Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399115.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2392.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 3253
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Warning! 292 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:573 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 112--911 Score: 486
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
102 NNNATTTTGG
* * * * * * **
112 TTAAAACAGATTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTAATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
* ** * * * * *********
177 ACAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNT-ATA
66 AAAAGTGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGCTTCATA
* * * * **
241 ATCTCATAATCGATTTTAAG-T-AATTTTTTTTTATATTTTTGG
130 AACTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTAC
* * * *
283 TTAAAACATATAATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCTTTCATTAATAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
* * * * * * *
348 AAAAGTGTATTTATTGTCACCTATGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTCATAA
66 AAAAGTGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTCATAA
*
413 TCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAC
131 ACTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAC
* * * * * * *
453 TTCAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGATAAATATAAA-AAAGAGTCATTCATTAGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
* *
517 AAAAGCT-AATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATAGTTTTAT
66 AAAAG-TGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGCTTCAT
* ********** **
580 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTTTGG
129 AAACTCATAATTGAGTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAC
* * * *****
623 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGNNNN
1 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAAT-ATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAA
****** ** ** * * * * *
687 NNNNNNTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-T-AGAAACCCTTATTACTAGATTTAAATTA-TTTTA
65 GAAAAGTGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGCTTCA
* * * * **
749 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGG
128 TAAACTCATAATTGAGTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTAC
* * * * * *** *
793 TTAGAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCAATTCGTTGGTAGG
1 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
* * *
858 AAAAGTGCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
66 AAAAGTGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
912 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 127, Indels: 32
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 92 0.19
170 213 0.44
171 175 0.36
172 2 0.00
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
AAAAGTGAATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTCATAA
ACTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAC
Found at i:871 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3--911 Score: 683
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
1 AC
* * * **
3 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAATAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * ********* *
67 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
65 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTA
* * * * * *
131 GATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTAATTGGC
129 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGT
* * * * * * **********
174 AAGACAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTA
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
**** * *
239 TAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAA
66 TAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAA
* * * *
303 ATGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCCTTTCATTAAT
130 ATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGT
* * * * * * * *
345 AAGAAAAGTGTATTTATTGTCACCTATGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTCA
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * ** * *
410 TAATCTCATAATTGAGTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTACTTCAAACAGATAATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAA
* * * *
474 TGTTTACCTTGATAAATAT-AA-AAAAGAGTCATTCATTAGC
131 TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAA-AGCCATTCATTAGT
* *
514 AAGAAAAGCT-AATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATAGTTT
1 AAGAAAAG-TGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTT
* * *********** *
577 TATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
64 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTA
* *
642 AATGTCTACCTT-AGGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GNN
129 AATGTCTACCTTGAGAAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-T
******** * * * * *
685 NNNNNNNNTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-T-AGAAACCCTTATTACTAGATTTAAATTA-TTT
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTT
* *
747 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTA
64 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTA
* * *
812 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCAATTCGTTGGT
129 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGT
* *
855 AGGAAAAGTGCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
912 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 159, Indels: 40
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 90 0.16
170 210 0.38
171 247 0.44
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAA
TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGT
Found at i:1534 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1104--3244 Score: 1455
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
1094 NNNNNNNNNN
* *
1104 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATGATTAAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * *
1169 TCAAGAAAGATG-ATAAAAAGCCATTTATC-GATAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGA-A-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
1232 TTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
1274 TAATTAATTTTACA-TTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTG
1 TAATTGATTTTA-AGTTGA-ATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA
* ** **
1338 CCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
64 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
*********
1403 TTCAAAAG-CTTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 TTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
1446 TAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTACATTTTTGGGTAAAATGGATTATAATTAAATCTCTACT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
1511 TTGAGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATCAGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTATACCTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCA-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * *
1576 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTCAATGGTTTTAGAATCTTA
130 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
1617 TAATTGATTTTGAGTTGAA-TTGTTTTATATTTTTTGTTCAAATAGATAATAAGTAAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * * * *
1681 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTCATAGTTAGCCACGCC
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TCAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCC
** * * * *
1745 TTTGAAAGCCTTATTAATGGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
1788 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTAAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * * *
1853 TCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCAT-TGATAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGA-AG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
*** *********
1917 TCAAAAATTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNN
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
1959 NAATTGATTTGAAATTGAATTT-TTTGCCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* ** * * * * *
2022 CTT--GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCTTACTT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
2085 TCAAAAGCCTTATTACTCTG-TTTAAATAGTTTTATAACCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2127 TACTTGATTTTGAGTTAAATTCT-TTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * * **
2191 CTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
2256 TTAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAA-CATTA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * * * *
2298 TAATTAACTTTAAGTTGAA-CTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * * *
2362 CTTGAG-AA-ATGTAAAAAAAGAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCTTATTTATAGTCACTCATG
65 CTTAAGAAACATG-AAGAAAA-AGCCATTCA-TCAGAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCATG
* ********** *
2425 CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTNNNNNNNNNNTTATAACCTCA
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2470 TAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * ** * * * * *
2535 CCTAAGAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCACTTA-AGCTCACCTATACT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAG-AAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATGCC
* * * * *
2598 TTTAAAAGTCTTATAACTCGATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
********** * * * * * *
2641 TAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAACAT--ATTATAACTATACGCCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* ** * * * * * *
2704 CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATCGGCAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCACACATACC
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAG-AAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
********** *
2769 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAACCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2812 TAATTGATTTTAAATT-AAATTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * *
2876 TTTGAGAAACAT-AA-AGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCC-
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
2938 TCAAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATAACCTCA
129 TC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * ** *
2981 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTAC-TTTTTTATTCAACCAGATAATAA-TAGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTA-AATGTCTA
* * ** * * * **
3043 TCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACC
64 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* ********** *
3108 TTCGAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCAATGGTTTTATAA-CATCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
*
3151 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTATACATTTTTGGTTAAAATAGA-TACTAATTAAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTAAATGTCTA
* **
3214 CCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
64 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
3245 TGGCAAGAA
Statistics
Matches: 1525, Mismatches: 386, Indels: 120
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 128 0.08
169 143 0.09
170 218 0.14
171 784 0.51
172 193 0.13
173 49 0.03
174 6 0.00
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACC
TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:2493 original size:510 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1104--3246 Score: 1664
Period size: 510 Copynumber: 4.2 Consensus size: 510
1094 NNNNNNNNNN
* * * * *
1104 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATGATTAAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * * * ***
1169 TCAAGAAA-GATG-ATAAAAAGCCATTTATCGATAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCT
66 TTAAGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCT
* * * * ** * * *
1232 TTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTAATTTTACA-TTGAGTTT
130 TTAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGA--AT
* * * * * * * * * * *
1296 TTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTGCCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAG
192 GTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AAAAAAAAG
* * *********
1361 CCATTCA-TCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTNNNNNNNNNN
256 CCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTAGC
* * * * ** *
1424 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTACATTTTTGGGTAAAAT
319 TTTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ** * *
1489 GGATTATAATTAAATCTCTACTTTGAGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATCAGGAAGAAAAGTC
383 AGATAATAATTAAATGTCTACCCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGAAGAAAAGTC
* * * * * *
1554 TATTTATAATCA-CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-T-ACTTTCAATGGTTTTAGAATCTT
446 CATTTATAGTCACCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGA-TTTAAATGGTTTTATAACCTC
1616 A
510 A
* * * * *
1617 TAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTCAAATAGATAATAAGTAAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * *
1682 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTCATAGTTAGCCACGCCT
66 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCACACCT
* * * * *
1746 TTGAAAGCCTTATTAATGGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTG
130 TTAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-
* * * * * ** **
1811 TTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AGGAAAAAGC
194 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTAAAAAAAAGC
* * * *** *
1875 TATTCATTGA-TAGAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAATTTTATTACTCGCT
257 CATTCATTGACAAG-AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT
* * ********** * * *
1938 TTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTGCCATTTTT-ATTAAAACA
320 TTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACA
* * * *
2002 GATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
384 GATAATAATTAAATGTCTACCCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCA
* * *
2066 TTTATAGTTACCCT-TACTTTCAAAAGCCTTATTACTCTG-TTTAAATAGTTTTATAACCTCA
448 TTTATAGTCACCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
* * * * *
2127 TACTTGATTTTGAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC
*
2192 TTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTT
66 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTT
* * * *
2257 TAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACATTATAATTAACTTTAAGTTGAACTGTT
131 TAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTT
2322 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAGAGCCA
195 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAA-AGCCA
* * ***
2387 TTTATTGACAAGAAAAGCCTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTNNN
259 TTCATTGACAAGAAAAGCC-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
******* * * * *
2452 NNNNNNNTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
323 AAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* *
2517 TAATAATTAAATGTCTACCCTAAGAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCAC
386 TAATAATTAAATGTCTACCCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCAT
* * * *
2581 TTA-AGCTCA-CCTATACTTTTAAAAGTCTTATAACTC-GATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
449 TTATAG-TCACCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
*********** * * * * * * *
2641 TAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAACAT--ATTATAACTATACGCCTAC
1 TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATAGATAATAATTAAATGTCTAC
* * * * * * * *
2704 CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATCG-GCAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCACACATAC
65 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACAC
* ********** * *
2768 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
128 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * ** *
2833 GTTTCACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACAT-AAAGAAAGC
192 GTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAGC
*
2897 CATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCC-TCAAAAAGCCTTATTACCCA-CT
257 CATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTA-CTAGCT
* * *
2960 TTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-TTTTTTATTCAACCA
320 TTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * ** *
3024 GATAATAA-TAGAATGTCTATCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
384 GATAATAATTA-AATGTCTA-CCCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTC
* * ********** * * *
3088 CATTTATAGTCACCC-ACACCTTCGAAAG-CNNNNNNNNNNGCTTTCAATGGTTTTATAACATCA
446 CATTTATAGTCACCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
* * *
3151 TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTATACATTTTTGGTTAAAATAGATACTAATTAAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC
* *
3216 TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
66 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
3247 GCAAGAA
Statistics
Matches: 1281, Mismatches: 303, Indels: 94
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 5 0.00
509 51 0.04
510 398 0.31
511 170 0.13
512 62 0.05
513 270 0.21
514 311 0.24
515 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
TAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC
TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTT
TAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
TACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAGCCATT
CATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAA
GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATA
ATTAAATGTCTACCCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGATTTAAATGGTTTTATAACCTCA
Done.