Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399060.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2335.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17508
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.10, T:0.25
Warning! 5413 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:7507 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6804--7572 Score: 762
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
6794 GAGACCAACA
* * ** * * * *
6804 ATAAAACCATTTAAAGCGAGCAA-TAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGACGTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC
* *
6868 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTTCGAAGGTAG---ATCCAATTATAATCTATTTTA
65 TTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCCAAGGCAGACAAT-CAATTATAATCTATTTTA
*
6929 ACCAAAAATATAAAAAGAGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
127 ACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
6973 ATAAAACCATTTAAATTGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * *
7038 TGCCAATGAATGATTTTTTCTTGATGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACC
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACC
*
7103 AGAAATAT-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
130 AAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
7142 ATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAAAGAAC-TTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** **
7206 TGCCAATGAATGGCTTTTCCCTCATGTTTCCTAGGGCAGTCAATCAATTATAATTTGCTTTAGTC
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * ********
7271 AAAAATGTTCAAAAATTCAACCTAAAATAAATTNNNNNNNN
130 AAAAAT-ATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
** *
7312 NNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
7377 TACTAATAAATGGCTTTTTTTTCATGTTTATCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACA
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACC
* * *
7442 AAAAATTTAAAACAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATT
130 AAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
7483 ATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATTAGGCTTTT-AAGGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAA-GGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC
*
7547 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
65 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
7573 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 105, Indels: 24
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 63 0.13
169 151 0.31
170 87 0.18
171 175 0.36
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCA
AAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:8290 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7943--8478 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
7933 TTGGATATTC
* * * *
7943 AATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATCAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
8008 AACTATTTAAAGCGAATAAT-AGAGCTTTCAAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTTTTCTTGC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
8072 TAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGACAAATATT
129 CAATGAAT-GGCTTTTTCTTAACGTTTACTAAGGCAAACATT
* * *
8113 CAATTATAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAATCGATTATGAGATTATA
1 -AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
8177 AAACCATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGC
64 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGC
* * *
8242 CAATGAATGGCTTTATCTTTACGTTTTCTAAGGCAAACATCT
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTACTAAGGCAAACAT-T
* * * * *
8284 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAACATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** *
8349 AATCATTTAGAGTGAGTAACTAA-GATTTTGAAGGCATGGGTAACCATAAA-TGAACTTTTCTTG
65 AACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATTG-ACTTTTCTTG
* * * *
8412 TCAATGAATGGTTTTTTCTTAACGTTCAC-ATAGGCAGACATTT
128 CCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTACTA-AGGCAAACA-TT
* *
8455 AATTATAATATGTTTTAACTAAAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
8479 TGGACTTTTC
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 51, Indels: 20
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 134 0.44
171 166 0.55
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTACTAAGGCAAACATT
Found at i:10284 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9913--10296 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
9903 NNNNNNNNNN
* * * * *
9913 TTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATGCTTTTTGT
1 TTAC-TGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTGC
* * * * * * * * *
9978 ATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACTTAAAACAAAACTATTCATTAGTAAG
65 ATTAAAACAGATTATAATCGAATGTATACCTTGAGAAACTGAAAACAAAACCATTCAGTAGCAAA
* * *
10043 AAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTGAAAGCCTAA
130 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTGGAAAGCCTAA
* * * * *
10083 TAACTCACTTTAAA-TAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGGTTGACTTTTT-TCACATTTT
1 TTACT-GCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAT-ACATTTT
*
10146 -CAGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCAGTA
63 GCA-TTAAAACAGATTATAATCGAATGTATACCTTGAGAAAC-TGAA-AACAAAACCATTCAGTA
* *
10209 GCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTTACCCAAGCCTTGGAAAGCCTTA
125 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTGGAAAGCCTAA
10254 TTACATGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 TTAC-TGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
10297 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 29, Indels: 15
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 82 0.46
171 86 0.49
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTACTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTGCA
TTAAAACAGATTATAATCGAATGTATACCTTGAGAAACTGAAAACAAAACCATTCAGTAGCAAAA
AAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTGGAAAGCCTAA
Found at i:11109 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10591--12120 Score: 1317
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
10581 NNNNNCTCGC
* * *
10591 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
10656 AGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATT-GATAAAAAAAAT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAAGAAAAGT
* * * *
10720 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-TGC
129 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
** * * **
10762 TTTAAATTTTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATTTTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
10827 GGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACCTAAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * * *
10890 CCATTTATAGTTATCTATACCTTCGGAAGCCTAATTACTGAC--
129 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-ACGT
* * *
10932 TTTAAATGGTTTTATCATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGA-ATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-ATATTTTTGGTTAAAA
* *
10996 TAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * *
11061 CTATTTATAGTCAACCAAACCTTCGAAAGGCTTATTA-TACGT
129 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
* *
11103 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTGTTT-GTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATT-TTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
11167 CATAATATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAGAAAG-TCATTCAATGGTAAGAGAAG
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAG
* * ** *
11231 TCAATTTATAATCACCCATGA-CTTCAAAAGCCTAATTAC-ACGT
128 TCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
* * * *
11274 TTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTAAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
11339 AGATTATAATTGAATATCTAAC-TCAAGAA-ATGTTAAGAAAAAGGCTA-TCATTTGCAAGAAAA
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATG--AAGAAAAA-GCTATTCATTAGCAAGAAAA
* * ** * *
11401 GTCTATTTGTAGTCACATATACCTTTGAAAGTCTTATTACT-TGT
127 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
* * * *
11445 TTTAATTGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTTAATCTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * ** * *
11510 AG-TTCATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTTATTA--AA-AAAATG
65 AGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAA-G
* * * *
11571 ATCTATTTATAATGACCCATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCAC-T
128 -TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-ACGT
* * * * * *
11616 TTAAAAT-ATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTT--ATAGTTTT-T-TTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
11676 AAATTATAATTGAAT-TCCCACCATGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TCGATAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGT-CTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAAGAAAAG
* * ** ** * *
11739 TCCATTTATAATTACTTATACCTTCAAAAGCCTAATTGCTCAC--
128 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-ACGT
* * * * * *
11782 TTTAAATGGTATTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAACC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
11847 ATATTATAATTGAATATCTAAC-TCAAGAAATATGAAGAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGT
* ** *
11910 CCATTTGTAGTCACCCATACCTTTGAAAGTTTTATTACT-CGC
129 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
* * * **
11952 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** * *
12017 AGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGATTAAAAAAAAT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AGCAAGAAAAGT
12082 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT
129 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT
12121 TGCTTTANNN
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 211, Indels: 107
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 53 0.05
167 62 0.06
168 14 0.01
169 17 0.02
170 352 0.32
171 533 0.49
172 58 0.05
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTACGT
Found at i:11381 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 10590--12127 Score: 1126
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 336
10580 NNNNNNCTCG
* * * *
10590 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-ATTTTTGGTTAAAA
* ** * * * *
10655 CAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAAAAAAAT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGT-AAGAAAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGT
* * ** * * ** *
10720 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTTTTTTATAATCTGAT
128 CTATTTATAGTCAACCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
10785 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATTTTTTTTATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCT
193 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTCTACCT
* * * * * * * *
10850 TAGGAAACCTAAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCTATACCTTCG
257 TAGGAAACATAAAGAAAAACCATTCAATAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCATACCTTCA
*
10915 GAAGCCTAATTACTGA
322 AAAGCCTAATTAC-GA
* * *
10931 CTTTAAATGGTTTTATCATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGAATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT-AATTTTTGGTTAAAA
* * * *
10996 TAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAAAAACATG-AAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAA-ATGTAAGAAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAG
* * *
11060 TCTATTTATAGTCAACCAAACCTTCGAAAGGCTTATTA-TACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 TCTATTTATAGTCAACCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACT-TGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
11124 ATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTGTTTGTTAAAACATAATATAATTAAATGTTTGC
191 ATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTCTAC
* ** * * *
11189 CTT-GGAAAACATGAAGAGAAAGTCATTCAATGGTAAGAGAAGTCAATTTATAATCACCCATGA-
255 CTTAGG-AAACATAAAGA-AAAACCATTCAATAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCAT-AC
11252 CTTCAAAAGCCTAATTAC-A
317 CTTCAAAAGCCTAATTACGA
* * * *
11271 CGTTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTAAA
1 C--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-ATTTTTGGTTAA
* *
11336 AACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAGAAATGTTAAGAAAAAGGCTA-TCATTTGCAAGAAA
63 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG-TAAGAAAAA-GCTATTCA-TTGCAAGAAA
* * *
11400 AGTCTATTTGTAGTC-A-CATATACCTTTGAAAGTCTTATTACTTGTTTTAATTGGTTTTATAAT
125 AGTCTATTTATAGTCAACCA-A-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
11463 TTCATAATTGATTTTAAGTTTAATCTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG-TTCATAATTGAATGT
188 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAAT-ATAATTAAATGT
* ** * ** * * * *
11527 CTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTTATTA--AA-AAAATGATCTATTTATAATGACC
251 CTACCTTAG-GAAACATAAAGAAAAA-CCATTCAATAGCAAGAAAA-G-TCAATTTATAATCACC
** * * *
11588 CATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCA
312 CATACCTTCAAAAGCCTAATTAC-GA
* * * *
11614 CTTTAAAAT-ATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTT--A-TAGTTTT-TTTTTTGGTTAAA
1 CTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA-TTTTAATTTTTGGTTAAA
* * * ** * * * *
11674 ATAAATTATAATTGAAT-TCCCACCATGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATCGATAAGAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGT-CTACC-TCAAGAAATGT-AAGAAAAAGCTATTCATTG-CAAGAAA
* * * * * ** * * *** * *
11737 AGTCCATTTATAAT-TACTTATACCTTCAAAAGCCTAATTGCTCACTTTAAATGGTATTATAATG
125 AGTCTATTTATAGTCAAC-CAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
11801 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAACCATATTATAATTGAATATCT
189 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTCT
* * * * * ** * * * * *
11866 AACTCAAGAAATATGAAGAAAAGGC-TATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATAC
253 ACCTTAGGAAACATAAAGAAAAACCAT-TCAATAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCATAC
** ** *
11930 CTTTGAAAGTTTTATTACTCG-
317 CTTCAAAAGCCTAATTA--CGA
* * * **
11951 CTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-ATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * *
12016 CAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAAGCTATTCATTGATTAAAAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AA-ATGTAAGAAAAAGCTATTCATTG--CAAGAAAA
* * * * *
12080 ATCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
126 GTCTATTTATAGTCAACCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTA
12128 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 183, Indels: 119
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 15 0.02
337 225 0.24
338 9 0.01
339 19 0.02
340 18 0.02
341 328 0.34
342 323 0.34
343 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGAAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCAACCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTAGG
AAACATAAAGAAAAACCATTCAATAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAG
CCTAATTACGA
Found at i:12771 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12470--13506 Score: 811
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
12460 AACTATAGCC
* * * * *
12470 TAAAATTAATTATGAGATCATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCAAAGGTATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * *
12534 CACTATAAAT-GAACCTTTT-TTGTCAACA--AAT-GACTTTTTCTTAATATTTTTTGAGGTAGA
65 GACTATAAATAG-A-CTTTTCTTG-CAA-ATGAATAG-CTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGA
* *
12594 CATTCAATTTTGAA-CTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTAAACT
125 CATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * **
12640 TAAAATCAATTAAGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTTGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * *
12705 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATG-ATAGCCTTTTTCTTTACATTTCTGGAGTTAGATATTC
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAG-CTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTC
** * *
12769 AATTATAATCTGTTTTCAAGGAAAATGTAAAAGAATTCAACT
130 AATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
********** * * * *
12811 TANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAAC-AGTTTAAAGCGTGTAATTAGGCTTTCGAAGTCATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
12875 GACTCTAGATAGACTTTTCTTAGC-AATGAATGGCTTTCTCTTCATGTGTT-TC-AGGGAAGACA
65 GACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAAATGAATAGCTTTTTCTTTATAT-TTCTCGA-GGTAGAC-
* * *
12937 ATT-AATTATAATATGTTTTAACAAAAA-ATATAAAATATTCAATT
126 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATA-AAAAAATTCAACT
* * * * *
12981 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * ** * *
13046 ACTAGAAAT-GCACTTTTCTTGCTATTGAATAGCTTTTTCTTCGTGTTTCTCGAGGTATACATTC
66 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * *
13110 GATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATGAAAACATTCAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
13152 TAAAATCAATTATGTGATGATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAA-GCATAGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGGT
* * * * ** * *
13216 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGTAGACATTC
65 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * *
13281 AATTATAATCCGTTTTAATAAAAAAAAGTATAAAAATTCAACT
130 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATA-TAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
13324 GAAAATCAATTATCAAATTATAAAA-TAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* ** * * *
13388 GACTATAAATGGA--TTTCTTTTATCAATGAATAGCTTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
65 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCA--AATGAATAGCTTTTTCTTT-ATATTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
13451 TTCAATTATAAACTGTTTTAA-AAAAATGT-AAAAACTTAAACT
127 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
13493 TAAAATCAATTATG
1 TAAAATCAATTATG
13507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 149, Indels: 63
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 46 0.07
170 235 0.34
171 268 0.39
172 101 0.15
173 36 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
ACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
Found at i:13177 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 12840--13506 Score: 760
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
12830 ATAAAACAGT
* * * * *
12840 TTAAAGCGTGTAATTAGGCTTTCG-AAGTCATGGGTGACTCTAGATAGACTTTTCTTAGC-AATG
1 TTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAG-CATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATG
* * * *
12903 AATGGCTTTCTCTTCATGTGTTT-CAGGGAAGACAATT-AATTATAATATGTTTT-A-ACAAAAA
64 AATAGCTTTCTCTTCA-G-GTTTCCAAGGAAGAC-ATTCAATTATAATACGTTTTAATAAAAAAA
* * * * * **
12964 A-TATAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATAAGG
126 AGTATAAAA-ATTCAACTGAAAATCAATTATCAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * *
13028 CTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTAGAAATGCACTTTTCTTGCTAT-TGAATAGC-TTTTTCTTCGT
190 CTTTCAAAAG-TATGGGTGACTAGAAATGCA--TTTCTT-CTATATGAATAGCTTTTTTCTTCAT
* * * * * *
13090 GTTTCTCGAGGTATACATTCGATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATGAAAACATTCAACCTAA
251 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAA--AAAAATATAAAAAC-TTAAACCTAA
13155 AATCAATTATGTGATGATAAAACTAA
313 AATCAATTATGTGATGATAAAACTAA
* * *
13181 TTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAA
* * * * *
13246 TAGTTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAAAAAGTA
66 TAGCTTTCTCTTCAGGTTT-CCAAGGAAGACATTCAATTATAATACGTTTTAATAAAAAAAAGTA
*
13311 TAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAAATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
130 TAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
13376 AAAAGTATGGGTGACTATAAATGGATTTCTTTTATCAATGAATAGCTTTTTTTTTCATGTTTCTC
195 AAAAGTATGGGTGACTAGAAATGCATTTCTTCTAT--ATGAATAGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
* *
13441 AAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAAAAAAATGTAAAAACTTAAACTTAAAATCAATTAT
258 AAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAAAAAAATATAAAAACTTAAACCTAAAATCAATTAT
13506 G
323 G
13507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 40, Indels: 26
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 9 0.03
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAA
TAGCTTTCTCTTCAGGTTTCCAAGGAAGACATTCAATTATAATACGTTTTAATAAAAAAAAGTAT
AAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA
AAAGTATGGGTGACTAGAAATGCATTTCTTCTATATGAATAGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAAAAAAATATAAAAACTTAAACCTAAAATCAATTATGTG
ATGATAAAACTAA
Found at i:15820 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15491--15865 Score: 410
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
15481 NNNNNNNNNN
* * * * *
15491 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAA
* * * * * *
15556 AAGTTTTTAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAATACTATTCATTGATAAAAAAATC
66 AAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAATC
* * * *
15621 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
131 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCA
* * * *
15661 TTTTAAATGGTTTTGTAATCTGACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAA
** * * ** * * *
15726 CGGATTATAATTGATTGCCTACGTTGGAAAACCTGAAGAAAAAACCATTCATT-AGCAAGAAAGT
66 AAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA-CAAAAAAAT
* * * **
15790 CTATTTGTAGTTACTTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCA
130 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCA
* * *
15831 CTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA
15866 GGTTGAATNN
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 39, Indels: 2
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 164 0.99
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAA
AAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAATC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCA
Done.