Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399124.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_240.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24130
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 4396 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:467 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13--2422 Score: 1703
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 171
3 TTTCCTTGGG
* * * ** * * *
13 AAACATGAAGACAAACTCATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCATTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
********** * * * *
78 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTATGATGAATTGTTTTATA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
143 ATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTTGAG
131 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * * * * * **
184 AAACGTGATTG-AAAGGCCATTGATTGATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTTACCAAATCCTTTGA
1 AAACGTGA-AGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * *********** *
247 AAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAANNNNNNNNNNCATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * *
312 TATTTTTGATTGGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AA
129 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * *
354 AAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * * *
419 ACCCTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAA-TTTATTTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* **
483 TTTTTGGTTAAAAC-GAATTATAATTGAATGCCTGCCTTGGAA
131 TTTTTGATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAA
* * * * ***
525 AAA-GTGAAGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACTCGTTCGCTT-AA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGC-CTTCAA
* ** * *
587 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * * *
652 ACATTTTT-AGTTAAAA-AAATAATAATT-AATTGTTTACTTTGAG
128 ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAA
* **************
695 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGC-CTATTTATAGTCANNNNNNNNNNNNNN
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
***** * * * * *
759 NNNNNTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * **
824 AATTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAGTGTTTTCCTTGGG
130 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * * *
866 AAACATGAAGACAAACTCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGACTTCAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * * * * *
930 AGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTACAACCTTATAATTGATTTTATGATGAATGTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
995 AATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTTAG
130 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * *
1037 AAACGTGAAGGAAAAG-CTATTAATTGATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCA
* * * *
1099 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * **
1164 AC-TTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGATTGTTTGCCTTGGG
128 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
** * * * * * *
1207 AAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTTATCAAATCCTTCGAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * *
1271 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
1336 ATTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAA
130 A-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * *
1378 AAACGTCAAGAAAAAGTCATTCATTAAC-AGCAAAAGC-CTATTTATAGTCTCCTAGGCCTTCAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * *
1441 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTACG-T--ATTTTTTAT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-T
* * * *
1503 A-TTTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATTGAATATTTTCCTTGAA
128 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * * * *
1545 AAAAGATAAAGAAAAATTCATTTATTGATAACAAAAGC-CTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCG
1 AAACG-TGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCA
* ** * * * *
1608 AAACCCTTATTACTCAATTTTAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
1673 AC-TTTTTTAGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
128 ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * ** * * * * *
1717 AAATGTGAAGAAAAAGCCATTGGTTGGCAAAAAAAGCTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * * *
1782 GCCTTATTACTCGATTTTAGTAGG-TTTATAAACTCATAAATGATTTTTAGTTGAATGTTTTTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
1846 ATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA
130 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * * * * *
1887 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAG-TCCATTTTTATTCACCCATA-TCTTCGA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAA
* * * * * ** * * *
1950 ATGCCTTATTGCTCACTTTTAATGGTTTTATAATATTGTAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
2015 CATTTTTTG-TTCAAACAGATTGTAATTGAGTGTCTGCCTTGGA
129 CA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * *** *
2058 AAACATGATGAAAAAG-CATTCATTAATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTTGAGCCTTCGAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * * * * *
2121 AGCCTCATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTTATAATCACACAATTGATTTTAACTTAAATGTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * **
2186 CATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTGGG
129 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * * * * * * **
2229 AAACATGAA-ACAAAAGTCATCCATT-AGC-ATAAAAGGTCCATCTATAGTCACTCAAGCATTTG
1 AAACGTGAAGA-AAAAGTCATTCATTGA-CAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
2291 AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * ** *
2356 TATATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTTGCCCTGAA
127 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
* * *
2401 AAAAGGGAAGAAAAAGGCATTC
1 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
2423 TGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 1764, Mismatches: 411, Indels: 127
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 38 0.02
168 97 0.05
169 56 0.03
170 538 0.30
171 857 0.49
172 177 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA
Found at i:729 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12--2422 Score: 1659
Period size: 341 Copynumber: 7.1 Consensus size: 339
2 TTTTCCTTGG
* * ** * * *
12 GAAACATGAAGACAAA-CTCATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCATTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
********** *
76 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTT-ATGATGAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT--TGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
140 ATAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTT-GAGAAACGTGATTG-AAAGGCCA
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAAAGTGA-AGAAAAAGTCA
* ** * * * * * *
203 TTGATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-CAAATCCTTTGAAAGACTTATTACTCGCTTTA
191 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *********** * * * *
267 AATGGCTTTATAANNNNNNNNNNCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GATTGGAACAGA
255 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TT-AAAAAGA
* **
331 TTATAATTGAATGTCTGCCAT-A
318 TTATAATT-AATGTTTGCTTTGA
* * ** * *
353 AAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * * * *
418 AACCCTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAATTTATTTTTTTTATA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTACA
* * * *
483 TTTTTGGTTAAAAC-GAATTATAATTGAATGCCTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAGAGGCATTCA
131 TTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCA
* *
547 TTGGCAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACTCGTTCGCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
195 TTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACTCATTC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
** * * * *
610 TATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAATAAT
258 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAGATTAT
*
675 AATTAATTGTTTACTTTGA
322 AATTAA-TGTTTGCTTTGA
*************
694 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGC-CTATTTATAGTCANNNNNNNNNNNNN
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
****** * * * * *
758 NNNNNNTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTA
* ** * * * * * * * *
823 CAATTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAGTGTTTTCCTTGGGAAACA-TGAAGACAAACTCATT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATT
* *** * * *
887 CATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAC
193 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * * * *
951 TGGTTTTACAACCTTATAATTGATTTTATGATGAATGTTTTTATAATTTTGGTTAAAACAGATTA
257 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATTA
* *
1016 TAATTGACTGTCTGCCTTT-A
321 TAATT-AATGTTTG-CTTTGA
* * * *
1036 GAAACGTGAAGGAAAAGCTATTAATTGATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCA
* * * *
1099 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTT
* * * * * * **
1164 AC-TTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGATTGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACCCATT
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATT
* * *
1228 CATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-TCAAATCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAA
193 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAA
* * * * *
1291 ATGGCTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATT
256 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATT
*
1356 ATAATTGAATGTTTGCTTTAA
320 ATAATT-AATGTTTGCTTTGA
* * * * * * *
1377 AAAACGTCAAGAAAAAGTCATTCATTAAC-AGCAAAAGC-CTATTTATAGTCTCCTAGGCCTTCA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * *
1440 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTTATAATTGATTTT-A-CGTA-TTTTTTA
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
1502 TATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATATTTTCCTTGAAAAAAGATAAAGAAAAATTCATT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAAG-TGAAGAAAAAGTCATT
* ** * * * * * * *
1567 TATTGATAACAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAACCCTTATTACTCAATTTTAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
1632 GGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGCATATTAT
258 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-AAGATTAT
*
1697 AATTGAATGTTTGCCTTGA
322 AATT-AATGTTTGCTTTGA
* * ** * * * * *
1716 AAAATGTGAAGAAAAAGCCATTGGTTGGCAAAAAAAGCTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * * * *
1781 AGCCTTATTACTCGATTTTAGTAGG-TTTATAAACTCATAAATGATTTTTAGTTGAATGTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTA
* * *
1845 CATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATT
* * * * * * * *
1908 CATTGGCAATAAAAGTCCATTTTTATTCACCCATAT-CTTCGAATGCCTTATTGCTCACTTTTAA
193 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* ** * * * * * *
1972 TGGTTTTATAATATTGTAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTG
257 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAAAGATTA
* * *
2037 TAATTGAGTGTCTGCCTTG-
321 TAATT-AATGTTTGCTTTGA
* * * * *** *
2056 GAAAACATGATGAAAAAG-CATTCATTAATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTTGAGCCTTCG
1 G-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * * * *
2119 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTTATAATCACACAATTGATTTTAACTTAAATGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTT
* * * * *
2184 TACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACA-TGAA-ACAAAAGTC
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAAAGTGAAGA-AAAAGTC
* * * * * ** * * *
2247 ATCCATTAGCATA-AAAGGTCCATCTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGACTTATTACTCACTTT
190 ATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
2311 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATGG
254 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AG
**
2376 ATTATAATTGAATGTTTGCCCTGA
317 ATTATAATT-AATGTTTGCTTTGA
* * * *
2400 AAAAAGGGAAGAAAAAGGCATTC
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
2423 TGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 1612, Mismatches: 395, Indels: 123
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.00
338 39 0.02
339 221 0.14
340 215 0.13
341 652 0.40
342 393 0.24
343 75 0.05
344 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAGATTATAATT
AATGTTTGCTTTGA
Found at i:1252 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 112--2404 Score: 1671
Period size: 512 Copynumber: 4.5 Consensus size: 509
102 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * * *
112 CATAATTGATTTTATGATGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTG
* * * * * * *
177 CCTTGAGAAACGTGATTG-AAAGGCCATTGA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCAAAT
66 CCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAAT
* * * * *********** *
240 CCTTTGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAANNNNNNNNNNCATTTTAAGTTAAAT
129 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * * * **
305 TTTTTTATATTTTTGATTGGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AAAAATGTGAAGAAAAA
194 TTGTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAA
* * * *
369 ATCATTCA-TTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAACCCTATTACTCGC
259 ATCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCTCCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
433 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAAATGATTTTA-ATTTATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
323 TTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGA--TA-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * **
497 -GAATTATAATTGAATGCCTGCC-TTGGAAAAAGTGAAGAAAGAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAA
385 AG-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTTAG-AAAAGTGAAGAAA-A-GCTATTAATTGATAAGAAAA
* * * * *
559 CTCCATTTATAGTCACTCGTTCGCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTGTAATC
446 GTCCATTTATAGTCACCCATAC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATC
622 T
509 T
* * *
623 CATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAATAATAATTAATTGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTT
* * * ******
687 ACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCANNNNNN
65 GCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAAT
************* * * *
751 NNNNNNNNNNNNNTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAA
129 CCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAA
* * * *** *
815 TTTGTTTACAATTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAGTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGACAA
193 TTTGTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAA
* * * *
880 ACTCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
258 AATCATTCATTTGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCTCCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
945 TTTAACTGGTTTTACAACCTTATAATTGATTTTATGATGAATGTTTTTATAATTTTGGTTAAAAC
323 TTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTA-GAT-AAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* *
1010 AGATTATAATTGACTGTCTGCCTTTAGAAACGTGAAGGAAAAGCTATTAATTGATAAGAAAAGTC
385 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTTAGAAAAGTGAA-GAAAAGCTATTAATTGATAAGAAAAGTC
** *
1075 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATCATCT
449 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * *
1136 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGATTGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTG
* * *
1200 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTATCAAATCC
66 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAATCC
* *
1265 TTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTT
131 TTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * * * * *
1330 TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAAAAACGTCAAGAAAAAGT
196 GTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAAT
** * *
1395 CATTCATTAAC-AGCAAAAGCCTATTTATAGTCTCCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
261 CATTCATTTGCAAG-AAAAGCCAATTTATAGTCTCCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
1459 TAAATTGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTACG-T-ATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
325 TAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTA-GATAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * ** * *
1522 TGTAATTGAATATTTTCCTTGAAAAAAGATAAAGAAAAATTCATTTATTGATAACAAAAG-CCTA
389 TATAATTGAATGTCTGCCTTTAGAAAAG-TGAAGAAAAGCT-ATTAATTGATAAGAAAAGTCC-A
* * * * * *
1586 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAACCCTTATTACTCAATTTTAATGGTTTTATAAACT
451 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
1645 CATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTG
* * ** * * * * **
1710 CCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTGGTTGGCAAAAAAAGCTCATTTACAGTCA-CCCATGC
66 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAAT-C
* * * * * * * * *
1774 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAGTAGGTTTATAAACTCATAAATGATTTTTAGTTGAATG
130 CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAAT-
** * * * *
1839 TT-TTTAC-ATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA
194 TTGTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAA
** * * * * * * * * * * *
1902 GCCATTCATTGGCAATAAAAGTCC-ATTTTTATTCACCCATA-TCTTCGAATGCCTTATTGCTCA
259 ATCATTCATTTGCAAGAAAAG-CCAATTTATAGTCTCCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * * * *
1965 CTTTTAATGGTTTTATAATATTGTAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTCAAA
322 CTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AGAT-AATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
2030 CAGATTGTAATTGAGTGTCTGCC-TTGGAAAACATGATGAAAAAGC-ATTCATTAATAAGAAAAG
384 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTTAGAAAA-GTGAAG-AAAAGCTATTAATTGATAAGAAAAG
* * * * * *
2093 TCCATTTATAGTCA--CTTGAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTTATAATC
447 TCCATTTATAGTCACCCAT-A-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC
*
2156 A
509 T
* * * * * * * * *
2157 CACAATTGATTTTAACTTAAATGTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATAATAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTTT
* * * * * * * * *
2221 ACCTTGGGAAACATGAA-ACAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAGGTCCATCTATAGTCACTC-A
65 GCCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCAA
* * * * * * * *
2283 AGCATTTGAAAGACTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
127 ATCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTG
* * * ** ** * *
2347 AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTTGCCCTGAAAAAA
191 AA-TTTGTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTG-CCTTAAAAAA
2405 GGGAAGAAAA
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 330, Indels: 94
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 52 0.04
509 223 0.16
510 142 0.10
511 219 0.16
512 539 0.38
513 183 0.13
514 37 0.03
515 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTG
CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCAAATCC
TTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTT
GTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAAT
CATTCATTTGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCTCCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGATAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTGCCTTTAGAAAAGTGAAGAAAAGCTATTAATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
Found at i:2770 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2459--2810 Score: 437
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
2449 TTAAATATTT
* * * * ** *
2459 TACCTCGGGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCATTTGAG
1 TACCTTGGGAAACATGAAAAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCTAAG
* * *
2524 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAACATCATAACTGATTTTAAGTTACAT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAACTGATTTGAACTTACAT
* *
2589 TTTGTTACATTT-TTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATC
131 TTTGTTACATTTCTGA-TTAAAACAAATTACAATTGAATATC
* *
2630 TGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAATCC-ATTTATAGTCACCTA
1 TACCTTGGGAAACATGAAAAAAAA-CTCATTCATTGACAAG-AAAAGCCAATTTATAGTCACCTA
* * *
2693 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTGAACTTG
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CATCATAACTGATTTGAACTT-
* *
2757 A-ATGTTT-TTACATTTCTGATTAAAATATATTACAATTGAATATC
127 ACAT-TTTGTTACATTTCTGATTAAAACAAATTACAATTGAATATC
2801 TACCTTGGGA
1 TACCTTGGGA
2811 CACGTGAAGC
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 20, Indels: 12
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 141 0.91
172 14 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TACCTTGGGAAACATGAAAAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCTAAG
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAACTGATTTGAACTTACAT
TTTGTTACATTTCTGATTAAAACAAATTACAATTGAATATC
Found at i:3971 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3485--4606 Score: 1004
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
3475 NNNNNNNNNT
*
3485 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * *
3550 TGCTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGCAAAAG-CCTATTTATAGTCTCCCA-
64 TGCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAT
* ** * * * *
3613 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATCGCTTTATAAT
128 A-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGGTTTTATAAA
*
3656 CTCATAATTGATTTTACA-TT---TTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACT-TTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * ** * ** *
3716 TTTCCTTGAAAAAAGATGAAGATAAATTCATTTATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
63 TTGCCTTGAAAAACG-TGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
3781 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGGTTTTATAAA
127 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGGTTTTATAAA
**
3824 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * **
3889 TGCCATGAAAAATGTGAAAAAAAAGCCATTAATTGGCAACAAAAGCCCATTTACCGTCACCCATA
64 TGCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * *
3954 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAGTGGGTTTATAAA
129 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGGTTTTATAAA
* * * *
3995 CTCATAACTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTACATATTTT-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * *
4059 TTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTTTAGTCACTCATA
64 TGCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* *
4124 TCTTC-AAATGCCTTATTGCTC-ACTTTTAATGGTTTTATAATA
129 CCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGA-TTTTAATGGTTTTATAA-A
** ** * * * * *
4166 -TTGTAGCTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTGTAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTAC-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
** * * * *** * *
4230 TGCCTTGGCAGACATGACGAAAAAA-CCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAC
64 TGCCTTGAAAAACGTGA-AAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-
* * * *
4294 T-CCTTCGAAAGCCTCATTACTCG-CTTTAAGTTGTTTTTATAAT
127 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAA--TGGTTTTATAAA
* * * * *
4337 CTCACAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * *
4402 TACCTTGAAAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAGGTCCATTTATAGTCACTCA-
64 TGCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCA-ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
4465 AGCGTTTGAAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAAT
128 A-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTTAATGGTTTTATAAA
* *
4508 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT-TTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
4572 TTGCCCTGAAAAAAG-GAAAGAAAAAGGCATTCATT
63 TTGCCTTGAAAAACGTGAAA-AAAAAGCCATTCATT
4607 TGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 139, Indels: 74
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 5 0.01
167 40 0.05
168 92 0.12
169 10 0.01
170 141 0.18
171 304 0.39
172 173 0.22
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
TTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGGTTTTATAAA
Found at i:4226 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3486--4606 Score: 1171
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
3476 NNNNNNNNTC
* *
3486 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
3551 GCTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGCAAAAGCCTATTTATAGTCTCCCA-AG
65 GCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-
* * * *
3615 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATCGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTACATT---
129 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTA-ATTGAA
* * * *
3676 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAAAGATGAAGATA
193 TGTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-AAAAACATGAAGAAA
* * ** *
3740 AATTCATTTATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
256 AAGTCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTC-AAAGCCTTATTACTC
3804 GA-TTTTAATGGTTTTATAA-A
319 -ACTTTTAATGGTTTTATAATA
*
3824 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGT
1 -TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * **
3888 TTGCCATGAAAAATGTGAAAAAAAAGCCATTAATTGGCAACAAAAGCCCATTTACCGTCACCCAT
63 TTGCCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * *
3953 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAGTGGGTTTATAAACTCATAACTGATTTTTAGTTGAA
128 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAA
*
4018 TGTTTTTACATATTTT-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAA
193 TGTTTTTACAT-TTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAA
* * * *
4082 AGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTTTAGTCACTCATATCTTCAAATGCCTTATTGCTCAC
257 AGTCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAA-GCCTTATTACTCAC
4147 TTTTAATGGTTTTATAATA
321 TTTTAATGGTTTTATAATA
** ** * * * *
4166 TTGTAGCTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTGTAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
** * * * * * * * *
4231 GCCTTGGCAGACATGACGAAAAAA-CCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACT
65 GCCTTGAAAAACGTGA-AAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-T
* ** *
4295 -CCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTTATAATCTCACAATTGA-TTTTAACTTG
128 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAG-TGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTG
* * * *
4358 AATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAA-AC
191 AATGTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGA-
* * * * *
4422 AAAAGTCATCCATTAGC-ATAAAAGGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCGTTTGAAAGACTTATTA
254 AAAAGTCATTCATTGGCAATAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATA-C-CTTCAAAGCCTTATTA
* *
4485 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
316 CTCACTTTTAATGGTTTTATAATA
* * * **
4509 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * *
4574 GCCCTGAAAAAAG-GAAAGAAAAAGGCATTCATT
65 GCCTTGAAAAACGTGAAA-AAAAAGCCATTCATT
4607 TGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 110, Indels: 52
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 148 0.23
340 14 0.02
341 199 0.31
342 95 0.15
343 169 0.26
344 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACC
TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAATGT
TTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTC
ATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTTA
ATGGTTTTATAATA
Found at i:4454 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 3485--4606 Score: 1242
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 508
3475 NNNNNNNNNT
*
3485 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * *
3550 TGCTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGCAAAAGCCTATTTATAGTCTCCCAAG
64 TGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAG
* * * *
3615 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATCGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTTTTT
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGCTTTATAATATCATAACTAATTTTACATTTTTT
* * * * * **
3680 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAAAGATGAAGATAAATTC
194 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAACATGAAGAAAAAACC
* * * *
3745 ATTTATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTT
259 ATTCATTAATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGACTTT
* * * *
3810 AATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGCAGAT
324 AATGGTTTTATAAACTCACAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTACTTTTTGAGTTAAAACAGAT
* * * * *
3875 TATAATTGAATGTTTGCCATGAAAAATGTGAAAAAAAAGCCATTAATTGGCAACAAAAGCCCATT
389 TATAATTGAATGTCTACCATGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATCAATTAGCAACAAAAGCCCATT
* * * *
3940 TACCGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTCAGTGGGTTTATAAA
454 TACAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATGGGTTTATAAA
* * *
3995 CTCATAACTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTACATATTTT-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * *
4059 TTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCC-ATTTTTAGTCACTCAT
64 TGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-
* * * * * * ** *
4123 A-TCTTCAAATGCCTTATTGCTCACTTTTAATGGTTTTATAATATTGTAGCTAATTTTA-AGTTG
127 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGCTTTATAATATCATAACTAATTTTACA-TT-
* * * ** * *
4186 AATTTTGTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTTG-GCAGACATGACGA
190 --TTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAACATGAAGA
*
4250 AAAAACCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACT-CCTTCGAAAGCCTCATTAC
252 AAAAACCATTCATTAATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-TACCTTCGAAAGCCTCATTAC
* *
4314 TCG-CTTTAAGTTGTTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTGA-
316 TCGACTTTAA--TGGTTTTATAAACTCACAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTAC-TTTTTGAG
* * * * * *
4377 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTAGCATA
378 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATCAATTAGCA-A
* * * * * * *
4442 -AAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
442 CAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGGTTTATA
*
4506 AT
507 AA
* * *
4508 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * *
4573 TGCCCTGAAAAA-AGGAAAGAAAAAGGCATTCATT
64 TGCCTTGAAAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT
4607 TGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 85, Indels: 36
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 120 0.24
510 36 0.07
511 6 0.01
512 76 0.15
513 210 0.41
514 58 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGCTTTATAATATCATAACTAATTTTACATTTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAACATGAAGAAAAAACCAT
TCATTAATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGACTTTAA
TGGTTTTATAAACTCACAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTACTTTTTGAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCATGAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATCAATTAGCAACAAAAGCCCATTTA
CAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGGTTTATAAA
Found at i:5686 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5210--6211 Score: 899
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
5200 NNNTACAACT
* * * * *
5210 TCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAACACAGATTATAATTGACTGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
5275 TGTCTTGAGAAACATTAAG-AAAAGCCATTGATTGATAA-AAAATCCCATTTATAGTCAGCCATT
65 TGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-T
* * * ** **
5338 CCCTT-AAAAGCCTTATTTCTTACTTTAAACAGTTTTATAATC
129 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
5380 TAATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTA-TTTTTTTGTTAAAACATATTGTAATTGAATATTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * * * * *
5444 GCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCATTTG-CAGGAAAAGCCCATTTATAGCCACCAAAG
66 GCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATG
* **
5508 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCATTATAATC
130 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * *
5550 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGCAATTAAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
5615 CCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
66 GCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
** *
5680 CTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATC
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
5721 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
5785 TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTACAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATG
65 TGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
5850 TCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATC
130 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** * * * *
5892 TCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTAGTTTTTTAGCTAAAACATATTGTAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * *** * * * * **
5957 GCC-TCAGGAA-ATGTAAAGAGAAATTTATTCATTGGCAAGAAAAGCCAATTCATTGTCACTTGA
66 GCCTTGAAAAACATG--AAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCA
* * * *
6020 -GCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGTTTTTAATGGTTTTATAATA
128 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
** * * * * *
6063 TCATAGCTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACTTTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * * * * *
6128 GGTTTGGAAAACATGAAG-AAAAACCATTTATTGTCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGC
66 GCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
*
6192 CTTCGAAAGCCTTCTTACTC
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTC
6212 TTTTTAANNN
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 145, Indels: 28
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 30 0.04
169 29 0.04
170 164 0.24
171 437 0.65
172 10 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
GCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:5890 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5211--6218 Score: 1045
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 338
5201 NNTACAACTT
* * * * * * *
5211 CATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAACACAGATTATAATTGACTGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTGTAATTGAATGTTT
* * * * * * * * *
5276 GTCTTGAGAAACATTAAG-AAAAGCCATTGATTGATAAAAAATCCCATTTATAGTCAGCCATTCC
65 GCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-TGC
* * * * ** * *
5340 CTT-AAAAGCCTTATTTCTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAGGTTGAATG
129 CTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* * * * * * *
5404 TTTTTATTTTTTTGTTAAAACATATTGTAATTGAATATTTGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAACC
193 TTTTTATTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-C
* * * *
5469 CATTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTATAGCCACCAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
257 CATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTT
5534 AAATGGCATTATAATCC
322 AAATGGCATTATAATCC
* * *
5551 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGCAATTAAATGTTTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTG
* *
5616 CCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC
66 CCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
5681 TTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
130 TTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * *
5746 TTTTGAATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGC
194 TTTT-ATTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-C
* * * * * *
5811 CATTCATTGGCTA-CAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTT
257 CATTCATTGGC-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTT
** *
5875 TAAATGGTTTTATAATCT
321 TAAATGGCATTATAATCC
* * ** * *
5893 CATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTAGTTTTTTAGCTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTG
* * * *** * * * * **
5958 CC-TCAGGAAATGTAAAGAGAAATTTATTCATTGGCAAGAAAAGCCAATTCATTGTCACTTGA-G
66 CCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACAA-AAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCATG
* ** * * ** *
6021 CCTTCGAAAGTCTTATTACTCGTTTTTAATGGTTTTATAATATCATAGCTGATTTTAAGTTCAAT
128 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* **
6086 TTTGTTACTTTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGGTTTGGAAAACATGAAGAAAAA
193 TTT-TTA-TTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
6151 CCATTTATTGTCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCTTTT
256 CCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTT
6216 TAA
321 TAA
6219 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 106, Indels: 19
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 29 0.05
340 61 0.11
341 138 0.25
342 322 0.58
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTG
CCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTATTTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCATT
CATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
GGCATTATAATCC
Found at i:7254 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6744--8303 Score: 1126
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
6734 NNNNNNNNCT
* * * * *
6744 CATGTCTTCAAAA-ACTTAATTAATCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTCGGT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGT
* * * * * * *
6808 TGAATTTTTTTACCTTTTTCGTTAAAATAGATTACAATTAAATGTTTGCCTAGGGAAACAA-GAA
65 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAA-AATGAA
* * * *
6872 GAAAAA-CTTATTCATTTACAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
128 GAAAAAGC-CATTCATTTGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACC
* * * * * * ** *
6915 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAA-TGAATTTTTTGA
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG-ATTTTAGGT
* * * * * * **
6979 TGACTTTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGA
65 TGA--ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAAATGA
* * * * * *
7044 AGAAAGAGCCATTGA-TTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCAGC
127 AGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACC
* * * * *
7088 CATGCCTTCAAAAACCTCATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAGGTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT
* * *
7153 GAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAGAAATGAAGA
66 GAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAAATGAAGA
* * * *
7218 CAAACCCATTCATTTGTAGGAAAAGCTCATTTATAGTCACC
130 AAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACC
* * * * * *
7259 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT
* *
7324 GAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAA
66 GAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAAA-TGAAG
* *
7388 AAAAAGCCATTCA-TTGACAA-TAAAG-TCCATTTATAGTCACT
129 AAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACC
* * * ** * * *
7429 CATACCTTGAAAAGCCTTATTACTTGAATTCAAT-GATTTTATAATCTAATAATTGATTTTA-GT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGT
* * * * * *
7492 TGTATGTTTTTGTA-TTTTTGA-TTAAAAGAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGA
65 TGAAT-TTTTT-TACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAA-ATGA
* * *
7555 AGAAAAAGCCATT-TTTTGACAACAAAAG-TCCATTTATAGACACC
127 AGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACC
** * *
7599 CATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT
* * * * * * ** *
7664 GAATTGTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTT-GCTTCGAGAAACGTAAAG
66 GAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-G-GAAAAATGAAG
* * * * *
7728 AGAAA-CTCTTTCATTGGCAAGAAAAGCTAATTCT-TAGTCACTT
129 AAAAAGC-CATTCATTTGCAAGAAAAGCTCATT-TATAGTCAC-C
* * * * * * * *
7771 GA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATTATATCATAGCTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT
* * * * *
7835 GAATTTTGTTACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTGGAAAATATGAAG-
66 GAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAA-ATGAAGA
7899 AAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC
130 AAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACC
* * ** * * *** * ** **
7940 TAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTAGTTTTTTTAATTTCTTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAC
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATAGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAGG
* * * * * * * * *
8004 TTGAATGTTTTTACATTTCT-GATTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTACATTAGGAAAGATGA
64 TTGAATTTTTTTACTTTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAAATGA
* * * * * *
8068 AGCAAAAGTCATAT-ATTAGCGTA-AAAAG-TCCACTTATAGTCACT
127 AGAAAAAGCCAT-TCATTTGC-AAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACC
* ** * * * *
8112 CAAGCCTTTGAAA-CACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGT
1 CATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGT
* ** * * * * * *
8176 TAAATTTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAAAAAAGTGA
65 TGAA-TTTTTTT-ACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAAA-TGA
* * *
8241 AGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACT
127 AGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACC
* *
8285 CATTCCCTCAAAAGCCTTA
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTA
8304 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 225, Indels: 112
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 77 0.07
170 220 0.20
171 494 0.45
172 101 0.09
173 210 0.19
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT
GAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAAATGAAGAA
AAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACC
Found at i:7596 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7558--7596 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
7548 AACATGAAGA
* *
7558 AAAAGCCATTTTTTGACAAC
1 AAAAGCCATTTATAGACAAC
7578 AAAAGTCCATTTATAGACA
1 AAAAG-CCATTTATAGACA
7597 CCCATATCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.31
21 11 0.69
ACGTcount: A:0.44, C:0.18, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCCATTTATAGACAAC
Found at i:7626 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6749--8046 Score: 1110
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 341
6739 NNNCTCATGT
* * * ** * *
6749 CTTCAAAAACTTAATTAATCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTCGGTTGAATT
1 CTTCAAAAACCTCATTATTCGAATTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAATT
* * * * * * * * *
6814 TTTTTACCTTTTT-CGTTAAAATAGATTACAATTAAATGTTTGCCTAGGGAAACAA-GAAGAAAA
66 TTTTTA-CTTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCT-TGGAAAAAATGAAGAAAA
** * ** *
6877 ACTTATTCATTTACAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
129 ACCCATTCATTTGCAACAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * *
6942 TTTAAATGGTTTTACAATCTTATAA-TGAATTTTTTGATGACTTTTTTTTTTCA-TTTTTAGTTA
193 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTTA-TTA
* * * * * * * *
7005 AAACATATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTGATTGATAACAAA
254 AAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAA
*
7070 AGCCCATTTATAGTCAGCCATGC
319 AGCCCATTTATAGTCAGCCATAC
** *
7093 CTTCAAAAACCTCATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAGGTTGAATT
1 CTTCAAAAACCTCATTATTCGAATTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAATT
* * * *
7158 TTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAGAAATGAAGACAAAC
66 TTTTTACTTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAAC
* **
7223 CCATTCATTTGTAGGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 CCATTCATTTGCAACAAAAGC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
7288 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
195 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
* *
7353 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAA-TAAAGTCCA
260 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCA
7417 TTTATAGTCA-CTCATAC
325 TTTATAGTCAGC-CATAC
* * * * * *
7434 CTTGAAAAGCCTTATTACTT-GAATTCAAT-GATTTTATAATCTAATAATTGATTTTA-GTTGTA
1 CTTCAAAAACCTCATTA-TTCGAATTAAATAG-TTTTATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAA
* * *
7496 TGTTTTTGTA-TTTTTGA-TTAAAAGAAATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAAACATGAAGA
64 T-TTTTT-TACTTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAAA-ATGAAGA
* * * * **
7558 AAAAGCCATT-TTTTGACAACAAAAGTCCATTTATAGACACCCATA-TCTTTAAAAGCCTTATTA
126 AAAACCCATTCATTTG-CAACAAAAG-CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
7621 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACTTTTTTTGTT
188 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * * * *
7686 AAAATATATTGTAATTGAATGTTT-GCTTCGAGAAACGT-AAAGAGAAA-CTCTTTCATTGGCAA
253 AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAAAAGTGAAA-AAAAAGC-CATTCATTGACAA
* ** *
7748 GAAAAGCTAATTCT-TAGTCA--CTTGAGC
315 CAAAAGCCCATT-TATAGTCAGCCAT-A-C
* * * * ** * * * * * * *
7775 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATTATATCATAGCTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAACCTCATTATTCGAATTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAATT
* ** * * * * *
7840 TTGTTACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTGGAAAATATGAAG-AAAAG
66 TTTTTACTTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAAC
* * * * * ***
7904 CCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTAGTTTTT
131 CCATTCATTTG-CAACAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * * * * * *
7968 TTAATTTCTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTCTGATTAAAAT
194 TTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
8033 ATATTATAATTGAA
258 ATATTATAATTGAA
8047 AGTCTACATT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 133, Indels: 62
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 17 0.02
340 194 0.25
341 200 0.25
342 168 0.21
343 23 0.03
344 187 0.24
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
CTTCAAAAACCTCATTATTCGAATTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAATT
TTTTTACTTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAAC
CCATTCATTTGCAACAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATA
TTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCAT
TTATAGTCAGCCATAC
Found at i:7754 original size:511 final size:504
Alignment explanation
Indices: 6762--8283 Score: 1465
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 504
6752 CAAAAACTTA
* * * ** *
6762 ATTAATCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTCGGTTGAATTTTTTTACCTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * *
6827 CGTTAAAATAGATTACAATTAAATGTTTGCCTAGGGAAACAA-GAAGAAAAA-CTTATTCATTTA
66 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT--TGAAAAAATGAAAAAAAAGC-CATTCATTGA
* * *
6890 CAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
128 CA--AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGATTT
* * * *
6954 TACAATCTTATAA-TGAATTTT-TTGATGACTTTTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACATATTAT
189 TATAATCTAATAATTG-ATTTTATTG-T-A--TGTTTTTAT-ATTTTTGA-TTAAAACATATTAT
* * * * * *
7016 AATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTGATTGATAACAAAAGCCCATTTAT
247 AATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAACAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
7081 AGTCAGCCATGCCTTCAAAAACCTCATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATT
312 AGTCACCCATACCTT-TAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
7146 TTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAGAA
376 TTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT-GCTT--GAGAA
* * * * *
7211 A-TGAAGACAAACCCATTCATTTGTAGGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
438 AGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
7275 TT
503 TT
* *
7277 ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
*
7342 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACA
66 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAA-TGAAAAAAAAGCCATTCATTGACA
* *
7407 ATAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTGAAAAGCCTTATTACTTGAATTCAATGATTTTAT
130 A-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTG-AAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGATTTTAT
* * *
7471 AATCTAATAATTGATTTTAGTTGTATGTTTTTGTATTTTTGATTAAAAGAAATTATAATTGAATG
192 AATCTAATAATTGATTTTA-TTGTATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
* * *
7536 TTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTTTTGACAACAAAAGTCCATTTATAGACACCCA
256 TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
7601 TATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
321 TACCTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * *
7666 ATTGTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACGTAAAGAGA
385 ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTT-GAGAAA-GTGAAGAAA
* * * ***
7731 AACTCTTTCATTGGCAAGAAAAGCTAATTCT-TAGTCACTTGAGCCTTCGAAAGCCTT
448 AACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATT-TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * * *
7788 ATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATTATATCATAGCTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACTTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
7853 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTGGAAAATATG-AAGAAAAGCCATTCATTGACA
66 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAAAATGAAAAAAAAGCCATTCATTGAC-
* * ** * **
7917 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTAGTTTTTTTAATTTCTTTTT
129 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-AGCC-TTGAAAGCCTTATTACTTGATTTAA-ATGATTTT
* * * * * *
7981 ATAATCTCATAATAGATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTCTGATTAAAATATATTATAATTGA
190 ATAATCTAATAATTGATTTT-A-TTGTATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * * * * * *
8046 AAGTCTACATT-AGGAAAGATGAAGCAAAAGTCATATATT-AGCGTA-AAAAGTCCACTTATAGT
253 ATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGA-C-AACAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
8108 CACTCA-AGCCTTTGAAACACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTT
315 CACCCATA-CCTTTAAAAC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * ** * * *
8172 AAGTTAAATTTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAAAAAA
378 AGGTTGAA-TTTTTTT-ACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTG-CTTG-AGAAA
*
8237 GTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAC
439 GTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCAC
8284 TCATTCCCTC
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 136, Indels: 68
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.01
510 28 0.03
511 350 0.42
512 46 0.05
513 150 0.18
514 74 0.09
515 171 0.20
516 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAA
AAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGATTTTATAATC
TAATAATTGATTTTATTGTATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGC
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
TTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
TTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTTGAGAAAGTGAAGAAAAACACATT
CATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
Found at i:10804 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10433--11168 Score: 660
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
10423 NNNNNNTTTT
* * * ** *
10433 TCTTCACTTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAATGAAAAATTTAAAAAAATTT
1 TCTTCA-TTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * *
10498 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGGAGTAATAAGTG-TTTCAAAGGCTT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTT
* * * *
10562 AAGTGACTATAAGTGGACTTCTT-ATGCAAATGGAT-GACTTT
129 AAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGC-AATGAATAG-CTTC
* * * *
10603 TGCTTCATCTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATT
1 T-CTTCAT-TTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATT
* * ** *
10668 CAAGTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAAGAATTTAAAAAGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCT
64 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* *
10733 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATAAATAGCTTC
128 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTC
*** * * * * *
10775 TCTTCATGTTTTCCAAACCATATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAACAAAGTAACAAAATT
1 TCTTCAT-TTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA-AAAGTAAAAAAATT
* * * *
10839 GAACTTAAAATCAACTATGATATTATAAAACCA-TTAAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-T
64 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* **
10902 TGAAGTGACAATAAATTGG-CTTTTCTTGCCAATGAATAAATTTC
128 T-AAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-AGCTTC
* * * * * * *
10946 TCTTGATATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAAACTAAAAAAATTC
1 TCTTCATTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * * * * *
11011 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA
* * * *
11076 GGTGACTATAAATGGACTTTTGTAGCCAATGAAT-GACTATT
130 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAG-CT-TC
* * * * * * *
11117 TCTTCATGTTTTTCATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAA
1 TCTTCAT-TTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
11169 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 82, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 66 0.14
171 311 0.67
172 76 0.16
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TCTTCATTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATAGCTTC
Found at i:11123 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 10452--11162 Score: 799
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
10442 TTTCCAAGGT
* * ** * * *
10452 AGACATTCAATTATAATAC-ATTTTAATGAAA-AATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAA-CAAACAAAGTAACAAAATTGAACTTAAAATCAACTAT
* * * ** *
10515 GAGATTATAAAACTATTTAAAAGGAGTAATAAGTGTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAGTGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTAAGTGACAATAAGTGGAC
* * * * * *
10580 TTCTTATGCAAATGGATGACTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
129 TTCTTATGCAAATGAATAAATTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATATATT
* ** * ** * *
10645 TTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAAGAATTTAAAAA
194 TTAACCAAAAAACTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAAAAA
* * *
10710 GAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATAAATAGCTTC
259 GAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGACAATAAATAGCTTC
10775 TCTTCATGTTTTCCAAACC
324 TCTTCATGTTTTCCAAACC
* *
10794 ATATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAACAAAGTAACAAAATTGAACTTAAAATCAACTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAACAAAGTAACAAAATTGAACTTAAAATCAACTATGA
* * *
10859 TATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TTGAAGTGACAATAAATTGG-C
66 GATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTT-AAGTGACAAT-AAGTGGAC
* * * ** *
10922 TT-TTCTTGCCAATGAATAAATTTCT-CTTGATATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATATG
129 TTCTT-ATGCAAATGAATAAATTT-TGCTTCATATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATATA
*
10985 TTTTAACCAAAAAACTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAA
192 TTTTAACCAAAAAACTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAAA
* * * * * * *
11049 ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTAGCCAATGAAT-GAC
257 AAGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGACAATAAATAG-C
* * ***
11113 TATTTCTTCATGTTTTTCATGGC
321 T-TCTCTTCATGTTTTCCAAACC
*
11136 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
11163 CAAAAATNNN
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 57, Indels: 16
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 72 0.24
342 225 0.74
343 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAACAAAGTAACAAAATTGAACTTAAAATCAACTATGA
GATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTAAGTGACAATAAGTGGACTT
CTTATGCAAATGAATAAATTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATATATTTT
AACCAAAAAACTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAAAAAGA
GTAAGAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGACAATAAATAGCTTCTC
TTCATGTTTTCCAAACC
Found at i:11586 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11270--11920 Score: 760
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
11260 NNNNNNNNNN
* * * *
11270 ATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTTGGTAACTATAT
1 ATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-TGGGTGACTATAA
* * **
11334 ATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGAAAACAATCAGTCGTAA
65 ATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACAATCAATTATAA
** * *
11399 TCTGTTTTCTCAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTGAAATCA
130 TCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
11440 ATTATGAG-TTGATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATT-ATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
* * * * * * * *
11503 ATGGGCTTTTCTTATC-AATCAATG-GTTTTTCCTTTATGTTTCTCAAAGCAGACAGTCAATTAT
65 ATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGAGTTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGAAAACAATCAATTAT
* *
11566 AATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCATCATAAAATCA
128 AATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* ** * *
11610 ATTATGAGTTTGCAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAA
* ** * * * *
11674 ATTGGCTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTCGTCTTCATGTTTC-CTGAGGAAAACAGTCAATTGTA
65 ATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGAAAACAATCAATTATA
* *
11738 ATCTGTTTTAATTAAAAATTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * **
11781 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAACATATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAA
** * *
11846 TGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAA
66 TGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACAATCAATTATAA
*
11910 TTTGTTTTAAC
130 TCTGTTTTAAC
11921 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 60, Indels: 30
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 78 0.19
170 92 0.23
171 223 0.55
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAA
TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACAATCAATTATAAT
CTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
Found at i:12531 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12219--12625 Score: 484
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
12209 NNNNNNNNNN
* * *
12219 CTTCAC-TTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATATAAAAACAATT
1 CTTCACGTTTTTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATT
* * *
12283 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTCAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
63 TAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTCAAACCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
*
12348 GAGAGACTATAAATAGGCTTTTGTTGTC-AATGAATGATTTTTT
128 GAGAGACTATAAATAGGCTTTTCTTG-CAAATGAATGA-TTTTT
* * * *
12391 CTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAGTTATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTTA
1 CTTCACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTA
* *
12456 ACTT-AAATTAAATTATGAGATTATAAAGCTATTT-AAAGCCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATT
65 ACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAGCCATTTCAAA-CCAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CT
* *
12519 TG-GTAG-CTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATTATTTTT
127 TGAG-AGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCAAATGAATGATTTTT
* *** * *
12561 CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTA
1 CTTCACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTA
12626 TCCTGTTTTA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 26, Indels: 16
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 63 0.31
171 79 0.39
172 49 0.24
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CTTCACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAA
CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTCAAACCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
AGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCAAATGAATGATTTTT
Found at i:13221 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13053--13347 Score: 434
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 161
13043 ATTTGTTGCC
*
13053 AATGAATTCCTTTTCCTTCACT-TTTTCTAAGGTAAACACTCAATTATAATC-CGTTTTAA-TAA
1 AATGAATGCCTTTTCCTTCA-TGTTTTCTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTC-TTTTAACT-A
*
13115 AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCGATTTAAAGCGAGTAAT
63 AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCGATTTAAAGCGAGTAAT
13180 AAGGCTTGGGAGATTATAAATAGGCTTTTGCTATT
127 AAGGCTTGGGAGATTATAAATAGGCTTTTGCTATT
* * * *
13215 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAA
* * * * *
13280 ATGTCAAAAAATTTAACTTAAATTAAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCGATTTAAAGCGAGTAATAAGG
13345 CTT
131 CTT
13348 TCGAATGATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 11, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 60 0.50
162 57 0.48
163 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
AATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCGATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTGGGAGATTATAAATAGGCTTTTGCTATT
Found at i:14702 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13956--14925 Score: 973
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
13946 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
13956 TCTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTT
1 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTC
* * * *
14021 AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-AT
* * * * *
14086 GA-TAACTATAAATGGGATTTTCTTACTAATGAATGGGTTTT
129 GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * *
14127 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTT
1 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTC
* * * * *
14192 AACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * *
14257 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATCAATAGCTTTT
130 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * * * *
14298 CCTTCATGTTCCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAACAATATAAAAATATTC
1 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTC
* * * * * * * *
14363 ATCATAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTTAAGG-CTT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* ** *
14427 AGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTGTAAATGAATGAG-TTTG
130 A-GTGACTATAAATGGGC-TTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTT
* * * * * ** *
14470 TCTTCATCTTTCCCAAGATAAACACTCAATTGTAATCTGTTTTAATGAAAAATGTTAAAAATTCA
1 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCA
* * * * ** * *
14535 ACCTAAAACCAGTTATGAGATTAGAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA
66 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* *
14600 GTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
131 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * *
14640 TCTCCACT-TTTCTCAAGGTAGACAATCAATTCTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC
1 TCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC
* * * * * *
14704 AATTTACAATTAATTATCATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAAT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAAT
* * * *
14768 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTT
129 GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * * *
14810 TCTTCACTTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAATATATTAAAAAA
1 TCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAA-AT-GT-AAAAA
*
14874 ATTTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
61 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
14926 TGTCTTACCA
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 132, Indels: 27
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 195 0.30
171 339 0.52
172 64 0.10
173 2 0.00
174 46 0.07
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
Found at i:15508 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 15331--15641 Score: 397
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
15321 CTATTTAAAG
** * *
15331 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTGCTGCCAATGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGCTGCCAATGAATGACTT
** *
15396 TTTCTTCACGATCTTCAAGGCAGCCATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
66 TTTCTTCACGATCTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
15461 TTAACTTAAAATTAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTAAAAT
131 TTAACTTAAAATTAATT----------AAAACCATTAAAAT
* * * **
15502 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTTAATGAATGACTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGCTGCCAATGAATGACTT
* * *
15567 TTTCTTTACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
66 TTTCTTCACGATCTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
15632 TTAACTTAAA
131 TTAACTTAAA
15642 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 15, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 125 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGCTGCCAATGAATGACTT
TTTCTTCACGATCTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
TTAACTTAAAATTAATTAAAACCATTAAAAT
Found at i:18116 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 16730--18312 Score: 1497
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 511
16720 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
16730 CTATAAATGGGCTTTTTTTGTAAATGAATGAG-TTTGTCTTCATC-TTTCCCAAGAAAAAAACTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATG-GCTTTTTCTTC-TCGTTTCCCAAGGCAGACATTC
* * * * * *
16793 AATTGTAATCTGTTTTAGTGAAAAAT-GCAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATA
64 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGGAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATA
* * *
16857 AAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCAGG
128 AAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGG
* * * * *
16921 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTCTAATTTGGTTTAATC-A
192 TCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAA
* * * * * * *
16985 AAAATGTAAAAAATTCAATTTACAATCAATTATCATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
255 AAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAA
* * *
17050 GGCTTTTGAAA-GAATGAG-TAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA--AGCCTTTTTCTT
320 GGC-TTTCAAAGGCATGAGCTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-C-TTTTCTT
* * * * *
17111 CACCATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTTACTAAAAATATATTAAAAAAATTT
382 TA-CATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACT-AAAA-A-AGTAAAAAAATTT
* * *
17175 CACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTG-TTTCAAATG-CT
443 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAA-GCCT
*
17238 TGAGTGA
506 TG-GTGG
* * * * * * * * * *
17245 CTATAAGTGGACTTTGT-ATACTAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGATATTCA
1 CTATAAATGGACTTT-TCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCTCGTTTCCCAAGGCAGACATTCA
* *
17309 ATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA
65 ATTATAATATATTTTAATCAAAAATGGAAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA
* * * * ** *
17374 AATAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGC-TTACGTGACTATAAATGCACTTTTCCT-A
130 ACT-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTT-CTGG
* * * ** * *
17437 TCAATGAATGGTGTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGACAGATATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAA
192 TCAATGAATGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * * ** * * *
17502 AAAAGTAGCAAAATTTAGCTTAAAATCAGCTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCAATTAACAA
256 AAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAA
** * * * *
17567 GGCTTTTGAAGGC-TTAACTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGCTTTTCTTTAC
320 GGCTTTCAAAGGCATGAGCTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGCTTTTCTTTAC
* * * *
17631 ATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTCTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTTAACCTAA
385 ATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAA
** * *
17696 AATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATCGGTGG
450 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCC-TTGGTGG
* *
17759 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-TACG-TTCTTCAAGGCAGACATTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCT-CGTTTC-CCAAGGCAGACATTC
* * * * *
17822 AATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATA
64 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGGAAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATA
* * * * * *
17886 AAACTATTGAAATCGAGTAATACGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTGGT
128 AAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGT
* * *
17951 TAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
193 CAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
* * * *
18016 AATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTGAAATCAAGTAATAAG
257 AATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAG
* * * **
18081 GCTTTCAAAGGCATGGGCT-ACTATAAATGGGCTTTTGTTGTAAATGAATGA-CTTTT-TCTT-C
321 GCTTTCAAAGGCATGAGCTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGCTTTTCT-TTAC
* * * * * * * * * *
18142 ATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTCACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTT
385 AT-TTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTT
* ** *
18207 AAAATTAATTATGAGATTATAAAGGCATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTTCCG-AGCGCTTGGAT
448 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGC-CTTGG-T
18270 GG
510 GG
* * *
18272 ATTTAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTC
18313 ATACTTTTCG
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 173, Indels: 71
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.00
512 24 0.03
513 317 0.37
514 175 0.20
515 104 0.12
516 121 0.14
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518 1 0.00
519 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCTCGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
TTATAATATATTTTAATCAAAAATGGAAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA
CTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTCAA
TGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATG
TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
CAAAGGCATGAGCTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGCTTTTCTTTACATTTCT
TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGGTGG
Found at i:18281 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16730--18314 Score: 1081
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
16720 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** ** * *
16730 CTATAAATGGGCTTTTTTTGTAAATGAATGAGTTTGTCTTCATCTTTCCCAAGAAAAAAACTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * *** * * * *
16795 TTGTAATCTGTTTTAGTGAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * **
16860 CTATTTAAAGT-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGT-GA
131 CCATTGAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GTGGA
* ** * * * * * *
16901 CTATAAATGGGCTTTTCAGGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * * *
16965 ATTCTAAT-TTGGTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTACAATCAATTATCATATTATA
65 ATTATAATCTT-TTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
17027 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGT-AA
128 AAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATG-GTGGA
* * * * *** * * *
17071 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACCATTTCCAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * *
17136 TTATAATCTATTCTT-ACTAAAAATATATTAAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TTATAATCT-TTTTTAAC-AAAAA-AT-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
17200 AAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGTG-TTTCAAATGCTTGAGT-GA
127 AAAACCATTGAAA-TCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATG-GTGGA
* * * * * * * ** * * *
17245 CTATAAGTGGACTTTGT-ATACTAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGATATTCA
1 CTATAAATGGACTTT-TCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
17309 ATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTATAA
65 ATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-A
** * * * * * *
17373 AAATAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCTTACGT-GA
128 AAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGGA
* * * ** * * *
17417 CTATAAATGCACTTTTCCTAT-C-AATGAATG-GTGTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGACAGATATT
1 CTATAAATGGACTTTT-CT-TGCAAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATT
* * * ** * ** *
17479 CAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAAAGTAGCAAAATTTAGCTTAAAATCAGCTATGATATTATA
63 CAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * ** * **
17544 AAACTATTAAAAGCAATTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAACT-GA
128 AAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGGA
* * *
17588 CTATAAATTGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGAGC-TTTTCTTTACAT-TTCTT-AAGGTAAACAT
1 CTATAAA-TGGACTTTTCTTGCAAATGAATGA-CTTTTTC-TT-CATGTTTTTCAAGGCAAACAT
* * * * * *
17649 TCAATTACAATATGTTCTAACTAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTG
62 TCAATTATAATCTTTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
17713 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATCGGTGG-
126 TAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGGA
* * * * * *
17759 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTCTTCAAGGCAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * *
17824 TTATAAT-TTGTTTTAACAAAAAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAA
66 TTATAATCTT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
17888 ACTATTGAAATCGAGTAATACGGCTTTCAAAGGAATGG-GTGA
130 ACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTG-GA
* * * ** *
17930 CTATAAATGGGCTTTTGTGGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * *
17995 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
18060 CCATTGAAATCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG-GCTA
131 CCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTG-GA
* * * *
18101 CTATAAATGGGCTTTTGTTGTAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
18166 TTATAATCTTTTTTCACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAG
66 TTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** *
18231 GCATTTAAGA-CGAGTAATAAGGC-TTCCGAGCGCTTGGATGGA
131 CCATTGAA-ATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GCATGG-TGGA
* **
18273 -TTTAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCAT
18315 ACTTTTCGAN
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 226, Indels: 100
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 147 0.13
171 700 0.62
172 150 0.13
173 18 0.02
174 115 0.10
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTGGA
Found at i:18281 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 16730--18314 Score: 1273
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 339
16720 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** * * *
16730 CTATAAATGGGCTTTTTTTGTAAATGAATGAGTTTGTCTTCATCTTTCCCAAGAAAAAAACTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAA
* * ** * * *
16795 TTGTAATCTGTTTTAGTGAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTTTTTTA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
16860 CTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCAGGTCA
130 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCTTGATG-GACTATAAATGGGCTTTTCTGGTCA
* * * * * * *
16924 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTCTAATTTGGTTTAATCAAAAA
192 ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA
* * * * *
16989 TGTAAAAA-ATTCAATTTACAATCAATTATCATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
257 TGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
17053 TTTTGAAA-GAATGAGTAA
322 -TTTCAAAGGCATGGGTGA
* * * * *** *
17071 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACCATTTCCAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAA
* *
17136 TTATAATCTATTCTTACTAAAAATATATTAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TTATAATCT-TTTTTAC-AAAAA-AT-GTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
17200 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTG-TTTCAAATGCTTGA-GTGACTATAAGTGGACTTTGTA
126 AAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTC-GAGGCTTGATG-GACTATAAATGGGCTTT-TC
** * * * * * * *
17263 TACT-AATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAAT
186 TGGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAT
* * ** *
17327 CAAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAACGAGTA
251 CAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * **
17392 AGAAGGCTTTCGAAGGCTTACGTGA
315 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGA
* * * * * * * *
17417 CTATAAATGCACTTTTCCTATCAATGAATG-GTGTTTTCTTCCTGTTTCCCAAGACAGATATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCA
* * * ** * * ** *
17481 ATTATATTCTGTTTTAACAAAAAAAGTAGCAAAATTTAGCTTAAAATCAGCTATGATATTATAAA
65 ATTATAATCT-TTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
17546 ACTATTAAAAGCAATTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAACT-GACTATAAATTGGCTTTTCTTGCC
129 AC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCTTGA-TGGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTC
* ** * * *
17610 AATGAATGAGC-TTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTCTAA-CTAA
191 AATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AA
* * * * **
17673 AAAAGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
254 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * *
17738 GGCTTTTGAAGCCATCGGTGG
319 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGA
* * * *
17759 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTCTT-CAAGGCAGACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT-TTCCAAGGCAGACATTCA
* * * *
17823 ATTATAAT-TTGTTTTAACAAAAAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAA
65 ATTATAATCTT-TTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** * *
17887 AACTATTGAAATCGAGTAATACGGCTTTCAAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGGCTTTTGTGGT
128 AAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGCTTGATG-GACTATAAATGGGCTTTTCTGGT
* * *
17951 TAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAA
190 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AA
* * * * *
18015 AAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTGAAATCAAGTAATAA
254 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
18080 GGCTTTCAAAGGCATGGGCT-A
319 GGCTTTCAAAGGCATGGG-TGA
* * * * * *
18101 CTATAAATGGGCTTTTGTTGTAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAA
* * *
18166 TTATAATCTTTTTTCACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAG
66 TTATAATCTTTTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-
* * * * *
18231 GCATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTTCCGAGCGCTTGGATGGA-TTTAAATGGACTTTTCTTG-C
129 ACATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAG-GCTT-GATGGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTC
**
18293 AAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
191 -AATGAATGACTTTTTCTTCAT
18315 ACTTTTCGAN
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 234, Indels: 77
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 67 0.07
342 472 0.49
343 157 0.16
344 142 0.15
345 42 0.04
346 90 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAA
TTATAATCTTTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCTTGATGGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTCAATGA
ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTA
AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
AAAGGCATGGGTGA
Found at i:19057 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 18509--19423 Score: 843
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 172
18499 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
18509 TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTG-CAAATGAATGAGTTTGTCTTAATGTT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
** * * ** * * ** *
18573 TTCCTTGGAAAACATTCAATGGTAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAA
65 TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTTAACTTAAAA
* *
18637 TCAGTTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
130 TCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * * *
18680 TTTTAAAGGCAAGAGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTTATG-TT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
18744 TCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-ACATTTAACTTAAAA
66 TC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTTAACTTAAAA
* * *
18808 TCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCC
130 TCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * ** * *
18851 TTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG-CAAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-T
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCA-TGT
* * * *
18914 TTTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTTGACTTAAA
64 TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTTAACTTAAA
* * *
18979 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTC
129 ATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * **
19023 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTAAACTTTT-TATG-CTAATGGATGACTTTTGGTTCATGT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
19086 TTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAGAAATGTAAAAGC--ATTCAAGC-TA
64 TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-CAAATTTAA-CTTA
* ** * *
19148 AAATCAGCTATGAGATTATAAAATTAATTTAAAGTGAGTAATGAGGC
127 AAATCAGTTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
19195 TTTCGAAGGCTT-AGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAATTTTTCTTTATGTT
1 TTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
** * * * *
19259 TTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAATAA-AAGTTT-ACTTAAA
65 TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AACAAATTTAACTTAAA
* * * *
19322 ATCAGTTATGATATTATAAAATCGTTAAAAGCGAGTAATAAGGC
129 ATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * **
19366 TTTCAAGGGC-TCAGGTGACTATATATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTT
1 TTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTT
19424 AACGTTTCTC
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 112, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.01
171 321 0.52
172 278 0.45
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Consensus pattern (172 bp):
TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT
TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTTAACTTAAAAT
CAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:19995 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19456--23503 Score: 3344
Period size: 171 Copynumber: 23.7 Consensus size: 171
19446 CAATTACAAT
* * * * * *
19456 TAAATGAGCTTTTCTAG-CAAATGAAT-ACCTTCTTCTTCACT-TTTTTCAGGGCAGACATTAAA
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* *
19518 TTGTAATCCGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
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* * ** * *
19581 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACGCTTGAGTGACTA
126 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * ** * *
19627 TAAGTGGGCTTTT-TAAG-CTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAAT
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* * * * * * *
19690 TATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAATATTCTAGTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
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** * * ** * *
19754 ATAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAAAC-TTACGTGATTA
127 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * * * * * *
19799 TAAATGGACTTTTCGTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGGAGACAATGAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
19864 CAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAGAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGATATTATAAAACCA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
19929 TTAAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTA
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
19970 TAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTT-TCAAGGCAGACATTCAATT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * * *
20034 ATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACT
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* * * *
20099 ATTAAAATCGAGTAATAGGGC-TTTCAAGGCATGAGTGACTA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * ** * * *
20140 TAAATGGGCTGTTGTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGTCAAACATTCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
20205 TAATTTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACC
66 TAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
20269 ATTGAAATCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * ** * * *
20311 TAAATGGGCTTTTATTATCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * ***
20376 TAATTTATTTTAACAACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGTAA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** ** *
20441 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTA
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * * * *
20482 TAAATAGGCTTTTCTT-CCAAGTGGATGGGTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGCAAAAAATT-AA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAA-TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGC-AGACATTCAA
* * * * * * * *
20544 TTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTCAGCCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
63 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
20609 CTATTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * * * * * * *
20653 CAAATGGGCGTTTCTTATCAATCTATGGCTTGTCCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACAGTCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
20718 TAATCTATTTTAATAAAAAAAAGTAAAAATATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACC
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
20783 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACTA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * * * * *
20825 TAAATGGGCTTTTCCTG-CAAATGAATGAGTTTGTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* * *** * * * * * * *
20889 GTAATATGTTTTAATGGAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAGTTATTAGAGTATAAAACT
65 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
20954 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTTACTT
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * * *
20996 TCAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAACGTAGATAATAAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * * *
21061 TAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCGACTTACAGTCAATTATGAGATTCTAAAACCA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
21125 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATGAGTGACTG
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGAGTGACTA
* * *
21166 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTTCACT-TTT-TCGAAGGCAGACATTCAA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCA-TGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAA
* * * *
21228 TTATAATCCGTTCTAACCAAAAATATAAAAATGAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * ** * *
21293 AAGCTATTTAAAGTGAGTAATATGTCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTA
125 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
** ** * * * * * *
21340 TAAGCGAACTTTT-TAT-ACTAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAT
1 TAAATGGGCTTTTCT-TGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
* * *
21403 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAGA
64 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-A
* * * * *
21468 -TATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * * *
21511 TAAATAGGCTTTTGTTGTCAATGAATTACTTTTTCTTCACT-TTT-TTGAGGTACACATTCAGTT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* * *
21574 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCC
65 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
21639 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTGTCGAAGGCTTGAGTGGCTA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTA
*** * * * * * *
21681 TAAATATTCTTTTCTTG-AATATGAATGAGTTTTTTTTCATGGTTT-TTAAGGCAAACAATCAAT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCA-ATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * *
21744 TATAATTTCTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAAC
64 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** *
21809 TATTTAATGCGAGTAATAAAGCCTTCAAAGGTATG-GATGACTA
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTA
** * * * * * * * *
21852 TAAATGCTCTTTTCTTATCAATTATTGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTAGACAGTCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * *
21917 TAATCTATTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACC
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* * * *
21981 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
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* * *** ** * ** * * * *
22023 TAAATGGTCTTTCCTTAAAAATGAATGGGTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGCAAACACTCAATTG
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** * * * * *
22088 TAATCTGTTTTAATGAACAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
22153 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTA
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* * * * * * * *
22194 TAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTCCACGTTTCTCAAAGTAGACAATCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
22259 TAATTTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTAT-ACGATTACAAAAC
66 TAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAC
* *
22322 CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTG-AGTGAAT-AGGTGACTA
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* * * * * * *
22365 TAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTCT-AGGGCAGACATTCAATT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* ** * * * * * *
22429 ATATTCCATTTTAACTAAAATATAAAAAAAAATT-AACTTCAAATCAATTGTAAGATTATAAAGC
65 ATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
22493 CATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGAGACTA
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * *
22536 TAAATAGGCTTTTGTTGTTAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTT-TATAAGGCAAACATTCAATT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * * *
22600 ATAATCTGTTTCAACCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATGAATTATGGGATTATAAAGCC
65 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
22665 ATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTCG-GTAACTA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-T-GAGTGACTA
* * * * * * * *
22707 TATATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATAAGTTTTTGTTCACGTTT-TCCAAGGAAAACAATT-AG
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGAC-ATTCAA
* * * * * * *
22769 TTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCCATTCTGAGATGA-AAAA
63 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
22833 GCTATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGTAT-AGGTGACTC
128 -CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * * * * **
22878 TAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACGGTCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * *
22943 TAATCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCATCATAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
23008 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGC-TTAGGTGACTA
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * * * * * *
23049 TAAAT-GGCTTTTCTTG-CAAATGAATGAGTTTGTCTTCATGTTT-TCTGAGGAAAACACTGAAT
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAT
* ** * *
23111 TGTAATCTGTTTTAATGAAAAATTTAAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
64 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
23176 CTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACATGAGTGACTA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * *
23220 TAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATAATCAATTA
1 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
23285 TAATTTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTA
66 TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
23350 TTTAAAGCGAGCAATAAAG-TTTTG-AGTGAATGAGTGACTA
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* * * * * *
23390 CAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATG-CATTTTCCTTCACTTTTTC-CAAGGCAGACATTCAAT
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**
23453 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
64 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
23504 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3140, Mismatches: 644, Indels: 186
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.01
170 605 0.19
171 1996 0.64
172 386 0.12
173 13 0.00
174 119 0.04
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
Done.