Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399153.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2427.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8468
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.07, T:0.21

Warning! 3692 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:309 original size:171 final size:171

Alignment explanation


    Indices: 2--1188  Score: 745
    Period size: 171  Copynumber: 6.9  Consensus size: 171

          1 G

                 *      *       *               * *            ***           
          2 TTTTACATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACAAGAAGAAAAAAG
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG

                      *          *             **              *        **   
         67 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTTTTCCTTCAAAAGCCATAATACT-AATTT
         66 CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTT

                             *                     ** 
        131 CAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTGAACAT
        131 -AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT

                                   *  *           *                 *     *  
        173 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGGCTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAGGAAAATAG
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG

                     *                      * *    * * *         **          
        238 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTTCGTAAAAAGCCTTTTTACTCGCTTT
         66 CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTT

                          *               ********** 
        303 AAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTNNNNNNNNNNT
        131 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT

                                                      **         ** *   *    
        344 TTTTATATTTTTGT-TTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATTAAGGAAAA
          1 TTTTATATTTTT-TATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAA

                                    *        *                 **************
        407 AGCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNNNN
         64 AGCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGC

            ***          *  *   *       *               
        471 NNNAAATGGTTTTCTAGTCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTT
        128 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT

                            *                       *            *      * *  
        515 TTTTATATTTTTTATTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAG-AATCATGAAGATATAA
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT-GTGAAGAAAAAA

                    *             *          * **    *  *  *      *          
        579 GCATTCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTCTTTTAATAGCCTTTATACTCG-TT
         65 GCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTT

                   *           *********          *      
        643 CTAAATGATTTTATAATCNNNNNNNNNNA-TTTAAGTTCAATTTT
        130 -TAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT

                      * *               *        *       *      *     *      
        687 TTTTATATTTCTCATTAAAACAGACTATTATTGAATGCCT-CCGTTGAGAAAGGTGAACAAAAAA
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAA

                      *                                          **********  
        751 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTT
         65 GCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTT

                       *          *                   
        816 TAAATGGTTTTCTAATCTAATATTTGATTTTAAGTTGAATTT
        130 TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT

                 *   *  *         *            *      *         *     *      
        858 TTTTAAATTATTGATTAAAACATAC-AGTAATTGACTGTCTATCTCGAGAAACGTGAATAAAAAA
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAA

                       *                   *                **************   
        922 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNNNNNCTT
         65 GCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTT

                 *                                  * 
        987 TAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
        130 TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT

                     **            *              *       **********      *  
       1029 TTTTATATTAATTATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTCGNNNNNNNNNNAGAAAATAG
          1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG

                      *                *    * *        *          *         *
       1094 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAAAGCCTCTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTG
         66 CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTT

                                          
       1159 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
        131 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT

       1189 TGTTTAAAAC


Statistics
Matches: 757,  Mismatches: 241, Indels: 36
        0.73            0.23        0.03

Matches are distributed among these distances:
 170    6  0.01
 171  619  0.82
 172  128  0.17
 173    4  0.01

ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36


Consensus pattern (171 bp):   
TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG
CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
Done.