Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397438.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3049.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18060
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 1877 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:358 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5--944 Score: 1080
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 172
1 AAAG
* *
5 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAA-TGAACTTTTCTT-CTCAGTGAATACC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTACT-AATGAATACC
* * * * * * * * * *
68 TTTTTTTTCTTC-TTTCTCAAGGCAGAGATTTAGTTATAATCTATTTTAAACAAAAA--CATCAA
64 TTTTTCTTC-ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAT-AA
* * ** *
130 AAAATTCAACCTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
127 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * *
176 TGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGAGTATAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATACCTT
* * * *
241 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTATAAAAAA
66 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAA
* *
306 TTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAA
131 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* ** * *
348 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAATGCC-
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTT-ACTAATGAATACCT
* * * *
411 TTTTCTTCACGTTTCCTGATGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAA
* * *
474 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAGACTATTTAAAA
130 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * *
517 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTTTTACCAATGAATACCT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTACTAATGAATACCT
* ** * *
581 TTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTACTCTAACCAAAAATG--CAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAA
* * **
643 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATG
129 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * * *
687 TAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGTCTTTTCTTACTAATGAATATCTT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATACCTT
* * * *
752 TTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAATAA
66 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAA
*
817 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAGA
131 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * * * * *
859 TAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATAGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAATGCCT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTT-ACTAATGAATACCT
923 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGT
65 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGT
945 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 97, Indels: 33
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 93 0.14
170 190 0.29
171 148 0.23
172 215 0.33
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATACCTT
TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAAA
TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
Found at i:1790 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1272--2842 Score: 1627
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
1262 NNNNNNNNNN
* *
1272 GGAATGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAG
1 GGAATGGATGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AG
* * * * * * * *
1336 GCTGACATTCAATTATAATTTATTCTAA-TAAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTTAGAATTAATTA
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
1400 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAA
128 TGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * **
1443 GGAATGGACGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGG
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGG
* * * * * * *
1508 TAGACCTTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTT
65 CAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * ** *
1572 TGATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAA
128 TGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * **
1615 GGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCCCAGG
1 GGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGG
* * * * *
1679 ACAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACTAAAAACATCAAAAAATTTAACCTAAACTCAATTAT
65 -CAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
*
1744 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
1786 GGAATGGGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTCCATGTTTCGCAAGG
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGG
* * * * *
1851 CAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAAC-AAACAATGTAAAAAAATTTAATCTAAAATCAATTAC
65 CAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAA-AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
1915 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* **
1957 GGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAG
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AG
* * * ** *
2021 GCAGACATTCAATTCTAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAATTTTCAATCTAAAATCAATTAT
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * *
2086 GAGATTATAAAGCCATTTAATCTGAGTAATAAGACTTTTTAA
129 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
2128 GGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATACCTTTTTCTAT-ACGTTTTCCAAA
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT-TCATG-TTTCCCAG
* * * * * * *
2192 GAAAACTTTCAATTATCATCTGTTATAACCAGAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
** * * * *
2257 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAA
129 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * ** *** **
2299 GGAATGGGTGACTATAAAGGGTCTTTTCTTGCCAATTAATGCTTTTTTCTTCACATTTATTGATA
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-CCCAGG
* * * * *** * *
2364 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAAGGAACTTAAAATCAATTTT
65 CAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * * *
2428 GAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
129 GAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * **
2470 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTGT-TTGCCAGTGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCCCAGG
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-G
* * * * * *
2534 GTAGACATTCAATTATAATTTGTTCTAA-TAAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAATTTAATTA
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
*
2598 TGAGATTATAAAGCCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAA
128 TGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
2641 GGAATAGG-TGGCTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTCCTCCATGTTTCCCAA
1 GGAAT-GGATGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCC-A
* * * * *
2704 GGCAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATCGAAAATCAATT
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* *
2769 ACGAGATTATAAAGCCATTTAATATGAGTAATAAGGCTTTTGAA
127 ATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*
2813 GGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
2843 ACCANNNNNN
Statistics
Matches: 1167, Mismatches: 203, Indels: 59
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.01
171 907 0.78
172 240 0.21
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGC
AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:3249 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2947--3999 Score: 888
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 167
2937 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2947 GATTATAATTGAAGGTCTACCTTAGAAAACGTGAAAAAAAAACAATCATTGGCAAGAAAAATCCA
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAGAAAAAAATATTCATTGGTAAG-AAAAGCCA
* * * * * * * *
3012 TTTAAAGTCGTCCATTCTTTTAAAATCTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTCTAATCTCATAAT
65 TTTATAGTC-ACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-ATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3077 TGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAGAACA
128 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* * *
3117 GATGATAATTGAATGTCAACCTTAGAAAACATGTAGAAAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGCCT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATG-AGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGCC-
* * *
3182 ATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCAGATTAAATGGCTTTATAATCTTATAA
64 ATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-ATTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
3247 TTGATTTTAAATTGAA--TTTTTATATTTTTGGTTAGAACA
127 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * ** ** *
3286 TATTAGAATTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATG-AGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAG-CC
* * ** * *
3351 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTTTTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAA
64 ATTTATAGTCAC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAA-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* **
3416 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
127 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* *
3457 GATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACAT-A-AAGAAAAATGCATTCATT-GTAAAAAAAA
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAGAA-AAAAAT--ATTCATTGGT-AAGAAAA
* * * ** * ** *
3518 GTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCCTTACTACTTGTATTAAATGGTTTTATCATCTC
61 G-CCATTTATAGTCAC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC-TCAATTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
3583 ATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
123 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* *
3629 GATTATAATTGAATGTCTACATT-GAGAAATATGA-AAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGAC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAGAAAAAAA-TATTCATTGGTAAGAAAAG-C
* * * *
3692 CCTTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCATA
63 CATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAT-TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
3757 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACA
126 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* ** * * * * * *
3799 AATGGTAATAGAATATCTACCTCTAGAAATGTCA--AGAAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAACAG
1 GATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAA--ACATGAGAAAAA-AATATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * *
3861 TCTATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATAGTCTC
62 -CCATTTATAGTCA-CCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCAA-TTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
3925 AAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTTTGGTTAAAATA
123 ATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
* *
3971 TATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAA
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAA
4000 CATAAAGAAA
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 136, Indels: 60
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 142 0.20
170 86 0.12
171 367 0.51
172 110 0.15
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGCCAT
TTATAGTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
Found at i:3820 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2947--4017 Score: 1102
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
2937 NNNNNNNNNN
* ** * *
2947 GATTATAATTGAAGGTCTACCTT-AGAAA-ACGTGAAAAAAAAACAATCATTGGCAAGAAAA-AT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATA--TGAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGA-
* ** * * *
3009 CCATTTAAAGTCGTCCATTCTTTTAAAATCTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTCTAATCTCAT
63 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
3074 AATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAGAACAGATGATAATTGAATGTCAACCT
128 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAGAACAGATGATAATTGAATGTCTACCT
** *
3139 -TAGAAAACATGTAGAAAAAT-ATATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-TCCATTCC
193 CTAG-AAACATAAAGAAAAATGA-ATTCATT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCC
* * * * * * *
3201 TTTAAAAGCCTTATCACTCAGATTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGA-ATT
254 TTCAAAAGCCTTAT-ACT-TGATTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTT
* *
3265 TTTATATTTTTGGTTAGAACA
316 TTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * * * *
3286 TATTAGAATTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAA-AAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGACC
* * * ** * * *
3351 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGT-CTTATTTTTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCAAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAA-TCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
3415 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
129 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTAGTTAGAACAGATGATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
3479 CGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGTAAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATACCTT
193 CTAGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGT-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTT
*
3543 CGAAAGCCTTACTACTTGTATTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTT
256 CAAAAGCCTTA-TACTTG-ATTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA--TTTT
3608 TTTATATTTTTGGTTAAAATA
316 TTTATATTTTTGGTTAAAATA
* *
3629 GATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGACCC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGACCA
*
3694 TTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3759 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATGGTAATAGAATATCTACCTCTA
131 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAGAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCTA
** * * * * * **
3824 GAAATGTCAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAACAGTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAA
196 GAAACATAAAGAAAAATGAATTCATT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* ** * * *
3889 AGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTA
260 AGCCTTA-TACTTGA-TTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTC--ATTTTTTTA
*
3954 AATTTTTGGTTAAAATA
320 TATTTTTGGTTAAAATA
* * *
3971 TATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGGTATT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAA-AAAAA-GTATT
4018 TGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 107, Indels: 48
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 27 0.05
340 215 0.36
341 23 0.04
342 276 0.46
343 57 0.10
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGACCA
TTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAGAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCTA
GAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATACTTGATTAAATGGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTATATTTT
TGGTTAAAATA
Found at i:5130 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4535--8591 Score: 979
Period size: 171 Copynumber: 23.7 Consensus size: 167
4525 TTCTTGAGCT
* ** * * *
4535 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTGCAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGTAAA-AAATTT-AACTTAAAATCAATTTTG
* * * ** *
4600 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-CAATAGGGCTTTTGAAA-AAATGGGTGACTATAAATAGA
63 AGATTATAAAA-CATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCTATGAGTGACTATAAATAGA
* * * * *** *
4663 CTT-T-GCTCACCAATGAATGCTTTTTTCTTGATATTTCTTGAGGT
125 CTTCTCG-T-GCCAATGAATGC-TTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
********* * * *
4707 AGACATTCAA-TNNNNNNNNNNTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTCAAGT-ATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * * *
4771 ACATTATAAATCATTTGAAGC-AAATAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
63 AGATTATAAAACATTT-AAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACT
* * * **
4835 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTGCTTCATGGTTCTTAAGGA
127 TCTCGTGCCAATGAATGCTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * * * * *
4876 AGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAATATTCT-ACTTAACAA-GAATTAT
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-ATT-TAACTTAA-AATCAATT-T
* * *
4939 T-AGTTTATGAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACT-TGAGTGGCTATAAATAG
61 TGAGATTAT-AAAACATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAG-CTATGAGTGACTATAAATAG
** * *
5002 ACTTCTCGTGCCAATGGTTGTCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGC
124 ACTTCTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
*
5047 AGACATTCAGGTATAGCCTCTTTTAACAAAATATGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAACAAAA-ATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * ** * *
5112 GATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAAC-ATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACTT
* * * * * * *
5177 TTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA-CGTTTTCCAAGGTA
128 CTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGG-A
* ** * * * * ** *
5219 A-ATATTCAA-TAATAATCTGTTCTAACCAAAAACGTCAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAAGT-ATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * ** *
5282 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAAC
63 AGATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAG-AC
* ** * * * * * * * * *
5346 TTTTTTTGCTAATAAAAGATTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGT
126 TTCTCGTGCCAATGAATG--CTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * * ** * ** * * *
5390 AGATATTCAATTATAACCGGTTTAAACCAAAAATGTACAAGGCATTCAAATTTAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGTA-AA-AAATTTAACTTAAAATCAATTTTG
** * * * ** * * *
5455 AGATTATAACATTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAGATAGGCT
63 AGATTATAA-AACATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * **
5520 TTTCCTACCAACGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGAGCT
127 TCTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* * * * * *
5562 AGACATTCAATTATAATCC-GTTTTAGCCAAAAATGTAAATAAATTTGAACTTGAAATCAGTTTT
1 AGACATTCAAGTAT-AGCCTCTTTTA-ACAAAAATGTAAA-AAATTT-AACTTAAAATCAATTTT
* * * * ** *
5626 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTTGGAG-TAATGGGTGACTATAAATAGA
62 GAGATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCT-ATGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * * ** * *
5690 CTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTAACATTTCGTAGGGC
125 CTTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * * ** * * *
5734 ACATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTATAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * ** * *
5799 GATTATAAAACTTTTTACAGC-GAGTACTAAGTTTTTTGAAAG-AAT-AGCTGACTATAAATGGA
64 GATTATAAAAC-ATTTA-AACTAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCTATGAG-TGACTATAAATAGA
* * * ** * *** *
5861 CTTTTCTTACCAATGAATATTTTTTTCTTCAT-GTTTCTGGAGGT
125 CTTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* * * * * *
5905 AGGCATTCAATTATA--ATCTGTTTAACCAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTT-A
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCT-TTTAACAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * ** * ** *
5967 GGGTTATAAAACTATTTAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
64 -GATTATAAAAC-ATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * **
6032 TTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTTAT-GTTTTTCAAGGTA
127 TCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGG-A
* * ** * * * * * * *
6075 A-ATATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * ** * * *
6139 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACTT
* * * ** * * ** *
6204 TTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTATTCACATTTCTTAAGGT
128 CTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * * ** * * * * *
6245 AGAAATTAAATTATAATCTATTTAAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGT-AAATCAATTTC
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAAC-AAAAATGTA-AAA-AATTTAACT-TAAAATCAATTTT
* * * ** * * *
6309 GACATTATAAAATTATTTAAAGTCAA-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAATGGG
62 GAGATTATAAAA-CATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
6373 CTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGT
125 CTTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* ** * * * *
6417 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTTTG
* * * * *
6481 AAATTATAAAGCCATTTAATA-TGAGTAATAAGGCTTTTGATAG-AATGAGTGACTATAAATAGA
63 AGATTATAAA-ACATTTAA-ACTAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCTATGAGTGACTATAAATAGA
* * ** * * *** *
6544 CTTTTCCTTG-CAAAAAATGCCATTTT-CTTCACATTTTAGAAAGCA
125 CTTCT-CGTGCCAATGAATG-C-TTTTGCTTCATA-GTTCCCAAGGA
* ** * * * * ** *
6589 A-ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAAATAAAATTAATTTTGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * * *
6653 AATTATAAATCCATTTAAAGTGAA-TTATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGA-TGATAAATGGAC
64 GATTATAAA-ACATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACT-ATAAATAGAC
* * * * * * *
6716 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCATCAT-GTTTCTAAGGGTA
126 TTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAGTTCCCAA-GG-A
* *** * * * * * * *
6760 A-ACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAATGTAAAAAAAATTTGA-TCTAAAGTTAATTATG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAACAAAAATGT--AAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTTTG
* * * * ** ** * * *
6823 AGATTATAAAGCCATTTAATA-TGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAACGACTCTAAATGGGC
63 AGATTATAAA-ACATTTAA-ACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
6887 TTTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGGT
126 TTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
** * * ** * * * * * *
6930 AGGTATTCAATTAAAATCTGTTCTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * ** * *
6995 GATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
64 GATTATAAAA-CATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACT
* * * * * *
7059 TTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCAT-GTCTGCCAAGGTA
127 TCTCGTGCCAATGAATGC-TTTTGCTTCATAGT-TCCCAAGG-A
* * ** * * * * * *
7102 A-ACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTCAA-TCTAAAATGAAATAT
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATG--TAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTTT
* ** * * ** *
7165 GAGATTATAAAGCTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAT-GAG
62 GAGATTATAAAAC-ATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGA-
* * * * * * *
7229 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGT
125 CTTCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * ** * * * * *
7273 TGACATTCAACTATAGTTTGTTCTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAACAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * ** * *
7338 ATTATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGATTGTAAAT-GAACTT
65 ATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAG-ACTT
* * * * * * *
7402 TTC-TTCCTAATGAATACCTTTTTCTTC-TTGTTTCTCAAGGC
128 CTCGTGCC-AATGAAT-GCTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* ** * * * * * * *
7443 AGACATTC-AGTTGTAATCTGTTCTAACCAAAATCATCAAAAAGTTCAAAC-TAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAAG-TATAGCCTCTTTTAACAAAAAT-GT-AAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTTT
* * * * ** *
7506 AAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGGA
62 GAGATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGA-GTGACTATAAATAGA
* * ** * * ** *
7570 ATTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTT--TT-TTACGTTTTTCAAGGT
125 CTTCTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATA-G-TTCCCAAGGA
* ** * * *
7613 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTGACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
7678 GATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACA
64 GATTATAAAAC-ATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGA-GTGACTATAAATAGAC-
* * * *** *
7742 TT-TCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGT
126 TTCTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* ** * * * * *
7784 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAGAAAAGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTAA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAACAA-AAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * ** ** * * *
7849 GTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTGGAAGGAATCAGTGACTATAAATGAAATT
64 GATTATAAAA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAAT-AGACT
* * * * ** *
7914 TTTAGT--CAATGAATACCTTTTTCTTCAT-GTTTTCTAGGA
127 TCTCGTGCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * ** * * * *
7953 CAGACATTCAATTACAATCTGC-TCTAACCAAAAATGCCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 -AGACATTCAAGTATAGCCT-CTTTTAA-CAAAAATG-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTT
* ** ** * * ** *
8017 AAGATTATCAAGCCATTTAATGTAAGTAATAAAG-TTTTGGAAGGAATG-GATGACTATAAATGG
62 GAGATTAT-AAAACATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCTATGAG-TGACTATAAATAG
* * * * * * **
8080 TCTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTGTCAAGGTA
124 ACTTCTCGTGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGG-A
* * * * ** * * *
8126 A-ACAATAAATTACAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTG
* ** * *
8190 AGATTATAAAACCATTTAATAC-AAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAAT-GAA
63 AGATTATAAAA-CATTTAA-ACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAG-A
* ** * * * * *
8253 CTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGAGGT
125 CTTCTCGTGCCAATGAATGC-TTTTGCTTCATAG-TTCCCAAGGA
* *** * * * *
8297 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAA-CAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * ** * *
8362 AATTATAAAACCATTGAAATTGAA-AAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
64 GATTATAAAA-CATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACT
** * * * * * *
8426 T-TTTTACCAAAGAATACCTTTCT-CTTCACATTTCCCAAGGT
127 TCTCGTGCCAATGAAT-GCTTT-TGCTTCATAGTTCCCAAGGA
* * * * *** * * * * * *
8467 AGATATTGAATTCTAATATGTTCTAACTAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
1 AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG
* ** * * **
8532 ATTATAAAGCCATTTAATTTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATGACTATAAATAG
65 ATTATAAA-ACATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAG-TGACTATAAATAG
8592 GCTTTTCTTA
Statistics
Matches: 3077, Mismatches: 617, Indels: 385
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.00
169 287 0.09
170 598 0.19
171 1363 0.44
172 711 0.23
173 102 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AGACATTCAAGTATAGCCTCTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGA
TTATAAAACATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACTTCTC
GTGCCAATGAATGCTTTTGCTTCATAGTTCCCAAGGA
Found at i:6812 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4534--8683 Score: 3611
Period size: 342 Copynumber: 12.1 Consensus size: 342
4524 TTTCTTGAGC
* * * * * *
4534 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTGCAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * ** *
4599 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAACAATAGGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * ** *********
4664 TTTGCTCACCAATGAATGCTTTTTTCTTGATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATNNNNNNNNNNT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT-TATAATCTGT
* * * * *
4729 T-TAACCAAAAATGT-AAAAAAATTGAA-CTTAAAATTAATTATGACATTAT-AAATCATTTGAA
194 TCTAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
4790 -GCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GC
257 TG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* * * *
4853 TTTTGCTTCATGGTTCT-TAAGG
320 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * * * * *
4875 AAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAATATTCTACTTAACAA-GAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATT-T
* * * * * * * *
4939 T-AGTTTATGAAACCATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTT-AAAGACTTGAGTGGCTATAAATA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATG
* * ** ** * * * * ** **
5001 GACTTCTCGTGCCAATGGTTGTCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAGACATTCAGGTATAGCCT
127 GACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
5066 CTTTTAACAAAATATGT-ATAAAAATTTAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACTATTTA
192 GTTCTAACCAAA-ATGTAAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
5129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC
255 AA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
*
5194 CTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGG
319 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * ** *
5217 TAAATATTCAATAATAATCTGTTCTAACCAAAAACGTCAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *
5282 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** ** * * *
5347 TTTTTTGCTAATAAAAGATTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAACCGGTT
131 TTTCTTGCCAAT-GAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *** * * * **
5412 -TAAACCAAAAATGTACAAGGCATTCAAAT-TTAAATCAATTTTGAGATTATAACATTATTTAAA
195 CT-AACC-AAAATGTAAAAAAAATTC-AATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
5475 GTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAGATAGG-CTTTTCCTACCAACGAATGCC
257 -TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* *
5539 TTTTTCTTCATGTTTCTCG-AGC
320 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * * *
5561 TAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAGCCAAAAATGTAAATAAATTTGAACTTGAAATCAGTTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
** * * * *
5626 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTTGGAGTAATGGGTGACTATAAATAGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
5691 TTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTAACATTTCGT-AGGGCACATATTCAATTATAATCTAT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * **
5755 TTTAACTAAAAATGT-ATAACAATTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTACA
194 TCTAAC-CAAAATGTAAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-A
** * ** * * **
5818 GCGAGTACTAAGTTTTTTGAAAGAAT-AGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATT
256 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* *
5882 TTTTTCTTCATGTTTCT-GGAGG
320 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * *
5904 TAGGCATTCAATTATAATCTGTT-TAACC-AAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTT-
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *** * *
5966 AGGGTTATAAAACTATTTAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
66 A-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
6031 TTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
6096 CTAACCAAAAAGGT-CAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
195 CTAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-T
* * *
6160 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGACTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CCTT
* * *
6224 TTTATTCACATTTCT-TAAGG
322 TTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * *
6244 TAGAAATTAAATTATAATCTATT-TAAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGT-AAATCAATT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATT
* * ** * * *
6307 TCGACATTATAAAATTATTTAAAGTCAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAATGG
63 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
6372 GCTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
6437 TTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAGCCATTTAAT
193 TTCTAACCAAAATGTA-AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-
* ** *
6501 ATGAGTAATAAGGCTTTTGATA-GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTTG-CAAAAAATGC
256 ATGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATAC
* * * *
6564 CATTTTCTTCACATTT-TAGAAAG
319 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * ** *
6587 CAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAAATAAAATTAATTTTG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * *
6652 AAATTATAAATCCATTTAAAGTGAATTATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGA-TGATAAATGGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGAC
* * *
6716 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCATCATGTTTCT-AAGGGTAAACATTCAATTATAATATGT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * *
6780 TCTAACCAAAATGTAAAAAAAATTTGATCTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATAT
194 TCTAACCAAAATGTAAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AT
* ** * * *
6845 GACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAACGACTCTAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATACCTTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* *
6910 TTCTTCATGTTTC-CCAAGG
323 TTCTTCACGTTTCTCGAAGG
** * * * *
6929 TAGGTATTCAATTAAAATCTGTTCTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTTTG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *
6994 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
7059 TTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTCTGC-CAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTT
131 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
7123 TTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCTATTTAATGT
195 CTAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AT
*
7188 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* *
7252 TTTCTTCACATTTC-CCAAGG
322 TTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * * * *
7272 TTGACATTCAACTATAGTTTGTTCTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * * *
7336 AGATTATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGATTGTAAATGAACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
7401 TTTCTT-CCTAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTGTAATCTGTT
131 TTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
7465 CTAACCAAAAT-CATCAAAAAGTTCAAACTAAAATCAATTATAAAATTATAAAATCATTTAAAGT
195 CTAACCAAAATGTA-AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-T
* * * * * *
7529 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGTCAATGAATGCCTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* *
7593 TTT-TTTACGTTTTTC-AAGG
322 TTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * *
7612 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATT-GACTTAAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * * *
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65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * **
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129 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* ** * * * *
7805 TTTAATAAGAAAAGTAAAAAAAATT-AA-CTTAAAATCAATTTTAAGTTTATAAAACCATTTAAA
194 TCTAACCA-AAATGTAAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
7868 GTGAGTAATAAGACTTTGGAAGGAATCAGTGACTATAAATGAAATTTT-TAGTCAATGAATACCT
257 -TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* *
7932 TTTTCTTCATGTTT-TC-TAGG
321 TTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * ** *
7952 ACAGACATTCAATTACAATCTGCTCTAACCAAAAATGCCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 -TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * * * *
8017 AAGATTATCAAGCCATTTAATGT-AAGTAATAAAG-TTTTGGAAGGAATGGATGACTATAAATGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * ** * * * * * *
8080 TCTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTGTCAAGGTAAACAATAAATTACAATCTG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* *
8145 TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
193 TTCTAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * * * *
8209 TACAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGACAATGAATGCT
256 -ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC
*
8274 TTTTTCTTCATGTTTCTCG-AGG
320 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * ** * *
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1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * *
8361 AAATTATAAAACCATTGAAATTGAAAAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * * *
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131 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTC
* * * * * *
8490 TAACTAAAA-ATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATTTGA
196 TAACCAAAATGTAAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-ATGA
* * ** ***
8554 GTGATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTAACAATGAATATAGTT
260 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* *
8617 TTCTACACG-TTCTCCAAGG
323 TTCTTCACGTTTCTCGAAGG
* * * *
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1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
8684 GCNNNNNNNN
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TTCACGTTTCTCGAAGG
Found at i:7022 original size:513 final size:513
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** * ** *
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* * * * * *
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193 TAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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386 CAATTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-
* * * * * * ** * * * * * *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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** * * * ***
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* * ** *
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* * * * * *
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*
5562 AG
512 AA
* * * * * * *
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1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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194 AAC-AAAAATGTAAAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * **
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** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
*
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* * * * *
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* * * * * **
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193 T-AAC-AAAAATGTAAAAAAAATTTAAACT-AAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
6330 GTCAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCT
254 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATACCT
* * * *
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* * * *
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* * ** * ** ** *
6523 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-GCAAAAAATGCCATTTTCTTCACATTTTAGAAAG
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*
6587 CAA
511 TAA
* * * ** * *
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1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
6655 TTATAAATCCATTTAAAGTGAATTATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGA-TGATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTT
* * *
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* * * * * * *
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195 ACAAAAATGTAAAAAAAATTTAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAG
** * *
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* ** * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * ** * * *
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128 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
7295 CTAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAGTG
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* * * *
7359 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGATTGTAAATGAACTTTTC-TTCCTAATGAATACCTTT
257 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAATACCTTT
* * * * * * *
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321 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAT
** * * * *
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385 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * * ** * * * *
7552 TAGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTTT-TTTACGTTTTTCAAGGTAG
450 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAA
* * *
7615 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATT-GACTTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * *
7679 ATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACATT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
7744 TCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
130 TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTAAG-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCT
* * * * *
7808 AATAAGAAAAGTAAAAAAAA-TT-AACTTAAAATCAATTTTAAGTTTATAAAACCATTTAAAGTG
194 AACAA-AAATGTAAAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
7871 AGTAATAAGACTTTGGAAGGAATCAGTGACTATAAATGAAATTTT-TAGT-CAATGAATACCTTT
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* * * * **
7934 TTCTTCATGTTT-TCTAGGACAGACATTCAATTACAATCTGCTCTAACCAAAAATGCCAAAAAAT
321 TTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * *
7998 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAGCCATTTAATGTAAGTAATAAAG-TTTTGGAAGGA
385 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGA
* * * * *
8062 ATGGATGACTATAAATGGTCTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTGT-CAAGGTA
449 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTA
8126 A
513 A
* * * *
8127 ACAATAAATTACAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
** * * * ** *
8192 ATTATAAAACCATTTAATA-CAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * *
8256 TTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTT
129 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTAAG-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTC
* * * * * * * *
8320 TAATAAAAA-ATATAACAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTGAAATT
193 TAACAAAAATGTA-AAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
** * * * *
8383 GAAAAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTACCAAAGAATACCTTT
256 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATACCTTT
* ** * * * * * * *
8447 CTCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTGAATTCTAATATGTTCTAACTAAAAATAT-AAAAAATT
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* ** *
8511 CAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATTTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAAT
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* * * **** * * * **
8576 GGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTAACAATGAATATAGTTTTCTACACGTTCTCCAAGGTTG
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* * *
8639 ACATTCAATTATCATCTGTTCTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
8684 GCNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (513 bp):
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CAAAAATGTAAAAAAAATTTAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTT
CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAA
Found at i:10664 original size:171 final size:171
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10174 NNNNNNNNNN
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** * * **********
10248 AGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCNNNNNNNNNN
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * *
10313 NNGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAAT
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* * * * * * * **
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* * * * * * ********** *
10420 G-AACTGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGACCCTTTANNNNNNNNNNTTCCTTTAA
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* *
10484 AATCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * *
10526 TGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAGAACAGATGATAATTGAAAGTCTGCTTTGG
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* * * * * *
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** *
10655 AAGCCTTATTACTCAGATTAAGTGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
********** * * * * *
10697 TGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGG
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** ** * *
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66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
10827 AGCCTTATTACTC-CAATTAATTGGCTTTATAATATCGTAAT
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* * * * *
10868 TGATTTT-GGATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAATTGAATATCTGCTTTG
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* * * * *
10931 -GAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCATTCTTTTA
65 AG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
10995 AAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAAA
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * *
11038 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCCTG-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * ** *
11102 GAAAACATGAAGCAAAACATATTAATTGGCAA-AAAAGTGTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAA
66 G-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** ********** *
11166 AAGTTTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * **
11208 TGATTGTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * ** *
11272 AAAACATGAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGTCCATTCCTTTAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* **********
11337 ATCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAAT
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * *
11378 TGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCAACCTTG-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * ********** *
11442 GAAAATATGAGGAAAAAGGTATTCATTGGAAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCATCCATTCCTTCAA
66 G-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * **
11507 AAGCCTTATCACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
11549 TGATTTTATA-TTAAATTTTTTTATAATTTTGGTTAAATCAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-
1 TGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
11612 AGAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCG
65 AG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** *
11677 AAAGCCTTGCTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
11720 TGATTTT-AGATTGTATTTTTTTACATTTTTGATTAGAACATATTATAATTGAATATCTACCTT-
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * * * * * *
11783 AGCAAATGTGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
65 AG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
11848 AAAGTCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCA-AAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
11890 TAATTTTAACTTTGAATATTTTTACATGTTTT-ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTATTTT
1 TGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * ** * *** * *
11954 GAAAAACGTGAAGAAAAA-GTCATTCATTGTTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGGTATACCTTT
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
12018 GAAAGCCTCACTACTTA-TCTTAAACGGCTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
12062 TGATTTTAAGTTCAATTATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ** * *
12127 AGAAAAATGAAGAAAAAGATATTCATTCACAAGAAAAGACCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
12192 AAACCTTATTACTTACATTT-AATGGCTTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * *
12234 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGCTTAGAGCAGATTATAATTGAAAGTCTGCCCT-A
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * *
12298 GAAGATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
66 GAA-ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
12363 ACAGTC-TATTACTCA-TTTAAATAGTTTTTATAATCTCA-AA-
130 A-AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAAT
* * * **
12403 TGATTTTAAGTTAAAAAATTTATGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 TGATTTTAAGTT---GAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * ** * * ** *
12468 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTGTACCTT
62 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
12533 TAAAAGCCATATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
12578 TGATTTTAAATTCAATTTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTATCTC
1 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * *
12642 GAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
12707 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * * *
12750 TGATTTTAGGTTAAACTTTTTGATATTTTTATTTAGAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
12815 GAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
12879 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
12920 TAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAAACTATAATTAAATGTCAACCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** *
12985 GAAACATGACGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCATTCTTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
13050 AGTCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTTATATT
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
13091 TTATTTT-AGATT-AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTG
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
13154 -GCAGACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGA
65 AG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
13218 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
13261 TGATTTT-AGATTGAATTTTTATACAGTTTTGGTTAGAACAGATTTTAATTGAATGTCTATCTT-
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * ** *
13324 AGGAAACATAAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCATTCGTTCA
65 A-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* ** * * *
13389 AAAGTCTTATTGGTCACATTAAATGGCTTTATAATCCCATAA-
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
13431 TAATTTT-AGATTGAATCTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTT
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTT
* *
13494 -AGAAACAT-AATGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATCA-TCTCCCATTCCTT
64 GAGAAACATGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTT
* * * *
13556 CAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGATTTATAATTTCAAAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * * *
13601 TAATTTTATTTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCTTTCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-G
* * *
13666 A-AAACATGAAGAAAACGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
13730 AAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATTTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
13772 TGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
13836 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
13901 AAGCCTTATTACTGACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
13943 T-AATTTACATTTGAATTATTTATACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
1 TGATTTTA-AGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* ** * * *
14007 AAGAAATTTGAAGAAAAA-GTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCCATTCCTTC
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
14071 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** *
14115 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
14180 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATTCCTCCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
14245 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CCCTAAAAT
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAAT
* * *
14286 TGATTTTAAATTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * *
14351 GAAACAGGAAGACAAGAA--TATTCATTGTTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
66 GAAACATGAAGA-AA-AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * **
14414 AGAA-ACTTAGTACTCACTGTAAAAAGTTTTATAATCTCATAAT
129 A-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
14457 TAATTTTAAGTTGAATTGTTATATATTGTCT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * ** * * * * *
14521 AGAAATGTTAAGAAAATGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTGCTCCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
14586 AAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAC
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * *
14628 T-AATTTAAGTTCAAATTTATTTGCATTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTAGCTCG
1 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * * *
14692 AGAAACGTAAAAAAAAAGGTATTCGTTGGTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** * *
14757 AAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATGTTATAATCTCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
14799 TGATTTAAATTTGAATTTTTTGTATATTTTTCGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * **
14864 AGAAACGTGAGGAAAAA-GTCTTTCATTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATTCCTTCA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
14928 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** *
14971 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACGTTTTTGGTTAGAACAGATTATTATTGAAAATTTACCTTG-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
15035 GCAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAAGTCACCCATTCCTTGA
66 G-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
15100 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTGA-GA--TC---AT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** ** * * *
15137 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGGCTATACCTAAATGTTTACCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *** ** * * * * ** *
15202 GGAACATGAAGCAAAACCCAACCATTGGCACGAGAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*** * *
15267 AGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTCATAAAT-TAATAAT
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAAT
** * * * * * * * * *
15308 TCTTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTGCCCTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
15373 AGAAACATGAAGAAAAAAGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * *
15438 AAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGG-TTTATAATGTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
15479 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
15544 GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAGA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
15609 AGCCCTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCAAAAT
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
15650 TTATTTTAAGTTTAAATTTATCAACAGTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
** * ** * * * *
15714 GAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTC-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTT
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGTA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
15778 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
15822 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC-TCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTAACGTCTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* *
15886 GAGAAACATCAAG-AAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
15950 AAAAACCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
15994 TAATTTTAGGTTG-ATTTTTTTGACGTTTTTGGTTAGAATAGATTATAATT-AATTATCTGCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTT
* * *
16057 -AGGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTG
64 GA-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
16120 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAA
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
16164 TGAATTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATTTTAATTGAATGTCTGTCTTG-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
16228 GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGAAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGCTCATTTCTTCA
66 G-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
16292 AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAAAGTTTTTATAATCTCATGAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
16335 TGATTATAAGTTGAATTTTTTTTTCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * * * * **
16400 AGAAATGTCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTGA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
16465 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
16507 TGATTTTAAGTTCAAATTTATCTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCA
1 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * *
16572 AGAAACATGAAGAAAAAGGAATTTC-TTGATAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGTA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
16635 AAAGCCTTGTTACTCACTTGAAATAGTTTTAT-ATCCTAAAAAT
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAAT
* * * * * * * *
16678 TGATTTAAATTTGAATTCTTTATATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
*
16743 AGAAACATGAAGAAAAA-GTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTC
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
16783 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5201, Mismatches: 1099, Indels: 255
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 37 0.01
166 84 0.02
167 2 0.00
168 3 0.00
169 206 0.04
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172 1215 0.23
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175 11 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:12264 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 10184--16782 Score: 5610
Period size: 514 Copynumber: 12.9 Consensus size: 509
10174 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10184 TGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAGAGCAGATTACAATTGAATGTCTACCCTG
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTT
** * * * **********
10248 AGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCNNNNNNNNNN
64 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * * * * * *
10313 NNGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTA
* * * * * * * *
10378 CATTTTTGTTTAAAATAGATTAAAATTGAATGTATA-CATCAAGAACTGTGAAGAAAAAAGCATT
194 CATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC-ATGAAG-AAAAAGTATT
* * * ********** * *
10442 CATTGGTAAGAAAAGACCCTTTANNNNNNNNNNTTCCTTTAAAATCCTTATTACTCACTTGAAAT
256 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
10507 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTCT-AGTTAGAACAGATGA
321 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
10571 TAATTGAAAGTCTGCTTTGGGAAACGT-ATAGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTT
385 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* **
10635 ATAGTCA-TCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGATTAAGTGGTTTTATAATCTCATAAT
449 ATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-TGGTTTTATAATCTCATAAT
********** * * * *
10697 TGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
** * ** * *
10762 GAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * * *
10827 AGCCTTATTACTC-CAATTAATTGGCTTTATAATATCGTAATTGATTTT-GGATTGAATTTTTTT
130 AGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATATTTTT
* * * *
10890 ACATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAATTGAATATCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATT
193 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG-TATT
* * * * *
10954 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACATTAAAT
256 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
11019 GGCTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAGAACAGATTA
321 GGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTA
* * * ** * ** *
11083 TAATTGAATGTCTGCCCTG-GAAAACATGAAGCAAAACATATTAATTGGCAA-AAAAGTGTAATT
385 TAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** ********* * *
11146 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
449 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * *
11208 TGATTGTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TA
* * * * * ** *
11272 AAAACATGAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGTCCATTCCTTTAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ********** * * * * *
11337 ATCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
* * * * * * *
11402 ATTTTTAATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGAAAATATGAGGAAAAAGGTATTCA
195 ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GTATTCA
* ********** * * * * *
11467 TTGGAAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACATTAAATGA
258 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * *
11532 CTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTAAATTTTTTTATAATTTTGGTTAAATCAAATTATA
323 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATA
* * *
11596 ATTGAATGTCTACCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
387 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** *
11660 AGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTGCTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
451 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
11720 TGATTTT-AGATTGTATTTTTTTACATTTTTGATTAGAACATATTATAATTGAATATCTACCTTA
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * * * * *
11784 GCAAATGTGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
65 G-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
11849 AAGTCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAATTTTAACTTTGAATATTTTT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-GTTGAATATTTTT
* * ** *
11913 ACATGTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTATTTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
193 ACAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGT-ATT
** * *** * * * * *
11978 CATTGTTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGGTATACCTTTGAAAGCCTCACTACTTA-TCTTAAA
256 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAA
* * * *
12042 CGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
320 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATT
* * * ** *
12107 ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGATATTCATTCACAAGAAAAGACCATTT
384 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
12172 ATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACATTTAATGGCTTTATAATCTCATAAT
449 ATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
12234 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGCTTAGAGCAGATTATAATTGAAAGTCTGCCCTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
** * *
12299 AAGATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
66 AA-ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
12364 CAGTC-TATTACTCA-TTTAAATAGTTTTTATAATCTCA-AA-TGATTTTAAGTTAAAAAATTTA
130 -AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAATA-TT-
* * * *
12425 TGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
190 T-TTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAG
* * * ** * * *
12489 ACATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTGTACCTTTAAAAGCCATATTACTCATTT
252 -TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
12554 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTTACATTTTGATTAAAACA
316 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACA
* * * * * *
12619 GATTATAATTGAATATTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
380 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
12684 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
445 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAA
12749 T
509 T
* * * * ** * * *
12750 TGATTTTAGGTTAAACTTTTTGATATTTTTATTTAGAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * * * *
12815 GAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
12879 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTA
* * * * * ** *
12943 CATTTTTTGTTAGAACAAACTATAATTAAATGTCAACCTTGGGAAACATGACGAAAAAGGTATTC
194 CA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GTATTC
* ** * *
13008 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCATT-CTTTCAAAAGTCTTATTACTCACATTAAAT
257 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
13072 GGCTTTATAATCTTATATTTTATTTT-AGATT-AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTA
321 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTA
* * * * *
13135 TAATTAAATGTCTGCCTTG-GCAGACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTT
385 TAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
13199 ATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
449 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
13261 TGATTTT-AGATTGAATTTTTATACAGTTTTGGTTAGAACAGATTTTAATTGAATGTCTATCTTA
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * ** *
13325 GGAAACAT-AAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCATTCGTTCA
65 -GAAACATGAAGAAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* ** * * * *
13389 AAAGTCTTATTGGTCACATTAAATGGCTTTATAATCCCATAA-TAATTTT-AGATTGAATCTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATATTTT
* * *
13452 TACATTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTT-AGAAACAT-AATGAAAAAGGTA
192 TACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAAAAACATGAA-GAAAAA-GTA
* * * *
13515 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATCA-TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTA
254 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * ** * *
13579 AATGGATTTATAATTTCAAAATTAATTTTATTTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGAT
318 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * * *
13644 TGTAATTGAATGTCTGCTTTCTA-AAACATGAAGAAAACGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
383 TATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
13708 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATTTCATAAT
447 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
13772 TGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-
* * * *
13836 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
13901 AAGCCTTATTACTGACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAA-TTTACATTTGAATTATTTA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAA-TATTTT
* * ** *
13965 TACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAATTTGAAGAAAAAGTCT
192 TACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGT-A
* * * *
14029 TTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
254 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** * * ** * *
14094 ATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAGATT
319 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATT
* ** *
14159 ATAATTGAATATCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
384 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
14224 ATGGTCACTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CCCTAAAAT
449 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTC-ATAAT
* * * *
14286 TGATTTTAAATTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * ** * *
14351 GAAACAGGAAGACAAGAA-TATTCATTGTTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
65 GAAACATGAAGA-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * ** *
14415 GAA-ACTTAGTACTCACTGTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TGTTA
129 -AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATAT-TTT
* * * * * ** * * *
14478 TATATTGTCTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTTAAGAAAATGACAT
192 TACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG-TAT
* * * * ** *
14543 TTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTGCTCCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAA
255 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * ** **
14608 TAGTTTTATAATCTCAAAACT-AATTTAAGTTCAAATTTATTTGCATTTTT-AGTTAAAATGGAT
320 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGAT
* * * * * * * * *
14671 TATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTAAAAAAAAAGGTATTCGTTGGTAGGAAAAGCCCATT
383 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
14736 TATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATGTTATAATCTCAAAAT
448 TATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
14799 TGATTTAAATTTGAATTTTTTGTATATTTTTCGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-T
* * * * * **
14864 AGAAACGTG-AGGAAAAAGTCTTTCATTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATTCCTTCA
64 AGAAACATGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
14928 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTT
* * * ** * ** *
14992 GACGTTTTTGGTTAGAACAGATTATTATTGAAAATTTACCTTGGCAAACGTGAAGAAAAAGGTAT
193 -ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GTAT
* * * *
15057 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCATTTTAA
255 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * **
15122 ATAGTTTGA-GA--TC---ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAGAGGC
319 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGAT
** * * * * * *** ** * *
15180 TATACCTAAATGTTTACCTTGGGGAACATGAAGCAAAACCCAACCATTGGCACGAGAAGTCCATT
383 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * *** * *
15245 TATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTCATAAAT-TAATAAT
448 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTAT-AATCTCATAAT
** * * * * * * * * *
15308 TCTTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTGTGCCCTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTT
* * *
15373 AGAAACATGAAGAAAAAAGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATCAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * *
15438 AAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGG-TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTT-TT
* * * * *
15501 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
193 ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GTATT
* * * * * *
15566 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAGAAGCCCTATTGCTCACTTTAAAT
256 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * ** *
15631 GGTTTTAGAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAAATTTATCAACAGTTTTTG-TTAAAACAGATT
321 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATT
* ** * ** *
15695 ATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTC-TTGATAAGAAAAGCCCATT
384 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
15759 TATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAAAT
448 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
15822 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACT-CTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTAACGTCTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * *
15886 GAGAAACATCAAG-AAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
64 -AGAAACATGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
15950 AAAAACCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTG-ATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTT
* * * * * * * *
16014 TGACGTTTTTGGTTAGAATAGATTATAATT-AATTATCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAGGT
192 T-ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGT
* * *
16077 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
253 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
16142 AATGGTTTTATAATCTCAAAAATGAATTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAGAACAGA
318 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGA
* ** * *
16206 TTTTAATTGAATGTCTGTCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGAAAGAAAAG-CCT
382 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
* * * * * * *
16269 ATTTATAGTCGCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAAAGTTTTTATAATCTCATGA
445 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAATGGTTTTATAATCTCATAA
16334 T
509 T
* * * * *
16335 TGATTATAAGTTGAATTTTTTTTTCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-
** * * * * * * **
16400 AGAAATGTCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTGA
64 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
16465 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTATC
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTT-T-
* * * * *
16529 TAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAA
192 TACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAA-GTA
** * * * *
16593 TTTC-TTGATAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTGA
254 -TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
16656 AATAGTTTTAT-ATCCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATATATTTTT-AGTTCAAACA
318 AATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAACA
* * *
16719 GATTATAATGGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTC
380 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
16783 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4919, Mismatches: 1005, Indels: 321
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 40 0.01
508 111 0.02
509 226 0.05
510 309 0.06
511 789 0.16
512 323 0.07
513 1139 0.23
514 1327 0.27
515 249 0.05
516 381 0.08
517 25 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACA
TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:17259 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16965--17423 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
16955 NNNNNNNNGG
* * * *
16965 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
*** * *
17030 TTGAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAACAGTCCATTTATAG
66 TTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAG
* * * * * *
17095 TCATCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATA-C
131 TCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCG-CTGAAAAAGC
* * *
17136 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAACACGGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
17201 TTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGA
66 TTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG-TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGA
* *
17265 GTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGAAAAAGG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGAAAAAGC
* * *
17307 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * ** * * *
17372 TTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
66 TTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAA
17424 TTTTTAGTTA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 42, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.05
171 224 0.92
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAG
TCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGAAAAAGC
Found at i:17471 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 17348--17498 Score: 266
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 75
17338 ATTTTGTTAC
17348 ATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
17413 TTGACAAGAA
66 TTGACAAGAA
* * *
17423 ATTTTTAGTTATAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
*
17488 TTGGCAAGAA
66 TTGACAAGAA
17498 A
1 A
17499 AGTCGATTTA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 72 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (75 bp):
ATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
TTGACAAGAA
Found at i:17719 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17423--18060 Score: 696
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
17413 TTGACAAGAA
* * ** * * *
17423 ATTTTTAGTTATAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
* * * * * * *
17488 TTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAATGCTTTATTGCTCACTTTAAATGG
66 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
*
17553 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTATTTAC
131 TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAGCTTAAATTT-TTTAC
* * *
17595 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-GTCTGAGAAAC-TGAAGAAAATGACATTT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * * * *
17658 GTTAGTAGGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-
65 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* ** * *
17722 AATTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTTAATTCTTTGCAC
130 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAGCTTAAATT-TTT-TAC
* * * * * *
17765 ATATTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACTTTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
* * * * * *
17830 TT-GCAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGC
66 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
17894 TTTTATAATCTCATAATTGATTT-AGGTTGAATTTTTTGAC
131 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAGCTTAAATTTTTT-AC
* * * * * * *
17934 GTTTTT-GATTAGAACAGATTATAATTGAATATATACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* *
17998 ATTAGGAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAT
65 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 70, Indels: 21
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 119 0.31
170 121 0.31
171 106 0.27
172 40 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAGCTTAAATTTTTTAC
Found at i:17786 original size:417 final size:415
Alignment explanation
Indices: 17007--17792 Score: 961
Period size: 417 Copynumber: 1.9 Consensus size: 415
16997 TTTTTTTACG
* * * * * * *
17007 TTTTTAGTTAAAACAGATTATTATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAACATCAAAAAAAAGGCATTCAT
* * * **
17072 TGACAAGAACAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATACT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACT
* * ** * *
17137 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAACACGGATTATAAT
131 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
17202 TGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
196 TGAATGTTAGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
* * ** *
17267 CACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGAAAAAGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTA
261 CACCCATTCGTTCAAAAACCTTATTACTCACTGAAAAA-G-TTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* *
17332 AGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTC
324 AGTTGAATTTTGTCACATATTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTC
17397 AAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
389 AAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
* * **
17424 TTTTTAGTTATAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAATGTCAAAAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAACATCAAAAAAAAGGCATTCAT
* * * * * * **
17489 TGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAATGCTTTATTGCTCACTTTAAATGGT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACT
17554 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTAT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
131 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAAATTT-TCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
17618 ATTGAATGTCTAGTCT-GAGAAAC-TGAAGAAAATGACATTTGTTAGTAGGAAAAGTCCGTTTAT
194 ATTGAATGT-TAGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTAG
* *
17681 AGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA-TTTATAATCTCAAAATTGATT
258 AGTCACCCATTCGTTCAAAAACCTTATTACTCAC-TGAAA-AAGTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
17745 TAAATTTTAATTCTT-TGCACATATTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
321 TAAAGTTGAATT-TTGT-CACATATTTAGTGAAAACAGATTATAATTGA
17793 GTGTTTACCT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 55, Indels: 14
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
416 29 0.09
417 221 0.72
418 50 0.16
419 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (415 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAACATCAAAAAAAAGGCATTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTAGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAGGACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
CACCCATTCGTTCAAAAACCTTATTACTCACTGAAAAAGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAG
TTGAATTTTGTCACATATTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTCAA
AAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
Done.