Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397271.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_89.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 83639 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 11
Found at i:1034 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6--2101 Score: 1744
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 169
1 AATAT
*
6 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGT-ATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTT
* * * ** * *
69 CGAAGGCTTAAGTGACTACAAATGGGCTCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCT
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-
** * * * * *
134 AAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTCAAATAAAAATGTA
129 AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTT-TAACAAAAATGTA
* * * * * *
176 AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * **
241 GAGGGCATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCTA
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-A
** * * * * * *
305 AGGCATATATTCAATTATAATTTGTTTTAAATAAAAATATA
130 AGATAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAATGTA
* * *
346 AAGAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTT
* * * *
411 -GAAGGCATAAGTGACTATAAATG-A-TGTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCATCATGATTCC
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC
* *
473 CATAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-
128 CA-AGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTA
* * * * * ** *
515 AAAAAATTCAACTGAAATTCAACTATCAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
580 GAAGGCATCG-GTGATTATAAATGGACTTTCCTCT-CTAAT-AGATCGCTTCTGCTTCATGTTTA
66 GAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* * * * * * * *
642 CTAGGACAAACATTCAATTATAAACTAATTTAACTAACAATAT-
127 CCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTA
* * *
685 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAATATGACT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A-A-GGCT
* * * * * * *
750 TTCGAAGGCTTGAATGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAGTGAATGG-TTTTTGTTTCATGTT
63 TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTT
* * * *
813 TCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTGAATCGAAAATGTA
126 TCC-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTA
* ** * * * * *
859 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAATGTTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * **
924 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGCCTTTTGCTGCACATTTCCA
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCA
* *
988 GAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAACAATATA
130 -AGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA-AATGTA
* * * *
1030 AAAAAATTGAACTCAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
1094 CGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTGTTCATGTTTCTT
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC--
** * * * *
1159 C-ATTTAGACATTCAATTATAACCTGTTTCAACAAAAAATGTC
128 CAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTA
* * * * *
1201 AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * * * *
1266 AAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTACACGCTTCCCT
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCA
* * ** * * **
1331 AGGTACACATTCAAAAATTATCTATTTTTACCAAAAATACA
130 AGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACAAAAATGTA
* * * * *
1372 AAAAAAATCAACTAAAAACCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * *
1436 CGAAGGTACGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGATTCCC
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCC
** * * * * *
1501 AAGGCAGACACTCAAATATTATCTATTTTTACCAAATATGTA
129 AAGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACAAAAATGTA
* * * *
1543 AACAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
1608 GAAGGCTTTAGTGACTATAAAT-AGACTTTT-TCTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTTC
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC
** * * *
1671 CAAGGA-AGACATTCAAAAATTATCTGTTTTTACCAAAAATGTA
128 CAA-GATAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACAAAAATGTA
* * * *
1714 AAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGC-ATGTAATACA-GCTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA-AGGCTT
* * * *
1777 TTGAAGGCATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCT
64 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-
* * * * * *
1842 CGAGGA-AAACACTCAAATATTATCTATTTTCATCAAAAATGTA
128 C-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAATGTA
** * *
1885 AAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
1949 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCGTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
2013 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTTATA-AAAAAGGTT
128 CAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACAAAAATGTA
* * *
2055 AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATGAAACCATTTAAA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
2102 CCATTTAAAA
Statistics
Matches: 1571, Mismatches: 292, Indels: 126
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 94 0.06
170 379 0.24
171 909 0.58
172 59 0.04
173 74 0.05
174 51 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAA
GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTA
Found at i:1211 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--7120 Score: 3117
Period size: 342 Copynumber: 20.7 Consensus size: 338
* * *
1 AATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGT-ATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * ** * * *
64 GCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTACAAATGGGCTCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATAT
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
129 TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTCAAATAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAA
131 TT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTC-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
194 TCAATTATGTGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAGGGCATGGGTGACTAT
194 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * ** * * ** * *
259 TAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCATATATTCAATTAT
259 AAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCC-AAGATAGACATTCAATTAT
* * *
323 AATTTGTTTTAAATAAA
323 AATATATTTT-AACAAA
* * * * *
340 AATATAAAGAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * *
405 GCCTTT-GAAGGCATAAGTGACTATAAATG-A-TGTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCATCAT
66 G-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
* * * * * *
467 GATTCCCATAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTGAA
129 GTTTCTCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * *
531 ATTCAACTATCAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATCG-GTGAT
192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGAC
* * * * * * * * * * * *
595 TATAAATGGACTTTCCTCT-CTAATAGATCGCTTCTGCTTCATGTTTACTAGGACAAACATTCAA
256 TATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CCAAGATAGACATTCAA
* *
659 TTATAA-ACTAATTTAACTAAC
319 TTATAATA-TATTTTAAC-AAA
* * *
680 AATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAT
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-
* * * * * * * *
744 ATGACTTTCGAAGGCTTGAATGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAGTGAAT-GGTTTTTGTTT
65 A-G-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTT
* * * * * * *
807 CATGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTGAATCGAAAATGTAAAAAAATTCAATT
126 CATGTTT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
** * * * * *
872 TAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAATGTTTTTGAAGGCATGAGTG
189 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * *
937 ACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGCCTTTTGCTGCACATTTCCAGAGATAGACATTC
254 ACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCA-AGATAGACATTC
1001 AATTATAATATATTTTAACAAA
317 AATTATAATATATTTTAACAAA
* *
1023 CAATATAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 -AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
1087 AAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTGTTCAT
64 AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
** * * * *
1152 GTTTCTTCATTTAGACATTCAATTATAACCTGTTTCAACAAAAAATGTCAAACAATTCAACCTAA
129 GTTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
1217 AATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTAACT
192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * **
1282 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTACACGCTTCCCTAGGTACACATTCAAAA
257 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACG-TTTCCAAGATAGACATTCAATT
* * *
1347 ATTATCTATTTTTACCAAA
321 ATAATATA-TTTTAACAAA
* * * * * * * *
1366 AATACAAAAAAAATCAACTAAAAACCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * * * * * *
1431 GCTTTCGAAGGTACGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGA
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * * *
1496 TTCCCAAGGCAGACACTCAAATATTATCTATTTTTACCAAATATGTAAACAAATTCAACTTAAAA
131 TTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTCAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
1561 CCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGTGACTAT
194 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * *
1626 AAAT-AGACTTTT-TCTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTTCCAAGGA-AGACATTCAAA
259 AAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACG-TTTCCAA-GATAGACATTCAAT
* * * * *
1688 AATTATCTGTTTTTACCAAA
320 TATAATAT-ATTTTAACAAA
* * * * * * *
1708 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGCATGTAATACA
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * *
1773 GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGT
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
1838 TTCTCGAGGAAAACACTCAAATATTATCTATTTTCATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
131 TTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTCAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * *
1903 -CTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATA
194 TC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * *
1967 TAAAT-AGACTTTTCGTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
258 TAAATGA-ACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCAAGATAGACATTCAATT
*
2031 ATAATATATCTTATA-AAA
321 ATAATATATTTTA-ACAAA
** * * * * * **
2049 AAGGTTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATGAAACCATTTAAACCATTTAAAATC
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT--AAT-
* *** * ** * * * * ** *** *
2114 AATTATCTATTTTCA-TCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATGAGAT-TATAA
63 AA--AGCT-TTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAA-TGAACTT-----TTCTTGCCA-ATGAAT-A
** * * ** * * *
2176 AATTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTG--AGTGAA-TATAAATAGACT-TTTCA
116 GCTT-TTT----C---T-TC-ATG-TTTCTCAGG-TAGACATTCAATTAT-AAT---CTGTTTCA
* ** ** *** ** * * *
2237 TGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTTAATA
165 --ACAA-AAAT-G----TA--AAAAAATT--CAACTTA-A-AATCAATTAT--GAGA--TT-ATA
* * * * * ** * *
2302 AAA-AAGGTTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTAT-GAAACCATTTAAAGTGAGCA
211 AAACCA--TT-TAAAG--CGA-GT--AAT--A--A-G-GCTT-TCGAAGGCA--T-GAGTGA-CT
** * * * * * *
2365 AT-AAT--AC-TTTC--GAAAGCATGAATGACTATAAATAAATAT-ATC-TCTCCAATAGATGGC
257 ATAAATGAACTTTTCTTGCCA--ATGGATGGCT-T---TTACT-TCA-CGTTTCC-A-AGATAG-
*
2422 TTTTTCTTCACGTTTTTCAAGTTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
311 ---------AC---ATTCAA--T---TA-T-AA-TAT-AT-T---TTAA-CAAA
* * * * * **
2476 AATATAAAAAAGTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAGTACAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAA
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * * * *
2541 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATACATGAACTTTTCCTACCAATAAAT-GTCTTTTTCTTCATA
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATG
* * *
2605 TTTCTTAAGGTAG--ATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAA
130 TTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAA
* * * * * * *
2667 AATCAATTATCAGATTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACT
192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
2732 ATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTCT-TTTTATGTTTCCTGAA-ACAGACATTCAA
257 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TACTTCACGTTTCC--AAGATAGACATTCAA
* * * *
2795 TTATAATCTGTTTTGATAAA
319 TTATAATATATTTTAACAAA
* * *
2815 AACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGGT-AT
1 AA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-A-GTAAT
* * * * *
2878 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
63 AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA
** * * * ** * *
2943 CATTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTGTTTTGACAAAAGAT-TTAAAAAATTTAACTTA
128 TGTTT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
3007 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTACAAAGGCATGGGTGAC
191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *
3072 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGATG-TTTT-CTTTACGTTTTCAGACACAGACAATCA
256 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATG--GCTTTTACTTCACGTTTCCA-AGATAGACATTCA
* * *
3135 ATTATAATCTGTTTTATCCAAA
318 ATTATAATATATTTTA-ACAAA
* * *
3157 AATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AA
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * ** *
3221 GACTTTCGAAGGAATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATG
66 G-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATG
* * * * *
3286 TCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA
130 TTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
3351 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAGGGCATAAGT-AGCT
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CT
* * * * * * * * *
3415 ATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAGGCT-TACATTCAA
257 ATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCA-A-GATAGACATTC-A
** * * * *
3478 ACAATTATCTTTTTTTACCAAA
318 ATTATAAT-ATATTTTAACAAA
* * * * *
3500 AATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTA-AAGCATGTAATAAGA-C-TTTCGAAAGCATGGG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-AT-T-ATAAAACCATTT--AAAGCA--AG
* ** * * * *** ** *
3562 TGACTATAGATAAACTTTTC-TTGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTTACGTTTC---CCAAGGTGA
59 T-A--AT--A-AAGC-TTTCGAAGGC-ATGAGTGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA--TGA
* * * * * * * ** * ** ** *
3622 ACA-CTCAAATATT-ATC-TGTTT-TTA--TCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAACCAAC
113 ATAGCT----TTTTCTTCATGTTTCTCAGGT-AGACAT-TCAATTATAATC-TGTTTCAA-CAAA
* * * * * * * * * ** * *
3681 TATG-AGATTATAAAA--CCA-TTTAAAGCAAGTAACAGGGCTT-TCGAAGGC--TT-AAGTGAC
170 AATGTA-A--A-AAAATTCAACTTAAAATCAA-TTA-TGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * *
3738 TATAAATAGACTTTTCGTA-CCAATG-GATGGCT-T---T-TACTTCATGTTTCC--T-GA--G-
228 TA-ATA-AGGC-TTTCGAAGGC-ATGAG-TGACTATAAATGAACTT-TTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * **
3790 TTAGACATTCAAC-TAT--AATATA-TC-TT-AA-TA-AA-AAAGGTT-A-AAA
287 TTTTAC-TTC-ACGTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAA
* ** * * ** ** * *
3833 AAT-TCAACTTAAAATT-AA-TT-ATGT-GATTATGAAACCATTTAA--A-GT---G--GGTAAT
1 AATAT-AA--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * ** * *
3885 AATGCTTTTCGAAGGCATGAGTGACTCTAAATGAATTTTTCTCT-CCAATGGCTGGCTTTTCCTT
63 AAAGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTTCTT
** * * * * * * * * *
3949 CACATTTCTTAAGTTCGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAGTTAAAC-
126 CATGTTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * * * *
4013 TAAAATTAATTATGAGAGTACAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
189 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * * * * *
4078 GCTATACATGGACTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATCAAGATAGACATTCA
254 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CCAAGATAGACATTCA
* * *
4143 ATTATAATCTTTTTTAATAAAA
318 ATTATAATATATTTTAA-CAAA
* * * **
4165 AATATAAAAATATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAA
1 AATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * ** * **
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* * * * * *
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130 TTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTCA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
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192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * ** ** *
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257 ATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCC-AAGATAGACATTCAAT
* * *
4487 TATAATCTGTTTTGACAAAA
320 TATAATATATTTTAAC-AAA
* * * *
4507 AATTTTAAAAAATTTC-ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
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** * * * *
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* * *
4699 AAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGTTTTCGAAGGCAT-AGGTGG
191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGA
* * * * * * *
4762 CCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
255 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-CAAGATAGACATTCAA
* *
4827 TTATAATTTTTTTTAAACAAA
319 TTATAATATATTTT-AACAAA
* * *
4848 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * *
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66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-TT-CA
* * * * * * * ***
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128 TGTTTCTCAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTCAA--CAAAAATGT-AAAAA-AAT-TCAA
* * ** ** * ** *
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187 CTTAAAATCAAT-T-ATGAGATT--A--TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * **
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246 CATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCA-AGAT
* * * * * *
5161 AGACACTCAAATATTATCTGTTTTTACCAAA
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* * * * *
5192 AATATAAAAAAATTCAACTTTAAA-CGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCATTAA
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * * * *
5256 AGCTTTCGAAGGCTTGAATAACTATAAAT-AGACTTTT-TGTACCAATGGATGGATTTTGCTTTA
65 AGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * **** * *
5319 CGTTTCTGAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAATTGGCAATGTTAAAAAATTTAACTTAA
128 TGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
5384 AATCAATTATGTGATTATGAAACAATTTAAAACGGGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACT
192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* ** * ** *
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257 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CCAAGATAGACATTCAATT
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* * * *
5533 AATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * * *
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191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * **
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* * * *
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* * ** ** * *
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1 AAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * ** * *** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * *** * * ** * * *
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* *
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* * * * ** *
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1 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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***
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* * * * **
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1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
* * * * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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7121 CAATGAGTAT
Statistics
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* **
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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382 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TG
* * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
1346 AATTATCTATTTTTACCAAAAATACAAAAAAAATCAACTAAAAACCAATTACGAGAATATAAAAC
321 TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
1411 CATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGTACGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTGCCAA
386 CATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
1665 GTTT-TCCAAGGAAGACATTCAAAAATTATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
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* * * *
1729 AAACCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGC-ATGTAATACA-GCTTTTGAAGGCATGAGTG
192 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * *
1792 ACTATATATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTT-ATGTTT-CTCGAGGAAAACACT
255 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTT-TTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATT
* * * *
1855 CAAATATTATCTATTTTCATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTAT
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** * * * * *
1919 AAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCGT
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* * * ** * * *
1983 TGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTTATA-A
444 TGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACA
2047 AA
507 AA
** * * * * * *
2049 AAGGTTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATGAAACCATTTAAA-CCATTTAA-AA
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* * *** * ** * * * * ** * * * *
2112 -TCAATTATCTATTTTCATCA-AAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAACTAAT-TATGAGATTA
65 GGC--TT-TCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGAACTT-TTCTT---GCCAATGAATG-GCTT-
*** *** * * *** ***
2173 TAAAATT-AT-TTAAAGCAAGTA-ACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATAT-AAATAGACTTT
120 T-TTCTTCATGTT-TCTCAGGTAGAC-A----TTC-AA---TT-A-T-AATCTGTTTTA-ACAAA
** **** ** *** * * *
2234 TCATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTA-GACATTCAATTATAATA-TATCT
170 AAATGT-AA---AAAAATTCAACTT-A-AAAT--CAA-TTATGAGATT--A-TA-AA-ACCAT-T
*** * * * * ** * * ** ***
2297 TAATAAAAAAGGTTAAAAAGTTCAACTT-AAAATCAATTATGTGATTATGAAA-CCA-TTTAAAG
220 T-A-AAGCGA-G-TAATAAG-GC--TTTCGAAGGC-ATGA-GTGACTAT-AAATGGACTTT-TCT
** * ***** * ** ** * * ** * *
2359 TGAGCAAT-AATACTTTCGAAAGCATGAATGACTATAAATAAATATATCTCTCCAATAGATGGCT
274 TG-CTAATGAATGCTTT-TTTTTCATG-TTTCCTA-AGGTAGACAT-TCAAT--TATA-AT--AT
** **** * * * * * * *
2423 -TTTTCTTCACGTTTTTCAAGTTAGATATTCAA-TTATAATAT-ATTTTAATCAAAAATATAAAA
329 ATTTTAATCAAAAATGT-AA---AAAAATTCAACTTA-AA-ATCA-ATT-AT-GAGATTATAAAA
* * * * * ** * ** ** *
2485 -AAGTTAAA-CTTAAAATCAATTATGAGAGTAC-AAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAA-G--C-
385 CCATTTAAAGC---GAGT-AA-TAAG-GCTTTCGAAGGC-A--T-GGGTGACT-ATAAATGAACT
** * * * * * ** * * * * * ***
2543 TTTCGAAGGC-TTGAGTGGC-TATACATGAACTTTTCCTACCAATAAATGTCTTTTTCTTCATAT
439 TTTC-TTGCCAATGAAT-GCTTTTTC-TTCA-TGTT--T-CCAAGACA-GACATTCAATT-ATA-
* **
2606 TTCT-TAAGGTAGATTCAATTA
494 ATCTGT--TTTA-A--CAA--A
* * * * *
2627 TAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AA--AAAAATTCAATCTAAAATCA-ATTAT--CA-GATTAT
1 -AA-----TATAA--AAAAAT-TCAACTTAAAA-TCAAT-T---ATGAGATTATAAAACCATT-T
* * * * ** *** * * * ***
2685 AAAACTATTGA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-G-CATGGGTAACTAT-AAATGAACTTTT
51 AAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGC--ATG-AGTGAC-T--ATAA--ATGAACTTTTC-TT-
* * * *** *
2746 TTTGCTAATGAATGGCTTTCTT-TTTATGTTTCCTGAAACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTG
105 ---GCCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * *
2810 ATAAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGG
165 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-G
* * * *
2875 T-ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
229 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTT
** * * * * * * * *
2939 TTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAACTATAATCTGTTTTGA-CAAAAGAT-TTAAAAAATTTA
293 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
3002 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTACAAAGGCATGG
357 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * *
3067 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGATGTTTTCTTTACGTTTTCAGACACAGACAA
422 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTCTTCATGTTTCCA-AGACAGACAT
*
3132 TCAATTATAATCTGTTTTATCCAAA
485 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAA
* *
3157 AATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** * *
3222 ACTTTCGAAGGAATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * *
3287 CTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAA
131 TTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
3352 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAGGGCATAAGT-AGCTA
195 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTA
*
3416 TAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTCTTTACA--TTT-CTAGAGGCT-TACATTC
259 TAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTT-TTT-CATGTTTCCTA-AGG-TAGACATTC
** * * * * * * *
3476 AAACAATTATCTTTTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATC---------ATT-T-
318 -AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
3530 AAAGCA--T-------GTAATAAGACTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAGATAAACTTTTCTTGT
382 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * ** * * * *
3586 CAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAAG-GTGAACACTCAAATATTATCTGTTTTTATCAA
447 CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGACAG-ACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACAA
3650 A
508 A
* * * * * *
3651 AATATAAAAAAAAATCAACTTAAAACCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAG
1 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
3716 GGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTACTTCAT
65 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * *
3780 GTTTCCTGAGTTAGACATTCAACTATAATATATCTTAATAAAAAAGGTTAAAAAATTCAACTTAA
129 GTTT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
3845 AATTAATTATGTGATTATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTTCGAAGGCATGAGTGAC
193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * ** ** ** * * *
3910 TCTAAATGAATTTTTCTCT-CCAATGGCTGGCTTTTCCTTCACATTTCTTAAGTTCGACATTCAA
257 TATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
3974 TTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAGTTAAAC-TAAAATTAATTATGAGAGTACAAAA
320 TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
4038 CAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATACATGGACTTTTCGTACCAA
385 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
* * * *
4103 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATCAAGATAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAA
450 TGAATG-CTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAA
* * * *
4165 AATATAAAAATATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAA
1 AATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * ** **
4229 CGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCGCG
65 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
4294 TTTCATGAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAA
130 TTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
4359 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATCTAAAGAGAATGATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTA
194 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * *
4424 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTGGTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAGTA
259 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTT-TTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
4489 TAATCTGTTTTGA-CAAAAAATTTTAAAAAATTTC-ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
323 TAATATATTTTAATC-AAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
4552 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
386 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
* * *
4617 GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAGACACAGACAATCAATTATAATCTGTTTTATCAAAA
451 GAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCCA-AGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA
* * *
4678 AATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
4742 GTTTTCGAAGGCAT-AGGTGGCCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
66 GCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * *
4806 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
130 TTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4870 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT-AGC
193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-C
* * *
4934 TATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATAAATAGCTTTTTCTTTACA--TTTACTAAGG-CGTACATT
257 TATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTT-TTT-CATGTTTCCTAAGGTAG-ACATT
** *** ** * ****** * ** * ** *
4995 CAAAAATCCCAAGGCA-TAGATTCAAAAAT-TATCTGTTTTTAACAGAAATATAAAAAAATTCA-
317 CAATTAT---AATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-AT-CAATTA-TGAG
* ** * * *
5057 ACT-TAAAACCATTTAAAGCTTGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAGATGAACTTT
376 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * *
5121 TCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTTATGTTTCCAGAGGCAGACACTCAAATATTATCTGTTTTT
441 TCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCA-AGACAGACATTCAATTATAATCTG-TTTT
*
5186 ACCAAA
503 AACAAA
* * * *
5192 AATATAAAAAAATTCAACTTTAAA-CGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCATTAA
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * *
5256 AGCTTTCGAAGGCTTGAATAACTATAAAT-AGACTTTT-TGTACCAATGGATGGATTTTGCTTTA
65 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * ***** * *
5319 CGTTTCTGAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAATTGGCAATGTTAAAAAATTTAACTTAA
128 TGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
5384 AATCAATTATGTGATTATGAAACAATTTAAAACGGGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACT
193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
** ** * * ** * * *
5449 ATAAATTAACTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTTAATT
258 ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
*
5514 ATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
322 ATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
5578 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGCAAAGGCATGAGTAAATATAAATGAACTTTTCTCT-CCAAT
387 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAAT
** * * * *
5642 GGTTGGCTTTTACTTCATGTTTCCGAAGGCAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
451 GAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA
* * * * ** * **
5703 AATGTAAAAAAAAGTCAACCTAAAATTAATTATTTGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAA
1 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * *
5768 GGATTTCAAATGCATGGGTGACTATTAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGACTGGC-TTTTCTTTAA
65 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * ** * ** * *
5831 GTTAC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTACTGTAAGTAAAAATGAAAAAAAATTCTACTTAA
129 GTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** ** * * * *
5895 AGTCACCTATGAGATTATAAAATTATTTAGAGCGAGTAATAATGCGTTCAAAGGCATCG-GTGAC
193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGAC
* * * ** * *
5959 TATAAACGGGCTTTTGTCAAC-AATGAATAGCTTTTTTTTTACAT-TTTTC-AAGGTAAACATTC
257 TATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAAT-GC-TTTTTTTT-CATGTTTCCTAAGGTAGACATTC
* * * * *
6021 AATTATAATATGTTTTAA-CTAAAAAAGTTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATCAGATTATA
318 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
6085 AAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTAC
382 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* *
6150 CAATGAATCGCTTTTTCTTCATGTTTTCCCAAGGA-AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
447 CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATG-TTT-CCAA-GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
6214 AA
507 AA
* * * *
6216 AATATAAAAAAATT-AACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * * **
6280 GCCTTCGAATGCATGGGTTACTCTAAATAAACATTTCTTGCTAATGCATATCTTTTTCTTCATGT
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-
* * ** *
6345 TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
130 TTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
6410 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAACGCGTTCAAAGGCATGGGTGACTAT
195 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * * * *
6475 AAATGGGCTTTT-GT-CATCAGTGAATAACTTTTTATTCACGTTT-CTCGAGGTAAACATTCAAT
260 AAATGGACTTTTCTTGC-T-AATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
6537 TATAATAT-GTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTCAAATTAATTATCAGATTATAAA
321 TATAATATATTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
6600 ACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
384 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * *
6665 ATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACTAAGA
449 ATGAATG-CTTTTTCTTCATG-TTTCC-AAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AA-A
* * * * * *
6730 AATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAG
1 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * *
6795 GCCTTCGAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGCATGGCTTTCTCTTCATAT
66 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * *
6860 TTCCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAA
131 TT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * ** * * * *
6923 TCAATTATGAGATTATAAACCCGTTTGAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCTTGGGTGACAAT
195 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
** * * * * * ** *
6988 AAATAAACTTTTCTTG-TAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAG-TTCCCATGGCAGGTATTTAATT
260 AAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTTTTCA-TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
7051 ATAATTTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATAATAAAAC
322 ATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
7115 TATTTA
386 CATTTA
7121 CAATGAGTAT
Statistics
Matches: 5008, Mismatches: 1240, Indels: 722
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
493 1 0.00
494 92 0.02
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528 2 0.00
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546 11 0.00
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564 10 0.00
565 14 0.00
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571 5 0.00
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583 1 0.00
584 9 0.00
585 10 0.00
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590 5 0.00
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592 14 0.00
593 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (508 bp):
AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
TTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAA
TATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
CTTTTTCTTCATGTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
Found at i:3420 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2118--3452 Score: 1302
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
2108 AAAATCAATT
* * **
2118 ATCTATTTTCATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATTAT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * * * *
2182 TTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGA
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* *
2247 TGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATA
129 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * * * * *
2289 ATATATCTTAATAAAAAAGGTTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATGAAACCATT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * * * * *
2354 TAAAGTGAGCAATAATACTTTCGAAAGCATGAATGACTATAAAT-AAATATATCTCT-CCAAT-A
66 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-CTATAAATGGACT-TTTCT-TGCCAATGA
* * * *
2416 GATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGTTAGATATTCAATTATA
128 -ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * * * *
2460 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAGTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAGTACAAAACGATT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
2525 TAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATACATGAACTTTTCCTACCAATAAAT
66 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
2590 GTCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAG--ATTCAATTATA
130 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
2629 ATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTAT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
2693 TGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAA
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * **
2758 TGGCTTTCTT-TTTATGTTTCCTGAA-ACAGACATTCAATTATA
129 TGGCTTT-TTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
2800 ATCTGTTTTGAT-AAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTAT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
2864 TTAAAGAGAGGT-ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
65 TTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * *
2928 ATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CTGAGGCAGACATTCAACTATA
128 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
2971 ATCTGTTTTGA-CAAAAGAT-TTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 ATCTGTTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
3034 TTAAAGTGAGTAATAAAGCCTACAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCA
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *** *
3099 T-GATGTTTTCTTTACGTTT-TCAGACACAGACAATCAATTATA
129 TGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATA
*
3141 ATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 ATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
3205 TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* *
3270 TAGCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
129 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
3312 ATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
3377 TAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAGGGCATAAGTAGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAA
66 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAA
*
3441 TAGCTTTTTCTT
129 TGGCTTTTTCTT
3453 TACATTTCTA
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 161, Indels: 68
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Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
Found at i:4262 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3519--7120 Score: 2576
Period size: 171 Copynumber: 21.1 Consensus size: 169
3509 AAAATCAACT
* * * * * **
3519 TAAAATCATTTAAAGC-ATGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAGATAAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * * *
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65 TACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
3646 TCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAACCAACTATGAGATTA
127 T-AAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
3691 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAGGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** * * * *
3756 ACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGTTAGACATTCAACTATAATATATCTTAATAA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* *
3821 AAAAGGT-TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGATTA
130 AAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
3862 TGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTTCGAAGGCATGAGTGACTCTAAATGAATTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * * * *
3927 CT-CCAATGGCTGGCTTTTCCTTCACATTTCTTAAGTTC-GACATTCAATTATAATATATTTTAA
65 -TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAG-GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
3990 TCAAAAATATAAAAAAGTTAAAC-TAAAATTAATTATGAGAGTA
127 TAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
4033 CAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATACATGGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** *
4098 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATCAAGATAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
4163 AAAATATAAAAATATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAATATAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
4204 TAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * ** * *
4269 TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCGCG-TTTCATGAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCA--AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
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129 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
4375 TAAAATCATCTAAAGAGAATGATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
4440 GCTAATGAATG-GTTTTTGGTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTGACA
66 ACCAATGAATGACTTTTT-CTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* *
4504 AAAAATTTTAAAAAATTTC-ACTTGAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAAA-TATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
4546 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
4611 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAGACACAGACAATCAATTATAATCTGTTTT-ATCA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
* *
4675 AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
129 AAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4717 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGTTTTCGAAGGCAT-AGGTGGCCATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * *
4780 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-A
65 TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
*
4844 CAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
129 -AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
4887 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT-AGCTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * * ***
4951 TGTCAATAAAT-AGCTTTTTCTTTACATTTACTAAGGC-GTACATTCAA--A-AATCCCAAGGCA
65 TACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAG-ACATTCAATTATAAT--C-TGTTT
* ***** * ** * ** * *
5011 TAGATTCAAAAAT-TATCTGTTTTTAACAGAAATATAAAAAAATTCA-ACT-
124 TA-A-TAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAA-AT-CAATTA-TGAGATTA
** * * *
5060 TAAAACCATTTAAAGCTTGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG-GATGACTATAGATGAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * *
5124 TGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTTATGTTTCCAGAGGCAGACACTCAAATATTATCTGTTTTTAC
65 TACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* *
5188 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAA-CGAATTATGAGATTA
128 AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTA
* * * * * * * *
5231 TAAAACTATTTAAAGCGAGCATTAAAGCTTTCGAAGGCTTGAATAACTATAAATAGACTTTT-TG
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
* * * * * * * * * *
5295 TACCAATGGATGGA-TTTTGCTTTACG-TTTCTGAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAAT
65 TACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
**** * * *
5358 TGGCAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTA
128 AAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * ** *
5401 TGAAACAATTTAAAACGGGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATTAACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
5466 ACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* *
5531 AAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
5571 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGCAAAGGCATGAGTAAATATAAATGAACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
** * * * * *
5636 T-CCAATGGTTGGCTTTTACTTCATGTTTCCGAAGGCAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACT
65 TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* * * * * **
5700 AAAAATGTAAAAAAAAGTCAACCTAAAATTAATTATTTGATTA
128 AAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * *
5743 TAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCAAATGCATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * ** ** *
5808 GTCAATGACTGGC-TTTTCTTTAAGTTACCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTACTGTAAGT-A
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAA
* * * **
5871 AAAATGAAAAAAAATTCTACTTAAAGTCACCTATGAGATTA
130 AAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * * * *
5912 TAAAATTATTTAGAGCGAGTAATAATGCGTTCAAAGGCATCG-GTGACTATAAACGGGCTTTTGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
5976 CAACAATGAAT-AGCTTTTTTTTTACAT-TTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
65 TACCAATGAATGA-C-TTTTTCTT-CATGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
6039 CTAAAAAAGT-TAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATCAGATTA
127 -TAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
6083 TAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
6148 ACCAATGAATCG-CTTTTTCTTCATGTTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
66 ACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTT--CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
6212 CAAAAATATAAAAAAATT-AACCTAAAATAAATTATGAGATTA
128 AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * ** *
6254 TAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAGGCCTTCGAATGCATGGGTTACTCTAAATAAACATTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** **
6319 GCTAATGCAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTACTTTAACC
66 ACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
*
6383 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
6425 TAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAACGCGTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * *
6490 ATCAGTGAATAACTTTTTATTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTAAACTA
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TA
* * * * *
6555 AAAATGTAAAAAAAATT-AACTTCAAATTAATTATCAGATTA
129 AAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
6596 TAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
6661 ACTAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACT
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTT-C-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* * * * *
6726 AAGAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTA
128 AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
6769 TAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
6834 ACCAATGCATGGCTTTCTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCCGTTTTAACT-
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TA
*
6898 AAAAATGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * * **
6938 TAAACCCGTTTGAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
*** * * ** * ** * * *
7003 GTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCCATGGCAGGTATTTAATTATAATTTATTTTAACT-
66 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TA
* * * *
7067 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATAA
129 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
7109 TAAAACTATTTA
1 TAAAACCATTTA
7121 CAATGAGTAT
Statistics
Matches: 2726, Mismatches: 593, Indels: 223
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
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175 3 0.00
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
AAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:7375 original size:289 final size:288
Alignment explanation
Indices: 6872--7401 Score: 638
Period size: 289 Copynumber: 1.8 Consensus size: 288
6862 CCTAAGGCAG
* * * * *
6872 ACATTGAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
6937 ATAAACCCGTTTGAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATAAACTTTTCT
66 ATAAACCCATTAGAAGCGAGTAATAAGAATTTCGAAGGCTTGGGTGACAACAAACAAACTTTTCA
* * *** * * *
7002 TGTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCCATGGCAGGTATTTAATTATAATTTATTTTAACT
131 TGTAAATGAATGACGTTTTCTTCACAGTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* *
7067 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATAATAAAACTATTTACAATGAGTATG
196 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTACAATGAGTATG
7132 GCCTTTTTTTTCATATTTCCCGACACAA
261 GCCTTTTTTTTCATATTTCCCGACACAA
*
7160 ACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
7225 TGTAAACCCATATAG-AGCGAGTAATAAG-GTCTTCGAAGG-TATTGGTGACTACAAACGCATTT
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* * * *
7287 TTCATGTCAATGCATGACGTTTTCTTCA-TGTTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATCTGTTT
127 TTCATGTAAATGAATGACGTTTTCTTCACAG-TTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATCTATTT
* * *
7351 TAA-TCAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
191 TAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAA
7402 TCCATTTAAA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 37, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
288 33 0.17
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (288 bp):
ACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAACCCATTAGAAGCGAGTAATAAGAATTTCGAAGGCTTGGGTGACAACAAACAAACTTTTCA
TGTAAATGAATGACGTTTTCTTCACAGTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTACAATGAGTATG
GCCTTTTTTTTCATATTTCCCGACACAA
Found at i:7446 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7162--8255 Score: 906
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 167
7152 CGACACAAAC
* * *
7162 ATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTG
1 ATTCAATTATAATT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * * *
7227 TAAACCCATATAGAGCGAGTAATAAGGTCTTCGAAGGTATTG-GTGACTACAAACGCATTTTTCA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
7291 TGTCAATGCATGACGTTTTCTTCATGTTTCCCAAAACAGAT
128 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGA-AGAT
* *
7332 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
7397 ATAAATCCATTTAAAGTAAATAATAAGGCCTTTGAAGGCACGAGTGACTATAAATGGACTTTTGT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *** * *
7462 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTTTGGAGGTAA-AC
128 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAG-AAGAT
* * *
7503 CTTCAATTATAAGTTGTTTT-ACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
1 ATTCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
7567 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTAT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * *
7632 TG-CTAATGAATGGCTCTTTCTTCATGGGTCCCATGGAAAAT
128 TGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGAAGAT
* * * * * * * *
7673 AGTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAACTATGGGATT
1 ATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
7738 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATAGATTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
7803 TG-CTAATAAATGACTTTTTCTTCACGATTCTCATGGTAGAT
128 TGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGAAGAT
* * * *
7844 ATTCAATTATAAGATT-TTTTAATCATAAATGTAAAATATTTCAACTTAAAATCGATTATGAGAT
1 ATTCAATTAT-A-ATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
7908 TATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATATGACTTTCAATGACATGAATCACTATAAATGTACTTCTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * **
7973 TTGCCAATGAATGACTTTATTTTTCATGTTTCTTAAGGCAA-AT
127 TTGTCAATGAATGACTTT-TTCTTCATGTTTCCCAA-G-AAGAT
* * * ** *
8016 ATTCAATAATAATATGTTTTACCCGAAAATGTAAAAAATTCAACCCAAAATCAATTATGGGATTA
1 ATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
8081 TAAAACCATATAAAGCTAGTAATAAGGCCTTCAAAGGTATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * ** *
8146 CCCAATGCATGGCTTTTACTTCTTGTTTCCTTAGATAGAC
129 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGA-AGAT
*
8186 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
8251 TATAA
63 TATAA
8256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 154, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.02
170 204 0.28
171 430 0.58
172 88 0.12
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
ATTCAATTATAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGAAGAT
Found at i:8068 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 7160--8255 Score: 998
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
7150 CCCGACACAA
* * *
7160 ACATTCAATTATAA-TTAGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAAGTT-GTTTTAATC-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * * * * * *
7224 TTGTAAACCCA-TATAGAGCGAGTAATAAG-GTCTTCGAAGGTATTG-GTGACTACAAACGCATT
64 TTATAAAACCACT-TAAAGCGAGTAATAAGACT-TTCAAAAGCA-TGAATAACTATAAATGGACT
* * * **
7286 TTTCA-TGTCAATGCATGACGT-TTTCTTCATGTTTCCCAA--AACAGATATTCAATTATAATCT
126 TCT-ATTGCCAATGAATGAC-TCTTTCTTCATGGGTCCCAAGGAA-A-ATATTCAATTATAATCT
* * * *
7347 GTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAA
187 GTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
7412 G-TAAATAATAAGGCCTTT-GAAGGCACGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTG-TCAATGAATG
251 GCT-AGTAATAAGG-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATG
* * * *
7474 GCTTTTTCTTCATGCTTTTGGA-GGTAA
313 GCTTTTTCTTCATGATTCT-CATGGTAG
* * * *
7501 ACCTTCAATTATAAGTTGTTTTACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 ACATTCAATTATAAGTTGTTTTAATCAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** *
7566 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTA
65 TATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCATGAATAACTATAAATGGACTTCTA
* * * * * *
7631 TTGCTAATGAATGGCTCTTTCTTCATGGGTCCCATGGAAAATAGTAAATTATAATCTATTTTAAC
130 TTGCCAATGAATGACTCTTTCTTCATGGGTCCCAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
7696 AAAAAAAGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
195 CAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
* * * * * *
7761 TAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTCTTC
259 TAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTC
*
7826 ACGATTCTCATGGTAG
324 ATGATTCTCATGGTAG
* * *
7842 ATATTCAATTATAAGATT-TTTTAATCATAAATGTAAAATATTTCAACTTAAAATCGATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAG-TTGTTTTAATCA-AAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
7906 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATATGACTTTC-AATGACATGAATCACTATAAATGTACTT
63 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAG-CATGAATAACTATAAATGGACTT
* * * ** ** * * *
7970 CTCTTGCCAATGAATGACTTTATTTTTCATGTTTCTTAAGGCAAATATTCAATAATAATATGTTT
127 CTATTGCCAATGAATGACTCT-TTCTTCATGGGTCCCAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTTT
* * ** *
8035 TACCCGAAAATGTAAAAAATTCAACCCAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATATAAAGCTAG
191 TAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCTAG
* * * ** * * *
8100 TAATAAGGCCTTCAAAGGTATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCCCCAATGCATGGCTTTTAC
256 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC
* * * *
8165 TTCTTGTTTC-CTTAGATAG
321 TTCATGATTCTCAT-GGTAG
* *
8184 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAGTTGTTTTAATCAAA-ATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
8249 ATTATAA
63 ATTATAA
8256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 118, Indels: 46
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 22 0.04
341 272 0.44
342 236 0.38
343 79 0.13
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
ACATTCAATTATAAGTTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCATGAATAACTATAAATGGACTTCTAT
TGCCAATGAATGACTCTTTCTTCATGGGTCCCAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GATTCTCATGGTAG
Found at i:10211 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9512--11687 Score: 1700
Period size: 172 Copynumber: 12.7 Consensus size: 170
9502 NNNNNNNNNN
* * *
9512 TGACTATAAATGGACTTCTCTTG-CTAATAAATAGCTTTTTTTTTACG-TTTCTTAAGGTATACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAATA-CTTTTTTTTTACGTTTTC-TAAGGTAAACA
* * * * *
9575 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAACATCAATTATAAGATTA
63 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** *
9640 CAAAACCATATAAAGCCAGTGATAAAGCCTTCAAAGGCATGGG
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * ***
9683 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGTTA-AATGTATAGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAAACAAACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG--ACAATGAATA-CTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACA
* * *
9747 TTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATT
63 TTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
9811 ATAAAATCATTTCAAGCGAGTAACAAGATTTTCGAAGGCTTGAG
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * *** * * * ** *
9855 TGACTATAGATGGACTTTTCAT-ACCAATGGATAGCTTATGCCTCATGTTTCCTAAGACAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATA-CTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACAT
* *
9919 TCAATTATAATAT-ATTTAA-TCAAAAATATAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
9982 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGGG
* * * *
10027 TGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGACTTTTTTTTTACATTTTATAAGGTATACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATT
* * * * * * * *
10092 TAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAGTTGTGATATTATA
65 CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * **
10157 AAACCATTAAAAGCAAGTAACAAGGTTTTCAAAGGGTTAAG
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * *
10198 TGACTAGAAATGGACTTGTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTGT--GTGTTCAAAGGTAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATA-CTTTTT-TTTTACGTTTTCTAAGGTAAACAT
*
10261 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
64 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * **
10325 TAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATAAG
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * *
10368 TGACTACAAACGGACTTTTCTT-ACCAACGAATGGC-TATTTGTT-CGTCTTTCTCAAGGTAGAC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGT-TTTCT-AAGGTAAAC
*
10430 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
62 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
10494 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAA-GATATGGG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCT-TGGG
* * * * * *
10539 TCACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCATGAATAGTTTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAAATAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTTTTTTACGT-TTTCT-AAGGTAAACAT
* * * * * * *
10602 TTAATCATAATATTTTTTAACAAAAAATATTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
10667 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTGCTTTCAAAGGCTTGGG
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * *
10709 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTTCCAAAGGTAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTT-CTAAGGTAAACAT
* * * * *
10774 TCAAGTAGAATATGTTTTAACTAAAAATATATAAAAATTCAACTAAAAATAAATTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
10839 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTT-AAAGGCATGGG
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTTCAAAGGCTTGGG
* * * ** * * * * * * **
10881 TGACTACAAGTGGACTTTTTTTTCCAATGTATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGATAGTCATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATT
* * * * *
10946 CAATTATAAGCA-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATCAT
65 CAATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
11009 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAGGGCTTGGG
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * * * *
11051 TGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCTATGAATGACTTTTTCTTCATA-GGTCTC-ATGGCAGGA-
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTT-TT-TTACGTTTTCTAAGGTA-AAC
* * *
11113 ATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCATAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
62 ATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * **
11177 TATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGATTTGGG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * **
11222 TGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATAAATGAC-TTTTTTTCATG-TGTCTCAAGAAAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTTCT-AAGGTAAACAT
* * * * * *
11285 TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
11350 AAAACTATATAAATCGAGTAATAAGCATTTT-GAAGGCATGAG
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTCAAAGGCTTGGG
** * * * * * * * *
11392 TGA-TAATAAATATACTTTTCTT-ATCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACA
1 TGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACA
* * * * * * *
11455 TTGAATTATATTGTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT
63 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * *
11520 ATAAAACTATTTAAAGTGAGAAACAAGGCCTTCGAAGGCTTTGG
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * ** * * * ** *
11564 TGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGATTCCTAAGACAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATT
* *
11629 CAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 CAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
11688 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 332, Indels: 120
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 24 0.01
170 526 0.33
171 479 0.30
172 547 0.34
173 30 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTTTTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATTC
AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
Found at i:10267 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 9512--11684 Score: 2138
Period size: 513 Copynumber: 4.2 Consensus size: 512
9502 NNNNNNNNNN
* * * ** *
9512 TGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAAATAGCTTTTTT-TTTACGTTTCTTAAGGTATACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATA-CTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACAT
* * * *
9576 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-CTAACATCAATTATAAGATTA
64 TCAATTATAATATGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATAAGATTA
* * * * * * *
9640 CAAAACCA-TATAAAGCCAGTGATAAAGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
128 TAAAACCATTA-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * *
9704 TGTTAAATGTAT-AGCTTTTTCTTTACGTTTTCTAAA-ACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
192 TG-CCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTGTTC-AAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * *
9767 A-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAA-TCATTTCAAGCGA
254 ACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
9830 GTAACAAGATTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAGATGGACTTTTCATACCAATGGATAGCTTATG
317 GTAATAAGATTTT-GAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTG
* *
9895 CCTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATA-TTTAA-TCAAAAATATAAAAATAAAT
381 CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAA-AAAT
* * * *
9958 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
444 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA
10023 TGGG
509 TGGG
* * *
10027 TGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGACTTTTTTTTTACAT-TTTAT-AAGGTATACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-ACTTTTTTCTT-CATATTTCTCAAGGTATACA
* * * * * * *
10090 TTTAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAGTTGTGATATTA
63 TTCAATTATAATATGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTA
* * * * ** * * *
10155 TAAAACCATTAAAAGCAAGTAACAAGGTTTTCAAAGGGTTAAGTGACTAGAAATGGACTTGTCTA
128 TAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
10220 GCCAATGAAT-AGCTTTTTCTT-GTGTGTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
193 GCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTGTTCAAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
* * *
10283 AAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTGAAGTGAGTAA
257 AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
10347 TAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTACAAACGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTATTTG-TT
321 TAA-GATTTTGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTGCTT
* * * * *
10411 CGTCTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AA
384 CATGTTTCCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAA
* **
10474 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGGG
448 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * * * * *
10539 TCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACATTC
* * * * *
10604 AATCATAATAT-TTTTTAACAAAAAATATTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
66 AATTATAATATGTTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATA
* * ** *
10668 AAACCATTTAAAGTGAGTAATACTGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGC
130 AAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** * * * *
10733 CAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTTCCAAAGGTAAACATTCAAGTAGAATATGTTTTAACTAA
195 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTGTT-CAAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * *
10798 AAATATATAAAAATTCAACTAAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
259 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * * *
10863 GGTCTTTAAAGGCATGGGTGACTACAAGTGGACTTTTTTTTCCAATGTATGACTTTTTCTTTATG
324 GAT-TTTGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG
* * * *
10928 TTTCCCAAGATAGTCATTCAATTATAAGCA-ATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-
388 TTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
10990 AAATTAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAGGGCTTGGG
452 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * ** * * *
11051 TGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCTATGAATGAC-TTTTTCTTCATAGGTCTCATGGCAGGA-A
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTA-TACA
* * * *
11114 TTCAATTATAATATG-TTTTAATCATAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
63 TTCAATTATAATATGTTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATT
* ** * ** ** *
11178 ATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCT
127 ATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
11243 TGCCAATAAATGACTTTTT-TTCATGTGTCTC-AAGAAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC
192 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTGT-TCAAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * * * *
11306 TAAAAATGTAAAACAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAATCGAGTAA
256 TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * *
11371 TAAGCATTTTGAAGGCATGAGTGA-TAATAAATATACTTTTCTTATCAATGCATGGCTTTTTCTT
321 TAAG-ATTTTGAAGGCATGAGTGACT-ACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTT
* * * * * *
11435 CATGTTTCCTAAGATAGACATTGAATTATATTGTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAAT
384 CATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
11500 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAACAAGGCCTTCGAAGGCTTTGG
449 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * * * * ** *
11564 TGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGATTCCT-AAGACAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-ACTTTTTTCTTCA-TATTTCTCAAGGTATACA
* * * *
11627 TTCAATTATAATAT-ATTTTAATCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
63 TTCAATTATAATATGTTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTAT
11685 GAGGTTNNNN
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 241, Indels: 84
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 19 0.01
511 305 0.22
512 203 0.15
513 635 0.46
514 53 0.04
515 146 0.11
516 11 0.01
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACATTC
AATTATAATATGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAA
AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGACTTTTTCTTCATGTGTTCAAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGA
TTTTGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT
CCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
Found at i:10440 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 9512--11687 Score: 1938
Period size: 341 Copynumber: 6.4 Consensus size: 341
9502 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
9512 TGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAAATAGCTTTTTTTTTACGTTTCTTAAGGTATACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGATAAACATT
* * * * * * *
9577 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAACATCAATTATAAGATTACA
65 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * * * ** * *
9642 AAACCATATAAAGCCAGTGATAAAGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT
130 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-A
** * * *** * * *
9707 TAAATGTAT-AGCTTTTTCTTTA-CGTTT-TCTAAAACAAACATTCAATTATAATAT-ATTTTAA
194 CCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATC-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTAC
* * * *
9768 TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTA
256 T-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
9833 ACAAGATTTTCGAAGGCTTGAG
320 ACAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * * * *
9855 TGACTATAGATGGACTTTTCATACCAATGGATAGCTTATGCCTCATGTTTCCTAAGACAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGATAAACATT
*
9920 CAATTATAATATA-TTTAA-TCAAAAATA-TAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
65 CAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-AGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
9982 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
126 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
10047 TTGA-CAATGAATGACTTTTTTTTTACAT-TTTAT-AAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTT
191 TT-ACCAATGAATGAC-TTTTTCTT-CATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * * * * *
10109 TACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAGTTGTGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAG
253 TACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* **
10174 TAACAAGGTTTTCAAAGGGTTAAG
318 TAACAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * *
10198 TGACTAGAAATGGACTTGTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTT-GTGTGTTCAAAGGTAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT-TTCCAAGATAAACATT
* *
10262 CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTA
65 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * *
10327 AAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTACAAACGGACTTTTCTTAC
130 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
10392 CAACGAATGGCTATTTGTTCGTCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
195 CAATGAATGACTTTTTCTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTACTAAA
10457 AATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
260 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
* *
10521 GGCTTTCAAA-GATATGGG
324 GGTTTTCAAAGGCT-TGGG
* * * *
10539 TCACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGATAAACATT
* * * * *
10603 TAATCATAATATTTTTTAAC-AAAAAA-TATTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
65 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTA--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** ** * *
10666 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT
128 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
10731 GCCAATGAATGCCTTTTTATTCA-CATTT-TCCAAAGGTAAACATTCAAGTAGAATATGTTTTAA
193 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATC-TTTCT-C-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTA
* * *
10794 CTAAAAATATATAAAAATTCAACTAAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
255 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
10859 ATAAGGTCTTT-AAAGGCATGGG
320 ACAAGGT-TTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * **
10881 TGACTACAAGTGGACTTTTTTTTCCAATGTAT-GACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGATAGTCAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGATAAACAT
* * * *
10945 TCAATTATAAGCA-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATCA
64 TCAATTATAA-TATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
11008 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAGGGCTTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTT
128 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *** * * *
11073 GCCTATGAATGACTTTTTCTTCATAGGTCTCATGGCAGGA-ATTCAATTATAATATG-TTTTAAT
193 ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATCTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAATATGTTTTTACT
* * * * * *
11136 CATAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAA
257 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * **
11201 TAAGGCTTTT-GAAGATTTGGG
321 CAAGG-TTTTCAAAGGCTTGGG
* * * *
11222 TGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATAAAT-GACTTTTT-TTCATGTGTCTCAAGAAAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGATAAACAT
* * * * * * *
11285 TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * **
11350 AAAACTATATAAA-TCGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGCATGAGTGA-TAATAAATATACTTTTC
129 AAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
11412 TTATCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGATAGACATTGAATTAT-AT-TGTATTTT
191 TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATCTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGT-TTTT
* * * * *
11474 AACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
254 -ACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * *
11539 GAAACAAGGCCTTCGAAGGCTTTGG
317 GTAACAAGGTTTTCAAAGGCTTGGG
* * * * * * * *
11564 TGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGATTCCTAAGACAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGATAAACATT
*
11629 CAATTATAATATATTTTAA-T-CAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAG--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
11688 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1494, Mismatches: 280, Indels: 118
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.00
340 106 0.07
341 585 0.39
342 356 0.24
343 328 0.22
344 108 0.07
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGATAAACATTC
AATTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGACTTTTTCTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGG
TTTTCAAAGGCTTGGG
Found at i:11133 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 9512--11687 Score: 2152
Period size: 683 Copynumber: 3.2 Consensus size: 679
9502 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** * *
9512 TGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAAAT-AGCTTTTTTTTTACGTTTCTTAAGGTATACAT
1 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTTATGTTTCCAAAGATAGACAT
* * * *
9576 TCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAACATCAATTATAAGATTA
65 TCAATTATAA-CATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
9640 CAAAACCATATAAAGCCAGTGATAAAGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTT
* * * ** * *
9705 G-TTAAATGTAT-AGCTTTTTCTT-TACGTTTTCTAAAACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
193 GCCT--ATGAATGA-CTTTTTCTTCTA-GTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
9767 ATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTTCAAGCGAG
253 ATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
** * * * * * * * * *
9831 TAACAAGATTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAGATGGACTTTTCATACCAATGGATAGCTTATGC
317 TAACAAGGCTTTC-AAAGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* * * * * *
9896 CTCATGTTTC-CTAAGACAGACATTCAATTATAATA-TATTTAATCAAAAATATAAAAATAAATT
381 TTCATGTTTCTC-AAGAAAAACATTTAATTATAATATTTTTTAA-CAAAAATAT-AAAA-CAATT
*
9959 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
442 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCAT
* * *
10024 GGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGACTTTTTTTTTACATTTT--ATAAGGTAT
506 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGAC-TTTTTATTACATTTTCCA-AAGGTAA
* * * * * * * *
10087 ACATTTAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAGTTGTGATA
569 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
* * * *
10152 TTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAACAAGGT-TTTCAAAGGGTTAAG
634 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGTCTTT-AAAGGCTTAGG
* * * * * *
10198 TGACTAGAAATGGACTTGTCTAGCCAATGAAT-AGCTTTTTC-TTGTGTGTT-CAAAGGTAAACA
1 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTTATGT-TTCCAAAGATAGACA
* * * *
10260 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
64 TTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** * *
10325 TAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTACAAACGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTT
* * * * * * ** * *
10390 ACCAACGAATGGCTATTTGTTCGTCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
193 GCCTATGAATGACTTTTTCTTC-TAGTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
10455 AAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
257 AAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
* *
10520 AGGCTTTCAAAGATATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAATAGTTTTTTCTTCAT
322 AGGCTTTCAAAGAT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
** * * *
10584 GTTTCTCAAGGTAAATATTTAATCATAATATTTTTTAACAAAAAATATTAAACAATTCAACTTAA
386 GTTTCTCAAGAAAAACATTTAATTATAATATTTTTTAAC-AAAAATATAAAACAATTCAACTTAA
* * ** *
10649 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACT
450 AATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA-AGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
10714 ACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTTCCAAAGGTAAACATTCAAG
514 ATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTATT-ACATTTTCCAAAGGTAAACATTCAAT
* * *
10779 TAGAATATGTTTTAACTAAAAATATATAAAAATTCAACTAAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC
578 TATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
10844 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTTAAAGGCATGGG
643 CATTTAAAGCGAGTAACAAGGTCTTTAAAGGCTTAGG
* * * * * *
10881 TGACTACAAGTGGACTTTTTTTTCCAATGTATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGATAGTCATT
1 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCAAAGATAGACATT
* *
10946 CAATTATAAGCA-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATCAT
66 CAATTATAA-CATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
11009 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAGGGCTTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTG
* *
11074 CCTATGAATGACTTTTTCTTCATAGGTCTCATGGCAGGA-ATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
194 CCTATGAATGACTTTTTCTTC-TAGTTCTCAAGGCA-GACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* * * * * * *
11138 TAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATA
257 AAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
** * *
11203 AGGCTTTTGAAGATTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATAAAT-GACTTTTT-TTCA
322 AGGCTTTCAAAGA-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCA
* * * * * *
11266 TGTGTCTCAAGAAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCTACCTA
385 TGTTTCTCAAGAAAAACATTTAATTATAATATTTTTTAAC-AAAAATATAAAACAATTCAACTTA
* * *
11331 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAA-TCGAGTAATAAGCATTTTGAAGGCATGAGTGA
449 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGC-TTTTGAAGGCATGGGTGA
** * * * * * *
11395 -TAATAAATATACTTTTCTT-ATCAATGCATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCCTAAGATAGACATT
512 CT-ATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTATTACAT-TTTCCAAAGGTAAACATT
* * * * * * * *
11457 GAATTATATTGTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
574 CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** *
11522 AAAACTATTTAAAGTGAGAAACAAGGCCTTCGAAGGCTTTGG
638 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGTCTTTAAAGGCTTAGG
* * * * * * * * * *
11564 TGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGATTCCTAAGACAGACATT
1 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCAAAGATAGACATT
* * *
11629 CAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
66 CAATTATAACATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
11688 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 234, Indels: 70
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 10 0.01
682 146 0.12
683 675 0.55
684 220 0.18
685 132 0.11
686 39 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCAAAGATAGACATT
CAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCC
TATGAATGACTTTTTCTTCTAGTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA
TATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGC
TTTCAAAGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC
TCAAGAAAAACATTTAATTATAATATTTTTTAACAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
TTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTATTACATTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTATAATAT
GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAACAAGGTCTTTAAAGGCTTAGG
Found at i:12383 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12159--13267 Score: 922
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
12149 NNNNNNNNNT
* * * *
12159 AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGA-AGTTACAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
12222 TGAAGGCATGGGTCACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCT
65 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTTATGTTTCCT
* *
12287 AAGATAAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACT-AAACATGTA
129 AAGATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAA-TAAAAAATGTA
* * * * * * *
12329 AAACAAGTCAACCTAAAAAT-AATTATAAGACTATAAAACCATTT-AGGTGAGTAATAAGGGTTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * ** *
12392 CGAAGGCTTAAGTGAATATATATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTT
66 -GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCCT
* * * *
12457 ATGATAGACATTCAATTATGATATATTT-AATAAAAAATGTA
129 AAGATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAATGTA
* ** * *
12498 AAAAACTTCAA-CTTCAAATCAATTA-GAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
* ** * * * **
12561 TTGAAGGCATAGGTGATTATAAATGGACTACTCTTACTAATGAATGGTTTTTTTTTATGTTTATT
64 TTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCCT
* * * *
12626 CAAG-TGAACATTCAATTA-AAATTGTTTAAACT-AGAAATGTA
129 -AAGATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAA-TAAAAAATGTA
* * * * *
12667 AAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGAGAG-ACACAAGGCCT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGG-CT
* * ** * * * * *
12730 TTGAAGGCTTAAGTGACTATAAACAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTTC
64 TTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCC
* * * * *
12795 TTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA
128 TAAGATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAATGTA
* * * *
12838 AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
12902 GAAGGCGTGGGTCACTACAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCTA
66 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTTATGTTTCCTA
** * *
12967 AGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTA
130 AGATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAATGTA
** * *
13008 AAAGTATTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
* * * * * * * * * * ** *
13071 TAAAGGCTTAAGTGAATATATATGGACTTTTCATACAAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTT
65 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCCT
* * * * **
13136 AAGA-AAGACATTAAATTATGATATATTTTAATAAAAAATACA
129 AAGATAA-ACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAATGTA
* ** *
13178 AAAAAATT-AAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
*
13242 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
65 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
13268 TTGCACTTAC
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 174, Indels: 57
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.02
169 197 0.27
170 405 0.55
171 121 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAA
GATAAACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAATGTA
Found at i:12898 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 12159--13267 Score: 1399
Period size: 340 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
12149 NNNNNNNNNT
* *
12159 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AGTTACAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
12223 GAAGGCATGGGTCACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCTA
65 GAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCTA
* * *
12288 AGATAAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACTAAACATGTAAAACAAGTCAACCTAAAAATAATT
130 AG-TGAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACTAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATT
* * * * *
12353 ATAAGACTATAAAACCATTTAGGTGAGTAATAAGG-GTTTCGAAGGCTTAAGTGAATATATATGG
193 ATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGCCTTT-GAAGGCTTAAGTGAATATATATGG
* * *
12417 ACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTATGATAGACATTCAATTATGATATA
257 ACTTTTCATACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTA-GAAAGACATTCAATTATGATATA
12482 -TTTAATAAAAAATGTA
321 TTTTAATAAAAAATGTA
* * *
12498 AAAAACTTCAACTTCAAATCAATTA-GAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
* * * ** * * **
12562 TGAAGGCATAGGTGATTATAAATGGACTACTCTTACTAATGAATG-GTTTTTTTTTATGTTTATT
64 TGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCT
* *
12626 CAAGTGAACATTCAATTA-AAATTGTTTAAACTAGAAATGTAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAA
129 -AAGTGAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACTA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAAT-AA
* * * * *
12689 TTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGAGAG-ACACAAGGCCTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAA
191 TTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTA-ACAAGGCCTTTGAAGGCTTAAGTGAATATATA
** * * * * * *
12753 CAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTTCTTAGACAGACATTCAATTATAAT
254 TGGACTTTTCATACCAATGGATAGCTTTTGCTTCAC-CTTTCTTAGAAAGACATTCAATTATGAT
12818 ATATTTTAATAAAAAATGTA
318 ATATTTTAATAAAAAATGTA
* * * *
12838 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTG
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
* * * * *
12903 AAGGCGTGGGTCACTACAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCTAA
66 AAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCTAA
* * * **
12968 G-GCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAGTATTCAACCTAAAAATAATT
131 GTG--AACATTCAATTATAATTT-GTTTAAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATT
* *
13032 ATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGAATATATATGGA
193 ATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGCTTAAGTGAATATATATGGA
* *
13097 CTTTTCATACAAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAGAAAGACATTAAATTATGATATAT
258 CTTTTCATACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTT-AGAAAGACATTCAATTATGATATAT
**
13162 TTTAATAAAAAATACA
322 TTTAATAAAAAATGTA
* *
13178 AAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
*
13243 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
65 GAAGGCATGGGTCACTATAAATGGA
13268 TTGCACTTAC
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 99, Indels: 40
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.01
338 53 0.08
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340 301 0.46
341 70 0.11
342 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
AAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCTAA
GTGAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGCTTAAGTGAATATATATGGACTT
TTCATACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAGAAAGACATTCAATTATGATATATTTTA
ATAAAAAATGTA
Found at i:13525 original size:301 final size:300
Alignment explanation
Indices: 12978--13568 Score: 744
Period size: 301 Copynumber: 2.0 Consensus size: 300
12968 GGCAAACATT
* **
12978 CAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAGTATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATA
* * * *
13043 AAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGAATATATATGGACTTTTCATACA
66 AAACCATTTAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTCATACA
* *
13108 AATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAGAAAGACATTAAATTATGATATATTTTAATAAAAA
131 AATGCATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAGAAAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* *
13173 ATACAAAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
196 ATACAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *
13238 CTTTTGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGGATTGCACTTAC
261 CTTTCGAAGGC-TGGATCGACTATAAATGGATTGCACTTAC
* * * *
13278 CAATTATAATATGTTTTAA-CTAGAAATGTAAAAAAATTCAACGT-CAAATCAATTATGAGATTA
1 CAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTA
* * ** * *
13341 TTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGC-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 TAAAACCATTT-AAGCGAGTAACAA-GGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTCA
* * * ** * * *
13405 TACCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATTCAATTATAATCTGA-TTTAA
127 TACAAATGCATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTT-AAGAAAGACATTAAATTATAATAT-ATTTTAA
* * * * *
13468 TAAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTA
190 TAAAAAATACAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
13533 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGATCGACTATAAATGGA
255 ATAAGGCTTTCGAAGGCTGGATCGACTATAAATGGA
13569 CCTTTCGTGC
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 37, Indels: 13
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
299 5 0.02
300 62 0.25
301 174 0.70
302 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (300 bp):
CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTCATACA
AATGCATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAGAAAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAA
ATACAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCTGGATCGACTATAAATGGATTGCACTTAC
Found at i:13563 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13278--15224 Score: 1663
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
13268 TTGCACTTAC
* * * *
13278 CAATTATAATATG-TTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACGTCAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
13342 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGC-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGC-TTGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
*
13406 ACCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
128 GCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
* * *
13449 CAATTATAATCTGA-TTTAATAAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
13513 AAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGATCGACTATAAATGGACCTTTCGTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAT-GACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
13578 CCAATTG-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAAACATT
129 CCAA-TGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
* *
13620 CAATTATAATAT-ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
13684 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTCTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ***
13749 GCAATGAATGGCTTTTTTTTCATCCTTTC-T-AAGGTGAACATT
129 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAAACAG-ACATT
* * * *
13791 CAATTATATTTTG-TTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACCTAAAATTAATTATGAGATTA
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
13854 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCATTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTT-TA
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCT-
* * ** * * * * *
13918 TGCCAATGGATGACTTTGACTTCACGTTTCTCGAGATAGATATT
127 TGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
* * *
13962 CAATTATAATAT-ATTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * * * ** * *
14026 AAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTCCGAAAGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
14091 CTCGATGCATGGCTTTTTCTTGATGTTTC-TCAAGACAGACATT
129 C-CAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATT
*
14134 CAATTATAATCTG-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 CAATTATAATATGATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
14197 ATAAAACAATTTAAAGAGAGTAACAAGGCATTCGAAGGCTTGAGTAACTATTAATGGACTTTTCA
63 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
14262 TGCTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-TCAAGATAGACATT
127 TGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATT
* *
14306 CAATTATAAT-TTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * *
14370 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTC-AAGGCATGGGTTACCT-TAAATGAATTTTTCT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGC-TTGATGA-CTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * * *
14433 TGCCAATGCATAACGTTTTCCTCACATTTCTTGAAATAGACGTC
127 TGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
* * * *
14477 CAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATATAAAAAGATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
14541 AAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTAGAAGG-TATGAATGACTATAAATGGACTTTTCAT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TG-ATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
14605 ACCAATGAATGGCTTTTGCTAT-ATGTTTC-TCAATACAGACATT
128 GCCAATGCATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAA-ACAGACATT
* * * * * *
14648 TAATTGTAATAT-ATTTTAATCAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAATAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
14712 AAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * ** *
14777 CTAATGAATGACTTTTTTTTACAT-TTTC--CAAGGGAAACATT
129 CCAATGCATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTTGAA-ACAGACATT
* * * * * *
14818 TAATAATAATCT-ATTTTAAGTAAAAATATAAAATAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * ** *
14882 -AAACCATATCAAGCGAGTAGTAAGGCCTTCGAAGGCATGATTGACTCTAAGTGGACTCCTCGTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
14946 CCAATGCATAGTTTTTTCTTTATGTTT-TGTGAAACAGACATT
129 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAAACAGACATT
* * * * * *
14988 CAATTATAATCTGA-TTTCATCAAAAATGTAAACAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** * * * *
15052 AAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTGGAAGGGTTGAGTGACTATATATGGACTTTTCATG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
15117 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTT-AAGACAGACATA
129 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATT
* * *
15159 CAATTATAATAT-ATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAT
1 CAATTATAATATGATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
15223 AA
65 AA
15225 GACTGTTTAG
Statistics
Matches: 1419, Mismatches: 299, Indels: 116
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 69 0.05
170 159 0.11
171 962 0.68
172 147 0.10
173 79 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATAATATGATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAACAGACATT
Found at i:13690 original size:472 final size:470
Alignment explanation
Indices: 12808--13739 Score: 1286
Period size: 472 Copynumber: 2.0 Consensus size: 470
12798 GACAGACATT
* * *
12808 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATA
1 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * *
12873 AAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTGAAGGCGTGGGTCACTACAAATTGACTTTTCTTACT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTCACTACAAATGGACTTTTCTTACC
* * *
12938 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAA
131 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATTGATTTTAATAAAAA
* *
13003 ATGTAAAAGTATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAACAAGGC
196 ATATAAAAGTATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGGAGTAACAAGGC
* * *
13068 TTTTAAAGGCTTAAGTGAATATATATGGACTTTTCATACAAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTT
261 TTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATGGACCTTTCATACAAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTT
* **
13133 CTTAAGAAAGACATTAAATTATGATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTAAACTTGAAATC
326 CTTAAGAAAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTAAACTCAAAATC
*
13198 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
391 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAA
13263 ATGGATTGCACTTAC
456 ATGGATTGCACTTAC
* * *
13278 CAATTATAATATGTTTTAACT-AGAAATGTAAAAAAATTCAACGTCAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
13342 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTCAAAGGCATGGGTCACTACAAATGGACTTTTCTTA
* * * * *
13407 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATTCAATTATAATCTGA-TTTAATA
129 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCT-AAGACAAACATTCAATTATAAT-TGATTTTAATA
* *
13470 AAAAATATAAAAAG-ATTCAA-CTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTA
192 AAAAATAT-AAAAGTATTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGGGAGTA
* * * * * * * *
13533 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TCGACTATAAATGGACCTTTCGTGCCAATTGAT-GACTTTTGC
254 ACAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGT-GAATATAAATGGACCTTTCATACAAATGGATAG-CTTTTGC
* * * * *
13596 TTCACGTTTCTTGAGACAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
317 TTCACCTTTCTTAAGA-AAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTAA
*
13660 ACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
381 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
13725 GTGACCATAAATGGA
446 GTGACCATAAATGGA
13740 CTTCTCTTGG
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 48, Indels: 18
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
470 85 0.21
471 121 0.30
472 196 0.49
473 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (470 bp):
CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTCACTACAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGCCTTTTTCTTCATGCTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATTGATTTTAATAAAAA
ATATAAAAGTATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGGAGTAACAAGGC
TTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATGGACCTTTCATACAAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTT
CTTAAGAAAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTAAACTCAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAA
ATGGATTGCACTTAC
Found at i:13907 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 13278--15224 Score: 1935
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 341
13268 TTGCACTTAC
* * * *
13278 CAATTATAATATGTTTTAA-CTAGAAATGTAAAAAAATTCAACGTCAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* **
13342 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGC-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
13406 ACCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-ACAGACATTCAATTATAATCTGATTTAATA
129 GCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAAGAGA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * *
13470 AAAAATAT-AAAAAGATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAA
192 AAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
13534 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-TCGACTATAAATGGACCTTTCGTGCCAATTGATGACTTTTGCTT
256 CAAGGCATTCGAAGGCTTGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTGATGACTTTTGCTT
* *
13598 CACGTTTCTTGAGACAAACATT
320 CACGTTTCTCGAGACAGACATT
* * * *
13620 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATA
1 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
13685 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTCTCTTGG
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
13750 CAATGAATGGCTTTTTTTTCATCCTTTCT-AAGGTGAACATTCAATTATATTTTGTTTTAATCAA
131 CAATGCATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTGAA-GAGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* *
13814 AAATATAAAAAAAATTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
194 AAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
* * * *
13879 GGCATTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTATGCCAATGGATGAC-TTTGACTTCAC
259 GGCATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTGATGACTTTTG-CTTCAC
* *
13943 GTTTCTCGAGATAGATATT
323 GTTTCTCGAGACAGACATT
* *
13962 CAATTATAATATATTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * ** * * ** * *
14027 AAATTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTCCGAAAGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTTC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
14092 TCGATGCATGGCTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A
131 -CAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGAGA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAA
* *
14156 AAAATATAAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAAC
193 AAAATATAAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * *
14221 AAGGCATTCGAAGGCTTGAGTAACTATTAATGGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTACTTCA
257 AAGGCATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTGATGACTTTTGCTTCA
* *
14286 CGTTTCTCAAGATAGACATT
322 CGTTTCTCGAGACAGACATT
*
14306 CAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * *
14371 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTCAAGGCATGGGTTACCT-TAAATGAATTTTTCTTG
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * ** * * *
14435 CCAATGCATAACGTTTTCCTCACATTTCTTGAA-ATAGACGTCCAATTATAATCTGTTTTAATAA
130 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAAGAGA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * *
14499 AAAATATAAAAAGATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACA
193 AAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
* * * * *
14564 AGGCTTTAGAAGG-TATGAATGACTATAAATGGACTTTTCATACCAA-TGAATGGCTTTTGCTAT
258 AGGCATTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTG-ATGACTTTTGCT-T
* * *
14627 -ATGTTTCTCAATACAGACATT
320 CACGTTTCTCGAGACAGACATT
* * * *
14648 TAATTGTAATATATTTTAATC-AAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * **
14712 AAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * * *
14777 CTAATGAATGACTTTTTTTTACAT-TTTC-CAAGGGAAACATTTAATAATAATCTATTTTAAGT-
130 CCAATGCATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTGAAGAG-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TA
* * * * * *
14839 AAAAATAT-AAAATAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATATCAAGCGAGTAG
192 AAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * ** * * *
14902 TAAGGCCTTCGAAGGCATGATTGACTCTAAGTGGACTCCTCGTGCCAA-TGCAT-AGTTTTTTCT
256 CAAGGCATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTG-ATGA-CTTTTGCT
* * * *
14965 TTATGTTT-TGTGAAACAGACATT
319 TCACGTTTCT-CGAGACAGACATT
* * * * *
14988 CAATTATAATCTGA-TTTCATCAAAAATGTAAACAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
1 CAATTATAATAT-ATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** * ** * * *
15052 AAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTGGAAGGGTTGAGTGACTATATATGGACTTTTCATG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
15117 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGACAGACATACAATTATAATATATTTTAATAAA
130 CCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGAGA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * *
15182 AAATGT-AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
194 AAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
15225 GACTGTTTAG
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 234, Indels: 76
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 201 0.15
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342 622 0.47
343 135 0.10
344 228 0.17
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGAGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
ATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGG
CATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATTGATGACTTTTGCTTCACGTT
TCTCGAGACAGACATT
Found at i:15780 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15364--15807 Score: 472
Period size: 167 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
15354 NNNNNNNNNN
* * * *
15364 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAATCGTA-TAAAGTGAG
1 AACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAAC-TATTAAAGCGAG
* * * * * *
15428 TAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGCATGGGTTTTAC
64 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTCGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGCATGGCTTTTAC
* * * * * * *
15493 TTCATGTTTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTT
129 TTAACGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * *
15534 AACCAAACATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAA-T-T-GATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAG
1 AACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGATTATAAAACT-A-TTAAAGCGAG
* * * * *
15595 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-CGACTATAGATTGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTG
64 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTCGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGCATGGCTTTTA
*
15659 CTTAACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTT
128 CTTAACGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTT
* *
15701 AA-TAAAAATATAAAAATGTTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACTATGTAAAGCGAG
1 AACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACTAT-TAAAGCGAG
** *
15765 TAATAAAACTTTCGAAGGCATTGGT-GACTATGAATGGACTTTT
64 TAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGTCGACTATAAATGGACTTTT
15808 TTTCTCAATG
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 39, Indels: 24
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 1 0.00
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170 82 0.37
171 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGATTATAAAACTATTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTCGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGCATGGCTTTTACTT
AACGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTT
Found at i:16447 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16075--16627 Score: 451
Period size: 169 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
16065 NNNNNNNNNN
* *
16075 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGATCG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTGGATCG
* * * * *
16139 ACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTGCTGAGACAAACATTCA
65 ACTATAAATGAACTTCTCATACCAATGAATGACTTTT-CTTCATGTTTGCAGAGACAAACATTCA
* *
16204 ACTATGATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 ACTATGATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
********** * * *
16246 AAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-G
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC-TGGATCG
* * * *
16310 ACTATAAATGAACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TTTATGTTTTCAGA-AGCAAACATTCA
65 ACTATAAATGAACTTCTCATACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTGCAGAGA-CAAACATTCA
* * * *
16373 ATTAT-ATTTTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAGTTCAACCT
129 ACTATGA-TATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
* * * *
16415 AAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCATTCGAAGGCTTGAAT-G
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC-TGGATCG
** * * ** * * * * *
16479 GTTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCTTATCTCT-C-GAGATAGACATT
65 ACTATAAATGAACTTCTCATACCAATGAATGACTTTT-CTTC--ATGTTTGCAGAGACAAACATT
* * * * * *
16542 TAATTATAATATATTTGAATAAAAAATGTAAACAAAATAT-AACTT
127 CAACTATGATATATTTTAATAAAAAATATAAA-AAAAT-TCAACCT
* *
16587 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
16628 TGAGGCTNNN
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 70, Indels: 27
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 127 0.43
170 2 0.01
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173 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTGGATCGA
CTATAAATGAACTTCTCATACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTGCAGAGACAAACATTCAAC
TATGATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
Found at i:19227 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17965--19400 Score: 1253
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
17955 NNNNNNNNNN
*
17965 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-AAAGGC
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGC
* * * * * * * * **
18029 ATGGGTGACTATAAGTGTACTTTTCTTGCCAATGCATAGCTTTTTTTTCTTATTTGCT-GAGGTA
65 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGACA
* **
18093 AACATTCAATTATAATATGCTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAT
128 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
18136 TCAACCTAAAATCATTTATGAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCA
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ********** * * *
18200 TG-GTTGAATATNNNNNNNNNNTTCTTACCAATGCATGACTTTTTCTTCATGTTTGTCAA-ACAA
66 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAA
* * * *
18263 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAATTAAAAATATAAAAAAAT
129 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
** * * * * * * *
18305 TCAAGTTAAAATTAATTATAAGATTTTAAAA-CTATTTAAAGCTAGTAACAATGC-TT-G-A-G-
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
18364 -TGA--GA--ATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAATGGCCTTTTT-TTTACGTTTTCTGAAG-T
65 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-G-CTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGAC
*
18422 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAT
127 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT
* * *
18466 TCAACCTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCAAGTAATAAGGACTTT-GAAGGC
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGC
* ** *
18530 ATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATCTATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAAACA
65 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACA
* * * *
18594 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACATT
128 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
18637 TCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * **
18701 TTG-GATCACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGTTTTTACTTCACGTTTCTTGAGACA
65 ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGACA
* *
18765 AGCATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAAT
128 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAAT
* * * *
18809 T-AACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAATCATAAAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGG-T
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * *
18872 TTAGGTGACTATAAATGTACATTTT-TTGCCAATGCATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACA
66 TGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACA
18936 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAT
128 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAAT
** * * * * * *
18980 TCAAAGTAAAATCAATTATGAGATTAT-GAACCTATCTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGC
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * * *
19044 TTGAATCACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGTTTCTGCTTCATGTTTCTCGAGATAA
65 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGACAA
* * * * *
19109 ATATTTAATTATAATATATTTTAA-TTAAAATGTAAAAAATT
129 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
19150 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
1 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * **
19214 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACCTTTT-TTCATGTTTCCCAAGGTAA
65 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAA
* * * * * * *
19278 ATATTCAATTGTTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAAT
129 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
19320 TCAA-CTAAAAATCAATTATAAGAATATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGC
1 TCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
*
19384 ATGGGTGACTATAAATG
65 ATGAGTGACTATAAATG
19401 ATAGAAATGA
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 193, Indels: 99
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 19 0.02
161 94 0.09
162 4 0.00
163 3 0.00
164 3 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 1 0.00
169 106 0.10
170 285 0.28
171 371 0.36
172 128 0.13
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAAC
ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:28433 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27849--34592 Score: 5432
Period size: 171 Copynumber: 39.5 Consensus size: 170
27839 NNNNNNNNNN
* * * * * *
27849 TTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCT-GAAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
27913 GCCATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACA
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
********** * * *
27978 TTAAATNNNNNNNNNNTCTCACAATTGATTTTAGGTTGAAA
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
28019 TTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAG-GAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
28083 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* **************
28148 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNNNNNNTT
131 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATT--GATTTTAAGTTGAAT
* * * *** * * *
28190 TTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATAAGAA-AAAAAC
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* ** * *
28254 CCGTTCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTC
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
28318 TGAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAAT
131 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * *
28358 GTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
1 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *
28423 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAGTCACACATGCCTTCGAAGGCCTTATTACAT-AC
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * * * *
28487 TTTAAGTGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--T
* * * **
28531 TTTTTATAGTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGGCTGCCTTAGGAAAACATGAA-AAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAA-
* * **
28595 AGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTATGAAAGCCTTATTACTTAC
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
28659 TTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
28702 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAACCATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * * * * *
28767 CCATTTATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAATCATCTAAGCCTTCGAAAACCTTATTGCTCGCGT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
28832 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
131 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* *** * * * ** ** *
28873 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAACAAATGTATGCATCTAGAGCATGTGTAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA
** * * * **
28938 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGTC-TTCAACAGTCTTATTACTCAT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGC
* * * *
29002 TTTAAATGGATTTATAATCTCATAGTAT-ATTTTAAGTTAAAT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT
* * * *** * * *
29044 TTTTATACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CAAAGAGAAACGTGAACAAAT
1 TTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAA
* * * *
29108 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCC-TTCAAATGCCTTATTACTCG
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCG
* * * * * *
29172 CTTCAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTTAGTTCAATT
128 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * ** * * *
29216 TTTTTACATTTTTGCTTAAAACATAGTATAATTGAATGTATGTGTT--AAGAACTGTGAGGCAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAA-AAC-ATGAAGAAAA
* * * * * ** * * * * * *
29279 AGCCATCCGTAGGTATG-AAAGTCTGTTTATGGTCACTCAATCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGC
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
29343 TTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAAT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
29385 TTTTAATATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTATG-CTTCAGG-AAACGTGAGGCAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GGAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
29448 AGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAATCTTTTGAAAGCCTTGTTACTTGC
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
29513 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--T
* ** * * * ** *
29557 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTATCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * ** *
29622 TCATGCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCG-AAGCCCTTATTACTCGCT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCT
* * * *
29686 TTAAATAGGTTCATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * *
29728 TTTCTTACATTTTTAGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAA-ATGTAAGGAAA
1 TTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATG-AA-GAAA
* * * *
29792 AAGCCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCAAGCCTTTGAAA-ACTTAATTACTC
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTC
* *
29856 GCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** * * *
29900 TGCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCATGTAAACCATGAAGAAAAA
1 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
29965 GCCATTCATTGTCAATAAAAGTCTATTTATA-T-ACGTCCAAGCC-TTCAAACGCCTTATTACTT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC--CCAAGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTC
* * ** * *
30027 GCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAATCGAAT
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * * * *
30071 TTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTGTT-GAGAACTGTGAGGCAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAC-ATGAAGAAAAA
* * * * ** * * ** * *
30135 GCCATCCGTAGGCATG-AAAGTCTGTTTATAGTCACTCAATCCTACGAAAGCTTTGTTACTCGCT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
30199 TTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * * * * *
30240 TTTTTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAATGTATGCCTCAGG-AAACGTGAGGCAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * * * * *
30304 CCCATCCATTTTCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
30369 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * *
30411 TTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGTCC-TGCG-AAACGTGAAGAAA
1 TTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTG-GAAAACATGAAGAAA
* * * * **
30473 GAGTCATGCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTG-AAGCCCTTATTACTC
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTC
* * *
30537 GCTTTAAATAAG-TTTATAATCTCATGATTAATTTTAGGTTGAATT
127 GCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
** * * * * *
30582 TTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCTTTGGAAAA-ATATAAGGAAA
1 TTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAT-GAA-GAAA
* * * * *** *
30646 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAATCACCTAAGCCTTTGAAAATTTTATTGCTCG
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* *
30711 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATAGAAAT
128 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT
* * * * * * * * *
30755 GTTTAACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGCAAACCGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * * *
30820 CCAATCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCTAAGCCTTCT-AAAACCTTATTACTTGCC
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
30884 TTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAATTAAAT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
30925 TTTTTACATTTTTGTTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AAAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * **
30989 GCCATTTATTGG-ATGAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTTAC
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* * *
31053 TTTAAATGGTTTTATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* ** * * * *
31096 TTTTTACTTTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATCTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
** * * * * * * * *
31161 TTATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTTCTCACTT
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*
31226 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
131 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
31266 TTTTTAACATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTTGG-AACCATGAAGAAAA
1 TTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAAACATGAAGAAAA
* * *
31330 AGCCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAA-ACTTTCGAAAG-CTCTATTACTC
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-GAAAGCCT-TATTACTC
*
31393 GCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * ** *
31437 CTTTT-CTATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTGCCTTTGAAAATGTGTAG-AAAA
1 TTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* *
31500 GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAACAGCCTTATTACTCGC
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* *
31564 TTTCAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAA-
129 TTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * * * *
31605 TTTTTATATGTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAAT-ATCGGCTTAGAGAAACGTGAACATATA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAA
* * * * * ** * **
31669 GCCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTTCT
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* *
31734 TCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
31776 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATATCTGGCTTAGG-AAACATGATGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAA
* * * ** * * * *
31840 GCCATGCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTTTAATCACCCATG-CTTTGGAAGACCTTATTACTCGC
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* *
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* * * * * * *
31946 TTATTTACATTTTT-GTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * * *
32010 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATCA-TCAATCATGCCTTTTAAGGCCTTATTACTTGC
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
*
32074 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
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* ** * **
32116 GTTTTTATATTTTTAATTAAGAA-A-ATTATAATTGAAT-TTGTACCTCAGAAAACATGAAGAAA
1 -TTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTTGGAAAACATGAAGAAA
* * * * * * **
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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1 TTTTTACAT--TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAA
* * * * * * * * *
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* *
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** * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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** * ** * **
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* * * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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* * ** * * * *
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** * *
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* * *
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127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
** * * *
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* * * * * **
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*
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* * * * * * * * * *
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1 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
** * * * * ***
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGA-AGAAAAA
** * * * * * **
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* *
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* * *
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1 TTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGA-AGAAA
* * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
33999 GTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGGAGAAAAA
1 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * **
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* * *
34129 TTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAAT
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
34170 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACC-TCAACAAACA-CATAGAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGA-AGAAAA
* * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** **
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** ** * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
39400 TTTTATTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC-AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * *
39464 TTCAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGC
65 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
39529 GAGTAATAAGG-CTTTCGAAAGCTTGGCTGACTATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
39571 TTTTCTTACTAATGAATGGCTTATTCTTCATAG-TTCGTATGGTAGATATTTAATTATTATCTG-
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
39634 TTTAACTAAAAAA-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAA
65 TTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAA
* * ** *
39697 ACAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTC
128 GCGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGAC
* * * * * * * *
39742 TTTT-TTGCTAATGAATAGTCTTTTGT-TTACAT-TTT-TTGAAGGAAAACATTTAATTATAATA
1 TTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTT-TCTT-CATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATC
** * * * * * * * *
39803 TGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATTAGTCATGAGATTATGAAACCGTTTAA
62 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * **
39868 AGCGAGTAATAAGGGC-TTCGAAGACATGGGTGACTATAAGTCAAC
127 AGCGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
39913 TTTTCTTACTAATGGATGACTTTTTCTTTATGTTT-CAAAGGACAGATGTTCAATTATAATATGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGT
* ** * *
39977 TATAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAA-
65 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
40040 CAAAGCAACAAGG-CTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATCAAC
129 C-GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** * * * *
40084 TTTTCATGCCGATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTATTGAGACATACATTCAATTATAATATGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * *
40149 TTAAGTAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAG
66 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
40213 ATTAACAAAG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGAC
131 AGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** * * * * *
40254 -TTTCATGCTAGTGGATGGCTTTTGCCACTTATTTCCTAAGACAGATATTCAATTATAATATGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * * *
40318 TTAAGTAAAACTAT-AAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTA-ATAAACGATTTAAAGT
66 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGC
* * * * *
40381 GAGTAAGAAGG-CTTTTGAAGGCTTAGGTGAGTATAAATGGAT
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * * *
40423 TTTTCTTGCTACTGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTATGAGGTAGGCATTTAATTATAATTTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
40488 TTAATC-AAAAATATAAAAACATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
66 TTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * *
40552 AAGTAATAAGGCC-TTAAAAGGCATGGTTGACTATAAATGAAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * *
40594 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCGTTAGGCAAATATTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
40659 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
66 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
40724 AGTAATAAGGTC-TTCCAAAGCATT-GGCGATTATAAATAGAC
131 AGTAATAAGGCCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
40765 TTTTCTTACCAATGCATGGCTTTTTCATT-ATGTTTCCTAAGCCAGATATTCAATTGTAATATGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
40829 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTCAAGC
65 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
40894 GAGTAATTAGG-CTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
40936 TTTTCTTGCCAACGAATGGCTATTTGTTCACT-TTTCTCT-GGGCTGATATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* ** * * * **
40999 TTTTAACTAAAAACATATAAAAATTTACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAG
64 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
41064 CTAGTAATAAGG-CTGTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCCT-TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
41107 TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTACA-CATT-CTCAGAGGC-GAAGATTCAATTATAATCT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A-AGGCAG-ACATTCAATTATAATCT
41169 GTTTTAACCAAAAACA-G--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
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* *
41231 AAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGAC
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* * * * *
41277 TTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCATGGTTCCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
41342 TTCACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAACCATTTAAAG
66 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT--AAAACCATTTAAAG
* * * * *
41407 TGAGAAATAA-GACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
129 CGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
**** *
41450 TTTTCTTTTTGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * * *
41515 TTCATTAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
66 TT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * **
41579 AAGTAAGAAGG-CTTTCGAAGGGTTTGATGACTATAAATAAAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
41621 TTTTC-CATCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTC-AGAGGCGGACATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * **
41684 TTTCAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAGGG
64 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** *
41748 CAAGTAATAACG-CTTTAGAAGGCTT-GGACATCTATAAATAGA-
129 CGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGA-CTATAAATGGAC
**************************** *
41790 TTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTAT
1 TTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
41854 TTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGT
65 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *** ** *
41919 GATTAATAA-AATTTTTAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
41961 TTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTTTCATTTTTCC-AAAGCAAACATTCAATTATAATATG
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-C-TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
42025 TTTTAATC-AAAAATGTAAGAAAAATTTAACCTAAAATTAATCATGAGATTAT-GAACCTATTTA
64 TTTTAA-CAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTA
* ** * **
42088 AAGCGAGTAATAAGGAC-TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAGTACAC
126 AAGCGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
42134 TTTTCTTGCCAATGCATGACCTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGACAGACGTTTAATTATAATTTGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
42198 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAA
65 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
42231 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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174 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:44348 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44045--44368 Score: 411
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
44035 AAGGCTTGGA
** * *
44045 TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAACGCCTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGTAAATATTC
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**********
44110 AATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAA
66 AATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAA
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131 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGTG
* * *
44215 TGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGT-AATTGAATGGCTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGCAAACAT
1 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAA-TGAACGCCTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGCAAACAT
* *
44278 TCAATTATAATCTGTTTTAACTACAA-ATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTA
* *
44342 TAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGG
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
44369 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAACGCCTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGTG
Found at i:45162 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44735--45954 Score: 1036
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
44725 ATCAATTATG
* * * * *
44735 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAATAATACAAAAAAATTTA-ATAAAATCAATTGTGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
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** * * * ** * *
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* * * ** *
44903 ACATTTAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTGAAATCAATTATGAGA
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* * * ** * **
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65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** *
45033 CTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCTCTGGGTAA
130 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAA
* * * ** * * *
45074 ATATTCAATTATGATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTATTTAAAATTAATTATGAAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
45139 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGTCTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * **
45204 CTTG-CAATTGAATGGGTTTTTC-T-ACATGTTTTCAAAACCAGA
130 CTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTCTC-AAGGCA-A
* * * * * *
45246 A-ATTCATTTATAATCCGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT--ACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * *
45309 ATTATAAAATTATTTAAAGCAAGCAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATAGG-CTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTT
* * *
45373 TTCTTGCCAATGTATGGC--TTT-TTCACTATGGTTC-CTATGGCAG
128 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-AT--TTCTC-AAGGCAA
** * **
45416 GGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATCCATCTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTA-CTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
45481 TTATAATAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACATTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT
* * * * **
45546 T-TTGCTAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTT-TCCTAAGGCAA
129 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-C-AAGGCAA
* * * * * * * * *
45588 ACATCCAATTACAATATTTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAACTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-TACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
45653 TTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGCCCTTCAAAGGC-TGGAGTGAATATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
45717 TCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTCCATGTTTCCCAAGGCAA
129 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAA
* *
45759 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
45824 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
45889 CTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCACATTT-TCAGGGGCAT
130 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCA-AGGCAA
* *
45929 ACATTCAATTATAATCTATTTCAACC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
45955 TAAACCCTAA
Statistics
Matches: 845, Mismatches: 174, Indels: 64
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.03
169 31 0.04
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171 498 0.59
172 151 0.18
173 4 0.00
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAA
Found at i:45424 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 44734--49057 Score: 3103
Period size: 342 Copynumber: 12.4 Consensus size: 341
44724 AATCAATTAT
* * ** *
44734 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAATAATACAAAAAAATTTAA--TAAAATCAATTGTGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
44797 ATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTGATAAGGCCTTT-GAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * * * * *
44861 TTCTTATCTATGCAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTCTT
129 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * *
44925 AACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCATGCGAG
194 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * ** * ** * *
44990 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTC
259 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * *
45055 TTCACATTTCTCT-GGGTA
324 CTCATATTTC-CTAAGGCA
* * * * ** * * * * *
45073 AATATTCAATTATGATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTATTTAAAATTAATTATGAA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAG
*
45138 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGTCTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
45203 TCTTG-CAATTGAATGGGTTTTTCTACATGTTTTCAAAACCAGAAATTCATTTATAATCCGTTTT
130 TCTTGCCAA-TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * **
45267 AACAAAAAATGTAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAGCAAG
194 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * * *
45332 CAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGTATGGCTTTTT
259 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
** *
45396 CACT-ATGGTTCCTATGGCA
323 C-CTCATATTTCCTAAGGCA
** ** * *
45415 GGGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATCCATCTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
45480 ATTATAATAGC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACAT
65 ATTATAA-AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-T
* * ** * * * * * * *
45544 TTT-TTGCTAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTTCCTAAGGCAAACATCCAATTACAATATTTT
128 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTT-CAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
45608 TTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCA
192 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
45673 AGTAACAAGCCCTTCAAAGGC-TGGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-TTT
257 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * *
45736 TTTCTCCATGTTTCCCAAGGCA
321 TTCCT-CATATTTCCTAAGGCA
* *
45758 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
45823 ATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACT
65 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGGGTGACTATAAATGGACT
** ** * *
45886 TTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCACATTTTCAGGGGCATACATTCAATTATAATCTATTT
128 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTT
*
45950 CAACCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATTTCAAACCCAAAAATAACAAAAAATTCAACTTAA
192 -----T------T-AA--C-AAA----AAA--T-----------GT-A-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
46015 AATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAACAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGAC
223 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * * *
46079 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTCCCTCACAATTCCCATGGTA
287 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATATTTCCTAAGGCA
* * * * *
46134 GACATTCAATTATAATCTGCTTTAGCTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTGAAATCAAATATGA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
46199 GATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * ** * * ** *
46264 TACTTGAGAATGAAT-GGCTTTTCTTCACATTTTTAGAGATAGAGATTCAATTATAATCTGTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * **
46328 AACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAA-CAATTTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGTGA
194 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * * * * * * *
46392 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGAC-TTTCATACCAATGGATAGCTTTTG
258 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * * *
46456 CTTTATTTTTTCTAAGACA
323 CCTCATATTTCCTAAGGCA
* ** * *
46475 GACATTGAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGTGA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
46540 TTATGAAAGTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGATTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * *
46605 CTTGCCAATGAAT-GGATTTTCTTCA-CCTTTCAGAGGCATACATTCAATT-TTATTTATTTTAG
131 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-
* *** * * ** * *
46667 CCTAAACCCTAAACCT-TAATCCCTAAACCCTAAACCCATAAACATCAAAAAATTAAACTTA-AA
195 AC-AAA----AAA--TGTAA-----AAAAATTCAA--CTTAAA-ATC-AATTATGAGA-TTATAA
* * ** ** * * *** * ** * **
46730 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAGGT-GAC
243 AACCATT-T-A-A--A-GCAAGTA-ATAAGGCT--TTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
46793 TATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTCTCACAATTCCTATGGCA
298 --T---T-----T-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATATTTCCTAAGGCA
* * * * *
46848 GACAATCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAC
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
46912 ATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * * *
46977 TCTTGAGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGGCAGAGATTCAATTATAATCTGTTTGA
130 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * **
47042 ACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA-CAAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGTGAG
195 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * ********** * * *
47105 TAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGGATAGCTTTTGC
259 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* ** * *
47170 TTCACGTTTTCTAAGACA
324 CTCATATTTCCTAAGGCA
* * *
47188 GACATTGAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
47252 ATTATAAAAGTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTAACTACAAATGGACTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
47316 TTCTTGCCAATGAAT-GGATTTTCTTCACGTTTT-AGAA-GCATACATTCATATT-TAATCTATT
129 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCA-AAGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTT
* *
47377 CTAGCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCATAAACATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
192 -T----T-AA--C--AA----AAA---AT----GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
47442 ATTATAAAACCATTTAAAGCTACTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTAATAAATGGACTT
236 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGACTT
* * * * *
47507 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCCTCACAATTCCCATGGCA
300 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATATTTCCTAAGGCA
* * * * *
47549 GACAATCAATTATAATTTGTTTTAGCTAACAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
47613 ATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGTTTTCG-AAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
47677 TCTT-CCAAATGAATGGCTTTTCTTCTTC-TGTTTT-ATAGAGGCAGAGATTCAATTATAATCTA
130 TCTTGCC-AATGAATGG-GTTT-TTCTTCATGTTTTCA-A-AGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
47739 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAG
190 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
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255 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * **
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320 TTTCCTCATATTTCCTAAGGCA
* * *
47891 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** ** * ** * *
47954 GTTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTTGTAAGG-TTTTTAAAGGCTAGGGCAATTATAAATAGACTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * *
48018 TTCTTGCCAATGAAT-GGCCTTTATTCATGTTTTCAAAAGCAGACATGCAATTATAATATGTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
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194 AA-CAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
*
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257 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * *
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322 TCCTCATATTTC-CTAAGGCA
* *
48229 GACATTCAATTTTAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
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* * * * * *
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* * *
48420 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
190 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * ** * * * *
48485 TGAGTAACAAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGCCATTGGATGGCTT
255 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * *
48550 TTGCCTCAT-GTTCTTCAAGACA
320 TTTCCTCATATTTCCT-AAGGCA
* * * * * * * *
48572 TAGATTCAATTATAATATGTTTTAA-GAAAATATGTAAAAACATTTAGCTTAAAATCAGTTATAA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-AATTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
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64 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * *
48701 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAGACATTTAATTATGATCTTTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
48766 CACCCAAAAA-GTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
194 -AACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
48830 AAGTAATATGGCTTTCGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTT
256 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * *
48895 GTCATCATTTTTTCAAAGGCA
321 TTCCTCATATTTCCTAAGGCA
* ** ** * *
48916 AACATTCAATTATAATCTGTTTCGACCAAAAACATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATAA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGA
* * * **
48981 GATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GG-GACTATAAGTAAACT
64 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
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128 TTTCTTGCCAATGAA
49058 NNNNNNNNNN
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TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCT
CATATTTCCTAAGGCA
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1 CCTAAA
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CCTAAAC
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* * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * *
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*
46298 AGAGATAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
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* *
46340 AAGAAAATTCAACTTAAAA-CAATTTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * **
46404 TCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGAC-TTTCAT-ACCAATGGATAGCTTTTGCTTTATTTTTT
64 TCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTT
* * *
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* * * ** *
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1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTT
* * * *
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AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
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46657 TTTATTTTAG
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* *
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1 CCTAAAC
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1 CCTAAAC
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1 CC-TAAAC
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Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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CCTAAAC
Found at i:46995 original size:170 final size:169
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Indices: 46713--49057 Score: 1955
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46703 CATAAACATC
* *
46713 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTC
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* * **
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* * *
46843 TGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAAAATGT
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* * * * *
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* ** **
46948 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGAGAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTTTA
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* * * *
47012 GAGGCAGAGATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATAT
130 -AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* * ** *
47053 AAAAAATTCAACTTAAAA-CAAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* ********** * * *
47117 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCAC-GTTTT
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* * * * *
47180 CTAAGACAGACATTGAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT
127 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
** * * *
47223 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
47288 AAAGGCATGGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGA--TTTTCTTCAC-GTT-TT
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTC-TCACTGTTCCT
* * * * *
47349 AGAAGCATACATTCATATT-TAATCTATTCTAGCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCAT
129 A-AGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAG-CT-AA----AAA---T------GT
*** * * *
47406 AAACATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTACTAATAA
1 AAA-A-AATTCAA--C---TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
*
47471 GGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCCTCAC
59 GGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTCAC
** * * * * *
47536 AATTCCCATGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAGCTAACAATGT
122 TGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* *
47584 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGTTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * *
47649 GAA-GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGC-TTTTCTTCTTCTGTTTT
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGACTTTTTC-TC-ACTG-TTC
* * * *
47711 ATAGAGGCAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
127 CTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* * *
47755 AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
47820 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCA-TGTTTC
65 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTC-TCACTG-TTC
** * *
47883 CTAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATAT
127 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* * ** ** * *
47925 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTTGTAAGGTTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * ** * * * * * *
47990 AAAGGCTAGGGCAATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTAT-TCA-TGTTTTCA
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTCACTG-TTCCT
* * * * * *
48053 AAAGCAGACATGCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAACAT-A
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* *
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1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
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66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCACT-GTTC-CT
* * * *
48223 ATGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT
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* *
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* * * * * *
48329 TT-AAAGG-TATGGTTGACTATAAGTGGACCTTTCTTGCCAAT-ACATGGCTTTTGCTTCA-TGT
63 TTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTC-TCACTGT
* * * * *
48390 TTCTCAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTTA-ATAAAAAATGT
125 TCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCT-AAAAATGT
* * ** * *
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1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * *
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* * * *
48565 CAAGACATAGATTCAATTATAATATGTTTTAAG--AAAATATGT
129 -AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAA-ATGT
* * * * *
48607 AAAAACATTTAGCTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
48672 CGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCC
65 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC-TCA-CTGTTCC
* * * * * *
48737 -AAGGTAGACATTTAATTATGATCTTTTTTCACCCAAAAA-GT
128 TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAAATGT
* * *
48778 AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCT
1 ---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
48843 TTCGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCATCATTTTTT
63 TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC-TCACTGTTC
* * * * * **
48908 CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCGACCAAAAACATAA
127 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAGCTAAAA-ATGT
* * * **
48953 AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* **
49018 GAAGGCTT-GG-GACTATAAGTAAACTTTTCTTGCCAATGAA
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
49058 NNNNNNNNNN
Statistics
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194 1 0.00
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AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
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GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
Found at i:47400 original size:14 final size:15
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1 CCTAAACCCATAAAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.41, G:0.00, T:0.14
Consensus pattern (15 bp):
CCTAAACCCATAAAC
Found at i:47619 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47413--49057 Score: 1632
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
47403 CATAAACATA
* * *
47413 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTACTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
47478 AAAGGCTTGGGTGACTAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCCTCACAATTCCC
66 GAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCC
* * * *
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* *
47584 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGTTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* *
47649 GAA-GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTCTTCTTC-TGTTTT
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGC-TTT-TTCTTCATATTTC
** * * *
47711 ATAGAGGCAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
128 CCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* * *
47755 AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
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** * *
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130 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* * ** ** * *
47925 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTTGTAAGGTTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * ** * * * * * * *
47990 AAAGGCTAGGGCAATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-CTTTATTCATGTTTTCAA
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCA
* * * * * *
48054 AAGCAGACATGCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAACAT-A
131 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAA-ATGT
* *
48095 AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
48160 GAAGGGTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCTCATAATTCACA
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCA
* * * *
48224 TGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT
131 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
* *
48264 AAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCT
1 -AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CT
* * * * * *
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63 TTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATATT
* * * * *
48391 TCTCAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTTA-ATAAAAAATGT
126 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCT-AAAAATGT
* * ** * *
48436 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * * *
48501 CGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGCCATTGGATGGCTTTTGCCTCAT-GTTCTT
65 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC-C
* * * *
48565 CAAGACATAGATTCAATTATAATATGTTTTAAG--AAAATATGT
129 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAA-ATGT
* * * * *
48607 AAAAACATTTAGCTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
48672 CGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCC
65 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCC
* * * * * *
48737 AAGGTAGACATTTAATTATGATCTTTTTTCACCCAAAAA-GT
130 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAAATGT
* * *
48778 AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCT
1 ---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
48843 TTCGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCATCATTTTTT
63 TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC
* * * * * **
48908 CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCGACCAAAAACATAA
128 CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAGCTAAAA-ATGT
* * * **
48953 AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* **
49018 GAAGGCTT-GG-GACTATAAGTAAACTTTTCTTGCCAATGAA
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
49058 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1216, Mismatches: 222, Indels: 73
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 40 0.03
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCA
AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
Found at i:50654 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 50325--51440 Score: 1070
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
50315 NNNNCCTTTG
* * ** * * * * * *
50325 AAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCTATGCAT-A-GTTTTCTTTATGTTTCCCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTA
* * * * * * * *
50388 AGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTGA-CTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTA
66 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
50452 TGAGATTGTAAAACCATTTCATGCGAGTAATAAGGCTTTTA
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * *
50493 AAGGCATAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTCTCTA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTA
* * * * *
50558 GGCAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCTATTTAAAATCAATTA
66 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
50623 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * * **
50664 AACGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTACATGCTTTC-AA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCT
* * * * *
50728 AGCCAGACATTCATTTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAAT
65 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * *
50792 TATGAGATTATAGAACCATTTAAAATGAGCAGTAAGGCTTTCG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * *
50835 AAGGCTTCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGTATGGCTTTTTCTCCATAG-TTC-CT
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCTCT
* ** *
50898 ATGGAAGGGATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
65 A-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAAT
** *
50963 TATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCA
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * * * *
51006 AAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCTAATAAATGACTTTTCCTTCCTGTTTTTCTA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-
* * * * * * * * * *
51071 AGGAAAATATCCAATTACAATATGTTTTAACCAAAACTGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAACT
65 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
51136 ATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAACAAGCCCTTCA
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * *
51178 AAGGC-T-GGAATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTTTTCCATGTTT-T
1 AAGGCATAGG--TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-CATGTTTCT
* * * * *
51239 CCGAGGCAAACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCA
63 -CTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
*
51304 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
126 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * *
51349 AATGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTT-TCAA
1 AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-T
* *
51412 AGGCATATATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
51441 GCCTAAATCC
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 147, Indels: 46
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.04
169 1 0.00
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173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTA
GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
Found at i:51271 original size:343 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 340
50323 TGAAGGCATG
* * * * * * * * *
50333 GGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATC-TATGCAT-AGTTTTCTTTATGTTTCCCAAA-GTAAAC
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAAATGAATGACTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGGCAAAT
* * * * * * *
50395 ATTTAATTATAATCTATTTTGACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTG
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
50460 TAAAACCATTTCATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT--AAGTGGCTATAAATGGACTTTTC
129 T-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGAA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
50523 TTGCCAATGAATGGCTATTTCTT-CATGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA
192 TTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCCATGTTTC-CTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
50587 TAAAAAATATAAAATAATTCT-ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
256 TCAAAAATGTAAAA-AAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* *
50651 AATAAGGCTTTCGAACGCGTG
320 AATAAGGCTTTCGAACGCTTA
* * * * * *
50672 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTACATGCTTTCAAAGCCAGACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGA-CTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAAATA
* * * * *
50737 TTCATTTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * *
50802 TAGAACCATTTAAAATGAGCAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTCGG--TGACTATAAATAGACTTTTC
129 TA-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGAATGACTATAAATGGACTTTTC
* * **
50865 TTGCCAATGTATGGC-TTTTTCTCCATAG-TTCCTATGG-AAGGGATTCAATTATAATCTGTTTT
192 TTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCCAT-GTTTCCTA-GGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
50927 AATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGTG
254 AATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* *
50992 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTA
319 TAATAAGGCTTTCGAACGCTTA
* * * * * * *
51014 GGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCTAATAAATGACTTTTCCTTCCTGTTTTTCTAAGGAAAAT
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTT-CTTCATG-TTTTCAAAGGCAAAT
* * * * * *
51079 ATCCAATTACAATATGTTTTAACCAAAACTGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
51144 ATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAACAAGCCCTTCAAAGGC-TGGAATGAATATAAATGGACTTTTC
128 ATAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGAATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
51208 TTACCAATGAAT-ACTTTTTTTTCCATGTTTTCCGAGGCAAACATTCAATTATAATGTGTTTTAA
192 TTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCCATG-TTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
51272 CCAAAAATGTAAAAAAGT-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
256 TCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
*
51336 AATAAGGCTTTCGAATG-TATA
320 AATAAGGCTTTCGAACGCT-TA
* *
51357 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCATATAT
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAAATAT
51422 TCAATTATAATCTGTTTTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTA
51441 GCCTAAATCC
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 112, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 28 0.04
340 5 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAAATAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGGCTTTTTTTTCCATGTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAACGCTTA
Found at i:51805 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 51489--51844 Score: 475
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
51479 AAAAAACAAC
* *
51489 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC
* * *
51554 AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTCTCACAATTCCCA
66 AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACATCACTTGACAATGAATAGCTTTTCTCTCACAATTCCCA
* *
51619 TGGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAGCTAAAAATGTA
131 AGGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATGTA
* * *
51660 AAAACAATTCAACTTAAAATCCAA-TATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTT
* * ** *
51724 TCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTCACTTGAGAATGAATAGCTTTT-TCTTCA-TGTTT
64 TCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACATCACTTGACAATGAATAGCTTTTCTC-TCACAATTC
** * **
51787 TTAGAGGTAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
128 CCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATGTA
51832 AAAAAATTCAACT
1 AAAAAATTCAACT
51845 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 20, Indels: 8
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 18 0.11
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173 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC
AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACATCACTTGACAATGAATAGCTTTTCTCTCACAATTCCCA
AGGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATGTA
Found at i:52867 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 52834--52876 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 6.0 Consensus size: 7
52824 TCTATTTTAG
52834 CCTAAAC
1 CCTAAAC
* *
52841 CGTAATC
1 CCTAAAC
*
52848 CCTAATC
1 CCTAAAC
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1 CCTAAAC
52862 CCTAAAC
1 CCTAAAC
52869 CCATAAAC
1 CC-TAAAC
52877 ATCAAAAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
7 26 0.84
8 5 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.40, G:0.02, T:0.19
Consensus pattern (7 bp):
CCTAAAC
Found at i:55117 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 54654--55194 Score: 452
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
54644 AATAAGGCTT
* * * * ** * *
54654 GAGGCATACATTCAATTATAATATATTTTACGCAAAAATGT-AAACGATTCAACATAAAATCAAG
1 GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * * * * * *
54718 TA-AGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTTCGAAA-GCTTGAGTGACTATAAA
66 TATA-AAACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAA
** ** * * * ** * *
54781 CAAAC-TTTCAAGACAAGGGATGGCTTTTGCAT-A-ACATTTCC
129 TGAACTTTTCTTGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATAC-TTTCC
* * ** *
54822 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTGAAAATGTAAAAAAATTCAATTTATAATCAA
1 -GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * * *
54887 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGGGTGACTAT-AAT
65 TTATAAAACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
54951 GAACTTTTCTTGCCAAT-AAATAGCTTTTTCTTCATACTTTCC
130 GAACTTTTCTTGCCAATGAAA-AGCTTTTTCTTCATACTTTCC
* *
54993 GAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAA
1 GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAG-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* ** *
55057 TTATAAAACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCATGGTTGACTATAAAT
65 TTATAAAACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * * * ** *
55122 GGTCTTTTCTTGCTAATGTAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC
130 GAACTTTTCTTGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATACTTTCC
* * * * *
55164 GAGCCAGATATTTAATTATAAAATATTTTAA
1 GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
55195 CCAAANNNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 61, Indels: 19
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.15
170 186 0.62
171 63 0.21
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
TATAAAACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
AACTTTTCTTGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATACTTTCC
Found at i:59627 original size:171 final size:171
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Indices: 59380--61907 Score: 2259
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 171
59370 AGGAAACGTA
* *
59380 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAACCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * *
59445 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAAATTTTTTACATTTCTAG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG
* * *
59510 TTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGATAA-ATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AACATG
* * * * **
59551 AAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATCTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
59616 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG
* * * *
59681 ATAAAATATATTATAATTGAATATCTATCTCTGA-AAACATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATG
* * * * * * *
59722 -TGACAAAAGCTATCCATT-GTAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGCATT
1 AAGA-AAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * ** * * * *
59785 GTTACTCACTTTACATGGTTTTATAATCTTGTGATTAATTTGAAATTG-AATTGTTTTACATGTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACAT-TT
* * * * * * *
59849 TCA-TTAAAAT-GTATTCTAATTAAATGCCTATCTCAAGAAACAGG
127 TTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * *
59893 AAGCAAAAA-CCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTA
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * ** * * * *
59957 TTATTCACATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTGTTA
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTA
* * * * * *
60022 GTTAAAACATATTATAATTGAATATCTTCCAT-GAGAACCATA
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG
* **
60064 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTA-
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * * * * *
60128 TACTTGCTTTATATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAGGTTG-AATGCTTTTATATTTTTA
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTA
*
60192 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGA-AAACATA
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATG
* * * * * ** * *
60234 AAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTATCTAAACCCTCGAAAGCCTTAC
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
60299 GAATCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTATTAG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG
* * * *
60363 TTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGTAAACATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATG
* * * * * * * * * *
60404 AAGCATAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAATCATCGATGCCTTTGAAAGCATCA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
60468 TCAATAACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAGTGGATTTTGAGTT-AAATTTTTTACGTTTTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTA
* * * *
60532 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCAT-GGGAACCATG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG
* * * ** * * * *
60574 AAAAAAAAACCATTTATTGACAAAAGAAAGTCCATTCATAGTCACCCAAGCCTT-AAAAGGCCTT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTT
* * * * * * *
60638 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTTTATATTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTT
* *
60703 TAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGA-AAACATA
128 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATG
* * * * **
60747 AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTTTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
60812 TACTCAATTTAAATGGTTTTGTAGTTTTATAATTAATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTA
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTA
* * * * *
60876 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * *
60918 ATGAACAAAG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTA
1 AAGAA-AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
60982 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAGGTTG-TATTTTTT-CTATTTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAC-ATTTTT
* * * * *
61045 TGTTACAACATATTATAATTGAATGTTTACCAT-GAGAAACATG
129 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG
* * ** * * *
61088 AAGAAAAAGCCATTCATTGATGAA-AAAAGCCCATTTATAG-CTACTTATACTTTCG-AAGGCTT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
61150 GATTACTTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTCTTTTTACAA
64 -ATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AAT-TTTTTACAT
* * * ** * *
61213 TTTT-GATTAAAATATACTATAATTGAATGTCCATTTCTAGAAACGTG
125 TTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
** * ** * * *
61260 AAGCGAAAGCCATCCATTGG-ACAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
** * * * * * * *
61324 TTACTCTTTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTG
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTA
* * * *
61389 GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * * * *
61431 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTACAGTTACCCATTCCATCAAAAGTCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
61496 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAATTTGTTTACATTTTTT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACA-TTTTT
* * *
61560 A-TTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
129 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * * *
61602 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
61667 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG
* * * *
61732 TTGAAAGAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCTGA-AAACATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATG
* * * * * * *
61773 AAAAAAAAG-CATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
61837 TACTCACTTTAAATGGTTTTATTAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTCATTTATATTTTT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTT
*
61900 GGTTAAAA
129 AGTTAAAA
61908 GCCATTCATT
Statistics
Matches: 1898, Mismatches: 395, Indels: 129
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.01
170 588 0.31
171 987 0.52
172 226 0.12
173 76 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
Found at i:61849 original size:684 final size:682
Alignment explanation
Indices: 59371--61881 Score: 2534
Period size: 684 Copynumber: 3.7 Consensus size: 682
59361 GTTTGTCTTA
* * *
59371 GGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGA
1 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-A
** *
59436 AAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAAAT-TTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATGTTTT
* * * **
59499 TACATTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGATAA-ATGAAGAAAAAGTCA
129 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGTCA
* * * * * ** *
59563 TTCATTGGTAAGGAAAGTCCATCTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
193 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
59628 ATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATT
258 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAATAGATT
* * ** * * *
59693 ATAATTGAATATCTATCTCTGAAAACATGTGACAAAAGCTATCCATTGTAGAGAAAAGTTCATTT
321 ATAATTGAATGTCTACCTCTGAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTGTAGAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * *
59758 ATAGTT-ACTCATGCCTTCGAAAGCATTGTTACTCACTTTACATGGTTTTATAATCTTGTGATTA
386 ATA-TTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
59822 ATTTGAAATT-GAATTGTTTTACATGTTTCATTAAAATGTATTCTAATTAAATG-CC-TATCTCA
450 ATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACAT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCATATCT--
*
59884 AGAAACAG-GAAGCAAAAACCATTCATTGG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTC
511 AGAAAC-GTGAAGCAAAAACCATTCATTGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * *
59947 AAAAGCCTTATTATTCACATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
575 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
60012 TACAGTGTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTTCCATG
640 TTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
60055 AGAACCATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGA
1 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
** * * * * *
60120 AAGCCTTA-TACTTGCTTTATATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGCTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTA
* * *
60184 TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGA-AAACATAAAGAAAAAGCCATT
131 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * * * * ** * *
60248 CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTATCTAAACCCTCGAAAGCCTTACGAATCACCTTAAAT
195 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
60313 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTATTAGTTAAATTAGATTATA
260 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA-TAGATTATA
* * * ** *
60378 ATTGAATGTTTGCCT-TAGTAAACATGAAGCATAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTA
324 ATTGAATGTCTACCTCT-GAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATT-GTAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * * * * *
60441 TAATCATCGATGCCTTTGAAAGCATCATCAATAACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAGTGGAT
387 TATTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
60506 TTTGAGTTA-AATTTTTTACGTTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGT-C-TACCATGGG
452 TTTAAGTTAGATTTTTTTAC--ATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCATATC-T-AG
* * ** * * *
60567 AACCATGAAAAAAAAACCATTTATT-GACAAAAGAAAGTCCATTCATAGTCACCCAAGCCTT-AA
513 AAACGTGAAGCAAAAACCATTCATTGGACAAAA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * *
60630 AAGGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATGATTTATTTTAAGCTGAATTTTTT
577 AA-GCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
60694 TTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-
640 TT-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TG
* * * * *
60738 GAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
1 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
** * * * * * *
60803 AAGTTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAGTTTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTA
* * * * *
60868 CATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGATGAACAAAGT-ATT
131 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGTCATT
* * * * *
60932 TATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCATTTTAAAT
195 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
60997 GGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAGGTTGTATTTTTTCTATTTTTTGTTACAACATATTATA
260 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTA-AATAGATTATA
* * * * * *
61062 ATTGAATGTTTACC-ATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-ATGAAAAAAGCCCATTTA
324 ATTGAATGTCTACCTCTGA-AAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTGTA-GAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * * *
61125 TA-GCTACTTATACTTTCGAAGGC-TTGATTACTTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
387 TATTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCATT-ATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
61187 GATTTTAAGTTAGATTCTTTTTACAATTTTGATTAAAATATACTATAATTGAATGTCCATTTCTA
449 GATTTTAAGTTAGATT-TTTTTAC-ATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCATATCTA
* * * * ** *
61252 GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGAC-AGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATA-CCTTCG
512 GAAACGTGAAGCAAAAACCATTCATTGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCA
* ** * *
61315 AAAGCATTATTACTCTTTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTT
576 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
61380 TCATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
641 TCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * ** *
61422 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTACAGTTACCCATTCCATCAA
1 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * *
61487 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TTGTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTT-TTT
* *
61551 ACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
130 ACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * *
61615 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAA
194 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
61680 TGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTGAAAGAGATTA
259 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTT-AAATAGATTA
* * * *
61745 TAATTAAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTAGTA-AGAAAAGTCTATTT
322 TAATTGAATGTCTACCTCTGAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATT-GTAGAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
61808 ATATTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTAT-TGCATAATTG
386 ATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTG
61872 ATTTTAAGTT
450 ATTTTAAGTT
61882 GAATTCATTT
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 287, Indels: 104
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 66 0.04
682 208 0.14
683 295 0.20
684 701 0.47
685 151 0.10
686 59 0.04
687 5 0.00
688 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAATAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCTGAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTGTAGAGAAAAGTCCATTTATATT
CACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAGATTTTTTTACATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCATATCTAGAAACGTGA
AGCAAAAACCATTCATTGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
Found at i:62204 original size:308 final size:298
Alignment explanation
Indices: 61606--62214 Score: 713
Period size: 308 Copynumber: 2.0 Consensus size: 298
61596 AACATGAAGA
* *
61606 AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATACCTTTGAAGGCCTTATTACT
* * * * *
61671 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTGA
66 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAA
* * *
61736 AAGAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAG
131 AACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
61801 TCTATTTATATTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATTGCA
196 CCCATATATAGTCACCAAGTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTGCA
* * *
61866 TAATTGATTTTAAGTTGAATTCATTTATATTTTTGGTT
261 TAATTGATTTTAACTTAAATTCATTTATATTCTTGGTT
* * *
61904 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCAC-C-TATGCTTTCGAGGGCCTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATA-CCTTT-GAAGGCCTTATTA
* * *
61967 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACA
64 CTCACTTTAAATAGTTTTATAA--TC-----TT-ATAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTACA
* * * * *
62032 TTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAATCATTCAT
120 TTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAA-AAAAAAGCATTCAT
* * * * *
62097 TGGCAGGAAAAGCCCATATATAGTCACCTAAGT-CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA
184 TAGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACC-AAGTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
**
62161 TTTTATAA-TGTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTCTTGGTT
248 TTTTATAATTG-CATAATTGATTTTAACTTAAATTCATTTATATTCTTGGTT
62212 AAA
1 AAA
62215 GTAGATTATA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 39, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
296 2 0.01
297 5 0.02
298 69 0.27
300 2 0.01
305 2 0.01
306 18 0.07
307 52 0.20
308 106 0.41
309 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (298 bp):
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATACCTTTGAAGGCCTTATTACT
CACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAA
AACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAG
CCCATATATAGTCACCAAGTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTGCA
TAATTGATTTTAACTTAAATTCATTTATATTCTTGGTT
Found at i:62992 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 61904--63171 Score: 966
Period size: 170 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
61894 ATTTTTGGTT
** * **
61904 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCTATG-CTTTCGAGGGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTT-GAAAGCCTTATTAC
* * *
61968 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACAT
65 TCGCTTTAAATAGTTTTATAA--TC------TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATAT
** * * *
62033 TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGA
121 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
** * * * * * * ** *
62084 AAAAATCATTCATTGGCAGGAAAAGCCCATATATAGTCACCTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
62149 CGCTTTAAAT-GATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTCTTGGTTA
66 CGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
** ** *
62213 AAGTAGATTATAATTGCAA-GTCAGCCTT-GATAAACATGAA-A
130 AAACAGATTATAATTG-AATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGA
** * * * * * *
62254 AAAAATCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTTTTTGAAAGCCTTATTGC
1 AAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * * *
62318 TTACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATAGGTTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTAGCTA
65 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
* * ** *
62383 AAATA-TTTATAATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACAT-ATAGC
130 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGA-AGA
* * * * * * *
62424 AAAAGCCATCCACT-AGCAATAAATGTCTATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGTCTTTGAAAGCCTTATTA
* * *
62487 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG-ATTTTTTTATATTTTTGGTT
64 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
* * * * * *
62551 AAAACATATCATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAACCATGTAGA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * *
62594 AAAAGCCAATT-ATTAGTA-AA-AAAAGTCAATTTGTAGTCATCC-GTGT-TTTCAAAAGCCTCA
1 AAAAGCC-ATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTATGTCTTT-GAAAGCCTTA
* * * *
62654 TTGCTCG-TTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT
61 TTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * ** * ** * *
62718 AG-TAAAATATATTATAATTGACTGTCTATCTAAGGAAATGTAAAGC
125 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * *
62764 AAAAGACATCCATTAGA-GAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT
1 AAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CCTATGTCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * *
62826 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
63 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGT
*
62891 TGAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGA
128 T-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
* * *
62935 AAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
63000 TGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TGTATAATTTATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTATAGTTA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
* * * * *
63064 AAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTGGGAAACATGAAGA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
** * * * *
63106 AAAAGCCATTTGTTGGC-AGAAAGAGTCTACTTATAGTCACCCAAG-CTTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCTATGTC-TTTGAAAGCCTTATTA
63169 CTC
64 CTC
63172 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 191, Indels: 85
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 53 0.06
170 420 0.49
171 287 0.33
172 25 0.03
173 1 0.00
178 1 0.00
179 1 0.00
180 65 0.08
181 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
Found at i:78607 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 78178--78613 Score: 484
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
78168 CATTCATGAG
* * * * *
78178 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTGAGAGCTTCATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTT-ATTACTCTG--TTAAATGGTTTTATA
* * * *
78242 ATCTCATAATTGATCTTAATTTCAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATT
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
** ** * *
78307 GTTTACCCTAGGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
127 GCCTACCCTACAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAC
* * * * *
78350 AAAAG-CCTATGTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTC-TGTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
78414 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
78478 CCTGCCTTTCAAAACATGAAG-AAAAGCCATTTATTGGTAAC
128 CCTACCCTACAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAC
*
78519 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCTGTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCTGTTAAATGGTTTTATAAT
*
78584 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
78614 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 39, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 45 0.20
169 55 0.25
170 40 0.18
171 8 0.04
172 69 0.31
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTATTACTCTGTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCT
ACCCTACAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAC
Found at i:81724 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 81430--81891 Score: 511
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
81420 NNNNNNNNNN
* * * * **
81430 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCTTTCCATTGGA
1 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA
* * ** * *
81495 GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATCACTCAC-TTTAAAT-GATTT
66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATAG-CTT
* * * *
81558 TATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTT
130 TATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTT-TCTTACATTTT
* * * * * * *
81602 TTGTTAAAATATATTTTAATTGACTATTTGCTTTAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCACCCATTGGA
1 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA
* * *
81667 AAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGCTTT
66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATAGCTTT
* * *
81731 CTAATCTCATACCTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTT
131 ATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTT
* * * * * *
81773 TGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACAG-GAAGAAAAAGTCATTCATT-G
1 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
* * *
81836 ACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 A-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
81892 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 48, Indels: 10
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 100 0.42
172 134 0.57
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATAGCTTT
ATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTT
Found at i:82329 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 81992--82594 Score: 487
Period size: 169 Copynumber: 3.5 Consensus size: 166
81982 NNNNNNNNNN
* * * * *
81992 ATTACTAGCTTCAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTT
* * * * * * * ** ** * * **
82057 TGTTAAAATAGATAATAATTTACTGTCTGCCATGGGACCCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
63 AG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTC-TCCGAAACATGAAGAAAAAGCAATGCATTGACA
* * * * *
82122 ATAAAAGTCCATTTATAGTTATCCAA-GTCTTTGAAAGCCTT
126 ACAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCGAAAGCCTT
** *
82163 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTA
1 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTA
* *
82228 GTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGTCTCCGAAAGCATGAAGAAAAAATCAAT-CATTGACAA
64 GTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCCGAAA-CATGAAG-AAAAAGCAATGCATTGACAA
*
82292 CAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-GTGCCTTCGAAAGCCTT
127 CAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATGCCTTCGAAAGCCTT
* ** * * *
82332 ATTATTTACTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTATTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTA
* * ** * ** * **
82397 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAACGCCTTGCATTGGCATG
64 GTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-TCTCCGAAACATGAAGAAAAAGCAATGCATTGACAAC
* *
82462 AAAAGTGTGTTTATAGTCACCAATGCCTTC-AAAGACCTT
128 AAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAG-CCTT
* * * * * * * *
82501 ATTACTCGCTCTATATGGGTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCCATTTTTG
1 ATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTA
82566 GTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTTTGT
64 G-TAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTGT
82595 GTCGGAAAAT
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 68, Indels: 32
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.06
169 231 0.66
170 47 0.13
171 49 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAGT
AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCCGAAACATGAAGAAAAAGCAATGCATTGACAACAAA
AGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTT
Found at i:83185 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 82624--85953 Score: 2559
Period size: 171 Copynumber: 19.5 Consensus size: 170
82614 AAAAAAGCCA
* * * * * *
82624 TACTCG-TTGTAAATAGTTTTATTATTTCATAATAGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *** * **
82688 GTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCATGAGAATTGTGAAGAAAATGCCATTCATTTATAA
65 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * *
82753 GAAAAGTTCAGTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAATCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
82795 TACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTACATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTT
* * * * ** * * * * * * ** *
82860 ATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATCTCGAAAGACAAGAAGCAAAAGTCATCCACTGACAT
65 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
** ** * *
82925 GAAAAG-TCTATTTATAACCATTCAAGCCTTCGAATGCCTTGT
129 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
82967 TACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
83032 GTTAAAATAAAGTATAATTAAATGTTTGCCTCTGAAAACAT-AAAAAAAAGGCATTCATTGGTAA
65 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * *
83096 GAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
83138 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * ** * * * * * *
83203 TTAAAATATATCATAATTGAATGTTTGTCTCAACAAACATGAAGGAAAAGTCATCCACTGGCATG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * *
83268 AAAAG-TCTATTTATAGTCGA-TCAAGCTTTCGAAAGCCTTGT
130 AAAAGTTC-ATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
83309 TACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * ***** ** *
83374 TTAAAACAAATTATAATCGAATGTCCAAATTGGGAA-ATGTAAAGAAAAAGCCATGCATTGGTAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * * *
83438 TAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAGGCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
83480 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAGGTTCAATGTTTTTACA-TTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * * *
83544 ATTCAAACATATTATAATTAAATATTTGCCTCAAGAAATC-TAAAAAAAAAGGGCCATTCATTAA
66 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT--TGAAAACATGAAGAAAAA--GCCATTCATT-G
* * * *
83608 G-AAAAAAAGTCCATTCATAGTCA-CCAATGCCTTCGAAAG-TTTCAT
125 GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCTT-AT
* * * * * * ** * * *
83653 TACTTGCTTTAAATGGCTTTATAACCTTACAATTCATTTTAAGTTGAACATTTTTATAGTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * * *
83718 TTAAAATATATTATAATTGAATATTTGTCTTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATCCATTGGTATG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* ** * *
83783 AAAAG-TCGATCTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTGT
130 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
83824 TACTCGTTTTAAATGATTTTATAA--T-A-AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATGTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * *
83885 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCATG-AAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGCAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT--TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
** * * * *
83949 GAAAAGACCATTTATAGTCAACTATGCCTTTG-AAGACCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG-CCTTAT
* * * * * * *
83991 TACTCACTTTATACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTATGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * **
84056 TTAAAACATATTATAATTGAATGCTTCCCTTGGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * * *
84121 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTAT
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * * *
84162 TACTCGCTCTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTTC
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * ** * * * *
84227 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTACG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * ** *
84292 AAAAGTTGATCTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGT
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
84333 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAA--T--TAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATGTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
84394 TTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGCCTCATG-AAATATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT--TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * * *
84458 GAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAGGCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
** ** * * * *
84500 TACTCATTTTCTACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * **
84565 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTCCCTTGGAAAACATGAA-AAAAAGGCCATTCATTGACAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGTAA
* * * * *
84629 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * * *
84671 TACTCGCTCTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTTC
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * *
84736 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAGAACATGAAGAAAGAGCCATTAATTAGCAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * * *
84801 GAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
84843 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA-TTATTTA-ATTTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTT
* * * * * * **
84906 CTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAG-CATGAAACCCATTAAGAAAAAACCATTCATTGACA
65 GTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
* * *
84970 AAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGGAAGCCTTAT
128 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * *
85013 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACGATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TATTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * *
85076 ATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTGCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGATAA
66 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
**
85141 GAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * * * ** *
85183 TACTCGCTTTAAACGGGTTAATAGTCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTGTCTTTATATCGTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTT
** * ** * * * * *
85248 GTTAAATTACATTATAATTGAACATCTGCCTTAGCAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-
65 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GT
* ** * * *
85312 AGGAAAA--TCTATTTATAGTTGCCCATA-CCTTCGGAAGCATTGT
127 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
85355 AACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAGTTAATTTTGAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * * *
85420 TTGAAACAGATTATAGTTGAATGTTTACCTAGAAAA-ATGTGAACAAATAGCCATTCATTGATAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * ** * *
85484 -AAAAATATCCGTTTGTAGTCACTTATA-CCTT-TAAAGGCTTTAT
129 GAAAAGT-T-CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAA-GCCTTAT
* * * * *
85527 TAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAA-GTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * *
85591 TTAAAATATATTATAATTTGAATATTT-CCTATAAGAAAACATCAAGAAAAAGCCTTTCATTGGA
66 TTAAAACATATTATAA-TTGAATGTTTGCCT-T--GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
* * *
85655 AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
127 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * *
85699 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTTTAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTACATATTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * * *
85763 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTT-ATGAA-GTGTAAAGAAAAAGCCGTTAAAT-GTG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGT-
* * * * * * *
85825 AAGAAAAATCCCTTTATAATTACCCATGCCATC-AAAGGCCTTAT
127 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTAT
** * * * * * * *
85869 TACTCATTTTAAACGATTTTATAATCTCTTAGTTAATTTTAGGTTGAA---TTTT---TTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
*
85928 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTT
85954 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2512, Mismatches: 557, Indels: 186
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 30 0.01
166 3 0.00
167 253 0.10
168 10 0.00
169 34 0.01
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174 16 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
AAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
Found at i:84347 original size:509 final size:510
Alignment explanation
Indices: 82753--85794 Score: 2860
Period size: 509 Copynumber: 5.9 Consensus size: 510
82743 TCATTTATAA
* * ** * * * * * *
82753 GAAAAGTTCAGTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTA
1 GAAAAGTT-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
82818 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAA
65 AT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * ** * * ** ** * * *
82882 TGTCTATCTC--GAAAGACAAGAAGCAAAAGTCATCCACTGACATGAAAAGTCTATTTATA-ACC
127 TGTCTGCCTCATG-AA-ACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
82944 ATTCAAGCCTTCGAATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
190 ACT-ATGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
83009 GTTGAATTTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATAAAGTATAATTAAATGTTTGCCTCT-GAAAACA
254 GTTGAA--TTTTTT-CATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACA
* ** * * *
83072 T-AAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTT
316 TGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
83136 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
381 ATTACTCGCTTTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
* * ** * * * *
83201 TATTAAAATATATCATAATTGAATGTTTGTCTCAACAAACATGAAGGAAAAGTCATCCACTGGCA
445 TATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
83266 T
510 T
* * *
83267 GAAAAGTCTATTTATAGTCGA-TCAAGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTA
1 GAAAAGT-TATTTATAGTC-ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * *
83330 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATCGAA
63 TAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
**** *** ** * * * *
83395 TGTCCAAATTGGGAAATGTAAAGAAAAAGCCATGCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACC
127 TGTCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAAC
* * * *
83460 TATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAGGTT
192 TATGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
83525 CAATGTTTTTACAT-TTTTGATTCAAACATATTATAATTAAATATTTGCCTCAAGAAATC-TAAA
257 GAAT-TTTTT-CATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACATGAA
* * * * * * *
83588 AAAAAAGGGCCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACCAATGCCTTCGAAAG-TTTCA
320 AAAAAA--GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT-A
* * * * * * *
83652 TTACTTGCTTTAAA-TGGCTTTATAA-C-CTTACAATTCATTTTAAGTTGAACATTTTTATAGTT
382 TTACTCGCTTTAAACAGTC-TTATAATCTCTT--AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* *
83714 TTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTGTCTTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATCCATTGG
443 TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATCCATTGG
*
83779 TAT
508 CAT
* * * *
83782 GAAAAGTCGATCTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGT-TATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
*
83847 A-T-A-AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 ATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
83909 CTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCAACTAT
130 CTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAT
* * * *
83974 GCCTTTGAAGACCTTATTACTCACTTTATACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
195 GCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
84039 TTTTTTCATATTTATGGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTCCCT-TGGAAAACATGAAAAAA
260 TTTTTTCATATTT-TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACATGAAAAAA
*
84103 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
324 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
84168 CTCTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTTCTTAAAA
389 CTTTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAA
** * * *
84233 TATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAC
453 TATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAT
*
84291 GAAAAGTTGATCTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTT-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
84356 A-T--TAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAATGT
65 ATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
84418 CTGCCTCATGAAATATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
130 CTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAT
** ** *
84483 GCCTTTGAAGGCCTTATTACTCATTTTCTACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
195 GCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
84548 TTGTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTCCCT-TGGAAAACATGAAAAA
260 TT-TTTTCATA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACATGAAAAA
* * *
84611 AAGGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTC
323 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
84676 GCTCTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTTCTTAAA
388 GCTTTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAA
* * * * * ** * *
84741 ACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAGAACATGAAGAAAGAGCCATTAATTAGCAA
452 ATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGA-AACATTAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAT
* * * * * * * *
84801 GAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGT-TATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * ** *
84866 ATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA-TTATTTAATTTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAATG
65 AT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * ** * *
84930 TCTAG---CATGAAACCCATTAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC
129 TCT-GCCTCATGAAA--CATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAA
* * **
84992 CCAAGCCTTTGGAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACGATTGATTTTAAG
191 CTATGCCTTT-GAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
85056 TTGAATTTTTT-ATATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTGCCT-TTGAAAACATGA
255 TTGAATTTTTTCATAT-TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACATGA
* * * * * *
85119 AGAAAAAGCCATTCAGTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
319 AAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * **
85184 ACTCGCTTTAAACGGGT-TAATAGTCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTGTCTTTATA-TCGTT
384 ACTCGCTTTAAAC-AGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATT-T-TTTACATTTTTT
* * ** * * * *
85247 AGTTAAATTACATTATAATTGAACATCTGCCTTAGCAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG
446 A-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATCCATT-G-G
*
85312 -AG
508 CAT
* * * * * *
85314 GAAAA-TCTATTTATAGTTGCCCAT-A-CCTTCGGAAGCATTGTAACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 GAAAAGT-TATTTATAG-T-CACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * * * *
85376 TAATGTCATAGTTAATTTTGAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAGTTGAA
63 TAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * * * *
85441 TGTTTACCT-A-GAAAAATGTGAACAAATAGCCATTCATTGATAAAAAAATATCCGTTTGTAGTC
127 TGTCTGCCTCATGAAACA--TGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAA-GTCCATTTATAGTC
* * * * *
85504 -ACTTATACCTTTAAAGGCTTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
189 AAC-TATGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
85568 GGTTGAAGTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTTGAATATTT-CCTATAAGAAAAC
253 AGTTGAA-TTTTTTCATATTTTGGTTAAAACATATTATAA-TTGAATGTTTGCCTCT-AGAAAAC
* * * * * * *
85631 ATCAAGAAAAAGCCTTTCATTGGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCC
315 ATGAAAAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
85695 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTTTAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTACA-TAT
379 TTATTACTCGCTTTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
*
85759 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTA
444 TTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTA
85795 TGAAGTGTAA
Statistics
Matches: 2123, Mismatches: 341, Indels: 128
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 602 0.28
510 100 0.05
511 210 0.10
512 276 0.13
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514 235 0.11
515 219 0.10
516 104 0.05
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
GAAAAGTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TGCCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATG
CCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTCATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAACATGAAAAAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAACAGTCTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAT
ATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAT
Found at i:85538 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 85512--85552 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
85502 TCACTTATAC
85512 CTTTAAA-GGCTTTATTAATCG
1 CTTTAAATGGCTTTA-TAATCG
*
85533 CTTTAAATGGTTTTATAATC
1 CTTTAAATGGCTTTATAATC
85553 TCATAATTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.67
22 6 0.33
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
CTTTAAATGGCTTTATAATCG
Found at i:86806 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 86419--87681 Score: 931
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
86409 AAAAAATATG
* * ** * * * * **
86419 AAGAAAAATCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAACGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
86484 TAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATCAGTCAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * **
86549 TGTCTAG-CTTTAAATCATAAAGGAAAAGCCATTCATTGAT
131 TGT-TTGTCTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * ** * * *
86589 ATGAGAAGTCCATTTACAGTTGCCCAAACCTTCGAAAG-TCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
86653 ATAATCTCATAGTTAATTTTAGGTTGAGTTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
*
86718 ATGTTTGTCTAAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGC
130 ATGTTTGTCT-AGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * *
86760 AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * * *
86825 GAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTACTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * ** * *
86890 TGTTTACCATGGGACCCATGAAG-AAAAGCCATTCATTGAC
131 TGTTTGTC-TAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * ** ** * * **
86930 AAGTAAAGTCTATTTAGAGTCACCCAAG-CTTTTAAAGGCCATGTTGCTCTG-TCGAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCTTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTT
* * * * * * * * *
86993 TATAATCTCACAATTG-TTTTTA-TTAAATTTTTTTATATTATTGGTCAAAATAGATTTTAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
87056 AATGTCTT-CCTCAAAAAACGTGAAA-AAAAAGCCATTTATTGGT
129 AATGT-TTGTCT-AGAAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * *
87099 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAG-TATTATTACTCTCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
87163 ATATTTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAATATG-TTACAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTG
* * * * * * *
87226 AATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGCAGAAA-CCATCCATTGGT
129 AATGTTTGTCTAGA-AAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC
* * ** * * *
87269 ATGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAGATAGTTTCA
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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194 CAAAAATATAAAAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAG
** ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * *
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256 TAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTG
* * *
90125 CTTCATGTTTCATGAGGCAAAC
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* ** * *
90147 ATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTTAAAATTAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
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* * ** * * * * * * * *
90276 TTGCTAATGGTTGGCTTTTTCTTCATGTGTACCAAAG-TAGGCATT-TAGT-CAATCTATTTTAA
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* * * **
90338 -CTAAAATGCA-AATAAAAATT-AACTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGA
193 TCAAAAAT--ATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
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255 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTT
* * ** * *
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* * **
90476 ATTCAATTATAATATATTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
90540 TATAAATCTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
** * * * * * * *
90605 TTTCCAATGGGTGGC-TTTGCTTCATGTTCCCGAAG-TAGACAGTCAATTATAACACATTTTAAT
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * *
90668 GAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGA
194 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
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** * * *
90798 ACACTTCCTGAGGTACAC
324 ACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * *** * *
90816 ATTCAATTATAATATATTTT-AACTAAAATGTAAAAAACCCCAGCTTAAGATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
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* * * * *
90943 CTCTCTAATTG-AT-G-ATTTTCGTTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTT
130 -T-TCCAA-TGAATGGCTTTTTC--TTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTT
* * ** * * * * * *
91005 TAATAAAAAATGTAAAAAGGTTTAACTTAAAATCAGTTGTGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAA
190 TAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * * * **
91070 GTAATAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGT-CAAT-GACTAACTTT
255 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGGA-TGGCTTT
* * * *
91133 TTCTTCATGTTTCTTGAAGCAGAC
318 TGCTTCACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * * * *
91157 ATTCAGTGATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTC-ACTTCAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * *
91220 TTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGTTTTAGTGACTATAAATAGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** * *
91285 CTCTCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAATTAGAATATATTTTAA
129 -TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * ** *
91350 -CTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAA-TATGAGATTAGAAAAGTATTTAAAGCAAGT
193 TC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
91413 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGTTGGCTTTTTCT
257 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
91478 TCATGTCTACC-AAAGTAGAC
322 TCACGT-TTCCTGAAGCAAAC
* * * * * *
91498 ATTTAGTCATAATC-TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * *
91561 TTACAAAATAATTTAAAGCGATTCAA-AA-GC-TT-G-A-G--T-A---ATTATGAATAGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
91614 TCTTAT-CAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAA-AGTAAACATTCAATTTTAATATATTT
128 T-TT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGA-TAGACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
91677 TAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGCA
190 TAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * * * * * * *
91742 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTGACTATAGATAGATTTTTCTTACTAATGAACGGCTTTT
254 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTT
* * * *
91807 TCTACACGATTCCTAAAGCAAAC
319 GCTTCACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * * * * * * *
91830 ATTCAAATATTAGC-TGTTTTAACCATAAATATAAATAAATTCAACTT-TAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTA-TAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
91893 TATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * * * * *
91958 TTGCCAATGAACGGCTTTTTCCTCACATTTCCTAAGGTAGGCATTTAATTATAATATGTTTTAAC
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * *
92023 CAAATATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
194 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * **
92088 GAAGGCTTTCAAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGA--TTTC-TT----T---T-GC---T-AATC
259 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* *
92138 ATGTTTCCT-AAGGCAGAC
324 ACGTTTCCTGAA-GCAAAC
* * * * * ** *
92156 ACTCAAATATTATC-TATTTT-AATAAAAATTTTTAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTA-TAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
92219 TAAAAAACTATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * ** * * * * * *
92284 TTGCCAATGATTGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAATATTTAGTTATAATTTGTTTTAA-
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
** * * *
92348 CTAAAAATAT-AAAAAATTTTACTTAAGATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
194 C-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
92412 ACAATGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATGACTTTTGCTT
258 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * *
92477 TATGTTTCATGAAGCAAGC
323 CACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * ** * **
92496 ATTCAATTATAATATATTGTAATTAAAAATGTAAAAACATTTGACTTAAAA-CTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * * * * * * * *
92560 TATAAATCCATTGAATGCAAGTGATAAGGGTTTGGAAGGCATGAATGACTATAGATGGACCTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTT
* * * * * * * *
92625 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCTAAGGTAAACATTCAAATATTAGATATTTTAA-
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * * ** * *
92689 CTATAAATGTAAATAAATTCAACTTTAAATCAATTATCAGATTATAAATTCATTTAAAACGAGCA
194 C-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
92754 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGATTTTTCC
258 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * *
92818 TCACATTTCC-CAAGGTC-GAC
322 TCACGTTTCCTGAA-G-CAAAC
* * * ** *
92838 ATTCAACTGTAATC-TGTTTTAATTAAAAATATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
92901 TTATAAAACCATTTAAAGC-ATGGAATAAGGTTTTTGACGGCA-AAGGTGACTATAAATGGA-TT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * ** * * * * * *
92963 TTTCTTGACAATGAATGAATTTTT-TTAATGTTTCCCAAGGCAAACAGTCAAATATTATCTATCT
127 TTT-TT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
93027 TAA-CACAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTATAGTG
190 TAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
93090 AGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGT-GATTGACTTT
254 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGA-TGGCTTT
* *
93154 TTCTTTACGTTTCCTG-AGACAAAC
318 TGCTTCACGTTTCCTGAAG-CAAAC
* * * * * * *
93178 ATTCAGTTATAAGC-TGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAGATCAATTGTGAGAT
1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * ** * *
93242 TACAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAATACTTTCGAAGGCTTGTCTAACTATAAATAGACTCTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTT
* * * * * * *
93307 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCA-A-ACATTTAATTATAAGATATTTTA
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCTAAG-ATAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * *
93370 ATC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAACAAGT
192 ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
93434 AATAAGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGCCTATAGATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
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* * * *
93498 TTCATGATTCC-CAAGGCAGAC
321 TTCACGTTTCCTGAA-GCAAAC
* * * * * *
93519 ATTCAAATATTATC-TGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGAT
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* * *** * * *
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65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * * * * *
93648 TTAT-TAGTGAATGGCTTTTGCTTCACATCTCTTAA-AGTAAACAATCAATTATAATATAGTTTA
129 TT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGA-TAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * ** *
93711 ACCAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAAT
192 ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
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* *
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* * ** * * * * * * ****
93862 ATTTAAATATAATTTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGANNNN
1 ATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
****** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * ** * * *
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257 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCCAATGGATGGCTTTTGC
* *
94183 TTCACATTTCCTTAAGCAAAC
321 TTCACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * * * * * * *
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1 ATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * *
94268 TAGAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
** ** * ** * *
94333 TTTTTAATGGGTGGCTTTTGCTTCATATTTCCTGAAG-TAGACAATCAATTATAATACATTTTAA
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * ** * *
94397 T-AAAGAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGGGATTGGAAAACCATTTAAAGCAAAT
193 TCAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
94461 AATACGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTGTTCTTACCAAT-TACTAGCTTTTT
257 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTTCCAATGGA-TGGC-TTTT
* * * * *
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319 -GCTTCACGTTTCCTGA-AGCAAAC
* * * * * * *
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1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
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65 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
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129 -TTTCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTT
* * * ** * **
94737 AATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTACGAAACTATTTAAAGTAAG
191 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
** * * * **
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256 TAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTT-T
* * *
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319 GCTTCACGTTTCCTGAAG-CAAAC
* * ** * * * *
94888 ATTCAAATATTATTTGTTTT-AACAATCAATGTAAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * *
94952 TATAAAATTATTTCAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
** * * * * * *
95017 TTGT-CAATGAATCACTTTTTCCTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAA
129 TT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * * * *
95081 -CCAAAATGGT--AAAAATCCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAACTACTTAAAGCGAG
193 TCAAAAAT-ATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ** * *
95143 TAATAAGGCGTTTTGAAAGTC-TGAGTGACTATAAATAGACTTTAGTAT-CAATGGATGACTTTT
256 TAATAAGGC--TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTT
* ** *
95206 ACTTCACGTTTCCCAAAGCAAAT
319 GCTTCACGTTTCCTGAAGCAAAC
* * * * * *
95229 ATTCAATGATAATATATTTTAATA-AAATATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
95293 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACTTTAC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-T
* * ** * * *
95358 TCTCCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCTCTACAG---GCACAATCAATTATAATATATTTT
129 TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTA-AGATAG-ACATTCAATTATAATATATTTT
* * * *
95420 AATTAAAAATATAACAAAATTCAACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
191 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * * * *
95485 TAATGAGGCTTTTGAAGACATG-GTGACTATAAATAGAGTTTT-TATGCCAATAGATGGCTTTTT
256 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCCAATGGATGGCTTTTG
* * * *
95548 CTTCATGTTT-TTCAAGGTAAAC
320 CTTCACGTTTCCTGAA-GCAAAC
* * * ** * * * *
95570 ATTTAAATATAACCA-GTTTTAGTCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
95699 TCTCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCGAAGGTAGACATTCACTTATTATATATTTTAA
129 TTTCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * * * *
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193 TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
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1 ATTCAATTATAACATAT-TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
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* * * ** * * * * **
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* * * * * *
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192 ATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * *
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1 ATTCAATTATAACATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
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65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * *
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* * * ** *
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192 ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
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257 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
96914 TTTATGTTTCC-CAAGGCAAAC
321 TTCACGTTTCCTGAA-GCAAAC
* * * * * * * *
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1 ATTCAATTA-TAACATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *** *
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65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * *
97063 TCTT-CAATCG-ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAAGCA-A-ATATTCAATTATAATGTATAT
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* * ** **********
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* * * * * *
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255 GTAATAAGGCTTTCAAAGGC-ATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCT-T
* * * * **
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* * * *
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1 ATTCAATTAT-AACATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAG
97337 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
97366 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 6499, Mismatches: 1441, Indels: 603
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AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
GTTTCCTGAAGCAAAC
Found at i:89724 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 88784--97494 Score: 5460
Period size: 171 Copynumber: 51.3 Consensus size: 169
88774 NNNNNNNNNN
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * ** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * *
89530 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTCT
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* * * * * *
89595 CT-CCAATGGATGACTTTTGCTTCATGCTTCTTGAGGTAGAT
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* *
89636 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAAAAAAAACCTT-AACTTAAGATCAACTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAAAAAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * *
89700 ATATAA-CATTCTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTC
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* * * * * *
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* * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAA---AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
89869 TTACAAAAGCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACTTT
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* * * * *
89933 TCCTAT-CC-ATGGCTAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGAC
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* * * *** *
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* * * *
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* * ** * *
90147 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATT
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* * * * * *
90212 AGAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * * *
90277 TGCTAATGGTTGGCTTTTTCTTCATGTGTACC-AAAGTAGGC
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* * * * * *
90318 ATT-TAGT-CAATCTATTTTAACTAAAATGCAAATAAAAATT-AACTAAAAATCAATTATGAAAT
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** * * * *
90380 TATAAAATAATTTAAAGC--G-----A----TTCGAAAGCTTGAGTAATTATAAAT-AGACTTTT
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** * * * * * * *
90433 CTTATCAATAGATGGCTTTTGTTTTATTTTTCCTAAAGTAAAC
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**
90476 ATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGAT
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* * * * * * * *
90540 TATAAATCTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
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* * * * *
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* * *
90645 AGTCAATTATAACACATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT--AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
90709 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTC
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90774 TCT-CCAATGGATGGATTTAGCTTCACACTTCCTGAGGTACAC
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* *** * *
90816 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATGTAAAAAACCCCAGCTTAAGATCAATTATGAGATTA
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* ** * * * * *
90881 TAAAA-CATTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGATTTTTCT
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* * * * * * * *
90945 CT-CTAATTGAT-GATTTTCGTTTCACGTTTCTTGAGACAGAC
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* * * *
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* * * * * * *
91049 TTAGAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTT
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* ** * *
91113 TCTTGTCAAT-GACTAACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GCAGAC
126 TCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * * * * *
91157 ATTCAGTGATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTC-ACTTCAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * ** *
91221 TACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGTTTTAGTGACTATAAAT-AGACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * *
91285 CTCT-CCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATAAGGCAAAC
127 CT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * *
91328 ATTCAATTAGAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAA-TATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * *
91392 AGAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * * *
91456 TTGCTAATGGTTGGCTTTTTCTTCATGTCTACC-AAAGTAGAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCCTAAGGCAGAC
* * * * * *
91498 ATTTAGTCATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-C-TAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * ** *
91562 TACAAAATAATTTAAAGCGATTCAA-AA-GC-TT-G-AGTAATTA-TGA--AT--A-G-ACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
** * * * * *
91615 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAAGTAAAC
127 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * *
91658 ATTCAATTTTAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT---AAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
91722 TTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTGACTATAGAT-AGATTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTT
* * * * * * * * * *
91786 TCTTACTAATGAACGGCTTTTTCTACACGATTCCTAAAGCAAAC
126 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * ** * * * *
91830 ATTCAAATATTAGCTGTTTTAACCATAAATATAAATAAATTCAACTT-TAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
91894 ATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * ** * *
91958 TTGCCAATGAACGGCTTTTTCCTCACATTTCCTAAGGTAGGC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * *
92000 ATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA-A--TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
92064 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGA--TTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
**
92127 TT-----T---T-GC---T-AATCATGTTTCCTAAGGCAGAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *** *
92156 ACTCAAATATTATCTATTTTAA-TAAAAATTTTTAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
92220 AAAAAACTATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * ** * * *
92284 TTGCCAAT-GATTGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAAT
128 TTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * * ** * *
92326 ATTTAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTTACTTAAGATCAATTCTGAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
92391 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAATGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * *
92456 GCCAATTGATGACTTTTGCTTTATGTTTCATGAA-GCA-AGC
130 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGA-C
* * * * **
92496 ATTCAATTATAATATATTGTAATTAAAAATGTAAAAACATTTGACTTAAAA-CTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * * * * * * * * *
92560 TATAAATCCATTGAATGCAAGTGATAAGGGTTTGGAAGGCATGAATGACTATAGATGGACCTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * *
92625 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCTAAGGTAAAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * * * *
92667 ATTCAAATATTAGATATTTTAACTATAAATGTAAATAAATTCAACTTTAAATCAATTATCAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
92732 ATAAATTCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
** * * * * ** *
92797 TATCAATGAATGGATTTTTCCTCACATTTCCCAAGGTC-GAC
129 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG-CAGAC
* * * * *
92838 ATTCAACTGTAATCTGTTTTAATTAAAAATATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATA-A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
92902 TATAAAACCATTTAAAGC-ATGGAATAAGGTTTTTGACGGCA-AAGGTGACTATAAATGGATTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTT
* * ** * * * *
92965 TCTTGACAATGAATGAATTTT-TTTAATGTTTCCCAAGGCAAAC
126 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * * * ** *
93008 AGTCAAATATTATCTATCTTAACACAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-TAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
93073 GAAAACCATTTATAGTGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * * *
93138 GCCAGT-GATTGACTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGACAAAC
130 GCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* ** * * * * *
93178 ATTCAGTTATAAGCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAGATCAATTGTGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * ** *
93243 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAATACTTTCGAAGGCTTGTCTAACTATAAAT-AGACTCTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACT-TTT
* * *
93307 -TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAAC
127 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * *
93349 ATTTAATTATAAGATATTTTAA-TCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGCGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
93413 ATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGCCTATAGATGAACTTTTC
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* * * *
93477 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCCAAGGCAGAC
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* * * * * * *
93519 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *** * * * *
93584 ATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACAATTTCAAAGGCTTGAGTGACTTTAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
*** * * ** * * * * *
93649 TATTAGTGAATGGCTTTTGCTTCACATCTCTTAAAGTAAAC
129 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *
93690 AATCAATTATAATATAGTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
93755 ATAAAATCATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATTG-GCTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAA-TGAACTTT
* * * * *
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* * * * * * * ****
93862 ATTTAAATATAATTTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGANNNN
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
****** * * * *
93927 NNNNNNCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * * * *
93991 TTGCTAGTGGATGGCTTTTACATCCTGTTTCTTGAA-ACAGAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * * * *
94033 ATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAGCATAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
94098 ATAAAACTATTTAAAGAGACCAATAATGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
*** * * * ** *
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* * * * *
94204 ATTCAATTATAATATATTTCAGCTAAAACGTAAAAAAAACTAAACTTAAAACCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA--TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
94269 AGAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
*** * * *
94333 TTTTTAATGGGTGGCTTTTGCTTCATATTTCCTGAA-GTAGAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * * *
94375 AATCAATTATAATACATTTTAA-TAAAGAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGGGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AA-AATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
94439 TGGAAAACCATTTAAAGCAAATAATACGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTGTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTT-TT
* * * * * * *
94504 CTTACCAAT-TACTAGCTTTT--TCCCTGCATATCCTACGGCAGAC
127 CTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATG--TTTCCTAAGGCAGAC
* * * * * * * *
94547 ATT-TAGTATAATCTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAGT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
94611 ACAAAACTATTTAAAAC-ACATAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * * * * * * *
94674 CTTACCAATAGATGACCTTTT-CTACATGTTT-TTCAAAGTAAAC
127 CTTGCCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * *
94717 ATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * ** * * *
94782 ACGAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGACTATAGATGGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* ** * *
94846 TTGCTAATAAATGGCTTTCT-CTTCATGATTCCTAAGACA-AGC
128 TTGCCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA-C
* * * * * * *
94888 ATTCAAATATTATTTGTTTTAAC-AATCAATGTAAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAA--AAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * * *
94952 TATAAAATTATTTCAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * ** * * * * *
95017 TTGTCAATGAATCACTTTTTCCTCACGTTTCCCAAGGTAGAC
128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *** * *
95059 ATTCAATTATAATCTGTTGTAACCAAAATGGTAAAAATCCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
95124 GAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTTGAAAGTC-TGAGTGACTATAAAT-AGACTTTA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * * * * * * *
95187 GTAT--CAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCCCAAAGCAAAT
127 CT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * *
95229 ATTCAATGATAATATATTTTAA-TAAAATATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATA---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
95293 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACTTTAC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
**
95358 TCT-CCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCTCTACAGGC--AC
128 T-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTA-AGGCAGAC
* * * * *
95400 AATCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAACAAAATTCAACTTTAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
95465 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGACATG-GTGACTATAAAT-AGAGTTTT-
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * *
95527 TATGCCAATAGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAAAC
128 T-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * * * * * *
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1 ATTCAATTATAA-TATATTTTA-ACTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
95634 TATAAATCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * *
95699 TCT-CCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCGAAGGTAGAC
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* * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * **
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64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * *
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128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
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64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* *
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* * * ** * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATA-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
96146 TATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCATGAATGA-TGATAAATGGACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGAACTTTT
* * * ** *
96210 CTTGCTAGA-GGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAACAAAC
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* * ** *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAA-AAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** **
96317 ATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGGCTAGTC
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* * ** * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * ** *
96488 ATAAAATCGTTTAAAGCGTGTAATAGGGCTTTC-AAAGCCTCGAGTGACTATAAAAAAATTTTTC
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* * * * * * *
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128 TTGCCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *
96594 ATTCAATTATAATAAATTTTAACAAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-TAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
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* * * * *
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129 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * **
96765 ATTCAATTATAATAAATTTTAA-TAAAA-AATATCAAGAATTCAACCCAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAA-A--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *** * *
97000 TAAAACCTTTTAAAACAAGTAATAATATTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-
* * * * *
97065 T-TCAATCGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAA-GCAAAT
129 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * **
97105 ATTCAATTATAATGTATATTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGGATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAA-AATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * * *
97170 NNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTG-GTTATTACT-AATGGACTTTT
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* * * * *
97233 CTTGCCAAAGGATGG-TGTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTAGGC
127 CTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATAAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATT
************ * *
97340 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAANNNNNNNNNNACTTGAGTGACTATAAATGTAA-TTTCC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-AACTTTTC
* * ** *
97404 TAGCCAATGGATGG-TATCTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAAC
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* * * *
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97495 NNNNNNNNNN
Statistics
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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127 AGACATTCAATTATAACTAT-TTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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254 TTTTCTTA-CCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATA
* * *
89140 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCAAAAATCAATTATGAGATTATAATACCACTTT-A
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* * * * *
89203 AGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAATGG
378 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT--CAATGAATGG
* ** * * ** * * *
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504 AA
* * * * * * ** *
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1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * *
89400 TTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGGTGGC-TTTGCTTAACGTTCCT-GAAGTAG
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* * **
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129 ACATTCAATTATAAC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
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193 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
89593 CTCT-CCAATGGATGACTTTTGCTTCATGCTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTA
258 CT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * *
89657 ACTAAAATAAAAAAAACCTT-AACTTAAGATCAACTATGAGATTATATAA-CATTCTAAAGCGAG
322 ACTAAAATAAAAAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAG
** * * * * *
89720 TAATAATACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTCTTCAATGGATGGCTTTCGT
384 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGGCTTT-TT
* * * * *
89785 TTCACGTTTCTTAAGGCATACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAG
447 TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAA
* * * * * * *
89845 TTTAACTTTAAATCAGTTATGAGATTACAAAAGCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
89910 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCCATGGCTAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAG
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TCCATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAG
* * * * *
89975 ACATTCAGTGATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
129 ACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
90039 TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAAGTTTTG-GTGACTATAAATAGACTTT
193 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
90103 TATCT-CCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT
257 TCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * ** * * * * *
90167 AACAAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTAGAAAAGCATTTAAAGCAAG
321 AAC-TAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * **
90232 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGTTGGCTTTTTC
384 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGGCTTTTT-
* * * ** * * *
90297 TTCATGTGTACC-AAAGTAGGCATT-TAGT-CAATCTATTTTAACT-AAAATGCA-AATAAAAA
447 TTCATGT-TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAT--ATAA-AAAAA
* * ** *
90356 TT-AACTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGA-T--T----C----GAAAGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * * *
90409 TTGAGTAATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGT-TTTATTTTTC-CTAAAGT
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCATGGATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTC-GAAGT
* * ** * **
90472 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGA
127 AGACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
90537 GATTATAAATCTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCATAAGTGACTATAAATGGACT
191 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-ATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * *
90601 TTTCTTTCCAATGGGTGGC-TTTGCTTCATG-TTCCCGAAGTAGACAGTCAATTATAACACATTT
255 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTT
*
90664 TAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
320 TAACT--AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
90728 AGTGATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGATTTA
382 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGGCTTT-
** *** * * * * * *
90793 GCTTCACACTTCCTGAGGTACACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAC
445 TTTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA
** * * * **
90854 CCCAGCTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
90918 AATTAGTGACTATAAATGGATTTTTCTCTCTAATTGAT-G-ATTTTCGTTTCACGTTTCTTG-AG
65 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC-CATGGATGGCTTTTTC--TTCATGTTTCTCGAAG
* * ** ** * * *
90980 ACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAGGTTTAACTTAAAATCAGTTGT
126 -TAGACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * *
91045 GAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGGCTATAAATAGAC
189 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
** ** * * * * * * * * *
91110 TTTTCTTGTCAAT-GACTAACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAGTGATAATCTGT
254 TTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
91174 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTC-ACTTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAG
318 TTTAA-CTAAAAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * * * *
91238 TGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGTTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGCATGGCTT
380 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGGCTT
* * * * * *
91303 TTGCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAATTAGAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAG
444 TT-TTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA
* * ** * *
91367 TTCAACTTCAAATCAA-TATGAGATTAGAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
91431 ATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGTTGGCTTTTTCTTCATGTCTAC-CAAAGTA
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-CATGGATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCGAAGTA
* * * * *
91495 GACATTTAGTCATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATGA
128 GACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
91559 GATTACAAAATAATTTAAAGCGATTCAA-AA-GC-TT-G-A-GTA--A-T---TATGAATAGACT
191 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
91612 TTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAAGTAAACATTCAATTTTAATATATTT
255 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTT
* * *
91677 TAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGC
320 TAACT---AAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
91741 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTGACTATAGATAGATTTTTCTTACTAATGAACGGCTTT
381 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGGCTTT
* * * * * * * * * * *
91806 TTCTACACGATTCCTAAAGCAAACATTCAAATATTAGCTGTTTTAACCATAAATATAAATAAA
445 TT-TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA
* *
91869 TTCAACTT-TAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGG
* * * * * * ** *
91932 CATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCCTCACATTTC-CTAAGGT
65 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CC-ATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GT
* * * * *
91996 AGGCATTTAATTATAA-TATGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATG
127 AGACATTCAATTATAACTA--TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
92060 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGA--
190 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * * *
92123 TTTCTT-----T---T-GC---T-AATCATGTTTCCTAAGGCAGACACTCAAATATTATCTATTT
255 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTT
*** * * * *
92175 TAA-TAAAAATTTTTAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGGGA
320 TAACT-AAAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
92239 GTAGTAAGGCTTTTGATGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGGTTTTTT
383 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTTT
** * * * * * *
92304 CTTCACATTTCCCAAGGCAAATATTTAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA
447 -TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA
** * * * * * **
92364 TTTTACTTAAGATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAATGCTTTCAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
92429 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATGACTTTTGCTTTATGTTTCAT-GAAGCA
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CC-ATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAAGTA
** * **
92493 -AGCATTCAATTATAA-TATATTGTAATTAAAAATGTAAAAACATTTGACTTAAAA-CTAATTAT
128 GA-CATTCAATTATAACTAT-TT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT
* * * * * * * * * *
92555 GAGATTATAAATCCATTGAATGCAAGTGATAAGGGTTTGGAAGGCATGAATGACTATAGATGGAC
189 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
92620 CTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCTAAGGTAAACATTCAAATATTAGATATT
254 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * ** *
92685 TTAACTATAAATGTAAATAAATTCAACTTTAAATCAATTATCAGATTATAAATTCATTTAAAACG
319 TTAACTA-AAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
92750 AGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTT
382 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTT
* ** * * * * *
92815 TCCTCACATTTCCCAAGGTC-GACATTCAACTGTAATCTGTTTTAATTAAAAATATATAAAAAA
446 T-TTCATGTTTCCTAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATA-AAAAAA
* * *
92878 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGGAATAAGGTTTTTGACGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * *
92941 CA-AAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGACAATGAATGAATTTTT-TTAATGTTTC-CCAAGG
65 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CCATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-G
* * * * * * *
93003 CAAACAGTCAAATATTATCTATCTTAA-CACAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAGATCAATTAT
126 TAGACATTCAATTA-TAACTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
93066 GAGATTAGAAAACCATTTATAGTGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
189 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * ** *
93131 TTTTCTTGCCAGT-GATTGACTTTTTCTTTACGTTTCCT-GAGACAAACATTCAGTTATAAGCTG
254 TTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAAACATTCAATTATAATATA
* * * * *
93194 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAGATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAG
317 TTTTAA-CTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * ** * * * *
93259 CGAGTAACAATACTTTCGAAGGCTTGTCTAACTATAAATAGACTCTTT-TTGCCAATGGATGGCT
380 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-TCAATGAATGGCT
* * * * ** *
93323 TTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTTAATTATAAGATATTTTAATCAAAATATAAAAAAA
443 TTT-TTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
93387 TTCAACTTAAAACCAATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * *
93452 ATGGGTGCCTATAGATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTC-CCAAGGCA
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CC-ATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTA
* * * * *
93516 GACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAG
128 GACATTCAATTA-TAACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *** * *
93581 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACAATTTCAAAGGCT-TGAGTGACTTTAAATGGACTT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * ** * * * *
93645 TTCTTATTAGTGAATGGCTTTTGCTTCACATCTCTTAAAGTAAACAATCAATTATAATATAGTTT
256 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * ** *
93710 AACCAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAA
321 AA-CTAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
93775 TAATAAGGCTTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTTCTCATTGAATGACTTT
384 TAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAA-TGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTT
* * * * * ** *
93838 TCCTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTTAAATATAATTTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAT
445 T-TTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA
* ********** * *
93901 TTAAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * * * **
93966 TTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTACATCCTGTTTCTTGAAACAG
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCA-TGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAG
* * * * *
94031 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAGCATAAAATCAATTATGAGA
129 ACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * * *
94096 TTATAAAACTATTTAAAGAGACCAATAATGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT
193 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
*** * * * ** * * *
94161 CTCT-TTGATGGATAGATTTTGTTTCACATTTCCTTAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCA
258 CT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * * * **
94225 GCTAAAACGTAAAAAAAACTAAACTTAAAACCAATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAATGAGT
322 ACTAAAA--TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * ** *
94290 AATAAGGCTTTCGAAGCCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTTAATGGGTGGCTTTTGCT
385 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATGGCTTTT-TT
* * * *
94355 TCATATTTCCTGAA-GTAGACAATCAATTATAATAC-ATTTTAATAAAGAATATAAAAAAA
448 TCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAATAAA-AATATAAAAAAA
* * * ** * * * *
94414 TTTAACTCAAAATCAATTATGGGATTGGAAAACCATTTAAAGCAAATAATACGGCTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
94479 ATGAGTGACTATAAATGAACTTGTTCTTACCAAT-TACTAGCTTTTTCCCTGCAT-ATCCTACG-
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTT-CC-ATGGA-TGGCTTTTT--CTTCATGTTTCT-CGA
* * * * * *
94541 -GCAGACATT-TAGTATAATCTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTA
124 AGTAGACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
94604 TGAGAGTACAAAACTATTTAAAAC-ACATAACAAAGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATA
188 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATG
* * * *
94667 GACTTTTCTTACCAATAGATGACCTTTT-CTACATGTTT-TTCAAAGTAAACATTCAATTATAAT
251 GACTTTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAAACATTCAATTATAAT
* * * ** *
94730 ATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTACGAAACTATTTA
314 ATATTTTAACT-AAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * *
94795 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCTAATAAATG
377 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATG
* * * * * * * * * * *
94859 GCTTTCTCTTCATGATTCCTAAGACAAGCATTCAAATATTATTTGTTTTAACAATCAATGTAAAA
440 GCTTT-TTTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAATATAAAA
94924 AAA
503 AAA
* * ** * *
94927 TTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTCAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** * * *
94992 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTTTCCTCACGTTTC-CCAAGGTA
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTA
* * * *
95056 GACATTCAATTATAATCTGTTGTAACC-AAAATGGT--AAAAATCCCAACTTAAAATTAATTATG
128 GACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
95118 AGATTAGAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTTGAAAGTCTGAGTGACTATAAATAGAC
190 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * *
95183 -TTTAGTATCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCCCAAAGCAAATATTCAATGATAATATATT
254 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * *
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130 TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * *
102078 TCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAACATTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * * * *
102143 TAATTGATTTTTAGTTGAATAGTTTAACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
* * **
102208 TTGGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAG
130 TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
102249 TCTATTTATAGTCACTCGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTTAATAGTTTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
102313 ATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-
65 ATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTT-TA-TATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
*** * * * * * * *
102376 TTGTTTTGAGAAACATAAAGTAAAAACCATCCACTGGTAAGAAAAG
126 TACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * * ** *
102422 TGCATTTATAGGCACTCAAGTCTTCAAAACCCTTATTACTTACTTCAAATACTTATATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
102487 TGATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGGATTAAAACATATTATATTTAAATATCTACC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * * ** * *
102552 TTGGGAAAC-ACACAGAAAAAGTCATTCAATAAG-AAGCAATG
130 TTAGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * * * *
102593 -CCCCTT-TA-T-A---ATGCCTTTGAAAGCCTGATTATTTGCATTAAGTAGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * **
102651 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGCTAAAATATATTATAATAGACTGTCTATT
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
102716 TTAGGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCACTAGCAAGAAAAG
130 TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* ** * *
102757 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAATCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
102822 TAATTGATTTTTAGTTGAATCTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTATC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
102887 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCAAT-CATTGAG-AAGAAAAG
130 TTAGGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTG-GCAAGAAAAG
* * * * *
102928 TCCATTTATTGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTATTCTAATTTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
102993 TAATTGA-TTTAACGTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGC
66 TAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTATATTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* *
103057 TTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
129 CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * *
103099 -CCGATCTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGTATTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTC
1 TCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * ** * * * *
103163 ATAATTGATTTTTAA-TTAAATTTTTTTACACTTCTCATTGAAATAAACTATAACTGAATGTCTA
65 ATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
103227 GCTTTGAAAACGTGAAG-AAAAGTCAACCATTGGCAGGAAAAG
128 CCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
103269 --------TA--C-C-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
103322 TAATT-ATTCTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATATTTGAGTATCTAC
66 TAATTGATT-TTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
103386 CTTGGGAAACATGAA-AAAAAACCAAT-TATTGGCAA-AAATAA
129 CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC-ATCCATTGGCAAGAAA-AG
* * * * * * *
103427 TCCATATATAGTCACACTTGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTCTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * * * *
103492 TTATTGGTTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTATATTTAAAATAGATAATATTTGAGTG-CTTGC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TAC
* * **
103556 TTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAG
129 CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * *
103598 TCGATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTATTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
103663 TAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
103689 TTACATTTTT
Statistics
Matches: 4240, Mismatches: 955, Indels: 336
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
157 8 0.00
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159 2 0.00
160 1 0.00
162 2 0.00
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
TAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
Found at i:101750 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 101712--101750 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
101702 AACGTAAAGA
*
101712 AAAAGCCATTCATTGTCAAG
1 AAAAGCCATTCATAGTCAAG
*
101732 AAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AAAAG-CCATTCATAGTCA
101751 CCCATGCCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCCATTCATAGTCAAG
Found at i:104028 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 103738--104217 Score: 543
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
103728 CCTTTTTACT
* * * * *
103738 AAATGTATTATAATTGAATATTTGCCTTAGAAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA
1 AAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA
* * *
103803 ACTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTA-TTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
65 AATTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
103867 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATATTTTATTA
129 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAAATATTTGATCA
* * * ** *
103909 TAATATATTATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCTAAAAA
1 AAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA
* * * * *
103974 AATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGACTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
65 AATTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
104039 CCTAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTCTTACATATTTGGTCA
130 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAAATATTTGATCA
* * *
104080 AAATATATTATAATTGAATATCTGCCTCA-AAAAGTATGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAGAA
1 AAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAACG--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAA
* ** * * * * *
104144 AATTTTGTTTATAGCCATTTATGTCTTTGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
64 AAATTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGAC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
104208 CTCATAATTG
128 CTCATAATTG
104218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 50, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 2 0.01
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
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AAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA
ATTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAAATATTTGATCA
Found at i:104894 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 104694--105939 Score: 666
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 167
104684 NNNNNNAGCG
* * *
104694 AGTAATAAGGCTTTCGAAACCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTGCTTGCCAATGGGTAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTC-AAACGTTGAGTGACTATAAATGGATTTTGCTTGCCAATGGAT-GCTTTT
* *
104759 ACTTCATGTTTCCTAAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAATATTTG
64 ACTTCACGTTTCCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAATATTT-
*
104824 AA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAGAGCA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* * * *
104864 AGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTT--TTTCTCAATGAATGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACGT-TGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGCTTGC-CAATGGATGCTTT
* * * * * * * * * *
104927 TTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAAT
63 TACTTCACGTTTCCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGT-AAAATATT
** *
104992 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCGTTTAAACCA
126 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* ** *
105034 AGTAATAAGGGTTTTTAA-GTCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTGCTGGCCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACG--TTGAGTGACTATAAATGGATTTTGCTTGCCAATGGAT-GCTTT
* * * * * *
105098 TGCTTCACGTTTCCTGAAGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAGATATTT
63 TACTTCACGTTTCCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAAAATATTT
* *
105163 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* * ** * * ** * *
105204 ACTAATAAGGCTTTCGATGGCATG-GATGACTATAAATGGGCTTTT-CTTATCGATGAATAGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACG-TTGAG-TGACTATAAAT-GGATTTTGCTTGCCAATGGAT-GCTT
* ** * * * * * *
105267 TT--TTTATATTTTCC--AAGGTATAAAATTAAATATAAGT-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
62 TTACTTCA-CGTTTCCTGAA-GTAGACAATCAATTATAA-TATATTTTAAC-AAAAATGT-AAAA
* * * * ***
105327 GATTCAACTTAAAATCAATTATTG-GATTATAAAACTATTTCAATTG
122 TATTTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* ** * * * * *
105373 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTACAAATGGATAGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACG-TTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGCTTGCCAATGGAT-GCTTT
* * * * * * **
105437 TGCTTTATGTTTGCC-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAATATATAAAAAATA
63 TACTTCACGTTT-CCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAA-CAAA-A-ATGTAAAATA
* * * ** * * *
105501 TTCAGCTTAGAATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGTA
124 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* ** * * * * * * * *
105545 AATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTTGCTAATGAAT-CTCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACG-TTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGCTTGCCAATGGATGCT-TT
* ** * * * * *
105608 CTTCTTCATATTTCCT-AAGTTAGACATTCCATTACAATTTCTTTTTAACCAAAAATGTGAAAA-
63 -TACTTCACGTTTCCTGAAG-TAGACAATCAATTATAATAT-ATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAT
* * **
105671 AGCTTAACTTAAAATCAATTA-CAGCATTATAAAACCATTTAAAGCA
123 A-TTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAGTATTTAAAGCA
* * * * * * * * *
105717 AGTAATAATGCTTTAAAAGGTAAGAATAACTATAAATAGACTTTT-CTCT-CTAATTGATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAACGT-TGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGCT-TGCCAATGGAT-GCTT
* * * * * * * * * * * *
105780 TTGCTTCACGTTTTCAGAGGCAGACATTCAACTATAATCTATTTCCACCAACAATGTAAAAAAAT
62 TTACTTCACGTTTCCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTT-TAACAAAAATGT-AAAATAT
* * *
105845 TTAGCATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTA
125 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGT-ATTTAAAGCA
* ** *
105888 TGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCA
1 AGTAATAAGGCTTTCAAA-CGTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGCTTGCCA
105940 GTGAATGGTT
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 190, Indels: 97
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 33 0.04
169 159 0.19
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173 17 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AGTAATAAGGCTTTCAAACGTTGAGTGACTATAAATGGATTTTGCTTGCCAATGGATGCTTTTAC
TTCACGTTTCCTGAAGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAATATTTAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCA
Found at i:105165 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 105129--105172 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
105119 AACAGTCAAT
*
105129 TATAATATATTTTAACTAAAAA
1 TATAAGATATTTTAACTAAAAA
*
105151 TATAAGATA-TTTAACTTAAAA
1 TATAAGATATTTTAACTAAAAA
105172 T
1 T
105173 TAATTATGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.60
22 8 0.40
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
TATAAGATATTTTAACTAAAAA
Found at i:105579 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 104784--105592 Score: 497
Period size: 170 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
104774 AAGTAGACAA
* * * * *
104784 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAATAT-TTGAA-TTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
* * * ** * * ** *
104847 TAAAAGTATTTAGA-GCAAGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
65 TAAAACTATTTA-ATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTT
* * ** ** * *
104911 TCTCAATGAAT-GGTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAAGTA-GACAT
129 TATCAATGAATAGCTTTTT-TT-ATATTTGC-CAAAGTATAAAAT
* * * * * * * *
104953 TTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
* *** * * * * * * * *
105017 TAAAAGC-GTTTAAACCAAGTAATAAGGGTTTTTAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTGC
65 TAAAA-CTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-T
*** * * * ** * * * *
105080 TGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCTGAAGCA-AACAG
128 TTATCAATGAATAGCTTTT--TTTATATTTGCC-AAAGTATAAAAT
* * *
105124 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATATAAGATATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
* * * * * * ** *
105188 AAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
66 AAAACTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTA
* * *
105253 TCGATGAATAGCTTTTTTTATATTTTCCAAGGTATAAAAT
131 TCAATGAATAGCTTTTTTTATATTTGCCAAAGTATAAAAT
* * * *
105293 T-AAATATAAGT-TGTTTTAACTAAAA-ATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATTG-GAT
1 TCAATTATAA-TATATTTTAACTAAAATATA-AAAAATATTCAACTTAAAATTAATTA-TGAGAT
* * * * *
105354 TATAAAACTATTTCAAT-TGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTT
63 TATAAAACTATTT-AATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * *
105418 TTTA-CAAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTTTGCCAAAGTA-GACAT
127 TTTATC-AATGAATAGCTTTT--TTTATATTTGCCAAAGTATAAAAT
* * * *
105463 TCAATTATAATATATTTTAATTAAATATATAAAAAATATTCAGCTTAGAATTGATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAA-ATATAAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
* *
105528 TAAAACTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-AGACTTTTTT
65 TAAAACTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTT
105592 T
129 T
105593 GCTAATGAAT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 108, Indels: 53
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.07
169 140 0.28
170 168 0.33
171 79 0.16
172 80 0.16
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAATATATTTTAACTAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
AAAACTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTA
TCAATGAATAGCTTTTTTTATATTTGCCAAAGTATAAAAT
Found at i:105922 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 104318--105947 Score: 1072
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 168
104308 NNNNNNNNNN
* * **
104318 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
** * * * *
104383 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGATTTTTTTCTCACGATTTCCAACA-TAGACAATCAAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCT-TCATG-TTTCCAA-AGTAGACATTCAATT
* * * * **
104447 ATTATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAACAATTTCGCCTT-AA
127 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT-AACTTAAA
** * * *
104489 A-CGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGATT
1 ATC-AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * *
104553 GTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTTATTATGTTTCTCAAAGCAGATATTTAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCT-TCATGTTTC-CAAAGTAGACATTCAATT
** * *
104618 ATAATCTA-TTTAAGTAAAAATATAAAATAAAATTCAA-TATAAA
127 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATTTAACT-TAAA
* ********* * * *
104661 ATCAATTATGAGATTAGAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-CCTTGAGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAA-AACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACT
* * ** * *
104725 ATAAATAGA-TTTTGCTTGCCAATGGGTAGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAGTAGACAATCAAT
64 ATAAATGGACTTTT-CTTGCTAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCC-AAAGTAGACATTCAAT
* * *
104789 TATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAATATTTGAA-TTAAA
126 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT-AACTTAAA
* * * * *
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* *** * ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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127 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAA
** * * * ** * * *
105512 ATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
* * ** * * *
105577 TAAATAGACTTTTTTTGCTAATGAATCTCTTCTTCTTCATATTTCCTAAGTTAGACATTCCATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTCCAAAG-TAGACATTCAATTA
* * **
105642 CAATTTCT-TTTTAACCAAAAATGTGAAAAAGCTTAACTTAAA
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* * * * * * *
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1 ATCAATTATGAG-ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
105748 ATAAATAGACTTTTCTCT-CTAATTG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAGAGGCAGACATTCAA
64 ATAAATGGACTTTTCT-TGCTAA-TGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCA-AAGTAGACATTCAA
* ** * * *
105811 CTATAATCTATTTCCACCAACAATGTAAAAAAATTTAGCATAAA
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * ***
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* *** * *** *
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* * * * ** * ** * *
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* * * ** * * * * * * *** * * *
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* * ** *** * * * *
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117900 T
166 T
* * *
117901 ATAATATGTTTGAATAAAAAAAATGAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACC
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* * * * * *
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** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *** * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
118897 ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAGTTATAATGTACTTTCAA-T
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* * *
118939 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTAAAGCGAGTAA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
*** * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * *
119403 GCTCCACGTTTCT-TGACACAAACA-TCAAATTATGATATGTTTTAACT
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* * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAA-
* * * * * * * * **
119683 T-AGTCTTTCTAAGGCATGGGAGGCTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTCACTT-
64 TAAGGCTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGG-TTTTTCTTC
* * * * * *
119746 CATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAATTTGTTTTAA-T
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* * *** * * *
119788 GAAAAA-AGAAAAAAGTTCAACTTAAAATGTTTTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
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** * * * ** * ** **
119852 CT-AGTATTTCATAGG-TATGAAG-GGCTACAAATAGGTTTTTTTTTTTCAATGGATGGCTTTCG
64 -TAAGGCTTTGA-AGGCT-TG-AGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGGATGG-TTTTT
* ** * * * * *
119914 CTT-CATGCTTCTAAAAGGAAACATGCAATTATGATCTGTTTTAA-T
123 CTTCCAT--TCCTATGA-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * *
119959 GAAAAATA-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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* ** * * * * * **
120023 TTAGTATTTCGAAAG-TATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTT
64 TAAGGCTTT-GAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGG-TTTTTCTT
* * * * ** * *
120087 CAAATTTCTCGA-GGCAAACATCCAATTATGTTCTATTTGAA-T
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* * * * * *
120129 AAGAAATGA-AAGAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGTGAGT
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** * * * * * * * * **
120193 AACT-AGTATTTCAAAGGCATGAATGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCAC
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* * * * * * *
120257 TT-CATGTTTCTCAAGATAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACC
124 TTCCA--TTCCT-ATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * *
120302 AAAAATGA-AAACAAA-TCATCGTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCATTTCAAGTGACTA
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** * *
120364 ACT-AGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
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Matches are distributed among these distances:
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CCTATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT
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116592 AATGCTTTNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGATTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
116657 CGTTTCTAGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAATAATATAAAAGAATTCAACTT
131 CGTTTCCA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAATCAACTT
* * * * * * *
116721 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTG
194 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAGTG
* * * * * * * *** * * * *
116784 ACTATAAATAGTCTTTTCTTGCCTACGAATGG-TTATTTCTTCGCATCTCCTATGACAAACATTC
258 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
* *
116848 AATTATAATCTGTTTTAACT
322 AATTATAATATATTTTAACT
* * * ** **
116868 AAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAATTCATTTAAAGCGACCAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
116933 AAGGCTCTT-GAAGGCTTAAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGGTTTTGGTTG
66 AAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC
* * *
116997 ACGTTTCTAAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAA
130 ACGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGT--AAAAAAAA-TCAA
* ** * * *
117061 CTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATAC-TTAGGAAGGTATGA
191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGA
* * * * *
117125 GTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCAAGTTTCTTGAGGCAAACA
255 GTGACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA
*
117189 TGT-AATTATAATCTATTTTAACT
319 T-TCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * * *
117212 AACAATATAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTATGAGACTATAACACCATTTAAAGTGACTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
117277 AAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-TATCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTATTT-CTT
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTGCTT
* * * * *
117340 CACATTTTCCAGGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAAACAAAAATGTTAAAAAAATCAA-T
129 CAC-GTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAACT
* **
117404 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGT
193 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGT
* * * *
117469 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTATTGAGGCAGACATTC
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
*
117534 AATTATAATATACTTTAACT
322 AATTATAATATATTTTAACT
* * * *
117554 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTCTAAATCCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** * *
117619 AATGCTTTTGAAAGC--GAGT-A--AT-AAT-G-CTTTTGAAAGCATGAGTGACTGTAAATGGAT
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-----C-T---TGCCAATGAATGGCT
* * * *** * * * * *
117676 TTTTCTT-A---TT--AATGG-ATGGCTTTTGCTTCA-CAT-T-TTTTGAGACAGACAT-TCAAT
122 TTTGCTTCACGTTTCCAA-GGCA-GACATTCAATT-ATAATATATTTT-AAACAAAAATGT-AAA
* * * ** * ** ** * * * * *
117730 TACAATCTA-TTTTAA-CCA--AT-AG--TATAAAAGAATTTAACTTAAATCAATTATGAGATTA
182 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT-AA-TAAG-GCTTT
* * * * * ** *** * * * *** **
117788 TAAAACCATTTTAAGCGAGTA-ATAA-GG-CTTTT-GAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACT-T
244 TGAAAGC---TTGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGT
* * * * * *
117848 TTCTTACCCATG-AATGACTTTTTCTTCTTATCTCTCATGACAAACA-TTTGACT
304 TTCTTA---AGGCAA--AC-----ATTC--A-AT-T-AT-A-ATATATTTTAACT
* ** * * * * * * *
117901 ATAATATGTTTGAATAAAAAAAATGAAAAAATTCAACTCAA-AATCA-ATTAT--GA-GATTCTA
1 A-AA-A---AT--AT-AAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TA
* * * * * * * ** * *
117961 AAACCATTTA-AAGCGACTAAT--AAGGCTCTTAAAGGCT-TAAGT-GACTATAAATGGACTTTT
55 AAGCGAGTAATAAG-G-CT-TTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACT-T---T-------T
* * * * * * *
118021 CTTACCAATCG-ATGGGTTTTGATTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTATAATATATTTTA
105 CTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * *
118085 ACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
168 AACAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * ** *
118150 AATAATGCTTATGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATAAATGGTTTTTGCT
233 AATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT
* *
118215 TCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAA-ACTATTTTAACC
298 TCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAACT
* * * * *
118259 AACAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTGAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
118324 AAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTT-CTT
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTGCTT
* * * * * *
118387 CACGTTTCCTAAAGTAGACAATCAAATATAATCTA-TTT-AACTAAAAATGTAAAAAAAATAAAC
129 CACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAATCAAC
* * **
118450 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGT
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGT
* * ** ** *
118515 GACT-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAAACAAACATTT
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
*
118579 AATTATAATATCTTTTAA-T
322 AATTATAATATATTTTAACT
* * * *
118598 AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
118662 AAGGCTTTCAAAGGCATTG-GTTACTATAGATGGACTTTGCTTCCCAATGAATAGTTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC
** ** * * * * * * * *
118726 ACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAAATATTATTTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTT
130 ACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT
* * * * * *
118791 AAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTCTTGAAGGCTCGAGTGA
194 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGA
* * * * ** * * *
118856 CAATATATGGACTTGTGTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAG
259 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAA
* *
118921 TTATAATGTACTTTCAA-T
324 TTATAATATA-TTTTAACT
* * *
118939 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTAAAGCGAGTAA
1 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
119004 CAACGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT
* * * * * * ** * *
119068 CATGTTTTCAAAGGCAAACATACAATTATGATATGTTTT-AATGAAAAT-TAAAAAAATTTAACT
129 CACG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAACT
* * * * * * * * * *
119131 TCAAATCATTTGTAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAACTAA--CATTTTGAAGGCATGAG
193 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGC-TTTTGAAAGCTTGAG
* * * * * ** *** *
119194 TGATTGTAACA--AACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTCACTTCATGTTTCCCCAGGTAAACAT
256 TGACTATAA-ATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAT
* * * *
119257 CCAATTATAATCTGTTTGAA-T
320 TCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * *
119278 AAGAAATGA-AAGAAAATTCAGCTTAAAATCATTTAT-ACAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
1 AA-AAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * * * *
119341 AACT-AGTATTTCGGAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCGC
63 AA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGC
* ** ** * * *
119405 TCCACGTTTCTTGACACAAACA-TCAAATTATGATATGTTTT-AACTAAAAA--TAAAAAAAATT
127 TTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTC-AATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAA-T
* * * * * *
119466 CATCTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAACTATA---TTTTGAAGG
188 CAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TA-AGGCTTTTGAAAG
* * * * ** * * *
119527 CATGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGTATGATTTTTGCTT-TTCGTTTCTCAAGTC
250 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTTAAGGC
* * * * *
119591 TAAC-CTCTAATTATCATCTATTTTAAGT
314 AAACATTC-AATTATAATATATTTTAACT
** * * * * * * *
119619 ACCAAT-GAAAAACATTCAACTCAAAATCATTTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
* * * * * * * * * **
119683 T-AGTCTTTCTAAGGCATGGGAGGCTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTCACTTC
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC
* * * * * ** * **
119747 ATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAAAG-AAAAAAGTTCAACTT
130 ACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT
*** * * * * * *
119811 AAAATGTTTTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT-A-G-TATTTCATAGGTATGAA
194 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCT-TTTGAAAGCT-TG-A
* * ** * ** * * *
119873 G-GGCTACAAATAGGTTTTTTTTTTTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGCTTCTAAAAGG-AAAC
255 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAAC
* * * *
119936 ATGCAATTATGATCTGTTTTAA-T
318 ATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * *
119959 GAAAAATA-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * * **
120023 TTAGTATTTCGAAAGTATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-AGATGGCTTTCACTT
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTT
** * * * ** * * * *
120087 CAAATTTCTCGAGGCAAACATCCAATTATGTTCTATTTGAATA-AGAAATG-AAAGAAAAATTTA
129 CACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-ACAAAAATGTAAA-AAAAA-TCA
* * * * *
120150 ACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGTGAGTAACT-A-G-TATTTCAAAGGCA
190 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCT-TTTGAAA-GCT
* * * ** * ** * **
120212 TGAATGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTCAAGATAAA
252 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
* * * *
120277 CATCCAATTATGATCTATTTTAACC
317 CATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * *
120302 AAAAATGA-AAACAAA-TCATCGTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCATTTCAAGTGACTA
1 AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** *** * **
120364 ACT-AGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGATTTTTGCT
64 A-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCT
* * * * * ** * *
120428 TTACGTTTCTCAAGGCAAAC-TTCTAATTCTGACATATTTTAAGTAAAAATG-AAAAATAATAAA
128 TCACGTTTC-CAAGGCAGACATTC-AATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAA
* * * ** * *
120491 CTCAAAATTATTTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAA-G-TTTTCG-AAGGTAT
191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTT-GAAAGCT-T
* * * * * * * ** *
120553 GAATGA-TAATGAATAGACCTTTCTTATCAA-GTGATCGATTTCACTTCATGTTT-TTCAATGCA
253 GAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCA
* *
120615 AACA-TCAAATTATGATATGTTTTAAC-
315 AACATTC-AATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * * **** *
120641 AAAAATGAAAAAAAAAGT-AATTTAAATTC-ATTTTTAAAGTTATAAAATGGCTTAAAGCGGGTA
1 AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
120704 ACT-AGGCTTTTC-AAAGTATGAGTGATTATAAATGG-GTTATTCTTGTCAATGGATGG-TTTTC
64 A-TAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-
* * * * * * ** *
120765 GCTTCATGCTTT-CAGAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTAT-ATTAAAAA-CTAAAAAAAA-
125 GCTTCACG-TTTCCA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * ** *
120826 -AAC-----AT---TTATAAGATTATAAAA-TCATTGAAAGCGAGTAACT-AGTCTTTCCAAGGC
188 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGC
* * * * * *** * * * *
120880 ATAAGTGGCTATAAATGAATTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTGAGGCAA
251 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
* * *
120945 ACATCCAATTATGATATGTTTTAA-T
316 ACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* ** ** * *
120970 AAAAA-ATAAAAAAAATCAA-TTGAAAATCAGCTATGATTTTATAAAACCATTTAAAACGAGTGC
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-A
* ** * * * * * * **
121033 CT-AGTATTTCGAGGGTATAAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTGC-ATGAATGGCTTTCACT
64 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTGCT
* ** * * * * * *
121096 TTACGTTTCTTGAGTCA-AGCATCCAATTATGATATGTTTT-AACAAGAAA--CAAAAAAATTCA
128 TCACGTTTC-CAAGGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAAACAA-AAATGTAAAAAAAATCA
* * * * * * * * * *
121157 ACTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAAATTACTGAATGCGAGTAACT-A-G-TATTTCAAAGGCA
190 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCT-TTTGAAA-GCT
* * ** * * * ** ** *
121219 TGAGTGGCT-TAAATGGACTTTTCCTGTCAATTGATGGCTTTCGATTCACATTTCCCAAGACAAA
252 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
* * ** * * *
121283 CATCCAAGTACGATCTGTTTTAACC
317 CATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
121308 AAAGATGA-AAAAAGATTCATCTTAAAAT-AATTTAT-ATGATTATAAAACCATTTGAAA-CGAC
1 AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGA-GATTATAAAACCATTT-AAAGCGAG
** * * ** * **
121369 TAACT-AGTATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGTATGATTTTTG
62 TAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
** * * * * * ** *
121433 CTTCACGTTTCTTGAGGTAAACCTAT-AATTATGATCTATTTTAAGTAAAAA--TCAAAAAAATA
126 CTTCACGTTTC-CAAGGCAGACAT-TCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAAT-
* * * * * * **
121495 AAACTCAAAATCATTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT
188 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTT
* * ** ** * ** ** * * *
121560 GAATGACAATAAATATACTTTTCTTGTCAAGGGATGAATTTCACTTCATGTTT-TCCAATGTAAA
253 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAA
* * *
121624 CA-TCAAATTATGATCTGTTTTAAC-
317 CATTC-AATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * * * ** *
121648 AAAAATGA-GAAAAAA-TCAATTTAAATTC-ATTTTTAAAGTTATATAATCGCTTAAAACGAGTA
1 AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
121710 ACT-AGGCTTTTC-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTATTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTG
64 A-TAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
* * * * * *
121772 CTTTATGTTTTCGAAGGCAAACA-TCATATTATGATATATTTTTAAAGAAAAATG-AAAAAAAAT
126 CTTCACG-TTTCCAAGGCAGACATTCA-ATTATAATATA-TTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAA-
* * * ** *
121835 TCAACTT-AAA--AA-TAT----TTATAAAACCATTAAAAGCT-AGTAACT-AGTCTTTCCAAGG
187 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAG
* * * * * * * ** *
121890 CATGAGTGGCTATCAATCGATTTTTCTTATCAATCGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCA
250 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* * * * * *
121955 AACGTCCCATTATGATCTATTTTAACA
315 AACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
121982 AAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTCTAAGATTACAAAACCATTT-AA---AGTAAC
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
* * * * *** * * *
122042 TAA--CTTTTCAAAGGTATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTATTAGTGGATGGCTTTCGCTT
65 TAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT
* ** * * * * * *
122105 CACATTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATA-AAAAATG-AACAAAAATTCAA
129 CACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-ACAAAAATGTAA-AAAAAATCAA
* * * * * * *
122168 CTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGACTAACT-A-G-TATTTCAAAGGTAT
191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCT-TTTGAAAGCT-T
* * * ** * * *
122230 GAGTGACTAACTAGTAAATGGACTTCT-TTATCAATAGAT-TATTTTCACTTCACGTTT-TACAA
253 GAGTG----ACTA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCT-TAA
* * * * * *
122292 AGTAAACATCCAAGTATGATCTATTTTAAC-
311 GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * ** ** *
122322 AAAAA-ATAAAAAGCACTCAACATAAAATCGTTTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAG
1 AAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * ***
122386 TTAGGCTTTCAAAGGCATGAATTACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTG-ATAGCTTACACTT
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGCTT
* * * * * * * * *
122450 CAGGTTTTCCAATGTAAACATT-AGATTATGATCT-GTTTCAACAAAAAATG-AAAAAATATCAA
129 CACG-TTTCCAAGGCAGACATTCA-ATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAATCAA
* * * * * * * * *
122512 TTTAAAAT-TATTTTAAAAATTATAAAA-TCACTTACAA-CGAGTAACT-AGG-TTTACG-AAGG
191 CTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACT-ATTTA-AAGTGAGTAA-TAAGGCTTT-TGAAAGC
** ** * ** * * *
122571 TGTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAAAAATGGATGACTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAA
251 T-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* * *
122636 AACATCCAATTATGATATGTTTTAA-T
315 AACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * * * * * * *
122662 GAAAAT-TGAAACAATTCAACATAAAATCATTTGTAAAACTAT-AAATCATTAAAAGCGAGTAAC
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
* * ** * ** * *
122725 T-AGTCTTTAC-AAGGCATGAGTAACTATAAGCGGAATTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTT
65 TAAGGCTTT-CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT
** * * * **
122788 CATATTTCCTAAGGCAAACATCCAATTACT-ATCTATTTTAATGAAAAATG-AAAAAAAATCAAC
129 CACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAAC
* * ** * * * * * * * * * **
122851 ATAAAATCATTTACAAAATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATTAGTCTTTCGAACGCATGAAC
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGT
** * ** * * * *
122916 GGTTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATCC
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
* * * * *
122981 AATCATGATCTGTTTTAACC
322 AATTATAATATATTTTAACT
* * ** ** * *
123001 AAAAATAGAAAAATATT-AACCAAAAATCGTTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
** * * ** * * * * *
123065 T-AGTATTTCGAATGTATGAGTGACCGTAAATGGACATTTCATGTCAATGGATGACTTTTGCTTC
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC
* * * * ** * * * * * **
123129 ACATTTCCCAAGGCAAACATCCAACTATGGTCTGTCTTAATCAAAAAT-TGGAAAAAGCTCAACT
130 ACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAAATCAACT
* * * * * ** * * *
123193 CAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-ACTAACT-AGTATTTTGAAGGCATGAA
193 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGCTTGAG
* * *** * * * *
123256 TGACTATAAATGAACTTTTTTTGTTAGTGGATGGCTTTCT-CTTCACGTTTC-TAGAAGCAAAGA
256 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAACA
* * *
123319 -TCGAATGA-AGATCTGTTTTAAC-
319 TTC-AATTATA-ATATATTTTAACT
* ** * * **
123341 AAAAA-ATGAAAGAAAATTCAACTTAAAATCATTTACAAGTTTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
1 AAAAATAT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * ** * * *
123405 ACT-A-GTTTATCGAAGGCATGAAT-AGCTATAAATGGGCATACCTTGCCAATGGATGGGTTTCG
64 A-TAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
*** * * * * * *
123467 CTTGTTGTTTCTCAAGGTAAACATCCATATTATGATCTATTTT-AACAAAAACTGAAAAAAAAAT
126 CTTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCA-ATTATAATATATTTTAAACAAAAA-TGTAAAAAAAAT
* * * * * * * ** *
123531 CCAACATAAAATCATTTATAAGA-T-TAAAACCATTAAAAGCGAGTAACT-AGTC-TTTCCAAGG
188 -CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGC
* ** * * * *
123592 TGTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCGTATTTCTCAAGGCA
251 T-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* * * * * *
123657 AACATCCAATCATGATTTGTTTTAGA-G
315 AACATTCAATTATAATATATTTTA-ACT
* *
123684 AAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT-ACGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * *** * * *
123747 CT-AGTATTTTGAAGGCACGAGTGACTATAAATGCAC-TTTCTTATTAATGGATAGCTTTGGCTT
65 -TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT
* * * * * ** * *
123810 CACCTTT-CATGAAGCAAACATCCAATTATGATATGCTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTC-A
129 CACGTTTCCA--AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAA-TCAA
* * * * * * * ** *
123873 CTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACT-A-GTTTTTCCAAGTCATG
191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAG-CTTG
* * * * * * * * * *
123936 AGGGGCTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCGCTTTAAGTTTCTCAAGGTAAATA
254 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA
* *
124001 -TCTAATTATGATATGTTTTAA-T
319 TTC-AATTATAATATATTTTAACT
** * * * * ** * *
124023 AAAAA-ATAAAAAATAATTCAGGTCAAAATCATTTATAAGATTGTAAAACTGTTTAAAGTGACTA
1 AAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*** * * * * * *
124087 ACT-ATTATTTCAAATGG-ATGGGTGGCTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
64 A-TAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGC
* ** * * * * * * * * * *
124150 TTTACGTTTCTTGACGCAAACGTTTAACTATGATCTGTTTTAATA-AAAAATAT-AAAAAATTCA
127 TTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAAATCA
* * * * * ** * * * *
124213 GCTTATAATCATTTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAACT-AGTATTTCGAAGGCATA
190 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGCTTG
* **
124277 AGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
254 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
124315 ATAAAAAATT
Statistics
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AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
CGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
ATAATATATTTTAACT
Found at i:117635 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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117597 AAATCCATTT
117607 AAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
1 AAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
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1 AAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
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1 AAAGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
22 27 1.00
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AAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
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Alignment explanation
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117426 AAAAATATTT
*
117436 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
1 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
** * * *
117501 GCTTTTGCTTCATGTTTATTGAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTTAACTAAAAATATAAAA
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* * *
117566 AAATTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTCTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
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* * * * ** *
117629 AAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTATTAATGGATG
1 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
* * * * *
117694 GCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAATAGTATAAAA
66 GCTTTTGCTTCACATTTATTGAGACAGACATTCAATTACAATATACTTTAACCAAAAATATAAAA
* *
117759 GAATTTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
131 AAATTTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
117821 AAAG
1 AAAG
117825 TATGGGTGAC
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 23, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
GCTTTTGCTTCACATTTATTGAGACAGACATTCAATTACAATATACTTTAACCAAAAATATAAAA
AAATTTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:118051 original size:705 final size:693
Alignment explanation
Indices: 116534--119012 Score: 1899
Period size: 705 Copynumber: 3.6 Consensus size: 693
116524 NTCAAAAATG
* ** * *
116534 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
1 TAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTT
********** ** * * *
116599 TNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTC
65 T-CAAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTT-CTTCACATTTC
* * * * * * * * *
116663 TAGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAATAAT-ATAAAAGAATTCAACTT-AAATC
127 CAG-GGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AAATCAACTTAAAATC
* * * * * * *
116726 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTATA
190 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAGTGACTATA
* * * * * * * *** * * * *
116790 AATAGTCTTTTCTTGCCTACGAATGG-TTATTTCTTCGCATCTCCTATGACAAACATTCAATTAT
254 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAT
* ** * *
116854 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAATTCAT
318 AATATACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TAAA-TCAT
* * * ** *
116919 T--------T-AAAGC----G-A-C---CAATAAGGCTCTTGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATT
381 TAAAGCGAGTAAAAGCTTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGA-TGACTATAAATG
** * * * * * * * * ** * *
116965 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGGT-TTTGGTTGACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAGTTATAATA
445 GACTTTTCTTATCAATGAATGGCTATTT-CTTCACATTTCCTAAAGCAGACAATCAAATACAATC
* * * * *
117028 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATT
509 TA-TTTAACCAAAAA--TATAAAAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * * * *
117093 TAAAGTGAGTAATAATAC-TT-AGGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-CTAATG
570 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAAGCT-TGAGTGACT-TAAATGGACTTTT-CTTACCAATG
* * * *** ** * * * * * * *
117155 GATGTCTTTTGCTTCA-AGTTTCTTGAGGCAAACATGTAATTATAATCTATTTTAACTAACAATA
631 AATGACTTTTGCTTCATA-TCTCCCAAAACAAACATTTAACTATAATATCTTTGAA-TAAAAAAA
* * * * * *
117219 TAAAAAAATTTAATTTC-AAATCAATTATGAGACTATAACACCATTTAAAGTGACTAATAAGACT
1 T-AAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCT
* * * *
117283 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-TATCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTATTTCTTCACATTT
64 TTCAAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATAGCT-TTTCTTCACA-TT
* *
117347 TCCAGGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAAACAAAAATGTTAAAAAAATCAA-TTCAAAAT
125 TCCAGGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATCAACTT-AAAAT
* **
117411 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATA
189 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATA
* * * *
117476 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTATTGAGGCAGACATTCAATTATA
254 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATA
* *
117541 ATATACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTCTAAATCCATT
319 ATATACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TAAAT-CA-T
* *
117606 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCAT-GAGTGACTGTAA
381 TAAAGCGAGTAA-AA-GCTTTTG-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGA-TGACTATAA
* * * * ** * *
117670 ATGGATTTTTCTTATTAATGGATGGCT-TTTGCTTCACATTT-TTTGAGACAGACATTCAATTAC
442 ATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTATTT-CTTCACATTTCCTAAAG-CAGACAATCAAATAC
* * * * *
117733 AATCTATTTTAACCAATAGTATAAAAGAATTTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
505 AATCTA-TTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* ** * *
117797 TTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGA
569 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGAGTGACT-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * ** * *
117861 ATGACTTTTTCTTCTTATCTCTCATGACAAACATTTGACTATAATATGTTTGAATAAAAAAAA
632 ATGACTTTTGCTTCATATCTCCCAAAACAAACATTTAACTATAATATCTTTGAAT-AAAAAAA
*
117924 TGAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTC
1 T-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCT-
* * * *
117989 TT-AAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCG-ATGGGTTTTGATTCACATTT
64 TTCAAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATAGCTTTT-CTTCACATTT
* * ** * * * *
118052 CTCAAGGTAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATC
126 C-CAGGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAATC
* * * * *
118117 AGTTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTATGAAAGCATGAGTGACTATAA
190 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAA
* ** * *
118182 ATGGACTTTTCTTTCCAATAAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAA
255 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * *
118247 -ACTATTTTAACCAACAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA--T---T-A-T-A
320 TA-TACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTAAATCATTAA
* * * *
118303 A-C-------ACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAGATGGACT
384 AGCGAGTAAAAGCTTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATGACTATAAATGGACT
* * * *
118360 TTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACGTTTCCTAAAGTAGACAATCAAATATAATCTATTT
449 TTTCTTATCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCCTAAAGCAGACAATCAAATACAATCTATTT
* * **
118425 AACTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAG
514 AACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
118490 TAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCT
579 TAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCT
* * * *
118555 TCATATTTCCCAAAACAAACATTTAATTATAATATCTTTTAATAAAAATA
644 TCATATCTCCCAAAACAAACATTTAACTATAATATCTTTGAATAAAAAAA
* * * * * *
118605 TAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTT
* * * * * * **
118670 CAAAGGCATTGGTTACTATAGATGGACTTTGCTTCCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTT
66 CAAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTTCTTCACATTTCCA
* * * * *
118735 GAGGTTGACATTCAAATATTATTTGTGTTAACCAAAAATG-TAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
129 G-GGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AAATCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
118799 GTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTCTTGAAGGCTCGAGTGACAATATAT
192 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAAT
* * ** * * * *
118864 GGACTTGTGTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAGTTATAATG
257 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATA
* *
118929 TACTTTCAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTT
322 TACTTT-AACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TAAATC-A-TT
118993 AAAGCGAGTAACAACGCTTT
382 AAAGCGAGTAA-AA-GCTTT
119013 CTAAGGCATG
Statistics
Matches: 1419, Mismatches: 289, Indels: 155
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
679 7 0.00
680 252 0.18
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698 2 0.00
699 1 0.00
701 1 0.00
702 5 0.00
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709 28 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (693 bp):
TAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTT
CAAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCTTCACATTTCCAGG
GTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATACT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTAAATCATTAAAGCGAGT
AAAAGCTTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCCTAAAGCAGACAATCAAATACAATCTATTTAACCAAA
AATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATATC
TCCCAAAACAAACATTTAACTATAATATCTTTGAATAAAAAAA
Found at i:119265 original size:680 final size:677
Alignment explanation
Indices: 116610--119335 Score: 1704
Period size: 705 Copynumber: 4.0 Consensus size: 677
116600 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * **
116610 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTCT-AGAGGCAGG
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATCGATAG-GTTTTGATTCACATTTCTCA-AGGTAAA
* * * * * * * * * *
116673 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAATAATATAAAAGAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGAT
64 CATTCAAATATAATATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
* * * * * * * * * * *
116737 TATAAAACCATTTCAAGCGAGTAAAAAGGCTT-TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGTCTTTT
129 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTAT-GAAAGCATGAGTGACAATAAATGGACTTGT
* * ** * *** * * * * *
116801 CTTGCCTACGAATGG-TTATTTCTTCGCATCTCCT-ATGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
193 CTTTCCAATAAATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTAAGGA-AAACATTCAATTATAAACTATTTC
* * * * ** * *
116864 AACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAATTCATTTAAAGCGAC
256 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAG
* * * * ** * * * *
116929 CAATAAGGCTCTTGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGGT-TTT
321 TAACAACGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTT
* * * * ** *
116992 GGTTGACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAA
385 -CTTCACGTTTCCTAAAGCAAACAATCAAATATAATCTA-TTTAACTAAAAATGT--AAAAAAAA
* ** * * * * * *** * *
117056 TTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATACTTAGGAAGGT
446 -TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAA-GCTTTCAAAAGC
* * * ** *** **
117121 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCA-AGTTTCTTGAGGC
509 ATGAGTGACT-TAAAGA-ACTTTT-CTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCATA-TTTCCCAAAAC
** * * * * * * *
117184 AAACATGTAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTATGA
570 AAACATCCAATTATAATATGTTTGAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTATGA
* * ** * * * *
117249 GACTATAACACCATTTAAAGTGACTAATAAGACT-TTCGAAGGCATG
632 GATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTCTT-AAAGGCTTA
* * * * * * * *
117295 GGTGACTATAAAT-TATCTTTTCTTGCCAAT-GAATAGCTATTT-CTTCACATTT-TCCAGGGCA
1 AGTGACTATAAATGGA-CTTTGCTTACCAATCG-ATAGGT-TTTGATTCACATTTCT-CAAGGTA
* * * * * * * *
117356 GACATTCAAATATAATATGTTTTAAACAAAAATGTTAAAAAAATCAA-TTCAAAATCAATTATGA
62 AACATTCAAATATAATATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTT-AAAATCAGTTATGA
* ** * * * *
117420 GATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
126 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTATGAAAGCATGAGTGACAATAAATGGACTT
* * ** * ** * * *
117485 TTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTATTGAGGCAGACATTCAATTATAATA-TACTT
191 GTCTTTCCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAA-ACTA-TT
* * *
117549 T-AACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTCTAAATCCATTTAAAGCG
254 TCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-T-T--AT--A---AAA-C-
* * * * * * *
117613 AGTAATAATGCTTTTGAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCAT-GAGTGACTGTAAATGGATT
308 ------CA-G---TT-AAAGCGAGTAACAACGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATAGACT
* * * * * ** * * * *
117677 TTTCTTATTAATGGATGGCT-TTTGCTTCACATTT-TTTGAGACAGACATTCAATTACAATCTAT
361 TTTCTTGTCAATGAATGGCTATTT-CTTCACGTTTCCTAAAG-CAAACAATCAAATATAATCTA-
* * * * * * * * * *
117740 TTTAACCAATAGTATAAAAGAATTTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGC
423 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * * * * *
117804 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATGACTTT
488 GAATAATAA-GCTTTCAAAAGCATGAGTGACT-TAAA-GAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
** * * * ** *** * *
117869 TTCTTCTTATCTCTCATGACAAACATTTGACTATAATATGTTTGAATAAAAAAAATGAAAAAATT
550 CACTTCATATTTCCCAAAACAAACATCCAATTATAATATGTTTGAAT-AAAAATAT-AAAAAATT
* * *
117934 CAACTCAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTCTTAAAGGCTT
613 CAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTCTTAAAGGCTT
117999 A
677 A
* *
118000 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCGATGGGTTTTGATTCACATTTCTCAAGGTAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATCGATAGGTTTTGATTCACATTTCTCAAGGTAAACA
** * *
118065 TTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAGTTATTAGATTA
66 TTCAAATATAATATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA
* * * *
118130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTATGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
131 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTATGAAAGCATGAGTGACAATAAATGGACTTGTCTT
* * *
118195 TCCAATAAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTATTTTAACCA
196 TCCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTATTTCAACCA
* * * * * * *
118260 ACAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTGAAGCGAGTAATA
261 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAACA
* * *
118325 AGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCAC
326 ACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCAC
* *
118390 GTTTCCTAAAGTAGACAATCAAATATAATCTATTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAA
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* * ** * *
118455 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTT
456 ATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAA-GCTTTCAAAAGCATGAGTGACTT
* ** **
118520 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAAACAAACATTTAATTAT
520 AAA-GAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCATATTTCCCAAAACAAACATCCAATTAT
* * * *
118585 AATATCTTTTAATAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTT
584 AATATGTTTGAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
118650 AAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCATT-
648 AAAGCAACTAATAAGGCTCTT-AAAGGC-TTA
* * * * * ** * ** **
118680 GGTTACTATAGATGGACTTTGCTTCCCAAT-GAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATCG-ATAGGTTTTGATTCACATTTCTCAAGGTAAAC
* * * * * * *
118744 ATTCAAATATTATTTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAAG-TATGAGAT
65 ATTCAAATATAATATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATC-AGTTATGAGAT
* * *
118808 TATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTCT-TGAAGGC-TCGAGTGACAATATATGGACTTG
129 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCT-TATGAAAGCAT-GAGTGACAATAAATGGACTTG
* *** * * **
118871 TGTTGT-CAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAGTTATAATGTACTTT
192 TCTT-TCCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTA-TTT
* * *
118935 CAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTAAAGCGA
255 CAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGA
*
119000 GTAACAACGCTTTCT-AAGGCAT-GAGTGACTATAAATA-AGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-
320 GTAACAACGCTTT-TGAAGGCATGGA-TGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTA
* * * * *
119061 TTTGCTTCATGTTTTC-AAAGGCAAAC-ATACAATTATGATATGT-TTTAA-TGAAAAT-TAAAA
382 TTT-CTTCACGTTTCCTAAA-GCAAACAAT-CAAATAT-A-ATCTATTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * * **
119121 AAATTTAACTTCAAATCATTTGTAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAACTAA-CATTTTGA
442 AAAATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAA-TAAGC-TTTCAA
* * * * * *
119185 AGGCATGAGTGATTGTAACA-AACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTCACTTCATGTTTCCCCAG
505 AAGCATGAGTGACT-TAA-AGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCATATTTCCCAAA
** * *
119249 GTAAACATCCAATTATAATCTGTTTGAATAAGAAATGA-AAGAAAATTCAGCTTAAAATCATTTA
568 ACAAACATCCAATTATAATATGTTTGAATAA-AAAT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCA-TTA
*
119313 T-ACAATTATAAAACCATTTAAAG
629 TGA-GATTATAAAACCATTTAAAG
119336 TGAGTAACTA
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 322, Indels: 159
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (677 bp):
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TCCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTATTTCAACCA
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ACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCAC
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ATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTTA
AAGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCATATTTCCCAAAACAAACATCCAATTATAA
TATGTTTGAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCAACTAATAAGGCTCTTAAAGGCTTA
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117908 GTTTGAATAA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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1 AAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * * * **
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** * ** ** * * *
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* * * * *
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** * * * * * ** * * * **
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* *** * * * * *
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* * ** * ** *
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1 AAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * * * * **
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* * * * * * *
118895 TCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAGTTATAATGTACTTTCAATC
128 TCACGTTT-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT-GTTTTAA-C
* * * *
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1 AAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * **
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* * * *
119067 TCATGTTTTCAAAGGCAAACATACAATTATGATATGTTTTAA-
128 TCACG-TTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
** * * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * *
119237 ATGTTTCCCCAGGTAAACATCCAATTATAATCTGTTTGAAT
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* * *
119278 AAGAAATGAAAGAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATACA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAAATGAAA-AAAATTCAACTTAAAATCATTTATA-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
119342 ACTAGTATTTCGGAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCGCTC
64 ACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT
* ** * *
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* * * * *
119449 TAAAAATAAAAAAAATTCATCTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAAC
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* * * * * ** ** **
119514 TA-TATTTTGAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGTATGATTTTTGCTTTT
66 TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
* * * * * * *
119578 CGTTTCTCAAGTCTAACCTCTAATTATCATCTATTTTAAG
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* ** * * * *
119618 TACCAATGAAAAACATTCAACTCAAAATCATTTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
1 AAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * * **
119683 TAGTCTTTCTAAGGCATGGGAGGCTATAAAT-AGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTCACTTC
66 TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTC
* * * *
119747 ATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAATTTGTTTTAATG
130 ACGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAA-C
* ** * *
119789 AAAAAA-GAAAAAAGTTCAACTTAAAATGTTTTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
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* * * *** * * *
119853 TAGTATTTC-ATAGGTATGAAG-GGCTACAAATAGGTTTTTTTTTTTCAATGGATGGCTTTCGCT
66 TAGTATTTCGA-AGGCATG-AGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACT
* * * *
119916 TCATGCTTCTAAAAGG-AAACATGCAATTATGATCTGTTTTAAT
128 TCACGTTTCT--AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * * *
119959 GAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * *
120024 TAGTATTTCGAAAGTATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTTCA
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** * * * * *
120089 AATTTCTCGAGGCAAACATCCAATTATGTTCTATTTGAAT
131 CGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * * *
120129 AAGAAATGAAAGAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGTGAGTA
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* * * * * *
120194 ACTAGTATTTCAAAGGCATGAATGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTT
64 ACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT
* ** *
120259 CATGTTTCTCAAGATAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAC
129 CACGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
120301 CAAAAATGAAAACAAA-TCATCGTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACCATTTCAAGTGACTAA
1 AAAAAATGAAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** ** *
120365 CTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGATTTTTGCTTT
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* * * * *
120430 ACGTTTCTCAAGGCAAACTTCTAATTCTGA-CATATTTTAAG
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* * * * * *
120471 TAAAAATGAAAAATAA-TAAACTCAAAATTATTTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
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* * * * * * * *
120535 TTAAGT-TTTCGAAGGTATGAATGA-TAATGAAT-AGACCTTTCTTATCAA-GTGATCGATTTCA
65 CT-AGTATTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATG-GATGGCTTTCA
* * * * *
120596 CTTCATGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAC
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* * * * **** *
120641 -AAAAATGAAAAAAAAAGT-AATTTAAATTCATTTTTAA-AGTTATAAAATGGCTTAAAGCGGGT
1 AAAAAATG--AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * ** *
120703 AACTAGGCT-TTTC-AAAGTATGAGTGATTATAAATG-GGTTATTCTTGTCAATGGATGGTTTTC
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* * * * **
120765 GCTTCATGCTTTC-AGAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTATATT
125 ACTTCACG-TTTCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * *
120811 AAAAACT----AAAA---AA---AAAA-CATTTATAAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAAC
1 AAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * * *
120865 TAGTCTTTCCAAGGCATAAGTGGCTATAAATGAATTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCA
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* * *
120930 CGTTTCCTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAAT
131 CGTTT-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* ** * ** * **
120970 AAAAAAT-AAAAAAAATCAA-TTGAAAATCAGCTATGATTTTATAAAACCATTTAAAACGAGTGC
1 AAAAAATGAAAAAAATTCAACTT-AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
121033 CTAGTATTTCGAGGGTATAAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTGC-ATGAATGGCTTTCACTT
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* * * * *
121097 TACGTTTCTTGAGTCAAGCATCCAATTATGATATGTTTTAAC
129 CACGTTTC-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * ** * * *
121139 AAGAAA-CAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAAATTACTGAATGCGAGTAAC
1 AAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * *
121203 TAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCT-TAAATGGACTTTTCCTGTCAATTGATGGCTTTCGA-TTC
66 TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTC-ACTTC
* * * * *
121266 ACATTTCCCAAGACAAACATCCAAGTACGATCTGTTTTAAC
130 ACGTTT-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * * * *
121307 CAAAGATGAAAAAAGATTCATCTTAAAATAATTTATATGATTATAAAACCATTTGAAA-CGACTA
1 AAAAAATGAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTA
* * * ** **
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* * * ** **
127078 AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTCACTTCATGTTTCACA
65 AAAGGCATGAGGGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTC-CA
* *
127143 AGGTAAACATCCAATCATGAT
129 AGGCAAACATCCAATTATGAT
127164 TATAAAATAA
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AAGGCATGAGGGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCAAG
GCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAATAA
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125918 AGTGACTATA
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AATAGACTTTTTTTATC
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125939 TTTATCAATA
* * * * * *
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1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACATCCAATTATGATC
* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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65 TATTTTAA-AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
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* * * ** *
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1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTTCT-AAGGCAAACATCCAA-TTATGA
* * *
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* * *
126412 AGCGAGTAACTGGCATTTC--A---A--AG-G-C-ATAAGTG
127 AGCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * ** * *
126444 G-TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTACCAAGAAAAATATCTAATTATGATCT
1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT
* * *
126508 ATTTTAACAAAAAATGAATAAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAA
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* * * * * *
126573 GCGAGTAGCTAGTATTTCGAAGACATAAGTTACTATAAATA
128 GCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * **** ** ** *
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1 GACTTTT-CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-AGGCAAACAT--CCAATTATG
* * *
126666 A-C-A----AAAAATGAAA-AAAAAAATTCAAGTCAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTT
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* * * * *
126724 AAA---A-TGACTAATATTTCAAAGGCATTAGTGCCTATCAATG
125 AAAGCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** * * * * *
126764 GACTTTTCTTCTCAATGGAAAGCTTTTGCCTCACG-TTTCTCGAGGTAAGCAT-CAGATTATGAC
1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACATCCA-ATTATGAT
* * * *
126827 CTGTTTTAACAAGAAATAAAAAGAATTCAACTTAAAATCATTTGTAAGATTACAAAACCATTT-A
64 CTATTTTAA-AAAAAATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
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127 AGCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
126930 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATCTAACTATGATAT
1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT
* * * *
126995 GTTTTAATAAAAAATGAACAAAAATTCAACTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTGAA
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* *
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128 GCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
127101 GACTTTTCTTATCAATGGATG
1 GACTTTTCTTATCAATGGATG
127122 ATTTTCACTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT
ATTTTAAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
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126277 TCTAAATGGA
* *** *
126287 TTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCCCTTCATATTTCTCAAGGCCAACATCAAGTTATGATCTGT
1 TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCCCTTCATATTTCTCAAGAAAAACATCAAGTTATGATCTAT
* * * *
126352 TTTAACATAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
66 TTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAAGCGA
* *
126417 GTAACTGGCATTTCAAAGGCATAAGTGG
131 GTAACTAGCATTTCAAAGACATAAGTGG
** * *
126445 TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTAC-CAAGAAAAATATCTAA-TTATGATCT
1 TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCCCTTCATATTT-CTCAAGAAAAACATC-AAGTTATGATCT
*
126508 ATTTTAACAAAAAATGAATAAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAA
64 ATTTTAACAAAAAAT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAA
* * *
126573 GCGAGTAGCTAGTATTTCGAAGACATAAGT
127 GCGAGTAACTAGCATTTCAAAGACATAAGT
126603 TACTATAAAT
Statistics
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TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCCCTTCATATTTCTCAAGAAAAACATCAAGTTATGATCTAT
TTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAAGCGA
GTAACTAGCATTTCAAAGACATAAGTGG
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Period size: 166 Copynumber: 3.0 Consensus size: 166
126606 TATAAATAAA
* * * * * *
126616 CTTTTGCTTCACATTTTCTTGAGGGAAACATAC-AATTATGCCCTGTTTTGACAAAAAATGAAAA
1 CTTTTGCCTCACA-TTTCCTAAGGCAAACAT-CTAATTATGACCTGTTTTAACAAAAAAT---AA
* * * *
126680 AAAAAATTCAAGTCAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGACTAATATTTCAAAG
61 AAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAACTAGTATTTCAAAG
* * * **
126745 GCATTAGTGCCTATCAATGGACTTTTCTT-CTCAATGGAAAG
126 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGGATGG
* * * * *
126786 CTTTTGCCTCACGTTT-CTCGAGGTAAGCATC-AGATTATGACCTGTTTTAACAAGAAATAAAAA
1 CTTTTGCCTCACATTTCCT-AAGGCAAACATCTA-ATTATGACCTGTTTTAACAAAAAATAAAAA
* * * * * * * *
126849 GAATTCAACTTAAAATCATTTGTAAGATTACAAAACCATTTAAAGTAACTCGCATTTCGAAGGCA
64 AAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAACTAGTATTTCAAAGGCA
*
126914 TGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
129 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * ** * *
126952 CTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATCTAACTATGATATGTTTTAATAAAAAATGAACAAA
1 CTTTTGCCTCACATTTCCTAAGGCAAACATCTAATTATGACCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAA
* *
127017 AATTCAACTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGGGACTAACTAGTATTTCAAAG
65 AATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AA---AATAACTAGTATTTCAAAG
*
127082 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATG
126 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
127122 ATTTTCACTT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 48, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (166 bp):
CTTTTGCCTCACATTTCCTAAGGCAAACATCTAATTATGACCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAA
ATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAACTAGTATTTCAAAGGCATG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
Found at i:127020 original size:487 final size:479
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Indices: 126197--127099 Score: 1063
Period size: 487 Copynumber: 1.9 Consensus size: 479
126187 AAGGAAAAAT
* * * *
126197 AAAAAAATTTAACGTAAAATCATTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTACCTAGTATTT
1 AAAAAAATTCAACGTAAAATCAGTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAAT-AGTACCTAATATTT
* * * * ** *
126262 CAAAGGCATGAGGACTCTAAATGGATTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCCCTTCATATTTCTCA
65 CAAAGGCATGAGGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGAAAGCTTTCCCTTCACATTTCTCA
* *
126327 AGGCCAACATCAAGTTATGATCTGTTTTAACATAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTAT
130 AGGCCAACATCAAGTTATGACCTGTTTTAACATAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
* * * * **
126392 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTGGCATTTCAAAGGCATAAGTGGTTTTTCTTGTCA
195 AAGATTACAAAACCATTTAAA--GAGTAACTCGCATTTCAAAGGCATAAATGGCTTTTCTTACCA
** * * *
126457 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTACCAAGAAAAATATCTAATTATGATCTATTTTAACAAAAAA
258 ATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTACCAAGAAAAACATCTAACTATGATATATTTTAACAAAAAA
* * * * *
126522 TGAATAAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAAGCGAGTAGCTAGTA
323 TGAACAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAAGCGACTAACTAGTA
* *
126587 TTTCGAAGACATAAGTTACTATAAATAAACTTTTGCTTCACATTTTCTTGAGGGAAACATACAAT
388 TTTCAAAGACATAAGTGACTATAAATAAACTTTTGCTTCACATTTTCTTGAGGGAAACATACAAT
126652 TATGCCCTGTTTTGACAAAAAATGAAA
453 TATGCCCTGTTTTGACAAAAAATGAAA
*
126679 AAAAAAATTCAA-GTCAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT-G-A-CTAATATTT
1 AAAAAAATTCAACGT-AAAATCAGTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAATAGTACCTAATATTT
* * * * *
126740 CAAAGGCATTAGTGCCTATCAATGGACTTTTCTTCTCAATGGAAAGCTTTTGCC-TCACGTTTCT
65 CAAAGGCATGAG-GACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGAAAGC-TTTCCCTTCACATTTCT
* *
126804 CGAGG-TAAGCATC-AGATTATGACCTGTTTTAACA-AGAAATAAAAAGAATTCAACTTAAAATC
128 CAAGGCCAA-CATCAAG-TTATGACCTGTTTTAACATA-AAATAAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* *
126866 ATTTGTAAGATTACAAAACCATTT-AA-AGTAACTCGCATTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAAT
189 ATTTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGAGTAACTCGCATTTC--A---A--AG-G--CATAAAT
**
126929 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCTAAGGCAAACATCTAACTATGAT
244 GG-CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTACC-AAGAAAAACATCTAACTATGAT
* * * * **
126993 ATGTTTTAATAAAAAATGAACAAAAATTCAACTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTG
307 ATATTTTAACAAAAAATGAACAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAA
* * *
127058 AAGGGACTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
372 AAGCGACTAACTAGTATTTCAAAGACATAAGTGACTATAAAT
127100 GGACTTTTCT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 52, Indels: 33
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
476 14 0.04
478 25 0.07
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481 3 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (479 bp):
AAAAAAATTCAACGTAAAATCAGTTATAAGAATATAAAACCATTTAAAATAGTACCTAATATTTC
AAAGGCATGAGGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGAAAGCTTTCCCTTCACATTTCTCAA
GGCCAACATCAAGTTATGACCTGTTTTAACATAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
AGATTACAAAACCATTTAAAGAGTAACTCGCATTTCAAAGGCATAAATGGCTTTTCTTACCAATG
GATGGCTTTTGCTTCACATTTACCAAGAAAAACATCTAACTATGATATATTTTAACAAAAAATGA
ACAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTAAAAGCGACTAACTAGTATTT
CAAAGACATAAGTGACTATAAATAAACTTTTGCTTCACATTTTCTTGAGGGAAACATACAATTAT
GCCCTGTTTTGACAAAAAATGAAA
Found at i:127609 original size:171 final size:169
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Indices: 127161--129690 Score: 1962
Period size: 171 Copynumber: 14.9 Consensus size: 169
127151 ATCCAATCAT
* ** * * * * *
127161 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGGGATTAAGT-TTTCAAAGGCATGAATGATTATAAAT-GAGC
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACT-AGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-C
* * * * * * *
127224 TTTTCTTGTCAATTGCTGGCTTTCACTTCACGTTT-TCCAGTGTAAACATCAAATTATGATCTGT
64 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCT-AAG-GCAAACATCCAATTATGATCTGT
* * * *
127288 TTAAATAAAAAATAAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTT-TAA
127 TTTAACAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * * *
127329 AAGTTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTACGAAGGTGTGAGTGACTATAAATAGACT
1 GA-TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
127394 TTTTTTATAAATGAATGACTTTCGCTTCACT-TTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATGATCTGTT
65 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCA-TGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
* * * *
127458 TTAATGAAAAAAGAATAAAAAAGTGAACTTAAAATCATTTGTAA
128 TTAA-CAAAAAAGAA-AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * * * * *
127502 AACTAT-AAATCATTCAAAGCGAGTATCTAGCCTTTCGAAGGTATGAGTTACCATAAGTGGATTT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** *
127566 TTCTTGTTAATGGATGGCTTTCATTTCATGATTCTAGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT
66 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT
* *
127631 AATGAAAAATA-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAA
130 AA-CAAAAA-AGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * *
127672 GATTATAAAACCGTTGAAAGTGAGTAACTAGTCTTTC-ATAGGTGTGAGTGGCTATAAATAGACT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGA-AGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
127736 TTTTTTGTCAATGAATGAG-TTTTGCTTTATGTTTTTCAAGGCAAGCATCCAA-T-T-ATC--TT
65 TTTCTTGTCAATGGATG-GCTTTCGCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
* *
127795 TTAACAAAAAATG-AAAAAATTTCAACAT-AAATCATTT-TCAA
128 TTAACAAAAAA-GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT-AA
* * * * * *
127836 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGTATTTCGAAGGGATAAGTGGCTATAAATGGACTT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * * *
127901 TTCTTGTCAATGGATAGCTTTCTCTTGACGTTTCCTAAGATAAACATCCAATCATGGTCTATTTT
66 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT
* * * * *
127966 AACCAGAAATGAATAAAAATTTAACTTAAAAACATTTATAA
130 AA-CAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * *
128007 GCTTATAAAATGA-TTAAAGTGAGTAACTAGTATTAT-GAGGGCATGAGTGACTATAAGTGGACT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTT-TCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** *
128070 TTTCTTGTCAATGGATGGCTGTT-GCATCAAAATTCCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
65 TTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTCGCTTC-ATGTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
* * * * * *
128134 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCGTTTTTGA
128 TTAACAAAAAAGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * * * *
128177 GGTTATAAAA-CTATTTAAAGCGACTAACTAGTATTTTGAAGGTAGGAATGACTATAAACGAACT
1 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
128241 TTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTCACGTTTCTAGAGGCAAAGATCCAATTATGATATGTTT
65 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTT
* * * * * *
128306 TAATAAGAAA-AAGAGAAATTCAACTTAAAATCATCTACAA
129 TAACAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * *
128346 GTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
128411 TTCTTATTAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAACCATGCAA-T-T-A--TGTTTT
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* * * * * * * *
128511 GATTGTAAAA-CAATTAAAAATGAGTAA-TCAGCCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGAC
1 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACT-AGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** *
128574 TTTTCTTTTCAATAGATAGCTTTCGCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATCGTGATCTATT
64 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
* * *
128639 TTAACAAGAAATGAATAAAAATTCAACGTAAAATCATTTATAA
128 TTAACAA-AAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * *
128682 GATTATAAAA-CGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAAGTATGAGTGACAATAAATGGACT
1 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
** * *
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*
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* * ** * * * *
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1 GATTATAAAATCATTTAAAGTG-AGTAACTAGT-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
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64 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTT
* * *
128981 TTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAA
128 TTAACAAAAAA-GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * *
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1 GATTATAAAATC-ATTTAAAG-TGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATG-AGTGACTATAAATGGA
* ** * * ** *
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63 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT-G
* * * * * *
129151 -TTTAATTAAAAATGAAAAACAATTCAACATAAAATCATTTACAT
126 TTTTAA-CAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
** * * * ** ** *
129195 GATTATAAAGCCATTCAAAGTAAGTAACTAATCTTTCGAAGGTATGAGTGGTTATAAATAAAATT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * * *
129260 TCCTTGTCAATGGATGGGTTTCACTTCACCTTTCTTAATGCAAACATCCAATCATGTTCTGTTTT
66 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTC-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT
* * * * ** *
129325 AACCAAAATG-GAAAAAAGTCAACCAAAAATCATTTATCA
130 AACAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
*
129364 GATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
129428 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATCCAACTATGAACTGCCT
65 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTT
* **
129493 TAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTCGAAATCACTTT-TAA
129 TAAC-AAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-TTTATAA
* * ** * * * * ** * * *
129535 GATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAACAAGTATTTTGAAGATACAAATGACTACAAATGAACTT
1 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * * * *
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66 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT
* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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*
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* *
127643 AAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCGTTGAAAGTGAGTAACTAGTC
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * **
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* * *
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** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGAGTTTCGCTTCACGTT
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * * * * * *
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319 GTGAGTAACT-AGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * ** * * *
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383 TTTC-ATTCATG-ATTCCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATCAA-AAATAAAAAA
* * *
128657 AAATTCAACGTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACGAATTAAAGTGAGTAACTAGTA
445 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC-CATTAAAGTGAGTAACTAGTC
* * * ** * **
128715 TTTCGAAAGTATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG-GCTTTCGCATCATATT
1 TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAG-TTTCGCTTCACGTT
* * *
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* * * * *
128843 TCATTTTTAAGATTATAAAATCATTTAAAG-GAACTAACTAGTAGTTT-GAAGGTA-ACAATAAC
124 TCATTTTCAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAACTAGTA-TTTCGAAGGTATA-AGTGAC
* * * * *
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186 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTA-AGGCAAACATCCAAT
* * * * *
128970 TATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGTTTATAAAAC
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* * *
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312 AA-TTAAAG-TGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * ** * ** * *
129098 ATGCATGGCTTTCATTTCATGTTTTTTGAGAAAAACATCCAATTACGATCTAG-TTTAATTAAAA
374 ATGGATGGCTTTCA-TTCATGATTCCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCT-GTTTTAATCAAAA
* * * * * * * *
129162 ATGAAAAACAATTCAACATAAAATCATTTACATGATTATAAAGCCATTCAAAGTAAGTAACTAAT
437 ATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATT-AAAGTGAGTAACTAGT
129227 C
501 C
** * * * * * *
129228 TTTCGAAGGTATGAGTGGTTATAAATAAAATTTCCTTGTCAATGGATGGGTTTCACTTCACCTTT
1 TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAGTTTCGCTTCACGTTT
* * * *
129293 CTTAATGCAAACATCCAATCATGTTCTGTTTTAAC-CAAAATGGAAAAAAGTCAACCA-AAAATC
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* *
129356 ATTTATC-AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATA
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* ** * *
129420 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATCCAACTATG
190 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTATG
* *** * ** *
129485 AACTGCCTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTCGAAATCACTTT-TAAGATTATAAAACCAT
254 --GTTTTTTAACAAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA-TTTATAAGATTATAAAACAAT
** * ** ** ** * * * *
129549 CTAAAGCAAGTAACAAGTATTTTGAAGATACAAATGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATCGA
315 -TAAAGTGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * *
129614 T-GCTTTTGCTTTACAT--TT-CTAGAAGCAAAGATCCAATGATGATCTATTTTAACCAAAAATA
379 TGGC-TTT-CATT-CATGATTCCTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATA
* * * * *
129675 AAAGAAAATT---C----AA-C---T-T----TTATAACACCATTTCAAAGCGAGTAACTGGTA
440 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TT-AAAGTGAGTAACTAGTC
* * * * * * * * * *
129723 TTTCAAAGGCACGAGTGAGTATAAATGGGCATATCTTGTCAATGGATGGGTTTCGCTTCTCGTTT
1 TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAGTTTCGCTTCACGTTT
** * * * ** * **
129788 CTCGACGTAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAATTGAAAAAAAAACCAACATAAAATC
66 -TTAAGGCAAACATCCAA-TATGATC-GTTTTAACAAAAAATG--AAAAAATTCAACATAAAATC
* * * * * * * *
129853 ATTTAT-AA-AAT-TAAAACCATTGAAAGCGAGTAACTAGTCTTTTCCAAGGCATGAGTGGCTAT
126 ATTT-TCAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGT-ATTTCGAAGGTATAAGTGACTAT
* * * * * * * *
129915 AAAAGGATTTTTTTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATCCAATCAT
189 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATCCAATTAT
* *
129980 GATCTGTTTTAA-AGAAAAAT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATCT-TAAAACCA
253 GGT-T-TTTTAACA-AAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT-TATAAAA-CA
* * * *
130042 TTTCAAGTGAGTAACTA-TCATTTCGAAGGCATGAGTGACTATATATGGACTTT
313 ATTAAAGTGAGTAACTAGT-ATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
130095 GTTGATCCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (501 bp):
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TTAAGGCAAACATCCAATATGATCGTTTTAACAAAAAATGAAAAAATTCAACATAAAATCATTTT
CAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATGGTTTTTT
AACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACAATTAAAGTGAGTA
ACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCATTC
ATGATTCCTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTT
AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTAAAGTGAGTAACTAGTC
Found at i:129003 original size:342 final size:341
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Indices: 127213--130094 Score: 2132
Period size: 342 Copynumber: 8.5 Consensus size: 341
127203 CATGAATGAT
* * * * * * * *
127213 TATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATTGCTGGCTTTCACTTCACGTTTTCCAG-TGTAAACATCAAA
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* * * *
127277 TTATGATCTGTTTAAATAAAAAAT-AAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTT-TAAAAGTTATAAA
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* * * ** * * * * * *
127339 ATC-ACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTACGAAGGTGTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATA
129 A-CGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * **
127403 AATGAATGACTTTCGCTTCACT-TTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAA
193 AATGGATGGCTTTCGCTTCA-TATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * * *
127467 AAAGAATAAAAAAGTGAACTTAAAATCATTTGTAAAACTAT-AAATCATTCAAAGCG-AGTATCT
257 AAAG-A-AAAAAA-TCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAACT
* * *
127530 AG-CCTTTCGAAGGTATGAGTTAC
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* * * * * ** * *
127553 CATAAGTGGATTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCATTTCATGATTCTAGAGGCAAACATCCAAT
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATCCAAT
** *
127618 TATGATCTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
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* * * * *
127683 CG--TTGAAAGTGAGTAACTAGTCTTTC-ATAGGTGTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTTTTGTC
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* * * * * *
127745 AATGAATGAG-TTTTGCTTTATGTTTTTCAAGGCAAGCATCCAA-T-T-ATC--TTTTAA-CAAA
193 AATGGATG-GCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
127803 AAATGAAAAAATTTCAACAT-AAATCATTTTCAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATTA
257 AAA-GAAAAAA-ATCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAACTA
* *
127866 GTA-TTTCGAAGGGATA-AGTGGC
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* * * * **
127888 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCTCTTGACGTTTCCTA-AGATAAACATCCAA
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* * * * * * * * * *
127952 TCATGGTCTATTTTAACCAGAAATGAATAAAAATTTAACTTAAAAACATTTATAAGCTTATAAAA
65 TTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
* * * *
128017 TG-ATTAAAGTGAGTAACTAGTATTAT-GAGGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGTCA
130 CGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATT-TCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * *
128080 ATGGATGGCTGTT-GCATCAAAATTC-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
194 ATGGATGGCT-TTCGCTTCATATTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * * *
128143 AATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCGTTTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCG-ACTAACTA
257 AA-AGAAAAAAA-TCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAACTA
* * *
128207 GTA-TTTTGAAGGTAGGAATGAC
319 GTACTTTCGAAGGTAAGAGTGAC
* * * *
128229 TATAAACGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTCACGTTTCTAGAGGCAAAGATCCAAT
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATCCAAT
* * * * * * * *
128294 TATGATATGTTTTAA-TAAGAA-AAAGAGAAATTCAACTTAAAATCATCTACAAGTTTATAAAAC
66 TATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * * * * * * *
128357 CATTTAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
131 GAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
** * * * *
128422 GGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAACCATGCAA-T-T-A--TGTTTTAACAAAAAAAG
196 GGATGGCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAAG
* * * * * *
128482 AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAAACAATTAAAAATG-AGTAA-TCAG-CC
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* * * *
128544 TTTCCAAGGCATGAGTGGC
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* * * * *
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** * * * * *
128626 ATCGTGATCTATTTTAACAAGAAATGAATAAAAATTCAACGTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
64 ATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * **
128691 ACGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAAGTATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCA
129 ACGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
*
128756 ATGGATGGCTTTCGCATCATATTTC-CTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCACAA
194 ATGGATGGCTTTCGCTTCATATTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCA-AA
* *
128820 ATAAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAATCATTTAAAGGAACTAACTAGT
257 A-AAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAACTAGT
* * * *
128885 AGTTT-GAAGGTAACAATAAC
321 ACTTTCGAAGGTAAGAGTGAC
* * * *
128905 TATATATGAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTAGAGGCAAAGATCCAAT
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATCCAAT
* * * *
128970 TATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGTTTATAAAAC
66 TATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * * *
129035 -AATTTAAAGCT-AGTAACCAGTATTTCAAAGGCATGAATTG-CTGTAAATGGACTTTTCTTGTC
131 GAA-TTAAAG-TGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** * * ** ** * **
129097 AATGCATGGCTTTCATTTCATGTTTTTTGAGAAAAACATCCAATTACGATCTAG-TTTAATTAAA
193 AATGGATGGCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCT-GTTTTAACCAAA
* * ** * * * * *
129161 AATGAAAAACAATTCAACATAAAATCATTTACATGATTATAAAGCCATTCAAAGTAAGTAACTAA
257 AAAGAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAACTAG
* **
129226 T-CTTTCGAAGGTATGAGTGGT
320 TACTTTCGAAGGTAAGAGTGAC
* * * * * * *
129247 TATAAATAAAATTTCCTTGTCAATGGATGGGTTTCACTTCACCTTTCTTA-ATGCAAACATCCAA
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTC-TAGAGGCAAACATCCAA
* * * ** * ** *
129311 TCATGTTCTGTTTTAAC-CAAAAT-GGAAAAAAGTCAACCAAAAATCATTTATCAGATTATAAAA
65 TTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
* *
129374 CTATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
130 CGAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * ** * *
129439 TGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATCCAACTATGAACTGCCTTAACTAAAAAT
195 TGGATGGCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAA
** * * * *
129504 GAAAAAAAATTCAACTCGAAATCACTTTTAAGATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAACAAGTA-
260 G-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAACTAGTAC
* * *
129568 TTTTGAAGATACA-AATGAC
323 TTTCGAAGGTA-AGAGTGAC
* * * * * * *
129587 TACAAATGAACTTTTCTTGTCAATCGAT-GCTTTTGCTTTACATTTCTAGAAGCAAAGATCCAAT
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATCCAAT
* * * * *
129651 GATGATCTATTTTAACCAAAAATAAAAGAAAATT---C----AA-C---T-T----TTATAACAC
66 TATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * * *
129700 CATTTCAAAGCGAGTAACTGGTATTTCAAAGGCACGAGTGAGTATAAATGGGCATATCTTGTCAA
131 GAATT-AAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * **
129765 TGGATGGGTTTCGCTTC-TCGTTTCTCGACGTAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAAT
195 TGGATGGCTTTCGCTTCAT-ATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA-
* * * * *
129829 TGAA-AAAAAAACCAACATAAAATCATTTATAA-AAT-TAAAACCATTGAAAGCG-AGTAACTAG
258 --AAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAACTAG
* * * *
129890 T-CTTTTCCAAGGCATGAGTGGC
320 TAC-TTTCGAAGGTAAGAGTGAC
* * * * * * * *
129912 TATAAAAGGATTTTTTTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AAGCAAACATCCAA
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT-AGAGGCAAACATCCAA
* *
129976 TCATGATCTGTTTTAA-AGAAAAAT--AAAAAACTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATCT-TAA
65 TTATGATCTGTTTTAACA-AAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT-TATAA
* * * * *
130037 AACCATTTCAAGTGAGTAACTA-TCATTTCGAAGGCATGAGTGACTATATATGGACTTT
128 AACGAATTAAAGTGAGTAACTAGT-ATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
130095 GTTGATCCCA
Statistics
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Consensus pattern (341 bp):
TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATCCAAT
TATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
GAATTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
GGATGGCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAAG
AAAAAAATCAACTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAACTAGTACTTT
CGAAGGTAAGAGTGAC
Found at i:130043 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 129761--130084 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
129751 GCATATCTTG
* * * * * *
129761 TCAATGGATGGGTTTCGCTTCTCGTTTCTCGACGTAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAA
1 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCTCGTTTCTCAAAGCAAACATCCAATCATGATCTATTTTAAAGAA
*
129826 AATTGAAAAAAAAACCAACATAAAATCATTTATAAAATTAAAACCATTGAAAGCGAGTAACTAGT
66 AAAT-AAAAAAAAACCAACATAAAATCATTTATAAAATTAAAACCATTGAAAGCGAGTAACTA-T
* *
129891 CTTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAAAGGATTTTTTTTC
129 CATTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGATTTTTTTTC
* *
129931 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTCAAAGCAAACATCCAATCATGATCTGTTTTAAAGA
1 TCAATGGATGGCTTTCGCTTC-TCGTTTCTCAAAGCAAACATCCAATCATGATCTATTTTAAAGA
*** * * ** *
129995 AAAAT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATCTTAAAACCATTTCAAGTGAGTAACTA
65 AAAATAAAAAAAAACCAACATAAAATCATTTATAA-A-ATTAAAACCATTGAAAGCGAGTAACTA
*
130059 TCATTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
128 TCATTTCCAAGGCATGAGTGACTATA
130085 TATGGACTTT
Statistics
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TCAATGGATGGCTTTCGCTTCTCGTTTCTCAAAGCAAACATCCAATCATGATCTATTTTAAAGAA
AAATAAAAAAAAACCAACATAAAATCATTTATAAAATTAAAACCATTGAAAGCGAGTAACTATCA
TTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGATTTTTTTTC
Found at i:132969 original size:15 final size:16
Alignment explanation
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132941 ACCTCCCTAA
132951 ATTAAAAGCAAA-TGC
1 ATTAAAAGCAAATTGC
132966 ATTAAAAGCAAATTGC
1 ATTAAAAGCAAATTGC
132982 AT
1 AT
132984 CATCCATAGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
ATTAAAAGCAAATTGC
Found at i:140399 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 140117--140978 Score: 847
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140107 GTAGCCAATA
* * * *
140117 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATATTTCCC-AAGACAAACATCCAATTATGATA
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAGGA-AAACATCCAATTATGATC
* * * * * * * *
140181 TGCTTAAACCAAAAATGAAAAACAATTCCACTCAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTCA
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* * * *
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129 AGTGAGTAACTAGT-ATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
* ** * * *
140288 GACTTTTCTTGCCAATGTATGGCTTTCGCTTCATGTGTT-TTGAGGTAAGCATCCAATTATGGTC
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGT-TTCCCGAGGAAAACATCCAATTATGATC
* * * ** * *
140352 TGTTTTGATGAAAAATGAAAAAAATTTTAGGTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACTGTTTAA
65 TGTTTTAACGAAAAATGAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
140417 AGTGACTAACTAGTATTTCAAGGGCATGAGTGGCTATAATTT
129 AGTGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
* * * * * * * * *
140459 AACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACGTCCAATCAGGATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCT
* * * *
140524 ATTGTAATGAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTATAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
66 GTTTTAACGAAAAATGA-AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
* * **
140588 ATGAGTAACTAGCATTTTGAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
130 GTGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
* * * * * * *
140629 GACTTTGCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCGTGGAAAACATCCAATTATTATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCT
* * * * * * *
140694 TTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTTATTTATAAGATTATAAAACCATTGCAA
66 GTTTTAACGAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATT-TAA
* * * * *
140759 A-TGGGTAGCTAGTATTTCAAAGCCATGAGTGACCATAAATG
129 AGTGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
* ** * * * * *
140800 GACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTCGCTTCATGTTTCCTGAGGAAAGCATGCAATTACGATAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCT
* * * * *
140865 GTTTTGACCAAAAATGAAAAACAA-TCAAGTGAAAATCATTTATAAGATGATAAAACTATTTAAA
66 GTTTTAACGAAAAATGAAAAA-AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
*
140929 GCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
130 GTGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
140970 GA-TTTTCTT
1 GACTTTTCTT
140979 ATTAATGGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCT
GTTTTAACGAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
TGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
Found at i:140742 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 140118--141000 Score: 900
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
140108 TAGCCAATAG
* * *
140118 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATATTTCCCAAGACAAACATCCAATTATGATATG
1 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATCCAATTACGATAT-
* * * * * *
140183 CTTAAACCAAAAATGAAAAACAATTCCACTCAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTCAAG
64 ATTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * *
140248 TGAGTTACTAGTCA-TTCAAAGTCATGAGGGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGTATGGCT
129 TGAGTAACTAG-CATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
* * ** * * * * ** * *
140312 TTCGCTTCATGTGTTTTGAGGTAAGCATCCAATTATGGTCTGTTTTGATGAAAAATGAAAAAAAT
193 TTTGCTTTATGTGTTCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAA
* ** ** * * *
140377 TTTAGGTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACTGTT-TAAAGTGACTAACTAGTATTTCAAGGG
258 TTCAACTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTGCAAA-TGACTAACTAGTATTTCAAAGC
* * * *
140441 CATGAGTGGCTATAATTTA
322 CATGAGTGACCATAAATGA
* * * * * * *
140460 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACGTCCAATCAGGATCTA
1 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTACGATATA
** * *
140525 TTGTAATGAAAAAT-ATAAAA-AATTCAACTTATAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
65 TT-TAACCAAAAATGA-AAAACAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
* ** *
140588 ATGAGTAACTAGCATTTTGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGTCAATGAATGGCT
128 GTGAGTAACTAGCATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
* * *
140653 TTTGCTTTATGT-TTCCCGTGGAAAACATCCAATTATTATCTTTTTTAACAAAAAATAAAAAAAA
193 TTTGCTTTATGTGTT-CCGAGGAAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAA
*** ** *
140717 ATTCAACTTAAAGTTATTTATAAGATTATAAAACCATTGCAAATGGGTAGCTAGTATTTCAAAGC
257 ATTCAACTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTGCAAATGACTAACTAGTATTTCAAAGC
*
140782 CATGAGTGACCATAAATGG
322 CATGAGTGACCATAAATGA
** * *
140801 ACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTCGCTTCATGTTTCCTGAGG-AAAGCATGCAATTACGATAT
1 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCC-AAGGCAAA-CATCCAATTACGATAT
* * * * *
140865 GTTTTGACCAAAAATGAAAAACAA-TCAAGTGAAAATCATTTATAAGATGATAAAACTATTTAAA
64 -ATTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * *
140929 GCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGA-TTTTCTTATTAATGGAGGGCT
128 GTGAGTAACTAGCATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
140993 TTTGCTTT
193 TTTGCTTT
141001 GCACTTCTCA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 92, Indels: 24
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 32 0.07
341 333 0.76
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATCCAATTACGATATAT
TTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
AGTAACTAGCATTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
GCTTTATGTGTTCCGAGGAAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATTC
AACTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTGCAAATGACTAACTAGTATTTCAAAGCCATG
AGTGACCATAAATGA
Found at i:141425 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 141110--144259 Score: 2156
Period size: 170 Copynumber: 18.5 Consensus size: 171
141100 CTCACACACA
* * * * **
141110 GCTTTCGCTTCATGTTT-TCTAAAGCAAACATCAAATTATGATCTGTTGTAACAAAAAATGAAAA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCT-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAA
* * * * * * * *
141174 AAAA-TCAATTTAAATTTATTTTTAAAATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCT-TTTC
65 AAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-G-TATTTC
* *
141237 -AAGGCATGAGAGACTATAAATGGACTATTT-TTATCAATGGATG
128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * *
141280 GCTTTCACTTCAAGTTTTTTGAGGCAAACATCCAATTGTAATCTGTTTTCATGAAAAATGAAAAA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAA
* * * * * ** *
141345 AAATTCAACTTAAAACCATTTATAAGATTTTAAAACCATTGAAAGTGAGTAATTA-TGCCTTCCA
66 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGT-ATTTCGA
* * *
141409 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAGTGGATG
130 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * *
141451 GCTTTCGCTTCACA-TTTTTCTAA-GCAAATATCCAATTATGATATATTTTAATGAAAAATGAAA
1 GCTTTCGCTTCA-AGTTTCT-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAA
* * * * * * * * * * *
141514 AACAATTCTAGTTAAAAGCGTATATAAGATTTTGAAACCATTGAAAACGAGTAACTAGTCTTTTC
64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGT-ATTTC
* * * * *
141579 -AAGGCGTGAGTGACTATAAATGGACTATTCCTATCAATAGATG
128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * * * *
141622 GCTTTAACATCATATTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAATAAAAAAT-AAAA
1 GCTTTCGCTTCA-AGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAA
* * * * * *
141685 AAAATTCAACTTAAAAACGTTAATAAGATTTTAAAACCATTAAAAGCGAGTAACTAGT-TTCTCT
65 AAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATT-TCG
* * * *
141749 AGGGCATAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATG
129 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * ** ** * * **
141792 GCTTTCACTTCACGTATCTTAAGGCAAATGTCCAATTACAATATCTTTTAACAAAAAATG-AAAA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAA
* * * * *
141856 AAATTCAACTTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATCCATTTAAAACGAGTAACGAGTATTTCAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAA
** * *
141921 GGCATGAGTGGTTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATA
131 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * ** *
141962 GCTTTAGCTTTATGTTCCTTAAGGAAAACATCTAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATG-AATA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAA
* * ** * * * * *
142026 GAATTTAGTTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAGCTAGTATTTCAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAA
** * *
142091 GATATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
131 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* ** * * ** * ** **
142132 GTTTTTACTTCACGTTTCTCAAGAAAAATATAGAATTATGATCTG-TTTAGACCAAACAA-GAAA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTA-ATGAAA-AATG--A
* * * **
142195 AAAAAAATTCAAGTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACTAGTATTT
62 AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTT
* * * * * * *
142260 CAAAGGCATGAGT-AGCTATAAATAGATTTTTTTTTATGAATGGAGG
127 CGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * * * *
142306 GCTTTCGCTTTGC-A-CCTCTTAAGGCAAGCATCAAATTATGATCTGCTGTGA-CAAGAAATG-A
1 GCTTTCGC-TT-CAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAA-AAATGAA
* *
142367 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAACTAGTATTTC
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTC
* * * *
142432 GAAGGCATGGGCGATTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
142476 G-TTTTGCTTCATA-TTTCTCAAGGAAAACATCTAGTTATGATCTGTTTTAACT-ACAAATGAAC
1 GCTTTCGCTTCA-AGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAA-TGAAAAATGAAA
* * * * * *
142538 AAAAATTCAACTCAAAATCATGTATAAGAGTATAAAA--ATATTAAAACTGACTAATTAGTATTT
64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT-TTAAAGC-GAGTAACTAGTATTT
* * * * *
142601 -GAAGGTATGAATGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGTATG
127 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * * * ** *
142645 ATTTTTGCTTCACGTTT-ATAGAGGCAAACATCCACTTATGATCTATTTTAACCAACAATGAAAA
1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAA
* * ** * **
142709 AAAATTCAACTTAAAATCATTTACAAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACTATTATTTTAA
65 AAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGA
** * * *
142774 AGGCATGAGTGGTTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGCATG
130 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * ** * * *
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* * * *
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** * * * * *
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** * * * * * *
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1 GCTTTCGCTTCA-AGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATG-AAAAATGAAA
* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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1 GCTT-TCGCTTCAAGTT-TCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAA
** * * * ** **
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64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-G-TATT
* * *
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* * * * * * * *
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1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCT-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAA
* * * * * *
143388 AAAATTCATCTTAAAAAT-ATTTATAAGCCTT-TAAAACCATTAAAAGCGTGCAACTAGTCTTTC
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* * * * *
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128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * ** * * * *
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1 GCTTTCGCTTCA-AGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGA-AAAATGAAA
* * * * *
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64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCG
* * * *
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129 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* ** * * * * *
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1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAA
* * * * * * * * * * *
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66 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAA
* * * * *
143790 GACATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGGATG
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** * * ** * * * * * * ** *
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1 GCTTTCGCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAT--GAAA
** * * * * * **
143895 AAAAATTTGAGTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAGGAGAGTAACTAGTATTTTA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCG
* * * * * * *
143960 AAAGTATAAGTGGCTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGAAG
129 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * * *
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* * * * *
144066 AAAAATTTAACTTAAAATCATTTGTAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTTA-TATTTA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC-TAGTATTTC
* *
144130 GAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGGATG
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* * * *** *
144174 GCTTTCGCTTCATA-TTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGCTTTGTTTTAGCCAAAAATGAACA
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* * *
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Statistics
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* * * * ** *
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* *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * ** ** * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** * *
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* ** * ** * ** * **
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* * * ***
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* * * ** **
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * **
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* * *
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* * * ** * * **
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* * *
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** * * * * ** ** * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* ** *
143136 ACTGTTCTTCCCAAAGTGATG
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* * * * * * *
143157 GATTGT-GCTTCATGTTGTC-AAATGCAAACATCAAATTATCATCTGTTTTAAC-AAAAATGAAA
1 GCTT-TCGCTTCACGTT-TCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAA
* ** * * * ** ***
143219 AAAAATCAGTTTAAATTCATTTTTAA-AGTTATAAAATCGCTTAAAGTAAGTAACTAGGCT-TTT
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* * * * * *
143282 C-AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTATTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TC
126 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCT-
* * * * * *
143345 TGAGACAAACTTCCAATTATGATATATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATTCATCTTAAAAAT-AT
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* * * * * * *
143408 TTATAAGCCTT-TAAAACCATTAAAAGCGTGCAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAA
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* * *
143472 TGAAATTTTCTTGTCAATGGATC
318 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * ** * ** * **
143495 AC-TTCACTTCACATTT-TCTAAGGCAAATGTCCATTTATGATCCGTTTTAACATAAAACAAAAA
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* * * * * *
143558 AAATT-AACTTAAAATCATTAATAAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAACTATTATTTCGAA
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* * * * * ** *
143622 A-GCATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTGCATTTCATGTTTCTCAAG
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* * * * * * * *
143686 GAAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATG--AAAAATTTAGCTTGAAATCATTTACA
194 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
* * * * * * * * * *
143749 AAATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAGCAAGTATTCCAAAGACATAAGTGACTATAAATGAACT
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* *
143814 TTTTTTCTCAATGGATG
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** * * ** * * * * * * * **
143831 ATTTTCACTTCATGTTT-TCGAGGGAAACATACAATTATGTTTTGTGTTGACCAAAAATCAAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTAT-TTTAACAAAAA--ATGAA
** * * * * *
143895 AAAAATTTGAGTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAGGA-GAGTAACTAGTATTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAA-AACGAGTAACTAGTATTTC
* * * * * * * * **
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127 AAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATA-GCTTTCGCTTCATGTTTCTT
* * * * * * * * *
144023 GAGGCAAGCATCAAATTATAACCTATTTTAATAAGAAATAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCATT
191 AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
* * * ** *
144088 TGTAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTTA-TATTTAGAAGGCATGAGTGATTATAAAT
255 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC-TAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAAT
*
144152 GGACTTTTCTTGTCAGTGGATG
319 GGACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * * * *
144174 GCTTTCGCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGCTTTGTTTTAGCCAAAAATG-----
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * * * * *
144234 -----AAC--AAAA--A-TT-GAAG--T-CAAAATCATTTGAAGA-GACTAACTAGTATTTCAGA
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAACGAGTAACTAGTATTTCAAA
* * * * * * *
144284 GGTATGAATGACTTTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-GATTTTCGCTTCATGTTTCATGAG
130 GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAG-CTTTCGCTTCATGTTTCTTAAG
* * * ** *
144348 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTTAC-AAAAATGAGAAAAACTCAACTTAAAATTGTTTCTA
194 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
* * * * ** * *
144412 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACT
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* *
144477 TTTCTTATCAATTGATG
324 TTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * * * *
144494 ACTTTCACTTCATGTTT-TCCAATGTAAATATCAAATTATGATATATTGTAAC----AA--AAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCT-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAA
* * * * ** * ** **
144552 AAA-TCAATTTAAAATCATTT-TAAAAGTTATAAAATCACTTAAAGTGAGCAACTAGGCTTTTGA
65 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAA
** * ** * *
144615 AGGTGTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTA-CAAATGGATTA-CTTTCATTTCACGTTTCTCA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATGGA-TAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTA
* * * * *
144678 AGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTG
192 AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTA
* * * * * * ** * * **
144742 TAAAACTAT-AAAGCATTCAAAGCAAATAACTAGCCTTT-TGAAGACATGAGTGACTATAAGTAA
257 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* *
144805 ACTTTTCTTATCAATGGATA
321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * *
144825 GCTTTTTCTTTTTA-TTATTC-TAGAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGA
1 GC--TTTCGCTTCACGT-TTCTTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGA
** * * ** *
144888 AAACGATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACC-GTTAAAAGCGTGTAGTTAGTCTTT
62 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAA-CGAGTAACTAGTATTT
* * * * * * * *
144952 CAAAGACATAAGTGGCTCTAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTC
126 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTT
** * * *
145017 AAGGCAAACATCCAATTATG-----TTTTAATGAAAAAT---TAAATTTTAACTTAAAATCATTT
191 AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTT
* * * * * * **
145074 ATAAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGGATTAGTGGCTATAAATAA
256 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* *
145139 AATTTTCTTGTCAACGGATG
321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * ** *
145159 ACTTTCACTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATCATGATCTATTTTAGTAACAAATGAATAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAA-AA
* * ** *
145224 AAATTCAGCTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAA
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* * ** ** ***
145289 GGCATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGGATCA-CATTCCCGAGG
130 GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAAGG
** * * ** * * * * *
145353 CAAACATGTAATTATGATATGTTTTAATTATAAATGAAAACAAAAATCATCTCAAAATCATTTTT
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* ** * * *
145418 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACCAACTAGTATTT-TGAAGGTATGAATGACTATAAATGAA
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* *
145482 CTTTTCCTGTTAATGGATG
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*** * * *
145501 GCTTTTATTTCACGTTTC-TAGAGGCAAAGATCCAATGATGATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAA
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* *
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321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
145843 GCTTTCGTTTCACATTTCTCAAGGAAAACATCCAATCATGATCTGTTTTAACTAAAAATGGAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAAT-GAAAA
* * * * * ** *
145908 AAA-TCAGCTAAAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGTACTTT-GA
65 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTA-TTTCAA
* * * ** *
145971 AGGCAAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTCGCTTCACATTTCTAAA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAA
* * * *
146035 GGTAAACATCCAACTATGATCTATTTTAACCATAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTA
193 GGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTA
* * * * * *
146100 TAAGATTATAAAACTATTTAAAGCTACTAACTAGTATTT-TGAAGGCATGAATGACTACAAATGA
257 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGG
*
146164 ACTTTTCTTGTCAATGTATG
321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * *
146184 GCTTTTGCTTCACGTTTC-TAGAAGCAAAGA-CCTAATGATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTA-AGGCAAACATCC-AATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAA
* *
146247 GAAAATTCAACTTAAAATCATTTACAAG-TTCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTC
64 -AAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATT-ATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTC
* * * * * * * * * * ***
146311 AAAGGCATCAATGACTATAAATGGACATATCTTGTCAATGGATA-CTCTCACTTAACGTTTCACG
127 AAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTA
** ** * * * *
146375 AGGCAAACATCCAATTATGAAATATTTTAATGAAAACT-AAATAAAATTTAATTTAAAATTATTT
192 AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAA-AAAATTCAACTTAAAATCATTT
* * **
146439 ATAAGATTATAAAACTATTGAAATTGAGTAACTAGTATTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
256 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * *
146503 AACTTTTCTTATCCACGGATG
320 GACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * * * * * *
146524 ATTTTCACTTCACGTTTCTCATGGAAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAACCAAAAAT-AAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * ** * * * * *
146588 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGACTGT-AAATTATTCAAAATGAGTAACAAGTCTTTCGAA-
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAAAG
* * * * * * ** * * * *
146651 GCATAAGCGACTATAAATAGA-TATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATGTCATGAGA
131 GCATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAAGG
* * * * * **
146715 CAAACATCCAATTATGATCTATTTTAGCCAAAAATGAAAAAATGGTTTAGCTTAAAATCATAAAT
195 CAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAA--ATTCAACTTAAAATCATTTAT
* * * * * * * *
146780 AAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGCAATTAGTCTTT-TGAAGGCATGAATGATTGTAAATGGA
258 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
*
146844 TTTTTCTTGTCAACT-GATG
322 CTTTTCTTGTCAA-TGGATG
* * * * * * * * * * *
146863 CCTTTTGGTTCATGTTTCCT-AGTCAAACATCCAAGTATGGTATATTTTGACCAAAAA--AAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * * * * *
146925 AATT---C----AA-C--TTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCAACTACCTAGTATTTCGAAG
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAAAG
* * * * * * *
146980 ACATGAGT-AGTTATAACTAGACTTTTGTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT-TCCAAG
131 GCATGAGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCT-TAAG
* *
147043 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAAAACAAATTAAACTTAAAATCATTTA
194 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATG-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTTA
* * * * * *
147108 TAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAACTGGTCTTTCCAAGGTATGAG-GCACTATAAATGA
257 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGG
*
147172 ACATTTCTTGTCAATGGATG
321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * ** *
147192 GCTTTCGTTTCACATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAGT-AAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * * * ** *
147256 AA-TCAACTTAAAATTATTTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAATGAATAACTAGTATTTTGAGG
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAAAG
* * * * * *
147320 GCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTT-TATATGAATAGATAGCTTTCACTTCATATTTCTTGAGG
131 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAAGG
* * * ** * *
147384 TAAACATCCAATTATGTTCTGTTGCAA-AAAGATAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTATA
195 CAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAA-AAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
* * * * * * * * * *
147447 AGATTGTATAACCATTGAATGTGAGTAACTATTATTTCGAAGGCATGCGTGTCTATAAATAGACT
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
*
147512 TTTCCTGTCAATGGATG
324 TTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * ** * * *
147529 GATTTTGATTCATGTTTC-TAGAGGCAAGCATCCAAGAATGATTTGTTTTAACAAGAAATGAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAA
* * *
147593 CAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAATAATTAGTATTTCG
65 -AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-ACGAGTAACTAGTATTTCA
* * * * * * ** * *
147657 AATGCATGAGTGATTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTG
128 AAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTA
* * * *
147721 AGACTAACATCCAATTATGATCT-GTTTAACAAAAAATGGAAAACAATTCAACTTAAAATCATTT
192 AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTT
* * * *
147785 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAAGCAGGAGTGACTATAAATGG
256 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
**
147850 ACTTTTCTTACCAATGGATG
321 ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * *
147870 GCTTTCGTTTCACGTTCTCTT--GGCAAACATCCAATTGTGATCTGTTTTAACCAAGAACAA--A
1 GCTTTCGCTTCACGTT-TCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-CAA-AA-AATGA
* * * * * * * **
147931 AAAAAACTCAACTTAAAATCATTTATAAGACTGT-AAATCATTCAAAGCAAGTAACTAGCCTTTC
62 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTC
* * * * * * * ** * *
147995 GAAGGCAT-AGATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTGCACATGTCAT
127 AAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTT
* * * * * * * *
148059 GAGACCAAA-ATCCAATTATTATCTGTTTTAGTC-AAAAATGAAAAAATCATTTAGCATAAAATC
191 AAG-GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTA-ACAAAAAATGAAAAAA--ATTCAACTTAAAATC
** * * * * * * * *
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** *
148186 AACAGACTTTTCTTGTCAATTGATG
316 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * ** * * * * *
148211 GCTTTAGGTTCATGTTTCTCGAGTCAAACATCCAATTATGATATGTTTTTACCAAAAAT-AAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * * * ** * * **
148275 AA---AA-TT--AA-C--TAATAAGATTGTAAAACTACTTAAAGTGACTAACTAGCATTTCGTAG
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAAAG
* * * *** ** * * * * * *
148331 ACATGAATGGA-TTTCTCTTCA-TGTT-TT-TCAA-GGAAAAC-ATCGAATT-AT-TATC-T-A-
131 GCATGAGT-GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCG-CTTCATGTTTCTTAAG
**** * *
148385 TTTTA-A-CCAA--A--A---A---T----AAAAA--AAAACAATTCAACTTAAAATCGTTTATA
194 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
* * * * * * *
148432 AGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAACTGGTCTTTCCAAGGCATGAG-CAGCTATAAACAGG-
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGA-CTATAAA-TGGA
*
148495 CTTTTCTTATCAATGGATG
322 CTTTTCTTGTCAATGGATG
* ** * * * * ** *
148514 GTTTTCATTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTT-A-ATGAAATGTAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAA
* * * * * * ** * * **
148577 AATTTAACTTAAATTCATTTATAAGACTGTATAACCATTGACTATGAGTAACTAATATTTTGAAG
66 AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTATTTCAAAG
* * * * * * * *
148642 GCATGAGTG-GTCATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGGTTGGCTTTCGCTTCACGATTC-TAAGA
131 GCATGAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAAG-
* * ***
148705 GCAAACATCCAATTATGATATCTTTTAATGTAAAATGAAAAAACAAATTCAACTTAAAATCATTT
194 GCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATG--AAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTT
* * * ** * * * *
148770 ATAAGATTGTAAAGCCATTGAAAGTAAGTAAGTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATGG
256 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
148835 ACTTTTCTTGTTC-ATGGATG
321 ACTTTTCTTG-TCAATGGATG
* * * ** * * *
148855 GCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACAACCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAAA-GAAAA
1 GCTTTCGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-CAAAAAATGAAAA
*
148919 AAATTCAACTTAAAATCATCTATAA
65 AAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
148944 TCTTATAATG
Statistics
Matches: 5825, Mismatches: 1384, Indels: 566
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Matches are distributed among these distances:
301 4 0.00
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Consensus pattern (340 bp):
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ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGTCAATGGATG
Found at i:145024 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 144250--148277 Score: 3068
Period size: 170 Copynumber: 23.8 Consensus size: 170
144240 AATTGAAGTC
* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * * * ** * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * ** * ** *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* ** ** * * *
144646 ACAAATGGATTACTTTCATTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTA
66 TC-AATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAA
* * * *
144711 AAAAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTGTAAAACTAT
130 AAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * * ** * * * * *
144751 -AAAGCATTCAAAGCAAATAACTAGCCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAGTAAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* ** * *
144815 TCAATGGATAGCTTTTTCTTTTTA-TTATTCT-AGAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA
66 TCAATGGATGGC--TTTCGCTTCACGT-TTCTCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA
**
144878 CAAAAAATGAAAACGATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
127 CAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * ** * * * * * * *
144922 AAAACCGTTAAAAGCGTGTAGTTAGTCTTTCAAAGACATAAGTGGCTCTAAATAGACTTTTCTTC
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * **
144987 TCAATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATG-----TTTTAATGAA
66 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAA
* * *
145047 AAAT---TAAATTTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
131 AAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * * * * *
145084 AAAACCATTTAATGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGGATTAGTGGCTATAAATAAAATTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * ** *
145149 TCAACGGATGACTTTCACTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATCATGATCTATTTTAGTAAC
66 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAA
* *
145214 AAATGAATAAAAATTCAGCTTAAAATAATTTATAAGATTAT
131 AAATGAA-AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * *
145255 AAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* ** * * * ** * * ** *
145320 TCAATGGATAGCTTTCGGATCAC-ATTCCCGAGGCAAACATGTAATTATGATATGTTTTAATTAT
66 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAA
* * * *
145384 AAATGAAAACAAAAATCATCTCAAAATCATTTTTAAGATTAT
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* ** * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* *** * * *
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* * *
145554 AAAAAT-AAAAATAAATCAACTTAAAATCATTTACAAGTTTAT
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* * * *
145596 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCAAAGGCATGAGTGTCTATTAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * ** * * *
145661 TCAATGGATAGCTTTCACTTCACTTTTCTTGAGGGAAACATCCAATTACGATCTATTTTAGCAAA
66 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAA
* * * *
145726 AACTGAAAAAAAAATTCCACATAAAATCATTTACAAGATTAT
131 AAATG--AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* ** * * * ** * *
145768 AAAACCATTGAAAATGAGTAGCTTGTCTTTCGAAGGCATGAGTGGTTCTAAATGGACTTTTCTTG
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* * * * * * * *
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* * * *
145898 AAATGGAAAAAAA-TCAGCTAAAAATCACTTATGAGATTAT
131 AAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * *
145938 AAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGTACTTT-GAAGGCAAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTA-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
** * * * * *
146001 TGTCAATGGATATCTTTCGCTTCACATTTCTAAAGGTAAACATCCAACTATGATCTATTTTAACC
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*
146066 ATAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
129 AAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * * * *
146109 AAAACTATTTAAAGCTACTAACTAGTATTTTGAAGGCATGAATGACTACAAAT-GAACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * * *
146173 GTCAATGTATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-AGAAGCAAAGA-CCTAATGATGATCTATTTTAAC
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* *
146236 CAAAAATGAAAGAAAATTCAACTTAAAATCATTTACAAG-TTCAT
128 AAAAAATGAAA-AAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATT-AT
* * * * * *
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* * * * * * ** **
146345 TCAATGGAT-ACTCTCACTTAACGTTTCACGAGGCAAACATCCAATTATGAAATATTTTAATGAA
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* * * *
146409 AACT-AAATAAAATTTAATTTAAAATTATTTATAAGATTAT
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* * * ** * * * * * * *
146513 ATCCACGGATGATTTTCACTTCACGTTTCTCATGGAAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAACCA
65 GTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAA
* *
146578 AAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGACTGT
130 AAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
146744 AAAAATGAAAAAATGGTTTAGCTTAAAATCATAAATAAGATTAT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * * **
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* * *
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** * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-T
* * * * * ** ** * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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*
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130 AAAATGAAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * ** * *
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* * *
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130 -AA-AATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* * * ** * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * *
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Statistics
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * * * *
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** * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * ** *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *** * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * *
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* *
147729 ATCCAATTATGATCT-GTTTAACAAAAAATGGAAAACAATTC
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* *
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* ** * ** **
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* * * *
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* * * * ** **
147940 AACTTAAAATCATTTATAAGACTGT-AAATCATTCAAAGCAAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCAT-
1 AACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATG
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* * * *
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* * ** ** * * *
148111 AGCATAAAATCATAAATAAGATTATAAAACCATTTTAAA-CAAGCAATTAGTCTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCAT
* * * * * * * * * *
148175 GAATGATTGTAAA-CAGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTT-AGGTTCATGTTTCTCGAGTCAA
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* * * *
148238 ACATCCAATTATGATATGTTTTTACCAAAAATAAAAAAAA
128 ACATCCAATTATGATCT-ATTTTAACAAAAATGAAAAAAA
148278 ATTAACTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:147645 original size:19 final size:20
Alignment explanation
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* **
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:148036 original size:169 final size:167
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* * * *
146933 TTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAGCAACTACCTAGTATTTCGAAGACATGAGT-AGTTATAA
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
147105 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAACTGGTCTTTCCAAGGTATGAG-GCACTATAAA
1 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAG-AAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAA
* * * * *
147169 TGAACATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCACATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATAAT
64 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT--AGGCAAACATCCAATTATGAT
* ** ** *
147234 CTATTTTAATGAA-AAGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAT
127 CTGTTTTAACAAAGAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * * *
147273 TTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAATGAA-TAACTAGTATTTTGAGGGCATGAGTGGCTATAAA
1 TTATAAGATTATAAAACCA-TTAAAA-GAAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * ** * *
147337 TAGACTTTT-TATATGAATAGATAGCTTTCACTTCATATTTCTTGAGGTAAACATCCAATTATGT
64 TGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTC-T-AGGCAAACATCCAATTATGA
** *
147401 TCTGTTGCAA-AAAGATATAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAT
126 TCTGTTTTAACAAAGA-AAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * * * * * * *
147442 TTATAAGATTGTATAACCATTGAATGTGAGTAACTATTATTTCGAAGGCATGCGTGTCTATAAAT
1 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAG-AAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * ** *
147507 AGACTTTTCCTGTCAATGGATGGATTTTGATTCATGTTTCTAGAGGCAAGCATCCAAGAATGATT
65 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT--AGGCAAACATCCAATTATGATC
*
147572 TGTTTTAAC-AAGAAATGAAAACAAATTCAACTTAAAATCAT
128 TGTTTTAACAAAGAAA--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * *
147613 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAA-TAATTAGTATTTCGAATGCATGAGTGATTATAAA
1 TTATAAGATTATAAAACCA-TTAAA-AGAAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
147677 TGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACTAACATCCAATTATGAT
64 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT-CT-AGGCAAACATCCAATTATGAT
* *
147742 CTG-TTTAACAAA-AAATGGAAAACAATTCAACTTAAAATCAT
127 CTGTTTTAACAAAGAAA--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * * *
147783 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAAGCAGGAGTGACTATAAAT
1 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAG-AAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
** * * *
147848 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCGTTTCACGTTCTCTTGGCAAACATCCAATTGTGATCT
65 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTT-TCTAGGCAAACATCCAATTATGATCT
* *
147913 GTTTTAACCAAGAACAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAT
129 GTTTTAACAAAGAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * * * **
147953 TTATAAGACTGT-AAATCATTCAAAGCAAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCAT-AGATGACTATAAA
1 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAG-AAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAA
* * * * * * *
148016 TGGACATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTGCACATGTCATGAGACCAAA-ATCCAATTATTA
64 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTC-T-AG-GCAAACATCCAATTATGA
* ** * * *
148080 TCTGTTTTAGTCAAA-AATGAAAAAATCATTTAGCATAAAATCAT
126 TCTGTTTTA-ACAAAGAA--AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
** * * * * * * * * *
148124 AAATAAGATTATAAAACCATTTTAAACAAGCAATTAGTCTTTCGAAGGCATGAATGATTGTAAAC
1 TTATAAGATTATAAAACCA-TTAAAAGAAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
148189 AGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTAGGTTCATGTTTCTCGAGTCAAACATCCAATTATGATA
65 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCT--AGGCAAACATCCAATTATGATC
*
148254 TGTTTTTACCAAA-AATAAAAAAAAATT-AACT
128 TG-TTTTAACAAAGAA-AAAAAAAAATTCAACT
148285 AATAAGATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 171 0.18
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173 13 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGAAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTAGGCAAACATCCAATTATGATCTGT
TTTAACAAAGAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
Found at i:148819 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 148365--148943 Score: 548
Period size: 173 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
148355 TTTTCAAGGA
* * * ** * *
148365 AAACATCGAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAACAATTCAACTTAAAATCGTTTA
1 AAACATCCAATTATGATATATTTTAA-TGAAAAT-GAAAAAAA-AATTCAACTTAAAATCATTTA
* * * ** *
148430 TAAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAACTGGTCTTTCCAAGGCATGAGCAGCTATAAACAGG
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* * ** *
148495 -CTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTCATTTTATGTTTCT-TGAGGC
126 ACTTTTCTTGTC-ATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTAAGA-GC
* * * * *
148539 AAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATG-AAATG--TAAAAAATTTAACTTAAATTCATTTATAA
1 AAACATCCAATTATGATATATTTTAATGAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
* * * * * **
148601 GACTGTATAACCATTGACTA-TGAGTAACTAATATTTTGAAGGCATGAGTGG-TCATAAATGGAC
66 GATTGTA-AACCATTGA-AAGTAAGTAACTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCT-ATAAATGGAC
* * * *
148664 TTTTCTTGTCAGTGGTTGGCTTTCGCTTCACGATTCTAAGAGC
128 TTTTCTTGTCA-TGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTAAGAGC
*
148707 AAACATCCAATTATGATATCTTTTAATGTAAAATGAAAAAACAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
1 AAACATCCAATTATGATATATTTTAATG-AAAATGAAAAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTTAT
*
148772 AAGATTGTAAAGCCATTGAAAGTAAGTAAGTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGAC
64 AAGATTGTAAA-CCATTGAAAGTAAGTAACTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGAC
* *
148837 TTTTCTTGTTCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAG-GC
128 TTTTCTTG-TCATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTT-CTAAGAGC
* * * * *
148880 AAACAACCAATTATAATTTATTTTAATCAAAA--AAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATCTATA
1 AAACATCCAATTATGATATATTTTAATGAAAATGAA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
148943 A
65 A
148944 TCTTATAATG
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 57, Indels: 38
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.02
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174 31 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAACATCCAATTATGATATATTTTAATGAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA
GATTGTAAACCATTGAAAGTAAGTAACTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTT
TCTTGTCATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTAAGAGC
Found at i:150628 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 149713--152786 Score: 2104
Period size: 169 Copynumber: 18.2 Consensus size: 171
149703 AAAATGAAAA
* * * * * * * **
149713 AAAATCAACTTATAAGATTATAAAAACATTTAATGCGACTAACTAGTATTTTGGAGACATGAGTG
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* * * * ** * * *
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** * ** **
149842 AATTCCGATCTATTTTAACCAAAAATA-AAAACCCAATTCAACTT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAA-AGAAAA-AAAATTCAACTT
* * * * * * * ** **
149886 AACATCGTTTATAAGATTATAAAATCATTGAAAGTAAGTAACTAGTCTTTCCAAGAAATGAACGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * *
149951 CTATAAATGGGCTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTTGAGACAAACATCCAA
66 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAA
* * **
150016 TTGTGATATGTTTTAATG-AAAAATTAAAAAAA-TCAACTT
131 TTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
150055 AAAATCTTTTATAAGTTTATAAAATCATTTAATA-CGAGTAACTAATATTTCGAGGGCATGGGTG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTG
* * * * * * * * *
150119 GCTATAAATGGAC-TTTCTTGTAAATGGGTAGCTTTCACTTCATGTTT-TCTAAGGAAAATATCC
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATCC
* ** *
150182 AATTATGATCTATTTTAATGTGAAATG-AAAAAAATTCAACTT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
150224 AAAATCATTTATAAGATTGTATAACC-TTTGAATGTGAGCAACTAGTATTTCAAAGGTATGAGTG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTG
* * * * * * * **
150288 GCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTTCACGATTCTAGAGCCAAACATTGA
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCA
* *
150353 ATTATGATATGTTTTAATGAAAAATGAAAAAAAATT-AACTT
130 ATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
150394 AAAATCATTTATAAGATTGTAAAACCATTGAAAGTGAGTAATTAGTCTTTCCAA-GTCATGAGTG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGT-ATGAGTG
** * * * *
150458 GCTATAAATGGACTTTTTTTG-CAAATGGATGATTTTTGTTTTATGTTTCAT-GAGGCAAACATC
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTC-AATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTC-TCGAGGCAAACATC
* * * * *
150521 CAATTATAATTTTTTTTAGTGAAAAAAGAAAAAAAATTCAATTT
128 CAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * *
150565 AAAATAATCTT-TAAGATTATAAAACCATTTATAGTGAGTAACTAGTATTACGAAGGTATGAGTG
1 AAAATCAT-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTG
* * * *
150629 GCTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATCGATGGC-TTCTGCTTCAAGTTTC-CAAAGGCAAACAT
65 GCTATAAAT-GGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTC-GCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACAT
* * * * *
150691 CCACTTATGATTTTTTTTAATGAAAAATGAAAAAAAATTAAACTT
127 CCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* *
150736 AAAATCATGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGAATTTCGAAGGTATGAGTGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * * * *
150801 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGAAAACATCTAA
66 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAA
* * * * *
150866 TTCTGATCTGTATTAA--AAAAATGAAAAAAAATTTAGCTT
131 TTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * ** *
150905 AAAATTATTTATAAGATTATAAAACTA-TTACAAGTGCGTTGCTAGTATTTCGAAGGCATGAGTG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTG
* ** * * * * * * *
150969 ACCGTAAATGGACTTTTTTTGTTAATGGATAGTTTTCGCTTTACATTTCTCGAGGAAAACATGCA
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCA
* * * * * ***
151034 ATTCTGATCTATTTTGAT-AAGAAA-TAAAAAAATT-AAAAG
130 ATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
151073 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGACTAACTTGCATTTCAAAGGCATGAGTGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * *
151138 CTATAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TCAACATTTCTCAAGGCAAACATCC
66 CTATAAATGGAC-TTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTC-ACGTTTCTCGAGGCAAACATCC
* * * * *
151202 AATTATGATCTGTTTGAATTAAAAATGAAAAATAATTCAAATT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
151245 AAAATCATTTACAAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAACTACTATTTTGAAGATATGAGTGA
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * *
151310 CTATAAATGGAC-TTTTTTGATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGAAAACATCCA
66 CTATAAATGGACTTTTTTTG-TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCA
* * * * * *
151374 ATTGTGAACTGTTTTAACT--AAGAATAAAAAAAATTAAATTT
130 ATTATGATCTGTTTTAA-TGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * ** *** * *
151415 AAAATTATTTATAAGACTAT-AAATCATTCAAAGCGAGTAACTAGCCCTTT-GAATACATAAGTA
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG-TATTTCGAAGGTATGAGTG
* * ** * * * * *
151478 ACTATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATGTCACAAGACAAACATCC
65 GCTATAAATGGACT-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCC
* *** * *** *
151542 AATTATGATCTATTTTAGCCAAAAATGAAAAATTGGTTCAACAT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAA-AAATTCAACTT
** * *** * * * * * *
151586 AAAATCATAAATAAAATTATAAAACCATTTAAAACAAGCAATTAGTCTTTCGAAGGCATGATTGA
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * * * * * * * * *
151651 TTGTATATGGACTTTTCTTGTCAATTGATGCCTTTCGGTTCATGTTTC-CTAAGTCAAACATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATCCA
* * ** *
151715 ATTATGATATGTTTTGA-CCAAAAATAAAAAAAATT---C--
130 ATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
151751 ---AGC--TTATAAGATTATAAAACC-TTTAAAGTGACTAAGTAGCATTTC-AGAGATATGAGTG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGA-AGGTATGAGTG
* * * * * *
151809 GCTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCATGTTT-TCTAAGACAAATATCC
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATCC
** *
151873 AATTATGATCTG-TTT--T-AACCAA-AATAAAAATT-AACTT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
151910 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAATGAGTAATTAGTCTTTCCAAGGCATGACTGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * ** * **
151975 TTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATAGAT-GCTTTTCATTTCACGTTT-TCTAAGTAAAACATC
66 CTATAAATGGA-CTTTTTTTGTCAATGGATGGC-TTTCGCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATC
* * * *
152037 CAATTATGATATATTTTAATG--AAAATATAAAAAATTCAACTT
128 CAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * * ** * * *
152079 AAAAACATTTATAAGTTTATGAAACTATTTACACCGAGTAACTAGTATTTC-AATGGCATGGGTT
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAA-GGTATGAGTG
* * * * * * * *
152143 GCTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGACTTGCGCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATCTA
65 GCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCA
* * * *
152208 GTTATGATCTGTTTT-A-CAAGAAACAAAAAAAATTCAACTT
130 ATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * * **
152248 AAAATCATTTCTAAGATTGTATAACCA-TTAAATGCGAGT-ACATAGTATTTTAAAGGTATGAGT
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAAC-TAGTATTTCGAAGGTATGAGT
* ** * * * * * * * *
152311 GACTATAAATTTACTTTTCTTATCAATGGATAGTTTTCACTTCACGATTCTAGAGGCAAACATCG
64 GGCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCC
* * *
152376 AATTATAATATGTTTTAATGAAAAATA-AAAAAGAATTCAACTT
129 AATTATGATCTGTTTTAATGAAAAA-AGAAAAAAAATTCAACTT
* ** * * * *
152419 AAAATCATTTATAAGATTGTAAAACCATCGAAAGTGTGCAACTAGTCTTTCTAAGGTATGAGTGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * * * * * * ** * * *
152484 CTATAAATAGAGTTCTCTTGTCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTCTTAAGGGAAATATCAAA
66 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAA
** * ** * *
152549 TTAAAATTTGTTTT--T----TTA-AAAAAAACTT-AACCT
131 TTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
* * * *** *
152582 AAAATCATCTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCAAACCCATCAGTGG
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
* * * * *
152647 CTATAAATGG-GTTTTTCTTGTCAAAGGATGGC-TTCTACTTCATGTTTC-CAAAGGCAAACATC
66 CTATAAATGGACTTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTC-GCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATC
* * *
152709 CAA-TATAATCTGTTTGAATGAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TGT
128 CAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACT-T
* * *
152752 AAAATTATTTATAAGATTGTAAAACCATTGAAAGT
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
152787 CAATATGTAT
Statistics
Matches: 2277, Mismatches: 528, Indels: 195
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
155 9 0.00
156 3 0.00
157 1 0.00
158 4 0.00
159 87 0.04
160 15 0.01
162 20 0.01
163 100 0.04
164 31 0.01
165 85 0.04
166 4 0.00
167 4 0.00
168 149 0.07
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170 309 0.14
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172 282 0.12
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGG
CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAA
TTATGATCTGTTTTAATGAAAAAAGAAAAAAAATTCAACTT
Found at i:151233 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 149713--152786 Score: 1796
Period size: 340 Copynumber: 9.1 Consensus size: 339
149703 AAAATGAAAA
* * * * * * *** *
149713 AAAATCAACTTATAAGATTATAAAAACATTTAATGCGACTAACTAG-TATTTTGGAGACATGAGT
1 AAAATC-ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGCCATTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * **
149777 GGCTGTAAAAGGACTTTTGTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTTATGTTT-TCCAAGGCAAACATC
65 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCT-CAAGGCAAACATC
** * * * * * **
149841 CAATTCCGATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAAACCCAATTCAACTTAACATCGTTTATAAGATTA
129 CAATTATGATCT-GTTTAA-TAAAAATGAAAAA--AAATTCAAATTAAAATAATTTATAAGATTA
* * * * ** ** * *
149905 TAAAA-TCATTGAAAGTAAGTAACTAGTCTTTCCAAGAAATGAACGGCTATAAATGGGCTTTTTT
190 TAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
* * * ** * * *
149969 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTTGA-GACAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAAT
254 TGTCAATGGAT-GTTTTCGCTTCACATTTCTCAAGGA-AAACATCCAATTATGATCTATTTTAAT
* *
150033 GAA-AAATTAAAAAAA-TCAACTT
317 -AAGAAATAAAAAAAATTAAACTT
* * * * ** * * *
150055 AAAATCTTTTATAAGTTTATAAAATCATTTAATA-CGAGTAACTA-ATATTTCGAGGGCATGGGT
1 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAACTAGCCATTTCAAAGGCATGAGT
* * * ** ** * *
150118 GGCTATAAATGGAC-TTTCTTGTAAATGGGTAGCTTTCACTTCATGTTT-TCTAAGGAAAATATC
65 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AAGGCAAACATC
* ** * * *
150181 CAATTATGATCTATTTTAATGTGAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTGTA
129 CAATTATGATCT-GTTTAAT-AAAAATGAAAAAAAATTCAAATTAAAATAATTTATAAGATTATA
* * * * * * * *
150245 TAACCT-TTGAATGTGAGCAACTAGTATTTCAAAGGTATGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTG
192 -AAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * ** ** * *
150309 TCAATAGATGGCTTTCACTTCACGA-TTCT-AGAGCCAAACATTGAATTATGATATGTTTTAATG
256 TCAATGGAT-GTTTTCGCTTCAC-ATTTCTCA-AGGAAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAT-
150372 AA-AAATGAAAAAAAATT-AACTT
317 AAGAAAT-AAAAAAAATTAAACTT
* * * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* ** * ** *
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* * * * *
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**
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* *** * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* *
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* * * * * ** * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * *
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*
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* ** * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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** * * * ** * * *
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* ** * ** * * * *
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*
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* * *
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Statistics
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Alignment explanation
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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*
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*
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* * * * ***
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * ** *
159591 TTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TT
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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** *
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** * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** * ** * *
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* *
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* * ** *
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* * * * **
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *** * *
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* * ** * ** * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * **
161450 TTTCTAAGGCATAAGCGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGGAAGGCTTTCACTTCACTTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCAC-GAT
* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * **
161618 TTTCTAAGGCATAAGTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCACTTCACTTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCACGATT
** ** * * **
161683 TTTTAACCAAACATCTAATTATGATCTGTTTT-A-ACAAAATAAAAAAAA-AGAACTTAAAATCA
65 TTCGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
161745 TATATAAGTTTATAAGACCATTTAAAATGAGTAACTAGTA
130 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * ** *
161785 TTTC-AAGGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTACTCTTGTGAATGGATGGCTTTCGCTTCACG-T
1 TTTCGAA-GGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCACGAT
* * ** * * * *
161848 TTGCCAAGATAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAATAAGAAACAAAAAAAATTCAACTCAAAAT
64 TT-TCGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
161913 CATTTATAAGATTGTATAACCATTTCAAGTGACTAACTAGTA
128 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * *
161955 TTTCGAA-GCTATGAGTGGCTATACATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTCCGCTTCATG-T
1 TTTCGAAGGC-ATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT-TGCTTCACGAT
* * * *
162018 TTTCAAAGGAAAACATCCAATTATGATAC-GTTTTAATGAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAA
64 TTTC-GAGGCAAACATCCAATTATGAT-CTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
162082 ATCATTTATAAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
126 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* ** *
162126 TTTCAAAGATATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTGCTTCACGATT
* * * * * *
162190 TCCAAAGGCAAACATCCAATCATGATCTGTTTTAGTGAAAAATGAAAAAAAAATCATA-TTAAAA
65 TTC-GAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCA-ACTTAAAA
* *
162254 TCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAACTAGTA
127 TCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * *
162297 TTTC-AAGGGTATGGGTGGCTATAAATTGACTTTTCTTATGAATGGATGGTTTTTGCTTCACG-T
1 TTTCGAA-GGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-CTTTGCTTCACGAT
* * * * * * *
162360 TTCCCAAGGTAAACATCTAATTATGATCTCTTTCAATAAGAAACA-AAAAAAAATTCATCTTAAA
64 TT-TCGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATAA-AAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
162424 ATCATTTATAAGACTATATAACC-GTTGAA-TGCATTTAACTAGTA
126 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-A-GTAACTAGTA
* * * * * *
162468 TTTTGAAGGCATGAGTGGTTATATATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGATTCACTG-T
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCAC-GAT
* * * * * *
162532 TCTGGGGGCAAACATCCAATTATGATCTCTTTTAATGAAAACTAAAAAACAATTCAACTT-AAAT
64 TTTCGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
162596 CATTTATAAGGTTCTAATACCATTGAAAGTAAGTAACTAGTC
128 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * *
162638 TTTCTAAGGCATCAGTGGTTATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCGTTTCATG-T
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTAT-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCACGAT
* * * *
162702 TTCTCGAGGCAAACATCCAATTATAAAT-T-TTTTATTAAAAAA-AGAAAAAAATTGAACTTTAA
64 TT-TCGAGGCAAACATCCAATTAT-GATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
162764 ATCATTTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAAGTAGTA
126 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* ** *
162808 TTTCAAAACCATGATTGGCTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
162861 CACTTCATGT
Statistics
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160 107 0.03
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Consensus pattern (169 bp):
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TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
Found at i:158428 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 157737--162873 Score: 3810
Period size: 341 Copynumber: 15.2 Consensus size: 338
157727 CCACCTAATC
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * ** *
158141 TTAAAGGCAAGCATCCAATTATGATTTGTTTTGGCAAGAAATGAAAAACAATTCAACTTAAACTC
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* * * **
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* *
158271 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTACACATTTCTCGAGACAAACATCCAATTATGAT
192 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGACAAACATCCAATTATGAT
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*
158400 AAAGTGAGTAACTAGCA
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* * * ** * *
158417 TTTCGAAGGCATGAGTGAC-ATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTGCCACTTCACATTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * * * * * * *
158481 ATCAGGGAAAACATCCAATTGTAATATGTTTTAATAGAGAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
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* * * * * *
158546 TTATAAGACTGTAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGCT-TTACGAAGGCAT-AG-GCAACTATAA
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* * *
158608 ATGGA-TATTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATCTTGT-GAGACAAACATCCAATTAT
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* * * * * * ** **
158671 AATCTGTTTTAGCTAAAAATGAAAAAATAGTTTAGCTTAAAATCATAAATAAGATTATAAAAATA
254 GATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
* *** * * * *
158736 ATTAAAACAAGCAATTACTC
319 TTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * ** * * * * * *
158756 TTTCGAAGGCTTGAATGATTGTAAATGGACTTTTCTTGGCAACT-GATGCCTTTCGGTTCATGTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA-TGGATGGCTTTCGCTTCACGTT
** * * * * *
158820 TCTCGAGTCAAATATCCAATTATGATATGTTTTGAACAAAAATGAAAAAA---AA--T-CAA-C-
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* * * * * *
158877 -TTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGTATTTCGGAGACATGAATGG-TAATAA
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* ** * * * *
158940 ATGGACTTTTGTTGTCAACAGATGGCTTCTGCTTCA-AGTTT-TCGAAGGCAAACATTCAATTCT
191 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA-TTTCTCG-AGACAAACATCCAATTAT
* * ** * *
159003 GACCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAAATCAACTTAAAATTGTTTGTAAGATTATAAATCCA
254 GATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
* * * *
159068 TTAAAAGCGAGTAACTTGTCC
319 TTTAAAGTGAGTAACTAGT-A
* * * *
159089 TTT-TAAGGCATGAGCGGCTATAAATAGGCTTTTCTTGTAAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* ** * * *
159153 CTTGAGGC-AACATCCAATTATGATCTACTTTAATAAAAAATAAAAAAAATCAATTTAAAATCAT
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* * * * * ** * * *
159217 GTATAAGTTTATGACACCTTTTAAAACGAGTAATTGGTATTTCGAGGGCAT-AGGTGGCTATAAA
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* * * ** *
159281 TGAACTTTTCTTGTGAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAGGCAAACATCCAATTATGA
192 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-GAGACAAACATCCAATTATGA
* * * * * *
159345 TCTATTTTAA-TAACAAATG--AAAACAATTTAACTTAAAATCATTTGTAAGATTGTATAACCAT
256 TCTGTTTTAACTAA-AAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
* * * * *
159407 TGAATGTAATTAACGAGTA
320 TTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * * * * *
159426 TTTCGAAAGTATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTTTTCTCTATGGATGGCTTTGGTTTCATGATT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * * * * **
159491 TTAGAGGTAAACATCTAACTATGATCTATTATAA-TGAAA-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCATT
66 TTA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
* * * * * * *
159553 TATAAGATTGTAAAGCCATTGAAAGTGAATAACTAGTCTTTCCAAGGCATGAGTGGCTATAAATT
130 TATAAGATTATAAA-ACATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATG
** ** * * *
159618 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAATGACAAACATCCAATTATAATT
194 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGA-GACAAACATCCAATTATGATC
* * *
159682 TTTTTTAA-TGCAAAAA-G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATCTATAAGTTTATAAAACCATT
258 TGTTTTAACT--AAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATT
* *
159744 TGAATTGAGTAACTAGTA
321 TAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * *
159762 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAG-GTTTTCTTATTAATAGATGGCTTTCACTTCATGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
** * * * *
159826 CCAACAGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAATGAAAAATGATAACAAATTCAACTTAAAATC
66 TTAA-GGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAAT-A-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
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127 ATTTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAA
* * * * * * *
159956 ATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTGAGGA-AAACATCGAA-T-T-
191 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGA-GACAAACATCCAATTATG
* * * * *
160017 -TCTATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATATGATTGT-AAACC-T
255 ATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
* *
160078 ATTACAAG-CAGGTAGCTAGTA
320 -TTA-AAGTGA-GTAACTAGTA
* * * * * * * * *
160099 TTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATAGTCTTTTTTTATCAATAGATGGTTTTCACTTCACGTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * * * * *
160164 CTTGAGGGAAACATACAATTATGATCTGTTTTGACTACAAATAAAAAAAATTCAAGC-CAAAATC
66 -TTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATC
* * **
160228 ATTTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGACTAACTAGTATTTTTAAGGCATGAGTGGCTATAA
127 ATTTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAA
* * * * * * *
160293 ATGGACTTTTCTTGTTAGTGGATGGTTTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGCAAGCATCCTATTATG
191 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-GAGACAAACATCCAATTATG
* * * * * **
160357 ATTTGTTTTAAC-AAGAAGTG-AAAAAAAATTAAAGTTATAATCATTTATAAGATTATAAAAGTA
255 ATCTGTTTTAACTAA-AAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
* * * *
160420 TTTAGAGCGAATAACAAGTA
319 TTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* ** * * * *
160440 TTTCGAATGCATGAGTGATTATAAGTAGAATTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * *
160505 TCTAAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTAAACTAAAAATGAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
66 T-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * **
160570 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAACTAGCATTTCAAATGCATAAGCGATTATAAA
128 TTTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAA
* ** * * * * *
160635 TGGAGTTTTCTAATCAATAGATGGCTTTTGC-TCTATATTT-TCTAAGGCAAACGTCCAATTATG
192 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACATTTCTC-GAGACAAACATCCAATTATG
* * * *
160698 ATCTGTTTTAAATAAAAAT-AAAAAACAATTCCAA-TTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACTA
255 ATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATT-CAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
** *
160761 TTTAATTTGAGTAACTTGTA
319 TTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * ** *
160781 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCGATAAATGGCTTTCGCTTCACATTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
* * * * * * *
160846 CTCATGGAAAACATGCAATTGTGATCTG-TTTAACCAATAATAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAT
66 -TTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
* * * * * * * *
160909 TTATAAGACTGTAAATCATTCAAAGCGAGTAACTAACT-TTTCGAAAGGTATGAGTGACTATAAA
129 TTATAAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAACT-AGTATTTCG-AAGGCATGAGTGGCTATAAA
* * * *
160973 TGGACATTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCACATGTCAT-GAGACAAACATCCAATTATGA
192 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-TCGAGACAAACATCCAATTATGA
* * * * * * ** * *
161037 TCTATTTTAGCCAAAAATGAAAAAATAGTTCAGCTTAAAATCATAAATAAAATTATAAAATCATT
256 TCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATT
*** * * *
161102 TAAAACAAGCAATTAGTC
321 TAAAGTGAGTAACTAGTA
* * ** * * ** * * *
161120 TTTTGAA-GCTATGATTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCCTTTCGGTTCATGTT
1 TTTCGAAGGC-ATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTT
* * * * * * *
161184 TTCTGAGTCAAACATCCAATTATGATATGTTTTGACTAAAAAT-GAAAAA--C--GTT-CAA-C-
65 TT-TAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
161241 -TTATAAGATTTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACCAGTATTTCGGAGACATGAGTGGCTGTAA
128 TTTATAAGA-TTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAA
* * * * * ** * * *
161305 GTAGACTTTTGTTGTCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGA-AAACATCTAATTATG
191 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGA-GACAAACATCCAATTATG
* * * *
161369 ATCTATTTTAACCAAAAAT--TAAAAAAA-TCAAGTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
255 ATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
* * *
161431 TGAAAGTGAGTAACAAGTC
320 TTAAAGTGAGTAACTAGTA
* * * * * * * *
161450 TTTCTAAGGCATAAGCGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGGAAGGCTTTCACTTCACTTTT
1 TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC--GT
* *
161515 TTTTGAA-GCAAACATCTAATTATGATCTATTTTAAC-AAAATAAAAACAA-TCAACTTAAAATC
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* ** * * * *
161577 ATTTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGTCTTTCTAAGGCATAAGTGGTTATAA
127 ATTTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAA
* * ** * * ** *
161642 ATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCACTTCACTTTTTTTTA-ACCAAACATCTAATTATG
191 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGA-CAAACATCCAATTATG
* * * *
161706 ATCTGTTTTAAC--AAAAT-AAAAAAAAA--GAACTTAAAATCATATATAAGTTTATAAGACCAT
255 ATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
*
161766 TTAAAATGAGTAACTAGTA
320 TTAAAGTGAGTAACTAGTA
* ** *
161785 TTTC-AAGGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTACTCTTGTGAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTT
1 TTTCGAA-GGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTT
** ** * * * *
161849 TGCCAAGATAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAATAAGAAACAAAAAAAATTCAACTCAAAATC
65 T-TTAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACAA-AAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
161914 ATTTATAAGATTGTATAACCATTTCAAGTGACTAACTAGTATTTCGAA-GCTATGAGTGGCTATA
127 ATTTATAAGATTATA-AAACATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAAGGC-ATGAGTGGCTATA
* * ** ** *
161978 CATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTCCGCTTCATGTTT-TCAAAGGA-AAACATCCAATTA
190 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-GA-GACAAACATCCAATTA
* *
162041 TGATAC-GTTTTAA-TGAAAAATG-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATAAGATCATAAAA
253 TGAT-CTGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
*
162103 CTATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
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* ** * * *
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** * ** *
162191 CCAAAGGCAAACATCCAATCATGATCTGTTTTAGTGAAAAATGAAAAAAAAATCATA-TTAAAAT
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* * * *
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126 CATTTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAACTAGTATTTCGAA-GGCATGAGTGGCTAT
* * * * * * * ** *
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* * * * * *
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254 GATCTGTTTTAACTAA-AAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACC
* * *
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* * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * *
162787 ATTTAAAGCGTGTAAGTAGTA
318 ATTTAAAGTGAGTAACTAGTA
* ** * * *
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65 TT
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Statistics
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TGAGTAACTAGTA
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AAAGTGAGTAACTAGTATTTTG-AAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT
* ** * * ** * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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* * **
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* * * * * * * **
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* ** * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * ** ** ** *** * **
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*** * * * * * ** *
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* * * **** * ** ** * * ** ** ** ****
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*** * * * * * * * **
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* * * * * * * * * ** * *
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* * * ** ** ** * *
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* * * * * * **
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* * ** ** *
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** * ** ** * * * *
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* * *
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*** ** * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * ** *
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* *
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** ** * ** * *
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1 AAAGTGAGTAACTAGTATTTTGAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ***
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** * * * * *
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*
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** * * * * ** * * * *
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* ** ** * ** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * ** *
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* ** ** ** * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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** * * * ** * * * *
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* * * **** * *
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*
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* ** *
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* * * * * * * * *
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*
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** * *
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** * *** * * *
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* * * * ** * *
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** * ** * * * * **
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192 T-AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGG-TAGCTTTTATTTCAC-ATTTCT
* * * * *
169628 -AGAAGCAAACATCCAATTATTATCTGTTTTAACCGCATATGAAAATAATTTAACTTAAAATCAT
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
169833 AAGAATTCATCTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCG
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* * * * * * *
169898 AAGGTAT-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTGACTTCACGA-TTC-CG
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** * * * * * *
169960 GTGGCAAACATCCAATTATGATCTAT-TTTAATGAACAATGAAAAAAATTTAACTCAAAATTATT
255 AAGGCAAACATCCAATTATAAT-T-TGTTT--T--A-AATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATC
*
170024 TATAAGATTATAAAACCATTT
313 TATAAGCTTATAAAACCATTT
170045 AAA
1 AAA
170048 TCAGGTAATT
Statistics
Matches: 3903, Mismatches: 862, Indels: 553
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
298 6 0.00
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346 2 0.00
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AAAGTGAGTAACTAGTATTTTAAAGCCATAAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
CTTTCGCTTCATATTTCCAAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAAA
AATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAACTAGTATTTCTAAG
GCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGTAGCTTTTATTTCACATTTCTCAAGGCA
AACATCCAATTATAATTTGTTTTAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATCTATAAGCTTATAA
AACCATTT
Found at i:166296 original size:163 final size:163
Alignment explanation
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* * *** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 AAAAATTCAGCTTAAAATAATTCATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAACAAGAATTTCG
* * *
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66 AAGACATAAGTGACTATAAATAAACTTTT-TTGATCAATGGATGACTTTCGCTTCACGTTTTCCA
* * * *
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AAAAATTCAGCTTAAAATAATTCATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAACAAGAATTTCG
AAGACATAAGTGACTATAAATAAACTTTTTTGATCAATGGATGACTTTCGCTTCACGTTTTCCAA
GACAAACACCAAATTATGATATATTTTAATTAA
Found at i:167275 original size:170 final size:169
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166557 GACTATAAAT
*
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * ** *
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* * *
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** *
167083 GTTTCTCAAGGCAAAGGTCCAATTGTGATCTATTTTAATGAAAATAAAAACAAATTCAACTTAAA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAATAAAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * *
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* * **
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* * *
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1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATG-AAAATAAAAAAAATTCAACTT-AA
* ** * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * ** *
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1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-TGAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * *
167488 AATTAGTTATAAGATTATAAAACTATTAAAAGTGAGT-ACTTAGTATTTCGAAGACATTATTGAC
64 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC-TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGC
* * *
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* * * * *** * *
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1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTT--AATGAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTA
* * *
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* * ** *
167723 TATAAATAGAATTTTCTTACCAATGGAGGGCTTTTC-CTTCAC
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* * * * * *
167765 ATTTCTCCAGGCAAGCATCCAACTATGATCTAATTTGGCAA-G-AAATGAAAAAAATTCAACTTA
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* * * * * **
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* *
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* ** * * ** *
167935 ATTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATG-TATGTTTTAACCAAAAATGAACAAAAAA-TCAACTCA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
168106 GTTT-T-AGAGACAAACATCCACTTATGATCTGTTTGAGCTAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTA-ATGAAAATAAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * *
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64 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCT
* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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65 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATT-TCGAAGGCATGAGTGGCT
* * *
168396 ATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTC-T
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* * * * * * *
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* *** * ** * * *
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* * * * ** *
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* * ** * *
168605 GTTTCT-GAGGTAAATGTCCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATAAAAAAAATTCAACTTATA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATG-AAAATAAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * *
168906 ATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGCTGGCTTTCACTTCAA
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* * ** *
168947 GTTTC-CTAAGGCAAACATCCAATTATCATCTATATTAACCAAAA-ATGAAAAAATCTCAACTTA
1 GTTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAATA-AAAAAAAT-TCAACTTA
* *
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* * * **
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* * * * * * ** * *
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1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * ** * * * *
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* * * ** *
169246 AAATGGACTTTTCTTATAAATGGATAGCTTTTACTTCAT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC
* * * * * ** * *
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* * * * * ** * ** *
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* * *
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* * ** *
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* * * * * * ** * ** * *
169516 AAATAATTTATAA-ATCCAT-AAATCATTCAAAGTGCGTAACTAGCCTTTTGAAGATAAGAGTGA
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* * * *
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127 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC
* * * * * * * * * *
169622 GATTCT-AGAAGCAAACATCCAATTATTATCTGTTTTAACCGCATATGAAAATAATTTAACTTAA
1 GTTTCTCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-TGAAAATAAAAAAAATTCAACTTAA
* *
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* * * *
169741 ATAAACGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC
* * * * * * * *
169782 GTTTCTTAAGGTAAACATCCAACTATGAACTGTTTGAACTAAAAATGAAAAAAGAATTCATCTTA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-TGAAAAT-AAAAAA-AATTCAACTTA
* * *
169847 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCGAAGGTAT-AGTGAC
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*
169911 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-GACTTCAC
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCG-CTTCAC
* ** * * *
169953 GATTC-CGGTGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAACAATGAAAAAAATTTAACTCAA
1 GTTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAA-AATAAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
170017 AATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAATC-AGGTAATTAATATTTCGAAGGCATGAGTGAC
64 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGC
* * ** * *
170081 TATAAATGGATTTTTCTTGCCAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGATTTT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-A-ATGGATGG-C-TTTC--G-C--T---TCA---C
* *
170138 GCTTCACATTTCCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTA-TTT--T-AACA-AAAAAAAATTCAAC
1 G-TT----TCT-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATGAAAATAAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * ** * *
170198 CTAAAATTATTTGTAAGATTATAAAATCATTTAAAACTAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAAT
60 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGT
* * * *
170263 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATTGATGGCTTTCGCTTCAT
125 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC
170308 GTTT
1 GTTT
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Statistics
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*
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*
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1 TA
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169901 GTATAGTGAC
* * **
169911 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTGACTTCACGATTCCGGTGGCAAACATCCAAT
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*
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* * * * *
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* *
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* *
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* *
170226 ATTTAAAACTAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
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170285 TAAATTGATG
Statistics
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Consensus pattern (191 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTGACTTCACGATTCCGAAGGCAAACATCCAAT
TATGATCTATTTTATGAACAAGAAAAAAATTCAACTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCAT
TTAAAACTAGTAATTAAGATTTCGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
Found at i:171365 original size:168 final size:167
Alignment explanation
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170995 CAAGCCATTC
* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
171131 TTTATAGGATGTTAAAA-GAATAAAAGTGAGTAACTAGTCTTTTA
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* * * *
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* ** **
171240 GGTAAAAATCCAATTATGA-TATGTTT-TTAGAGGTA-AAAAGTTTTTAAACTCAAAATCATTTA
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* * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * **
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* ** ** * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATAC-TTT-TC
* * * * * * * * *
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64 AAGGCAAAAATCCAATTATG-ATTATTTTATT-AGAAA-TAGAAAA-AATTAAACTCAAAATCAT
* * * * * *
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125 TTATAAGACTA-AAAACCATTAAAAGTGAGTAACTAGTCTTTTA
* * ** * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** *** * * * *
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** ** * * * * * * **
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* * * **
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* * * *
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* * ** **
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** * *
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** * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** * **
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*** * * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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1 -AAAATGA--AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT-TATAA--AATCATTTA-AAGC-
* * * *** * * * * ** *
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* * * * * * ** ** * *
172574 A-GGCAAACATCTAATG-GTGAT-TTGTTTTAA--CAAA-A---AATGAAAAAAAT-ATTCAACT
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*
172629 T
170 C
* *** * * ** * * **** * **
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* * * ** * ** * * ** ** **
172690 AGT-GAC-TGTAAA-TTAT-ACTTTTCTTATCAATAGA--TAGCTT-TCGCTTCAT-G--TTT-C
63 ACTAGCCTTTTAAAGGCATGA-GTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* *** ** ** ** * *
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* * ** * * *
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* * * * *
172842 CTAGTC-TTTAGAATGTATGAGCGAC-ATTAAATGGACTTTTC-T-T-ACT-GATGGCTTTTGCT
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* * *
172901 TCA-CATATT-TCAAGGCAAAAATCCAATTATCATATGTTTTAACC
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* * * * * *
172945 AAAAATG--AAAAAATTCAACTTAAAATTATTTACATGATTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC
1 -AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * ** * * * *
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* *
173073 -CATTTC-CTAAGGCAAACATCTAATTATGATTTGTTTT-ACC
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* * * * * * * * *
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1 -A-AAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* ** ** *
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* ** * *
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* * * * * * *
173277 ----T-AAAAAAAATTCAACTTAAGATCATTTATAAGATTTTAAAACCGTTTATAGCGACTAACC
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACT
* ** * * * * * ** *
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66 AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * *
173401 CGTTTC-CTAAGGCAAACATGCAATTATGATCTATTTTAACA
131 C-TTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * *
173442 AACAATG-AAAACAATTCAACTTAAAATCATATATAAGATTATAAAA-CTATTTACAGAGAGTAA
1 AA-AATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
173505 -TGAGGC-TTTGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCAATTGATGCCTTTTGCTT
64 CT-AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
173568 CA-CATTT-TCCAATGTAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACA
128 CATC-TTTCT-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * * **
173611 AAAAT--AAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTTTAA-AGTTATAAAATAACTTAAAGTAAGTAAC
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * * *
173672 TAGGCTTCTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTT-ACAAATGAATGGCTTTCGCTTC
65 TAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * ***
173736 ATGTTTCTCAAGGAAAACATACAATTATGATATGTTTTAGTGA
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* * * * *
173779 AAAATGAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATT
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACT
* * * * *** *
173844 AGCCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCAATTTAT
66 AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* *
173909 GTTTC-CTAAGGCAAACATCCAATTATGAGCTGTTTTAACC
131 CTTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * * * * * * * *
173949 AAAAAT-TAAAAAAACTCAGCTTAAAATTAATTGTAAGACTAT-AAATTATTCAAAGCAAGTAAC
1 -AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * * * * * **
174012 TATCCTTTTGACGGTATAAGTGATTGTACATAGACTTTTC---T---T-G--GGCTTTCACTTCA
65 TAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* *** * * *
174068 -CATTTCCCAAGAG-AAACAAAAAATTACGATCTGTCTTAGCC
130 TC-TTTCTCAAG-GCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
*
174109 AAAAATGAAAAAAATGTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
1 -AAAATGAAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * * * * *
174174 CTAGTATTTTGAAA-GCATGAGTGGCTATAAATGGAATTTTATTGTTAATGAATAGCTTTCGCTT
64 CTAGCCTTTT-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
174238 CA-CGTTT-TTAGAGGCAAACATCTAATTATGATATGTTTTAACC
128 CATC-TTTCTCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * *
174281 AAAAATG--AAAAAATTCAACATAAAATCATTTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAG
1 -AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * *
174344 TAG--TATTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGGATCGCTTTGGCTTC
65 TAGCCT-TTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
174407 ATATTTCTCATGGCAAACATCCAATGATGATTTGTTTTAACTA
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* * ** *
174450 AAAATGAAAAAAAA-T-AACGTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAACTAACT
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACT
** ** * * * *
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* * * * * * *
174574 TAATGTTTCCCCAA-TCAAACATCCAAATATGATCTATTTTAACAA
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** * ** * ** * *
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1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACT
* * ** * * * * *
174683 AGGCATTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCTATAGATGGCTTTTGCATCA-
66 AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * *
174747 CGTTTC-CAGAGGCAAACATCCAAGTATGATATGTTTGAACC
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* * *
174788 AAAAATGAAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
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* ** ** * * * * * *
174852 AGTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGGCTATTAATGGACATTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCGCTT
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* * *** * * *
174917 CATGTTT-TCAGAGGCAAGCATTTGATTATAATTTTTTTTAACC
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* * * **
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** ** * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* ** *
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* ** * *
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* ** * * *
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* * ** * * * **
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* * * * **
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* * * *
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** * * *
175766 A-C-GACTCGAGAAGAAAACATCCAATTATTATCTGTTTTAACC
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* * * *
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** ** * * * * * *
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* * **
176043 CTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGC-TTTGACTT
64 CTAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTT
* * *** **
176107 -AACGATTCTGGTGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATG
128 CATC-TTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * *
176150 AATAA-CAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AAGTTGGGTAA
1 AA-AATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAA
*** ** ** * * *
176213 CTAATATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTCGATGT
64 CTAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-T
* * * * * ***
176278 -TTGTTTC-CTGAGGCAGACAT-CAATTATGAAT-TATTTTAGTTG
128 CATCTTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATG-ATCTGTTTTA-ACC
* * * * *
176320 AAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATGATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTTACT
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACT
** ** * * * **
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66 AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* ** * * ** * * * *
176449 GTTTCTTGAGGGAAATATTTAGTTATCATCTGTTTTAGCAA
131 CTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC-C
* * ** * * * *
176490 AAAATG-AAGAAAATTCAA-TATGAAATCATTCGTAATATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAT
1 AAAATGAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * ** *
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65 TAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
176594 GAATCACTTA
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AGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
CTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
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* * * * * **
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* ** * * * * *
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** * * *
172434 CAAAAAT-AGAAAAATGTTCAACCTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTGAAA-TGTGT
127 CAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGT
* * * * ** * * * *
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* *** ** * ** * * *
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* * *
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315 CAACTTAAAATCATTTA-TAAGATTA
* * * * **
172649 TAGAACCATTTAAAGCGGGTAA-TAAGCCATTCCAAGGCAT-AAGTGACTGTAAATTATACTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACT-AG-CATTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAA-TGGACTTTT
* * * * * * * *
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62 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAA
* * * * * *
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126 CCAAAAATGAAA-A-AAAATTCAACTTAAAATCA-TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * * * * * *
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188 GTAACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTA-TAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTC
* * ** * * * * *
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252 GCTTCACGT-TTCCAGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTC
* * * *
172961 AACTTAAAATTATTTACATGATTC
316 AACTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAG-CATTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
173050 GTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATCTAATTATGATTTGTTTT-ACCT
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* * * * * * *
173114 AGAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATAAGACTATCAATAA--A-TCAAAGAGAGTA
128 AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA-AACCATTTAAAGTGAGTA
* ** ** * * * *
173175 ATTAGCCTTTCGAAGGTGTAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
191 ACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTC-TTGTCAATGGATGACTTTCGCT
* *
173239 TCATGTTTCTTTAG-A-CAAACATCCAATTATGA--TATGTTT-------AA--AAAAAA-TTCA
255 TCACGTTTC--CAGAATCAAACATCCAATTATGATCTAT-TTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCA
* *
173290 ACTTAAGATCATTTATAAGATTT
317 ACTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * * *
173313 TAAAACCGTTTATAGCGACTAACCAGCATTTGGAAGGCAT-AAGCGACTATAAGTAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCA-TTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * *
173377 TATCAATGGATGATTTTTGCTTTACGTTTCCTAAGGCAAACATGCAATTATGATCTATTTTAA-C
64 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * * *
173441 AAACAATG-AAAACAATTCAACTTAAAATCATATATAAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAA
128 AAA-AATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
** * * * * * * *
173505 -TGAGGCTTT-GAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCAATTGATGCCTTTTGCTT
192 CT-AGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCTT
* * * * * * *
173568 CACATTTTCC--AATGTAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAATT-AAT
256 CAC-GTTTCCAGAAT-CAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAAC
*
173628 TTAAAATCATTTTTAA-AGTTA
319 TTAAAATCATTTATAAGA-TTA
** * ** * *
173649 TAAAATAACTTAAAGTAAGTAACTAGGC-TTCTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-GCATTC-GAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * **
173713 TA-CAAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATACAATTATGATATGTTTTAGT
64 TATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * *
173777 GAAAAATGAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
127 CAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** * * * ** * * ** *
173842 TTAGCCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCAATTT
192 CTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCTTC
* ** * * * * ** *
173907 ATGTTTCCTA-AGGCAAACATCCAATTATGAGCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAAAACTCAGCTT
257 ACGTTTCC-AGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAACTT
* * * *
173971 AAAATTAATTGTAAGACTA
321 AAAATCATTTATAAGATTA
** * * * * * * * * * * *
173990 T-AAATTATTCAAAGCAAGTAACTATCCTTTTGACGGTAT-AAGTGATTGTACATAGACTTTTC-
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-GCATTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCT
** * *** * * *
174052 --T---T-G--GGCTTTCACTTCACATTTCCCAAGAG-AAACAAAAAATTACGATCTGTCTTAGC
64 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAG-GCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * *
174108 CAAAAATGAAAAAAATGTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
127 CAAAAATGAAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
174173 ACTAGTATTTTGAAAGCATGAGTGGCTATAAATGGA-ATTTTATTGTTAATGAAT-AGCTTTCGC
191 ACTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACA-TTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTCGC
** ** * * * *
174236 TTCACGTTTTTAGAGGCAAACATCTAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAA-TTCAAC
254 TTCACGTTTCCAGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAAC
* *
174300 ATAAAATCATTTACAAGATTA
319 TTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * *
174321 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGTAGTATTTGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCATTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * * *
174385 TTCAATGGATCGCTTTGGCTTCATATTTCTCATGGCAAACATCCAATGATGATTTGTTTTAACTA
65 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCA
* * *
174450 AAAATGAAAAAAAA-T-AACGTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAACTAACT
129 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT
* ** * *
174513 AGTATTTCGAAGGCATAAGTGTATATAAAT--AAATTTTGCTTGT-ACATGGATGATTTTCGCTT
194 AGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACA-TTT-CTTGTCA-ATGGATGACTTTCGCTT
* * ** * * * **
174575 AATGTTTCCCCAATCAAACATCCAAATATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAACGTTCAGCCC
256 CACGTTTCCAGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAACTT
*
174640 AAAATCATTTATAAGAGTA
321 AAAATCATTTATAAGATTA
* * * *
174659 TAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCATTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-GCATTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
174724 GTCTATAGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCAGAGGCAAACATCCAAGTATGATATGTTTGAACCA
65 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCA
*
174789 AAAATGAAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
129 AAAATG--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
174853 GTAGTATTTCGAAGGTATGAGTGGCTATTAATGGACATTTCTTGTCAATGGAT-AGCTTTCGCTT
192 CTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTCGCTT
* * ** * *** * * * * *
174917 CATGTTTTCAGAGGCAAGCATTTGATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGAAAACAAATTCAACT
256 CACGTTTCCAGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAA-AAGTTCAACT
* *
174982 CAAAGTCATTTATAAGATTA
320 TAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * *
175002 TAAAGCCCATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTCGAAGGTATGAGTG-CTTATAAATAGACTTTTA
1 TAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCA-TTCGAAGGCATGAATGAC-TATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
175066 TTATCAATGGATGGCTTTTACTTCAAGTTTCCTAAGGCAAGCATCCAATTATCATCTGTATGAAC
63 TTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * * *
175131 CAACAATGAAAAAAAA-TCAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAA
127 CAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * * *
175195 CAAGTATTTTGAAGGCATAAGTGTCTATAGATAGACTTTTGTTGTCAATGGATGATTTTCGCATC
192 CTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCTTC
* * *
175260 ACGTTT-CATGAGA-AAAACATCCAATTATGATACT-TTTT--TAAAAAATGAAAAAATTTCAAC
257 ACGTTTCCA-GA-ATCAAACATCCAATTATGAT-CTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAAC
** *
175320 TTAAAATTGTCTATAAGATTA
319 TTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * *
175341 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTACAAATGGACTTTTGTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTA-GCATTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * * * * **
175406 GTCAATTGATAGCTTTCACTTCACATTTTCCAATGTAAACATCAAATTATAATCTGTTTTAATAA
65 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACCA
* ** * * * * *
175471 AAAAT-AAAAAAAA-TCAAGTT-AAATTTTTTTTAAAATTTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAAC
129 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
** * ** ** * *
175533 TAGGCTTTTGAAGGTGTGAGTTACTATAAATGGAC-TTTCTT-ACAAATGGATGACTTTCACTTC
193 TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTC-AATGGATGACTTTCGCTTC
* * * * * *
175596 ACATTTCTTATGGA--AAACATCCAATTATGATATGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAGATT-AA
257 ACGTTTC-CA-GAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATG-AAAAAAG-TTCAA
* *
175658 CTTAAAATCATTTATAAAACTA
318 CTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * * *
175680 T-AAATCATTCAAAGCGAGTGACTAGCCTTATGAAAGCAT-AAGTGACTATAAGTGAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCATT-CGAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * *
175743 TTTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGACTCGAGAAGAAAACATCCAATTATTATCTGTTTTAACC
64 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCA-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * * * *
175808 ACATATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAGACCATTGAAAGCGAGTAAC
128 AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
* * * * * * * *
175872 TAGTATTTCGAAGGTATGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTCCA
193 TAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCA
* ** * * * * * *
175937 TGTTTCTTGAGGT-AAACATCAAACTATGAACTATTTTTACCAAAAATGAAAAAAGAATTCAACT
258 CGTTTCCAGA-ATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAG--TTCAACT
176001 TAAAATCATTTATAAGATTA
320 TAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * *
176021 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAG-CATTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *** **
176086 ATCAATGGATGGC-TTTGACTTAACGATTCTGGTGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATG
65 ATCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * *
176150 AATAA-CAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT-AAGTTGGGTAA
128 AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAA
* * * ** *
176213 CTAATATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTCGATGT
192 CTAGTATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCT-T
** * ** * **** *
176278 -TTGTTTCCTGAGGCAGACAT-CAATTATGAAT-TATTTTAGTTGAAAATGAAAAAAATTCAACT
256 CACGTTTCCAGAATCAAACATCCAATTATG-ATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAACT
*
176340 TAAAATGATTTATAAGATTA
320 TAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * *
176360 TAAAACCATTTAAAGTGACTTACTAGTATTTCGATGGCAT-AAGTGACTATAAATGTACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCA-TTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * ** * * ** * * * *
176424 TGTCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGGAAATATTTAGTTATCATCTGTTTTAGCA
64 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACC
* * ** * **
176489 AAAAATG-AAGAAAATTCAA-TATGAAATCATTCGTAATATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
128 AAAAATGAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
176552 -TTGGACTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCT
192 CTAGTA-TTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCT
176594 GAATCACTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGCATTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTA
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AATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
TATTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCACGT
TTCCAGAATCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGTTCAACTTAAAAT
CATTTATAAGATTA
Found at i:176959 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 176670--177296 Score: 519
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
176660 AATGGATGAT
* ** *
176670 TTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGAAAAGAA
1 TTTCACTTCATGTCTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGAAAA-AA
* * * * *
176735 ATTCAACTTAAAATT-TTTTGTAAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGTATTTTGACA
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* * **
176799 -ACATGGGGGGCTATAAATAG-ACTTTCCTTGTTAATGGATGGC
128 GACATGGGGGACTATAAAT-GTA-TTTCCTTGTCAATAAATGGC
** * ** *
176841 TTT-TGTTACATGTCTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATTTGCTTTAATGAAAAAGGAAAAAA
1 TTTCACTT-CATGTCTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAA
** * *
176905 ATTCAACTTAAAATTATTTAGAAGATTATAAAACAATTTAAATTGTGTAACTAGTACTTCGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATTATTTAGAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAACTAGTACTTCGAAGA
* **
176970 CATGGGTGACTATAAATGTATTTTTTTGTCAATAAATGGC
130 CATGGGGGACTATAAATGTATTTCCTTGTCAATAAATGGC
* * * * * *
177010 TTTCACTTCATGTTTTTCGAGGCAACACATCCAATTATGAATTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAA
1 TTTCACTTCATGTCTCTCAAGGCAA-ACATCCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAA
* * * * * * * *
177075 ATTCAACTTAGAATTATTTAAAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGACTAACTAGTATTTCAAAGG
65 ATTCAACTTAAAATTATTTAGAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAACTAGTACTTCGAAGA
* * * ** * * ** ***
177140 CATGAGTGACTGTAAATAG-ACTTTTTTTATAAATGGATAAT
130 CATGGGGGACTATAAAT-GTA-TTTCCTTGTCAATAAATGGC
* ** * * ** *
177181 TTTTACTTCACATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATTACCTATTTTAACAAAAAATGAAAAACA
1 TTTCACTTCATGTCTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATG-AAAA-A
* * * * *
177246 AATTCAA-TCTAAAATCATTTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
64 AATTCAACT-TAAAATTATTTAGAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
177297 TTAGGCTTTC
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
TTTCACTTCATGTCTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAA
TTCAACTTAAAATTATTTAGAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAACTAGTACTTCGAAGAC
ATGGGGGACTATAAATGTATTTCCTTGTCAATAAATGGC
Found at i:178171 original size:147 final size:149
Alignment explanation
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177899 TCAAGGGCAC
* * *
177909 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAGTTTCCAAGGGTAAACA
1 GAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCAGTTTCCAAGGGTAAACA
* * * * * * *
177974 TCCAACGATTATTTGTTTTAACTAAACATGAAAAATATTCAACTTAAAATCATTTAAAGTGAGTA
66 CCCAACGATGATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCATTTAAAGTGAGTA
178039 AGAAGCGATTCCAAGACAT
131 AGAAGCGATTCCAAGACAT
*
178058 GAGTGACTATAAATAGACTTTT-TT-T-AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAA-GGTAAA
1 GAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCA-GTTT-CCAAGGGTAAA
* * **
178119 TACCCTATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCATTTA
64 CACCCAACGATGATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCATTTA
178177 TAAGATTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (149 bp):
GAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTCGCTTCAGTTTCCAAGGGTAAACA
CCCAACGATGATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCATTTAAAGTGAGTA
AGAAGCGATTCCAAGACAT
Found at i:178466 original size:230 final size:226
Alignment explanation
Indices: 178056--178477 Score: 551
Period size: 230 Copynumber: 1.8 Consensus size: 226
178046 ATTCCAAGAC
* *
178056 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAATA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACA
* * ** *
178121 CCCTATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTTT
66 CCCAATTATGATATACTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTTT
* *
178186 AAAACCTTTTAAAGCAACTAACTAGTATTTGGAAGGTAGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
131 AAAACCTTTTAAAGCAACTAACTAGCATGTGGAAGGTAGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
178251 TCAAGACATAAGTAACTAGTCCTTTAAAGGT
196 TCAAGACATAAGTAACTAGTCCTTTAAAGGT
* * * * * ***
178282 ATGAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTACTTTTCTTGAGGCAA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TT-T-AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAA
* *
178347 ACATCCAATTATGATATACTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA
63 ACACCCAATTATGATATACTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA
* * * * * *
178412 TTTTAAAA-CTATTTAGAGCGACTAATTAGCATGTGGGA-GTCATAAGTTACTATAAATGGACTT
127 TTTTAAAACCT-TTTAAAGCAACTAACTAGCATGTGGAAGGT-AGAAGTGACTATAAATGGACTT
178475 TTC
190 TTC
178478 ATATTAATAG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 25, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (226 bp):
ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACA
CCCAATTATGATATACTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTTT
AAAACCTTTTAAAGCAACTAACTAGCATGTGGAAGGTAGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAAGACATAAGTAACTAGTCCTTTAAAGGT
Found at i:179097 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 178261--179503 Score: 899
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 167
178251 TCAAGACATA
* * * * * * *
178261 AGTAACTAGTCCTTTAAAGGTATGAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTT
1 AGTAACTAGT-ATTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATG-CTTTC
* * ** * * *
178326 GCTTTACTTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGAT-ATACTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATT
64 GCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCA-ATTTTAAC-AAAAA-AGAAAAAAATT
* * * *
178390 CAACTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACTATTTAGAGCG
126 CAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *** * * * * * *
178432 ACTAATTAGCATGTGGGAGTCATAAGTTACTATAAATGGACTTTTCATATTAATAGATGATATTC
1 AGTAACTAGTAT-TTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGCT-TTC
* * * * * * *
178497 GCTTCACGTTTCCCATGGAAAACATCCAATTATGATCTATTTCAACAAAAAATGAGAAAAATTTA
64 GCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACAAAAAA-GAAAAAAATTCA
* *
178562 ACTTAAAATCATTCATAAGATTATAAAACCATTTGAAGTG
128 ACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
178602 AGTAATTAGGCT-TTTAAAGGCACAATTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTT
1 AGTAACTA-G-TATTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGAT-GCTTT
* * * * * ** * * * *
178666 TGCTTCATGTTTGTTAAGATAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAGCCAAGAATGAAAACAATTC
63 CGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTA-ACAAAAAAGAAAAAAATTC
* * *
178731 AACATAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTAAAAGTG
127 AACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
178772 AGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATAAGT-AGCTATAAGTGAACTTGTCTTGTCAATGGATGGTTCT
1 AGTAACTAGTATTT-AAAGGCATAAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGCTT-T
* * * ** * *
178836 CGCTTCATGTTT-TGAAGGTAAACATCCAATTATGAT-ATGTTTTGATGAAAAGAGATAAAATAT
63 CGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCA-ATTTT-AACAAAAAAGA-AAAAAAT
** * * * * * *
178899 TTGACTCAAAATTATTTTTAGGATTATAAATCCATTTAAATTG
125 TCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
178942 AGTAACCAGTATTGAGAAGGCGTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GCATAGCTTT
1 AGTAACTAGTATTTA-AAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAG-AT-GCTTT
* * *
179006 CACTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATGCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAAAGATAAAAAATT
63 CGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTAA-CAAAAAAGA-AAAAAATT
* ** *
179071 CAAATTAAAATCATTTATAAGATTATAAAGTCATTTAAATTG
126 CAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * ** * * *
179113 GGTAACTAGTGCTTTAAAGGCATTAA-TGACTATAAATAAACTTTTTTTCTCAATAGGTGGCTTT
1 AGTAACTAGT-ATTTAAAGGCA-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGAT-GCTTT
* * * * * * *
179177 CGTTTCACGTTTTTCAAGGTAAGCATCCAATGATGAACAATTTTAACTAAGAATGAAAAAGAAAT
63 CGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTAAC-AAAAAAG-AAAA-AAAT
* * * * *
179242 TTAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
125 TCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
179285 ACTAACTACTATTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCCTGTCAATAGATGATTTT
1 AGTAACTAGTATTT-AAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATAGATGCTTTC
* * * *
179349 GCTTCATGTTTGC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAGATGAAAAAAATTC
64 GCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACAAAA-AAGAAAAAAATTC
* * **
179413 AACCTAAAATCATTTGA-AAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
127 AACTTAAAATCATTT-ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
179454 AGTAATTAGGCT-TTTGAAGGCATGCA-TGACTATAAATGGATTTTTCTTGT
1 AGTAACTA-G-TATTTAAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
179504 TAGTTGATGG
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 201, Indels: 78
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 115 0.14
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171 302 0.36
172 83 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AGTAACTAGTATTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGCTTTCGC
TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACAAAAAAGAAAAAAATTCAACT
TAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:179517 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 178277--179549 Score: 1013
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
178267 TAGTCCTTTA
* * * * * *
178277 AAGGTATGAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GACTTTTGCTTTACT-TTTCTT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATAGA-TTTTGCTTCA-TGTTTCTC
* * * *
178340 GAGGCAAACATCCAATTATGATATACTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
64 AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAC-AAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
* * * * * *** * *
178405 TATAAGATTTTAAAACTATTTAGAGCGACTAATTA-GCATGTGGGAGTCATAAGTTACTATAAAT
127 TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGGC-TTTTAAAGGCATAA-TGACTATAAAT
* * * * * ** * * *
178469 GGACTTTTCATATTAATAGAT-GATATTCGCTTCACGTTTCCCATGGAAAACATCCAATTATGAT
190 GAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCT-TTCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATCCAATTATGAA
* * * * * *
178533 CTATTTCAACAAAAAATG-AGAAAAATTTAACTTAAAATCATTCATAAGATTATAAAACCATTTG
254 CTATTTTAAC-TAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTA
* *
178597 AAGTGAGTAATTAGGCT-TTTA
318 AAGTGAGTAACTA--CTATTTG
** * * * * * * *
178618 AAGGCACAATTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTGTTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATAGATTTTGCTTCATGTTTCTCAA
** * * * * *
178683 GATAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAGCCAAGAATGAAAACAATTCAACATAAAATCATTTAT
66 GGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTA-ACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
* * * * *
178748 AAGATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATAA-GTAGCTATAAGTGAA
130 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTTAAAGGCATAATG-A-CTATAAATGAA
* * * *
178812 CTTGTCTTGTCAATGGATGG-TTCTCGCTTCATG-TTTTGAAGGTAAACATCCAATTATGATA-T
193 CTTTTCTTGTCAATAGATGGCTT-TCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATCCAATTATGA-ACT
* * * * * * * *
178874 GTTTTGA-TGAAAA-GAGATAAAATATTTGACTCAAAATTATTTTTAGGATTATAAATCCATTTA
256 ATTTTAACT-AAAATGA-A-AAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
178937 AATTGAGTAACCAGTATTGAG
318 AAGTGAGTAACTACTATT-TG
* * * ** * *
178958 AAGGCGTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GCATAGCTTTCACTTTACGTTTCTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAG-ATAGATTTTGCTTCATGTTTCTCA
* * * * *
179022 AGGTAAACATGCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAAAGATAAAAAATTCAAATTAAAATCATTT
65 AGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-CAAAAATGA-AAAAAATTCAACTTAAAATCATTT
* ** *
179087 ATAAGATTAT-AAAGTCATTTAAATTGGGTAACTAGTGC-TTTAAAGGCATTAATGACTATAAAT
128 ATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAACTAG-GCTTTTAAAGGCA-TAATGACTATAAAT
* * * * * * *
179150 AAACTTTTTTTCTCAATAGGTGGCTTTCGTTTCACGTTTTTCAAGGTAAGCATCCAATGATGAAC
190 GAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATCCAATTATGAAC
* * *
179215 AATTTTAACTAAGAATGAAAAAGAAATTTAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATTTA
255 TATTTTAACTAA-AATGAAAAA-AAATTTAACTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTA
* *
179280 AAGCGACTAACTACTATTTCG
318 AAGTGAGTAACTACTATTT-G
* *
179301 AAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCCTGTCAATAGAT-GATTTTGCTTCATGTTTGC-C
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATAGATAGATTTTGCTTCATGTTT-CTC
*
179363 AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAGATGAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTT
64 AAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAA-ATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTT
* * * *
179428 GA-AAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGCATGACTATAAAT
128 -ATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTTAAAGGCAT-AATGACTATAAAT
* * * * * * * * *
179491 GGATTTTTCTTGTTAGTTGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTT-AGATGTAAACATCAAATT
190 GAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTCACGTTTTTCA-AGGTAAACATCCAATT
179550 CATTTAAAAT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 167, Indels: 78
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 5 0.01
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340 226 0.31
341 280 0.39
342 91 0.13
343 88 0.12
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATAGATTTTGCTTCATGTTTCTCAA
GGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATA
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTTAAAGGCATAATGACTATAAATGAACTT
TTCTTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATCCAATTATGAACTATTTT
AACTAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
AACTACTATTTG
Found at i:179965 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 179585--180171 Score: 566
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
179575 GAAATAACAA
* * * * * * *
179585 AAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGACGTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-ACAAATGAAT
1 AAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGGAT
* * * *
179649 GGCTTTCGTTTTAC-ATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCAAAAGAGAAA
65 GGCTTTCGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCAAATGA-AAA
* * *
179713 AAAATTCAACTTGAGAA-CATTTATAAGATTATAAAACTATTT
128 AAAATTCAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * *
179755 AAA-TCAGGTAGCTAGTTCTTT-GAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGGA
1 AAAGTGA-GTAACTAG-GCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * *
179818 TGGCTTTCACTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATGATGAGCAATTTTAACCAAGCATGAAA
64 TGGCTTTCGCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCAA--ATGAAA
* *
179883 AAGAAATTCAGTTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTT
127 AA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
179927 AAAGTGATTAACTAGTACTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGAT
1 AAAGTGAGTAACTAG-GCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT
* * * * * * *
179990 -GATTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATCCAATTATGATCTAGTTTAATAA-AAAAT-AAA
65 GGCTTTCGCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATTATGATC-AATTT--TAACCAAATGAAA
** * *
180052 AAAAATTCAACCTAAAATCATTTGTAAGATTATAAAATCATTT
127 AAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
180095 AAAGCT-TGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAATTGAT
1 AAAG-TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT
180159 GGCTTTCGCTTCA
65 GGCTTTCGCTTCA
180172 TGGTTTTTTA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 58, Indels: 32
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 70 0.20
169 19 0.06
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AAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
GCTTTCGCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCAAATGAAAAAAA
ATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT
Found at i:180324 original size:647 final size:648
Alignment explanation
Indices: 178966--180616 Score: 1993
Period size: 647 Copynumber: 2.5 Consensus size: 648
178956 AGAAGGCGTG
* * * * * * * * *
178966 AGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGCATAGCTTTCACTTTACGTTTCTCAAGGTAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-ACAAATGAATACCTTTCGCTTCACATTTCTCAAGGCAAAC
* * *
179030 ATGCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAAAGATAAAAAATTCAAATTAAAATCATTTATAAGATT
65 ATCCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAGAGA-AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATT
* ** * * * * *
179095 AT-AAAGTCATTTAAATTGGGTAACTAGTGCTTTAAAGGCATTAATGACTATAAATAAACTTTTT
129 ATAAAACT-ATTTAAATCAGGTAGCTAGTCCTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTT
* * *
179159 TTCTCAATAGG-TGGCTTTCGTTTCACGTTTTTCAAGGTAAGCATCCAATGATGAACAATTTTAA
193 TTGTCAAT-GGATGGCTTTCGTTTCACG-TTTTCAAGGCAAACATCCAATGATGAACAATTTTAA
* * * *
179223 CTAAGAATGAAAAAGAAATTTAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACT
256 CAAAGAATGAAAAAGAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACT
* *
179288 AACTACTA-TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGATGTTTCCTGTCAATAGATGATTTTGCT
321 AACTAGTACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATGTTTCCTGTCAATAGATGATTTTGCT
* * * * *
179352 TCATGTTTGCCAAGGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAGATGAAAAAAATTCAACC
386 TCATGTTTCCCAAGGAAAACATCCAATTATGATCTAGTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACC
* * *
179417 TAAAATCATTTGAAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGCATG
451 TAAAATCATTTGAAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATG
** * * * * *
179482 ACTATAAATGGATTTTTCTTGTTAGTTGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTAGATGTAAACATCAA
516 ACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTCGCTTCACGTTTTTAGATGTAAACATCAA
* * *
179547 ATTCATTTAAAATCACTTTTAAAGTTATGAAATAACAAAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGAC
581 ATTAATTTAAAATCAATTTTAAAGTTATGAAATAACAAAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGAC
* *
179612 GTG
646 ATA
** * *
179615 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAAATGAATGGCTTTCGTTTTACATTTCTCAAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAAATGAATACCTTTCGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACA
* *
179680 TCCAATTATGATCAATTTTAACCAAAAGAGAAAAAAATTCAACTTGAGAA-CATTTATAAGATTA
66 TCCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAGAGAAAAAAATTCAACTT-AAAATCATTTATAAGATTA
*
179744 TAAAACTATTTAAATCAGGTAGCTAGTTCTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTT
130 TAAAACTATTTAAATCAGGTAGCTAGTCCTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTT
** * *
179809 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATCCAATGATGAGCAATTTTAACCA
195 GTCAATGGATGGCTTTCGTTTCACGTTTT-CAAGGCAAACATCCAATGATGAACAATTTTAACAA
* * *
179874 AGCATGAAAAAGAAATTCAGTTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAAC
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*
179939 TAGTACTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTT-TTGTCAATAGATGATTTTGCTTC
324 TAGTACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCCTGTCAATAGATGATTTTGCTTC
*
180001 ATGTTTCCCAAGGAAAACATCCAATTATGATCTAGTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACCTA
388 ATGTTTCCCAAGGAAAACATCCAATTATGATCTAGTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACCTA
* **
180066 AAATCATTTGTAAGATTATAAAATCATTTAAAGCTTGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGAC
453 AAATCATTTGAAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGAC
* * *
180131 TGTAAATAAACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTCGCTTCATGGTTTTT-TATGTAAACATCAAA
518 TATAAATAAACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTCGCTTCA-CGTTTTTAGATGTAAACATCAAA
* * * **
180195 TTAATTTAAAATCAATTTTAAAGTTATGAAATAACTAAAAGTGAGTAACTAGGTTTTTAAAGGTA
582 TTAATTTAAAATCAATTTTAAAGTTATGAAATAACAAAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGACA
180260 TA
647 TA
* * ** **
180262 AGTGACTATAAATGGACTTTGTTTACAAATGGATACCTTTCGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAAATGAATACCTTTCGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACA
** * * * * * *
180327 TCCAATTATGATCTGTTTTTATGAAATGTGAAAAAAAAGAAGTT-AGCTTAAAATCATTTATAAC
66 TCCAATTATGATCAATTTTAATCAAA--AG-AGAAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCATTTATAAG
* * ** * * * *
180391 ACTATAAATC-ATTCGAAGCAAGT-GACTA-ACCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
126 ATTATAAAACTATTTAAATCAGGTAG-CTAGTCCTTT-GAAGGCATGAATGACTATAAATAGACT
* * * * ***
180453 TTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCGTTTCACAATTTT-AGAGGCAAACATCCAATTATGAATTGTT
189 TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCAC-GTTTTCA-AGGCAAACATCCAATGATGAACAATT
* * * * ** *
180517 TTAATAAAAAATGAAAAA-AAATTCAATTCAAAATCATTTATAACTTTATAAAACCATTGAAAGT
252 TTAACAAAGAATGAAAAAGAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
180581 GAGTAAGTAGT-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
317 GACTAACTAGTACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
180617 CTTTTAATGA
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 122, Indels: 38
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
647 326 0.38
648 230 0.27
649 168 0.20
650 108 0.13
651 27 0.03
652 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (648 bp):
AGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAAATGAATACCTTTCGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACA
TCCAATTATGATCAATTTTAATCAAAAGAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT
AAAACTATTTAAATCAGGTAGCTAGTCCTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTTG
TCAATGGATGGCTTTCGTTTCACGTTTTCAAGGCAAACATCCAATGATGAACAATTTTAACAAAG
AATGAAAAAGAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACTA
GTACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATGTTTCCTGTCAATAGATGATTTTGCTTCATG
TTTCCCAAGGAAAACATCCAATTATGATCTAGTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAAA
TCATTTGAAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGACTAT
AAATAAACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTCGCTTCACGTTTTTAGATGTAAACATCAAATTAA
TTTAAAATCAATTTTAAAGTTATGAAATAACAAAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGACATA
Found at i:180695 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 180515--180719 Score: 277
Period size: 103 Copynumber: 2.0 Consensus size: 103
180505 TTATGAATTG
* * * *
180515 TTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAACTTTATAAAACCATTGAAAG
1 TTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTACAACATTATAAAACAATTGAAAG
*
180580 TGAGTAAGTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAC
66 TGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAC
* * * * * * *
180618 TTTTAATGAGAAATGAAAAAAAATTAAACTT-AAAATCATTTGCAAGATTGTAAAATAATTTAAA
1 TTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTAAA-TTCAAAATCATTTACAACATTATAAAACAATTGAAA
*
180682 GTGAGTAACTAGTCTTTCAAGGGCATGAGTGACTATAA
65 GTGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
180720 ATTGTTTTTT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
103 86 0.98
104 2 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (103 bp):
TTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTACAACATTATAAAACAATTGAAAG
TGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAC
Found at i:181119 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 180633--183099 Score: 1666
Period size: 169 Copynumber: 14.6 Consensus size: 168
180623 ATGAGAAATG
* ** * * * * *
180633 AAAAAAAATTAAACTTAAAATCATTTGCAAGATTGTAAAATAATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTT
* * * ** * * * *
180698 TCAAGGGCATGAGTGACTATAAATTGTTTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
65 TCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCT
* * * * * *
180763 T-AGGGCAAATATCCAATGATGATTTCTGTTAACCAAAATA
130 TGA-GGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA-A
* * * * * * *
180803 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTACATGATTCTAAAACCATTCAAAGCGGGTAACAAGCCAT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTT
* * * * * *
180868 TCCAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTCTCATTGGATTGCTTTCGCTTC-TCGTTTC
65 TCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAT-GTTTC
** * *
180931 TCAAGGCAAATATCCAATTATGATCCGTTTTAACTAAAAA
129 TTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * ** * *
180971 AGGAAAAAATTCAACTTTAAAA-CATTCATAAGATTTTAAAACATTGAAATTGAGTAGCTAGTCT
1 A-AAAAAAATTCAAC-TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCT
* * * * *
181035 TTTAAAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTT
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTC
* * * *
181100 TTGAGGTAAAAATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAA
129 TTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * **
181140 TGAAAAAATTTAAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAATAACTAGTAT
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC-ATTGAAAGCGAGTAACTAG-CC
* * * * * * ** **
181205 TTTC-AAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTT
63 TTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT
** * * *
181269 CTCAAGGCAACACATCCAATTATGACCTATCTTAA-TCAAAAA
128 CTTGAGGCAA-ACATCCAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAA
** * * * * * *
181311 TAAAAAAAATT-AACTTAAAATCATTTATAAGGCTAGAAATCATTTAAAGCGTGTAAATAGCGTC
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCT-
* * * * * * * **
181375 TT-GAAGGCGTGAGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGCTTCACCTTTC
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTC
* * *
181439 -TCAGGACAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAA
129 TTGAGG-CAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * * * * *
181479 CAAAAAAAAATCAATTTAAAATGATATATAGGACTATAAATCATTCAAAGC-ATCTAACTAGCCT
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGA-GTAACTAGCCT
* * * * * *
181543 TTCGAAGACATGAGCGGCTATAAATAGACTATTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCATTTTTC
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTC
* * *
181608 CTGAGGCAAATATCCAATTATGATCTGTTTTGAC-AAAAA
129 TTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * *
181647 TAAAAAAAAATCAACTCAAAATCATTTACAAAATTATAAATCCATTGAAAGCGAGTAACTAGGCT
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA-ACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCT
* * * * * **
181712 TTTAAA-AGCATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATCCATAGATGACTTTCGCTTCACATT
64 TTCAAAGA-CATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTT
* * * * *
181775 TCTTGAGGTAAATATCCAATTATGAACTGGTTT-ATTAAAACA
127 TCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA-A
* * * * *
181817 TAAAAAAAATTTAACTTAAAATAATTTATAGGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGTCT
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CATTGAAAGCGAGTAACTAGCCT
* * * * *
181882 TTCAAAGACATTAGTGGCTATAAAT-GAACTTTTGTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT
* * * *
181946 CCTGAGGCAAACATCCAATTACGTTCTGTTTGAA-TCAAAAA
128 CTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAA
* * * * *
181987 TAAAAAAA-TCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCATTCAAAGCGAGTAACTAGCCTTT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTTT
* * * * *
182051 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
66 CAAAGACATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCT
* * *
182115 TAAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAGATGA
130 TGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAA-A--A
* * * * **
182157 GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAATCTT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTT
* * * * **
182222 TCGAATG-TATGAGCGACTATAAGT-GATCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCGCTTCACAT-T
65 TC-AAAGACATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGT
** ** * * * *
182284 TTC-CAAGATAAAAATCCAATTATCATATGTTTTAACCAAAAA
126 TTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
** * * * * * * * * * *
182326 TGAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTACATGATTCTAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGCCATT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTTT
* * * * * * * ** *
182391 CCAAGGCATGAGTGACAATAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TC
66 CAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTT
* * * *
182455 GAAGGCCAACATCTAATTATGATTTGTTTTAACTAGAAATT
131 G-AGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTA-AAA-A
* * * * *
182496 AAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATAAGACTATCAATAA-A-TCAAAGAGAGTAACTAGCCT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA-AACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCT
* ** * *
182558 TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTT
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT
*
182622 CTTGAGACAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
128 CTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * * *
182663 TGATAACAAAAATTCAACTTAAGATCATTTATAAGATCT-CAAAACTGTTTATAGCGACTAACCA
1 --A-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT-TATAAAAC-ATTGAAAGCGAGTAACTA
* * ** ** * * * * ** * *
182727 ACATTTGGAAGGTATAAGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTATCAATGGATGATTTTTGCTTCACG
60 GCCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG
* *** * * * *
182792 CTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAAC--CAAA
125 TTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * *
182834 AAAAAAAAGTCAACTTAAAATTATATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TGAGGC-
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CATTGAAAGCGAGTAACT-AGCCT
* * * * * * * **
182897 TTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTTTACTTCACAT-TT
64 TTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGTT
** * * * *
182960 TC-CAATGTAAACATCAAATTATGACCTGTTTTAA-TAAAAA
127 TCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * *
183000 ATAAAAAAA-TCAACTTAAATTCATTTTTAA-AGTTATAAAATCACTT-AAAGCAAGTAACTAGG
1 A-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAA-CA-TTGAAAGCGAGTAACTAGC
* * * *
183062 C-TTCTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTT
62 CTTTC-AAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
183100 ACAAANNNNN
Statistics
Matches: 1821, Mismatches: 400, Indels: 154
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 61 0.03
166 66 0.04
167 172 0.09
168 267 0.15
169 616 0.34
170 340 0.19
171 90 0.05
172 105 0.06
173 98 0.05
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACATTGAAAGCGAGTAACTAGCCTTT
CAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTT
GAGGCAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA
Found at i:181625 original size:508 final size:502
Alignment explanation
Indices: 180628--183023 Score: 1986
Period size: 508 Copynumber: 4.7 Consensus size: 502
180618 TTTTAATGAG
* ** * *
180628 AAATGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCATTTGCAAGATTGTAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAACT
1 AAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAACT
* * * * * *
180692 AGT-CTTTCAAGGGCATGAGTGACTATAAATTGTTTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
64 AGTATTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTT-CTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
180756 CGTTTC-CTAGGGCAAATATCCAATGATGATTTCTGTTAACCAAAATAAAAAAAAATTCAACTTA
127 CATTTCTC-AAGGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACAAAAAT-AAAAAAAATT-AACTTA
* * * * * *
180820 AAATCATTTACATGATTCTAAAACCATTCAAAGCGGGTAACA-AGC-CATTCCAAGGCATGAGTG
189 AAATCATTTATAAGATT-AAAAATCATTTAAAGCGAGTAA-ATAGCGCATTCCAAGGCATGAGTG
* * * * * *
180883 ACTATAAATGGAC-TTTCTTCTCATTGGATTGCTTTCGCTTCTCGTTTCTCAAGGCAAATATCCA
252 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCA
** * * * * *
180947 ATTATGATCCGTTTTAACTAAAAAAGGAAAAAATTCAACTTTAAAA-CAT-TCATAAGATTTTAA
317 ATTATGATTTGTTTTAACCAAAAAA-AAAAAAAATCAAC-TTAAAATCATAT-ATAAGACTATAA
* * * * ** * *
181010 AACATTGAAATTGAGTAGCTAGTCTTTTAAAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTA
379 ATCATTCAAA--GAGTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGTCA
* * *
181075 ATGGATGGCTTTC-ACTTCATGTTTTTTGAGGTAAAAATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
441 ATGGATGGCTTTCGA-TTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
* * * * *
181137 AAATGAAAAAATTTAAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAATAACTAG
1 AAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAG
* *
181202 TATTTTCAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACAT
66 TATTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
** *
181267 TTCTCAAGGCAACACATCCAATTATGACCTATCTTAATCAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAAT
130 TTCTCAAGGCAA-ACATCCAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAAT
** * * * *
181332 CATTTATAAGGCTAGAAATCATTTAAAGCGTGTAAATAGCGTC-TT-GAAGGCGTGAGTGACTAT
193 CATTTATAAGATTAAAAATCATTTAAAGCGAGTAAATAGCG-CATTCCAAGGCATGAGTGACTAT
* * * *
181395 AGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTC-AGGACAAACATCCAATTA
257 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG-CAAACATCCAATTA
* * *
181459 TGATTTGTTTTAACCAAAAACAAAAAAAAATCAATTTAAAATGATATATAGGACTATAAATCATT
321 TGATTTGTTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATCAACTTAAAATCATATATAAGACTATAAATCATT
* * *
181524 CAAAGCATCTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGCGGCTATAAATAGACTATTCTTGTCAATGGAT
385 CAAAG-A-GTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACT-TTCTTGTCAATGGAT
* * * * *
181589 GGCTTTCGATTCATTTTTCCTGAGGCAAATATCCAATTATGATCTGTTTTGA-CAA
447 GGCTTTCGATTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
* * * * * * * *
181644 AAATAAAAAAAAATCAACTCAAAATCATTTACAAAATTATAAATCCATTGAAAGCGAGTAACTAG
1 AAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAG
** * * * * * * * * *
181709 GCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCCATAGATGACTTTCGCTTCACAT
66 TATTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTC-TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
** * * ** **
181774 TTCTTGAGGTAAATATCCAATTATGA-ACTGGTTTATTAAAACATAAAAAAAATTTAACTTAAAA
130 TTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATA-TATTTTAACAAAA-ATAAAAAAAA-TTAACTTAAAA
* * * * * * * * * * *
181838 TAATTTATAGGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAG-TCTTTCAAAGACATTAGTGGCTA
192 TCATTTATAAGATTA-AAAATCATTTAAAGCGAGTAAATAGCGCATTCCAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * *
181902 TAAATGAACTTTTGTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAGGCAAACATCCAATT
256 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATCCAATT
* * * * * *
181966 ACG-TTCTGTTTGAATC-AAAAATAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCAT
320 ATGATT-TGTTTTAACCAAAAAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCATATATAAGACTATAAATCAT
* * * *
182029 TCAAAGCGAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTTTTGTTAATGGA
384 TCAAA--GAGTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTCTTGTCAATGGA
* * *
182094 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
446 TGGCTTTCGATTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
* * * *
182151 AGATGAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT
1 AAAT--GAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACT
* * * * *
182216 A--ATCTTTCGAATG-TATGAGCGACTATAAGT-GATCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCGCT
64 AGTAT-TTTC-AAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAT-TTTTC-TATCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
182277 TCACATTT-TCCAAGATAAAAATCCAATTATCATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTAACT
124 TCACATTTCT-CAAGGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTAACT
* * * ** *
182341 TAAAATTATTTACATGATTCTAAATCATTTAAAGCAAGTAACA-AGC-CATTCCAAGGCATGAGT
187 TAAAATCATTTATAAGATTAAAAATCATTTAAAGCGAGTAA-ATAGCGCATTCCAAGGCATGAGT
* * * * * *
182404 GACAATAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TCGAAGGCCAACATC
251 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATC
* * ** * * *
182468 TAATTATGATTTGTTTTAACTAGAAATTAAAAAAAATTAACTTAAAATTA-ATTATAAGACTATC
315 CAATTATGATTTGTTTTAACCA-AAAAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCATA-TATAAGACTATA
* * ** *
182532 AATAAATCAAAGAGAGTAACTAGCCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTTGTC
378 AATCATTC-AA-AGAGTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTC-TTGTC
* * * * *
182597 AATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTTGAGACAAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAA
440 AATGGATGGCTTTCGATTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
* * * * *
182660 AAATGATAACAAAAATTCAACTTAAGATCATTTATAAGATCT-CAAAACTGTTTATAGCGACTAA
1 AAATG--AA-AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* ** ** * * * **
182724 CCAACATTTGGAAGG-TATAAGTGGCTATAAATAGACTTTTGT-TATCAATGGATGATTTTTGCT
62 CTAGTATTTTCAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGA-TTTT-TCTATCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
182787 TCACGCTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACCAAAA-AAAAAAAGTCAACTTA
124 TCACATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACAAAAATAAAAAAAATTAACTTA
* * * * *
182851 AAATTATATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-AATGAG-GC-TTCGAAGGCATGA-TG
189 AAATCATTTATAAGATTA-AAAATCATTTAAAGCGAGTAAAT-AGCGCATTCCAAGGCATGAGTG
* * * * * * * *
182912 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTTTACTTCACATTT-TCCAATGTAAACATCA
252 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACATCC
** * * *
182976 AATTATGACCTGTTTTAA-TAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAATTCAT
316 AATTATGATTTGTTTTAACCAAAAAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAT
183024 TTTTAAAGTT
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 297, Indels: 137
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 25 0.02
506 165 0.11
507 378 0.25
508 473 0.31
509 344 0.23
510 125 0.08
511 9 0.01
512 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (502 bp):
AAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAG
TATTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
TCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAT
TTATAAGATTAAAAATCATTTAAAGCGAGTAAATAGCGCATTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATGATT
TGTTTTAACCAAAAAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCATATATAAGACTATAAATCATTCAAAGA
GTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGA
TTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAA
Found at i:182164 original size:677 final size:668
Alignment explanation
Indices: 180634--183100 Score: 2156
Period size: 677 Copynumber: 3.6 Consensus size: 668
180624 TGAGAAATGA
* ** * * * * * *
180634 AAAAAAATTAAACTTAAAATCATTTGCAAGATTGTAAAATAATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAAACTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGCCTTT
* **
180699 C-AAGGGCATGAGTGACTATAAATTGTTTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
65 CGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * * * * *
180763 TAGGGCAAATATCCAATGATGATTTCTGTTAACCAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
129 TAAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAATAAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCATA
* * * * * * * * *
180828 TACATGATTCTAAAACCATTCAAAGCGGGTAACAAGCCATTCCAAGGCATGAGTGACTATAAATG
193 TATAAGACTATAAAACCATTCAAAGC-AGTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATG
* * * * * *
180893 GAC-TTTCTTCTCATTGGATTGCTTTCGCTTCTC-GTTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATGATC
257 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCACATTTTC-CAAGGCAAATATCCAATTATGATC
* * * * * * *
180956 CGTTTTAACTAAAAAAGGAAAAAATTCAACTTTAAAA-CATTCATAAGATTTTAAAACATTGAAA
321 TGTTTTAAC-AAAAAA-GAAAAAAATCAAC-TTAAAATCATTTACAAAATTATAAATCATTGAAA
*** * * * * * *
181020 TTGAGTAGCTAGTCTTTT-AAAGATATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTTAATGGATGG
383 GCAAGTAACTAGGCTTTTAAAAG-CATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGGATGA
* *
181083 CTTTCACTTCATGTTTTTTGAGGTAAAAATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAAT-GAAAAA
446 CTTTCACTTCATG-TTTTTGAGGTAAAAATCCAATTATGA-ATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAA
* * * * *
181147 ATTTAAACTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAATAACTAGTATTTTCAAG
509 ATTT-AACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGT-CTTTCAAG
* * * *
181212 GC-TTAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTT-CTCAA
572 GCATT-AGTGACTATAAATGAACTTTTT-T-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-GA
* *
181274 GGCAACACATCCAATTATGACCTATCTTAATCAAAAAT
633 GGCAA-ACATCCAATTATGATCTGT-TTAATCAAAAAT
** * * * *
181312 AAAAAAAATT-AACTTAAAATCATTTATAAGGCTAGAAATCATTTAAAGCGTGTAAATAGCGTCT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGCCT-T
* * * * * *
181376 T-GAAGGCGTGAGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGCTTCACCTTT-C
64 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * * *
181439 TCAGGACAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAACAAAAAAAAATCAATTTAAAATGAT
129 TAAGG-CAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACC-AAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAT
* * * * *
181504 ATATAGGACTAT-AAATCATTCAAAGCATCTAACTAGCCTTTCGAAGACATGAGCGGCTATAAAT
192 ATATAAGACTATAAAACCATTCAAAGCA-GTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAAT
* * * *
181568 AGACTATTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCA-TTTTTCCTGAGGCAAATATCCAATTATGAT
256 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCACATTTTCC-AAGGCAAATATCCAATTATGAT
* * *
181632 CTGTTTTGACAAAAATAAAAAAAAATCAACTCAAAATCATTTACAAAATTATAAATCCATTGAAA
320 CTGTTTTAACAAAAA-AGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTACAAAATTATAAAT-CATTGAAA
* * *
181697 GCGAGTAACTAGGCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCCATAGATGACT
383 GCAAGTAACTAGGCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACT
* ** * * *
181762 TTCGCTTCACATTTCTTGAGGTAAATATCCAATTATGAACTGGTTT-ATTAAAACATAAAAAAAA
448 TTCACTTCATGTTT-TTGAGGTAAAAATCCAATTATGAA-TGTTTTAACTAAAA-ATAAAAAAAA
* *
181826 TTTAACTTAAAATAATTTATAGGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCAAAGAC
510 TTTAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGTCTTTC-AAGGC
* * *
181891 ATTAGTGGCTATAAATGAACTTTTGTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAA
574 ATTAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAA
* *
181956 ACATCCAATTACGTTCTGTTTGAATCAAAAAT
638 ACATCCAATTATGATCTGTTT-AATCAAAAAT
*
181988 AAAAAAA-TCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCATTCAAAGCGAGTAACTAGCCTTTC
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGCCTTTC
* * * *
182052 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
*
182116 AAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAGATGAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAT
130 AAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAA-AT-A-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAT
* * * * * ** * * *
182181 TTATAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAATCTTTCGAATGTATGAGCGACTATAAGT
192 ATATAAGACTATAAAACCATTCAAAG-CAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAAT
** * ** * *
182246 -GATCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTCCAAGATAAAAATCCAATTATCAT
256 GGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCACATTTTCCAAGGCAAATATCCAATTATGAT
* * * * * ** * *
182310 ATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTACATGATTCTAAATCATTTAAAG
320 CTGTTTTAA-CAAAAAAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTACAAAATTATAAATCATTGAAAG
* * * ** * * * * * *
182375 CAAGTAACAAGCCATTCCAAGGCATGAGTGACAATAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGGAT-AGCT
384 CAAGTAACTAGGCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGA-CT
** * ** * * * *
182439 TTTTCTTCATGTTTTCGAAGGCCAACATCTAATTATGATTTGTTTTAACTAGAAATTAAAAAAAA
448 TTCACTTCATGTTTTTG-AGGTAAAAATCCAATTATGA-ATGTTTTAACTA-AAAATAAAAAAAA
* * * * * * *
182504 -TTAACTTAAAATTAA-TTATAAGACTAT-CAATAAATCAAAGAGAGTAACTAGCCTTTCGAAGG
510 TTTAACTTAAAA-TAATTTATAAGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGTCTTTC-AAGG
* ** * * *
182566 TATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTCTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCTTGAGAC
573 CATTAGTGACTATAAATGA-ACTTT-TTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGC
*
182630 AAACATCCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAT
636 AAACATCCAATTATGATCTG-TTTAA-TCAAAA--AT
* * * * * * * *
182667 AACAAAAATTCAACTTAAGATCATTTATAAGATCTCA-AAA-CTGTTTATAGCGACTAACCAACA
1 AA-AAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAA-AACT-ATAAATC-ATTTAAAGCGAGTAACTAGCC
* * * * * * ** *
182730 TTTGGAAGGTATAAGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTATCAATGGATGATTTTTGCTTCACGCTT
62 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * *
182795 CCCAATGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACC-AAA-AAAAAAAAGTCAACTTAAAATTAT
127 CCTAAGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAT
* * * *
182858 ATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TGAGGC-TTCGAAGGCATGA-TGACTATAAA
192 ATATAAGACTATAAAACCATTCAAAGC-AGTAACT-AGCCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAA
* * * * * * * * *
182920 TGGACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTT-TACTTCACATTTTCCAATGTAAACATCAAATTATGA
255 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGA-TTCACATTTTCCAAGGCAAATATCCAATTATGA
* * * * ** *
182984 CCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAATTCATTTTTAAAGTTATAAAATCACTT-AA
319 TCTGTTTTAACAAAAAAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTACAAAATTAT-AAATCA-TTGAA
* * * * *
183048 AGCAAGTAACTAGGCTTCTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTTA
382 AGCAAGTAACTAGGCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
183101 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1447, Mismatches: 282, Indels: 122
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
674 35 0.02
675 248 0.17
676 245 0.17
677 558 0.39
678 196 0.14
679 30 0.02
680 6 0.00
681 28 0.02
682 100 0.07
683 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (668 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATAAAACTATAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGCCTTTC
GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA
AGGCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCATATAT
AAGACTATAAAACCATTCAAAGCAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACT
TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGATTCACATTTTCCAAGGCAAATATCCAATTATGATCTGTTT
TAACAAAAAAGAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTACAAAATTATAAATCATTGAAAGCAAGTAA
CTAGGCTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCACTTC
ATGTTTTTGAGGTAAAAATCCAATTATGAATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAA
ATAATTTATAAGATTATAAAATTATTGAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCAAGGCATTAGTGACTAT
AAATGAACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATCCAATTATG
ATCTGTTTAATCAAAAAT
Found at i:182982 original size:165 final size:168
Alignment explanation
Indices: 182796--183099 Score: 413
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
182786 TTCACGCTTC
* * * *
182796 CCAATGCAAACATCCAATTATGATATATTTTAACCAAAAA-AAAAAAGTCAACTTAAAATT-ATA
1 CCAATGCAAACATCAAATTATGACATATTTTAACAAAAAATAAAAAAATCAACTT-AAATTCATA
* *
182859 TAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TGAGGCTTC-GAAGGCATG-ATGACTATAAA
65 TATAAAG-TTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAACT-AGGCTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAA
182920 TGGACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTTTACTTCACATTTT
128 TGGACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTTTACTTCACATTTT
* * * * *
182961 CCAATGTAAACATCAAATTATGACCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAATTCATTT
1 CCAATGCAAACATCAAATTATGACATATTTTAACAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAATTCATAT
* * *
183026 TTAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAACTAGGCTTCTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGG
66 ATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAACTAGGCTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATGG
183091 ACTTTTCTT
131 ACTTTTCTT
183100 ACAAANNNNN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 14, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 38 0.32
166 47 0.39
167 12 0.10
168 22 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
CCAATGCAAACATCAAATTATGACATATTTTAACAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAATTCATAT
ATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAACTAGGCTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGTCAGTTGATAGATTTTACTTCACATTTT
Found at i:183310 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 183271--183388 Score: 166
Period size: 35 Copynumber: 3.4 Consensus size: 35
183261 TTGATCCTGA
183271 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
* * * *
183306 GAAAAGCCATTGTTAAAGGTTGTGGTTAAGCCTTT
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
183341 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAG-CTTGT
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTT-T
**
183376 GAAATGCCATTGT
1 GAAAAACCATTGT
183389 AAAAGCTTGG
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 10, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.04
35 69 0.96
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
Found at i:184005 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 183683--184099 Score: 472
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 174
183673 ACCAACAACA
* ** * * *
183683 AATCATAATTGGATGTTTGCCTCAGGAAATATGAAGTGAAATCTATCGATT-AATAAGAAAAGTC
1 AATCATAATTGGATGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATTGACT-AGAAAAGTC
* *
183747 CATTTATATAGCCACTCATGCCTTCAAAATACTAGCTACCTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
65 CATTTATATAGCCACTCATGACTTCAAAAGACTAGCTACCTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
* *
183812 TAAATAATTTTAAGTTGAATTT-TGTTCTCATTTTT-TATTAAAGCAT
130 TAAATAATTTGAAGCTGAATTTGTGTTCTCATTTTTCTA-T--AGCAT
* * *
183858 -ATCATAATTGGATGTTTGCTTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCAATTGACTAGAAAAGTTC
1 AATCATAATTGGATGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATTGACTAGAAAAGTCC
* * * * * *
183922 A-TT-TATAGCCACTTATGACTTTAAAGGACTAGTTA-CTCACTTTCAATGGTTTTATGATCTTA
66 ATTTATATAGCCACTCATGACTTCAAAAGACTAGCTACCT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
* * *
183984 TAAATTATTTGAAGCTGAATTTGTTTTTTCATTTTTCTATAGCAT
130 TAAATAATTTGAAGCTGAATTTGTGTTCTCATTTTTCTATAGCAT
* * * *
184029 AGATCATAATTGGATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATAGACAAGAAAAGT
1 A-ATCATAATTGGATGTTTG-CTTCAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATTGACTAGAAAAGT
*
184093 CTATTTA
64 CCATTTA
184100 CAGATACTCA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 30, Indels: 18
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.03
172 67 0.33
173 67 0.33
174 60 0.30
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (174 bp):
AATCATAATTGGATGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATTGACTAGAAAAGTCC
ATTTATATAGCCACTCATGACTTCAAAAGACTAGCTACCTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
AAATAATTTGAAGCTGAATTTGTGTTCTCATTTTTCTATAGCAT
Found at i:184130 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 183684--184609 Score: 522
Period size: 173 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
183674 CCAACAACAA
* ** * * * *
183684 ATCATAATTGGATGTTTGCCTCAGGAAATATGAAGTGAAATCTATCGATTA-ATAAGAAAAGTCC
1 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATC-AATAGACAAGAAAAGTCT
** * *
183748 ATTTATATAGCCACTCATGCCTTCAAAATACTAGCTAC-CTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
65 A-TT-TATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTC-ACTTTCAATGGTTTTATAATCTTA
* *
183812 TAAATAATTTTAAGTTGAATTTTGTTCTCATTTTTTATTAAAGCAT
127 TAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATT-AAGCAT
* * * *
183858 ATCATAATTGGATGTTTG-CTTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCAATTGACTAGAAAAGT-T
1 ATCATAATTGGATGTTTGCCTT-AGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATAGACAAGAAAAGTCT
* * * *
183921 CATTTATAGCCACTTATGACTT-TAAAGGACTAGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATGATCTTAT
65 -ATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGG-CTAGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTAT
* * *
183985 AAATTATTTGAAGCTGAATTTGTTTTTTCATTTTTCTA-T-AGCAT
128 AAATAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTTCATTTTT-TATTAAGCAT
* *
184029 AGATCATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATAGACAAGAAAAGTC
1 --ATCATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATAGACAAGAAAAGTC
* ** * * * *
184094 TATTTACAGATACTCATGCCTTCGAAA-GCTTAGTTACTCACTGTCAACGATTTTATAATCTTAT
64 TATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGGC-TAGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * * *
184158 ATATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTC-TTTTTTGGTTAAAACAA
128 AAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTT-ATT-AAGCAT
* * ** *** *
184202 ATCATGATTCGATGTTTGCCTCTA-GAAAGGTGAATTGAAAGC---CAATATTGATAAGAAAAGT
1 ATCATAATTGGATGTTTGCCT-TAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATA--GACAAGAAAAGT
* * ** * * ** * * * *
184263 CCATTTACAATCATTCATGCCTTTAAAA-AATCAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTA
63 CTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGGCT-AGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTA
* **** * * * * *
184327 TAAATGATTTTAAAACAAACTTTTATTTTTTATTTTTTGCTAAAACAG
127 TAAATAATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTTTTCATTTTTT-ATTAAGCAT
* * * * * * *
184375 ATCAT-ATT---TGTCT-CCGTA--CACT-TGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGAGAAGAAAAG-CT
1 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTA-TCAATAGACAAGAAAAGTCT
* * * ** * * * * *
184430 CATTTATAGTCGCTCATGCTTTTGAAAGGCTAGTTACTCGCTTTGAAT-GATTTATAATCTTGTT
65 -ATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * * *
184494 AATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAG
129 AATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATT-AAGCAT
* * * ** * * *
184538 ATCATACTTGGATGTTTTCCTT-GAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACTAA-AAAAGTC
1 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATAGAC-AAGAAAAGTC
184601 TATTTATAG
64 TATTTATAG
184610 TCAATTTAAA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 120, Indels: 91
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 24 0.04
164 6 0.01
165 34 0.06
166 46 0.08
167 7 0.01
168 11 0.02
169 7 0.01
170 79 0.13
171 79 0.13
172 82 0.14
173 148 0.25
174 64 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATCATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCAATAGACAAGAAAAGTCTA
TTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAAA
TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAGCAT
Found at i:184691 original size:142 final size:144
Alignment explanation
Indices: 184480--184753 Score: 392
Period size: 142 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
184470 CTTTGAATGA
* * * * *
184480 TTTATAATCTTGTTAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGATCATAC
1 TTTATAATCTTATAAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATCATAA
* * * * *
184545 TTGGATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACTAAAAAA-GTCTATTTATA
66 TTGGATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGA-GAAAAAATGTCAATTTATA
184609 GTCAATTTAAATGGT
130 GTCAATTTAAATGGT
* * *
184624 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTT-TA-TTTTTTTTCATTTTTTATTAAAATAGATCATAA
1 TTTATAATCTTATAAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATCATAA
*
184687 TTGGATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGTGAAAATCATCCATTGAGAAAAAATGTCAATTTATAG
66 TTGGATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGAGAAAAAATGTCAATTTATAG
184752 TC
131 TC
184754 GCTCATACCT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 14, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 6 0.05
142 83 0.72
143 1 0.01
144 25 0.22
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (144 bp):
TTTATAATCTTATAAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATCATAA
TTGGATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTGAGAAAAAATGTCAATTTATAG
TCAATTTAAATGGT
Done.