Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399140.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2415.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6990
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Warning! 523 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12--1208 Score: 1067
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
2 GCTTTTCAAT
* * **
12 GCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCGAAG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAG
* * * * * * * *
75 GTATATATTGAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAACAATTGT
64 GAAGACATTCAAATATAATCTA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * *
140 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAC
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
183 GCTTGAGCGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTTCTCAAGGA
1 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGA
* * *
248 AAACATCCAAATATAATCTA-TTAACCCTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
66 AGACATTCAAATATAATCTATTTAA-CC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
312 AAATTGTCAAACCATTTAAAGCGAGTGATATA-GATTTTGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAG
* * * * *
354 GCTTGAGTGACT-TGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCTTTGCTTTACAT-TTTC-CTA
1 GCTTGAGTGACTAT-AAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTC-A
*** * * *
416 A-GACAGACATTCTGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
62 AGGA-AGACATTCAAATATAATCTA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* *
480 TATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAG
125 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * *
526 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTAAGTTTC-CTAAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGG
* * * * * *** **
590 TAGACATTCACATATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTTGTTTAAAATTGATTATG
65 AAGACATTCAAATATAATCT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* *
655 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATGAGGCTTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * ** * * * * ** *
697 GCTTCTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGA
* * * ** *
762 AGACATTTAAATATAACCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAGAA-CAATTATG
66 AGACATTCAAATATAATCT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAA-AATCAATTATG
* *
826 AGATTATAGAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * *
868 ACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATAGCTTATGCTTCATGTTTCT-ACAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGG
* ** * *
932 CAA-ACATTTAGTTATAA-CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAAATA
65 -AAGACATTCAAATATAATC-TA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * *
994 TGAGATTATAAAACTATTTACAGCGAATAATAAGGTTTTCGAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * *
1038 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTATATTTCTTGAA-G
1 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGG
* * * * * ** * * *
1102 CAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCATCAAAAATGCAAAAACCCTCT-ACTTTAAATTAATTAT
65 AAGACATTCAAATATAATCT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT
* *
1166 GAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 168, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 134 0.16
171 541 0.65
172 137 0.17
173 5 0.01
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGA
AGACATTCAAATATAATCTATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
Found at i:721 original size:343 final size:334
Alignment explanation
Indices: 12--1208 Score: 1166
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 334
2 GCTTTTCAAT
* * * * * *
12 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCGAAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AAT-GATAGCCTTTGCTTTACATTTCT-TAA-G
* * * ** ** * * * *
76 TATATATTGAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAACAATTGTG
62 CAGACATTCTAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
141 AGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGAGCGACTATAAATGAATT
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
206 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATCCAAATATAATCTATTA
192 TTTCTTACCAATGGATGACTTATGCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACATTCAAATATAATATTTTA
* * *
271 ACCCTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTGTCAAACCATTTAAAGCGA
256 A-CC-AAAAATG-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*
336 GTGATATA-GATTTTGAAG
318 GT--TATAGGATTTCGAAG
*
354 GCTTGAGTGACT-TGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCTTTGCTTTACATTTTCCTAAG
1 GCTTGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTAC-AAT-GATAGCCTTTGCTTTACA-TTTCTTAAG
** *
418 ACAGACATTCTGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
62 -CAGACATTCTAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
483 GAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
126 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
548 TTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTAAGTTTCCTAAGGTAGACATTCACATATAATTTGTT
191 TTTTCTTACCAATGGATGACTTATGCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAAATATAA--TATT
*** **
613 TTAACCAAAAATGTAAAATAATTTTGTTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
253 TTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
678 AGTTATGAGGCTTTCGAAG
317 AGTTAT-AGGATTTCGAAG
** * * * * * *
697 GCTTCTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGATAGCC-TTTGCTTTACATTTCTT-AAGC
* * *
762 AGACATT-TAAATATAACCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAGAA-CAATTA
63 AGACATTCT-AATATAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTA
* * *
824 TGAGATTATAGAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGA
125 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * **
889 CTTTTTTTACCAATGGAT-AGCTTATGCTTCATGTTTCTACAGGCAAACATTTAGTTATAACATA
190 CTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTATGCTTCATGTTTCTA-AGGAAAACATTCAAATAT-A-ATA
* * * * *
953 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTACAGC
251 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
1018 GAATAATAAGGTTTTCGAAG
316 GAGTTAT-AGGATTTCGAAG
* * * * *
1038 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTATATTTCTTGAAGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATG-ATAGCCTTTGCTTTACATTTCTT-AAGC
* * * * *** * * *
1103 AGACATTCAAATATAATCTGTTTTCATCAAAAATGCAAAAACCCTCTACTTTAAATTAATTATGA
63 AGACATTCTAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
1168 GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 125, Indels: 53
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 188 0.27
342 230 0.33
343 265 0.38
344 7 0.01
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGATAGCCTTTGCTTTACATTTCTTAAGCAGA
CATTCTAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGGATGACTTATGCTTCATGTTTCTAAGGAAAACATTCAAATATAATATTTTAACCAA
AAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAGG
ATTTCGAAG
Found at i:1171 original size:512 final size:514
Alignment explanation
Indices: 12--1208 Score: 1271
Period size: 514 Copynumber: 2.3 Consensus size: 514
2 GCTTTTCAAT
* * * * * * * *
12 GCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTTCTTCACA-TTTTCGAAG
1 GCTTAAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTTA-AGTTTCCTAAG
* * * * * * ** * * ** *
75 GTATATATTGAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAAC-TTAAAAACAATTG
64 GCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAATAATCT-ACTTTAAAATTAATTA
* * * ** * *
139 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGAGCGACTATAAATGAA
128 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCTGTGACTATAAATGGA
* ** * ** * * * * * ** * * ** * *
204 TTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATCCAAATATAATCT-A
193 CTTTTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTTAAATATAACCTGT
* ** * * * *
268 TTAACCCTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTGTCAAACCATTTAAAG
258 TTTATTC-AAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATCAAACCATATAAAG
* * *
333 CGAGTGATATAGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTTGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCT
322 CGAGTAATATAGATTTCGAAGACTTGAGTGACTTGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCT
* * *
398 TTGCTTTACATTTTCCTAAGACAGACATTCTGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
387 TTGCTTTACATTTTCCTAAGACAAACATTCTGTTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
463 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAG
452 TTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAACAATAAGGCTTTCGAAG
* * *
526 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTAAGTTTCCTAAGGT
1 GCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTTAAGTTTCCTAAGGC
* * * * ** *
591 AGACATTCACATATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTTGTTTAAAATTGATTATGA
66 AGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAATAATCTACTTTAAAATTAATTATGA
* *
656 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATGAGGCTTTCGAAGGCTTCTGTGACTATAAATGGACTT
131 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCTGTGACTATAAATGGACTT
721 TTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTTAAATATAACCTGTTTT
196 TTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTTAAATATAACCTGTTTT
*
786 ATTCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAGAA-CAATTATGAGATTAT-AGAACCATATAAAGCG
261 ATTCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAA-AATCAATTATGAAATTATCA-AACCATATAAAGCG
* * * *
849 AGTAATA-AGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTTTTACCAATGGATAG-CT
324 AGTAATATA-GATTTCGAAGACTTGAGTGACT-TGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCT
*
911 TATGC-TT-CATGTTT-CTACAGGCAAACATT-TAGTTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA
387 T-TGCTTTACAT-TTTCCTA-AGACAAACATTCT-GTTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
972 AAAA-TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTACA-GCGAATAATAAGGTTTTCG
448 AAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTA-ATGCGAACAATAAGGCTTTCG
1035 AAG
512 AAG
* ** * *
1038 GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTATA-TTTCTTGAA-
1 GCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTTA-AGTTTCCT-AAG
* * *
1101 GCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCATCAAAAATGCAAAA-ACCCTCTACTTT-AAATTAATT
64 GCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAATA--ATCTACTTTAAAATTAATT
* *
1164 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
127 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 97, Indels: 36
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 198 0.35
513 61 0.11
514 302 0.53
515 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (514 bp):
GCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTTAAGTTTCCTAAGGC
AGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAATAATCTACTTTAAAATTAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCTGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTATCAACGTTTGCCTTTTACTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTTAAATATAACCTGTTTT
ATTCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATCAAACCATATAAAGCGAG
TAATATAGATTTCGAAGACTTGAGTGACTTGAAATGGACTTTTCTTACAAATAGATAGCCTTTGC
TTTACATTTTCCTAAGACAAACATTCTGTTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAACAATAAGGCTTTCGAAG
Found at i:3077 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2221--4649 Score: 2135
Period size: 170 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
2211 NNNNNNNNNN
* * * *
2221 AAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTCCTTAAAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAAT
* * * *
2285 CTCATAATTGATTTGAAGTCT-AA-TTTTTTACT-TTTTT-AGTTAAAACATATTATATTTTAAT
65 CTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTA-TATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
2346 ATCTGTA-GTGGGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATT-AGCAAGAA
127 GTC--TACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAA
* * * * * * *
2390 AAGTCTATATATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTAGTTTAAATGATTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
2454 CTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT-AGTT-AAATAGATTATAATTGAATG
65 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
2516 TCTACCTCAGGAAACATGATGCAAAAGTCAT-CTTTGGA-AAGAA
128 TCTA-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAA
* ** ** * * *
2559 AAGTCCATTTATTGTCACTCTTGTTTTCGACAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** *
2624 TCATAATTGATTTGAAGTT-AAATTTTCTACCTTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * ** * * * *
2687 TATTGTGGGAAATGTTAAG-ATAAAGCTATTCATTGACAAGGA
130 TACT-TAGGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * * * * *
2729 AAGTCTATTCATAGTCAC-CCATCCATTTTG-AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGATTTT-TA
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC--TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATA
* * * * * * * * *
2791 ATTTCATAATTGATTTTAAATAGAATATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATATAGTGTAGTTGAA
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAT-ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * *
2856 TGTCTGTGTTAGAAAATATGGAGCAAAAGCCATCCATTAGTA-AA-AA
126 TGTCT-ACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-ACAAGAA
*
2902 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTC-ACAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
2966 CTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGACTGTC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
3031 TACTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
130 TACTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * * * * *
3073 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
3138 TCACAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTAGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-GAATGTC
* *
3201 TATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAA
130 TA-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * *
3243 AAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** ** *
3308 TCATAATT-ATTTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATCTTATAACAGAATATC
66 TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
*
3372 TGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAA
130 T-ACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAA
3414 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * ***
3479 CCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGATAAAAATAGATTATAACAAAATGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * *
3544 ACCTCAAGAAACATGAAGCAAACGCTATTCATTTG-CAAGAA
131 A-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAA
* * * ** *
3585 AAGTCCATTTATAGTTACTCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTGATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
3650 TCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCG
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
3715 ACCTTA-GAAACAGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCAAGAG
131 A-CTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
** *
3756 AAGTCCATTTATAGTTGCTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGG-TTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
3818 CTCACAATCGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAATAATATTTAAATG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
3882 TATACCTCAGGAAACATAAAGTAAAAAG-CATTCATTGACAAGGA
128 TCTA-CTTAGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * ** *
3926 AAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTAATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
3991 TCATAATTAATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGT
66 TCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
4054 CTGCCTTGGGAAACAT-AACGCAAACGCCATCCACT-AGCAAGAA
129 CT-ACTTAGGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAA
** * * * * **
4097 AAGTGTATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTATCTGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
4162 TCATAAATAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
**
4226 A-TATCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGCAAGAA
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* *
4267 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * *
4332 TTATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTACATATTTTT-AATAAAAAAAATTATAATTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
4395 TGCTATGGGAAATAAG-AGACAAAAGTCATCCATTGACAAGAA
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* * ** * *
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* * * *
4502 TCATAATTGATTTTAAG-T-AATTTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAGCAGATTATATTTAAATGT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * ** *
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*
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* * * * *
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*** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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*
2724 AAGGA
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
3115 TTACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAA
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*
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* * *
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* * ** *
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* *
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* * * *
3437 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAAATGATTTTAAGTTAAAT
195 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *** * *
3502 TTTTTTACATTTTCGATAAAAATAGATTATAACAAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAC
260 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGCAAAA
* * * * *
3567 GCTATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
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* * *
3631 TTTAAATAATTTGATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAAC
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* * * * *
3696 AGATTATAACTGAATGTCGACCTTA-GAAACAGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCAAGAG
453 AGATTAT-ATTGAATGTCTATCTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
** *
3756 AAGTCCATTTATAGTTGCTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGG-TTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
3818 CTCACAATCGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTAAATG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * * * ** *
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128 TCTGCCTTAGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
3945 CAAGCCTTCGAAAGCCCTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTGAA-T
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* * * **
4009 TGAATTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACAT-A
255 TGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGA
* * ** * *
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318 A-GCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* ** * * * *
4135 TTACTCATTTTATCTGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACAATTTTG
381 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTG
* * ** *
4199 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATATCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAA
445 GTTAAAACAGATTATA-TTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA
4264 GAA
509 GAA
* *
4267 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * *
4332 TTATAATTGATTTTAAG-TGA-AATTTTTACATATTTTTAATAAAAAAAATTATAATTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
4395 TG-CTATGGGAAATAAG-AGACAAAAGTCATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTC
130 TGCCT-TAGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** *
4457 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-
192 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
4520 AATTTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAGCAGATTATATTTAAATGTCTGCCTCGAA-AAACATAAA
257 AA-TTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC-AAGAAACATGAA
* * ** * * *
4583 GTAAAAGCTATCCATTGGGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
319 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * ** *******
4648 CTTAGC-TTAAATAATTTTATAAT-T-A-AATT-TTTATCCTGGGAACCATGAAGCAAAAGCA-A
384 CTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT-T--T---AA-GTTGAA-TTTTTTTATA
* * * * ** * * * ** *
4707 TCCATTGG--GAAACAAAGTCCATT-TATAGT-TA-CTCA--AGAC-T-TCG-AAAA-CC-T-TA
440 T--TTTGGTTAAAACAGATTATATTGAAT-GTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
** * *
4759 TTACTCATGTTA
502 TT-GGCAAG-AA
*** * * * ** * *
4771 AA-TGGTTTTACAAT--CTCATA--ATT-G--A-TTTTAAGTTGAATTA-TTTAATAT--TTTTA
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTT-A-TT-ACTCACTTTAA-ATGGTTTTA
** ** *** ** ** *
4824 GTTAA-AACAT-ATT-ATATTTGAACGTCTG-CCTTAAATA-A-CCTGAAGTAAAACCATCCATT
61 --TAATCTCATAATTGAT-TTT-AA-GT-TGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-CAT--ATT
* * * * ** * * *
4883 GGTAA--GAAAAGTC--CATTTA-TAGTCACTCAAGCATCCGAAAGCC-T-TATTACTTGCTATA
117 -ATAATTG-AATGTCTGC-CTTAGGAAACA-TGAAGCA----AAAGCCATCCATTA---GC-AAA
** * * * * *
4941 AATGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTCTAT
170 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
5006 TCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAACTGAAT
235 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * ** *
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298 GTCTACT-TCAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * **
5131 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACT-AGCTTTAAATG-------------------G--TTTNN
360 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
******** * * * *
5174 NNNNNNNNTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTAT-TTGAATATCTA-CTTTGGGAA-ATGTAA
424 GTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATG--A
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* * * * **
5260 AAGTCTATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * * *
5325 TCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTTAC-TTTTTTAGTGAAAGCAGATTATATTTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
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* * * * * * * **
5518 TTTTTATA-TTTTTTG-CTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTCTGGAAACATGAAGCAAA
260 TTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGCAAA
* * ** * ** ** ** * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
5708 ACAATATTATAACTAAATGTCTATTTTAGGAAACGTG-AGGAAACAACCATCTATTGACAAGAA
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* * * * * *
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1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
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66 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
*** * * * * * *
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131 GCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * * * * *
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196 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** *
6031 TTTTTATATTCTTTG-TTAAAACA-AGTTATATTTGAATGTCT-GTCTCAAGAAATGTAAAGC-A
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* * * ** * * *
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323 AAGCCATCCAT-TGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
6155 CGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAA
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* ** * *
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* * * * *
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1 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * **
6348 TCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTCAAATATATTATAAAAGAATGTC
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* * * * *
6412 TACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAG
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* * *
6477 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
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* * * * ** * *
6542 TATTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACAGAATGTTTACCTT-ATGAAACATGAAGCAAA
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* * * * *
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* * * * * * * *
6669 GCTTTAAATGGTTTGATAATCTGATAATTGATTTTATA-TTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAA
387 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 AAGTCCATTTATAGTCA-CTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATA
** * * * **
6857 ATCTCATAATTTTTTTTAAGTTAAAATATAATT--A-TTTTTAGTTAAAA-ATAATTAT-ATTGG
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* * * * * * * * * *
6917 AATGTTTACCTCAGGAAACATGGAGGAAAAGCAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCA
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TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGCAAAAG
CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGA
TTATATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
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*
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4997 GT
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5172 NNNNNNNNNN
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* *
5243 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * *
5308 TAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * *
5351 TTTACTTTTTTAGTGAAAGCAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * *
5416 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
5481 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
5520 TTTATATTTTTTGCTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTCT-GGAAACATGAAGCAAAAGC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGC
* ** * *** * ** * *
5584 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAATTTTTTAAAATTCTTATTAATCGTTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
5649 AAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * *
5691 TTTGCATTGTTGGTT-AAACAATATTATAACTAAATGTCTATTTTAGGAAACGTG-AGGAAACAA
1 TTTACATTTTTAGTTAAAAC-ATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAA-AG
* * * * * * * * *
5754 CCATCTATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAATCACTCAAGCATTCGAAAGTCTTATTATTCACTT
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
5819 TAAATGGTTTGATAATCTGATAATTGATTTTGAGTTGACTTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
5862 TCTACATTGTTAATGAAAATATATTATAATTGAATGTCTAAT-TTAGGAAGCATGAAGCAAAAGC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * ** * * *
5926 CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTAATAGCTGT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
5991 AAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * ** *
6033 TTTATATTCTTT-GTTAAAACA-AGTTATATTTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTAAAGC-AAAG
1 TTTACATT-TTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG
**** * * ** *
6095 CCAAATGTTAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACAGAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
6160 TAAATGGTTCTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** *
6203 TTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTAT-ATGTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAAT-TGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * *
6267 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
6332 AAATGCTTTTATAATGTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** * * *
6374 TTTACATTTTTAGTTCAAATATATTATAAAAGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * *
6439 ATCCATTTGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTG
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
6504 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** * * * *
6545 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACAGAATGTTTACCTTATGAAACATGAAGCAAAAACC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * * * *
6610 ATCTATTTGAAACAAAAGTCCATTTATAGTTACTCGAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTA
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
6675 AATGGTTTGATAATCTGATAATTGATTTTATA-TTAAATTGT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTT
* * * * * * *
6716 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATTAAGCAAAAGCT
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * *
6781 ATCCATT-GTAAGAGATGTCCATTTATAGT-AGC-CTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCGT
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * * *
6843 TAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTTTTTTTAAGTTAAAATATA
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTT
* * * * * *
6887 ATT--ATTTTTAGTTAAAA-ATAATTAT-ATTGGAATGTTTACCTCAGGAAACATGGAGGAAAAG
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAT-ATTATAATT-GAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
6948 CAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGC
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
6989 TT
Statistics
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173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
Found at i:6566 original size:683 final size:676
Alignment explanation
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Period size: 683 Copynumber: 2.6 Consensus size: 676
5172 NNNNNNNNNN
* * * * *
5182 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAT--TTGAATATCTACTTTGGGAA-ATGTAAAGCAAAAGC
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* * *
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64 CATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
5309 AAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTTACT-TTTTTAGTGAAAGCAG
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* * * *
5373 ATTATATTTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
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* *
5437 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
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* * * * * *
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* ** * *** *
5565 -GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAATTTTTTA
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** ** * *
5629 AAATTCTTATTAATCGTTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
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* * * ** * *
5694 GCATTGTTGGTTAAACAATATTATAACTAAATGTCTATTTTAGGAAACGTGAGGAAACAACCATC
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* * * * *
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* *
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* ** * *
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1 TT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAA-CATGAAGCAAAAGC
* * * * * * *
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64 CATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
5991 AAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTCTTT-GTTAAAACA-
129 AAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAACAG
* * * *
6054 AGTTATATTTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTAAAGCAAAGCCAAATGTTAGCAAGAAAGGTCCA
192 A-TTATATTTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATAAAGCAAAGCCAAATATT-GCAAGAAAAGTCCA
* *
6119 TTTATAGTCACAGAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
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* *
6184 CGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATGTGAATGTCTGCCTTAG
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* *
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* * *
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446 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTT
* * *
6377 ACATTTTTAGTTCAAA-TATATTATAA-AAGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA-AGCC
510 ACATTGTTAGTT-AAACAATATTATAACAA-AATGTCTACCTCAGGAAACGTG-AGCAAACAACC
* * *
6439 ATCCATTTG-CAAAAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTT
572 ATCCA-TTGACAAAAAAAGTCCATATATAATCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTA-TTCACTT
* * *
6502 TGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
635 TAAATGGTTTGATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
** * * * *
6545 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACAGAATGTTTACCTTATGAAACATGAAGCAAAAACC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTA-GGAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * * *
6610 ATCTATTTGAAACAAAAGTCCATTTATAGTTACTCGAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTA
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* * *
6675 AATGGTTTGATAATCTGATAATTGATTTTATA-TTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
130 AATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *** * * *
6739 TTATATTTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATTAAGCAAAAGCTATCCATTGTAAGAGATGTCCATT
193 TTATATTTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATAAAGC-AAAGCCAAATATTGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
6804 TATAGT-AGC-CTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCGTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAAT
257 TATAGTCA-CAC-AAGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * *
6867 TTTTTTTAAGTTAAA--ATATAATTATTTTTAGTTAAAAATAATTATATTGGAATGTTTACCTCA
319 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA-TATTTTTAGTTAAAAA-AATTATATT-GAATGTCTACCTTA
* * *
6930 GGAAACATGGAGGAAAAGCAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGC
381 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGC
6989 TT
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 151, Indels: 67
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
680 18 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (676 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAACATGAAGCAAAAGCCA
TCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TATTTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATAAAGCAAAGCCAAATATTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACACAAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAAAAATTATATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
AATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTTACATTGTTAGT
TAAACAATATTATAACAAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAGCAAACAACCATCCATTGACAAAA
AAAGTCCATATATAATCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTGATAAT
CTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
Found at i:6909 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6862--6911 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
6852 TTATAATCTC
*
6862 ATAATTTTTTTTAAGTTAAAAT
1 ATAATTATTTTTAAGTTAAAAT
6884 ATAATTATTTTT-AGTTAAAA-
1 ATAATTATTTTTAAGTTAAAAT
6904 ATAATTAT
1 ATAATTAT
6912 ATTGGAATGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ATAATTATTTTTAAGTTAAAAT
Done.