Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397445.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1592.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17664
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.13, T:0.30
Warning! 2741 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2346 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1815--4142 Score: 2225
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 170
1805 NNNNNNNNNN
* *
1815 TAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** *
1880 TGTCTGTCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
65 TGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
1944 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTC
129 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** ** *
1986 TAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTCTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
2050 GTGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAACTGATTCATTGATATGAAAAAGTTCATTTATAGTT
65 -TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2114 ACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
127 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
2158 TAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * ** *
2223 GTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCC
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
2288 ATTCCTTCAAAAGCCTTGTTATTCACTTTAAATAGTTTTA
131 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
2328 TAATTTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAGTT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * *
2392 GTGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTGATTAATTGATAA-AAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 -TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
2456 CCATACCTT-ACAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
129 CCATGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
2498 TAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTAAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
2563 GTCTGCCTTG-G-CACA-CAAGAAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCC
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
2625 CACGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
2666 TAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATACTTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
2730 AATGTTTGCCTCGAG-AACATAAAG-AAAAGCCCATTCATTTG-CAGGAAAA-ACTCATTTATAG
63 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCA-TTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAG
* * * * *
2791 TCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
125 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2837 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
2902 TGTCTATCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTACAGTCACC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
2966 CATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTG
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
3007 TAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
3072 TGTATGCCTCTGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-
65 TGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
3135 CCTTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTTAGTTTTA
129 CCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGGTTTTA
* * * * * *** * * *
3179 GAATATCATAATTGATTTT-AGCTGGTATTTTTTTACATTTCTCAATAAAATATATTAAAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * ***
3243 ATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TCTATAGGC-ATAAAATTTTTTATTATAGT
64 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGT
* * * * ** *
3305 CACTCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
126 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * **
3350 TAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTGCAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * **
3415 TGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
3480 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
3521 TAATCTCATAATTGATGTTAAGTTTAAGGTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
3586 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAGAGTCCATTTACAGTCACT
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** ** *
3651 CAAACCTT-TGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
3691 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * *
3756 TATCTGCCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* **
3821 TATTTCTTCAAAAG-CTATATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
130 CATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
3862 TAATCCCATAATTGACTTTAGGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
3926 GTGTCCACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAG-GATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCA
65 -TGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
3990 CCTATGCCTTC-AAAG------------CTTTAAATGGTTTTA
128 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4020 TCATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGATT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
4084 TTCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAAGCCCATTTATAG
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAG
4143 CCTTCTATGT
Statistics
Matches: 1785, Mismatches: 319, Indels: 121
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.00
156 62 0.03
157 13 0.01
158 35 0.02
166 5 0.00
167 19 0.01
168 76 0.04
169 43 0.02
170 536 0.30
171 753 0.42
172 235 0.13
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:3098 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1815--4120 Score: 2060
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 341
1805 NNNNNNNNNN
* * * *
1815 TAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** *
1879 ATGTCTGTCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC
65 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-AATTATAGTC
* * **
1942 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTTG
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * *
2007 GTTGAATTTTCTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTACCTTGAGAAACATG
193 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTCGAGAAACATG
* * * * *
2071 AA-AAAAAACTGATTCA-TTGATATGAAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCTTTCAAAAGCCT
257 AAGAAAAAGC-CATTCATTTG-CATGAAAAAG-TCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCT
*
2134 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
318 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
2158 TAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** *
2222 TGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTAATAGTCAC
66 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATT-ATAGTCAC
* * * * *
2286 CCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTATTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAGG
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
2350 TTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAGTT-AAGTGTCTACCTTGAAAAACGTGA
194 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTCGAGAAACATGA
** * *
2414 AGAAAAAGTGATT-AATTG-ATAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTT-ACAAAGCCTT
258 AGAAAAAGCCATTCATTTGCATGAAAAAGTC-ATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCA-AAAGCCTT
*
2475 ATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
319 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
2498 TAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGA-ATCTTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
2562 TGTCTGCCTTG-G-CACA-CAAGAAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGC
66 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAC
** * * *
2624 CCACGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGC
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * *
2688 TTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAG-AACATAA
194 TTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGA
* * * *
2752 AG-AAAAGCCCATTCATTTGCAGGAAAAACTCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
258 AGAAAAAG-CCATTCATTTGCATGAAAAAGTCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
*
2816 TACTCGCTTTAAATGGTTTTA
321 TACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2837 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
2902 TGTCTATCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTACAGTCACC
66 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACC
* * * * *
2966 CATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTGTAACCTCATAATTAATTTTAAGTT
131 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
3031 GAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGCCTCTGA-AAACATGAAG
196 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-GAGAAACATGAAG
* * * * *
3095 AAAAAGCTATTCA-TTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTTAGCCTTCGAAAGCCTTATT
260 AAAAAGCCATTCATTTGCATGA-AAAAGT-CATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
3158 ACTCACTTTAATTTAGTTTTA
322 ACTCACTTTAA-ATGGTTTTA
* * * * * *** * *
3179 GAATATCATAATTGATTTT-AGCTG-GTATTTTTTTACATTTCTCAATAAAATATATTAAAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG-A-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * ** * *
3242 AATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TCTATAGGCATA-AAATTTTTTATTATAG
64 AATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTCTAATTATAG
* ** * * ** *
3304 TCACTCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATGTCATAATTGATTT
126 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ** *
3368 TAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTGCAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACA
190 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACA
* * * *
3433 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
255 TGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCATGAAAAAG-TCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCT
*
3497 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
318 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
3521 TAATCTCATAATTGATGTTAAGTTTA-AGGTTTTTACT-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGA-TTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * * *
3584 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAGAGTCCATTTACAGTCA
64 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCA
* ** ** * *
3649 CTCAAACCTT-TGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
3713 TTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAGAAACTTGAA
194 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAA
* * * ***
3778 GAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAG-CTATAT
259 GAAAAAGCCATTCATTTGCATGAAAAAGT-CATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCT-TAT
3841 TACTCACTTTAAATGGTTTTA
321 TACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
3862 TAATCCCATAATTGACTTTAGGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * *
3926 GTGTCCACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAG-GATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATATATAGTC
66 -TGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAAT-TATAGTC
* * * *
3989 ACCTATGCCTTC-AAAG------------CTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAA
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
4041 GCTGAA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG-ATTTTCTACATTGGGAAACATG
193 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCTCGAGAAACATG
4103 AAGAAAAAGCCATTCATT
257 AAGAAAAAGCCATTCATT
4121 GACTAAAAAA
Statistics
Matches: 1614, Mismatches: 286, Indels: 142
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 50 0.03
328 8 0.00
329 40 0.02
337 11 0.01
338 105 0.07
339 116 0.07
340 223 0.14
341 430 0.27
342 402 0.25
343 219 0.14
344 6 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGA
AAAAGCCATTCATTTGCATGAAAAAGTCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:4142 original size:156 final size:158
Alignment explanation
Indices: 3847--4142 Score: 366
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
3837 ATATTACTCA
* * * *
3847 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAGGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGCTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * *
3912 TAGATTATAATTAAGTGTCCACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGGATTCATTGACAAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTAAGTGTCCACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGC
3977 CCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAG
131 CCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAG
* * * *
4005 CTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGCTG-AATTTTTTACA-TTTTGGTTAGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGCTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
4068 CAGATTATAATTGATTTTCTACATTGGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAA
66 CAGATTATAATTAAGTGTCCACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAC-AAGAAAA
*
4131 GCCCATTTATAG
129 GCCCATATATAG
4143 CCTTCTATGT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.05
156 63 0.54
157 12 0.10
158 35 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (158 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGCTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTAAGTGTCCACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGC
CCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAG
Found at i:5222 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5183--5241 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22
5173 CCAAGAAGAA
5183 AAGAGAAATGAGAAGAAA-GAAAG
1 AAGAGAAA-G-GAAGAAAGGAAAG
* *
5206 AAGAGAAAGGAATAAAGGAATG
1 AAGAGAAAGGAAGAAAGGAAAG
*
5228 -AGAGAAAGGGAGAA
1 AAGAGAAAGGAAGAA
5242 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 4
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.58
22 5 0.16
23 8 0.26
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.34, T:0.05
Consensus pattern (22 bp):
AAGAGAAAGGAAGAAAGGAAAG
Found at i:6214 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5346--7618 Score: 1774
Period size: 171 Copynumber: 13.3 Consensus size: 170
5336 NNNNNNGGCT
* ** * * * *
5346 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTT-TTAGAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAA
* * * *
5410 ACATTTAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTGAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *** * **
5475 TTATAAAACTATTTAAACAAATTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
********** * * * * *
5517 TGGNNNNNNNNNNATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGG-TTTTTCTTGACGTTTGTCAAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * * *
5581 AAATTCAATTATAATCTGGTTTAACCAAGAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
5646 TTATAAAACCATATAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCT
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * *
5688 TGGGTGACTATAAAT-GAGTTTTTCTTATCAATGAATAGG-TTTTTCTTCACAT-TTTCT-ATGG
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGG
* * * * *
5749 TAAACATTCAATTATAAT-TGGTATGAACCAAATATGTGAAAAACATTCAACTTAAAATCTATTA
62 CAAACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * **
5813 TGAGATTTTAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGAAA
124 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
** * * * * * * * *
5860 TGGACGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAACGACTTCTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* * * * *
5925 CATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAACTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGGT
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** ** *
5990 TATAAAACCATTTAAAACGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGCT
130 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
6031 TGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* * * * * * *
6096 CATTTAACTATATTATGTTTTAACCAAAAATGTGAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATC
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
6161 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAA
131 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * *
6201 TGGGTGGCTATAAATGGATTTTTTTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTGATGTTTCTCGTAGG-AG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAA
* * *
6265 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** *
6330 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCC
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
** * * * * * * * *
6372 TTAGTAACTATAAATGGACTTTTCATATAAAT-AGATGGC----T-TT-AGGTTTCTCACGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * * * * * *
6430 ATATTCAATTACAACATATTTTAATCAAAAAAGTAGAAAAATACAAATTAAAATTAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
6495 TTATAAAACCTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCT
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
6537 TGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* ** * *
6602 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
**********
6667 TATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCA
130 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
*
6708 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGG-TTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCA
* *
6771 AACATTGAATTAGAAT-TGGTTTTAACCAAAAATGTAAACAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
64 AACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGTAAA-AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * ** *******
6835 AGATTCCAAAACAATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTNNNNNNN
126 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
*** * **
6880 NNNGTGACTATAATTGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTACCTTCATGTTT-TCCAAGGCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAA
* * * * * ** *
6943 TCATTCAATTATAATATGCTTTAATCAAAAATATAAAAACAAATTTAGGTCAAAATCAATTATGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT--AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ********** ** * *
7008 GGTTANNNNNNNNNNTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCT
127 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
7052 TGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTATGAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC-A
1 TGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* * *
7115 ACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
7180 TTATAAAATCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCG
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * * *
7222 TTGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTTATTGAATAG-TTTCATCCTCACGTTTCTCAAGACAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* * * ** * * * * *
7286 ACAATCAATTATAATTTTTTTTAATTAAAATAT-AAAAAAATTGAACCTAAAATAAATTATAAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
7350 TTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCA
129 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCA
* * * * *
7392 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGTCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAA
* * * * * *
7456 ACATTCAATTAAAATCTATTTTAACTAAAAATATTAAAAAACTT-AGCTTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * *
7520 ATTCCAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAA
128 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * ** *
7563 TAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
7619 TGAGGTAGAC
Statistics
Matches: 1655, Mismatches: 394, Indels: 107
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
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166 3 0.00
167 1 0.00
169 11 0.01
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171 790 0.48
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173 39 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
Found at i:6501 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 6263--6560 Score: 424
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
6253 TTCTCGTAGG
* * * *
6263 AGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGATATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAAATTAAAATCAATTATGA
* * *
6328 GATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTT-AGTAACTATAAATGGAC
66 GATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTAACTATAAATAGAC
6391 TTTTCATATAAATAGATGGCTTTAGGTTTCTCACGGT
129 TTTTCATATAAATAGATGGCTTTAGGTTTCTCACGGT
* * *
6428 AGATATTCAATTACAA-CATATTTTAATCAAAAA-AGTAGAAAAATACAAATTAAAATTAATTAT
1 AGATATTCAATTACAATC-TATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATACAAATTAAAATCAATTAT
* *
6491 GAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGAC
6556 TTTTC
129 TTTTC
6561 TTGTCAATGA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 12, Indels: 8
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.04
165 110 0.94
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (165 bp):
AGATATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAAATTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTT
TTCATATAAATAGATGGCTTTAGGTTTCTCACGGT
Found at i:8783 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8458--8828 Score: 417
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
8448 ATGGAGCCAA
* * * * *
8458 CAAATGAATAACCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
1 CAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGAGAGACAATCAATTATAAACTATTTTAACCAA
* *
8523 AAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAA
66 AAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAA
* *
8588 GGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAACGGGCTTTTCATG
131 GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAACAGGCTTTTCATG
* * *
8629 TC-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAG-GCAGACATTTAATTATAAACTATTTTAACT
1 -CAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGAG-AGACAATCAATTATAAACTATTTTAACC
* * * **********
8692 AAAAATATAAAAGAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNA
64 AAAAATATAAAA-AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAA
* *
8757 TAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCCTG
128 TAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAACAGGCTTTTCATG
*
8801 CAAATGAAT-TCTTTTTTCTTCATGTTTT
1 CAAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTT
8829 CTGATATAAA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 28, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 65 0.39
172 99 0.60
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGAGAGACAATCAATTATAAACTATTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAA
GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAACAGGCTTTTCATG
Found at i:11161 original size:173 final size:165
Alignment explanation
Indices: 10853--13944 Score: 1608
Period size: 171 Copynumber: 18.3 Consensus size: 165
10843 NNNNNNNNNN
** *
10853 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * *
10918 TGAATGACTATAAGTGGAACTTT-TATGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAG
65 TGAGTGACTATAAATGG-ACTTTCT-TGCCAATA-ATGA-TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGAA-
* ** *
10982 ACATTCAACTATAATATTTTTTATTCAGAAATGTAAAAAAAAT
125 ACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * *
11025 TCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
11090 TT-AGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTCTAGGGTA
64 TTGA-GTGACTATAAATGGACTTT-CTTGCCAAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-A
**
11154 AACATTCAATTATAATTTATTTTAACCACCAATGTAAAAAAAT
124 AACATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * ** ** *
11197 TTAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAATCATTTAAAGTAAGCGATAAGG-TTTTTAAGGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGC
* * * ** * * *
11261 ATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTGTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGA
64 TTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-AAA
* * * *
11326 CATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGCAAAAAATT
126 CATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
*
11367 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * *
11432 TGAGTGACTAT-AA---A-----TTG--------G-CTTTTCTTCATGTTTCCTGAGCCAAACAT
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATAATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAG-GAAACAT
* *
11479 TCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
129 TCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
11517 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTT-GAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGC
* * * * * * * *
11581 TTGAATGATTATAAGTGAAACTTT-TATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGGT
64 TTGAGTGACTATAAATG-GACTTTCT-TGCCAAT-AATGA-TTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGG-
* * * * ** *
11644 AGACATTTAACTATAATATATTTTATTCAAAAATGTGAAAAACAT
123 AAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
*** * * * * *
11689 TCTGGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATTAAATTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA--CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
11754 TT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCTTATTTTTTTAGGTA
64 TTGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-A
* * *
11818 AACATTGAATTATAATTTGTTTTAACCACAAATGAAAAAAAAT
124 AACATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * ** * * *
11861 TCAA-TCTAAAATTAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAGGGA
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * ** * * * * * * * *
11925 ATGAGTGACTGTAATTAAACTTTTTCTGCTAATGAATGCTTGTTCCTCATGTTTTTTATGGCAGA
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTCT-TGCCAAT-AATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-AAA
11990 CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
126 CATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
12031 TCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* *
12096 TGAGTGACTATAAATGG--------G-C---------TTTTCTTCATGTTTTCCAAGCAAAACAT
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATAATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAG-GAAACAT
* * *
12143 TCAAGTATAATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
129 TCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
12180 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * *
12245 TGAGTGACTATAAGTGGAACTTT-TATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGGTA
65 TGAGTGACTATAAATGG-ACTTTCT-TGCCAAT-AATGA-TTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGG-A
* **
12308 AACATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTCAAAAAAAAT
124 AACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAAT
* * * * * * * *
12353 TCAAGTGAAAATTAATTACGGGATTATAAAACCAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * ** * *
12418 TT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCA
64 TTGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-A
** * *
12482 AACATTCAATTATAATTTGTTTTAATGATAAATATAAAAAAAT
124 AACATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * ** * *
12525 TCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACTGTTTACAGTGAGCGATAAGGCTTTTG-AGTGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GC
* * * *** * * * * *
12589 ATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTATTAATGAATGCTTGTTCCTCATGTTTTCCAAGGCAGA
64 TTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-AAA
* ** * *
12654 TATTCAATTATAATCTGGTTTAGCCAACAATGTAAAAAAAT
126 CATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
12695 TCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * ** * * *
12760 TGAGTAACTATAAAT-GAGCTTT-TCTGCCAAATGAGTGGGCTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCA
65 TGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCT-TGCC-AAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGA
* * * * *
12823 AACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATTAAAAAAT
124 AACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* ** * * * *
12866 TCAACTTCAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAATAATAACGCTTTTGACA-A
1 TCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGG
* * ** ** * * ** *
12929 CATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCATTGAATGATTTGTTCTTAATGTTCCCCAAGGCA
63 CTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AATGATTT-TTCTTCATGTTTTCTAAGG-A
* * * * ** **
12994 GACATTCAATTATTATCTGTTCTAATGAAAAAT-TTTAAAAAT
124 AACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
13036 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-C
* * ** * * **
13100 TTG-GCGATTATAAA-GGAACTTTTCTTTTCAATGAAT-AGTCTTTTCTTCACGTTTCTCAAAAT
64 TTGAGTGACTATAAATGG-AC-TTTCTTGCCAAT-AATGA-T-TTTTCTTCATGTTT-TCTAAGG
* * * *
13162 AAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAAT
123 AAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ********* * *
13206 TTAACCTAAAATCAATTATGAGCTTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG-T
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * *
13270 ATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-ATCTTTTACTTCATGTTTTCCAAGGCA
65 -TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AATGAT-TTTT-CTTCATGTTTTCTAAGG-A
* ********* * *
13334 GAC-TCTCAATTATNNNNNNNNNNAATCAAAAATAT-AAAAAAT
124 AACAT-TCAATTAT-AATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ** * *
13376 TTAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAATACATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * ** *
13441 TG-GACGACTATAAATGG-GTTTTTCTGTAAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAA
65 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTCT-TGCCAAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-AA
** ** *
13504 ACAATT-AATTGA-AATCCGTTTTAATAAAAAAT-TCAAAAATAT
125 AC-ATTCAATT-ATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * *
13546 TCAA-TCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAAGG-
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
13609 TATGAGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTTCAT-ATTTCTCAAGGC
64 T-TGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAAT-AATGA-TTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGG-
* *
13673 AAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
123 AAACATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * ** * * ** *
13717 TCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTAATTAAAACGAATAATATGATTTTCGAAGGCG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
** * * * ** * * **
13782 CAAGTGACTATAAATGGACTTGT-TTGGTCAATCAATGGCTTTGTCTTCACATTTCCTATGGCGG
65 TGAGTGACTATAAATGGACTT-TCTT-GCCAAT-AAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG-AA
* * * * *
13846 ACATTTAATTATAAATTATTTTAACTAAAAGTGTAAAACAAT
125 ACATTCAATTAT-AATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** * **
13888 TTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
13945 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2257, Mismatches: 509, Indels: 309
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
149 100 0.04
150 149 0.07
151 9 0.00
155 1 0.00
159 2 0.00
160 5 0.00
161 1 0.00
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TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATAATGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGAAACATTC
AATTATAATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:11379 original size:170 final size:170
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10843 NNNNNNNNNN
** * * *
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* * * * *
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* * ** *
10979 AAGACATTCAACTATAATATT-TTTTATTCAGAAATGTAAAAAAAAT
126 TAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * * *
11025 TCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * *
11090 TT-AGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTCTAGGGTA
65 TTGA-GTGACTATAATTGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTA
* * **
11154 AACATTCAATTATAATTTATTTTAACCACCAATGTAAAAAAAT
128 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * * *
11197 TTAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAATCATTTAAAGTAAGCGATAAGG-TTTTTAAGGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA-GGC
* * * * ** * *
11261 ATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTGTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGA
65 TTGAGTGACTATAATTGAACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGA
* * * *
11326 CATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGCAAAAAATT
130 CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
11367 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCT
*
11432 TGAGTGACTATAAATTG-GCTTTTCTT
66 TGAGTGACTAT-AATTGAACTTTTCTT
11458 CATGTTTCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCT
TGAGTGACTATAATTGAACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGAC
ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:11505 original size:150 final size:150
Alignment explanation
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Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
11293 TGAATGCCTG
* * * * *
11303 TTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGCAAAAAATTT
1 TTCTTCATGTTTTCCAAGCCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATT
* * * *
11368 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCT
66 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTT-GAAGGCT
*
11432 TGAGTGACTATAAATTGGCTT
130 TGAATGACTATAAATTGGCTT
* *
11453 TTCTTCATG-TTTCCTGAGCCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTTCC-AAGCCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAT
11517 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTTGAAGGCT
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTTGAAGGCT
*
11582 TGAATGATTATAA
130 TGAATGACTATAA
11595 GTGAAACTTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 13, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TTCTTCATGTTTTCCAAGCCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTTGAAGGCTT
GAATGACTATAAATTGGCTT
Found at i:12121 original size:664 final size:663
Alignment explanation
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Period size: 664 Copynumber: 2.9 Consensus size: 663
10843 NNNNNNNNNN
* *
10853 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGC
* * *
10917 TTGAATGACTATAAGTGGAACTTTTATGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGAA
65 TTGAATGACTATAAGTGGAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGTA
*
10981 GACATTCAACTATAATATTTTTTATTCAGAAATGTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGA
129 GACATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGA
* *
11046 GATTGTAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACT
194 GATTATAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACT
* * *
11111 TTACTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATA-TTTTCTAGGGTAAACATTCAATTATAATTTATT
259 TTTCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTTTTA-GGTAAACATTCAATTATAATTTGTT
* * * * *
11175 TTAACCACCAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAATCATTTAAAGTA
323 TTAACCACAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
11240 AGCGATAAGGTTTTTAAGGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTGTT
388 AGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTGTT
* * * *
11305 CTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGCAAAAAATTTTA
453 CCTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCA
11370 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
518 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * *
11435 GTGACTATAAATTGGCTTTTCTTCATG-TTTCCTGAGCCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAA
583 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGCAAAACATTCAAGTATAATCTG-TTTAA
11499 CCAAAAATGTAAAAAAAT
646 CCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
11517 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGCAATAAGGCATTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
* * *
11582 TGAATGATTATAAGTGAAACTTTTATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
66 TGAATGACTATAAGTGGAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * **
11647 CATTTAACTATAATATATTTTATTCAAAAATGTGAAAAACATTCTGGTTAAAATCAATTACGAGA
131 CATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGA
* * *
11712 TTATAAAATTAAATTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTT
196 TTATAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTT
* *
11777 TCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCTTATTTTTTTAGGTAAACATTGAATTATAATTTGTTTTA
261 TCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTTTTAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
* *
11842 ACCACAAATGAAAAAAAATTCAATCTAAAATTAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGC
326 ACCACAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGC
**
11907 GATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTAAACTTTT-TCTGCTAATGAATGCTTGTTCC
391 GATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGCTTGTTCC
** * * *
11971 TCATGTTTTTTATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
455 TCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
12036 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
520 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
12101 GACTATAAATGGGCTTTTCTTCATGTTTTCCAAGCAAAACATTCAAGTATAATCTGTTTAACCAA
585 GACTATAAATGGGCTTTTCTTCATGTTTTCCAAGCAAAACATTCAAGTATAATCTGTTTAACCAA
12166 AAATGTAAAAAAAT
650 AAATGTAAAAAAAT
*
12180 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
* * *
12245 TGAGTGACTATAAGTGGAACTTTTATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAA
66 TGAATGACTATAAGTGGAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
12310 CATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTCAAAAAAAATTCAAGTGAAAATTAATTACGGG
131 CATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGT-AAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAG
* * *
12375 ATTATAAAACCAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAT-AGACT
195 ATTATAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGA-ACT
* * ** * *
12439 TTTCCTATCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTT
259 TTTCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTTTTAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTT
** * ** *
12504 TAATGATAAAT-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACTGTTTACAGTG
324 TAACCACAAATGA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTG
* **
12568 AGCGATAAGGCTTTTGAGTGAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTATTAATGAATGCTTGTT
388 AGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTGTT
* * *
12633 CCTCATGTTTTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGGTTTAGCCAACAATGTAAAAAAATTCA
453 CCTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
12698 ACCTAAAACCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
518 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* *
12763 GTAACTATAAATGAGCTTTTCT
583 GTGACTATAAATGGGCTTTTCT
12785 GCCAAATGAG
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 121, Indels: 18
0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
663 177 0.16
664 943 0.83
665 18 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (663 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT
TGAATGACTATAAGTGGAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGA
TTATAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTT
TCTTGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATATTTTTTTAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
ACCACAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGC
GATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTGTTCCT
CATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
ACTATAAATGGGCTTTTCTTCATGTTTTCCAAGCAAAACATTCAAGTATAATCTGTTTAACCAAA
AATGTAAAAAAAT
Found at i:13706 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 12115--13753 Score: 1247
Period size: 340 Copynumber: 4.8 Consensus size: 338
12105 ATAAATGGGC
* ** *
12115 TTTTCTTCATGTTTTCC--AAGCAAAACATTCAAGTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTCTTCATG-TTTCCTAAAGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * * * * *
12177 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAG
64 AATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAAG
* * ** * * *
12242 GCT-TGAGTGACTATAAGTGGAACTTTT-ATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG
128 G-TATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * * * * * *
12305 GTAAACATTCAACTATAATATTTTTTATTCAAAAATGTCAAAAAAAATTCAAGTGAAAATTAATT
191 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA--T-ATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * * * ** *
12370 ACGGGATTATAAAACCAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAT-
253 ATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGCGACTATAAATG
* * * *
12434 AGACTTTTCCTATCAATCAATGGAT
316 AG-CTTTT-CTGTAAATGAATAGAT
* * * * *
12459 TTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATGATAAATATAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * * *
12524 TTCAACCTAAAATCAATTATTAGGTTACAAAACTGTTTACAGTGAGC-GATAAGGCTTTTG-AGT
66 TTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-CTAATAAAGCTTTTGAAG-
* * * * * *
12587 GAATGAGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTATTAATGAATG-CTTGTTCCTCATGTTT-TCCAAGG
128 GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGG
* * ** * * * **
12650 CAGATATTCAATTATAATCTGGTTTAGCCAACAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATG
192 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * ** **
12715 AGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGCT
256 AGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GCGACTATAAATGAGCT
* * * **
12780 TTTCTGCCAAATGAGTGGGC
320 TTTCTG-TAAATGAATAGAT
* * * *
12800 TTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
12865 TTCAACTTCAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAATAATAACGCTTTTGACA-
66 TTCAAC-TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGA-AG
** * ** * * * *
12928 ACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCATTGAATGA-TTTGTTCTTAATGTTCCCCAAGG
128 GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * *
12992 CAGACATTCAATTATTATCTGTTCTAATGAAAAATTTTAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
192 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* * * * * *
13057 GATTAT-AAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTTGGCGATTATAAAGGAACTT
257 GATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGGCGACTATAAATGAGCTT
* *
13121 TTCTTTTCAATGAATAG-T
321 TTC-TGTAAATGAATAGAT
* ** * *
13139 CTTTTCTTCACGTTT-CTCAAAATAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATCTAAAA
1 -TTTTCTTCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA
* * ********** * *
13202 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGCTTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
63 AAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAA
* * * * *
13267 GGTATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-ATCTTTTACTTCATGTTT-TCCAA
127 GGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCT-CAA
********** *
13330 GGCAGAC-TCTCAATTATNNNNNNNNNNAATCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTA
190 GGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
* * *
13394 TGAGGTTATAAATAC-ATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGACGACTATAAATGG
254 TGAGATTATAAA-ACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG-CGACTATAAATGA
* *
13458 GTTTTTCTGTAAATGAATACAT
317 GCTTTTCTGTAAATGAATAGAT
* * * *
13480 TTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACAATT-AATTGA-AATCCGTTTTAATAAAAAAT-TCAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAAAC-ATTCAATT-ATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAA
* *
13542 ATATTCAATCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAA
63 AAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAA
* * * * * *
13607 GGTATGAGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTTCATATTTCTCAAGG
127 GGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * * * *
13672 CAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCATCCTAAAATCAATTATG
192 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATG
*
13737 AGATTGTAAAACTAATT
256 AGATTATAAAAC-AATT
13754 AAAACGAATA
Statistics
Matches: 1006, Mismatches: 241, Indels: 98
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 440 0.44
341 305 0.30
342 80 0.08
343 7 0.01
344 77 0.08
345 90 0.09
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAAGGTA
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
ATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCGACTATAAATGAGCTTTTCTG
TAAATGAATAGAT
Found at i:15723 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15564--16921 Score: 972
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 168
15554 NNNNNNNNNN
* * * *
15564 AAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAAGCTTAGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
*** * *
15629 TATAAATGGGCTTTTCCT-ACAAATGAATGGGCTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGCACACATTCAA
66 TATAAATAAACTTTTCCTGTC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGTACACATTCAA
* *
15693 GTATAATCTAATTTAACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTA
129 TTATAATCTAATTTAACCAAAAATATAAAAAA-TT-AACCTA
* * *
15735 AAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-CGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC-CTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * *
15799 CTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATCGCTTTTGCTTCACGTTTCCCA-AGGTAGACATTCA
65 CTATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTT-CCAGAGGTACACATTCA
* * *
15863 ATTATAATCT-GTTCTAACCAAAAATGT-AAAAATCCTAACTTA
128 ATTATAATCTAATT-TAACCAAAAATATAAAAAAT--TAACCTA
* * *
15905 AAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
15970 TATAAACAAATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGAGAG-ACA-A-CC
66 TATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTC--CAGAG-GTACACATTC
* * *
16032 AATTATAATCTACTTTAACAAAAAATCTAAAAAAACTTAACCTA
127 AATTATAATCTAATTTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTAACCTA
* * * * *
16076 AAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGATGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
16141 TATAAATGAACTTTTCCTG-CAAATGAATGAGGTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCA
66 TATAAATAAACTTTTCCTGTC-AATGAAT--GGCTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGTACACATTCA
** * * *
16205 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAATCAA
128 ATTATAATCTAATTTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTAACCTA
* * * *
16248 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTGAAGG-TATGAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCT-TGGGTGA
* ** ** * ** * ** * * *
16312 CTACAAATGGACCATT-CTTTCCAATGAATGAATTTTTTTTTTCATATTTCTCA-AGGCAAACAG
65 CTATAAATAAACTTTTCCTGT-CAATGAATG---GCTTTTCTTCACGTTTC-CAGAGGTACACAT
* *** * * *
16375 TCAATCATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCATCTTA
125 TCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATATAAAA-AATT-AACCTA
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16421 AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTACTATAA--TTTTTGAAGGCACGAGTG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA--ATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTG
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16484 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATTGCTTTATCTAT-ACATTTCC-CATGTCAGACATT
64 ACTATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTT-TCT-TCACGTTTCCAGAGGT-ACACATT
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16547 CAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTTGACTTA
126 CAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATA-T-AAAAAA-TTAACCTA
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16592 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
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16657 TATAAATATACTTTTCTTGTGGATGAATGGCTTTTCCTTTAAGTTTCTGGAGGCAGATAGTCAAT
66 TATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTCCAGAGGTACACATTCAAT
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16722 TATAATCTATTTTAACTAAAAATCTGAAAAAATTTAACTTA
130 TATAATCTAATTTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTAACCTA
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16763 AAACCGATTATGAGATTACAAAATAATTTAAAGCGTGTAATTAGGCTGTTAAAGGCATGGGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
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16828 TATAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTTTCA-AGGAAGACATTCAA
66 TATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGG-CTTTTCTTCA-CGTTTCCAGAGGTACACATTCAA
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16892 TTATAATCTGTTTTAACCTAAAAT-TAAAAA
129 TTATAATCTAATTTAACCAAAAATATAAAAA
16922 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 166, Indels: 104
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 154 0.16
171 509 0.52
172 160 0.16
173 128 0.13
174 3 0.00
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATAAACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGTACACATTCAATT
ATAATCTAATTTAACCAAAAATATAAAAAATTAACCTA
Done.