Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399070.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2345.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5530
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Warning! 352 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:376 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--1236 Score: 1130
Period size: 169 Copynumber: 7.3 Consensus size: 167
***
1 CACTTTAAATGGTTTTATAAG-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TAGTTTCACTT
1 CACTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT--TTTTGGTT
* * *
64 AAAATATATTATAATTGAATGTCTATTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAA
62 AAAATATATTATAATTGAATGTCT-TTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * ** * *
129 AAGTGTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTACTACT
125 AAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
172 CACTTTAAATGGCTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTGTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTT-TTGGTTAA
* ** * * * *
237 AATATATTATAATTGAATGTGTTTTGAGAAATGTGAATCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGT
64 AATATATTATAATTGAATGTCTTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
302 CCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTACT
129 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
341 CACTTTTAAT-GTTGTTATAGCCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTGGGTAAA
1 CACTTTAAATGGTT-TTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTGGTTAAA
* * * * ** *
405 ACAGATTATATTTAAATGTCTACCCTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTCT--TTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
469 -CTCATTTACAGTCACTTATGCCATTAAAAGCCTTATTACT
128 TCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
509 TACTTTAAATAGTTTTATAGTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CATATTTTTGTTCA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-T-TTTTGGTT-A
* * * *
573 AAATATATTGTAATTGAATGT-TTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGGAAGAA
63 AAATATATTATAATTGAATGTCTT--TTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
637 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCTTTATAATT
125 AAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
680 GATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTGTACATTTTTGGTTAAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-TTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
744 ATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGCAAAAGCGATCCATTGACAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTCT--TTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
809 TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTAAT
128 TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
*** * * * *
849 TGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGTTAAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTGGTTAAA
* * * * ** *
913 ATAAATTATAATT-AATGTCTGTCTCGA-AAA-ATGCAA-AAAAAGTCATTTATTGGTAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTCT-T-TTGAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
974 GTCTATTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGACTTATAACT
127 GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
1015 GACTTTAAATGGTATTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTGGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT--ACTTTTTGGTTA
* ** * *
1080 AAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACATGATTCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAA
63 AAATATATTATAATTGAATGTCT-TTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
*
1145 AGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
126 AGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * ** *
1187 CGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTCGGTTGAGTTTTTT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1237 TATAATGTTG
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 168, Indels: 66
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 97 0.11
167 31 0.04
168 113 0.13
169 290 0.34
170 58 0.07
171 179 0.21
172 96 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTGGTTAAAA
TATATTATAATTGAATGTCTTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
Found at i:1158 original size:338 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2--1239 Score: 1302
Period size: 338 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
1 C
* * ***
2 ACTTTAAATGGTTTTATAAG-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTCACTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAA
* * * *
66 AATATATTATAATTGAATGTCTAT-TTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAA
65 AATATATTATAATTAAATGTCTATCCT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
129 AAGTGTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATT
129 AAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
194 TTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTGTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TG
194 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTT-TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTG
* * * * * * * *
258 TTTTGAGAAATGTGAATCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCC
257 TCTCGA-AAA-ATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * *
323 TTCGAAACCCTTATTACTC
320 TTTGAAA-GCTTATAACTG
* * * *
342 ACTTTTAAT-GTTGTTATAGCCTCCTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTGGG-TAA
1 ACTTTAAATGGTT-TTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAA
* * * * *
404 AACAGATTATATTTAAATGTCTACCCT-GAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
65 AATATATTATAATTAAATGTCTATCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * * * *
467 AGCTCATTTACAGTCACTTATGCCATTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGTTT
130 AGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
532 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGTTCAAAATATATTGTAATTGAATGTT-T
195 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTGTT-AAAATATATTATAATTGAATGTTGT
* * *
596 ACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAC
258 -C-TC--GAAAAATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
*
661 CTTTGAAAGCTTTATAATTG
319 CTTTGAAAGC-TTATAACTG
* * * * * *
681 ATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTGTACATTTTTGGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAA
* * * * *
744 ATATATTATAATTAAATGTCTA-CCTCGAGAAACGTAAAGCAAAAGCGATCCATTGACAAGAAAA
66 ATATATTATAATTAAATGTCTATCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * ***
808 GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTAATTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
131 GTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
873 ATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATT-AATGTCTGTCT
196 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TGTCT
* * * * *
937 CGAAAAATGCAA-AAAAAGTCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCATTTG
260 CGAAAAATG-AAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
1001 AAAGACTTATAACTG
324 AAAG-CTTATAACTG
* * *
1016 ACTTTAAATGGTATTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTGGGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTGGGTTAA
* * ** ** * *
1081 AATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAG-GAAACATGATTCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAA
65 AATATATTATAATTAAATGTCTATCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * *
1145 AGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCT
130 AGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** *
1210 CATAATTGACTTTCGGTTGAGTTTTTTTAT
195 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
1240 AATGTTGGTT
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 131, Indels: 52
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 101 0.14
336 9 0.01
337 131 0.18
338 210 0.28
339 153 0.21
340 136 0.18
341 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAA
ATATATTATAATTAAATGTCTATCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
GTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTGTCTC
GAAAAATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
AGCTTATAACTG
Found at i:1810 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1266--1842 Score: 464
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
1256 GAATGTCTAC
** * * * * * **
1266 AGTCACCCATATCTTCAAAAACCTTATTAC-TACTTTATATGGTTTGATAATCTCATTATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATT
* ** * * * * * * *
1330 TTAAGT-TG-ATTTCTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTAG-GAA
66 TTAA-TCTGAATGT-TTTCAATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAGAG-A
* * * *
1392 ACATGAACAAAAATCTATTTATTGGCAAAAAAAGACTATTTAT
127 ACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
1435 AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATT
* * * * * * *
1500 TTAATCTGAATTTTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACAT
66 TTAATCTGAATGTTTTCAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAGAGAACAT
* * * * *
1565 AAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
131 GAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ** * * *
1604 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTGTTTTTACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCGGAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATT
** *
1669 TTAAGT-TGAATGTTTTCACATTTTTAGTTGTAACAAATTATATTTGAATGTCTGCATCAGA-AC
66 TTAA-TCTGAATGTTTTCA-ATTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAGAGA-
* *
1732 ACCTGAAGAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
127 ACATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * * * * * *
1774 AGTCACCCATTCCTTCCAAAACCTTCTCATTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTGATAATCGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATT
1839 TTAA
66 TTAA
1843 GTTAAATTTT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 74, Indels: 17
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 150 0.46
170 138 0.42
171 37 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATT
TTAATCTGAATGTTTTCAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAGAGAACAT
GAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
Found at i:1888 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1266--2010 Score: 584
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
1256 GAATGTCTAC
** * * * * * * *
1266 AGTCACCCATATCTTCAAAAACCTTATTAC-TACTTTATATGGTTTGATAATCTCATTATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATT
* * * * * *
1330 TTAAGTTG-ATTTCTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTAGGAAAC
66 TTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCATTA-GAAAC
* * * *
1394 ATGAACAAAAATCTATTTATTGGCAAAAAAAGACTATTTAT
129 ATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
1435 AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATT
** * *
1500 TTAA-TCTGAATTTTTTT-ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAAC
66 TTAAGT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCATTAGA-AAC
* * * * *
1563 ATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ** * * *
1604 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTGTTTTTACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCG-GAATTGAT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-GATAATTGAT
** * ** * * *
1668 TTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTAGTTGTAACAAATTATATTTGAATGTCTGCATCAGAACA
65 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAA-A
* *
1733 CCTGAAGAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
128 CATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * * * *
1774 AGTCACCCATTCCTTCCAAAACCTTCTCATTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTGATAATCGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATT
* * * * ** *
1839 TTAAGTTAAATTTTTTTCATATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGTTTTAGAAAGT
66 TTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAAA-C
* * * ** * *
1904 GTGAAGCAAGAGCTAACCACTGGTAAGAAAAGTAC-ATTTAT
129 ATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTAT
* * * * * ** ** * *
1945 AGTCACTCAAGCCTTCAAAATCATTATTACTCACTTTTGATGGTTTTATGATTTGATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATT
2010 T
66 T
2011 GGGTCAAAAC
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 113, Indels: 28
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 158 0.35
170 171 0.38
171 116 0.26
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCATTAGAAACAT
GAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
Found at i:2431 original size:121 final size:123
Alignment explanation
Indices: 2247--2493 Score: 333
Period size: 121 Copynumber: 2.0 Consensus size: 123
2237 CCATTAGCAA
* * * *
2247 GAAATGTCCATTTAAGTCACTCAATCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAA
1 GAAATGTCCATTTAAGTCACTCAACCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAA
* * *
2312 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAAA-ATTATAATT
66 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTGTTGGTTAAAAAATATTATAATT
* *
2369 GAAA-GTCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAATGTCCATTTA-AGTCACTCAA-CCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTAT
* *
2431 AATTTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTATATTGTTGGTTAAAAAATATTATAATT
64 AATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTGTTGGTTAAAAAATATTATAATT
2491 GAA
1 GAA
2494 TATCTGCCTC
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 8
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
120 15 0.14
121 68 0.62
122 27 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (123 bp):
GAAATGTCCATTTAAGTCACTCAACCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAA
TTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTGTTGGTTAAAAAATATTATAATT
Found at i:2762 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2370--3922 Score: 1415
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
2360 ATTATAATTG
*
2370 AAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
2434 TTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTATATTGTTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATATC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * *
2498 TGCCTC-AGGAAACGTAAAGTAAAAGCTATCCATTGG-AGAGA
131 TGCCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGA
* * * * * * *
2539 GAAGTCCATTGATAGTTACTTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAG
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-
* * * * * * **
2604 T-TTATAATTGGTTTTGATTTGAATTTTTTTAAAATTTTAATTAAAATATATT-TCAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT-AATTGAATG
* *
2667 GCTGTCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
129 TCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
*** * *
2710 AAAGTCCACCCATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
2774 CTCATAATTGATTGTAAATTCAATTTTTTCTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * **
2839 ATACTTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGA
130 CTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * * * ** * *** *
2881 TAAGTCTATTTATAGTTACTTAAGCCTTTGAAAGTGTTTTTACTTGTTTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
2946 CTCATAATTGATTTTAAG-TGACATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * **
3010 CTACATCGAGACACCTGAAGAAAAAACTATTTATTGGCAAGA
130 CTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
** * * ***
3052 AAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCATTTTAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
3116 TCTCATAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
** * * * * *
3181 CTATCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CACTGACAGGA
130 CTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * *
3222 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3287 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGCT-AAATAAGATTATAAGTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGT
* * ** * *
3350 CTG-CTTGAGGAAACATGAGGCAATTGCTATCTATTGGCAAGA
130 CTGCCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
** * * * * *
3392 AAAGTCTGTTCATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATGCTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3457 CTCATAATTGATTTTAAATTGTA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAATATAATTGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* *
3521 TGCCT-TATGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTAGAG-AA-A
131 TGCCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-GCAAGA
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3562 CAATTTTC-TTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTGTTACTCACTTAAAATGGTTTTATAA
1 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
3626 TATCATAATTTG-TTTTAACTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAATTGAAT
65 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
3690 GTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-ATAGA
128 GTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGA
* * ** **
3734 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT-CATTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATA
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3797 ATCGCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATGTTGTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * *
3862 GTATGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATTGTCAAGA
128 GTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
3906 AAAGTCCATTTATAGTC
1 AAAGTCCATTTATAGTC
3923 CATCAACTCC
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 229, Indels: 67
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 68 0.06
170 377 0.34
171 428 0.38
172 238 0.21
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
TGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
Done.