Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399113.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2390.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8511
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.11, T:0.25
Warning! 2107 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1193 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 545--1712 Score: 1069
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
535 NNNNNNNNNN
* * * * *
545 ATAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAACATTTTTGATTAAAATATATTATAA-TGAATATTTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGT
* * * * *
609 CTAAGAAAACATAAAGTAAAA---A-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCC
66 CTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
670 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
130 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
712 ATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * ** *
776 TCT-AGGAAAAAAATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAGAAGTTTATTTATAGTCACCCATG
65 TCTCA-G-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * **
840 CCTTTCAAAGCTTTATTACTCACTTGAAACAGTTTTATAATCTC
128 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * * *
884 ATAATTGACTTTAAGTTG-ATTCTTGTTTATATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT-TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
** **
948 ACCTCA-AGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAT
64 GTCTCAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *
1010 GTCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
1055 ATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTTTTTT-CATTATTGATTAAAATAAATTACAATTGAATGTTTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * * * *
1119 TCTCATAAAACATGAAGCAAAAGTCGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCAAGCC
65 TCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
** *
1184 TTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTC
130 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * ** *
1226 ATAATTGATTTTACA-TTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAAAAAATAGTTGAATGTTT
1 ATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * **
1289 G-CTTCAGAAAAAATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTTTATTTATAGTCAC-CTAT
64 GTC-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT
* * * * * *
1352 GCCTTTCAAAGTCTTGTTACTCGCTTAAAATGGTCTTATAATGTC
127 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * * *
1397 ATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTGTTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGT
* * * * * * * * * * *
1461 CTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGGC-TCCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTGAAGC
66 C-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* *
1525 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
129 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
1568 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAAATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTATG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * * *
1632 CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAACGTTCATTTATAGTCATTCATGCC
65 TCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
*
1697 TTCAAAAGCCTTATTA
130 TTTAAAAGCCTTATTA
1713 TCTTAAGTTC
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 169, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 40 0.05
168 13 0.02
169 14 0.02
170 88 0.11
171 463 0.58
172 141 0.18
173 32 0.04
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGT
CTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
Found at i:1625 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 545--1712 Score: 1384
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
535 NNNNNNNNNN
* * * *
545 ATAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAACATTTTTGATTAAAATATATTATAA-TGAATATTTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA-ATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGT
* *
609 CTAAGAAAACATAAAGTAAAAA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTT
65 CTCAGAAAACATGAAG-AAAAAGTCTATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * * ** *
673 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTT
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTACATTAAATTTTTT
* * * * *
738 TACATTTTCAGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTGTCTAGGAAAAAAATAAAGAAAAAGCTA
194 TACATTTTCAGTTAAAACAAAAAATAGTTGAATGTTTGTCTAGGAAAAAAATAAAGAAAAAGCCA
* *
803 TTCATTGGTAAGAGAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCACTTGAA
259 TTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCACTTAAA
* * * *
868 ACAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTCTTGTTTATATTTTTTCTTAAAACAGAT
324 ACAGTCTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATATTGTTTATATTTTTTCTTAAAACAGAT
* * *
933 TATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATT
389 TATAACTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATT
* * *
998 TATAGTCACCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
454 TATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * ** * *
1055 ATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTTTTTTCATTATTGATTAAAATAAATTACAATTGAATGTTTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGT
* * *
1120 CTCATAAAACATGAAGCAAAAGTCGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCAAGCCT
65 CTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTC-T--ATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCT
*
1185 TTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTACATTAAATTTT
127 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTACATTAAATTTT
**
1250 TTTACATTTTTTGTTAAAACAAAAAATAGTTGAATGTTTG-CTTCA-G-AAAAAATAAAGAAAAA
192 TTTACATTTTCAGTTAAAACAAAAAATAGTTGAATGTTTGTC-T-AGGAAAAAAATAAAGAAAAA
* * * *
1312 GCCATTCATTGGTAGGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAG-TCTTGTTACTCGC
255 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCT-TTATTACTCAC
** * * *
1376 TTAAAATGGTCTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATT-TTTGTATTTTTGT-TTAAA
319 TTAAAACAGTCTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATATTGTTTATATTTTT-TCTTAAA
* * * * * * * * * * *
1439 ATATATTATAACTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGGC-TCCTATTGGTAAGAAAA
383 ACAGATTATAACTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCC-ATTGCTAAGAAAA
* ** ** *
1503 GTCCATTTATTGTCATTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
447 GTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
1568 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAAATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTATG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAAA-TTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * * * * *
1632 CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAACGTTCATTTATAGTCATTCATGCC
64 TCTCAGAAAACATGAAGAAAAAG---TCTATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCC
*
1697 TTCAAAAGCCTTATTA
126 TTTAAAAGCCTTATTA
1713 TCTTAAGTTC
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 90, Indels: 31
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 42 0.08
511 32 0.06
512 81 0.15
513 259 0.47
514 134 0.24
515 2 0.00
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGTC
TCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCTATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTACATTAAATTTTTTTA
CATTTTCAGTTAAAACAAAAAATAGTTGAATGTTTGTCTAGGAAAAAAATAAAGAAAAAGCCATT
CATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCACTTAAAAC
AGTCTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATATTGTTTATATTTTTTCTTAAAACAGATTA
TAACTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
Found at i:2184 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1844--2200 Score: 493
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
1834 TTCAATAGCC
* * * *
1844 TTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** *
1909 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGG
*
1974 CAAGAAAAGTCTATTTATAGCAACCCATGCCTTTGAAAGCA
131 CAAGAAAAGTCTATTTATAGCAACCCATGCCTTAGAAAGCA
* * *
2015 TTATTACTCGCTTTTACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
2080 TTGGTTAAAGA-A-ATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTG
66 TTAGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTG
* * ** * * *
2143 GTAAGAGAAGTCTATTTATAGTTATCTATGTCTTAGAAAGCA
130 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGCAACCCATGCCTTAGAAAGCA
2185 TTATTACTCGCTTTAA
1 TTATTACTCGCTTTAA
2201 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 23, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 94 0.58
171 67 0.41
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGG
CAAGAAAAGTCTATTTATAGCAACCCATGCCTTAGAAAGCA
Found at i:3075 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2536--3092 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
2526 GTAATAAGGC
* * * * *
2536 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAA-CAAATGGCTTT-TGCTTCACGT
1 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAA-GGCTTTCT-CTTCACGT
** * * * * ** * *
2599 CTT-TTTAGGTAGACATTCAATTACAAGATATTTTAGA--GAAAAAAATTAAAAAATTTAACTTT
64 -TTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTGTA-ACCG-AAAACGTTAAAAAATTCAACTTA
** * * * * **
2661 AAATCGGTTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAATGC
126 AAATCAATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATAA
* ********** * * *
2707 TTTTGAAGGCATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTGTTGTCAATGAAAGGCTTTCTCTTCATGTTT
1 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTCTCTTCACGTTT
* * * * * *
2772 TTTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCGAAAATGTTAAAAAATTCAGCTTAAAATC
66 GTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTGTAACCGAAAACGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
** **
2837 AATTATGACATTATAAAACTCTTTAAAGCGAGTAATAATGC
131 AATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATAA
********** * *
2878 TTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAGGCTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTCTCTTCACGTTT
*
2943 GTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTGTAGCC-AAAACG-TAAAAACATTCAACTTAAAAT
66 GTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTGTAACCGAAAACGTTAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* *
3006 CAATTATGATATTATGAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATAA
130 CAATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATAA
*
3048 TTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGA-TTATTCTTGCCAATGA
1 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGA
3093 TGTAATGACC
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 82, Indels: 15
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 87 0.29
171 197 0.66
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTCTCTTCACGTTT
GTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTGTAACCGAAAACGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATAA
Done.