Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399147.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2421.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3230
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 470 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1376 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 393--1384 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 172
383 NNNNNNNNNN
** * * * * *
393 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTGTAAATG-GACTTTTCTTGCTAATGAATGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAA-GAGACTTTTCTTACCAATGAATGC
* * * * * * * * * *
457 CTTTCTCTTCACTTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATTTGATTTAACCACAAATGTAAAAA
65 ATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* * * *
522 ACAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAA
129 A-AAAATCG-ACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
* * * *****
568 A-CTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGNNNNN
1 AGC-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGC
***** * * * * *
631 NNNNNTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTCAATC-ACAAATGT-AAA
65 ATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAA
* * * *
694 AAAATTC-AGCTTAAAATTAATTAT-AACATTATAAAACTATTTAA
129 AAAAATCGA-CATAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAA
* * * *
738 AGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-AGACTATAAATG-GACTTTTCTT-CTTAATGAAA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATA-ACTATAAA-GAGACTTTTCTTAC-CAATGAAT
* * * * * * * *** *
800 G-ATTTTTTCTACACGTTTCCCA-AGGTGGGCATTCAATGAAAGTCTGTTTCAATGGAAAATAT-
63 GCA-TTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA
* * * * * * *
862 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
126 AAAAAAAATCGACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
* * ********** * * * *
909 AGTGACTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATG-C
* * * *
974 A-TTTTCTTCAGGTTTATTGAGGTAGACATTCAATT-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
65 ATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* ** *
1036 AAAATCGACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
130 AAAATCGACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
* * *
1079 AGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAAGGGACTTTTCTTACCAATGAATGCA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCA
* * * * * ***
1144 TTTCTCTTCACGTTTCTGGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTATTTAAAAATGTAAAAAC
66 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-
* *
1209 AAAATTGAACATAAAGTCAATTATGAAATTATAAAAACCATTTAA
130 AAAATCG-ACATAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAACCATTTAA
* * * ********** *
1254 GGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGNNNNNNNNNNCTAATGAATGCA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCA
* *
1319 TTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
66 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
1384 A
131 A
1385 TTCAANNNNN
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 162, Indels: 55
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 185 0.29
171 189 0.30
172 12 0.02
173 7 0.01
174 91 0.14
175 140 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAACTATAAAGAGACTTTTCTTACCAATGAATGCA
TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
AAATCGACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
Found at i:2302 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1985--3230 Score: 1165
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
1975 NNNNNNNNNN
* * * *
1985 GATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTATTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCT
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTA--T-T
*
2049 A-G-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
61 ATGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
2112 AAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATTATT
125 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* ** * **
2157 GATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATCCCTATTATGGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATTAT-GA
* * * * * *
2222 AAACATGTAGAACAAGCCATTCATTAGGAAGAAATA-TCCATTTATAATCACCCTTTCCTTCAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
2286 AGCCTTACTGCTCACTTTTAAAT--TGTTTATAACCTCATAATT
128 AGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGAT-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
2328 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAA-ATTCTACCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATA-TCTA--TTAT
* *
2392 G-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
63 GAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
2456 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
2500 GATTTTAAATTGAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAATTTACCTT-GG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTA--TTATG
* * * * *
2564 AAAACATAAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-TCCTATTTCTTCA
64 AAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCA
* * * *
2627 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAATT
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
2671 CATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTATCT-TG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAT-TATG
* * * * * * * * * *
2735 AGAAACATGAAAAAAAAAACATTAATTGGCCAGAAAAGTCTAGTTATAGTCACCAATTCATTTAA
64 A-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
2800 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ***
2843 GATTTTAAGTTGAAATTTTTTACTTTTTTGTTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTGCCATGAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATTATGA-
* * * *
2908 AAACGTGTAGAAAAAG-CTATTTATTGGGAAGAAAAGTCAATTT-TAGTCACCCATTCCTTTAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGAC-ATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
2971 AGCCTTACTACTCGCTTTAAATTATTTTATAGTCTCATAATT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** * *
3013 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAACGTTTCCCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA--TATCTATTATG
* * * *
3077 -AAACGTGAAGAAAAAGACATTCTTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
64 AAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ** *
3141 ATCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGCCTAATAATT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * **
3183 AATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 151, Indels: 69
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 66 0.07
170 146 0.16
171 378 0.43
172 292 0.33
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATTATGAA
AACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
Found at i:2628 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1985--3230 Score: 1415
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 340
1975 NNNNNNNNNN
* * * *
1985 GATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTATTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCT
1 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA-TATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *
2049 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
64 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
2114 ATGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *** * *
2179 CATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATCCCTA-TTATGGAAAACATGTAGAACAAGCCATT
194 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCT-TGGAAAACATGTAGAAAAAG-CATT
*
2243 CATTAGGAAGAAATA-TCCATTTATA-ATCACCCT-TTCCTTCAAAAGCCTTACTGCTCACTTTT
257 CATT-GGAAGAAA-AGTCCATTTATAGATCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC-TTT
*
2305 AAATTGTTTATAACCTCATAATT
318 AAATTGTTTATAATCTCATAATT
* * *
2328 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAAAT-TCTACCTCAA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCAA
2392 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2457 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * **
2522 GATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAATTTACCTTGGAAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
194 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGTAG-AAAAAGCATTC
* * *
2587 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-TCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
258 ATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
* * *
2651 GGTTTTATAATCTTACAATT
322 TG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
2671 CATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTATCTTG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATA-T-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * * * * * * * * *
2735 AGAAACATGAAAAAAAAAACATTAATTGGCCAGAAAAGTCTAGTTATAGTCACCAATTCATTTAA
64 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
2800 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
2865 C-TTTTTTGTTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTGCCAT-GAGAAACGTGTAGAAAAAGCTAT
194 CATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTTGGA-AAACATGTAGAAAAAGC-AT
* * * * *
2928 TTATTGGGAAGAAAAGTCAATTT-TAG-TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAA
256 TCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
* *
2991 ATTATTTTATAGTCTCATAATT
320 ATT-GTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
3013 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAACGTTTCCCTCAAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *
3077 AAACGTGAAGAAAAAGACATTC-TTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
66 AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ** * * *
3141 ATCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGCCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTAC
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
3206 ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAAT
195 ATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAAT
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 121, Indels: 49
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 150 0.20
341 18 0.02
342 162 0.21
343 366 0.48
344 61 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGTAGAAAAAGCATTCATT
GGAAGAAAAGTCCATTTATAGATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATTGTT
TATAATCTCATAATT
Done.