Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399179.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2451.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4229
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Warning! 60 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2844 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--4229 Score: 3386
Period size: 171 Copynumber: 24.7 Consensus size: 170
* * * ** ***
1 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATCAACAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * **********
65 AAAGTCCATTTATAGTAATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
130 CTAAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTCACATTTTTGGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * * * * **
171 TAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGGAACGTGAA-ACAAAAGCCA-TCTATTAACA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGGCATTC-ATTGGCA
* ** ** ** ** ** *
233 TGAAAAGTTAATTTATA-TCCATTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
297 TAAACAAATAATT-ATTTTGAGTTGAAGTTTTTCACATTTTTGGT
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* *** *
341 TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGCAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ********** ** * ** *
406 AAAGTCTATTNNNNNNNNNNCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATCTTTTTATCAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
*
471 CTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
131 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *** * *
512 TAAAAAATG-CTATAATTAAATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGCAAGCCA-TCTATTGGCAC
1 TAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGGCAA
* * * ** ********** *
575 GTAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTACA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
640 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAGATTTTTGGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGT
* * * * *
684 TAAAATAGAC-ACTAACTGAATGTCTACCTTGAGAAAGATGAA-AATAA-GCATTCATTGGTAAG
1 TAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
**********
746 AAAAGTCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * **
811 TCCCATTATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTAT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * ********** * * *
853 CAAAACAGACTATAATTGAATGCCTNNNNNNNNNNACAT-ATAAAAAAAGTCATTCATTGGAAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * **********
917 AAATGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
982 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATA-TTTTGAT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGT
* * * ** * * *
1023 TAAAACAGATTATAACTAAATGTCTGGCTCGAGAAACATG-AGAAGAAAGACATTCATTGGTAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * *
1087 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTTTTTTAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** **
1152 TCTCATAATTCATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATAATT-CA
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * **
1193 TAAAATAGGCCATAATTAAATGTCTGCCTT-AGAAA-ATGTGTAA-AAAAAATCATTCATTAGG-
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GGC
* * * ** * * * *
1254 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * **
1319 TAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTT--TTTTTTTAT
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
1360 TAAAATTAGACCTTTTAACTGAAATAGGTTTACCTTGAGAAACATGATGAGAAAGGCATTCATTG
1 TAAAA-CAGA-C-TATAATTG-AAT--GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* * * *
1425 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TCTCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATAGTT
60 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* ** **
1489 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAACTGAATATTTTTACATTTTTCAT
124 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGT
* * *** * * * *
1537 TAAAATAGACTATGATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATGTAGAAATAGCCATTCATTGGGAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
1602 AATA-TCTAATTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
66 AA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
1666 TCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATTTTTGGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * * *
1708 TAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGGAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * ** ** *
1772 AAAAGTCCATTTACAGTCA-CTAGAGCCTTGC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTAT
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * **
1835 AAGCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTATATTTTTTAT
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
1879 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * **
1944 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATAATTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
2009 CCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * ** * * *
2050 TAAAACAAAATGTAATTGAATGTCTACCTTGACAAATGTGAGGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
2115 AAAGTTCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAATG-CTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2179 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGT
* * ** * * * * *
2222 TAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAAGTACTCATTAG-TA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG--AAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * * *
2286 GAAAAAGTCCATTTATAGTCACCGACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTGT
64 G-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
2351 AAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTCATATTTTTGGT
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGT
* * * *
2395 TAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
2460 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTTAATAGTTTTATAAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AA
* * * ** *
2525 ACT-ATTATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGAT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
2565 TAAAACAGAATGTAATTGAATGTCTACCTTGACAAACATGAAGAAAAAGTCGTTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* *
2630 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAATG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
*
2694 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGT
* * * * * *
2737 TAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGACAAACATGAAGAAAAAGGTACTCATTGGCAGGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** *
2802 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
2867 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGT
* * * *
2908 TAAAACATATTATAATTGAACGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
** * * *
2972 AAAAGTTTA-TT-TAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
3035 TCTCA-AATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGGT
** ** ** * ** * * *
3076 TAAAACAGAAGATAATTGAATGTCTATATCAAAAAATGTGAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
**
3141 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATCCTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
3205 CTCATAATT-ACTTTTAGGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGT
131 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * ** *
3246 TAGAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATTAAGAAAAAGGTTTTCATTGACAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
3311 AAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3376 ATCAAAATT-ATATTTAATTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGT
131 CTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTGGT
* * * ** * * *
3419 TAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * ** *
3484 AAAGTCCTTTTATAGTTAGTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA-TTTCAAATGGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAA
* * * * *
3548 TCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTATATTTTTAGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * * *
3590 TAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACTTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** * **
3655 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3720 CTCAAAATTGATTTTCAA-TTCAATTTTTTAAAAACTTTTGGT
131 CTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT--ACATTTTTGGT
* * * * * * * *
3762 TAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTA-CTACGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCGTTGACGAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
3826 AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGTCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3890 ATCCCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
3934 TAAAATA-AATAATAATTTAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTAATTGGTACA
1 TAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-A
* * * * **
3998 -AAAAGTCTATTTATACTCACCTATTCCTTCAAAATG-CTTATTACTTACTTTAAATATTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
4061 AATCACAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTATACATTTTTGAT
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGT
* ** * * * *
4106 TACATTAGACTTTAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
4171 AAAATCAATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Statistics
Matches: 3239, Mismatches: 709, Indels: 220
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 16 0.00
168 87 0.03
169 123 0.04
170 786 0.24
171 1172 0.36
172 624 0.19
173 292 0.09
174 113 0.03
175 7 0.00
176 4 0.00
177 12 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
Done.