Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397444.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1576.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17698
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 1232 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:331 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--776 Score: 501
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
1 TTGA
* * ** *
5 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATGCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
70 ATAATCTCATCATTGCTTTTAAGTTGAAA--TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
65 ATAATCTCAGCATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
133 AAAGCCCACCTTAAGAAATATGAAAAAAAGGCCATTTATTGG
129 AAAGCCCACCTTAAGAAATACGAAAAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
175 CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
240 ATAATCTCA-CAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAAACAGATTATATTTG
65 ATAATCTCAGCA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** *
304 AATGCGTACCTTAA-AAA-ACGTAAAAAAAAGTCATTCATTGG
129 AAAGCCCACCTTAAGAAATACG-AAAAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * *
345 TAGGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTATTGGGTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
410 ATAATCT-AGTAATCGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTATAT-TTTTGATTAAAATATATATTATAA
65 ATAATCTCAG-CATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAG-TT-AAA-ACAGATTATAA
* * * * * ** *** * *
472 TTCAATGTCTA-TTTTGGAAA-ACGTGAAGCGAAAGCAATCCATTGG
126 TTGAAAGCCCACCTTAAGAAATAC--GAAAAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * *
517 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCGTTT-AAAAACTTTATTAGTCGCTTTAAAT-GATT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGC-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TT
********** * * *
580 TTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTGGGTTAAAATAGATTAT-AT
63 TTATAATCTCAGCATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTT-AGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * *
643 TTAAATGTCCACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGA
127 TGAAA-GCCCACCTTAAGAAATACGAAAAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * * * *
688 TAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGGTTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
**
753 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
65 ATAATCTCAGCATTGATTTTAAGT
777 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 111, Indels: 49
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 20 0.04
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171 154 0.33
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173 20 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCAGCATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
AGCCCACCTTAAGAAATACGAAAAAAAAGCCATTCATTGG
Found at i:1699 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1063--6072 Score: 2998
Period size: 171 Copynumber: 29.5 Consensus size: 170
1053 NNNNNNNNNN
* * * *
1063 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTATGTTTTTGAGTGCAATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTATATTTTTG-GT-TAAAAT
* *** * * * *
1127 A-TTATAATTGAATGTCTGTTTTA-GAAA-ATGTAAAGCAAAAGTCA-TCAATTGGCAATAGAAG
63 AGTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* ** *** *
1188 TCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTT
125 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * *
1234 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * * * * *
1299 TAATATCTGAATGTCTACCTTTA-AAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAGAGGCCA
65 TTATATTTGAATGTCTACC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
1362 TTTATGGTCACCTATGCCATT-GAAAGACTTCTTACTCACTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * *
1404 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATT-CTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * *
1468 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAAGAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTT
64 G-TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
1532 CATTTATAATTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTC
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
** * *
1576 AAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTCATTTATATTTTTGGTTAAAATATG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-G
* * * * * * *
1641 TAATAGTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCAT
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * *
1706 TTATAGTCATTCAAGCCATCAAAACCCTTATTACTCACTTT
130 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * *
1747 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTCTTTTATA-TTTTGCATTCAAATAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTG-GTTAAAATAG
* ** * *
1811 ATTATATTTAAATGTCTA-CTATAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATCT-GCAACAAAAGGC
65 -TTATATTTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
1874 CATGTATAGTCACGCATGCTTTCGAAAGCCTTATT-CTATTCTTT
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTT
* *
1918 AAATAGTTTTATAATCTTATCATT-ACTTTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGGTT-AAA-A
* * * * * * *
1981 TA-TTATAGTTGAAAGT-TCACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAA
62 TAGTTATATTTGAATGTCT-ACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * *
2043 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
125 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * * *
2089 AAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACA-TTTTGCCTTAAAACAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTG-GTTAAAATAG
* * * ** * ** ** * * *
2153 ATTTTATTTAAATGTTTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTGATTTATTGACAAGAAAAGTTCA
65 -TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
2218 TTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTACTACTTGCCTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
** *
2260 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTATATTTTTTATTGAAAT-G
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * *** * * * * * * *
2323 TATTATAATTGACTGT-TTGTTTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCTAGGT-ATTGGCAATAGAAG-
65 --TTATATTTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * *
2385 CCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTTAGAAGCCTTATTA-TTCACTTT
126 CC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTT
* * * * *
2431 AAAT-GACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT-T-TTTCTAGCTAAAACAG
1 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * ** *
2493 ATAATATTTGAATGTCTACTTTAGGAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ATAAGAGAAGTCCA
65 -TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
2557 TTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAAG-CTTCTTACTCACTCT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * * * *
2599 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGT
* * * * * * * **
2663 GAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATGAA-AAAAAGAACCATTCATTGACAAGAAAAATAT
66 -TATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG--CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * * *
2727 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * ** * * * *
2770 AAATGGTTTGATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTCTATTA-AGTTTCTAGTTAAAATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATA-
* * * * * * *
2834 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG-AA-ATGCAAAGAAAAAGCTATCCATTAGAAAGAAAAGTC
64 GTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * **
2897 CATTTATAGTCTTCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTT
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* *
2941 AAATTA-TTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTCTATTTTTGGTTAAAATAG
1 AAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * ** * *
3005 ATAATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCAAT-GTTATAAAAGTTC
65 -TTATATTTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * ** *
3068 ATTCATGGTCACACATGCCTTCGAAAAG-CTTCTTACTCGCTCT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * *
3111 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * ** * * * * *
3176 GTATAATTGAATGCCTGTCTTAGAAAATATGAAAAAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * * *
3241 TTTATAGTTACTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTCCTTGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
** * * * *
3283 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATT-TTATTACATTTATGATTAAAATA
1 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * ** ***
3346 TATTATAATTAAATGTTTACCTCAGG-AA-ATGCAAAGAAAAAGTTA-TCTATTATTAAGAAAAG
64 -GTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* ** * **
3408 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAATCTCATTACTCGCTTT
125 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * ** * * *
3454 AAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTTTGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTCAAATA--
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGT
* * * * * *
3517 TAT-TAT-AA---CT--C--AAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATT
66 TATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * ** * * *
3573 TATAATCACTTAAGCCTTCGCAAGTCATATTACTCACTTT
131 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * *
3613 AAATGGTATTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * ** * * * * * *
3678 TTATATTTAAATGTCTGCCTCAAAAAATATGAAG-CAAAGCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCTAT
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3742 TTATAGTTAGCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCCTT
130 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * **
3783 AAATGGTTTTATAATCTCATCAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-
* * ** * * ** *
3847 ATTATAATTGAATGT-TTGCTTCAGAAAACATGAAGCAATGGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGTC
64 GTTATATTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** * ** *
3910 CATTTACAATCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * *
3954 AAAT-GCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACATCTTTGGTTAAAACA
1 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * ** * *
4017 GATTATATTTGAATGTGTGCCTTAGAAAACATGAA-AAAAA-CCATTTATTAACAGGAAATGTCC
64 G-TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ***
4080 ATTCATAGTCACCCATTCCTTCGAAATATTTATTACTTACTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * *
4123 AAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-G
* * ** *** * * * ** * * *
4188 TTATAATTCAATGAATGTTTTAGAAAACGTAAAGCGAAAGCAATCCACTGGCAAGAAATA-TCCA
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCA
* * * * * *** *
4252 ATTATAGTTACTCAAGCATTTGGAA-CCTTTATTACTTGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTTACTTT
* *
4294 AAAT-GATTTTATAAT-TAATAATT-AGTTTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTGGGTTAAAAC
1 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGGTT-AAA-
* * * * * * *
4355 ATA-TTATATTTAAATGTCTACCTTTGAAAACGTGAATAAAAAGTCATTCGTT-G-ATAGAAAAA
61 ATAGTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG-AAAA
* ** * *
4417 GCCCATTTATAGTCATTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
124 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * *
4464 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * * *
4528 TTATATTTAAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * *
4593 TTGCAATCACTCATGCCTTTAAAAGCGTTATTACTTACTTT
130 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* ** * *
4634 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTCGCTTATATTTTTGGGTGCAATATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT-GGT-TAAAATA
* *** * * * * *
4699 -TTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATT-G-ATAGTAAAAATC
64 GTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG-AAAAGTC
* * ** **
4761 TATTTATAGTCACTCAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTT
********** * * *
4805 AANNNNNNNNNNATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * * * * **
4870 TAATGTTTGAATGTTTACCTTTGGAAACATAAATAAAAAGCCATTCATT-ATAAGAAAAGTCCAT
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
4934 TTAT-GCTCACCCATGCCTTTGAAAAG-CTTCTTACTCACTTT
130 TTATAG-TCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* *********** * * * *
4975 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
** * **
5040 TTATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAA-AAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTN
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
********* * **
5103 NNNNNNNNNACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* ** * * *
5145 AAATAATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAATT-ATATTCTTTTATGTTTTTTGTTAAAATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-
* * * * ** * * ** * * *
5209 ATTTTAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAATATGAACCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTTC
64 GTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* * * *
5273 ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAATCATTATTAC-TAGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CTTT
* * * * *
5316 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCT---TT-TTTTATTGTTTTTGGCTAAAAGAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAG
* * * *
5377 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGCCC
65 -TTATATTTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * **
5441 ATTTATAATCACATATACCTTCGAAAA-CCCTATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * * * * *
5484 AAATGGTTTTATAACCTCATAGTTGATTTGAAGGTCAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATGGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * * * ** * *
5549 TTATATTTAAATGCCTATCTTAGTAAACA-CAA-AAAAAATCATTCATTGGCAATAAAAGTTCAT
65 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
5612 TTATAGTCACCCATTCCCTT-GAAAGCCTTATTGCTTACCTT
130 TTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * *
5653 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATCGATTTTCAA-TTGAATTCTTTTACACTTTTAGTTAAAATA
1 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * * *
5716 TATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAA-ATGTAAGAAAAAGCTATCCATTGTG-GAGAAAAGT
64 -GTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGT
* * * * * *
5778 CTATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCATTATTACATA-TGTT
126 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACT-TT
* * * * * * * * * * *
5823 -AATTGGTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAATTCATTTTTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * ** * *
5887 ATTATAATTGAATGT-T-CGCTTCA-AAAAGCATGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAATT
65 -TTATATTTGAATGTCTAC-CTT-AGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
5949 CTATTTATAGTCATCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
126 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * ** *
5994 AAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTGTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAA-TA
* *
6058 ATTATATTTAAATGT
64 GTTATATTTGAATGT
6073 TTTCATTGGT
Statistics
Matches: 3730, Mismatches: 914, Indels: 390
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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160 3 0.00
161 3 0.00
162 3 0.00
163 3 0.00
164 2 0.00
166 2 0.00
167 27 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGT
TATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
Found at i:4191 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4148--4192 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
4138 CTCATAATCG
* * *
4148 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
*
4170 ATTTTTAGTTAAAATATATTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
4192 A
1 A
4193 ATTCAATGAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
Found at i:6767 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6498--8071 Score: 1032
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 168
6488 CATCAATAGA
* * ** * * * *
6498 AAAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTAAAATCCTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * * *
6563 TCTCATCATTGCCTTTAGGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATATTTAACTG
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTAA-TG
*
6627 TCTTCCTTAGAAAATGTAAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAG
129 TCTT-CTTAGAAAATGTAAAGAAAA-GCCATTCATTAGCAAG
* * * * *
6669 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
6734 TCTCATAATTAATTTTGAGCTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTTAATGT
* * * * *
6799 CTATTTTAGGAAACATG--AAGCAAAAACCATCCACTAGTAAG
130 CT-TCTTA-GAAA-ATGTAAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * * * * **********
6840 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
6905 TCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTGTTTACA-TTTTGCATTCAAACAAATTATATTTAAATG
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACATATTATATTT-AATG
* * * *** ** *
6969 TCTACTATGGGAAATGTGTCGAAAATATCATTCATCA--ATAG
129 TCTTCT-TAGAAAATGTAAAGAAAA-GCCATTCATTAGCA-AG
* * * *
7010 AAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * * *
7074 ATCTCATCATTGCTTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAAG
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTTAATG
* *
7139 TCCATCTTGAGAAACA--TAAAGAAAATGTCATTCAGTT-GCAAG
129 T-CTTCTT-AGAAA-ATGTAAAGAAAA-GCCATTCA-TTAGCAAG
* * **
7181 AAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
7246 TCTCATAATTAATTTGAAGTTAAATGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAGATTATATGTAAATG
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACATATTATAT-TTAATG
* * *
7310 TTTGTCTCAAGAAACATG-ACAA-AAAAGCTATTCATTAGCAAG
129 TCT-TCT-TAGAAA-ATGTA-AAGAAAAGCCATTCATTAGCAAG
** ** * * *
7352 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTTTTTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *** * * * * *
7417 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTGTTTTTGATTGAAATATATTATAATTGACTG
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTTAATG
* ** * * * * * *
7482 TCTAT-TTTGGGAACGTGAAGCAAAAACTA-ACTATTAGCAAT
129 TCT-TCTTAGAAAATGTAAAG-AAAAGCCATTC-ATTAGCAAG
* * * * * * *
7523 AGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
7588 ACTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTT-CATTTTTGGTTAAAGCAGATAATATTTGAATG
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTT-AATG
* ** * ** *
7652 T-TTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATT-GTAAG
129 TCTT--CTTAGAAAATGTAAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * * * * * **
7693 AGAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTCTTACTCGTTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
7758 TCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTAAAATTGAATGT
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT-ATATTTAATGT
* * *
7823 -TTGCCTTA-AGAGATATAAA-AAAAGAACCATTCATTGGCAAG
130 CTT--CTTAGA-AAATGTAAAGAAAAG--CCATTCATTAGCAAG
* ** * *
7864 AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
7929 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATATCTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTTAATG
* ** * * *
7994 -CATATCTCAGAAAACCTAAAGAAAAAGTCGTTCATTAGTAAG
129 TC-T-TCTTAGAAAATGTAAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAG
*
8036 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
8072 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 263, Indels: 116
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 18 0.02
170 274 0.25
171 589 0.54
172 180 0.17
173 9 0.01
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTAATGTC
TTCTTAGAAAATGTAAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAG
Found at i:7535 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 6484--7964 Score: 1448
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 506
6474 AGGAAAAAGC
* * * *
6484 CATTCATCAATAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTAAAATCCTTATTAATCGCTTT
1 CATTCAGCAATAG--AAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
6549 AAATAGTTTTATAATCTCATCATTGCCTTTAGGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATCATTGCTTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
* * * *
6614 TTAT-ATTTAACTGTCTTCCTT-AGAAA-ATGTAAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
128 TTATAATTGAA-TGTCAT-CTTGAGAAACA--TAAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTC
* * * * * **
6676 TATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
188 CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
6741 ATTAATTTTG-AGCTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATTT
253 ATTAA-TTTGAAGTTAAATGTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTTTGTCT
* * * * * *
6805 TAGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
315 TAAGAAACATGAA--AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTT
* ********** * * *
6869 CAAAACCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTG
378 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * *
6933 TTTACATTTTGCATTCAAACAAATTATATTTAAATGTCTACTATGGGAAATGTGTCGAAAATAT
443 TTTACATTTTGCATTCAAACAAATTATAATTAAATGTCTACTATGGGAAACGTGGCAAAAATAA
* * *
6997 CATTCATCAATAGAAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 CATTCAGCAATAG--AAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
7061 AAATAGTTTTATAATCTCATCATTGCTTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATCATTGCTTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
* * *
7126 TTATAATTGAAAGTCCATCTTGAGAAACATAAAGAAAATGTCATTCAGTTGCAAGAAAAGTCGAT
128 TTATAATTGAATGT-CATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
7191 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT
191 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* *
7256 AATTTGAAGTTAAATGTTTTTACATTTTCTATTAAAACAGATTATATGTAAATGTTTGTCTCAAG
256 AATTTGAAGTTAAATGTTTTTACATTTT-TATTAAAACAGATTATAT-TGAATGTTTGTCTTAAG
* * * * *
7321 AAACATGACAAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTTTTTAAAA
319 AAACATGA-AAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAA
* * * * *
7386 GCCTTACTACTTACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGT
383 GCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT-A
** * * * * * * *
7451 GTTTTTG-ATTGAAATATATTATAATTGACTGTCTATTTTGGG-AACGTGAAGCAAAAACTAA
447 CATTTTGCATTCAAACAAATTATAATTAAATGTCTACTATGGGAAACGTG--GCAAAAA-TAA
* * * *
7512 CTATT-AGCAATAG-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 C-ATTCAGCAATAGAAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
7575 AATGGCTTTATAAACTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTT-CATTTTTGGTTAAAGCAGA
65 AATAGTTTTATAATCTCATCATTGCTTTT-AGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
* * * * * * *
7639 TAATATTTGAATGT-TTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGTAAGAGAAGTCCA
128 TTATAATTGAATGTCAT--CTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
7702 TTTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTCTTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTTATAAT
190 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
* * * *
7767 TAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGCCTTA
255 TAATTTGAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT--ATTAAAACAGATT-ATATTGAATGTTTGTCTTA
* * * * *
7831 AGAGATAT-AAAAAAAGAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTG
317 AGAAACATGAAAAAAAG--CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTTC
* *
7895 AAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTCTT
379 AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
7959 TTACAT
444 TTACAT
7965 ATCTGGTTAA
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 133, Indels: 58
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 19 0.02
512 498 0.62
513 254 0.31
514 16 0.02
515 10 0.01
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (506 bp):
CATTCAGCAATAGAAAGCCCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATCATTGCTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
TAATTGAATGTCATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTT
GAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATATTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATG
AAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTTATT
ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTGCA
TTCAAACAAATTATAATTAAATGTCTACTATGGGAAACGTGGCAAAAATAA
Found at i:8390 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8150--9124 Score: 809
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
8140 TTATAACTCA
* * *
8150 AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTACAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
1 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
8215 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAACATTTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
* *
8280 TCTGCCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
129 TCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
8322 AAAAATACAGTTATAGTCACCCATGCCATCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
8387 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * *
8452 CTGCAT-A-AAAAAAGTCAAGAAAATGTTATTCATTGGCAAG
130 CTGCCTCAGAAAACA-TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
8492 AAAAGTCCATTAATAGTCACACATA-CTTTCGAAAGTCTTATTAGTCACATTAAATAGTTTTCA-
1 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-AT
* * * * * * *
8555 AATCTCGTAATTCATTCTAAGTCGAATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAA
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
*** * * * * *
8620 TGTCTATTTTAAAAAACATGGAGCAAAAGTTATTCATTGG-AGAG
127 TGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AG
*
8664 AAAAGTTCATTTATAGACACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAG-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
8727 AATCTCCTAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAA
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
* * * *
8791 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCCAG
127 TGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* * * *
8835 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAGGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
********** * * * * *
8900 TCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAATTATAGTTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
8965 CTGCCAT-AGGAACCATG-AGAAAAAAGCCATTCATTTGTAANN
130 CTGCC-TCAGAAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAA-G
************* * * * * *
9007 NNNNNNNNNNNNNAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
9072 CTAATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTA
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTA
9125 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 142, Indels: 43
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 99 0.15
171 417 0.65
172 108 0.17
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
TGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
Found at i:10527 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10245--11276 Score: 876
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
10235 NNNNNNNNNN
* * * *
10245 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
10310 AATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGCAAAA-CCA-CCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 AATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
10373 ACTCAAGCCTTCAAAAGCGTAATTAATCACTTTAGATGATTT
130 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * *
10415 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
10479 AATGTTTTCCTTAGCAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
66 AATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** *
10544 CCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
131 CTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * * *
10585 TATAATCTCATAATTGATTTTAA---G---TTTTTTATATTTTTGGTTGAAATATATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * *** * *
10644 AATGTCT-ACTTCAAAAAACATGAAGCAAAATCCATTAAAGGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 AATGTTTGCCTT-AGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ******
10708 ACTCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNN
130 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
**** * * *** * *
10750 NNNNATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTA-GCCTTTTGATTAAAACAGATTATGATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATT
* * ** ***
10814 GAATGTTTGCCTTGGAAAACATAAAAAAAAAATTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 GAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* **********
10879 ACCCAANNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTT
130 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTT
* * * * * *
10921 TATAATCTCATGATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTTAGTTAAATTAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * *
10986 AATGTTTGCCTCT-GTAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTAG-ATAGAGAAGTGCATTTATAG
66 AATGTTTGCCT-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * ** *
11048 TCACTCATGCCTCCAAAAGTATTATTAATTGCCTTAAATGATTT
128 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * * *
11092 TATAATCTCCTAATTGATTTTAAG-TGAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * *
11156 GAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTATCCAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 GAATGTTTGCCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
11220 CACTCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
129 CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
*
11263 TATAATCCCATAAT
1 TATAATCTCATAAT
11277 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 177, Indels: 47
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.01
165 123 0.19
167 1 0.00
168 1 0.00
169 55 0.08
170 117 0.18
171 351 0.53
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
AATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
Found at i:11243 original size:342 final size:334
Alignment explanation
Indices: 10245--11276 Score: 986
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 334
10235 NNNNNNNNNN
*
10245 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAA-TTTTTTATATTTTTGGTT-AAATATATTATAATTG
* * *
10310 AATGTCTGCCT-TGGAAAACATGAAGCAAAACCACCAATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
63 AATGTCTGCCTCT-GAAAACATGAAGCAAAACCATCTATTAG-ATAGAAAAGT-CATTTATAGTC
* * *
10373 ACTCAAGCCTTCAAAAGCGTAATTAATCACTTTAGATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
125 ACTC-AGCCTTCAAAAGCATTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
10438 GTTGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTTCCTTAGCAAACATAAA
189 GTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAA
* *
10503 GAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
254 GAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTA
*
10568 CTTGCTTTAAATGGTTT
319 CTCGCTTTAAAT-GTTT
*
10585 TATAATCTCATAATTGATTTTAA--G--TTTTTTATATTTTTGGTTGAAATATATTATAATTAAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTATATTTTTGGTT-AAATATATTATAATTGAA
* * ** * *
10646 TGTCTACTTCAAAAAACATGAAGCAAAATCCAT-TA-AAGGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 TGTCTGCCTCTGAAAACATGAAGCAAAA-CCATCTATTA-GAT-AGAAAAGTC-ATTTATAGTCA
** * * ********** *
10709 CTCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAACTGATTTTAAG
126 CTC-AGCCTTCAAAAGCATTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*** * * *
10774 TTGAATTTTTCTAGCCTTTTGATTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATAAA
190 TTGAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAA
* ** * **********
10839 AAAAAAATTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAANNNNNNNNNNGCCTTATTA
254 GAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTA
*
10904 CTCACTTTAAATAGTTT
319 CTCGCTTTAAAT-GTTT
* * * * *
10921 TATAATCTCATGATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTTAGTTAAATTAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAA-TATATTATAATTG
* * *
10986 AATGTTTGCCTCTGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAGATAGAGAAGTGCATTTATAGTCA
63 AATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAGCAAAA-CCATCTATTAGATAGAAAAGT-CATTTATAGTCA
* * ** * *
11051 CTCATGCCTCCAAAAGTATTATTAATTGCCTTAAATGATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAG
126 CTCA-GCCTTCAAAAGCATTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
11116 -TGAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATG
190 TTG--AATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-AAACATA
* * * * * **
11179 AAGCAAAAGCTATCCATTATCCAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAGGCCTTCGAAAGCCTTAT
252 AAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTAT
11244 TACTCGCTTTAAATGATTT
317 TACTCGCTTTAAATG-TTT
*
11263 TATAATCCCATAAT
1 TATAATCTCATAAT
11277 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 132, Indels: 42
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 60 0.11
335 78 0.14
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337 1 0.00
339 1 0.00
340 23 0.04
341 10 0.02
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343 12 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (334 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAATATATTATAATTGAAT
GTCTGCCTCTGAAAACATGAAGCAAAACCATCTATTAGATAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAG
CCTTCAAAAGCATTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAG
CTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGTTT
Found at i:12015 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11794--13028 Score: 564
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 168
11784 NNNNNNNNNN
** * *
11794 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * *
11859 TTACTAAAATATATTATAATTGAATATTTAAATTGAGAAACGT-GAAGGAGAAGCCA-TCCATTG
66 TTA-TAAAATAGATTATAATTGAATATTTAAATTG-GAAACATAG-AGAAGAAGCCACT-CATTG
* **
11922 GTATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCGT
127 GCA-AGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCGT
* * * * *
11965 TTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTTTTACATT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATT
* * * *** * *
12030 TTTGATTAAAATAGATTGTAATTGAATCTTTCCCTTGGACACATAGAGAATAAGCCACTCATTGG
64 TTTTA-TAAAATAGATTATAATTGAATATTTAAATTGGAAACATAGAGAAGAAGCCACTCATTGG
* * * *
12095 CAAGAAAAGTGCATTTATATCACCCATGCTTTTGAAAGCGT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATATCACCCAAGCCTTCGAAAGCGT
* * * *
12136 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * **** * ** * *
12201 TGT-TAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCCTTAAGAAATGT-GAAGAA-AAACCTATTCATT
66 T-TATAAAATAGATTATAATTGAATAT-TTAAATT-GGAAACATAG-AGAAGAAGCC-ACTCATT
* * * *
12263 GG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCTTTCGAAAGCCT
126 GGCA-AGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCGT
********** * * * *
12307 TATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** * * *
12371 TTAGTTAAAA-GGAAATATAATT-AATGTCTACTTTGGGAAACAT-GAAAAAAAAGCCATTCATT
66 TTA--TAAAATAG-ATTATAATTGAATATTTAAATT-GGAAACATAG-AGAAGAAGCCACTCATT
* * *
12433 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGCCT
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCAAGCCTTCG-AAAGCGT
* ********* * *
12478 TATTACTCACTTTAAATAGTNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATGATG
1 TATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CAT-
** ** * * * ** * * *
12542 TTGGT-TAATTTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA-TAGAAGTA-AAAGCAA-AATCTA-TC
63 TTTTTATAAAATAGATTATAATTGAATAT-T---TAAATTGGAAACATAGAG-AAGAAGCCACT-
* * * * *
12602 CATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTACGGAAGCAT
122 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCGT
** * *
12650 TATTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTCACATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTT
* * * * ** * *
12713 TATGT-TAAAACA-ATTTATAAATGAATGTCTACCTT-G-AACA-ATGTGAAGAAAAGCCATTCA
65 T-T-TATAAAATAGA-TTATAATTGAATATTTAAATTGGAAACATA-GAGAAG--AAGCCACTCA
* * ** *** * **
12773 TTGGTAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTTATATATATTTGAAAGTAT
124 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCA-A-GCCTTCGAAAGCGT
* * *
12821 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-GTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ** ** * * * * *
12885 AGTT-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATACAGAAAAAGTCATTCCTTGG
66 --TTATAAAATAGATTATAATTGAATATTTAAAT-TGGAAACATAGAGAAGAAGCCACTCATTGG
* *
12949 CAAGAAAAGTCCTTTTATATTCA-CCAAGGCCTTCGAAAGCTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCAA-GCCTTCGAAAGCGT
* *
12991 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
13029 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 207, Indels: 111
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 3 0.00
168 21 0.03
169 62 0.08
170 160 0.20
171 305 0.38
172 143 0.18
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174 16 0.02
175 2 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TTATAAAATAGATTATAATTGAATATTTAAATTGGAAACATAGAGAAGAAGCCACTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATATCACCCAAGCCTTCGAAAGCGT
Found at i:12275 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11630--13028 Score: 962
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
11620 NNNNNNNNNG
** ** * *
11630 CTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATTTCTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
11695 CATATTATAATTTAATGTTTGCCTCTA-GAAACAT-GAA-AAAAAGAAACTATTCATTGGCAAGA
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATAGAAGAAAAAG---CCATTCATTGGCAAGA
* ** * ********** ** * *
11757 AAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAAG
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
11822 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TACTAAAATATATTATAATTGAATAT
192 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGT--TAAAATAGATTATAATTGAATGT
* *** * * * * * *
11886 TTAAATTGAGAAACGTGAAGGAGAAGCCATCCATTGGTATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
255 CTGCCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
*
11950 AGCCTTCGAAAGCGTTTTTACTCA
318 AGCCTTCGAAAGC-TTATTACTCA
* * * * *
11974 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * *
12039 AATAGATTGTAATTGAATCTTTCCCTT-GGACACATAG-AGAATAAGCCACTCATTGGCAAGAAA
64 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
12102 AGTGCATTTATA-TCACCCATGCTTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
12166 CATAATTGTTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGC
194 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-
* *
12231 CCTTAAGAAATGTGAAGAAAAACCTATTCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATG
258 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAG
* *
12294 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCN
320 CCTTCGAAAG-CTTATTACTCA
********* * * * * *
12316 NNNNNNNNNGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
12381 -GGAAATATAATT-AATGTCTACTTTGGGAAACAT-GAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAA
66 TAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *********
12443 GTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTNNNNNNNNNN
130 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATC
* * * **
12508 T-ATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATGATGTTGGTTAATTTAGATTATAATTGAATGTCT
193 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
12572 GCCTCAATAGAA-GTAAAAGCAAAATCTATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
257 GCCTTAAGA-AACGT-GAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * **
12635 TGCCTACGGAAGCATTATTACTTG
318 AGCCTTCGAAAGC-TTATTACTCA
* *
12659 CATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTCACATTTTAT-GTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTT-TGGTTAA
* * * *
12721 AACA-ATTTATAAATGAATGTCTACCTT--G-AACAATGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAG
64 AATAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-AT-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** *** * **
12781 AAACGTCCATTTATAGTCACTTATATATATTTGAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
126 AAAAGTCCATTTATAGTCAC--CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
12846 AATCTCATAATTG-GTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTAGTTTAAAATAGATTATAATTGAAT
189 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
** * * * * * *
12910 GTCTATCTCAAGAAACAT-ACAGAAAAAGTCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATATTCAC-
253 GTCTGCCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
12973 CAAGGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCG
316 CAA-GCCTTCGAAAGC-TTATTACTCA
*
13000 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
13029 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 191, Indels: 83
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.01
340 76 0.09
341 133 0.16
342 319 0.39
343 188 0.23
344 48 0.06
345 8 0.01
346 42 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
TAAGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
AAAGCTTATTACTCA
Found at i:13371 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13069--16072 Score: 2189
Period size: 171 Copynumber: 17.6 Consensus size: 170
13059 TAAACCAATT
* * ** * * *
13069 AAAGCCATCCATTAGGAAGAAAAGTTTATTTGTAGTCACTCA-AGCCTCCGAAAGCCTAATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * * * *
13133 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTATATTTTCGTTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-GGTTAA
* * * *
13198 AATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAGCAAAAAGAA
129 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * *
13240 AAAGCCATCCATTAGTAA-AAGAAGTCTATATATAGTCACTCATACCTTCAAAAGACTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * * *
13304 CGCCTTAATTAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAACTTTTGATTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* * * ** *
13369 AATATATTATGATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAA
129 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * * * * *
13411 AAAACCATTCATTGGTAA-AACAATTCTATATATAGTCACCCA-AGCTTTCGAAAGCCTGATTAC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
13474 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATATCTTTTATATTGTTGGTC
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATT-TTGGTT
* * * * * *
13538 AAATTAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGTAAACGTGAAGCA
127 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACATAAAGAA
* * * * ** *
13582 AAAGCCATTTATTA-CAAATAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTATT
1 AAAGCCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
13646 CACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGTTTTGGTTG
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTGGTTA
* * * * * *
13711 GAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
128 AAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * *
13754 AAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-CAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ********** *
13818 GCTTTAAATGCTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTGGTTAAA
* * * * *
13883 TTAGATTATATTTAAATCTCTGCCTTAGGAAACATGAAA-ATA
130 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAT-AAAGA-A
* * * * * ** * *
13925 AAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTT
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * **
13989 TCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTTTAAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTT-AAA
* * * * * *
14053 ATATATTATAATTGAATATCTACCTTAATAAACGTGAAGAA
130 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * *
14094 AAAGCTATCCA-TAGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C-TAAGCGTTCGAAAGCCTTTTTA
1 AAAGCCATTCATTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-A-CCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
14156 CTCACTTTAAATGGTTATATAATCTCATAACTT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGAT
63 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * ** ** **
14220 TAAAACATATTATAATTGAATCTCCACCTTGGGAAACATGGAGAA
126 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * * *
14265 TAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
********** * *
14330 ACTTTAAATGG-TTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTTGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* * *
14394 AACAGATTATAATT-AATTGTCTGCCTTGAA-AAATATGAAGAA
129 AATAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTT-AAGAAACATAAAGAA
* * * * * * * * * * * *
14436 AAAGCTATTCATT-GGAGATAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGACTTGTTATT
1 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * * *
14500 CGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* * * *
14565 AAGT-GAATGTAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAGAA
129 AA-TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATAAAGAA
* * * * ** * *
14607 AAAACCATTTATTCGTAAGAAAAGTTTATTTATAGAT-AC-CAAAGCCTTCGAAAAGTCTTATTA
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATA-CCTTCG-AAAGCCTTATTA
* * * *
14670 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-ATTTTAAAGTTGAATTGTTTTATGTTGTTGGT
63 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGT
* * * *
14734 TAAATTAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAGTAAA-AGTAAAGCA
126 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACA-TAAAGAA
* * * * * *
14779 AAAGCCATCCATTAG-AGAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTACGAAAGCATTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
14843 CGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTG-ATTTTTTTAACATTTTTTGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATA-TTTTGGTTA
* ** * *
14907 AAATA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAATGTGAAGAG
128 AAATAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * *** * *
14949 ATAGCCATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTCATGTATTCGAAAGCATTATTAATC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
15014 ACTTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* * * * **
15078 CACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGTAGAA
129 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * ** * * *
15120 AAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTTTTTATA-TAAACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
15183 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTGGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTA
* * * *
15248 AAATAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAACGTAGAGTA
128 AAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATAAAGAA
* * * * * * *
15291 AAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTGTTGTTACTCA-AGCCTCCGAAAGCCTTATTAG
1 AAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
**
15354 TCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTA
* * *** *
15419 AAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAATGCAAAGAG
128 AAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * *
15462 AAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACT
1 AAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ** * *
15526 CGCTTTAAAT-AATTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAA
* ** ** * *
15589 AATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAA
129 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
* * * * * * *
15631 AAAGTCATAT-ATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAATCACCCA-AGCCTTCGAAAAGCCTTATTA
1 AAAGCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCG-AAAGCCTTATTA
* * * * *
15694 CT-AGTATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTATTTTATGTGTTGGTT
63 CTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTT
* * * * * *
15758 AAATTAGGTTATAGTTGAATATCTGCCTT-AGTAAA-AGTAATGCA
127 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACA-TAAAGAA
* * * * * * * **
15802 AAAGCCATCCACTAG-AGAGAAAAATCTATTTATAGTCCCTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACT
1 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
15866 CACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATATTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTGGTTA
* * * * * *
15931 AAACA-ATTTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAATATGATGAG
128 AAATAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATAAAGAA
* * * * * * *
15974 AAATCCATTCATTAGAAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
*
16039 GCTTT-AATCGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
66 ACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
16073 ATGTCTACAT
Statistics
Matches: 2255, Mismatches: 486, Indels: 183
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 118 0.05
170 466 0.21
171 1268 0.56
172 389 0.17
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAA
TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAA
Found at i:13944 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 13674--14005 Score: 307
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
13664 AATTTCATAA
* * *
13674 TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGTTTTGGTTGGAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTC
1 TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGTTTTGGTTGGAATAGATAATATTTAAATCTCTGCCTC
* * * *
13739 AAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTC
66 AAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTTA
*
13803 CAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTAT
131 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTAT
* * * *
13835 NNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TATTTGGTT-TAATTAGATTATATTTA
1 ----------TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGT-TTTGGTTGGAA-TAGATAATATTTA
* * * *
13897 AATCTCTGCCTTAGGAAACATGAAA-ATAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAAT
54 AATCTCTGCCTCAAGAAACAT-AAAGA-AAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAAT
* * * * *
13960 CACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTTTCTTTAAATGGTTTTAT
117 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTAT
14006 AAGCTCATAA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 80 0.59
171 52 0.39
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGTTTTGGTTGGAATAGATAATATTTAAATCTCTGCCTC
AAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTTA
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTAT
Found at i:14337 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 13085--16072 Score: 2261
Period size: 512 Copynumber: 5.8 Consensus size: 513
13075 ATCCATTAGG
** * * * * ** *
13085 AAGAAAAGTTTATTTGTAGTCACTCAAGCCTCCG-AAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
13149 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTATATTTTCGTTTAAAATATATTGTAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGA
* * * * * * * * * * *
13214 ATGTCTGCCTTAAGAAGCAAAAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAA-AAGAAGTCTATATATAGTCA
131 ATGTCTACCTTAGGAAACATAGAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
13278 CTCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCCTTAATTAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAG
195 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * ** * *
13343 TTCAATTTTTTTAAACTTTTGATTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAA
259 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAATATGAA
* * * * * * ** * * *
13408 GAA-AAAACCATTCATTGGTAA-AACAATTCTATATATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTGAT
324 -AAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
13471 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATATCTTTTATATTGTTG
387 TATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * * ***
13535 GTCAAATTAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGTAAACGTGAAGCAAAAGCCATTTATTACA
451 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGT
* * * * ** *
13598 AATAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCG-AAAGTATTATTATTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * * *
13662 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAGTTTTGGTTGGAATAGATAATATTTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
* * * * * * * * * *
13727 AATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 AATGTCTACCTTAGGAAACATAGAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** **********
13792 CCCATGCCTTC-CAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAG
195 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
13856 TTGAATTTTTTTATATATTTGGTTTAATTAGATTATATTTAAATCTCTGCCTTAGGAAACATGAA
259 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAATATGAA
* * * * *
13921 AATAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
324 AAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
13986 TTTTCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-TTT
389 TTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * *
14049 AAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTAATAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATAGGT
454 -AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGT
* * * * *
14110 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCGTTCG-AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTAT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
14174 ATAATCTCATAACTT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGATTAAAACATATTATAATTG
66 ATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
* * * * * * *
14238 AATCTCCACCTTGGGAAACATGGAG-AATAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATATATAGTC
130 AATGTCTACCTTAGGAAACATAGAGCAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **********
14302 ACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG
194 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
14367 TTGAATATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTCTGCCTT-GAAAAATATG
259 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTTAG-GAAATATG
* * * * * *
14431 AAGAA-AAAGCTATTCATTGG--AGATAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGACT
322 AA-AAGAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
14493 TGTTATTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTT
384 TATTATTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
14557 TTAGTTAAAAGTGA-A-TGTAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAGAAAAAACCATTTAT
448 TTAGTTAAAA-T-ATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCAT
*
14619 TCGT
510 TGGT
** * * *
14623 AAGAAAAGTTTATTTATAGAT-ACCAAAGCCTTCGAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
14687 TATAATCTCATAACT-ATTTTAAAGTTGAATTGTTTTATGTTGTTGGTTAAATTAAATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
* * * * *
14751 GAATGTCTGCCTCAGTAAA-AGTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA-AAAAGTCCATTTATA
129 GAATGTCTACCTTAGGAAACA-TAGAGCAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
14813 ATCACTCATGCCTACGAAAGCATTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
191 GTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
14878 TAATTTG-ATTTTTTTAACATTTTTTGTTAAAATA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAA
255 TAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGA-TTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAA
* * * ** * *
14940 TGTGAAGAGATAGCCATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTCATGT-ATTCGAAAGC
318 TATGAAAAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGC
* * * *
15004 ATTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
382 CTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** *
15068 TTTTAGTTAACACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGTAGAAAAAG-TCATTCAT
446 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCAT
*
15132 TGGC
510 TGGT
* ** * *
15136 AAAAAAAGTCTTTTTATA-TAAACCCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
15199 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
** * * * * * *
15264 AATGT-TTGCTTCAAGAAACGTAGAGTAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTGTTGT
130 AATGTCTACCTT-AGGAAACATAGAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
15327 TACTCA-AGCCTCCGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
193 CACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
15391 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGC-CTACCTTAAG-AA-A
256 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAAT-CTCTACCTTAGGAAATA
* * * *
15453 TGCAAAGAGAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGT
320 TG-AAA-AGAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * **
15517 CTTATTACTCGCTTTAAAT-AATTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
382 CTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* **
15580 TTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATAT-A
447 TTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-AT-TCA
15642 TTGGT
509 TTGGT
* * * *
15647 ATGAAAAGTTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACT-AGTATTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTT
* * * * * ** *
15711 TATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTATTTTAT-GTGTTGGTTAAATTAGGTTATAGTTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
* * * * * * * *
15775 AATATCTGCCTTAGTAAA-AGTA-ATGCAAAAGCCATCCACTAG-AGAGAAAAATCTATTTATAG
130 AATGTCTACCTTAGGAAACA-TAGA-GCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * * *
15837 TC-CCTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATATTTGATTT
192 TCACC-CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * ** *
15901 TGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-ATTTATAATTGAATGT-TTGCTTCAAGAA
255 TAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TTATAATTAAATCTCTACCTT-AGGAA
** * * * ** * * **
15964 ATATGATGAGAAATCCATTCATTAGAAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
317 ATATGAAAAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * *
16029 ATTATTACTCGCTTT-AATCGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
382 CTTATTATTCTCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
16073 ATGTCTACAT
Statistics
Matches: 1982, Mismatches: 408, Indels: 169
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 13 0.01
511 349 0.18
512 683 0.34
513 623 0.31
514 283 0.14
515 30 0.02
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGA
ATGTCTACCTTAGGAAACATAGAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAATATGAAAA
GAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATT
CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGT
Found at i:16383 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16096--16590 Score: 532
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
16086 GAAACATGCA
* * * ** * * * * * *
16096 AAAAAGTCATTCATTGGTATGAAAAGTCTTTTTATAGCCACC-CAGACCTTCGAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTG
* * * *
16160 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
* ** * *
16225 AAAACATATTATAGTTGAATGT-TTTCTTCAGGAAA-CATGGAG
130 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT-A-AAAACCATGAAG
* * * * *
16267 TAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTTCATTTACAGTCA-CTCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTG
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTG
16331 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
16396 GAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAACCTTGAAG
130 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAACCATGAAG
** * * * *
16438 AAAAAGCTGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCATTATTAG
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATT-G
* * * * * * *
16503 -TCACTTTCAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAATATTTTTAGTT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
*
16567 AAAATATATTATAATTGAATGTCT
130 AAAACATATTATAATTGAATGTCT
16591 GGTTTAGGAA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 49, Indels: 12
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 256 0.95
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAACCATGAAG
Found at i:16521 original size:466 final size:467
Alignment explanation
Indices: 15629--16538 Score: 1048
Period size: 466 Copynumber: 2.0 Consensus size: 467
15619 AAACGTGAAG
*
15629 AAAAAGTCATATATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGTCATATATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAACCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTA
* *
15694 CTAGTATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTATTTTATGTGTTGGTTA
66 CTAGTATTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTACGTTAAATTATTTTATGTGTTGGTTA
** * *
15759 AATTAGGTTATAGTTGAATATCTGCCTTAGTAAAAGTAATGCAAAAGCCATCCACTAGAGAGAAA
131 AAACAGATTATAGTTGAATATCTGCCTTAGGAAAAGTAATGCAAAAGCCATCCACTAGAGAGAAA
* * * * *
15824 AATCTATTTATAGTCCCTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCT
196 AATCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCT
* *
15889 AATATTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAATTTATAATTGAATGTTT
261 AATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAATTTATAATTGAATGTTA
* * * * * * *
15954 GCTTCAAGAAATATGATGAGAAATCCATTCATTAGAAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGC
326 CCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * *
16019 CTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAATCGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTATGTCTACATC
391 CTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATCAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTATGTCTACATC
16084 AAGAAACATGCA
456 AAGAAACATGCA
* * *
16096 AAAAAGTCAT-TCATTGGTATGAAAAG-TCTTTTTATAGCCACCC-AGACCTTCG-AAAGTCTTA
1 AAAAAGTCATAT-ATTGGTATGAAAAGTTC-ATTTATAACCACCCAAG-CCTTCGAAAAGCCTTA
* * *
16157 TTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACAT-TTT
63 TTACTAG-TATTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTACGTTAAATTATTTT--ATGTGT
* * ** * * * *
16220 TGGTTAAAACATATTATAGTTGAATGT-TTTCTTCAGGAAACA-TGGA-GTAAAAGCCATTCATT
125 TGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTGCCTT-AGGAAA-AGT-AATGCAAAAGCCATCCACT
* * * * *
16282 GGCA-AG-AAAATTTCATTTACAGTCACTCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGG
187 AG-AGAGAAAAATCT-ATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
16345 TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ACGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGA-TTA
250 TTCTATAATCTAATAATTGATTTTGA-GTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-ATTTA
** * *
16407 TAATTGAATGTCTACCTT-AA-AAACCT-TGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
313 TAATTGAATGT-TACCTTCAAGAAA--TATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCAT
* *
16469 TTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCATTATTAGTCACTTTCAGT-AGTTTTATAATCTCATAA
375 TTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTT-AATCAGTTTTATAATCTCATAA
16532 TTGATTT
438 TTGATTT
16539 TAAGTTGATT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 53, Indels: 37
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
465 4 0.01
466 201 0.54
467 162 0.44
468 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (467 bp):
AAAAAGTCATATATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAACCACCCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTA
CTAGTATTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTACGTTAAATTATTTTATGTGTTGGTTA
AAACAGATTATAGTTGAATATCTGCCTTAGGAAAAGTAATGCAAAAGCCATCCACTAGAGAGAAA
AATCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCT
AATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAATTTATAATTGAATGTTA
CCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
CTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATCAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTATGTCTACATC
AAGAAACATGCA
Done.