Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399023.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_230.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16426
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.08, T:0.22
Warning! 6653 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1711 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1479--1793 Score: 319
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1469 AGGCTTTTTG
* **
1479 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTT-AC
* * * *
1544 A-AAACAGACTATATTTGAATATCTGTCATGGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAAA
65 AGAAACACACTATAATTGAATATCTGTCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAAA
1608 AAAGTCTATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAAACGCCTTATTA
130 AAAGTCTATTTATAG----------CTTCAAACGCCTTATTA
* * ** * * *
1650 CTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATAT-ATTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTTTTAC
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAATCAAAAT-TGATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTTAC
** * * * * *
1714 AGAATTACACTATAATTGAATTTCTGTCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGA
65 AGAAACACACTATAATTGAATATCTGTCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAAA
1779 AAAGTCTATTTATAG
130 AAAGTCTATTTATAG
1794 TCAGTCATTC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 119 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTTACA
GAAACACACTATAATTGAATATCTGTCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAAAA
AAGTCTATTTATAGCTTCAAACGCCTTATTA
Found at i:5244 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4946--6309 Score: 1528
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
4936 NNNNNNNNNN
*
4946 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * * * *
5011 TGACTTTTCTTCCCAATTAATAGCCT-TTTCTGCATGTTTC-CCATGGCAGATATTCCATTATAG
65 GGACTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAG
* *
5074 TATGTTTTGA-CAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
128 TATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
5117 TTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * * * * *
5182 AGACTTTTTTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTGCGGTAGACATTCAATTATAGTA
65 GGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTA
*
5247 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
130 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
5288 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGAGTGACTTTAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
** * * * * *
5353 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTGCGATAGACATTCAATTATACTA
65 GGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTA
* *
5418 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAA
130 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
5459 TTATGAGACTATAAAA-TAATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * *
5523 TGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTCTTT-TACACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAG
64 TGGACTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAG
* * * * * *
5587 TCTAATTTT-CTAAAAAATGTAAAAAAATTTATCTTAAAAT-ATA
128 TAT-GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-A
* * * * * * * *
5630 TTATGAGGTTACAAAACCATTCAATGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAAGAATGAGTGACAATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
5695 AGACTTTTCTTCCTAATGAATAG-TTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGT
65 GGACTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGT
* *
5759 CTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
129 ATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
5800 TTTTGAGTTTATAAAACTATTTAGAA-CGAGTAATAACCCTTTTGAAGGAATGGGTTACTTTAAA
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * ** * * *
5864 TAGATTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTGTAGT
64 TGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGT
* *
5929 ATGTTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
129 ATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * **
5971 TTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTGCAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * * *
6036 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAGTA
65 GGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTA
* * *
6101 TGTTTTAATAAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATTAA
130 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** *
6142 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTCA-AA
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACT-ATAA
* *** * * * * * *
6205 ATGGACTTTTTTTGTTAATGAATACTTATTTCTTCACGTTTCTGGAGGTAGATAGTCAATTATAG
63 ATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAG
6270 TATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
128 TATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
6310 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 155, Indels: 40
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 155 0.15
171 846 0.83
172 16 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTAT
GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
Found at i:7603 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7154--7604 Score: 478
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
7144 NNNNNNTGGC
* * * ** **
7154 TTTTTTTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTAATTTT-GCAAAAAATGTAAAAC
1 TTTTTTTACACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAC
* * * *
7218 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAG
* * **
7283 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTACTTCCTAATGAATGGC
130 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTACTTCCCAATAAATGAA
* * * * * *
7325 TTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAAATATGGTCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAA
1 TTTTTTTACACGTTTCTC-AAGGAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-AAAAAAATGTAAAA
* * * **
7389 CAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCATTTAAAGCG-GTTAATAAGGC-TTNNN
64 CAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCGTT-TG
******* * * *
7452 NNNNNNNGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATTAA
127 AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTACTTCCCAATAAATGAA
* * *
7497 TTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAACGTAAAACA
1 TTTTTTTACACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAACA
7562 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
7605 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 48, Indels: 12
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 87 0.38
172 133 0.59
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAACA
ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAGG
AATGAGTGACTATAAATAGACTTTACTTCCCAATAAATGAA
Found at i:8521 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8212--10164 Score: 1820
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 171
8202 NNNNNNNNNN
* * * *
8212 CGTTT-CTCAAGGTAGACAGTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAGGTAAAACAATTTAACTT
1 CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
8276 AAAATTAATTATGAGACTATAAAGAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATCG-GT
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT-GAGT
* * * * *
8339 AAATCTAAATGGACTTTTCTTGCT-AACGAAT-GCTTGTTTCTTCA
128 GACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCA
* *
8383 CGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
8448 AAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGACTAAGTGAC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * *
8513 TATAAATGGATTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTACTAT-A
131 TATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT-TCA
* * * * * * * * * ** * *
8554 CATTTCTTGAGTTAAACATTCAATTGTTGTCTATTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCGACCTA
1 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
8619 AATTCAAGTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTATTGAA-GATATGGGTG
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGA-ATGAGTG
* * * *
8682 ACTATAAATTGACTTTTGTTCTCAATGAATAAGCTTTTTCTACA
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCA
* ** * * * * **
8726 CGTTTCCCAAGGTAGGTATGCAATGATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAATACAAAAACATTCAACT
1 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAA-ATTCAACT
* * * * *
8790 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGAATGAGTT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * **
8855 ACTATAAATAGACTTTCCATCTCAATGAATAACTTTTT-TTGCA
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTT-CA
* * *
8898 CGTTTCC-AATTGTAGACAATCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 CGTTTCCTAA-GGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
8962 GAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCG-GCTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGAG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-TAAT-AAGCCTTTTGAAGGAATGAG
* * *
9025 TGACTATAAAAAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTGCA
127 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
** * * *
9070 TATTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGAA--AAAAATGTAAAACAATTCAACT
1 -CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* ** * *
9132 TAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGAAATGGGTG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * *
9197 ACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAAT-GCTTATTTCTTCA
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCA
* * * *
9240 CGTTTCTTGTA-GTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
9304 AAAATAAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * * *
9368 ACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATTAATGGCCTTTTCTGCA
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
9411 TGTTT-CTCAAGGCAGACATTCCATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAATATTCAACT
1 CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
9474 TAAAATCAATTATGCA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTCGAAGGAATGGG
64 TAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT-GAAGGAATGAG
* *
9537 TGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCA
127 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCA
* * * *
9582 CGTTTCTTATGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
1 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
9647 CAATCAATTATGAGACTATAAAA-TAATTTAAAGCG-GATAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAG-TAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTG
*
9710 ACTATAAAT-GAACTTTTCTTC-CTAATGAATGGCTTTTT-TACA
129 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTCTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
9752 TGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTAATTTT--GCAAAAAATGTAAAACAATTTAAC
1 CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTAT-GTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * **********
9814 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGAGT
63 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGT
*
9879 GACTATAAATAAACTTTTCTTC-CTAATGAATGGCTTTTT-TTGCA
128 GACTATAAATAGACTTTTCTTCTC-AATGAATGGCTTTTTCTT-CA
** * * * * * **********
9923 TATCTCCCAAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAANNNNNNNNNNTTCAACTT
1 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
9987 AAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * *
10052 GTCTAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCA
130 CTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCA
* * * * * *
10094 CATTT-CTCAATGTAGACATTTAATTGTAGTATGTTTTAATTAAAAATGTAAACAAATTCAACTT
1 CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
10158 AAAATCA
65 AAAATCA
10165 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 267, Indels: 122
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 294 0.20
171 811 0.56
172 224 0.15
173 101 0.07
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
Found at i:9567 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 8212--10164 Score: 1968
Period size: 512 Copynumber: 3.8 Consensus size: 508
8202 NNNNNNNNNN
* * * * *
8212 CGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAGGTAAAACAATTTAACTTA
1 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
8277 AAATTAATTATGAGACTATAAAGAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATCG-GTA
66 AAATTAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAAT-GAGTG
* * * * * * * * *
8340 AATCTAAATGGACTTTTCTTGCTAACGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTC
128 ACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTT-TTTCTGCACGTTTCC-AAGGCAGACATTC
* *
8404 AATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
191 AATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
8468 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGACTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTCT
256 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT
* * * ** * * * * * *
8533 CAATCAATGGCTT-TTACTAT-ACATTTCTTGAGTTAAACATTCAATTGTTGTCTATTTTAAAGA
320 CAATGAAT-GCTTGTTTCT-TCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTT-AATA
* * * * * *
8596 AAAATGTAAAAAAATTCGACCTAAATTCAAGTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATA
382 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
8661 AGGCTATTGAAGATATGGGTGACTATAAATTGACTTTTGTTCTCAATGAATAAGCTTTTTCTACA
447 AGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTT-TCAATGAAT-AGCTTTTTCTACA
* ** * * * **
8726 CGTTTCCCAAGGTAGGTATGCAATGATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAATACAAAAACATTCAACT
1 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGTA-AAAAA-ATTCAACT
* * * *
8790 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGAATGAGTT
64 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * ** * * * *
8855 ACTATAAATAGACTTTCCATCTCAATGAATAACTTTTTTTGCACGTTTCCAATTGTAGACAATCA
128 ACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCAA-GGCAGACATTCA
* * * *
8920 ATTATAGTATGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAAATTATAA
192 ATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
8985 AACCATTTAAAGCG-GCTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTCC
257 AACTATTTAAAGCGAG-TAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT
* * * *
9049 CAATGAATGGCTT-TTTCTGCATATTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGAA-A
320 CAATGAAT-GCTTGTTTCTTCATATTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTT-AATA
* *
9111 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
382 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAAT
** * * *
9175 AAGATTTTTGAAGAAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAAT-GCTTATTTCTTC
446 AAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-TCAATGAATAGCTT-TTTCTAC
9239 A
508 A
** *
9240 CGTTTCTTGTA-GTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 CGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
9304 AAAATAAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
65 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * * *
9369 CTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATTAATGGCCTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCCA
129 CTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAA
* *
9434 TTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTATAA
193 TTATAGTATGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAA
* * *
9497 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTC
257 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTC
** * *
9562 AATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTATGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAA
321 AATGAATGCTTGTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAAT-AAAA
* * * *
9627 ATGTAAAAAAATTTAACTTACAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAGCG-GATAAAAAG
385 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAG-TAATAAG
* * * *
9691 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTT-TACA
449 GCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTTC-AATGAATAGCTTTTTCTACA
* * * * * *
9752 TGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTAATTTT--GCAAAAAATGTAAAACAATTTAACT
1 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTAT-ATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *********
9815 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGAGTG
64 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-TAATAAGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * ** *
9880 ACTATAAATAAACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTTTTGCATATCTCCCAAGGCAGACATTCA
128 ACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGT-TTCCAAGGCAGACATTCA
* * ********** * *
9945 AATATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAANNNNNNNNNNTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAA
192 ATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
10009 AACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTCTAAATAGATTTTTCTTCTC
257 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTC
* * * * *
10074 AATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTCAATGTAGACATTTAATTGTAGTATGTTTTAATTAAAA
321 AATGAATGCTTGTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAA
*
10139 ATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCA
385 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
10165 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 198, Indels: 80
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 17 0.01
512 469 0.39
513 253 0.21
514 91 0.08
515 230 0.19
516 139 0.12
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
ATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTA
TAGTATGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGA
ATGCTTGTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAATGTAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGAAATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTTCAATGAATAGCTTTTTCTACA
Found at i:13803 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13453--13814 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
13443 NNNNNNNNNN
* * * * *
13453 AACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAGAGACTATATTTGAATG
1 AACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAAGAGACTATAATTGAATG
* * * * *
13518 TCTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTTA
66 TCTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCA
* * * *
13583 TTCCTTCAAACGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATA
131 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATA
* *
13624 AACTCATAATAT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-GAAAATTAGACTGTAATTGAA
1 AACTCATAAT-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAA-GAGACTATAATTGAA
*
13687 TGTCTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACT
64 TGTCTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAACTCCACTTATAGTCACT
*
13752 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATTATTTTATA
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATA
**
13795 GTCTCATAATTGATTTTAAG
1 AACTCATAATTGATTTTAAG
13815 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 20, Indels: 6
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 162 0.96
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAAGAGACTATAATTGAATG
TCTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATA
Found at i:15284 original size:130 final size:132
Alignment explanation
Indices: 15048--15308 Score: 377
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 132
15038 NNNNNNNNNN
* *
15048 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAACGTGA
15113 AGAAACAAGCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAAG-CTTAT
66 AGAAACAAGCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTAT
15177 TAA
130 TAA
* * *
15180 GTTGAATTTTTTTAC-TTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAACGTGA
* * ** * *
15243 AGAAA-AAGTCATTTATTGGGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AGAAACAAG-CAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
15307 TA
130 TA
15309 GCCGCTTTAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 11, Indels: 6
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
129 8 0.07
130 88 0.76
131 5 0.04
132 15 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (132 bp):
GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAACGTGA
AGAAACAAGCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
AA
Done.