Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399162.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2434.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5743
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 1481 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3399 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3070--3852 Score: 687
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
3060 NNNNNNNNNN
* *
3070 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTT
1 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ** **
3135 TAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGACTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAG
66 TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAG
*********** * *
3200 AGNNNNNNNNNNTGTCCACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAG
131 ATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG
* *
3241 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTCTAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
3305 TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAACTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATA
66 TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAACTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATA
* * *
3370 GATTATAATTAAATATATACCTTGAGAAACGT-AAAGAAAAAG
130 GATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAG
* * * * * ** ** * *
3412 ATATCTATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATATCTTTAAAAACCTTATTACTCACTT
1 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ** * * * *
3477 TAAATATTTTTAAAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAGTTTTGGTAAAAATAG
66 TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * *
3542 ATAATAA-TAGATTGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAT
131 ATAATAATTA-AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG
* * * * * * *
3583 ATATCAATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTT
1 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ** * * *
3648 TAAATTTTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACTATTTTGGTTGAAAT
66 TAAA-TATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAAAT-TTTTGGTTAAAAT
* * * * * * *
3712 AGAAAATAATTGAATCTCTGCC-TCAGCAAACATGAAGAAAAAG
129 AGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAAAAAAAG
* * * * * ** *
3755 ATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATATATAATTAGTCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
3820 TGAAT-TGTTTTACAATCTGATAAATGATTTTAA
66 TAAATAT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
3853 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 106, Indels: 20
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 68 0.14
171 238 0.48
172 189 0.38
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAG
ATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG
Found at i:3845 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3224--3854 Score: 770
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
3214 TCCACCTCGA
* * * *
3224 GAAACGTGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCTAGTCACCCATACCTTCGAAA
1 GAAACGTGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATACCCTCAAAA
*
3289 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAACTGAATTTTTTTAA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAACTGAATATTTTTAA
* ** * * *
3354 ATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATATATACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTA
131 ATTTTTGGTTAAAATAGAAAATAATTAAATATATACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA
* * * * * *
3419 TTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATATCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
196 TTGGAAAGAAAAGTCCATATATAGTAGCTCATAGCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
3484 TTTTAAAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAGTTTTGGTAAAAATAGATAATAA
261 TTTTAAAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAGTTTTGGTAAAAATAGATAATAA
3549 TAGATTGTTTGCCTTGG
326 TAGATTGTTTGCCTTGG
* * * * *
3566 GAAACGTGAAGAAAAATATATCAATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCCTCAAA
1 GAAACGTGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCCTCAAA
* * * * **
3631 AGCCTTATTAGTTGCTTTAAATTTTTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTGAATATTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAACTGAATATTTTT
* * * * * * *
3695 -ACTATTTTGGTTGAAATAGAAAATAATTGAATCTCTGCC-TCAGCAAACATGAAGAAAAAGATA
129 AAAT-TTTTGGTTAAAATAGAAAATAATTAAATATATACCTTCAG-AAACATAAAGAAAAAGATA
* * * * *
3758 TCCATTGGAAAGAAAAGTCTATATATAATTAG-TCAT-GCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
192 TCCATTGGAAAGAAAAGTCCATATAT-AGTAGCTCATAGC-TTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
* * *
3821 GAAT-TGTTTTACAATCTGATAAATGATTTTAAGT
255 AAATAT-TTTTAAAATCTCATAAATGATTTTAAGT
3855 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 43, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 44 0.18
343 171 0.72
344 24 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
GAAACGTGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATACCCTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAACTGAATATTTTTAA
ATTTTTGGTTAAAATAGAAAATAATTAAATATATACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA
TTGGAAAGAAAAGTCCATATATAGTAGCTCATAGCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
TTTTAAAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAGTTTTGGTAAAAATAGATAATAA
TAGATTGTTTGCCTTGG
Found at i:5063 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4658--5526 Score: 780
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
4648 TAAACATAAA
* * * * * * *
4658 AAAAAGCTATTCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAACCTTATTAC
* * * * * * *
4723 TCG-TTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATT
65 T-GACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATT
* * *
4787 AAAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
129 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* * * * **
4829 AAAAACATATCCATGGATAAGAAAAG-TCTATATATAGTCACTCATATCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTA
* * * *
4893 CTGAATTTAAATAGTTTTATGATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTT-TT
64 CTGACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTAAT
* *
4957 TAAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-
128 T-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* * *
5000 AAATAATATATCCATTGATAA-AAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAATCTTATTA
1 AAA-AAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTA
* * * * *
5064 CCT-ACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACATTTTTGA
64 -CTGACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAA
* * *
5127 TTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAGAA-GTGAAG
127 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AACGTGAAG
* * * *
5171 AAAAAGATATCAATTGGTAATAAAAG-TCTATTTAGAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTA
* * * *
5235 CTCG-CTTTCAAA-AGTTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAACTGAAATTTTTTTATATGTTTTA
64 CT-GACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTA
* * ** * *
5298 TTTAAAAT-GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGTAACGTAAAG
126 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* ** * * * * *
5342 AAAAAGGTATCCATTGGCCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGATATCCATT-GATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTTATTA
* * * * * *
5406 CTCATTTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AGTTTTTAATATTTTTAGT
64 CTGACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAAT
* * * * * *
5468 TAAAATAGATAATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAATGTAAAG
128 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
*
5511 AAAAAGATATCTATTG
1 AAAAAGATATCCATTG
5527 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 97, Indels: 59
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.02
169 52 0.09
170 80 0.14
171 333 0.58
172 95 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACT
GACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAA
AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
Found at i:5367 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4679--5528 Score: 973
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
4669 CATTGGTATG
* * *
4679 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT-CGTTTTAAATATTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAC--TTTAAATGTTTTTATA
* * * *
4743 ATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATTAAAATAGATTATAGTTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATG
* * * * * * *
4808 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCCA-TGGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTC
127 TCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGG-TAAGAAAAGTCTATATAGAGTCACCC
* * * *
4872 ATATCTTCAAAAGCCTTATTACTGAATTTAAATAGTTTTATGATCGCATAATTGATTTTAAGTTA
191 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTGAATTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTGA
4937 AATGTTTTTTATATTTTTTTTAAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAA
256 AATGTTTTTTATATTTTTTTTAAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAA
* * *
5002 ATAATATATCCATTGATAA
321 AAAAGATATCCATTGACAA
* * **
5021 AAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAATCTTATTACCTACTTTAAATGTTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTACTTTAAATGTTTTTATAA
*
5086 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAATGT
* * *
5151 CTGCTTCAAGAGAA-GTGAAGAAAAAGATATCAATTGGTAATAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCA
128 CTGCCTCAAGA-AACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATATAGAGTCACCCA
* * ** *
5215 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTCAAA-AGTTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAACTG
192 TACCTTCAAAAGCCTTATTACT-GAATTT-AAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTG
* * * ** *
5278 AAAT-TTTTTTATATGTTTTATTT-AAAA-TGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGTAACGT-A
255 AAATGTTTTTTATAT-TTTT-TTTAAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* *
5339 AAGAAAAAGGTATCCATTGGCCAA
318 AA-AAAAAGATATCCATT-GACAA
* * * * * *
5363 AAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGTTTTTATAA
* * * *
5428 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTA
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATAATAATTGAATGTC
* * * *
5492 TGCCTCAGGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGT
129 TGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGT
5529 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 61, Indels: 32
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 64 0.15
341 65 0.15
342 285 0.66
343 14 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGTTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTG
CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATATAGAGTCACCCATACC
TTCAAAAGCCTTATTACTGAATTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTGAAATGT
TTTTTATATTTTTTTTAAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG
ATATCCATTGACAA
Done.