Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397443.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1109.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17711
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 4406 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2574 original size:169 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2228--2616 Score: 441
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
2218 NNNNNNNNNT
* * * *
2228 TTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCTAATGA
* * * * * *
2293 ATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTTGGCATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAACAAGTA
65 ATGCATTTCTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATCCAATCATAATCTGTTTAAACTAAACAAGTA
* *
2358 AAACAAAATTAAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
130 AAACAAAATTAAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCA
* *
2401 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GTGACTATAAATGGATTTTTCTTG-TCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCT-AATGA
* * * * * * *
2464 ATTCATTTCTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATCGTAGTCTGTTTAAACT-AACTATG
65 ATGCATTTCTCTTCACATTTC-TCATGGTAGACATCCAATCATAATCTGTTTAAACTAAAC-AAG
* *
2527 T-AAA-AGAATTCAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCA
128 TAAAACAAAATTAAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCA
* * *
2570 TTTAAAATGAGTAATAAGTCTTTT-AAAGGAATGAGAGACTATAAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATG-GTGACTATAAATG
2617 AACCGTTCTT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 26, Indels: 14
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 61 0.33
170 7 0.04
171 82 0.45
172 2 0.01
173 29 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCTAATGAA
TGCATTTCTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATCCAATCATAATCTGTTTAAACTAAACAAGTAA
AACAAAATTAAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCA
Found at i:4361 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3754--4531 Score: 576
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 168
3744 NNNNNNNNNN
* * * * **
3754 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAACAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * * * * * * * * * **
3819 AGGTACGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGAG
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAG
* * * * **
3883 GAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGA-TAAAAAATGT-AA
128 GTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * * ********* *
3923 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * * * *
3988 AAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTT-ATGA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCA-TTTTTCTTAA
* * *
4052 GGTAGACATGCAATTATAATCTATTTGAACCAAATATGTAAAA
127 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGT-AAA
* *
4095 AAAATTGAACTTAGAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* **********
4160 GGAATGAGNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGT
66 -GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGT
* * *
4225 AGACATTCAAGTATAGTCTCTTTGAGCCAAAAATGTAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * ********* *
4264 AACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * *
4329 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTC-TCATTTCTCAA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCAT-TTTTCTTAA
* * * *
4393 CGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA
127 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* **
4435 AATAATTAAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AA-AATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-
* * *
4500 AAAGAATGGGAGACTCTAAATGGACTATTCTT
63 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
4532 CATGTTTCTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 126, Indels: 27
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 117 0.25
170 140 0.30
171 107 0.23
172 104 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGTA
GACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
Found at i:4435 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 3754--5586 Score: 609
Period size: 172 Copynumber: 10.9 Consensus size: 167
3744 NNNNNNNNNN
* * * * **
3754 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAACAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * * * * * * * * * *
3819 AGGTACGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAATAAATGGGTTTTTCTACAT-GTTTCTCGA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTC-TCATTTCT-AA
* * * * **
3882 GGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGA-TAAAAAATGT-AA
126 GGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * * ********* *
3923 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * *
3988 AAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-TATGA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCTCATTTCTA--A
* * *
4052 GGTAGACATGCAATTATAATCTATTTGAACCAAATATGTAAAA
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGT-AAA
* *
4095 AAAATTGAACTTAGAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* ********** *
4160 GGAATGAGNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCAT-TTTTCTTAAGG
66 -GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTC-TCATTTC-TAAGG
* * *
4224 TAGACATTCAAGTATAGTCTCTTTGAGCCAAAAATGTAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * ********* *
4264 AACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* *
4329 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCTCATTTCTCAAC
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCTCATTTCT-AAG
* * *
4394 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA
127 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* **
4435 AATAATTAAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AA-AATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-
* * * * **
4500 AAAGAATGGGAGACTCTAAATGGACTATTCTT--C-----ATG---TTTC-T-TGA--GGTAA--
63 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCTCATTTCTAAGG
* * * ** * * * *
4549 -ACA-TTTA-ATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * **********
4586 AAAATTCAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
** * * * * * * * *
4651 GCGAATAGGAGACTATAAATAGA-ATTTCTTACCAATAAACT-CTTTTTTCTTCAT-GTTTCTCG
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGC-TTTTTCTTC-TCATTTCT-A
* * * *** * *
4713 AGGTAGACGTTCAATTATAGTCTATTTTAAAGAAAAATATAAC
125 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * * * * ** * * *
4756 AAAATTCAACCTAATATCAAGTATGAGATTGCAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAA-GATTTTCG
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT--
* * * * *
4820 AAGGAATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAA
63 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCTCATTTC-TAA
* * * * * * * *
4885 TGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAAGGAAAA
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGC-CAAAAATGTAAA
* * * * * * *
4928 AAAATTGAACTTAACATCAGTTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * ********** * * * ** * *
4993 AGGAATAGNNNNNNNNNNATAGAATTTTCTTACTTATGAATTCATTTTC--CTCATGTTTCTCAA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCTCA--TTTCT-AA
* * * * * *
5056 GGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTAAACCAAAAATGTAAGA
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAA-A
* * * * * **
5099 ACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTAAAAAATCATTTAAA-ATAGGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTT-
* * * * * * * * *
5163 AAGGAATGAGAGACTGTAAATGAACTGTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTA
63 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCTCATTT-CTA
* * * * * ***
5227 AGG-AAATCATTCTATTGTAGTCTATTTCAATGAAAAATGTCAAA
125 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGT-AAA
* * * * * **
5271 AAAA-CACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCCAACAATAAGGCTTTTG
1 AAAATTA-AACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-
* * * * * * * * *
5335 AAAGTATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAAATAAATGGGTTTTTCTACAT-GTTTCTT
63 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTC-TCATTTC-T
* * * * *
5398 GAGGCA-ATCATTCAATTATACTATGT-TTTGA-CAAAAAATAT-AA
124 AAGGTAGA-CATTCAATTATA--ATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
* * * * * * * *
5441 AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTATAGCGTGTAACAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* * * * * ** *
5506 AGGAAAGGGTGATTATAAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAA
64 AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTC-TCATTTCTAAG
*
5570 GCAGACATTCAATTATA
127 GTAGACATTCAATTATA
5587 GTCTGTTTTA
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 342, Indels: 158
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
149 6 0.00
150 64 0.05
151 27 0.02
152 2 0.00
153 2 0.00
156 3 0.00
157 2 0.00
159 2 0.00
160 5 0.00
161 5 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 4 0.00
168 2 0.00
169 168 0.14
170 314 0.25
171 271 0.22
172 342 0.28
173 18 0.01
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
AAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCTCATTTCTAAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTATTTGAGCCAAAAATGTAAA
Found at i:7494 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6929--8205 Score: 1240
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 340
6919 TAAAGACAAG
* * * * ** * * *
6929 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AATAATGT-AAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTAAG
* ** ** * * * * * **
6993 ATCATAAAACCATTTAAAGCCAACAACAATGCTTCTAAAGGTACGAGAGACTATAAATGGATTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGAGACTATAAATGGA-TTT
* * * * * * * * * *
7058 TCTTTCAAATAAATGAGTTTTT-CTAT-ACGTTTC-CTGAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTT
128 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * *
7120 TTGACAAAAAATAT-AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
190 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
7184 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCTAGTGAATACTTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGATTTTTCTTGC-AATGAATACTTTTT
*
7248 TCTTCATGTTT-TATGAGGTAAA
319 TCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGA
* * * *
7270 CATGCAATTATAATATGTTTTAACTAA-ATATGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAG
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATA-ATG-TAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTAAG
* * *
7334 ATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGTGGCTGTAAATGGATATT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGAGACTATAAATGGAT-TT
* *
7398 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTT
128 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
7462 AACCAATAATATAAAAAAATTGAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
192 AACCAAAAATATAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * *** * *
7526 GTAATAAGGATGTTGAAGGAATGAAAGACTGTAAATAGATTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGATTTTTCTTG-CAATGAATACTTTTTT
7591 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
320 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * * *
7612 CATTCAATTCTAATCTTTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACCCTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAATGTAAAAAAATT-AAACCTAAAATCAATTTTAAGA
* * * * *
7677 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGAGACTATAAATGGA-TTTT
* * * * *
7742 CTTACCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCACGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAA
129 CTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * * * *
7807 CCAAATATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGGGATTATAAAA-CATTT-AAGTGAA-T
194 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGT
* * * *
7869 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTGTAAATAGATTTTTCTTGACAATGAATGCCTTCTTT-
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGATTTTTCTTG-CAATGAAT-ACTTTTTTC
* *
7933 TTCATGTTTCTTAAAGTAGA
321 TTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * *
7953 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAATATAAAAACATTAAACCCTAAATTCAATTATGAA-
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAATGTAAAAAAATTAAA-CCTAAAATCAATT-TTAAG
* * ** *
8017 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAATA-AATTGGAGACTATCAATGGATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAAGAATAAGAGACTATAAATGGA-TT
* ** * *
8081 TTCTTGTCAATGAATGCTTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
127 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * * * * *
8146 -ACCAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTACGAAATTGTAAAACCTTTTAAA
192 AACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
8206 ATGAGTACTA
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 140, Indels: 48
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 102 0.13
341 407 0.53
342 119 0.15
343 140 0.18
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTAAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGAGACTATAAATGGATTTTCT
TGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGATTTTTCTTGCAATGAATACTTTTTTCTTCAT
GTTTCTTGAGGTAGA
Found at i:7735 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6826--8246 Score: 1313
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
6816 NNNNNNNNNN
* * * *** *
6826 AAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCATTGTT-
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
* * ** **
6890 CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTAAAGACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATG
66 C-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
6954 AAAAATATAAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATCAT
128 AAAAATAT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** ** * * * * * * *
6998 AAAACCATTTAAAGCCAACAACAATGCTTCTAAAGGTACGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
* * * * * * * * * * *
7063 CAAATAAATGAGTTTTTCTAT-ACGTTTCCTGAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGACAA
66 CCAATGAATG-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
7127 AAAATAT-AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
7168 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
* * * * * * * *
7232 CTAGTGAATACTTTTTTCTTCATGTTT-TATGAGGTAAACATGCAATTATAATATGTTTTAACTA
66 CCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * *
7296 AATATGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTAT
129 AAAAT-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
7339 AAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGTGGCTGTAAATGGATATTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
* * * *
7403 CCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
66 CCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
*
7468 TAATATAAAAAAATTGAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATATAAAAAAATTG-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
7509 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATGTTGAAGGAATGAAAGACTGTAAATAGATTTTTTTTG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
* * * *
7574 CCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAATCTTTTTTAACCAA
66 CCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * *
7639 TAATGTAAAAAAATTGAACCCTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATATAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
7681 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
*** * * *
7746 CCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCACGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAA
66 CCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
7811 ATATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGGGATTAT
130 AAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
7852 AAAA-CATTT-AAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTA-ACTGTAAATAGATTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGATTTTTCTT
* * * *
7914 GACAATGAATGCCTTCTTT-TTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
65 GCCAATGAATG-CTT-TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * *
7978 AATAATATAAAAACATTAAACCCTAAATTCAATTATGAAATTAT
128 AAAAATATAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
8022 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAATAAATTG-GAGACTATCAATGGATTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTT
* ** * *
8086 GTCAATGAATGCTTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACCA
65 GCCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-
* * * * * * *
8150 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTACGAAATTGT
128 AAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
8193 AAAACCTTTTAAAATGAGTACTAAGGTTTTTAAAAGAATGAGAGACTGTAAATG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
8247 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 195, Indels: 61
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 162 0.16
170 189 0.18
171 319 0.31
172 350 0.34
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTG
CCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
AATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:11908 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11512--11912 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
11502 GTTACAAGAA
* * * *
11512 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTTT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *********** * *
11577 GAGATTATAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGGA
66 GAGATTACAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAGGA
* * * * * *
11642 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
131 TTTTCTTGCAAATAAATGCATCTTTCTACAAGTTTCTCAAG
* * * ** * *
11683 GTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCACTAATTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
11748 GAGATTACAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATA-G
66 GAGATTACAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAGG
*
11811 ACTTTTCTT-CTAAATAAATGGATCTTTCTACAAGTTTC-CTAAG
130 A-TTTTCTTGC-AAATAAATGCATCTTTCTACAAGTTTCTC-AAG
* * * *
11854 GTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATC
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
11913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 43, Indels: 8
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 178 0.97
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTACAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAGGA
TTTTCTTGCAAATAAATGCATCTTTCTACAAGTTTCTCAAG
Found at i:16048 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15318--16143 Score: 541
Period size: 173 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
15308 NNNTTTTGTT
* * * * *
15318 AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACA-TCATTCATTGGTAAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * * * **
15382 AAGTCTATTTATAGTAACCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTACGATC
66 ATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATC
* *
15447 TCACAATTGACTTTAAGTTTAATTTTCTTTTTTAC-TTCTTTGATC
131 TCATAATTGACTTTAAG-TCAA--TT-TTTTTTACATT-TTTGATC
* * ** **
15492 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG--
* * * *
15557 AAATGT--ACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
64 AAATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATA
********** * * * *
15619 ATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCT-AGT-
128 ATCTCATAATTGACTTTAAGTCAATTTTTTTTACATTTTTGA-TC
* * * * * ** *
15662 TAAAC-TACTATAATTGAATGTCTGGC-TT-ATGAAACTTA-TAG-AAAACCCATTTATTTGG-A
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACATTGA-GAAAC-GAGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCA
* * * * * **********
15721 AGAAAAT-TTCATTTATAATCTCCCATTCCGTT-AAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTT
62 AG-AAATGTCCATTTATAGTCACCAATTCC-TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTT
* * * * *
15784 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTCAA-TTGTTTCACATTTTTCATT
125 ATAATCTCATAATTGACTTTAAG-TCAATTTTTTTTACATTTTTGATC
* * *** *
15831 AAAACAGACTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATTTGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
15896 ATGCCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATGATC
66 ATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATC
* * *
15961 TCAAAATTGACTTTAAGATCAACTTTTTTTTACTTTTTTGGTC
131 TCATAATTGACTTTAAG-TCAA-TTTTTTTTACATTTTTGATC
* * * * ** *
16004 AACACATATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAAAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
16069 AAGTGCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTC
66 ATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATC
16134 TCATAATTGA
131 TCATAATTGA
16144 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 134, Indels: 55
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 8 0.02
168 69 0.14
169 39 0.08
170 40 0.08
171 84 0.17
172 3 0.01
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174 45 0.09
175 66 0.13
176 4 0.01
177 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
ATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGACTTTAAGTCAATTTTTTTTACATTTTTGATC
Found at i:17452 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 16353--17711 Score: 1329
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
16343 NNNNNNNNNN
* * *
16353 AGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TT---TT-AATTTCTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * * * *
16412 ATTTGTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTGA
66 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTC-AGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * *** *
16477 TTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGGGTTAAATGG
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG
* * * * *
16542 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAATTATA
194 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTA-TTAAAATAGACTATA
* * **
16607 ATTGAATGCCTAT-A-GAAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCCAGAAACGTCCATTT
258 ATTGAATGTCTATCATG--AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAG--AGAAA-GTCCATTT
16669 ATAGTCACCCATTCCTTCAAA
318 ATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * ** *
16690 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTGAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* *
16755 ATTCTTCA-TTAAAA-AGACTATAATTAAATGTCTACCTCA-AAAAAATGAAG-AAAAAGCCATT
66 ATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAACAA-GAAGAAAAAAG-CATT
* * * *
16816 CACTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTA-TTCACTTTAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAA
* * * *
16880 -AGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTATTTCACATTTTTTATTAAAATAGAC
191 TA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTATTATTAAAATAGAC
* * * * * *
16943 TATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATGAAG-AAACATCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATT
254 TATAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA-GAG-AAAGTCCATT
* *
17007 TATAGTCACTCATTCCCTCAAA
317 TATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * ** * *
17029 AGCTTTGTTACTTACTTCAAATGGTTTTACGATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATTTTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTT
* * * * * * * *
17094 GCCTCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATT
64 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAC-CTCAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
17159 CATTTGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCAATTCGTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAAT
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * *
17224 AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTTACATTCTTCATTAAAATAGACT
192 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTATT-ATTAAAATAGACT
* * * *
17288 AAAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGTAGAAAAAACCATTCATTGAGATGAAAGGCCACTTA
255 ATAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAGA-GAAAGTCCATTTA
**
17353 TAGTCACCCATTCCTTTTAA
319 TAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
17373 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTGTTTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTCAATT-TTTTT
* * * *
17437 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
64 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCA-GAAACAAGAAGAAAAAAGCATT
* * * ** *
17502 CATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATGGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * * * * * * *
17567 GGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
192 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATT-ATTAAAATAGACTA
* * * * ***
17631 TAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
256 TAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAG--AG-AAAGTCCATTT
*
17695 ATTGTCACCCATTCCTT
318 ATAGTCACCCATTCCTT
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 151, Indels: 76
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 42 0.05
339 86 0.10
340 60 0.07
341 107 0.13
342 115 0.14
343 266 0.32
344 138 0.17
345 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAACAAGAAGAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTATTAAAATAGACTATAATT
GAATGTCTATCATGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAGAGAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAA
Found at i:17635 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16353--17711 Score: 1394
Period size: 172 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
16343 NNNNNNNNNN
* * *
16353 AGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TT---TTAATTTCTTTACA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACA
* * * *
16413 TTTGTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTGAT
66 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* ** *
16478 TGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAA
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
**** *
16518 AGCCTTATTACTTGGGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-TTTTTTTA
* * * * **** * *
16583 CATTATTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTATAGAAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
64 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* *
16648 ATTGGCCAGAAACGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
16690 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTGAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAC
* * * *
16755 ATTCTTCA-TTAAAA-AGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAAATGAAG-AAAAAGCCATTC
65 ATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTC
* * *
16817 ACTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
16859 AGCCTTAGTATTCACTTTAAAAGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTCAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAC
* * * * *
16924 ATTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATGAAG-AAACATCATTA
65 A-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* * *
16987 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * ** * *
17029 AGCTTTGTTACTTACTTCAAATGGTTTTACGATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATTTTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--TTTTTTT
* * * * * * * *
17094 GCCTCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATT
63 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * * *
17159 CATTTGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCAATTCGTTTAAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ** * * *
17202 AGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTTA
* * * * * * *
17267 CATTCTTCA-TTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGTAGAAAAAACCATT
64 CATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * **
17331 CATTGAG-ATG-AAAGGCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTTAA
127 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
17373 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAATTGTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATT-TTTTTA
* * * *
17438 CATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
64 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* * * ***
17503 ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATGGTCTTTCATTCCTTCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
17545 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAC
* * * * * * *
17610 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCA
65 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
*
17675 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTT
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
Statistics
Matches: 981, Mismatches: 183, Indels: 54
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 40 0.04
167 2 0.00
168 5 0.01
169 116 0.12
170 129 0.13
171 269 0.27
172 333 0.34
173 87 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
Done.