Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399065.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_234.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18099
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 5523 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3233 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2924--3288 Score: 453
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
2914 NNNNNNNNNT
* *
2924 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGGTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTCATATTAAGGTAAAT
* * * * * *
2989 TTCTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACCAGAATTGACTATCTACCTAGAGACACATAAAGAAAAA
66 TTCTTTACATTTCTAGTTAAAACAGACCAGAATTGAATATCTAACTAGAGAAACATAAAGAAAAA
* *
3054 AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATA
131 AGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * *
3095 CCTTGAAAAGCTTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTCATTTTAAGTTCAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAT-CTCATAATTCATATTAAGGT-AA
** * * * * *
3159 ATTTCTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAATATGAAGAAA
64 ATTTCTTTACATTTCTAGTTAAAACAGACCAGAATTGAATATCTAACTAGAGAAACATAAAGAAA
* *
3224 AAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
129 AAAGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
* *
3267 GCTTCACAAGCCTTATTACTCA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
3289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 31, Indels: 3
0.83 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 51 0.32
172 110 0.68
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTCATATTAAGGTAAAT
TTCTTTACATTTCTAGTTAAAACAGACCAGAATTGAATATCTAACTAGAGAAACATAAAGAAAAA
AGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
Found at i:5240 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5090--5422 Score: 338
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
5080 NNNNNNNNNN
* * *
5090 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TAGAATTTTTTGATGTTTTTCA-TTAGA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCT-GAATTTTTTAACGTTTTT-AGTTAGA
** * *
5153 ATAGATTC-TAATTGAATATCT-TCATTGGGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGCCATA-AA
64 ATAGA-TCATAATCAAATATCTATC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGCCA-AGAA
* *
5215 AAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAAAAGCNNNNNNNNNNAC
126 AAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGC----------AC
*
5261 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTAACGTTTTTAGTTAGAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTAACGTTTTTAGTTAGAAT
* ** **
5326 AGATCATAATCAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAATGGAATTCATTGGTAAGAAAAGTC
66 AGATCATAATCAAATATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGCCAAGAAAAGTC
5391 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAG-AC
131 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCAC
5421 TT
1 TT
5423 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 15, Indels: 23
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
170 4 0.03
171 128 0.91
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTAACGTTTTTAGTTAGAAT
AGATCATAATCAAATATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGCCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCAC
Found at i:13345 original size:173 final size:163
Alignment explanation
Indices: 13131--13552 Score: 360
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 163
13121 AATTAAACTG
**********
13131 AAAATCAATTTTCAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGA
1 AAAATCAATTTTCAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
* * * * * * **
13196 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATAGACTCTTCATCCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* *
13261 TTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTT
131 TTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAA----------TT
* * * *
13304 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGA
1 AAAATCAATTTTCAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
*
13369 CTATAAATAGACTCTTCATCCCAATGAATGTGTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATAGACTCTTCATCCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* *
13434 TTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTT
131 TTATAATATGTTTTAAATAAAAATAT--AAAAA-TT
* * ***
13470 AACTTAAAGTCAATTATGAGACT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGAAT
1 -A---AAA-TCAATTTTCAGA-TAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* *
13534 GAGAGACTCTAAATAGACT
60 GAGTGACTATAAATAGACT
13553 TTTCTTGCAA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 36, Indels: 18
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 1 0.00
170 3 0.01
171 64 0.31
172 1 0.00
173 129 0.63
175 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (163 bp):
AAAATCAATTTTCAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
CTATAAATAGACTCTTCATCCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
TTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAATT
Found at i:13568 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13194--13659 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 166
13184 NNNNNNNNGT
**
13194 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG--TTTTTC-TTATG-TTTTCAAGGTAGACATTC
* * * ******** * *
13259 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
62 AATTAT-ATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAA--AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTAT
* * ** *
13324 AAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGT
124 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGAGA
* * *
13367 GACTATAAATAGACTCTTCATCCCAATGAATGTGTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTTT-CTT-ATGTTT-TCAAGGTAGACATTC
* *
13432 AATTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGACTATAA
62 AATTATA-TCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAA
*
13497 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGAATGAGA
126 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGAGA
* * * * *
13538 GACTCTAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGATTTGTTCTATACGTTTTCCAAGGCA-AGCATA
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTT-TTCT-TATGTTTT-CAAGGTAGA-CATT
*
13602 CAATTATATCTATTTT-AATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
61 CAATTATATCTGTTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
13660 TTTANNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 36, Indels: 25
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 45 0.18
171 110 0.45
172 14 0.06
173 74 0.30
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTCTTATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATT
ATATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGAGA
Found at i:14229 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13902--15325 Score: 1520
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
13892 NNNNNNNNNN
** * * ** ** *
13902 CTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAATGGTTGGCTTTTACTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGT
* * * * *
13966 TCCCCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAAT-CTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
*
14029 ATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
129 ATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
14072 CTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTTAAGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
** * * * *
14137 TC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACCTAAAA
66 TCTC-AAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
* * ** **
14201 TCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGTTTGTAATAATA
130 TCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
14243 CTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATGA-CTTTTACTTCATGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGT
* * * * * * * *
14307 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAA
65 TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAA
* *
14372 ATCAATTTTAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATG
129 ATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * * *
14415 CTTTCAAAGGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
* *
14480 TCTTAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTT-TAACTAAAAATGTAAAAACAATTTGAACTT-AA
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTT-AACTTAAA
* * *
14543 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTAAAAGTGAGTAATAAGG
129 ATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * *
14586 CTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTATTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
* * *
14651 TCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACATAAAAT
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * * **
14716 CAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTTTGTAATAAGG
131 CAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * * * * **
14757 TTTTTGAAGGAAGGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATAACTTTTACTTCATATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
14822 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAAATTTAAATTTAAA
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAA
* *
14887 TCAATTTTAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACG
130 TCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * * ***
14929 CTTTCAAAAGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTGCTAATG-ATGTGTTTTTCTTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
* * *
14993 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTT-TAACCAAAAATGCAAAAAAAAAATTGAACTT-A
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATG---TAAAAAAATTTAACTTAA
* * *
15056 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTAAAAGTGAGTAATAAGG
128 AATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
15100 CTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTATTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
15165 TCTCCAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAACACGTTAAAAAATTCAACTTAAAAT
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * *
15230 C-ATTTATGAGATGATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGG
131 CAATTT-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
*
15271 CTTTTGAAGGAATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAC
1 CTTTT----GAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
15326 ATTCAATTAT
Statistics
Matches: 1042, Mismatches: 187, Indels: 44
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 103 0.10
171 597 0.57
172 289 0.28
173 11 0.01
175 3 0.00
176 38 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTT
TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
CAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
Found at i:14473 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 13902--15314 Score: 1520
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 342
13892 NNNNNNNNNN
** * * * * *
13902 CTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAATGGTTGGCTTTTACTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGGATGACTTTTACTTCACGT
* * * *
13966 TCCCCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAA
* *
14029 ATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTA
129 ATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** * * * *
14094 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTTAAGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATT
194 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGACAGACATTCAATT
* * *
14158 ATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACC
258 ATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
** **
14223 ATTTAAAGTTTGTAATAATA
323 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
14243 CTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATGACTTTTACTTCATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTACTTCACGTT
* * * * *
14308 TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTAAAA
* * **
14373 TCAATTTTAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTAT
130 TCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * *
14438 TAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTAT
195 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTAT
* * * *
14503 AATCTGTT-TAACTAAAAATGTAAAAACAATTTGAA-CTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
260 AATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTT-AACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
* *
14566 ACTAAAAGTGAGTAATAAGG
323 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
14586 CTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTTA-TTCACG
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGA-C-TTTTACTTCACG
* * * *
14649 TTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACA-TAA
64 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-ATTAA
* * * ** * * *
14713 AATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTTTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAGGGGTGACA
128 AATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * **
14778 ATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATAACTTTTACTTCATA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
193 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGACAGACATTCAAT
* * * ** * * *
14842 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAAATTTAAATTTAAATCAATTTTAATATTATAAAA
257 TATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
*
14907 CCATTTAAAGTGAGTAATAACG
321 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * ** *
14929 CTTTCAAAAGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTGCTAAT-GATGTGTTTTTCTTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTACTTCACGTT
* * * *
14993 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTG-TTTAACCAAAAATGCAAAAAAAAAATTGAACTT-A
66 TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG---TAAAAAAATTCAAATTAA
* * * * *
15056 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTAACT
128 AATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
15121 ATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCCAGACAGACATTCAATT
193 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGACAGACATTCAATT
* * * * * * * *
15186 ATAATCTGTTCTAACCAAACACGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATGATAAAACC
258 ATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
*
15251 ATTCAAAGTGAGTAATAAGG
323 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG
15271 CTTTTGAAGGAATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 CTTTT----GAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
15315 TCAATGAATA
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 161, Indels: 46
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 91 0.10
342 254 0.29
343 488 0.55
344 22 0.02
346 2 0.00
347 28 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTACTTCACGTT
TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAAT
CAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATA
ATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGG
Found at i:15053 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 13920--16667 Score: 2888
Period size: 514 Copynumber: 5.4 Consensus size: 511
13910 GGCTTGAGTA
* ** * * * * *
13920 ACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAATGGTTGGCTTTTACTTCACGTTCCCCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTC
* *
13984 AATTAT-ATCCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATA
65 AATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
14047 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
14112 CAATGAATTCCTTTTTCTTTAAGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAA
194 CAATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
* * * **
14176 AAATGTAAAAATATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGTTTGTAATAA
258 AAATGTAAAAA-ATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
** * * *
14241 TACTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATGACTTTTACTTCATG
322 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTACTTCATG
*
14306 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTA
387 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTTA
* * *
14371 AATCAATTTTAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGAATGGGTG
451 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * *
14433 ACTATTAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * *
14498 ATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTGAACTT-AAATCAATTTTGAGATTATA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * *
14561 AAACCACTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
*
14626 CAATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAA
194 CAATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAA
* **
14691 AATGTAAAAATATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTTTGTAATAAG
259 AATGTAAAAA-ATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
14756 GTTTTTGAAGGAAGGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACTAGTGGATAACTTTTACTTCATAT
323 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTACTTCATGT
* * *
14821 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAAATTTAAATTTAA
388 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTTAA
* * * *
14886 ATCAATTTTAATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCAAAAGAATGGGTG
452 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * *
14947 ACTATTAATAGACTTTTCTTGCTAATG-ATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* *
15011 ATTATAATTTG-TTTAACCAAAAATGCAAAAAAAAAATTGAACTT-AAATCAATTTTGAGATTAT
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG---AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * *
15074 AAAACCACTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
15139 CCACTGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCCAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
193 CCAATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
* * * * * * *
15204 ACACGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATGATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAA
258 AAATG-TAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
***
15269 GGCTTTTGAAGGAAT--G-G--AATGGGT-GAC---T-ATA--AATGG---ACTTTT-C-T--TG
322 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTACTTCATG
* * * * *
15315 ----TCAATG-AATACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCATAAATGTACAAAGAATTCAAATTT
387 TTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTT
*
15375 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGATG
450 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * * * * *
15438 ACTATAAATAG-GTTTTCCAT-ACAGATGAAAGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGCTAGACATT
1 ACTATAAATAGACTTTT-CTTGCCA-ATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATT
* * * * *
15501 CAATTATAATCTGTTTTAACGAGAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * * * *
15566 AAAATCATTTAATGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** * * * *
15631 CCAATGAATACCTTTTTCTTGACATTTCTCTAGGTAAAAATTCAATTATAATCCGTTTTAATCAA
193 CCAATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
* * * * * *
15696 AAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCTTTTACAGCGAGTAATAA
258 AAATGT-AAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *** * * *
15761 AGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATATCCTTTCCTTCATG
322 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTACTTCATG
** * * * * *
15825 TTTCTTGAGGTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
387 TTTCTCAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTTA
* * * ** * *
15889 AATCAATTATGACATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTG
451 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * * ** *
15951 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAAT-TCCCTGTTCTTCACCTTTCTTGAGATAGGCATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTC
* * * *
16015 AATTACAAACTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTA
* * * * *
16078 TAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCAT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
16142 ACTAGTGGATGA-C-TTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTC-AACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
192 GCCAATGAAT-ACCTTTTTA-TTCACGTTTCTCAA-GACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * * * * * *
16204 CTAAAAATGTACTAAGAATTCAA-ATTCAAATCAATTTTAACATTATAAAACTATTTAAAGGGAG
254 CCAAAAATGTA--AAAAATTTAACA-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * ** * * ** *
16268 TAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTCC
316 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTAC
* * *
16333 TTCATGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTG
381 TTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AA-TTC
* * * * * *
16397 AACTTAAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATA
444 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTTAAAGGAATG
16462 GGTG
508 GGTG
* * ** ** *
16466 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAGTACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * * ** *
16531 ACTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * *
16596 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTGC
131 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGAC--TTTTCTTGC
16661 CAATGAA
194 CAATGAA
16668 AGACTTTTTT
Statistics
Matches: 1879, Mismatches: 290, Indels: 128
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
490 7 0.00
491 146 0.08
492 223 0.12
493 13 0.01
494 1 0.00
495 1 0.00
496 3 0.00
497 4 0.00
498 1 0.00
499 6 0.00
500 1 0.00
501 1 0.00
502 4 0.00
503 2 0.00
504 3 0.00
505 1 0.00
506 4 0.00
507 1 0.00
508 4 0.00
509 4 0.00
510 2 0.00
511 7 0.00
512 57 0.03
513 392 0.21
514 826 0.44
515 156 0.08
517 9 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATACCTTTTTATTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA
TGTAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATAACTTTTACTTCATGTTTC
TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTTAAATCA
ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTAAAGGAATGGGTG
Found at i:16254 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 15324--16667 Score: 1434
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 343
15314 GTCAATGAAT
* * * * * *
15324 ACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCATAAATGTACAAA-GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTA-AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
15388 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGG--T
64 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACT
* * *
15451 TTTCCATAC-AGATGAAAG-CCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTG
128 TTT-CATACTA-ATGAATGACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
15514 TTTTAACGAGAAATGTA-AATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAA
191 TTTTAACTAAAAATGTACAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
15578 TGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATACC
255 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCC
* * *
15643 TTTTTCTTGACATTTCTCTAGGTAA
320 CTTTTCTTCACATTTCT-TAGATAA
* * * *
15668 AAATTCAATTATAATCCGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
15732 ATTATAAAACCT-TTTACAGCGAGTAATAAAGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * ** *
15795 TTCTTGCCAACAAAT-ATCC-TTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTT-AATTATAATATGT
129 TTCATACTAATGAATGA-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGT
* * *
15857 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTAAAAG
192 TTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAG
** * * *
15921 CAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATTCCCT
257 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCCT
* * *
15986 GTTCTTCACCTTTCTTGAGATAG
322 TTTCTTCACATTTCTT-AGATAA
* * * *
16009 GCATTCAATTACAAACTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-G
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
16073 CATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-T
65 -ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
16137 TTCATACTAGTGGATGA-CTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATCTGTT
129 TTCATACTAATGAATGACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * *
16200 CTAACTAAAAATGTACTAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTAACATTATAAAACTATTTAAAGG
193 TTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
16265 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAA-TGCCTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCCTT
** * *
16329 TTCCTTCATGTTTCTCAAGCTAA
323 TT-CTTCACATTTCT-TAGATAA
* * * * *
16352 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTGAACTTAAAAGCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
16416 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
16481 TTCTTGCTAATGAGT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAACTATAATCTGTTT
129 TTCATACTAATGAATGACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
16545 TAACTAAAAAAGT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
194 TAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
16609 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTGCCAATGAA
259 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAA
16668 AGACTTTTTT
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 139, Indels: 57
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 151 0.18
342 198 0.24
343 367 0.44
344 98 0.12
345 16 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CATACTAATGAATGACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCCTTTTC
TTCACATTTCTTAGATAA
Found at i:16255 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15324--16710 Score: 1404
Period size: 172 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
15314 GTCAATGAAT
* * * * * * *
15324 ACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCATAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
15389 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGG--TT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTT
* * * * * *
15452 TTCCAT-ACAGATGAAAGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGCTA
130 TT-CTTGCCA-ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
15495 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAGAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGA
1 -ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * *
15560 GATTATAAAA-TCATTTAATGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAATAGATT
65 GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** *
15624 TTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTGACATTTCTCTAGGTAA
129 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-A
* * * *
15668 AAATTCAATTATAATCCGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
15731 GATTATAAAACCT-TTTACAGCGAGTAATAAAGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
65 GATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * **
15794 TTTCTTGCCAACAAAT-ATCCTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTA
129 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * *
15837 GACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 -ACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * ** * *
15900 ACATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * ** ** *
15965 TTTCTTGCCATTGAATTCCCTGTTCTTCACCTTTCTTGAGATA
129 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * *
16008 GGCATTCAATTACAAACTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-
1 -ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* *
16072 GCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-
65 G-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
16136 TTTCATACTAGTGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTCA
129 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-A
* ** * * * * *
16180 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTACTAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTAAC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
16245 ATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
16310 TTTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGCTAA
131 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-A
* * * *
16352 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTGAACTTAAAAGCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
16416 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
16481 TTCTTGCTAATGAGT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAA
130 TTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TA
* * * *
16524 ACATTCAACTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
16588 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC--T
* * * * *
16653 TTTTTTGCCAATGAAAGACTTTTTTTTCATATTTCTTAAGGTA
129 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
*
16696 GATATTCAATTATAA
1 -ACATTCAATTATAA
16711 AACTATTTAA
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 184, Indels: 59
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 130 0.13
171 363 0.36
172 430 0.43
173 66 0.07
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
Found at i:17329 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16829--17695 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
16819 TCGTAGCCTT
** * * *
16829 TTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTCAGATAATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
16893 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGGAGACTATAGATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATG-GT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCC-AATAAATGCCT
* * * * * *
16956 TTTTTCTACACGTTTCACAAAGAAGGCATTAAATTATAGTTTG
130 TTTTT-T-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
* ** * * * * *
16999 -TTTGATGAAACATGCAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * * * *
17062 ACGAGTAACAAGATTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGAGTTTTCTTACCAATCAATGCCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCT
*
17127 TTTTGTTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATTTG
130 TTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
*
17169 TTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
17234 GTGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAGATGGAATTTTCTTGCTAATGAATGTCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCT
* ** *
17298 TTTTTTCCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTCTG
130 TTTTTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
* * * * * * *
17340 TTTTAGCCAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
17405 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACA-TTTATTGCCAATGAATGCCA
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-ATTTTCTTGCCAATAAATGCC-
** * ** **
17469 TTTTCTTT-ACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAACAATAACCTG
129 TTTT-TTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
* *
17511 TTTTAACAAAAAATGTAAAA-AACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
17575 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTGCCAATAAATG-CT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCT
** * *
17639 TTCTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTT-
130 TT-TT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTG
17682 TTTTAACCAAAAAT
1 TTTTAACCAAAAAT
17696 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 106, Indels: 37
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 34 0.06
170 166 0.29
171 302 0.53
172 65 0.11
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCTT
TTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
Found at i:17384 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 16786--17695 Score: 965
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 339
16776 AATGGTTGGC
* * * * * *
16786 TTTTGCTTCACG-TTCCCTAAGGTAGACATTCAATC-GTAGCCTTTTTTAACTGAAAATGTAAAA
1 TTTT-CTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAA-CAATAACCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAA
* * *
16849 AAATTCAACTTAAAATCAA-TTTCAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
61 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
16913 GGAATTGGAGACTATAGATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGT-TTTTTCTACACGTTTCACAAA
126 GGAATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCAAATAAAT-GTCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAG
* * * * * * *
16977 GAAGGCATTAAATTATAGTTTGTTTGATG--AAACATGCAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTA
189 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-GCCAAAAATACAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
17040 TGAGATTACAAAACAATTTAAAACGAGTAACAAGATTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
253 TGAAATTACAAAACAATTTAAAACGAGTAACAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
** * *
17105 GTTTTCTTACCAATCAATGCCT
318 CATTTATTACCAATCAATGCCA
* * * ** ** *
17127 TTTTGTTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAGA
1 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAACAATAACCTGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAA-A
*
17192 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
17257 -ATAGGTGACTATAGATGGAATTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTTTCCATGTTTCTCAAGGTA
128 AATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGTCTTTTTTT-CATGTTTCTCAAGGTA
* * *
17321 GACATTCAATTATGGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAATA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGA
192 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATACAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
17385 AATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACAT
256 AATTACAAAACAATTTAAAACGAGTAACAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACAT
* *
17450 TTATTGCCAATGAATGCCA
321 TTATTACCAATCAATGCCA
* **
17469 TTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAACAATAACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAC
1 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAACAATAACCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAA-
* * *
17534 TTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
64 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * *
17599 ATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTGCCAATAAATG-CTTTCTTCTTCATATTTCTTAAGGTA
129 ATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGTCTTT-TT-TTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
17663 GACAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT
192 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAAT
17696 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 79, Indels: 31
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 44 0.09
341 163 0.34
342 263 0.55
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAACAATAACCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
AGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGTCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATACAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
CAAAACAATTTAAAACGAGTAACAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTATT
ACCAATCAATGCCA
Done.