Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399112.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2388.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4171
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.11, T:0.28
Warning! 884 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1802 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1202--1847 Score: 685
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
1192 NNNNNNCAAC
** * * * *
1202 GAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGATAGACGTTCAATTGTAGTCTGTTTTAA-CAAAGAA
1 GAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AA
* **********
1265 TGCAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGC
64 TGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
1330 TTTTGATGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAAT
129 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAT
* ** * * *
1373 TAATGCCTTTTTCTTCATAATGCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG
1 GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
** * *
1438 TGAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
66 CAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * *
1502 TTCAAGGAATAAGAGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCTAAT
131 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAT
* *
1542 GAATG-CTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT
1 GAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
1606 GCAAAAAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGCT
65 GCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*
1671 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
130 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAT
* * * * * *
1713 GAATGTCTTTTTCTTCGTGTTTCTCT-AGTTAGACGTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAT
1 GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
1777 G-AAAAAAGATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGC
65 GCAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1841 TTTTGAA
129 TTTTGAA
1848 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 71, Indels: 16
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 76 0.19
170 132 0.33
171 177 0.45
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
CAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAT
Found at i:2488 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2068--4171 Score: 2010
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
2058 NNNNNNNNTT
* * * *
2068 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCCATTATGAAATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *** * *
2133 AACCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTA-ATAATGGACTTTTCTTAC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATA-AATGGACTTTTCTTGC
* * * *
2197 CAATGAATG-----TCTTT--TTTTCTCAAGCTAGACATTT
130 CAATGAATGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * ** * ** *
2231 AATTATAATCTATTTGAACCAGTAATGTAAAAAAAATTGAACCAAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * *
2296 AAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
*
2361 CAATGAATGCTTGTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTC
130 CAATGAATGCTT-TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * *
2403 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *
2468 AACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
2533 AATGAAT--TTCTTT-TTT---TTTCTCGA-GTAAGACATTT
131 AATGAATGCTT-TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAA-ACATTC
* * * * * * *
2568 ATTTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTTTTAGATTAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
2633 AAAACCACTTGAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATATGAGACTATAAATGGACTTGTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * **
2698 CCAATAAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTGGAGGTAAACATTC
129 CCAATGAATGCTT-TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
**
2741 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * **
2806 AACAATTTAGAGCGAGTGATAAGGAATTT----G---AAG-G---A-AAATGGACTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
2859 AATGAATGTCTTTTTTTTTATGTTGCTCTAGTTAGACATTT
131 AATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * * * * *
2900 AATTATAATATGTTTTAATCAATAATTTAAAAAAAATTGAGCCTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
2965 AAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
3030 CGATGAAAGCTTTTTTCTTTGCATTTTTCAAGGTAAACA-TC
130 CAATGAATGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * *
3071 AATTATACTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
3136 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGAAAT-AGAAGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** *
3200 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGCATTC
130 CAATGAATGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
3242 AATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGCAAAGAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
3307 AACTATTTAAAGCGTA-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTTG
66 AACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTG
* * * * * * *
3371 CTAGTGAATGCCTTATTT-TTAATGTTTTTGAAGGTAGACATTC
129 CCAATGAATG-CTT-TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
3414 AATCATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGGTTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
3478 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAAGAGAATATAAATGCACTTTTCTTGT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** *
3543 GAATGAATGCTTGTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTC
130 CAATGAATGCTT-TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * * *
3585 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATAAAATATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
3650 AACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGATAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
3714 CAATGAATATCTTTTTCTTCACTTTTTTCAAGGTAGACATTC
130 CAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * *
3756 AATTAAAGTCTCTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTGTCAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
3821 AAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * **
3886 CAGA-GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
130 CA-ATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * ** *
3928 AATTATAGTCTGTTTTAATCTAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** * * ** * *
3993 AATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTTCT
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
4058 AATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTAAGGTAGACGTTC
131 AATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* *
4099 AATTATAGTATGTTTTAA-CAAAGAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
4163 AAACCATTT
65 AAACCATTT
Statistics
Matches: 1590, Mismatches: 297, Indels: 100
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 67 0.04
160 59 0.04
163 23 0.01
164 96 0.06
165 35 0.02
166 6 0.00
167 90 0.06
168 4 0.00
169 11 0.01
170 137 0.09
171 648 0.41
172 369 0.23
173 41 0.03
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
Found at i:3529 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2068--4171 Score: 2014
Period size: 343 Copynumber: 6.2 Consensus size: 341
2058 NNNNNNNNTT
* * *
2068 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAGAATTCAACTTAAAATCCATTATGAAATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
2132 AAACCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTA-ATAATGGACTTTTCTTA
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTG
** * * * *
2196 CCAATGAATG------TCTTT-T-TTTCTCAAGCT-AGACATTTAATTATAATCTATTTGAACCA
129 CCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
** * * * * **
2252 GTAATGTAAAAAAAATTGAACCAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAAT
194 AAAATG-AAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
2317 AAGGTTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTTA
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTAA
** *
2382 CATTTCTCAAGGTAAACATTC
321 TGTTTTTCAAGGTAAACATTC
* * * * *
2403 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2467 AAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
2532 CAATGAA---TTTCTT-TTT-T-TTTCTCGA-GTAAGACATTTATTTATAATCTGTTTTAACCAA
130 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * * * * *
2590 TAATGTAAAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCACTTGAAGCGAGTAAA
195 AAATG-AAAAAAA-ATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
2655 AAGGCTTTTGAAGAAAT-ATGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATAAATGCTTGTTTCTTC
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTA
* * **
2719 ACGTTTCTGGAGGTAAACATTC
320 ATGTTTTTCAAGGTAAACATTC
**
2741 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * **
2805 AAACAATTTAGAGCGAGTGATAAGGAATTT----G--A-AG-G---A-AAATGGACTTTTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
2858 CAATGAATGTCTTTTTT-TTTATGTTGCTCT-A-GTTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATC
130 CAATGAATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCT-TGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * * *
2920 AATAATTTAAAAAAAATTGAGCCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAA
193 AA-AAATGAAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * *
2985 TAAGGCTTTTGAAGAAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAAAGCTTTTTTCTT
256 TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTT
3049 --TGCATTTTTCAAGGTAAACA-TC
319 AATG--TTTTTCAAGGTAAACATTC
* * * * *
3071 AATTATACTCTATTTTAACCAAAAAT-CTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
3135 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAA-GAAATAGAAGACTATAAATGGACTTTTTTTG
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
3199 CCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAG-CATTCAATTATAGTATGTTTTAACCA
129 CCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
3263 AAAATGCAAAGAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTA-TAAT
194 AAAATGAAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAAT
* * * * * *
3327 AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTTATTT-TT
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATG-CTT-TTTCTT
* *
3391 AATGTTTTTGAAGGTAGACATTC
319 AATGTTTTTCAAGGTAAACATTC
* * *
3414 AATCATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGGTTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * **
3479 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAAGAGAATATAAATGCACTTTTCTTGTG
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * *
3544 AATGAATGCTTGTTTCTTTACATTTCTTGAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAA
131 AATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * * *
3608 AATGTAAAACAATTCAACTTGAAATAAAATATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAG
196 AATGAAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
3673 GTTTTTGAAGGAATG-GATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACT
260 GCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTT-AAT
*
3737 -TTTTTCAAGGTAGACATTC
322 GTTTTTCAAGGTAAACATTC
* * * * *
3756 AATTAAAGTCTCTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTGTCAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
3821 AAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
3886 CAGA-GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCT
130 CA-ATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
*
3949 AAAAT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAA
194 AAAATGA-AAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * ** * *
4012 TGAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
256 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTT-
* * *
4077 ACT-TTTCTT-AAGGTAGACGTTC
319 AATGTTT-TTCAAGGTAAACATTC
* *
4099 AATTATAGTATGTTTTAA-CAAAGAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
4163 AAACCATTT
65 AAACCATTT
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 209, Indels: 127
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 23 0.02
327 1 0.00
329 1 0.00
330 92 0.06
331 112 0.08
332 43 0.03
333 3 0.00
334 1 0.00
335 117 0.08
336 8 0.01
337 51 0.03
338 205 0.14
340 2 0.00
341 90 0.06
342 204 0.14
343 524 0.35
344 16 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
AATGAAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTAATGTTT
TTCAAGGTAAACATTC
Found at i:3700 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 2068--4171 Score: 2102
Period size: 514 Copynumber: 4.1 Consensus size: 514
2058 NNNNNNNNTT
* * *
2068 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCCATTATGAA-ATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATA
* * * * *
2132 AAACCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGT-GACTA-ATAATGGACTTTTCTT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATAGACTATA-AATGGACTTTTCTT
* * * * * *
2195 ACCAATGAATG-TCTTTTT-TTC----TC--AAGCTAGACATTTAATTATAATCTATTTGAACCA
129 GCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
** * * * * *
2252 GTAATGTAAAAAAAATTGAACCAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TTAGTAA
193 AAAATG-CAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTAGTAA
* * * * *
2316 TAAGGTTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATG-CTTGTTTCTT
257 TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTT
** * * *
2380 TACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
321 TATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACT
* * ** *
2445 TGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
386 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGA
* **
2509 GACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAT--TTCTTT-TTT---TTTCTCGA-GTAAGACATT
451 GACTATAAATGCACTTTTCTTGCGAATGAATGCTT-TTTCTTTACATTTCTTAAGGT-AGACATT
*
2567 T
514 C
* * * * * * * *
2568 ATTTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTTTTAGATTAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * *
2633 AAAACCACTTGAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAAT--ATGAGACTATAAATGGACTTGTCT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGAT-AGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * **
2696 TGCCAATAAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
128 TGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-TTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
* * * * *
2761 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAGAGCG-AGTGA
192 AAAAATGCAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTAGTAA
** * *
2825 TAAGGAATTT----G-A--AG-G---A-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTTT
257 TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
* * * * * * * * * * * * *
2878 ATGTTGCTCTAGTTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATCAATAATTTAAAAAAAATTGAGCC
322 ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCT-AAAAAAATTCAACT
* ** *
2943 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATAGG
386 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAA-AGG
* * * *
3006 AGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCG-ATGAAAGCTTTTTTCTTTGCATTT-TTCAAGGTAAACA
450 AGACTATAAATGCACTTTTCTTG-CGAATGAATGC-TTTTTCTTTACATTTCTT-AAGGTAGACA
3069 -TC
512 TTC
* * * * * *
3071 AATTATACTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* * *
3136 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGAAATAGA-AGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
3200 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAA
131 CAATGAATGCTTTTTTCTTCAT-TTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* *
3264 AAATGCAAAGAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTA-TAATA
194 AAATGCAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTAGTAATA
* * * * *
3328 AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTTATTT-TTA
259 AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTT
* * * *
3392 ATGTTTTTGAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACT
322 ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-CTAAAAAAATTCAACT
* * *
3456 TCAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAAGA
386 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGA
* * *
3520 GAATATAAATGCACTTTTCTTGTGAATGAATGCTTGTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTC
451 GACTATAAATGCACTTTTCTTGCGAATGAATGCTT-TTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * *
3585 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATAAAATATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* * * *
3650 AACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGATA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
3714 CAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACTTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTCTTTTAACCA
131 CAATGAATGCT-TTTTTCTTCA-TTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
3777 AAAATGCAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTGTCAGATTATAAAGCCATTTAAAGC-AAGTAA
193 AAAATGCAAAAAAA-TTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTAGTAA
* * *
3841 TAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAGA-GAATGCCTTTTTCTT
257 TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGCCTTTTTCTT
* ** * *
3905 CATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCTAAAATAC-AAAAAAATTCAAC
321 TATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-CTAAAAAAATTCAAC
* * * * **
3969 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGGG
385 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGG
* * ** * * * * *
4033 TGACTACAAATAAACTTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTAAGGTAGACGTT
450 AGACTATAAATGCACTTTTCTTGCGAATGAATG-CTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATT
4098 C
514 C
* * * *
4099 AATTATAGTATGTTTTAACAAAGAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
4164 AACCATTT
66 AACCATTT
Statistics
Matches: 1318, Mismatches: 219, Indels: 120
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
497 71 0.05
498 90 0.07
499 1 0.00
500 29 0.02
501 208 0.16
502 94 0.07
503 31 0.02
504 9 0.01
505 4 0.00
506 1 0.00
508 4 0.00
509 56 0.04
510 29 0.02
512 4 0.00
513 122 0.09
514 480 0.36
515 85 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCTTTTTTCTTCATTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
ATGCAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTAGTAATAAG
GCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGT
TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGAGACTA
TAAATGCACTTTTCTTGCGAATGAATGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTC
Done.