAG
257 CAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTAAACCAAG
* * *
1653 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTGAAGTAAGTAATAAG
322 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAATTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * *
1718 GCTTTTGAAGGCTTGAGAGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGT
387 GCTTTTCAAGGCTTGAGAGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATAGATGGCTTTTACTTCACGT
* *
1783 TCCCTAAAGCAGACATTCAATTACAGCTTTTTTTAATGAAAAATACAAAAAACATTTT
452 TCCCTAAAGCAAACATTCAATTACAGCTTTTTTTAATGAAAAATACAAAAAACATTCT
* * *
1841 CCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATAG
* * *
1906 AAGACTATAAAT-AGACTTTTCTTCCCAATGAATGACTTTTTCTATACATTTCATGAGGCAGACA
65 GAGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-CCAATGAATGGC-TTTTCTATACATTTCATGAGGTAGACA
* *********
1970 TTCAATTATAGGTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTTTGAGATTA
127 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTTGAGATTA
*
2035 TAAAACCATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACAATAAATAG-ACTTTTCT
190 TAAAACCATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTAACAATAAA-AGCACTTTTCT
** * * *
2099 TGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTAAACC
254 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTAAACC
* * * * *
2164 AATAATGTAAAAATATTGAACTTAAAAATTAATTATTAATTTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAA
319 AAGAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATTAATTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* *
2229 TAAGGCTTTTCAGGGCTTGA-ATGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATAGATGGCTTTTACTT
383 TAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGA-GACTATAAATAGACTTTTCATACCAATAGATGGCTTTTACTT
* * * * * *
2293 CACGTTTCCTAAGGCAAACATTTAATTATAGGC-TTTTTTAATGAAAAATTCAAAAATCATTCT
447 CACGTTCCCTAAAGCAAACATTCAATTACA-GCTTTTTTTAATGAAAAATACAAAAAACATTCT
* * *
2356 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATAG
* ***
2421 GAGAGC-ATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTCTTCTATACCTTTCCCAAGGTAGACA
65 GAGA-CTATAAATGAACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTT-TTCTATACATTTCATGAGGTAGACA
* * *
2485 TTCAATTATAGTTTGTTTT-ATCTAAAAATGTGAAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGATT
127 TTCAATTATAGTTTGTTTTAAT-AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATT
2549 ATAAAACCATTTAA
189 ATAAAACCATTTAA
2563 AATGAGTAGT
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 103, Indels: 31
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 46 0.08
513 29 0.05
514 200 0.33
515 319 0.53
516 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATAGG
AGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTCTATACATTTCATGAGGTAGACATTCA
ATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAAC
CATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTAACAATAAAAGCACTTTTCTTGCCAAT
GAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTAAACCAAGAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAATTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
TTCAAGGCTTGAGAGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATAGATGGCTTTTACTTCACGTTCCC
TAAAGCAAACATTCAATTACAGCTTTTTTTAATGAAAAATACAAAAAACATTCT
Found at i:3985 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2810--4150 Score: 1022
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
2800 NNNNNNNNNN
** * * * ** * *
2810 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATT
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAGT
* * * ** * * * *
2875 TACCTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA-AAGAGTAATAAGGCTTTTGATGGG
65 CAACTT-AAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * *
2938 ATAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCTATGAATAG-CTTT
128 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTT
* ** * * * *
2981 TTCTACACATTTTTTGAAGCG-A-ACCTTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAA
1 TTCTTCATGTTTCTTG-AG-GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * ** **
3044 TTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGGTTCTAAAACTATTTAAAGTGAA-TAATAATTCTTTTAAAG
63 GTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
3107 GAATGTGCGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGAA-GCCTTT
126 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
** * *
3151 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCTG--AAATGTAAAATAA
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA--TGAAAAATGTAAAA-AA
* * * * ***
3214 TTCAACTTAAAATGAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAACTC
63 GTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * *
3279 TTGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTT-CTTAATGAA--CAGTATT
128 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGC-CT-TT
* * * * *
3322 TTCTACATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTG-AAAATGTGAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAG
** * * ** *** * **
3386 TCAACTTAAAATCGCTTATGAGCTTATAAAACTTTTTAAAATGAGTTAA-AAGACTTTTAAAGGA
64 TCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGA
**** * *
3450 ATGACAAACTATAAATGGACTTTTTGTTTG--AATGAATAG-TTTT
128 ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTT-CTTGCCAATGAAT-GCCTTT
* ** * ** * * * * *
3493 TTCTACA-CATTCAATGAGACAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTC-TTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAG
* * * *
3557 TCAGCTTAAAATCAATTA-TGGAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
64 TCAACTTAAAATCAATTATTAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* *
3621 ATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
128 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * *
3664 TTCTTTACGTTTCTT-AGGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAG
* * * * * * *
3728 TCGAGTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
64 TCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA
* * * * *
3793 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGTCAATAAATACCTTT
129 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
*
3835 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTAAATGAAAAAT-TAAAAAAGTC
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAGTC
* * * * * * *
3899 AATTTAAAATAAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATG
66 AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
** *
3964 GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
131 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * *
4004 TTCTTCACT-TTTATTGTGATAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAAG
1 TTCTTCA-TGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAA-AAAG
* * * *
4068 TCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAA-TAACAAGTCTTTTGAAGG
64 TCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
*
4131 AATGGGTGGCTATAAATGGA
127 AATGGGTGACTATAAATGGA
4151 GTGTACAAAA
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 188, Indels: 86
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 153 0.16
170 151 0.16
171 606 0.65
172 24 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAGTC
AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
Found at i:4051 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2810--4150 Score: 1226
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 338
2800 NNNNNNNNNN
** * * * ** *
2810 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATT
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGT-AAAAAATT
* * * * ** * ** * *
2875 TACCTTAAAA-ATAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA-AAGAGTAATAAGGCTTTTGATGGG
65 CAACTTAAAATA-AATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
* * * * * **
2938 ATAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCTATGAATAG-CTTTTTCTACACATTTT-TTGAAGC
128 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT-CCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCAC-TTTTCTTGGATA
* * * * *
3001 GAACCTTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
190 G-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
3066 GGTTCTAAAA-CTATTTAAAGTGAATAATAATTCTTTTAAAGGAATGTGCGACTATAAATGGACT
254 GATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
*
3130 TTTCATGCTAATGAA-GCCTTT
318 TTTC-TGCTAATGAATACCTTT
** * *
3151 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCTG--AAATGTAAAATAA
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTG-TTTAA-ATGAAAAATGTAAAA-AA
* ***
3214 TTCAACTTAAAATGAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAACTC
63 TTCAACTTAAAATAAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
* * * * *
3279 TTGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCTTAATGAA--CAGTATTTTCTACA-TGTTTCTTGAGA
128 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTC-CAATGAATGC-CT-TTTTCTTCACT-TTTCTTG-GA
* **
3341 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTG-AAAATGT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCGCTTA
188 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAG-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * ***
3404 TGAGCTTATAAAACTTTTTAAAATGAGTTAA-AAGACTTTTAAAGGAATGACAAACTATAAATGG
251 TGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGA-ATAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* **
3468 ACTTTT-TGTTTGAATGAATAGTTTT
315 ACTTTTCTG-CT-AATGAATACCTTT
* ** * ** * * * *
3493 TTCTACA-CATTCAATGAGACAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTC-TTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * *
3557 TCAGCTTAAAATCAATTA-TGGAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
64 TCAACTTAAAATAAATTATTAG-TTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
* * * *
3621 ATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTAGGGTAG
128 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTT-GGATAG
* * * *
3686 ACATTCAATTATAATCCGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCGAGTTAAAATCAATAATGAGA
191 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
3751 TTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
256 TTATAAAACCTTTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
3816 CTGGTCAATAAATACCTTT
321 CTGCT-AATGAATACCTTT
* *
3835 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTAAATGAAAAAT-TAAAAAAGTC
1 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAAATTC
* * * * * *
3899 AATTTAAAATAAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATG
66 AACTTAAAATAAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
** * * *
3964 GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTATTGTGATAAACA
131 GGTGACTATAAATGGACCTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTG-GATAGACA
* * *
4029 TTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTA-AACAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
194 TTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
4093 ATAAAACCATTTAGAGCGAATAACAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGA
258 ATAAAACCTTTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
4151 GTGTACAAAA
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 155, Indels: 75
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 229 0.28
341 256 0.32
342 303 0.38
343 13 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAAATTC
AACTTAAAATAAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGGATAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCTTTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCT
AATGAATACCTTT
Found at i:4239 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 4068--4245 Score: 223
Period size: 95 Copynumber: 1.9 Consensus size: 95
4058 GTAAACAAAG
* * * * *
4068 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAATAACAAGTCTTTTGAAGGAA
1 TCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAA
*** *
4133 TGGGTGGCTATAAATGGAGTGTACAAAAAT
66 TGACAGACTATAAATGGAGTGTACAAAAAT
* * * *
4163 TCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCCTTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 TCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAACAAGGCTTTTGAAGGA
4227 ATGACAGACTATAAATGGA
65 ATGACAGACTATAAATGGA
4246 CTTTTTTTCT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 2
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 2 0.03
95 67 0.97
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (95 bp):
TCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAA
TGACAGACTATAAATGGAGTGTACAAAAAT
Found at i:4532 original size:435 final size:435
Alignment explanation
Indices: 3717--4585 Score: 1095
Period size: 435 Copynumber: 2.0 Consensus size: 435
3707 TAATGAAAAA
* * * * *
3717 TGTAGAAAAATTCGAGTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGC
** *
3782 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGTCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTT
66 TTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTT
** * * * *
3847 CTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTAAATGAAAAATTAAAAAAGTCAATTTAAAATAAA
131 AGTGAGGCAGACATTCAATAATAATCTGTTTAAATGAAAAATTAAAAAAGTCAACTTAAAATAAA
* * * **
3912 TTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
196 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAAT
* ** * *
3977 AAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTATTGTGATAAACATTTAATTATAATC
261 AAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTATTCACTTTTATTAAGATAAACAGTCAATTATAATC
*
4042 TGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAG
326 TGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
4107 AGCGAATAACAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGAG
391 AGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAG
* *
4152 TGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAA-ATATGAGATTATAAAGCCCTTTAAAGTAAGTAATAAGG
1 TGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * * **
4216 CTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGATTGGC-TTTT-TTCATAGG
65 CTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCAT--G
* * *
4279 TTTAGTGAGGCAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAGTTCAACTTAAA
128 TTTAGTGAGGCAGACATTCAATAATAATCTGTTTAAATGAAAAAT-TAAAAAAG-TCAACTTAAA
* * * * * *
4343 ATCAATTGTGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTA
191 ATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTA
** * * * * *
4407 TAAATGGACTTTTCTTTCGAATGAATGTCTTTTTATTCACCTTTT-TTAAGGTAGACAGTCAATT
256 TAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTATTCA-CTTTTATTAAGATAAACAGTCAATT
* *
4471 ATAATCTTTTTTAATGAAAAATGTAAA-ACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
320 ATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACA-AAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * * *
4535 CTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATGGA
384 CATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
4586 CTTTTCTTGC
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 59, Indels: 14
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
433 5 0.01
434 6 0.02
435 330 0.90
436 27 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (435 bp):
TGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTT
AGTGAGGCAGACATTCAATAATAATCTGTTTAAATGAAAAATTAAAAAAGTCAACTTAAAATAAA
TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGCAAGAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAAT
AAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTATTCACTTTTATTAAGATAAACAGTCAATTATAATC
TGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAG
Found at i:4582 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4152--11216 Score: 5029
Period size: 171 Copynumber: 41.4 Consensus size: 171
4142 ATAAATGGAG
* * * * * **
4152 TGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCCTTTAAAGTAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * *
4217 TTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGATTGGCTTTTTTCAT-AGGT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGT
** * * * * * *
4280 TTAGTGAGGCAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * *
4323 TGT-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
4386 TTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCGAATGAATGTCTTTTTATTCACCTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* *
4451 TTTAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * *
4492 TGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
4557 TTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTTTTCATGTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * *
4622 CTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
4663 TCTAAAAATATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATATAACCTTTTAAAGCGAGTAATAACGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
4728 TTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
***** ** * * * **
4792 GAACGAGGTAGGTATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
4834 TATAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * * * *
4899 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATAAACTTTTCTTGCCAGTGAAT-ACTTTTTTTTCATGTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * **
4963 CTCAAGGTAAACATTCAATTATAGT-TTGTTTAAACAAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAATGAAAAA
* * * ** ** ** *
5004 TGT-AAAAAAGTCTAACTTAAAATTAATTATTATTTTACCAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * *
5068 -TTTTCAA--AACCTAGAGTGACTATAAATGGATTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCAT
65 CTTTTGAAGGAA--T-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
** * * ** *
5130 GTTTCCCAATGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTTAATCAAAAA
127 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TTTTTTAATGAAAAA
* * * *
5176 TGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAG
1 TGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
5241 TCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTCTTCACT
64 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACG
* * * * * *
5306 TTTCTTGAGGTAAACATTTACTTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
128 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* ** *
5350 AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * *
5415 TTTTGAAGGAATGA-TGGGCTACAAATTGACTTTTCTT-CTCAATGAATGATTTTTTCTACATGT
66 TTTTGAAGGAATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
** * * **
5478 TTAC-TAAGACA-AGCATTTAATAATAATCAGTTTTAATGAAAAA
129 TT-CTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * * * *
5521 TATAAAAAAAATT-AAATTGAAATCAATTATGAGATTATTAAACCTTTTAAAACGAGTGATATGG
1 TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * ** **
5585 CGTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCACTTCATATT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* ** *
5650 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGATTTAATCAAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
** * ** * *
5692 TGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAATAATAAA
1 TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * **
5756 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGG-TTTTTCTTCATAT
64 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * *
5820 TTCTCAAGGTGGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTAAACT-AAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAA-TGAAAAA
* * * * * * * *
5863 TATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATTAGTTTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * * * * *
5928 TTCCGAAGGCCTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAAT-AGATGGCTTCTGCTTCATGTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * ** * **
5992 CCCTAAGGAAGACATTCAATTTTAGCCTTTTTAAACAAAAACA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAA-A
** * * * *
6035 TACAAAAAATATTCTACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGCGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * ** * *
6100 CTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAACGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTTATTT-TTCATGC
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCACGT
* * * *
6164 TGCTCAAGGTAGACATTCAA--A-AAGTTTTATTTTAA-CAAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTT-TTTTAATGAAAAA
* * * * ** **
6205 CTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGG
1 -TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * *
6270 CTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGA
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGT
* ** * * ** *
6334 TCCCCAAGGCAGATA-TCTAATTATAGCCTTTTTCAATGAAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTC-AATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
6377 TATAAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATAATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
6442 CTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTT-TTCATGT
65 CTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * **
6505 TTCTCAAGGTAGACATTTAA--A-AATTTTTGTTTAACAAAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTT-TTTAATGAAAAA
* * *
6546 AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*** * * * * * * *
6610 CTTTTGAAGCTTTGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTA
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * ** *
6675 CCTTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA-CAAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * * * *
6716 TATAAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACAATTTAACGTGATTAATAAG
1 TGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * **
6781 TCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAACAAAT-GCATTTCTT-TTCAC
64 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT-TTCTTCAC
* * * ** *
6844 GTTTCTCAAAGTAGAC-TTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAG
127 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
6888 CGTAAAAAAATTTAACTTAAAACCAAATATGAGATTATGAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
6953 TTTTGAATGAATGA-TAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAAAGATTGGCTTTTT-TCACACA
66 TTTTGAAGGAATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCT-TCACG
* ** * * * *
7015 TTT-TGTGAGACAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
128 TTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * *
7059 TGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** * ** * *
7123 TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATTAATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * **********
7188 CTTAAGGTAAACATTCAGTTATAATCNNNNNNNNNNAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * ** * *
7229 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAA-GA
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * **
7293 TTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
7358 CTTGAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * * *
7399 TCTTAAAATATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCTTTTAAAACGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * *
7464 TTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATAAATGGCTTTTTCTACATGTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * *
7528 TAAT-GGGATAGGCATTCAATAATAGT-TTGTTTTAATGAAAAA
130 TCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAATGAAAAA
* * * * * *
7570 TGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAACAAAGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * * *
7635 TTTTGAAGGAATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATATCTTTTT-TTTACATGT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
7699 CTTGAGGTAGATATTCACTTATAGTCTGTTTAAATGAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * ** * ** *
7740 TGTAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATTTGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * **
7805 -TTTCAAAGACTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATT
66 TTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
7869 CCTTAAGGCAGACATTTAATTA-CAGCATTTTTTAACT-AAAAC
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TTTTTTAA-TGAAAAA
* * * * * * *
7911 TGTAAAATAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATTAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGT
1 TGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
7976 CTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGAAT-GCTTTTTTCTTCACGT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGT
* * * ** *
8040 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTAAT-TTCTTTTAACCAACAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAATGAAAAA
* * * * * * *
8083 TGTATAAAAATTTAACTTAAAATTAAATATGATATTATAAAGCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** * * * * *
8148 TTTTAAAGAAATGACAGATTATAAATGGA-TTCTT-TTTCTCAATGATTGGCTTTTT-TCACACA
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCT-TCACG
** * ** ** * * *
8210 TTTAGTGAGACAGGTATTTAATAATAAAT-TGTTTTAATGAAAAA
128 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-AATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * *
8254 TATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
8318 TTTTGAAGGAATGAGTGACTTTAAATGGATTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTGCTTCACGTTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
** * * * * *
8383 CTCGAGATAGATATTCAGTTAT-ATCTGTTTTAATAAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * **
8423 TATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCTTTTAAATAGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** *
8488 TTTCGAATGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTAT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
** * *
8553 CTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTGAAAAA
131 CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* ** *
8594 TCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGAGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * ** * *
8658 TTTTGAAGCAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTTAATGAATAGCTTTCACTACATGTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
8722 TATTGAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAA
130 TCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * *
8764 TATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATCAA-A
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGG
* * * * ** *
8827 CTGTTAAAGGAATG-GATGACTATAAACGGACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGT
65 CTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * *
8891 TTCTCTTA-GTAGACATTCAATTAT--TGTATGTTTAA-GCCAAAAA
129 TTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTAATG--AAAAA
* * * * *
8934 TG-AAAAATAATTCAACTCAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 TGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ** * * *
8998 CTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTAATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* ** * **
9063 CCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACT-AAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-TGAAAAA
* * * * * *
9105 TATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATCAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGA
1 TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
9170 TTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTGGACTTCTCTTTCCAAGGAATGGCTATTTT-TACACGT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGT
* * *
9234 TT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAA
129 TTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * * *
9277 TATAAAAAAGTTTAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATCAGG-
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** *
9341 TTTTTAATGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGAATATCTTTTTTTTCACAG
66 TTTTGAA-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-G
* * * *** * * *
9405 TTATC--AAGATATATATATTCAATTATTGCCTATTTAAATAAAAAA
128 TT-TCTTAAG--GTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * ** ** *
9450 TATAAAAAAA-TCTAACATAAAATCAATTATTATTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * ** * * * * * *
9514 CTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * ** * **
9579 CCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTGTAACAAAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * ** ** *
9621 TATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAATGAGT--TATGTG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-G
* * * * * *
9684 TTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * *
9749 TCTTGAGGTAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * *
9791 AGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * * ** *
9856 TTGTGAAGGAATGACAGTCTATAAATAGACTTTTCTT-CCTGATGAATGGCTTTTTCCACATGTT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * **
9920 TAC-TAAGACAGGCATTTAATAATAATCAGTTTTAATGAAAAA
130 T-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * **
9962 TGTGAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA-CGTTTCAAAATGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGG
* * * * ** * *
10026 CTTTTGAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCATTCACTTTACAT
65 CTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * *
10090 TTCTTGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-TGAAAAA
* * *
10133 TGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAA
1 TGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
10197 GCTTTTGAA-CATATGAGTGGCTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAAC
64 GCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* ** * * * * * *
10260 ATTTCTCGATGTCGATATTCAATTATAGTCTTTTTAAATTAAAAA
127 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* ** * * * * ** *
10305 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCCTTTATTAGTTTACAAAACTATTTAAAGTAACTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * *
10370 TTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGAATTTTCATGTCAATGGATGG-TTTTTACTTCACATT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTT
* * * * * * *
10434 CCCCTAA-GCAGACATTTAATTAT--TGC-CTTTT--T-CAACA
130 -TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTTTTTTAATGAAAAA
* * * * *
10471 ---AAAAATATTCTA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
***************************** * *
10532 CTTTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATT
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
**
10597 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACT-AAAAA
130 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAA-TGAAAAA
* * * *
10639 TATAAAAAAA-TCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGT
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGG
* * * * * * *
10702 CTTTTAAAGGAATGGGTGACGT-TAAATAGAATTGTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTCTTCATG-
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * * * *
10764 TTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTAAACT-AAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-TGAAAAA
* * * *
10807 TGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG-TTCAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*** * * * *
10871 CTTTTGAAGGAAT-AGTGACTATAAACAAACTTTTCATACCAATTG-ATGGATTTTACTTCACG-
65 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * ** * * **
10933 TTCTCGAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTGTTGAACCAAAAA
129 TTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
10977 TGTAAAAAAATTTAAATTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
11042 TTTTAAATGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGACTTTTT-TTACATGT
66 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTT-CACGT
* ** * * * *
11105 TTCTCAAGACAGACATTCAACTGTAGTCTGTTTTAACT-AAAAA
129 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-TGAAAAA
* * * * *
11148 T-AAGAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAATG
1 TGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
11212 CTTTT
65 CTTTT
11217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5392, Mismatches: 1298, Indels: 408
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 86 0.02
164 5 0.00
165 5 0.00
166 3 0.00
167 7 0.00
168 178 0.03
169 327 0.06
170 1604 0.30
171 1926 0.36
172 851 0.16
173 255 0.05
174 96 0.02
175 43 0.01
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAA
Found at i:5120 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4157--11209 Score: 4797
Period size: 341 Copynumber: 20.7 Consensus size: 340
4147 TGGAGTGTAC
* * * * **
4157 AAAAATTCAAATTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCCTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * *
4222 AAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGATTGGC-TTTT-TTCATAGGTTTAG
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTTCTTCAT--GTTT-C
* * * * ** **
4284 T-GAGGCAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGTTC-AACTTAAAATCA
127 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCA
* ** *
4347 ATTGTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAA
* * * * ** * * * *
4411 TGGACTTTTCTTTCGAATGAATGTCTTTTTATTCACCTTTTTTAAGGTAGACAGTCAATTATAAT
255 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* ** *
4476 CTTTTTTAATGAAAAATGTAA
320 CTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * *
4497 AACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
4562 AATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * *
4627 GGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATCTAAAAATAT-TCAACTTAAAATCAGTT
131 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATT
* * * * * *
4691 ATGAGATTATATAACCTTTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAG
195 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAG-AATGAGTGACTATAAATGG
* * *** * ** *
4756 ACTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTGAACGAGGTAGGTATTTAATTATAGTCT
258 ACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
4820 GTTTTAACAAAAAATATAA
322 GTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * *
4839 AAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * *
4904 AAGGAATGGGTGACTATGAATAAACTTTTCTTGCCAGTGAAT-ACTTTTTTTTCATGTTTCTCAA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * *
4968 GGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAGTCTAACTTAAAATTAATTA
131 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTA
* ** ** * * *
5033 TTATTTTACCAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGTTTTCAA-AACCTAGAGTGACTATAAATGG
196 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGAA--T-GAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
5097 ATTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAATGCAGACATTCAATTATAGCCTT
258 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-T
* * *
5162 TTTTTAATCAAAAATGTAAAA
322 GTTTTAA-CAAAAA-ATATAA
* * * * *
5183 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGTCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
5248 AAGAAATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTCTTCACT-TTTCTT
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCA-TGTTTCTC
* * * * * * *
5312 GAGGTAAACATTTACTTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAA
** * *
5376 TTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-TGGGCTACAAA
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGT-GACTATAAA
* ** * ** * *
5440 TTGACTTTTCTT-CTCAATGAATGATTTTTTCTACATGTTTACT-AAGACA-AGCATTTAATAAT
255 TGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGA-CATTCAATTAT
* * **
5502 AATCAGTTTTAATGAAAAATATAAA
317 AGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AA
* * * * * * * *
5527 AAAAATT-AAATTGAAATCAATTATGAGATTATTAAACCTTTTAAAACGAGTGATATGGCGTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** * *
5591 AAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCACTTCATATTTCTTAA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * *
5656 GGTAGACATTCAATTATAATATGATTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAAT
131 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
5720 GT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
194 -TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAAT
* * * * *
5784 GAACTTTTCTTACCAATAAATGG-TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAG-C
256 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
5847 TTGTTTAAACTAAAAATATAA
321 -TGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * * * **
5868 AAAAATTTAACTTCAAATCAATTATTAGTTTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * * * * *
5933 AAGGCCTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAAT-AGATGGCTTCTGCTTCATG-TTCCCT
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-
* * * ** *
5996 AAGGAAGACATTCAATTTTAGCCT-TTTTAAACAAAAACATACAAAAAATATTCT-ACTTAACAT
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAA-ATGTAAAAAA-A-TCTAACTTAAAAT
* * * *
6059 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATA
190 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATA
* * * ** * * *
6124 AACGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTTATTT-TTCATGCTGCTCAAGGTAGACATTCAA--AA
253 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
6186 AGTTTTATTTTAACAAAAACTGTAA
317 AG-TCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * ** **
6211 AAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * * *
6276 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGATCCCCA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * ** *
6340 AGGCAGATA-TCTAATTATAGCCT-TTTTCAATGAAAAATATAAAAAATATTCT-ACTTAAAATC
130 AGGTAGACATTC-AATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAA-A-TCTAACTTAAAATC
* * * * *
6402 AATTACGAGATAATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAA-TGAGTGACTATA
* * * * **
6466 AATGGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAAAAT-
253 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
6529 TTTTG-TTTAACAAAAAA-AGTAA
318 GTCTGTTTTAACAAAAAATA-TAA
* *
6551 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
*** * * * * * * ** *
6615 GAAGCTTTGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACGTACCTT
65 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
6679 AAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAATAT-AAAACAAAAT-TCAACTTAAAATC
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA-ATGTAAA-AAAATCT-AACTTAAAATC
* * * * * * *
6742 AATTTTAAGGTTATAAAACAATTTAACGTGATTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAA
* ** * *
6807 ATGAACTTTTCTTGCCAACAAAT-GCATTTCTT-TTCACGTTTCTCAAAGTAGAC-TTCAATTAT
254 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * ***
6869 AATTTTTTTTAACCAAAAGCGTAA
317 AGTCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * *
6893 AAAAATTTAACTTAAAACCAAATATGAGATTATGAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** *
6958 AATGAATGA-TAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAAAGATTGGCTTTTTTCACACAT-TTTG
66 AAGGAATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGAC-TTTTTC-TTCATGTTTC
* ** * * ** *
7020 T-GAGACAGGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT-TCGACTTAAAATC
127 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATC
* * ** *
7083 AATTACGAGATTAT-AAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAG-AATGAGTGACTATAA
** * ** * * * * *
7147 ATTAATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAGTTATAA
254 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
**********
7212 TCNNNNNNNNNNAAAAATATAA
319 TCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * ** * *
7234 AAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * **
7298 AAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * ** * * * *
7362 AGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATCTTAAAATAT-TCACCTTAAAATCAAT
130 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAAT
* * ** **
7426 TATGAGATAATAAAACCTTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATG
194 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATG
* * * * *
7491 GACTTTTCTT-CTTAATAAATGGCTTTTTCTACATG-TT-T-AATGGGATAGGCATTCAATAATA
257 GACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA--GG-TAGACATTCAATTATA
* ** *
7552 GTTTGTTTTAATGAAAAATGTAA
318 GTCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * *
7575 AAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAACAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
7640 AAGGAATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAAT-ATCTTTTTTTTACATG--TCTT
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTT-CATGTTTCTC
* * * * ** * *
7702 GAGGTAGATATTCACTTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAATAT-TCAACTTAAAATAAA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAA
** * * * ** * *
7766 TTATTTGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGCGACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGA-ATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * * * *
7831 GGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTCCTTAAGGCAGACATTTAATTACAG-C
256 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * *
7895 ATTTTTTAACTAAAACTGTAA
321 -TGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * * *
7916 AATAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATTAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGTCTTTT
1 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
7981 AAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGAATG-CTTTTTTCTTCACGTTTCTC
65 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * * * * * *
8045 AAGGTAAACATTCAATTGTAATTTCTTTTAACCAACAATGTATAAAAATTTAACTTAAAATTAAA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** *
8110 TATGATATTATAAAGCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGACAGATTATAAATG
194 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAG-AATGAGTGACTATAAATG
* * ** ** * ** ** * *
8175 GA-TTCTT-TTTCTCAATGATTGGCTTTTTTCACACAT-TTAGT-GAGACAGGTATTTAATAATA
257 GACTT-TTCTTGC-CAATGAATGGC-TTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-
* **
8236 AAT-TGTTTTAATGAAAAATATAA
317 AGTCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * *
8259 AAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * *
8323 AAGGAATGAGTGACTTTAAATGGATTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTGCTTCACGTTTCTCGA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * *
8388 GATAGATATTCAGTTATA-TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAAT-TCAACTTAAAATCAATT
131 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATT
* * * *
8451 TTGAGATTATAAAATCTTTTAAA-TAGAGTAATAAGGCTTTCGAATGAATGAGTGACTATAAATG
195 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATG
* ** * * * *
8515 AACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTATCTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCT
257 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
*** *
8580 GTTTTAGTGAAAAATCT-A
322 GTTTTAACAAAAAATATAA
** *
8598 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** * * *
8663 AAGCAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTTAATGAAT-AGCTTTCACTACATGTTTATT
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
8726 GAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAA
129 AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
* * ** ** * *
8789 TCATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATCAAACTGTTAAAGGAATG-GATGACTATAAA
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAA-GAATGAG-TGACTATAAA
* * ** * *
8853 CGGACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATTATTG
255 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
8917 TATG-TTTAAGCCAAAAATGA-AA
319 TCTGTTTTAA-CAAAAAAT-ATAA
* * * * * * *
8939 AATAATTCAACTCAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * * * ** * *
9004 AAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTAATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAA
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * *
9069 GGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCGAT
131 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATCT-AACTTAAAATCAAT
* * * * * *
9133 TATCAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTG
194 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
9198 GACTTCTCTTTCCAAGGAATGGCTATTTT-TACACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
257 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
9262 TATTTTAATAAAAAATATAA
321 TGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * * *
9282 AAAAGTTTAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATCAGG-TTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
9346 AATGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGAAT-ATCTTTTTTTTCACAG-TTA
66 AA-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCA-TGTTTC
* * * * * * * * * *
9408 TCAAGATATATATATTCAATTATTGCCTATTTAAATAAAAAATATAAAAAAATCTAACATAAAAT
127 TCAAG--GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
* ** * * * * *
9473 CAATTATTATTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCAA-AAGCTTAAGTGACTAT
190 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGAA---TGAGTGACTAT
* * * * * *
9537 AAATGGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCCCTAAGGCAGACATTCAATTA
252 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
*
9601 TAGCCT-TTTGTAACAAAAAATATAA
316 TAGTCTGTTT-TAACAAAAAATATAA
* * ** ** * *
9626 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAATGAGT--TATGTGTTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTT
* * * * **
9689 GAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTG
65 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * *
9754 AGGTAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
130 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
* * * * ** * *
9818 TATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTGTGAAGGAATGACAGTCTATAAATA
194 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATG
* ** ** * * * *
9883 GACTTTTCTT-CCTGATGAATGGCTTTTTCCACATGTTTACT-AAGACAGGCATTTAATAATAAT
257 GACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* ** * *
9946 CAGTTTTAATGAAAAATGTGA
320 CTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * * **
9967 AAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA-CGTTTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * ** *
10031 GAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCATTCACTTTACATTTCTT
65 GAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
10095 GAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAAAT-TCAACTTAAAATCA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATCT-AACTTAAAATCA
* * * *
10159 ATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAAGCTTTTGAACATATGAGTGGCTATAA
192 AT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGA-ATGAGTGACTATAA
* * ** * * * *
10223 ATGGACTTTT-TCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACATTTCTCGATGTCGATATTCAATTATA
254 ATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
10287 GTCT-TTTTAA-ATTAAAAATATAA
318 GTCTGTTTTAACA--AAAAATATAA
** * * * * ** * *
10310 AAAAATTCAACTTAAAATCCTTTATTAGTTTACAAAACTATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * ** * *
10375 AAGGATTGAGTGACTATAAATAGAATTTTCATGTCAATGGATG-GTTTTTACTTCACATTCCCCT
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCATGTTTCTC-
* * * * *
10439 AA-GCAGACATTTAATTATTGCCT-TTTTCAACAAAAAA--T-----ATTCT-A-TTGAAAATCA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTT-AAAATCA
* * *****************
10493 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNN
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAA
*********** * ** * *
10558 NNNNNNNNNNNTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
255 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* *
10623 TTGTTTTAACTAAAAATATAA
320 CTGTTTTAACAAAAAATATAA
* * *
10644 AAAAA-TCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGTCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
10707 AAAGGAATGGGTGACGT-TAAATAGAATTGTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTCTTCATG-TTCTC
65 GAAGGAATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
10769 AAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTAAACTAAAAATGTAAAATAAT-TCAACTTAAAATCAA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAA
* * **
10833 TTATTAG-TTCAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGTGACTATAAA
193 TTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAA
*** * * * * * *
10896 CAAACTTTTCATACCAATTG-ATGGATTTTACTTCACG-TTCTCGAAGGCAGACATTCAATTATA
255 TGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
10959 GCCT-TGTTGAACCAAAAATGTAA
318 GTCTGT-TTTAACAAAAAATATAA
* * * * * * *
10982 AAAAATTTAAATTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
11047 AATGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGACTTTTT-TTACATGTTTCTC
66 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTTCTT-CATGTTTCTC
** * * * * *
11110 AAGACAGACATTCAACTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-AAGAAAAAAT-TCACCTTAAAATCA
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATCT-AACTTAAAATCA
* **
11173 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
11210 TGCTTTTNNN
Statistics
Matches: 5276, Mismatches: 1203, Indels: 467
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
331 28 0.01
332 8 0.00
333 91 0.02
334 111 0.02
335 8 0.00
336 1 0.00
337 7 0.00
338 73 0.01
339 202 0.04
340 918 0.17
341 1206 0.23
342 986 0.19
343 1070 0.20
344 358 0.07
345 47 0.01
346 149 0.03
347 9 0.00
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGAATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACAAAAAATATAA
Found at i:13787 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13299--14716 Score: 1414
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
13289 TTTCTATACA
* * **
13299 TTTCTCGAGGTAGACATTCACTTATAAG-AAGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAAATTCAACTTA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * * * * *
13363 AAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCGAAGAAATAGGAGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAC
* * **
13428 TATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTCTTCGACATG
129 TATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
13471 TTTCTCAATGTAAATAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATG-AAAACAATTGACCTTC
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
13535 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGTC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAC
*
13600 TCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
129 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * *
13643 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
13708 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
13773 GAAATGGTCTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTTCTAT-ATG
131 TAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATG
* * * *
13814 TTTTTCAAGGTCGACATTCAATTTTAGTCTGTTTAAACCAAAAAA-GTAAAAAAATTCAA-TTGA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-A
* * * * * * * *
13877 AAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGAATGGGAGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAC
* * **
13942 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTTACA
129 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * *
13985 TTTCTCAA-G--G---TTCAATTCTAGTCT-TTTTAGGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
14043 AATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* ** * *
14108 ATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTTTTCATG
130 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* ** * * * * * * *
14150 TTTTTTGAGATAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAACAACATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
14215 ATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
*
14280 TAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
131 TAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* ** * ** * * * *
14321 CTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAACCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTTCAATTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
14386 ATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
* * * *
14451 GAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATC
131 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
** * * * **
14492 TTTCTTGAGGGAAACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAATCAAATTCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * ** * ** **
14556 ACCAATTATTAGTTTACAAAACAATTCAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * * * * * *
14621 TAAATGGACTTTTCATACCAGTGGATGGCTTTTGCTTAACG
131 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * **
14662 TTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAG-CTTTTTTAATGAAAAA-GATAAAAAAATT
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATT
14717 TTTACTTCAN
Statistics
Matches: 1028, Mismatches: 193, Indels: 52
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 10 0.01
165 125 0.12
166 1 0.00
168 1 0.00
169 9 0.01
170 143 0.14
171 551 0.54
172 174 0.17
173 11 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
Found at i:14311 original size:507 final size:510
Alignment explanation
Indices: 13306--14488 Score: 1417
Period size: 507 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
13296 ACATTTCTCG
* *** * *
13306 AGGTAGACATTCACTTATAAGAAGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAATAAATTCAACTTAAAGTCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTAAACCAAAAAA-GTAAAA-AAATTCAA-TTAAAATCAA
* * * * *
13370 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCGAAGAAATAGGAGACTATAAAT
63 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
*
13435 AGACTTTTCTTCCAAATGAATGGC--TTCTTCGACATGTTTCTCAATGTAAATAGTCAATTATAG
128 AGACTTTTCTTCC-AATGAATGCCTTTTCTTCGACA-GTTTCTCAATG--AATA-TCAATTATAG
* * * *
13498 TCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAACAATTGACCTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
188 TCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAAATTAACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
13563 TCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGTCTCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
253 TCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAAT
* * *
13628 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
318 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA
*
13693 AACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAA
383 AACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
** * *
13758 AAGAATGGGTGACTAGAAATGGTCTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTC-T-ATATGTTTTTCA
448 AAGAATGGGTGACTAGAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA-CTTCTT-A
* * ** *
13821 AGGTCGACATTCAATTTTAGTCTGTTTAAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAGTT
1 AGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTAAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAATT-AAAATCAATT
* * * * *
13886 ATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAG
* * *
13951 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTT-TACA-TTTCTCAA-G-GT-TCAATTCTAGTCT-T
130 ACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTT-CTTCGACAGTTTCTCAATGAATATCAATTATAGTCTGT
* * *
14010 TTTAGGCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTT-A
193 TTTA-ACCAAAAATATGAAAAAAATT-AACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCA
* * *
14072 GAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGT
256 -AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGC
* * ** * * * *
14137 CTTTTTTTTCATGTTTTTTGAGATAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAACAA
320 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * **
14202 CATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAA
385 CATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAA
* *
14267 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATACTTCTTG
450 GAATGGGTGACTAGAAATGAACTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATACTTCTTA
* ** * * *
14328 AGGTAGACATTTAATTATAACCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTTCAATTTAAAATTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTAAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATT
* * *
14393 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATA
14457 GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
129 GACTTTTCTT-CCAATGAATGCC-TTTTCTTC
14489 ATCTTTCTTG
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 82, Indels: 39
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 5 0.01
507 382 0.67
508 34 0.06
509 3 0.01
510 1 0.00
513 3 0.01
514 97 0.17
515 30 0.05
516 12 0.02
517 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTAAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTAAAATCAATTT
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA
CTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTCTTCGACAGTTTCTCAATGAATATCAATTATAGTCTGTTTT
AACCAAAAATATGAAAAAAATTAACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATGG
GTGACTAGAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATACTTCTTA
Done.