Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399057.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2332.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5319
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.28
Warning! 1246 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1087 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 882--1246 Score: 450
Period size: 168 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
872 AAAAAAATTT
* ** * * *
882 AACTTAAAATTAATTACAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAATAAGACTTTCGAAGGTAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT-AATAAGACCTTCGAAGGCAT
* * * * * **
947 -GGACGACTA-GAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAGCA
65 AGG-CGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAAA
* *
1010 T-TCAATTATACTTTGCTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATC
129 TCT-AATTATAATCTGCTTTAAT-AAAAATATAAAAATAATC
* *
1050 AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCATA
* * *
1115 GGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAAATC
66 GGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAAATC
* * *
1180 TAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAATATTC
131 TAATTATAATCTGCTTTAATAAAAATATAAAAATAATC
*
1218 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1247 CTATTTANNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 25, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 33 0.20
168 134 0.80
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCATA
GGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAAATC
TAATTATAATCTGCTTTAATAAAAATATAAAAATAATC
Found at i:2326 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1775--4231 Score: 2271
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 170
1765 NNNNNNNNNN
* *
1775 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GCTAATTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAA
* * * * * *
1839 ATAGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTA
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATTA
* * * *
1904 TCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * *
1946 ATTATGAGATTATAGAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATA
1 ATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATA
** ** * * *
2009 AATGGACTATTT-TTGTCGGTAGATATCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAA-ACAGACATTCAATT
64 AATGGACT-TTTCTTACCAATGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTCT--AAGGCAGACATTCAATT
* * * *
2072 ATAATCT-TCTTTAATGAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCT
125 ATTATCTGT-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* ********** * * * *
2118 ATTATGAGATTGTAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTGATTTTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * *
2183 TGGACTTTTCTTTCTAATGGATATTTTTTTCTTCACGTTTGCTAAGCCAGACATTCAATTATTTT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTAT
* ** * **
2248 CTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGGCA
130 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * *
2289 ATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATG-GAAGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAA
* ** *
2353 ATGGACTTTTCTTACCAATGGA-ATTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGACAATT-AATTAT
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATA-TCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGAC-ATTCAATTAT
* * * * *
2416 AATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTGAACCTAAAATCA
127 TATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * ** ********** * *
2459 ATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGNNNNNNNNNNGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
** * * * * * * *
2524 TGGACTTTTCTT-GTAGATGGATATCCTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAGTTATTA
66 TGGACTTTTCTTACCA-ATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTA
* * *
2588 TTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTGAAAATCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * *
2630 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * *
2695 TGGACTTTTCTTACAAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATTAT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTAT
* * * * *
2760 CTATTTGAA-AGAAAAATATTAAAAAATTTAATTTAAAATCA
130 CTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * *
2801 ATTATGAGATTATAAAACCACTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * *
2866 TGGACTTTTTCTTACCAATAGATA-CAATTTCCTTCACGTTTCTGATGGTAGACATTTAATTATA
66 TGGAC-TTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATT
* *
2930 ATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCA
128 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * *
2973 ATTATGAAATTATCAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC-AGAGGCTTGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAA
* * * * *
3037 ATGGATTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATTA
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATTA
* *
3102 TATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* *
3143 ATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAA
* ** * * * ** *
3207 ATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCAGCATGTTTTTTGAGGTGGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTA
* * * * * *
3272 TCCGTTTTAAGAAAACATATAAAAACATTTAACTTAAAACCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * *
3314 ATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * ** * * * * * **
3379 TGGACTTTT-TCTACGAATGAATGGCTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTTAATTACAA
66 TGGACTTTTCT-TACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTA
*
3443 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * *
3485 ATTATAAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GCTGATTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAA
* * * * *
3549 ATGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCATACATTCAATTATTA
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTA
*** *
3614 TCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCA
129 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
*
3656 ATTATGAGATTATAGAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATA
1 ATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATA
* * ** * * *
3719 AATGGACTTTTTTTATCGGTAGATATCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTAT
64 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTAT
* * *
3784 AATCT-TCTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCT
127 TATCTGT-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * * *
3828 ATTATGAGATTGTAAAACTATTCACAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * *
3893 TGGACTCTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAGCCAGACATTCAATTATTTT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTAT
* * ** * *
3958 TTGTTTCAACCAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCA
130 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * * *
3999 ATTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * ** * *
4064 TGGACTTTTCTTGCCAATGGA-ATTCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGAAAATT-AATTAT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATA-TC-TTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAG-ACATTCAATTAT
* * * * * *
4127 AATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTGAACGTAAAAACA
127 TATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * ** * * *
4170 ATTTTGACACTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTAT
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
4232 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 387, Indels: 104
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 277 0.15
171 1108 0.60
172 452 0.24
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTATC
TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
Found at i:3112 original size:684 final size:676
Alignment explanation
Indices: 1775--4231 Score: 2511
Period size: 684 Copynumber: 3.6 Consensus size: 676
1765 NNNNNNNNNN
* * * *
1775 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTAATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
1840 TAGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTA
66 TGGACTTTTC-TTCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATTA
* * *
1904 TCTGTTTTAGTC-AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATT
129 TCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
* * * * ** *
1968 TAAAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTATTTTTGTCGGTAGAT
193 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTTT-ACAATGGAT
* * * **
2033 ATCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAA-ACAGACATTCAATTATAATCT-TCTTTAATGAAAAACGT
256 ATC-TTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGACAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAATAAAAAATAT
* * **********
2096 AAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTT
318 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAATGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
2161 CGAAGGCATGACTGATTTTAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATTTTTTTCTTCACGTTTGCT
382 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * **
2226 AAGCCAGACATTCAATTATTTTCTGTTTCAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAGGCAA
447 GAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
* * * *
2290 TTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGG-TATGGAAGACTATAAA
510 TTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGATGACTATAAA
* * * * *
2354 TGGACTTTTCTTACCAATGGA-ATTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGACAATT-AATTATA
573 TGGATTTTTCTTACCAATGGATA-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-AATTCAATTATA
*
2417 ATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTGAACCTAAAATCA
636 ATCT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCA
* * * ********** *
2459 ATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGNNNNNNNNNNGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *
2524 TGGACTTTTCTTGTAGATGGATATCCTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAGTTATTAT
66 TGGACTTTTCTTCTA-ATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
* * * *
2589 TTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTGTAAAAACATTTA
130 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
*
2654 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATAT
195 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAC-AATGGATAT
* * * * *
2719 CTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATTATCTATTTGAA-AGAAAAATATTAAA
258 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATATAAAA
* * *
2783 AAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
322 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAT-GAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * *
2848 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTACCAATAGATACAATTTCCTTCACGTTT-CTGAT
386 GGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCCTGA-
* * * **
2912 GGTAGACATTTAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA
449 GGCAGACATTCAATTATTATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA
* * * *
2977 TGAAATTATCAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC-AGAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
513 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGATGACTATAAATGG
* * * * *
3041 ATTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATTATATG
576 ATTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATCT-
3106 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCA
640 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCA
* * * *
3143 ATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ** * * *
3208 TGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCAGCATGTTTTTTGAGGTGGACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTT-CTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
* * * * * * * * *
3273 CCGTTTTAAGAAAACATATAAAAACATTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTGA
130 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
* * * **
3338 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTCTACGAATGAATGG
195 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TAC-AATGGATAT
* * * * * *
3403 CTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-AGACATTTAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
258 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAA-GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * *
3467 AAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAA
322 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
3532 GGCATG-GCTGATTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAG
386 GGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCCTGAG
* * * *
3596 GCATACATTCAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
450 GCAGACATTCAATTATTATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTAT
* *
3661 GAGATTATAGAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGAC
514 GAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGA-
* ** * * *
3726 TTTTT-TTATCGGTAGATATCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTT
577 TTTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTT
* * *
3790 CTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCT
641 -TTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCA
* * * * ** *
3828 ATTATGAGATTGTAAAACTATTCACAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * ** *
3893 TGGACTCTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAGCCAGACATTCAATTATTTT
66 TGGACTTTTC-TTCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
* * * * * *
3958 TTGTTTCAACCAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAATCATTTA
130 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
* * * * * *
4023 AAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-AT
195 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-ACAATGGATA-
* * ** ** *
4087 TCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGAAAATT-AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-A
257 TC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA
* * * * * * * *
4150 AAAAATTGAACGTAAAAACAATTTTGACACTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTACG
320 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTCG
* *
4215 AAGGTATGGGTGACTAT
384 AAGGCATGAGTGACTAT
4232 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 285, Indels: 79
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 4 0.00
683 280 0.19
684 801 0.55
685 313 0.22
686 46 0.03
687 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (676 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATTATC
TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTACAATGGATATCTT
TTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
ATTCAATTATTATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGATTTTTCTTA
CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTTTTTAATAAAA
AATATAAAAAAATTAACTTAAAATCA
Found at i:3451 original size:855 final size:853
Alignment explanation
Indices: 1775--4231 Score: 3193
Period size: 855 Copynumber: 2.9 Consensus size: 853
1765 NNNNNNNNNN
* * *
1775 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTAATTATAAA
1 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTGATTATAAA
* * *
1840 TAGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
66 TGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTAT
* *
1905 CTGTTTTAGTCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTTA
131 CTGTTTTAGACAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTTA
* * * *
1970 AAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTATTTTTGTCGGTAGATAT
196 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTATCGGTAGATAT
* ** *
2035 CTTTTTTCTTCACATTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAACGTAAAA
261 CTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAATGTAAAA
*********
2100 AAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
326 AAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAA-CTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
2165 GGCATGACTGATTTTAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATTTTTTTCTTCACGTTTGCTAAGC
390 GGCATGACTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAGC
* **
2230 CAGACATTCAATTATTTTCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGGCAATTGTG
455 CAGACATTCAATTATTTTATGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTG
2295 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTA-TGGAAGACTATAAATGGAC
520 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATTGG-AGACTATAAATGGAC
*
2359 TTTTCTTACCAATGGAATTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGACAATTAATTATAATCTATT
584 TTTTCTTACCAATGGAATTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTGGAC-ATTAATTATAATCTATT
*
2424 TTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTAA
648 TTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACCTAAAAACAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTAA
********** *
2489 GTAATAAGNNNNNNNNNNGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAGATGGATATCCTTTT
713 GTAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTAGATGGATATCCTTTT
* ** * * ** * *
2554 CTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAGTTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTA
778 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTA
2619 ACTGAAAATCA
843 ACTGAAAATCA
* *
2630 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTG-TGACTATAA
1 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GCTGATTATAA
* * * * * *
2694 ATGGACTTTTCTTACAAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATTA
65 ATGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTA
* * * * * * *
2759 TCTATTTGAAAGAAAAATATTAA-AAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCAC
130 TCTGTTTTAGACAAAAAT-GTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAA-CAT
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2822 TTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTACCAATA
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTT-TTATCGGTA
** * * * * *
2886 GATA-CAATTTCCTTCACGTTTCT-GATGGTAGACATTTAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAAT
256 GATATCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGCAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAAT
* * * * * **
2949 GTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATCAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
320 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGT-AAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * * * *
3014 TTC-AGAGGCTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT
384 TTCGA-AGGCATGACTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
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3078 -CTCAAGGTAGATATTCAAATATTATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAAT
448 ACT-AAGCCAGACATTCAATTATTTTATGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
3141 CAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATA
512 CAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATTGGAGACTATA
* *** * * *
3206 AATGAACTTTTCTTACCAATGG-ATATCTTTTTCAGCATGTTTTTTGAGGTGGACATTCAATTAT
577 AATGGACTTTTCTTACCAATGGAAT-TCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTGGACATT-AATTAT
** * * * * * * *
3270 AATCCGTTTTAAGAAAACATATAAAAACATTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCAT
640 AATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTGAACCTAAAAACAATTTTGAGACTATAAAACCAT
* * ** * *
3335 TGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT-TC-TACGAAT-
704 TTAAAGTAAGTAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTA-G-ATG
* * *
3397 GA-ATGGCTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTTAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAA
767 GATAT-CCTT-TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA-ACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAA
*
3460 TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
829 TATAAAAAAATTTAACTGAAAATCA
* *
3485 ATTATAAGATTGT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGCTGATTATAA
1 ATTATGAGATTGTAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTGATTATAA
*
3549 ATGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCATACATTCAATTATTA
65 ATGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTA
*
3614 TCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTT
130 TCTGTTTTAGACAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTT
3679 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTATCGGTAGATA
195 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTATCGGTAGATA
*
3744 TCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAATGTAAA
260 TCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAATGTAAA
*
3809 AAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAAACTATTCACAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
325 AAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGT-AAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
*
3874 AGGCATGACTGATTATAAATGGACTCTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAG
389 AGGCATGACTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAG
* *
3939 CCAGACATTCAATTATTTTTTGTTTCAACCAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTGT
454 CCAGACATTCAATTATTTTATGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGT
* *
4004 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGAC
519 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATTGGAGACTATAAATGGAC
* * *
4069 TTTTCTTGCCAATGGAATTCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGAAAATTAATTATAATCTAT
584 TTTTCTTACCAATGGAATTC-TTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGT-GGACATTAATTATAATCTAT
* *
4134 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACGTAAAAACAATTTTGACACTATAAAACCATTTAAAGTA
647 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTGAACCTAAAAACAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTA
4199 AGTAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTAT
712 AGTAATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTAT
4232 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 230, Indels: 61
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
853 9 0.01
854 172 0.13
855 927 0.69
856 180 0.13
857 48 0.04
858 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (853 bp):
ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTGATTATAAA
TGGACTTTTCATACCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTAT
CTGTTTTAGACAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTATCGGTAGATAT
CTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTTCTTTAATGAAAAATGTAAAA
AAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGACTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTACTAAGCC
AGACATTCAATTATTTTATGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTCGAAGGTATTGGAGACTATAAATGGACTT
TTCTTACCAATGGAATTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTGGACATTAATTATAATCTATTTTA
ATAAAAAATATAAAAAATTGAACCTAAAAACAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
ATAAGGCTTACGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTAGATGGATATCCTTTTCTT
CATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
GAAAATCA
Done.