Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399078.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2352.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15170
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 2215 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:921 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 568--2133 Score: 1241
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
558 NNNNNNNNNN
* *
568 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * **
633 GCCAAAGAAT-TGTGTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTGAATTATTAT-ATGTTTTAACC
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCATGTTTTAATA
* *
695 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTA
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
737 AAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGTCCTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
802 GTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAACATGTTATAATAA
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCATGTTTTAATAA
* * *
867 AAAATTTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ********** * *
908 TAAAATCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTTCAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * *
973 ATCAATGCATGTCTTTTTCTTCATATTTC-CTAAGGTATACATTCAATTCTTTCATGTTTT-ATC
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATATCATGTTTTAAT-
* * *
1036 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATACCAATTATGAGATTA
129 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** * *
1079 TAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAATTGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
1144 ACCAATGAATGA--TTTCTCTTCACGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATTATC-TATTTTAA
66 GCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA-TATCATGTTTTAA
* * *
1205 -AAAAAATTATAAAAAAATTCTA-TTCAAAATTAATTATGAGATTA
128 TAAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
1249 AAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
1314 GCCCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGATGTAGACATTCAATTTTAATC-TGTTTTAGT
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT-ATCATGTTTTAAT
* ** * *
1377 AAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTA
129 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * *
1420 GAAAATCACTAAAAGCGAGTAATAAGATTTTTAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGATTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
1485 ACCAAT-ATATATCTTTTTCTCCATGTTTC-CATGGAAAACATTTAATTCTTATC-TATTTTAAC
66 GCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-ATATCATGTTTTAAT
* * * ** * *
1547 CAAATATGTAGAAAACCTCAACTCAAAATCAATTCTGAGATTA
129 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
1590 TAAAAACATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGGCTGTAAATGCACTTTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
* * **********
1655 TGTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGNNNNNNNNNNATTATTATC-TGTTTTAA
65 TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA-TATCATGTTTTAA
* * * *
1718 TAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGGTTA
128 TAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** *
1763 TAAAA-CATTTAAAGCGACTAATGCGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * ** * * * * * *
1827 GCCAATGGGTGTCTTTTTGTTCATATTTTTTGAGGAAAACACTAAATTTTTGTC-TGTTTTAAT-
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA-TTATATCATGTTTTAATA
* * *
1890 AAAAATGTAAAAAAAGTCAAGTTGAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
1932 TAAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTATGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** *
1997 GTCAATTAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAAT-ATGTTTTAATA
66 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCATGTTTTAATA
* *
2061 AAAAAAGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** *
2103 TAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
2134 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 282, Indels: 58
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 110 0.10
170 339 0.31
171 529 0.49
172 76 0.07
173 31 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCATGTTTTAATAA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:1307 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 569--2133 Score: 935
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 338
559 NNNNNNNNNT
* *
569 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
634 CCAAAGAATTGTGTTTCTTCACGTTTTC-AAGGAAGACATTGAATTATTATATGTTTTAACCAAA
65 CCAATGAATTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAA
*
698 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAG
130 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAG
* * ** *
763 GCTTTTGAAGTCCTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGT
195 GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATA-CTTTCTCTTCACGT
*
828 TTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAACATGTTATAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAAATTAAAA
259 TTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAACATGTTATAATAAAAAATTTAAAAAAATTT-AATTAAAA
*
893 TCAATTATGAGATTAT
323 TCAATTATGAGATTAA
* * *********** *
909 AAAATCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTTC-AAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAG-CAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * *
973 ATCAATGCATGTCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTATACATTCAATTCTT-TCATGTTTTATCC
64 GCCAATGAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTAT-ATGTTTTAACC
* * **********
1037 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATA-CCAATTATGAGATTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAA
127 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AGCCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
1101 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAATTGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-TTTCTCTTC
191 GAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTCTCTTC
* *
1165 ACGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATTATCTAT-TT-TAA-AAAAAATTATAAAAAAATTCT
255 ACGTTTCTC-AAGCTAAACATTCAATTA-TAAC-ATGTTATAATAAAAAATT-TAAAAAAATT-T
*
1226 -ATTCAAAATTAATTATGAGATTAA
315 AATT-AAAATCAATTATGAGATTAA
*
1250 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * ***
1315 CCCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGATGTAGACATTCAATT-TTAATCTGTTTTAGTAA
65 CCAATGAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATT-ATATGTTTTAACCA
* ** *** * * * * *
1379 AAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAATGAATTAT-AAGATTAGAAAATCACTAAAAGCGAGTAAT
128 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAA-ATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAG
** * * * * * * * *
1443 AAGATTTTTAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGATTTTTCTTACCAAT-ATATATCTTTTTCTCC
192 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGA-ATA-CTTTCTCTTC
* * ** * * * ** * * * ** *
1507 ATGTTTC-CATGGAAAACATTTAATTCTTATCTAT-TT-TAACCAAATATGTAGAAAACCTCAAC
255 ACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATT-ATAAC-ATGTTATAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAA-
* *
1569 TCAAAATCAATTCTGAGATTATA
317 TTAAAATCAATTATGAGATTA-A
* * * * * * * *
1592 AAAA-CATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGGCTGTAAATGCACTTTTTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTT
* * ********** * **
1656 GTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGNNNNNNNNNNATTATTATCTGTTTTAATAA
64 GCCAATGAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCA
* * * ** * *
1721 AAAATATAAAAAAAATTTAACTTTAAA-TCAATTATGAGGTTATAAAA-CATTTAAAGCGACTAA
128 AAAATGT-AAAAAAATTCAAC-TTAAAGCCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * ** * * *
1784 TG-CGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGTCTTTTTGTT
191 -GAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTCTCTT
** * ** ** * * * ** * * * *
1848 CATATTTTTTGAGGAAAACACTAAATTTTTGTC-TGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAGTCAAG
254 CACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAA-TTATAACATGTTATAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAA-
* *
1911 TTGAAATCAATTATGAGATTAT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAA
* ** ** * *
1933 AAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTAT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTT-TCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * **
1997 GTCAATTAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATAA
64 GCCAATGAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCA
* * ** * * ** * *
2062 AAAAAGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATA
128 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGA
2127 AGGCTTT
193 AGGCTTT
2134 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 230, Indels: 91
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 103 0.11
341 432 0.46
342 350 0.37
343 51 0.05
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGG
CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATACTTTCTCTTCACGTTT
CTCAAGCTAAACATTCAATTATAACATGTTATAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAATTAAAATCA
ATTATGAGATTAA
Found at i:2657 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2235--3938 Score: 1292
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
2225 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * **
2235 AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAACAGACATGAAGAAAAAGTCTTTCGC--TGGTGTGA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-ATATC-CATTGGTAAGA
** * * *
2298 AAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACGT-GCTTTAAATGGTGTTATAA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* *
2362 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTAATTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * ** * *
2405 AAATAGATAATAATTGAATGTTTGTCTT-AAAACACATGACGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* * * ** *
2469 AAGTCCATTTATAGTCACCCGTACCTTCGAAAGGCTTATTACTTACTTCAAATAGTTTTATAATC
65 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
* * * *
2534 TCATAATCGATTTTAAGCTAAATTTGTTTACTTTTTTTATTA
129 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * *
2576 AAACATATTATAATTCATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
** * * * *
2641 AGTGTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT
66 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCT
* * * * * *
2706 CATAATTGATTTCAACTTGACTATATTTACA-TTTTTATTA
130 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * * * *
2746 AAACAGACAAAAATT-AAGTGTTTTCCTCGAAAAACATGAACAAAAAGATACCCATTGGTAAGAA
1 AAACAGATAATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* * * * *
2810 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTCATTAGTCACTTTAAATGTTTTTATAACC
65 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC
* * * *
2875 TCATAATTGATTTAAAGTCAAATTTTTTTATAGTTTTTATTA
129 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * ** *
2917 AAATAGATAATAATTGAATATCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG-GTAAGA
* * *** * * * *
2981 AAAGGTCCATTTACAGCCATTTATGACTT-TAGAAGCCTTATTACTCGTTTTATATGTTTTTATA
64 AAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATA
* * * * * * ** *
3045 ATATCAGAATTGATTTTGAGTTGAGA-TTTTTTACGTATTTGGTTC
126 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * ** * * * ***
3090 AAATAGATAAGAATTAAATGTTTTCCACGGGAAACATGGAGAAAAGGATAAATATTGGTAAGAAA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
* * * * * * * *
3155 AGTCCATTTATAGCCACTCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTTAGTGATTTTTTAATCT
66 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCT
* * * * * ** *
3220 TATAAATCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTGCTACTA
130 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * * *
3261 AAACAGATTAA-AATTGAATGTCTACATCTGA-AAACTTGAAGAAAAATATATCTATGGGCAACA
1 AAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGA
* * * *
3324 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTCGCTGTAAATAGTTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAAT
* **
3389 CTCATAATTAATTTT-A-TATAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
128 CTCATAATTGATTTTAAGT-TA-AATTTTTTTACATTTTTTATTA
* ** * *
3432 AAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAATGTGAAG-AGAA-ATCATTCATTGGTAAGA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGTAAGA
* * * * * * *
3494 AAAGTCTAATTATATTCACCCATGCCTTAGAAAGCCATATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAAT
* * ** *
3559 CTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGA-TA
128 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-TATTA
* * * * * * *
3602 AAACATGA-AAGAATTGAACGTATACCTT-AGGAAACATGAAGATAAAGACATGCATTGATAAGA
1 AAACA-GATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGA
* * *
3665 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* * * *
3729 TCTCACAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * * * * *
3773 TAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAA
1 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
* ** * * ** * * *
3838 AGTGCATTTATAGTCACGTA-GAACTTCAAAAGCCTTCCTACTCGCTTTACATGATTTTTTAATT
66 AGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC
* *
3902 TCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
129 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
3939 AGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1199, Mismatches: 294, Indels: 81
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.01
170 391 0.33
171 646 0.54
172 28 0.02
173 118 0.10
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
Found at i:2871 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2296--3931 Score: 1233
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 342
2286 TCGCTGGTGT
* * * *
2296 GAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACGT-GCTTTAAATGGTGTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
2360 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATAATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAAT
*
2424 GTTTGT-CTTAAAACACATG-ACGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 GTTT-TCCTGAAAA-ACATGAAC-AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
2487 CCGTACCTTCGAAAGGCTTATTACTTACTTCAAATAG-TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAG
192 CCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAG
* * * * * * *
2551 CT-AAATTTGTTTACTTTTTTTATTAAAACATATTATAATTCATTGTTTACCTTGA-GAAACATG
256 TTCAAATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATG
*
2614 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
320 AAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* * * * *
2637 GAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATTGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2702 ATCTCATAATTGATTTCAACTTGACTATATTTACATTTTT-ATTAAAACAGACAAAAATT-AAGT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAA-T
* *
2765 GTTTTCCTCGAAAAACATGAACAAAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
130 GTTTTCCT-GAAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
2830 ATGCCTTCGAAAGCCTCATTAGTCACTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTAAAG-TC
194 ATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTC
* * * *
2894 AAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACC-TCAGGAAACATGAAG
259 AAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAG
2958 AAAAAGATATCCATTGACAAA
323 AAAAAGATATCCATTGAC-AA
* * * * *** * * * * * *
2979 AAAAAGGTCCATTTACAGCCATTTATGACTTTAGAAGCCTTATTACTCGTTTTATATGTTTTTAT
1 GAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** * * * *
3044 AATATCAGAATTGATTTTGAGTTGAGAT-TTTTTACGTATTTGGTTCAAATAGATAAGAATTAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAA
* ** * * * *** * *
3108 TGTTTTCCACGGGAAACATGGAGAAAAGGATAAATATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACT
129 TGTTTTCC-TGAAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
3173 CATACCTTCAAAAGCC-CTATTACTCGCTTTTAGTGATTTTT-TAATCTTATAAATC-ATTTTAA
193 CATACCTTCGAAAGCCTC-ATTACTCACTTTAAATG-TTTTTATAATCTCAT-AATCGATTTTAA
* * * ** * *
3235 GTT-GAGTTTTTTTACATTTGCTACTAAAACAGATTAA-AATTGAATGTCTACATCTGA--AAAC
255 GTTCAAATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGGAAAC
* * * * *
3296 TTGAAGAAAAATATATCTATGGGCAA
317 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* * * * * * * *
3322 CAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTCGCTGTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * **
3387 ATCTCATAATTAATTTTATA-TAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * * ** * * * * * *
3451 GTCTGCCTTAGGAAATGTGAA-GAGAA-ATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAATTATATTCACC
130 GTTTTCCTGA-AAAACATGAACAAAAAGAT-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** * * * *
3514 CATGCCTTAGAAAGCCAT-ATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGT
193 CATACCTTCGAAAGCC-TCATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGT
* * ** * * *
3578 TGAATTTTTTTGTATTTTTGGA-TAAAACATGA-AAGAATTGAACGTATACCTT-AGGAAACATG
257 TCAAATTTTTT-TATTTTTTTATTAAAACA-GATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATG
* * * *
3640 AAGATAAAGACATGCATTGATAA
320 AAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* * * * *
3663 GAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * * * *
3728 ATCTCACAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTATAACATATTATAATTAAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATG
** * * * * * * * * **
3793 TCTAGCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACGTA
131 T-TTTCCTGAAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * * *
3858 GAACTTCAAAAGCCTTC-CTACTCGCTTTACATGATTTTT-TAATTTCATAATTGACTTTAAGTT
195 TACCTTCGAAAGCC-TCATTACTCACTTTAAATG-TTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT
*
3921 -GAATTTTTTTA
258 CAAATTTTTTTA
3932 CATTTTTAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATG
TTTTCCTGAAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTCAA
ATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAA
AAGATATCCATTGACAA
Found at i:4344 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4055--4453 Score: 463
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
4045 NNNNNNNNNN
* * * *
4055 CTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATGAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
4120 TTTTTACATTTTTGGGTAAACTAGATAATAATTGAATGTTCGTCTTAACAAACATGAA-AAAAAG
66 TTTCTACATTTTTGGATAAACTAGATAATAATTGAATGTTCGTCTTAACAAACATGAAGAAAAAG
* * *
4184 -CCTTCATTGGCATGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATAC
131 ACATTCATTGGCAAGAAAGA-TCCATTTACAGTCACCCATAC
* * * * * *
4224 CTTCCAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTTAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * **
4289 TTTCTATATTTTT-TATCAAAAC-AGATTATAATTGAATG-TC-TACTTCAGGAAACATGAAGAA
66 TTTCTACATTTTTGGAT--AAACTAGATAATAATTGAATGTTCGT-CTT-AACAAACATGAAGAA
* * *
4350 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAGATCTATTTACAGTCACCCATCC
127 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAGATCCATTTACAGTCACCCATAC
* *
4395 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-TATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
4454 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 29, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTCTACATTTTTGGATAAACTAGATAATAATTGAATGTTCGTCTTAACAAACATGAAGAAAAAG
ACATTCATTGGCAAGAAAGATCCATTTACAGTCACCCATAC
Found at i:5341 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4761--5862 Score: 804
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
4751 TAGTCATCCA
* * ** * * * * * *
4761 ATTTATAATCACCTATGCCTTTGACAGCTTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * **
4826 TTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTATCTTTTTTATCAAAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
* * ** * * *******
4891 GGACACATG-AGCAAAAAGATATCCATTGGCAAGANNNNNNN
131 GAAAATGTGAAG-AAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
*** ** * * * **
4932 NNNTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATCAATCGCTTTAAATGTTTTTATAATCGAATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4997 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGGTTATAATTAAATGTC-GACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTC
* * *
5060 -GAGAAATGTGAA-AAAAAGATATCCATTTGGAAGAAAAGTCT
130 AGA-AAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * * * * **********
5101 ATTTATACTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
* * *
5166 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAATACAGATTATAATT-ATATGTATGCTTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTC
* * * * * *
5230 AGGAAAA-GTGAAGAAAATGTTATTCATTGGTAAGAACAGTCC
130 A-GAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
** * *
5272 ATTTATAGTCACCTTTGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
********* * * *
5337 TTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTT-TAGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCT
66 TTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
5401 CTGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCC
129 CAGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * * * * *
5444 ATTTATAGTCACCCTTGTCTTGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
********** * * *
5509 TT-ANNNNNNNNNNGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAC
66 TTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
** *
5573 AGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAACTCT
130 AGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * * * * * *
5615 ATTTATAATTACCCATGCCTTCCAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATTTCAAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTTATAATCTCATA
* * * * *
5679 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTCTC
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* ** *
5744 AAAAAATGTGAAGAAAAATCTATTCATTAGCATGAAAAGTCT
130 AGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * * * * *
5786 ATTTATAGTAACCCATACATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTTATAATCTCGTA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTTATAATCTCATA
5850 ATTGATTTTAAGT
65 ATTGATTTTAAGT
5863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 186, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
169 79 0.11
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
GAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
Found at i:5558 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4935--5852 Score: 688
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 332
4925 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
4935 TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATCAATCGCTTTAAATGTTTTTATAATC-GAATAATT
1 TATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAA-AATT
* ** * * * * * * * *
4999 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGGTTATAATTAAATGTCGACCTCGAG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAGTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCAAA
* * * * * * *
5063 AAATGTGAA-AAAAAGATATCCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGTC-TTCAAA
130 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAT-ACATTCAAA
** * ** *
5126 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAAT-TGATTTTAAGTTA-AATTTTTTT
194 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT--------ATAATCTCA---TAA-TTAGAATTTTTTT
* * ** * * *
5189 ATATTTTCTATTAATACAGATTATAATT-ATATGTATGCTTCAGGAAAA-GTGAAGAAAATGTTA
247 ATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTATACCACA-GAAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
5252 TTCATTGGTAAGAACAGTCCATT
310 TTCATTAGCAAGAAAACTCCATT
* ** * * * *
5275 TATAGTCACCTTTGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA-AGTTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCAAAATT
********* * *
5339 GATTTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTT-TAGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCT
65 GATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAG-TAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCA
* * * * *
5403 GAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGTC-TTGA
128 AAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAT-ACATTCA
* * *
5467 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTANNNNNNNNNNGAATTTTTTT
192 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA----------GAATTTTTTT
* *
5532 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGAAAACATGAAGAAAAAGATATT
247 ATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCACAGAAAACATGAAGAAAAAGATATT
*
5597 CATTAGCAAGAAAACTCTATT
312 CATTAGCAAGAAAACTCCATT
* * * *
5618 TATAATTACCCATGCCTTCCAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCAAAATTG
1 TATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTG
* * **
5683 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTCTCAAAA
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAGTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCAAAA
** * * * * *
5748 AATGTGAAGAAAAATCTATTCATTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATACATTCCAAAG
131 AATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACATTCAAAAG
* *
5813 CCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATT
196 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
5853 GATTTTAAGT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 95, Indels: 44
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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333 3 0.01
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344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (332 bp):
TATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCAAGTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCAAAA
AATGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACATTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGAATTTTTTTATATTTTCTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTATACCACAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAA
CTCCATT
Found at i:6841 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6383--6850 Score: 538
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
6373 NNNNNNNNNG
* **
6383 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-TT-AAATTGTTTAACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAAATTGTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * *
6446 AATTGAATATCTACTTCGGAAAACATAAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACTT-GAAAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
6511 AATCACCCATACCTTTCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGT
129 AATAACCCATACCTTCCAAAGTCTTATTACT-AC-TTAAATAT
* * * *
6554 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTTTTTCATTTTTGGA-CAAAACAGATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTTCATTTTT-TATTAAAACAGATTAT
* * * *
6617 AATTGAAAGTCTGTCTTGAAAAACGTGAAGAAAAATCTATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTAT
65 AATTGAATGTCT-ACTTGAAAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
6682 AGTAACCCATACCTTCCAAAG-CTTTATTACT-C-TAAATAT
129 AATAACCCATACCTTCCAAAGTC-TTATTACTACTTAAATAT
* * *
6721 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * **
6786 ATTGTATGTCTACCTT-AAAAAGGGTGAAGAAAAAGATATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTGAATGTCTA-CTTGAAAAA-CGTGAAGAAAAATATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
6850 A
129 A
6851 CTCACCTATG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 37, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACTTGAAAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAA
TAACCCATACCTTCCAAAGTCTTATTACTACTTAAATAT
Found at i:9125 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6937--11033 Score: 1644
Period size: 171 Copynumber: 24.1 Consensus size: 169
6927 NNNNNNNNNN
**
6937 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * ** ** * * * **********
7001 CGAGAAATGTGAAGAAAGGGATATCCATT-GACAAGAAATGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNN
64 -TACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * *
7065 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATTTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
7108 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTATACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC-
* * * * * * *
7173 TTGA-AAACATGAAGAAAAATATATCCACTAACA-GCAAAAGTCCATTTACACGTCGCCATATGC
63 TT-ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATG-AAAAGTCCATTTATA-GTCACC-CATGC
* * * *
7236 CTT-GAAAGCCTTGTTACTCACCTGTAAAT-G----CTAATCTCATA
124 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
7277 ATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * *
7341 TGAGAAACATGAAAAAAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATCTATGCC
64 T-ACAAACATG--AAGAAAAAGACATCCATTAG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** * * *
7405 TTTGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
125 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
7450 ATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTGCATTTTTCA-TTCAAACAGATAATAATTGAATGTATACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * * * * * * * * ** * *
7514 AAAGAAACGTGAAGGAAAAGATATGCATTGGTAAGACAATTCTATTTATACTCACTTATACCTTG
64 -TACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
7579 GAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * **
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1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
********* * * * *
7685 NNNNNNNNNNAAGAAAAAGATATTCATT-GACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
65 -ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
********** *
7749 AAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTGTAATCTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
7791 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCCT
1 ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * * * **
7856 AGGAAACGTAAAG-AAAAGTCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATGCCTT
65 A-CAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCAT--GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * *
7918 CAAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATN
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********* * * *
7961 NNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT-
* * * ** * * * *
8026 AACAGACATGAAGAAAAAGATATTTATTAGTATGACAACTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCA
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* * * *
8091 AAAGTCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTTTAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * ********** **
8132 ATAGACTATAAGTTGAATATTTCTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATNNNNNNNNNNCTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
** * * * * * *
8197 GGGAAACGTGAAG-AAAA-TCATTCATT-G-A-AAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCA
65 -ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * **
8257 AAAGCCGTATTACTTACTACAAATGGTTTTATAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
8298 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACAATTTTGGGTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGTCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT-
* * * * ** * * ** *
8363 GACAGACATAAACAAAAAGACATTTATTTGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCC
64 TACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** *
8428 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTAAAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * *
8469 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGACAAAACAGATAACAATTGAAAGTCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * *
8534 GACAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
65 -ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* **********
8599 AAAGCCATATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
8640 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGTATAACAGATAATAATTGAATGTCCATGT-
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-C-TGTC
* * * *
8704 TGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
63 TTACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
** * *
8769 AAAAGCCTTATTACTTTCTTTTAATGGTTTTATAATTTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********* * **
8811 ATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTT
1 ATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC-T
* * * ****
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64 T-ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
****** *
8940 NNNNNNCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
8982 ATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
1 ATTGATTTTAAGTTGA-AT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * ********** * * *
9047 CTAGAAACATGAAGAAAAAGATATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTG
64 -TACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * ******
9112 AAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNN
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
**** * *
9154 NNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAAATAATAATTGAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT--GT
* ** * * ** * *
9218 CTGA-AAATGTGAAAAAAAAAGATATCCACAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
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* * *
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126 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * * *
9326 ATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGTCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * *
9390 CAACAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAATAACCCATACCTTC
64 -TACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ********* *
9455 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTNNNNNNNNNNCGTA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-TTATAATCTCATA
** * * *
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* * * * * ** * * *
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65 ACAAACA--TGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*******************************
9623 ------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** *
9659 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * * * * * * * * **
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* * * *******
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*** * * * *
9830 NNNGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGTT-AAACAAATAATAATTGAATGTCTATCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * **
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64 -TACAAACATGAAGAAAAAGAC-ATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* ** * ** *
9958 CGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATATTTTTATAACCTTGTG
127 CAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** ** **
10001 ATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTGAATAACTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * * * * * * **
10066 AAGAAACGTGAAGAAAAATATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCGTTTG
65 -ACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * **********
10131 AAAGCCTAATTACAT-GCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATA
129 AAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
10172 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTATCTG
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT-
*** * * * * *
10237 GGGAAACATGAA-AACAAA-TCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTT
64 TACAAACATGAAGAA-AAAGACATCCATTAG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
********** ** **
10299 NNNNNNNNNNATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** **
10342 ATTGATATTAAGTT-AACTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAACATCTACC
1 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC
* * * * * * * ** *
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* * * *
10470 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
10513 ATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * * * * *
10578 AGAAAATATGAAGAAAAA-CCATTCATTCGCAAGGAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCA
65 A-CAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
** **********
10642 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
10683 ATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTAAG-T-AAACAAATTATAATTAAATGTCTACG-
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT--GT
* * * * * ********** *
10745 ATGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCANNNNNNNNNNATTTATAGTCACTCATGCCTT
62 CTTACAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
10810 CGAAAGCCTTATTGA-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********* * * * **
10853 ATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCT
1 ATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * * * * *
10917 CAGGACACGTG-AGCAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGTCTT
64 TA-CAAACATGAAG-AAAAAGACATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * *
10981 CAAAATCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
11024 ATTGATTTTA
1 ATTGATTTTA
11034 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2928, Mismatches: 875, Indels: 247
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Matches are distributed among these distances:
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163 69 0.02
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165 4 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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Found at i:10656 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6937--11033 Score: 1634
Period size: 341 Copynumber: 12.0 Consensus size: 339
6927 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* **
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316 TTTAAATATTTTTATAATCTCATA
* * * * *
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1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* * * * *
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* * * *
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* *** * * * * * *
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* * * * * * * ** * ** * **
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*
7598 TTAAATAGTTTTATAATCTCATA
317 TTAAATATTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
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1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
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65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTC
* ********** * * *
7749 AAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT
129 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * **
7814 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCCTAGGAAACGTAAAGAAAAGTCATT
194 TACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCATT
* * ** *
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** *
7944 GGTTTTATAATCTCATN
323 ATTTTTATAATCTCATA
********* * * * * * * **
7961 NNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGGTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCT
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT
** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
8089 CAAAAGTCTTATTACTCACCTTAAAT-AGTTTTTTAATCTCATAATAGACTATAAGTTGAATATT
128 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * ********** * * * * *
8153 TCTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATNNNNNNNNNNCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAATCA
192 TTTACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCA
* * * * **
8217 TTCATTG-AA-AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTTACTACAAA
257 TTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
**
8280 TGGTTTTATAATCTCATA
322 TATTTTTATAATCTCATA
* * * *** * * * * * ** *
8298 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACAATTTTGGGTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGTCTC
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* * * * * * * * * * * *** *
8363 GACAGACATAAACAAAAAGACATTTATTTGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCC
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCG
* * * *
8428 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * *
8492 TACATTTTTGGACAAAACAGATAACAATTGAAAGTCTGTCTT-GACAAACGTGAAGAAAAAGCCA
194 TACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGA-AAACATGAAGAAAAA-CCA
* * * * ** ****
8556 TCCATTAGTATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCATATTACTCACNNNN
257 TTCATT-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
******
8620 NNNNNNTTTATAATCTCATA
320 AATATTTTTATAATCTCATA
* * *** * * * * * **
8640 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGTATAACAGATAATAATTGAATGTCCATGTT
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* * ** * *
8705 GACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-AATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTC
* ** * * * **********
8769 AAAAGCCTTATTACTTTCTTTTAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNN
129 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
8834 TACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAA-GATA
194 TACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCAT-
* ********** * **
8898 TCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCNNNNNNNNNNCTTGTTACTCACTTTAA
258 T-CA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
**
8963 ATGGTTTTATAATCTCATA
321 ATATTTTTATAATCTCATA
* * * * * **
8982 ATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC
1 ATTGATTTTAAGTT-A-ATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACC
* **********
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63 T-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGC-
* * * **********
9109 TT-GAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATT
126 TTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * ** *
9173 TTTTTTACATTTTT-AGTTAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCT-GAAAATGTGAAAAAAA
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** ** * * * *
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253 ACCAT-T-CA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
**
9301 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
315 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATA
********** * * ** *
9326 ATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGTCTC
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* * ** * * * * ** *
9391 AACAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAATAACCCATACCTTCC
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCG
********* *
9456 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTNNNNNNNNNNCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* ** * * * * * *
9520 TTA-GTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTA-CTTA-AAAAAAGGTGTAGAAAAAGA
193 TTACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACA--TGAAGAAAAA-C
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****************
9638 NNNNNNNNNNNNNNNNTCATA
319 AAATATTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
9659 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACC-
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT
* * * * * * * **
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127 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
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* * * ** * *
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* ** *
9979 TAAATATTTTTATAACCTTGTG
318 TAAATATTTTTATAATCTCATA
** * * * *
10001 ATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTGAATAACTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* * * * * *
10066 AAGAAACGTGAAGAAAAATATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAT-GCGTTT
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10130 GAAAGCCTAATTACAT-GCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
129 GAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
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10323 ATATTTTTATAATCTCATA
321 ATATTTTTATAATCTCATA
* *
10342 ATTGATATTAAGTTAACTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAACATCTACCTT
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* ** *
10536 TATATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAACCATT
194 TACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCATT
* * **
10601 CATTCGCAAGGAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANN
259 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
********
10666 NNNNNNNNAATCTCATA
323 ATTTTTATAATCTCATA
* * * * * **
10683 ATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTAAGT-AAACAAATTATAATTAAATGTCTACGAT
1 ATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTT
* ********** *
10747 GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCANNNNNNNNNNATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCG
* **********
10812 AAAGCCTTATTGA-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTT
130 AAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *** * * * * * * * * *
10876 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAGGACACGTG-AGCAAAAA-GAT
194 TACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAG-AAAAACCAT
* * * * * *
10939 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGTCTTCAAAATCCTTTTTACTCGCTTTA
258 -T-CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
*
11004 AATGGTTTTT-TAATCTCATA
320 AAT-ATTTTTATAATCTCATA
11024 ATTGATTTTA
1 ATTGATTTTA
11034 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2826, Mismatches: 835, Indels: 191
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 19 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTG
AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCATTCA
TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATT
TTTATAATCTCATA
Found at i:12045 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 11692--12554 Score: 795
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
11682 NNNNNNNNTT
* * *
11692 AAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCATTTTGATTAAAACAGAT
1 AAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAT
* * * *
11757 AATAATTGAATGTCTGCCTCGATAAACACGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATT
65 AATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATT
**********
11822 TATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTT
129 TATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTT
* *
11887 ATTTGAAGTTAAATATTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTACCTCTA-
194 ATTTGAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTC-AG
* * *
11950 GAAACT-TGAAGAAAAACATAT-TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATACCTTTA
257 GAAA-TGTGAAGAAAAACATATAT-ATTGACAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCA
12013 AAAGCCTAATCACTCACTTG
320 AAAGCCTAATCACTCACTTG
* ********* * *
12033 AAATATTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAATAGA
1 AAATACTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTGATTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGA
* * *** * * * *
12098 TAATAATTGATTGTCTACCTTAGAAGTGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
64 TAATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATT
* * *
12163 TATATTCACCCAT-ACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT
129 TATAATCACCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
********** * * *
12227 NNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAGG
193 TATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGG
* * * * *
12292 AAATGTGAAGAAAAACATATATATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAA
258 AAATGTGAAGAAAAACATATATATTGACAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCAAAA
* ** * * *
12357 GTCTTTTTACTCGCTTT
323 GCCTAATCACTCACTTG
* * * * * *
12374 AAATAGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTGAATTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACA-AA
1 AAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG-ATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAT
** * *
12438 ATATAATCAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAGGAAAAATATAT-CAGTTGGTAAGAAAAGTCTA
65 A-ATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCA-TTGGTAAGAAAAGTCAA
* ** * *
12502 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
127 TTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
12555 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 103, Indels: 24
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 34 0.08
341 341 0.84
342 30 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATA
ATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTA
TAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTAT
TTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAA
TGTGAAGAAAAACATATATATTGACAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCC
TAATCACTCACTTG
Found at i:12176 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 11901--12553 Score: 456
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 161
11891 GAAGTTAAAT
* ** * *
11901 ATTTTTTT--ATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTACCTCTAGAAACT-TGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTTATAAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCT-TAGAAA-TGTGAAGAA
* * * *
11963 AAACATATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTAATCACTC
64 AAACATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * *
12028 ACTTGAAATATTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGA
129 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG---------TGA
* *
12070 ATTTTTTTACA-TTTTTAGTAAAAATAGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGAAGTGTGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTTA-TAAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGAAATGTGAAGAAA
* * * *
12134 AAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATA-CTTTCAAAAGCCTTATTACTC
65 AACATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTT-AAAAGCCTTATTACTC
* *
12198 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGA
129 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT---------GTGA
* * *
12240 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTTATAAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCTTA-GAAATGTGAAGAAA
* * * * * * ** * *
12305 AACATATATATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGTCTTTTTACTCG
65 AACATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
12370 CTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTGA
130 CTTTAAATATTTTTATAAT--C-TCA-TAATTGTGA
** * * ** * **
12406 ATTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACA-AAATATAATCAAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
1 ATT---TTTTTACAT-TTTTTATAAAAACAGATA-ATAATTGATTGTCTACCTT-AGAAATGTGA
* * * * * * ** *
12470 GGAAAAATATAT-CAGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCAT
60 AGAAAAACATATACA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTAT
12534 TACTCGCTTTAAATGATTTT
124 TACTCGCTTTAAAT-ATTTT
12554 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 63, Indels: 56
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.02
169 22 0.06
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172 3 0.01
173 1 0.00
174 2 0.01
175 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
ATTTTTTTACATTTTTTATAAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGAAATGTGAAGAAAA
ACATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGTGA
Found at i:13540 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13033--13698 Score: 543
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
13023 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
13033 TTTTT-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTAGAGAAACGTGAAGAAAAA-AAATCTGTT
1 TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTATTC-ATT
* * * ** *
13096 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* ******
13161 TTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTNNNNNN
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAT
**** * * * * * *
13202 NNNNTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAG-C-TCAGGAAAGGTGAAGAAAAAGATATCCA
1 TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-GCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA-CTATTCA
* * * ** *
13265 TTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTCGAAACCCTTATTACTCACCCTAAACG
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* **********
13329 GCTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACAT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAT
* * *
13373 TTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTTAAGAAAAACTATTCATTG
1 TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTATTCATTG
* * * * * *
13438 GCAAGAAAAGTCCATTTGATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCCTAATCACTTACTTTAAATGGAT
66 GCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
13503 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAT
**** ** * * * * *
13544 TTTTGGGCAAAACAGATAACCATTGAAAGTCTGTCTTGACAAACATGAAGAAAAACCATTCATTG
1 TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTATTCATTG
* * * * * **
13609 GTAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
13673 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
13699 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 106, Indels: 21
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 124 0.33
171 250 0.66
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACTATTCATTG
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TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAT
Found at i:14227 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 13899--14224 Score: 367
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
13889 ATTTTTTTAC
* * * * *
13899 ATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTGATTGTCTATCTTGACAGACGTAAAGAAAACGTCATTTA
1 ATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACGTAAAGAAAACGTCATTCA
* * * *
13964 TTAGCAAGAAAAGTTCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTCTTACTCGCTTAAAATGA
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*
14029 TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTA
131 TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTA
* * * *
14059 AATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGACAA-AAGA-GAT-AT
1 ATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACGT-A-AAGAAAACG-TCAT
* * * * *
14121 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGGCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTT-TAA
63 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAACCCATATTACTCGCTTAAAA
* * *
14185 TGGTTTTTTAATTTCATCA-TTGA-TTTAAGTTGA
128 TGATTTTATAATCTCAT-AGTTGATTTTAAGTT-A
14218 ATTTTTT
1 ATTTTTT
14225 TATATTTTTG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 23, Indels: 11
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 7 0.05
159 27 0.20
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ATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACGTAAAGAAAACGTCATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAACCCATATTACTCGCTTAAAATGA
TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTA
Done.