Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397436.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2523.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18375
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 2354 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1857 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1669--2053 Score: 517
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
1659 TCACCCACGC
* * * * * *
1669 CTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATA
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATA
*
1734 TTTTTATATTTTTTGTTAAA-TATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGG-AATGTGAAGAAAAA
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGGAAATGTGAA-AAAAA
* *
1797 GTCATCCATTGGCAAGAAATGCCCATT-T-ATGGTCGCTTAAGT
128 GTCATCCATGGGCAAGAAAAG-CC-TTGTCATGGTCGCTTAAGT
* * * * *
1839 CTTTGAAAGCCCTATTACTTTCTTTAAATGGATTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATA
* *
1904 TTTTTATATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAACAAAAGT
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAATGTGAAAAAAAGT
*
1969 CATCCATGGGCAAGAAAAGTCTTGTCATGGTCGCTTAAGT
130 CATCCATGGGCAAGAAAAGCCTTGTCATGGTCGCTTAAGT
*
2009 CTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCAT
2054 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 23, Indels: 10
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 2 0.01
170 149 0.80
171 34 0.18
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATAT
TTTTATATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAATGTGAAAAAAAGTC
ATCCATGGGCAAGAAAAGCCTTGTCATGGTCGCTTAAGT
Found at i:1961 original size:512 final size:502
Alignment explanation
Indices: 1016--1946 Score: 1029
Period size: 512 Copynumber: 1.8 Consensus size: 502
1006 GATTTAAATG
* * * *
1016 GTTTTATAATCTCATAATTCATATGAAGTTGAATTTTTTTACATATTCTATTAAAATAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTCATATGAAGTAGAATTGTTTTACATATTCTAGTAAAACAGATAATA
* * * **
1081 TTTGAATATCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTGGTATGAAAAGTCCATCTATA
66 TTTAAATATCTACATTGGAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATA
** * * * * *
1146 GTCACCCTTGCCTTCGAAACGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATT
131 GTCACCCACGCCTTCAAAACGCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAATT
*
1211 TAGTTGCAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAGTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACAT
196 TAGTTGCAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAACAT
** * *
1276 AAAACAAAATCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTACAGTCACCTAAGTCTTCAAAATCCTCCG
261 AAAACAAAATCATCCATTGACAAGAAAAGCCAATTTACAGTCACCTAAGTCTTCAAAACCCTCAG
* *
1341 TACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTATTACATTTTGA
326 TACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTATTACATTTTGA
*
1406 GTTAAAGTAAATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAAACAACCATTCATTTGTAA
391 GTTAAAGTAAATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAAACAACCATTCATTTGTAA
1471 GAAAAGTCCATCCATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATA
456 GAAAAGTCCATCCATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTA----------ATA
* * * * *
1528 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAGAATTGTTTTAGATTTTC-AGTAAAGCCAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTCATATGAAGTAGAATTGTTTTACATATTCTAGTAAA-ACAGATAAT
* * *
1592 ATTTAAATATTTACATTGGAAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATT-GTCAAAAAAAGTCCGTCT
65 ATTTAAATATCTACATTGGAAAACATGAAGAAAAAACT-ATTCATTGGT-AAAAAAAGTCCATCT
1655 ATAGTCACCCACGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
128 ATAGTCACCCACGCCTTCAAAACG-CTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
* * * * *
1719 ATTTTATGTTG-AATATTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCT-ATCTCAG
192 AATTTA-GTTGCAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTGCT-TAAG
* ** * * * * ** * * *
1781 GGAATGTGAAGAA-AAAGTCATCCATTGGCAAGAAATGCCCATTTATGGTCGCTTAAGTCTTTGA
254 GAAACAT-AA-AACAAAATCATCCATTGACAAGAAAAGCCAATTTACAGTCACCTAAGTC-TTCA
* * ** * * ** *
1845 AAGCCCT-ATTACTTTCTTTAAATGGA-TTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTT
316 AAACCCTCAGTACTCACTTTAAAT-AATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTA
* ** * *
1907 TTATATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTAC
380 TTACATTTTGAGTTAAAGTAAATAATAATTGAATGTCTAC
1947 CTTGGGAAAT
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 63, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 15 0.04
512 225 0.65
513 94 0.27
514 11 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (502 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTCATATGAAGTAGAATTGTTTTACATATTCTAGTAAAACAGATAATA
TTTAAATATCTACATTGGAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATA
GTCACCCACGCCTTCAAAACGCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAATT
TAGTTGCAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAACAT
AAAACAAAATCATCCATTGACAAGAAAAGCCAATTTACAGTCACCTAAGTCTTCAAAACCCTCAG
TACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTATTACATTTTGA
GTTAAAGTAAATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAAACAACCATTCATTTGTAA
GAAAAGTCCATCCATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAATA
Found at i:2545 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2240--4119 Score: 1432
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
2230 NNNNNNNTTC
* *
2240 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
** * * * * * *
2304 ATGTCTGTCTT-GAGAAATGTGTAGAAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAATA-TCTATTTATGGTC
66 ATGTCTACCTTAG-GAAA-CTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTC
* * *
2367 GCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTT
128 ACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* **
2410 ATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGTATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
2475 ATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGACAAGAAAAGTCCAGTCATGGTCA
66 ATGTCTACCTTAGGAAA-CTGAAGCAAAAGTCATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
2539 CTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTT
129 CTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
2581 ATAATTTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
2646 ATGTCTACATTAGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCCATT--CACAGAAAAAATCCATTTATGGTC
66 ATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
2709 GCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGATTTT
128 ACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * * * * * * *
2752 GCAAACTCATAATTGATTTTATGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGATAATATTTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* ** * * * * * *
2817 ATGTTTATGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAAT-CATTGGTAAAAAAAAAGTCTATATATAGT
66 ATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGG--CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
2881 CACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTCTTACTTACTTTAAATAGTTTT
127 CACTTA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2925 ATAATCTCATGATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAGCATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * *
2990 ATATCTATCC--AGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-GATT
66 ATGTCTA-CCTTAGGAAAC-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TC
* * * * * *
3052 GCTGAAGTCATCTAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
128 ACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
3095 ATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGA--AAATAGCAGATAATATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAA-A-CATATTATAAT
* * * * * * * * *
3157 TAAATGTCTACATTAGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATCTATAGT
63 TGAATGTCTACCTTAGGAAA-CTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * *** *
3222 CACCCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTT
127 CACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
3266 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAATT-ATATTTTTTTACAGTTTTTCTTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* ** * * * *
3329 AATATCCGCC-TCGAGAAACTTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAACGCCCATTTAT-GAT
65 AATGTCTACCTTAG-GAAAC-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T
** * * * *
3392 TGCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTT
127 CACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
3436 ATATTCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAA-AGATAATATTTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAACATATTATAATTG
* * ** *
3499 AATGTCTACATTAGGAAACCTAAAG-AAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
65 AATGTCTACCTTAGGAAA-CTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3563 ACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTN
128 ACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
********* * ** * *
3606 NNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTCTTGGA-TAAAACATATAATATTTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * * * * *
3670 AATGTCTACATTAGGAAACTTGAAG-AAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTACAGTC
65 AATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAAGCAAAA-GTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3734 A-TCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGATTTT
128 ACT-TA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
*
3777 ATAATCTCATAATTGATTTTAAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTTATT-AAATATATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATT
* * * * ** * *
3840 GAATGTTTACCTCATGG-ACCATAAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATATT
64 GAATGTCTACCTTA-GGAAAC-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * *
3904 TGCTTAAGTCCTT-GAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTT
127 CACTTAAGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * * *
3948 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTGGTGAAAATAGA-TAGTATTT
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTA-TAATT
* * * ** * * *
4010 GAATGTCTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGG-AAGGAAAAGTCGATCTATAG
64 GAATGTC-TACCTTAGGAAAC-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
4074 TCACTCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
126 TCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
4119 A
1 A
4120 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 297, Indels: 121
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 31 0.02
170 417 0.31
171 736 0.54
172 63 0.05
173 99 0.07
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTAGGAAACTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
TAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:3659 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2240--3990 Score: 1359
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 341
2230 NNNNNNNTTC
* * *
2240 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTT-TATTAAATATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGT-TAAAACATATTATAATTGA
* * * ** * * * * * * *
2304 ATGTCTGTC-TTGA-GAAATGTGTAGAAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAATATCTATTTATGGTC
65 ATATCCG-CATCGAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATGATC
* * * * *
2367 GCTTAAGTC-TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTA
129 GCTTAAGTCATCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * * * ** *
2431 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTG
193 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAACCTA
* * * * *
2496 AAG-CAAAAGTCATCCA-TGGACAAGAAAAGTCCAGTC-ATGGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCT
257 AAGAAAAAACT-ATCCATTGGACAAGAAAAGTCCA-TCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCT
* *
2558 TATTATTTGCTTTAAAT-GATTTT
320 TATTA-CTACTTTAAATAG-TTTT
* * * * *
2581 ATAATTTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACCT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TATTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* ** * * * *
2645 AATGTCTACAT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCCATT--CACAGAAAAAATCCATTTATGG
64 AATATCCGCATCGAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCA-AG-AAAAACCCATTTATGA
* * * * *
2707 TCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAT-GATTT-TGCAAACTCATAATTGATT
127 TCGCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTAT--AATCTCATAATTGATT
* * * * **
2770 TTATGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGATAATATTTAAATGTTTATGTTAGGAAAC
190 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT-AAAACAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAAC
* * * * * * * * ** *
2835 ATGAAGAAAAAGCCAAT-CATTGGTAAAAAAAAAGTCTATATATAGTCA-CTCATACCTTCAAAA
254 CTAAAGAAAAA-ACTATCCATTGG-ACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCT-ATGTCTTCGAAA
*
2898 GCCTTCTTACTTACTTTAAATAGTTTT
316 GCCTTATTAC-TACTTTAAATAGTTTT
* * *
2925 ATAATCTCATGATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAGCATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
2990 ATAT-C-TATCCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGATTG
65 ATATCCGCATCGAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATGATCG
* * * *
3053 CTGAAGTCATCTAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAG
130 CTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
3118 TTGAATTTTTTTACT-TTTTTGA-AAATAGCAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAACCTA
195 TTGAATTTTTTTA-TATTTTTGATAAA-A-CAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAACCTA
* * * * * * *
3181 AAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGCAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGTCTTA
257 AAGAAAAAACTATCCATTGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTA
*
3245 TTACTCATTTTAAATAGTTTT
322 TTACT-ACTTTAAATAGTTTT
* * *
3266 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAATT-ATATTTTTTTACAGTTTTTCTTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* * * ** *
3329 AATATCCGCCTCGA-GAAACTTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAACGCCCATTTATGATT
64 AATATCCGCATCGAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATGATC
* *
3393 GCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTTATAATTGATTTTAA
129 GCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
3458 GGTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAA-AGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACCTAA
194 GTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAACCTAA
3522 AGAAAAAACTATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTAT
258 AGAAAAAACTATCCATTGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTAT
* *
3586 TACTAGCTTTAAATGGTTTN
323 TACTA-CTTTAAATAGTTTT
********* * * * * *
3606 NNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTCTTGGATAAAACATATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAACATATTATAATTGA
* ** * * * * * ** * *
3671 ATGTCTACAT-TAGGAAACTTGAAG-AAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTACAGTC
65 ATATCCGCATCGAGGAAACATGAAGCAAAA-GTCATCCATTGGCAAGAAAAACCCAT-T-TA-TG
* * * * * *
3734 ATC-CAT-A-CCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATT
126 ATCGCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
3795 TTAAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTTATTAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCATGG--
190 TT-AAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACATTA-GGAA
* * * * * * ** * *
3857 ACCATAAAG-CAAAAGTCATCCATT-GATAAGAAAAGTCAATTTATATTTGCTTAAGTCCTT-GA
252 ACC-TAAAGAAAAAACT-ATCCATTGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGT-CTTCGA
* * *
3919 AAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTT
314 AAGCCTTATTACT-ACTTTAAATAGTTTT
* *
3948 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
3991 GTGAAAATAG
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 207, Indels: 117
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 176 0.15
341 377 0.33
342 297 0.26
343 177 0.15
344 112 0.10
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAA
TATCCGCATCGAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATGATCGC
TTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTATATTTTTGATAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACATTAGGAAACCTAAAGA
AAAAACTATCCATTGGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
TACTTTAAATAGTTTT
Found at i:4867 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4547--6335 Score: 1414
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
4537 NNNNNNNNNN
* * * *
4547 GACATTCAATTATA-ATATATTTGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAG
1 GACATTCAATTATATATAT-TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * ** *
4611 ATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATCGAG-GACTATAGATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATATATGGACTT
* * * * *
4675 ATCTTACCAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTA
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * * * *
4717 AACGTTCAAATACTATCTATTTTCACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTATGA
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGA
* * * ** * * *
4781 CATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTGCAAATGAACGT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTT
** ** * * **
4846 TTCTTGTAAATGGATGACTTTTGCTTCGTGTTTTTTAGGGTA
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * * *
4888 AACACTCAATTTTAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAAGC-TAAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTAT-ATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
4951 TATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAACGACTATATATGGACAT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTT
* * * *
5016 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGGTTCAGGTTTC-CTAAAGTA
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAAGTA
* * * * ** * * *
5058 GACGTTCAATTAGAATATATTTAAATAAAAAGCATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATAAG
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
5123 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATATATGGACCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGA-CTT
* * * * *
5188 TT-TTGACAATGGATGACTTTCGCTTCATGTTTCT-AGAGGCA
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AAGTA
* * * * *
5229 GACTTTCAATTATA-AAATATTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTAAGAG
1 GACATTCAATTATATATAT-TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * ** * *
5293 ATTTTAAAACCATTTCAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTTT
** * * * * * * *
5358 TCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTAATGTA
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * * * * * * * * * * * *
5399 GACATTGAAATATTATCTGTTTTAGCTAAACATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATTATAAA
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *
5464 ATTATGAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTTT
* * * *
5529 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCTCGAGGTA
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * * *
5570 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAATAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTAT-ATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * * *
5635 ATTATAAAATCTTTTTAAA-CAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCCTAGGTGACTATAGATGGACTT
65 ATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTT
** * * *
5699 TTCTTATCAAT-GATTAACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTA
129 TTCTTGCCAATGGA-TGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * * * * * *
5741 GACGTTCAACTACTATCTATTTTCACCAAAAATA-CAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAT
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
5805 ATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAGGCGACTGCATATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTTT
* * * * *
5870 TCTTGTCAATGAATGCCTTTTGCTTCACATTTC-CTAAAGCA
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAAGTA
* * * * ** * * *
5911 GACGTTCAATTAGAATATATTTAAATAAAAAGGATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTGTGAG
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
5976 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATATATGGA-TCT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACT-T
* ** * * * * *
6040 TTCTTACCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCGAGGCA
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
* * * *
6082 GACATTCAATTATA-AAATATTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATATATAT-TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * ** * *
6146 ATTTTAAAACCATTTCAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTTT
* * * ** * *
6211 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTATTCATGTTT-TCTAATGTA
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAAGTA
* ** * * * * * * * *
6252 GACATTGAAAAATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAGTTTAAGTTAAAATGAATTATGAG
1 GACATTCAATTA-TATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
6317 ATTATAAAACCATTTAAAG
65 ATTATAAAACCATTTAAAG
6336 TGNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
GACATTCAATTATATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATATATGGACTTTT
CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA
Found at i:5201 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4548--6335 Score: 1455
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 337
4538 NNNNNNNNNG
* * * * *
4548 ACATTCAATTATAATATA-TTTGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGA
* * * *
4612 TTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGA-ATCGAG-GACTATAGATGGACTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATAG-GCGACTATAGATGGACTT
* * *
4675 ATCTTACCAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACGTTCAAATACTATCTATTTT
127 -TCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGTAGACGTTCAAATACTATCTATTTA
* ** * *
4740 CACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTATGACATTATAAAACCATTTTAAGCGAG
190 AATAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
4805 TAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTGCAAATGAACGTTTCTTGTA-AATGGATGACTTTTG
253 TAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTG-ACAATGGATGACTTTTG
* * *
4869 CTTCGTGTTTTTTAG-GGTAA
317 CTTCATGTTTTCTAGAGGCAA
* * * *
4889 ACACTCAATTTTAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAAGCTAAAATCAATTATGATAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
4954 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAACGACTATATATGGACATTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTATAGATGGAC-TTTC
* * ** * * ** *
5019 TTGCCAATGAATGCCTTTTGGTTCAGGTTTCCTAAAGTAGACGTTCAATTAGAATATATTTAAAT
129 TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTAAAGTAGACGTTCAAATACTATCTATTTAAAT
* * *
5084 AAAAAGCATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
193 AAAAA--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
5149 TAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATATATGGACCTTTT-TTGACAATGGATGACTTTCGCTT
256 TAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGA-CTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGCTT
*
5213 CATG-TTTCTAGAGGCAG
320 CATGTTTTCTAGAGGCAA
* * * * * *
5230 ACTTTCAATTATAAAATA-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTAAGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
5294 TTTTAAAACCATTTCAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTATAGATGGAC-TTT
* * * * * * * * * *
5359 CTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTAATGTAGACATTGAAATATTATCTGTTTTAG
128 CTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAC-GTTTCTAAAGTAGACGTTCAAATACTATCT-ATTTAA
* ** * * * * * * * * **
5424 CTAAACATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATTATAAAATTATGAAACTATTTAAAATGAGTA
191 ATAAA-AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
5489 ATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT
255 ATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGCTT
* ** * *
5554 TA-CATTTCTCGAGGTAA
320 CATGTTTTCTAGAGGCAA
* *
5571 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAATAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
5636 TTATAAAATCTTTTTAAA-CAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCCTAGGTGACTATAGATGGACTTT
64 TTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTATAGATGGAC-TT
* * * * * **
5700 TCTTATCAATGATTAACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACGTTCAACTACTATCTATTTTC
127 TCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGTAGACGTTCAAATACTATCTATTTAA
** * * *
5765 ACCAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGATATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTA
191 ATAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
5830 ACAAGGCTTTCGAAGACTTAGGCGACTGCATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTGCTT
255 ATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGCTT
** * * *
5895 CACATTTCCTA-AAGCAG
320 CATGTTTTCTAGAGGCAA
* * * * * *
5912 ACGTTCAATTAGAATATATTTAAATAAAAAGGATA-AAAAAACTCAAATTAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA--ATATAAAAAATTC-AACTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
5976 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATATATGGATCTT
63 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTATAGATGGA-CTT
* ** * ** * * * * **
6041 TCTTACCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTA-TAAAATATTT-
127 TCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTAAAGTAGACGTTCAAATACT-ATCTATTTA
* * *
6104 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTCAAGCGAG
190 AATAAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * ** * * * * * * **
6169 TGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTA
253 TAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGC
* * *
6234 TTCATGTTTTCTA-ATGTAG
318 TTCATGTTTTCTAGAGGCAA
* ** * * * * * * * * *
6253 ACATTGAAAAATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAGTTTAAGTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGA
*
6318 TTATAAAACCATTTAAAG
64 TTATAAAACTATTTAAAG
6336 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 255, Indels: 74
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 49 0.04
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342 187 0.16
343 13 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTATAGATGGACTTTCTT
ACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGTAGACGTTCAAATACTATCTATTTAAATAAA
AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGCTTCATGTT
TTCTAGAGGCAA
Found at i:5517 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 4547--6222 Score: 1510
Period size: 512 Copynumber: 3.3 Consensus size: 510
4537 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4547 GACATTCAATTATAATATATTTGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGA
1 GACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
4612 TTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGA-ATCGAG-GACTATAGATGGACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGACCT-AAGCGACTATAGATGGACTT
* * *** ** * * * * **
4675 ATCTTACCAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACGTTCAAATACTATCTATTTT
129 TTCTTATCAATGATTAACTTTCGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACGTTCAACTACTAAATATTTT
* * * * * * *
4740 CACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTATGACATTATAAAACCATTTTAAGCGAG
194 AACAAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAA-CCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAG
* * * * * * * * * * * *
4805 TAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTGCAAATGAACGTTTCTTGTAAATGGATGACTTTTGC
258 TAACAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTACAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTGC
*** ** ** * * * * ** *
4870 TTCGTGTTTTTTAGGGTAAACACTCAATTTTAATATATTTTAATAAAAA--ATATAAAAAATTTA
323 TTCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAAATAGAATATATTTAAATAAAAAGGATA-AAAAAATTTA
* ** *
4933 AGC-TAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
387 A-CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTA
* * * * * * *
4997 AACGACTATATATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGGTTCAGGTTTCCTAAAGTA
451 AGCGACTATATATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
* * ** * *
5058 GACGTTCAATTAGAATATATTTAAATAAAAAGCATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATAAG
1 GACATTCAATTATAATATATTT-AATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* *
5123 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATATATGGACCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAAGCGACTATAGATGGA-CTT
* * * *
5188 TT-TTGA-CAATGGA-TGACTTTCGCTTCATGTTTCT-AGAGGCAGACTTTCAATTA-TAAA-AT
129 TTCTT-ATCAAT-GATTAACTTTCGCTTCATGTTTCTCA-AAGCAGACGTTCAACTACTAAATAT
* * *
5247 ATTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTAAGAGATTTTAAAACCATTTCAA
191 -TTTAACAAAAAA--TACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTCAA
* * * * * * * * *
5311 GTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCT
253 GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTACAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCT
* ** * * * ** * * ** * * * *
5376 TTTTCTTCACATTTTTTAATGTAGACATTGAAATATTATCTGTTTTAGCTAAACATG-TAAGAGA
318 TTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAAATAGAATAT-ATTTAAATAAAAAGGATAAAAAA
* * * *
5440 ATTTAACTTAAAATGAATTATAAAATTATGAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGA
382 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGA
* * *
5505 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTACATTT-CTCGAGGT
447 CTTAAGCGACTATATATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGGT
5569 A
510 A
* * * *
5570 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAATAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * *
5635 ATTATAAAATCTTTTTAAA-CAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCCTAGGTGACTATAGATGGACTT
65 ATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAAGCGACTATAGATGGACTT
** * **
5699 TTCTTATCAATGATTAACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACGTTCAACTACTATCTATTTT
129 TTCTTATCAATGATTAACTTTCGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACGTTCAACTACTAAATATTTT
* * * * *
5764 CACCAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGATATTATAAAACCATTTTAAGCGAGT
194 AACAAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGT
* * * *
5829 AACAAGGCTTTCGAAGACTTAGGCGACTGCATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTGCT
259 AACAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTACAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTGCT
* * * * *
5894 TCACATTTCCTAAAGCAGACGTTCAATTAGAATATATTTAAATAAAAAGGATAAAAAAACTCAAA
324 TCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAAATAGAATATATTTAAATAAAAAGGATAAAAAAATTTAAC
* * * *
5959 TTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACTTAAGC
389 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
* ** * * *
6024 GACTATATATGGATCTTTCTTACCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCGAGGCA
454 GACTATATATGGA-CTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
* * * *
6082 GACATTCAATTATAAAATATTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGA
1 GACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * ** *
6147 TTTTAAAACCATTTCAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAAGCGACTATAGATGGACTTTT
*
6212 CTTGTCAATGA
131 CTTATCAATGA
6223 ATGGCTTTTT
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 202, Indels: 56
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 264 0.28
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513 36 0.04
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
GACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAAGCGACTATAGATGGACTTTT
CTTATCAATGATTAACTTTCGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACGTTCAACTACTAAATATTTTAA
CAAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAA
CAAGGCTTTCGAAGACATAGGCGACTACAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTGCTTC
ACATTTCCTAAAGCAGACATTCAAATAGAATATATTTAAATAAAAAGGATAAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGA
CTATATATGGACTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTA
Found at i:7057 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6562--9190 Score: 1946
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 169
6552 TTAAAATGGC
* * * **
6562 TAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGGTGAATATAGATGGACCTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGA-CTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * ** * * *
6627 TTTATGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTGACCGAAAAGGTAGAAAACTTAAA
65 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAA
* * * * *
6692 TTTAAAATAAATTATGTGATTATAAAACTATTTTAAGCGAG
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * *
6733 TAATAAGGCTTTCAAACACTTAAGCGACTATAAATGGATCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGA-CTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * * * * * * *
6798 TTTATGTTT-CTCGAGGAAGATATTTAATTATAATATA-TTTAAC-AAAAATATTAAAAAATTTA
65 TTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAATTCA
* * *
6860 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
6902 TGATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGAACGTTTCTTGCCAATGAAT-AGTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTT
* * * * * * *
6966 CTTCACGTTTCCTAATGTTGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAGGAGAATTTA
64 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCA
*
7031 ACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * * *
7073 TAATAAAGCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAATCTTAC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * * * * *
7138 GTT-ACGTTT-CTCAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAATAAAATTC
65 -TTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTC
**
7201 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAG
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
7244 TAATAAGGCTTTCGAAGGCGTAGGTGATTATAGGTGGACCTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGA-CTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * *
7309 TTCATGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTGACTAAAAAGGTAATAAACTTAAA
65 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAA
* **
7374 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAG
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * * * * *
7415 TAATAAGACTTTCAAAGATTTAAGCGGCTATAAATGGACTTTTCCTGACAATGGATGACTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * *
7480 TTCATGTTTCCTAAAGG-AGACATTCAAATATAATATATTTCAA-TAAAAAATGTAAAGAAATTC
65 TTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAATTC
* * *
7543 ACCTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * * * ** * *
7586 TAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGCGATTGTAAATAGACTTTCTTTACTGATGGATCACTTTTGT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGACTTTC-TTGCCAATGAATGACTTTT-T
* * * * * * *
7651 -TTCATGTTT-CTCGAGGCAGAGATTGAATTA-CAACATATTTTAA-TCAAAAGA-GTAAAAAAT
64 CTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATC-TATTTTAACT-AAAA-ATGTAAAAAAT
*
7711 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA
125 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
7756 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTCTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGACT-TTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTT
* * * ** * ** * * * * *
7820 GTTTATGCTT-CTCAAGAAAGACATACAAGCATTATCTGTGTCAA-TAAAAAATGTAAACCAACT
64 CTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAATT
* * *
7883 CAAC-AATAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAC
126 CAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
7927 TAATAAGGCTTTC-AA-A-AGTAAGAGTGACTATAAATTGACTTTCTTGCTAATGGATGACTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACA-T-AG-GTGACTATAGATGGACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * *
7989 GCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATT-AAAT-TACAGTATATTTTAAC-AGAAAATGTAATAAAA
63 TCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT-TA-TCTATTTTAACTA-AAAATGTAA-AAAA
* *
8051 TTCAAGTTAAAATCAATTAT-ATGATTTTAAAACCATTTAAAGC-A-
124 TTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
8095 -AGTAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAGATGGACTATTC-TGCCAATGAATGGCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGG-TGACTATAGATGGACT-TTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * *
8157 CTTTAGGTTTCCTGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTA
64 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCA
* *
8222 ACTT-AAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *** * * * *
8263 TAACAAGGCTTTCGAAGACTTATAAGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * * * * * * *
8328 TTTATGTGTCGTAAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATCAAAAAATTTA
65 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCA
* * *
8392 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACAATTTAAAGCAAG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
8434 TAATAAGGCTTTCGAATG-CATAGGTAACTATAGATGAACTTTTCATACCAATGAAT-AGCTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAA-GACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * * * * *
8497 TCCTT-ATTGTTTTC-AATGTAGACATTCAAATATTATTTGTTTTTACAAAAAATGTAAAAAATT
63 T-CTTCA-TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATT
* * *
8560 CAGCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCACTTAAAGCGAG
126 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
8604 TAATAAGAG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTGT
1 TAATAAG-GCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * **
8668 CTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATACAAAAAAATTC
64 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAATTC
* *
8732 AACTTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
127 AACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*** * **
8775 TAATAAGGCTTTCGAAGAC-TAAGACAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGACTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACAT-AGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * * * * *
8839 CTTCACGTTT-CTCAAGTTAAATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTT
64 CTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTC
* * * *
8903 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGAG
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
************* ** *
8946 NNNNNNNNNNNNNGAAGGTATAGGTGACTATAGATGGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGACTT-TCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* * * * *
9011 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAACTATTATCTGCTTATATC-AAAAATGTAAAAAAATTTA
65 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCT-ATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCA
9075 ACTTAAAATCAATTATGTA-ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAG
128 ACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
9116 TAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGATCGTA-A-ATGGACTTTTCCTGTCAATGGATGACTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGA-C-TATAGATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
*
9179 GCTTCATGTTTC
63 TCTTCATGTTTC
9191 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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171 1079 0.56
172 30 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAGATGGACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
TCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
Found at i:7357 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6562--9190 Score: 2153
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 340
6552 TTAAAATGGC
* * *
6562 TAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGGTGAATATAGATGGACCTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
* * * ** * * * *
6627 TTTATGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTGAC-CGAAAAGGTAGAAAACTTAA
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* * * * * * *
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** * * *
6756 GCGACTATAAATGGA-TCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGG-AAGAT
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* * * *
6819 ATTTAATTATAATATA-TTTAACAAAAATAT-TAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT
257 ATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
6882 ATAAAACCATTTCAAGCAAG
321 ATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * *
6902 TGATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGAACGTTTCTTGCCAATGAAT-AGTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTT
* * * * ** * *
6966 CTTCACGTTTCCTAATGTTGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAGGAGAATTT
65 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
7030 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACTTA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
* * * *
7095 AGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAATCTTACGTTACGTTTCTCAAGGTAAACA
194 AGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTC-TTATGTTTCTCAAGGTAAACA
* * *
7160 TTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
258 TTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
**
7225 TAAAACTTTTTAAAGCGAG
322 TAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
7244 TAATAAGGCTTTCGAAGGCGTAGGTGATTATAGGTGGACCTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
* * * * *
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66 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * * *
7373 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCAAAGATTTAA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAA
* * * * *
7438 GCGGCTATAAATGGACTTTTCCTGA-CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGG-AGAC
195 GCGACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGGATGACTTTTTCTT-ATGTTT-CTCAAGGTAAAC
* * * *
7501 ATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAAATGTAAAGAAATTCACCTTAAAGTCAATTATGAGATT
257 ATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
7566 ATAAAACCATTTAAAGCAAG
321 ATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * * * *
7586 TAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGCGATTGTAAATAGA-CTTTCTT-TACTGATGGATCACTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGT-C-AATGAATGACTTTT
* * * * * * * * *
7649 GT-TTCATGTTT-CTCGAGGCAGAGATTGAATTA-CAACATATTTTAATCAAAAGA-GT-AAAAA
64 -TCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATC-TATTTTACT-AAAAAATGTAAAAAA
* * *
7709 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * * * * * * *
7774 CATGGGTGACTATAGATGGACTCTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTGTTTATGCTTCTCAA-GA
190 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTT-CTTATGTTTCTCAAGGT
* ** * * * * * * * * *
7837 AAGACATACAAGCATTATCTGTGTCAATAAAAAATGTAAACCAACTCAAC-AATAAATCAATTAT
253 AA-ACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTA-AAATCAATTAT
* *
7901 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAC
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
7927 TAATAAGGCTTTCAAAAGTA-AGAGTGACTATAAATTGA-CTTTCTTG-CTAATGGATGACTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTT
* * * * * *
7989 GCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATT-AAAT-TACAGTATATTTTAAC-AGAAAATGTAATAAAA
64 TCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT-TA-TCTATTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
8051 TTCAAGTTAAAATCAATTAT-ATGATTTTAAAACCATTTAAAGC-A--AGTAAGGCTTTTGAAGG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * * * * *
8112 CAT-GGATGACTATAGATGGACTATTC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTC-CTGATG
190 CTTAAG-CGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTC-TTATGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
8174 TAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTAACTT-AAATTAATAATG
252 TAAACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
8238 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
316 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *** * * * ** *
8263 TAACAAGGCTTTCGAAGACTTATAAGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
* * * * * * * * * * * *
8328 TTTATGTGTCGTAAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATCAAAAAATTTAA
66 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
8393 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATAG
131 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAA
** * * * * * *
8457 GTAACTATAGATGAACTTTTCATACCAATGAAT-AGCTTTTTCCTTATTGTTT-TCAATGTAGAC
195 GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTT-CTTA-TGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * * * *
8520 ATTCAAATATTATTTGTTTTTACAAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAAATTA
257 ATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
8585 TAAAACCACTTAAAGCGAG
322 TAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
8604 TAATAAGAG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTGT
1 TAATAAG-GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT
* * * * **
8668 CTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTCA
65 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
8733 ACTTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC-TA
130 ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
* * * * * *
8796 AGACAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGTTAAAT
194 AG-CGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * *
8861 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATT
257 ATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
8926 ATAAAGCTATTTAAAGTGAG
321 ATAAAACCATTTAAAGCGAG
************* * **
8946 NNNNNNNNNNNNNGAAGGTATAGGTGACTATAGATGGA-CTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTT-TCTTGTCAATGAATGACTTTTT
* * * * *
9010 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAACTATTATCTGCTTATA-TCAAAAATGTAAAAAAATTT
65 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCT-ATTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTC
9074 AACTTAAAATCAATTATGTA-ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
129 AACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
* * ** *
9137 AAGCGA-TCGTAAATGGACTTTTCCTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC
193 AAGCGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTT-ATGTTTC
9191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1865, Mismatches: 348, Indels: 151
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 60 0.03
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339 10 0.01
340 343 0.18
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAG
CGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
AAATATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAG
Found at i:10318 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10018--10680 Score: 592
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 168
10008 AAAGGCAGAT
* *
10018 ATTCAATTATATTATATTTTAACAAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGGT
1 ATTCAATTATAATATA-TTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTC-ACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
10082 TATAAAACCATTTAAAGCGATTTATAAGGCCTTTGAAGACTTCAGCTATTGTAAATGGACTTTTC
62 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTC
10147 TTACCAATCGATGACTTTTGCTTCATGTTT-TCTGAAGTAGAC
127 TTACCAATCGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCT-AAGTAGAC
* **
10189 ATTCAATTATAATATATGTTAACATAAAATGCAAAACGATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATAT-TTAACA-AAAATGTAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
10254 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATATATGGGCTTTTCT
63 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
10319 TGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCTAGGTAGAC
128 TACCAATCGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCTAAGTAGAC
* * *
10360 ATTCAATTACAATATATTTAACAAAAAATATAAAAAAACTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** *
10425 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-GGTTGACTATAGATGGACTTTTCC
64 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAG-CAACTATAAATGGACTTTT-C
* * * *
10489 TT-GCAAT-GAATAACTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAAGTAGAC
127 TTACCAATCG-ATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCT-AAGTAGAC
* * * * * * * *
10530 TTTCAAATACT-ATTTGTTTTCAGA-AAAAATGTAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGATAT
1 ATTCAATTA-TAATAT-ATTT-A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
10593 TATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGC-TTTCAAGGACTTAAGTGAA-TATAAATGAATTTT
62 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTAAG-CAACTATAAATGGACTTT
**
10656 TCTTGGCAA-CGGATGACTTTTGCTT
125 TCTTACCAATC-GATGACTTTTGCTT
10681 TGTAACACCT
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 68, Indels: 39
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 210 0.52
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATTCAATTATAATATATTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTAC
CAATCGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCTAAGTAGAC
Found at i:11672 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 11649--11673 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9
11639 TTTAACTTGA
11649 ATTTTTTAC
1 ATTTTTTAC
11658 ATTTTTTAC
1 ATTTTTTAC
11667 ATTTTTT
1 ATTTTTT
11674 CTGAAAACAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 16 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (9 bp):
ATTTTTTAC
Found at i:13160 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12824--14065 Score: 934
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
12814 NNNNNNNNNA
* * *
12824 AACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAA-TCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
* * * * * * * *
12888 AAGCGACT-TCAAATGGACGTTTCTTACTAAT-AGATGACTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGTA
65 AAGTGACTAT-AAATGAAC-TTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GCA
* * * * *
12950 GACACTCAATTTTAATATCTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTTT
126 GACATTCAATTATAATAT-ATTTAAGAAAAAAAGGTAAAAAA-TTT
* * * * *
12995 AACTTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAACACTTA
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* * *
13060 AGTGACTATATATGAACTTTCCTTGCCAATGGATG-CATTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAGAT
66 AGTGACTATAAATGAACTTT-CTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAGAC
* * * * * *
13124 GTTTAGTTAGAATATATTTAAGAAAAAAAGGTAAAAAAACTC
129 ATTCAATTATAATATATTTAAGAAAAAAAGGT-AAAAAATTT
* * * *
13166 AAATTACAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCAAAGACTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGACTT
** * * * * * * * *
13230 AAGCAATTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGACGTTTGCTTTATGTTTCCCGAAGCAAAC
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* * * *
13295 TTTCAATTATAATACATTTAACAAAAAATA-TTAAAAAATTT
129 ATTCAATTATAATATATTTAAGAAAAAA-AGGTAAAAAATTT
* * * * * *** *
13336 AACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
* * * * * * * **
13401 AGTGACTATAGATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTAACGTTTACTAATATTA-AC
66 AGTGACTATAAATGAACT-TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGA-AGCAGAC
** ** * * * * *
13465 ATTCAAACATTCTCTGTTT--GAACCAAAATGTAAGAGAATTT
129 ATTCAATTATAATATATTTAAGAA-AAAAAGGTAA-AAAATTT
* * * *
13506 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
* * * * * * * *
13570 AGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTTCATCCTATTTCCT-AATGCAGA
65 AAGTGACTATAAAT-GAACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GCAGA
* * * * * * *
13634 CATTCAAATATTATCTGTTT-TGACCAAAAAGGTAAAAAACTTA
128 CATTCAATTATAATATATTTAAGA-AAAAAAGGTAAAAAA-TTT
* * *
13677 AACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAA-TCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGACTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
* ** * * * *** ** * *
13741 AAGCGACTGCAAATGGACGTTTCTTACTAATGAATGACTTTCGATTCATGTTTTTTCAAGGTAGA
65 AAGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GCAGA
* * * * * *
13806 CACTAAATTTTAATATCTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTTT
128 CATTCAATTATAATAT-ATTTAAGAAAAAAAGGTAAAAAA-TTT
* * *
13849 AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
* *
13914 AGTGACTATATATGAACTTTCCTTGCCAATGGATG-CATTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAGAC
66 AGTGACTATAAATGAACTTT-CTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAGAC
* * * * *
13978 ATTCAGTTAGAATATATTTAAGCAAAAAAGGTAAAAAAACTC
129 ATTCAATTATAATATATTTAAGAAAAAAAGGT-AAAAAATTT
* * *
14020 AAATTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
AGTGACTATAAATGAACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAGACAT
TCAATTATAATATATTTAAGAAAAAAAGGTAAAAAATTT
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14156 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
* ** * * * * *
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* * * *
14295 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAATAAAA-TTTAATTT
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* * * * * *
14337 AAAATCAATTATTAGATTATAAAA-CATTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAA-AGCCTAGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CTTAAGC
* * * * *
14400 GACTATAGATGGATCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCT-AAGGAGACAATC
64 GACTATAAATGGA-CTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTCAAGCAGACAATC
* *
14464 AAATATTATATATTTTGATC-AAAAAGGTAAAAAACTTAAACTT
128 AAATATAATATATTTT-AACAAAAAAGGTAAAAAACTTAAACTT
* * * *
14507 AAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTTAAGCGAGTCATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
** * * * *
14572 CTGCAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATCACTTTTGCTTCACGTTT-TTCAACGCAAACACTC
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* * ** * * *
14635 AATTTTAATATATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
128 AAATATAATATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAACTTAAACTT
* *
14678 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAATTAAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
* * * * * * ** *
14743 CTATATATGAACTTTCCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACGTTCAG
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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Statistics
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
CTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTCAAGCAGACAATCAAA
TATAATATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAACTTAAACTT
Found at i:14987 original size:341 final size:339
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14156 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
14361 CATTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGATCTTTCTTGTCAA
194 CATTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGACTAAGTGACTATAGATGGAACTTTCTTGCCAA
* * * * ** * *
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259 TGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGCAGACAATCAAATAGAATATATTTTAAACAAAAAGG
*
14491 TAAAAAACTTAAACTT
324 TAAAAAACTCAAACTT
* * * *
14507 AAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTTAAGCGAGTCATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
** * * * * * * * *
14572 CTGCAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATCACTTTTGCTTCACGTTTTTCAACGCAAACACTCAA
66 CTATAAATAGAC-CTTCTTACTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAA-GGAAACATTCAA
* **
14637 TTTTAATATATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
129 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
14702 CCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGAATTAAGTGACTATATAT-GAACTTTCCTTGC
194 -CATTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAG-ACTAAGTGACTATAGATGGAACTTT-CTTGC
* * ** **
14764 CAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACGTTCAGTTAGAATATA-TTTAAACAAA
256 CAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGCAGACAATCAAATAGAATATATTTTAAAC-AA
14828 AAAGGTAAAAATACTCAAA-TT
319 AAAGGTAAAAA-ACTCAAACTT
* *
14849 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGACTTAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
* * * * * *
14914 CTATAAATAGACCTTCTTATTAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCGAGGAAGATATTCAAT
66 CTATAAATAGACCTTCTTACTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGAA-ACATTCAAT
14979 TATAATATATT
130 TATAATATATT
14990 CAATTATAAA
Statistics
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGA
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ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
TTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGACTAAGTGACTATAGATGGAACTTTCTTGCCAATG
AATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGCAGACAATCAAATAGAATATATTTTAAACAAAAAGGTA
AAAAACTCAAACTT
Found at i:14990 original size:15 final size:15
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14960 CCCGAGGAAG
14970 ATATTCAATTATAAT
1 ATATTCAATTATAAT
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1 ATATTCAATTATAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATATTCAATTATAAT
Found at i:15296 original size:636 final size:635
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Period size: 636 Copynumber: 1.9 Consensus size: 635
14358 AAACATTTTA
* *
14368 AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGATCTTTCTTGTCAATGAATGA
1 AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAGATGGATCTTTCTTATCAATGAATGA
* * *
14433 CTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGAGACAATCAAATATTATATATTTTGATCAAAAAGGTAAAAAA
66 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAGACAATCAAATATTATATATTTTGATCAAAAAGGTAAAAAA
*** * * * *
14498 CTTAAACTTAAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTTAAGCGAGTCATAAGGCTTTCGAAGA
131 CTTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * *
14563 CTTAAGCGACTGCAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATCACTTTTGCTTCACGTTTTTCAACGCA
196 CTTAAACGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCACTTTTGCTTCACATTTCTCAACGCA
* **
14628 AACACTCAATTTTAATATATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
261 AACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
14693 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGAATTAAGTGACTATATAT-GAACT
326 ATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-ACTAAGTGACTATAGATGGAACT
* * * **
14756 TTCCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACGTTCAGTTA-GAATAT-A
390 TT-CTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-AATGCAGACATTCAAATATG-ATATGA
*
14818 TTTAAACAAAAAAGGTAAAAATACTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
452 TTTAAAC-AAAAAGGTAAAAA-ACTCAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
14882 GCGAGTAATAAGGA-TTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACCTTCTTATTAATGGATGACT
515 GCGAGTAATAA-GACTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACCTTCTTATTAATGGATGACT
14946 TTTGCTTTATGTTTCCCGAGGAAGATATTCAATTATAATATATTCAATTATAAAATC
579 TTTGCTTTATGTTTCCCGAGGAAGATATTCAATTATAATATATTCAATTATAAAATC
* * * *
15003 AAGCGAGTGATAAGGCTTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAGATGGA-CTTTTCTTATTAATGAAT
1 AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAA-GCATAGGTGACTATAGATGGATC-TTTCTTATCAATGAAT
* * * * * *
15066 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGAAGACATTGAAATATTATCTGTTTT-AGCTAAAAATGTAA
64 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTAA-GAAGACAATCAAATATTATATATTTTGATC-AAAAAGGTAA
* * * * *
15130 GAGAA-TTTAACTTAAAATGAATTATAAAATTATGAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
127 -AAAACTTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
15194 GAAGACTTAAACGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCTCA
191 GAAGACTTAAACGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCACTTTTGCTTCACATTTCTCA
* * * ** * *
15259 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAGTAAAATTTAATTTAAAATCAATT
256 ACGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
15324 ATGAGATTAGAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGG
321 ATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGACTAAGTGACTATAGATGG
* * * * * *
15389 ACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATGATCTG
386 AACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGCAGACATTCAAATATGATATG
* * * * * * *
15454 TTTTGATCAAAAAGGTAAAAAACTTAAACTTAAAATAAATTATGTGATTATAAAACTATTTTAAG
451 ATTTAAACAAAAAGGTAAAAAACTCAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
15519 CGAGTAATAAGACTTTCGAAGACTTAAGCGACT
516 CGAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTAAGCGACT
15552 GCAAAGGGAC
Statistics
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0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (635 bp):
AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAGATGGATCTTTCTTATCAATGAATGA
CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAGACAATCAAATATTATATATTTTGATCAAAAAGGTAAAAAA
CTTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
CTTAAACGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCACTTTTGCTTCACATTTCTCAACGCA
AACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGACTAAGTGACTATAGATGGAACTT
TCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGCAGACATTCAAATATGATATGATTTA
AACAAAAAGGTAAAAAACTCAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGACTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACCTTCTTATTAATGGATGACTTTTGCTT
TATGTTTCCCGAGGAAGATATTCAATTATAATATATTCAATTATAAAATC
Found at i:15297 original size:171 final size:170
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Indices: 15035--17696 Score: 1734
Period size: 171 Copynumber: 15.6 Consensus size: 170
15025 AGGCATGGGT
* *** * * *
15035 GACTATAGATGGACTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-CTAATG-AAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAA-ACAT
* * * * * * * * * * *
15098 TGAAATATTATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATTATAAAATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
15163 GAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAAC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * *
15206 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * *
15271 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAGTAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAGAA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * *
15336 AACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCCTAGGT
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CTTAAGC
* * * * * * * * *
15377 GACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CTAATGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATT
* * * * * * * * *
15441 CAAATATGATCTGTTTTGATC-AAAAAGGTAAAAAACTTAAACTTAAAATAAATTATGTGATTAT
65 CAATTATAATATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
15505 AAAACTATTTTAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACTTAAGC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
** * * * * ** *
15548 GACTGCAAAGGGACTTTTTTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGAAAAACACTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * *
15613 AATTTTAATACATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
15678 AACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGT
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * * **
15719 GACTATATATGAACTTTCCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCGTCACGTTTCTTAAAGCAGATGTTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * * * * *
15784 AGTTAGAATATATTTAAATAAAAAAGGTAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
15849 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * *
15890 GACTATAAATGGGCCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTTTCGAGG-AAGATATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAA-ACATT
* * *
15954 CAATTATAATGTA-TTCAACAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * * ** *
16018 AAACCATTTCAAGCAAGTGGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* *** ** * * ***
16060 GACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTC-CTAATGTTGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATT
* * * * * * *
16124 CAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
16189 AAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACTTAAGC
129 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * *
16231 GACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTCTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * **********
16296 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAATAAAATTTAATTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* **** *
16361 AACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCGGGGT
130 AA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * ** * * * * * *
16402 GACTATAGATGGACGTTTCTTGTGAATGAATTA-TTGTTTCTTCAAGTTTC-CTAATGCAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT-TTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACAT
* * * * * * * * *
16465 TCAAATATTATCTGTTTTGACTAAAAAGGTAAAAAACTTAAACTTAAAATCAATTATGTGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
16530 AAAATTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
*** * ** * * ** *
16573 GACTGCGAATGGAGTTTTCTAACTAATGGATGACTTTTG-TCTCACATTT-TTTAGGACAAACAG
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG-CAAACAT
* * * *
16636 TCAATTTTAATATATTTTAATAAAATATGTAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
16701 AAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * *
16744 GATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTACACGTTTTTCAAGGTAGACACTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * ** * * *
16809 AATTTTAATATGTTTTATTAAAAAATATAAAACATTTTAACTTTAAAATTAATTATGAGATTATA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTTAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
16874 AAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGAAGACTTAAGT
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * ********** * *
16916 GACTATATATGAACTTTCCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTGCTTCATGTTTCCTGAA-GCAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACATT
* * * * * * * * *
16980 TAGTTAGAATATA-TTTAAGCAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCAATTATTAGATTAN
65 CAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********* *
17044 NNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * * *
17087 AATTATAAATAGACCTTT-TTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAGGCAGACTTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATT
* * *
17150 CAATTATATTATA-TTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
************* * * *** ** *
17214 AANNNNNNNNNNNNAAGTGATAAAGCTTTCGAAGGGATGGGT
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * ** * * ******
17256 GACTATAGATCGACTGTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTAACGTTTC-CTAATATTGGCATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATT
** ** * * * * * *
17320 CAAACATTCTCTGTTTGAACAAAAAATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGAATATA
65 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
17385 AAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTGAGT
129 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * *
17427 GACTATAGATGGACCTTTCTT-CTCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTTTC-CTAATGTAAACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACAT
* * * * * * * * * * *
17490 TCAAATATTATCTGTTTTGACCAAAAAGGTAAAAACCTTAAACTTAAAATTAATTATGTGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
17555 AAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGC
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * *
17598 GACTGTAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGACTTTCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * *
17663 AATTTTAATATCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
66 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
17697 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1881, Mismatches: 562, Indels: 97
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Matches are distributed among these distances:
169 72 0.04
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172 144 0.08
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
Found at i:15630 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 15003--17696 Score: 2114
Period size: 342 Copynumber: 7.9 Consensus size: 340
14993 TTATAAAATC
* * * * * * *
15003 AAGCGAGTGATAAGGCTTT-TAAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATTAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATG
* * * *
15067 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGAAGACATTGAAATATTATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAGA
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* * * * * * *
15132 GAA-TTTAACTTAAAATGAATTATAAAATTATGAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGA
128 AAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
15196 AGACTTAAACGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCTCAAG
193 AGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAG
* * *
15261 GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAGTAAAATTTAATTTAAAATCAATTAT
258 GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* *
15326 GAGATTAGAAAACCGTTTA
322 GAGATTATAAAACCATTTA
*
15345 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA
* *
15410 CTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATGATCTGTTTTGATCAAAAAGGTAAAAA
66 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-ATCAAAAAGGTAAAAA
* * * *
15475 ACTTAAACTTAAAATAAATTATGTGATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG
130 ACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * **
15540 ACTTAAGCGACTGCAAAGGGACTTTTTTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGAA
195 ACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGC
* * * * * *
15605 AAACACTCAATTTTAATACATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAA
260 AAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
*
15670 GATTATAAAACTATTTA
324 GATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * *
15687 AAGTGAGTAACAAGGCTTTCG-AAGACTTAAGTGACTATATAT-GAACTTTCCTTGCCAATGGAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CCTAGGTGACTATAGATGGACCTTT-CTTGTCAATGAAT
* * * * * * ** ** ** * * * *
15750 GCCTTTTGCGTCACGTTTCTTAAAGCAGATGTTCAGTTAGAATATATTTAAATAAAAAAGGTAAA
64 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTT-TATCAAAAAGGT-AA
* * * *
15815 AAAACTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
127 AAAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * *
15879 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGGCCTTTCTTG-TCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTTTCG
192 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCA
* * * *
15943 AGG-AAGATATTCAATTATAATGTA-TTCAACAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
256 AGGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
*
16006 TATGAGATTATAAAACCATTTC
319 TATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * * * * * ** *
16028 AAGCAAGTGGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA
* * * * *
16093 TTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTTGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAG
66 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-ATCAAAAAGGTAA-AA
* * *
16158 AA-TTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGA
129 AACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * **
16221 AGACTTAAGCGACTATAAATGCACTTTTCTTG-TCAATGGATGGCTCTTACTTCACGTTTCCCAA
193 AGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAA
* * **********
16285 GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAATAAAATTTAATTTNNNNNNNNNNA
257 GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTA
*
16350 TGAGATTATAAAACCTTTTA
321 TGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * * *
16370 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCGGGGTGACTATAGATGGACGTTTCTTGTGAATGAATTA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA
* *
16435 -TTGTTTCTTCAAGTTTCCTAATGCAGACATTCAAATATTATCTGTTTTGA-CTAAAAAGGTAAA
66 CTT-TTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-ATC-AAAAAGGTAAA
* * * *
16498 AAACTTAAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
128 AAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
*** * ** * *
16563 AGACTTAAGCGACTGCGAATGGAGTTTTCTAACTAATGGATGACTTTTG-TCTCACATTTTT-TA
193 AGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCT-TCACGTTTTTCAA
* * * * *
16626 GGACAAACAGTCAATTTTAATATATTTTAATAAAATATGTAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATT
257 GG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATT
*
16691 ATGAGATTATAAAACCATTTT
320 ATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
16712 AAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGACTTAAGCGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * * * * *
16776 ACTTTTGCTACACGTTT-TTCAAGGTAGACACTC-AATTTTAATATGTTTTATTAAAAA-ATATA
65 ACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AATGTAGACATTCAAATATT-ATCTGTTTTATCAAAAAGGTA-A
* * * * * *
16838 AAACATTTTAACTTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGT
127 AAA-ACTTAAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *********** * *
16903 CGAAGACTTAAGTGACTATATATGAACTTTCCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTGCTTCATGTTTCCT
190 CGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT-TT
* * * * * * * *
16968 GAA-GCAAACATTTAGTTAGAATATA-TTTAAGCAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCA
254 CAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCA
* **********
17031 ATTATTAGATTANNNNNNNNNNTA
317 ATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * * * * *
17055 AAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGACTTAAGCAATTATAAATAGACCTTT-TTGCCAATGGATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * * * * * * *
17118 ACTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGCAGACTTTCAATTA-TAT-TATATTTAACAAAAA-ATATTA
65 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGT-TTTATCAAAAAGGTA--A
* * ************* * *
17180 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNNNAAGTGATAAAGCTTTCG
127 AAAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
*** ** * * * * * * ** * * *
17245 AAGGGATGGGTGACTATAGATCGACTGTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTAACG-TTTCCTA
192 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTC-A
****** ** ** * * * * *
17309 ATATTGGCATTCAAACATTCTCTGTTTGAACAAAAAATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATT
256 AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATT
* *
17374 ATGAGAATATAAAACCTTTTA
320 ATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
17395 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCT-GAGTGACTATAGATGGACCTTTCTTCTCAATGAATT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAG-GTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATG
* * *
17459 ACTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTGACCAAAAAGGTAAAA
65 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-ATCAAAAAGGTAAAA
* * * * * * *
17524 ACCTTAAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
129 AACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
17589 GACTTAAGCGACTGTAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGACTTTCGCTTCACGTTTTTCAAGG
194 GACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGG
* * * * * *
17654 TAGACACTCAATTTTAATATCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
259 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
17697 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGA
CTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTATCAAAAAGGTAAAAAA
CTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCA
AACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTA
Found at i:17169 original size:854 final size:853
Alignment explanation
Indices: 15790--17696 Score: 1885
Period size: 854 Copynumber: 2.2 Consensus size: 853
15780 GTTCAGTTAG
* *
15790 AATATATTTAAATAAAAAAGGTAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 AATATATTTTAAT-AAAAAGGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
15855 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGGCCTTTCTTGTCAATGGA
65 TTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * * * *
15920 TGACTTTTGCTTTATGTTTTTCGAGGAAGATATTCAATTAT-A-ATGTATTCAACAAAAAATATT
130 TGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATGT-TTTAATAAAAAATA-T
* ** *
15983 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAGTGGTAAGGCTTTC
193 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTC
* ** * * *
16048 GAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTA
258 GAAGACATAAGTGACTATAGATGAACTTTCCTTGCCAACAAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTA
*** ** * * * * * * * * *
16113 ATGTTGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAGAATTTAACTTAAAATGAATT
323 ATGCAAACATTCAAATAGAATATGATTTAACAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCAATT
* *
16178 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGC
388 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGACTTAAGCAACTATAAATGC
* * *
16243 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTCTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA
453 ACCTTTCTTGCCAATGGATGACTCTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * **********
16308 TTTTAACAAAAAATA-TAATAAAATTTAATTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
518 TTTTAACAAAAAATATTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
* * * * ** *
16372 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCGGGGTGACTATAGATGGAC-GTTTCTTGTGAATGAATTAT
582 GCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAGATCGACTG-TTCTTGCCAATGAATGAT
* * *
16436 TGTTTCTTCAA-GTTTCCTAATGCAGACATTCAAATATTATCTGTTTTG-ACTAAAAAGGTAA-A
646 TGTTTCTT-AACGTTTCCTAATACAGACATTCAAACATTATCTG-TTTGAACAAAAAAGGTAAGA
* * * *
16498 AAACTTAAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAA-TTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
709 AAA-TTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * ** *
16562 AAGACTTAAGCGACT-GCGAATGGAGTTTTCTAACT-AATGGATGACTTTTGTCTCACAT-TTT-
772 AAGACCTAAGCGACTAGAG-ATGGACCTTTCT-ACTCAATGAATGACTTTT-TCT-ACATGTTTC
* *
16623 TTAGGACAAACAGTC-AATTTT
833 TAAGG-CAAACAGTCAAATATT
* *
16644 AATATATTTTAATAAAATATGTAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 AATATATTTTAATAAAA-AGGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*
16709 TTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGA
65 TTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGA
* *
16774 TGACTTTTGCTACACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATGTTTTATTAAAAAATATAA
130 TGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATATAA
* * **
16839 AACATTTTAACTTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTC
195 AA-AATTTAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTC
* * ********** *
16904 GAAGACTTAAGTGACTATATATGAACTTTCCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTGCTTCATGTTTCCTG
258 GAAGACATAAGTGACTATAGATGAACTTTCCTTGCCAACAAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCT-
* **
16969 AA-GCAAACATTTAGTTAGAATAT-ATTTAAGCAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCAA
322 AATGCAAACATTCAAATAGAATATGATTTAA-CAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCAA
* ********** * *
17032 TTATTAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCAATTATAAAT
386 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGACTTAAGCAACTATAAAT
* * * * ** * * *
17097 AG-ACCTTT-TTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGCAGACTTTCAATTATATT
451 -GCACCTTTCTTGCCAATGGATGACTCTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
********
17160 ATA-TTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNN
515 ATATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTA
**** * * * *
17224 NNNNAAGTGATAAAGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAGATCGACTGTTCTTGCCAATGAATGG
580 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAGATCGACTGTTCTTGCCAATGAATGA
* ** * * * *
17289 TTTTTTCTTAACGTTTCCTAATATTGGCATTCAAACATTCTCTGTTTGAACAAAAAATGTAAGAG
645 TTGTTTCTTAACGTTTCCTAATACAGACATTCAAACATTATCTGTTTGAACAAAAAAGGTAAGAA
* * *
17354 AATTTAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
710 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * * *
17419 GCCTGAGTGACTATAGATGGACCTTTCTTCTCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGT
775 ACCTAAGCGACTAGAGATGGACCTTTCTACTCAATGAATGACTTTTTCTACATGTTT-CTAAGGC
*
17484 AAACATTCAAATATT
839 AAACAGTCAAATATT
* * ** ** * *
17499 -ATCTGTTTTGACCAAAAAGGTAAAAACCTT-AAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCA
1 AATATATTTT-AATAAAAAGGTAAAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
17562 TTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTGTAAATGGACTTTTCTT-ACTAATG
64 TTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACCTTTCTTGTC-AATG
* * *
17626 GATGACTTTCGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATCTTTTAATAAAAAATGT
128 GATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATAT
17691 AAAAAA
193 AAAAAA
17697 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 179, Indels: 47
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
852 3 0.00
853 23 0.03
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857 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (853 bp):
AATATATTTTAATAAAAAGGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGAT
GACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATATAAA
AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGAA
GACATAAGTGACTATAGATGAACTTTCCTTGCCAACAAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTAATG
CAAACATTCAAATAGAATATGATTTAACAAAAAAGGTAAAAGAACTCAAATTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGACTTAAGCAACTATAAATGCACC
TTTCTTGCCAATGGATGACTCTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
TAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAA
GTAATAAAGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAGATCGACTGTTCTTGCCAATGAATGATTGTTT
CTTAACGTTTCCTAATACAGACATTCAAACATTATCTGTTTGAACAAAAAAGGTAAGAAAATTAA
ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAA
GCGACTAGAGATGGACCTTTCTACTCAATGAATGACTTTTTCTACATGTTTCTAAGGCAAACAGT
CAAATATT
Done.