Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399111.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2387.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10352
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.11, T:0.29
Warning! 2106 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:630 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3--2280 Score: 1877
Period size: 343 Copynumber: 6.6 Consensus size: 341
1 GA
* * ** * * **
3 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTTAATGATTTTGTAATGC-CGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTATAAT-CTCAAAAT
* * * * *
67 TGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTGCCTTG
64 TGATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * * * *
131 AAAAACATGCAGGAAAAAGTATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTATTACTTCAA
129 AGAAACATG-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * * * * *
196 AGGCC-TAATGAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTCTTT
193 AAGCCAT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
260 A-GTTTTCTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCC-CTAAAAATATAAAGAAAAGAGCA
257 ACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCTAAAAACATAAAGAAAAGAGCA
** *
323 TTCATTCACAAGAGAAGTCCAT
320 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
345 TTATAGTCACCCACTTGC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATAATCTCAAAAT
*
409 TGATTTAAATTTGAATTCTTTTCT-CATTTTTGGCTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTT
64 TGATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGG-TAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
* ** *
473 GAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGTCACCCATGCCTTCA
128 GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
538 AAAGCCATATTATTCATTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTGTAAGTTGAATTTTTTT
192 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * *
603 ACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCT-TGGGAAACGTATAGAAAA-AGTCA
257 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACATAAAGAAAAGAG-CA
666 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
320 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * * * *
688 TTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATAAT-CTCAAAAT
* * * * * * * *
752 AGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATCTTTGGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTCT
64 TGATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCT-T
* * *
817 -AGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGA-CCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
128 GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
880 AAAAGCCTTATTGCTCACATTAAATTGTTTTCTAATCTCA-AATTTG-TTTTAAATTTG-ATTTC
191 AAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTT-AAGTTGAATTT-
* * * ** *
942 ATTGTACATTTTTTGTTAAAATAGGGTAGAATTGAATGTCTACCTTGACAATCATGAAGAAAAAT
253 -TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-C----C--TC-T----AAAAA-
** * *
1007 GCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCAT
304 -CA--TA-----AAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1053 TTATAGTCAGCCATTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTATAATCTCAAAATT
* *
1118 GATTTAAATTTGAATTCTTATC-ACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTG
65 GATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGG-TAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* ** *
1182 AGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGTCACCCATGCCTTCAA
129 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1247 AAGCCGTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCT
193 AAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *** * *
1311 ATATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGAAACGTATAGAAAA-AGGCAT
257 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATAAAGAAAAGA-GCAT
* * * *
1375 TAATTGGCAACAAAAATCTAT
321 TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
1396 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCAATTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAA
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGA--TTTATAATCTCAAAA
* * * * * * *
1459 TTGATTTAAGTTTGAATTC-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAACTGGAATTGAATATGTACCT
63 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTT-GGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * **
1523 TGAGAAACATGAAGAAAACAACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGCCGCCCAAACCTTC
127 TGAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
1588 AAAAG-CATTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
191 AAAAGCCA-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TT
* * *
1651 TTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACATAAAGAAAA-A
252 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATAAAGAAAAGA
* *
1714 GGCATTCATTGGCAATAAAAGCCCAT
317 -GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
1740 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTCTAATCTCAAATTT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * * *
1805 GGTTTAAATTTGACTTC--ATCGTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATAATTGATTATCTACCTT
65 GATTTAAATTTGAATTCTTTTC-TACA-TTTTTGGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
1868 GACAATCATGAAGGAAAATGCATTTATTGCCAA-AAAAAGT-CAGTTTATAGTCACCCATTCCTT
128 GAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCA-TTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * * * * * *
1931 CGAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT
190 CAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * * * * *
1996 TGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCACTAGAAACA-AGAGAAAAAAGC
254 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATAAAGAAAAGAGC
2060 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
319 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *** * * * * **
2083 TTATAGTAACCCATACCTTCAAAAATATTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTGTACTGCT-GTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTATAAT-CTCAAAAT
* * * * * *
2147 TGATTTTAAGTTT-AATT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGACTAGAATTTAATCTCTAGCTT
64 TGA-TTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * *
2210 GAGAAACATGAAAGAAAAAGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTACTTCA
128 GAGAAACATG-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
2275 AAAGCC
192 AAAGCC
2281 TAATTAATTA
Statistics
Matches: 1548, Mismatches: 307, Indels: 162
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 176 0.11
343 723 0.47
344 334 0.22
345 29 0.02
348 2 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
352 3 0.00
353 1 0.00
356 4 0.00
357 2 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 2 0.00
363 1 0.00
364 44 0.03
365 210 0.14
366 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTATAATCTCAAAATTG
ATTTAAATTTGAATTCTTTTCTACATTTTTGGTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
AAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:672 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3--2286 Score: 1597
Period size: 172 Copynumber: 13.2 Consensus size: 169
1 GA
* * ** * * *
3 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTTAATGATTTTGTAATGC-CGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAAT
* *
67 TGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTGCCTTG
65 TGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
131 AAAAACATGCAGGAAAAAGT-ATTCATTGGCTAGAAAAGTCTAT
128 AGAAACAT--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * * * *
174 TTATAGTCAACTATTACTTCAAAGGCCTAATGAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTGAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
239 GATTTTAAGTTCAAATTCTTTA-GTTTTCTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCCCT-
66 GA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-CCTTG
* * ** *
302 AAAAATATAAAGAAAAGAG-CATTCATTCACAAGAGAAGTCCAT
128 AGAAACAT-AAGAAAA-AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
345 TTATAGTCACCCACTTGC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
* * * *
409 TGATTTAAATTTGAATTCTTTTCT-CATTTTTGGCTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTT
65 TGATTT-AAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
* *
473 GAGAATCATGAAGAAAAA-TGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAT
127 GAGAAACAT-AAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * * *
517 TTACGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCATTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* * * * *
582 TATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTTGGG
66 GATT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
647 AAACGTATAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
130 AAACATA-AGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * *
688 TTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAAT
* * * *
752 AGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATCTTTGGTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTC
65 TGA-TTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCT-
* * * *
816 T-AGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGACCAT
126 TGAGAAACAT-AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
860 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACATTAAATTGTTTTCTAATCTCA-AATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-T
* * * * * **
924 TGTTTTAAATTTG-ATTTCATTGTACATTTTTTGTTAAAATAGGGTAGAATTGAATGTCTACCTT
65 TGATTT-AAGTTGAATTT--TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
988 GACAATCATGAAGAAAAA-TGCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCAT
127 GAGAAACAT-AAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *** * * * * * ** * * * **
1032 TTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
1 TTATAGTC-A-CCCATTCC-TTCA-A--AAGCC-TTATTAC-TCA--CTT-TAAAT-GGTTT-TG
* * * * * * * * * *
1097 TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATCACATTTTTGGATAAAACAGACT
53 TAATCTCATAAT-T--GATTTAAGTTGAA-TT---TT-TT-T-ACATTTTTAGTTAAAACAGACT
* * *
1162 AGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAA-TGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAT
108 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * *
1225 TTACGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAAT
* * * * * * * * *
1289 TTATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGG
65 TGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *
1354 GAAACGTATAGAAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCTAT
129 GAAACATA-AGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * *
1396 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
* * * * *
1460 TGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAACTGGAATTGAATATGTACCTTG
65 TGATTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
1525 AGAAACATGAAGAAAACA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAC
128 AGAAACAT-AAGAAAA-AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * *
1568 TTATAGCCGCCCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAAT
* * *
1632 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
65 TGA-TTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCT-
* * *
1696 T-AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGCCCAT
126 TGAGAAACAT-AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
1740 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTCTAATCTCA-AATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-T
* * * * ** * * * * * *
1804 TGGTTTAAATTTGACTTCATCGTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATAATTGATTATCTACCTTG
65 TGATTT-AAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
1869 ACAATCATGAAGGAAAA-TGCATTTATTGCCAAAAAAAGT-CAGT
128 AGAAACAT-AAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-T
* * * * * * *
1912 TTATAGTCACCCATTCCTTCGAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* * * * *
1977 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCACT-
66 GATTT-AAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TTG
2041 AGAAACA-AGAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
128 AGAAACATA-AG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *** * * * * *
2083 TTATAGTAACCCATACCTTCAAAAATATTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTGTACTGCT-GTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAAT
* * * * *
2147 TGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTAGAATTTAATCTCTAGCTTG
65 TGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
2211 AGAAACATGAAAGAAAAAGT-ATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTAT
128 AGAAACAT--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
2254 TTATAGTCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTA
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
2287 ATTACTTTNN
Statistics
Matches: 1639, Mismatches: 376, Indels: 196
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.00
170 62 0.04
171 610 0.37
172 726 0.44
173 56 0.03
174 8 0.00
175 3 0.00
176 1 0.00
177 3 0.00
178 11 0.01
179 6 0.00
180 9 0.01
181 4 0.00
182 5 0.00
183 6 0.00
184 4 0.00
185 6 0.00
186 6 0.00
187 8 0.00
188 3 0.00
189 3 0.00
190 4 0.00
191 4 0.00
192 3 0.00
193 80 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACATAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:1024 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 998--1056 Score: 100
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
988 GACAATCATG
* *
998 AAGAAAAATGCATTTATTGCC
1 AAGAAAAGTCCATTTATTGCC
1019 AAGAAAAGTCCATTTATTGCC
1 AAGAAAAGTCCATTTATTGCC
1040 AAGAAAAGTCCATTTAT
1 AAGAAAAGTCCATTTAT
1057 AGTCAGCCAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 36 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATTGCC
Found at i:1171 original size:193 final size:193
Alignment explanation
Indices: 826--1227 Score: 529
Period size: 193 Copynumber: 2.1 Consensus size: 193
816 TAGAAACTTA
** * * *
826 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAATCCATTTATTGCCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
891 TGCTCACATTAAATTGTTTTCTAATCTCAAATTTGTTTTAAATTTGATTTCATTGTACATTTTTT
66 TACTCACATTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCATTATACATTTTTG
* * ** *
956 GTTAAAATAGGGTAGAATTGAATGTCTACCTTGACAATCATGAAGAAAAATGCATTTATTGCC
131 GATAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGACAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCC
* * * * *
1019 AAGAAAAGTCCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATTCTTTCAAGAGCCTTAT
1 AAGAAAAATCCATTTATTGCCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
**
1084 TACTCAGTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTATCACATTTT
66 TACTCACATTAAATTG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCATTAT-ACATTTT
* * *
1147 TGGATAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGC
129 TGGATAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGACAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCC
1212 AAGAAAAATCCATTTA
1 AAGAAAAATCCATTTA
1228 CGGTCACCCA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 28, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
192 5 0.03
193 174 0.97
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (193 bp):
AAGAAAAATCCATTTATTGCCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACATTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCATTATACATTTTTG
GATAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGACAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCC
Found at i:1685 original size:708 final size:707
Alignment explanation
Indices: 331--2248 Score: 1923
Period size: 708 Copynumber: 2.7 Consensus size: 707
321 CATTCATTCA
*
331 CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTGCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTT-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTT
* * *
396 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTCTCATTTTTGGCTAAAACAGACTAGGATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATCACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGATTG
461 AATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGTCA
130 AATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGTCA
* *
526 CCCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCATTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTGTAAG
195 CCCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTGTAAG
* * *
591 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTTGGGAAACGTATA
260 TTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGAAACGTATA
* * * *
656 GAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATTATTA
325 GAAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATTATTA
** * * * * * *
721 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATCTTTGG
390 CTCAATTTAAATAGTTTTATAATGCCAAAATAGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTACATCTTTAG
* * * * * *
786 TTAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATA
455 TTAAACAAACTAGAATTGAATATGTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * ** * * * *
851 AAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACATTAAATTGTTTTCTAAT
520 AAAGACCACTTATAGCCACCCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCACATTAAATGGTTTTCTAAT
* * **
916 CTCAAATTTGTTTTAAATTTGATTTCATTGTACATTTTTTGTTAAAATAGGGTAGAATTGAATGT
585 CTCAAATTTGTTTTAAAGTTGATTTCATTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
* * * *
981 CTACCT-T-GACAATCATGAAGAAAAATGCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATTGC
650 CTACCTCTAGA-AA-CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATTGC
* * *
1039 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCA-TTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT-GATT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTC--TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-T
1102 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATCACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGAT
63 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATCACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGAT
1167 TGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGT
128 TGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGT
* * *
1232 CACCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTA
193 CACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTGTA
*
1297 AGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGAAACGTA
258 AGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGAAACGTA
* * ** * *
1362 TAGAAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCA
323 TAGAAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATT-A
* * *
1427 -TACTCAATTTAAATATTTTTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAA-TTCTTTGTACATT
387 TTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATGC-CAAAATAGATTTTAAG-TTGAATTTCTTTGTACATC
* *
1488 TTTAGTTAAAACAAACTGGAATTGAATATGTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAACA-ACATTCAT
450 TTTAGTT-AAACAAACTAGAATTGAATATGTACCTCT-AGAAACATAAAGAAAA-AGACATTCAT
** * * *
1551 TGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGCCGCCCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATGGT
512 TGGCAAGAAAAGACCACTTATAGCCACCCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCACATTAAATGGT
* * ** *
1616 TTTGTAATGC-CGTAA-TTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGACT
577 TTTCTAAT-CTC-AAATTTG-TTTTAAAGTTG-ATTTCATTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
* *
1677 ATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT-----G----G--CA---
638 AGAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTT
1728 A-T--
703 ATTGC
* * *
1730 ----AAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTT-C-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATT
* * * * * * * * **
1790 TCTAATCTCAAATTTGGTTTAAATTTGACTTC--ATCGTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATAA
64 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATC--ACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGA
* * * * * * *
1853 TTGATTATCTACCTTGACAATCATGAAGGAAAATGCATTTATTGCCAA-AAAAAGT-CAGTTTAT
127 TTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCA-TTTAC
* * * * * * * * * * * *
1916 AGTCACCCATTCCTTCGAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAAT-CTTAAAATTGAT
190 GGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTTAT
* * * * * * * * * **
1980 T-TAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCACTAGA
254 TGT-AAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGA
* * * * * * * * * *
2044 AAC-AAGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAA
317 AACGTATAGAAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAG
* * ** * * *** * * *
2108 TATTGTTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTACTGCTGTAATTGATTTTAAGTTTAATTT-TTTTTA
382 CATTATTACTCAATTTAAATAG-TTTTATAATGCCAAAATAGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTA
* * * * * * * *
2171 CATTTTTGGTTAAACAGACTAGAATTTAATCTCTAGCT-TGAGAAACATGAAAGAAAAAG-TATT
446 CATCTTTAGTTAAACAAACTAGAATTGAATATGTACCTCT-AGAAACAT-AAAGAAAAAGACATT
* *
2234 CGTTGGTAAGAAAAG
509 CATTGGCAAGAAAAG
2249 TCTATTTATA
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 152, Indels: 84
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
685 3 0.00
686 57 0.06
687 308 0.30
688 55 0.05
693 1 0.00
694 1 0.00
697 2 0.00
699 1 0.00
703 1 0.00
706 1 0.00
707 28 0.03
708 536 0.52
709 31 0.03
710 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (707 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTA
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTATCACATTTTTGGATAAAACAGACTAGGATTGA
ATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACGGTCAC
CCATGCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTGTAAGT
TGAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCAACCTCGGGAAACGTATAG
AAAAAGGCATTAATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAACCCTCAAAAGCATTATTAC
TCAATTTAAATAGTTTTATAATGCCAAAATAGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTACATCTTTAGT
TAAACAAACTAGAATTGAATATGTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
AAGACCACTTATAGCCACCCAAACCTTCAAAAGCATTACTACTCACATTAAATGGTTTTCTAATC
TCAAATTTGTTTTAAAGTTGATTTCATTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
TACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATTGC
Found at i:2802 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2398--3946 Score: 1260
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 169
2388 NNNNNNNTTA
* * * * * ** *
2398 AACTAAAAATATAGAA-AAATTCAACTTAAAATAAATTATG-GCATTACAAAAGTATTTAAAGCG
1 AACTAAAAATGTA-AAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
2461 AATAATACGACTTTCGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
64 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
** ** ** *
2526 TCTTCATGAGTCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTT
128 TCTTCATGTTTCT-TGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* *
2569 AACTAAAAATGTGCAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
1 AACTAAAAATGT--AAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * * *
2633 AGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGGCTATAAATGCACTTCTGTTGCTAATGAATGCTCCTT
64 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTT
* * * *
2698 TCTTTATGTTTCTTGGGATAGACGTTCAATTATAATATGTTTT
128 TCTTCATGTTTCTTGGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
2741 AACTAGAAAA-CTAAAGAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTAA
1 AACTA-AAAATGTAAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * *
2805 TTAATTAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTC
65 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-
*** *
2870 CTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTG-TTT
129 CTTCATGTTTCT-TGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * ** * * **
2911 AACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACG-GTATTACAAAATCATTTAAAGCA
1 AACTAAAAATGTAAAGA-ATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
2975 AGTAAAAATGCTTTTGAAGGTATGGGTTACAATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
64 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTT
* * * *
3040 TCTTCATGTGTCTCAT-GGTAGACTTTCAATTCTAGTCTATTTT
128 TCTTCATGT-T-TCTTGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * ***
3083 AACTAAAAATGTACAATGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAACAA
1 AACTAAAAATGTA-AA-GAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
3147 AGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTCT
64 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
* *
3212 TCTAT-ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTA
128 TCT-TCATGTTTCTTG-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
3255 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT-AGCATTACAAAACCATTTAAAGTGA
1 AACTAAAAATGTAAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
3319 ATAATACGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTT
65 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTT
* ** * **
3384 CTTCATGATTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTT
129 CTTCATGTTTCT-TGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
3426 AACCAAAAATGTGCAAAGAA-TTCAATTTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAACTG
1 AACTAAAAATGT--AAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * *
3490 AGTAATAAGGCTTTT-AAAAAAGTGGGTGACTATAAATGGACTTCTGTTGCGAATGAATACTCTT
64 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TT
* * * * *
3554 TCCCTT-ATGTTTCTCGGGGTAGACGTTCAATTATAATATGTTTT
127 T-TCTTCATGTTTCT-TGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* ** * * *
3598 AACAAAAAAACTAAAGAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAT
1 AACTAAAAATGTAAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
3663 TCATTAGGGTTTTGAAGTAATTGGTGA-TGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTC
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-
** *
3727 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCCA-AGTCTGTTTT
129 CTTCATGTTTCT-TGGGTAGACATTCAAT-TATAGTCTGTTTT
* * *
3769 AACCAAAAATGTGCAAACAA-TTCAAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 AACTAAAAATGT--AAAGAATTTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
********** * *
3833 GAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCGAATGAATGCTCTT
63 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TT
* * * * * *
3898 TTCTTTATGTTTC-TGAATGTAGACGTTTAATTATAATATGTTTT
127 TTCTTCATGTTTCTTG--GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
3942 AACTA
1 AACTA
3947 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 236, Indels: 96
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 44 0.04
171 497 0.45
172 400 0.37
173 142 0.13
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AACTAAAAATGTAAAGAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCT
TCATGTTTCTTGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
Found at i:3122 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2482--3946 Score: 1379
Period size: 343 Copynumber: 4.3 Consensus size: 340
2472 TTTCGAAGGC
* * * **
2482 ATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGAGTCTCAAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAG
** * * * * * *
2547 ACATTCAATCCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
65 ACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *** * * * *
2612 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGGCTATAAATGCACTTC
128 ATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTTT
* * ** * ** * ** * *
2677 TGTTGCTAATGAATGCTCCTTTCTTTATGTT-TCTTGGGATAGACGTTCAATTATAATATGTTTT
193 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTCTC-AAGG-TAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTT
* * * * * * * *
2741 AACTAGAAA---ACTAAAGAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGT
256 AACCAAAAATGTAC-AAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACT
* * *
2803 AATTAATTAGGCTTTTGAAGTA
319 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * *
2825 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAAGTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTT-ATGTTTCTCAAGGTA
* * *
2889 GACATTCAATTCTAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACG-G
64 GACATTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
2953 TATTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAATGCTTTTGAAGGTATGGGTTACAATAAGTGGACTT
128 -ATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTT
* * *
3018 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTGTCTCATGGTAGACTTTCAATTCTAGTCTATTTT
192 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT-TCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTT
* * * * *
3083 AACTAAAAATGTACAATGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAACAAA
256 AACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAA
* *
3148 GTAATAAGGCTCTTGAAGGA
321 GTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * **
3168 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTATATGTTTCTTGAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT-TATGTTTCTCAAGGTAG
* *
3233 ACATTCAATTATAGTCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT-AGC
65 ACATTCAATTATAGTCTGTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-
* *
3297 ATTACAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATACGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTT
128 ATTACAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTT
* *
3361 TTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTT
192 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTT
* * * *
3426 AACCAAAAATGTGCAAAGAATTCAATTTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAACTGA
256 AACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAA
*
3491 GTAATAAGGCTTTT-AAAAA
321 GTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * * * **
3510 AGTGGGTGACTATAAATGGACTTCTGTTGCGAATGAAT-ACTCTTTCCCTTATGTTTCTCGGGGT
1 A-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTT-TCTTATGTTTCTCAAGGT
* * * * ** * * * *
3574 AGACGTTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAACTAAAGAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGA
63 AGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * ** *
3639 GAATATAAAACCATTTAAAGTGATTCATTAGGGTTTTGAA-GTAATTGGTGATGATAAATAGACT
127 GATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATGGGTGACAATAAATGGACT
* * * *
3703 TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCCAAGTCTGTTT
191 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTT
* * *
3768 TAACCAAAAATGTGCAAACAATTCAAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
255 TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTT-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACT
* *********
3833 GAGTAATAAGGCTNNNNNNNNN
319 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * * * *
3855 NTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCGAATGAATG-CTCTTTTCTTTATGTTTCTGAATGTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTC-TTATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
3919 GACGTTTAATTATAATATGTTTTAACTA
64 GACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACTA
3947 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 155, Indels: 49
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 150 0.16
343 622 0.66
344 164 0.17
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTTAACCA
AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGAA
Found at i:3390 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2402--3845 Score: 1513
Period size: 514 Copynumber: 2.8 Consensus size: 511
2392 NNNTTAAACT
* * * *
2402 AAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAAGT-ATTTAAAGCGAA-T-
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAA-TCATTTAAAGCGAAGTA
* * * * * *
2464 AATACGACTTTCGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT
65 AAAACG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
* * *
2529 TCATGAGTCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAATTCAA
129 TCATGTGTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAC-AAGAATTCAA
* *
2594 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGG
193 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
* * * * * * *
2659 TGGCTATAAATGCACTTCTGTTGCTAATGAATGCTCCTTTCTTTATGTTTCTTG-GGATAGACGT
258 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTC-TTC-TTATGTTTCTTGAGG-TAGACAT
* * * * * * *
2723 TCAATTATAATATGTTTTAACTAGAAAA-CTAAAGAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATA
320 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *
2787 TAAAACTATTTAAAGT-AATTAATTAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
384 TAAAACCATTTAAAGTGAA-TAA-TAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCT
* *
2851 TGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTG-TTTAACC
447 TGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATGATTCTCAAAGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACC
*
2915 AAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGGTATTACAAAATCATTTAAAGC-AAGTA
1 AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAATCATTTAAAGCGAAGTA
* * * *
2979 AAAATGCTTTTGAAGGTATGGGTTACAATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
65 AAAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* *
3044 CATGTGTCTCATGGTAGACTTTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAATGAATTCAAA
130 CATGTGTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAA-GAATTCAAA
* * *** * *
3109 TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAACAAAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATGGGT
194 TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
3174 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTATATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
259 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTCTTCT-TATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * * *
3239 AATTATAGTCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT-AGCATTACA
322 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATA
* *
3303 AAACCATTTAAAGTGAATAATACGGCTTTTGAAGGT-ATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTG
386 AAACCATTTAAAGTGAATAATA-GGCTTTTGAA-GTAATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTG
* * * *
3367 TCAATGAATGCATTTTT-CTTCATGATTCTCAAGGTAGACTTTCAATCCTAGTCTGTTTTAACC
449 CCAATGAATAC-TTTTTCCTTCATGATTCTCAAAGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACC
* * * * * * *
3430 AAAAATGTGCAAAGAATTCAATTTTAAATCAATT-TTGTGATTATAAAACCATTTAAA-CTG-AG
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGT-ATTACAAAATCATTTAAAGC-GAAG
* * ** * * * * * *
3492 TAATAAGGCTTTT-AAAAAAGTGGGTGACTATAAATGGACTTCTGTTGCGAATGAATACTCTTTC
63 TAAAAACGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTT
* * ** * * * * * * **
3556 CCTT-ATGTTTCTCGGGGTAGACGTTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAACTA-AAGAATTT
126 TCTTCATGTGTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAGAA-TT
* * * * * * * * *
3619 GAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGATTCATTAGGGTTTTGAAGTAAT
190 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
* * * * **
3684 TGGTGA-TGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
255 GGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTCTT-CTT-ATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * *
3748 CATTCAATCCA-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGCAAACAATTCAAATTTAAAATCAATTTTGA
317 CATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGA
*
3812 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
379 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAAT-AGGCT
3846 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 122, Indels: 57
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
513 35 0.04
514 528 0.68
515 161 0.21
516 52 0.07
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAATCATTTAAAGCGAAGTAA
AAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC
ATGTGTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAGAATTCAAATT
TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTCTTCTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAATAATAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATACTTTTTCCTTCATGATTCTCAAAGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACC
Found at i:9858 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9572--10352 Score: 828
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
9562 NNNNNNNNTC
* * * ** *
9572 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGATTTCATTGTACATTTTTGGTTAAAATTGGCTAGAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * *
9637 ATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
9702 TCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACTTTTAATGTTTTTA
131 CCATACCTTCAAAAGCATT-ATTACTCACTTTAAATGTTTTTG
*
9744 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
9809 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTGACAGTCAC
66 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
9874 CCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTG
131 CCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGTTTTTG
** * * * * *
9916 TAAT-TGCGTAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATT
1 TAATCT-CAAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT
* ** * * * * *
9979 GAATGTTTACCTCT-AGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTATAGT
64 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
10043 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAC-TTAAAT-TATTTTC
128 CACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTC-ACTTTAAATGT-TTTTG
* * * *
10088 TAAACTCAAAATTGATTTAAATTTGATTTCATTGTACATTTTTTA-TTAAAATAGACTAGAATTG
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * *
10152 AATGTCTACCTTGAGAATCACGAAGAAAAGTGCATTTATTGCG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
10216 ACTCATACCTTCAAAAGTATTATAACTCGCTTTAAATGGTATTG
129 ACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGTTTTTG
** * * * * * *
10260 TAATAC-CGTAATTGATTCT-AAGTTGAATTGTTTTTAGATTTTTAGTT-GAACAGAGTAGAATT
1 TAAT-CTCAAAATTGATT-TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT
* *
10322 GAATGTCTACCCTGAGAAACATGAAGGAAAA
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 91, Indels: 33
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 56 0.11
172 424 0.84
173 22 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGTTTTTG
Found at i:10198 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10172--10211 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
10162 TTGAGAATCA
*
10172 CGAAGAAAAGTGCATTTATTG
1 CGAAGAAAAGTCCATTTATTG
10193 CGAAGAAAAGTCCATTTAT
1 CGAAGAAAAGTCCATTTAT
10212 AGTCACTCAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
CGAAGAAAAGTCCATTTATTG
Found at i:10225 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 9627--10340 Score: 938
Period size: 344 Copynumber: 2.1 Consensus size: 343
9617 TTAAAATTGG
* * * * * *
9627 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATG--AAGAAAAATGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA--ATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
9690 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCACTTTTAATGTTTTTATAATCTCAAAA
64 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCAAAA
* *
9755 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
129 TTGATTTAAATTTGAATTCATTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT
*
9820 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTGACAGTCACCCATACCTTCA
194 GAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTGACAGTCACCCATACCTTCA
* * ** * * *
9885 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATTGCGTAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTT
259 AAAGCATTATAACTCACTTTAAATGATATTGTAATACCGTAATTGATTCTAAGTTGAATT-GTTT
9950 TTACATTTTTAGTTAAACAGA
323 TTACATTTTTAGTTAAACAGA
* * *
9971 CTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGCCCA
1 CTAGAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* *
10035 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT-ATTACTCAAC-TTAAAT-TATTTTCTAAACTCAA
65 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTC-ACTTTAAATGT-TTTTATAAACTCAA
* * *
10097 AATTGATTTAAATTTGATTTCATTGTACATTTTTTATTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACC
127 AATTGATTTAAATTTGAATTCATTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* ** * * * * *
10162 TTGAGAATCACGAAGAAAAGTGCATTTATTGCG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCT
192 TTGAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCACTGACAGTCACCCATACCT
* * *
10226 TCAAAAGTATTATAACTCGCTTTAAATGGTATTGTAATACCGTAATTGATTCTAAGTTGAATTGT
256 TCAAAAGCATTATAACTCACTTTAAATGATATTGTAATACCGTAATTGATTCTAAGTTGAATTGT
* *
10291 TTTTAGATTTTTAGTTGAACAGA
321 TTTTACATTTTTAGTTAAACAGA
*
10314 GTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAAA
1 CTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAAA
10341 CATGAAGGAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 43, Indels: 17
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 5 0.02
343 45 0.14
344 265 0.83
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
CTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCAAAATT
GATTTAAATTTGAATTCATTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTGACAGTCACCCATACCTTCAAA
AGCATTATAACTCACTTTAAATGATATTGTAATACCGTAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTTA
CATTTTTAGTTAAACAGA
Done.