Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397433.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_331.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18644
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 2799 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1267 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2705 Score: 1804
Period size: 171 Copynumber: 15.8 Consensus size: 171
* * * * *
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * *
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTAT
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*
130 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* * * * * *
172 AAAGCCTTAGTACTTAGC-TTAAATGGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAAGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * ** * *
236 TTACATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTATGTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGGCA
64 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* *
301 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC----ATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * * ** *
348 AAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * ** *** *
413 ACATTTTTCT-TTAAAACAGACCATCATTGAATG-CTTGCCTCAATAAATGTTTGGAAAAAGCCA
66 ACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * ***
476 TTTATTGAG-AAGAAAACTCCATTTATAGT-TTTTCATTCCTTCA
129 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* ** * * * *
519 AAAGTCTTATTACTCTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
583 ATATTTTTTGTTGAAACAGAGTA-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAGAAAGGCAT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGGCAT
* *
646 TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * * * *
688 AAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *** * * * * **
753 ATATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGGAATATGAAGCAAAAGCCAAC
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * ** *
818 CATTAGCATGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
** * * * * *
859 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAAACTGATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * ** *
923 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAT
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * *
988 TCATTAGTAACAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
*********** * *
1030 AAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNNNT-ATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * *
1094 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAATAAACATGAACAAAAAGGCA
64 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
1159 TTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* **********
1203 TAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
1268 ACATTTTTCATTAAAA-AGGACTATAATTGAATG-CTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCA
66 ACATTTTTTGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
** *
1331 TTCATTGAG-ATA-AAAAGTCCATTTATAGTCTTC-ATTCCTTTA
129 TTCATTG-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* ********** * * *
1373 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * * * * *
1438 ACACTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTTCCTCTAGGAACATGAAGAAAAACGAATT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * *
1503 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACC-ATTCCTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCA
********** * * ***
1544 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGCCAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTT
* * ** ** *
1609 TA-ATATTTTTGATTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGC
65 TACAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *************
1673 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATNNNNNNNNNNNNNTTCA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * * **
1717 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCAT-ATAATTAATTTTAAGTTGAAAGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** ** * * * *
1781 TACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTCGAGAAACGT-ATAGAAAAAGCC
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGC
* *
1844 ATTCATCGAG-ACA-AAAAG-CCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCA
128 ATTCATTG-GCA-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* ********** * *
1888 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
1953 ACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAACAATGTATT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
*
2018 CATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAACC-ATTCCTTTA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCA
********** * * * *
2059 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * ********** ** * **
2124 TATATTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAATACAT
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* *
2189 TCATTGGCATA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
********** * * * *
2231 AAAGNNNNNNNNNNCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
2295 ACATTTTATCTT-AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAAGCAT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCAT
** * * *
2359 TCATTGATAAGCAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
********** * * * ** *
2401 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTAAGTCAAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
2466 ACATTTTTGGTTAAAATAGACTA-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * *
2530 CATTGGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCCTTTA
131 CATT--GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * *
2573 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
2638 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAGACAT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCAT
2703 TCA
130 TCA
2706 CTACTTATAA
Statistics
Matches: 1934, Mismatches: 533, Indels: 131
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 138 0.07
170 293 0.15
171 679 0.35
172 478 0.25
173 195 0.10
174 17 0.01
175 67 0.03
176 65 0.03
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
Found at i:1506 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1--2670 Score: 1944
Period size: 514 Copynumber: 5.2 Consensus size: 511
* * * * * *
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTCAATTTTTTTA
* * * * *
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAGGCATT
* * * *
131 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTAGC-TTAAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAA
* * * * * * * * *
195 TGGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAAGTTTTTTTACATTTTT-AGTT-AAAAGATA
194 TAGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAAG-GA
* * * * * *
258 TTATAATTGAATGTCTATG--TCAAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATT-AGCA-AGAAAAGT
256 CTATAATTGAATG-CT-TGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-ATA-AAAAGT
** * * * * * *
319 CCATTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATCA-TTTTATAAT
317 CC----ATTTATAGTC-TTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTACAAA
* * * * *
383 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCTTTAAAACAGACCATCATTGAATG-
376 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATGT
** ** * * * * * **
446 CTTGCCTC-AATAA-ATGTTTGGAAAAA-GCCATTTATTGAG-AAGAAAACTCCATTTATAGTTT
440 CTT-CCTCTAGGAACATG--AAGAAAAACG-TATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAATCA
**
507 TTCATTCCTTCA
500 ACCATTCCTTCA
* ** * * * *
519 AAAGTCTTATTACTCTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA-ATTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTCAATTTTTTTA
* * * *
583 ATATTTTTTGTTGAAACAGAGTA-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAGAAAGGCATT
66 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAA-TGAAGAAAAAGGCATT
* * *
647 CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAT
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * ** *
712 AGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACTAT
195 AGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGGACTAT
* * * * * * * ** * *
777 AATTGAATG-TCTACCTTGGGGAATATGAAGCAAAAGCCAACCATT-AGCATGAAAAGTTCATTT
260 AATTGAATGCT-TGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-ATAAAAAGTCCATTT
* ** *
840 ATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTACAAACTGATAATTG
323 ATAGTC-TTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTG
* * * * * * *
904 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCT-TAA
386 ATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCTAG
* * * *
967 GAA-ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAACAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCA
450 GAACA--TGAAGAAAAACGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCA
************
1030 AAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNNNTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG-TCAATTTTTTT
* * * * ** * *
1095 TACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAATAAACATGAACAAAAAGGCAT
65 AATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAGGCAT
* *
1160 TCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAA
129 TCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ********** *
1225 ATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGGACT
193 ATAGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGGACT
1290 ATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGATAAAAAGTCCATTT
258 ATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGATAAAAAGTCCATTT
* **********
1355 ATAGTCTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGAT
323 ATAGTCTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTGAT
* * * *
1420 TTTACGTTGAATGTTTTTACACTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTTCCTCTAGGAA
388 TTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCTAGGAA
*
1485 CATGAAGAAAAACGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCA
453 CATGAAGAAAAACGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCA
********** *
1544 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGCCAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAT-GTC-AATTTTTT
* * * * *
1609 TAATATTTTTGATTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGCA
64 TAATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAGGCA
* *************
1674 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATNNNNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
1739 ATAGTTTTATAATCATATAATTAATTTTAAGTTGAAAGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGG-C
193 ATAGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AGGAC
* * * *
1803 TATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATCGAGACAAAAAG-CCTAT
257 TATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGATAAAAAGTCC-AT
* ***********
1867 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATT
321 TTATAGTCT-TCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATT
* *
1932 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTCGAG
385 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCTAG
* * * * * * *
1997 AAACATGAAGAACAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCAACCATTCCTTTA
450 GAACATGAAGAAAAACGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCA
**********
2059 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAT-GTCAATTTTTTT
* ********** * **
2124 TATATTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAATACAT
65 AATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAGGCAT
* ********** * *
2189 TCATTGGCATA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTCTAA
129 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
2253 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTATC-TTAAACA-GA-
193 ATAGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTT-TCATTAAAAAGGAC
* **
2314 TAATAATTGAATG-TCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAAG-CATTCATT--GATAAGCAAAG
257 T-ATAATTGAATGCT-TGCCTCGAGAAACATGTAG--AAAAAGCCATTCATTGAGATAA--AAAG
* ** * ********** * **
2375 TCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTACAATTTCA
316 TCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTCA
** * *
2440 TAATTGATTTTAAGTCAAATATTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATAGACTA-AATTGAATGTCTAC
380 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTC
* * * * *
2503 CTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC-ACCGA
444 CTCTAGGAACATGAAGAAAAACG-TATTCATT--GGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAATCAACC-A
*
2565 TTCCTTTA
504 TTCCTTCA
* * * * * *
2573 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG-TCAATTTTTTT
*
2638 -ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
65 AATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
2671 CCTATCTCAA
Statistics
Matches: 1726, Mismatches: 375, Indels: 107
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 183 0.11
512 83 0.05
513 164 0.10
514 575 0.33
515 513 0.30
516 127 0.07
517 25 0.01
518 52 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTCAATTTTTTTA
ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATGAAGAAAAAGGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTATAATCACAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGGACTATA
ATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGATAAAAAGTCCATTTATA
GTCTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATATTTTTACACTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCTAGGAACAT
GAAGAAAAACGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCA
Found at i:1691 original size:858 final size:855
Alignment explanation
Indices: 1--2696 Score: 2021
Period size: 858 Copynumber: 3.1 Consensus size: 855
*
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCAACTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTT
* *
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
* * * * *
131 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTAGCTTAAAT
131 CATTAGCAACAAAAGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAGCTTAAAT
* *
196 GGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGATATTA
196 GGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
* ** * * *
261 TAATTGAATGTCTATGTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
261 TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC---TA
* * *
326 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAAT
323 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAAT
* *
391 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACCATCATTGAATGCTTGCCTCAA
388 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCATAATTGAATGCTTGCCTCAA
* ** * * * *
456 TAAATGTTTGGAAAAAGCCATTTATTGAGAAGAAAACTCCATTTATAGTTTTTCATTCCTTCAAA
453 GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAACTCCATTTATAGTTCTTCATTCCTTCAAA
* * *
521 AGTCTTATTACTCTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTAATA
518 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTAACA
* * ** * * *
586 TTTTTTGTTGAAACAGAGTAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAGAAAGGCATTCATT
583 CTTTTTGTTAAAACAGACAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAACGAATTCATT
* * *
651 GGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTT
648 GGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
*** *
716 TAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATT
713 TAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCCAAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGACTATAATT
* * * *
781 GAATGTCTACCTTGGGGAATATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCATGAAAAGT-TCATTTATAGT
778 GAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCAACCATTAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT
845 CACTCAAGCCTTTA
842 CACTCAAGCCTTTA
* * *
859 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA-CAAACTGATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATC-AACTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTT
* **
923 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAG-TGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTA
65 TACATTTTTTATTAAAACAGATTAT-AGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* *
987 TTCATTAGTAACAAAAG-TCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
129 TTCATTAGCAACAAAAGTTC-ATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAGC-TT
************ * *
1050 NNNNNNNNNNNNTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
192 AAATGGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* *
1115 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAATAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAAGTCC
257 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAG-AAAAGTCC
* * ** *****
1180 -ATTTATAGTCACCTATTCCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNN
321 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATA
***** *
1244 NNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AGGACTATAATTGAATGCTTGCCT
386 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-GACCATAATTGAATGCTTGCCT
* *
1308 CGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGATA-AAAAGTCCATTTATAG-TCTTCATTCCTT
450 CAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGA-AGAAAACTCCATTTATAGTTCTTCATTCCTT
* ********** * **
1371 TAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTT
514 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAAT-TTT
* * * *
1436 TTACACTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTTCCTCT-AGGAACA-TGAAGAAAAACG
578 TAACACTTTTTGTTAAAACAGACAA-AATTGAATGTCTACCT-TGA-GAAAAGTGAAGAAAAACG
* * **********
1499 AATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNN
640 AATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
1564 AAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGGCCAAATTTTTTTAATATTTTTGATTAAAACA
705 AAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGCCAAAGTTTTTT-ATATTTTTGATTAAAAAA
* * * * ** *
1629 GATTATTATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC
768 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-GCCAACCATTAGCAAGAAAAGTC
************* *
1693 TATTTATNNNNNNNNNNNNNTTCA
832 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * **
1717 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AA-TCATATAATTAATTTTAAGTTGAA-AGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCAACTC--ATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTT
* ** * * * *
1779 TTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTCGAGAAACGT-ATAGAAAAAG
63 TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAG
** * * * * * *
1842 CCATTCA-TCG-AGACAAAAAG-CCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-
126 GTATTCATTAGCA-AC-AAAAGTTC-ATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCA
* ********** * * * *
1903 TCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACACTTTTTA-TTA
188 GC-TTAAATGGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAAGTTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* * * * * * * * * * * *
1966 AAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAACAATGTATTCATTGGCAAGAAA
251 AAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
* * ********** ** *
2031 AG-CCTATTTATAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATTATC
316 AGTCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATC
* * * * * ** **********
2095 TCAAAATTGATTTTATGGTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATG-T
381 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCATAATTGAATGCT
* ** * * ** * * **
2159 CTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAATACATTCATTG-GCATA-AAAAGTCTATTTATAG-TCACC
445 -TGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-A-AGAAAACTCCATTTATAGTTC-TT
********** * * *
2221 CATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
506 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTC
* * * * *
2286 AAATTTTTTACA-TTTTATCTT-AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-TAAAG
571 AAATTTTTAACACTTTT-TGTTAAAACAGACAA-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AGTGAAG
* * * * * *
2348 AAAAAAAGCATTCATT-GATAAGCAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATN
633 -AAAAACGAATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********* * * * * * * * *
2412 NNNNNNNNNAAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTAAGTCAAA-TATTTTTACATTTTTGG
696 ACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCCAAAGT-TTTTTATATTTTTGA
* ** * * ** *
2476 TTAAAATAGACTA-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGGCA
760 TTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCAACCATT--AGCA
**
2540 AGAAAAGT-TCATTTATAGTCAC-CGATTCCTTTA
823 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTA
* * * * *
2573 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCAA-CTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTT
** * * * * *
2636 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA
64 TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
2697 AGACATTCAC
Statistics
Matches: 1469, Mismatches: 322, Indels: 96
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 1 0.00
854 94 0.06
855 194 0.13
856 335 0.23
857 268 0.18
858 562 0.38
859 15 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (855 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCAACTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTT
ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
CATTAGCAACAAAAGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAGCTTAAAT
GGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCTATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAA
ACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAACTCCATTTATAGTTCTTCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTAACACTT
TTTGTTAAAACAGACAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAACGAATTCATTGGA
AAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGCCAAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCAACCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTA
Found at i:5800 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5190--6212 Score: 850
Period size: 172 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
5180 GGGTGCTACA
* * **
5190 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATA
* * * *
5254 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCA-CTAAAACAAACTATCATTGAAT
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT-TTAGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * *
5318 GCCTAGCTTAGGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG
128 GCCTACCTTAAGAAACGAGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
*** * *
5361 AAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAG-TCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * ** * * *
5426 TCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACAATTTCCA-TTCAAATAGACTATAATTGAATG
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-ATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * *
5490 TCTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAACACATCCGTTGATAAG
129 CCTACCTTAAGAAACGAGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * *
5532 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGTACTTTAAAT-AGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGA-TTTTAT
* ********** * * * *
5595 TATCTCAANNNNNNNNNNAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTAAA
63 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
5660 TGTCTACATCAAGAAACGAGAA-AAGAAAGACATTCATTGACAAG
127 TGCCTACCTTAAGAAACGAGAAGAA-AAAGACATTCATTGACAAG
* * * *
5704 AAAAGTCCATTTATAATCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * *
5769 TGTGAAAATTGATTTTATGTTCAACTTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTCACTA
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
5834 CCTACCTTAAGAAAC-ATTAAGAAAAATACATTCATT-AGCAAG
129 CCTACCTTAAGAAACGA-GAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAG
** * *
5876 AAAAGTATATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
** * * * *
5941 TCTCATAAA-CAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGCTTAAACAGATTATAATTAAATG
65 TCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ** *
6005 CCTACCTTGACAAAC-ATGAAGAAAAAAAGTATTCATTGGTATG
129 CCTACCTTAAGAAACGA-GAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAG
* *
6048 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTCACTCAATTTAAATGATTTTACA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
6112 ATCTTATAATTGATTTTAAG-TCAAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTA-AATTGAAT
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * *
6175 ATCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
128 GCCTACCTTAAGAAACGA-GAAGAAAAAGACATTCATTG
6213 GTAAGAANNN
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 157, Indels: 45
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.01
171 296 0.44
172 358 0.53
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATGCC
TACCTTAAGAAACGAGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
Found at i:6042 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5198--6212 Score: 1016
Period size: 343 Copynumber: 3.0 Consensus size: 341
5188 CAAAAAGTCC
* * *
5198 ATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
1 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
** * * * * * *
5262 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCA-CTAAAACAAACTATCATTGAATGCCTAGCT
65 A-CAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT-TTAGCTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCT
* * * * * ** *
5326 TAGGAA-ATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTCCTT
128 TAGAAACATGAG-AAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
* * *
5390 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTT
192 CAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTT
* * * * * *
5454 TGTACAATTTCCA-TTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAACA
257 TTTAC-ATTT-TAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACA
* * * *
5518 CATCCGTTGATAAGAAAAGTCT
320 CATTCATTGACAAGAAAAGTAT
* * *
5540 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGTACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAN
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-
********* * * * *
5604 NNNNNNNNNAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACAT
64 AACAATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCT
* * *
5669 CAAGAAAC--GAGAAAAGAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCATCCATTCTT
128 -TAGAAACATGAGAAAA-AAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT
* * * * * *
5732 TCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATTATGTGAAAATTGATTTTATGTTCAACTTT
191 TCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAATTT
* * * * * * *
5797 TTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTCACTACCTACCTTAAGAAACATTAAGAAAAATA
256 TTTTACATT-TTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACA
5862 CATTCATT-AGCAAGAAAAGTAT
320 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTAT
* **
5884 ATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA-A
* * *
5948 AACAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGCTTAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTT
64 AACAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTT
* * ** * *
6013 GACAAACATGAAGAAAAAAAG-TATTCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
129 -AGAAACATG-AGAAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
*
6077 CAAAAGCCTT-TTCACTCA-ATTTAAATGATTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAG-TCAAATT
192 CAAAAGCCTTATT-ACTCACA-TTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAATT
* * *
6139 CTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTA-AATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
255 TTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
*
6203 GCATTCATTG
319 ACATTCATTG
6213 GTAAGAANNN
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 109, Indels: 45
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 102 0.19
343 213 0.39
344 212 0.39
345 7 0.01
346 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
CAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTTAG
AAACATGAGAAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTA
CATTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCA
TTGACAAGAAAAGTAT
Found at i:7210 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6517--10509 Score: 3417
Period size: 171 Copynumber: 23.4 Consensus size: 170
6507 NNNNNNNNNN
* * *
6517 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
6582 GAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGA
66 GAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
* ** *
6647 AAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAC
131 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** *
6687 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGACATAATTAATTTTAAGT
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
6752 TGAATTTTTTTATATTTTTCATT-AAACAAACTATTATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACGTGTA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAA
* * *
6815 G-AGAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTAT
129 GAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-AC
** * ** *
6858 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTACCATCTCATAATTGATTTTAAGTC
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
6923 GAAGTTTTTTACT-TTTTT-AGTTAAAACAGACTA-AACTGAATGTCTATCTCAGGAAATGTTAA
66 GAATTTTTTTA-TATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
* * * *
6985 GGAAAAGGCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** *
7027 TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
7092 TGAATGTTTTTATATTTTTCATTGAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* * ** *
7157 AAAAATGTATTTGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATC
130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
** * * * *
7199 CATTTTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCACATAATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** **
7264 GAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGCAA-
66 GAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAG
* * * *
7328 AAAAAACCATTCATTGAG-AACAAAAGTCCATTTAAATTCAAC
130 AAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-AC
* *
7370 CAGT-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * *
7434 GGAAGTTTTTTATGGTTTTGTTTAAAACAGACTA-AATTGAATGTCTACTTCGAGAAAGGTGAAG
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* **
7498 AAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACC
130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
* * * * * *
7539 CATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCAAAATTGATTTTACGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
7604 GAATGTTTTTACATTGTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTAA-AAACGTGAAG-
66 GAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
* ** * *
7667 AAAAAGACATTTATTCATCAA-AAAAATCTATTTATAGTCAC
131 AAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** *
7708 TCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTACT-ATGTCAAAACAGATTTTATG
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * *
7772 GTCTATTTTTTTATTATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTG
64 TTGAATTTTTTTA-TATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG
* * * *
7836 AAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGACAGTCACC
127 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
** * * *
7881 CATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
7946 AAATTTTTTTAT-TTTTTGGCTT-AAATAGATTATAGTT-AATTGTCTACCTCTAGAAACATGAA
66 GAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
* * * *
8008 GAAAAAAAGTAATCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
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* * *
8053 CAATT-CTTGAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
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* * * * * * * * ** * *
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*
8179 GAAAAAAGCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** ** * *
8392 CTATTTTTTCAAAAATCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * * *
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** * *
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* ** * * * * *
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** * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * **
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* * **
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * ** *
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* * * ** * * * ** *
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* ** * ** * * * * *
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*** *
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** * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * *
9762 TCATTCCTTCAAAAACCTTATTA-TTGACTATAAATGGTTTTACT-ATCTGAAAATTGATTTTAT
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* * * * ** *
9825 GTTCAATTTTTTTAACATTTTT-AGTTCAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
63 GTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
* * *
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* * *
9933 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGA
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * * * * *
9997 TTTAATTTTTTTATACTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATGTAAA
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* * * *
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* * * * *
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1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAG
* * * ** * *
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* ** * * *
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*
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * * *
10341 G-GCTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATG-CTTGCCTCAGGAAATC-T-AT
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* * * * *
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* * * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
10510 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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Found at i:7478 original size:341 final size:338
Alignment explanation
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6507 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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** * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * **
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* *
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* *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * **
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*
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
8627 GAATACTTTTACATTTTTTG-TTAAATCAGATTATAATTGAAAGTCCACCTT-AGGATACATGAA
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* *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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*
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* * **
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGT
* * * * **
8968 TCAATTTTTTTACATTTTTGGCTT-AAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAA
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* * * * * *
9032 GAAAATAAGGATTCAATGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGTCTTATT
128 -AAAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
9097 ACTCACTTTAAAAATGGGTCTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTTAA-TTTTTTCA-CATTA
190 ACTCGCTTT--AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAGTTTTTT-ATAATT-
* * * * *
9159 TTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGAACAAGATATTTATTG
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* *
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* * * * *
9249 TATTCCTTCAAAAGCATTAATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGT
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* * * * *
9313 TGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAACAGATCACAATTGATTGTCTACTTTGAGAAACGTGAAG
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* * * * * * * *
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129 AAAAAG-CATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * ** * * * * *
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** * * * * ***
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* * *
9571 AAATA-TCCATTTATAGTCTCT
318 AAA-AGTTCATTTATAGTCACC
** * * * *
9592 CATTCCTTCAAAAATCTTATTA-TTGACTGTAAATGG-TTT-T-ATCTCAAAATTGATTTTATGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** *
9653 TTAGTTTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAA
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* *
9718 GAAAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTA
125 GAAAAAAAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
9782 TTA-TTGACTATAAATGGTTTTACT-ATCTGAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTA-ACATT
188 TTACTCG-CTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATA-ATT
* * * ** *
9844 TT-TAGTTCAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTG
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* * * * *
9908 GTAA-AACAAGTCCATTAATAGTCTCT
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* * *
9934 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGAT
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* * * * * * ** *
9998 TTAATTTTTTTATACTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATGT-AAA
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191 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAATTTTGTT
* * ** * * **
10191 TAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGATACAT-AGAGAAAAAGGCATTCATTAACAAG
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* *
10255 AATAG-TCTATTTATAGCCACC
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*
10276 CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
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** * * * * * * *
10341 GGCTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATG-CTTGCC-TCAGGAAATCTATG-
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* *
10466 TACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
189 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
10510 NNNNNNNNNN
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AAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAATTTTGTTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
ATTTATAGTCACC
Found at i:7534 original size:511 final size:510
Alignment explanation
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6507 NNNNNNNNNN
* * * *
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** * * *
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** *
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** * * *
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* * * * * **
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* * * ** * **
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * **
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* *
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* * * ** *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * *
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66 GAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
* ** * * * *
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* * * * ** *
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194 TCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAT-GT-TGAATTTTTTATAT-TTTTTA
* ** * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
7923 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGGCTT-AAATAGATTATAGTT-AA
382 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
7985 TTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAAGTAATCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
446 -TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
8050 ACC
508 ACT
* * * * * *
8053 CAATT-CTTGAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * ** * *
8117 CGAA-GTTTGTTTCA-TTTTGGTTAAAACAAACTA-AACTAAATGTCTACCTTGATAAACGTAAA
65 TGAATGTTT-TTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
* * *
8179 GAAAAAAGCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
129 G-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * **
8244 CTT-GCTTTAAATAGTTTTACAAACTGATAATTGATTTTGA-GTTAAATTTTTTAAATTTTTGGT
193 -TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ATGTTGAATTTTTTATATTTTTTAT
* * * * *
8307 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTG-GTAA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC--G-TGAAAAAAAACATTCATTGAGCAA
* ** ** * *
8371 GAAAAGTCCATTTATGGT-AACCTATTTTTTCAAAAATCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTAC
318 GAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * * *
8435 AATCTCATAATTGA-TTTAAGTCGACGTTTTTAATATTTTTATTTAAAATAGACTA-AATTAAAC
382 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
8498 GTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTTAC-
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* ** *** * * *
8561 CTATTCCTTTAAAAGCCCGATTACTTGTTTTAAAAGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
** ** * * * * * * *
8626 TGAATACTTTTACATTTTTTGTTAAATCAGATTATAATTGAAAGTCCACCTTAGGATACATGAAG
65 TGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* * *
8691 AAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAA
130 AAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAT
* * * * * * * *
8756 TCTCTTTAAATGCTTTTATTATGTCAAAATTGATTTTATGTTCAACTTTTTT-TCATTTTCTGTT
194 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTAT-ATTTTTTATT
*
8820 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATT-AGCAAAA
257 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAA-ACATTCATTGAGCAAGA
** * * * **
8884 AAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATACTTTTATAAT
320 AAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
8949 CTCA-AATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGCTT-AAATAGATTATAATTGAATA
385 CTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
9012 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATAAGG-ATTCAATGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
448 TCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAA-AAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
9076 T
510 T
* ** * *
9077 -ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAATGGGTCTATAATCTCATAATTGATTTT-AG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT--AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
9140 ATTTAAT-TTTTTCACATTATT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGT
64 -TTGAATGTTTTT-ACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
* * * * * *
9203 GAAGAACAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCATTA
126 GAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
9268 ATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTT
190 TTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTATGTTGAATTTTTT-ATATTTTT
* * * * * * *
9332 GATTAAAACAGA-TCACAATTGATTGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAATGACATTTATTGAT
253 TATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAA-AACATTCATTGAG
* * * * * ** * *
9396 AAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTTATTCTTTTAAAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGATTT
315 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * * ** *
9460 TGTACCCTCA-AATTTAATTTTAAGTTCAA-TCCTTTTATATTTTTGGTTAAGGCAAACTATAAT
379 TATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
9523 TGAATGACTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAATAAGAAATA-TCCATTTATAG
442 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAG
*
9587 TCTCT
506 TCACT
** * * * * *
9592 CATTCCTTCAAAAATCTTATTATTGACTGTAAATG-GTTT-T-ATCTCAAAATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
9654 TAGTTTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAG
66 GAATGTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT---G
* * *
9719 AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATT
127 AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
9784 ATT-GACTATAAATGGTTTTACT-ATCTGAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT-TAACATTTT
192 ATTCG-CTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTAT-A-TTTTT
* * * * * *
9846 TAGTTCAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTG-GT
253 TA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAACATTCATTGAGC
* * * * *
9910 AA-AACAAGTCCATTAATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGCTT
316 AAGAA-AAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
9973 TATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTTAATTTTTTTATACTATTGGTTAAAACAGATTATAATT
379 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAGTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
10037 GAATGTCTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
443 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
10102 AC-
508 ACT
* * * *
10104 CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAATTTGATTTTACGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * ** * ** * *
10169 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGATACAT-AGA
65 TGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-A
** * * * * *
10233 GAAAAAGGCATTCATTAACAAGAATAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
129 GAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** *
10298 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGCTTTTTTAGATTTTTTATTA
193 TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * **
10363 AAACAGACTGTAATTGAATG-CTTGCC-TCAGGAAATCTATGAAAAAATCCAATT-ATTTG-G-A
258 AAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAA-C-GTGAAAAAAAAC-ATTCA-TTGAGCA
* * * * * * *
10423 AAAAAAGTCTATTCATAGTCTAA-CATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
317 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-AACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
10487 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT
381 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT
10510 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2836, Mismatches: 527, Indels: 237
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.00
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Consensus pattern (510 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
GAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAACATTCATTGAGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:11490 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11162--11506 Score: 404
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11152 NNTTTATTAA
* * *
11162 CAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTATTGACTATAAATGGTTTT
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* * * ******
11227 ATCTCAAAATTAATTTTATGTTTAGTTTTTTTAATATTTTTCATTAAAACAGACTATAANNNNNN
66 ATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAGTTCTTTTAATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTAAAT
**** *
11292 NNNNACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAAAGCATTCATTGG
131 GTCTACCTCGAGAAACATAGA-AAAAAAAAGCATTCATTGG
* * *
11333 CAAGAAAAGTCCATTTATACTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTGACTGTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATACTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTAGTGACTATAAATGG--TT
* * * * *
11398 ATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTCTTTTAATATTTTTCGTTCAAAGAGATTACAATTA
64 -TTATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAGTTCTTTTAATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTA
* *
11463 AATGTCTATCTCGATAAACAT-GAAAAAAAAAGCATTCATTGG
128 AATGTCTACCTCGAGAAACATAGAAAAAAAAAGCATTCATTGG
11505 CA
1 CA
11507 CAAAAATTTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 27, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATACTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTAGTGACTATAAATGGTTTT
ATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAGTTCTTTTAATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTAAAT
GTCTACCTCGAGAAACATAGAAAAAAAAAGCATTCATTGG
Found at i:12701 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12411--13462 Score: 1055
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12401 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * * * * ** * *
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*
12540 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
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* * * *
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*
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* * * * *
12711 ATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAGTTAAACCTAAAATC
129 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
* *
12753 AATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAA
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* * * * * *
12818 ATCGACTTTTCTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAGTAAACATTCAATTATA
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* * * *
12883 GTCTGTTTTAACCATAAATAT-TAAAACAACTGAA-TATAAAATA
129 GTCTGTTTTAACCA-AAA-ATGTAAAAAAATTAAACT-TAAAATC
* * * * * * * * *
12926 AATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGACTGAGAAGGCTTTTGAACGAATGAGAGACTATAA
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* * * * * * *
12991 ATAGACTTTTCTTGTAAATAAATACGTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGATATTCAATTATAG
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* * * * *
13056 TTTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAATAATTGAACATAAAATC
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATC
* * * ** * *
13098 AATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAATGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
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* * * * * *
13163 ATGGACTTCTCTAG-CTAATGAATGCTTATTTT-TTCATGTTTTATAAGGTGGACAATCAATTAT
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* * * *
13226 GGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATC
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*
13269 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGAGACTATAA
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* * * ** ** * * * *
13334 ATGAAGTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTTCTAGACGTTTCCTATGGCA-AGCATTTAATTAT
66 ATGGACTTTTCTTGTC-AATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAGA-CATTCAATTAT
* * *
13397 AGTAT-TTGTTAA-CAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTCAAATC
128 AGTCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
13438 AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
13463 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 128, Indels: 41
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 37 0.05
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Consensus pattern (170 bp):
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ATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
Found at i:15422 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15224--16849 Score: 577
Period size: 173 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
15214 AAAAGTCAAT
* * *
15224 TTAAAAT-TAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGG
1 TTAAAATCAAATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * * *
15288 TGGCTATAAATGGACTTTTTGTTTATCAATGAATGCCTTTTTCCCT-ATGTGTCACGAGGTAAAC
65 TGACTATAAATGGAC-TTTT-CTTACCAATGAATGCATTTTT-CCTAATGTGTCACAAGGTAAAC
* *
15352 ATTCAATTGTAATCTATTTTAA-TAAACAATATAAAAAAATTGAAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATT-AAA
* * * * * *
15397 TTAAAATCAAATTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAATGCTTTTGAAGGAATAAGT
1 TTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT
* * * ** * * * * *
15462 GACTCTAAATGCACTTTTCTTACCAATAAATATATTGTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCCTAATGTGTCACAAGGTAAACATTC
* * *
15527 AATTATAATCTGTTTTAACTAATAATGTAAAAAAATTAAA
131 AATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTAAA
* * * * *
15567 TCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGTCATTATTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATA
1 T-TAAAATCAAATTTGAAATTATAAAATCA-T-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * * ** *
15632 GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGACAGA
63 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC--ATTTTTCCTAATGTGTCACAAGGTAAA
* * * * * * **
15697 CATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAGCTAAA
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAAT-ATAAAAAAATTAAA
* * * * * * * ** * * *
15743 CATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAACACTTTTCAAGAAATAAG
1 -TTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * * * * * * * * * * * *
15808 AGACTATAAATAGATTTTTTTTTCTAATAAAT-CTATTTTTCTTCACGTTTCTA-GATGTAGACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-ATTTTTCCTAATGTGTC-ACAAGGTAAACA
* * * * *
15871 TTCAATTATAATCT-GTTTAAATAAAAAAAGTAAAATAAAATTGAAC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATA-T-AAA-AAAATT-AAA
** * ** * **
15917 TTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGCT-ATGAGGCTTTTGAAAAAAT-GG
1 TTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * * * * * *
15980 ATAATTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATTCATTTTT-CTACACGTTTCTCAAGGTAGAC
65 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGCATTTTTCCTA-ATGTGTCACAAGGTAAAC
* * * * * * * * *
16043 AATCAATTATAGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTCAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAA-AAATTAAA
* * * * *
16088 TAAAAATC-AATTATGAGAA-TATAAAA-CTATTT-AAGATGAGTAATAAGACTTTTAAACGAAT
1 TTAAAATCAAATT-TGA-AATTATAAAATC-ATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* ** * * * *** * * * * *
16149 GGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAAATAAATGGGCTTTT-CTACACGTTTCTCGAGACT-
62 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCATTTTTCCTA-ATGTGTCACAAG-GTA
* * * * *
16212 GATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAA-AATATATAAAAAATTTAAC
124 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATA-AAAAAA-TTAAA
* * * * *
16259 TTGAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAGCGAGTGAT-AGAGCTTTTGAAGGAAT-G
1 TTAAAATCAAATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATAG
** * * * *
16320 AAAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAAT-AACTG-AGTTTTT-CTATACGTTTCTCAAGGCA
64 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAA-TGCA-TTTTTCCTA-ATGTGTCACAAGGTA
*** * * * * * * * * * *
16381 GGTATTCAGTGACACTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAGTCAAC
124 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTAAA
* *
16427 TT-AAAT--AATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
1 TTAAAATCAAATT-TGAA-ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
*** * * * ** * * * * * * *
16488 AAAACTATAAATGGACTTTT-TTTCAAATAAATGGGTTTTT-TTACACGT-TAACCGAGATTATC
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCCTA-ATGTGTCA-CAAGGTAAAC
* * * * * * *
16550 ATTTAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTTAAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATTAAA
* * * * * * *
16594 TTAAAATC-AATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGG
1 TTAAAATCAAATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * ** * * * * **
16658 AGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAAATAAATTAATTTTT-TTACACT-TTTCCCGAA-GCACG
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCATTTTTCCTA-A-TGTGTCAC-AAGGTAAA
* * * * * * *
16719 TAATCAATTATAGTCTGTTTTAACGAA-ACATGT-AAAAAATTCAAC
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACA-ATATAAAAAAATT-AAA
* * *
16764 TTAAAATC-AATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
1 TTAAAATCAAATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* *
16827 AAGACTATAAATAGACTTTTCTT
65 -TGACTATAAATGGACTTTTCTT
16850 CTCAATAAAT
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 243, Indels: 137
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 63 0.06
167 63 0.06
168 15 0.01
169 126 0.11
170 184 0.16
171 200 0.17
172 103 0.09
173 231 0.20
174 70 0.06
175 50 0.04
176 36 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCCTAATGTGTCACAAGGTAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTAAA
Found at i:15591 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15118--16961 Score: 1228
Period size: 170 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
15108 NNNNNNNTGG
* * * * *
15118 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATAGGT-TTTTC-CACATGTTT-TCTGAGGAAGA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT--GTATTTTCTTACACGTTTCTC-AAGGTAGA
* * * * * * *
15180 TC-TTCAATTACAGTCTGTTTTAAC-AAAAAGGT-AAAAAAGTCAATTTAAAATTAATTATGAAA
62 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
15242 TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAG
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * * ** ** * * * * *
15287 GTGGCTATAAATGGACTTTTTGTTTATCAATGAATGCCTTTT-TCCCTATGTGTCACGAGGTAAA
1 GAGACTATAAATGGAC-TTTT-CTT-CCAATAAATGTATTTTCTTAC-ACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * *
15351 CATTCAATTGTAATCTATTTTAA-TAAACAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATT-TGAT
62 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC-AATTATGAG
* *
15414 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAATGCTTTTGAAGGAATAA
125 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * *
15460 GTGACTCTAAATGCACTTTTCTTACCAATAAATATATTGTTCTTA-ATGTTTCTCAAGGTAGACA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGTATT-TTCTTACACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
15524 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAATAATGTAAAAAAATTAAA-TCTAAAATCAATTTTGAGATT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
15588 ATAAAGTCATTATTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATAG
128 ATAAAACCA-T-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * **
15633 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTTCTT-TATGTTTCTCAAGACAGA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATG---TATTTTCTTACACGTTTCTCAAGGTAGA
* * ** * *
15697 CATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAGCTAAACATAAAATCAATTTTGAGA
62 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
15762 TAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAACACTTTTCAAGAAATAA
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * * *
15807 GAGACTATAAATAGATTTTTTTTTCTAATAAATCTATTTTTCTT-CACGTTTCT-AGATGTAGAC
1 GAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTCCAATAAATGTA-TTTTCTTACACGTTTCTCA-AGGTAGAC
* * * * * *
15870 ATTCAATTATAATCTG-TTTAAATAAAAAAAGTAAAATAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAG
63 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
15934 ATTATAAAATCATTTAAAATGAGCT-ATGAGGCTTTTGAAAAAAT-G
125 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * *
15979 GATAATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAAT-TCATTTT-TCTACACGTTTCTCAAGGTAGA
1 GA-GACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGT-ATTTTCT-TACACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * ** * *
16042 CAATCAATTATAGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTCACTAAAAATCAATTATGAGAA
62 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * **
16107 TATAAAACTATTT-AAGATGAGTAATAAGACTTTTAAACGAATGG
127 TATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* ** * ** * *
16151 GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAAATAAATGGGCTTTTC-TACACGTTTCTCGAGACT-GA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCAATAAAT-GTATTTTCTTACACGTTTCTCAAG-GTAGA
* * * *
16214 TATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T-AAAATATATAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGA
62 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
16277 TTATAAAACCA-TTCAAGCGAGTGAT-AGAGCTTTTGAAGGAATGAA
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAAT-AA
* * * **
16322 -AGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAACTG-AGTTTT-TCTATACGTTTCTCAAGGCAGGT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGTA-TTTTCT-TACACGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * * *
16384 ATTCAGTGACACTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATATAAAAAGTCAACTT-AAAT-AATTATAAGATT
63 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
16445 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * ** * * * * *
16488 AAAACTATAAATGGACTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTAAC-CGAGATTA-TCA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGTATTTTCTTACACGTT-TCTCAAG-GTAGACA
* * * *
16551 TTTAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * **
16614 ATGAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * *
16657 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAAAATAAAT-TAATTTTTTTACACTTTTCCCGAA-GCACGT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAATGT-ATTTTCTTACACGTTTCTC-AAGGTA-G-
* * * * *
16720 A-A-TCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAACATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAA
61 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
16782 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * **
16826 GAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATGGGT-TTTTC-TACATGTTTC-CTAAGCCAG
1 G-AGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT--GTATTTTCTTACACGTTTCTC-AAGGTAG
* * * * *
16888 CCATTCAATTATTGTCTGTCTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAG
61 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
16951 ATTATAAAACC
125 ATTATAAAACC
16962 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 261, Indels: 173
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 67 0.05
167 65 0.05
168 24 0.02
169 138 0.10
170 272 0.20
171 244 0.18
172 120 0.09
173 246 0.19
174 57 0.04
175 55 0.04
176 39 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGTATTTTCTTACACGTTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
Found at i:16665 original size:506 final size:510
Alignment explanation
Indices: 16047--16961 Score: 1179
Period size: 506 Copynumber: 1.8 Consensus size: 510
16037 GTAGACAATC
* * * *
16047 AATTATAGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTCACTAAAAATCAATTATGAGAATATAA
1 AATTATAGTATCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * * *
16112 AACTATTTAAGATGAGTAATAAGACTTTTAAACGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTC
66 AACCATTAAAGACGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTC-T-TC
** * * *
16177 -AAATAAATGGGCTTTTCTACACGTTTCTCG-AG-ACTGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
129 AAAATAAATGAACTTTTCTACACGTTTCCCGAAGCAC-G-TAATCAATTATAGTCTGTTTTAACA
* * * * * * *
16239 AAATATATAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAGCGAGTGAT-
192 AAACATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
16302 AGAGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAAATAACTGAGTTTTTCTAT
257 AG-GCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTC-AATAAATGAGTTTTTCTAC
* ** * *
16366 ACGTTT-CTCAAGGCAGGTATTCAGTGACACTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAGTCAACTT
320 ACGTTTCCT-AAGCCAGCCATTCAATGACACTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAAAAGTCAACTT
16429 -AAAT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAAA
384 GAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAAA
16492 CTATAAATGGACTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTAACCGAGATTATCATTT
449 CTATAAATGGACTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTAACCGAGATTATCATTT
* * * * *
16554 AATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGA
1 AATTATAGTATCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAA
* **
16618 AACCATTGAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA
66 AACCATT-AAAGACGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTCA
* * * * *
16682 AAATAAATTAATTTTTTTACACTTTTCCCGAAGCACGTAATCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAA
130 AAATAAATGAACTTTTCTACACGTTTCCCGAAGCACGTAATCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* *
16747 CATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
195 CATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
16812 CTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATGGGTTTTTCTACATGTT
260 CTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATGAGTTTTTCTACACGTT
* *** * * *
16877 TCCTAAGCCAGCCATTCAATTATTGTCTGTCTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTGAAATC
325 TCCTAAGCCAGCCATTCAATGACACTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAAAAGTCAACTTGAAATC
*
16942 AATTATGAGATTATAAAACC
390 AATTATAAGATTATAAAACC
16962 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 55, Indels: 20
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
504 2 0.01
505 89 0.26
506 179 0.52
507 49 0.14
508 4 0.01
509 19 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
AATTATAGTATCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAA
AACCATTAAAGACGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTCAA
AATAAATGAACTTTTCTACACGTTTCCCGAAGCACGTAATCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAC
ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTT
CCTAAGCCAGCCATTCAATGACACTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAAAAGTCAACTTGAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAAACTATAAA
TGGACTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTAACCGAGATTATCATTT
Done.