Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399180.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2451.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2969
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 40 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--882 Score: 504
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 171
* * *
1 AAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAGTGTCTA
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTTATAATTGAATGTCTA
* * ** *
64 CCATGAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTTTCA-CTCATTC
65 CCATGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATC-CATCC
* * * *
128 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAA-AGGTTTTACGATCTCA
129 CTTCAAAAGCCTTACTACTC-TCTTTAAATA-GTTTTACAAACT-A
*
172 AAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTT-TAATTGAATGTCTG
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
236 GCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCATCCATCCC
65 CCATGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATCCC
* * *
301 TTCAAGAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAAGTA
130 TTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTA
* * * * ********** *
343 ATAGTTGATATTAAGTTGATTTTTTTTTACAATTTTTAGTTAAAACAGAC-TANNNNNNNNNNTT
1 A-AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGACTTATAATTGAATGTC
* * * * * *
407 TACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCATGCAT
63 TACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCATCCAT
* * * * *
471 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AATAGATTTATAATCTCA
127 CCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACT-A
* ********** * * * * *
516 TAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-ATGTAATTGAATGTCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
580 C-TGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AGAAAAATCTATTTATAGGCACCCGATTG
66 CATG-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-A-T-
* ** * * * *
643 CCAC-TCAAGA-CGAGTAGTACTCAC-TTAAATAGTAGTTTATCGATCTCA
127 CC-CTTCAAAAGC-CTTACTACTCTCTTTAAATAGT--TTTA-CAAACT-A
* * * ** * **
691 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AAATATAATTAAATGTCTGT
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * * * * * **
755 CTTGAGAAACATG-AGAAAAAAGGGATTTATTAGTAAGAAAAGTCTGTTTATGGTCA-CCTATTT
66 CATGAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATCC
* * * * * *
818 CTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCA
129 CTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACT-A
* *
862 AAATTCATTTTAAATTGAATT
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATT
883 AACTTGGGGA
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 138, Indels: 62
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.04
170 51 0.09
171 57 0.11
172 179 0.33
173 121 0.22
174 18 0.03
175 77 0.14
176 19 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTTATAATTGAATGTCTAC
CATGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATCCCT
TCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAAACTA
Found at i:1315 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 992--2641 Score: 604
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 183
982 TATAATCTCA
* * * * *
992 AAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
* * **
1057 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGAAAAATTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
66 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
1122 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
131 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * **
1175 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGT
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
* * * * * * *
1240 CTTAGGGAACGT-AAGGCAAAA-GCCATCCATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGC
66 CTCAAGAAACGTGAA-GAAAAATG-CATACATTGGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGC
*** * *
1303 CTTGGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA----ACAA---A---T
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * ** * * *
1348 -AATTGATTCTAAGTTGAATT-TTTACACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
* ** * * * * * * * * **
1411 TTTGAGAAATG-GAAAAAAAAAGGTATTCATTGACA-AGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TTCATT
66 CTCAAGAAACGTG-AAGAAAAATGCATACATTGGCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAG
* * * ** *
1473 CCTTAAAAAGCCTT-TTCACTCTCTATAAACAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTT
128 CCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * ** * *
1529 -AA--G---TTAAATT---TT-TTT-TACAGTTTTTGGTTCAAAAAA-TTTATAATTGAATGTTT
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACA-TTTTTAGTT-AAAAAAGACTATAATTGAATATCT
* * * * * **
1582 ACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATT
64 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAG
* ** *
1646 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
** * * * * * * * *
1702 AGGTTGAATTT--CTT-TA-TATTT-T---TTGTTAG---AACAA-ATTATAATTGAAT-GCTTG
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATC-TA
*** * * * * * **
1754 CCTTGGGAAAAGTGAAG-AAAAGGTATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATT
65 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAG
* * * ** * * * *
1816 CCTTAAAAAGCCTTTTATATTAACCTTAAAAGGTTTGATAATCTCAAAATTAATTTT
128 CCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * *
1873 -AA--G--TTGAA-TT---TT-TTT-TATATTTTTTGTTAAAAAA-AGTTATAATTGAATGTCTA
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGA-CTATAATTGAATATCTA
* * * * * * * **
1926 CCTTAGGGAACGTGAAGTAGAA-GTCATCCATTGGCACG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
65 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATACATTGGCA-GAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAG
* *
1989 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * * *
2045 -AA---A--TT--G---AATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
* * * * * ** * **
2099 CTCGAGAAATGGGAAGAAAAAGGCATTCATTAACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTC
66 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGC
* * ** *
2162 TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG--TTAT-AT-T-ACCA--CA---T
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * * *
2207 -AATTGATTTTAGGTTGAATT-TCTT-TACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAAT-GCTT
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTAT-TTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATC-T
*** * * * * * * *
2268 ACCTTGGGAAATGAGAAGAAAAAAGTAGT-CATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
64 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCA-TACATTGGCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAA
* *
2331 TCCTTCAAAAGTCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTC-------A----
127 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* **
2377 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTT-TACATTTTTGGTT-AAAAAGGTTATAATTGAA-AGTCTA
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATA-TCTA
*** * * * * *
2439 CCTTGGGGAACATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAG
65 CCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAATGCATACATTGGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAG
* ** * * * *
2502 ACTTGGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAA----ATAA---A---T
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * ** * * *
2548 -AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTGCACATTTTGGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATATCTGC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
* * *
2611 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
66 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATT
2642 AGCAAGANNN
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 209, Indels: 214
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
165 6 0.01
166 3 0.00
167 6 0.01
168 7 0.01
169 10 0.01
170 190 0.16
171 363 0.31
172 205 0.18
173 179 0.15
174 12 0.01
175 9 0.01
176 7 0.01
177 2 0.00
178 2 0.00
179 10 0.01
181 3 0.00
182 3 0.00
183 137 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTAC
CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATACATTGGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
Found at i:1992 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 889--2969 Score: 1726
Period size: 343 Copynumber: 6.0 Consensus size: 341
879 AATTAACTTG
* * * * * *
889 GGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTTCATTTATAG-CAACCCATTCCTCCG
1 GGGAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCA
* * * * *
953 AAAGCTTTATCACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTCTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTC-TT
* * ** *
1017 GTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATGCA
129 GTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCA
* * * *
1082 TACATTGGC-AGAAAAATTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTT
194 TTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTAC-C-T
*
1144 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTACATTTT
255 TAAAAGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AA--G---TT--G---AATT-TTTTTACATTTT
* * * **
1209 TAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTTA
307 TGGTTAAAAAAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTA
* ** ** *
1244 GGGAACGT-AAGGCAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTG
1 GGGAACGTGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** ** * * *
1307 GGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAC-AAATAATTGATTCTAAGTTGAATTT-T
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTCT
** * * * * *
1370 TACACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAATG-GAAAAAAAAAGG
128 TGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG-AAGAAAAAGG
* * *
1434 TATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATTCATTCCTTAAAAAGCCTT-TTCACT-CTCT
192 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATT-ACTAC-CT
* * * *
1497 ATAAACAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACAGTTTTTGGTTCAAA
255 -TAAA-AGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAA
* * *
1562 AAATTTATAATTGAATGTTTACCTCA
316 AAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * **
1588 AGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
1 GGGAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** * *
1653 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTT-T
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTGT
* * * * * * * *
1717 ATATTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAAAGTGAAG-AAAAGGTAT
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
* *
1780 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTTTATATTAACCTTAA
195 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTAT-TACT-ACCTTAA
* * *
1845 AAGGTTTGATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAGT
258 AAGGTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGT
1910 TATAATTGAATGTCTACCTTA
321 TATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * *
1931 GGGAACGTGAAGTAGAAGTCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 GGGAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
1996 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAA-TTCTTTG
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTC-TTG
* * * * * *
2060 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGGGAAGAAAAAGGCAT
130 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
* * * * *
2125 TCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
195 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACT-ACCTTAAA
* * * * * * * * * *
2190 TGGTTATATTACCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTT-AGAACAGATT
259 AGGTT-TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAG-TT
2254 ATAATTGAATG-CTTACCTT-
322 ATAATTGAATGTC-TACCTTA
* * * *
2273 GGGAAATGAGAAGAAAAAAG-TAGT-CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
1 GGG-AACGTGAAG-AAAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
2336 CAAAAGTCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTAT-
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TC
* * * * **
2400 TT-TACATTTTTGGTTAAAA-AGGTTATAATTGAAAGTCTACCTTGGGGAACATGAAGCAAAAA-
127 TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAAG
* * * *** ** * * *
2462 CCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTGGAAAGCTTTATTACTTGCT
191 GCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTAC-TACC
* * * ** *
2526 TTAAATGGCTTTATAA-ATAAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGCACATTTTGGGTT-AAAA
254 TTAAAAGG-TTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
* * *
2589 AAGATTATAATTAAATATCTGCCTTA
317 AAG-TTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * ********** * *
2615 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCTATTCCTTCAG
1 GGGAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
2680 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTT-
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTG
* * * * *
2743 TACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAATGTAAAGAGAAAGGTC
130 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG-C
** * ********* * * *
2807 -TTCATTGGTAAGAAAAGTTCATNNNNNNNNNNC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTAACTTC
193 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTACCTT-
* * *
2870 AAAAGGTTCTATAATCTGAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTATAAAAAG
256 AAAAGGTT-TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAAA
* *
2935 GCTATAATTGAATGTCTACCTTG
319 GTTATAATTGAATGTCTACCTTA
*
2958 GGGAACATGAAG
1 GGGAACGTGAAG
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 270, Indels: 128
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 256 0.18
342 142 0.10
343 382 0.27
344 305 0.22
345 66 0.05
346 1 0.00
348 2 0.00
351 1 0.00
353 6 0.00
354 127 0.09
355 97 0.07
356 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
GGGAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTACCTTAAAAG
GTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAGTTATAA
TTGAATGTCTACCTTA
Found at i:2033 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1175--2969 Score: 1433
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
1165 AATTGATTTT
* * * **
1175 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGT
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAA-GTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * **
1240 CTTAGGGAACGT-AAGGCAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGC
64 CTTAGGGAACGTGAA-GAAAAAGTCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
*** ** * *
1303 CTTGGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAC-AA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * * *
1346 ATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTACACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-G
1 A-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-TTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
1410 CTTTGAGAA-ATGGAAAAAAAAAGGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATTCATT
64 CTTAGGGAACGT-G-AAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * ** *
1473 CCTTAAAAAGCCTT-TTCACTCTCTATAAACAGTTTTATAATGTCA
126 CCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1518 AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACAGTTTTTGGTTCAAAAAATTTATAATTGAATGTTTA
1 AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGGTT-AAAAAAGTTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
1583 CCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCC
63 CCTTAGGGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* **
1648 TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATCATTTTATAATCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
1691 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTATATTTTTTGTTAGAACAAA-TTATAATTGAATG-CTTG
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AA-AAAGTTATAATTGAATGTC-TA
* * *
1754 CCTT-GGGAAAAGTGAAGAAAAGGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
63 CCTTAGGG-AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* * * * * * *
1817 CTTAAAAAGCCTTTTATATTAACCTTAAAAGGTTTGATAATCTCA
127 CTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1862 AAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAGTTATAATTGAATGTCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAAAAGTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
1927 CTTAGGGAACGTGAAGTAGAAGTCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
64 CTTAGGGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
*
1992 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2034 AAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-TTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * ** * *
2099 C-TCGAGAAATGGGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCT
64 CTTAG-GGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * *
2163 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATTACCACA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2206 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATG-CTTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-TTATAATTGAATGTC-TAC
* * * * *
2270 CTT-GGGAAATGAGAAGAAAAAAGT-AGTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
64 CTTAGGG-AACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* *
2333 CTTCAAAAGTCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2377 AAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAAAGGTTATAATTGAAAGTCTACCT
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGTTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * ***
2442 TGGGGAACATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACT
66 TAGGGAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
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2505 TGGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAA-ATAA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
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2546 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGCACATTTTGGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATATCTGC
1 A-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-TTATAATTGAATGTCTAC
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2611 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGANNNNNNNNNNTATAGTCAC-CTATTCC
64 CTTAGGGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCC
* * *
2675 TTCAGAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAAT-TGCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CA
* * * * * *
2718 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATG-CTTGC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-TTATAATTGAATGTC-TAC
* * * * * *********
2782 CTT-GGGAAATGTAAAGAGAAAGGTC-TTCATTGGTAAGAAAAGTTCATNNNNNNNNNNC-CATT
64 CTTAGGG-AACGTGAAGA-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCATT
* * * * * * *
2844 CCTTTAAAAGCCTTATTATTAACTTCAAAAGGTTCTATAATCTGA
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
2889 AAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTATAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAA-GTTATAATTGAATGTCTAC
* *
2954 CTTGGGGAACATGAAG
64 CTTAGGGAACGTGAAG
Statistics
Matches: 1284, Mismatches: 286, Indels: 107
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 201 0.16
171 584 0.45
172 311 0.24
173 172 0.13
174 11 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGTTATAATTGAATGTCTACCT
TAGGGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Done.