Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399157.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2430.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6002
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.06, T:0.19
Warning! 2977 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3507 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3103--4313 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
3093 NNNNNNNNNA
* ** * * * * * * *
3103 AAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAATAGTCCACTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAA
* * ** * *
3168 GCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * * **
3233 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAG
131 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
* * *
3274 AAACGTGAA-AAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTT--ATTCCTTCA
1 AAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG--TCTTCCATTCCTTCA
* * * * *
3336 AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTT
63 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTT-TTT
* * * * * *
3401 TTCATTTTTGGTTAAAATATATAATAATTGAATCTCTACCTCGAG
127 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
* * * * * * *
3446 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTTTTTATAGTC-ACCAGTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAA
* * ** *
3510 ACCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* *
3574 ATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCTCAGG
130 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-CTCTACCTCAAG
* *** * * * *
3616 AAACATGCAGAAAATCCCATTTATTTGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAA
* * * *
3679 AGGCTTGTTACTCGA-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
65 AGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATT-TTTTT
* * * * *
3743 TCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT-TCACCTTAAG
128 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCT-ACCTCAAG
* * *
3787 AAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTC-TCCTATTGCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCC-ATTCCTTCAAA
* * * * * *
3851 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * * *
3916 ATTATTAGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGTCTACATCAAG
130 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
* * *
3958 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGTCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAA
* * * * * *
4023 GTCTTACTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTATTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * *
4088 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCT-TCCCTTGAA-
131 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-CTCTACC-TCAAG
** ** * * * *
4129 AAACATGCTGAAAAACCCATTTATCTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCTTTTAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTC-CATTCCTTCAA
* * ** * * * *
4192 AAGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTA
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
* * * *
4257 CTTTTTTTTA-TTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
129 C--ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
*
4301 AAACGTGAAGAAA
1 AAACATGAAGAAA
4314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 158, Indels: 57
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.02
170 132 0.15
171 502 0.59
172 190 0.22
173 13 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
Found at i:4071 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3102--4313 Score: 1623
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 512
3092 NNNNNNNNNN
*
3102 AAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTT-GAAAGAATAGTCCACTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
1 AAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGGAAA-AA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * *
3166 AAGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
* * * *
3231 CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAACAAGCATTC
129 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTC
* * *
3296 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
3361 GCTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATAAT
259 GCTTTATAATATCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTTGTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATAAT
* * * * * *
3426 AATTGAATCTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTTTTTAT
324 AATTGAATCTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT
**
3491 AGTCACCAGTCCTTCAAAAACCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTT
389 AGTCACCAGTCCTTCAAAAACCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* *
3556 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCAG-
454 TAAGTTAAATTATTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCT-AGA
* * *
3615 GAAACATGCAGAAAATCCCATTTATTTGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAAA
1 AAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
* * * * * *
3680 GGCTTGTTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTC
66 GCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTTTC
* *
3745 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT-TCACCTTAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTC
130 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTC
* * * * * *
3809 ATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCTATTGCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
**
3874 GCTTTATAA-ACTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTT-TTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTT
259 GCTTTATAATA-TCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTTGTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATAA
* *
3937 TAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTT
323 TAATTGAATCTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTT
* * ** **
4001 ATAGTCGTCCATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTT
387 ATAGTC-ACCAGTCCTTCAAAAACCTTACTACTC-GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAG
* * * *
4065 ATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTCCCTTGA
450 ATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTAGA
* * * * *
4128 AAAACATGCTGAAAAACCCATTTATCTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTTAAA
1 AAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* *
4193 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT-TT--
* * *
4258 TT-TTTTTTA-TTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
127 TTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
4314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 78, Indels: 25
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 163 0.27
513 307 0.50
514 128 0.21
515 7 0.01
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
AAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCA
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGC
TTTATAATATCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTTGTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATAATAA
TTGAATCTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
TCACCAGTCCTTCAAAAACCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTA
AGTTAAATTATTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTAGA
Found at i:4092 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3103--4313 Score: 1260
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
3093 NNNNNNNNNA
* * * * * * * *
3103 AAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAATAGTCCACTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAACGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
* ** *
3168 GCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTACA
* * **
3233 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAACAAGCATTCA
130 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AAGCATTCA
* * * * *
3297 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGG
194 TT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGG
* * * * * * * *
3362 CTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATAATA
257 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGAT-ATA
* **
3427 ATTGAAT-CTCTACCTCGAG
320 ATTGAATGTTC-ACCTTAAG
* * * * * *
3446 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACC-AGTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAACGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
* * * * *
3510 ACCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTCAATTTTCTTAC
* * * * * *** *
3574 ATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTCAGGAAACATGCAGAAAATCCCATTT
129 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
3638 ATTTGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAAAGGCTTGTTACTC-GATTTAAAT
193 A-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAT
* * * *
3701 TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTA
255 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-ATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGA-TA
*
3766 TAATTAAATGTTCACCTTAAG
318 TAATTGAATGTTCACCTTAAG
* *
3787 AAACATGAAGAAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCTATTGCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAA-AACGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAA
* * * *
3851 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAGTTTT-TTA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAA-TTTTCTTA
* * * * *
3915 CATTATTAGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
128 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * *
3980 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGTCCATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCAGTTTAAATG
193 ATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATG
* *
4045 GTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
256 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGA-TATA
4110 ATTGAATGCTTC-CCTTGAA-
320 ATTGAATG-TTCACCTT-AAG
** * * * * *
4129 AAACATGCTGAAAAACCCATTTATCTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCTTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAACGCATTCAT-TGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAA
* ** * * *
4193 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTAC
* *
4258 TTTTTTTTA-TTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
129 --ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
4314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 123, Indels: 56
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 163 0.23
342 362 0.50
343 181 0.25
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATATAATTGAA
TGTTCACCTTAAG
Done.