Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397435.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1111.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18504
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 2602 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:513 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 221--524 Score: 405
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
211 ATTTTTTGAC
* * * *
221 CTTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAATATATTCA
1 CTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
* * * * *
286 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTTCTCATTTTAAATAG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTGTAAATAG
* *
351 TTTTATAAAGTCATAATTGATTTTA
131 TCTTATAAACTCATAATTGATTTTA
* * *
376 CTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-TGACTTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATATT
1 CTTTTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTG-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * *
440 CATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTGTAAA-
64 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTGTAAAT
*
504 AGGTCTTATAATCTCATAATT
129 A-GTCTTATAAACTCATAATT
525 AATATTAACT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 18, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 10 0.08
156 118 0.92
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (155 bp):
CTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTGTAAATAG
TCTTATAAACTCATAATTGATTTTA
Found at i:1303 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 881--1967 Score: 1058
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
871 TTCTTTGCAT
* * * *
881 ATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAGGTCTTTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGT-ATTCA
* * ** * ** ** **
946 TTGGCAAGAGAAGTCCATTTACAGTCACATATTCCTTCAAAAAACTTAGGACTTGCTTTAAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATG
* * * *
1011 -TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTTTAC
129 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT-ATTTAC
* * * * * * *
1052 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAATGTCG-AGAAACAAGCATTT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAAGAAA-AGGTATTC
* * * * *
1116 ATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATTGCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
1181 ATTATATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTAC
129 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA-TTATTTAC
* * *
1224 ATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGG-TATTCA
* * * * * * * * * *
1289 TTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCGCTGTAAAAGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * *
1354 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTTTAT
130 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT-ATTTAC
* ** * * *
1395 ATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTTAAGAAAAAGGCATTC
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTC
* * ** * * *
1459 ATTGACAAGAAAACTATATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTCACTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
1524 ATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAAATTTATTTGC
129 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA-TTATTTAC
* * *** ** * * *
1567 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGGTTTGAGATCCATGAAGAAAAAGATATTCG
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCA
* *
1632 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAT-A
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
1696 GTTTTCTAATCTTAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTAC
130 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA-TTATTTAC
* * * *
1739 ATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATG-CTCAACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTC
* * * * * *
1803 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCATCTATT-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCACATTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
1867 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAAATCT-TTGTAC
128 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT-TATT-TAC
* * * * * *
1911 ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTTAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAG
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAG
1968 CACANNNNNN
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 152, Indels: 40
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 261 0.35
172 468 0.63
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGTATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTATTTAC
Found at i:1359 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 371--1967 Score: 1445
Period size: 343 Copynumber: 4.7 Consensus size: 338
361 TCATAATTGA
* * **
371 TTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-TGACTTTGAGAAACATGA-AGAAAA
1 TTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAATGTGAGA-AAAA
* * * * *
433 GG-ATATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCG
63 GGCAT-TT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
497 CTGTAAAAGGTCTTATAATCTCATAATTAATATTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
125 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** * * *
562 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGGAATGTCAAGAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
190 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
627 TATTTATAGTCGCCCATTGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATA-GTTTTATAGTCTCAA
255 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAT
* *
691 AATTAATTTTAAGTTCAAATT
319 AATTGATTTTAAGTT-GAATT
* * * * ** *
712 TATTTATATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAG
1 T-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG-AGAAAAAG
* * *
777 GCATTTATTGG-AAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-
64 GCATTTATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * ** * *
840 ---------TTTATAATGTCAAAATT-ATTCTAAATTTGACTTCTTTGCATATTTTTAGTTAGAA
127 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT-TTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
895 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAGAAGT
190 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** ** ** * *
960 CCATTTACAGTCACATATTCCTTCAAAAAACTTAGGACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATATCAT
254 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAT
1025 AATTGATTTTAAGTTGAATT
319 AATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
1045 GTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAATGTCGAGAAACAA
1 -TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-GAGAAA-AA
* * * *
1110 -GCATTTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATTGCTCCAAAAGCCTTATTACTCACT
63 GGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
1174 TTAAATGATTATATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACATTTTTAGATAAAAC
127 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *
1239 AGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAATAAAAGTC
191 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
1304 CATTTATAGTCACCAATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCGCTGTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
255 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
1369 ATTGATTTTAAGTTGAATT
320 ATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** *
1388 GTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTTAAGAAAAA
1 -TTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATG-TGAGAAAAA
* * * * * *
1452 GGCATTCATTGACAAGAAAACTATATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTCACT
63 GGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * * * *
1517 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAAATTTATTTGCATTTTTAGTTAAAAT
127 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *** ** * * *
1582 AGATTATAATTGAATGTTTGGTTTGAGATCCATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGCC
191 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
1647 CATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATA-GTTTTCTAATCTTAA
255 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAT
* *
1711 AATTAATTTTAAGTTCAAATT
319 AATTGATTTTAAGTT-GAATT
* * * *
1732 TATTTACATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATG-CTCAACTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 T-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAATGTG-AGAAAAA
* * * * * * * *
1796 GGCATTAATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCATCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACA
63 GGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
1861 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAAATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAT
127 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * **
1926 ATATTATAATTTAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAG
191 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAG
1968 CACANNNNNN
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 191, Indels: 76
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 22 0.02
333 160 0.16
334 82 0.08
341 2 0.00
342 95 0.09
343 465 0.45
344 193 0.19
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGAAAAAGGC
ATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATT
Found at i:2683 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2072--4887 Score: 2816
Period size: 172 Copynumber: 16.5 Consensus size: 171
2062 NNNNNNNNNN
* ** *
2072 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTT-AGATTTTTTGATC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA-C
* * * * *
2136 -TTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTG-GAAAACATGAA-AACAAGGTC-TT
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGG-CATT
* ** *
2197 TATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAG
127 TATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
2242 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTG-TTTTTAGATTGAA-TTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA
* * * *
2305 TTTTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAA-GAATATTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TT-
* * * *
2368 ATTTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATTCCTT-AAAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* ** * * * * * * *
2411 ACTTGGTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTATACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** *
2476 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCAAGAAAAAGGCATTTATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT
* * * * *
2541 GACAAGAAAACTCTTTTTATAGTCACCCATTGCTCCAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
2582 CCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA
* * **
2647 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCCT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTAT
* * * * * * *
2712 TGGTAAGAAAAGCCCATGTACAGTCACCTATTCCTTTAAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * **
2754 CCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTT-TAAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC
* * * * * *
2818 ATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATGGAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAACGTC-TTTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTT-
* * *
2882 ATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCGTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * *
2926 TCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCGTAATTGATTTT-AGATTAAATTTTTTCACG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
2989 TTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTTG-GAAACGTGAAGAAAAATGTATTTA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTA
* * * *
3053 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGATAAT
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * *
3096 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** * ** * ** *
3161 TTTTTGTTAACATGGATTATAATTGAATGTTTACCTAAAGAAACATGAAGAAAACGATATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT
** * *
3226 GGTTAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
3267 CCTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAAA-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * * ** * * * * *
3331 ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAATGTCATGAAAAAAGAATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTT
* * **
3395 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
3439 CCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA
** * ** * * *
3504 TTTTTGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTAAGTCGAGAAACGTGAATAAAAAGGCATTCT-
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT-TA
* * * * * *
3568 TTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
3611 CCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * * *
3676 TTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGTC-TTTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTT-A
* *
3740 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * **
3783 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATGT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
3848 TTTTGTTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTAT
** * *
3912 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGAATTTCTTGAAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
3954 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** *
4019 TTTT-GTT-AACCAGGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGG-ATACTC
66 TTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT--TT
* *
4080 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
4124 ACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * ** * *
4189 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAAGTAGAGAATTATCAAGAAAAAGGCATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT
* * *
4254 GGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
4295 CTTTAGTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCAAATTTATTTGCA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA
* *
4360 TTTTCT-GTTAAAATAGATTATCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCT
65 TTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT-T
* * * *
4424 -TTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
4467 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * *
4532 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGCAACATGTAGAAAAAGTC-TTTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTT-A
* *
4596 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
4639 CCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *
4704 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAACAT---G--AAAGGTATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT
* ** * ** *
4764 GGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCATTCATTCCTTAAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
4805 GCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* *
4870 TTTTTAGTTAAAATAGAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGAT
4888 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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172 970 0.45
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:3527 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 2072--4849 Score: 2948
Period size: 685 Copynumber: 4.1 Consensus size: 682
2062 NNNNNNNNNN
* * ** * **
2072 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTT-AGATTTTTTGATC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTGAAA
* * * ** * * *
2136 TTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTG-GAAAACATGAA-AACAAGGTC-TTT
66 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGG-CATTC
* * *
2198 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
129 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
2263 GTTTTATAATCCCAAAATTGTTTTTAGA-TTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACGGATTATA
194 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
2327 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGAATATTCATTTGCAAGAAAAG-CCTATTTAT
259 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA-AGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTAT
* ** ** * * *
2391 AGTCACCTATTCCTT-AAAAAACTTGGTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATT
322 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
2455 TTAAGTTGAATTGTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
387 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * * * * *
2520 GTCAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAACTCTTTTTATAGTCACCCATTGC-TCCAAAAGCC
452 ATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCC
* * * *
2584 TTATTGCTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAA
516 TTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA
* * * *
2647 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCCT
578 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATG-A-AAAAAGGAATTCAT
* * * *
2712 TGGTAAGAAAAGCCCATGTACAGTCAC-CTATTCCTTTAAAAG
641 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAG
* * ** *
2754 CCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTT-TAAATCTTAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTGAA
* * * * * * *
2817 CATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATGGAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAACGTCTTTC
65 -ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
* * * * *
2882 ATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCGTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATA
129 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
** * *
2947 G-TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGA-TTAAATTTTTTCACGTTTTTGGTTAGAACAGATTAT
194 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
3010 AATTGAATATTTGTCTTTG-GAAACGTGAAGAAAAATGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
258 AATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** * *
3074 TAGTCACCCATTCCTTGATAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGAT
321 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * **
3139 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAACATGGATTATAATTGAATGTTTACCTAAAGAAA
386 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * ** *
3204 CATGAAGAAAACGATATTCATTGGTTAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
451 CATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
* *
3269 TTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATT
516 TTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATT
* *
3334 TTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAATGTCATGAAAAAA-GAATTCATT
580 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAA---CATGAAAAAAGGAATTCATT
* * * **
3398 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAG
642 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* *
3439 CCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCT-AA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTT-TTTGAA
** * * * * * * *
3503 ATTTTTGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTAAGTCGAGAAACGTGAATAAAAAGGCATTCT
65 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *
3568 TTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAG
130 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
3633 TTTTATAATCTTAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATTTT
195 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* *
3697 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
258 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3762 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCGTAATTGATT
322 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
3827 TTAGGTTGAA-TTTTTT-CATGTTTTTGTTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTTG-GA
387 TTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGA
* ** *
3889 AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGAATT-TCTTGAAAA
449 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA
* * * * * *
3953 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
513 GCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * *
4018 TTTTT-GTT-AACCAGGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATACTCA
578 TTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATGAA-AAAAGGA-ATTCA
* * *
4081 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAG
640 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * *
4124 ACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGC--ATTTTTTTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTT-CAAATTTTTTGAA
* * ** *
4187 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAAGTAGAGAATTATCAAGAAAAAGGCATTCA
65 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * *
4252 TTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCTTTAGTGCTCACTTTAAATGG
130 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
4317 TTTTATAATCTCAAAATAGATTTTA-AGTTCAAATTTATTTGCATTTTCT-GTTAAAATAGATTA
195 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTT-AAATTT-TTTACATTTT-TGGTTAAAACAGATTA
* * * * *
4380 TCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCT-TTGGCAACAAAAGCCCATTT
257 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATT-TATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
4444 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
320 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
4509 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGC
385 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
4574 AACATGTAGAAAAA-GTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
449 AACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* * * * * * * *
4638 GCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACG
513 GCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * *
4703 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCT-TGAGAAACATG---AAAGGTATTCATT
578 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAACATGAAAAAAGGAATTCATT
* * * *
4764 GGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCATTCATTCCTTAAAAAG
642 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* *
4805 GCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGAT-TTCAAAATTGATTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTT-AAAATTGATTT
4850 AAATTTGAAT
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 291, Indels: 113
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 81 0.05
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683 80 0.05
684 438 0.25
685 691 0.40
686 124 0.07
687 271 0.15
688 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTGAAA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAT
TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
AGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATGAAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAA
AGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
Found at i:4123 original size:857 final size:852
Alignment explanation
Indices: 2072--4880 Score: 3815
Period size: 857 Copynumber: 3.3 Consensus size: 852
2062 NNNNNNNNNN
* * *
2072 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTT-AGATTTTTTGATC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTCA-C
* * * * * *
2136 -TTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATGAA-AACAAGGTCTTTA
64 GTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGG-AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCA
* * * * *
2199 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
** * * *
2264 TTTTATAATCCCAAAATTG-TTTTTAGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACGGATTATA
193 TTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAACACGGATTATA
* * * * *
2327 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGAATATTCATTTGCAAGAAAAGCCTATTTATA
256 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGA
* ** * * * *
2392 GTCACCTATTCCTT-AAAAAACTTGGTACTCGCTATAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTAATT
321 GTCACC-ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTGTAAA-AGGTTTTATAATATCATAATTGATT
* *
2455 TTAAGTTGAATTGTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
384 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAT
* * * *
2520 GTCAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAACTCTTTTTATAGTCACCCATTGCTCCAAAAGCCT
448 GTCAAGAAAAAGGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCT
*
2585 TATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTT
512 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTT
* *
2650 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCCTTGG
577 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCTTTGG
* *
2715 TAAGAAAAGCCCATGTACAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTT
642 TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTT
*
2780 -TAAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGA-ACATTTTTGGTTAAAACAG-TTTATAA
707 AT-AATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT-ATACATTTTTGGTTAAAATAGATTT-TAA
* * * * *
2842 TGGAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAACGTCTTTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG
769 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
2907 TCACCAATTCCGTCAAAAG
834 TCACCAATTCCTTCAAAAG
* * * *
2926 TCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGATTAAATTTTTTCACGT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACGT
* * * * *
2990 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTTGGAAACGTGAAGAAAAATGTATTTATT
66 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCT-ACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT
* * * **
3055 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGATAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTT
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
3120 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAACATGGATTATAATT
195 TTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAACACGGATTATAATT
* * * **
3185 GAATGTTTACCTAAAGAAACATGAAGAAAACGATATTCATTGGTTAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
259 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
* * *
3250 ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAAATGATTTTAA
324 A-CCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAA
* *
3315 GTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAATGTC
388 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAATGTC
* * * * **
3380 ATGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTAT
451 AAGAAAAAGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTAT
*
3445 TGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTTTG
515 TGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTTTG
* * ** * *
3510 GTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTAAGTCGAGAAACGTGAATAAAAAGGCATTCTTTTGTAA
580 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCTTTGGTAA
*
3575 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATA
645 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATA
3640 ATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAAT
710 ATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAAT
* *
3705 GTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
775 GTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
3770 ATTCCTTCAAAAG
840 ATTCCTTCAAAAG
* * *
3783 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATGT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACGT
* *
3848 TTTTGTTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTTGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT
66 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACC-TTGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT
* ** * *
3913 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGAATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
3978 TTATAATGTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAC-CAGGATTATAATT
195 TTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAACAC-GGATTATAATT
* *
4042 GAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
259 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
4107 ATCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTA
324 A-CCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATA-TCATAATTGATTTTA
* * * ** *
4171 AGTTGCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-AGTAGAGAATTAT
387 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AA-TGT
* * *
4235 CAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCTTTA
450 CAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTA
* * * **
4300 GTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCAAATTTATTTGCATTTTC
514 TTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTT-
* * * *
4365 T-GTTAAAATAGATTATCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGC
578 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCTTTGGT
* * *
4429 AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
643 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTT
* * *
4493 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
707 ATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTG
* * *
4558 AATGTCTACCTTGAGCAACATGTAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
772 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
4623 CCCATTCTTTCAAAAG
837 CCAATTCCTTCAAAAG
* * * *
4639 CCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACGT
* * * * *
4704 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAAC---ATG--AAAGGTATTCATT
66 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT
* ** * * *
4764 GGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCATTCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
4829 TTATGATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAA
195 TTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAA
4881 AATAGATNNN
Statistics
Matches: 1733, Mismatches: 195, Indels: 55
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
851 93 0.05
852 13 0.01
853 79 0.05
854 116 0.07
855 102 0.06
856 551 0.32
857 580 0.33
858 199 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (852 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACGT
TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAACACGGATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCAC
CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAATGTCAAGAA
AAAGGCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCTTTGGTAAGAAAAG
CCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTTA
AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGTCTAC
CTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCT
TCAAAAG
Found at i:6720 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 169
6200 NNNNNNNNNN
* *
6210 TCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * ** ** *
6275 AAAAAAATTATAATTCAATGTCTAGC-TCGAAAAAAGTGGAGAAAAAGACATTTGTTGGTAAGAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACA-TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA
* * *
6339 AAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTAATAC
128 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*
6381 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TATGAATTTTTTATACATTTTTAGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAA-TTTTT-TACATTTTTGGT
* * ** **
6445 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAA-ATGAAAAGAAAATATCT-TTCATTCACC
63 T-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATG--AAGAAAA-AGGTATTCATT-GGC
* *
6507 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAATGCCTTATTAC
123 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * *
6553 TCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTA
* * * *
6618 TAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
65 -AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
* *
6683 AGTCTATTTAGAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*
6724 TCACTTTAAATGGTTTTA-AGATCTCAAAATTAATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* ** * * * * ** * * ** **
6787 TAAAGAGGCTATACA-TGAATGTGTGCTTTGGGGAACGTGAAGCAAAA-GTCAACCATTGGCACT
63 TAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAG
* * ** **
6850 AAAAGTCGATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*** * * * * * **
6894 TTGGTTTAAATGGTTTCACAAAT-TGATAATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTATTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
6958 AAAACAGACTAGAATTGAATTTCTGA-CTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAC
64 -AAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG
* * * *
7021 AAAAGTCCATTTATAGTAACACATAT-CTTCATAAGCCTTATTAC
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * *
7065 TCACTTTAAATGG-TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
7128 AAACATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAA-ATGTCAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATG--AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
* * *
7191 AAAGTCTATTTATAGTCACACATT-TTTTCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTAC
* * *
7234 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTACATTTTTAGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * **
7299 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCCTTTGTTAGA
64 -AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
* *
7363 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
127 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
7406 T
1 T
7407 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 153, Indels: 93
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 8 0.01
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172 206 0.25
173 16 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
Found at i:7012 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 6210--7406 Score: 1150
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 336
6200 NNNNNNNNNN
* * * *
6210 TCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTATTTACATTTTTGGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA-TT-TTTACATTTTTAGT
* * * * * ** *
6274 TAAAA-AAATTATAATTCAATGTCTAGCTCGAA-AAA-AGTGGAG-AAAAAGACATTTGTTGGTA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATTTCTA-CTC-AAGAAACA-TGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCA
* *
6335 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTAT
125 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
*
6400 AATCTCAAAATTGATTTTAATATGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
190 AATCTCAAAATTGATTTTAAT-TGAATTTTTT-TACATTTTTGGTT-AAACATATTATAATTGAA
* * * * *
6465 TGTCTACCTTAAGAAATGAAAAGAAAATATCTTTCATT-CACCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
252 TGTCTACTTTGAGAAATGTAAAGAAAA-GTCATTCATTGCA-C-AAAAAGTCCATTTATAGTCAC
6529 TCATTCCTTCAAATGCCTTATTAC
314 TCATTCCTTCAAA-GCCTTATTAC
* * * *
6553 TCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTGACCTTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTAGTT
* * * * *
6617 ATAACAAATTATAATTGAATATT-TAC-CTTAGAAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG
65 AAAACAGATTATAATTGAAT-TTCTACTC-AAG-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * *
6680 AAAAGTCTATTTAGAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AG
127 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-
* * ***
6744 ATCTCAAAATTAATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGAGGCTATACA-TGAATG
191 ATCTCAAAATTGATTTT-AATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACATATTATA-ATTGAATG
* * * * * * ** * * *
6808 TGTGCTTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGTCAACCATTGGCACTAAAAGTCGATTTATGGTCACTCA
254 TCTACTTTGAGAAATGTAAAG-AAAAGTCATTCATT-GCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
**
6873 AGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
317 TTCCTTC-AAAGCCTTATTAC
*** * * * * *
6894 TTGGTTTAAATGGTTTCACAAAT-TGATAATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTATTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTT
* * *
6958 AAAACAGACTAGAATTGAATTTCTGACTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAACAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATTTCT-ACTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
7023 AAGTCCATTTATAGTAACACATAT-CTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAAT
129 AAGCCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7086 GTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACATATTATAATTGAATGTC
193 CTCAAAATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * *
7150 TACTTCGAGAAATGTCAAGAAAAAGTTATTCATTG-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAT
256 TACTTTGAGAAATGTAAAG-AAAAGTCATTCATTGCAC-A-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
**
7214 TTTTTCAAAAGCCTTATTAC
318 TCCTTC-AAAGCCTTATTAC
* *
7234 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTATCTACATTTTTAGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTT-T-TACATTTTTAGT
* * ** * * * * * **
7298 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCCTTTGTTAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATTTCTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
*
7363 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
128 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
7407 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 128, Indels: 66
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 13 0.02
340 150 0.22
341 307 0.44
342 52 0.07
343 160 0.23
344 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTA
AAACAGATTATAATTGAATTTCTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
GCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACATATTATAATTGAATGTCTACTT
TGAGAAATGTAAAGAAAAGTCATTCATTGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
AGCCTTATTAC
Found at i:8264 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7748--10405 Score: 2361
Period size: 172 Copynumber: 15.5 Consensus size: 170
7738 ATAGATTATA
* * * * *
7748 ATTGGCAAGAAAAATTCATTTACAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
** ** *
7813 GTTTTATAAAGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTAT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTAT
* ** *
7877 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGGATATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTC
* * * *
7919 ATTGGCCAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTC-GTTGTAAA-
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAAT
* * * *
7982 AGGTTTTATAATCCCATAATTG-TTATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATT
65 A-GTTTTATAATCTCAAAATTGATT-TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
* ** *
8046 ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTCAAGAAAAAGGCATTC
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
** * * * * *
8090 ATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
8155 GTTTTATAGTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTTATTAAAACAAATTAT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* **
8220 AATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * **** *
8262 ATTGGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCATAGGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* ** * *
8327 GTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATTTGAATTCTTTGTGTA-TTTTTAGTTTAAGCAGATT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAGATT
* * *
8390 ATAATTAAATGTCTACCTAGA-AAATGTGAA-AAAAAGGTCTTTC
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTC
* * * * * ** * **
8433 ATTAGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAAACTTAGTACT-TGTTGTAAA-
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAAT
* * *
8496 AGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
65 A-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATT
* * *
8560 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCG-AGAAAAAAGTATTT
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-GAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * *
8604 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTGCTCCAAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * **
8669 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * ** *
8734 AATTGAATGTCTAGCATAAGAAACATGAAG-AAAAGGATATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTC
* * * * * * **
8776 ATTGGCAATAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCGCTGCAAA-A
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * *
8840 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA-TTTTTTTGGTTAAAACAGATTAT
66 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGATTAT
** * *
8904 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * * *
8946 ATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTTACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * ** ** * *
9011 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGTTTAAATTTATTTGTATTTTTGGTTAAAATAGGTTAT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* ** **
9076 AATTGAATGTTTAGTTTGTA-AAGCGTGAAG-AAAAGGACATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTG-AGAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTC
* * * * * *
9118 GTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTGCTTGAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
9183 GTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTA
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTA
* * *
9247 TAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTC
128 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
9290 ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * **
9355 GTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTAT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAAC-AGATTAT
* * * * * *
9419 AATTGAATGTTTATCTCGAGAAATATCAAGAAAAAGGTATTC
129 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* *** * * * * * *
9461 ATTGGTAAGAAAAGTTTTTTTACAGTCACCAATTGCTTTAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-T
** * * *
9526 A-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTATTTATATTTTTCATTAAAACAAATTA
65 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * *
9590 TAATTGAATGTCTAGCTGGAGAAATGTGAAGAAAATGGCATTC
128 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* *
9633 GTTGGCAAGAAAAG-CGCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
9697 TGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTGTTTGTACA-TATTTAGTTAAAACAGATT
65 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAGATT
* * * **
9761 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTC
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* ** * * *
9805 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * ** * *
9870 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * **
9935 ATTGAATATTTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTC
130 ATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* *
9976 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * **
10041 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATA
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
** * * * * * **
10106 CCTGAATGTCTGCCTTGGGCAAA-ATGAAGCGAAAA-CCAACC
130 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAATGTGAAG-AAAAAGGCATTC
* * * * ** * * * ***
10147 ACTGGCATG-AAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTCTTAGTT-CTTGGTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAAT
* * ** * * * ** * *
10210 GGTTTCATAAAAT-AATAATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTAG
65 AGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
** * ***
10274 AATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAAATCAAGAAAAAATTATTC
129 AATTGAATGTCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * *
10316 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCATCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * *
10381 ATTTTATAATGTCATAATGGATTTT
66 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
10406 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 2012, Mismatches: 405, Indels: 141
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 61 0.03
170 302 0.15
171 752 0.37
172 870 0.43
173 20 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
Found at i:8448 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7752--10390 Score: 2365
Period size: 343 Copynumber: 7.7 Consensus size: 340
7742 ATTATAATTG
* * * *
7752 GCAAGAAAAATTCATTTACAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
** * * *
7817 TATAAAGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATT
** * * * *
7881 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGGATATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTAGAGT
128 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * * *
7945 CACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTC-GTTGTAAA-AGGTTTTATAATCCCATAATTGTTAT
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTGTT-T
* * * * * *
8008 T-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCA-AGAAA
254 TAAATTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAA
*
8071 TGTCAAGAAAAAGG-CATTCATTCA
318 TGTGAA-AAAAAGGTCATTCATT-A
* * * * *
8095 -CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
8159 TATAGTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * ** * *
8224 GAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTACGAAAAGCCCATTTATAGTC
128 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
**** *
8289 ATAGGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAA
193 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAA
* ** * * * *
8354 TTTGAATTCTTTGTGTATTTTTAGTTTAAGCAGATTATAATTAAATGTCTACCTAGA-AAATGTG
258 TTTAAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTG
*
8418 AAAAAAAGGTCTTTCATTA
322 AAAAAAAGGTCATTCATTA
* * * ** * *
8437 GCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAAACTTAGTACTTG-TTGTAAA-AGGT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATA-GT
* * *
8500 TTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
8564 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCG-AGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
126 TTGAATGTCTACCTCGAGAAATGT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
8628 GTCTCCCATTGCTCCAAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTT
190 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTT
* * * *
8693 TAAGTTCAAAGTTATT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCATA-AGAA
254 TAAATTTAAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGAGAA
** * *
8756 ACATGAAGAAAAGGAT-ATTCATTG
317 ATGTGAAAAAAAGG-TCATTCATTA
* * * * * **
8780 GCAATAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCGCTGCAAA-AGGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTT
* *
8844 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAT-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
8908 GAATGTCTACCTCAAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAA-CTCTATTTATAGT
128 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGT
* * * * * *
8972 CACCCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTTACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGA
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTA
* * * * ** * *
9037 AGTTTAAATTTATTTGT--ATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTAGTTTGTA-AAG
256 AATTTAAA-TT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-AGAAA
* * * * *
9099 CGTGAAGAAAAGGACATTCGTTG
318 TGTGAAAAAAAGGTCATTCATTA
* * * * *
9122 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTGCTTGAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * *
9187 TCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
* * *
9251 TGAATGTCTAGCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGT
127 TGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * * *
9316 CACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAA
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAA
* * * * *
9381 ATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAATAT
257 ATTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGT
* *
9445 CAAGAAAAAGGT-ATTCATTG
321 GAA-AAAAAGGTCATTCATTA
* *** * * * * **
9465 GTAAGAAAAGTTTTTTTACAGTCACCAATTGCTTTAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATTA-TT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTT
* ** * *
9529 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTATTTATATTTTTCATTAAAACAAATTATAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
9594 TGAATGTCTAGCTGGAGAAATGTGAAGAAAATGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGCGCATTTGTAGT
127 TGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * *
9659 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTAA
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAA
* * * * *
9724 ATTTAAATTGTTTGTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGT
257 ATTTAAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGT
**
9789 GAAAAAAAAATCATTCATTA
321 GAAAAAAAGGTCATTCATTA
* * *
9809 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ** ** * *
9874 TATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATTATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** *
9939 AATATTTACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AATGTCTACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* *
10003 ACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-A
193 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAA
* * * * * * ** ** * * * *
10067 AGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATACCTGAATGTCTGCCTTGGGCAAA-AT
257 ATTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG-AAATGT
* * ** * *
10131 GAAGCGAAAA--CCAACCACTG
321 GAA--AAAAAGGTCATTCATTA
* * ** * * * * * *
10151 GCATG-AAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTCTTAGTT-CTTGGTTTAAATGGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATAGTT
* ** * * * * * ** * *
10214 TCATAAAATAATAATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* ** * *** ** *
10279 AATGTCTACCTCTAGAAAAATCAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCA
129 AATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * * *
10344 TCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAT
194 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
10391 GTCATAATGG
Statistics
Matches: 1902, Mismatches: 332, Indels: 127
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAATTT
AAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAAA
AAAGGTCATTCATTA
Found at i:8758 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 7748--10405 Score: 2547
Period size: 514 Copynumber: 5.2 Consensus size: 511
7738 ATAGATTATA
*** * * *
7748 ATTGGCAAGAAAAATTCATTTACAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
** * *
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66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * *
7878 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGGATATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTAG
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* * *
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194 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-TT-TAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * **
8005 TATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGA
257 T-TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * ** * * *
8069 AATGTCAAGAAAAAGGCATTCATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATTGCTTCAAAAG
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* * * * *
8134 CCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTATA
384 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACA
*
8199 TTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
449 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * ** * *
8262 ATTGGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCATAGGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * ** * *
8327 GTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATTTGAATTCTTTGTGTATTTTTAGTTTAAGCAGATTA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
8391 TAATTAAATGTCTACCTAGA-AAATGTGAA-AAAAAGGTCTTTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTT
128 TAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * * * *
8454 ACAGTCACTCATTCTTTCAAAAAACTTAGTACTTGTTGTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTAA
192 ACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCTT-TAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
8519 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
256 TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * * *
8584 ATGTCGAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTGCTCCAAAAAC
320 ATGTCGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGC
* *
8649 CTTATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACAT
385 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACAT
* * * *
8714 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCATAAGAAACATGAAG-AAAAGGATATTC
450 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTC
* * * * * * * **
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1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* ** *
8840 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATA
66 -GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
8905 ATTGAATGTCTACCTCA-AGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTAT
130 ATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC
* * * *
8969 AGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTTACTTTAAATA-ATTTTATAATCTCAAAATTGAT
194 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * ** * * * * ** *
9033 TTGAAGTTTAAATTTATTTGTATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTAGTTTG-TAA
257 TTTAAG-TTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * *
9097 A-G-CGTGAAGAAAAGGACATTCGTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTGCTTGAAA
320 ATGTCGAGAA-AAAA-G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAA
* * *
9160 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTA
382 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTA
* * ** *
9225 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTC
447 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * *
9290 ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * *
9355 GTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTAT
* * * * * ***
9419 AATTGAATGTTTATCTCGAGAAATATCAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTTTTTTAC
129 AATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC
* * * * ***
9484 AGTCACCAATTGCTTTAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATT
194 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
** * * * *
9549 TTAAGCTCAAATTTATTTATATTTTTCA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTGGAGAA
258 TTAAG-TTGAATTT-TTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
** * * *
9613 ATGT-GAAGAAAATGGCATTCGTTGGCAAGAAAAG-CGCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAA
320 ATGTCG-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAA
* * * * *
9676 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAACCTCAAAATTGA-TTTAAATTTAAATTGTT-TGT
383 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA--GTTATTT
* * * * * **
9739 ACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAATCATT
446 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
9804 C
511 C
* * ** * *
9805 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * *
9870 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
9935 ATTGAATATTTACCTTAG-GAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
130 ATTGAATGTCTACC-TAGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC
* * *
9999 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
194 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * ** ** * *
10064 TTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATACCTGAATGTCTGCCTTGGGCAAA
258 TTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG--AA
* ** * ** * * * * * *
10129 ATG--AAGCGAAAACCAACCACTGGCATG-AAAGTCCATTTATGGTCACTCA-AGCTTTCGAAAG
320 ATGTCGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAG
* *** * * ** * *
10190 TCTTAGTT-CTTGGTTTAAATGGTTTCATAAAAT-AATAATTGTTTTTAAGTT-GAA--TATTTT
384 CCTTA-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAAAGTTA-TTT
* * * * * * * ***
10250 ACATTATTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAAATCAAGAAAAAATTAT
446 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
10314 TC
510 TC
** * * *
10316 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCATC-CATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
10380 AATTTTATAATGTCATAATGGATTTT
65 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
10406 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 1770, Mismatches: 320, Indels: 111
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
511 138 0.08
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517 4 0.00
518 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCG
AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACATTTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
Found at i:12393 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11894--13099 Score: 1240
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
11884 NNNNNNNNNN
* *
11894 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAGG-ATACTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCAT--TCATTGGCAAG
* * * *
11958 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCCTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTACAA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
12023 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTGGT
128 TCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTTGT
* * * * ** *
12066 TAAAACAGATTATAATTGAATATATAACTCGAGAAACATGAAAAAAAAAGGCATTTGTTGGTAAG
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* *
12131 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
64 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
12195 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTAT
127 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTTGT
* * * * *
12239 TAAAAAAGATTATAATTGAA-AGTCTACCTCAAGAAACATCATGAAAAGGTCTTTCATTTGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATA-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGG-CATTCATTGGCAAG
* * * * * *
12303 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAAAGCTTTTATAA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
12368 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTATTT-CATATTTTGGGT
128 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTT-TGT
* * * * * *
12410 TAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTCGAGATATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** * * * *
12475 AAAGTCTATTTATAGTCACCTTTTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTACACT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * **
12540 CTCAAAATTAATTTTACGTTCAAATTTATTTATGTTTTTTGT
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* *** * * * * *
12582 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCTTGGGAAA-AGTGGAGAAAAAGACATTCGTTGGTAAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACA-TGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
12646 AAAAG-CCAATCTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATA
64 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
12710 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATACTTTGTACATTTTTTGT
127 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTTGT
* * *
12754 TAAAATAGATTATAATTGAATTTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGTCTTTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGG-CATTCATTGGCAAGA
* ** *
12819 AAAATTAATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAAT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
12883 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGT
129 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGT
* * ** * * * *
12924 TAGAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT-TGGGAACTGTGAAGAAAAAGGAATTCATTTGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAAC-ATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAG
*
12988 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
13053 TCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
128 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGT
13095 TAAAA
1 TAAAA
13100 GAGGCTANNN
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174 9 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGT
Found at i:12667 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11894--13099 Score: 1326
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
11884 NNNNNNNNNN
* * * *
11894 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAGGATACTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * *
11959 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGC-CTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTACAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
12023 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTATTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
130 TCTCAAAATTGATTTAAAGTT-GAA-TTATTTACATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * ** * *
12087 ATATAACTCGAGAAACATGAAAAAAAAAGGCATTTGTTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC
193 ATTTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * *
12152 CATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
257 CATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
*
12217 GAATTCTTTGTACATTTTTTAT
321 GAATT-TTT-TACATTTTTTGT
* * * * * * * *
12239 TAAAAAAGATTATAATTGAA-AGTCTACCTCAAGAAACATCATGAAAAGGTCTTTCATTTGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATA-TCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * * * *
12303 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAAAGCTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
12368 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTATTT-CATATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGAATA
130 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTACATATTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATA
* * **
12432 TTTACCTCGAGATATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTT
194 TTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
12497 TTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTACACTCTCAAAATTAATTTTACGTTCA
259 TT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-G
**
12562 AATTTATTTATGTTTTTTGT
322 AATTT-TTTACATTTTTTGT
* ** * * * *
12582 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCTTGGGAAA-AGTGGAGAAAAAGACATTCGTTGGTAAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACA-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * *
12646 AAAAG-CCAATCTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
12710 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TACTTTGTACAT-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
129 ATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTA--TT-TACATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
12773 AT-TTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAAT-TAATTTATAGT
191 ATATT-TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT
*
12835 CACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
253 CACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* *
12899 GGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGT
317 AGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGT
* * * * * *
12924 TAGAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT-TGGGAACTGTGAAGAAAAAGGA-ATTCATTTGCAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAAC-ATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAA
* *
12987 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
13052 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAA
129 ATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTATTTACATATTTTGGTTAAAA
13100 GAGGCTANNN
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTACATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATT
TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTTGT
Found at i:15313 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 15228--15535 Score: 210
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
15218 NNNNNNNNNN
* ** *
15228 AAGGCTTTTGAA-GCAAT-GAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAACG-AATAG-GTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAACAAATGCTGTTTTCTT
* * * *
15291 GACATTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAATAATGTAACAAAATTTAACT
64 CACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAACAAAATTTAACT
*
15356 TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTACAGTGAGTAA
129 TAAAATCAATTACGAGATTAT-AAA-C-----CA-T--TTAA
* * * * * * * *
15398 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCCCAACGAAT-ATCTTTTCTTC
1 -AAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAACAAATGCTGTTTTCTTC
** ** * * ** * * *
15462 ATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCCT-TGTTAACCAATAATGTAAAAAAATTCAACT
65 ACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTAAGTAAAAATGTAACAAAATTTAACT
15526 TAAAATCAAT
129 TAAAATCAAT
15536 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 16, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
170 70 0.59
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
AAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAACAAATGCTGTTTTCTTCA
CATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATGTAACAAAATTTAACTTA
AAATCAATTACGAGATTATAAACCATTTAA
Found at i:15730 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14025--15825 Score: 964
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 169
14015 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14025 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAAATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * *
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* ** * *
14152 TTTAACCCAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
********** * * * *
14196 NNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTAGCCAATGAAAGACC-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTT
* * * * * * * *
14259 TTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTACAATATATGTTAACAAAAAATATACAAAGAA
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATGTA-AAAAAA
* * * * *
14324 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAATACCATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * ** *
14368 AGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGTGTTACTATAAAT-AGCTTTTTTTACGACCGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * * ********* *
14432 TTTTCACGTTTCAT-TAGCTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAATATT
65 TCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
14496 CAACTTAAAAACAATTATTAGCTTATGAAACCATTTAAACTA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * ** * * * ** ** *
14538 AGTAATAAGATTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * ** * *
14603 GCTTCACG-TTCTCCAAGGCAGACATTCAGGTATAGA-CTCTTTTAA-TAAAAAATGTTAAAAAA
65 TCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACT--AAAATGTAAAAAAA
* * *
14665 TTCAACCTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAATCATTTAAGGTG
126 TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
********* * * * *
14709 AGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * **
14774 TCTTTATGTTTC-CTAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTCTAACTAAAAATATCTAAAAATT
65 TCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATT
* ** * ***
14838 TAAC-CGAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAANN
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
******** *
14879 NNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTGCCAATGAATGA-CTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTT
** * * * * * * *
14942 TTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAATATGTGCAAAGAA
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-ATGT-AAAAAAA
* * * * ***********
15007 TTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAANNNNNNNNNNTTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * ** *
15051 AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAACAAAT-GCTGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCT-TT
* * * * *
15115 TTCTTCACGTTTCTCAAGCTCGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAATAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAA-AAAAT
* * * ****
15180 TGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAANNNN
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
****** * * *
15222 NNNNNNAAGGCTTTTGAAGCAATGAGTGACTATAAATCG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* ** * * * * *
15286 TTCTTGACATTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAATAATGTAACAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AATGTAAAAAAATT
* * * *
15351 TAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTACAGTG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
15393 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCCCAACGAATATC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
** * * *
15457 TCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCCT-TGTTAACCAATAATGTAAAAAAATT
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACTAA-AATGTAAAAAAATT
********** * *
15521 CAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGCG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
15563 AGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCGAATGAATACCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * *
15628 TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATAATAATCTGTTCTAACTAAAATGGTAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAT-GTAAAAAAATTC
* *
15693 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
15734 AATAATAAGGCTTTTGACAGAATGGGTGACAATATAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAAAGACC-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTT
15797 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
15826 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 391, Indels: 94
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 343 0.29
171 619 0.52
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173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:16479 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16181--16492 Score: 455
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
16171 NNNNNNNNNN
* * * *
16181 TCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTT
1 TCTGTTCTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
* * * * * **
16246 ACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGACGACTATAAATGGGCTTTTCTTTTCAATGAATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAAGGAC-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
16311 CCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAGGCATTCAATTAAAA
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAGGCATTCAATTAAAA
* * *
16352 TCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTT
1 TCTGTTCTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
*
16417 AAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAAAGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGG-AAAGG-ACACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
16481 ACCTTTTTCTTC
129 ACCTTTTTCTTC
16493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 15, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCTGTTCTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAAGGACACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
CTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAGGCATTCAATTAAAA
Found at i:17852 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17828--17877 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
17818 AATAAATGGA
17828 TTTTTCTTGCTAAAGAAAGAC
1 TTTTTCTTGCTAAAGAAAGAC
**
17849 TTTTTCTTGCTAATTAAAGAC
1 TTTTTCTTGCTAAAGAAAGAC
17870 TTTTTCTT
1 TTTTTCTT
17878 CATATTTCTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
TTTTTCTTGCTAAAGAAAGAC
Found at i:18135 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17845--18266 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
17835 TGCTAAAGAA
* * * *
17845 AGACTTTTTCTTGCTAATTAAAGACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAAT
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* * * * * *
17910 CTGTTTGAAC-CAAAATGAACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AACATTATT
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* * * *
17973 TAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGGAGCAATAGGTGACTGTAAAT
127 T-AAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGCGACTATAAAT
* *
18017 AGACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTCTTAACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
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* * *
18082 TGTTTTAACAAAAAAGGTAC-AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTT
64 TGTTTTAACAAAAAAGGAACAAACAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACATTTTT
* * * ** *
18146 CAGCGAGTACTAAGTTTTTTGAAGGAATAGGCGACTATAAAT
128 AAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGCGACTATAAAT
* * * * * *
18188 GGACTTTTCTTACCAATGAATATTCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATC
1 AGACTTTTCTTGCCAAT-AA-ATACTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
18253 TGTTTTAACAAAAA
64 TGTTTTAACAAAAA
18267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 34, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 181 0.86
172 17 0.08
173 7 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACAAAAAAGGAACAAACAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAACATTTTTAAG
CGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGCGACTATAAAT
Done.