Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399062.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2337.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13440
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.23
Warning! 5253 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2705 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2411--2740 Score: 393
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
2401 NNATTCCTTT
* *
2411 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTAAATTCTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTT
* *
2476 CTACATTTTGGTTAAACCAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGAGAAGAAAAA-GCAT
66 CTACATTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGAAAAGAAAAAGGCAT
* ***
2540 TCGTTAGCATGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCA
131 TCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCA
* * * * *
2582 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTTAATAGTTTTATAATAC-CATAATCGATTTTAAGTT-GATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTGTTATAAT-CTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTCT
* * * * *
2644 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAT-AATGTCTACCTTGAGAAAC-ATAAAGAAAAA
64 TTCTACA-TTTTGGTTAAAACAAACTAGAAT-TGAATGTCTACCTTCAGAAACGA-AAAGAAAAA
* *
2707 GGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
126 GGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
2741 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.09
171 92 0.69
172 29 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTT
CTACATTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGAAAAGAAAAAGGCAT
TCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCA
Found at i:3590 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3196--3616 Score: 416
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
3186 NNNNNNNNNN
** *
3196 AAAGTTCATTTATAGTCGCCTATTCCTTTCAA--CTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAA-C
1 AAAGTTCATTTATAGTCGCCTATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * *
3258 CTCAAAATAGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTGATTAAAACATACTAGAATTGATTGT
66 CTCAAAATAGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTAGATTAAAACAGAATAGAATTGAATGT
* * *
3323 CTACCTTAAGAAACGTGATAAAAAAGCATTCATTAGCATGG
131 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTAGCATAG
* * * * *
3364 AAAG-TCTATTTATGGTCACCTATACCTTCAAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATAGTTTCAT
1 AAAGTTC-ATTTATAGTCGCCTATTCCTT--AAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
3427 AATGC-CATAATCGATTTTAAA-TTGAATTTTTT-TACATATTTAG-TTAAAACAGAATATATTT
62 AATCCTCAAAATAGA-TTTAAATTTGAATTTTTTGTACAT-TTTAGATTAAAACAGAATAGAATT
* * * *
3488 GAATGTCTATCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGGCATTGATTGGCA-AG
125 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAA-AAAAA-GCATTCATTAGCATAG
* *
3535 AAATGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTGAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAA-GTTCATTTATAGTCGCCTATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
3600 T-CTGAAAATTGATTTAA
64 TCCTCAAAATAGATTTAA
3617 CTTTACATNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 35, Indels: 28
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 22 0.11
170 10 0.05
171 84 0.41
172 76 0.37
173 9 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTTCATTTATAGTCGCCTATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
CTCAAAATAGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTAGATTAAAACAGAATAGAATTGAATGT
CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTAGCATAG
Found at i:5012 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4699--6674 Score: 1586
Period size: 172 Copynumber: 11.5 Consensus size: 173
4689 CTCAATAAAC
* * * * ** * *
4699 GTGAA-AAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCAATTTCTT-TAAAAGT
1 GTGAAGAAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGC
* * * *
4762 CTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
65 CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
* * *
4826 TTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAAT
129 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * *
4871 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGGAAAGACCATTTATGGTCACCTATACCTTCGAAACGCC
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
** * * * *
4936 TTATTACTGGCTTTAAATAATTTTATAATGC-CATAATCT-CTTTTAAGTT-AAATCTTTTTACA
66 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAAT-TGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
* * * *
4998 TTTTTAGTTAAAATAGACTA-TATTAGAATGTCCACCTTGAGAAAC
129 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * ** * * * *
5043 AT-AAGGAAAAAGGCATTTATCAAG-AAGAAAAGTTCC-TTTGTAGTTGCCCATTCCTT-TAAAC
1 GTGAA-GAAAAAAGCATTCAT-TAGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAA
* ** * * * * *
5104 GCCTTATTATTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAT
63 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTAC
* * * * **
5169 GTTTTTAGTTAAAACACACTAGAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAGC
128 ATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* ** * *
5215 ATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATCAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCG
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
* * * *
5280 TTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAAAAC-CATAATCGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTAAC
66 TTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTT-AC
* * * * **
5341 ATTTTTAATTCAAACAGACTAGAATTAAATGTTTACCTTCTGAAA-
128 ATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
*** * ** * * * **
5386 CAAAAAAAAGAAAGCATTCATTAGCGTGGAAAGTGCATTGATAGTCACCTATACCTTCAAAACTC
1 GTGAAGAAA-AAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGC
* * * * ** *
5451 TTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAAAGC-CATAATCAATTTTAAGTTGAAA--TTTTTACA
65 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
* * * * * *
5513 TTTTTAGTTTAAACAAACTACAATTGAATGTCTACC-TCATTAAAC
129 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAAT
* * * * *
5558 AT-AAGAAAAATGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-TGTTATAGTCA-CTCATGCTTTC-CAAA
1 GTGAAGAAAAA-AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAA
* * * * *
5619 GCCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAAT-TACAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
63 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTA
* * * * * *
5683 CATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TAACCTTGGGAAAA
127 CATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAAT
* * * * * * *
5730 GTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
* * * * * ** *
5794 TCATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGCATATT
66 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACATT
* * * * * * *
5859 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTCGAGAAAC
131 TTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * *
5902 GTGAAGAAAAAAGCATTAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGC-ATTCCTTC-AAAAGC
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAAGC
* * * * * * *
5965 CTTATTACTCAATTTAAATTGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACAT
65 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACAT
* * * * * * ** * *
6030 TTTTACTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAACTCAATAGAT
130 TTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * * * *
6074 GT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTT-TAAAAGT
1 GTGAAGAAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGC
* * *
6137 CTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
65 CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
* *
6201 TTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
129 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * *
6246 GTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCATGGAAAGACCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAAGCG
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
* * * * * *
6311 TTATTACT-AGCTTTAAATAATTTTGTAATGC-CATAATCGCTTTTAAGTT-AAATCTTTTTACA
66 TTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
* * * *
6373 GTTTTAGTTAAAACAGACTACAATAGAATGTGTACCTTGAGAAACT
129 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-T
* * * * * * * * *
6419 -T-AAGGAAAAAGGCATTTATCAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGTCC-ATTCCTT-TAAACG
1 GTGAA-GAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATACCTTCAAAAAG
* * * *
6480 CCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTTACA
64 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACA
6545 TTTTT-GATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
129 TTTTTAG-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * *
6590 GTGAAGACAAAAGCATTCATTAGTATGAAACGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
6655 TTATTACT-AGCTTTAAATAG
66 TTATTACTCA-CTTTAAATAG
6675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1443, Mismatches: 300, Indels: 121
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 54 0.04
171 195 0.14
172 995 0.69
173 191 0.13
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATCTTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
Found at i:5345 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4705--6674 Score: 2031
Period size: 344 Copynumber: 5.7 Consensus size: 342
4695 AAACGTGAAA
* * * *
4705 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCAATTTCTTTAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*
4770 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
66 TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
* * * *
4835 AAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGGA
131 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGAA
* * * * *
4900 AAGACCATTTATGGTCACCTATACCTTCGAAACGCCTTATTACTGGCTTTAAATAATTTTATAAT
196 AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* ** *
4965 GCCATAATCTCTTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATATTAGAATGTC
260 ACCATAATCGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTAGAATGTC
* *
5030 CACCTTGAGAAACATAAGG
324 TACCTTGAGAAACATAAAG
* * * * * *
5049 AAAAAGGCATTTATCAAG-AAGAAAAGTTCCTTTGTAGTTGCCCATTCCTTTAAACGCCTTATTA
1 AAAAAGGCATTCAT-TAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* ** * * ** *
5113 TTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATGTTTTTAGT
65 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGT
* * * * * *
5178 TAAAACACACTAGAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATCA
130 TAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGA
* *
5243 AAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCGTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
195 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
5308 AACCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAATTCAAACAGACTAGAATTA-AATG
259 TACCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-TATTAGAATG
* ** *
5372 TTTACCTTCTGAAACA-AAAA
322 TCTACCTTGAGAAACATAAAG
* ** * * * * * * *
5392 AAAGAAAGCATTCATTAGCGTGGAAAGTGCATTGATAGTCACCTATACCTTCAAAA-CTCTTTAT
1 AAA-AAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGC-C-TTAT
* * * * * * * *
5456 TACTAACTTTAAATAGTTTTATAAAGC-CATAATCAATTTTAAGTTGAAAT-TTT-TACATTTTT
63 TACTCACTTTAAATAATTTTAT-AATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT
* * * * * * * *
5518 AGTTTAAACAAACTACAATTGAATGTCTACC-TCATTAAACAT-AAGAAAAATGGCATTCATTAG
127 GGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTAG
* * * * *
5581 CAAGAAAAGTCC-TGTTATAGTCA-CTCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCA-CTTTGAATAGT
190 CATGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGT
* ** * * * * * *
5643 TTTATAATTA-CAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTAAGTTAAAACATATTATA
252 TTTATAA-TACCATAATCGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT-
* *
5707 ATT-GAATGT-TAACCTTGGGAAA-AGTGAAG
313 ATTAGAATGTCT-ACCTTGAGAAACA-TAAAG
* * * * *
5736 AAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTCATT
1 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCGCCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATT
* * * *
5799 ACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGCATATTTTTGG
64 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGG
* * * * * * * * *
5864 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTGGTAAG
129 TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATG
* * * * * *
5929 AAAAGTCTATTTATAGTTACGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-ATTTAAATTGGTTTAT
194 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
5992 AAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTA-
257 AATAC-CATAATCGATTTTAAG-TTAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT-ATTAG
* ** * * ** *
6055 AATGTCTAACTCAATAGATGTAAAA
318 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG
* *
6080 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* *
6145 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
66 TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
* * * *
6210 AAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCATGGA
131 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGAA
* * * *
6275 AAGACCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAAGCGTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTGTAAT
196 AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
6340 GCCATAATCGCTTTTAAGTTAAATCTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTACAATAGAATGTG
260 ACCATAATCGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTAGAATGTC
* *
6405 TACCTTGAGAAACTTAAGG
324 TACCTTGAGAAACATAAAG
* * * * *
6424 AAAAAGGCATTTATCAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGTCCATTCCTTTAAACGCCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
6489 TCACTTTAAATACTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATT
66 TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
* * *
6554 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAAAGCATTCATTAGTATGAA
131 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGAA
*
6619 ACGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG
196 AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG
6675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 250, Indels: 94
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.00
342 108 0.08
343 171 0.13
344 931 0.70
345 109 0.08
346 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATA
CCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTAGAATGTCTA
CCTTGAGAAACATAAAG
Found at i:6183 original size:516 final size:513
Alignment explanation
Indices: 4699--6673 Score: 1752
Period size: 516 Copynumber: 3.8 Consensus size: 513
4689 CTCAATAAAC
* * * * ** *
4699 GTGAA-AAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCGCCAATTTCTT-TAAAAG
1 GTGAAGAAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAACTCT-ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAG
* * *
4761 TCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
64 CCTTATTACT-AGCTTTAAATAG-TTTTATAATC-CAAAATCAATTTAAAGTTGAATTCTTTGTA
* * * * *
4824 CATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTC
126 CATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * ***
4889 ATTAGCATGGAAAGACCATTTATGGTCACCTATACCTTCGAAACGCCTTATTACTGGCTTTAAAT
190 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT
* * * *
4954 AATTTTATAATGCCATAATCT-CTTTTAAG-TTAAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACT
254 AGTTTTATAAT-CCATAAT-TGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
* ** * * * *
5017 AT-ATTAGAATGTCCACCTTGAGAAACATAAGGAAAAAGGCATTTATCAAG-AAGAAAAGTTCCT
317 ATAATTA-AATGTCTACCTCAATAAACATAAGAAAAAAGGCATTCAT-TAGCAAGAAAAGTTCCT
* * * * * *
5080 TTGTAGTTGCCCATTCCTTTAAACGCCTTATTATTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTTAAAATT
380 TTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TATTTTATAATCTCAAAATT
** * * *
5145 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTATGTTTTTAGTTAAAACACACTAGAATTAAAAGTCTACCTTGA
444 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
*
5210 GAAGCA
509 GAA-AA
** * * * *
5216 -TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCATCAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCG
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
* * * *
5280 TTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAAACCATAATCGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TAACAT
66 TTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCCAAAATCAATTTAAAGTTGAATTCTTTGT-ACAT
* * * * * ** *
5343 TTTTAATTCAAACAGACTAGAATTAAATGTTTACCTTC-TGAAACAAAAAAAAGAAAGCATTCAT
129 TTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACTGAAGAAA-AAAGCATTCAT
** * *
5407 TAGCGTGGAAAGTGC-ATTGATAGTCACCTATACCTTCAAAA-CTCTTTATTACT-AACTTTAAA
192 TAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGC-C-TTATTACTCAA-TTTAAA
* ** * * *
5469 TAGTTTTATAAAGCCATAATCAATTTTAAGTTGAAA--TTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAACT
253 TAGTTTTAT-AATCCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
* * * *
5532 ACAATTGAATGTCTACCTCATTAAACATAAGAAAAATGGCATTCATTAGCAAGAAAAG-TCCTGT
317 ATAATTAAATGTCTACCTCAATAAACATAAGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCCT-T
* * * * *
5596 TATAGTCACTCA-TGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAAT-TACAAAAT
381 TATAGTCGCCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCT-CAAAAT
* * * *
5659 TAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TAACCTT
443 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCT-ACCTT
*
5723 GGGAAAA
507 GAGAAAA
* * * * *
5730 GTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
* * * * * *
5794 TCATTACTCA-CGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGCATAT
66 TTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATC-CAAAATCAATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACAT
* * * * * *
5858 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATT
129 TTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-TGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * * * *
5923 GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTGG
193 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGT
* * *
5987 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAA
257 TTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * ** * * *
6052 TTAAATGTCTAACTCAATAGATGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
321 TTAAATGTCTACCTCAATAAACATAAGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCCTTTATAG
*
6117 TCGCCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
386 TCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
* *
6182 AATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
450 AATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAA
* * *
6246 GTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCATGGAAAGAC-C-ATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAAG
1 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCA-AGAAA-ACTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAG
* * * * ** * * *
6309 CGTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTGTAATGCCATAATCGCTTTTAAGTT-AAATCTTTTTACA
64 CCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CCAAAATCAATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACA
* * * * * * * *
6373 GTTTTAGTTAAAACAGACTACAATAGAATGTGTACCTTGAGAAACTTAAGGAAAAAGGCATTTAT
128 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTGAA-GAAAAAAGCATTCAT
* * * * * * *
6438 CAACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCGTCC-ATTCCTTTAAACGCCTTATTACTCACTTTAAATA
192 TAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
* * * *
6501 CTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGACT
255 GTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTT-AAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACT
* * ** * ** * * * *
6564 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAAA-GCATTCATTAGTATGAAACG-TCCAT
317 ATAATTAAATGTCTACCTCAATAAACAT-AAGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCC-T
* * * *
6627 TTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATA
380 TTATAGTCGCCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATA
6674 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1177, Mismatches: 225, Indels: 113
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
513 6 0.01
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518 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
GTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCC
TTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCCAAAATCAATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTT
TTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTA
TAATCCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAA
TGTCTACCTCAATAAACATAAGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCCTTTATAGTCGCC
CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
AATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAA
Found at i:7080 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 8.7 Consensus size: 171
6765 NNNNNNNNNN
* * ** * *
6775 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATGAGGCTTCCGAAAGAATG
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * *
6840 GGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTATTCACCTTTCTTAAGGTTA-AC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG-TAGAC
* *
6904 ATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTC
130 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTC
* * * * *
6947 AAATTTAAATCAATTTTTTA-ATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAAT
1 AAATTTAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * **
7011 -GAGTGACTATAACA-GGACTTTCCTTACTAATGAATGCCATTTTTCTT-ATGTTTAATAAGGTA
65 AG-GTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCC-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
* ** * *
7073 GACATTCAATTATAGTTTGTTTGGACAAAAAATGTAAAAAAATTC
127 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTC
* * * * * * *
7118 AACTTAAAATCGATTATG-GCAGTATAAAACTATTTAAAGCT-AGAAATAAGGTCTTTTGAAGGT
1 AAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGA
* * * * * * ** **
7181 ATAGGTGACAATCAATGCAGTTTCCATGCTAATGAATG-CTTTCTTCTTTGCGTTTCACAAGGTA
63 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTT-TTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
* * *
7245 AACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-
127 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTC
* ** * ** * * * * *
7289 AAACTTAAAATTGATTATGACTTTATAAAACTATTTAAAGCT-AGAAAAAAGGTTTTTTTAAGGC
1 AAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGA
** * * * *
7353 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGATGCTAATGAATG-CTTTTGCCTTCACATTTGTCAAGGTA
63 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTTAAGGTA
** * * *
7417 GACATTCAATTCCAGTATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAAATTG
127 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAGAATTC
* * * * * * *
7464 AAATTTAAATTAATTTTGAGATTTTAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTTAAATGAATA
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * *
7529 GGCGA-TGATAAATGAACTTTTCTTG-TCGATAAATGCCTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAG
66 GGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTT-CTTCACGTTTCTTAAGGTAG
*
7591 ACATTCTATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AGATT-
128 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGA-ATTC
* * ** * * *
7634 TAACTTAAAAGAGATTATG-GCAATATAAAATTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTTGAAGG
1 AAATTTAAATCA-ATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGG
* * ** * * *
7697 TATAGGTGACTATAAATGGTCTTTTCACGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
62 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
*
7762 GACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTACAAAGAATTC
127 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTA-AAAGAATTC
* * *
7808 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATT
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * * * *
7873 GGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTTACGTCTCTTGAGTTAGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * ** * * *
7938 TTCAATTATAATATAATTTAAATAAAAATGTAAAACAATTTG
131 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAA-TTC
* * * * * * * * *
7980 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAACCAATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATG
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * * * * *
8045 GGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTTTGCCA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * *
8110 TTCTATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATGCAAAGAATTC
131 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAGAATTC
* * * * * *
8152 AAATTTAAATCAATTTTGAGGTTATAAGACTATTTAACGTGAGTAATGAGTCTTTTGAAAGAATA
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * *
8217 GGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
8265 CTTNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.02
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175 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTC
Found at i:8088 original size:344 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 344 Copynumber: 4.3 Consensus size: 340
6765 NNNNNNNNNN
* ** *
6775 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATGAGGCTTCCGAAAGAATG
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTT-TTAAAGAATA
* * * * *
6840 GGTGACTATAAAT-AGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTATTCACCTTTCTTAAGGTTA-A
65 GGTGACTATAAATGA-AGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG-TAGA
* * * * *
6903 CATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTTA-
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTTAACTTAAAATCAA--TTATAG
* * * *
6967 ATTATAAAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAAT-GAGTGACTATAACA-GGAC
189 ATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAA-ATGGAC
* * * * *
7029 TTTCCTTACTAATGAATGCCATTTTTCTT-ATGTTTAAT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG
251 TTTTCTTACCAATGAATGCC-TTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
** *
7092 TTTGGACAAAAAATGTA-AAAAAATTC
314 TTTTAATAAAAAATGTACAAAAAATTC
* * * * * * * * *
7118 AACTTAAAATCGATTATG-GCAGTATAAAACTATTTAAAGCT-AGAAATAAGGTCTTTTGAAGGT
1 AAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATGAGG-CTTTT-AAAGA
* * * * * * * *
7181 ATAGGTGACAATCAATGCAGTTTCCATGCTAATGAATG-CTTTCTTCTTTGCGTTTCACAAGGTA
62 ATAGGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTTTACGTTTCTCAAGGTA
* * * * **
7245 AACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTGATTAT-GA
126 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAGA
* * * * *
7309 CTTTATAAAACTATTTAAAGCTAGAAAAAAGGTTTTTTTAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
190 --TTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * ** *
7374 TTTGATGCTAATGAATG-CTTTTGCCTTCACATTTGTCAAGGTAGACATTCAATTCCAGTATGTT
252 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * *
7438 TTAATCAAAAATGTAAAAAAAAATTG
316 TTAATAAAAAATGT-ACAAAAAATTC
* * * *
7464 AAATTTAAATTAATTTTGAGATTTTAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTTAAATGAATA
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAA-GAATA
* * * * * * *
7529 GGCGA-TGATAAATGAACTTTTCTTGTCGATAAATGCCTTTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGAC
65 GGTGACT-ATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *
7593 ATTCTATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAA-GAGATTATGGCAA
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCA-ATTATAG-AT
* * *
7657 TATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGTCTTTT
191 TATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
7722 C--ACGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTT
255 CTTAC-C-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
*
7785 AATAAAAAATGTACAAAGAATTC
318 AATAAAAAATGTACAAAAAATTC
* * *
7808 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATT
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAA-GAATA
* * * * ** *
7873 GGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTTACGTCTCTTGAGTTAGACA
65 GGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACA
* ** *
7938 TTCAATTATAATATAATTTAAATAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATAAGATT
130 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTT-AACTTAAAATCAATTAT-AGATT
* * * * * *
8003 ATAAACCAATTTAAA-TTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC
192 ATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * * * * *
8067 TTACCAATTAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTTTGCCATTCTATTATAATCTGTTTTAAT
256 TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* * * *
8132 GAAAAATATGCAAAGAATTC
321 AAAAAATGTACAAAAAATTC
* * * *
8152 AAATTTAAATCAATTTTGAGGTTATAAGACTATTTAACGTGAGTAATGAGTCTTTTGAAAGAATA
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTT-AAAGAATA
*
8217 GGTGACTATAAAT-AGAGTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
65 GGTGACTATAAATGA-AGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
8262 CACCTTNNNN
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 178, Indels: 85
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 5 0.01
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347 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGAATAG
GTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAGATTATAA
AACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA
ATGTACAAAAAATTC
Found at i:8188 original size:517 final size:507
Alignment explanation
Indices: 6775--8264 Score: 1326
Period size: 517 Copynumber: 2.9 Consensus size: 507
6765 NNNNNNNNNN
* * **
6775 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATGAGGCTTCCGAAA-GAAT
1 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTAAAGGAAT
* * * *
6839 GGGTGACTATAAAT-AGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTATTCACCTTTCTTAAGGTTA-
65 AGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTCTTAA-GTTAG
* * * * * * *
6902 ACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTTA
128 ACATTCAATTATAATAT-ATTTAAATAAAAATGTA-AAAAAATTGAAATTTAAATCAA-TTTTAA
* * *
6967 -ATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAATGAGTGACTATAACA-GGACT
190 GATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TATAA-ATGGACT
* * * ** * *
7030 TTCCTTACTAATGAATGCCATTTTTCTTATGTTTAATAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTT
252 TTTCTTACCAATAAATGCC-TTTTTCTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCTATTATAGTCTGTTT
** * * * * *
7095 GGACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGGCAGTATAAAACTATTTAAAGCT
316 TAATAAAAATATG-AAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGGC-GTATAAAACTATTTAAAGCT
* * * * *
7159 AGAAATAAGG-TCTTTTGAAGGTATAGGTGACAATCAATGCAG-TTTCCATGCTAATGAATGCTT
379 AGTAATAAGGCT-TTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATG--GTTTTTCACGCTAATGAATGCTT
* **
7222 TCTTCTTTGCGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
441 TTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
7287 TT
506 TT
* ** * ** * * * * *
7289 AAACTTAAAATTGATTATGACTTTATAAAACTATTTAAAGCT-AGAAAAAAGGTTTTTTTAAGGC
1 AAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGA
* ** * ** * * *
7353 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGATGCTAATGAATG-CTTTTGCCTTCACATTTGTCAAGGTA
63 ATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TATTCACATTTCTTAAGTTA
** * * * * *
7417 GACATTCAATTCCAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAAATTTAAATTAATTTTG
127 GACATTCAATTATAATATATTTAAAT-AAAAATGT--AAAAAAATTGAAATTTAAATCAATTTTA
* ** * * * * *
7482 AGATTTTAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTT-AAATGAATAGGCGATGATAAATGAAC
189 AGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGAT-ATAAATGGAC
** * *
7546 TTTTCTTGTCGATAAATGCCTTTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCTATTATAGTCTGTT
251 TTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTT-CTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCTATTATAGTCTGTT
* * * * ** * *
7611 TTAACTAAAAATGTAAAAAG-ATT-TAACTTAAAAGAGATTATGGCAATATAAAATTATTTAAAG
315 TTAA-TAAAAATATGAAAAGAATTCAAATTTAAATCA-ATTATGGC-GTATAAAACTATTTAAAG
7674 CTAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGTCTTTTCACGCTAATGAATGCTT
377 CTAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGT-TTTTCACGCTAATGAATGCTT
* * * *
7739 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTACAAAG
441 TTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTA-AAAA
7803 AATT
504 AATT
*
7807 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
1 -AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* * * * * * *
7872 TGGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTTACGTCTCTTGAGTTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTCTTAAGTTAGAC
* * * *
7937 ATTCAATTATAATATAATTTAAATAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATAAGAT
130 ATTCAATTATAATAT-ATTTAAATAAAAATGTAAAA-AAATTGAAATTTAAATCAATTTTAAGAT
* **
8002 TATAAACCAATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC
193 TATAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
8067 TTACCAATTAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTTTGCCATTCTATTATAATCTGTTTTAAT
256 TTACCAATAAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCTATTATAGTCTGTTTTAAT
* * * *
8132 GAAAAATATGCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-GTTATAAGACTATTTAACG-TGAG
320 -AAAAATATGAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATG-GCG-TATAAAACTATTTAAAGCT-AG
* * * * * *
8195 TAATGAGTC-TTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTAC-C-AATGAATGCCTTT
381 TAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAAT-G-GTTTT-TCACGCTAATGAATGCTTTT
8257 TTCTTCAC
443 TTCTTCAC
8265 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 766, Mismatches: 169, Indels: 80
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
514 3 0.00
515 63 0.08
516 257 0.34
517 359 0.47
518 80 0.10
519 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATA
GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACATTTCTTAAGTTAGACA
TTCAATTATAATATATTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTGAAATTTAAATCAATTTTAAGATTAT
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATATAAATGGACTTTTCTTACC
AATAAATGCCTTTTTCTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCTATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAT
ATGAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGGCGTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCT
TTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGTTTTTCACGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
ACAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
Done.