Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397441.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1000.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17866
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 466 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:541 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 288--6268 Score: 3804
Period size: 171 Copynumber: 35.0 Consensus size: 170
278 TAGTGATAGT
** * * * * *
288 CTTTTTCTTCACGTTTACCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGGTTTCACTGAAAATGT-AAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAAT-TAAAAA
* * * * * *
352 TAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAACTTTCGAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* *
417 GCCATGGGTGA-TGATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATGG
129 GGCATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * *
459 CTTTTTCTTCCTATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGCACTAAAAATAAAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-AACTAAAAATTAAAAAA
*** * * * *
524 GAATTTGTCCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAA-CAAGGCTTTTAA
65 -AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCAA
* * *
587 AGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTATCTTACTAATGAATGG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * ** * * *
630 CTTTTTCTTCACATTTGCCAAGACAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAA-TATGAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTA-AAAA
* ** ** * * *
694 AAA-TCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTA-TTAAAGCGAACAGTTAGGCTTTTAAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* ** *
757 GGCATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGAG
129 GGCATGGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-G
* ** * * * * * *
800 -TTTTTTTTCACGTTTTCCATGGTAGAGATTCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAAT-TAAAAA
* * * * *
864 AAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* * * ** *
929 GGCATGAGTGACTAAAAAT-GAACTTTTCCTGTCAATGAATAG
129 GGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * ** * *
971 TTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAACCTATTTTAA-TAAAAAATGT-AA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACT-AAAAAT-TAAA
* * ** * ** *** * * *
1033 ACAAATTTAGGCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAATTTGAG-AAATAAGGATTTT
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * *
1097 AAAGG-TTAGGGTGATTGTAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATGG
126 AAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * *
1142 GTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAAT-TAAAA
* * * * * *
1205 AACATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTCAA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* * *
1270 AGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATGG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * ** * * * ** *
1313 CTTTCTATTCATGTTCCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAGAAATGCAAAAC
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTAAAAAA
* * * *
1378 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAG
*
1443 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGG
130 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
** * * * *
1484 CTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATCATAATCTGTCTTCACTAAAAATGT-AAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTAACTAAAAAT-TAAAA
* * ** * *
1547 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACAATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTCGA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* ** * * *
1612 AGGCATGAGAAACTACAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATAGC
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAAT-GG
* *
1656 CTTTTCCTTTCTTCACATTTTCTGAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AACAAATG
1 C--TT--TTTCTTCATATTTTCTAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAA-AAAT-
* * * * *
1719 TAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAATCCAGTAA-CAAG
58 T--AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-
* * * * *
1783 GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
120 GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * ** *
1834 CTTTTTCTTTACA-TTTCCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAAT-TAAAA
**** * * *
1897 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATTTGTAACTAGGCTTTTAA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* * * * * *
1962 AGGCATAGGTAACTATAAATTGACTTTTCCTGCCAATAAATGG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * ** * *
2005 CCTTTTCTTTATATTTTCTAATTTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAAT-TAAAAA
* * * *
2069 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCAAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* * * * * *
2134 GGTATGCGTTACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATG-ATAGT
129 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GG
* * ** * * * *
2176 CTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTTTAATCTATATTAACCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTAACTAAAAAT-TAAAAA
* * * * * *
2241 AAATTTAGCTTAACATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGGCTTTCGA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC-A
* * * * ** *
2305 AA-GCTTGGGTGGCCATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATAG
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * * *
2348 C-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGATAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAAC-CAAAATTGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATT-AAAAA
* * * * **
2411 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTT-AAGTGAGTAA-CAAGGCTTTTGA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCAA
* * ** * * **
2474 AGGCTTAGGTCCCTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * *
2517 CTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * * * * * *
2580 AAAGTTCAACCTGAAATCAATTATTAGATTAGAAAATCATTTAAACCGAATAATTAAGCTTTCGA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* * * * * * * *
2645 AGGTATGAGTAACTACAAATGGACTTTT-TTGCTAATGAATGA
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
** * * * *
2687 CTTTTTCCTT-AGGTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AA
1 CTTTTT-CTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAAT-TAAA
********** * * *
2749 AAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAA-TACGGCTTTC
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-AGCTTTC
* * * * * * *
2813 AAAGGTATAGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGC
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GG
* * * * *
2858 CTTTTTCTTCATA-TCTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACTAAAAAAGT-AAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAATTAAAA
* * ** * *
2921 AAAATTCAACTTAAAATTAATT-TGAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGCGTAA-TAAGGCTATC
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
*** ** * * * * * **
2984 GGTGGTTTGGGTTATTATAAATGGACATCTCTTGTCAATGAATGG
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* ** ** * * * *
3029 CTTTTTCTTCACA-TTTCCCAGAACAGACATTCTATCATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATTAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * * *
3092 AAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATGTAAAGCGAGTAA-TATGGCTTTCA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-AGCTTTCA
* * * * *
3156 ATGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGG
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * *
3200 CTTTTTCTTCATGCTTCTCT-AGGTAAAGATTCAATTATAATTTTTTTAAC-AAAAGATGT-AAA
1 CTTTTTCTTCAT-ATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAA-AT-TAAAA
* * * ********** * * *
3262 AAAATTTAACTTGAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCTAGTGA-CAAGACTTTCA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAG-CTTTCA
** * * * * * *
3326 AAGGTTTAGGTAACTATAAATAGACTTCTCTTGCTAATGAATGA
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
** * * *
3370 CTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGT-AAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAA-CTAAAAATTAAAAA
********** * * * **
3434 AAATTCAACCTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATTAAGTTTTTGAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* ** * * * *
3499 TGCATGGGCAATTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATGAATTG
129 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* ** * * * *
3541 CTTATTCTTCA-CGTTTCTCCAGGAAG-TATTCAATTATAATCTAGTTTAAGC-CAAAATGT-AA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAA-CTAAAAAT-TAAA
* * * * * * *
3602 AAAAATTTAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTA
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCA
* * * *
3667 AAGACATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTATCAATGAATGG
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* ** * * * * *
3711 CTTCTTCTTCACGTTTGTC-GAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGT-AAA
1 CTTTTTCTTCATATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAAC-TAAAAATTAAAA
* ** * * * * *
3774 ACAATTCAATTTAAAATCTATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTTCA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCA
* ** *
3838 AAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTCATTACCAATG-ATAGC
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGAAT-GG
* * * * ** * * * *
3882 CTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGCAAGATATT-ACATTAAAATCTATGTTAACCAAAAATGT-AAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCA-ATTATAATCTGT-TTAACTAAAAAT-TAAAA
* * * * ** * *
3945 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAATAAAAAAGTTTTCGA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* * * * *
4010 AGGCTTGGATGA-TCATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATAAATGA
128 AGGCATGGGTGACT-ATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGG
** * * * * *
4053 C-TTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATTTATTTTAAC-CAAAACTATAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * * *
4115 AAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTTA-TAAGGCTTTCG
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC-
* * *
4179 AAA-GCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * ** * *
4223 CTCTTTCTTCACATTTTCCAAGACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAC
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * * * * *
4286 AAACTTCAACCTAAAATCCATTAAGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAA
* *
4351 AGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * *
4394 CTTTTTCTTGACA-TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTAAAAATAC-GTTTAACCAAAAATGTAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATT-ATAAT-CTGTTTAACTAAAAAT-TAAA
* * * * * * *
4457 AAAAATTAAATCTCAAACCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAA-TAAGGCTTTC
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * * ** *
4521 AAAGGCATGGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGC
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * *
4566 CTTTTTTTTCAT-GTTTCAAGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTGTTTTAA-TCAAAAATGT-AA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAAT-TAAA
* * * *
4628 AAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTCAAAGCAAGTAA-TAAGGCTTTC
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * * * * **
4692 AAAGGCATGGGTGGCTATACATGGACTATATCAT-CCAATGAATTT
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * * * * *
4737 CTTTTTCTT--TGTGTTTCTTGACGTATATATTCAATAATAATATGTTTTAA-TCAAAATGT-GA
1 CTTTTTCTTCATAT-TTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAAT-TAAA
* * * *
4798 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAA-AAAGGCTTTC
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * * * * **
4862 GAAGGCTTGGATGACCATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGG
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * *
4906 CTTTTT-TTCATGTTTT-TCAAGATAGACATGT-AATTATAATCTATTTCAAATAAAAATTTTAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACAT-TCAATTATAATCTGTTT-AACTAAAAA-TTAAA
* * * * * *
4968 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAGCGTGTAA-TAAGGTTTTC
62 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * * * * * * *
5032 GAAGACTTAGGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGG
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * **
5077 CTTTTGCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGCAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-AACTAAAAATTAAAAA
* * * * * *
5141 AAA-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAACTATTTAAAGCTAGTAATTAGGCTTTCGAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAA
* * * *
5205 GGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATGG
129 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * *
5247 C-TTTTCTACA-AGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA--AAAAA-TATAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * * *
5307 AAAAGTCAA-CTCAAAATCAACTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-CAAGGCTTTA
63 AAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC
* * * * * *
5370 AAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGG
126 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * ** * * * * * *
5415 TTTTTTTCTCCAGGTTTCCTATGGTAGATAATCAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAA
1 -CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATTA-AAA
* * * *
5479 AAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCA
* * * * * *
5543 GAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTG-ATAGC
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GG
* * * *
5587 CTTTTTCTTCA-AGTTTTCTAAGATAGATAATAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATA-TTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAAT-T--AA
* * * * * *
5651 AAAAAATTAAACATAAAATTAATTAGGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAA-TAAGGCTTT
61 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTT
***
5715 CAAAGGCATGGGTGACTATAAGGGGACTTTT-TT-CCAATGAATGG
125 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* ** * * * * *
5759 ----TTATTCACGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGT-AAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACTAAAAAT-TAAAAA
* ** *
5819 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAATTGAGTTA-TAAGGCTTTCAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCAA
* * * *
5883 AGGCATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTACCAATG-ATAGC
128 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GG
* * * * * *
5926 CTGTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTTA-TCAAAAA-TATAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACT-AAAAATTA-AAA
* * * * * * **
5989 AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAGCCATATAAAGCGTGTAA-TAAGGCTTTTG
63 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCA
* * * * * *
6053 AAGCCTTGGGTTATTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGG
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * ** * * * * *
6096 CTTTGTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACAATCAATTATAAACTGTTTTAC-CAAAATGT-AAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAAT-TAAAAAA
* * * * **
6159 AACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAATTAAGCTTTTGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAG
* * * * * *
6224 GTATGGATAACTATAAAT-GAACTTTT-TTTCCATTAAATGG
130 GCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGG
6264 CTTTT
1 CTTTT
6269 GAAGGTATGG
Statistics
Matches: 4598, Mismatches: 1005, Indels: 417
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 82 0.02
166 4 0.00
167 27 0.01
168 247 0.05
169 256 0.06
170 1020 0.22
171 2096 0.46
172 561 0.12
173 60 0.01
174 99 0.02
175 4 0.00
176 42 0.01
177 5 0.00
178 3 0.00
179 91 0.02
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATTAAAAAAA
ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAGG
CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
Found at i:942 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 243--6249 Score: 4660
Period size: 341 Copynumber: 17.6 Consensus size: 341
233 AAAACTATTT
* * * * *
243 AAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAACATTTCTCGTTAGTG-ATAGTCTTTTTCTTCACGTTTAC
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTT-C
* * * ** * *
306 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGGTTTCACTGAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
63 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
371 TTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAA-ACTTTCGAAGCCATGGGTGA-TGATAA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-ATAA
* * * * * *** *
434 ATAGACTTTTCTTACCATTGAATG-GCTTTTTCTTCCTATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATA
191 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* ** * ** *** *
498 ATCTATTTGCACTAAAAATAAAAAAAGAATTTGTCCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
255 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
562 TTAAAACGTGTAACAAGGCTTTT
319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
585 AAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTATCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGCCA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCA
** * * *
650 AGACAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAA-TCAACGTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** ** * * *
714 ATGAGATTATAAAATTA-TTAAAGCGAACAGTTAGGCTTTTAAAGGCATGGGT-AGCTATAAATG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGA-CTATAAATG
* * * * * * * *
777 GACTTTTCTTGTCAATTAATGAGTTTTTTTTCACGTTTTCCATGGTAGAGATTCAATTACAATCT
194 GACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* *
842 GTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
259 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* **
907 AGTGAGTAATAAAACTTTC
323 AGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
926 AAAGGCATGAGTGACTAAAAAT-GAACTTTTCCTG-TCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCT
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-
** * * ** * * * * *
989 CAAGACAGACATTCAATTATAACCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTTAGGC-TAAAACCA
63 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCA
** *** * * * * * *
1053 ATTATGAGATTATAAAACTTTTTAATTTGAGAAATAAGGATTTTAAAGG-TTAGGGTGATTGTAA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGGTGACTATAA
* * * * *
1117 ATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCA-AGCATTCAATTATA
191 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGA-CATTCAATTATA
* * * * * *
1181 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATT
255 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
1246 TAAAGTGAGTAATTAGGCCTTC
320 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
1268 AAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATGGCTTTCTATTCATGTTCCCTA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC-A
* * * * ** *
1333 AAGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAGAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
1398 ATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * ** *
1463 ACTTTTCTTACCAATAAATG-GCTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGCAGACATTCAATCATAATC
195 ACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
1526 TGTCTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACAATTTAA
258 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** *
1591 AATGAGTAATTAGGCTTTC
323 AGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * ** * * * *
1610 GAAGGCATGAGAAACTACAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCCTTTTCCTTTCTTCACAT
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGC--TT--TTTCTTCAC-G
** *
1674 TTTCTGAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAACAAATGTAAAAAAAAAATTCAACT
59 TTTCCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAA--T-ATAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
1737 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAATCCAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
119 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * * ** *
1802 ACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTA-CATTTCCGAGGCAGACATTCA
184 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCA
* *
1866 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
249 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
**** *
1931 AACCATTTAAAATTTGTAACT-AGGCTTTT
313 AACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTC
* * * * * * * * ** *
1960 AAAGGCATAGGTAACTATAAATTGACTTTTCCTGCCAATAAATGGCCTTTTCTTTATATTTTCTA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCA
** * * *
2025 ATTTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
2089 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCAAAGGTATGCGTTACTATAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
2154 GGCTTTTCTT-CTCAATG-AT-AGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTTTAA
194 GACTTTTCTTGC-CAATGAATGAG--TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * *
2216 TCTATATTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAGCTTAACATCATTTATGAGATTATAAAACCATT
256 TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*
2281 TAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTC
320 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
2303 GAAA-GCTTGGGTGGCCATAAATAAACTTTTCTTG-TCAATGAATAGC-TTTTCTTCATGTTTTC
1 -AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTC
* * * * *
2365 CAAGATAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
63 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * * ** *
2430 TTATGAGATTATAGAACCATTT-AAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTCCCTAGAAAT
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * *
2494 AAACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
193 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAA
** * * * * * * *
2557 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTGAAATCAATTATTAGATTAGAAAATCATTT
256 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
2622 AAACCGAATAATTAA-GCTTTC
321 AAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTC
* * * * * * * *
2643 GAAGGTATGAGTAACTACAAATGGACTTTT-TTGCTAATGAATGACTTTTTCCTT-AGGTTTCCA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTCC-
* * ** * **********
2706 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAAT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
2771 TATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTCAAAGGTATAGCTGACCATAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
*
2836 GACTTTTCTTGCCAATG-AT-AGCCTTTTTCTTCATATCTCTT--AAGGCAGACATTCAATTATA
194 GACTTTTCTTGCCAATGAATGAG--TTTTTCTTCATGT-T-TTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * **
2897 ATATGTTTTCACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT-TGAAGATTATAAAATTAT
255 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCAT
* *
2961 TTAAAGCGCGTAATAAGGCTATC
319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
*** ** * * * * * * *
2984 GGTGGTTTGGGTTATTATAAATGGACATCTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCC
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
** * * ** * * * *
3048 AGAACAGACATTCTATCATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACCTAAAATAAAT
65 AG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
3113 TATGAGATCATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCAATGGCATTGGTGACTATAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
3178 GACTTTTCTTGCCCATGAATG-GCTTTTTCTTCATG-CTTCTCTAGGTAAAGATTCAATTATAAT
194 GACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * **********
3241 -TTTTTTAA-CAAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTT
257 CTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
3304 AAAGCTAGTGACAAGACTTTC
321 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
** * * * * **
3325 AAAGGTTTAGGTAACTATAAATAGACTTCTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTG
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCA
* * *********
3390 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACCTNNNNNNNNN
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** * ** *
3454 NATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATTAA-GTTTTTGAATGCATGGGCAATTATAAAT
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
3518 AGACTTTTCTTGCCGATGAATTG-CTTATTCTTCACGTTTCTCC-AGGAAG-TATTCAATTATAA
193 GGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * *
3580 TCTAG-TTTAAGCC-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACTAT
256 TCT-GTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
3643 TTAAAACGAGTAATTAGGCTTTT
319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
3666 AAAGACATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTCTTCTTCACGTTTGTC
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CC
* * * * * * *
3730 GAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCTA
64 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
3794 TTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAAT
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * * * *
3859 -GAAATTTCATTACCAATG-AT-AGCCTTTTTCCTCATGTTTCCCAA-GCAAGATATT-ACATTA
193 GGACTTTTC-TTGCCAATGAATGAG--TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGC-AGACATTCA-ATTA
* * * * *
3919 AAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCC
253 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
3984 TTTAAAGCGAATAAAAAAGTTTTC
318 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
4008 GAAGGCTTGGATGA-TCATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATAAATGAC-TTTTCTTCACGTTTCT
1 AAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-
* * * *
4070 CAAGGTAGACTTTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
63 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
4135 GTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTTATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGATGACTATAAA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * ** *
4199 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTTCCAAGACA-AGCATTCAATTATAA
192 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGA-CATTCAATTATAA
* * * * * * *
4263 TCTGTTTTAACCAAAAATATAACAAACTTCAACCTAAAATCCATTAAGAGATTATAAAACCTTTT
256 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
4328 AAAGTGAGTAATTAGGCTTTC
321 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
4349 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTGACATTTCTC
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C
* * * * * *
4413 AAGGTAGACATTTAATTAAAAATAC-G-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AAATCTCAAAC
64 AAGGTAGACATTCAATT-ATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * *
4475 CAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGGCTATA
125 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* ** * * * *
4540 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTTTTCATG-TTTCAAGAGGTAGACATTCAGTTAT
190 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGCAGACATTCAATTAT
* * * * *
4604 AATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCAT
254 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* *
4669 TCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * ** *** *
4692 AAAGGCATGGGTGGCTATACATGGACTATATCAT-CCAATGAATTTCTTTTTCTTTGTGTTTCTT
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C
* * * * * * * * *
4756 GACGTATATATTCAATAATAATATGTTTTAATC-AAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
4820 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACCATAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * **
4885 GAC-TTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTT-TTCATGTTTTTCAAGATAGACATGT-AATTATAAT
194 GACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACAT-TCAATTATAAT
* * ** * * *
4946 CTATTTCAAATAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
257 CTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
5011 GAAGCGTGTAATAAGGTTTTC
321 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * *
5032 GAAGACTTAGGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CA
* * ** *
5097 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGCAAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
5161 ATGAGATGACAAAACTATTTAAAGCTAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
5226 ACTTTTCTTACTAATAAATG-GCTTTTCTACAAG-TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCT
195 ACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
5289 ATTTTAA--AAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAACTATGAGCTTATAAAACCATTTAAA
259 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
5352 GCGAGTAACAAGGCTTTA
324 GCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
5370 AAAGGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGGTTTTTTTCTCCAGGTTTCCT
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCC-
* * * * * *
5435 ATGGTAGATAATCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
5500 TATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCAAGGGTGACTATAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * ** * * *
5565 GACTTTTCTTGCCATTG-AT-AGCCTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGATAATAAATTATAAT
194 GACTTTTCTTGCCAATGAATGAG--TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
5628 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTAGGAGATTATAAAATCAT
257 CTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*
5693 TTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTC
319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
*** * * *
5716 AAAGGCATGGGTGACTATAAGGGGACTTTT-TT-CCAATGAATGG----TTATTCACGTTTTCTA
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCA
* * * * * * *
5775 AGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
5840 ATGAAATTATAAAACCATTTAAATTGAGTTATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAATATAAATGG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
5905 GCTTTTCTTACCAATG-AT-AGCCTGTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGT
195 ACTTTTCTTGCCAATGAATGAG--TTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
5967 CTGTTTTTATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAGCCATATA
257 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
6032 AAGCGTGTAATAAGGCTTTT
322 AAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * * * *
6052 GAAGCCTTGGGTTATTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCCG
1 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCA
* * * * * *
6116 AGGTAAACAATCAATTATAAACTGTTTT-ACC-AAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * *
6179 ATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAATTAA-GCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAAATG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
*
6243 AACTTTT
194 GACTTTT
6250 TTTCCATTAA
Statistics
Matches: 4496, Mismatches: 1003, Indels: 335
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 79 0.02
337 11 0.00
338 97 0.02
339 387 0.09
340 611 0.14
341 1334 0.30
342 1044 0.23
343 500 0.11
344 23 0.01
345 45 0.01
346 82 0.02
347 36 0.01
348 3 0.00
349 39 0.01
350 203 0.05
351 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAA
GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTC
Found at i:6267 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 6213--6318 Score: 187
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 50
6203 CGAGTAATTA
6213 AGCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAAATGAAC-TTTTTTTCCATTAAAT
1 AGCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAAT
* *
6262 GGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAAT
1 AGCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAAT
6312 AGCTTTT
1 AGCTTTT
6319 TCCTCAAGTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 3, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
49 31 0.58
50 22 0.42
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (50 bp):
AGCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAAT
Found at i:6459 original size:220 final size:217
Alignment explanation
Indices: 6045--6462 Score: 482
Period size: 220 Copynumber: 1.9 Consensus size: 217
6035 CGTGTAATAA
* * * * * * *
6045 GGCTTTTGAAGCCTTGGGTTATTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGT
1 GGCTTTTGAAGCCTTGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTGCCAATAAATAGCTTTGTCCTCAAGT
* * * *
6110 TTCCCGAGGTAAACAATCAATTATAAACTGTTTTACCAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATC
66 TTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAAACTGTTTTACAAAAATGTAAAAAAACTAAACCTAAAATA
* * * *
6175 AATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAATTAAGCTTTTGAAGGTATGGATAACTATAA
131 AATTATGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGTATGGATAACTATAA
6240 ATGAACTTTTTTTCCATTAAAT
196 ATGAACTTTTTTTCCATTAAAT
* * * *
6262 GGCTTTTGAAG-GTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAATAGCTTTTTCCTCAA
1 GGCTTTTGAAGCCT-TGGGTAACTATAAATGAAC-TTTTTTGCCAATAAATAGCTTTGTCCTCAA
* * * * * *
6326 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACTTA
64 GTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAA-ACTGTTTT-AC-AAAAATGTAAAAAAACTAAACCTA
* ** * * *
6390 AAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATTAGTAA-TAAGGCTTTCGAATGTATGGGTGA
126 AAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGTATGGATAA
6454 CTATAAATG
190 CTATAAATG
6463 GGCTTTTCTT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 31, Indels: 9
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
216 1 0.01
217 27 0.16
218 53 0.32
219 6 0.04
220 77 0.47
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (217 bp):
GGCTTTTGAAGCCTTGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTGCCAATAAATAGCTTTGTCCTCAAGT
TTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAAACTGTTTTACAAAAATGTAAAAAAACTAAACCTAAAATA
AATTATGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGTATGGATAACTATAA
ATGAACTTTTTTTCCATTAAAT
Found at i:6503 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6262--6654 Score: 489
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
6252 TCCATTAAAT
* * * * * *
6262 GGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTTTCCATTAAATAGCTTTTTCCTCAAG
1 GGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCAAG
* * * * * * *
6327 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACTTAAA
66 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACCTAAA
**
6392 ATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATTAGTAATAA
131 ATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
* * ** * *
6433 GGCTTTCGAATGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCCTCATG
1 GGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCAAG
* * *
6498 TTTCCTAGGGCAAACATTCAATTGCAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTGAACCTAAA
66 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACCTAAA
* ** * * *
6563 ATCAATTATGATTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA
131 ATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
* * *
6604 GGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATG
1 GGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
6655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 36, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 186 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCAAG
TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACCTAAA
ATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
Found at i:8571 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7392--17861 Score: 5240
Period size: 342 Copynumber: 30.8 Consensus size: 338
7382 NNNNNNNNNN
* * *
7392 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTTA-GCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACCA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TTAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTAACTA
* ** * * * ** * * *
7455 GAAATATACTTTTTTTACGAATGAATGGCTTTTTC-TAAGCG-TTTCTTGAGGTAGACAATCATT
64 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAAT
* * ** * * *
7518 TATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAAATTCAA-ATGAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
126 TATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * * *
7582 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAA-TATAAAT-GAACTTTTCTTGCC
189 CCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCC
* * * ** * * * *
7645 AATG-ATAGCCTGTTTCTTTATGTTTTCGGAGGCA-A-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTTACCA
252 AATGAAT-GGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGG-ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* *
7707 AAAATATAAAAAAATTTAACATAAAAT
314 AAAATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * * *
7734 CAATTATGAGATTATAAAGCTATGTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAA-GCCTTGAGTTATTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTAT
* * * * ** **
7798 AAATGAAGTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGACAAACATTC------
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * *
7857 AA---GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTAT
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
* * * * * ** *
7919 TTAAAGTGAGTAATTAGAATTTCGAAGACATTGGTAACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATAAA
193 TTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * *
7984 TGGCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGG-CAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATCTA
258 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-
*
8048 AAAAATTCAACCTAAAAT
321 AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * ** *
8066 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTAT-AAAGGCAATGGTAAAAAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTT-TCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * *
8130 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCCTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
8194 TATTTTATTTTAACAAAAAATGTAGATAAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * ** * * * * *
8259 TTTAAAACGAGTAATTAGGTTTTTGAAGGCATGTGTAACTATAAATACACTTGTCTTACTAATGA
192 TTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
8324 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCGGGATAGACATTCAATTATAACCTACTTTAACTGAAAATGTA
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA
*
8389 AGCAATTTCAACCTAAAAT
322 A-AAATTT-AACCTAAAAT
* * * *
8408 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGCAGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * * * *
8473 AATGAACTTTTCTTATCAATAAATGACTATTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTTAATTATA
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
8538 ATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATT
130 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
* * * * *
8603 TAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGAATAGGTAACTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
194 TAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * ** * * *
8668 AGCTTTTTCTTCATGTATCTTAAGG-TAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAA
259 GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA
8732 GCAAATTTAACCTAAAAT
323 --AAATTTAACCTAAAAT
* ** * * *
8750 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * ** * *
8815 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAC
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * ** * *
8879 ATTCTGTTTTAGCCGAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGAT
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
* * * * *
8944 TTAAAGCAAGTAA-TATGGTTTTCAAAAGCTTGGGTGACTA-AAAGT-GTACTTTT-TTGGCCAA
193 TTAAAGCGAGTAATTA-GGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAA-TAG-ACTTTTCTT-GCCAA
** ** * * * * **
9005 TGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTTGAATTAGACAATCAATTATAATCTGTTCTAAGAAAAAA
254 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGA-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA
* *
9069 TATAAAAATATTAAACTAAAAAT
318 TGTAAAAAT-TTAACCT-AAAAT
* * * * * * * * * *
9092 TAATTGTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGC-ACATAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * * * *
9156 AAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTT-AGGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * ** *
9220 TAATCTGTTTTAATTAAAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATCA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * ** * *
9285 TTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGCATGA-TAATAAAT-GAACTTCTCTTGCCAA
192 TTT-AAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACT-ATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAA
* * * *** *
9347 TGACA-GCCTTGTTCTTCACGTTTTTTGAGG-TAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACTAAAA
254 TGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * *
9410 ATATAAAAAAATTCAGCCTAAAAT
317 ATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* *
9434 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGAATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * * * *
9499 AATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTATTTCTTCATG-ATTCCTAAGGCAGAA-ATTCAATTA
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTA-AACATTCAATTA
* * * * *
9562 TAATCTGTGTTAACTAAAAATCTAAAAAAATCCATCCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * *
9627 TTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
192 TTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * *
9692 ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCA-A-ACATTC-ATTCATATTCTGTTTTAACAAAAAAT
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGG-ATAGACATTCAATT-ATAATCTATTTTAACTAAAAAT
9754 GTAACAAATTTAACCTAAAAT
319 GTAA-AAATTTAACCTAAAAT
* * * * *
9775 CAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAA-CAAAGTAATTAAGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * * * *** * *
9839 AAATGGACCTTTGTTGCCATTAAATGGCTTTTTAC-TCAAGTTTTTTGAGGTACACATTTAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * *
9903 TAATATATTTTAA-TAAAAA-ATACATGAGAATTCAACTTAAAATTAA-TATGAGATTATAAAAC
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-A--AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* * * * * * * * * *
9965 CATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTCCTGCCAA
190 CATTTAAAGC-GAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* ** * * * * *
10029 TGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTTAGGACAAATATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAAT
254 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
*
10094 GTAAAAAAATTGAACCTAAAAT
319 GT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * * *
10116 TAGTTATGATAATATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* ** * *
10181 AATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAATATAGACATTCAATTTAA
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAA-TTAT
* * * * * * * * * * * * **
10246 AATC-A-ATT-A-TGAGATTGTAAAACCATTAAAAGC--GAGT-AATTA-G-GATTTTGAAGGCA
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-CAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * ** * *** ** *** * *
10302 TTGGT-AA-CTA-TAAAT-GGACTTTTCTTA-CCAATAAATTGCTATTTCTTA-ACATTTCTCAG
192 TT--TAAAGCGAGTAATTAGGA--TTTCAAAGGC-ATGGGTAACTA-TAAATAGACTTTTCT-TG
** **** * ** * ** * * * * * * *
10361 CGTA-GACATTTAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATAAACCTAAAATC-AGTT
250 CCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTT--CC--CAGGATAGACATTCAA-TTATAATCTA-TT
* * ** ** ** *
10423 ATGA-T-ATTATAAAACTATTTAACGC--AAGT
307 TTAACTAAAAATGTAAAAATTTAAC-CTAAAAT
* ** * * * * * * * * * * * *
10452 -AATTAT--GATTTTAAAGGCGTGGGT-AA-CTA-AAAATAGACTTT-TATTGCCAATGAATAGC
1 CAATTATGAGATTATAAAACCAT--TTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGA-AGGCATTG-GTAAC
*** ** * * * * * * ** *
10510 -ATTTTCTTCACGTTTC--CCTAGGTAGATAT-TCAATTATATT-TTGTTTTAACCAAAAATGTA
62 TA-TAAATGGACTTTTCTTCC-A-AT-GA-ATGGC-TTTTTCTTCACGTTTT--CC---AAGGTA
* * * * * * * ** * ** * *
10570 GATAAATTTAATCTAAAATC-A-ATT-A-TAACAGTATAAAACCTTTTAAAGT-GAGT-AATTA-
116 -A-ACATTCAAT-TATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * ** ** * * * * * * *** * *
10628 GGC-TTTTGAAGGCATGGATAA-CTA-TAAAT-GGACTTTTCTTGCTAACGAATGGCTTTTTCTT
177 GACATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATTAGGA----T-TT-CAAAGGCATGGGTAACTATA
* * * ** * * *
10689 CAT-G---TTTCTTG--AGGTAGATAT-TCAATTACAATT--TGTTT--TA--ATCGA-A---AA
235 AATAGACTTTTCTTGCCA-AT-GA-ATGGCTTTTTC--TTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAA
* * * * * ** * * *
10737 TGTA-AA-ATAATTCAACTTAAAAT-CAATTA-TGAGA-TTATAAAA
295 T-TATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATTTA-ACCTA-AAAT
* * * ** * * * * *** *
10779 CGATTTAAAGTGAG-TAAT-TAGGC-TTTCGAAGGCTTGGGTGACTA-GAAAT-GTA--C-TTCG
1 C-AATT--A-TGAGATTATAAAACCATTT--AAAGC--GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATT-G
* * * * * * *
10836 CTTACCAATGAATGG-CTTTTCCTT-C-A-------C-ATTTCTTGA-G----GCACA--T-AA-
57 -GTAACTATAAATGGACTTTT-CTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCA-AGGTAAAC
* * ** *
10881 A--CAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAATATTAATCGTGAGAT
119 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAA-ATCAATTATGACAT
* * * * * *
10942 TATAAATCTATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
182 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * *
11006 CTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTTAGGTTTTCCAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCA
246 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * *
11070 A-TAAAAAAATATAAAGAAATTCATCTTAAAAT
310 ACT--AAAAATGT-AA-AAATTTAACCTAAAAT
* * * * * *
11102 CAATTATGAAATTACAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGCGTGA-TAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACT-A
* * * * * * * * * *
11165 TAAATAGACTTTTCTTGCCAGTG-ATAGCCTTTTCCTTTATG-TTTCTAGAGGCAGACGTTCAAT
64 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTTCCA-AGGTAAACATTCAAT
* * ** * * * * *
11228 T-TAATTTGTTTTCCCCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGC
126 TATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* ** * * * * * * *
11292 CATGTAAAGC-ACGTAACAAGGCTTTTAAAGACTTGGGTTACTACAAA-AGGACTTTTCTTGTCA
190 CATTTAAAGCGA-GTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCA
* ** ** * * * *
11355 ATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCCC-CGAGCAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TAAAA
253 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGA-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
*
11418 AATGTAAAAACATTCAACCTAAAAT
316 AATGT-AAAA-ATTTAACCTAAAAT
* * * * * * *
11443 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATTAAGCTTCCGAAGGC-TTGGATGACTAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TAACTAT
** ** ** ** * * *
11507 AAATATACTTTTCTTAAGAATGAATGGCTTTTTC-T-AAATATTTCTTGACGCAAACAATCAATT
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTTC-CAAGGTAAACATTCAATT
* * * *
11570 ATAATC-AGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACAATTCAA-ATGAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 ATAATCTA-TTTTAACTAAAAATGT-AAAA-AATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAAA
* * * *
11633 ACCATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAA-TATACATAGACTTTTCTTAC
188 ACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * *
11696 CGATGAATAGCTTTTTCTTTA-GGTTCCCAAGG-TAGACATTCAATTATAATC-ATTTTTAACAA
251 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTA
*
11758 AAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAAT
314 AAAATGT-AAAA-ATTTAACCTAAAAT
* *
11785 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGATGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TAACTAT
* * * * * * *
11849 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGGATTTTTCTCCAAGTTTCCCAAGGTAGAAAATT-AATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTA-AACATTCAATTA
* * * * * *
11913 TAATCTGTTTT-ACTAAATATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCAT
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
* * * * * **
11977 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAC
193 TTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-
* * * * * * * *
12042 A-GCCTTTGTCTTCATGTTTTCTAAGATAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGCA
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATG--
* * *
12106 AAACAAATTCAACATAAAAT
320 TAA-AAATTTAACCTAAAAT
* * * * * **
12126 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * * * * * *
12191 AAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTATTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * *
12256 ATCTATTTTAGCAAAAAATATAAAAAAAAATCAGCCTAAAATCAATTA--AGATTATAAAACTAT
130 ATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
* * ** * * *
12319 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGAA-TATTAATTGACTTTTCTTGCCAATG-
193 TTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * *
12382 ATAGCTTGTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-TAGATATTTAATTATAGTTTGTTTTTACCAAAAATG
257 ATGGCTT-TTTCTTCATG-TTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATG
*
12446 TACAAAAATTTAACTTAAAAT
320 T--AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * * * * *
12467 CAATTATGGGATTATAAAGCCATATAAA-CTGTGTAATAATGCTTTTG-GGGCCTTGAGTTATTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTA
* ** * * * **
12530 TAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATGAAATTA
64 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
12595 TAAACTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * ** * * * **
12660 TTGAAACCGAGTAATTA-AACTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCTTTG
192 TTTAAAGCGAGTAATTAGGA-TTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * * *
12724 AATGGATTTTTCCTT-AGGTTTCTTGAGG-TAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAAT
256 AATGGCTTTTT-CTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
* * **
12787 GCAAGAAAATTCAATTTAAAAT
319 G-TA-AAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * ** *
12809 AAATTATTAGATTACAAAACTATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTGTGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * * *
12873 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATG-TTTCCTAAAGCAAACA-TCTAATT
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTC-AATT
** * * * * * * *
12936 GCAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGTGAACCT-AAATTAAGTTATGATATTATAAAAT
127 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAA-TTATGACATTATAAAAC
* * * *
13000 CATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAA
190 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AA
* * * **
13064 TGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAAAAAAAAA
254 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA
*
13128 TGTAAGCAAATTTACCCTAAAAT
318 TGTAA--AAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * *
13151 CAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAATAATTAGTCTTTCGAAGGCATGGGTAACCATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * * * * * *
13216 AATAGACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTATTTATG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTAT
* ** * * * * *
13280 AACCTATTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCTT
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
* * * * * * * * *
13345 TTAAAGTGAGTAATTAGAATTTCGAAGGCATTGGTAACTGTAAATCGATTTTTTTTTGCAAATGA
193 TTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * * * ** * *
13410 ATTTCTATTTCTGCATGATTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAAGATCT
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* *
13474 AAAAAAATTCAACATAAAAT
321 --AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * ** * *
13494 CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTAACTACA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * *
13559 AATAGACTTTTCTTACAAGTGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAAACATTCATTTAT
66 AATGGACTTTTCTTCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * * *
13622 ATTCTGTTTTAACAAAAAATGTAACAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
* * * * ** * * * * * * *
13687 GAAATCGAGTAATTAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGATTTTTGTTACCATTGGAT
194 TAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * ** * * **
13752 GTCTTTTTCCTAAGGTTTCGTGAGG-TAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATACA
259 GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAAT-GT
* *
13815 AGAAAATTCAACTTAAAAT
321 A-AAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * * *
13834 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGATTGT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTAT
** * * ** *
13898 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAAC-TTTTCCTCATG-TTTCTCGGGGTAAACATTCAATTG
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * * * *
13961 CAGTCTATTTTAACTAAGAACGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAAACA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* *
14026 TTTAAAGTGAGTAATTA-GACTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATG
192 TTTAAAGCGAGTAATTAGGA-TTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * *
14090 AAT-GATGTTTTCTTCACAT-TTTCCAAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
256 AATGGCT-TTTTCTT--CATGTTTCCCAGG-ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
*
14151 ATATAAACAGATTTAACCTAAAAT
317 ATGTAAA-A-ATTTAACCTAAAAT
* * * * * * *
14175 TAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTA-GATTGTTGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTT-TCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * *
14239 AAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
14303 TAACCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACAA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * * * **
14368 TTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTAGAAAT-GCACTTTTCTTAACAATG
192 TTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * *
14432 AATGGCCTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG-CAGACAATCAATTATAATCTATTTTAAC-AGAAAAT
256 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA-AAAAT
*
14495 GTAAAAATATTTAA-TTGAAAAT
319 GT-AAAA-ATTTAACCT-AAAAT
* * * * * * *
14517 TAATTGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTAT
* * * * * * *
14581 AAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGACTCTTTTTTTTA-GGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * * * * * *
14645 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGCAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGAATGTAAAAT
127 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* * ** * * * *
14709 CATTTAAAGCAAGTAA-TATGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACAATAAATGGACTATTT-TTGCCA
190 CATTTAAAGCGAGTAATTA-GGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCA
* * * ** * *
14772 GTGACA-GCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
253 ATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * *
14835 AATATAAAAAAATTCAACATAAAAT
316 AATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * *
14860 TAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTA-TGAGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTAT
* * * * * * *
14924 ATAA-AGACTTTTCTTGTCAATGTATGGCTGTTTATTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAAATA
65 A-AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
14988 TAATCTATTTTAA-TAAAAAATTTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC
128 TAATCTATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACC
* * * * *
15052 ATTTAAATCGAGTAATAAGGCA-TTCAAAGGTATGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAA
191 ATTTAAAGCGAGTAATTAGG-ATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAA
* * * ** * * *
15115 TGTATGGCTGTTTATTCATGTTTTTCAAG-TAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT
254 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
*
15179 GTAAAACAATTCAACCT-AAAT
319 GT-AAA-AATTTAACCTAAAAT
* * * ** *** *
15200 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTAAAAATATGGGTGAA-TAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGT-AACTAT
** ** * ** *
15264 AAATGGACTTTTCTTGTAATTG-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTAT-GGAGGCAAACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTCCAA-TGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATT
* * *
15327 ATAATCTGTTTTCA-TCAAAAATGTAAAAACATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
127 ATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * * * *
15390 TCATTTAAA-CTGAGTAA-TAAGACTTTCAAAGGTATGGATGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGC
189 CCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGA-TTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGC
* * * * ** * * * *
15452 CAATGATTCGCTGTTTATTCATGTTTTGCAAGATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-TCAA
251 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AA
* *
15516 AAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
315 AAATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* ** * ** *** *
15542 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTAAAAATATGGGTGAA-TAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGT-AACTAT
** ** * ** *
15606 AAATGGACTTTTCTTGTAATTG-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTAT-GGAGGCAAACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTCCAA-TGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
15669 ATAATCTGTTTTCA-TCAAAAAAGTAAAAACATTCAA-CTCAAAATCAATTATTAGATTATAAAA
127 ATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * * ** * *
15732 TCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGATTATAAA-AGGACTTTTCTTGCC
189 CCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGCC
* * * * ** * * * *
15795 AATGATTGACTGTTTATTCATGTTTTGCAAGATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-TCAAA
252 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
* *
15859 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
316 AATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* ** * * * * *
15884 GAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGCA-TGAGTAACTGT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTAT
* * * * * ** * *
15948 AAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGACTTTTTCCTCAAG-TTTCTGGAGCTAGACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
16012 TAATATCTTTTAACCAAAATTGCAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
* * * ** * * * * *
16077 TTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAATTGTAAATGGGCTTTTTTTGCCAATG
192 TTTAAAGC-GAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * **
16141 AATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGG-TAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACTAAAAAT-
256 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATG
**
16204 TAAAAA--TAA-AAAAAAT
320 TAAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * *
16220 -AGTTATAATATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATTAGGCTTTCAAAGGTATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * ** * *
16284 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAAACGTTCTATTATA
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * *
16349 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTTAACCAAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
130 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
* ** * * *
16414 TAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAAT
194 TAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * ** * * * * *
16479 GACTTTTTCTTCAAGTTTCTTTA-GATGGACATTCAATTTTAACCTATTCTAACTAAAAATGCAA
259 GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA
*
16543 ACAATTTCAACCTAATAT
323 A-AATTT-AACCTAAAAT
* *
16561 CAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
* * * * * * *
16626 ATTGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTAAATTTC-TCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTTAATT
66 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT--TTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * *
16689 ATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACC
127 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACC
* * * * * *
16754 ATTT-AAGTGAGTAATTAGGGTTTTAAAGGCATGGGTAACTAAAAAT-GAAATTTTCTTGCCACT
191 ATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
16817 AAATGGC-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCT-GACATTCAATTATATTTTGTTTTAAC-CAAAAT
255 GAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
16879 GTAGACAAATTTAACCTAAAAT
319 GTA-A-AAATTTAACCTAAAAT
* * * * ** *
16901 CAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGGTTTTAAAGGCA-TGAGTTACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTAT
* ** * *
16965 ACATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCTGAA-GTAGACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC--AAGGTAAACATTCAATT
* * * * * * *
17028 ACAATTTCA-TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT
127 ATAATCT-ATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* * * * * * * * **
17092 GATCTAAAGCGAGCAATTAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTAGGAAT-GCACTTTTCTTGCCAA
190 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAA
* * *
17156 TGAATGGCTTTTTCTTCGA-GTTTTCCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
254 TGAATGGCTTTTTCTTC-ATG-TTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* *
17219 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAAT
317 ATGT--AAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * * *
17243 TAATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCA-TGTGTGACAAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAACTAT
* * * * *
17307 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTGTTTATTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
17371 TAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTC-ACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATC
128 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACC
* * * *
17435 ATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
191 ATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * ** *
17498 G-ATAGCCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAGCA-A-ACATTCAATT-TAATTTGTTTTCCCCAAAA
255 GAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCC--CAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* *
17559 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
317 ATGT-AAA-AATTTAACCTAAAAT
* * * * * * * ***
17583 CAAGTATGAGATTATAAAGCTATGTAACGC-ACGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGCTCTTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAAC-TA
* * * ** * * **
17646 CAAAAGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCTAA-GCAGGCATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * *
17710 TTAATCTATCTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
127 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* * * * * ** * * * * * *
17774 CATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGCTTGGATGGCTAGAAATATATTTTTTTTACGAAT
190 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
**
17839 GAATGGCTTTTTCTAAATGTTTC
255 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
17862 TTGAG
Statistics
Matches: 7967, Mismatches: 1696, Indels: 931
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
303 6 0.00
304 4 0.00
305 3 0.00
306 26 0.00
307 9 0.00
308 7 0.00
309 6 0.00
310 23 0.00
311 8 0.00
312 4 0.00
313 1 0.00
314 4 0.00
315 1 0.00
317 2 0.00
318 10 0.00
319 11 0.00
320 18 0.00
321 14 0.00
322 15 0.00
323 6 0.00
324 5 0.00
325 4 0.00
326 9 0.00
327 9 0.00
329 4 0.00
330 3 0.00
331 12 0.00
332 144 0.02
333 183 0.02
334 20 0.00
335 294 0.04
336 44 0.01
337 18 0.00
338 19 0.00
339 248 0.03
340 1066 0.13
341 1504 0.19
342 3414 0.43
343 719 0.09
344 68 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
AATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAA
TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATTAGGATTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
CTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
TTTAACCTAAAAT
Found at i:8787 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 7392--17805 Score: 7641
Period size: 513 Copynumber: 20.4 Consensus size: 511
7382 NNNNNNNNNN
* *
7392 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTTA-GCTTTCGAAGGC-TTGGGT-GACC
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TTAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTAG-CT
* ** * * * * * ** * * *
7454 AGAAATATACTTTTTTTACGAATGAATGGCTTTTTC-T-AAGCGTTTCTTGAGGTAGACAATCAT
63 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTC-CAAGGTAAACATTCAA
* * * * *
7517 TTATAATCTGTTTTAACCAAAATAT-AAAAAAAATTCAA-ATGAAAATTAATTATGAGATTATAA
126 TTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAACAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
7580 AA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAA-TATAAATGAACTTTTCTTG
189 AACT-ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * * * *
7643 CCAATG-ATAGCCTGTTTCTTTATGTTT-TCGGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTTACC
252 CCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAAC
* * * * * *
7706 AAAAATA-TAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATGTAAAGCGCGTAA
314 AAAAA-AGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *
7770 TAAGGCTTTTGAAGCCTTGAGTTATTATAAAT-GAAGTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTT
377 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
7834 CATGTTTTCT--G--AGACA---AA-CAT--TCAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
441 CATGTTTCCTAGGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
7889 CTAAAAT
505 CTAAAAT
* * * ** * *
7896 CAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGAATTTCGAAGACATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* ** * * * * * *
7961 AATAGACTTTTCTCACCAATAAATGGCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTTAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * *
8026 ATATGTTTTAACCAAAAATCTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATT
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* ** * *
8090 TAAAGTGAGTAATTAGGATTAT-AAAGGCAAT-GGTAAAAAAAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
196 TAAAGTGAGTAATTAGGCTT-TCAAAGGC-ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * * * *
8153 ATGGCCCTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATATTTTATTTTAACAAAAAATGT
259 ATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GT
* * * * * *
8217 AGATAAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGGTTTT
322 A-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
8282 TGAAGGCATGTGTAACTATAAATACACTTGTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
386 CGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * ** *
8347 GGGATAGACATTCAATTATAACCTACTTTAACTGAAAATGTAAGCAATTTCAACCTAAAAT
451 AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
8408 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGCAGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* ** * * * * *
8473 AATGAACTTTTCTTATCAATAAATGACTATTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTTAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * *
8538 ATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATT
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * * *
8603 TAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGAATAGGTAACTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
196 TAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
8668 AGCTTTTTCTTCATGTATCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAG
261 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAGTAA-
* * * ** * *
8733 CAAATTTAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATTAGGCTTTTGA
324 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
8798 AGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
389 AGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AG
* * * * ** *
8863 G-TAGACATTCAATTACATTCTGTTTTAGCCGAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAAT
453 GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * *
8921 CAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAA-TATGGTTTTCAAAAGC-TTGGGT-GACT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGCTTTCGAAGGCATT-GGTAG-CT
* ** ** * * *
8983 A-AAAGTGTACTTTT-TTGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-TTAGACAATCA
63 ATAAA-TGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCA
* ** * * * * *
9045 ATTATAATCTGTTCTAAGAAAAAATATAAAA-ATATT-AAACTAAAAATTAATTGTGAGGTTATA
125 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
9108 AAACTATTTAAAG-CACATAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTG
188 AAACTATTTAAAGTGA-GTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * *
9172 CCAATGAATGGCTTTTTTCTT-AGGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATTA
252 CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * * *
9236 AAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAAAG-AAGTAAT
315 AAAAAGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAAT
* ** * * * *
9300 AAGGCTTTCAAAGGCATGCATGA-TAATAAAT-GAACTTCTCTTGCCAATGACA-GCCTTGTTCT
378 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACT-ATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* ** * * *
9362 TCACGTTTTTTGAGG-TAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAG
440 TCATGTTTCCT-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
9426 CCTAAAAT
504 CCTAAAAT
* * *
9434 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGAATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* * * * *
9499 AATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTATTTCTTCATG-ATTCCTAAGGCAGAA-ATTCAATTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTA-AACATTCAATTA
* * * * * * *
9562 TAATCTGTGTTAACTAAAAATCTAAAAAAATCCATCCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * *
9627 TTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
194 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** ** * * *
9692 ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTC-ATTCATATTCTGTTTTAACAAAAAATGT
259 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GT
* * * *
9756 AACAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAA-CAAAGTAATTAA-GCTT
322 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA-TAAGGCTT
* * * * * * * *
9819 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACCTTTGTTGCCATTAAATGGCTTTTTAC-TCAAGTTTT
385 TCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTC
* * * * * * * *
9883 TTGAGG-TACACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATACATGAGAATTCAACTTAAAA
449 CT-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-A-AAAAATTCAACCTAAAA
9945 T
511 T
* * * * * * *
9946 TAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGT-GATTG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAG-CTA
* * ** * *
10008 TAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATG-TTTCTTAGGACAAATATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-TAAACATTCAATT
* * * * * * *
10072 ACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATTAGTTATGATAATATAAAAAC
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAAC
* *
10137 -ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTATTGCCAAT
192 TATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * ** ** * **
10201 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAATATAGACATTCAATTTAAAATC--AATT-ATGAGATT
257 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* * * * * * * **
10262 GTAAAACCATTAAAAGC--GAGT-AATTA-G-GATTTTGAAGGCA-TT-----G-G---TAA--C
320 GTAAAA-AATT-CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * **
10310 TAT--AA---AT-GG--ACTTTT-----------CTTACCAATAAATTGCTATTTCTTAACATTT
383 TTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
10356 -CTCAGCG-TAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATAAACCTAAAA
448 CCT-AG-GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
10417 T
511 T
* * * * * * * ** * * * *
10418 CAGTTATGATATTATAAAACTATTTAACGCAAGTAATTATGATTTTAAAGGCGTGGGTAACTAAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* * * * * * * * *
10483 AATAGACTTTTATTGCCAATGAATAGCATTTTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGATATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * * * *
10548 TTTTGTTTTAACCAAAAATGTAGATA-AATTTAATCTAAAATCAATTATAACAGTATAAAACCT-
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTA
** * * *
10611 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACGA
194 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
10676 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTACAATTTGTTTTAATCGAAAATGTA
259 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAGTA
* * * *
10741 AAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTC
323 AAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * ** *
10806 GAAGGCTTGGGTGACTAGAAAT-GTACTTCGCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTT
387 GAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * *
10870 GAGGCACATA-A-ACAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAATAT
451 -AGG-ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA-AT
* ** * * * * *
10930 TAATCGTGAGATTATAAATCTATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-GACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAG-CTA
* * * * *
10993 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTTAGGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
11058 TAGTCTGTTTCAA-TAAAAAAATATAAAGA-AATTCATCTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAA
129 TAATCTGTTTTAACT--AAAAATGTAAA-ACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
11121 CCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGCGTGA-TAATAAATAGACTTTTCTTGCCA
191 CTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * **
11185 GTG-ATAGCCTTTTCCTTTATGTTTC-TAGAGGCAGACGTTCAATT-TAATTTGTTTTCCCCAAA
255 ATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAA
* * * *
11247 AATA-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATGTAAAGC-ACGTAACA
317 AA-AGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA
** * * * * * * **
11310 AGGCTTTTAAAGACTTGGGTTACTACAAA-AGGACTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTTTCTTCA
379 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
** ** * * * *
11374 CATTTCC-CCGAGCAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAACATTCAACC
443 TGTTTCCTAGGA-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACC
11437 TAAAAT
506 TAAAAT
* * * * *
11443 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATTAAGCTTCCGAAGGC-TTGG-ATGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTA-G-CTA
* ** *** ** * ** * * *
11506 AAAATATACTTTTCTTAAGAATGAATGGCTTTTTCTAAAT-ATTTCTTGACGCAAACAATCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATT
* * * *
11570 ATAATCAGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACAATTCAA-ATGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
11634 CCATTTAAAG-CACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAA-TATACATAGACTTTTCTTACC
191 CTATTTAAAGTGA-GTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * **
11697 GATGAATAGCTTTTTCTTTA-GGTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCAT-TTTTAACAAAA
254 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACAAAA
* *
11760 AATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
318 AA-GTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * *
11825 GCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGGATTTTTCTCCAAGT
381 GCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
11890 TTCCCAAGG-TAGAAAATT-AATTATAATCTGTTTT-ACTAAATATAT-AAAAAATTCAACTTAA
446 TT-CCTAGGATAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
11951 AAT
509 AAT
* * * *
11954 CAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AGAGGCATGGGT-GACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGA-AGGCATTGGTAG-CTA
* * * * * *
12017 TAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGACA-GCCTTTGTCTTCATGTTTTCTAAGATAAATATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATT
* *
12081 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAACAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAC-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** *
12145 TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAA
192 T-ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * ** * * *
12210 TGAATGGCTGTTTATTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAAT
256 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-
* * * *
12275 ATAAAAAAAAATCAGCCTAAAATCAATTA--AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
320 GT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
12338 TTTTGAAGCCATGGGTGAA-TATTAATTGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCTTGTTTCTTCATGT
383 TTTCGAAGGCATGGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATG-
* * * * * * * * * * *
12401 TTTCCAAGG-TAGATATTTAATTATAGTTTGTTTTTACCAAAAATGTACAAAAATTTAACTTAAA
445 TTTCCTAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
12465 AT
510 AT
* * * * * * * * * *
12467 CAATTATGGGATTATAAAGCCATATAAA-CTGTGTAATAATGCTTTTG-GGGCCTTGAGTTA-TT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-G-TAGCT
* ** * * **
12529 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATGAAATT
63 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
12594 ATAAACTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* ** ** ** * * **
12659 ATTGAAACCGAGTAATTAAACTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCTTTG
193 ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
12724 AATGGATTTTTCCTT-AGGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATG
258 AATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-G
* ** * * * * *
12788 CAAGAAAATTCAATTTAAAATAAATTATTAGATTACAAAACTATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCT
321 TAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCT
* ** * * *
12852 TTAGAAGGTGTGGGTAACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTC
384 TTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* ** * * * *
12917 CTAAAGCA-A-ACA-TCTAATTGCAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGTGAACCT-AAA
449 CT--AGGATAGACATTC-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
12978 T
511 T
* * * * * * * *
12979 TAAGTTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTAT
1 CAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTAT
* *
13044 AAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAA-ACATTCAATT
* ** * * * * *
13107 ATAATATGTTTTAAAAAAAAATGT-AAGCAAATTTACCCTAAAATCAATTATGACAATATAAAAC
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAC-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
13171 TATTTAAAGTGAATAATTAGTCTTTCGAAGGCATGGGTAACCATAAATAGACTTTTTTTGCTAAT
192 TATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * *
13236 GAATAGCTTTTTATTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCGAAAATG
257 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAG
* * * * * * **
13301 TAAAAAAATTTAACCTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGAATT
321 T-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** * * *
13366 TCGAAGGCATTGGTAACTGTAAATCGATTTTTTTTTGCAAATGAATTTCTATTTCTGCATGATTC
385 TCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * ** * * *
13431 TCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAAGATCTAAAAAAATTCAACATAAAAT
449 -CTAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * ** * * *
13494 CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTAACTACA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* * *
13559 AATAGACTTTTCTT-ACAAGTGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAAACATTCATTTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
13621 TATTCTGTTTTAACAAAAAATGTAACA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * ** * * * * *
13685 TTGAAA-TCGAGTAATTAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGATTTTTGTTACCATTG
194 TTTAAAGT-GAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * * * *
13749 GATGTCTTTTTCCTAAGGTTTCGTGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA-TA
258 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGT-
* * *
13813 CAAGAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCT
322 -AA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCT
* * * * * * ** *
13877 TTCAAATGCATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAAC-TTTTCCTCATGTTT-
384 TTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * ** * * * * *
13940 CTCGGGGTAAACATTCAATTGCAGTCTATTTTAACTAAGAACGTAAAAAAATTGAACTTAAAAT
449 CT-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * * * *
14004 CAGTTATGATATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATTAGACTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* * * ** *
14069 AATAGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GATGTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * * *
14133 AATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAACAGATTTAACCTAAAATTAATTATGACATTATAAAACTA
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* ** * *
14197 TTTAAAGTGAGTAATTA-GATTGTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATG
194 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTT-TCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
14261 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTGAACAAAAAATAT
258 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GT
* * *
14326 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTT
322 -AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTT
* * * * ** * *
14390 TCAAAGGCTTGGGTGACTAGAAAT-GCACTTTTCTTAACAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTC
385 TCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
14454 TTAAGG-CAGACAATCAATTATAATCTATTTTAAC-AGAAAATGTAAAAATATTTAA-TTGAAAA
449 CT-AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAA
14516 T
511 T
* * * * * *
14517 TAATTGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGT-GACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAG-CTA
* * * * * * *
14580 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGACTCTTTTTTTTA-GGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAAT
* * * * *
14644 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGCAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGAATGTAAAA
127 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** ** * * *
14708 -TCATTTAAAGCAAGTAA-TATGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACAATAAATGGACTATTT-TTGC
191 CT-ATTTAAAGTGAGTAATTA-GGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACT-TTTCTTGC
* * *
14770 CAGTGACA-GCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
253 CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * * *
14834 AAATATAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
317 AAA-GT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * *
14899 GGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATATAA-AGACTTTTCTTGTCAATGTATGGCTGTTTATTCAC
380 GGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATA-AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * *
14963 GTTTTCCAAGG-TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-TAAAAAATTTAAAAAAATTCAACAT
444 G-TTTCCTAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
15026 AAAAT
507 AAAAT
* * * * * * *
15031 TAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGTA-TGAGT-GACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTAG-CTA
* * * * * * *
15094 TAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGTATGGCTGTTTATTCATGTTTTTCAA-GTAGACATTTAATTA
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
15158 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * * *** *
15222 TTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTAAAAATATGGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTG-TAATT
194 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-T
** * ** * * * *
15285 G-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTATGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAAT
257 GAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAA
* *
15349 GTAAAAACATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGA
320 GTAAAAA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGG
* * * * * * * *
15412 CTTTCAAAGGTATGGATGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAATGATTCGCTGTTTATTCATGT
382 CTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-
* * * * * *
15476 TTTGC-AAGATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
445 TTTCCTAGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
15539 AAT
509 AAT
* ** * ** *** * *
15542 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTAAAAATATGGGT-GAATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAG-CTAT
* ** ** *
15606 AAATGGACTTTTCTTG-TAATTG-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTAT-GGAGGCAAACATTCAAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAAT
* * *
15668 TATAATCTGTTTTCA-TCAAAAAAGTAAAA-ACATTCAA-CTCAAAATCAATTATTAGATTATAA
127 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAACA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * * *
15730 AA-TCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGATTATAAAAGGACTTTTCTTGC
189 AACT-ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
15794 CAATGATTGACTGTTTATTCATGTTT-TGCAAGATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAATCAA
253 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAA
* **
15858 AAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATA
316 AAA-AGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * *
15922 AAGCTTTTGCAGGCATGAGTAACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGACTTTTTCCTCAA
379 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * *
15987 GTTT-CT-GGAGCTAGACATTCAATTATAATATCTTTTAACCAAAATTGCAAGAAAATTCAACTT
444 GTTTCCTAGGA--TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
16050 AAAAT
507 AAAAT
* * * * ** *
16055 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAATTGT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTAT
* * * * **
16119 AAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTGC
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTAT
* ** * * *
16184 AATCTATTTTAACTAAAAAT-T-AAA-AA-T-AA-AAAAAAT-AGTTATAATATTATAAAA-TCA
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-A
* * *
16241 TTTAAAGCGAATAATTAGGCTTTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
194 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** ** * * * *
16306 ATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAAACGTTCTATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
259 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAGTA
* * * * *
16371 AACAAATTTAACCAAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTT
323 AA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
16436 GAAGGCATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTTT
387 GAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CT
* * * * * * * *
16501 A-GATGGACATTCAATTTTAACCTATTCTAACTAAAAATGCAAACAATTTCAACCTAATAT
451 AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
16561 CAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
* * * * * * *
16626 ATTGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTAAATTTC-TCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTTAATT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT--TTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * * * *
16689 ATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACC
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * * *
16754 ATTT-AAGTGAGTAATTAGGGTTTTAAAGGCATGGGTAACTAAAAATGAAATTTTCTTGCCACTA
193 ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
16818 AATGGC-TTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCT-GACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAATG
258 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAG
* * * * * * *
16880 TAGACAAATTTAACCTAAAATCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGGTT
321 TA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * ** * *
16945 TTAAAGGCATGAGTTACTATACATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
385 TCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * *
17010 T-GAAGTAGACATTCAATTACAATTTCA-TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAGT
450 TAGGA-TAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
** * *
17072 CAATTATGAGATTATAAAATGATCTAAAGCGAGCAATTAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGT-GACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTAG-CTA
** * *
17135 GGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCGA-GTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATT
* * * *
17199 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAA
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAA
** * * * * *
17263 C-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGTGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
191 CTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * *
17327 TGAATGTCTGTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAAT
256 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAA
* * *
17392 GTAAAAACATTTC-ACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-ATAAGGC
320 GTAAAAA-A-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
17455 TTTCAAAGGTATGGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCAAGT
383 TTTCGAAGGCATGGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGT
* * * ** * * *
17518 TTCCTAAAGCA-A-ACATTCAATT-TAATTTGTTTTCCCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
446 TTCCT--AGGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
17580 AAT
509 AAT
* * * * * * * ***
17583 CAAGTATGAGATTATAAAGCTATGTAACGC-ACGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGCTCTTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGC-TA
* * * * * * **
17646 CAAAAGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCTAA-GCAGGCATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * *
17710 TTAATCTATCTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
17773 TCATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGC
192 T-ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGC
17806 TTGGATGGCT
Statistics
Matches: 7971, Mismatches: 1558, Indels: 755
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
472 24 0.00
473 224 0.03
474 61 0.01
475 8 0.00
476 13 0.00
477 2 0.00
478 5 0.00
479 1 0.00
480 8 0.00
481 2 0.00
485 4 0.00
486 1 0.00
487 3 0.00
488 2 0.00
490 2 0.00
491 2 0.00
492 3 0.00
493 3 0.00
494 5 0.00
497 1 0.00
498 3 0.00
500 3 0.00
501 1 0.00
502 14 0.00
503 217 0.03
504 120 0.02
505 19 0.00
506 359 0.05
507 55 0.01
508 18 0.00
509 19 0.00
510 297 0.04
511 1574 0.20
512 1590 0.20
513 2602 0.33
514 673 0.08
515 33 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTAGCTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
TAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGTAAAA
AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGAT
AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
Found at i:10242 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7392--10242 Score: 2388
Period size: 171 Copynumber: 16.7 Consensus size: 171
7382 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7392 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTTA-GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCAG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTAT
** * * * * * ** * *
7456 AAATATACTTTTTTTACGAATGAATGGCTTTTTC-T-AAGCGTTTCTTGAGGTAGACAATCATTT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTC-CAAGGTAGACATTCAATT
* * *
7519 ATAATCTGTTTTAACCAAAATAT-AAAAAAAATTCAA-ATGAAAAT
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAAT
* * * *
7563 TAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAA-TAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-AACTAT
* * * * ** * *
7627 AAATGAACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTGTTTCTTTATGTTTTCGGAGGCAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
7691 TAGTCTGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAAT
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * ** * * * * *
7734 CAATTATGAGATTATAAAGCTATGTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGCCTTGAGTTATTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* * * * * ** *
7799 AATGAAGTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTT-C--TG-AGACAAAC-ATT-CA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
7858 A---GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAAT
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * ** * * *
7896 CAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGAATTTCGAAGACATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* ** * * * * *
7961 AATAGACTTTTCTCACCAATAAATGGCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTTAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
8026 ATATGTTTTAACCAAAAATCT-AAAAAATTCAACCTAAAAT
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * **
8066 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTAT-AAAGGCAAT-GGTAAAAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTT-TCAAAGGC-ATGGGTAACTA
* * * * * * *
8129 AAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCCTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
8193 ATATTTTATTTTAACAAAAAATGTAGATAAATTTAACCTAAAAT
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * ** *
8237 CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGGTTTTTGAAGGCATGTGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
** * * * **
8302 AATACACTTGTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCGGGATAGACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-TAGACATTCAATTAT
* ** * ** *
8366 AACCTACTTTAACTGAAAATGTAAGCAATTTCAACCTAAAAT
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * *
8408 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGCAGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* ** * * * * * *
8473 AATGAACTTTTCTTATCAATAAATGACTATTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTTAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
8538 ATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTTAACCTAAAAT
131 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * * * *
8579 CAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGAATAGGTAACTAAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* * *
8644 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTATCTT--AAGGTAGACATTTAATTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-T-TTCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * ** *
8707 TAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAGCAAATTTAACCTAAAAT
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* ** ** *
8750 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* * ** *
8815 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAC
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* * ** *
8879 ATTCTGTTTTAGCCGAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAAT
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * *
8921 CAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAA-TATGGTTTTCAAAAGCTTGGGTGACTA-
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTAT
* ** ** * *
8984 AAAGTGTACTTTT-TTGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-TTAGACAATCAAT
65 AAA-TGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAAT
* ** * * *
9047 TATAATCTGTTCTAAGAAAAAATATAAAAATATT-AAACTAAAAAT
127 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAAT
* * * * * * * *
9092 TAATTGTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGC-ACATAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTAT
* * * * *
9156 AAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTT-AGGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
9220 TAATCTGTTTTAATTAAAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAAT
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * ** *
9263 CAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGCATGA-TAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACT-A
* * * * * ***
9326 TAAATGAACTTCTCTTGCCAATGACA-GCCTTGTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
9390 ATAACCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAAT
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * *
9434 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGAATTGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* * * * * *
9499 AATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTATTTCTTCATG-ATTCCTAAGGCAGAAATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
9563 AATCTGTGTTAACTAAAAATCTAAAAAAATCCATCCTAAAAT
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * *
9605 CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* ** * * *
9670 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTC-ATTCAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT-AT
* * * *
9734 ATTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AACAAATTTAACCTAAAAT
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * **
9775 CAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAA-CAAAGTAATTAAGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTAT
* * * * * *** * *
9839 AAATGGACCTTTGTTGCCATTAAATGGCTTTTTAC-TCAAGTTTTTTGAGGTACACATTTAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
9903 TAATATATTTTAA-TAAAAA-ATACATGAGAATTCAACTTAAAAT
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-A-AAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * * * *
9946 TAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGTGATTGT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTAT
* * ** * * *
10009 AAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATG-TTTCTTAGGACAAATATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-TAGACATTCAATTA
* *
10073 CAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAAT
129 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * * *
10116 TAGTTATGATAATATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
* * **
10181 AATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAATATAGACATTCAATT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
10243 TAAAATCAAT
Statistics
Matches: 2156, Mismatches: 455, Indels: 138
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 119 0.06
163 1 0.00
165 2 0.00
166 8 0.00
167 8 0.00
168 6 0.00
169 14 0.01
170 433 0.20
171 1505 0.70
172 55 0.03
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
Found at i:10664 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10243--17805 Score: 6373
Period size: 171 Copynumber: 44.3 Consensus size: 170
10233 ACATTCAATT
* * * * ** *
10243 TAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTAAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATTGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * ** * *
10308 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATTGCTATTTCTTAACATTTCTC-AGCGTAGACATTT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-GTAGACATTC
* *
10372 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATAAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * * * * * *
10412 TAAAATCAGTTATGATATTATAAAACTATTTAACGCAAGTAATTATGATTTTAAAGGCGTGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
10477 ACTAAAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATAGCATTTTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGATATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
10542 ATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATGTAGATAAATTTAATC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * * ** *
10583 TAAAATCAATTATAACAGTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGATA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * *** *
10648 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
10713 ATTACAATTTGTTTTAATCGAAAATGTAAAATAATTCAAC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
10753 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * ** * * ** *** * * * **
10818 GACTAGAAATGTACTTCGCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCACATAAAC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* *
10883 AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAAC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* ** * *
10923 TAAATATTAATCGTGAGATTATAAATCTATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
1 TAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * *
10987 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTTAGGTTTTCCAAGGTAGACATT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * ** * * *
11052 CAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAAATATAAAGAAATTCATC
129 CAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
11095 TTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGCGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * * * *
11160 GA-TAATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTG-ATAGCCTTTTCCTTTATGTTT-CTAGAGGCAGACG
65 AACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGTAGACA
* ** * *
11222 TTCAATT-TAATTTGTTTTCCCCAAAAATATAAAACAATTCAAC
127 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
11265 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATGTAAAGC-ACGTAACAAGGCTTTTAAAGACTTGGG
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * ** ** * *
11329 TTACTACAAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCCC-CGAGCAGACAT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-GTAGACAT
* ** *
11393 TCAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * * *
11437 TAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATTAA-GCTTCCGAAGGCTTGGAT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * ** *** ** * *** * * * *
11501 GACTAAAAATATACTTTTCTTAAGAATGAATGGCTTTTTCTAAATATTTCTTGACGCAAACAATC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * *
11566 AATTATAATCAGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACAATTCAAA
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
11608 TGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * * *
11672 TGAA-TATACATAGACTTTTCTTACCGATGAATAGCTTTTTCTTTA-GGTTCCCAAGGTAGACAT
64 T-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* * *
11735 TCAATTATAATCAT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAAC
128 TCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
11778 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
11843 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGGATTTTTCTCCAAGTTTCCCAAGGTAGAAAATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG-ACATT
* * *
11908 -AATTATAATCTGTTTT-ACTAAATATAT-AAAAAATTCAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
11947 TTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCATGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * * * *
12012 GACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGACA-GCCTTTGTCTTCATGTTTTCTAAGATAAATATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* *
12076 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAACAAATTCAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAC
* * *
12119 ATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGC
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * *
12184 GACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTATTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
12249 AATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATATAAAAAAAAATCAGCC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA-AC
* ** *
12292 TAAAATCAATTA--AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-
* * * * *
12355 AA-TATTAATTGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCTTGTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGATATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * * *
12418 TAATTATAGTTTGTTTTTACCAAAAATGTACAAAAATTTAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *** * *
12460 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAGCCATATAAA-CTGTGTAATAATGCTTT-TGGGGCCTTGA
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CATGG
* * * ** * *
12523 GTTATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACAT
63 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
** * * *
12588 GAAATTATAAACTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * ** *
12632 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAACCGAGTAATTAA-ACTTTTGAAGGTATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* ** * * ***
12696 AACTATAAATGGACTTTTCTTCCCTTTGAATGGATTTTTCCTT-AGGTTTCTTGAGGTAGACATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * * *
12760 TAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATGCAAGAAAATTCAATT
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * **
12803 TAAAATAAATTATTAGATTACAAAACTATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGTGTGGG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGG
* * * * * *
12866 TAACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCTAAAGCAAACA-T
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
** * * * *
12930 CTAATTGCAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGTGAACC
129 C-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * *
12974 T-AAATTAAGTTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCAAAGGCATGGG
1 TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * *
13037 CAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACAT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* ** ** * *
13101 TCAATTATAATATGTTTTAAAAAAAAATGTAAGCAAATTTACCC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-AC
* * * * * * * *
13145 TAAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAATAATTAGTCTTTCGAAGGCATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
13210 ACCATAAATAGACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTATTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
13275 ATTATAACCTATTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTTAACC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * ** * *
13316 TAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGAATTTCGAAGGCATTGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * ** * * * * * *
13381 ACTGTAAATCGATTTTTTTTTGCAAATGAATTTCTATTTCTGCATGATTCTCAAGGAAAACATTC
66 ACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * *
13446 AATTATAATCTGTTTTAACCCAAGATCTAAAAAAATTCAAC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
13487 ATAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * *
13552 AACTACAAATAGACTTTTCTT-ACAAGTGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * *
13615 CATTTATATTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AACAAATTTAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * ** *
13657 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATTAA-GCTTTTGAAGGCTTGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * * * * *** *
13721 AACTATAAATGGATTTTTGTTACCATTGGATGTCTTTTTCCTAAGGTTTCGTGAGGTAAACATTC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * ** ** *
13786 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAGAAAATTCAAC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
13827 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGG
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * ** * * ** *
13891 TGATTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAAC-TTTTCCTCATGTTTCTCGGGGTAAACATT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
** * * * * * *
13955 CAATTGCAGTCTATTTTAACTAAGAACGTAAAAAAATTGAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
13997 TTAAAATCAGTTATGATATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATTAGACTTTCAAAGGCATGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * ** * * *
14062 AACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GATGTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * *
14126 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAACAGATTTAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * * **
14169 TAAAATTAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTA-GATTGTTGAAGGCATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCATGGGT
* * * **
14233 AACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * *
14298 AATTATAACCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * *
14340 TAAAATCAATTATAAAATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCAAAGGCTTGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * ** * * ** * *
14404 GACTAGAAATGCACTTTTCTTAACAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAATC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * *
14469 AATTATAATCTATTTTAA-CAGAAAATGTAAAAATATTTAAT
130 AATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
14510 TGAAAATTAATTGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGG
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * * * *
14574 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGACTCTTTTTTTTAGGTTTCCTAAGGTAGACAT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* * **
14639 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGCAATTCAAC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * ** *
14682 TCAAAATCAATTATGAGAATGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGCGT
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * **
14747 GACAATAAATGGACTATTT-TTGCCAGTGACA-GCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAT
65 AACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* *
14810 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
14853 ATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * * * *
14918 GACTATATAA-AGACTTTTCTTGTCAATGTATGGCTGTTTATTCACGTTTTCCAAGGTAGACATT
65 AACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * ** *
14982 CAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
15024 ATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGTATGAGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * ** *
15089 GACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGTATGGCTGTTTATTCATGTTTTTCAA-GTAGACATTT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * *
15153 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * ***
15195 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTAAAAATATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-
* ** **** * *
15259 AA-TATAAATGGACTTTTCTTG-TAATTG-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTATGGAGGCAAACAT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* * *
15321 TCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAATGTAAAAACATTCAAC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
15364 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGGA
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * * ** *
15428 TGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGATTCGCTGTTTATTCATGTTTTGCAAGATAGACATT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * *
15493 CAATTACAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * ***
15536 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTAAAAATATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-
* ** **** * *
15601 AA-TATAAATGGACTTTTCTTG-TAATTG-ATACCTTTTTTCTTCATGTTTATGGAGGCAAACAT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* * * *
15663 TCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAAAGTAAAAACATTCAAC
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * **
15706 TCAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATATGGG
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * * * ** *
15770 TGATTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGATTGACTGTTTATTCATGTTTTGCAAGATAGACATT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * *
15835 CAATTACAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* ** * *** *
15878 TAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGCATGAGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * * *** *
15943 ACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGACTTTTTCCTCAAGTTTCTGGAGCTAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
16008 ATTATAATATCTTTTAACCAAAATTGCAAGAAAATTCAAC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* **
16048 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * *
16112 TAATTGTAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATT
64 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
** * *
16177 CAATTGCAATCTATTTTAACTAAAAAT-TAAAAATAA---AA-
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * * * * *
16215 -AAAAT-AGTTATAATATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATTAGGCTTTCAAAGGTATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* ** * * *
16278 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAAACGTTCT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* *
16343 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTTAACC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * **
16384 AAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * *** * *
16449 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTTTAGATGGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
16514 ATTTTAACCTATTCTAACTAAAAATGCAAACAATTTCAACC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * *
16555 TAATATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTCGAAGGCATTGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* * * * * *
16620 ACTATAATTGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTAAATTTC-TCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT--TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * *
16684 TAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
16726 TTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATTAGGGTTTTAAAGGCATGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * *
16790 AACTAAAAATGAAATTTTCTTGCCACTAAATGGC-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCT-GACATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-TAGACATT
* * * * *
16853 CAATTATATTTTGTTTTAACC-AAAATGTAGACAAATTTAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* * * * * * * *
16895 TAAAATCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGGTTTTAAAGGCATGAGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
* ** * * *
16960 ACTATACATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAA-GTAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGTAGACATTC
* * ** *
17024 AATTACAATTTCATTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-C
* ** * * * * * * *
17066 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATGATCTAAAGCGAGCAATTAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
** * *
17131 ACTAGGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCGA-GTTTTCCAAGGTAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* *
17195 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAAC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
17236 TTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGTGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * * * * *
17301 GACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTGTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * *
17366 AATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTCACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * *
17408 TAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-
* * * * * *
17472 AA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAGCAAACATT
65 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* ** *
17535 CAATT-TAATTTGTTTTCCCCAAAAATGTAAAACAATTCAAC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * ** *
17576 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAGCTATGTAACGC-ACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGG
* * * * * *
17640 CT--CTTACAAAAGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCTAA-GCAGGC
64 -TAAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AAGGTAGAC
* * *
17702 ATTCAATTTTAATCTATCTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTCAACC
126 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-C
* *
17748 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGC
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGC
17806 TTGGATGGCT
Statistics
Matches: 5984, Mismatches: 1239, Indels: 340
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 124 0.02
165 11 0.00
167 2 0.00
168 66 0.01
169 611 0.10
170 1043 0.17
171 3317 0.55
172 789 0.13
173 21 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTA
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
Done.