Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399144.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2419.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3264
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 511 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:974 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 630--2130 Score: 1077
Period size: 172 Copynumber: 8.8 Consensus size: 168
620 NNNNNNNNNN
* * * * * **
630 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGAAT-ACTTTTTTCATT-ATATTTC
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTTC-TTCA-CGTTC
* * * * * * * *
693 TCGAGGTAGACGTGCAATTATAGTCTGTTTAAACAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
63 TCCAGGTAAACATTCAATTATAG-CTTTTTTAAC--CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
758 AATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAA-TCGAATTAGAGGGCTTT
125 AATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * ** **
802 TGAAGGCTTAAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCATGCCAATGGATAACTTTCACTTCACGTTCTCC
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCTCC
* * **
867 AGTGCAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAA
66 AG-GTAAACATTCAATTATAG-CTTTTTTAACCAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
932 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
127 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * *
974 TAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCGTTCTT
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTCTC
* * * * * * *
1039 AAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAAT
65 CAGGTAAACATTCAATTAT-AGCTTTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
1104 TTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
128 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** *
1145 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATATTTTC
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTCTC
* * * * * *
1209 C-GATATAGGCTTTTAATTATTA-TTTTTTTGAACCGAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAAT
65 CAGGTA-A-ACATTCAATTA-TAGCTTTTTT-AACC-AAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAAT
* *
1272 CAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
124 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1317 TGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATT-TCT
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCTC-
** * * *
1381 CATGG-AATAGTTTCAATTATAGTCTATTTTAATCATAAAAGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATC
65 CA-GGTAA-ACATTCAATTATAG-CTTTTTTAACCA-AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** *
1444 AATTCTT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTGATAAGGCTTT
125 AATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * * * * *
1488 CGAATGCTTAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTC-CC
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCTCC
* * * * *
1552 TAAGGTAAACATTCAATTCTAGCCTTTTTTTAAGCAAAAATTTTACAAAAATTCAACTT-TAATC
66 --AGGTAAACATTCAATTATAG-C-TTTTTTAA-CCAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * *
1616 AATTTTGATATTATAAAATCATTTAAAATGGGCAATAAAGCGTT
125 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * ** **
1660 TGAAGGAATAGGAGATTATAAATGGGTTTTTTTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTCTGG
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCTCC
* * * ** *
1725 AGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
66 AGGTAAACATTCAATTATAGCTT-TTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1790 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTT
129 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * ** *
1830 TGAAAGAATGAGAGATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCCTTTTCTAT-ATATTTTC
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTCTC
* * ** * * * * *
1894 TGAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAGAAAATTGAACTTAAAATCAAT
65 -CAGGTAAACATTCAATTAT-AGCTTTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** *
1959 TTTGAGAGAATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
128 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * *
2000 TGAAGAAATGGGTAACAATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTA
1 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTC
* * * *
2065 GAGGTAAACCTTCAATTATTGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
65 CAGGTAAACATTCAATTATAG-CTTTTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
2130 T
128 T
2131 ATTAGCTTNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 248, Indels: 91
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.02
170 246 0.24
171 324 0.31
172 412 0.40
173 31 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCTCC
AGGTAAACATTCAATTATAGCTTTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
Found at i:1093 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 643--2135 Score: 1311
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
633 AGGAATGAGA
* * * * * ** * * *
643 GACTATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGAATACTTTTTTCATTATA-TTTCTCGAGGTAGACGTG
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TT-TACGTTCTTAAGGTAAACATT
* * * *
707 CAATTATAGTCTGTTTAAACAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTAT
64 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAT
* * * * ** * * * *
772 AAAACCATTTAAATCGAATTAGAGGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCATG
128 AAAACCATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * *
837 CCAATGGATAACTTTCACT-TCACGTTCTCCAG-TGCAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACC
193 CCAATGAATGGCTTTCACTAT-ATGTTCTCCAGATGTAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACC
* * *
900 AAAATTGTAAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
257 AAAA-TGTAAGAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
965 TAAGGCTTTTAAAGAAATGGGT
321 TAAGGCTTTTGAAGAAATAGGT
* * * *
987 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCGTTCTTAAGGTAAATATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTA-CGTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * *
1052 AATTATAATCTGTTTTAGCT-AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTGT
65 AATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTAT
* * * * *
1115 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTA
128 AAAACCATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * ** * * *
1180 TCAATGAATGGCTTTTTCTATATATTTTCC-GATATAGGCTTTTAATTATTA--TTTTTTTGAAC
193 CCAATGAATGGCTTTCACTATATGTTCTCCAGATGTAAACATTCAATT-TTAGCCTTTTTT-AAC
** *
1242 CGAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
256 C-AAAATGTAAGAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
*
1307 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT
320 ATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGT
* * * * * * **
1330 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCATGG-AATAGTTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTAC-GTTCTTAAGGTAA-ACATT
* * * *
1394 CAATTATAGTCTATTTTAATCATAAAA-GTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTCTTAGCTTA
64 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
* * * ** * * *
1457 TAAAACCATTTAGAGC-AAGTGATAAGGCTTTCGAATGCTTAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAA-TGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * *
1521 TGCTAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTC-CCTA-AGGTAAACATTCAATTCTAGCCTTTTTTT
191 TGCCAATGAATGGCTTTCACTAT-ATGTTCTCC-AGATGTAAACATTCAATTTTAGCC-TTTTTT
* * * * * * * * * * *
1583 AAGCAAAAATTTTACAAAAATTCAACTT-TAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTAAAATGG
253 AA-CCAAAATGTAAGAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
1647 GCAATAAAGCGTTTGAAGGAATAGGA
317 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGT
* ** * * * ** * *
1673 GATTATAAATGGGTTTTTTTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTCTGGAGGCAGACATTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTCTTAAGGTAAACATTCA
* * *
1738 ATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAA
* * * * *
1803 ACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGATTATAAATGGACTTTTCTTCCCA
131 ACCATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** * * ** *
1868 ATGAATGCCCTTTTCTA-TATATTTTCT-GAGA--TAGGCATTAAATTATAATCTGTTTTAACCA
196 ATGAATG-GC-TTTC-ACTATATGTTCTCCAGATGTAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCA
* * *
1929 AAATGTAAGAAAATTG-AACTTAAAATCAATTTTGAGAGAATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATA
258 AAATGTAAGAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
1993 AGGCTTTTGAAGAAATGGGT
323 AGGCTTTTGAAGAAATAGGT
* * * *
2013 AACAATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTT-TCTAGAGGTAAACCTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTCT-TA-AGGTAAACATT
* ** *
2077 CAATTATTGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG
64 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG
2136 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 210, Indels: 75
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 100 0.11
341 81 0.09
342 142 0.16
343 452 0.50
344 114 0.13
345 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTCTTAAGGTAAACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGGCTTTCACTATATGTTCTCCAGATGTAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCAAAA
TGTAAGAAAAATGCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGAAATAGGT
Found at i:1128 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--2130 Score: 1156
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
1 TAT
* * * * * * *
4 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATTTTAAAAAAATTAAACTTAT
1 TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
69 AATCAATTTTGACATTGTAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
********** * * * * * *
134 ATNNNNNNNNNNTTCTTTCAAATGAATGGCGTTTTCTAAATG
129 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
*** * ** * * * * * *
176 TTTCCCGAGATAGGCATTCAATTATTGTCTGTCTTAAC-AAAAGATATAAAAACATTTAACCTAA
1 -TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ********** * *
240 AATCAATTATAAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTTAAAGGAATGGGAGACT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * *
305 ATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAAAGGCATTTTC-TAGATG
129 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ACG
** * * * * * *
347 TTCCCCAAGGTAAGCATTCAATTATTGTCTGTCTCAAC-AAAGGATGTAAAAACAATT-AACCTA
1 TT-CTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAA-AATTCAACTTA
* ** ********** * *
410 AAATCAATTGTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGAGAGAC
63 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * **
475 TATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATCCCTTTTTCTGCACG
128 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
** * * * * * * * * *
518 TTTCCCAAAGCAAGCATTCAATTCTA-ACTTATTTTAA-TGAAAAACGTAAAAAACTCCAACTTA
1 -TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ********** * *
581 AAGTCAATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAA-TCGAGTANNNNNNNNNNTGAAGGAATGAGAGA
63 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * *
645 CTATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGAATACTTTTTTCATTATA-T
127 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TTA-ACG
** * * * * * *
690 TTCTCGAGGTAGACGTGCAATTATAGTCTGTTTAAACAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * ** ** *
755 ATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAA-TCGAATTAGAGGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGGC
65 ATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** ** *
818 TATAAGTGGACTTTTCATGCCAATGGATAACTTTCACTTCACG
128 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
** * * * * * * **
861 TTCTCCAGTGCAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAAGCAACTTAA
1 TTCTTAAG-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* *
926 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
991 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCG
129 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAA-CG
* * * *
1034 TTCTTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAA
1 TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
1099 TCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
1164 AAATGGACCTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTATATA--
131 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-TA-ACG
** * * * * * ** *
1204 TT-TTCCGATATAGGCTTTTAATTATTA-T-TTTTTTGAACCGAAAATGTAAGAAAAATTAAACT
1 TTCTTAAGGTA-A-ACATTCAATTA-TAGTCTGTTTT-AACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACT
* * *
1266 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
61 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *
1331 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACAT
126 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAAC-G
* * ** *
1377 TTCTCATGG-AATAGTTTCAATTATAGTCTATTTTAA-TCATAAAA-GTAAAAAAAATT-AACTT
1 TTCTTAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-A-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTT
* * ** * * * ** **
1438 AAAATCAATTCTT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTGATAAGGCTTTCGAATGCTTAAGTG
62 AAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * * *
1502 ACTATAAATGGAGTTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
126 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
* * * * * *
1547 TTCCCTAAGGTAAACATTCAATTCTAGCCTTTTTTTAAGC-AAAAATTTTACAAAAATTCAACTT
1 TT-CTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA-CTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * * * *
1611 -TAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTAAAATGGGCAATAAAGCGTTTGAAGGAATAGGAGA
62 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* ** * * *
1675 TTATAAATGGGTTTTTTTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACG
127 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
** * * * *
1719 TTCTGGAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
1783 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGATTA
65 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * **
1848 TAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCCTTTTCTATATATT
130 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-TA-ACG
* * ** * * * * *
1891 TTC-TGAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAGAAAATTGAACTTAAAA
1 TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * *
1954 TCAATTTTGAGAGAATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTAACAAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
2019 AAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACG
131 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
* * * *
2059 TT-TCTAGAGGTAAACCTTCAATTATTGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTCT-TA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
2123 AATCAATT
64 AATCAATT
2131 ATTAGCTTNN
Statistics
Matches: 1473, Mismatches: 421, Indels: 122
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 23 0.02
170 245 0.17
171 668 0.45
172 471 0.32
173 61 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACG
Done.