Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399034.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_231.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24135
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 5676 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:365 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 71--1347 Score: 1304
Period size: 173 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
61 GGACTTTTCG
* * * ** *
71 GGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTT-AGCTAAAAATGT-AAAAAAATTTCACTTAAAATTAAT
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCA-CCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* * * * *
134 TATAGGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGA-AAGGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAAT
65 TTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATAAGGCTTTTAAA-GAATGGGTGACTATAAAT
* *
198 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTCAA
128 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
* * *
242 GGTACACATTCACTTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAAGTT-AACCTTAAAATCAA
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAA-TTGAA-CTTAAAATCAA
* *
306 TTTTGGGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATAGGTGACTATAAAT
64 TTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAAT
* * * **
371 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGA
128 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
* * * ** *
415 TGTAGACATTCAATTATAATATGTTTGGACCAAAAATGTAAAAAACAATTGAACTAAAAATCAAT
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAAT
* *
480 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAACTG
65 TTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
545 AAGTTTT-TTACCCAATGAATG-CTTCTTTTTTCATGTTTCTTAA
129 GACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATATTTCTCAA
* * * *
588 GGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
652 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAG
66 TTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * **
717 ACTTTTCTTGCTAATGTATCCCTTTTTCTTCATATTTTTTGA
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
*
759 GGTAGACATTCAATTATTACCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAA
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGT-AAAA-AAAATTGAACTTAAAATCAA
** * * * *
824 TTTTCTGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGGCT-TTAAT
64 TTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGGGTGACTATAAAT
* * * *
887 GGAGTTTTCTTAGCC-ATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCT-AGA
128 GGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCA-A
* ** * * *
931 GGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTTTCCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAAT
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* * * ********* *
996 TTTGGGATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATA
65 TTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-AATGGGTGACTATAAATG
* * *
1061 GACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAA
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
* * * * *
1104 GGTAGGCATTCAATTA-TAGCTTGTTTTCACCAAAAATCTAAACAAAATTGAACTTAAAATTAAT
1 GGTAGACATTCAATTATTATC-TGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* * * *
1168 TCTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACT-TTAATG
65 TTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
1232 GACTTTTCTTGCCCATGAATGCATTTTTCCTCAGATTTCTCAA
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
* * * * * * *
1275 GGTGGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* *
1339 ATGAGATTA
66 TTGGGATTA
1348 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 162, Indels: 55
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.03
171 275 0.30
172 192 0.21
173 377 0.41
174 45 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
TTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAA
Found at i:708 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 71--1347 Score: 1392
Period size: 344 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
61 GGACTTTTCG
* ** * ** *
71 GGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTT-AGCTAAAAATGT-AAAAAAATTTCACTTAAAATTAAT
1 GGTAGACATTCAATTATAAT-TGTTTTCA-CCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* * * *
134 TAT-AGGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGA-AAGGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAA
64 TTTGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AA
* * * * * ** * * *
197 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTCAAGGTACACATTCACTTATAAT
126 TGGACTTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTAT
* * * * *
262 CTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAAGTT-AACCTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAAACAT
191 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TTCAACC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
326 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
254 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAA
* * *
391 TGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGA
318 TCCCTTTTTCTTCATATTTCTTGA
* ** *
415 TGTAGACATTCAATTATAATATGTTTGGACCAAAAATGTAAAAAACAATTGAACTAAAAATCAAT
1 GGTAGACATTCAATTATAAT-TGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAAT
480 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAACT
64 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAA-T
* * ** *
544 GAAGTTTT-TTACCCAATGAATGC-TTCTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA
127 GGACTTTTCTTACCC-ATGAATGCATT-TTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA
* *
607 TCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
190 TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
671 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGTAT
255 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATGAAT
*
736 CCCTTTTTCTTCATATTTTTTGA
319 CCCTTTTTCTTCATATTTCTTGA
**
759 GGTAGACATTCAATTATTACCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAA
1 GGTAGACATTCAATTA-TAATTGTTTTCACCAAAAATGT-AAAA-AAAATTGAACTTAAAATCAA
** * * * *
824 TTTTCTGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGGCTTTAATG
63 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATG
* * *
888 GAGTTTTCTTAGCCATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATTATC
128 GACTTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATTATC
** * * * * * *
952 TGTTTTTTTCCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTTTGGGATTGTAAAACAATTT
192 TG-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
**********
1017 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATC
256 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATC
* * **
1082 CCTTTTTTTTCATGTTTCTCAA
320 CCTTTTTCTTCATATTTCTTGA
* * * * *
1104 GGTAGGCATTCAATTATAGCTTGTTTTCACCAAAAATCTAAACAAAATTGAACTTAAAATTAATT
1 GGTAGACATTCAATTATA-ATTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * * * *
1169 CTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTTTAATGGA
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATGGA
* * *
1234 CTTTTCTTGCCCATGAATGCATTTTTCCTCA-GATTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATTGTCTG
130 CTTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * *
1298 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTA
194 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1348 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 112, Indels: 52
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
342 31 0.04
343 107 0.13
344 316 0.40
345 209 0.26
346 129 0.16
347 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GGTAGACATTCAATTATAATTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATGGAC
TTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTT
TTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGAATCCCTTTT
TCTTCATATTTCTTGA
Found at i:1179 original size:517 final size:515
Alignment explanation
Indices: 71--1338 Score: 1458
Period size: 517 Copynumber: 2.5 Consensus size: 515
61 GGACTTTTCG
* * *
71 GGTAAACATTCAATTATTG-TCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTTC-ACTTAAAATTAAT
1 GGTAGACATTCAATTATAGCT-TGTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAAT
* * * *
134 TATAGGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGA-AAGGCTTCTAAAGGAA-TGAGTGACTATAAA
63 TATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAA
* * * *
197 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTCAAGGTACACATTCACTTATAAT
126 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTAT
* *
262 CTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAAGTTAACCTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAAACATT
191 CTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAAATTAA-CTTAAAATCAATTTTCGGATTATAAAAACATT
*
327 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
255 TAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * *
392 GCCTTTTCCTTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTGGACCAAAAATGTAAA
320 GCCTTTTCCTTCACATTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTGGACCAAAAATATAAA
* *
457 AAACAATTGAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
385 AAACAATTCAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
522 GAAAGAATGGGTGACTATAACTGAAGTTTTTTACCCAATGAATGCTTCTTTTTTCATGTTTCTTA
450 GAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCCAATGAATCCTTCTTTTTTCATGTTTCTCA
587 A
515 A
* * * *
588 GGTAGACATTCAATTATTATCTAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
1 GGTAGACATTCAATTA-TAGCT-TGTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * *
652 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAG
64 ATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGG
* * * * * ** *
717 ACTTTTCTTGCTAATGTATCCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTACCTG
129 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* *
782 TTTTCACCAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTCTGATTATAAAACCATTT-
194 TTTTCACCAAAAATGTAAAAA-AAAATT-AACTTAAAATCAATTTTCGGATTATAAAAACATTTA
* * * * *
846 AAGTGAGCAATAAGGCTTTT-AAAGGAATTGGTGGCT-TTAATGGAGTTTTCTTAG-CCATGAAT
257 AAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGAAT
* ** * * ***
908 GCATTTTTCC-TCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTTTCCAAAAATATA
320 GC-CTTTTCCTTCACATTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATG-TTTGGACCAAAAATATA
* *
972 AAAAA-AATTCAACTTAAAAA-CAATTTTGGGATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
383 AAAAACAATTCAAC-TAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
********* *
1035 TTTG-AAGNNNNNNNNNNCTATAAAT-AGACTTTTCTT-GCCAATGAATCCCTT-TTTTTTCATG
447 TTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TTACCCAATGAAT-CCTTCTTTTTTCATG
1096 TTTCTCAA
508 TTTCTCAA
* * *
1104 GGTAGGCATTCAATTATAGCTTGTTTTCACCAAAAATCTAAACAAAATTGAACTTAAAATTAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAGCTTGTTTT-ACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * * *
1169 CTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACT-TTAATGG
64 ATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
1233 ACTTTTCTTGCCCATGAATGCATTTTTCCTCAGATTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATTGTCTG
129 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * *
1298 TTTT-AACAAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATT
194 TTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATT
1339 ATGAGATTAN
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 99, Indels: 42
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 20 0.03
514 6 0.01
515 18 0.03
516 237 0.37
517 306 0.48
518 42 0.07
519 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (515 bp):
GGTAGACATTCAATTATAGCTTGTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
GGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTT
TTCACCAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTCGGATTATAAAAACATTTAAAGT
GAGCAATAAGGCTTTTCAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
TCCTTCACATTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTGGACCAAAAATATAAAAAACAA
TTCAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCCAATGAATCCTTCTTTTTTCATGTTTCTCAA
Found at i:4663 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4356--5925 Score: 1473
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
4346 NNNAAAAATC
* * **
4356 AACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * *
4421 AGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTATTCTTCACGTTTCTCAAGCTAAACA
66 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
4486 TTCAATTACAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTG
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTG
* * * * * * *
4527 AACCTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCCTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * *
4592 AAAGACAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACA
66 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
4657 TTCAATTATAGTCCGTTTTAACAAAAAAAATGTAAAAAAATTC
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAAC--CAAAAATGTAAAAAAATTG
*
4700 AACTTAAAATCAATTAT--G-TTATAAAACTATTTAAAGT--G----AAGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * ** *
4756 TGTGACTATAAAT-GAATTTTTCTCACCGATGAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCT-AGAGATAGA
66 GGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGA
* *
4819 CATTCAATTATAATATGTTTTGACC-AAAATGTAAAAAAAAATTG
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTG
* *
4863 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * ** * *
4928 AGTGACTAT-AATGGCCTTTTTTTACCAATAAATGCATTTTTCTTC-CTGTTTCTTGAGGTAAAA
66 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGTAGAC
* ** * *
4991 ATTTAATTATTTTCTATCTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTG
130 ATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTG
* ** *
5033 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTGAGGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * ** * * ** *
5098 GGCGACTATAAATAGAGTTTT-TTATTAATTAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCA
66 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
** * * **
5162 TTCAATTATCGTCTGTTTTCACCAAAAATCTAAAAAAAATAA
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTG
* * * *
5204 AACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-T
* * * * * * * *
5269 GGTA-ACT-TTAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCTTTTTTTTCTCACATTTCTCGAGGTAGA
65 GGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGA
** **
5332 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATAG-AAAAAAATCT-
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAT-TG
* * * *
5375 AACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * * * * * * *
5440 GGTCACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAGTGTTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAAGTAGACA
66 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
5505 TTCCATTATAATCTGTTTTGATCAAGAATAT-TAAAAAAA--A
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AA-ATGTAAAAAAATTG
* * * *
5545 AATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
1 AA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * **
5610 AGAAGACTATAAATGGA-GTTTCTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCACAATTCTCAAGGTAGA
65 GGGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
5674 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTG
** * *
5717 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGCAATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
* * * * * ** *
5782 GGCA-ACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAAGGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGACGTAGA
65 GGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
5845 TATTCAATTATAATCTATTTTGACCAAAAAAGTTAAAAAAATTG
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTG
* *
5889 AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
5926 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 214, Indels: 87
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.01
163 27 0.02
164 83 0.07
165 1 0.00
166 17 0.01
168 2 0.00
169 5 0.00
170 176 0.15
171 617 0.54
172 173 0.15
173 33 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTG
Found at i:5421 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 341
4339 NNNNNNNNNN
* * * **
4349 AAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * **
4413 AAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTATTCTTCACGTTTCTCAA
66 AAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
4478 GCTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAATAATGT-AAAAAAATTGAACCTAAAATCAATT
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
4542 TTGAGAATATAAAACCCTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAAAGACAATAAATAG
195 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGAC-TTAAATGG
* *
4607 ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCCG
259 ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTCCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
4672 TTTTAACAAAAAAAATGTAA
324 TTTTAAC--AAAAAATGTAA
* *
4692 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT--G-TTATAAAACTATTT-AA---AGT--GAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** *
4748 AAGGAATGTGTGACTATAAAT-GAATTTTTCTCACCGATGAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTAG
66 AAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTT-T-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* *
4812 AGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTGACC-AAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* *
4876 TTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGAC-TATAA
193 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGA-AGACTTA-AA
* * * * ** ** * * * **
4939 TGGCCTTTTTTTACCAATAAATGCATTTTTCTTCC-TGTTTCTTGAGGTAAAAATTTAATTATTT
256 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC-TCCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
*
5003 TCTATCTTT-ACAAAAAATGTAA
320 TCTGT-TTTAACAAAAAATGTAA
* * * **
5025 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * **
5090 AGGGAATGGGCGACTATAAATAGAGTTTTTTATTAATTAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
66 AAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* ** * * **
5155 GTAGGCATTCAATTATCGTCTGTTTTCACCAAAAATCTAAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTT
131 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
* * * * * *
5220 TAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTA-ACTTTAATGGA
196 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TAGAAGACTTAAATGGA
* * * * *
5284 CTTTTCTTGCCCATGAATGCTTTTTTTTCTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG
260 CTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTC-CACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
*
5349 TTTTAATAAAAAATAG-AA
324 TTTTAACAAAAAAT-GTAA
*
5367 AAAAA-TCTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * *
5431 AAAGAAATGGGTC-ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAGTGTTTTTTTCTTTATGTTTCTT
65 GAAGGAATGGG-CGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * *
5495 AAAGTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTGATCAAGAATAT-TAAAAAAAA---AATCTTAAAAT
128 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAA-AA-ATGTAAAAAAAATTGAA-CTTAAAAT
* * *
5556 CAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGACTATA
190 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACT-TA
* * *
5621 AATGGA-GTTTCTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCACAATTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
254 AATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGCTTTTTTCTCCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
*
5685 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
318 AGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
* *
5709 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
5774 AAGCAATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAGGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
66 AAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
5839 CGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTGACCAAAAAAGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATT
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
5904 TTGAGATTATAAAACCATTTAA
195 TTGAGATTATAAAACCATTTAA
5926 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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345 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTTAAATGGAC
TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTCCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
TTAACAAAAAATGTAA
Found at i:5493 original size:513 final size:510
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 510
4346 NNNAAAAATC
* * **
4356 AACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * *
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66 AGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * * *
4486 TTCAATTACAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGAATA
130 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
4551 TAAAACCCTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAAAGACAATAAATAGACTTTTCTT
195 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATAGAGTTTT-TT
* *
4616 ACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACAA
259 ACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT--CAC
* *
4681 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA--TTATG-TTATAAAACTATTT-AA-AGT-G-A
322 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGTAGTA
* * * *
4739 AGGCTTTTGAAGGAA-TGTGTGACTATAAATGAATTTTTCTCA-CCGATGAATGCCTTTTTCTTC
387 AGGCTTTTGAAGGAATTG-GTAACTATAAATGGACTTTTCT-AGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * **
4802 GTGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTGACCAAAATGTAAAAAAAAATTG
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* *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
4928 AGTGACTATAATGGCCTTTTTTTACCAATAAATGCATTTTTCTTCCTGTTTCTTGAGGTAAAAAT
66 AGTGACTATAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
* ** * *
4993 TTAATTATTTTCTATCTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
131 TCAATTATAATCTGT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * ** * * **
5057 TAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTGAGGGAATGGGCGACTATAAATAGAGTTTTTTA
195 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATAGAGTTTTTTA
** * * * ** * * *
5122 TTAATTAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATCGTCTGTTTTCACCAA
260 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTCACAAA
* **
5187 AAATCTAAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAGTA
325 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAGTA
* * * * *
5252 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACT-TTAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCTTTTTTTTCTCA
387 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCA
* * ** ** *
5316 CATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTT-AATAAAAAATAGAAAAAAATCT-
451 CGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATAAAAAAAAAT-TG
* * * *
5375 AACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * ** * * *
5440 GGTCACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAGTGTTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAAGTAGACA
66 AGTGACTATA-ATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * *
5505 TTCCATTATAATCTGTTTTGATCAAGAATAT-TAAAAAAA--AAATCTTAAAATCAATTTTGAGA
130 TTCAATTATAATCTGTTTT-AACAA-AAAATGTAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
5567 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGACTATAAATGGAGTTTC
192 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATAGAGTTT-
* * * *
5632 TTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCACAATTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
256 TTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTCA
* * *
5697 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
321 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTT-AAA-GAGTA
* * * * * * *
5762 ATAAAGCTTTTGAAGCAATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAGGCCTTTTTCTT
384 GTAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * *
5827 CACGTTTCTTGACGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTGACCAAAAAAGT-TAAAAAAATTG
449 CACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAA-TAAAAAAAAATTG
* *
5889 AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
5926 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 167, Indels: 45
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
503 9 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
AGTGACTATAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATAGAGTTTTTTAC
CAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTCACAAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGTAGTAAGGC
TTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
CTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATAAAAAAAAATTG
Found at i:8073 original size:19 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
8039 ATTTAACTTA
8049 AAAACAATTTTGGGATTGT
1 AAAACAATTTTGGGATTGT
8068 AAAACAATTTTGGGATTGT
1 AAAACAATTTTGGGATTGT
8087 AAAACAATTT
1 AAAACAATTT
8097 AAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 29 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
AAAACAATTTTGGGATTGT
Found at i:8229 original size:190 final size:191
Alignment explanation
Indices: 7876--8249 Score: 441
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7866 NNNNNNAACT
* * *
7876 TAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGAGTG
1 TAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGACTTTAAAGGAATGAGAG
* * * * * * * *
7941 GCTTTAATGGACTTTTCTTAGCTATGAATGCATTTTTGCTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAA
66 ACTTAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCATTTTTGCTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* *
8006 TTATTATCTATTTTGCCCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAAACAATTTTGGGATTG
131 TTATTATCTATTTTGCCCAAAAATCTAAAAAAAATTGAACTTAAAAACAATTTTGGGATTG
* * * * *
8067 TAAAA-CAATTTTGG-GATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGA
1 TAAAATCAA-TTTGGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGACTTTAAAGGAATGAGA
* * * * ** *
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65 GACT-TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCATTTTTGCTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* *
8195 AATTA-TAGTCTGTTTT-CACCAAAAATCTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
129 AATTATTA-TCTATTTTGC-CCAAAAATCTAAAAAAAATTGAACTTAAAAACAATTT
8250 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 27, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
190 50 0.33
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Consensus pattern (191 bp):
TAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGACTTTAAAGGAATGAGAG
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TTATTATCTATTTTGCCCAAAAATCTAAAAAAAATTGAACTTAAAAACAATTTTGGGATTG
Found at i:8604 original size:172 final size:171
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Indices: 8067--8609 Score: 479
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8057 TTTGGGATTG
* * * * *
8067 TAAAA-CAATTTTGGGATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGAG
1 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * *
8131 ACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAATGATTCCCTTTTTGTTTATGTTTC-TCAAG-GCAGGCAT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGACC-ATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAAGTG--GACAT
* * * *
8193 TTAATTATAGTCTGTTTTCACCAAAAATCTAAAAAAAATTGAACT
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAAATTCAACT
********** * * *
8238 TAAAATCAATTTNNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTATGAAGAAATGGGTA
1 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * * *
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* * *
8366 AATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACT
* * * * ** * *
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1 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
8473 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCCATAAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAAGTGGACATTCC
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* *
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*
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8610 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 80, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGACCATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAAGTGGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACT
Found at i:10135 original size:171 final size:171
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9839 NNNNNNNNNN
* ** * * *
9849 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * ** *
9914 ATTAAACTGAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATCTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
66 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* ** * * *
9979 AAT-AGAAGACTATAAATGGATTTTTCTACCCAATGAATGCT
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* * * *
10020 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATCGACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAACA
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* * * * *
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66 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * ****
10150 AATGGGTAACTATAAATAGACCTTTCTTGTTAATCAATCCC
131 AATGAGAAACTATAAATAGACCTTTCTACCCAATCAATCCC
* ** * * *
10191 TTTTTCTTCATATTTCTCTGGCTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
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* *
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66 ATTG-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAG
10299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 47, Indels: 4
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 225 0.98
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
AATGAGAAACTATAAATAGACCTTTCTACCCAATCAATCCC
Found at i:11050 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10759--11071 Score: 387
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10749 NNNNNNNNNN
* *
10759 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAATCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTT
* * ********** *
10824 CTTTCCAATGAATCCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTATAATCTGTTTTCAC
66 CTTGCCAATAAATCCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTCAC
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* * * * *
10930 TTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAGT-AAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
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* *
10993 TCTTGCCAATAAATGCCTATTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTC
65 TCTTGCCAATAAATCCCT-TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTC
11058 ACAAAAAATGTAAA
129 ACAAAAAATGTAAA
11072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 22, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTT
CTTGCCAATAAATCCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTCAC
AAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGGGA
Found at i:12830 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12083--14198 Score: 2367
Period size: 342 Copynumber: 6.2 Consensus size: 340
12073 NNNNNNNNNN
* *
12083 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAGGTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACA
* * * *
12148 TTTTTGGTCTAAACAGATTATAATAGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
64 TTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* *
12212 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
12277 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAATAGA-TAATA
194 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATA
* ** * * * * * * *
12341 ATTGAATGTCCACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAACTCTATTAAAG
258 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-TAGAAAAGTCCATTATAG
* *
12406 TC-ACTCATTCCTTTAAAAG
322 TCTTCT-ATTCCTTCAAAAG
* * * *
12425 TCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC-AAATTCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATT-GATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTA
* * * * * *
12489 CATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT-GAGAAATATGAAGAAAAAGGGATT
62 CATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
** *
12553 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
12618 TGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAACACATACTAT
192 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * ** *
12683 AATTCAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGGTAGAAAATTCCATTTA
257 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAAAGCATTCATT-GGTAGAAAAGTCCA-TTA
*
12748 TAGTCTTCTATTCCTTGAAAAG
319 TAGTCTTCTATTCCTTCAAAAG
* *
12770 TCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * * *
12835 TTTTGGTCAAAATAGATTATCATTGAATATCTA-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACTTTCAT
65 TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
* * * * * *
12899 TGACTAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGT
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* **
12964 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAAT
195 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
13029 TGAATGTCTACCTTGAGAATTGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAGAAACTCCATTTATAGT
260 TGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAGA-AAAGTCCA-TTATAGT
**
13094 CTTCTATTTTTTCAAAAG
323 CTTCTATTCCTTCAAAAG
* *
13112 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTAACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-ACA
* * * * *
13177 TTTTTGATCAAAACAAATTATAA-TGAAATGTCTAT-TTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
64 TTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
13240 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
13305 GTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGACAAAA
193 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * *
13370 ATTGAATGTCTACGTTGAGAAATGTG-AGAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAAA
258 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAA-GCATTCATTGG-TAGAAAAGTCCATTATA
* * * *
13434 GT-TACCCATTCCATCCAAAG
321 GTCT-TCTATTCCTTCAAAAG
* * *
13454 CCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAGA
1 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACA
* * * * * * *
13519 TTTTTGGTGAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TGTCTCGAGAAACATGAACAAAAAAGCATTA
64 TTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
*** * * * * *
13582 ATTAATAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * **
13647 CTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TAAAGATAGAAAAT
193 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-ACAGACTAT
* * * * ** * * * *
13711 AATTAAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGGTAAAAAGAGGCCATTATA
257 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAGAAA-AGTCCATTATA
* ** * *
13776 ATCACCCATTCTTTCAAAAG
321 GTCTTCTATTCCTTCAAAAG
* * **
13796 CCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * * **
13861 AGTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTCTAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCA
65 -TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* ** * * * * * *
13925 TCGGTGAGAAAAATTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
13990 TTTTATAA---CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTTTGTTAAAACGGACTAT
194 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--TTTTTTGTTAAAACAGACTAT
14052 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
257 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGT-AGAAAAGTCCA-TTAT
*
14117 TGTCTTCTATTCCTTCAAAAG
320 AGTCTTCTATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
14138 CCTTATAACTCTCTTTAAAGGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
14199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 242, Indels: 78
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 29 0.02
340 1 0.00
341 89 0.06
342 661 0.44
343 613 0.41
344 28 0.02
345 64 0.04
346 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATT
TTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAGAAAAGTCCATTATAGTCTT
CTATTCCTTCAAAAG
Found at i:12988 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12083--14198 Score: 2111
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 172
12073 NNNNNNNNNN
*
12083 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAGGTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACA
* * * *
12148 TTTTTGGTCT-AAACAGATTATAATAGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GTATTC
65 TTTTTGGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTC
*
12211 ATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
129 ATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
12255 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * ** * *
12320 TTGTT-GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAA-TGCATTCA
66 TT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCA
* * * * * * *
12383 TGGGCAAGAAAACTCTA-TTAAAGTCACTCATTCCTTTAAAAG
130 TTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
12425 TCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC-AAATTCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTG
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-GATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTA
* * * * *
12489 CATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT-GAGAAATATGAAGAAAAAG-GGAT
63 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCAT
* **
12552 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAGCATTCCTTCAAAAG
127 TCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
12598 CCTTATTACTTGCTTTAAATTGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
12663 TTTTTGTTAACACATACTATAATTCAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCAT
* * ** * *
12728 TGGGTAGAAAATTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTGAAAAG
131 TGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
12770 TCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
12835 TTTTGGTCAAAATAGATTATCATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CTTTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCAT
* * * *
12899 TGACTAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTGCTTCAAAAG
131 TGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
12941 CCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * *** *
13006 TTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAATTGTGGAGAAAAA-AGCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCAT
* * ** * **
13070 TGGC-AAAGAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTTTTTCAAAAG
131 TGGCTAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
13112 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTAACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-ACA
* * * ** * *
13177 TTTTTGATCAAAACAAATTATAA-TGAAATGTCTATTTCAAGAAACATAAAGAAAAA-AGCATTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTC
*
13240 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
129 ATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
13284 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAG-TTAGATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACA
** * * * **
13348 TTTGTT-GTTAAAACAGACAAAAATTGAATGTCTACGTTGAGAAATGTG-AGAAAAA-ATGCATT
65 TTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-GCATT
* * * * *
13410 CATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTTACCCATTCCATCCAAAG
128 CATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * *
13454 CCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAGA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACA
* * ** * *
13519 TTTTTGGTGAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCGAGAAACATGAACAAAAA-AGCATTA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTC
** * * *
13582 ATT-AATAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAG
129 ATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
13626 CTTTATTACTCCCTTTAAATGCTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * ** * * * * *
13691 TTTTTG-TAAAGATAGAAAATAATTAAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-TGCATTTA
66 TTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCA
* * * *
13754 TTGG-TAAAAAGAGGCCA-TTATAATCACCCATTCTTTCAAAAG
130 TTGGCTAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * * **
13796 CCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
* * * * * **
13861 AGTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACACAAAGAAAAAG-GCATTCA
66 -TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCA
* * * *
13925 TCGG-TGAGAAAAATTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAG
130 TTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
13968 TCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA---CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-
* * * * **
14030 TTTTTTTGTTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA-AGCATTC
65 -TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTC
* ** *
14094 ATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTTCTATTCCTTCAAAAG
129 ATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
14138 CCTTATAACTCTCTTTAAAGGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
14199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1594, Mismatches: 305, Indels: 89
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 30 0.02
170 340 0.21
171 593 0.37
172 536 0.34
173 90 0.06
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAGCATTCAT
TGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:15291 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 15045--15291 Score: 313
Period size: 135 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
15035 CCCTTCGTTT
* * * *
15045 AAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAAATCTGATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
* *
15110 TCATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACGTTGAGAAACATGAGGAAAAAGCATTC
66 ACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACGTAGAGAAACATGAGGAAAAAGCATTC
15175 TTTC
131 TTTC
* *
15179 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTTCAATTGT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTA-AATCTCAAAATCGATTTTAAG-TTAAATTGT
*** *
15242 TTTAC-TTTATTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTA-GCTAGAGAAA
63 TTTACATTT-TTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACG-TAGAGAAA
15292 TGTGAAGAGA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 12, Indels: 9
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.02
134 34 0.35
135 60 0.62
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (134 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACGTAGAGAAACATGAGGAAAAAGCATTC
TTTC
Found at i:15701 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15170--15815 Score: 655
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
15160 GAGGAAAAAG
* * * *
15170 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * **
15234 TCAATTGTTTT-ACTTTATTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTAGCTAGAGAAATGTGAA
66 TAAATTTTTTTAAATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AA
* *
15298 GAGAAAAAG-ATTCACTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACC
129 -AGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACT-CATTTATAGTCACC
* *
15341 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-T
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * **
15405 TGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTACC-TCAGGAAACGTGTA
66 TAAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAA
* * * * * *
15468 GAAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCGTTTATAGTCTCT
130 GAAAAA-GCATTCA-TTGACAAGAAAACTCATTTATAGTCACC
* * * * *
15510 CATTCCCTT-AAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACG-
1 CATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
15573 CTAAATTTTGTTAAATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAA
65 TTAAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA
* * *
15638 GAAAAATGCATCCATTGACAAGAAAACTCAATCATAGTCACC
130 GAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAACTCATTTATAGTCACC
*
15680 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
15744 TTAATTTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAA
65 TTAAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA
15809 GAAAAAG
130 GAAAAAG
15816 GGANNNNNNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 74, Indels: 27
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 88 0.23
170 156 0.40
171 132 0.34
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
TAAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG
AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCATTTATAGTCACC
Found at i:16848 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16448--16848 Score: 445
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
16438 NNNNNNNNNG
** * * * * * * *
16448 AAAATCAATTTTCTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGC
* * * * * *
16513 TTTTAATGGATTTTTCTTGGCCATGAATGCATTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
65 TATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGCATTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
** * * *
16578 TATTGTTTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
130 TATAATCTATTTTATCCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTA
* *
16619 AAAAT-AATTTTGAGATTGTAAAACAGTTTAAAGTAAGT-GATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
1 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACA-TTTAAAGTGAGTAG-TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* *
16682 ACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
64 -CTATAAATAGACTTTTCTTGGC-AATGAATGC-ATTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
*
16745 CAATTATAATCTATTTTCA-CCAAAAATCTAAAAACAATTGAACTT-
126 CAATTATAATCTATTTT-ATCCAAAAATCTAAAAA-AATTCAACTTA
*
16790 AAAATCAATTTTGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
16849 AGGTAACTTT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 28, Indels: 19
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 47 0.24
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172 56 0.29
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGCT
ATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGCATTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
ATAATCTATTTTATCCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:18278 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17958--19994 Score: 1383
Period size: 172 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
17948 NNNNNNNNNA
* * * * *
17958 CCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAA
* *******
18023 AAAGTTGAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNN
65 AAA-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
************ *
18088 NNNNNNNNNNNNCTATAAATGGA-GTTTCTTTACCAATGAATG
129 AAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATG
* ** * * *
18130 CTTTTTTCTTCACAATTCTTTAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-AAAAATGTAAA
* ********** * *
18195 AAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCTGA
64 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
18260 AAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATAAAGG
129 AAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * * *
18302 CCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTATTTTGATCAAAAATATAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAA
* * * *
18367 CAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT-A
65 -AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * *
18431 AAGGAATAAAAGACTATAAATGGAATTTTC-TATCCAATGAATG
129 AA-GAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATG
* ** * * * **********
18474 -TTTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTGTNNNNNNNNNNTGTAAA
1 CCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACAAAAATGTAAA
* * *
18538 AAAATTGAACTTAAAATC-ATTTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTG
64 AAAATTGAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
18602 AAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATC
128 AAAGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* ** ** * * **
18645 CCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATTAAAAATGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACAAAAATGT---A
* * * *
18710 AAGAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
62 AA-AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
18775 TTGAAGGAATGGGTGACT-TTAATGGACTTTTCTTGCCCATGCATG
125 TTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * * ** * * *
18820 CATTTTTCCTCATGTTCCTCGAATTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAGATATAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA-ATGTAAAA
* * *
18885 AAATT-AACTTAAAATC-ATTTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGA
65 AAATTGAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
18948 AGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA
129 AAGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
18990 CCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAA
*
19055 AAACTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
65 AAA-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
19120 AAGAATAGAAGACTATAAATGGA-GTTTCTTTACCAATGAATG
129 AAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATG
* ** * * *
19162 -TTATTTTCTTCACAATTCTTTAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
1 CCT-TTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAA
* * *********** *
19226 AAGATTCAACTTAAAATCAGNNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGA
64 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
19291 AAGAATGGACGACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAAGG
129 AAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
19333 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA
* * * * *
19398 CAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT-A
65 -AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
19462 AAGGAATAGAAGACTACAAATGGAATTTTC-TATCCAATGAAT-
129 AA-GAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATG
** * ** * * * * * *
19504 TTTTTTTCGTCACGTTTCTCAAGATTGACATTCAAATATAGTCTGTGTTAACGAAAAAAGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA
* * * *
19569 AAATTGAACTTAAAAT-TATTTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGA
65 AAATTGAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *****************
19633 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
************** ** * * **
19675 NNNNNNNNNNNNNATTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATTAAAAATGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACAAAAATGT----
* * *
19740 AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
61 -AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
19805 TTTGAAGGAATGGGTGACT-TTACTGGACTTTTCTTGCCCATGCATG
124 TTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * * * * *
19851 CATTTTTCCTCACGTTCCTCGAAGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAA
* * * *
19916 AAAATT-AACTTAAAATTAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
64 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
*
19980 AGGAATGGATGACTA
129 AAGAATGGATGACTA
19995 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1427, Mismatches: 384, Indels: 109
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 42 0.03
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173 26 0.02
174 12 0.01
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176 109 0.08
177 42 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAA
AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
GAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
Found at i:19330 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17957--19657 Score: 1552
Period size: 343 Copynumber: 5.0 Consensus size: 339
17947 NNNNNNNNNN
* * *
17957 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATGTAAA
1 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAA
* * ****
18022 A-AAAGTTGAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNN
66 ACAAA-TTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTT
************** * **
18086 NNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGAGTTTCTTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAATTCTTT
128 TAAAGAATAGAAGACTATAAATGGAATTT-TTTACCAATGAATG-TTTTTTCTTCACAATTCTCA
* * **
18151 AGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANN
191 AGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
******** * *
18216 NNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCTGAAAAAATG-GATGACTATAAAT
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-TGACTATAAAT
* *
18280 GGACTTTTCTCATCAATAAAG
319 GGACTTTTCTCACCAATGAAG
* * * * * *
18301 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTATTTTGATCAAAAATATAAA
1 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAA
*
18366 ACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTA
66 ACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * **
18431 AAGGAATAAAAGACTATAAATGGAATTTTCTATCCAATGAATGTTTCTTTCTTCACGTTTCTCAA
130 AA-GAATAGAAGACTATAAATGGAATTTTTTA-CCAATGAATGTTT-TTTCTTCACAATTCTCAA
* * ********** *
18496 GATTGACATTCAATTATAGTCTGTGTNNNNNNNNNNTGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTA
192 GATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTA
* * * * *
18561 TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
257 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGA
** *
18626 CTTTTCTTGCCAATGAAT
322 CTTTTCTCACCAATGAAG
* * * * * * *
18644 CCCTTTCTCTTCATATTTC-TCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATTAAAAATGTAA
1 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGT--
* * * * *
18708 AAAAGAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTTAAAGTGAGTAATAAAGC
63 AAAA-CAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA--TTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * ** * * * * * * * **
18773 TTTTGAAGGAATGGGTGACT-TTAATGGACTTTTCTTGCCCATGCATGCATTTTTCCTCA-TGTT
125 TTTT-AAAGAATAGAAGACTATAAATGGAATTTT-TTACCAATGAATG-TTTTTTCTTCACAATT
* * *
18836 CCTCGAA-TTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTAA-CAAAAGATATAAAAAAATT-AACTTAA
187 -CTC-AAGATAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
18897 AATCATTTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACT
248 AATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACT
* *
18962 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
313 ATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAAG
* *
18989 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAA
1 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAA
* *
19054 A-AAACTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
66 ACAAA-TTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* **
19118 GAAAGAATAGAAGACTATAAATGGAGTTTCTTTACCAATGAATGTTATTTTCTTCACAATTCTTT
129 -AAAGAATAGAAGACTATAAATGGAATTT-TTTACCAATGAATGTT-TTTTCTTCACAATTCTCA
* * * * * ***
19183 AGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAGNN
191 AGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTT
******** *
19248 NNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATG-GACGACTATAAATG
256 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-TGACTATAAATG
* *
19312 AACTTTTCTCATCAATGAAG
320 GACTTTTCTCACCAATGAAG
* * * * * * * *
19332 GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAA
1 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAA
* *
19397 ACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTA
66 ACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * **
19462 AAGGAATAGAAGACTACAAATGGAATTTTCTATCCAATGAATTTTTTTTCGTCACGTTTCTCAAG
130 AA-GAATAGAAGACTATAAATGGAATTTTTTA-CCAATGAATGTTTTTTCTTCACAATTCTCAAG
* * * * * * *
19527 ATTGACATTCAAATATAGTCTGTGTTAACGAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTATTTAT
193 ATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
* * * * * *
19592 GAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
258 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
19657 T
323 T
19658 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 234, Indels: 74
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 38 0.03
342 219 0.20
343 373 0.34
344 171 0.16
345 149 0.14
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347 35 0.03
348 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAA
ACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGAATAGAAGACTATAAATGGAATTTTTTACCAATGAATGTTTTTTCTTCACAATTCTCAAGATA
GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTCACCAATGAAG
Found at i:22438 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21918--22884 Score: 598
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
21908 NNNNNNNNNN
* * * * **
21918 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTAAA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
*** * * * * * ** * * *
21983 GAATTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AGAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCTTTCGA
66 GAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *********
22047 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTNNNNNNNNNNAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTT-TATAATCCCAAAAT
* * * * ** * * *
22089 TGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGGCCAAAACAGATTATAAGGGAATGTCTTCTTCA
1 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * * *
22154 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
22219 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCCCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCAAAAT
* * * * * *
22261 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATTGAATATCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
22326 GGAACATGAGGAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCCTTCCAA
66 GAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
22390 AGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTGTAATCTCAAAAT
131 AGCCTTATTACTCACTTT-AAATGACTTTATAATCCCAAAAT
* * * *
22432 TGATTTTAAGTTCAATTCTTTTT-TATATTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTT
1 TGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATAT-TTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * **********
22496 GAGAAATATGAGGAAAAAGGGATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNCCATTCCTTCA
64 GAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCA
* ** * ** *
22561 AAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGCTTTATAATTTCATAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCAAAAT
* * * * * * * * * * *
22604 TGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTGTGGTTAACACAGACTATACA-TGAATGTCGATCTTG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * ** * **
22668 AGAAACGTGA-AAAAAAAGCATTCATTGG-ATAGAAAATTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTNN
65 AGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCA
******** * ** * *
22731 NNNNNNNNATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAATT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCAAAAT
* * * * *
22774 TGATTTTCAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCACA
1 TGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * * ***
22839 AGAAATGTGAAGAAAAAGGCCTTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTA
65 AGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
22885 TAGTNNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 169, Indels: 27
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 112 0.18
171 206 0.34
172 265 0.43
173 29 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
GAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCAAAAT
Found at i:22728 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 21918--22888 Score: 877
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 342
21908 NNNNNNNNNN
* *
21918 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTAAA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTAGA
** * * * *
21983 GAATTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAAGAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCTTTCGA
66 GAAACGTGAAAAAAAAG-CATTCATTGGATAGA-AAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCCA
* ********** *
22047 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * ** * *
22112 ACATTTTTG-GCCAAAACAGATTATAAGGGAATGTCT-TCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTA
194 ATATTTTAGTG--AAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGA
* * * *
22175 TTCATTGGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
257 TTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
22240 ATGGCTTTATAATCCCATAAT
322 ATGGCTTTATAATCCCATAAT
* * * *
22261 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA-TAATAATTGAATATCTACCTCG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATATCTACCTAG
* * * * * * * ** *
22325 AGGAACATGAGGAAAAATGCATTCATGGGCA-AGAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCCTTCC
65 AGAAACGTGA-AAAAAAAGCATTCATTGG-ATAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCC
* *
22388 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTT
* * *
22453 TTTATATTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTT-GAGAAATATGAGGAAAAAGGG
191 TTTATATTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGG
********* * *
22517 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTT
256 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT-TTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
**
22581 AAATGGCTTTATAATTTCATAAT
320 AAATGGCTTTATAATCCCATAAT
* * * * * * * * *
22604 TGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTGTGGTTAACACAGACTATACA-TGAATGTCGATCTTG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATATCTACCTAG
* ****
22668 AGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGATAGAAAATTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTNNNN
65 AGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGATAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCCAA
****** * * * *
22733 NNNNNNATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTCAGTTCAATTTGTTTTA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA
* * ** ** **
22798 TATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCACAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCCTT
195 TA-TTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATT
*
22862 CATT-G-ATGAGAAAAGTCCATTTATAGT
259 CATTAGCA--AGAAAAGTCTATTTATAGT
22889 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 116, Indels: 36
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 12 0.02
342 159 0.32
343 296 0.60
344 26 0.05
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTAGA
GAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGATAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCCAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAT
ATTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
CTTTATAATCCCATAAT
Found at i:23655 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22989--24135 Score: 1238
Period size: 170 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
22979 NNNNNNNNNN
* * * * * *
22989 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAAATTGAACTGAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAA
* * * * * *
23054 AATCAATTTTGAGATTCTAAAACCATCTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAAGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGAC
* * * *
23118 TATAAATGGAATTTTCTATCTAATGAATACTTTTTTCTTCACG
129 TATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * *
23161 TTTCTGAAGATCGACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
*
23226 ATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT-AA---AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * *
23287 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTCTCTTCATA
131 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
** * * * * *
23328 TTTCACAAGTTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTGAACTTAA
* * * * * *
23393 AATCGATTTTCAGATTACAAAACCATTTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * * *
23458 T-TTAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCACG
129 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * * *
23500 TTCCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
* *
23565 ACCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
23629 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
131 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * *
23670 TTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
* * * ** * *
23734 ATTAATTATCAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * *** *
23799 TAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGC-CTTTTCAAAATA
131 TAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
23839 TTTCCCTT-A-GTAGGCAATCAATTATAGTATGTTGT-ACAGAAAAATGTTAAAAAATTAAACTT
1 TTT--CTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
* * * * * **
23901 AAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATAAAAGA
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * * *
23966 TTATAAATGCAATTTTGTTCCGAATGAATGCTTTTTTCTTCATA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
24010 TTTCTTAAGGTAGATAGTCAATTATAGTTTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAA
1 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
* *
24075 ATCAATCATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 143, Indels: 41
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 103 0.13
168 36 0.04
169 110 0.14
170 250 0.31
171 168 0.21
172 114 0.14
173 30 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
Found at i:23779 original size:339 final size:339
Alignment explanation
Indices: 22996--24135 Score: 1233
Period size: 339 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
22986 NNNTTTCTTG
* * * *
22996 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAAATTGAACTGAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
23061 TTTGAGATTCTAAAACCATCTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAAGACTATAAAT
64 TATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAAT
* * * * * * * *
23125 GGAATTTTC-TATCTAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGATCGACATTCAATTATAGT
128 GGACTTTTCTTA-CCAATGAATGC-TTTTTCATCACGTTCCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * *
23189 CTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT-
191 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
23253 AA--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCC
256 AAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* *
23316 TTTCTCTTCATATTTCACA
321 TTTTTCTTCATATTTCTCA
* * * * * * *
23335 AGTTAGACATTCCATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCGAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
23400 TTTCAGATTACAAAACCATTTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-TTAAT
64 TATCAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * *
23464 GGACTTTTCTTACCCATGAATGCATTTTTCCTCACGTTCCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTC
128 GGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCATCACGTTCCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
23529 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAA
192 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
23593 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
257 AG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
*
23658 TTTTTCTTCATGTTTCTCA
321 TTTTTCTTCATATTTCTCA
* * *
23677 AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
23742 TCAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
66 TCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* ** ** * * *
23807 CTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTCAAAATATTTCCCTT-A-GTAGGCAATCAATTATAGTAT
131 CTTTTCTTAC-CAATGAATGCTTTTTCATCA-CGTT-CCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * *
23869 GTTGT-ACAGAAAAATGTTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTAA
193 GTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * *
23933 AGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATAAAAGATTATAAATGCAATTTTGTT-CCGAATGAATGC
257 AG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGC
*
23997 TTTTTTCTTCATATTTCTTA
320 TTTTTTCTTCATATTTCTCA
* * * * * * * * *
24017 AGGTAGATAGTCAATTATAGTTTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATC
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** *
24082 ATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
65 ATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 108, Indels: 32
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 19 0.03
339 266 0.39
340 211 0.31
341 74 0.11
342 105 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCATCACGTTCCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTT
CTTCATATTTCTCA
Done.