Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399058.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2333.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4246
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Warning! 913 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:479 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 134--893 Score: 677
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
124 CCACCCATTC
* * * *
134 CTTTAAA-AGCTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * *
197 TAGATTATAGTTGAATATCTAC-CTTGGAAAACATGAAG-AGAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAAT-GCTACTCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
*
260 TCCATTTATAG-TCACTCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCG
129 TCCATTTATAGTTC-CT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
302 CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
** * * *
367 CGGACTATAATTGAATGCCTGCTTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
66 TAGATTATAATTGAATG-CTACTCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
* *
432 CCATTTATAGTTGCCTATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCG
130 CCATTTATAGTT-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
473 CTTTAAATAGTTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAAT-CACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * *
537 ATATATTATAATTGAATGTTAACTGTAAGAAACGA-GAAGAAAAAGCTATTCACT-AGTAAGAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGCT-ACTCTTAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAA
* * * *
600 AGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCG
127 AGTCCATTTATAGT-TCCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * * * * * *
644 CTTTAAATGGTTTTATAATCACATAACTAATTTTTGGCTCAATGTTTTTATATTTTTAGTGAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* ** * ** * * * *
709 CATTTTCTAATTGAATTTTTAC-CTCAGGAA-ATGTAA-ATAGAAAGCCTTTCATTGGCT-AGAA
66 TAGATTATAATTGAA-TGCTACTCTTAGAAACATG-AAGA-A-AAAGCCATTCATT-GATAAGAA
* * * *
770 AA-ACCATTTATAG-TCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
126 AAGTCCATTTATAGTTC-C-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
814 CTTTAAATGGATTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
*
878 CAGATTATAATTGAAT
66 TAGATTATAATTGAAT
894 ATCTATCTCT
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 81, Indels: 44
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.02
169 61 0.12
170 129 0.26
171 278 0.57
172 10 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
TAGATTATAATTGAATGCTACTCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
CATTTATAGTTCCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:1594 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1202--1677 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
1192 ATTCATTTAT
* * * *** * *
1202 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATATACAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** *
1267 TAATCACATAATTAATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCACATAATTGA-TTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * *
1332 TGTTTGCCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAGCCACTCATTGGT
130 TGTCTACCTCTAGAAAATAGAAGAAAAAGCCACTCATTGGC
* * * *
1373 AGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAACCTTC-AAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATATACAGTCACCCAAACCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
1437 ATAATCTCATAATCGATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAACATATATTATAATTAA
65 ATAATCACATAATTGATTT-AGGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* *
1502 ATGTCTACCT-T-GACAAATGAGAAGTTAAAAGCCATTCATTGGC
129 ATGTCTACCTCTAGA-AAAT-AGAAG-AAAAAGCCACTCATTGGC
* * * **
1545 AAGAGAAGTCCATATACAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATATACAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
1610 TAATCACATAATTGATTTTGGGTAGAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCACATAATTGATTTAGGTTA-AATGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGA
1674 ATGT
129 ATGT
1678 TTATTTGGGA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 44, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 10 0.04
171 122 0.48
172 116 0.46
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATATACAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCACATAATTGATTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAT
GTCTACCTCTAGAAAATAGAAGAAAAAGCCACTCATTGGC
Found at i:3391 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3097--3757 Score: 677
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
3087 NNNNNNNNNN
* *
3097 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
3161 GAAAAGCAAAGCCCATTAATAG-CAGTCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
66 GCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
3225 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTAAAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATT-TTTAAAT
* ** * * *
3266 TTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * ** *
3331 TGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGAT
65 TGCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
3396 TTTATAATCTGATGAA-TGATTTTAATTTGAATTTTTTTATAT
130 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAACTTGAA--TTTTTAAAT
* * * * ** *
3438 TTTTAGTTAAGATAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGTTATCCATT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *** * * ***
3503 GGC-ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCCATATTACTTGTTTTAAATGGT
66 -GCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
3567 TTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTGACAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAT-TTTT-AAAT
* * *
3609 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACTTGAAGAAACAA-CCATTCA
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGAAA-AAGCCATTCA
* * ** * * * *
3672 TTGGAAAGACAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTCAATAG
64 TTGCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
3737 TTTTATAATCTCATAATTGAT
129 TTTTATAATCTCATAATTGAT
3758 AAGTAAAGGC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 77, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.09
170 19 0.05
171 301 0.75
172 45 0.11
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
GCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTAAAT
Found at i:3721 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3097--3747 Score: 817
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
3087 NNNNNNNNNN
* * * * *
3097 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTG
1 TTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAGCCATCCATTG
* * * * *
3162 AAAAGCAAAGCCCATTAATAGCAGTCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
66 AAAAGAAAAGCCCATTAATAGCACTCCAAGACTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
3227 TATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGA
131 TATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
3292 ATGTCTGTCTTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
196 ATGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* **
3357 CCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTGATGAATGATTTTAA
260 CCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTGATGAATGATTTTAA
3421 TTTGAATTTTTTTATAT
324 TTTGAATTTTTTTATAT
* * **
3438 TTTTAGTTAAGATAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGTTATCCATT
1 TTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAG-AAAAGCCATCCATT
** * * * ***
3503 GGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGACTTCGAAAGCCATATTACTTGTTTTAAATGGT
65 GAAAAGAAAAGCCCATTAATAG-CACTCCAAGACTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
3567 TTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATAT-TTTGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAAT-TCTTT-AAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * **
3631 TTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACTTGAAGAAACAA-CCATTCATTGGAAAGACAAGTTCATTTAT
192 TTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGCAAAGAAAAGCCCATTTAT
* *
3694 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAATCT
255 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
3748 CATAATTGAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 42, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 46 0.18
342 172 0.66
343 43 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAGCCATCCATTG
AAAAGAAAAGCCCATTAATAGCACTCCAAGACTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATGAATGATTTTAATT
TGAATTTTTTTATAT
Found at i:3999 original size:455 final size:456
Alignment explanation
Indices: 3310--4209 Score: 1045
Period size: 455 Copynumber: 2.0 Consensus size: 456
3300 CTTGGAAAAA
* * * * * *
3310 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCT
1 CATGAAAAAAAAGGCATGCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACC
* * * * *
3375 TTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATGAATGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTT
66 ATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATGAATGATTTTAATGTGAATTTTTTTACATTT
* **
3440 TTAGTTAAGATAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGTTATCCATTGG
131 TTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCT-CCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGG
* * * *
3505 CACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCCATATTACTT-GTTTTAAATGGTTT
195 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCGAAAGCCATATTA-TTCGCTTTAAATGATTT
* *
3569 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAA-TATTTTGACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
259 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGACATATTTCA-TTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
3632 TGAATGTTTGCCTTA-AGAAACTTGAAG-AAACAACCATTCATTGGAAAGACAAGTTCATTTATA
323 TGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATAAAGCAAA-AACCATCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATA
** * *
3695 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTC-ACTTTC-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
386 GTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA--TTCAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGAT
3758 AAGTAAAGG
448 AAGTAAAGG
* * *
3767 CATGAAAAAAAAGGCATGCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACC
1 CATGAAAAAAAAGGCATGCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACC
3832 ATATTACTCGC-TTAAAT-AGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAA-GT-AATTTTTTTTACA
66 ATATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATGAA-TGATTTTAATGTGAA-TTTTTTTACA
* * * * * * * * *
3892 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCT-TCATTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
128 TTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTC--CTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCA
* * *
3956 TTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATG
191 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGAC-TTCGAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
4020 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTTATATATTTCATTCAAATATATTGT
255 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGACATATTTCATTAAAACAGATTAT
* * ** *
4085 AATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATAAAGCAAAGGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
320 AATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAACCATCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTAT
*
4150 AGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTATAATCTCATAATT
385 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTATAATCTCATAATT
4210 AATTTTAAGT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 59, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
453 1 0.00
454 6 0.02
455 164 0.44
456 126 0.34
457 74 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (456 bp):
CATGAAAAAAAAGGCATGCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACC
ATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATGAATGATTTTAATGTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCGAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGACATATTTCATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAACCATCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATAAGTAAAG
G
Found at i:4118 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3775--4246 Score: 573
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
3765 GGCATGAAAA
* * * * *
3775 AAAAGGCATGCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAACCATATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
3839 TCGC-TTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAATTTTTTTTACATTTTTAGTT
65 TCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTCAGTT
* * * *
3901 AAAATATATTATAATTGAATCTTCATTTTGGGAAACGTGAAGC
129 AAAATATATTATAATTGAATCGTCATTTTGGAAAACATAAAGC
* * *
3944 AAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTATT
1 AAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
4009 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTTATATATTTCA-TT
66 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACAT-TTTCAGTT
* *
4073 CAAATATATTGTAATTGAAT-GTC-TGTCTTGGAAAACATAAAGC
129 AAAATATATTATAATTGAATCGTCAT-T-TTGGAAAACATAAAGC
* * * * *
4116 AAAGGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
4181 CGATTCAAATG-GTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAA
66 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAA
4245 AA
131 AA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 34, Indels: 17
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 59 0.23
170 54 0.21
171 31 0.12
172 112 0.43
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAA
AATATATTATAATTGAATCGTCATTTTGGAAAACATAAAGC
Done.