Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399110.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2386.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5407
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.08, T:0.28
Warning! 1511 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1811 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1488--1821 Score: 380
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
1478 NNNNNNNNNN
* *
1488 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA
* *
1553 AAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTTAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAA
********** *
1618 TCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTGG
* * *********
1659 TTAAAACGGACTATAATTGACTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCNNNNNNNNN
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA
* * * * *
1724 NAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAT
66 AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAA
*
1789 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTAC
131 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTGTTTAC
1822 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 32, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 131 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA
AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTGG
Found at i:3027 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2539--4482 Score: 1102
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
2529 NNNNNNNNNA
* * * *
2539 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCTAAAGCGTTATT
1 AGAAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ********** *
2604 ACTTG-CTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTCTTCA
66 AC-TGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTA
* * * * **
2668 -TTAAAACAGACTATAATTGAATATTTGCCT-TTGAAA-ATG
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * ********** * * *
2707 TGCAAAAAAAGTCATTCA-TTGAGAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACTCATTTCTTCAAAAGCTT
1 AG--AAAAAAG-CATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
2771 TATTACTCG-CTTTAAATGGTTTGATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTT
62 TATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
********** * *
2835 NNNNNNNNNNCAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG
126 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * *
2880 ATGAAAAAAGCATTCATTTGCAAGAGAAGTCCATTTATAATCTCTTATTCTTTCAAAAGCC-TAG
1 A-GAAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-
* * * * * ** * *
2944 TTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTAAACATTATTG
64 TTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * ***********
3009 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTNNNNNNNNNNNN
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATG
*************** * ** * *
3052 NNNNNNNNNNNNNNNTTAGCTAA-AAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAAAGCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
3116 TAGTCATTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTTTAA
65 TACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTA
* * * * **
3181 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGACATTTAG
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-G
* * * *
3224 AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAT-TCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
3288 TACTCG-CTTTAAATAGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTC
65 TACT-GACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-
* * *
3352 A-TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGATACATG
128 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * * * *
3394 TAG-AAAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAAGTCCTTTTATAATCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTT
1 -AGAAAAAAG-CATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
3458 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTA
64 TTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
** * * * * * *
3523 GTTAAAA-AGGCTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATG
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
** * * ** ** *
3564 AG-CGAAAGCCATCCA-TTGGAATGAAAAGTTTATTTATAGTCAT-TCAAGCCTTCGAAAGCCTT
1 AGAAAAAAG-CATTCATTTGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
3626 ATTACATG-CTTTAAATAGTTTTATAAACTCGTAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTACATTTT
63 ATTAC-TGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
3690 TAATTAAAACATATTATATTTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTG
127 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TG
* * * * * *
3734 AAGAAAAAAGTATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCATA
1 -AGAAAAAAGCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
3798 TTACTCG-CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
64 TTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * **
3862 GGTTAGAGCAGATTATAATCGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
128 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * *
3905 AAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAAGCCTTAT
1 -AGAAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
3970 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATGTTTTACATTTTTGG
65 TACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* ** * * * *
4035 TTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
130 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * ** * * * **
4076 A-AGTAAAAGCCGA-CCA-CCG-ACACGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAAGCCTTCAAACA-C
1 AGA-AAAAAG-C-ATTCATTTGTA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA-AGC
* * * * * * *
4136 CTTATTACTTG-CTTTAAATGATTTTATGAGCTAATAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTTATAT
60 CTTATTAC-TGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * **
4200 TTGTT-GTTAAAACAGACTATGACTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATG
124 TT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * * * * *
4247 AAGAAAAAATGTATTCA-TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTA
1 -AGAAAAAA-GCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * **
4311 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTCTATCTTTTTTACATTTTT
64 TTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT
* * * * * *
4376 AGTTAAAGCAGACTATATTTAAATGTTTACCTCATGAAACATG
128 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * * * * *
4419 AAGAAAAAGGTAATT-ATTGGTAAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 -AGAAAAAAG-CATTCATTTGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
4483 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1337, Mismatches: 380, Indels: 113
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 104 0.08
170 79 0.06
171 892 0.67
172 212 0.16
173 43 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
Found at i:3840 original size:511 final size:505
Alignment explanation
Indices: 3075--4482 Score: 1539
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 505
3065 NNTTAGCTAA
* ** *
3075 AAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCAT--TTTAAATGGTTGTAT
1 AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTA--CATGCTTTAAAT-GTTTTAT
* *
3138 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGA
62 AAACTCATAATTGATTTTA-GTT-AAATTTTTTTACATTTTTAA-TTAAAACATATTAT-ATTGA
* * * * * * * *
3202 ATGTCTACCTTATGACATTTAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAT
123 ATGTCTACCTGA-GAAAATGA-AGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
3267 TCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTATCATAATTGATTTTAAGT
186 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGT
* ** * *
3332 TGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGATACATGTAG
250 TGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAG
* * * * *
3397 AAAAAGCCATTCATTAGG-AAAAAAAGTCCTTTTATAATCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTTTTA
314 AAAAAGCAATTCATT-GGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
3461 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTAGT
378 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATATTTAGT
* * ** *
3525 T-AAAAAGGCTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATG-AGCGAAAGCC-ATCCATTGGA-AT
442 TAAAAAAGGCTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCGA-CCA-CCGACAC
3586 G
505 G
*
3587 AAAAGTTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACATGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* *
3652 ACTCGTAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATGT
64 ACTCATAATTGA-TTTTAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATA-TTGAATGT
* *
3717 CTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCAT
127 CTACCT-GAGAAAA-TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
3782 TCCTTCAAAACCCATATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
190 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
3847 TTTTTTTATATTTTTGGTTAGAGCAGATTATAATCGAATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAA
254 TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAA
** * * *
3911 AAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCA
317 AAGCAATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
3976 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAA
382 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATATTTAGTTAAAA
* *
4041 AAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCGACCACCGACACG
447 AAGGCTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCGACCACCGACACG
* * * * *
4100 AAAAGTCTATATATAGTCACTCAAGCCTTCAAACACCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATGA
1 AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA-GCCTTATTACATGCTTTAAATG-TTTTATAA
* * ** * * * * * * *
4165 GCTAATAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAACAGACTATGACTGAAAG
64 ACTCATAATTGA-TTTTAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTAATTAAAACATATTAT-ATTGAATG
* *
4229 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATGTATTCA-TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
126 TCTACC-TGAGAAA-ATGAAGAAAAAA-GTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
4293 ATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTC
188 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
4358 TATCTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATATTTAAATGTTTACCTC-ATGAAACATGAAG
252 AAT-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACATGAAG
* * *
4422 AAAAAGGTAATT-ATTGGTAAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
314 AAAAA-GCAATTCATTGGT-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
4483 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 112, Indels: 55
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 295 0.39
512 118 0.16
513 221 0.29
514 72 0.10
515 41 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGTTTTATAAAC
TCATAATTGATTTTAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTGAATGTCTAC
CTGAGAAAATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTC
ATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATATTTAGTTAAAAAAGGCTATA
ACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCGACCACCGACACG
Done.