Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399160.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2433.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4534
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Warning! 344 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1304 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 776--1987 Score: 814
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
766 NNTAATAGAT
* * * ** * * * *
776 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAGCAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * * * * *
841 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCGCCCATTCTTTCGAAAGCA
66 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
906 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATTATTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-C
* * * ********** * **
947 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** * * * * *
1012 CGTGAAG-AAAAGATATCCATTGATAAGAAGAGTCCATTTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGT
66 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* ********** *
1076 ATTATTACTCACTTTAAATGA-TTTNNNNNNNNNNTAATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTG-C
* * * * * * * *
1118 TTTAGGTTGAATTTTTATACATTTTTTATGAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTAGGCAA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * *
1183 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** *
1248 TTTTTACTGGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGNN
131 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-C
******** * * * * *
1289 NNNNNNNNAAATTTTT-T-CATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACAT-TTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* ** * * *
1352 AACGAGAAGAAAAATTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAG
64 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * *
1417 CCTT-TCTACTCACTTTAAATATTTTTATAGTCTCATAACTGAT
129 CCTTAT-TACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-C
* * **
1460 TTTAAGATGAATTTTTA-ACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * *
1524 CGTGAAGAAAAACATATCCATTGGGAGGAAAAGT-TCATTTATTGTCACCCATGCGTTCAAAAGC
66 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* * *
1588 CTTATCACTCACTTTAAATGA-TTTTATGATATCATAATTAGC
130 CTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATT-GC
* * * * *
1630 TTTAAGTTTAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
1 TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACA-GATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * *
1694 ACATGAAGAAAAAGATAT-CATTTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATGCTTTCAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* ** * * *
1758 CATTATTACTCA-TCTTAAAGGTTTTTACAATCTTATAATTGAT
129 CCTTATTACTCACT-TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-C
* * * * * * *
1801 TTTAAGTTAAATTTGTT-TACCA-TTTTTAGTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGA
1 TTTAAGATAAATTT-TTATA-CATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
********** * * *
1864 AACGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAAGT-TCATTCATAGTCACCCATGCTTTCGAAA
64 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * *
1928 TCATTAGTACTCTCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-C
*
1972 TTTAAGTTAAATTTTT
1 TTTAAGATAAATTTTT
1988 TTATATTNNN
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 197, Indels: 53
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 169 0.21
171 609 0.74
172 36 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAGATAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGC
Found at i:1854 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 768--1988 Score: 1105
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 511
758 NNNNNNNNNN
* * * *
768 TAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTACAGCAGATAATAATTAAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACCATTTTTGG-TAAAACAGATAATAATTAAATGTCTAC
* * * * *
832 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCGCCCATTCTT
64 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCT
* * * * *
897 TCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTAAATTTT
129 TCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGATAAATTTT
* * * ********** * *
962 TTTATATTTTTTATTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAGATA
194 TTAACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAACATA
* * * * * *
1027 TCCATTGATAAGAAGAGTCCATTTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTA
259 TCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCATTATCACTCACTTTA
********** * * *
1092 AATGATTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTATACATTTTTTATGAAAACAGAT
324 AATGATTTTATGATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTATACAGTTTTTATGAAAACAGAT
* * * * * **
1157 TATAATTGAGTGTCTACCTTAGGCAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTGTT
389 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTAAT
* * * * *
1222 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTGGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
454 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACT-GCTTTAAAGATTTTTACAATCTCA
********** * * * *
1281 TAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTT-CATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAC-CATTTTTGG-TAAAACAGATAATAATTAAATGTCTAC
* ** * *
1345 CTCAGGAAACGA-GAAGAAAAATTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACC
64 CTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACC
* * *
1409 TTCGAAAGCCTT-TCTACTCACTTTAAATATTTTTATAGTCTCATAACTGATTTTAAGATGAA-T
128 TTCGAAAGCATTAT-TACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGATAAATT
* *
1472 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAC
192 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAC
* * * * *
1537 ATATCCATTGGGAGGAAAAGTTCA-TTTATTGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATCACTCACT
256 ATATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCATTATCACTCACT
* * *
1601 TTAAATGATTTTATGATATCATAATT-AGCTTTAAGTTTAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAAC
321 TTAAATGATTTTATGATATCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTTTTATACAGTTTTTATGAAAAC
1665 ATG-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-CATTTGGCAAGAAAAG
385 A-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAG
* * * *
1728 TCTAATTATAGTCATCCATGCTTTCAAAAGCATTATTACT-CATCTTAAAGGTTTTTACAATCTT
448 TCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTGC-T-TTAAAGATTTTTACAATCTC
1792 A
511 A
* * * *
1793 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACCATTTTTAGTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACCATTTTTGGTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACC
** * ********** * * * * * *
1858 TTGAGAAACGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAAGT-TCATTCATAGTCACCCATGCTT
65 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCT-ATTTATAGCCACCCATACCT
* * * * * *
1922 TCGAAATCATTAGTACTCTCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
129 TCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGATAAATTTT
1987 TT
194 TT
1989 TATATTNNNN
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 141, Indels: 32
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 5 0.01
512 364 0.66
513 179 0.32
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACCATTTTTGGTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCT
CAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTC
GAAAGCATTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGATAAATTTTTT
AACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAACATATC
CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCATTATCACTCACTTTAAA
TGATTTTATGATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTATACAGTTTTTATGAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTA
TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTGCTTTAAAGATTTTTACAATCTCA
Found at i:3470 original size:685 final size:684
Alignment explanation
Indices: 2081--3660 Score: 1495
Period size: 685 Copynumber: 2.3 Consensus size: 684
2071 AAGCTAAATT
* * * * * * *
2081 ACTCGTTTTAGATGAATTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--T
1 ACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTTAGT
* * * * * * * ** * * ***
2144 ATGAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
66 -TAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAG-AAACAAGAAGAAAAAGATATCAACTAACAA
** * *** * * * *
2208 GAAAAGTCCATTTATAGTCACATGTGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATA
129 GAAAAGTTAATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAACATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATA
* * * *
2273 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
194 ATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * *
2338 TCTACCTCAGGAAACGAGAAGAAAAAGATATACATTTGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
259 CCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGATATACATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
* *
2403 TACGTTCGAAAGCCTTATTAGTCACATTAAATATTTTTAGAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
324 TACGTTCGAAAGCATTATTACTCACATTAAATATTTTTAGAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
*
2468 AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACGAGAAGAAA
389 AATTTTTTACATTTTTACTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACGAGAAGAAA
* * * *
2533 AAGATATCTATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
454 AAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCATTATTACTCG
********** * * *
2598 CTTTAAATATTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAA
519 CTTTAAATATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATGTTTTCACATTTTTGATGAAAA
* * **
2663 TAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAACATATCCAATGGGAGAAAAAGT
584 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAACATATCCAATGCAAGAAAAAGT
**
2728 CCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATC
649 CCATTTATAGTCACAAATGCATTCAAAAGCCTTATC
* * *
2764 ACTCGTTTTAAATGATTTTATAA-CGTCATAATTAGCTTTAAGTTCAATTTGTTT-ATATTTTTT
1 ACTCGATTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTAACTTTAAGTTCAATTT-TTTCACA--TTTT
* * * *
2827 TA-TTAAAACAGATCATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGGTATCAACTAAC
62 TAGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATCAACTAAC
* **
2891 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGCCACCCATACTTTC-AAAACTATTATTACTCGCTTTAAAGGTTTT
127 AAGAAAAGT-TAATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAAC-ATTATTACTCGCTTTAAATATTTT
* *
2954 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAAATTTTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
190 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * **
3017 TGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGT
253 TGAATGCCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGATATACATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
3082 CA-CCTATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTT-GTAATCTTATAATTGATTT
318 CATCC-ATACGTTCGAAAGCATTATTACTCACATTAAATATTTTTAG-AATCTCATAATTAATTT
* * * ********************
3145 TAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
381 TAAGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTACTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAAC
* * * * *
3209 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TACTTTCAAAAGTA
445 GAGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCTATACCTTCAAAAGCA
* * * *
3273 TTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTATAACCTTATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATT
509 TTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATGTTTTCACATT
* * * * * *
3337 TTTTATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATT
573 TTTGATGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACATGAAGAAAAACATATCCAAT
* * ** * *
3401 GACAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCATAAATGCCTTTGAAAGCCTTTTT
637 G-CAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCATTCAAAAGCCTTATC
* * * **
3449 ACTTGATTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGGATTTTTTCACATTTTTAG
1 ACTCGATTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTTAG
** * * * * * * * **
3513 TTAAATTAGATAATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAG
65 TTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATCAACTAACAAG
* * * * *
3578 AAAAGTTAATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTCTATAA
130 AAAAGTTAATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAACATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA
3643 TCTCATAATTGATTTTAA
195 TCTCATAATTGATTTTAA
3661 ATTGAATNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 156, Indels: 45
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 52 0.07
684 136 0.19
685 501 0.70
686 28 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (684 bp):
ACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTTAGT
TAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATCAACTAACAAGA
AAAGTTAATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAACATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGCC
TACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGATATACATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATA
CGTTCGAAAGCATTATTACTCACATTAAATATTTTTAGAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
TTTTTTACATTTTTACTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACGAGAAGAAAAA
GATATCCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCT
TTAAATATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGAATGTTTTCACATTTTTGATGAAAACA
GATAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAACATATCCAATGCAAGAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACAAATGCATTCAAAAGCCTTATC
Found at i:3711 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2097--3667 Score: 1420
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
2087 TTTAGATGAA
* * * * * *
2097 TTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATGAAACATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * *
2161 TGAATGCCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
2226 CACATGTGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATT
131 CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * *
2267 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * * *
2331 TTGAATGTCTACCTCAGGAAACGAGAAGAAAAAGATATACATTTGCAACAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
2396 TCATCC-ATACGTTCGAAAGCCTTATTAGTCACATTAAATATT
130 TCA-CCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * * *
2438 TTTAGAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* ** * * * *
2503 TGAATGTTTGTCTTAGGAAACGAGAAGAAAAAGATATCTATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
2568 CACTTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
131 CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
********** * * * *
2609 TTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * **
2674 TGAATGTCTGCCTCTA-GAAACATGAAGAAAAACATATCCAAT-GGGAGAAAAAGTCCATTTATA
66 TGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG-AAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
2737 GTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGA-T
129 GTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATT
* * * * * *
2780 TTTATAA-CGTCATAATT-AGCTTTAAGTTCAATTTGTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATCAT
1 TTTATAATC-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGATAAT
* * * * * * * * * *
2843 AATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGGTATCAACTAACAAGAAAAGTCTATTTAT
63 AATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * **
2908 AGCCACCCATACTTTC-AAAACTATTATTACTCGCTTTAAAGGTT
128 AGTCACCTATACCTTCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * * *
2952 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * * **
3017 TGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3082 CACCTATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATT
131 CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * * *
3123 TTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
******************** * *
3188 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** *
3253 CACCCT-TACTTTCAAAAGTATTATTACTCGTTTTAAATGA-T
131 CA-CCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATT
* * * * * * *
3294 TTTATAACCTTATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* *
3359 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
*** * * * * *
3423 TCATAAATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTTGATTTAAATATT
130 TCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * * * **
3465 TTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGGATTTTTTCACATTTTTAGTTAAATTAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* * ** * **
3530 TGAATGTCTGCTTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTTAATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
3595 CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
131 CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* *
3636 TCTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
3668 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 258, Indels: 47
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 46 0.04
171 928 0.83
172 139 0.12
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
Found at i:4492 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3839--4508 Score: 588
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
3829 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
3839 ATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGTAGAAAAAGGTATCAACTGGCATGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATATCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
* * * * * * *
3903 TATAGCCACCTATGCTTTCAAAAGCATTATTACTCGGTTTAAA-AGTTTTTATAATCGT-ATAAT
65 TATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATA--TTTTATAATC-TCATAAT
* ** * * *
3966 TGATTTTAAGATGAA-ACTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATT
127 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATT
********** *
4010 ATAATTGNNNNNNNNNNTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGCTTATT
1 ATAATTGAATATCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
* * * * *
4074 TATAGTCACCTATACTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAGTCTTATAATTG
65 TATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * *
4139 ATTTTAAGTTAAATATG--TTTACATTGTTTATTAAAACAGATT
129 ATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATT
* * * * *
4181 ATAATTGAATATCTGCCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAATAAAAGTTCATTT
1 ATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
* * * **********
4246 GTAGTCACCCATGCTTTCGAAAG-CTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTNNNNNNNNNNAATTG
66 ATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTG
4310 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATT
129 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATT
* * **
4353 ATAATTGAATATCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTTATTT
1 ATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
* *
4418 ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGGTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGA
66 ATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGA
4483 TTTTAAGTTGAA-T-TTTTT-CATTTTTT
130 TTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTT
4509 TGGTTAAAAT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 89, Indels: 24
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 11 0.03
171 240 0.60
172 136 0.34
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
ATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATT
Done.