Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397434.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_701.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18529
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 2479 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:342 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 56--1873 Score: 1618
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
46 GCTAATGGAC
* * * * *
56 GTTTCTCTAAGCAAACATTCAATTATAATATATTGTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTA
1 GTTTCTC-AAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
120 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCGTGGGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
* *
185 TATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTGCTTCAT
* * * * * *
227 GTTTCTCAAGGAAAACATTGAAATATTACT-TATTTTAATTAAAAATGTAAAACAA-TCTAACTC
1 GTTTCTCAA-GCAAACATTCAAATA-TAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTT
* ** *
290 AAAATCAATTAT-ATGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
63 AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG
* * * *
354 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCAAATGAATGATTTTTACTTCAT
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTGCTTCAT
* * * * * *
398 ATTTCCCGAAGCAAACATTC-AATACAATATATTTTAACCAGAAATGTACAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTC-AAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
462 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTAAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGAC
* * * *
526 TATAAATGAAGTTTTCTAT-CCAATGAATGCCTTTTGTTTCAT
129 TATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATG-CTTTTGCTTCAT
* * * ** *
568 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATATTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAA-GCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
633 AACCAATTATGACATTATTAAACTACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTGCAAAGGTATGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* *
698 ATAAATAGAATTTTCTAT-CTAATGAATGAC-TTTGCTTCAT
130 ATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATG-CTTTTGCTTCAT
* ** * * * * *
738 GTTTTTTGAG-ATAGATATTCAAATATAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTT
1 GTTTCTCAAGCA-A-ACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTT
* * ** ** *
802 AAAA-CTAATTATGATATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTG
63 AAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG
* * *
866 ACTATAAATGGACTTTTCTCT-CGAAT-AGATGGATTTTGCTTCAC
127 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGA-AT-GCTTTTGCTTCAT
* * * * * * * * * * *
910 GTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTGACCCACAATATAAAACAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAA-GCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
975 AATCAATTATGAGATTATAAGACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
** ** *
1039 ATAAATGGACTTTTTCTAAC-AATGAATGACTTTTTATTTAT
130 ATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTGCTTCAT
* * * * *
1080 GTTTCTCAAGACAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA-CTATAAATGTTAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTCTCAAG-CAAACATTCAAATATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
1144 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCACAGGC-TGAAATGA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-AGTGA
* * * * *
1208 CTATAAATTGACATTTCTTGCAAATGGATAGCTTTTGCTTCAC
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTGCTTCAT
* * * * *
1251 GTTT-TCTAAGGCAAACATTTAATTATAATATA-TTTCATTAAAAAAGTAAAAAAAAACTT-AAC
1 GTTTCTC-AA-GCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGT--AAAAAAA-TTCAAC
* * *
1313 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GT
61 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-
* * * *
1377 TGACTATATATAGACTTTTCTTG-TCAATGAATGACTTTTTCTTTAT
125 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATG-CTTTTGCTTCAT
* * * * *
1423 GTTTCTCAAAGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTC-AAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-A
* * * * * *
1488 AAAT-AATTATGAGATTCTGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTAAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
1552 TATAAATGAACTTTTCTTACCAGTGGATAGCTTTTGCTTCAC
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTGCTTCAT
* * * *
1594 GTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAAAATATTTTAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTT-CTCAAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * * *
1659 AATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAATAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGAC
* * *
1723 TATAAATGGACCTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTGCTTCAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTGCTTCAT
* * * * * *
1765 GTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTATAACATATCTTAATCAAAAATGT--CAAAATCTCAACTTA
1 GTTTCTC-AAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTA
* **
1828 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1874 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 250, Indels: 115
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.01
170 398 0.30
171 718 0.54
172 187 0.14
173 20 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTTTCTCAAGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTGCTTCAT
Found at i:724 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 56--1873 Score: 1673
Period size: 341 Copynumber: 5.3 Consensus size: 339
46 GCTAATGGAC
* * * * * *
56 GTTTCTCTAAGCAAACATTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAA
1 GTTTCTCAAAGCAAACATTCAA-TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
121 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCGTGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TAGGTGACT
* * * * * * * *
186 ATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTGAAAT
129 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
251 ATTACT-TATTTTAATTAAAAATGTAAAACAA-TCTAACTCAAAATCAATTAT-ATGATTGTAAA
194 A-TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGA-GATTATTAA
* *
313 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGC
256 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-C
*
376 AAATGAATGATTTTTACTTCAT
318 TAATGAATGATTTTTACTTCAT
* * * * * *
398 ATTTCCCGAAGCAAACATTCAATACAATATATTTTAACCAGAAATGTACAAAAATTCAACTTAAA
1 GTTTCTCAAAGCAAACATTCAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
463 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATAGGTAACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TAGGTGACTA
* * * *
528 TAAATGAAGTTTTCTAT-CCAATGAAT-GCCTTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
130 TAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATAG-CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * *
591 TATAATATATATTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGACATTATTAAAC
193 TATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAC
* * * * *
656 TACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTGCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTATCTAAT
258 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TCTAAT
* *
721 GAATGA-CTTTGCTTCAT
322 GAATGATTTTTACTTCAT
*** * * ** * *
738 GTTT-TTTGAG-ATAGATATTCAAATATAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACT
1 GTTTCTCAAAGCA-A-ACATTC-AATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACT
* ** ** ** *
801 TAAAA-CTAATTATGATATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGGC-ATGAG
62 TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTA-G-G
* * * * *
864 TGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CGAAT-AGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
124 TGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGA-ATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * * *** * *
927 TTCAATTGTAATCTGTTTTGACCCACAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
187 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
992 -TAAGACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
252 TTAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-ATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTT
* *
1054 CTAAC-AATGAATGACTTTTTA-TTTAT
314 CT-TCTAATGAATGA-TTTTTACTTCAT
* * * * * *
1080 GTTTCTC-AAGACAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTATAAATGTTAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTCTCAAAG-CAAACATTC-AATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * **
1144 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCACAGGCTGAAATGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-AGGTGAC
* * * *
1209 TATAAATTG-ACATTTCTTGCAAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAGGCAAACATTTA
128 TATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTCA
* * *
1272 ATTATAATATATTTCATTAAAAAAGTAAAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA-T
191 ATTATAATATATTTTAATAAAAAA-TATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATT
* * * *
1335 AAACCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTTGACTATATATAGACTTTTCTT
254 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* *
1399 GTCAATGAATGACTTTTT-CTTTAT
317 CT-AATGAATGA-TTTTTACTTCAT
* * * *
1423 GTTTCTCAAAGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAAAGCAAACA-TTCAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-A
* * * * * * *
1488 AAAT-AATTATGAGATTCTGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTAAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAG-GTGAC
* * * *
1552 TATAAATGAACTTTTCTTACCAGTGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAAACATTCAA
128 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAA
* ** * * *
1616 TTATAAAATATTTTAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAA
192 TTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA
*** * * *
1681 CTATTTAAAATAAATAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCTA
257 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTA
* * * *
1745 ATGGATAACTTTTGCTTCAT
320 ATGAATGATTTTTACTTCAT
* * * * * *
1765 GTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTATAACATATCTTAATCAAAAATGT--CAAAATCTCAACTTA
1 GTTTCTCAAAGCAAACATTCAA-TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTA
**
1828 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1874 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1211, Mismatches: 208, Indels: 115
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 3 0.00
340 37 0.03
341 499 0.41
342 418 0.35
343 238 0.20
344 14 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GTTTCTCAAAGCAAACATTCAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAGGTGACTAT
AAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTAATGAAT
GATTTTTACTTCAT
Found at i:1021 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 56--1873 Score: 1795
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 505
46 GCTAATGGAC
* * *
56 GTTTCTCTAA-GCAAACATTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTA
1 GTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
120 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCGTGGGTGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAC
* * * * * *
185 TATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTGAAA
130 TATAAATGGAATTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAA-GAAAACATTCAAA
* * * * * * *
250 TATTACT-TATTTTAATTAAAAATGT-AAAACAATCTAACTCAAAATCAATTAT-ATGATTGTAA
194 TA-TAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAT-ATTATAA
* * *
312 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCA
257 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-
* * * * * *
377 AATGAATGATTTTTACTTCATATTTCCCGAAGCAAACATTCAATACAATATATTTTAACCAGAAA
320 AATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCTC-AAGCAAACATTCAATATAATCTATTTTACCCA-AAA
** *
442 TGTACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATGAGGC
383 TGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
507 TTTCAAAGGCATAGGTAACTATAAATGAAGTTTTCTATCCAATGAATGCCTTTTGTTTCAT
446 TTTCAAAGGCATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTATCCAATGAATG-CTTTTGTTTCAT
* * *
568 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATATTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
633 AACCAATTATGACATTATTAAACTACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTGCAAAGGTATGAGTGACT
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACT
* * * *
698 ATAAATAGAATTTTCTAT-CTAATGAAT-GAC-TTTGCTTCATGTTTTTTGAGATAGATATTCAA
131 ATAAATGGAATTTTCT-TGCTAATGAATAG-CTTTTGCTTCATGTTTTTTAAGA-AAACATTCAA
760 ATATAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAA-CTAATTATGATATTATAA
193 ATATAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAATC-AATTATGATATTATAA
* **
824 AACTTTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCG
257 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC-
* * * * *
889 AAT-AGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTGACCCA
320 AATGA-AT-GACTTTTACTTCATGTTTCTCAA-GCAAACATTCAA-TATAATCTATTTT-ACCCA
* *
952 CAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTT-AAGCGAGTAATAA
380 AAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
1016 GGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTA-ACAATGAATGACTTTT-TATTTA
443 GGCTTTCAAAGGCATAGGTAACTATAAATGAAC-TTTTCTATCCAATGAATG-CTTTTGT-TTCA
1079 T
505 T
* * * * * * * * *
1080 GTTTCTCAAGACAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTATAAATGTTAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
1145 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCACAGG-CTGAAATGAC
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATG-AGTGAC
* * * * * * *
1209 TATAAATTGACA-TTTCTTGCAAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTTAA
130 TATAAATGGA-ATTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAA-GAAAACATTCAA
* * *
1273 TTATAATAT-ATTTCATTAAAAAAGTA-AAAAAAAA-CTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
193 ATATAATATAATTT-AATAAAAAA-TATAAAAAAAATC-TAACTTAAAATCAATTATGATATTAT
* * ** * *
1335 AAACCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTTGACTATATATAGACTTTTCTT
255 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-T
* * * *
1399 GTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAAGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCC
318 -TCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCTC-AAGCAAACA-TTCAATATAATCTATTTT-ACCC
* *
1464 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTCTGAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
379 AAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
1528 AAGGCTTTCAAAAGC-TTGAGTAACTATAAATGAACTTTTCT-TACCAGTGGATAGCTTTTGCTT
441 AAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTAACTATAAATGAACTTTTCTAT-CCAATGAAT-GCTTTTGTTT
*
1591 CAC
503 CAT
* * * *
1594 GTTTCCTGAA-GCAAACATTCAATTATAAAATATTTTAATC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 GTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** * *
1657 AAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAATAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTG
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA-GTG
** * * * * *
1721 ACTATAAATGGACCTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCA
128 ACTATAAATGGAATTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTT-TAAGAAAACATTCA
* * * * * *
1786 ATTATAACAT-ATCTTAATCAAAAATGT---CAAAATCTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
192 AATATAATATAAT-TTAATAAAAAATATAAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGATATTAT
* * *
1847 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGC
255 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1874 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 173, Indels: 106
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.00
511 56 0.05
512 490 0.45
513 271 0.25
514 247 0.23
515 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACT
ATAAATGGAATTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAAGAAAACATTCAAATA
TAATATAATTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACT
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAATGAA
TGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGCAAACATTCAATATAATCTATTTTACCCAAAATGTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
ATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTATCCAATGAATGCTTTTGTTTCAT
Found at i:2966 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2790--3354 Score: 493
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
2780 CCAAATATTA
* * **
2790 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCGATTATGAGACAATAA
1 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
2855 AACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGACGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
66 AATTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGAT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
*
2920 AATGGATTGCTTTTACTTCAAGTTTCTTAAAGTAGACTTC
130 AATGGATGGCTTTTACTTCAAGTTTC-TAAAGTAGACTTC
* *
2960 AATTAT-ATCTTATTTTAA-TAAAAAAGTAAAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTA
1 AATTATAAT-ATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTA
* * * ** *
3022 TAAAATTATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTTGAAGGCGTG-GATGGCTATAAATAGAC-TTT-T
63 TAAAATTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAA-GATTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * **
3084 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGACAAG-CATTC
126 TACCAATGGATGGCTTTTACTTCA-AGTTTCTAA-AGTAGAC-TTC
** * * * * *
3129 AGCTATACTATATTTTAACAAAAAATATAAAATAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * ***
3194 AAATTATTTGAAGCGAGAACTAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGACTTTTCNNNN
65 AAATTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAA-GATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTA
****** * * * *
3258 NNNNNNG-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAGATATTT
128 CCAATGGATGGCTTTTACTTCAAGTTT-CTAAAGTAGA-CTTC
*
3300 AATTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
3355 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 65, Indels: 39
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.08
169 78 0.25
170 168 0.54
171 40 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AATTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
ATGGATGGCTTTTACTTCAAGTTTCTAAAGTAGACTTC
Found at i:5911 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5467--7252 Score: 1676
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
5457 NNNNNNNNNA
* * * * * ** * *
5467 TGTTTTTATCAAAAATATGAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACAATGAAA-CTATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCA
* * * * *
5531 AAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATG
65 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * **
5595 GCTTTTGGTTCATGTTCCTTGACGCAAACATTCAAATATAAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * * *
5638 TTTTTTAACCACAAGTGT--AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
* *** * *
5701 AGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAACAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGG
66 AG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
*
5765 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATC
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* *
5807 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTC-ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCA
*
5871 AAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
65 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** *
5936 CTTTTGCTTCATGGTTTC-TAAGATAAACATTCAAATATAGTC
130 CTTTTGCTTCAT-GTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * *
5978 TGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAACAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CAAT
1 TGTTTTAACCAAAAATGT--AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-AT
* * * ** * * * *
6042 TCAAAATGAGTAATAAAGCTTTCCAAGTTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGGA
62 TCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA
* ** *
6107 TGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACA-TCTAAATATAATC
127 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC-AAATATAATC
* * * *
6152 TATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
* * * * *
6217 AGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAG
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * *
6281 CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAAATATAAT-
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * * *
6322 T-TTTTAAAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATGATGAGGTTATAAAACCATTC
1 TGTTTT--AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTC
* * *
6386 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
64 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
*
6450 GCTTTTGTTTCATGTTTC-TAGAGGCAAACATTCAAATATAATC
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * ** *
6493 TATTTTAACGAAAAATATAAAAACAAATTCAACTCGAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACCATT
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATCATT
* * * * * *
6557 CAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGAT
63 CAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * *
6622 AGCTTTTGCTTTAAGTTT-TATAAGGCAAACATTCAAACATAACC
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * * * * *
6666 TGTTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACTTCAAATCAATTATTAGATCATAAAATAATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
* * * * * * * * * * *
6731 AATGAGTACTAATGCTTTCAAAGGTATAAGTGGCTATAAATGGACTTCTCCTGCCAATGAATAGC
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * *
6796 -TTTGTCATCATTTTTCCTGAGGC-AACATTCAATTATAGTCC
131 TTTTG-CTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAAT-C
* * * * * * * *
6837 GGTCTT-GCCAATAAT-CAGAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTGA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCA
* * * * * *
6900 AAGCT-AGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
65 AAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
** ** * *
6964 GCTTTT-CTTCACCTTTCTCGAGGCATACATTCACATATAATC
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* ********** * *
7006 TCTTTTAACCAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
* * * * ** *
7071 AGTGAATAATAAGGCTTTCGACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTATCAATGGATGAC
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * *
7136 TTGTGCTTCACAT-TTTC-TAAGGTAGACATTCAAATATAGTC
131 TTTTGCTT--CATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * * *
7177 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTC
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTC
7242 AAAGTGAGTAA
64 AAAGTGAGTAA
7253 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1316, Mismatches: 253, Indels: 90
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 162 0.12
170 289 0.22
171 502 0.38
172 98 0.07
173 130 0.10
174 135 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
Found at i:6771 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 5491--7252 Score: 1792
Period size: 514 Copynumber: 3.4 Consensus size: 512
5481 ATATGAAAAG
* ** * * * * *
5491 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACAATGAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCG-AAG
1 ATTCAACTTGAAATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
** * ** * * *
5555 GTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CTAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTCCTTGACG
65 CATGG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATT-TTTAAGG
** * * * *
5619 CAAACATTCAAATATAAAATTTTTTAACCACAAGTGT-AA-AC-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
127 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * **
5681 GAGATTATAAAATCATTGAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAA-CAACTATAAATG
192 GAGATTATAAAATCATTCAAAG-TGAGTAATAACGCTTTCGAAGG-TAT-AAGTGACTATAAATG
* * * *
5743 GACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCT
254 GACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAAT-T
* *
5808 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTC-ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
318 -TTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
* *
5872 AGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
381 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * *
5937 TTTTGCTTCATGGTTTCTA-AGATAAACATTCAAATATAGTCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAA
446 TTTTGCTTCAT-GTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAA
6001 ACAA
509 ACAA
* * * * * * *
6005 ATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACAATTCAAAATGAGTAATAAAGCTTTC-CAAG
1 ATTCAACTTGAAATCAATTA-TAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * *
6069 TTATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAACGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGG
65 -CATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTAAGG
* * * * *
6133 CAGACA-TCTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-ACAATTTAACTCAAAATCAATTA
127 CAAACATTC-AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACACAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
6196 TGAGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAA
191 TGAGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGA
* * *
6261 CTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAAATATAATTTTT
256 CTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTTT
* * *
6326 TAAAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATGATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGT
321 T--AACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGT
* *
6391 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
384 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
* * *
6455 TGTTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACGAAAAATATAAAAACAA
449 TGCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAA
* *
6519 ATTCAACTCGAAATCAATTATATGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTGAAATCAATTATA-GATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * *
6584 CATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTTA-AGTTTTATAAGGC
65 CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA-TTTT-TAAGGC
* * * *
6648 AAACATTCAAACATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAACA-AATTCAACTTCAAATCAATTATT
128 AAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
6712 AGATCATAAAATAATTTAAAATGAGTACTAATGCTTTCAAAGGTATAAGTGGCTATAAATGGACT
193 AGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
6777 TCTCCTGCCAATGAATAGC-TTTGTCATCATTTTTCCTGAGGCA-ACATTCAATTATAGTCCGGT
258 TTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAAT---TT
* * * * * * * * *
6840 CTT-GCCAATAATCAGAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTGAAAGC
319 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAG-
* * * * *
6904 T-AGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAG-CGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
383 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTC-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
** * * * * *****
6967 TTT-CTTCACCTTTCTCGAGGCATACATTCACATATAATCTCTTTTAACCAAAAATGT--NNNNN
447 TTTGCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
*
7029 N
512 A
**** * * **
7030 NNNNAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGACGG
1 ATTCAACTTGAAATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * * * * *
7095 CATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTATCAATGGATGACTTGTGCTTCACATTTTCTAAGGTA
65 CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTT-TAAGGCA
* * * * * *
7160 GACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACAATTTAAGTTAAAATCAATTATG
129 AACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAACACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
7225 AGATTATAAAATGATTCAAAGTGAGTAA
193 AGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAA
7253 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 178, Indels: 69
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 136 0.13
512 7 0.01
513 184 0.18
514 408 0.39
515 97 0.09
516 204 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (512 bp):
ATTCAACTTGAAATCAATTATAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTAAGGCAAA
CATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTTTTAACC
AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
TGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAA
Found at i:7046 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6870--7192 Score: 310
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
6860 ATTCATCTTA
** * * *
6870 AAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTGAAAGCT-AGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAG-TGAATAACAAGGCTTTCGAAGACATAAGCGA
* * * * * *
6934 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTCTTCAC-CTTTCTCGAGGCATACATTCA
65 CTATAAATGGACTATTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTTCACATTTTCT-AAGGCAGACATTCA
*
6997 CATATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTG
129 AATATAATCTCTTTTAACCAAAAATGT----------AACTTG
* * * ** *
7040 AAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGACGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGACATAAGCGAC
* *
7105 TATAAATGGACTATTCTTATCAATGGATGACTTGTGCTTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAAA
66 TATAAATGGACTATTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAAA
* * *
7170 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT
131 TATAATCTCTTTTAACCAAAAAT
7193 ATAAAAAACA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 82 0.65
171 39 0.31
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGACATAAGCGAC
TATAAATGGACTATTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAAA
TATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAACTTG
Found at i:8252 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7941--14313 Score: 5533
Period size: 171 Copynumber: 37.4 Consensus size: 171
7931 NNNNNNNNNN
* * * * **
7941 TTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTCGAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
8006 TCAATTATGAGA-TATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATAGGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* *
8070 AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * ** * * *
8111 TTCTCCAGACAGATGTTCAAATATAATGTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTGAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
8176 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATCAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * *
8241 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGTTTTATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * ** * ***
8282 TTC-CAGAGGTAAACATTCAAATATAATCTATTTTAATGGAAAATGTATAAAAAAATTCAACGCG
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
8346 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTAAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* *
8411 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACATCACAT-T
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-T-TCATGT
* * * * * * * * *
8456 TTAT-AAGGCAAACATTCAAACATGATCTATTTTAATCAAAAATATAAACAAATTCAACTTCAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** * * * *
8520 TCAGTTATTAGATCATAAAATAATTTAAAATGAATAATAATGCTTTCGAAGG-TATGGGTTG-CT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGG-TGACT
* * * * * * * *
8583 ATAAATGAACATCTCCTG-CTAATGAATAGC-TTTGTCATCATTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTG-CTTCATGT
* * * * * * ** *
8626 TTC-CTAAGGCA-AGATTCAATTATAGTCCGTTCTT-GCCAATAACCAT-AAAAAATTTAACTTA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT-TTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * *
8687 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCT-AGTAATAATGTTTTTTAAGGCTTGAGCGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
8751 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
8796 TTCTCGAGACAAACCTTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
8861 TCAATTATGAGATTAAAAAACAATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* ** * * *
8926 AAATGAACTTTTCTCATCAATGGCTAGCTTTTACTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * *
8967 TTTTTAAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAAACAATT-AAGTT
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-CAAAA-ATAT-AAAAA-AATTCAACTT
** *
9031 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCAAGG-TGTGGGTG
62 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
* ** * *
9095 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTACTTTTGCTTTACGT
126 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * ** * * *
9141 TTCTTGAAGCAGACATTCAAATATGATTTCTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* *
9206 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
*
9271 AAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
9312 TTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAAT-TTTTTTAAACCAAAAATGTAACAAAATTTAAGTCAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
9376 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTAACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * *
9441 TAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCATAT
130 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * * ***
9483 TT-TCAGAGGTAAACATTCAAATAGAATCTATTTTAATC-GAAATGTGAAAAAAATTCAGCTCGG
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA
** *
9546 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAAGG-TATGGGTAAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* * * *
9610 TATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * **
9654 TTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCAT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCGAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
9718 ATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAAGTTTTCGAAGGCATGGGTGATTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * * * *
9783 TAAATAGACTTTTATTATCAATTGG-TAGCTTTTGCTTCACGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGTCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCATGT
*** * * ** * * * **
9825 TTCTCGATATAGACATTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATGTACAAAAACTCAACTTGGAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
9890 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTCAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTAACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * *
9955 AAATGAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * ** * * *
9996 TTCTAAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAATGAATTCAACTCAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * *
10061 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACCA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * * * * * *
10126 TAAATAGATTTTTTTTTATCTATAGATGGCTTTTGCTTCACGT
130 TAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
10169 TT-TCCAAGGCAAACATTCAAATATGATTTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACCTT-A
1 TTCT-CGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAA
* ** * * * * *
10232 AATCAGTTATGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTCGAAGG-TATGGATGGC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* * *
10296 TATAAGTGGAC--ATC---TC--T--A--GCTTTTTCTTCAT-T
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
10328 TTTTAGAGGCA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATA-AAAAAAAAT-AATTTTAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * ** ** *
10390 TCAATTATGAGAATAAAAAACTATTTATAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGAGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * *
10455 AAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATAGCTTTGGCTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* *
10496 TTCTC-ACGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAA
1 TTCTCGA-GGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
10560 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATCCAAAGTGAGCAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
*
10625 TAAATGGACTTTTCTTGTGAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT-T
130 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGT
* * * * * *
10668 TTCT-AAAGCAAACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAAGTTAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
10732 ATCAATTATGAGAATATAAAA-GATTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTCCAAGG-TATAGATGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACT
* **
10795 ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTATTTCATGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * * * *
10838 TTCTTGAGATAGACATTCAAATATAATCTATTTGAACCAAAAATATATAAAAATTTAACTCAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
10903 TTAATTATCACATTATAAAACCATTC-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCGTGGGTAACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * *
10967 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATGGCCTTTACTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *** * * ***
11008 TT-TCAGAGGTAGATATTCAAATACAATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAGAAAATTGAACGCGA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAA
* * * *
11072 AATCAATTATGAGATTATAAACCCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* *
11137 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
11180 TTCACAAGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAA-TAAAACATATAAAAAAATTCAA-TTCGA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTT-AA
* *
11243 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTAT-GAAGG-TATAGGTAA
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCT-TGGGTGA
* * * **
11306 CTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATATCTTTTGCTTCACT-T
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGT
* * * * * *** * * * *
11351 TT-TCAAAGGAAGACATTCAAATATAATATATTTCAATTGAAAATGTGAAAATAATTTAACTCAA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
11415 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
*
11480 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * ** * *
11523 TT-TCCAAGGCAGACGTTCAAATATGATCTGTTTTAATCAACTATATAAACAAATTCAACTTCAA
1 TTCT-CGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * * *
11587 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGGCT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACT
* * * * *** * * *
11651 ATAAATGGACATATCTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTTATTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
11694 TTC-CTAAGCCA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTTACCAAAAAT-TAGAAACAATTCAACTTAA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * **
11756 AATCAATTACGAGATTATAAAACCATTGAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCAAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* ** * *
11820 TATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * *
11864 TTATTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTGAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * *
11928 TTGATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGACA-GCATAGGTGACTA
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGGTGACTA
11992 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT-T
130 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGT
* * * * * * * * *
12035 TTCT-AAGACAAACATTCACATATAGTCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAAAATT-AAGTTAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCA-AAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * *
12098 AATCAATTATGAGATTATAAAATGATTCAAAGTGATTAAAAAGGCTTACCAAGG-TACGGGT-AC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* * * * * *
12161 TATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGTATGGCTTTTGCTTTACGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
12205 TTCTTGAGGTAGACAGTCAAATATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTCAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAA
* * *
12269 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATT-GGTGACC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACT
** **
12333 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCCATGGCTTTTGCTTCACAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * ** * * * *
12376 TTTTCAAGATAGACATTCAAATATGATCTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAA-TCTAACTTCAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAA
** * *** ** *
12440 ATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACAAGTAATAATACTTTCGAAGG-TATGGGTGGCT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACT
* * ** * *** * * *
12504 ATAAATGGACATCTCTTACCAATGAACAACTTTTTCGTCATTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * *
12547 TTCCCAAGGCA-AAATT-AATTAAAATATGTTTTTACCAAAAAT-TAGAAAAAATTCAACTAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * *
12609 ATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTACAGTGAGTAGTAAGGCATTCGAAGCCTTGAGAGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* **
12674 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTATTTCATGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
12716 TTCTCGAGGTCA-ATATTTAAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAA
1 TTCTCGAGG-CAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
12780 ATCAATTAT-AGTATTAT-AAACCAATCAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATGGGTGACT
65 ATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * *
12843 ATGAATAGACTTGTCTTGTCAATGTATGACTTTTGCTTCATG-
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * * *
12885 TTCTCTAAGCTAGACATTCAAATATAGTTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAATTTAAATTAA
1 TTCTCGAGGC-AGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
12950 AATGAATTATGAGATTATAAAACGATT--TA--GAGTAATAAGGCTTTCGGA-GTTATCGGTGAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* *
13010 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * ** *
13054 TTCTTGAGGCAGACATT-AAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAGGAAATTCAACTCAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * **
13118 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGCCATGGGCGGTTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* *
13183 AAAAGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * ** *
13224 TTCTTGAGACAAACATTCAAATATAATTTATTTTGATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
13289 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
**
13354 AAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
13395 TTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTGAACTCAAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
13460 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * *
13525 AAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATAGCTTTCGCTTCACGT
131 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
13566 TTC-CAGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTGAA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
13630 ATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTCTCGAAAG-TATGGGTGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACT
** * * **
13694 ATAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTACTTCACAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * * * *
13737 TTCTAGAGGTAAATATTCAAATATAATCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAACAATTGAACTCAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * * * * * *
13802 ATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAGGCGA-TC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-
* * *
13866 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * ** * * *
13909 TT-TCTAGGGTAGACATTCAAATATGATCTATTTTAACCAAAAGCATAAAATATTTCAACTTCAA
1 TTCTCGA-GGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * * * * *
13973 ATCAATTA-GAAGAATATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATGGGTGGC
65 ATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* * * * ** * * *
14036 TATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAACAGCTTTTTCTTTATTT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * *
14080 TTC-CTGAGGCA-ACATTCAATTATAATCT-TTTT-ACTAAAAAT-TAGAAAAAATTTAACTTAA
1 TTCTC-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * ***
14140 AATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTC-TAGTCAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAAAGAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* ** * * *
14204 TATGAACAGACTTTTCTT-ACTAATGGATAGCTTTTACTTCATGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * *
14248 TTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATCCATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTGAAA
1 TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
14312 TC
66 TC
14314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5010, Mismatches: 1027, Indels: 332
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 59 0.01
157 8 0.00
158 31 0.01
159 8 0.00
160 13 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 39 0.01
167 40 0.01
168 177 0.04
169 206 0.04
170 897 0.18
171 2488 0.50
172 675 0.13
173 218 0.04
174 138 0.03
175 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
Found at i:15042 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 14856--15190 Score: 312
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
14846 TAGAAATATA
* * ** * ** *
14856 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTGTAAAATCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATATGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTC
* * * * *
14921 AGAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACG-TTTCTG
65 AAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAC--TTCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTTC-C
*
14985 AAGGGAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACC
127 AAGGGAAACATTCAAATATAATACGTTTTAACC
*
15018 AAAAANNNNNNNNNNATAAACTTAAAATCAATTATATGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGCATT
1 AAAAA----------ATAAACTTAAAATCAATTATATGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGCAAT
* * ** * *
15083 AAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATG
56 AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCACG
* * * *
15148 TTTTCCAAGGTAGACATTCAAATATAGTCCGTTTTAACC
121 TTTTCCAAGGGAAACATTCAAATATAATACGTTTTAACC
15187 AAAA
1 AAAA
15191 CTATAAAAAG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 25, Indels: 15
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.04
169 57 0.42
170 4 0.03
171 70 0.51
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (159 bp):
AAAAAATAAACTTAAAATCAATTATATGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCA
AAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTTCCAAGG
GAAACATTCAAATATAATACGTTTTAACC
Found at i:16095 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15711--16717 Score: 840
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 172
15701 NNNNNNNNNN
* * * * *
15711 AAAATTCAACTTCAAATCAATTACGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATAATGCTTTC-A
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * * ** **
15775 AGGCATGTGTGACTGTAAATGGACATCTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTTCATTTTTC-CCAA
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGGA
* * * * * *
15839 GGCA-ACATTTAATTATAATTTATTTTTATTAAAAATGA-GAA
131 GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAAT-ATAAA
* * ********** *
15880 AACATTCAACTTAAAATAAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
15945 AGGCCTGAGTTACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AA
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGGA
* * * * **
16009 TGCTGGCATTCCAATATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAA
131 GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
* * ** * *
16051 AAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCGTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* ** * * * *
16116 AGGCATG-GCTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAACAGATGGTTTTTGCTTAACGTTT-TCTG
66 AGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGG
** * * *
16179 AGGCAGACATTCAAATATAGCCTGTTTGAACTAAAAATGTAAA
130 AGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
* ** * * * *
16222 AACTATTCAAGGTATAATCAAGTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
** * **
16287 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTACTTCAGGTTT-TTTG
65 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGG
* * * *
16351 AGGCAAACATTCAAATATAATTTGTTTT-AGTGAAAAATGA-AAA
130 AGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAAT-ATAAA
* * * *
16394 AAAA-TC-ACTTAAATTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
16457 ATGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCATT-AGGTTTCCCGG
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC-TTCAGGTTTCTCGG
* * * *
16521 A-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATATA
130 AGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
* * * * * * *
16563 AAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * ** * * * **
16628 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATAGCTCTTGCTTCA-CTTT-TTTGA
66 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGGA
* *
16691 GGTAAACATTCAAATATAATCTATTTT
131 GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTT
16718 GGACTATAAA
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 162, Indels: 35
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 178 0.27
170 93 0.14
171 250 0.38
172 135 0.21
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTCGGA
GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
Found at i:17095 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16774--18525 Score: 1631
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
16764 ATTAGAAATG
* * *
16774 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGAGGCAGACATTC
* * * ** * * *
16839 AAATATGATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
16904 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAAAGCATGTGT
130 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
** * * * * *
16945 GACTATAAATAAAATTTATTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATCTTTC-AAGGCAGACCT
1 GACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTGAGGCAGACAT
* ** * * *
17009 TCAAATATAGTCTATGCTAAACAAATATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCTATTATGAGATTAT
63 TCAAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
17074 AAAACGATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
128 AAAACCA-TTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * *
17117 GACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGATGCAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACATTC
* * * ** * * * *
17182 AAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAATTTGAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
17247 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGT
130 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * **
17288 GACTATAAATCGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCTCTGAGGCCA-ACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT-TCTGAGG-CAGACATT
** * * * * *
17352 CAAATATTGTCTATTTTAATCAAAT-TTTAAAACAAATTTAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTAT
64 CAAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
17416 AAAATGATTCAAAGTGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGTATGGGT
128 AAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * **
17459 GGCTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACATTC
* * * ****
17524 AAATATAATCTATTTTAACCAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTNNNN
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
****** *
17588 NNNNNNTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
130 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
17629 GACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCCTATTTCCTGAAGCTAG-CGTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGGC-AGACATT
* * * ** * * * * *
17693 CAATTATAATATATTTCAATTAAAAATATATAAAAATCTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATA
64 CAAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** ** *
17758 AAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGATTTTTGAAGGCATGAGT
129 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * ** *
17800 AACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAGGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGAGGCAGACATTC
* * * * * *
17865 AAATAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * **
17930 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTATGACT
129 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
17972 GACCATAAATAGACTTTT-TCTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAAGCAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACATT
* * * * * *
18036 CAAATATGATCTGTTTTAATCAAATATATATAAAAAA-ATAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * ** * * * **
18100 AAAATAATTTAAAACGTGTAATAATGCTTTCGAAGTTATGGGT
128 AAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * * * * * * *
18143 GGCTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATTTTTCCTAAAGCA-ATATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGGCAGACATTC
* * * * *
18207 AATTATAATCTATTTTTACCAAA-A-ATAAAAAATATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * *
18270 AAATAATTGAAAGCT-AGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGAGC
129 AAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * *
18312 GACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTGACGTTTGTAGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACATTC
* * * *
18377 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTAT-A
65 AAATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
18441 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
130 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* *
18482 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
18526 CATT
Statistics
Matches: 1275, Mismatches: 274, Indels: 65
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 5 0.00
169 102 0.08
170 260 0.20
171 605 0.47
172 282 0.22
173 13 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGGCAGACATTCA
AATATAATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
Found at i:17741 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 16774--18525 Score: 1865
Period size: 512 Copynumber: 3.4 Consensus size: 507
16764 ATTAGAAATG
* * * *
16774 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTC
* * *
16839 AAATATGATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AAATATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
16904 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAAAGCATGTGTGACTATAAATAAAATTTATTTTGT
130 AACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGT
* * * * **
16969 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATCTTTC--AAGGCAGACCTTCAAATATAGTCTATGCTAAACA
194 CAATGGATGACTTTTGCTT--CATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAACA
* * * *
17032 AATATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAAGGAGTAATA
257 AATATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAAGAATTAAAAGGAGTAATA
* * *
17097 AGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTAT
320 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTTAT
* * * * * * *
17162 GTTTCTTGATGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAATTTGA
385 ATTTCCTGAAGCAG-CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-AAAAATATTCAACTTGA
* *
17227 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGT
448 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT
* * * *
17288 GACTATAAATCGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCTCTGAGGCCA-ACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGG-CAGACATT
** * * * * * * * *
17352 CAAATATTGTCTATTTTAATCAAATTTTAAAACAAATTTAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTATA
65 CAAATATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * * *
17417 AAATGATTCAAAGTGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGTATGGGTGGCTATGAATGGACTTTTCTTGT
129 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
* * *
17482 CAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAA
194 CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAACAAA
* * ********** *
17547 -ATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTCAAAGTGAGTAATAAG
259 TATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAGAATTAAAAG-GAGTAATAAG
* * **
17611 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCCTAT
322 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTTATAT
* * **
17676 TTCCTGAAGCTAGCGTTCAATTATAATATATTTCAATTAAAAATATATAAAA-A-TCTAACTTGA
387 TTCCTGAAGC-AGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-A-AAAATATTC-AACTTGA
** *
17739 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGATTTTTGAAGGCATGAGT
448 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT
* * * * * *
17800 AACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAGGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTC
* *
17865 AAATAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
66 AAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
17930 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTATGACTGACCATAAATAGACTTTT-TCTG
129 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TG
* * * * * * *
17994 TCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-TTCAAAGCAAACATTCAAATATGATCTGTTTTAATCA
193 TCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAACA
* * * * * * *
18058 AATATATATAAAAAAATAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGTGTAATA
257 AATATGTA-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAGAA-TTAAAAGGAGTAATA
* ** * * * * * *
18123 ATGCTTTCGAAGTTATGGGTGGCTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTTTA
320 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GGTTTTTGCTTTA
* * ** * *
18187 TTTTTCCTAAAGCAATATTCAATTATAATCTATTTTTACCAAAAATAAAAAATATTCAAC-TGAA
384 TATTTCCTGAAGCAGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAATATTCAACTTG-A
** * * * *
18251 AATCAATTATGAGATTATAAAATAATTGAAAGCTAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT-TGAGC
448 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGT
* * * *
18312 GACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTGACG-TTTGTAGAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-AGGCAGACATT
* * * *
18376 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTAT-
65 CAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
18440 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
129 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
18505 CAATGGATGACTTTTGCTTCA
194 CAATGGATGACTTTTGCTTCA
18526 CATT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 198, Indels: 52
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 75 0.07
511 56 0.06
512 398 0.39
513 238 0.23
514 231 0.23
515 18 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTC
AAATATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCA
ATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAACAAATA
TGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAGAATTAAAAGGAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTTATATTTCC
TGAAGCAGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAATATTCAACTTGAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT
Found at i:18101 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 16774--18525 Score: 1704
Period size: 343 Copynumber: 5.1 Consensus size: 342
16764 ATTAGAAATG
* *
16774 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TAAGGCAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * ** * *
16838 TAAATATGATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
16903 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAAAGCATGTGTGACTATAAATAAAATTTATTTTG
131 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTA
* * * * * ** *
16968 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATCTTTCAAGGCAGACCTTCAAATATAGTCTATGCTAAACAA
195 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAATCAA
* * * * * *
17033 ATATGTA-AAAAAATTTAAGTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAAG-GAGTAAT
260 ATATATATAAAAAA-ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAAGTGAGTAAT
*
17096 AAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
323 AA-GCTTTCGAAGGCATGGGT
* * * * *
17117 GACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTTCTTGATGCAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * **
17181 CAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAATTTGAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
17246 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTAT
131 AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* * * * **
17311 CAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-ATTCTCTGAGGCCAACATTCAAATATTGTCTATTTTAATCAA
196 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAATCAA
* * * **
17375 AT-T-T-TAAAACAAATTTAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAATGATTCAAAGTGAGTAA
260 ATATATATAAAA-AAA--TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAA
*
17437 TAAGTCTTT-GAAAGGTATGGGT
322 TAAG-CTTTCG-AAGGCATGGGT
* * * *
17459 GGCTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCATG-TTTCTTGAGGCAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACATT
* * ** **
17523 CAAATATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAAACA-ATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTNN
66 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-ATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT
******** * * * * *
17586 NNNNNNNNTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTA
130 AAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * * * * *
17651 TCAATGGATGGTTTTTGCTTC-C-TATTTCCTGAA-GCTAGCGTTCAATTATAATATATTTCAAT
195 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTT--TCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAT
* * ** * *
17713 TAAAAATATATAAAAATCTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAA
257 CAAATATATATAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAA
* * *
17778 TAAGATTTTTGAAGGCATGAGT
322 TAAG-CTTTCGAAGGCATGGGT
* * * *
17800 AACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTTC-AAAGGCAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * *
17864 CAAATAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT
66 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-ATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
17929 AAAACCATTCAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTATGACTGACCATAAATAGACTTTT-TCT
130 AAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-T
* * * * * *
17993 GTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAAGCAAACATTCAAATATGATCTGTTTTAATCA
194 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAATCA
* ** * ** *
18058 AATATATATAAAAAAATAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGTGTAATA
259 AATATATATAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATA
**
18123 ATGCTTTCGAAGTTATGGGT
324 A-GCTTTCGAAGGCATGGGT
* * * * * * * * * *
18143 GGCTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTTAT-TTTTCCTAAAGCA-ATAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACAT
* * * *
18205 TCAATTATAATCTATTTTTACCAAAAATA-AAAAATATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * *
18269 AAAATAATTGAAAGCT-AGTAATAAGGCATTCGAAGGCT-TGAGCGACTATAAATTGACTTTTCT
130 AAAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
18332 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTGACGTTTGT-AGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC
193 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCA-AGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAT
* *
18396 CAAA-A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTAT-AAACCATTCAAAGTGAGT
257 CAAATATATATAAAAAAA-T-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGT
18458 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
320 AATAA-GCTTTCGAAGGCATGGGT
*
18482 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCA
18526 CATT
Statistics
Matches: 1151, Mismatches: 224, Indels: 72
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.01
339 70 0.06
340 161 0.14
341 278 0.24
342 243 0.21
343 379 0.33
344 9 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTTAAGGCAGACATT
CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAATCAAA
TATATATAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAG
CTTTCGAAGGCATGGGT
Found at i:18291 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 16776--18525 Score: 1818
Period size: 683 Copynumber: 2.6 Consensus size: 681
16766 TAGAAATGGA
* * * ** * * *
16776 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTTA
1 CTATAAATGGACATCTCTTGCCAA-TGAATGATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCA
* * * ** * **
16840 AATATGATATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
65 AATATAATCTATTTTAA-CCAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * * ** * * *
16905 ACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGC-TTACAAAAGCATGTGTGACTATAAATAAAATTTATTTTGT
129 ATAATTCAAAGTGAGTAATAAGGCATT-CGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTT-TCTTAT
* * * * * * *
16969 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATCTTTCAAG-GC-AGACCTTCAAATATAGTCTA-TGCTAAAC
192 CAATGGATGGCTTTTGCTTGACA--TTTCTAGAGCTAGACATTCAAATATAATATATTTC-AACC
* * * * * *
17031 AAATATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAAG-GAGTAA
254 AAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTCAAAGTGAGTAA
* * * *
17095 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTT
317 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTC
** * * * * * *
17160 ATGTTTCTTGATGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAATTT
382 ATGTTTCTAAAGGCAAACATTCAAATAAAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAACTC
* * * **
17225 GAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGA
447 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGA
* * * * * *
17290 CTATAAATCGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCTCTGAGGCCAACATTCAA
512 CCATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTCTCTAAAGCAAACATTCAA
* * *
17355 ATATTGTCTATTTTAATCAAATTTTAAAACAAATTTAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAA
577 ATATTGTCTATTTTAATCAAATTTTAAAACAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* **
17420 TGATTCAAAGTGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGTATGGGTGG
641 TAATTCAAAACGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGTATGGGTGG
* * * * * * * *
17461 CTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATGATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAA
* * *******
17526 ATATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTNNNNNNN
66 ATATAATCTATTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
*** * * * *
17591 NNNTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTATCAAT
131 AATTCAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
* * * * **
17656 GGATGGTTTTTGCTT-CCTATTTCCT-GAAGCTAG-CGTTCAATTATAATATATTTCAATTAAAA
196 GGATGGCTTTTGCTTGAC-ATTT-CTAG-AGCTAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAAA
* * * *
17718 ATATATAAAAATCTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGA
258 ATATAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
17783 TTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTT
322 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTT
* ** *
17848 T-TCAAAGGCAAACATTCAAATAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATATTTAACTCAAA
387 TCT-AAAGGCAAACATTCAAATAAAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAA-ATATTCAACTCAAA
*
17912 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTATGACTGACCA
450 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGACCA
* ** *
17977 TAAATAGACTTTT-TCTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTT-TTTCAAAGCAAACATTCAAA
515 TAAATAGACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTCTCT-AAAGCAAACATTCAAA
* *
18040 TA-TGATCTGTTTTAATCAAATATATATAAAA-AAA-TAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAA
578 TATTG-TCTATTTTAATCAAAT-T-T-TAAAACAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
18102 AATAATTTAAAACGTGTAATAA-TGCTTTCG-AAGTTATGGGTGG
639 AATAATTCAAAACGAGTAATAAGT-CTTT-GAAAGGTATGGGTGG
* * * *
18145 CTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTTTATTTTTCCTAAAGCA-ATATTCA
1 CTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAAT-GATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCA
* *
18208 ATTATAATCTATTTTTACCAAAA-ATAAAAAATATTCAAC-TGAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATATAATCTATTTTAACCAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTG-AAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
18271 AATAATTGAAAGCT-AGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAATTGACTTTTCTTAT
128 AATAATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * * *
18335 CAATGGATGGCTTTTGCTTGACGTTTGTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAA
192 CAATGGATGGCTTTTGCTTGACATTTCTAGAGCTAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAA
* *
18400 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTAT-AAACCATTCAAAGTGAGTAATAAG
257 AATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAG
*
18464 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCA
321 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCA
18526 CATT
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 160, Indels: 59
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 4 0.00
682 103 0.12
683 368 0.42
684 315 0.36
685 78 0.09
686 4 0.00
687 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (681 bp):
CTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGAATGATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAA
ATATAATCTATTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
AATTCAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
GGATGGCTTTTGCTTGACATTTCTAGAGCTAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATA
TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTA
AAGGCAAACATTCAAATAAAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAACTCAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGACCATAAATA
GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTCTCTAAAGCAAACATTCAAATATTGTCT
ATTTTAATCAAATTTTAAAACAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTCAAAA
CGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGTATGGGTGG
Done.