Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399080.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2354.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3352
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 388 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1407 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 433--3350 Score: 1211
Period size: 171 Copynumber: 17.2 Consensus size: 170
423 ATTACTCACT
* * * * * * * * *
433 TTAAATGATTTTATAACCTCATATTTGATTTTAA-TTTAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAATA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * *
497 GATTATAATTGATTGTCTAC-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-CTCATTGGCAAGAAAAGT
66 GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAAGT
* ********** * **
560 CCTTTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCGTTATTACTCGCT
129 TCTTTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* ** *
603 TTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAACTTT-TTTACATTTTTTATTAAAA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * ** * * * * *
666 GAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTAAAGAAAATGATATCCTTTGGCAAGAGAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
731 CCATTTATAGTAACCCACGCGTTAGAAAGCCTTATTACTC-ACC
129 TCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-A
* * * * * * *
774 TTAAATAATTTTATAACATCATAATTGATTTTAA-TTAGAATTTTTTTTATAGTTTTTATTAAAA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAA-TTTCTTTACATTTTTTATTAAAA
********** * * * *
838 CAGATTATAATNNNNNNNNNNC-CTCAAAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAG-
64 CAGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
*
901 TCTATTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GAA
129 TCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGAA
* **
944 TTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAANN
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
******** * * *
1009 NNNNNNNNTTGAATGTCTACATCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATTC
66 GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * **
1074 ATTTATAGTCACACATACCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGAA
131 TTTTATAGTCAC-CATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
********** * *
1116 TTAAATGATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTTTATTAAAAC
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-TTTTTTATTAAAAC
* * *
1181 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTAAAAAACGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
* *
1246 CTTTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCAAA
130 CTTTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
********** *
1288 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAGA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * *
1353 GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATGTCTATTGGCAGGAAAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
*
1418 TTTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-C
131 TTTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* ********************** *
1458 TTGAAAT-AGTTT-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAACTTT-TTAACATTTTTTATTAA
1 TT-AAATGA-TTTCAT-AACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTTATTAA
* * * ** * ** *** *
1520 AATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAAATGTGAAG-AATTGATATCCATTCATAAGAGA
62 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTGA-AAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * **
1584 AGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCC
126 AGTTCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * ********** *
1630 TTAAAT-ACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TNNNNNNNNNNTTTTATTAAAAT
1 TTAAATGA-TTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * *
1693 AAATTATAATTGAGTGTCTATC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAGGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCT-GCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * ** **
1757 CCATTTACAGTCACCTACGCCTTCAAAAGGCTTATTACAAGCT
129 TCTTTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * * *
1800 TTAAATGATTTTATAA--TC-TCA-TAA--TTGAGTT---TTT-TTATA-TTTTTTTATTAAAAT
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTT-TACATTTTTTATTAAAAC
* * * * ** * * * * * *
1854 AGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGGAACATGAAAAAAAAGAAATCCATTCGCAAGAAAAATC
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
* * *
1919 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCG-C
130 CTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
******** * * * * * *
1960 TTNNNNNNNNNNT-ATAACGTCATAATTGATTTTAATTTTAATTT-TATAATATTTTTTATTAAA
1 TT--AAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCT-TTACATTTTTTATTAAA
* * * * * **
2023 ACATATTATAATTGAAT-ACT-TATCTCAAAAAACGTGAAGAAAACGATATCCATTAACAAGAAA
63 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCAT-T-GAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * * ****
2086 AATCCATTTATGGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTNNNN
126 AGTTCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
****** * * * *
2132 NNNNNNGATTTCATAACCTTATAATTGATTCTAAGTTGAAGTTT-TTTACATTTTTTATTAAAAT
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * *
2196 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAG-T
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
* * * * **
2260 CTATTCATACTAACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCT
130 CT-TTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
** * ** ** * * **********
2303 TTAAAT-AGTTTTGTAAACTCATGTTTTGTTTTAGGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAAC
1 TTAAATGA-TTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAC
** * * * *
2367 AGATTATAATTGAATG-CTTGCCCTGAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCAGTT-GTAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTC-TGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAG
* * * * **
2430 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGTT
128 TTCTTTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * * * ********** *
2474 TTAAGTGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTTAAATNNNNNNNNNNTTTTATTAAAAAA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * * * * * * * *
2538 TATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATTTCCATTAGCAAGAAAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * * **
2602 ATTTATAGCGCCCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCTCA
131 TTTTATAG-TCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * * *
2643 TTAAATGATTTCATAACCTGACAATTGATTTTAAATTGAATTGT-TTTACATTTTTTATTAAAAT
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TCTTTACATTTTTTATTAAAAC
* ** * * *
2707 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
* * **
2772 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CC
130 CTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* ** * * * * * * *
2813 TATAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAACC
1 T-TAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * * *
2878 ATATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAAAAATGTAAAGAAAATGATATCCATTAGG-AAGAGAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGT
* * ***
2941 TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGCCTTATTACTCCCC
129 TCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * * * * * *
2984 TTAAATGCTTTTATAAACTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTGAAACA
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * * ***
3048 GATTATAATTGAATGTCTTCCTCATG--AAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAANNN
66 GATTATAATTGAATGTCTGCAT--TGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
******* * * **
3111 NNNNNNNTAGTCACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTT
129 TCTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
* * * * * ********** *
3154 TTAAATGGTTAT-GTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATNNNNNNNNNNAAT
1 TTAAATGATT-TCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * * * *
3218 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGGAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT
* * * *
3283 CATTTATAGTCACCCTTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACT
130 CTTTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-A
*
3325 TTAAATGATTTTATAACCTCATAATT
1 TTAAATGATTTCATAACCTCATAATT
3351 GA
Statistics
Matches: 2079, Mismatches: 583, Indels: 171
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 97 0.05
162 4 0.00
163 2 0.00
164 7 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 7 0.00
168 4 0.00
169 173 0.08
170 506 0.24
171 1023 0.49
172 169 0.08
173 80 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
TTTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAA
Found at i:2713 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 422--3352 Score: 1183
Period size: 341 Copynumber: 8.6 Consensus size: 340
412 NNNNNNNNTA
* * * *
422 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATATTTGA-TTTTAA-TTTAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * *
485 TTCACTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-CTCATTG
65 TTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACATAAAGAAAAAGATATC-CATTA
* *********** * * * *
549 GCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGATTT
** * * * *
614 TTTAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAAT
193 CATAAACTCACAATT-GATTTTAAATTGAA-TTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
677 TGAATG-TCT-ACCTCA-AAAAATGTAAAGAAAATGATATCCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTAT
255 TGAATGCT-TGCCCTGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
739 AGTAACCCACGCGTTAGAAAGCCT
317 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
763 TATTACTCACCT-TAAATAATTTTATAACATCATAATTGA-TTTTAA-TTAGAATTTTTTTTATA
1 TATTACTC-CCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATT-ATTTTTAAGTTA-AA-TTTTTTTATA
* * * ********** * ** * *
825 GTTTTTATTAAAACAGATTATAATNNNNNNNNNNCCTCAAAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATT
62 TTTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATT
* * **
890 GGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GAATTAAATGAT
127 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCCCATTAAATGAT
* * * * **********
953 TTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TCTTTACATTTTTTATTAAAANNNNNNNNNN
191 TTCATAAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGT-TTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
1017 TTGAATG-TCT-ACATCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATTCATTTAT
254 TTGAATGCT-TGCCCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT
* * **
1080 AGTCACACATACCTTTAAAAAGCCT
317 AGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCT
** ********** * *
1105 TATTACT-CGAATTAAATGATNNNNNNNNNNCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTCTTTGCAT-
1 TATTACTCCCTA-TAAATGATTTTATAACCTCATAATT-ATTTTTAAGTTAAATTT-TTT-TATA
* * * * * * * *
1167 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTAAAAAACGTGAAGAGAAATATATCCAT
62 TTTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * **
1232 TGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCAAATTAAATGAT
126 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGAT
* * ********** *
1297 TTCATAACCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATT-TCTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAA
191 TTCATAAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGT-TTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAA
** * * * * * * *
1361 TTGAATG-TCTGCATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATGTCTATTGGCAGGAAAAGTCCTTTTATA
254 TTGAATGCT-TGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATA
*
1425 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
318 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* ********************** * * * *
1448 TATTACTCGCT-TGAAAT-AGTTTT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAACTTTTTAACAT
1 TATTACTCCCTAT-AAATGA-TTTTAT-AACCTCATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * * ** * **
1510 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAAATGTGAAG-AATTGATATCCAT
63 TTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCT-AA-AAAACATAAAGAAAAAGATATCCAT
* * * *
1574 TCA-TAAGAGAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCC-TTAAAT-
126 T-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CCATTAAATG
* * * * ********** * *
1636 ACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATNNNNNNNNNNTTTTATTAAAATAAATTATA
189 A-TTTCATAAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * *
1701 ATTGAGTGTCTAT--CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GACAGGAAAAGTCCATTT
253 ATTGAATG-CT-TGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
1763 ACAGTCACCTACGCCTTCAAAAGGCT
315 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
*** * * * *
1789 TATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-A--A---TTGAGTT---TTTTTATAT-TTTT
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * ** * *
1844 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGGAACATGAAA-AAAAAGAAATCCATTCG
66 TTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * ********
1908 CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGC-TTNNNNNNNNNN
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATT--AAATGATT
* * * * * *
1972 T-AT-AACGTCATAATTGATTTTAATTTTAATT-TTATAATATTTTTTATTAAAACATATTATAA
192 TCATAAAC-TCACAATTGATTTTAAATTGAATTGTT-TTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAA
* ** * * * * * *
2034 TTGAATACTT-ATCTCAAAAAACGTGAAGAAAACGATATCCATT-AACAAGAAAAATCCATTTAT
254 TTGAATGCTTGCCCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2097 GGTCACCCATACCTTTGAAAGCCT
317 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
********** * * * * * *
2121 TATTACTNNNNNNNNNNGATTTCATAACCTTATAATTGA-TTCTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * *
2185 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAAGATATCCATTGG
65 TTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * * * * * *
2250 TAAGAAAAGTCTATTCATACTAACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGA-TTT
** *** ** * *********
2314 TGTAAACTCATGTTTTG-TTTTAGGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATT
193 CATAAACTCA-CAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTT-ACATTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* *
2378 GAATGCTTGCCCTGAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCAGTT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
256 GAATGCTTGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
2442 CACTCATTCCTTCGGAAGCCT
320 CACCCATGCCTTCGAAAGCCT
** * * * **********
2463 TATTACTCGTTTTAAGTGATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAATTTAAA-TNNNNNNNNNNT
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* * *
2526 TTTATTAAAAAATATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATTTCCATTAG
65 TTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * *
2590 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGCCCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCTCATTAAATGATTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGATTT
* * *
2654 CATAACCTGACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
193 CATAAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
2719 AATG-TCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTT
257 AATGCT-TGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
2783 ACCCATGCCTTCGAAAGCCT
321 ACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
2803 TATTACTCCCTATAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
** ** * *
2868 TTATTAAACCATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAATGTAAAGAAAATGATATCCATTAGGA
66 TTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
* * * * * *
2933 AGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGCCTTATTACTCCCCTTAAATGCTTTTAT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGATTTCAT
* * * * *
2998 AAACTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATG
196 AAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * **********
3063 TCTT--CCTCATGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACC
261 -CTTGCCCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
3126 CATGCCTTCGAAAACTT
324 CATGCCTTCGAAAGCCT
** * * * * * * * ***
3143 TATTACTCGTTTTAAATGGTTATGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATNNN
1 TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
******* * * * * * ** * *
3208 NNNNNNNAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGGAGAAAAAGATATCCATTGGT
66 TTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGC
* * * * * *
3273 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCTTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGATTTCA
* *
3338 TAACCTCATAATTGA
195 TAAACTCACAATTGA
Statistics
Matches: 1954, Mismatches: 552, Indels: 168
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 9 0.00
331 120 0.06
332 107 0.05
333 1 0.00
335 1 0.00
336 1 0.00
338 5 0.00
339 10 0.01
340 404 0.21
341 527 0.27
342 481 0.25
343 139 0.07
344 148 0.08
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TATTACTCCCTATAAATGATTTTATAACCTCATAATTATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
TTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGATTTCAT
AAACTCACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
CTTGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCGAAAGCCT
Found at i:3130 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 422--3350 Score: 1473
Period size: 511 Copynumber: 5.7 Consensus size: 511
412 NNNNNNNNTA
* * * * *
422 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATATTTGATTTT-AATTTAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCCCCTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * * *
486 TCACTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-CTCATTGG
66 T-ATTAAAAAAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATC-CATTAG
* ********** * *
550 CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTC-A-CNNNNNNNNNNAAAAGCGTTATTACTCGCT-TTAAATGGT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCG-TATTAAATGAT
** * *
612 TTTTTAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAA
190 TTCATAACCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * * *
676 TTGAATGTCTACC-TCA-AAAAATGTAAAGAAAATGATATCCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTAT
253 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * **
739 AGTAACCCACGCGTTAGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAATTTTAT-AACATCATAA-T-TG
316 AGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAC-TCATAATTATG
* ********** *
801 ATTTTAA-TTAGAATTTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAA-TNNNNNNNNNNCCTCA
380 -TTTTAAGTTA-AA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGACCTGA
* * *
864 -AAAATGTGAAGAAAAAGACATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATGCCTTCG
442 GAAAA-ATGAAGAAAAAGATATCCAGTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
*
926 AAAGCCT
505 GAAGCCT
*** * * * * * * *
933 TATTACAT-GAATTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTT
1 TATTAC-TCCCCTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATA-TT
********* * * * * *
997 TTTATTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTACATCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
64 TTTATTAAAA-AAGATTATATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * * ** * * *
1062 CAAGAAAAATTCATTTATAGTC-ACACATACCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGAATTAAATGATN
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCGTATTAAATGATT
********* * *
1126 NNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
191 TCATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * * * * * * *
1191 TGAATGTCTGCATTAAAAAACGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGT
254 TGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * * ** * * * ******
1256 CACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCAAATTAAATGATTTCATAACCTCATAATT-NNNNNN
319 AACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTATGTTTT
**** * * * * *
1320 NNNNTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGAATG-TCTG-CATTGA-AAAA
384 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TGAC-CTGAGAAAA
* * * * * * *
1382 CGTGAAGAAAAAGATGTCTA-TTGGCAGGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
447 -ATGAAGAAAAAGATATCCAGTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGC
1446 CT
510 CT
* ********************** * * * *
1448 TATTACT-CGCTTGAAAT-AGTTTT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAACTTTTTAACAT
1 TATTACTCCCCTT-AAATGA-TTTTAT-AAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATA-
* * * * * **
1510 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAA-ATGTGAAG-AATTGATATCCA
62 TTTTTATTAAAAAAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TAAAGAAAAAGATATCCA
* * ** * * * **
1573 TTCA-TAAGAGAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAT-
124 TT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTATTAAATG
* * ********** *
1636 ACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATNNNNNNNNNNTTTTATTAAAATAAATTATA
188 A-TTTCATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
* ** * ** * * *
1701 ATTGAGTGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTACA
252 ATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * * * * * *
1766 GTCACCTACGCCTTCAAAAGGCTTATTAC-AAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA-T-TG-
317 GTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTATGT
* * * *
1827 ----AGTT---TTTTTATAT-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT-ATCT-ACCTCGAGG
381 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TGACCT-GAGA
* * * * * *
1882 AACATGAAAAAAAAGAAATCCA-TTCGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
444 AAAATGAAGAAAAAGATATCCAGTT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAA
*
1946 GTCT
508 GCCT
* ********* * * * *
1950 TATTACT-CGCTTNNNNNNNNNNTAT-AACGTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTATAATATT
1 TATTACTCCCCTT-AAATGATTTTATAAAC-TCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATA-T
* * * * * * * * *
2013 TTTTATTAAAACATATTATAATTGAAT-ACTTATCTCAAAAAACGTGAAGAAAACGATATCCATT
63 TTTTATTAAAAAAGATTAT-ATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * * **********
2077 AACAAGAAAAATCCATTTATGGTC-ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGAT
126 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTATTAAATGAT
* *
2141 TTCATAACCTTATAATTGATTCTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
190 TTCATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * * *
2206 TGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAG-TCTATTCATAC
254 TGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAG
* * * * * *
2270 TAACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAACTCAT-GTTTTGTTT
318 TAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTATGTTT
* * ********** * *
2334 TAGGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCCTGAGAAACA
383 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGACCTGAGAAAAA
* * * *
2399 TGAGGAAAAAGATATCCAGTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCT
448 TGAAGAAAAAGATATCCAGTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCT
*** * * * **********
2463 TATTACTCGTTTTAAGTGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATNNNNNNNNNNTTT
1 TATTACTCCCCTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* *
2528 TATTAAAAAATATTATATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATTTCCATTAGCAA
66 TATTAAAAAAGATTATATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
* * *
2593 GAAAAGTCCATTTATAGCGCCCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTC-TCATTAAATGATTTCAT
131 GAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGT-ATTAAATGATTTCAT
* * *
2657 AACCTGACAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
195 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * *
2722 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCC
259 GTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCC
* * * * *
2787 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTATAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTAT-TTTTAAGTT
324 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTATGTTTTAAGTT
* *
2851 AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAACCATATTATAATTGAATG-TCT-ACCT-A-AAAAATGTAA
389 AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TGACCTGAGAAAAATG--A
* * *
2912 AGAAAATGATATCCA-TTAGGAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAGAGCCT
451 AGAAAAAGATATCCAGTT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGA-AGCCT
* * *
2973 TATTACTCCCCTTAAATGCTTTTATAAACTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCCCCTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * *
3038 TATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTC-ATGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGC
66 TATTAAAAAAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGC
********** * *
3102 AAGAAANNNNNNNNNNTAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTAT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTATTAAATGATT-T
* * * * **********
3166 -GTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATNNNNNNNNNNAATAGATTATAATTG
192 CATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * *
3230 AATGTCTACCTCGAGAAACTTGGAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCA
256 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTAA
* * * *
3295 CCCTTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT
321 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
3351 GA
Statistics
Matches: 1805, Mismatches: 534, Indels: 158
0.72 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
501 8 0.00
502 225 0.12
503 125 0.07
504 2 0.00
506 1 0.00
508 6 0.00
509 8 0.00
510 116 0.06
511 544 0.30
512 234 0.13
513 197 0.11
514 204 0.11
515 125 0.07
516 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
TATTACTCCCCTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
TATTAAAAAAGATTATATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGTATTAAATGATTTCATA
ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAT
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTATGTTTTAAGTTAA
ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGACCTGAGAAAAATGAAGAAA
AAGATATCCAGTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCT
Done.