Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399164.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2436.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Warning! 1456 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:974 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 375--1015 Score: 583
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
365 NNNNNNNAAT
* * *
375 TTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-CTGAAGAAACATGA
1 TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTG-AGAAACGTGA
* * * *
438 AGAAATAGATACCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCGATGCCTTCAAAAGCCTTG
65 AGAAATAAATAACCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCGATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * **
501 TTACTCACTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATCAGTGCTAAG
128 TTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTACTTTTAAG
* *
545 TTGAACTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGT-AA
1 TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTGAGAAACGTGAA
* * * * **
609 GGAAA-AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTA-ATCCTTTGAAAGCCTTA
66 -GAAATAA-ATAACCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATA-CCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
671 TTACTCGCTTTAGAT-AGTTTTTTAATCTCATAGTTACTTTTCAG
128 TTACTCACTTTAAATGA-TTTTTTAATCTCATAATTACTTTTAAG
** *
715 TTGAACTTTTTTATATTCATTATTAAAACAGATTATAATT-ACACGT-T-TACCTCGAGAAACGT
1 TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGT-CCT-GAGAAACGT
********** * * * *
777 GAAGAAANNNNNNNNNNTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCGATACCTTCAAAAGTCATA
63 GAAGAAATAAATAACCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATACCTTCAAAAGCCTTA
* *
842 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAT
128 TTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATT-ACTTTTAAG
** * * * *
886 TTGAGGTTTTTTATATTTTTTATGAAAACAGATTATATTTGAATGT-TTTCCCTGAGAAACTTGA
1 TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-CCTGAGAAACGTGA
* * * *
950 AGACAA-AAATAACCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTAT
65 AGA-AATAAATAACCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATACCTTCAAAAGCCTTAT
1014 TA
129 TA
1016 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 76, Indels: 39
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.01
170 143 0.38
171 213 0.57
172 14 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTGAGAAACGTGAA
GAAATAAATAACCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATACCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTACTTTTAAG
Found at i:3674 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3149--4923 Score: 986
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 168
3139 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3149 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATTAGTGACCATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** ** * *
3214 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGACAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAN
66 CCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAATAA-
********* * * **
3279 NNNNNNNNNAAAA-TTCAAATTAAAAATCAATTAGGAGGCTA
129 AAAATATAAAAAAGTTTAAATT-AAAAT-AATTATGAGATTA
* * * * * * * ***
3320 CAAAA-TCATTGAAGGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTNNN
1 -AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
******* * * * *
3384 NNNNNNNGGATATCTTTTTCCTCAAGTTTCTCGGGGAAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATA
64 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAATA
* ********
3449 AAAAATATAGAAAAA-TTCAAATTAAAACTAATTANNNNNNNNN
128 AAAAATATA-AAAAAGTTTAAATTAAAA-TAATTA-TGAGATTA
* * * * * * * *
3492 NAAATTATTTAAAGCGAGTAATAGGGATTTTGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * *
3557 CTAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAATGTGTAATTATAATCTGTTTTAATGAT
66 CCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACAT-TAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * *
3622 AACTATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTAACTATGAGATTA
130 AAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAA-TAATTATGAGATTA
* ********** *
3662 AAAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGNNNNNNNNNNCCATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** *
3727 ACCAATGGATATCGTTTTCTTCATGTTGCTCTAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATAA
65 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAATAA
* *
3792 AAAATATAAAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAAT-AATTATGAGATTA
* ***********
3833 TAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 -AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
3897 TGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAAACATACAATTA-AATTCAGTTTTAAT
64 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACAT-TAATTATAA-TCTGTTTTAAT
* * * * *
3961 AATAAATATAAAAAAGTTTAACTAAAAATTAAGTATGAGAGTA
127 AAAAAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAA-TAATTATGAGATTA
*********** * *
4004 AAANNNNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATCAATGGACTTTTCTT
1 AAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
4069 GCCAAAGTATATCTTTTTTTTTATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAATA
65 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAA-ACATT-AATTATAATCTGTTTTAATA
********** *
4133 AAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAAAACTAATTATAAGATTAA
128 AAAAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAA-TAATTATGAGATT-A
* * * * *
4176 AAAAGC-ATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGG-CTTTTTT
1 AAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCT
* * * * *
4239 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
64 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAATA
********* * *
4304 AANNNNNNNNNNAAA-TTTAAATTAAAATCAATTATAAGGTTA
128 AA-AAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAAT-AATTATGAGATTA
* * * * * * *
4346 TAAAATTTTTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATTGGTGAATATTAATGGACTTTTCTT
1 -AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
4411 GCCAATGGATATTTTTTTCTTCAAGTTTCTCGGGGAAAACATTCAATTATAACCTTTTTTCATAA
65 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAATAA
** *
4476 AAAATATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
129 AAAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAAT-AATTATGAGATTA
********** * * * * *
4517 TNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTTTT
1 -AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
4582 GCTAATGGATATCTTTTTCTTCACA-TTTCTCGAGGTAAACGTGTAATTATAATATGTTTTAATA
65 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCGAGGTAAACAT-TAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * * *
4646 ATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTAACTATGAGATTAA
128 AAAAATATAAAAAAGTTTAAATTAAAA-TAATTATGAGATT-A
* * *
4689 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
4754 CCAATGGATATCTTTTTCTT-AATGTTTCTC-AGG-ACAGACGTTTAATTATAATCTGCTTTAAT
66 CCAATGGATATCTTTTTCTTCAA-GTTTCTCGAGGTA-A-AC-ATTAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *********
4816 AACAAATATAAAAAAGTTCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTAA
127 AAAAAATATAAAAAAGTTTA-AATTAAAATAATTATGAGATT-A
* * * *
4860 AAAAGC-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
4924 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 350, Indels: 83
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 30 0.02
171 1045 0.86
172 135 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATTAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
AATATAAAAAAGTTTAAATTAAAATAATTATGAGATTA
Found at i:3846 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3391--4923 Score: 1171
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
3381 NNNNNNNNNN
* * * *
3391 GGATATCTTTTTCCTCAAGTTTCTCGGGGAAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATA
1 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* * * ********** * *
3456 TAGAAAAATTCAAATTAAAA-CTAATTANNNNNNNNNNAAATTATTTAAAGCGAGTAATAGGGAT
65 TAAAAAAACTCAAAGTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
* * *
3520 TTTGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTC
129 TTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTC
** * *
3585 TCGAGGTAAATGTGTAATTATAATCTGTTTTAATGATAACTATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTA
194 TCGAGGTAAACATGTAATTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTA
* ********** *
3650 ACTATGAGATTAAAAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGNNNNNNNNNNCCATAAA
259 ACTATGAGATTAAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAA
3715 TGGACTTTTCTTACCAAT
323 TGGACTTTTCTTACCAAT
* * *
3733 GGATATCGTTTTCTTCATGTTGCTCTA-GACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAAAT
1 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * * *
3797 ATAAAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
64 ATAAAAAAACTCAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
********** * * *
3862 TTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTT
129 TTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTT
* ** * * *
3926 CTCGAGATAAACATACAATTA-AATTCAGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTAAAAAT
193 CTCGAGGTAAACATGTAATTATAA-TCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAAG
* * *********** * *
3990 TAAGTATGAGAGTAAAANNNNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATC
257 TAACTATGAGATTAAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATA
* *
4055 AATGGACTTTTCTTGCCAAA
321 AATGGACTTTTCTTACCAAT
* * * * *
4075 GTATATCTTTTTTTTTATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAATAAAAAATA
1 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
********** * * * *
4140 TAAAAANNNNNNNNNNAAAA-CTAATTATAAGATTAAAAAAGCATTTAAAACGAGTAATAA-GAC
65 TAAAAAAACTCAAAGTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-
* * * * * * * *
4203 TTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGGCTTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT
128 TTTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTT
* * * * ******** *
4268 TTCAAGGCAAACAT-TCAATTATAGTCTGTTTTAATAA-ANNNNNNNNNNAAA-TTTAAATTAAA
193 CTCGAGGTAAACATGT-AATTATAATCTGTTTTAATAATA--AATATAAAAAAGTTTAACTTAAA
* * * * * * * * *
4330 A-TCAATTATAAGGTTATAAAATTTTTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATTGGTGAAT
255 AGT-AACTATGAGATTA-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACT
* *
4394 ATTAATGGACTTTTCTTGCCAAT
318 ATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* * * * * *
4417 GGATATTTTTTTCTTCAAGTTTCTCGGGGAAAACATTCAATTATAACCTTTTTTCATAAAAAATA
1 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* ********** *
4482 TAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TAAAAAAACTCAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
*
4547 TTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACA-TTTC
130 TTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCA-AGTTTC
* * * *
4611 TCGAGGTAAACGTGTAATTATAATATGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTA
194 TCGAGGTAAACATGTAATTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTA
*
4676 ACTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAA
259 ACTATGAGATT-AAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAA
*
4741 TGTACTTTTCTTACCAAT
323 TGGACTTTTCTTACCAAT
* * * * * *
4759 GGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAGGACAGACGTTTAATTATAATCTGCTTTAATAACAAATA
1 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
** ********** * * * *
4824 TAAAAAAGTTCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
65 TAAAAAAACTCAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
* * *
4889 TTGAAGGCATCGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
130 TTGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
4924 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 272, Indels: 48
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 15 0.02
342 864 0.97
343 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
AAAAAAACTCAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
TGAAGGTATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTC
GAGGTAAACATGTAATTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTAAC
TATGAGATTAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTACCAAT
Found at i:4878 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 3149--4923 Score: 1270
Period size: 513 Copynumber: 3.5 Consensus size: 502
3139 NNNNNNNNNN
* * * *
3149 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATTAGTGACCATAAATGAACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTA
* * * *
3214 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGACAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
65 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
******** * * * ** * * *
3278 NNNNNNNNNNAAAATTCAAATTAAAAATCAATTAGGAGGCTACAAAATCATTGAAGGCGAGTAAT
130 --AAATATAAAAAATTTAAAGT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ********** *
3343 AAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGGATATCTTTTTCCTCA
192 AAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
3408 AGTTTCTCGGGGA-AAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAGAAAAATTCAAATT
257 AGTTTCTC-GAGATAAACATACAATTAAATCCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAATA
* ** * * *** * * *
3472 AAAA-CTAATTANNNNNNNNNNAAATTATTTAAAGCGAGTAATAGGGATTTTGAAGGTATTGGTG
321 AAAATC-AAGTA--------TGAGAGTAAAAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTG
* *
3536 ACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAATGTGTA
377 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCAA-TTTCTCGAGGTAAACGTGTA
* * * *
3601 ATTATAATCTGTTTTAATGATAACTATAAAAAAGTTTAACTTAAAAGTAACTATGAGATTAA
441 ATTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTAACTATGAGATTAA
* * ********** *
3663 AAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGNNNNNNNNNNCCATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTA
* * * *
3728 CCAATGGATATCGTTTTCTTCATGTTGCTCTA-GACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATAA
65 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
*
3792 AAAATATAAAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
129 AAAATAT-AAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
********** * * * *
3857 AGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCAC
193 AGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAA
* * ** * *
3922 GTTTCTCGAGATAAACATACAATTAAATTCAGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTTAACTAAA
258 GTTTCTCGAGATAAACATACAATTAAATCCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAATAAA
* **** * * *
3987 AATTAAGTATGAGAGTAAAANNNNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
323 AATCAAGTATGAGAGTAAAA--------AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTGACT
* * * * * * * * * *
4052 ATCAATGGACTTTTCTTGCCAAAGTATATCTTTTTTTTTATGTTTCTCAAGG-AAGACAT-TCAA
380 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCA-ATTTCTCGAGGTAA-ACGTGT-AA
* * ********** * * *
4115 TTGTAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAAAACTAATTATAAGATTAA
442 TTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTAACTATGAGATTAA
* * * * * *
4176 AAAAGC-ATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGGCTTTTTTT
1 AAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT
* * *
4240 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGG-CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
64 ACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
******** * * * ** *
4304 AANNNNNNNNNNAAATTTAAATTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAATTTTTTAGAGCGAGTAAT
129 AA--AATATAAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
4369 AAAGCTTTTGAAGGCATTGGTGAATATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTTCTTCA
192 AAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * ** *
4434 AGTTTCTCGGGGA-AAACATTCAATTATAA-CCTTTTTTCATAAAAAATATAAAAAAACTCAAAT
257 AGTTTCTC-GAGATAAACATACAATTA-AATCCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAAT
* * * ***
4497 TAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTG
320 AAAAATCAAGTATGAGAGTA--------AAAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTG
* *
4562 ACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACGTGTA
377 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCA-ATTTCTCGAGGTAAACGTGTA
*
4627 ATTATAATATGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTAACTATGAGATTAA
441 ATTATAATCTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTGAAAAGTAACTATGAGATTAA
*
4689 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTA
* * * * *
4754 CCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTC-AGGACAGACGTTTAATTATAATCTGCTTTAATAA
65 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* ********** * * *
4818 CAAATATAAAAAAGTTCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAACA
130 -AAATATAAAAAA-TTTAAAGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
4883 AGGCTTTTGAAGGCATCGGT-AACTATAAATGGACTTTTCTT
193 AGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTT
4924 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 272, Indels: 79
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 4 0.00
512 19 0.02
513 797 0.84
514 126 0.13
515 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (502 bp):
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTAC
CAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
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Done.