Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399085.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2361.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4682
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.08, T:0.24
Warning! 1690 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3189 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2511--4037 Score: 1425
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
2501 NNNNNNNNNN
* * * *
2511 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTCAATTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
2575 GTAATCTCAAAATTGATTTTAAGA-TT-ATTTTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATA-TTGCAA
65 GTAATC-CGAAATTGA-TTTAA-ATTTGAATTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAG-AA
* * * *
2636 TTGAATGCCTACCTCGAGAAACATAGAG-AAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
125 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
********** * * * *
2700 GTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTAAAATCTCAAAATTTATTC
189 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * *
2765 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGAGTAGAGTTGAATGTCTACCATAAGAAAC
254 AAATTTGAA-TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAAC
*
2830 ATGATGTAAAAAGTATTCATTGGC
318 ATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGC
* * * * * * *
2854 AAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATACGTTCAAAAACCTTGTTACTCCCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
* ** * * * * * *
2919 TAATGCCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATATATTT-TTTTAAACAGACTATAATTG
66 TAAT-CCGAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACAT-T-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * *
2983 AATAG-CTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAACGTCTATTTATAGTC
128 AAT-GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
3047 ACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
192 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
* * * * *
3112 TTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGA
257 TTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGA
*
3177 AGTAAAAAGTATTCATCGGC
322 AG-AAAAAGTATTCATTGGC
* * * * * *
3197 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAAT-GTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-
** * *
3261 AAAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
65 GTAATC-CGAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * *
3326 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA
128 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * ** **
3391 CCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CGTAATTGATTTTGA
193 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAA
** * * * * * *
3455 -GCGAAAT-TTTTTATATATATATT--TTTAAATAAACTATAATTGAATATCTACC-TCGAGAAA
257 TTTG-AATCTTTGTACAT-T-T-TTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAA
** * * * *
3515 TGTAAAGAAAATGGCATTTATTGGC
317 CATGAAGAAAA-AGTATTCATTGGC
* ** * *
3540 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
* * *
3605 TAATCTGAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
66 TAATCCG-AAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* * *
3670 TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * *
3734 TTATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTAAATT
194 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
* * *
3799 TGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTGAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAA
259 TGAAT-CTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAA
*
3864 GAATAAAGTATTCATTGGA
323 GAA-AAAGTATTCATTGGC
* * * *
3883 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC-TTTAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * * *
3947 ATAATCTCAAAATTGATCTT-CAGTTCAATTTTTTTTCCTTTTCTGGTTAAAACATATTATAATT
65 GTAATC-CGAAATTGAT-TTAAATTTGAATTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATT
* * *
4011 GAACGTCTACCCTAAGAAACATAAAGA
127 GAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGA
4038 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 184, Indels: 74
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 169 0.18
343 587 0.61
344 190 0.20
345 11 0.01
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
TAATCCGAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
AATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAA
AAAGTATTCATTGGC
Found at i:3714 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 2511--3951 Score: 1956
Period size: 514 Copynumber: 2.8 Consensus size: 514
2501 NNNNNNNNNN
* * * *
2511 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTCAATTGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
2575 GTAATCTCAAAATTGATTTTAAGA-TT-ATTTTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATA-TTGCAA
65 GTAATCTCAAAATTGA-TTTAA-ATTTGAATCTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAG-GA
* *
2636 TTGAATGCCTACC-TCGAGAAACAT-AGAG-AAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTT
126 TTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGA-AGTAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTT
******** * *
2697 ATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTAAAATCTCAAAATT
187 ATAGTCACTC--ATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATG-TTTTAAAATCTCAAAATT
* * * *
2760 -TATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGAGTAGAGTTGAATGTCTACCATA
249 GAATT-AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATG
* * * *
2824 AGAAACATGATGTAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATACGTTCAA
313 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
2889 AAACCTTGTTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA
378 AAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTGAGTCGAAATTTTTTA
* * *
2954 TATATATTTTTTTAAACAGACTATAATTGAATAGCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
443 TATATATATTTTTAAACAAACTATAATTGAATAGCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
*
3019 CATTGTC
508 CATTGGC
* *
3026 AAGAAACGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
3091 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
* * *
3156 TGTTTACCTTTAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACT
131 TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACT
3221 CATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGTTTTAAAAATCTCAAAATTGAATTAAATTT
196 CATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGTTTT-AAAATCTCAAAATTGAATTAAATTT
** *
3286 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
260 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAG
*
3351 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTAC
325 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTAC
*
3416 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTGAG-CGAAATTTTTTATATATATATTTT
390 TCACTTTAAATAGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTGAGTCGAAATTTTTTATATATATATTTT
* * ** * *
3480 TAAATAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAATGGCATTTATTGGC
455 TAAACAAACTATAATTGAATAGCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
** *
3540 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
*
3605 TAATCTGAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
*
3670 TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACT
* * * *
3735 TATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTAAATTT
196 CATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAAT-GTTTTAAAATCTCAAAATTGAATTAAATTT
*
3800 GAATGT-TTTGTACATTTTTGGTTGAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAA
260 GAAT-TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAA
* * * * ** * *
3864 GAATAAAGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCCTTATTA
324 GAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTA
* *
3929 ATCACTTTAAATAGTTTTATAAT
389 CTCACTTTAAATAGTTTTGTAAT
3952 CTCAAAATTG
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 85, Indels: 31
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
513 1 0.00
514 460 0.56
515 347 0.42
516 18 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACT
CATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGTTTTAAAATCTCAAAATTGAATTAAATTTG
AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGA
AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACT
CACTTTAAATAGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTGAGTCGAAATTTTTTATATATATATTTTT
AAACAAACTATAATTGAATAGCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
Found at i:4013 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2511--4037 Score: 1419
Period size: 172 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
2501 NNNNNNNNNN
* * * * *
2511 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTCAATTGTTTTG
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
2576 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGATT-ATTTTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATA-TTGCAATT
66 TAATCTCAAAATTGA-TTTAA-TTTGAATTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAG-AATT
* *
2638 GAATGCCTACCTCGAGAAACAT-AGAGAAAAGAGCATTCATTGGC
127 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAA-AGCATTCATTGGC
********** *
2682 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
2747 AAATCTCAAAATTTATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATGGAGTAGAGTTGA
66 TAATCTCAAAATTGATT-TAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
2812 ATGTCTACCATAAGAAACATGATGTAAAAAGTATTCATTGGC
129 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * * * * *
2854 AAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATACGTTCAAAAACCTTGTTACTCCCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * * *
2919 TAATGC-CGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATATATTT-TTTTAAACAGACTATAATT
66 TAAT-CTCAAAATTGA-TTTAATTTGAATTTTTGTACAT-T-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
* *
2982 GAATAG-CTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGTC
127 GAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGC
* * *
3026 AAGAAACGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
3091 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTT-AATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* * * *
3156 TGTTTACCTTTAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATCGGC
130 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC
* * * *
3197 AAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAAT-GTTTT
1 AAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
3260 AAAAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
65 -ATAATCTCAAAATTG-ATTTAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
3325 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
127 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * * *
3369 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * ** * * *
3434 TAATGC-CGTAATTGATTTTGA-GCGAAATTTTT-TATATATATATT-TTTAAATA-A-ACTATA
66 TAAT-CTCAAAATTGA-TTTAATTTG-AATTTTTGTACAT-T-T-TTGGTTAAA-ACAGACTAGA
* * ** * * *
3493 ATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAATGGCATTTATTGGC
124 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGC
** * * * *
3540 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
3605 TAATCTGAAAATTGATTTAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTT-AATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* *
3670 TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGTAAAAAGTATTCATTGGC
130 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC
* ** * * *
3711 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAGAGCCTTAATACTCAGTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * **
3776 TAGTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTGAAATGGACTAGAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTT-AATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * *
3841 ATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAATAAAGTATTCATTGGA
129 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGGC
* * * *
3883 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * *
3948 TAATCTCAAAATTGATCTTCAGTTCAATTTTTTTTCCTTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGAT-TTAATTTGAATTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
4013 ACGTCTACCCTAAGAAACATAAAGA
129 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
4038 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1092, Mismatches: 220, Indels: 87
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 32 0.03
171 452 0.41
172 576 0.53
173 29 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGC
Done.