Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397431.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1080.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18860
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.10, T:0.29
Warning! 3956 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1200 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--5396 Score: 3806
Period size: 171 Copynumber: 31.5 Consensus size: 171
* * *
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
66 ATATTTTTGGTTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAGAACGTGAAGAAAAAGGTA
66 ACATTTTTGATTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
129 TTCA-TTGGCAAAAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTTCTTCA
129 TTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
171 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTGAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * *
235 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGTATGTCTACCTCTAAAAACATGAA-AAGCAAGGCA
65 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGGCA
* * *
299 TTCA-TTAGTAAGAAAAGTCTATTTATGGTCA-CCATTTCTTTCA
129 TTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCA
* * * *
342 AAAGCCTCATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* ** * * * * * * *
406 ATATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTGCCTAGGGAAACGTGTAA-AAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCAT
* * * * *
470 GCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATT-CTCTCA
130 TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCA
* * * * *
512 AAAGCTTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * ** * *
577 TACAGTTTT-ATTTAAAATAGTTTTTAATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-ATG-TGAAAAAGGGC
65 TACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GGC
* *
638 ATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCA
128 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
682 GAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
747 AGA-TTTTCACTTAAAAAAAGA-AATAATTG-ATGTCTGCCTTGGGGAACGTGAAGGAAAA-GCT
66 ACATTTTTGA-TT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-
* * * ** **
808 ATCCA-TTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAACCTTCA
128 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* ** * * **
852 AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATGAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
916 TACATTTTTTG-TTTAAAGAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAAC-----G-TAAAGGTA
65 TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* *
974 TTCA-TTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
129 TTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
1017 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * ** ** ** *
1082 ACATTTCTCATTAAAACAAATTATTATTTAATG-CATGTCTCGCTAAACATCTAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*** * *
1146 TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTTCTTTA
130 TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * * *
1188 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTGTAATTTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * ** * *
1253 ATAGTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTG-GAAAACATGTAA-AAAATA-C
66 ACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATG-AAGAAAA-AGG
* * * * *
1314 CTTTC-TTTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCACAATT-CTTCA
127 CATTCATTT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCA
* * * * *
1359 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAGTCTCATAATTGATTCTAAGTTCAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
* * ** * * * * *
1424 TACATTTTTAGTTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCCGCCT-TAGGGAACATAAAGTAAAAGGT
65 TACATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * ** *
1487 A-TC-TGTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
128 ATTCAT-TTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
1531 AAAGCCCTATTACTTACTTTAAATGATTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
** * * * * *
1596 TACATTTTTGGCTAAAACATACTATAATTCAATTTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-T
65 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * ** *
1660 TCA-CTCGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
130 TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
1702 AAAGACTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
1767 ACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGTAGAACAAGGCATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * *
1832 CACTT-GTAAGAAATGTCCATTTAGAGTCACCCATTGCTTCA
131 CATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * ** *
1873 AAAGCCTTATTACTCATTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGGATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** **
1938 -CATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
66 ACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * *
2001 TCA-ATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
130 TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
2043 AAAGCCTTAATACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AAT-TTTT
** * * * * * * ** *
2107 TTGTATTTTTCATTAAAAAAGGCTATAATTGAATTTCTGCCTTG-GAGAACATGAAGCGAAAGCC
64 TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AACATGAAGAAAAAGGC
* * * * * ** * *
2171 ATCCA-TTGGCATGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCTTTCG
128 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
2215 AAAGCCCTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAA-TGAATTTTAAGTCAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * *
2279 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCTAGAAACATGAAGGAAATA--C
65 TACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-GAAAAAGGC
* * **
2341 ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCA
128 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
2385 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTACGTTTAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-
* * * * *
2450 TATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAA-GCA
65 TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * * *
2513 TTCA-TTGGCAAAAAAAGGCCATGTATAGCCACCCATTCCTTCA
129 TTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * ** * *
2556 AAAGTGTTATTACTCACATTAAATATTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
2621 ACATTTTGGATTAAAACAGATTATAATTCAAAGTCTACATCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
2686 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCATCA
131 CATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
2727 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT-AGTTTTAAATTGAATTTATT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * **
2791 TACATTTTTTG-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCCCGGGAAACTTGTTGAAAAA-GC-
65 TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * *
2853 CTCTTATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
129 TTCAT-TTA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
2898 AAAGCTTTTTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
2963 ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGACAGT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * *
3028 CATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
131 CATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
3069 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * * * *
3134 ATATTTTTTATTAAAATAGACTATAGTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATG
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA--
** * ** * * * ** *
3199 GTTTTTTCTACCATTTAAAA-T-GA-GTA-A-TAAAGC-TT--TT-G
129 -TTCATT-TA-GA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *** * * * ** * *
3237 AAAG---GATGGGTGACTATAAATAGTTGAAT-GTCTGCCTTAAGTTGATTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT--CATAA-TTGATTTT-AA--G--TTA-
** * * * * * * * * **
3298 AATCTCATAATTA-A-TTTTAAGGT-AAA-AG-TTTTCA--CAAT-TTTATCTAAAGTAAACTAT
57 AAT-T--TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAAC-AT
*** ** * * * * * * ***
3355 -AATTGATTGTCTACCTCGAAATACATATAGAA-AAAGCAATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTT
116 GAA--GA------A-AAAGGCATTCATTTAGAAGAAA--AGTCCATT------TATAGT-CACCC
3418 ATAGTCTCTTATTCCTTCA
163 AT--TC-C-------TTCA
*
3437 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * * *
3502 ACATTTTTGGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGGAACATGATGCAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * ** *
3565 CCA-TTGGCATGAAAATTTCATTTATAGTCATTCATTCCTTCG
130 TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * * * * *
3607 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTTATTTTAAGTTGAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * * *
3672 ATATTGTT--TT-AAACAGACTATAATAGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * *
3734 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
131 CATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * * *
3775 AAAGTCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCACAAAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT
* * * * *
3840 TTACA-ATTTCAGTTAAAACATATTATAATCTG-ATGTCTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGG
64 TTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* * * * * *
3902 CATTCATTGA-AAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCTTTCA
127 CATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
3946 AAAGCCTGATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTT
* * * * * ** * * ** * * *
4010 TACTTTTTTCAGTAAAACATACCATAATTGAATACCTATCTTGTTAAACGTGCAGAAAAAGTCAT
65 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * *
4075 TCATTGT-GAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATT-CTCTCA
130 TCATT-TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCA
* *** * * * *
4117 AAAGTCTTATTACTTGGTTTAAAAGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * **
4182 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCT-AATGAAACATGAAGAAAAAACCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*
4246 TCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
130 TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
4288 AAAGGCTTTTTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * ** * ** * *
4353 ACATTTTTAATTAAAAAAGGTTATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGACAAAGACATT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
*
4418 CATTGGTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
131 CATT--TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
4459 AAAGCCTTACTAATCGCTTTAAACGGTTTTATAATATCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
* * * * * * *
4524 TATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCT-TAGGAAACAT-ATAGAAAAAGTC
65 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGA-AGAAAAAGGC
* * ** * * *
4587 ATTCCTTGAGAAGAAAAGTGTATTTATAGTCTCCAATTACTTCA
128 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
4631 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAA-ATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* ** *
4695 ACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGGTAT
66 ACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*
4759 TCA--TAGATATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 TCATTTAGA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
4801 AAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGACTTTCAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTT
* * * *
4866 TTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCCT-GAGAAACATGAAGAGAAAGG
64 TTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* * * * *
4929 TATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCA
127 CATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * * *
4974 AAAGCCTTACAACTAACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * ** * *
5039 ACATTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAACGT-ATAGAAAAAGCCA
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGA-AGAAAAAGGCA
* * * * * *
5101 TTCAATTGGAAGAAATA-TTCATTTATAGTCTCGCATTCTTTCA
129 TTCATTTAGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
5144 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
5209 ACAATTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * *
5273 TCATTT-GCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCTTTCA
130 TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
5315 AAAGACTTATTACTCCCTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTATTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTT
* *
5380 TATATTTTTAATTAAAA
65 TACATTTTTGATTAAAA
5397 TAGATNNNNN
Statistics
Matches: 4128, Mismatches: 881, Indels: 432
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 10 0.00
165 135 0.03
166 6 0.00
167 11 0.00
168 142 0.03
169 142 0.03
170 1132 0.27
171 1603 0.39
172 585 0.14
173 194 0.05
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176 9 0.00
177 5 0.00
178 3 0.00
179 2 0.00
180 6 0.00
181 4 0.00
183 1 0.00
184 1 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 10 0.00
188 6 0.00
189 5 0.00
192 4 0.00
193 2 0.00
194 10 0.00
195 7 0.00
196 4 0.00
197 8 0.00
198 8 0.00
199 2 0.00
200 6 0.00
201 8 0.00
202 4 0.00
203 16 0.00
204 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
Found at i:5897 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5567--6441 Score: 933
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
5557 NNNNNNNNNN
* *
5567 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGATTATTATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATTATTGAAT
* *
5632 GCCTATCTCAGTAAACAT-ATAGAAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTG
65 GCCTATCTCAG-AAACGTGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTG
* *
5695 TAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAAAGGTTTTAT
127 TCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
*
5738 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA-TAGATGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATTA-TTGAA
* * * * **
5802 TGTCTATCTCAAGAAAGGTGAAG-AAAAGGAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
64 TGCCTATCTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGT
* * * *
5866 CATTTCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTGAAACGGTTTTAT
128 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * *
5908 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACTA-ATTATTATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAC-AGATTATTATTGAA
* ** * * * * *
5972 TGCTTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCTGT
64 TGCCTATCTCAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGT
* *
6037 CA-TTCATTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTAT
128 CATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * ** * * *
6079 AGT-TCCAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAGTGG
1 AATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTT-ATTAAAACAGATTATTATTGA
* * * * * * * **
6142 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAAAAAAATCCATTTATAGTCAC
63 ATGCCTATC-TCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTG
* * * * *
6206 CCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
127 TCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * * *
6249 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTCATTGAAACAGACTATTATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATTATTGAATG
* * * * * *
6314 CCTGTCATGCA-AAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTGTC
66 CCTATC-T-CAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTC
* * *
6378 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTAT
129 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
6419 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT
6442 TTATACATTT
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 108, Indels: 41
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 43 0.07
170 310 0.54
171 218 0.38
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATTATTGAATG
CCTATCTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCAT
TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
Found at i:6197 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5567--6441 Score: 1149
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
5557 NNNNNNNNNN
*
5567 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACTGATTATTATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACTAATTATTATTAAAT
** * * * *
5632 GCCTATCTCAGTAAACATATAGAAAAAG-CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGT
65 GCCTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTC-ATTTATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTGT
* * *
5696 AATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
129 CA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * **
5761 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGATGAATGTCTATCTCAAGAAAGGTGAAGA
193 GAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAGATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * *
5826 AAAGGAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCATTATTACTT
258 AAAGGAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATCATTACTC
5891 GCTTGAAACGGTTTTAT
323 GCTTGAAACGGTTTTAT
*
5908 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACTAATTATTATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTCATTAAAACTAATTATTATTAAAT
* * *
5973 GCTTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCTGTC
65 GCCTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTGTC
* * * * *
6038 ATTCATTCAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAGT-TCCAAAATTAATTTTAAGTT
130 ATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTT
* * *
6102 -AATTTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGATTATA-AGTGGATGTCTACCTTAAGAAACATGAA
193 GAATTTTTTT-ACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAGA-TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* *
6165 GAAAAAGGCATTCATTGGAA-AA-AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
256 G-AAAAGGAATTCATT--AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATCAT
* * *
6227 TACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
318 TACTCGCTTGAAACGGTTTTAT
* * * *
6249 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA-TTTTCATTGAAAC-AGACTATTATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTCATTAAAACTA-ATTATTATTAAA
* * **
6312 TGCCTGTCATGCAAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTG
64 TGCCTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTG
*
6376 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 TCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
6441 T
192 T
6442 TTATACATTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 52, Indels: 29
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 151 0.32
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342 18 0.04
343 2 0.00
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACTAATTATTATTAAATG
CCTATCTTGGTAAACGTGTAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTGTCA
TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAGATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
GGAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATCATTACTCGCT
TGAAACGGTTTTAT
Found at i:7321 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 7195--7354 Score: 216
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
7185 ATACCATCTA
* * * *
7195 TTTAATTTTGGGTGACCAATAAAAATAGAAAATTGTTTCATACTTTAAAAGCAATTCTTAAACTT
1 TTTAATTTTGGGTGACCAATAAAAATAGAAAATTGTTTCATAATTTAAAAGAAATTCCTAAAATT
7260 AAGGATAGAAT
66 AAGGATAGAAT
* *
7271 TTTAATTTTGGGTG-CTTC-ATAAAAATAGGAAATTGTTTCTTAATTTAAAAGAAATTCCTAAAA
1 TTTAATTTTGGGTGAC--CAATAAAAATAGAAAATTGTTTCATAATTTAAAAGAAATTCCTAAAA
* *
7334 TTAAGGGTAGCAT
64 TTAAGGATAGAAT
7347 TTTAATTT
1 TTTAATTT
7355 GAGAAATTGA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 8, Indels: 4
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.01
76 72 0.97
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (76 bp):
TTTAATTTTGGGTGACCAATAAAAATAGAAAATTGTTTCATAATTTAAAAGAAATTCCTAAAATT
AAGGATAGAAT
Found at i:13952 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13591--14495 Score: 940
Period size: 172 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
13581 TTCAAACATA
* * * **
13591 TAAAGCGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
* * * * * *
13656 GGCTTTTTCTATACGTTTCTT-GATGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTCACCAAAAGTGTAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-A
*
13720 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAAT-CATT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAATCCATT
* * * * * * *
13763 TAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACAATAAGTGGACTTTTTTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
* * * *
13828 -GCTTTTGTCT-TCACGTTTTTCGAGATAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCGAAAATATA
66 GGCTTTT-TCTAT-ACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * *
13891 AAAACATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAATCCATT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATT
* * * * * * **
13934 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAGTGTGAGACTATAAATGGACATTTCTTCTAAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
* * * **
13999 GGCTTTTTCTATACG-TTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
14063 AACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATT
130 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATT
* * * * * * * * * *
14106 TAGAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGCAGTGGGTGACAATGAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
* ** * * ** * * **
14171 GCCTTTGACT-TCACATTTCTAAAGGTAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACTGAAAATGTAA
66 GGCTTTTTCTAT-ACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
14235 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATT
* * * *
14277 TAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
* * ** * *
14342 AGCCTTTTCTATACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * * *
14407 AAAAATTCAACTAAAAATTAATTTTGATATTATAAAACCGTT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATT
* * *
14449 TAAAGTGAGTAGTAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
1 TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
14496 GGTTTTTGCC
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 130, Indels: 24
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 273 0.46
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
GGCTTTTTCTATACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATT
Found at i:14222 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 13591--14490 Score: 1280
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 343
13581 TTCAAACATA
* *
13591 TAAAGCGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
* * * * *
13656 GGCTTTTTCTATACGTTTCTTGATGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTCACCAAAAGTGTAAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
13721 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCG
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* * * * * **
13786 AAGCAATGGGTGACAATAAGTGGACTTTTTTTCCCAATGAATGCTTTTGTCTTCACGTTTTTCGA
196 AAGCAATGGGTGACAATAAGTAGACTTTTTTTCCCAATGAATGCCTTTGACTTCACATTTCTAAA
* *
13851 GATAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCGAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATTAATTA
261 GATAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACCGAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTA
13916 TGAGATTATAAATCCATT
326 TGAGATTATAAATCCATT
* * * * *
13934 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAGTGTGAGACTATAAATGGACATTTCTTCTAAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
* *
13999 GGCTTTTTCTATACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
* *
14064 ACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAGTAAGGCTTTTG
131 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTG
* *
14129 AAGCAGTGGGTGACAATGAA-TAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTGACTTCACATTTCTAA
196 AAGCAATGGGTGACAAT-AAGTAGACTTTTTTTCCCAATGAATGCCTTTGACTTCACATTTCTAA
* * * *
14193 AGGTAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACTGAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
260 AGATAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACCGAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATT
14258 ATGAGATTATAAATCCATT
325 ATGAGATTATAAATCCATT
* * * * * **
14277 TAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
* * ** * * *
14342 AGCCTTTTCTATACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
66 GGCTTTTTCTATACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
14407 AAAAATTCAACTAAAAATTAATTTTGATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAGTAAGGGTTTTG
131 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTG
* *
14472 AAGGAATGGGTGACTATAA
196 AAGCAATGGGTGACAATAA
14491 ATGGAGGTTT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 64, Indels: 3
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.00
343 488 0.99
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Consensus pattern (343 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTCAAAATGAAT
GGCTTTTTCTATACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTG
AAGCAATGGGTGACAATAAGTAGACTTTTTTTCCCAATGAATGCCTTTGACTTCACATTTCTAAA
GATAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACCGAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAATCCATT
Done.