Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399100.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2376.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5497
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.09, T:0.24
Warning! 1889 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4603 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4292--5040 Score: 755
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
4282 NNNNNNNNNN
* ** * * *
4292 TTACATTTTTTG-TTAAAACAAACCGTAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGAG-AGAAACAAGC
1 TTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAA-AAGC
* * *
4355 ATTCATTG-GCAAGAAAAGACTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTGCTCGCTTT
64 ATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTT
*
4419 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
128 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* ** *
4463 TGTAC-TTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACCTTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCT
1 T-TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGC-
* * * * * *
4526 TATTCATTGAGAATAAAAGTCAATTTATATTTACCCATTCCTTC-AATAGCCTTATTACTCTG-T
64 -ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTC-GCT
* ** * * *
4589 TTATAT-GATTTTATAATCTTGTACTTGAATTT-CGATTGAATTTTT
126 TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTT
** * * ** * *
4634 TTACATTTTTCTTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTAACTCAACAAACGTGCT-GTAAAAGC
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-TAGAAAAAG-
** * * * * *
4697 CATAGATTTAGAAGAAAAATCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTT
63 CATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTT
*
4762 AAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
128 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
4805 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCA
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAA-AAGCA
* * * *
4870 TTCGTTGACAAGAAAAGTGTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAA
65 TTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAA
* *
4935 ATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
130 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
* * * ** *
4977 TTACATTTTCGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGC
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAA-AAGC
5041 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 84, Indels: 43
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.10
171 234 0.50
172 189 0.40
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCAT
TCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
Found at i:4978 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4365--5029 Score: 835
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
4355 ATTCATTGGC
* * *
4365 AAGAAAAGACTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGACTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
4430 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTACTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
66 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
4495 TACCTACCTTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCTTATTCATTGAGAATAAAAGTCAATTTATATTTAC
131 TACCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-TATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGTCAC
* * ** * *
4560 CCATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCTGTTTATATGATTTTATAATCTTGTACTTGAATTTCGAT
195 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGAT
* *
4625 TGAATTTTTTTACATTTTTC-TTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAACTCAACAAACGTGCT
260 TGAATTTTTTTACA-TTTTCGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACGTGCT
4689 GTAAAAGCCATAGATTTAG
324 GTAAAAGCCATAGATTTAG
* * *
4708 AAGAAAA-ATCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGA-CTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
4772 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTGATTAAAACATACTATAATT
65 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTAC-TTTTTG-TTAAAACAGACTATAATT
** * **
4835 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGC-ATTCGTTGACAAGAAAAGTGTATTTAGAGT
128 GAATACCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGT
* *
4899 CACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTC-GCTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGATT
192 CACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCTG-TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAAT
* * * * *
4961 TTA-AGTTGATTTTTTTTTACATTTTCGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
254 TTAGA-TTGA-ATTTTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAACAA
5025 ACGTG
317 ACGTG
5030 AAGAAACAAG
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 37, Indels: 20
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.02
342 90 0.33
343 175 0.64
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
AAGAAAAGACTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TACCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGATT
GAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACGTGCTGT
AAAAGCCATAGATTTAG
Done.