Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397430.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1920.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19495
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.29
Warning! 5087 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1020 original size:159 final size:161
Alignment explanation
Indices: 727--1340 Score: 583
Period size: 169 Copynumber: 3.7 Consensus size: 161
717 NTGTTACACA
* * * *
727 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTGAAA
1 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTT-AATTT-TTTACATTTTTTATTAAAA
* ** * * *
792 CAGATTATAATTGGATGTCTATGTCGAGAAACATTAAG-AAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT
*
856 CCATTTATAGTTACCTATGCCTTCG-A-A-TTG
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGTATACTTG
* * * * * *
886 CTTTAAATATTTTTATAATCTCACAACTGATTCTAAGTTTATCTTTTTATATTGTTTATTAAAAT
1 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * *
951 ATATTATAATAT-AATGTCTACCTCGATAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAACT
65 AGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT
* * *
1015 TCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAGGCCTTCTTACTTG
129 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTC----G---T-ATACTTG
* * * * *
1056 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAATTTTTTATACTTTTTATTAAAACA
1 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * * * * *
1121 GATTATAATTGAATGTCGACCATAG-GAAATGTGAATAAAAGGATATCCGTTGCTAAGAAAAGTC
66 GATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* *
1185 CGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTATTTACTTG
130 CATTTATAGTCACCTATGCCTTC----G--TA--TACTTG
* * * *
1225 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCCAAGATTATTTTTTTTACATTTTTTATTGAAA
1 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG-TTA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* *
1290 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
1341 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 64, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 46 0.12
159 81 0.22
163 1 0.00
168 2 0.01
169 131 0.35
170 47 0.13
171 62 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGTATACTTG
Found at i:2688 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2345--2692 Score: 398
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
2335 NNNNNNNNNN
2345 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAAGTAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAAGTAATAATTG
* * * * * *
2410 AATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAAAAAGTATATTTATAGTCAC
66 AATGTCTGCCATAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAAAAAGTACATTTAGAGTCAC
**********
2475 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTT
131 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
2515 TATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-TTATATTTTTT-TTAAAAT-AGATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAAG-TAATAAT
* ** * *
2577 TGAATGTCTGCCATAGGACACATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
64 TGAATGTCTGCCATAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA-AAAAGTACATTTAGAGT
* * *
2642 CAC-CAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTT
128 CACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
2685 TATAATCT
1 TATAATCT
2693 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 26, Indels: 8
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 53 0.36
170 90 0.61
171 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAAGTAATAATTG
AATGTCTGCCATAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAAAAAGTACATTTAGAGTCAC
TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
Found at i:3210 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2921--4074 Score: 640
Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 167
2911 NNNNNNAAAT
* ** * * *
2921 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTTATTCGTAAGGAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ******** *
2986 GATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTACAATCTTATA
66 GATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCTTTGTTAC--CCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * *
3051 ATTAATTTTAACTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
128 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * *
3092 AGATTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
3157 GATTTATAGTCACCCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACACACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
66 GATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCTTTGTTAC-C-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * * *
3222 ATTGATTTTGAAATGAATTTCTTTACATTTTTTATTGAAAC
128 ATTGATTTT-AAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * ** ***********
3263 AAATTATAATTGGATGTCTATGTCGNNNNNNNNNNAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-
* * * ** * *
3328 CG-TTTATAGTTACCCATTCCTTCAAA---TTG-----CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAC
65 CGATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCTTTGTTACCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAT
* * * *
3384 TGATTCTAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTATTAAAAC
130 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * *
3422 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGATG-AATGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAACT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
3486 CCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-TCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
65 CGATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCT-TTGTTAC-C-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* *
3550 TAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAAC
126 TAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * *
3592 AGATTATAATTAAATGTCTACCGC-AGAAAATGTAAATAAAAGGATATCCGTT-GCTAAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAG
* ******** * *
3655 TCCG-TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC-CTGTTTACNNNNNNNNNNTGTTTTTATAATCT
64 T-CGATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCTTTG-TTAC--CCTTTAAATGGTTTTACAATCT
** * * **
3718 CATAATTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTATTAAANN
124 CATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
******** * * * * ****
3762 NNNNNNNNATTGATTGTCTACCTC-AGAAA-ATATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGANNNN
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTA--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
****** * * ** * *
3825 NNNNNNTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGGC-TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATC
64 TCGATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAA-GCTTTGTTAC-C-CTTTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * *
3889 ATAATTGACTTTAAGTT--TTATTTTTATA-CTTTTATTAAAAA
125 ATAATTGATTTTAAGTTAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * *
3930 AGATTAAAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * ** *
3995 CATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTTTAATCTTAT
66 GATTTATAGTCACCCATGCCT-TGAAAGCTTTGTTAC-C-CTTTAAAT-GGTTTTACAATCTCAT
*
4060 AACTGATTTTAAGTT
127 AATTGATTTTAAGTT
4075 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 196, Indels: 72
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 86 0.11
160 33 0.04
163 3 0.00
167 5 0.01
168 87 0.12
169 45 0.06
170 280 0.37
171 207 0.28
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
GATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCTTTGTTACCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
Found at i:3801 original size:340 final size:328
Alignment explanation
Indices: 3298--4025 Score: 743
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 328
3288 NNNNNNNNNN
* * * * *
3298 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATTCCTTC-AAATTG-CT-T
1 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAA--GCCTGT
* * * *
3360 TAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTATTAAAACATA
64 TTACTGTTTTTATAATCTCATAACTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTATTAAAACATA
* * * *
3425 TTATAATTGAATGTCTACCTTGATGAATGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAACTCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTAGATAAATATGAAGAAAAAGATATCCAATAGCAAGAAAACTCCAT
* * * * *
3490 TTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT
194 TTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATCATAATT
* * *
3555 GATTTTAAGTTAATT-TTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-C-CGCA
259 GACTTTAAGTT--TTATTTTTATAC-TTTTATTAAAAAAGATTAAAATTAAATGTCTATCTCG-A
3617 GAAAATGTAA
320 G-AAATGTAA
* * * * * *
3627 ATAAAAGGATATCCGTT-GCTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGTT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTGTT
* *
3691 TACNNNNNNNNNNTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTAT
65 TAC----------TGTTTTTATAATCTCATAACTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTAT
********** * *
3756 TAAANNNNNNNNNNATTGATTGTCTACCTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAG
120 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-AGATAAATATGAAGAAAAAGATATCCAATAGCAAG
********** * *
3820 ANNNNNNNNNNTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
184 AAAACTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
*
3885 TATCATAATTGACTTTAAGTTTTATTTTTATACTTTTATTAAAAAAGATTAAAATTGAATGTCTA
249 TATCATAATTGACTTTAAGTTTTATTTTTATACTTTTATTAAAAAAGATTAAAATTAAATGTCTA
3950 TCTCGAGAAATGTAA
314 TCTCGAGAAATGTAA
3965 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCT
4026 TATTACTCGC
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 54, Indels: 29
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.01
329 47 0.14
330 6 0.02
338 91 0.28
339 14 0.04
340 163 0.50
341 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTGTTT
ACTGTTTTTATAATCTCATAACTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTATTAAAACATATT
ATAATTGAATGTCTACCTAGATAAATATGAAGAAAAAGATATCCAATAGCAAGAAAACTCCATTT
ACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGA
CTTTAAGTTTTATTTTTATACTTTTATTAAAAAAGATTAAAATTAAATGTCTATCTCGAGAAATG
TAA
Found at i:4030 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3356--4076 Score: 648
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
3346 CCTTCAAATT
* *
3356 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTTATTTTTTTATATTGTTTATTAAAA
1 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTTATTTTTTTATACT-TTTATTAAAA
* * * *
3421 CATATTATAATTGAATGTCTACCTTGATG--AATGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAA
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
3484 CTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTC
128 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
3526 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAA
1 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTTATTTTTTTATAC-TTTTATTAAAA
* * * * *
3591 CAGATTATAATTAAATGTCTACCGC-AGAAAATGTAAATAAAAGGATATCCGTT-GCTAAGAAAA
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAA
* **
3654 GTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGT-TTACNN
128 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTC
******** * * * *
3696 NNNNNNNNTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAN
1 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTTATTTTTTTATA-CTTTTATTAAAA
********* * * * * * ****
3761 NNNNNNNNNATTGATTGTCTACCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGANNNN
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
****** * *
3825 NNNNNNTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTC
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3866 ACTTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTT-TATTTTTATACTTTTATTAAAAA
1 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTTATTTTTTTATACTTTTATTAAAAC
* *
3930 AGATTAAAATTGAATGTCTATCTCGAG-AAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* *
3994 CCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTC
130 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
4034 GCTGTAAATAGTTTTTTTAATCTTATAACTGATTTTAAGTTTA
1 GCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTTA
4077 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 113, Indels: 28
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 92 0.22
169 43 0.10
170 281 0.66
171 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTTATTTTTTTATACTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:5780 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5756--5792 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
5746 ATTTTAAATA
5756 TTTTTATAATCTAATAATG
1 TTTTTATAATCTAATAATG
*
5775 TTTTTATAATCTGATAAT
1 TTTTTATAATCTAATAAT
5793 TGATTCTAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.05, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATAATCTAATAATG
Found at i:6101 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5863--6216 Score: 434
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
5853 TCAAAAAATG
* * *
5863 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGTATGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT
* *
5928 ATTACTA-ATTTTAAATTTGTTTAT-AAT-TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA-TT
66 ATTAC-ACACTTTAAA-TGGTTTATCAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTCTTACATTT
* *
5989 TTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTTTATGAAAAACA
128 TTTA-TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATGATGAAAAACA
*
6033 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGTTC-ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCC
* * * *
6095 TTATTACACACTTTAAATGGTTTTTCAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAATTTTTTTACATTTT
64 TTATTACACACTTTAAATGGTTTATCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTCTTACATTTT
* * * * * * *
6160 TTATTACAACAGATTATAATTGGATGTCTATGCTGAGAAACG
129 TTATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATGATGAAAAACA
6202 TGAAGAAAAAGATAT
1 TGAAGAAAAAGATAT
6217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 19, Indels: 13
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.05
169 102 0.64
170 49 0.31
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT
ATTACACACTTTAAATGGTTTATCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTCTTACATTTTTT
ATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATGATGAAAAACA
Found at i:7592 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7247--7578 Score: 454
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
7237 AAAATGTAAG
* * *
7247 AAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAACATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTCAA
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAATGAGTAAGAACGCTTTCAA
* * ** * *
7312 AGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGGATATATTTTTATTCACATTTCCTTAG
66 AGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGGATATATTTTGATTAACATTTCCTTAG
7377 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATCATA
131 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATCATA
* *
7417 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGA-GAGTAAGAAGGCTTTCG
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAA-ATGAGTAAGAACGCTTTCA
* * * *
7481 AAGGCAT-GAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTGCTTAACATTTACC-
65 AAGGCATAG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGGATATATTTTGATTAACATTT-CCT
* * *
7544 TAGGTAGACATTCAATTATAGTTTTTTTTAATAAA
128 TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
7579 CCATATAAAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 18, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 137 0.97
171 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAATGAGTAAGAACGCTTTCAA
AGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGGATATATTTTGATTAACATTTCCTTAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATCATA
Found at i:8184 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7699--9331 Score: 1628
Period size: 170 Copynumber: 9.6 Consensus size: 169
7689 NNNNNNNNNN
* * * *
7699 TTCACTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAGTATAAAAAAATAAAC
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
* * * *
7763 TTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGT
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
*
7828 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTC
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* *** * * * *
7868 TTCCCATTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATATTTTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATAAAC
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
** * * *
7932 TTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGT
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGT
* * * * *
7997 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATATCTTTTTA
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * * * * *
8037 TTCATATATCTTGACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAC
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
* * *
8102 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGTAGGCATGGGT
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
* *
8167 GACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTC
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * * * * *
8207 TTAACATTTACCT-AGGTAGACATTCAATTATAGTTTTTTTTTAATAAACAATAT-AAAAAATAA
1 TTCACATTT-CTTGAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAA
** * * * * *
8270 ACTTGGAATCAATTATAAGATTATTAAAACATGTAAAACAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATAG
64 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAA-AGGCTTTCGAAGGCATGG
* * *
8335 GTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTC
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * ** * * *
8377 TTCACGTTTTTTGACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAA
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATAAA
** * * * *** * * *
8442 CACAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAACAAAGCTTTCGACGACATGGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * *
8507 TGTCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTC
129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * * *
8548 TTCAC-GTTCTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAAATTC
1 TTCACATTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAA-TA
* * * * * * *
8612 AAGTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-
63 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * *
8676 AGCGACTATAAATCGACCTCTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTC
127 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * * * *
8719 TTCCCATTTCCTAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATATAAAAATAAAC
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
** * *
8784 TTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGTATGGGT
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGT
* ** * *
8849 GACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCTTTTTA
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
** * * *
8889 TTCACATTTCCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATCAAC
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
* ** *
8954 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCGAAG-AGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCA-AGTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * *
9018 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATAACTTTTT-
129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* * * * * * * *
9058 TATCATATTTATCGAGGAAGATATTTAATTATAATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAAATATA
1 T-TCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATA-A
* * * *
9123 CACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAACAGACTTTTGAAGGAATG
64 -ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAA-AGGCTTTCGAAGGCATG
* * ***********
9188 GGTAACTATAAACGGACTTTGNNNNNNNNNNGATATCTTTTTC
127 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
* ** ** * *
9231 TTCACGTTTCTCAACATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAGAAATTCAA
1 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA-AAAATAAA
* * * *
9296 CTCAAAGTCAATTATGAGATTGT-AAACCATTTAAAG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
9332 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 252, Indels: 51
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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171 245 0.21
172 186 0.16
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC
Found at i:8849 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 7699--9330 Score: 1791
Period size: 682 Copynumber: 2.4 Consensus size: 678
7689 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7699 TTCACTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAGTATAAAAAAATAAAC
1 TTCACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAAC
** * * *
7763 TTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGT
66 ACAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTGAA-GAATGGGT
* * * * * *
7828 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGTAGATATTC
129 GACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * ** *
7893 AATTATATTTTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAA-TAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAA
194 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
* * * * * * *
7956 AAGCATTTAAAGCAAGTAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
259 AACCATTTAAAACAAGTAAACAAGCTTTCGAAGACATGAGCGACTATAAATAGACCTCTCTTGCC
* * *
8021 AACGAATATCTTTTTATTCATATATCTTGACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAA
324 AACGAATATCTTTTTATTCACATATCCTAACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAA
* *
8086 ATATAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAGAAGGC
389 ATATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAGAAGGC
* * * ** * *
8151 TTTCGTAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTAACATTT
454 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCTTTTTATTAACATTT
* * * * * * **
8216 ACC-TAGGTAGACATTCAATTATAGTTTTTTTTTAATAAACAATA-TAAAAAATAAACTTGGAAT
519 -CCAGAGGTAGACATTCAATTATA-ATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATAAACTTAAAAT
* *
8279 CAATTAT-AAGATTATTAAAACATGTAAAACA-AGTAA-ACAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACT
582 CAATTATGAA-ATTATAAAAACAT-TAAAACAGAGTAAGA-AGGCTTTCAAAGGCATAGGTAACT
* * *
8341 ATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTT
644 ATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTT
* * *
8376 CTTCACGTTTTTTGACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTA
1 -TTCACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTTA
* * * * * * *
8441 ACACAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAACAAAGCTTTCGACGACATGG
64 ACACAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGA-ATGG
* *
8506 GTGTCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTCTTCAAGGTAGACA
127 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACA
* *
8570 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATT
191 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
8635 GTAAAACCATTTAAAACGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCAT-AGCGACTATAAATCGACCTCTC
255 GTAAAACCATTTAAAACAAGTAA-ACAAGCTTTCGAAGACATGAGCGACTATAAATAGACCTCTC
** * * * * * * * *
8698 TTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCTAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAAT
319 TTGCCAACGAATATCTTTTTATTCACATATCCTAACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAT
* **
8763 AAAAAATATATAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-
384 AAAAAATATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAG
* *
8827 ACAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCTTTTTATTC
449 A-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCTTTTTATTA
*
8892 ACATTTCCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATCAACTTA
513 ACATTTCCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATAAACTTA
** * * *
8957 AAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCGAAGAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAC
578 AAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTAAAACAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTAAC
* * *
9022 TGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATAACTTTTT
643 TATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTT
* * * * * * * *
9058 TATCATATTTATCGAGGA-AGATATTTAATTATAATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAA-ATA
1 T-TCACATTTTTTGA-GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTA
* * *
9121 TACACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAACAGACTTTTGAAGGAA
64 -ACAC--AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTTGAA-GAA
* * *********** **
9186 TGGGTAACTATAAACGGACTTTGNNNNNNNNNNGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAACATAGA
124 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
9251 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAGAAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGAT
189 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
9316 TGT-AAACCATTTAAA
254 TGTAAAACCATTTAAA
9331 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 144, Indels: 41
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
678 40 0.05
679 15 0.02
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681 41 0.05
682 381 0.48
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684 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
TTCACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAAC
ACAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTTGAAGAATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAA
CCATTTAAAACAAGTAAACAAGCTTTCGAAGACATGAGCGACTATAAATAGACCTCTCTTGCCAA
CGAATATCTTTTTATTCACATATCCTAACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAAT
ATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTT
TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCTTTTTATTAACATTTCC
AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATAAACTTAAAATCAAT
TATGAAATTATAAAAACATTAAAACAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTAACTATAAACG
GACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTT
Found at i:8957 original size:852 final size:850
Alignment explanation
Indices: 7712--9332 Score: 2295
Period size: 852 Copynumber: 1.9 Consensus size: 850
7702 ACTTTTTTTG
* * * *
7712 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAGTATAAAAAAATAAACTTAAAGTCAATTAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
7777 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
66 AAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATCGAC
* * * * *
7842 TTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATATTTTATT
131 CTCTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTATT
*
7907 TTAATAAAAAATATAAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAG
196 TTAATAAAAAATATAAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAG
**
7972 TAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATATCTTTTTA
261 TAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGAATATCTTTTTA
* ** * * *
8037 TTCATATATCTTGACGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAC
326 TTCACATATCCAGACGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATCAAC
* * * * **
8102 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCA-AGTAAGAAGGCTTTCGTAGGCATGGG
391 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCAAAG-AGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
** * * *
8166 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCT-TAACATTTACCTAGGTAGACAT
455 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTT-TATAACATTTACCGAGGAAGACAT
* * * *
8230 TCAATTATAGTTTTTTTTTAATAAACAATAT-AAAAAATA-A-ACTTGGAATCAATTATAAGATT
519 TCAATTATA-ATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAAATATACACTTAGAATCAATTATAAGATT
* * * *
8292 ATTAAAACATGTAAAACAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAACGGACTTTTCT
583 ATAAAAACATGTAAAACAAGTAAACAGACTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAACGGACTTTGCT
* **
8357 TGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATA
648 TGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATA
*
8422 AAAAATATAAA-AATATTTAACACAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAA
713 AAAAATATAAAGAA-ATTCAACACAAAATCAATTATGAAATTGT-AAACCATTTAAAGTGTGTAA
8486 CAAAGCTTTCGACGACATGGGTGTCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTC
776 CAAAGCTTTCGACGACATGGGTGTCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTC
8551 ACGTTCTTCA
841 ACGTTCTTCA
* *
8561 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-AAAAAAAAA-TAAACTTAAAATCAAT
* *
8626 TATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGCGACTATAAATC
63 TATAAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATC
* *
8690 GACCTCTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCTAAGGTAGACT-TTCAATTATAATC
128 GACCTCTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGTAGA-TATTCAATTATAATC
* *
8754 TGTTTTAATAAAAAATATATAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
192 TATTTTAATAAAAAATATA-AAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAA
* ** *
8819 GCAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGGATATCT
256 GCAAGTAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGAATATCT
* * * *
8884 TTTTATTCACATTTCCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAA
321 TTTTATTCACATATCCAGACGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAA
*
8949 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCGAAGAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCA
386 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCA
* * * *
9014 TGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATAACTTTTTTATCATATTTATCGAGGAAGA
451 TGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTTTATAACATTTACCGAGGAAGA
* * *
9079 TATTTAATTATAATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAAATATACACTTAGAATCAATTATGAGA
516 CATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAAATATACACTTAGAATCAATTATAAGA
* * * *
9144 TTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAACAGACTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAACGGACTTTG
581 TTATAAAAACATGTAAAACAAGTAAACAGACTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAACGGACTTTG
********** *
9209 NNNNNNNNNNGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAACATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
646 CTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
9274 TAAAAAATATAAAGAAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTGTAAACCATTTAAAGT
711 TAAAAAATATAAAGAAATTCAACACAAAATCAATTATGAAATTGTAAACCATTTAAAGT
9333 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 89, Indels: 18
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
849 31 0.05
850 4 0.01
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852 344 0.51
853 15 0.02
854 164 0.24
855 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (850 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTAT
AAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATCGAC
CTCTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTATT
TTAATAAAAAATATAAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAG
TAAACAAGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAACGAATATCTTTTTA
TTCACATATCCAGACGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATCAAC
TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTCAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
GACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTTTATAACATTTACCGAGGAAGACATTC
AATTATAATCTCTTTTAATAAACAATATAAAAAAATATACACTTAGAATCAATTATAAGATTATA
AAAACATGTAAAACAAGTAAACAGACTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAACGGACTTTGCTTGC
TAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAACATAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
AATATAAAGAAATTCAACACAAAATCAATTATGAAATTGTAAACCATTTAAAGTGTGTAACAAAG
CTTTCGACGACATGGGTGTCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTT
CTTCA
Found at i:9732 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9434--11351 Score: 1213
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 169
9424 NNNNNNNNNN
* * * * * **
9434 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTACC
1 GCCTTGTTACTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATA
* * * * *
9499 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTT-AGGGAACATGAATAAAAAGATATCCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
* *
9563 TTGGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCCGTT-GAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAA
* * * * * *
9605 ACCTTGTTACATACTTTAAATGATTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATTTCTTTACA
1 GCCTTGTTAC-TCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAATTTTTTTATA
* *
9670 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGGATGTCTATGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * *
9735 TGGCAAGAAAAGTCAATTTAGAGTTACCTATGCCTTCGAAA
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * **
9776 GGC-TGTTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGGGTAATTTTTTTAT
1 GCCTTG-TTAC-TCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTG-AATTTTTTTAT
* * * * * * * **
9840 ATTATTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCT-TCCTCGATAAATGTGAAGAAAAATTTATCC
63 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * *
9904 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACTTTCGAAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * **
9947 GCTTTCTTACTCCCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGCTG-ATTTTTTTATA
1 GCCTTGTTACT-CCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTATA
* ********** * * **
10011 CTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGNNNNNNNNNNTT-AGAAAACATGAATAAAAAGATATCTG
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
** * * *
10075 TTGATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCACATGCCTTCGAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* ** *
10117 GCCTAT-TTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAATT-TATTTTTTTA
1 GCCT-TGTTAC-TCCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAATTGAATTTTTTTA
* * **
10179 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATC
62 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
* * *
10243 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCATCGAAA
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
10287 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGCTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTT-TATTTTTTTATA
1 GCCTTGTTACT-CCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATA
** * * ****
10351 CCTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATNNNN
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
************** *
10415 NNNNNNNNNNNNNNCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAA
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
10456 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTTTAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAT
1 GCCTTGTTACTC-CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTAT
* * * * * *
10520 ATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTAGCTT-AGGAAACATTG-AGAAAATGATAGC
63 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGA-GAAAC-GTGAAGAAAAAGATATC
*
10583 CATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* ************ * *
10626 GCCTTATTACNNNNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
1 GCCTTGTTAC-TCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATA
** * * * *
10691 TTTTTTATTAAAGGAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAACACATGAGGAAAAAGATATCCT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAGATATCCA
* * ** **
10755 TTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATAACTTCGAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
********* * * *
10797 GCCTTGTTACTTNNNNNNNNNNG-TTTTATAATCTCATAACTAATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTA
1 GCCTTGTTAC-T-CCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAA-TTTTTTTA
* * * * ** * *
10860 TATTTTTTATTAAAACATATTATCATTTAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAATATATCC
62 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * **********
10925 ATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCNNNNNNNNNNAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * ** * *
10968 GCTTTATTACTCATTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTCCAAGTTGATTTTTTTTGTA
1 GCCTTGTTACTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATA
* * * * ** * **
11032 -TTTTTATGAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * ** * * *
11096 TTGTATGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCATACCTTTGGAAA
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAA
* ** ********** * *
11138 -CCTTATTACTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTCTTACA
1 GCCTTGTTACTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATA
* * * **
11202 TTTTTTATTAAAACAAATAATAATTGAATGTATGCCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
11266 TTGGTAAGAAAA-TCCATTTATAATCACTCATACCTTCAAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *
11307 CCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 GCCTTGTTACTC-CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
11352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1354, Mismatches: 344, Indels: 99
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 232 0.17
170 529 0.39
171 568 0.42
172 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GCCTTGTTACTCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTATATT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
Found at i:10476 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9501--10410 Score: 585
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
9491 TTTGTACCTT
* *** ** *
9501 TTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTT-AGGGAACATGAATAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * *
9565 GGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACC-CATGCCGTTGAAAACCT-TGTTACAT-ACTTTAAATG
65 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCACATGCCATCGAAAGCCTAT-TTAC-TCCCTTTAAAT-
* * * *** * * * **
9627 A-TTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATTTCTTTACATT
126 ACTTTTATAACCTCATAATTGATTCAAAATT-TATTTTTTTATACC
* ** * *
9672 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGGATGTCTA-TGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * * * ** **
9736 GGCAAGAAAAGTCAATTTAGAGTTACC-TATGCCTTCGAAAGGCTGTTTACTTGCTTTAAATGTT
65 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCCCACATGCCATCGAAAGCCTATTTACTCCCTTTAAATACT
* *** * *
9800 TTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGGGTAATTTTTTTATA-T
129 TTTATAACCTCATAATTGATTC-AAAATTTATTTTTTTATACC
* * * * * * * **
9842 TATTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCTTCCTCGATAAATGTGAAGAAAAATTTATCCATT
1 T-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * ** * **
9907 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CCACCCATACTTTCGAAAG-CTTTCTTACTCCCTTTAAATGT
65 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCC-CACATGCCATCGAAAGCCTAT-TTACTCCCTTTAAATAC
* * *** ** * *
9970 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGCTGATTTTTTTATACT
128 TTTTATAACCTCATAATTGATTCAAAATTTATTTTTTTATACC
********* * ** * **
10013 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGNNNNNNNNNNTT-AGAAAACATGAATAAAAAGATATCTGTT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * ** *
10077 -GATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCACATGCCTTCGAAAGCCTATTTACTTGCTTTAAATATT
65 AG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCACATGCCATCGAAAGCCTATTTACTCCCTTTAAATACT
* **
10141 TTTATAATCTCATAATTGATTCAAAATTTATTTTTTTATATT
129 TTTATAACCTCATAATTGATTCAAAATTTATTTTTTTATACC
*
10183 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTA
* *
10248 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CCTGCCATCGAAAGCCT-TATTACTCCCTTTAAATGCT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCACATGCCATCGAAAGCCTAT-TTACTCCCTTTAAATACT
* *
10311 TTTATAACCTCATAATTGACTT-TAAGTTTATTTTTTTATACC
129 TTTATAACCTCATAATTGA-TTCAAAATTTATTTTTTTATACC
* *
10353 TTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGATAT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATAT
10411 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 127, Indels: 48
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 53 0.09
170 276 0.47
171 257 0.44
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTA
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCACATGCCATCGAAAGCCTATTTACTCCCTTTAAATACTTT
TATAACCTCATAATTGATTCAAAATTTATTTTTTTATACC
Found at i:10522 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 9434--11351 Score: 1266
Period size: 340 Copynumber: 5.6 Consensus size: 340
9424 NNNNNNNNNN
** * * * * * **
9434 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATA
* *** ** *
9499 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGGAACATGAATAAAAAGATATCCAT
66 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
9564 TGGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCCGTT-GAAAACCTTGTTACAT-ACTTTAAATG
131 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTAC-TCCCTTTAAATG
* * * * *
9627 ATTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
194 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTT-AATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTAT
* ** * * *
9691 AATTGGATGTCTATGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCAATTTA
257 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TGAGAAAAAAAAG-CCATTTA
* *
9755 GAGTTA-CCTATGCCTTCGAAA
320 TAGTCATCC-ATGCCTTCGAAA
* * * *
9776 GGCTGT-TTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG-GGTAATTTTTTTA
1 GCCT-TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG-AATTTTTTTA
* * * * * ** * * **
9839 TATTATTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCTTCCTCGATAAATGTGAAGAAAAATTTATCC
64 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCC
* * * * *
9904 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACTTTCGAAAGCTTTCTTACTCCCTTTAAATG
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATG
* * * * *
9969 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGCTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAA
194 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAA
********** * * * * *
10034 TTGNNNNNNNNNNTT-AGAAAACATGAATAAAAAGATAT-C-TGTTGATAAGAAAAGTCCGTTTA
259 TTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATG-AGA-AAAAAAAG-CCATTTA
10096 TAGTC-TCACATGCCTTCGAAA
320 TAGTCATC-CATGCCTTCGAAA
* * * *
10117 GCC-TATTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAATT-TATTTTTTTAT
1 GCCTTA-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTAT
10180 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCC
65 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCC
* * *
10244 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCATCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATG
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATG
* * * * *
10309 CTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTTATTTTTTTATACCTTTT-TTAAAACAGATTATAA
194 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* *****************
10373 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATAG
259 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-CCATGAGAAAAAAAAGCCATTTATAG
10438 TCATCCATGCCTTCGAAA
323 TCATCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
10456 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTTTAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * *
10521 TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTAGCTTAGGAAACA-TTG-AGAAAATGATAGCC
66 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA--AAAAATTTGAAGAAAAAGATATCC
* ************
10584 ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNN
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATG
* * * **
10648 NTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGGAGATTATA
194 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * *
10713 ATTGAATGTCTACCTTG-GAACACATGAGGAAAAAGATATCCTTTG-GAAAGAAAAGTCTATTTA
258 ATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAGATATCC-ATGAGAAAAAAAAG-CCATTTA
* **
10776 TAGTCA-CATATAACTTCGAAA
320 TAGTCATC-CATGCCTTCGAAA
* ************ * * * *
10797 GCCTTGTTACTTNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA-TTTTTTTAT
* * * * * ** * *
10861 ATTTTTTATTAAAACATATTATCATTTAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAATATATCCA
65 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCCA
* * * ********** * **
10926 TTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCNNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTCATTTTAAATG-
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGA
** * * * *
10990 TTTTATAATCTCATAATTGATTCCAAGTTGATTTTTTTTGTA-TTTTTATGAAAACATATTATAA
195 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* ** * ** ** * ** **
11054 TTAAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTTGTATGAAAAGTTAATTTATAG
259 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATGAGAAAAAAAAG-CCATTTATAG
* *
11119 TCA-CTCATACCTTTGGAAA
323 TCATC-CATGCC-TTCGAAA
* * ********* * *
11138 -CCTTATTACTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTT-TAAGTTGAATTTTCTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT-CATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * ** **
11201 ATTTTTTATTAAAACAAATAATAATTGAATGTATGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
65 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * * * *
11266 TTGGTAAGAAAA-TCCATTTATAATCACTCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGA
11329 GTTTTATAATCTCATAATTGATT
195 -TTTTATAATCTCATAATTGATT
11352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 322, Indels: 86
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 211 0.17
340 445 0.37
341 347 0.29
342 206 0.17
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATTTGAAGAAAAAGATATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATGAGAAAAAAAAGCCATTTATAGTCA
TCCATGCCTTCGAAA
Found at i:12495 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12202--12909 Score: 629
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
12192 NNNNATATGG
* * * * * *
12202 TTTATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACC-TAGGTAAATGTTAAGAAAAATATATCCATTG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
12266 CCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTATTCTCTTTAAATATGTT
66 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATGTT
* * **
12331 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATGTTT
130 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
12372 TTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTAGG-AAATGTGAATAAAAAGATATCCGTTG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * ** * *
12436 ACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTT
66 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATGTT
* *
12501 TATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTT
130 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
*** * * * * *********
12543 TCGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAATGTGAAGAAAATGNNNNNNNNNN
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATGTGAAGAAAAAG-ATATCCATT
* * * * * **********
12607 GCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCAACTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNT
65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATGTT
* * * * *
12671 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTTATACATTT
130 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** * * * ** *
12713 TTTATTTAAGTAGATTATAATTGAATGTCCACCATA-GAACACATGAGGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT-
* * *
12777 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATA-GTT
65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATG-T
* * * *
12841 TTGTAATCTTATAACTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTT
129 TTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
12884 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
12910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 118, Indels: 15
0.76 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 250 0.61
171 161 0.39
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATGTTT
ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
Found at i:13745 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 13387--14702 Score: 1189
Period size: 170 Copynumber: 7.7 Consensus size: 167
13377 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
13387 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATATCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTG-ATTTT-TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-
* *
13452 TGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
63 T-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
13516 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATC-CTAT
127 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTC-AT
* * * *
13557 AATTTATTTTAAGTTGAATGTTTCTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCA
1 AATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-
* ** * * * * * *
13622 TGGCACACATGTGGAGAAAGATATCTATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCAATGGCTTC
63 TGG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
13687 CAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
127 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * * ** **
13728 AATTGATTCTAAGTTGAATTGTGTTATTTTTTTTAAAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATAT
1 AATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** ** * * * * ** *
13793 AAAAAAACAAAAAGAAAAATATGTACATTG-CTAAGAGAAGTTAATTTATAGTCACCCATACCTT
64 --GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * *
13857 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTAT
126 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
13899 AATTGATTTTAACTTGATTTTTTATATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTTCCTCG
1 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-G
* * * * * * * * *
13964 ATAAATATGAAAAAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACTTTTGA
65 -GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* *
14029 AAGCTTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * * *
14068 AATTAATTTTTAGTTGATTTTTT-TATGCTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTATAT--TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * **
14132 CAGGAAACATGAATAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTC
64 --GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *
14197 GAAAGCCTGT-TTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
127 GAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * *
14238 AATTGATTTAAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
1 AATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTG
* * *
14303 GAAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATGCCATC
65 GAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
14367 GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGCTTTTAGAACCTCAT
127 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * * *
14408 AATTGACTTTAAGTTGATTTTTTAATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTT
1 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT
* * *
14472 GGGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGACACCAACCCATGC
64 -GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAG---TC-ACCCATGC
* * * * * *
14536 TTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATATTTTTTTAATCTCGT
123 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
14581 AACAT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTGTTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTACC
1 AA-TTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
14645 TTAAGAAACATTG-AG-AAATGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
63 -T-GGAAACA-TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
14703 NNNNNNNNNN
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AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTGG
AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
Found at i:17258 original size:168 final size:169
Alignment explanation
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16943 NNNNNGTTAA
* * * * *
16953 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAGACGTGATGAAA
1 ATTTCTTTATATTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * ** *
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*
17083 TTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
131 CTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
* **
17122 ATTTCTTTATA-TTTTTATAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATC-TGAAGAA
1 ATTTCTTTATATTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CGTGAAGAA
* * *
17185 AAAGATATCCATTGGCATGAAAAATCAATTTCTAGTCAAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
65 AAAGATATCCACTGGCATGAAAAATCAATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACC
*********
17249 CACTTTAAATGTNNNNNNNNNNTCATAATTGATT-TCAAGTTG
129 CACTTTAAATGT-TTTATAATCTCATAATTGATTCT-AAGTTG
* * * * * ** *
17291 AATTT-TCTTACA--TTTTAGTTAAAATAGATAAAAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACATGAA
1 -ATTTCT-TTATATTTTTTA-TAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAA
* ** * * * * * * * * *
17352 GAAAATGATATATATTTGCA--AAAATAGCCATTCATTGTCACCCGA-ACCTTCAAAAGCCTTAT
62 GAAAAAGATATCCACTGGCATGAAAA-ATCAATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*** * * * * *
17414 TACGTGCTTTAAATGATTTTCTAATCCCGTAATTGAATCTAAGTTA
125 TACCCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
* * * ** * * * *
17460 ATTTTTTTTACATCTTTTT-TTAAAGGAGATTATAATTGAATGTCT-GC-CATTGAACACATGAG
1 A-TTTCTTTATAT-TTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAA-ACGTGAA
* * * * * * *
17522 GAAAAATATATCCATTGGCATGAAAAGTCCACTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTA
62 GAAAAAGATATCCACTGGCATGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
17587 CTCATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATATTTTTATAATCTCATAATTG
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* * * *
17639 A-TTCTAAGTTGA-ATTGTGTTATATTTTTTTAAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAA
1 ATTTCT---TT-ATATT-T-TT-TA-----TAAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
*** * * * * * * * *
17702 AAACAAAAAGAAAAATATATACACTGGCAAGAGAAGTTAATTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAA
53 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCACTGGCATGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAA
* * * * * * *
17766 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTGATTTTAACTTG
117 AGCCTTATTACCCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
* * * * * * *
17820 AGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACC-CTAGGGAACATGAAGA
1 A-TTTCTTTATATTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGA
17884 AAAAGATATCCA
64 AAAAGATATCCA
17896 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 137, Indels: 108
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 114 0.20
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTTCTTTATATTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
AAGATATCCACTGGCATGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCA
CTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
Found at i:17620 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17596--17636 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
17586 ACTCATTTTA
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*
17615 AATATTTTTATAATCTCAT
1 AATATTTTTATAATCTAAT
17634 AAT
1 AAT
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (19 bp):
AATATTTTTATAATCTAAT
Done.