Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397442.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3643.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17854
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Warning! 1331 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:994 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 550--1171 Score: 459
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
540 TTTTATATAT
* * * * * * * * * *
550 TTTTTGTTAAAACGAATAATAATTAAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAG-GAAAAGATACCCAT
1 TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACATCAGCAAACAT-AAGAAAAAAGATATCCAT
* * ** * * * **
614 TGGTAAGAAAAGTCCATGAATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * ** * * *
679 TTTATAATATCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATAT
130 TTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTAT-C
** * * * * * * * * **
721 TTTTA-TTAAAATAGATTATAACTGAGTGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAA-ATATTCNN
1 TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACATCAGCAAACAT-AAGAAAAAAGATATCCAT
******** * * *****
784 NNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNN
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
***** *
849 NNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTA-C
130 TTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATC
* * * *
889 GTTTTTTGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAG-AGAAAGATATC
1 --TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACATC-AGCAAACAT-AAGAAAAAAGATATC
* *
952 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAT-ACCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAA
62 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAA
*
1015 ATATTTTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTTTTTTATC
125 ATATTTTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATC
* *
1061 TTTTAGTTAAAACTGATAATAATTGATTGTCTACATCAGCAAACATAAGAAAAAAGATATCCATT
1 TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACATCAGCAAACATAAGAAAAAAGATATCCATT
* * *
1126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGACTTGAAAAGCCTTA
66 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTA
1172 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 93, Indels: 27
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 210 0.61
171 127 0.37
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACATCAGCAAACATAAGAAAAAAGATATCCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
TTAAAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATC
Found at i:1139 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 513--1171 Score: 675
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
503 NNNNNNNTAG
* * *
513 AATCTCGTAATTCATCTTAACTTGAATTTTTATATATTTTTTGTTAAAACGAATAATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTCATCTTAAATTGAATTTTTATACATTTTTTGTTAAAACGAATAATAATTAAAT
* * * * *
578 ATCTACCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATGAATAGTCACTC
66 ATCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGATACCCATTAGTAAGAAAAGTCCATGAATAGTCACCC
* * * * * **
643 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATATCATAATTGATTTTATGTTA
131 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATATCATAATTGATTTCAAATTA
* * * * *
708 AATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAGTGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAA
196 AATTTTTTTATACTTTTATTAAAATAGATAATAACTGAGTGTCTACATCAGAAAACATGAAGAAA
* **********
773 AAAATATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTT
261 AAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGACTTCAAAAGCCTTATTACTT
837 GCTTTAA
325 GCTTTAA
* * * *
844 NNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTT-TACGTTTTTTGTTAAAACGGAT
1 ----------AATCTCATAATTCATCTTAAATTGAATT-TTTATACATTTTTTGTTAAAACGAAT
* * * *
908 AATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-GAGAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
55 AATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGGA-AAAGATACCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
** * * *
972 TTATGGTCACCCATACCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAAT
119 GAATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATATCATAAT
* * *
1036 TGATTTCAAATTGAATTTTTTTAT-CTTTTAGTTAAAACT-GATAATAATTGATTGTCTACATCA
183 TGATTTCAAATTAAATTTTTTTATACTTTTA-TTAAAA-TAGATAATAACTGAGTGTCTACATCA
* *
1099 GCAAACAT-AAGAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGACTTGA
246 GAAAACATGAAGAAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGACTTCA
1163 AAAGCCTTA
310 AAAGCCTTA
1172 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 49, Indels: 14
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.07
341 239 0.91
342 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
AATCTCATAATTCATCTTAAATTGAATTTTTATACATTTTTTGTTAAAACGAATAATAATTAAAT
ATCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGATACCCATTAGTAAGAAAAGTCCATGAATAGTCACCC
ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATATCATAATTGATTTCAAATTA
AATTTTTTTATACTTTTATTAAAATAGATAATAACTGAGTGTCTACATCAGAAAACATGAAGAAA
AAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTTG
CTTTAA
Found at i:1686 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1413--4840 Score: 1237
Period size: 171 Copynumber: 20.0 Consensus size: 171
1403 TATTTTTTAT
* * * * *
1413 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAATGA-GAAGAAAAATATATCCATTAGCAA
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAA-CATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
* ** ** *
1476 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-GTACTTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATATTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCATG-AC-CTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* *
1540 AATCTCATAATCGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGC
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * *
1585 TAAAATAGATAATAATTGATTGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
** *
1650 AACTTCCATTTATAGTCACCTATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
* **
1715 CTCATAATTGATTTTG-AATTGAAATTTTTTATATTTTTGGA
130 CTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * * ** *
1756 TAAAAGAGAAAATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCGGTTGGCAAGA
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
********* *
1821 AAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
*
1886 CTCATAATTGA-TTTCAAATTGAATTTTTTTACGTTTTT-GA
130 CTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
** ** * * *
1926 TCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCA-TCGACAA
1 T-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAA
* * ** * *********
1990 GAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCATG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNN
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* ** ** *
2054 NATCTCATAATTGA-TTTGAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-AA
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * * * ** * ******
2097 TTTAAACAAATAATAACTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATNNNNNN
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
**** * * * * * * *
2161 NNNNAGTCCATTTATAATCACCCATG-CCTTCAGAAGCCTTATT-TTGTGCCTAAAATGTGTTTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * * ** * *
2224 GAATTTCGTAATTCATTTT-AACTTGAATTTTTGAACATTTTT-TA
126 TAATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * *
2268 TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTG--TCATGAGAAACGTGAAAAAAAAAGATATCCATTGGC
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCA--AGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTAGC
* ** * * * * **
2331 AATAAAAGTTTATTTATAGTCATCCATG-CCTTCCAAAGCCTTCTTAATCGCTTTAATTAATTTT
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * ** *
2395 ATAA-CTTCCTAATTGATTTT-AAGTTGAATTGTTTTATATTTTT-TA
125 ATAATC-TCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * * *
2440 TTTAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
* *************************
2504 GAAAAGTCCATGTATAGTCACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA----------------TGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGC
********************** * ** *
2569 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TA
112 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * ** * * *
2627 TTAAAATATATAATAATTGAGTGTATGCCTCGGGAAACATGAAGGAAAAGAAATCCATTGGCAAG
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * * *
2692 AAAAGTCTATTTATCA-TTACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTAT
65 AAAAGTCCATTTAT-AGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * * ** *
2755 AACCTCCTTATTGATTTT-AAGTT-AACTTTTTTTATATTTTT-TA
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAA-TTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * * * * * *
2798 TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCCAA-CAACGTGAAGAAAATA-ATATTCA-TCGAT
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-CAAGAAACATGAAGAAAA-AGATATCCATTAG-C
* * * * *
2860 AAGAAAAG-CCATCTATAGTCACTCACG-CCTTCGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGTTTTT
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * ** * * *
2923 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTAAAATTTATTTATGTTTTTGGT
125 ATAATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
** * * *
2969 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGA
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
* * * * *
3034 AAAGTCCATTTATTGTCACCCATGACTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
* * * * *
3099 ATCATAATTGATTTT-AGATTGAAATTTTTTACATTTTTGGT
130 CTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * *
3140 TAAAACAGATAAGAATTGAATATCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * * *
3204 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCAT-ACCTTCGAAA-CCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
65 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGACC-TCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * *
3267 AACCTTATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTT--GTATTTT--A
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGT-TTTTGGA
* * ** ** * * * *
3308 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAGAAAGA-AGTCCATTGGCAG
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA-TCCATTAGCAA
* * * ********** **
3372 GAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAATTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * * ** *
3436 AACCTTC-TAATTGATTTT-AAGTTAAATATTTTTATATTTTT-TA
127 AATC-TCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * ** * * ** * * * * *
3479 TTAAAATAGATTACAATTTTATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTGGTATG
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
* *********** *
3544 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACG-CCTTTNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATATTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * *
3608 ATCTCATACTTGATTTTTAAATTGAAGTTTTTTTCAC-TTTTTGGT
128 ATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAA-TTTTTTT-ACGTTTTTGGA
* *
3653 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTC-AGAAAACATGAA-AAAAA-A-ATCCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * * *
3714 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATG
65 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGAC-CTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * *
3778 ATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTGTTTACATTTTT-AA
128 ATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * ** ** *
3820 TTAAAATAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AGTATTGATTTGCAA
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCATTAGCAA
* * ** ** * *
3884 GAGAAGCCCATTTGCAGTCACCTATG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAC
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
** ** ** * * *
3948 ACGCTCATAATTGA-TTCCAAGCTGAATATTTTTACATTTTT-AA
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * * * ** * *
3991 TTAAAATAAATAATAACTGAATGT-TGGCCT-AGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-GCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
* * ** * *
4054 GGAAAAATCCATTTATAAACACCCATG-CCTTTAAAAGCCTTATT--TTG-TACTTAAATCGTTT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCT--TTAAAT-GTTT
* ** * * * * *
4115 TTAGAATCTTGTAATTCATCTT-AAATTGAATTTTTGTACATTTTT-GT
123 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* ** * * * * * * * *
4162 TAAAAC-GAATAATAATTGAATATCTTTCTTAGGAAACGTGATGGAAAAGATACCCATTGGTAAG
1 TAAAACAG-ATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * ********** * *
4226 AAAAATCCATGTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * ** ** *
4290 ATCCCATTATTGATTTT-ATGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AA
128 ATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
* * * * *
4332 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTC-AGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTC-
1 -TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CA
* * * * * *
4395 AGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTGAATATTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * *
4460 AATCTCATAATTGATTTT-AAATTGAATTTTTTTATGTTTTTAGT
127 AATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
********** *
4504 TAAAACAGATAATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCGTTAGCAAGA
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
* *
4569 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACCTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAA
* * * *
4633 TCTCATAATTGA-TTTCAAATTGAATTTTCTTATGTTTATT-GT
129 TCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTT-TTGGA
* * * * * *******
4675 TAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACGTC-AGCAAACATAAAGAAAAAGATATCTATNNNNNNN
1 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
*** * * * *
4739 NNNAGTCCATTTATAGTCACCCATGACCTGAAAATTCC-TATTACTCTCTTTAAAT-ATTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGACCTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
** * * *
4802 ATCAGATAATTCATTTT-AAATTGATTTTTTTTGCGTTTT
128 ATCTCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTT
4841 AGGTTCAAAT
Statistics
Matches: 2444, Mismatches: 690, Indels: 247
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 46 0.02
169 154 0.06
170 393 0.16
171 1421 0.58
172 270 0.11
173 48 0.02
174 4 0.00
175 1 0.00
187 104 0.04
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCATGACCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTGAAATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGA
Found at i:2986 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2591--4728 Score: 1271
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 169
2581 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2591 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATAATAATTGAGTGTATGCC
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
** * * * * *
2656 TCGGGAAACATGAAGGAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATCA-TTACCCATGCCT
65 TC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCT
* * *
2720 TCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* * * * *
2762 TTATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
* * * * * * * *
2827 TCCAACAACGTGAAGAAAATA-ATATTCATCGATAAGAAAAG-CCATCTATAGTCACTCACGCCT
65 T-CAAAAACATGAAGAAAA-AGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
2890 TCGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* * * * * *
2932 TAATTGACTTTAAGTAAAATTTATTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
* * * * *
2997 TCAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGACTT
65 TCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * **
3062 AAAAAG-TCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCA
129 CGAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* * *
3103 TAATTGATTTT-AGATTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAAGAATTGAATATCTAC
1 TAATTGATTTTAAG-TT-AAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTAC
* * * * *
3167 CTTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATACCT
64 CTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
3232 TCGAAACCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTTA
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* * *
3274 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TGTATTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAT-TTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
* * ** * * * * * *
3337 TTGAGAAATGTGAGGAGAAAGA-AGTCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCCT
65 -TCAAAAACATGAAGAAAAAGATA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
********** *
3401 TCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTTC-
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC-TCA
* * * * ** **
3443 TAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTTTATGCCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
* * * * ** * *
3508 TTGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTT
65 -TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
*********** *
3573 TNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCA
129 CGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCA
* * * * * *
3614 TACTTGATTTTTAAATTGAAGTTTTTT-TCACTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCT
1 TAATTGA-TTTTAAGTT-AAATTTTTTAT-A-TTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCT
* * *
3678 GCCTCAGAAAACATGAA-AAAAA-A-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
62 ACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
3740 TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAT-ATTTTTATGATCTCA
126 CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCA
* * * * * * * *
3784 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAATTAAAATAGAAAATAATTGAATGTTTGTC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCT-AC
* * * ** * * ** *
3849 TTGAGAAACATGAAGAAAAA-AGTATTGATTTG-CAAGAGAAGCCCATTTGCAGTCACCTATGCC
64 CTCAAAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
3912 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-CACGCTCA
127 TTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC-CTCA
** * * * * * * * * *
3955 TAATTGATTCCAAGCTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATAATAACTGAATGT-TGGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCT-AC
* * * ** * * * **
4019 CT-AGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAGGAAAAATCCATTTATAAACACCCATGC
64 CTCA--AAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** * * * * * **
4082 CTTTAAAAGCCTTATT--TTG-TACTTAAATCGTTTTTAGAATCTTG
126 CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCT--TTAAAT-GATTTTATAACCTCA
* * * * * **
4126 TAATTCATCTTAAATTGAATTTTTGTACATTTTTG-TTAAAAC-GAATAATAATTGAATATCTTT
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATTTTTGATTAAAACAG-ATAATAATTGAATATCTAC
* * * * * * ** * *
4189 CTTAGGAAACGTGATGGAAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAATCCATGTATAGTCACCCATGCCT
64 CTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
********** *
4254 TCGAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTTTATAATCC-CA
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-CCTCA
* * * * * * * **
4296 TTATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
* * * * *
4361 TCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTC-AGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGACT
65 TCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
4425 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTGAAT-ATTTTTATAATCTCA
128 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCA
* * * *****
4467 TAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT-TATGTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATNNNNNN
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAT-TTTTGA-TTAAAACAGATAATAATTGAAT-ATCTA
**** * * *
4531 NNNNAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCGTT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTC
63 CCTCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
4595 TTCAAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
127 TTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* * * * * *
4638 TAATTGATTTCAAATTGAATTTTCTTATGTTTATTG-TTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTATATTT-TTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTAC
* * *
4702 GTCAGCAAACATAAAGAAAAAGATATC
64 CTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATC
4729 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 360, Indels: 142
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.03
169 162 0.11
170 359 0.23
171 884 0.58
172 47 0.03
173 42 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCT
CAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
Found at i:3854 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2591--4722 Score: 1493
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 341
2581 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2591 TAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATAATAATTGAGTGTATGC
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * *
2655 CTC-GGGAAACATGAAGGAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATCA-TTACCCATGC
66 CTCAGAGAAACATGAA-GAAAA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGC
* * *
2718 CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCCTTATTGATTTTAAGTT-AAC
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * ** *
2781 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCCA-ACAACGTGAAGAAA
191 -TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAA
* * * * * * *
2845 ATA-ATATTCATCGATAAGAAAAG-CCATCTATAGTCACTCACGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTC
254 A-AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACTC
*
2908 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
318 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2932 TAATTGACTTT-AAGTAAAATTTATTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAT
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * ** * *
2996 CTCA-AGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGAC
66 CTCAGAGAAACATGAAGAAAAA-A-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** * * * **
3060 TTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCATAATTGATTTT-AGATTGAAAT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTG-AAT
** * *
3124 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAAGAATTGAATATCTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAA
192 TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * ** *
3188 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATACCTTCGAAACCTTTAGTACTCGCT
256 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACTCGCT
* *
3253 TTAAATGA-TTTTATAACCTTA
321 TTAAAT-ATTTTTATAATCTCA
* *
3274 TAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTT-TGTATTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGT-TTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* ** * * * * *
3335 CCT-TGAGAAATGTGAGGAGAAAGAAGTCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGC
65 CCTCAGAGAAACATGA--AGAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
********** * *
3399 CTTCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTTC-TAATTGATTTTAAGTTAAAT
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** ** * *
3463 ATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTTTATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAA
192 -TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* ***********
3528 GATATCCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCGCT
256 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACTCGCT
3593 TTAAATATTTTTATAATCTCA
321 TTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * * *
3614 TACTTGATTTTTAAATTGAAGTTTTTTTCA-CTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCT
1 TAATTGA-TTTTAAATTGAAATTTTTTT-ATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * *
3678 GCCTCAGA-AAACATGAA-AAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCT
64 ACCTCAGAGAAACATGAAGAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
3741 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * **
3806 GTTTACATTTTTAATTAAAATAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-A
194 -TTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA
** * * * * ** * * *
3870 GTATTGATTTGCAAGAGAAGCCCATTTGCAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC-TTATTACTCGCT
258 -TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTCGCT
** * **
3934 TTAAATGGTTTTACACGCTCA
321 TTAAATATTTTTATAATCTCA
** ** * ** * * * * *
3955 TAATTGATTCCAAGCTG-AATATTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATAATAACTGAATGT-TGG
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-A
* * * * * * * * **
4018 CCT-AGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAGGAAAAATCCATTTATAAACACCCATGC
65 CCTCAGAGAAACATGAAGAAAAA--AATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** * * * * ** * * *
4082 CTTTAAAAGCCTTATT--TTG-TACTTAAATCGTTTTTAGAATCTTGTAATTCATCTTAAATTGA
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT--TTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * *
4144 ATTTTTGTACA-TTTTTGTTAAAA-CGAATAATAATTGAATATCTTTCTT-AGGAAACGTGATGG
190 ATTTTT-TACATTTTTTATTAAAATAG-ATAATAATTGAATATCTACCTTGA-GAAACATGAAGA
* * * * **********
4206 AAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAATCCATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAANNNNNNNNNNT
252 AAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACT
* *
4271 CACTTTAAATGA-TTTTATAATCCCA
317 CGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCA
* ** * * * * **
4296 TTATTGATTTTATGTTG-AATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * *
4360 CTCAGA-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTC-AGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGA
66 CTCAGAGAAACATGAAGAAAAA-A-ATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
4423 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTGAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * **********
4488 TTTT-TATGTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACATGAAGAAAAA
193 TTTTACAT-TTTTTA-TTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * *
4552 GATATCCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCTATATTACTCGCT
256 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACTCGCT
*
4617 TTAAATGTTTTTATAATCTCA
321 TTAAATATTTTTATAATCTCA
* * *
4638 TAATTGATTTCAAATTG-AATTTTCTTATGTTTATTG-TTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTA
1 TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTT-TTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * *
4701 CGTCAG-CAAACATAAAGAAAAA
65 CCTCAGAGAAACATGAAGAAAAA
4723 GATATCTATN
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 354, Indels: 129
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 51 0.04
340 257 0.19
341 679 0.49
342 323 0.24
343 21 0.02
344 35 0.03
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
CTCAGAGAAACATGAAGAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAACCTTTATTACTCGCTTTAAA
TATTTTTATAATCTCA
Found at i:3932 original size:681 final size:671
Alignment explanation
Indices: 2738--3963 Score: 1418
Period size: 681 Copynumber: 1.8 Consensus size: 671
2728 CTTATTACTA
* * * *
2738 GCTTTAAATGATTTTATAACCTCCTTATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATAATTTTATAACCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAA
* * *
2803 ATAGATTATAATTGAATATCTACCTCCAACAACGTGAAGAAAATAATATTCATCGATAAGAAAAG
66 ATAGATTACAATTGAATACCTACCTCCAACAACGTGAAGAAAATAATATCCATCGATAAGAAAAG
* * *
2868 CCATCTATAGTCACTCACGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAT
131 CCATCTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * *
2933 AATTGACTTTAAGTAAAATTTATTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCT
196 AATTGACTTTAAGTAAAATTTATTTATCTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCT
*
2998 CAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGACTTA
261 CAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTA
* * *
3063 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGATTGAAATTTTT
326 AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGATTGAAATTTTT
** *
3128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAAGAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
391 TACATTTTTAATTAAAACAGAAAAGAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
** * *
3193 CCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATACCTTCGAAACCTTTAGTACTCGCTTTAAA
456 CCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAACCTTTAGTACTCGCTTTAAA
*
3258 TGATTTTATAAC-CTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTATTAAAACAGATTAT
521 TGATTTTA-AACGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTATTAAAACAGATTAT
3322 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAGAAAGAAGTCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTAT
585 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAGAAAGAAGTCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTAT
3387 AGTCACCCATGCCTTCGAAANNNNNNNNNNTC
650 AGTCACCCATGCCTTCGAAA----------TC
*
3419 GCTTTAAATAATTTTATAACCTTCTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATAATTTTATAACCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAA
** * ** * * * *
3484 ATAGATTACAATTTTATGCCTACCTTGAGA-AACGTGAAGGAAAA-GATATCCATTGGTATGAAA
66 ATAGATTACAATTGAATACCTACCTCCA-ACAACGTGAA-GAAAATAATATCCATCGATAAGAAA
* ***********
3547 AGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT
129 AG-CCATCTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT
* * * * * *
3612 CATACTTGATTTTTAAATTGAAGTTTTTTTCA-CTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGT
193 CATAATTGA-CTTT-AAGTAAAATTTATTT-ATCTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGT
* * ** *
3676 CTGCCTC-AGAAAACAT-GAAAAAAA-A-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
255 CTACCTCAAG-AAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * * *
3737 TG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATGATCTCATAATTGATTTTA-AGTT
319 TGAC-TTAAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGA-TT
* * * * **
3800 G-AATTTGTTTACATTTTTAATTAAAATAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTT-GAGAAACATGAA
382 GAAATTT-TTTACATTTTTAATTAAAACAGAAAAGAATTGAATATCTACCTTAGA-AAACATGAA
** * * * * * * *
3863 GAAAAA-AGTATTGATTTGCAAGAGAAGCCCATTTGCAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC-TTAT
445 GAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAA-CCTTTAG
* *
3926 TACTCGCTTTAAATGGTTTTACACGCTCATAATTGATT
508 TACTCGCTTTAAATGATTTTAAACGCTCATAATTGATT
3964 CCAAGCTGAA
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 80, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 12 0.03
681 310 0.69
682 64 0.14
683 12 0.03
684 52 0.12
685 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (671 bp):
GCTTTAAATAATTTTATAACCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAA
ATAGATTACAATTGAATACCTACCTCCAACAACGTGAAGAAAATAATATCCATCGATAAGAAAAG
CCATCTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
AATTGACTTTAAGTAAAATTTATTTATCTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTA
AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGATTGAAATTTTT
TACATTTTTAATTAAAACAGAAAAGAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
CCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAACCTTTAGTACTCGCTTTAAA
TGATTTTAAACGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTATTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAGAAAGAAGTCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATA
GTCACCCATGCCTTCGAAATC
Found at i:6325 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5929--6513 Score: 590
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
5919 NNNNNNTATT
* * * * * * *
5929 AAAAAATTTAACTTAAAATCCATTAGGGGGTTATAAAATCATTTAAAGCTATTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * *
5994 GAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT--TTTTTTTTCACGTTTCTCGA
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATACTTTTTCTTCTCGTTTCTC-A
* * *
6057 GGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAATCACA
130 GGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAT-ATA
* ********** *
6097 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
6162 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCCTTGCCAATAGATAACTTTTTCTTCTCGTTTCTC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATAGAT-ACTTTTTCTTCTCGTTTCTC
* *
6226 AAGGTAGAAATTCAATGACAATCTGTTTTAATAAAAATATA
129 -AGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA
* * * * *
6267 AAAAAATTCAACTCAAAATCAATAAAGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
6332 TAAGTCTTGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTTCT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATA-CTTTTTCTTC-TCG-TTTCT
* *
6396 GC-GGTA-AATAATCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATA
128 -CAGGTAGAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATA
* * * * *
6438 AAAAAAATCAATTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
6502 TGAAGGCATGGG
65 TGAAGGCATGGG
6514 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 69, Indels: 21
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 79 0.24
169 3 0.01
170 119 0.35
171 125 0.37
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATACTTTTTCTTCTCGTTTCTCAG
GTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA
Found at i:7175 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6657--9807 Score: 2008
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 170
6647 NNNNNNNNNN
* * * *
6657 TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAATATTGAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
********** * * *
6722 AAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGGGGGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * *
6787 TATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAGATATCTTTTTCTTC-
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * ********** * *
6827 TCG-TTCCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATACAANNNNNNNNNNAATTCAACT
1 T-GTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACA-AAAACATAAAAAAATTTAATT
* * ** * *
6891 TAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAAATCTTTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT-AAAGCGATGGG
63 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGGG
* * ********** *
6954 TCAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTTA
126 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * *
6999 TGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTCTTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
* * * * *
7064 AAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTCAAGTCATGGGTGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* *
7129 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATATCGTTTTCTTCA
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
7170 TGTTTCTTGAGGTAGATAGTCAATTATTATCTGTTTTTACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTG
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTTAACAAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
* * * *
7235 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGA
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
** * *
7299 CTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCA
129 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * *
7341 TGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTCTTAACTAAAAACAT-AAAAAATTTAATTCA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
* * ** * * *
7405 AAATCAATTATTAGATTATAAAAACATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCGTGGGTAAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
7470 TATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGGATATCTTTTTCTTCA
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * **
7511 TGTTTTCTGATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA-ATATAAAAAACTCAACATA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACATA-AAAAAATTTAATTTA
********** * * ** * *
7575 AAATCAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCAAAGGCTTGGGCGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
** *
7640 T-TGCATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTAT-TTTTTCCTTCA
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT-CTTCA
** * * * * *
7680 CATTTTCTGAGGTAGACATTC----A--A--T-TTTT-------ATATACAAAAATTCAAGTTAA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACATAAAAAAATTTAATTTAA
* ** * * * * * * *
7729 AATGAATTACAAGATTCTAAAAACATTTTAGGTAAA--AAAT-A--AGGCTTTTGAAGACATGGA
66 AATCAATTATGAGA-T-TATAAAAATATT---TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* *** * **
7789 TGATTATAAATGGACTTTTCTTAAAAATGAATGGCTTTTTCTTCA
126 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * ** * ** * * * **
7834 AGTTTTCCT-AAGCAAACATTCCGTTATTATTTGTTTTAATTAGAA-ATGCAAAAAA-TTCAGCT
1 TG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACAT-AAAAAAATTTAATTT
* * ********** *
7896 AGAAATTAATTATTAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTG
64 A-AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * ** ** *
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* * **********
8003 TGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTTTTATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAANNNNNNNNNN
1 TGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACATA-AAAAAATTTAATTT
* * *
8066 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAGGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTG
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTG
** *
8130 ACTATAAATGGAC-TTTCTAACCAATGGATATGTTTTTCTTCA
128 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * ** *
8172 TG-TTCTTGAGGCATACATTCAATTATTATATGTTTTAGCAAAAATGT-AAAAAATTT-ATATAA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACATAAAAAAATTTAAT-TTA
* * *
8234 AAATCAATTACGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACGTGGGTGAC
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* * * *
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130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT-CTTCA
* * * * * * * * ** * *
8340 CGTTTCTCT-AAGTAGGCATTCATTTGTAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 TGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
** * * * ** * * *
8404 AAATCGGTTAGGAGGTTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGGC
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* * * * * * *
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130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * *
8510 TATTT-CTCGAGGTAGACATTCATTTATAATTTGTTTTAATAAAAAGTACAAAAAAATTCAACTT
1 TGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAA-CATAAAAAAATTTAATTT
* * * * * **
8574 AAAATCAATCATGAGCTTA-CAAAATCATTTAAAGCGTGTAATATGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
**********
8638 ACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
128 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * *
8681 TGTTT-CTGGATGTAGACATTCAATTATAATATG-TATCACTAAAAAACATAAAAAAATTTAATT
1 TGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC--AAAAACATAAAAAAATTTAATT
* * * ** *
8744 TAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATTCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGCATGGAT
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********** *
8808 GACTATAAATNNNNNNNNNNTGTCAATGGATATCTTTTTCTTC-
127 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
8851 TCATTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAA-ATAATAAAAAATTTAAC
1 T-GTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAACAT-A-AAAAAATTTAAT
* * *
8914 TTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGATTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGG
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* * **
8978 TGACTATAAATAGACTTCTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCA
126 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
9023 TGTCT-CTCAATGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAACATTAAAAAATTTAACTT
1 TGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTTAATTT
* * * *
9087 AAAATCAATTTTGAGTTTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGTCATGGGTG
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* *
9151 ACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCA
128 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * *
9194 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAGTTCTTATCTGTTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTTCAATTT
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTT-AATTT
* * * *********** *
9258 AAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGNNNNNNNNNNTCATGGATGA
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
*
9323 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCA
129 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
9365 TATTTCTTGCGGTAGACAATCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACTTAAAAAAATTCAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
* * ** *
9430 AAATCAATTATCAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAGTATTGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * *
9495 TATAAATGGACTTCTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCA
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* ********** * * * *
9536 TGTTTCTTGNNNNNNNNNNTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAACACGT-AAAAAATTTCTACTT
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAACATAAAAAAATTT-AATTT
* * * * ** *
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64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * *
9665 CTATATATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTATTCA
129 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
** * * *
9707 TGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGCTAAAAACATAAATAAATTTAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAACATAAAAAAATTTAATTTA
*
9772 AAATCAATTATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
65 AAATCAA-T-T-ATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
9808 TCTCTCAAGG
Statistics
Matches: 2304, Mismatches: 581, Indels: 188
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
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154 36 0.02
155 15 0.01
156 2 0.00
158 5 0.00
160 5 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 5 0.00
165 1 0.00
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AATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
Found at i:9060 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 6657--17000 Score: 2932
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6647 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
6657 TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAATATTGAATTT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAAT-TTCAATTT
********** * * * **
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* * * * * *
6786 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAGATATCTTTTTCTTCTCGTTCCTCTAGGTAGACATTCAA
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********** *
6851 TTATAATCTGTTTTAATACAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGGTTATAAA
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** * * * * *
6915 ATCT-TTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT-AAAGCGATGGGTCAATATAAATGGACTTTTCTTGC
258 AT-TATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGC-ATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGC
* ********** * * * * * * * ***
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320 TAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * * * *
7042 AAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGAGAGTAATA
384 AAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTA-CAAAATCATTTAAAGCGAGTAATG
* * * *
7106 AAGCTTTTC-AAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATATCGTTTTCTTCA
447 AGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * * * *
7170 TGTTTCTTGAGGTAGATAGTCAATTATTATCTGTTTTTACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTG
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTTA
* ** *
7235 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGGTAT-GAGTG
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCATGGA-TG
** * * * ** * *
7298 ACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGCAAACATTC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * **
7362 AATTATTATCTGTCTTAACT-AAAAACATAAAAAATTTAA-TTCAAAATCAATTATTAGATTATA
193 AATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAGAAGATTATA
** ** * * * * * *
7425 AAAACATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCGTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCC
256 AAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGC
* * * * *
7490 TAATGGATATCTTTTTCTTCATGT-TTTCTGATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
320 TAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * ********** *
7554 AAATATAAAAAACTCAACATAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAA
384 AAACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATGA
* * * ** *
7618 GGCTATCAAAGGCTTGGGCGACT-TGCATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTAT-TTTTTCCTTCA
448 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT-CTTCA
** * * * *
7680 CATTTTCTGAGGTAGACATTC-A--AT--T-T-TTAT------ATAC---AAAAA-TTCAAGTTA
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTTA
* ** * * * ** ** *
7728 AAATGAATTACAAGATTCTAAAAACATTTTAGGTA-AAAAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGA
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGA
* *** * ** * * *
7792 TTATAAATGGACTTTTCTTAAAAATGAATGGCTTTTTCTTC-AAGTTT-TCCTAA-GCAAACATT
130 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCA-TTTCT-C-AAGGTAGACATT
** * * * * ** * * **
7854 CCGTTATTATTTGTTTTAATTAGAAATGCAAAAAATTCAGC-TAGAAATTAATTATTAGATTATA
192 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTAGAAGATTATA
********** * * * * *
7918 AANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGTCTATAAATGGGCTT-TCTCGC
256 AAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGC
* * * * * * * **
7982 TGATAAATATTTTTTTC-TCAATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTTTTATCTGTTTTAACCAA
320 TAATGAATATCTTTTTCTTC-ATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* ********** * * * * * * *
8046 AAATATAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAGGCGAGTAATAAG
384 AAACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAG
* * ** *
8111 GTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTAACCAATGGATATGTTTTTCTTCA
449 GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * ** *
8172 TG-TTCTTGAGGCATACATTCAATTATTATATGTTTTAGC-AAAAATGTAAAAAATTT--ATATA
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAAT-TT
* * * ** * * *
8233 AAAATCAATTACGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACGTGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGA
* * * * * * *
8298 CTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATAT-TTTTTCCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGGCATTC
130 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT-CTTCTCATTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * * ** * *
8361 ATTTGTAATCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGGTTAGGAGGTTATAA
193 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAA
** * * * * * * *
8425 AATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGGCTACAAATGAACTTTTCCTGCT
257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTCTCTTGCT
* * * * * * *
8490 AATGAATTTCTTTCTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAATTTGTTTTAATAAAAA
321 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
*
8555 GTACA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGTGTAAT-AT
386 --ACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGA-
**********
8618 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
448 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * *
8681 TGTTT-CTGGATGTAGACATTCAATTATAATATG-TATCACTAAAAAACATAAAAAAATTT-AAT
1 TGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAAC-AAAAAACAT-AAAAAATTTCAAT
* ** * *
8743 TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATTCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGCATGGAT
63 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGAT
********** *
8808 GACTATAAATNNNNNNNNNNTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTCTCAAGGTAGACATTC
128 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTCTCAAGGTAGACATTC
* *
8873 AATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATAATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAA
193 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAA
* *
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257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCT
* * *
9002 CAATGGATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAATGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
321 -AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* ** * *
9067 AACATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAG
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** * * *
9132 GCTTTTGAAGTCATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCA
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* * * * * *
9194 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAGTTCTTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAATTTCAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTTA
* ***********
9259 AAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGNNNNNNNNNNTCATGGATGAC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGAC
* *** *
9324 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCAT-ATTTCTTGCGGTAGACAATCAA
131 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * **
9388 TTATTATCTGTTTTAATCAAAAACT-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGATTATAAA
195 TTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAAA
* * ** *
9452 AATATTTAAAGCGAGTAGTATTGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTA
258 ATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCTA
* ************ * ** *
9517 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGNNNNNNNNNNTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAACA
322 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
* * * * * * * * *
9582 CGTAAAAAATTTCTACTTAAAGTCAATTATGGGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGCAATAAGG
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* ** * * * * *
9646 CTTAT-GAAGGTGTGGGTGTCTATATATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTATTCA
450 CTT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
** * * * * *
9707 TGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGCTAAAAACATAAATAAATTT-AATTT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAA-AAATTTCAATTT
**** * *
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* ** * * * * * ** ****
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* * * * * * * * ****
9897 TT-TAAAGTTAGTAAT-AAGGCTTTCGAACGAATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTT-CTTGCCA
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***** *** * * * * * *
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*** **** *** *** * ** * * ** *
10014 AATAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTA-TNNNNNNNNNNAATCATG-TAAAGTG
274 AAT-AACGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGACT----------TCTCTTGCT-AA-TG
* **** * * * * * ** **
10077 AGTA-CTAAGGCTTTCAATGGC-AT--GGGT-GACTATAC-ATAGACTTTTCTTGTCGATGGATA
325 AATATCTTTTTC-TTC-ATGTCTCTCAAGGTAGAC-ATTCAAT-TA-TAATC-TGT---TTTA-A
****** * * **** * * * * ** * ** **
10136 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGC-TAGACATTCAATTATAATTTATTTAAATAAAAAAGATAAA
380 TAAAAAACATAAAAAAT-TC-AACTTA-A-AATCAATCATGA---GCTTACA-AAATCATTTAAA
* * * * ** * *** * * * ** *
10200 ACAATTCAACTTAAAATCAATT-AAA-GCGATTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GA-ATGAC-TA
437 GCGAGT-AA--T-GAGGC-TTTCAAAGGC-ATGGGT--GACTAT--AA---ATGGACTTTTCTTG
*
10260 CAAATGG--A-C-TTTTCTTGCCAA
489 CCAATGGATATCTTTTTCTT--C-A
* ********** * ** * * * *****
10281 TGGATATNNNNNNNNNNACGTTTCCTAAGGCA-AACATTCAATTATTATCTGTTTTA-ATAAAAA
1 T-G-TTTCCTGAGGCAGAC-ATT-C-AA-TTATAATA-T--GTTA-TAAC-AAAAAACAT-AAAA
* * * * * * * ** *
10344 ATATGAAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTACGATATTCTAAAAACATTT-TAGACACAAAATAGG
54 A-AT-------TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGA-GTAATAAG
* * * * * * * *
10408 GCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTC-AAG
110 GCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCA-
* * * * ** * * * * *
10472 TTTCCCTAGGTAAACATTCATTTATTTTTTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTGAA
174 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA
* ** * **
10537 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT
238 ATCAATTAGAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGT-AATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * ** * *
10602 ATAAACGGGCTTTTCTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGATC-TTCAAT
302 ATAAA-TGACTTCTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGA-CATTCAA-
* * * * * *
10666 TTATTTAT-TGTTTTAACTCAAAAACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATATAGTGAGATTAT
364 TTA-TAATCTGTTTTAA-TAAAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-CA-TGAGCTTA-
* * * * ** *
10730 AAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
423 CAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
10795 GCAAATGGATCTCTTTTTCTTCA
488 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * ** * * **
10818 T-CTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATTACCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAAATCAATTTA
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTTA
********** * ** * *
10882 AAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGAC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGAC
* * * * ** **
10947 TATAAATGAAATTTTCTTGCCGATGGATATCTTTTTCTTC-AAGTTTCTTGAGACAGACATTCAA
131 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *** ** * * * *
11011 TTATCATATGTTTTAGCCAAAAACGTAGAAACATTCAGCTTAAAATTAATTATG-GGATTATAAA
195 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAA
* ** * ** * *
11075 AATATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
258 ATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCTA
* * * * * *
11140 ATGGACATCGTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAACAA
322 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
** * * * * * * * * ****
11204 ATGTAAAAAGATTCAACATAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATNNNN
386 ACATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGG
****** * * * * *
11269 NNNNNNAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCATTGAATATCTTTTTCTTCA
450 CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * *
11330 TGTTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATTATCTGTTTTAACCACAAAA-GTAAAAAAATTAAATTT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAA-CAAAAAACATAAAAAATTTCAATTT
* * * ** * ******
11394 AAAATCAATTATGAGATGATAAAAATATTTAAA-ACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGTCANNNNNN
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATG
**** * * ** *
11458 NNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTC-AAGTTTCTTGAGGTAGATATTC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCA-TTTCTCAAGGTAGACATTC
* ** * *
11522 AATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATG-AGATTATAA
193 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAA
* * ************ * *
11586 AAATATTCAAAGCGAGTANNNNNNNNNNNNAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-T
257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCT
* * * * * *
11650 CAATGGATATCTTTTTCTTC-TCGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTTATAAA
321 -AATGAATATCTTTTTCTTCAT-GTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
** * * * * * * * * *
11714 AAATGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTAAAAACAAGTAATAA
384 AAACATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGA
** * * * *
11779 GGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATATCTTTTTTTTCA
448 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
** * * ** * *
11842 TGTTTCCTGAGATAGACATTCAAGTACT-ATCTAGTT-TAATTAAAAACAAAAAAAAATTCAATT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA-TAATAT-GTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATT
* * * *
11905 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA-ATGAGTAATAACGCTTTC-AAGTCATGGGT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGAT
* * ** * * * *
11968 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGGTTTCT-GAGGCAAACAAT
128 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TTCTCATTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * * *
12032 CAATTGTTATCTGTTTTAACCAAAAGCATAAAAAAAATTCTATTTGAAATCAATTATG-AGATTA
192 CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAA-AATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTA
** * * *
12096 TTAAAA-TATTTAAAGTAAGTAAT-ATGATTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTGTC
254 -TAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTCTC
* * * * * * *
12159 TTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCATATTTCT-TAGGCTAGACATTCGATTATTATCTATTTTAA
316 TTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * * * * * * * *
12223 CCAAAAACATAAGGAAATTCAATTTAAAATGAATTATCAGATTATAAAAAT-ATTTAAGGAGAGT
380 TAAAAAACATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTA-CAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
12287 AATAAGGCTTCCAAGGGCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCTTTTTCT
443 AATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
12352 TCA
508 TCA
* * * * * * * * *
12355 CGTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATATTTTGTT-TCAATAAAAAATATAAAAAAATTT-AACT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTAT-AACAAAAAACAT-AAAAAATTTCAATT
* * * *
12418 TAAAA-CAAATTATGAGATAAT-CAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGG
64 TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGG
* * * * * * * * *
12480 GTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GTAAATA
126 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * *
12544 TTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACTAAAAATCAA-TATGAGGA-T
190 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATT
** * * * ** * ** *
12607 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAAGCTTACGAAGGTATGGGTGACTATTCATGGACTTTTCT
253 ATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCT
* * * * * *
12672 TGCCAATAGGA-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTGTAATCTATTTTAAT
317 TGCTAAT-GAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
** * * * * * *
12736 -AAAAATGTAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAA
381 AAAAAACATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * * *
12800 TAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAGTGAACTTTTCCTGTCAATGGATTTCTTTCTCCTT
445 TGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT-TTCTT
12865 ACA
509 -CA
* * * * * * * * *
12868 --TTT-CTTATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAATACACAAAAAAATTCAACTT
1 TGTTTCCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTT
* * * * * * * *
12930 AAAATCAATTACGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-CGAGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGA-TG
** * * * *
12994 ACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTA
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTCTCAAGGTAGACATTCA
********** * * *
13059 ATTANNNNNNNNNNTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG-AGGTTAAAA
194 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAA
* * * * * **** * *
13123 AATAATTTAAAGCGAGTACTAAAGGTTTCGAAGGCATCAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCT
* * * * *****
13188 AATGGATATCTTTTTCTTC-TCGT-TCCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTANNNNN
321 AATGAATATCTTTTTCTTCAT-GTCT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
***** ** * * * *
13251 NNNNNTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAGATGTGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
384 AAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGA
* * * * * *
13316 GGGTATT-GAAGCCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATAGATATCCTTTTCTTC-
448 GGCT-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * ** *
13378 TCGTTT-CTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTT-TCAATAAAAAATGT-AAAAGTATTCAA
1 T-GTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTAT-AACAAAAAACATAAAAAAT-TTCAA
* * * * ***********
13440 CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAATAAGACTTTTGNNNNNNNNN
62 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
******** * * ** *
13504 NNNNNNNNAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGTAGAAA
126 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACA
* * ** * ** * *
13568 TTCAATTCTTATCTGTTTTAACCAAAACTGCAAAAAATTTCAATTTAAAATCAATTATG-ATATT
190 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATT
* * ********************* *
13632 ATAAAAATATTTAAAGAGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
253 ATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCT
* * * * * * * * * *
13697 T-ATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGGCAGATAATCAATTATTATCTGTTTTAAC
317 TGCT-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * * * * *
13761 CAATAACATAGAAAAATTCAATTTAAAATCCATTATGAGATTAAAAAAAT-ATTTAAAGCGAATA
381 AAAAAACATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTT-ACAAAATCATTTAAAGCGAGTA
** **********
13825 AT-ATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNATCTTTTTCT
444 ATGA-GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
13889 TCA
508 TCA
* * * * * * * * *
13892 TGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATCATCTGTT-TAAACTAAAAACGTAAAAAAATTCTACTT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTAT-AACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTT
* * ** ********
13956 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTNNNNNNN
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATG
*** * * * * * * *** * *
14020 NNNATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTCTCTTCAT-GTTTTTTGTGGCAAACATTC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
14084 AATTATTATATGTTTTAACTAAAAACATA-AATAAATTAAATTTAAAATCAATTATG-AGATTAT
193 AATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTAT
********** * * * *
14147 AAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTT-
255 AAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTCTCTTG
* * * * ** * * *
14211 ATCAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTACAATCTATTTTAATAA
319 CT-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * ** * * * *
14276 AAAATATATAAAAATTTAACTTTAAAA-AAATTAACAGATTATAAAATCATTTCAAGCTAGTAAT
383 AAAACATA-AAAAATTCAAC-TTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * ** * *
14340 AAGGCTTTCGAAGGTATGGGTCACGATAAATGGTCTTTTCTTGAGAAT-GAAATTCTTTTTGTTC
446 GAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA-TCTTTTTCTTC
14404 A
510 A
** * * * * * * * * * ****
14405 CATTTTCTAAGGCAGACACTCTATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTT-ANNNN
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACAT-AAAAAATTTCAATTT
****** * * ** * * * * *
14469 NNNNNNAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTCAGTACTAAGGCTTTCGATGGTATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGA
* * * * * **********
14534 CTATATACGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACATNNNNNNNNNNAGACATTCAA
130 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
14599 TTATAATTTGTTTTAATAAAAAACACAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGTTTATAA
195 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAA
* * * * * *
14663 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTACT
257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCTCTTGCT
* * * * *
14728 AATGGATATCCTTTTCTTC-TCGTTTCTCGACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
321 AATGAATATCTTTTTCTTCAT-GTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * * *
14792 AATAT-AAAAATATCTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATC-AAATCATTTAAAGTGAGTAATA
385 AACATAAAAAAT-TC-AACTTAAAATCAATCATGAGCTTA-CAAAATCATTTAAAGCGAGTAATG
* * * * * *
14855 AGGCGTTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTGA
447 AGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
14919 TGTTTCCTAAAG-ATGACATATTCAATCT-T-ATCTGTTTTAACAAAGAATA-AAAAAATTTCAA
1 TGTTTCCTGAGGCA-GAC--ATTCAAT-TATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAA
* * * *
14980 TCTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTC-AAGTCATG
62 T-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATG
* ********** * * *
15044 GGTGACTATAAATGGACTNNNNNNNNNNATAGATATCTTTTTCTT-T-ATGTT-TCCTGAGGCAG
125 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCAT-TTCT-C-AAGGTAG
* * * * * * * * * * **********
15106 ATAATAAATTCTTATCTATTTTAGCTAAAAACATAAAAAAAATTTAATTTAAANNNNNNNNNNAG
187 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAG
* * * ****
15171 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAT-ATGACTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGNNNN
250 ATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTT
****** * * * ** * * * *
15235 NNNNNNCTAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATTACCTGTTTT
313 CTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * * * *
15300 AACCAAAAACATAAAAAATTTCTACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGA
378 AATAAAAAACATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTA-CAAAATCATTTAAAGCGA
* * ** * * * *
15364 GTAATAAGGATTTTGAAGG--TGCGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTT
441 GTAATGAGGCTTTCAAAGGCATG-G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
15427 TTCTTCA
504 TTCTTCA
* ** * * * *
15434 TATTTTTTGAGGCAGGCATTCAATTATTATATGTTTTAACTAAAAACATAAACAAA-TTCAATTT
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAA-AAATTTCAATTT
* ********** * *
15498 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCA-AGNNNNNNNNNNTTCGAAGGCATGGGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATG
* * ** * ** * *
15562 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATAATTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGTAAAAATTC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
15626 AGTTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAGCTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAA
193 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAA
* * * * *
15691 AATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA-TGATAAATGAACTTTTCTTG-
257 AATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATG-ACTTCTCTTGC
* ** * * * * * * *
15754 TCAATGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACACTCAATTATTATCTATTTTAATAAG
320 T-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * ** * *
15819 AAATATAAAAACATTCAACTTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTACTAA
384 AAACATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGA
* * ********** *
15884 GGCTTTCGATGGCATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCA
448 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
15947 TGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTT-TAA-ATAAAAAAAGTAAAACAA-TTCAAC
1 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACA-AAAAACA-TAAAA-AATTTCAAT
* * * * * *
16009 TTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATA-AATTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCAAAAGG-ATGC
63 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-ACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGG
* * * * * * *
16072 ATGACTATAAATGAACTTTTGC-TGCTAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTC-CTATGGTAAAC
126 ATGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCTCATTTCTC-AAGGTAGAC
* * * * *
16135 ATTCAATTATTATCTGTTTTAAGAAAAAATGTACAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTACGAA-AT
189 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGAT
* ** * * ** * * *
16199 TCTAAAAACATTTTAGGC-ACAAATAAGGCTTTCTGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTT
252 TATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTCT
* * * * * * * *
16263 CTT-ATCAATGAATGA-C-TTTTCTTCA-GATTTCTCTAGGCAAACATTCAGTTATTATTTG-TT
315 CTTGCT-AATGAAT-ATCTTTTTCTTCATG-TCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * **********
16323 T-A-AAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTAGAAANNNNNNNNNNGCGA
377 TAATAAAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * * ** **
16386 GTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTTTAAATGGGCTTTTCTTACTGATAAATATCTTTTT
441 GTAATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
16451 CTTCA
506 CTTCA
* * * * * * * * * *
16456 TGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTGACCAAAAACGTAAAAAAATTCAATTT
1 TGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAACATAAAAAATTTCAATTT
********** * ** * *
16520 AAAATCAATTATGANNNNNNNNNNACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGA
* * * * ** * *
16585 CTATAAATTGAATTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTTTTGAGTTAAACATTCA
130 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * ** *
16649 CTTATTACCTATTTT-ATCCAAAAACGTGAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATG-AGATTATA
194 ATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATA
** * * * * * * * *
16712 AAAACATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATAGGTGATTATAAATTGAATTTTCTTGC
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* *
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* *
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** * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * **
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** *
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* * * * * * * *
15408 CTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGGCATTCAATTATTATATGTTTTAA
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * *****
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**** * * * *
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1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
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66 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT--
* * *
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1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
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66 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-
* * * * * *
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* * * *
16881 TAAAAAT-ATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 T-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
16945 TGCCAATAGATATCTTTTTCTTC-TCGTTTC-TAAGGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
65 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAA-GGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
* ********** *
17008 TAAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGGTTA
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* * * * * **
17051 TAAAATCATTTAAAGCAAGTACTAAAAG-TTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTNN
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
******** * * * *
17115 NNNNNNNNGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTGTTATCTGTTTTAACC
65 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA--
*** * * *
17180 T-AAATTGTAAAAAAATTGAATTTAAAATTAATTATGAGATTA
128 TAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* **********
17222 TAAAAAT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTC-AANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTC
1 T-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
17285 TTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTGTTGACGTAGACAATCAA
64 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
17333 AGCGAGTAGC
Statistics
Matches: 5392, Mismatches: 1387, Indels: 344
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Matches are distributed among these distances:
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177 17 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
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AAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:17633 original size:171 final size:172
Alignment explanation
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* ** * *
17427 TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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* *
17492 AAAAAT-ATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCTTGGGT
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* *
17535 AACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAAACAGATATTC
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* * * * * * *
17600 AATTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTGAACATAAACTCAATTATGAGATTAT-A
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* **
17664 AAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGT
131 AAATAATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGT
* * * * * *
17706 GACTATACATGGCCTTTTCTTGCCAATGGGTATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCATATATT
1 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAA-GCAGATATT
* * * * * * * *
17770 CAATTATTATTCGTTTTAATAAAAAATGTACAAAAATTCAAGTTAAGATGAATTACGAGATTCTA
65 CAATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
17835 AAAA
130 AAAA
17839 CATTTTAGGC
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 46, Indels: 11
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.05
171 231 0.92
172 9 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAAGCAGATATTC
AATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AAATAATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGT
Done.