Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397437.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1881.0, whole genome shotgun sequence
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841 ACAGTTTAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
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*
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* * * * * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * * *
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** * *
1186 ATTCTGCTTAAAATGAATTATGAGATTAT-AAATCATTTAA
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* * * *
1226 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAAAAGCCTTTTCGTGCCAATTG-ATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGG
* * * * * *
1290 CTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGAAATTCAATTATAACCTATTTTAACCAACAATATAAACA
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*
1355 AATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAA
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* * * * * **
1397 AGCAAGTAATAA-G------AAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
** * * * * * * *
1455 TTTTTCTTCGTGGTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAACTCTTTTAACCAAAAATATAAAACA
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* *
1520 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAACTATTTAA
131 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * * * *
1561 AGTGAGTAATAAAACTTTTAAAAGCTTGAATGACCATAAACATACTTTTCTTCCCAATGAATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * ** * * * ** *
1626 ATTTTATTCACATTT-CTGACTGCAGAAAATCAATTATAATCTGCTTTAA-CTAAAAATGTAAAA
66 TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAA
* * * * *
1689 AAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTAAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * ** * *
1732 AGTTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGGTGACTATAAAT-GAAC-TTTCGTCGCTAATGAAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTC-TTGCCAATGAAT
* * * * * * *
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* ** * * * * *
1858 AAACATTCTGCTTAAAATCGATTATGGGGTTACAAAACCATTAAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
1903 AGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTT-TATGCTAATGAATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCT-TGCCAATGAATG
* * * *
1966 GCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGACATTTAATTATAATATATTTTAAT-AAAATTCAT-A
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*
2028 AAAAATGT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTCAA
127 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AA
* * * * * * * *
2074 A-CGAGTCATAAGG-TTTCGAAA-GCTTGGGCGAATATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGAATAG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
** * * * * * * * *
2136 TTTTTTTCTTCATC-ATTCTTAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATATAAA
64 GCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAA
* * *
2200 AAAATTCAAGTAAAAATC-ATTATGGGATTATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
2243 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTAACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGCATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *
2307 CTTTTTCTTCATC-TTTCTCGT-A-GTAGA-AGTTTACA-TATAATCTATTTTAACCCAAAATAT
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* * *
2367 AAAACAATTCAACTTAAATTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
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* * * * * * *
2414 AGCGAGTAATAAGGGTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGTGGATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * *
2479 TTTTACTTCACATTTCCTGAA-ATAGATATTCAATTATAATATATTTGAA-CTAAAATATAAAAA
66 TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * *
2542 AATTCAGCTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** **** * *
2584 AGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAAAAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * *
2648 -TTTTTCTTAATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAAT-TAAAATGTAAAA
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* *
2710 CAATTCAATGTAAAACAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAG
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2768 AGCGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCTACTGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGG
* * * *
2832 C-TTTTCTTTACATTTACC-AAGGCT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAA
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************** *
2893 ANNNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
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** * * * *** *
2938 AATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAA-AGAACTTTTCATATTAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** * * * * *
3002 CTTTTGCATT-ACGTTTAC-AGAGACAGACAGTCAATTATAATATATTTTCATAAAAAATTTAAA
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* **
3065 AAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTTTTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
3109 AGCTAGTCATAAGGTTTTTAAAAG-TAT-AGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTCAATGAATA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
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* *
3237 GAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
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* * * * * * * * *
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* *** ** *
3408 ACATTTTGCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAG
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
3451 AGTGAGTAATAAGGCATTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAAAAGACTTTT-TGTGCTAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGG
* * * *
3515 CTTTTGCTTCACGTTTCTCT-AGGCAGACATTCAATTAAAATATATTTTAAT-AAAAATATAAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAA
* * * * *
3578 TAATTTAACTTAAAATTAATCATGAGATTTTAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * * * *
3621 AGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGG-TATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATAG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* ** * * ** * * *
3685 -TTTTTTTTCATATTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAGTATAAAAA
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* *
3749 AATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAT
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTT-CTTGCCAATGAATG
* * * * * * * *
3854 GCTATTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACAATT-AAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATATAAA
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* * *
3918 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAGCATTTAG
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * ** * *
3962 A-CTAAGTAATAAGGGTTTCAAGGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGCGGATGA
1 AGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * ** * * * *
4026 CTTTTACTTTATGTTTCCTAAAATAGACATTCAATTCTAATATTTTTTAAT-AAGAAATGTAAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAA-AAATATAAAA
* * ** *
4090 AGA-TCAGCCTT-AAATTGATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
129 AAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *** * * * *
4132 AGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAA-AAATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * *
4196 -TTTTTCTTAACTTTTTCC-AAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTAAATCAAAAATATAAAA
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* *
4259 AAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
4302 AGTAAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCATGAGTGACTATAAACAGACTTTTCATGCCAGTGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * *
4367 TTTTTCTTTACCTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAC
66 TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAA
*
4431 AATT-ATACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
130 AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
4473 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTATAAA-AGGACTTTCCATGTCAGTGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** ** * * * *
4537 CTTTTGCTTTACGTTTTTTAGAGGTAGACAGCCCATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATTTTAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAA
* * * *
4601 AAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGTGATTATAAAACTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
4645 ATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGTGTGACTACAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * ** * * * ** ** *
4708 ATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGGTATTTAAATATAATTTATTTTAGCCCAAAGTGTAAAAA
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* *
4773 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAATCATTTAA
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* * * * * *
4818 AGCAAGTAATAAAGG-TTTCCAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTTTTGCTAGTG-ATGG
1 AGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * ** * * * *
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* ** * *
4943 AAAGTTCTGCTTAAAATCGATTATGAGATTATAGAACCATTTAA
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* * * ** * * *
4987 AGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAA-AATTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAAGAAT-G
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128 AAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * ** *
5150 A---A--AATTCAA--C-TT-AAAATCAATT-ATGAGATTAT-AA-A-ACCATTCAATG-CAA-G
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* * * * * *** * ** *
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111 TT-A----AT-C-A-A-AAATA-T-AAAAAAATTC-AACTTAA--AATCAAT-T-ATGAGATT-A
* *
5329 CTTAAAATCAATT-A
159 --TAAAACCATTTAA
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5343 TGAGA-TTATAAAAATATTTAAAGTAAG-TAATAAG-G-CTTTCAA-AGCCTTGAGTGGCC-ATA
1 AGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAG---GCT--TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *** **
5402 AATGAACTTTTT-TTGCTAATGGGTGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGA-TATTCAAT-T
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* * * * * * * *
5464 ATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTCAAATCCATTATTAG-TTCATAAAAC
108 AT--TTTA-ATCAA--AAATA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAAC
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165 CATTTAA
* * * * * **
5535 AGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATTA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * * * *
5599 CTTCTTATTCATGGTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAA-CAAAAAATATAAAA
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* * *
5663 AAAATTCTACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
5707 AGCAAGTAGTAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTTTAAAT-GAAC-TTT-TTACTCTA-GTAGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGC-CAATG-A-A
* * * * * * *
5768 TGGCTTTTGCTTCACGATTCTTGAGATAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
62 TGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAA
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* ** * * * ** *
5878 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * *
5943 TTTTT-TCTCATGTTT-TTCAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAACAATATAAA
66 TTTTTCT-TCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAA
* *
6005 AAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * **
6049 TGTAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTACCCACAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** * * * *
6113 CTTTTTCTTCATGGTTCCTGTGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-GAAAAATATAAAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAA
* *
6177 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTAA
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* ** * * * * * * * * **
6219 AGCGGGTAATGTGACTTTTAGAGGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAACAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * * * * *
6284 TCTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTCGACATTTAAATATACTCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAA
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* * * ** **
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * *
6456 TTTTTCCTCATG-TTCTTTAAGGAAAACATTTAA--GTAATC-AGTTTTAA-CAAAAA-ATACAA
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* * **
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******** * * **
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****** *
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6791 ACTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGACAGACATTCAATTATAAT-TCGTTTTAA-CTAAAAATGTA
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* * *********
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* * * * * * * *
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7021 --TTCAACTTAAGAATCAATTATGTAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGATAA
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* ** * * *
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* * *
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* * ** * ** * * *
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* * ** * *
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* * *
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* ** * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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66 TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
*
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* * * * * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATG
* * * * * * * * * *
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* * *****
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**** * * * * * * * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * *
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8897 CCAGAANNNN
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* *
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*
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** * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
1984 TCTAA-GTAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAA-AATTCATAAA-AAATGT-AACTTAAA
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* * *
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* * *
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1 AAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAAT-GTTTTTTTCTTCAT-AGTTCTTA
* * * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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193 GACTTTTCTTACCAATGAATAGCTCTTTATTCA-CATTGTC-CG-AGGCAGAAAATCAAATATAA
* * * * * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* * ** * ** * * * *
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* * * * * ** *
2538 AAAA-AATTCAGCTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT
446 AAAACAATTCTGCTTAAAATGAATTATGAGATTA-AAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
**** * * * * * * *
2602 CAAAAAAATGGGTGACTAT-AAATGAACTTTTCTTACCAA-TGAATGG-TTTTTCTTAATGTTT-
510 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAG-ACTTTTCATGCCAATTG-ATGGCTTTTACTTCACGTTTC
* * * * * *
2663 TTCAAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAATTAAAATGTAAAACAATTCAATGTAAA-ACA
573 CT-AAGGTAGAAATTCAATTATAACA-----T-ATT----T-T-AACCAA--CAATATAAACA-A
* * * **
2727 ATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AGAGCGAGTAATAAGGCTNNNNN
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***** * * ** * * * *
2789 NNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCTACTGAATG-GCTTTTCTTTACATTTAC-CA
1 AAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCTAATGAATGTTTTTTTCTTCATAGTT-CTTA
* * * **************
2851 AGGCTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAANNNNNNNNNNNNNNAATCAATT
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* ** ** ** * * **
2916 ATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAA-AG
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* ** * * * * * * * *
2980 AACTTTTCATATTAATGGATGGCT-TTTGCATT-ACGTT-TACAGAGACAGACAGTCAATTATAA
194 -ACTTTTCTTACCAATGAATAGCTCTTT--ATTCACATTGT-CCGAGGCAGAAAATCAAATATAA
* ** * * * * ** *
3042 TATATTTTCATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTTTTT
255 TCTATTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAT
* * * * * * * * * ** ** * *
3107 AAAGCTAGTCATAAGGTTTTTAAAAGTATAGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTCAATGAATA
320 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACATTTCGTACCAAAGAATC
* ** * * * * ** **
3172 ACTTTTTCTT--TGCATTTCTTAAGGTC-GACATTTAAATATAATCTATTTTAGCCCAAACTAT-
385 GCTTTTTCTTCATG--TTTCCCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTATTA--ATAAAAAATG
** * * * * * **
3233 AAAAGA-AATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGGT
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* * * ** * * * *
3297 TTGGAAA-GCTTGAGTGACTATAAATACACTTTTTTTG-CTAGTGATAGCTTTTGCTTCACGTTT
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* *** ** * * * * * ***
3360 TCTAAAACAGGCAGTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAA-ACATTTTGCTTAAAAT
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** *** *
3424 TGATTATGAGATTATAAAACCATTT-AGAGTGAGTAATAAGGCATTCA
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* * ** * * ** * *
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1 AA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCTAATGAATGTTTTTTTCTTCATAG-TTCT-
* * * * * * *
3534 T-AGGCAGACATTCAATTAAAATATATTTTAA-TAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATTAA
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* * * *** * * ** **
3597 TCATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTT-GAAGGTATGGGTGAATATAAA
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTAAAAGCT-TGAATGACCATAAA
** * * * * * * * * * * *
3661 TGGGCTTTTCTTGCTAATGAATAG-TTTTTTTTCATATT-TCTTGAGACAGACATTCAATTATAA
191 CAGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTCTTTATTCACATTGTC-CGAGGCAGAAAATCAAATATAA
* * * * * * *
3724 TCTATTTTAACCAACAGTATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
255 TCTATTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAT
* * ** *** * * * * * * *
3789 ATAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGTCTTGGGTGACTATAAA-AGGA-TTTTCCTTGCTAATGAA
320 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGAGACTATAAATA-GACATTT-CGTACCAAAGAA
* * ** * * * * * *
3852 TGGCTATTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACAATT-AAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATAT-
383 TCGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATCTGTATTAA--TAAAAAATG
** * * * * * * **
3915 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAGCATTTAGA-CTAAGTAATAAGGGT
445 AAAAACAATTCTGCTTAAAATGAATTATGAGATTA-AAAACCATTAAAAGC-GAGTAATAAGCCT
* * * * * *** * * *
3978 TTCAAGGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGCGGATGACTTTTACTTTATGTTTC
508 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCATGCCAATTGATGGCTTTTACTTCACGTTTC
** * * * * * * * *
4043 CTAAAATAGACATTCAATTCTAATATTTTTTAA-TAAGAAATGTAAA-AAGA-TCAGCCTT-AAA
573 CTAAGGTAGAAATTCAATTATAACATATTTTAACCAA-CAATATAAACAA-ATTCA-ACTTAAAA
** * *
4104 TTGATTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTA
635 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAA-CAAGTAATAA-----T-GA
*** ** * * * * * * *
4153 AAAAATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-GTTTTTCTT-A-ACTTTTTCCA
1 AAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGTTTTTTTCTTCATAGTTCTT--A
* * * * * * *
4215 AGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTAAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAAT
64 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** ** * * * * * *
4279 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCATGAGTGACTATAAACA
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTAAAAGCTTGAATGACCATAAACA
* * * * * * * * * ** * *
4344 GACTTTTCATGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTTACCTTTTCTAAGGCA-AACATTCAATTATAATC
193 GACTTTTCTTACCAATGAATAGCTCTTTATTCACATTGTCCGAGGCAGAA-AATCAAATATAATC
* * * * *
4408 TATTTTAA-CTAAAAATATAAAACAATT-ATACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
257 TATTTGAATC-AAAAATATAAAAAAATTCA-AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAT
*
4471 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
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AAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGTTTTTTTCTTCATAGTTCTTAAG
GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTAAAAGCTTGAATGACCATAAACAGAC
TTTTCTTACCAATGAATAGCTCTTTATTCACATTGTCCGAGGCAGAAAATCAAATATAATCTATT
TGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACATTTCGTACCAAAGAATCGCTTTT
TCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTATTAATAAAAAATGAAAAACAATTC
TGCTTAAAATGAATTATGAGATTAAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTGA
GTGACTATAAAAAGACTTTTCATGCCAATTGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGAAAT
TCAATTATAACATATTTTAACCAACAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTCAAACAAGTAATAATGA
Found at i:2301 original size:511 final size:511
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704 NNNNNNNNNN
* * * * *
714 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCGTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAGTGAATGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
* * * * * * *
778 TTTTTTCTTCATAG-TTCTTAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAA
65 CTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * ** *
841 ACAGTT-TAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTG
129 ACA-TTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
905 AAGGCTTGAATGACTGTAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTCTTT-CTTCACATTGTC-C
192 AAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCT-TTTGCTTCACGTT-TCTC
* * * * * * *
968 GAGGTTGACATTTAAATATAATCTATTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
255 TAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1033 TATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGTCATGGGAGACTATAAAT
318 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG-CTTGGGTGACTATAAAT
* * * * ** **
1097 AGACATTTCTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
382 GGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * * * *
1162 TGTATTAATAAAAAATGTAAAACAATTC-TGCTTAAAATGAATTATGAGATTAT-AAATCATTTA
447 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAG-TAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1225 A
511 A
* * * * * *
1226 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAAAAGCCTTTTCGTGCCAATTG-ATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAA-TGAATGG
* * * * * *
1290 CTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGAAATTCAATTATAACCTATTTTAACCAACAATATAAACA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA-A
* * *
1355 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-------GAA
129 ACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * ** * ** *
1412 GGCTTGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCGTGGTTCT-TAAG
194 GGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAA-
* * *
1476 GCAGACATTCAATTATAA-ACTCTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
258 GTAGACATTCAATTATAATA-TATTTTAA-TAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * ** * ***
1540 TGAGATTATATAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTAAAAGCTTGAATGACCATAAACATA
320 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGA
* * * * ** * *
1605 CTTTTCTTCCCAATGAATAGCATTTTATTCA-CATTTCTGACTGCAGAAAATCAATTATAATCTG
385 CTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCA-TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * * * *
1669 CTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTAAA
449 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** ** * * * *
1732 AGTTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGAAC-TTTCGTCGCTAATGAATC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAAAGGACTTTTC-TTGCTAATGAATG
* * * * * *
1795 GCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATATAAAA
64 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * * *
1860 ACATTCTGCTTAAAATCGATTATGGGGTTACAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAA
129 ACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* *
1925 GGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTT-TATGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAA
194 GGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAA
* *
1989 GTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAATTCATAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTAT
258 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAT-ATAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
2053 GAGATTATAAAACTATTTCAAA-CGAGTCATAAGG-TTTCGAAAGCTTGGGCGAATATAAATGGG
321 GAGATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
2116 CTTTTCTTACTAATGAATAGTTTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAAATATTCAATTATAATCTG
385 CTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* *
2181 TTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATC-ATTATGGGATTATAAAACCATTTAA
449 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
2243 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGCATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
* * **
2308 TTTTTCTTCATC-TTTCTCGT-A-GTAGA-AGTTTACA-TATAATCTATTTTAACCCAAAATAT-
66 TTTTTCTTCA-CGTTTC-C-TAAGGCAGACA-TTCA-ATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
* * * *
2367 AAAACAATTCAACTTAAATTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTT
126 AAAAC-ATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2432 CGAGGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAGTGGATAGCTTTTACTTCACATTTC-
190 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT
* * * *
2495 CTGAAATAGATATTCAATTATAATATATTTGAACT-AAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCA
254 CT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* ** ***
2559 TTTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAAAAATGGGTGACTATAA
316 ATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * * *
2623 ATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GGTTTTTCTTAAT-GTTTTTCAAGGTAGACATTCAAATATA
380 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATA
* ** *
2686 ATATGTTTTAATTAAAATGTAAAACAATTCAATGTAAAACAATTCAATGT-AAAATCAATTATGA
444 ATCTG--TT--TT--AA--CCAAA-AA-T--A--TAAAAAAATTCAA-GTAAAAATCAATTATGA
* *
2750 GATTATAAAATCATTTAG
494 GATTATAAAACCATTTAA
********** * * *
2768 AGCGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCTACTGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGG
* * * * * *
2832 C-TTTTCTTTACATTTACC-AAGGCTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAN
65 CTTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
************* * **
2895 NNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAA
129 ACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
2960 GGCTTGAGTGAATATAAAAGAACTTTTCATATTAATGGATGGCTTTTGCATT-ACGTTT-AC-AG
194 GGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCTCTA-
* * * * *
3022 AGACAGACAGTCAATTATAATATATTTTCATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACT
257 AG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
3087 ATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCTAGTCATAAGGTTTTTAAAAG-TATAGGTGACTATAAATT
319 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGGGTGACTATAAATG
* ** * * *
3151 GACTTTTTTTGTCAATGAATAACTTTTTCTT--TGCATTTCTTAAGGTC-GACATTTAAATATAA
383 GACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-CA-TTCTTAAGG-CAGACATTCAATTATAA
* * * * ** * *
3213 TCTATTTTAGCCCAAACTATAAAAGAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
445 TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
3278 TAA
509 TAA
* * * * * * * * *
3281 ACCAAGTAATAAGGGTTTGGAAAGCTTGAGTGACTATAAATA-CACTTTTTTTGCTAGTG-ATAG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
* * ** * * * *
3344 CTTTTGCTTCACGTTTTCTAAAACAGGCAGTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * ** * * * *
3409 CATTTTGCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCATTCAAAG
130 CATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
3474 GTTTGAGTGACTATAAAAAGACTTTT-TGTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAGG
195 GCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAAG
* * * * *
3538 CAGACATTCAATTAAAATATATTTTAATAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATTAATCATGA
259 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * * *
3603 GATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTT-TGAAGGTATGGGTGAATATAAATGGGCT
323 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
3667 TTTCTTGCTAATGAATAG-TTTTTTTTCAT-ATTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATT
387 TTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCA-TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
3730 TTAACCAACAGTATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAT
451 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
3791 AGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGTCTTGGGTGACTATAAAAGGA-TTTTCCTTGCTAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTT-CTTGCTAATGAATGG
* * * * * * * **
3855 CTATTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACAATT-AAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATATAAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * *
3919 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAGCATTTAGA-CTAAGTAATAAGGGTTTC-A
129 ACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGA
* * ** * * * *
3982 AGGGCTTGTGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAGCGGATGACTTTTACTTTATGTTTC-CT
193 A-GGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT
* * * * * **
4045 AAAATAGACATTCAATTCTAATATTTTTTAATAAGAAATGTAAAAAGA-TCAGCCTT-AAATTGA
256 -AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAA-AAATATAAAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAA
* ** ** *
4108 TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAAA-AATAAGTGATTATAA
317 TTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAAGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * *
4171 ATGGACTTTTC-TAGCCAATGAAT-GGTTTTTCTT-AAC-TTTTTCCAAGGTAGATATTCAAATA
380 ATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTT--AAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * *
4232 TAATCTGTTTAAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC
442 TAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
4296 ATTTAA
506 ATTTAA
** * * * *
4302 AGTAAGTAATAAGGCTTTC-AGAGGCATGAGTGACTATAAACA-GACTTTTCATGCCAGTGAATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
* * * *
4365 GCTTTTTCTTTACCTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAA
64 GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * **
4429 ACAATTATACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
129 AC-ATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
4494 AGGCTTGAGTGAGTATAAAAGGACTTTCCATGT-C-AGTGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-TTT
193 AGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTC-T-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT
** * * *
4556 AGAGGTAGACAGCCCATTATAATATATTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
256 A-A-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * *
4621 TTTTGTGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATGTGTGACTACAAA
317 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGGGTGACTATAAA
* * * * * ** ** ** * *
4685 TAGACTTTTCTT-GCAATGAATGGATTTTTCTTCA-CGTTTCCCAAGATAGGTATTTAAATATAA
381 TGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATC-ATTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * ** * * * * *
4748 TTTATTTTAGCCCAAAGTGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAATCA
445 TCTGTTTTA-ACCAAA-AATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCA
4813 TTTAA
507 TTTAA
* * * * *
4818 AGCAAGTAATAAAGG-TTTCCAAGGCTTGAGTGACTACAAATA-GACTTTTTTTGCTAGTG-ATG
1 AGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
* * * * * *
4880 G-TTCTTGCTTCATGTTTCGTGAA-ACAGGCATTCAATTATAAT-AATTTTAA-TAAAAAATATA
64 GCTT-TTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATA
* * * * * *
4941 CAAAA-GTTCTGCTTAAAATCGATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
126 -AAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *** * ** * * * * * * **
5005 TGAAAAATTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAAGAAT-GATTTT-TTTCATATTTC-C
190 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC
** ** * *
5067 TGAAACATG-CATTCAATTATAATATATTTTAACCCAAAATTTCAAAAAATTCAA-TTATAAT-A
255 T-AAGTA-GACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** * *
5129 TATT-T-TGA-TAAAAAAC-A-TGAAA---A--AATTCAA--C-TT-AAAATCAATTATGAGATT
316 -ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-T-AAGGCTTTCAAAAGC--TTGGGTGACT
** * * ***** * * **
5180 ATAAA---ACCATTC-AATGCAA-GTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA-ATAGAC
376 ATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATG-AAT-A-GCTTT-TTCTTCATCA-T-TCT-TAAGGCAGAC
* * * ** * * * ***
5239 TTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCGAGATAAACATTCAAATATAGTCTTTT
433 -ATTCAAT-T-AT-AAT--C---TG-TT----TTAACC-A-A-AAATA-T-AAA-AAAAT-TCAA
* ** * * *
5304 TTAACCAAA--AATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATT-A
477 GTAA--AAATCAAT-T-ATGAGATT-A--TAAAACCATTTAA
* * * * *** * *** * * * * *** *
5343 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAG-G-CTTTCAAA-GCCTTGAGTGGCCATAAAT
1 AGCGAGTA-ATAAGGCTTT--CG-AAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTG-C-T-AAT
**** * * *
5405 GAACTTTTTTTGCTAATGGGTGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATAATC
59 GAATGGCT----------------TTTT-CTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
5470 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTCAAATCCATTATTAG-TTCATAAAACCATTTA
107 TATTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTA
* * * * * * * **
5534 AAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTA
171 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGG
* * * * * * * * *
5599 CTTCTT-ATTCATGGTTC-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATAAA
236 CTT-TTGCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAT--A
* * * * * *
5662 AAAAATTCTACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAATGCTTTCG
296 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * * * *
5727 AAGGCATGAGTGACTTTAAATGAAC-TTT-TTACTCTA-GTAGATGGCTTTTGCTTCA-CGATTC
361 AAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATG-A-ATAGCTTTTTCTTCATC-ATTC
* ** * * * * * *
5788 TTGAGATAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
422 TTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCA
5853 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
487 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
5878 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATA-GACTTTTCTT-ATCAATAAATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCT-AATGAATG
* * * * * *
5941 GCTTTTT-TCTCATGTTT-TTCAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACAATATAA
64 GCTTTTTCT-TCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * * ** * *
6004 AAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGTAAGTAATAAAGCTTTCA
127 AAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** *** * * *
6069 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTACCCACAAATGGCTTTTTCTTCATGGTTC-CT
192 AAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGA-CTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT
** * * * * *
6132 GTGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
256 -AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * * * * ** *
6197 ATGAGATTCTAAAACTATTTAAAGCGGGTAATGTGACTTTTAGAGGCTTAAGTGAGTATAAATGG
319 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
6262 ACTTTTTTTACCAATGAACAGCTCTTTCTTCAT-GTTTTCTGAGGTC-GACATTTAAATATACTC
384 ACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCT-TAAGG-CAGACATTCAATTATAATC
* *
6325 T-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACATT-AACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
447 TGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAA-GTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
6388 TAA
509 TAA
* * * * ** * **
6391 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAATATAAATA-GACTTTAGTTGCCAACAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
* * * * * * * * *
6455 CTTTTTCCTCATG-TTCTTTAAGGAAAACATTTAA--GTAATC-AGTTTTAACAAAAAATACAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATATAAA
* * ********** *
6516 AGA-ATTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCA
128 A-ACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** * * **
6579 AAGGCATGGGTGACTATAAATA-GAC-TTTCTTGTTAATGAATGGCTTTT-CTTTATATTT-TC-
192 AAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT
* * * *********
6639 AAGGATAGACGTTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAATCAA
256 AA-G-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** ** * *
6704 TTATGAGATTATAAAACCATTTATAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAAA-AATAAGTAACTATAAG
317 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAA
* * * ** ** *
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381 TGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *******
6833 -TCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAANNNNNNN
446 CT-GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
**
6897 NN
510 AA
* * * * * * * * * *
6899 NGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCATACCAATGGATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
* * * * * * * *
6964 TTTTGCTTCACATTTGCTAAGGCAGATAGTCAACTATAATCTATTTT-A-TGCAAAA-GT-----
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*
7021 --TTCAACTTAAGAATCAATTATGTAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGATAAAGCGAGTAATAA
130 CATTCTACTTAA-AATCAATTATG-AGATTATAAAACC-A-TT-------TAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * * * *
7084 TGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTACTCT-CTAATGAAAGTCTTTGGCTTCAT
184 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * *
7148 GTTTCCCGATA-TAAATATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTG
248 GTTTCTCTA-AGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
7212 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGAC
310 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGAC
** * ** ** * * *
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375 TATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * * * *
7341 TTATAATCTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAA
439 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
7406 CTACTTAA
504 CCATTTAA
* * * * * *
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
* * * * * * * *
7478 CTTTTT-TCTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATCTTATC-ATTTTTAACCAAAATTGTAAA
65 CTTTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATATAAA
* * * * * * * *
7541 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAA-CTGACTAATATGACTTCCA
128 AACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * * *
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192 AAGGCTTGAGTGACTATAAA-A-G-GAC-TTTTCTTACTAATGGA-TGGCTTTTGC-TTCACGTT
* * * * *
7668 TCTCAAAGTACACATTTAATTTTAATCA-ATTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTCAAGCTTCCAA
251 TCTCTAAGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAA-CTT--AA
* * * * * * * *
7732 AATTAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTT-TAAAGGTATGAGTGAC
311 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGGGTGAC
* ** * *
7796 TATAAATGAAC-TTTAATAGACAATGGAT-GACTTTTTCTTCA-CATTTCTTAAGGCAGACATTC
375 TATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATCA-TTCTTAAGGCAGACATTC
* * *** * * * * * *
7858 AATTTTAATCTATTTTAATGGACACTATAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT-TGA
437 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTAT-A
7922 AAACCATTTAA
501 AAACCATTTAA
* * * * * *
7933 AGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGATTGTA-TGACTATAAATGAACTTTCCTTG-TCAATGAATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-AGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCT-AATGAATG
* * * * * * *
7996 GCTTTTTCTTCA--TTGTTCTAAAGGTAGACAATCAATCATAATCTGTTTTAATTAAAAATGT-A
64 GCTTTTTCTTCACGTT-TCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAA
* * *
8058 AAACAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTT
127 AAAC-ATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** * * * *
8122 TGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGAACTTTAATGGAC-AATGGATGGCTTTTTCGTCACATTTC-
190 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT
* * * * *
8185 CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGGACAATGTAAAAATTTCAACTTAAAATCAA
254 CTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** ** * * **
8250 TTATGAGATTAGAAAACCATTTATTGCGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGGATTATGTGACTATAAA
317 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCAAAAGCTTGGGTGACTATAAA
* * ** * * ** * * *
8314 TGAACTTTCCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCA-C-TGTCTCGAGGCAGATAATCAATCATAA
381 TGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCAT-TCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * *
8377 TCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
445 TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
8441 AA
510 AA
* ** * * * *
8443 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCCTGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGG
* * * * * * *
8507 CTTTTTATTCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATA-AAAAA
65 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * * *
8571 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAAA
130 CATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
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195 GCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTA-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAAG
* * * * ** * *
8699 ATAGACATTCAAATATTATCTTTTTTAAGCGAAAGTATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
259 -TAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
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8779 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAAGTA
GACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATCATTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
CAAAAATATAAAAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
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2691 TTTTAATTAA
2701 AATGTAAAACAATTC
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2716 AATGTAAAACAATTC
1 AATGTAAAACAATTC
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1 AATGTAAAA-CAATT
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AATGTAAAACAATTC
Found at i:5022 original size:169 final size:170
Alignment explanation
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* * * * ** * ** * * *
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*
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** * ** * **
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* * * *
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* * * ** * ** **
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* * * * * * * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * ** ***
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* * * * * * * ** *
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* * * * *** * * **
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* * * * ***
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAAGGTTTCCAA-AAATT
* * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * **
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* * * **
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCCA-A-AAAT
* * * ** * * ** * * *
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63 TGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAAT-G-ATTTTCTTCATATTTCCTGAA-ACAG
* * * * *
4392 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATA-AAACAATTATA
125 GCATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATACAAA-AGTTCTG
* * * **
4438 CTTAGAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTT-TAAAGGCTT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCCAAA-AATT
* * * * * ** * * * ** ** ***
4500 GAGTGAGTATAAA-AGGACTTTCCATGTCAGTGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTAGAGGTAG
64 GAGTGACTACAAATA-GACTTTTCTTGCCAAAGAAT-GATTTT-CTTCATATTTCCT-GAAACAG
* ** * * * * *
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125 GCATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATACAAAAGTTCT-G
* * * *** **
4610 CTTAAAATCAATTTTGTGATT-ATAAAACTATTTAAATTGAGTAAT-AAGGCTTT-CAAAGGTAT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCCAAAAAT-T
* * ** * *
4672 GTGTGACTACAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCC-CAAGATAGG
64 GAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAAT-GA-TTTTCTTCATATTTCCTGAA-ACAGG
* * * * ** *** * * * *
4735 TATTTAAATATAATTTATTTTAGCCCAAAGTGTAAAAAAAAATT-TAA
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* ***
4782 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGGTTTCCAAGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGGTTTCCAAAAATTGA
* * ** * * *
4847 GTGACTACAAATAGACTTTTTTTGCTAGTG-ATGGTTCTTGCTTCATGTTTCGTGAAACAGGCAT
66 GTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGATT-TT-CTTCATATTTCCTGAAACAGGCAT
4911 TCAATTATAATA-ATTTTAATAAAAAATATACAAAAGTTCTG
129 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATACAAAAGTTCTG
* * **
4952 CTTAAAATCGATTATGAGATT-ATAGAACCATTTAAAGCAAGTAA-AAAGGCTTTTGAAAAATTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCCAAAAATTG
* * * * *
5015 GGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAAGAATGATTTTTTTCATATTTCCTGAAACATGCATT
65 AGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGATTTTCTTCATATTTCCTGAAACAGGCATT
5080 CAATTATAATATATTTTAA
130 CAATTATAATATATTTTAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTAAAATCAATTATGAGATTAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGGTTTCCAAAAATTGA
GTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGATTTTCTTCATATTTCCTGAAACAGGCATTC
AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATACAAAAGTTCTG
Found at i:5152 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 5077--5158 Score: 101
Period size: 38 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38
5067 TGAAACATGC
** **
5077 ATTCAATTATAATATATTTTAACCCAAAATTTCAAAAA
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* * *
5115 ATTCAATTATAATATATTTTGATAAAAAACATGAAAAA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAACATCAAAAA
5153 ATTCAA
1 ATTCAA
5159 CTTAAAATCA
Statistics
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ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAACATCAAAAA
Found at i:9727 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9126--9909 Score: 645
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 170
9116 NNNNNNNNNN
* * * * *
9126 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTA
* ********* *
9191 AATGGCTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGA
66 AATAG-TTTCATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
9255 TTATAATTAAATGTCTACCTTAGG--AACTGTCAAG-AAAATGTC
129 TTATAATTGAATGTCT-GCTTTGGAAAAC-GTAAAGCAAAA-GTC
* * *
9297 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAAACCTTCGAAAG-CGTTATTACT-AGCT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGA-CTTCGAAAGTC-TTATTACTCA-CT
* * * * * *
9359 TTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTTGGTTACAAC
63 TTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
9424 ATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAGAAAACGTTAAGCAAAAGCC
126 AGATTATAATTGAATGTCTGCTTTG-GAAAACGTAAAGCAAAAGTC
* * ** * * **
9470 ATTTATTGGCAAGAACAGTCCATTTGA-AGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCAAGACTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTT
********** * * *
9534 NNNNNNNNNNATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA
65 AAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* **
9599 TTATAATTGAATGTCTGTTTTGGAAAATATAAAGCAAAAGTC
129 TTATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACGTAAAGCAAAAGTC
* * * * *
9641 ATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTCGAAAGTCTTATTATTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTA
* * * *
9706 GATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGAT
66 AATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * *
9771 AATATTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTAAAGAAAAAG-C
130 TATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACGTAAAGCAAAAGTC
* * * **
9811 TATTCATTGGCTAA-AAAAGTTCATTTAGAGTCACCCATG-CTTTTTAAAGTCTTATTACTCACT
1 -ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGAC-TTCGAAAGTCTTATTACTCACT
9874 TTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
63 TTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
9910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 106, Indels: 40
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Matches are distributed among these distances:
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AATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACGTAAAGCAAAAGTC
Found at i:14364 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13647--14981 Score: 838
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13637 CTGTTTCAAG
* * * * * ****
13647 AAACATTAA-AAAAA-TCATTCTTTGGCAAGAAAATTCAATTTATAGTCACCCATTTTTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * * * *
13710 GCCTTTTTACTTGTTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATCGATTTTAAG-CAGATCTTTTGTAT
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AT-TTTTTTAT
* * ** **
13774 ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATACCT-GTTTCAGG-
129 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT--GGA
* * * * * * *
13816 AAACATGAAGCAAGAA-CCATT-ACTAGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAA
1 AAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* ** * *
13879 ACCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATTAATTTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-
* ** * ** * * * **
13944 AAAACTTTTGGGCTAAAGTAAATTATATTTAAATACCTACCTT-GA
127 -ATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * * * * * *
13989 GAA-ATGTTAA-AAAAA-TCTATTCATTCGCAAGGAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATA-TCTTT
1 AAACATG--AAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTC
** * * * * *
14050 GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAGTTGGTTTCAAGTTGAAGTTTT
62 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
* * * * * * **
14114 TAAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATGGACTGTCTACCTTCAA
125 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * * * * * * *
14160 AAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTCCT-TCTATACTCATTCAAGCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
*
14224 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATAATTGTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTAT
*
14289 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
** * * * * *
14331 AAATGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCATGAAAAGGCTATTTATAGTCACTCATG-CATCTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAA
* * * * **
14395 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT-ATTTCATAATTAATTTTAAGAAGAATTTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTAT
* ** *
14459 ATTTTTTA-TTCAAACAGATTATGTTTGAATATCTACCTTGGA
129 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * **** *
14501 AAA-AGTCAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTTTTAGAA
1 AAACA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * * * * * * *
14564 AGTCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATGA-TCAATTTAAGGCTGATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAATTTTTTTAT
* * * * * **
14628 ATTTTTTA-CTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTA-TTTCAA
129 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * ** * * *
14669 GAAACATAAAGCAAAAGTCATCCGCTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACACAAGCCCTT-GA
1 -AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGA
* ** * ** * * *
14733 AACCCTTATTACTTACTTTAATTGCATTTGTAATTTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA
*
14798 TA-TTTTAGGTTAAAACAGATTAT-ATTAAATGTCTACCTT-GA
128 TATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
* * * * **
14839 GAAACATGAAGAAAAA-TCCATTCATTAGTAAGAAAAATCCT-TTTATAGTCACCCAAGATTTCG
1 -AAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
14902 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* *
14967 ATATTGTTGGTTAAA
127 ATATTTTTAGTTAAA
14982 GCTATTCATT
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 230, Indels: 89
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 135 0.15
170 352 0.40
171 268 0.30
172 17 0.02
173 36 0.04
174 77 0.09
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
Found at i:15276 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14727--15277 Score: 689
Period size: 296 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
14717 TCACACAAGC
* * * **
14727 CCTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAATTGCATTTGTAATTTCATAATTGATTGTAAGTTGAATT
1 CCTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGCATTTATAATCTCATAATAAATTGTAAGTTGAATT
* ** *
14792 TTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC
66 TTTATATATTTTA-GTTAAAACAGATTATATTAAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
14857 CATTCATTAGTAAGAAAAATCCTTTTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 CATCCATTAGCAAGAAAAATCCTTTTATAATCACCCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCT
* * *
14922 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTAT
195 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTAT
14987 TCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTATA
260 TCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTATA
* ** * *
15023 CCTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTT-GAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGCATTTATAATCTCATAATAAATTGTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
15088 TTTTATATTTTTTA-TTAGAATATATTATAATTGAATGTTTACCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAG
65 TTTTATATATTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTAAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
15152 CCATCCATTAGCACA-AAAAGTCTTTTTATAATCACTCAAGCCTTCGAATA-CCTTATTACTCAC
129 CCATCCATTAGCA-AGAAAAATCCTTTTATAATCACCCAAGACTTCGAA-AGCCTTATTACTCAC
15215 TCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAAT-TTTTCTATATT-TCTGGTTAAA
192 TCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATGTTTT-TATATTGT-TGGTTAAA
15278 ATATATTATA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 35, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
295 16 0.07
296 134 0.63
297 64 0.30
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (295 bp):
CCTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGCATTTATAATCTCATAATAAATTGTAAGTTGAATT
TTTATATATTTTAGTTAAAACAGATTATATTAAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
ATCCATTAGCAAGAAAAATCCTTTTATAATCACCCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTATT
CATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTATA
Found at i:15391 original size:466 final size:467
Alignment explanation
Indices: 14567--15426 Score: 1037
Period size: 466 Copynumber: 1.8 Consensus size: 467
14557 TTTAGAAAGT
* *
14567 CTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATGATCAATTTAAGGCTGATTTTTTTACATTT
1 CTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTAAGGCTGATATTTTTACATTT
** * * * *
14632 TTTACTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTATTTCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCGCTGG
66 TTTACTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCACTAG
* * * * *
14697 TAAGAAAAATCTATTTATAGTCACACAAGCCCTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAATTGCATTT
131 CAAGAAAAATCTATTTATAATCACACAAGCCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTAAATAGCATTT
* * * ** *
14762 GTAATTTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTAAA
196 ATAATCTCATAATTAATTGTAAGTAAAATTTTTCTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTAAA
* * * * *
14827 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTAGTAAGAAAAATCCTTTTATAGTCACC
261 TGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAATCATTTTATAGTCACC
* * *
14892 CAAGATTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGT
326 CAAGATTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGG
14956 TAAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTA
390 TAAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTA
15021 TACCTTCGAAACC
455 TACCTTCGAAACC
* * *
15034 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTTAA-GTTGA-ATTTTTATATT
1 CTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATGATAAA-TTTAAGGCTGATATTTTTACATT
* * * * * * *
15097 TTTTATTAGAATATATTATAATTGAATGTTTACCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTA
65 TTTTACTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCACTA
* * *
15162 GCACA-AAAAGTCTTTTTATAATCACTCAAG-CCTTCGAATA-CCTTATTACTCACTCTAAATAG
130 GCA-AGAAAAATCTATTTATAATCACACAAGCCCTT-GAA-ACCCTTATTACTCACT-TAAATAG
* * * *
15224 -TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTCTATATTTCT-GGTTAAAATATATTAT
191 CATTTATAATCTCATAATTAATTGTAAGTAAAATTTTTCTATATTT-TAGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * *
15287 AATTGACTGCCT-GTTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATT-ACTAGCAA-AAAAAGT-ATATT
255 -ATTAAATGCCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAA-TCAT-TT
* *
15348 TATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAACCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
316 TATAGTCACCCAAG-ATTTCGAAACCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
15411 TGATTTTAAGGTAAAT
379 TGATTTTAAGGTAAAT
15427 TTCTTTTACA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 52, Indels: 27
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
465 10 0.03
466 228 0.70
467 85 0.26
468 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (467 bp):
CTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTAAGGCTGATATTTTTACATTT
TTTACTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCACTAG
CAAGAAAAATCTATTTATAATCACACAAGCCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTAAATAGCATTT
ATAATCTCATAATTAATTGTAAGTAAAATTTTTCTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTAAA
TGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAATCATTTTATAGTCACC
CAAGATTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGT
AAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTAT
ACCTTCGAAACC
Found at i:16074 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14979--16890 Score: 1312
Period size: 170 Copynumber: 11.2 Consensus size: 168
14969 ATTGTTGGTT
* * * * * * *
14979 AAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTATA-CCTTCGAAACCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * ** * *
15043 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTTAAGTTGAATTTTTATATTTTTTA-TTAGA
64 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTAGTTAAA
* * * * * *
15107 ATATATTATAATTGAATGTTTACC-TAAAGAAACGTGAAGCA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAGAA
* ** *
15148 AAAGCCATCCATTAGCACA-AAAAGTCTTTTTATAATCACTCAAGCCTTCGAATA-CCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTAC
* * * * ** *
15211 TCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTCTATATTTCTGGTTA
63 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTT-TAGTTA
* * * * ** * * * * *
15276 AAATATATTATAATTGACTGCCT-GTTTTAGGAAACATGAAGCA
126 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACGTAAAGAA
* * ** *
15319 AAAGCCATT-ACTAGCAAAAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAACCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * ** *
15382 CAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTAAATTTCTTTTACAGTTTGGGCT
64 C-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATA-TTTTAGTT
* * * * * *
15446 AAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTTGAGAAATGCAAAGAA
125 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * * * * ** *
15490 ACAA-CTATTCATT-GACAAAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTCATA-CCTTTAAAAGCTTTAT
1 A-AAGCCATTCATTAG-C--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA-AGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * *
15552 TACTAGCTTTAAATACTTTTAAAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTA
60 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT---ATATTTTA
* * * * ** * * * * *
15617 -TGAAAATATATTATAATTGACTGTCTGTCTCTG-TAAACATGATGCA
122 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAACGTAAAGAA
* * * * *
15663 AAAGCCATCCATT-G-ATATAAAAAGTTCTTTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
15726 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
63 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTAGTTA
* * ** *
15791 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGTAAATGTAAAGAA
126 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * * * * *
15834 AAAGCCATTCACTACCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
15899 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTTTAATTAAAA
65 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTAGTTAAAA
* * *
15964 CAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTTAAG-A
129 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * *** *
16003 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CGCATTTATAGTCACCCATTTTTATGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
16067 TGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATGTTAGTTAAA
64 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
16132 ATATATTATAATTAAATGTCT-GCTTCAGGAAATGTAAAGTA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACGTAAAGAA
* * * * *
16173 AAAGCCATCCACTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGCCCTCGAAACCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
16237 CGCTTT-AATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTGGGTTAA
64 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTT-AGTTAA
* * * ** *
16301 AACAGATTATATTTAAATGTCTACCAT-AAGAAATATGAAGAA
127 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAGAA
* * * * * *
16343 AAAGCCATGCATTAGTAAGAAGAGTCCTTTTATAGTCACCGAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
16408 GCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAA-TGATTTTTACTTGAATTTTTTATATTGTTCA-TTAAA
65 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT-TT-AGTTAAA
* * ** *
16471 ACAGATTATAATTGAATAT-TGACCTCG-GGAACGATGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAAAAACG-TAAAG-AA
* * * * * *
16513 AAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCGCCCAAGCCTTCGAAA-TCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
16577 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ACATTTTTTATATATTTTA-TTAA
65 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTT-TATATTTTAGTTAA
* * * * * * *
16640 AATATATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACGCAAAGCA
127 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* ** *
16682 AAAGCCATTCATTGGCACA-AAAAGTCTTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * * * * * *
16746 TACTTTCAATGATTTTGTAAGCTCATAATCGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTTAGCTAA
64 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTAGTTAA
* * * *
16811 AACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACATGAAGAA
127 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * * *
16853 AAAGTCATTCATTGGCGACG-AAAGTTCATTTATAGTCA
1 AAAGCCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
16891 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 296, Indels: 150
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 390 0.28
170 425 0.31
171 387 0.28
172 34 0.02
173 42 0.03
174 75 0.05
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAA
Found at i:16303 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14979--16842 Score: 1278
Period size: 339 Copynumber: 5.5 Consensus size: 338
14969 ATTGTTGGTT
* * * * * * * *
14979 AAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTAGATTCACCTATA-CCTTCGAAACCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACC-A-AGCATTCGAAAGCCTTATTACT
** * ** * * *
15043 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATAAATTTTAAG-TTGAATTTTTATAT-TTTTTA-TTA
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTTAGTTA
* * * * * *** * * * *
15105 GAATATATTATAATTGAATGTTTACCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTAGCACA-A
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTCGGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTT-GCA-AGA
** * * * *
15168 AAAGTCTTTTTATAATCACTCAAGCCTTCGAATACCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAAT
191 AAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAA-ACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** ** * * * * *
15233 CTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTCTATATTTCTGGTTAAAATATATTATAATTGACTGCC
255 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTT-TAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTC
** * * * * *
15298 T-GTTTTAGGAAACATGAAGCA
318 TACCTTGA-AAAACGTAAAGAA
* * * * * *
15319 AAAGCCATT-ACTAGCAAAAAAAGT-ATATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAACCCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCAC-CAAG-CATTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * **
15381 TCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTA-AATTTCTTTTACAGTT-TGGG
63 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTT-TTTTATA-TTGTTAG
* * * * * * *
15444 CTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTT-GAGAAATGCAAAGAAACAA-CTATTCA-TTGAC
126 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTCG-GAAATGTAAAGAAA-AAGCCATTCACTTG-C
* * * * * * ** * * **
15506 AAAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTCATA-CCTTTAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATACTT
187 --AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCA-AGCCTTCGAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
15570 TTAAAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTATGAAAATATATTATAATT
248 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-TTTTAATTAAAACAGATTATATTT
* ** * * * * *
15635 GACTGTCTGTCTCTG-TAAACATGATGCA
311 GAATGTCTACCT-TGAAAAACGTAAAGAA
* ** * * *
15663 AAAGCCATCCATTGATATA-AAAAGTTCTTTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCTTTTATAGTCAC-CAAGCATTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
15727 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTTAGTTA
* * ** *
15791 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGTAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTACCATGAA
129 AAACAGATTATAATTGAATG-TCTGCTTCGG-AAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTTGCAAGAA
* * * * *
15855 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
192 AAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
15920 TCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTG
256 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA
*
15985 CCTTGAAAAACGTTAAG-A
320 CCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * *** *
16003 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CGCATTTATAGTCACCCATTTTTATGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CTTTTATAGTCACCAAGCATT-CGAAAGCCTTATTACT
** * *
16067 TGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCT-GAATTTTTTTACA-TGTTAGTTA
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTTAGTTA
* * * * *
16130 AAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTCAGGAAATGTAAAGTAAAAGCCATCCACTTGCAAGAAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTC-GGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTTGCAAGAAA
* * *
16195 AGTCTATTTATAATCACTCAAGCCCTCGAAACCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCT
193 AGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** *
16259 TATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTA
257 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTT-AATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA
* ** *
16324 CCAT-AAGAAATATGAAGAA
320 CCTTGAA-AAACGTAAAGAA
* * * * *
16343 AAAGCCATGCATTAGTAAGAAGAGTCCTTTTATAGTCACCGAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACC-AAGCATTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
16408 GCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAAT-GATTTTTA-CTTGAA-TTTTTTATATTGTTCA-TTA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTT-AGTTA
* * * * * * *
16469 AAACAGATTATAATTGAATAT-TGACCTCGGGAACGATGAAGAAAAAAACTATTCA-TTAGCAAG
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTCGGAAATG-TAAAG-AAAAAGCCATTCACTT-GCAAG
* * * * * *
16532 AAAAGCCCATTTATATTCGCCCAAGCCTTCGAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
190 AAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
16597 CTCATAATTGATTTTAAATT-ACATTTTTTATATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTT
255 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATAT-TTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTC
* * * *
16661 TACCTAGAGAAACGCAAAGCA
318 TACCTTGAAAAACGTAAAGAA
* * *
16682 AAAGCCATTCATTGGCACA-AAAAGTCTTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCTTTTATAGTCAC-CAAGCATTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
16746 TACTTTCAATGATTTTGTAAGCTCATAATCGATTTTAAG-TAGAATTGTTTTATATTTTTAGCTA
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTTAGTTA
* *
16810 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCGGAAA
16843 ACATGAAGAA
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 249, Indels: 125
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 70 0.06
339 375 0.31
340 279 0.23
341 85 0.07
342 122 0.10
343 14 0.01
344 180 0.15
345 84 0.07
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTAGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCGGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTTGCAAGAAAAGT
CCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGA
AAAACGTAAAGAA
Found at i:17529 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16994--18053 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
16984 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16994 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACATTCA-AAA-ATGTAAAGAAAAT
1 TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG--AAGAAAAA
* * * * ** * **
17057 GCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCC-GTTTATGGTCATTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCAT
64 GCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
17121 TTTAAGT-AGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTT
127 TTTAAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
* * * * * * * * *
17164 TTTTATATTTTTGGTTAAAAGAGTTTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAAC
1 TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
17229 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG-CTACTCAAGC-----CA-TCTTATTACTCGCTTT
66 TATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC-ACTCAAGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
17287 AAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
130 AAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
* * * * * * * *
17327 TGTTTATATTGTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGATTGTCTACTTTAAGAAACGTGAAGTAAAAG
1 T-TTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
17392 CTA-TCAATTGGCACGAAAAGGCTTTTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 CTATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
*
17456 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
128 TTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
* * * **
17499 TTTTACATTTTTTGTTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGC
1 TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
17564 CATTCTTTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
66 TATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
17629 ATAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTA-AA-CG
130 AAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTG
* * *
17669 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-ATCGTCTGCCTTAAG-AACTATGAAGAAAA
1 -TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAA
* * * * ** *
17732 AG-TCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAACCTTATTACTCG
63 AGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAA-GCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
17796 CTTTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTATAGT-TAATTT
126 CTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA-AGTAGAATTG
* * * *** * * * *
17840 TTTTATATTGTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTATCAAGAAACGTTAAAAAAAAG-
1 TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * ** * * * * *
17904 TCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATTTTCTC-CGATGCTTTTCGAAATCCTCATTATTCGC
66 T-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTC-AAGC-TTT-GAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
17968 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGATTTT
127 TTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
* * * * *
18012 TTTTATATTTTTTA-TTAGAATATATTATAATTGAATGTCTAC
1 TTTTACA-TTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
18054 ATAGAGAAA
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 127, Indels: 74
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 47 0.06
164 88 0.12
165 1 0.00
169 7 0.01
170 170 0.23
171 360 0.50
172 48 0.07
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
TATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATTG
Found at i:17970 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 16994--18055 Score: 1008
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
16984 NNNNNNNNNN
* * * * *
16994 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACATTCAA-AAATGTAAAGAAAATG
1 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACATT-AAGAACTGTGAAGAAAAAG
* * * * * * * **
17058 CTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCGTTTATGGTCATTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTT
65 C-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
17123 TAAGTAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAGT
129 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGA
* *
17188 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCA-TAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
194 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATTAAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
17252 TTTA-TAGCTACTCAAGC---C---AT-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAA
258 TTTATTATCT-CTCATGCTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAA
17309 TTGATTTTAAGTTGAATT
321 TTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
17327 TGTTTATATTGTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGATTGTCTACTTTAAGAAAC-GTGAAGTAAAA
1 T-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACATTAAG-AACTGTGAAGAAAAA
* * ** **
17391 GC-TATCAATTGGCACGAAAAGGCTTTTTATAGTCACTCAA-GCATTTGAAAGCCTTATTACTCG
64 GCAT-TC-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
17454 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAATA
126 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAA
* ** * * * * * *
17519 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAAGAAATGT
190 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * *
17584 CTATTTA-TAGTCACTCATGGCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTC
255 CCATTTATTA-TCTCTCAT-GCTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
* * *
17647 ATAATTGATTTTATGTTAAACGT
317 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * *
17670 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATCGTCTGCCTTAAGAACTATGAAGAAAAAGT
1 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACATTAAGAACTGTGAAGAAAAAG-
* * * *
17735 CATTCACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
17800 AAATAATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTATAGTTAATTTTTTTATATTGTTCGTTAAAACAAA
130 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGA
** * * * *
17864 TTATAATTGAATGTCTGTATCAAGAAACGTTAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAACCCAT
194 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * *
17929 TTATTTTCTC-CGATGCTTTTCGAAATCCTCATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGA
259 TTATTATCTCTC-ATGC-TTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAA
* *
17993 TTAATTTTAAGTTGATTTT
321 TTGATTTTAAGTTGA-ATT
* * * *
18012 TTTTATATTTTTTA-TTAGAATATATTATAATTGAATGTCTACAT
1 TTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACAT
18056 AGAGAAA
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 120, Indels: 51
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 6 0.01
334 123 0.21
335 83 0.14
336 5 0.01
340 3 0.01
341 91 0.16
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTACATTAAGAACTGTGAAGAAAAAGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
ATTATCTCTCATGCTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATT
Found at i:18046 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 17104--18053 Score: 1164
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 505
17094 CAAGCCTTCA
* * * **
17104 AAAGTCTTATTACTCATTTTAAGTAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAACGTTTTTA
* * *
17169 TATTTTTGGTTAAAAGAGTTTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAACCATTC
66 CATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAACCATTC
* * * * *
17234 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCTACTCAAGCCATCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
131 ACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGCTACCCAAGCCACCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAT
* * ** *
17299 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTGTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGATT
196 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTGTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* ** * ** **
17364 GTCTACTTTAAGAAACGTGAAGTAAAAGCTATCAATTGGCACGAAAAGGCTTTTTATAGTCACTC
261 GTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCTATCAATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTC
* *
17429 AAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAG
326 AAGCATTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAG
*
17494 AATTGTTTTACATTTTTTGTTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAA
391 AATTGTTTTACATTTTTTATTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAA
17559 AAAGCCATTCTTTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTG
456 AAAGCCATTCTTTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTG
* * **
17609 AAAGCCTTATTACTCGCTTTATA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAACGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTA-AGTAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AACGTTTT
* * * **
17673 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-ATCGTCTGCCTTAAGAACTATGAAGAAAAAGTCA
64 TACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT-GTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAACCA
17737 TTCACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAG-TCACCCAAGGCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
128 TTCACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGCT-ACCCAA-GC--C----ACCTTATTACTCGCTTTA
*
17801 AATAATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTATAGTT-AATTTTTTTATATTGTTCGTTAAAACAAA
185 AATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTGTTTATATTGTTCGTTAAAACAAA
* *
17864 TTATAATTGAATGTCT-GTATCAAGAAACGTTAAAAAAAAG-TCATTC-ATTGGCAAGAAAAACC
249 TTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCT-A-TCAATTGGCAAGAAAAACC
** * * * * * *
17926 CATTTATTTTCTC-CGATGCTTTTCGAAATCCTCATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
311 CATTTATAGTCACTC-AAGCATTT-GAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * * *
17990 TGATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTATTAGA-ATATATTATAATTGAATGTCTAC
374 TAATTAATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTTTTATTA-ATACAGATTATAATTGAATGTCTAC
18054 ATAGAGAAA
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 56, Indels: 28
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 50 0.13
506 90 0.24
507 2 0.01
509 1 0.00
511 3 0.01
512 88 0.24
513 136 0.37
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (505 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAACGTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAACCATTC
ACTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGCTACCCAAGCCACCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAT
AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTGTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
GTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCTATCAATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTC
AAGCATTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAG
AATTGTTTTACATTTTTTATTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAA
AAAGCCATTCTTTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTG
Done.