Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399161.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2433.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14375
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 3321 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:730 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 16--1159 Score: 1094
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 340
6 GAAACGAGAA
* * * *
16 AAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGCATTATTAC
*********** ** **
81 TTNNNNNNNNNNTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTCGTTA
66 TCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTA
* * *
146 AAACCAATAATAATTGAATGTTTGCCTTC-AGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
131 AAA-CAATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * * * *
210 AAGTTCATTTATTGTCATCCATGCGTTTGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAACG
194 AAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACC
* *
275 TCATAACTAGCTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTA
259 TCATAACTAACTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTA
*
340 CTTCAAGAAATATGAAG
324 CTTCAAGAAACATGAAG
* *
357 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTC-AAAGGCATTATTA
1 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAA-GCATTATTA
* * *
421 CTCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTAAATTTTTTATT
65 CTCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATT
* *
486 AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAG
130 AAAACA-ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTG--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * *
551 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAA
192 AAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
* * *********
616 CCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AAATG
257 CCTCATAACTAACTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAA-G
* *
680 TTTACCTT-AAG-AACGTGAAG
320 TCTA-CTTCAAGAAACATGAAG
* * * * * ** *
700 AGAAAGATATCCATTGGTAGGAACAGTCCATTTATAGTCACTGATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGCATTATTAC
*********** * * * *
765 TCNNNNNNNNNNATTTTACAACCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
66 TCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTA
* * * *
830 AAATAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
131 AAA-CAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * *********
895 AATTCATTTATAGCCACCCATACCTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTNNNNNNNNN
195 AGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCT
* * * * * *
960 NATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
260 CATAACTAACTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTA
*
1025 CCTT-AAGAAACATGAGG
324 -CTTCAAGAAACATGAAG
** * * * *
1042 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCTTTGAAAGCTTTTTTAC
1 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGCATTATTAC
* * * * * *
1107 TCACTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 TCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1160 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 147, Indels: 23
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 258 0.40
342 104 0.16
343 237 0.37
344 35 0.05
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGCATTATTAC
TCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTA
AAACAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
GTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTC
ATAACTAACTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACT
TCAAGAAACATGAAG
Found at i:979 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16--1160 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
6 GAAACGAGAA
* * *
16 AAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
************ * **
81 TTNNNNNNNNNNTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTCGTT
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATT
* * * **
145 AAAACCA-ATAATAATTGAATGTTTGCCTTC-AGAAACCTGAAG
130 AAAA-CAGATTATAATTAAATGTTTACC-TCAAGAAAAGTGAAG
* * * * * *
187 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCATCCATGCGTTTGAAAGCCTTATCAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * ** *
252 TCACTTTAAATGATTTTATAACGTCATAACTAGCTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* *
316 AAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACTTCAAGAAATA-TGAAG
131 AAACAGATTATAATT-AAATGTTTACCTCAAGAAA-AGTGAAG
* * * * *
357 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTC-AAAGGCATTATTA
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTA
* * * * * * * *
421 CTCGCTATAAAAGTTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTAAATTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * *
486 AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAAAA
130 AAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTG--AAG
* * *
530 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * **********
595 TCGGTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* *
660 AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAAG-AACGTGAAG
131 AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAG
* * * * ** *
700 AGAAAGATATCCATTGGTAGGAACAGTCCATTTATAGTCACTGATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
********** * *
765 TCNNNNNNNNNNATTTTACAACCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * *
830 AAATAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAG
131 AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAG
* * * * * *
871 AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAATTCATTTATAGCCACCCATACCTTCGTAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
********** * * *
936 TCGCTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATGTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * * *
1001 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAGG
131 AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAA-AGTGAAG
* * * * *
1042 AAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCTTTGAAAGCTTTTTTAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
1107 TCACTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
66 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
1161 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 198, Indels: 28
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 253 0.33
171 364 0.48
172 7 0.01
173 128 0.17
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAG
Found at i:1729 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1332--3105 Score: 767
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
1322 GAAAGGTCCC
*
1332 TTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * **
1396 TGATTTTAAATTGAATTCTCTTATATTTTTTGATAAAGTAGATAAGAATTGAATGTTTGCCTCAG
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGATAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTCAG
*
1461 GAAATGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
131 GAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* * * * * * ****
1502 TTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTATAATCTCANNNN
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
****** * * * *
1567 NNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTCCA
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGATAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCT-CA
* * * * *
1632 -GAAACGTGAAGAAAAA-CATATCTATTGGGAAGAGAAG-TCA
130 GGAAACGAGAAGAAAAAGC-TATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* *
1672 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * ** * * *
1737 TGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-ATTGAAATAGATTATAATTGAATGTATACAT-T
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGA-TAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTCA
* * * * *******
1800 GAGAAACGTGTAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAANNNNNNN
130 G-GAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
*** * * * * * * * *
1843 NNNATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAGTGTTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * **
1908 TGATTTTAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTT-ATTGAAACAGA-ATATAATTAAATGCCTATCT-
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGA-TAAAACAGATA-ACAATTGAATGCCTGCCTC
* ** * * ***
1970 TGAGAAACTTGAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTA
129 AG-GAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* * * ** * * * *
2014 TTTATAGTCACCCCTTCCTTTGAAAGCTTTTTTACTCGTTTTAAATAATTTTATAA-CTTCATAA
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATC-TCATAA
* * * * * ********** * * *
2078 TTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTT-ATTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTACCT
65 TTGATTTTAAA-TTAAATTCTCTTACATTTTTTGA-TAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCT
** * *
2141 C-GAGAAACGAGAA-AAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTA
128 CAG-GAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* * **********
2184 TTTATAGTCAC-CTATG-CTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATATNNNNNNNNNNTCATAA
1 TTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** * *
2247 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAATTAGATAATAATTGAATGTCTGCCTC
65 TTGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGA-TAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTC
* * * * * *
2311 -GAGAAA-AATAA-AAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCTA
129 AG-GAAACGAGAAGAAAAAGC-TATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* ** * * *
2353 TTTATAGTCACCCACACGTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAA
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * * * * * *
2417 TTAACATTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAACGCCTACCT
65 TTGATTTTAAATTAAATTCTCTT-ACATTTTTTGA-TAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCT
* * * * * * *
2481 TAAGAAAC-ATGGAGAAAAAGATATCCTTTGGTAAGAAAAGTCCA
128 CAGGAAACGA-GAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* * * * * *
2525 TTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAA
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAA
* * ********** * * * * * *
2589 TTGAATTTAAGTTNNNNNNNNNNATATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTT
65 TTGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGA-TAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTC
* * * ** * * *
2653 GGGAAACGTGAAGGAAAATATATCCATTGAG-AGGAAAGGTCTC-
129 AGGAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTG-GCAAGAAAAGAC-CA
* * * * * * *
2696 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGGCTTTTTACT--C--TGAATATTTTTGTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * ** ** * * *
2757 TGATTTTAAGCTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAGTAGATAGTAATTGAATGTCTACATC-G
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGATAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTCAG
** * *
2820 GAAAATAAGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
131 G-AAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
** * * * * * *
2862 TTTATAGTTTCCCATACGTTCAAAAGTCTTATCACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * ***
2927 TGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATATCTA
66 TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGATAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTC-A
* * * * * * *
2992 -GAAATGTGAAG-AAAA-CATATCTATTGGGAGGAGAAGTCCA
130 GGAAACGAGAAGAAAAAGC-TATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
* * * * *
3032 TTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATATTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
3097 TGATTTTAA
66 TGATTTTAA
3106 GTTGAATTTT
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 312, Indels: 86
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 89 0.07
167 29 0.02
168 15 0.01
169 112 0.09
170 381 0.31
171 516 0.41
172 98 0.08
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAATTAAATTCTCTTACATTTTTTGATAAAACAGATAACAATTGAATGCCTGCCTCAG
GAAACGAGAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGACCA
Found at i:7470 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7128--7506 Score: 447
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
7118 NNNNNNNNNN
* *
7128 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT
1 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT
** * * * *
7193 AAAGTAGATAATAATTGAATGTCTACATCGGGAAACAAGAAGAAAAAGATATCCCTTGATAAGAA
66 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACAAGAAGAAAAACATATCCATTGAGAAGAA
********** *
7258 AAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACGTTCGAAAGCCTTATT
131 AAGTCCATTTATAGTATCCCATACGTTCAAAAGCCTTATT
* *
7298 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * *
7363 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATC-TCTAGAAACATGAAGAAAAACATATCCATTGGGAAG
65 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CATCGAGAAACAAGAAGAAAAACATATCCATTGAGAAG
* * *
7427 AGAAGTCCATTTATAGTATCCCATGTC-TTCAAAAGCTTTATT
129 AAAAGTCCATTTATAGTATCCCAT-ACGTTCAAAAGCCTTATT
* * *
7469 ACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTT
1 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTT
7507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 30, Indels: 5
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.26
171 129 0.73
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT
AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACAAGAAGAAAAACATATCCATTGAGAAGAA
AAGTCCATTTATAGTATCCCATACGTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:8245 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7651--8334 Score: 636
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
7641 NNNNNNNNNN
* * * * *
7651 ATTGAATGTCTGCATAGAGAAACATGTAGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
1 ATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
7716 GTCACCCATGCTTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATCGATTT
66 GTCA-CCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTT
* * *
7781 TAAGTTAAATTGTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATA
130 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* **********
7822 ATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATNNNNNNNNNNAGTCTATTTATA
1 ATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* *
7887 GTCACCAATGCTTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTATATAATCTTATAATTGATTT
66 GTCACC-ATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTT
*********
7952 TAAGTTG-ATTTTTNNNNNNNNNNTTATTAAAACAGATTATA
130 TAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * ****
7993 ATTGAATGTCTAGATCGAGAAATGCATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNN
1 ATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTAT-TTAT
***** * *
8058 NNNNNCCATGCTTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTG
65 AGTCACCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTT
*
8123 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATA
130 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
*********** * * *
8164 ATTGAATGTANNNNNNNNNNAACGTGTAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATA
1 ATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
8229 GCCACGCATACTTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAGTGTTTTTCTAA-CTTTATAATTGATT
66 GTCAC-CATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATC-TTATAATTGATT
* *
8293 TTAAGTAGAATTTTTTTATGTTTTTTATTGAAAA-AGATTATA
129 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAGATTATA
8335 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 105, Indels: 14
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 380 0.95
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
Found at i:9118 original size:340 final size:331
Alignment explanation
Indices: 8621--9432 Score: 760
Period size: 340 Copynumber: 2.4 Consensus size: 331
8611 GTTGATTTTT
* * * * *
8621 TTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACATCGAGAAACGTA-TAGAAAAA
1 TTTTTACATGTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACG-AGAAGAAAAA
* * ** * * * * ** * *
8684 GATATCCATTGGCAAGCAAAGTTTATTTATAGTCATCCATACTTTTGAAAGCATTATTACTTGCT
65 GATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
8749 TTAAGTGTTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTATGCTTTTT-ATTGAAA
130 TTAA--------AT--TCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATGTTTTTAT-ATTTTTGATT-AAA
* * * * * *
8812 -CATATTATAGTTGAATGTCTGTCCT-GAGAAACATGAAAAAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
182 GCAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATG--AAAAAAACATATCCATTGGGAAGAAA
* * *
8875 AGTCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTTGAAAGCTTTTTTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCT
244 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCC
*
8939 CATAATTGATTTAAAGTTGAAT-
309 CATAATTAATTTAAAGTTGAATC
* * * *
8961 TTTTTATATGTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAA-
1 TTTTTACATGTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAG
* * * *
9025 TTATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTT
66 ATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
9090 TAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAG
131 TAAAT----------TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAG
* * *
9155 ATAATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACATGGAAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCTAT
186 ATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
********** * *
9220 TTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCCCATAATT
251 TTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCCCATAATT
*
9285 AATTTTAAGTTGAATC
316 AATTTAAAGTTGAATC
* * *
9301 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAG
1 TTTTTACATGTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAG
** *
9366 ATATCCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
66 ATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
9431 TA
131 TA
9433 TATGATTTAA
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 68, Indels: 33
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.01
338 41 0.11
339 61 0.16
340 175 0.45
341 108 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTACATGTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAG
ATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATAATAATTG
AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCCCATAATTAATTTAAAGT
TGAATC
Found at i:9495 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8435--9495 Score: 983
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
8425 NNNNNNNNNN
* * * *
8435 TTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
********** * * *
8500 CGT-ATAGAAAAAGANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATACGTTCAAAAGC
66 CGTGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* *
8564 ATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTATATAATCTTC-TAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTT-TATAA-CCTCATAATTGAT
* * * *
8606 TTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACATCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATA-ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * **
8671 ACGT-ATAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGCAAAGTTTATTTATAGTCATCCATACTTTTGAAAG
65 ACGTGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * * ** *
8735 CATTATTACTTGCTTTAAGTGTTTTTATAATTTTATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
* ** * * * *
8778 TTTAAGTAGAATTTTTTTATGCTTTTTATTGAAACATATTATAGTTGAATGTCTGTCCT-GAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAA
* * * * * **
8842 ACATGAAAAAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTTGAAAG
65 ACGTG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * *
8906 CTTTTTTACTCACTTGAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
* * * *
8949 TTAAAGTTGAA-TTTTTTAT-ATGTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
9012 ACGAGAAGAAAAA-TTATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
65 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* ***********
9076 CTTATTAGTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
* * * * * *
9118 TTTAAGTTAAATGTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAGCAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * **********
9182 ACATGGA-AAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGC
65 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* *
9246 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCCCATAATTAAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
* * * * *
9288 TTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * *
9353 CGTGGAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* *
9418 TTATTACTCGCTTTATATGATTTAATAACCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
9459 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAG
9496 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 164, Indels: 28
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.05
169 65 0.09
170 204 0.29
171 227 0.32
172 179 0.25
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGAT
Found at i:10832 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9805--11159 Score: 927
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 171
9795 NNNNNNNNNN
* * * *
9805 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAGGTAATAATTGA
1 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * *
9870 ATGTCTACCTTTA-GAAACGTGAAGAAAAACATATCCATTAGG-AAGAGAAGTCCATTTATTGTC
66 ATGTCTATC-TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * * *
9933 GCCCAT-CTCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGTTTTT
129 ACCCATAC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* ********** * *
9976 ATAATCTTATAATTGATTTTAATTTGAATNNNNNNNNNNTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGA
* * * *
10041 ATGTCTA-CATAGAGAAACGTGTAA-AAAAGGATATCCATTTGTAAGAAAAG-TCTATTTATAGT
66 ATGTCTATCTTAG-GAAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGT
* * ** *
10103 CACCCATACTTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
128 CACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
** ********** * *
10147 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGTGTTTTNNNNNNNNNNTTATTAAAACAGATTATAGTTGA
1 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * * * **
10212 ATGTCTACCTTAAGATACATGAGGAAAAAGATATCCATTGACAAG-AAAGCTGCATTTATAGTTG
66 ATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-TTCATTTATAGTCA
* * * *
10276 CTCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATATTTTT
130 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* * ** *
10318 ATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTAAACATTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTG
1 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTG
* * * * * * *
10382 AATGT-TTTCCTT-GGAAAACGAGAAGAAAAATATATCCATTGACAAGAAAAGTCCGTCTATAGT
65 AATGTCTAT-CTTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * * *
10445 CAACCATACCTTCGAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAATGA-TTTT
128 CACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
* * * * * *
10489 ATAA-CATTGTAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATC-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTG
* * * * ** * * *
10553 AATGT-GAACCTCGAGAAACGT-AATGAAAAA-ATATTTATTAGAAAGAAAAGTGCATTTATAGT
65 AATGTCTATCTTAG-GAAACGTGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
********** * *
10615 CACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAACATTTTT
128 CACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* * ** * *
10659 ATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAA
1 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * *
10724 ATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCAC
66 ATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* *
10789 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATATTTTT
131 CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* ** *
10830 ATAATATGGTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTATTTTT--ATTTTTTATTAAAATAGATAATAATT
1 ATAATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATT
* ********** * * *
10892 GAATGTCTATC-TCGAGAAACGTGAAGAANNNNNNNNNNATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGC
64 GAATGTCTATCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
*
10956 CACCCATGA-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT
128 CACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
* * * * * * * * ****
11000 ATCA-CGTCATAATTGATTTAAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAAGAGATTATANNNN
1 ATAATC-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTG
****** * * * *
11064 NNNNNNTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
*
11129 CCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
11160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 242, Indels: 72
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 264 0.29
171 607 0.67
172 25 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGA
ATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
Found at i:10954 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 10288--10913 Score: 732
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
10278 CATCCCTTCG
* * * *
10288 AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTAAACATTTTT
1 AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAACATTTTTATAATCTCAGAAATGATTTTAAGTCAAACATTTTT
* * * *
10353 ACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACGAGAAGAAAAATATATC
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTGTCCTTGGAAAACGAGAAAAAAAATATATC
* * *
10418 CATTGACAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCAACCATACCTTCGAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAAT
131 CATTGACAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCAACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAAT
* * * * *
10483 GATTTTATAACATTGTAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATTAT
196 GATTTTATAACATGGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATAAT
*
10548 AATTGAATGTGAACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAATATTTATTAGAAAGAAAAGTGCATTTATA
261 AATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAATATTTATTAGAAAGAAAAGTGCATTTATA
10613 GTCACC
326 GTCACC
* *
10619 NNNNNNNNNNAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAACATTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTC
1 ----------AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAACATTTTTATAATCTCAGAAATGATTTTAAGTC
** *
10684 AAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGT-CTTAGG-AAAC-ATG
56 AAACATTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT-TGTCCTT-GGAAAACGA-G
* * * *
10745 AAAAAAAAGT-TATCTATTGGCAAGAAAAGTTCAC-T-TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
117 AAAAAAAA-TATATCCATTGACAAGAAAAG-TC-CGTCTATAGTCAACCATACCTTCGAAAGCCT
*
10807 TATTACTGGCTTTAAAT-ATTTTTATAATATGGTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTATTTT-TATT
179 TATTACTGGCTTTAAATGA-TTTTATAACATGGTAATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTTTATATT
* * * *
10869 TTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGT
242 TTTTAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGT
10914 GAAGAANNNN
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 31, Indels: 19
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 46 0.19
341 184 0.75
342 14 0.06
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (331 bp):
AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAACATTTTTATAATCTCAGAAATGATTTTAAGTCAAACATTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTGTCCTTGGAAAACGAGAAAAAAAATATATC
CATTGACAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCAACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAAT
GATTTTATAACATGGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATAAT
AATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAATATTTATTAGAAAGAAAAGTGCATTTATA
GTCACC
Found at i:12548 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 12372--12690 Score: 352
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
12362 TCAAAGCAGA
* * * **
12372 CATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATAAGAT
1 CATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGAT
**********
12436 TATAAAAATNNNNNNNNNNAATAAAAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATACACTTTTC
66 TATAAAAATATTTAAAGTGAATAAAAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATACACTTTTC
12501 TTGCCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTC
131 TTGCCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTC
* *
12532 NNNNNNNNNNCATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCA
1 ----------CATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCA
* * *
12597 ATTATAGGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAA
56 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAATAAAAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAA
*
12662 TGCACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
121 TACACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
12691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 29 0.23
171 98 0.77
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
CATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGAT
TATAAAAATATTTAAAGTGAATAAAAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATACACTTTTC
TTGCCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTC
Found at i:13955 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13702--14107 Score: 404
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
13692 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
13702 AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTAAAACCAAGTAAAAAACCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAATGCTTTTC
** * ********** *
13767 AAAGGAAGGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATNNNNNNNNNNATGTTTCTC-
66 AAAGGAAGGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTCTAACACGTTTCTCT
* *
13831 AAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAACCATA
131 AAG-TAGACATTCAATTATAATCAGTTTCAATAAAAAACATA
**
13873 AAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AATGCTTTT
* * * *
13938 GAAAGCG-TGGG-TGACTATATATAAACTTTTTTTACCAATGGATATCTTTTCTAACACGTTTCT
65 CAAAG-GAAGGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTCTAACACGTTTCT
* * * **
14001 CTATGTATACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATGTA
129 CTAAGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTCAATAAAAAACATA
* * *
14044 AAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAATGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AATGCTTT
14108 CGAANNNNNN
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 42, Indels: 6
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 174 0.92
172 15 0.08
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAATGCTTTTC
AAAGGAAGGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTCTAACACGTTTCTCT
AAGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTCAATAAAAAACATA
Done.